الاحتواء البيولوجية للكائنات المعدلة وراثيا
عمليات هروب ملحوظة

يمكن أن يحدث الخلط بالفعل في المرحلة الزراعية. في الأساس، يوجد سببان لوجود الكائنات المعدلة وراثيًا في حصاد الزراعة غير المعدلة وراثيًا: أولاً، أن البذور قد تلوثت بالفعل أو، ثانيًا، أن النباتات في الحقل غير المعدّل وراثيًا قد تلقت حبوب اللقاح من الحقول المجاورة المعدلة وراثيًا. قد يحدث الخلط أيضًا بعد الحصاد، في أي مكان في سلسلة الإنتاج.
في عام 1997، اكتشف بيرسي شميزر أن نبات الكانولا الذي ينمو في مزرعته تم تعديله وراثيًا لمقاومة Roundup على الرغم من أنه لم يزرع بذورًا معدلة وراثيًا. كان قد اكتشف في البداية أن بعض نبات الكانولا الذي ينمو على جانب الطريق على طول أحد حقوله كان مقاومًا لمقاومته عندما كان يقتل الأعشاب الضارة على طول الطريق؛ قاده ذلك إلى رش مساحة من 3 إلى 4 فدان من حقله المجاور ونجا 60٪ من نبات الكانولا. حصد شمايزر البذرة من النباتات الباقية على قيد الحياة، المقاومة إخباريًا، وزرع البذور في عام 1998. رفعت شركة مونسانتو دعوى قضائية ضد شمايزر لانتهاك براءات الاختراع الخاصة بزراعة عام 1998. ادعى شمايزر أنه نظرًا لأن نباتات 1997 نمت من البذور التي تم تفجيرها في حقله من الحقول المجاورة، فإنه يمتلك المحصول ويحق له أن يفعل به ما يشاء، بما في ذلك حفظ البذور من حصاد عام 1997 وزرعها في عام 1998. تم رفع القضية إلى المحكمة العليا التي رفعت القضية وعقدت لصالح شركة مونسانتو بأغلبية 5-4 أصوات في أواخر مايو 2004. وقد تم الاستشهاد بالقضية أو الإشارة إليها على نطاق واسع من قبل المجتمع المناهض لشركة جنرال موتورز في سياق الخوف من مطالبة الشركة بالملكية من محصول مزارع بناءً على الوجود غير المقصود لحبوب أو بذور حبوب اللقاح المعدلة وراثيًا. "يُظهر سجل المحكمة، مع ذلك، أنه لم يكن مجرد عدد قليل من البذور من شاحنة عابرة، ولكن السيد شميزر كان يزرع محصولًا بنسبة 95-98٪ من نباتات Roundup Ready النقية، وهو مستوى تجاري من النقاء أعلى بكثير مما يتوقعه المرء من الوجود غير المقصود أو العرضي. لم يستطع القاضي تفسير كيف يمكن لبعض البذور الضالة أو حبوب اللقاح أن تهيمن على مئات الأفدنة دون مشاركة السيد شميزر النشطة، قائلاً ".. لا يمكن لأي من المصادر المقترحة أن تشرح بشكل معقول التركيز أو المدى من الكانولا Roundup Ready ذات الجودة التجارية الواضحة من نتائج الاختبارات على محصول Schmeiser "- بعبارة أخرى، كان الوجود الأصلي لبذور Monsanto على أرضه في عام 1997 غير مقصود حقًا، لكن المحصول في عام 1998 كان هادفًا تمامًا.
في عام 1999 أعلن العلماء في تايلاند اكتشفوا الغليفوسات المقاوم القمح المعدل وراثيا التي لم تتم الموافقة بعد الإفراج عنه في شحنة الحبوب من شمال غرب المحيط الهادئ من الولايات المتحدة، على الرغم من القمح المعدل وراثيا لم تتم الموافقة للبيع وكان فقط نمت من أي وقت مضى في مؤامرات الاختبار. لا أحد يستطيع أن يشرح كيف وصل القمح المعدّل وراثيًا إلى الإمدادات الغذائية.
في عام 2000، تم العثور على ذرة Aventis StarLink ، التي تمت الموافقة عليها فقط كعلف للحيوانات بسبب مخاوف من ردود الفعل التحسسية المحتملة لدى البشر، وهي تلوث منتجات الذرة في محلات السوبر ماركت والمطاعم في الولايات المتحدة. أصبحت هذه الذرة موضوعًا للتذكير على نطاق واسع، عندما تم العثور على قذائف تاكو بيل تاكو لاحتواء الذرة، مما أدى في النهاية إلى سحب أكثر من 300 منتج. كانت هذه أول عملية سحب لطعام معدّل وراثيًا. تم سحب تسجيل أصناف Starlink طواعية من قبل Aventis في أكتوبر 2000.
في عام 2005، أبلغ العلماء في مركز المملكة المتحدة للبيئة والهيدرولوجيا عن أول دليل على نقل الجينات الأفقي لمقاومة مبيدات الآفات للأعشاب الضارة، في عدد قليل من النباتات من موسم واحد. لم يجدوا أي دليل على أن أيًا من الهجينة قد نجا في المواسم اللاحقة.
في عام 2006، توقفت الصادرات الأمريكية من الأرز إلى أوروبا عندما تلوث محصول الولايات المتحدة بالأرز المحتوي على تعديل LibertyLink ، والذي لم تتم الموافقة عليه للإفراج عنه. لم يتمكن تحقيق أجرته خدمة فحص صحة الحيوان والنبات (APHIS) بوزارة الزراعة الأمريكية من تحديد سبب التلوث.
في عام 2007، فرضت وزارة الزراعة الأمريكية غرامة على سكوتس ماستر-غرو قدرها 500، 000 دولار عندما تم تعديل المواد الوراثية من الزحف البنتغراس، تم اختبار حشائش جديدة في ملعب الغولف، تم العثور عليها داخل الأقارب المقربين من نفس الجنس. (أغروستيس) وكذلك في الأعشاب الأصلية حتى 21 كم (13 مي) بعيدا عن مواقع الاختبار، التي تطلق عندما تفجر الرياح العشب المقطوع حديثا.
في عام 2009، أنشأت حكومة المكسيك مسارًا تنظيميًا للموافقة على الذرة المعدلة وراثيًا، ولكن نظرًا لأن المكسيك هي مركز تنوع الذرة، فقد أثيرت مخاوف بشأن تأثير الذرة المعدلة وراثيًا على السلالات المحلية. قدم تقرير صدر عام 2001 في مجلة Nature دليلًا على أن الذرة Bt كانت تتكاثر مع ذرة غير معدلة في المكسيك، على الرغم من أن البيانات الواردة في هذه الورقة وُصِفت لاحقًا على أنها مصدرها قطعة أثرية، وذكرت مجلة Nature أن «الأدلة المتاحة ليست كافية لتبرير نشر الورقة الأصلية». فشلت دراسة لاحقة واسعة النطاق، في عام 2005، في العثور على أي دليل على وجود تلوث في أواكساكا. ومع ذلك، ذكر مؤلفون آخرون أنهم وجدوا أيضًا أدلة على التزاوج بين الذرة الطبيعية والذرة المعدلة وراثيًا.
أظهرت دراسة نُشرت في عام 2010 من قبل علماء في جامعة أركنساس وجامعة ولاية داكوتا الشمالية وجامعة ولاية كاليفورنيا ووكالة حماية البيئة الأمريكية أن حوالي 83 بالمائة من الكانولا البرية أو العشبية التي تم اختبارها تحتوي على جينات مقاومة لمبيدات الأعشاب المعدلة وراثيًا. وفقًا للباحثين، يشير عدم وجود تقارير في الولايات المتحدة إلى وجود بروتوكولات رقابة ومراقبة غير كافية في الولايات المتحدة. قد يعني تطوير أعشاب مقاومة للغليفوسات، وهو مبيدات الأعشاب الأكثر شيوعًا، أنه يجب على المزارعين العودة إلى طرق أكثر كثافة في العمل للسيطرة على الحشائش، واستخدام مبيدات أعشاب أكثر خطورة أو حرث التربة (وبالتالي زيادة خطر التعرية). ذكر تقرير صدر عام 2010 عن الأكاديمية الوطنية للعلوم أن ظهور الأعشاب المقاومة للغليفوسات ومبيدات الأعشاب يمكن أن يتسبب في فقدان المحاصيل المعدلة وراثيًا فعاليتها ما لم يستخدم المزارعون أيضًا استراتيجيات أخرى راسخة لإدارة الحشائش. في أستراليا، انفجرت بعض عمليات زرع الكانولا الخاصة بشركة Monsanto Roundup-Ready (RR) عام 2010 عبر مزرعة عضوية مجاورة. فقدت المزرعة العضوية شهادتها العضوية ورفع المزارع العضوي دعوى ضد المزارع المعدّل وراثيًا - ولكن دون جدوى حتى الآن. وصفها المصدق بأنها «تلوث» وفي حكم 2014 وصفها القاضي بأنها «توغل» ورفضت مطالبات الإزعاج والإهمال والأضرار.
في عام 2013، تم اكتشاف قمح معدل وراثيًا مقاوم للغليفوسات ولم تتم الموافقة على إطلاقه بعد، ولكن تم الإعلان عنه أنه آمن للاستهلاك في الولايات المتحدة الأمريكية، في مزرعة في ولاية أوريغون، ينمو على شكل عشب أو «نبات تطوعي». تم إنتاج القمح من قبل شركة مونسانتو، وكان سلالة تم اختبارها ميدانيًا من 1998 إلى 2005 وكانت في عملية الموافقة التنظيمية الأمريكية قبل أن تسحبها شركة مونسانتو على أساس القلق من أن المستوردين سيتجنبون المحصول. كان آخر اختبار ميداني في ولاية أوريغون قد حدث في عام 2001. تم اختبار القمح المتطوع من حقل على بعد ميلين يملكه نفس المزارع وزُرِع بنفس البذرة ولم يثبت أنه مقاوم للغليفوسات. كانت شركة مونسانتو مسؤولة عن غرامات تصل إلى مليون دولار، إذا تم العثور على انتهاكات لقانون حماية النبات. ووفقًا لشركة مونسانتو، فقد «حيرتها» مظهرها، حيث دمرت كل المواد التي كانت بحوزتها بعد استكمال التجارب في عام 2004 ولأنهم لا يعتقدون أن البذور المتبقية في الأرض أو نقل حبوب اللقاح يمكن أن يفسر ذلك. في وقت لاحق من الشهر، أشارت شركة مونسانتو إلى أن وجود القمح كان على الأرجح عمل «تخريبي». كان من الممكن أن يهدد هذا الاكتشاف صادرات القمح الأمريكية، والتي بلغت 8.1 مليار دولار في عام 2012 ؛ الولايات المتحدة هي أكبر مصدر للقمح في العالم. ذكرت مجلة نيو ساينتست أن مجموعة متنوعة من القمح نادراً ما يتم استيرادها إلى أوروبا وتشك في أن اكتشاف القمح سيؤثر على أوروبا ، ولكن من المرجح أن يكون متجهًا إلى آسيا. نتيجة لاكتشاف السلالة غير المعتمدة ، أوقفت اليابان وكوريا الجنوبية طلبات القمح من الولايات المتحدة ، مما ترك مزارعي القمح في المجتمعات المجاورة غير قادرين على تحديد ما يزرعونه الموسم المقبل. كان المحصول الذي ينمو عند اكتشاف القمح المعدل وراثيًا قد تم بيعه أو تأمينه بالفعل. في 14 يونيو 2013، أعلنت وزارة الزراعة الأمريكية: «اعتبارًا من اليوم ، لم تعثر وزارة الزراعة الأمريكية أو تُبلغ بأي شيء يشير إلى أن هذا الحادث يرقى إلى أكثر من حادثة واحدة معزولة في حقل واحد في مزرعة واحدة. جميع المعلومات التي تم جمعها حتى الآن لا يظهر أي مؤشر على وجود القمح المعدّل وراثيًا في التجارة». اعتبارًا من 30 أغسطس ، بينما ظل مصدر القمح المعدل وراثيًا غير معروف ، استأنفت اليابان وكوريا الجنوبية وتايوان جميع الطلبات ، واستؤنفت سوق التصدير. قال مفوض القمح في ولاية أوريغون ، بليك رو ، إن «التأثير الاقتصادي العام كان ضئيلاً».