تاريخ بايرن ميونخ
إعادة الأمجاد الأوروبية (1998-الآن)

على ضوء انجازاته مع بوروسيا دورتموند تعاقد البايرن مع المدرب أوتمار هيتسفيلد ليقود الفريق في الفترة الممتدة بين عامي 1998 و2004، واستطاع هيتسفيلد خلال موسمه الأول مع النادي الفوز بلقب البوندسليغا وكان قريباً جداً من الفوز بدوري أبطال أوروبا عندما خسر النهائي بنتيجة 2-1 بعد هدفين سجلهما مانشستر يونايتد في الوقت بدل الضائع من المباراة التي شهدت تقدم الفريق الألماني في معظم فتراتها، أما في موسم 1999-2000 فقد استطاع النادي البافاري الفوز بثالث ثنائية دوري وكأس محليتين في تاريخه، ليحقق هيتسفيلد بعدها أفضل مواسمه مع البايرن حيث استطاع موسم 2000-2001 الفوز بثالث لقب دوري على التوالي، ليأتي الإنجاز الأهم بعدها بأيام حيث استطاع هيتسفيلد قيادة الفريق وبعد غياب استمر لـ25 عاماً للفوز بلقب دوري أبطال أوروبا الرابع في تاريخه بعدما تفوق على فالنسيا الإسباني في النهائي عبر ركلات الجزاء الترجيحية. موسم 2001-2002 بدء بفوز النادي بلقب كأس الإنتركونتيننتال لكن الموسم انتهى بعدها من دون أن يستطيع البايرن الفوز بأي لقب آخر، في الموسم التالي تمكن البايرن من الفوز برابع ثنائية دوري وكأس محليتين في تاريخه وأنهى الموسم بأكبر فارق نقاط في تاريخ البوندسليغا. سنة 2004 انتهى عقد أوتمار هيتسفيلد مع النادي وأخفق المدرب في آخر مواسمه مع البايرن في قيادة النادي للتألق وحتى أنه خسر أمام فريق أليمانيا أشن من الدرجة الثانية في مسابقة الكأس.
بعد رحيل هيتسفيلد عيَن النادي فيليكس ماغاث على رأس جهازه التدريبي ونجح المدرب الجديد في قيادة البايرن للفوز بثنائيتين متتاليتين للدوري والكأس موسمي 2004-2005 و2005-2006، وكان النادي قد انتقل ابتداءً من موسم 2005-2006 لملعب الأليانز أرينا الذي يتشاركه مع ميونيخ 1860، وبعد تألق الفريق بأول موسمين تحت قيادة ماغاث أتى موسم 2006-2007 الذي كان كارثياً بالنسبة للبايرن حيث تأخر الفريق في الدوري وخسر أمام أليمانيا أشن مجدداً في الكأس لتتم إقالة فيليكس ماغاث بعد فترة قصيرة من العطلة الشتوية.
عاد أوتمار هيتسفيلد لقيادة بايرن ميونيخ في يناير من عام 2007، لكن النادي أنهى ذلك الموسم في المركز الرابع فقط وفشل بالتالي بالتأهل لدوري أبطال أوروبا لأول مرة منذ أكثر من عقد كما لم يتمكن من الفوز بأي لقب بعد خسارته في الكأس وكأس الدوري. بعد الموسمين المخيبين للآمال قام البايرن موسم 2007-2008 بعملية تغيير كبيرة في صفوفه حيث تعاقد مع ثمانية لاعبين جدد وتخلَى عن تسعة آخرين عبر البيع والإعارة، بعد هذه التغييرات تمكن الفريق من الفوز بالدوري بعد تصدره لكامل مراحل البطولة، ومن ثم حصل على الثنائية بعد فوزه على بوروسيا دورتموند في نهائي الكأس.
في الـ11 من يناير من عام 2008 تمً الإعلان عن أن يورغن كلينسمان سيكون خليفة أوتمار هيتسفيلد على رأس الجهاز التدريبي للفريق بعقد يمتد لموسمين، وقد استلم اللاعب السابق مهامه مع انتهاء الموسم في 1 يوليو 2008، وخسر البايرن في أول اختباراته مع مدربه الجديد لقب كأس السوبر الألماني أمام بوروسيا دورتموند في بداية موسم 2008-2009، ومن ثم أقصيَ من مسابقة الكأس المحلية على أيدي باير ليفركوزن، أما على الصعيد الأوروبي فقد وصل الفريق بقيادة كلينسمان لربع نهائي دوري الأبطال بعد تصدره لمجموعته وسحقه لسبورتنغ البرتغالي في الدور الاقصائي الأول بنتيجة قياسية هي 12-1 في مجموع المبارتين، في الـ27 من أبريل وبعد يومين فقط من الخسارة أمام شالكه التي جعلت البايرن يهبط للمركز الثالث في الترتيب العام للبوندسليغا تمَت إقالة كلينسمان، وتولى بعدها مدرب الفريق السابق يوب هاينكس (1987-1991) الإشراف المؤقت على النادي حتى نهاية الموسم، لينهي الفريق موسمه باحتلال المركز الثاني في البوندسليغا مما أهلّه للعب في دوري الأبطال المقبل.
مع انطلاقة موسم 2009-2010 وقع البايرن مع المدرب الهولندي لويس فان غال، واستطاع الفريق في ذلك الموسم أن يفوز بثنائية الدوري والكأس المحليتين، كما استطاع الفريق الوصول لنهائي دوري الأبطال الأوروبي الذي خسره بنتيجة 2-0 أمام الانتر الإيطالي، في موسم 2010-2011 خرج البايرن من الدور الـ16 من بطولة دوري الأبطال الأوروبي بعد هزيمته أمام الإنتر في مجموع المبارتين، كما حلَ الفريق في المركز الثالث المخيب للآمال في البوندسليغا.
موسم 2011-2012 حل البايرن وصيفاً في البطولات الثلاث التي شارك بها، فأنهوا في المركز الثاني خلف بوروسيا دورتموند في البوندسليغا، كما خسروا نهائي الكأس أيضاً أمام نفس الفريق، كما وصل النادي البافاري لنهائي دوري أبطال أوروبا الذي لعب على أرضه في الالينز أرينا ليخسر عبر ضربات الجزاء الترجيحية أمام تشيلسي الذي أصبح ثاني فريق إنجليزي يهزم البايرن على أرضه والأول(بين الإنجليز) منذ انتقال البايرن إلى الأليانز أرينا.
بدء البايرن 2012-2013 بالفوز في كأس السوبر الألمانية بعد تغلبه على غريمه بوروسيا دورتموند بنتيجة 2-1 ، كما وبعد وبعد انطلاقة نارية أصبح البايرن أول فريق في التاريخ يحقق الفوز في أول 8 مباريات له في البوندسليغا وذلك على إثر فوزه خارج أرضه على فورتونا دوسلدورف بنتيجة 5-0، ليعود البايرن بعدها ويحسم لقب البوندسليغا في السادس من أبريل 2013 بعد فوزه على إنتراخت فرانكفورت بنتيجة 1-0 وذلك قبل 6 جولات من نهاية الدوري ليصبح العملاق البافاري أسرع فريق يحسم لقب البوندسليغا. كما سجل البايرن العديد من الأرقام القياسية الجديدة للدوري الألماني في هذا الموسم التاريخي وأبرزها أكبر عدد نقاط(91)، أكبر فارق نقاط بين الفائز والوصيف(25)، أكبر عدد انتصارات في موسم واحد وأقل عدد خسائر(1). في نهاية الموسم استطاع البايرن الوصول لنهائي دوري أبطال أوروبا للمرة الثالثة بآخر أربع سنوات، واستطاع الفريق هذه المرة الفوز بلقبه الخامس في المسابقة بعد فوزه على مواطنه بوروسيا دورتموند بنتيجة 2-1 في المباراة التي جرت على إستاد ويمبلاي في لندن، حيث سجل آرين روبين هدف الفوز للفريق البافاري في الدقيقة 87 من عمر المباراة. في الأول من يونيو 2013 أصبح البايرن أول فريق ألماني يفوز بثلاثية الدوري، دوري الأبطال وكأس ألمانيا وذلك بعد فوزه على شتوتغارت بنتيجة 3-2 في نهائي كأس ألمانيا.
في الأول من يوليو من عام 2013 تسلم بيب غوارديولا دفة القيادة في الفريق البافاري وذلك قبيل انطلاقة موسم 2013-2014، كما تعاقد البايرن مع ماريو غوتسه من بوروسيا دورتموند في صفقة قدرت بـ37 مليون يورو، ما جعلها أغلى انتقال للاعب ألماني وقتها(فيما بعد تخطتها قيمة صفقة انتقال أوزيل من ريال مدريد لأرسنال البالغة 50 مليون يورو )، في 24 يوليو 2013 خسر البايرن نهائي السوبر الألماني بمواجهة غريمه بوروسيا دورتموند بنتيجة 4-2 في ملعب الأخير، ليعود الفريق ويتوج بلقب السوبر الأوروبي في الـ30 من نفس الشهر بتغلبه على تشيلسي الإنجليزي عبر ركلات الجزاء الترجيحية. في 9 نوفومبر 2013 استطاع البايرن كسر رقم هامبورغ القياسي لأكثر عدد من المباريات المتتالية من دون هزيمة في البوندسليغا(36 مباراة). في 27 من نوفمبر 2013 وبعد فوزه على سسكا موسكو الروسي بنتيجة 3-1 أصبح البايرن الفريق الأول الذي يفوز بـ10 مباريات متتالية في دوري الأبطال الأوروبي، وفي 21 ديسمبر 2013 توج العملاق البافاري بلقب كأس العالم للأندية بعد تغلبه على الرجاء البيضاوي المغربي بنتيجة 2-0 في النهائي الذي لعبت على أرضية ملعب استاد ماراكش في المغرب. في موسم 2014–15 دافع بايرن ميونخ عن لقبه ونجح في الاحتفاظ به، وفي الموسم التالي نجح في الاحتفاظ بلقبه ليحقق رقمًا قياسيًا بالفوز به أربع مرات متتاليات دون انقطاع. وفي نهاية موسم 2015–16 غادر غوارديولا الفريق ليتولى تدريب مانشستر سيتي، وخلفه كارلو أنشيلوتي.