العلاقات التبتية المينغية
التحالف المنغولي التبتي > الحرب الأهلية وغزو غوشي خان

في عام 1565، تمت الإطاحة بأمراء رينبونغ الأقوياء من قِبَل أحد وزرائهم وهو كارما تسيتين الذي وصف نفسه بأنه تسانغبا أي «أحد سلالة تسانغ»، وأسس قاعدته في شيغاتسي. الخليفة الثاني لملك تسانغ الأول وهو كارما فونتسوك نامجيال قام بالسيطرة على كامل التبت الوسطى (يو-تسانغ)، وحكم من 1611 إلى 1621.
على الرغم من ذلك، لا يزال قادة لاسا يزعمون ولائهم لسلالة فاغموردو وكذلك للجيلوغ، في حين تحالفن اليو تسانغ مع كارمابا. وتصاعدت التوترات بين الحاكم القومي لليو تسانغ -والمغول الذين حموا الدالاي لاما المغولي في لاسا. رفض الدالاي لاما الرابع إعطاء تابعين لملك يو تسانغ، مما أثار صراعًا عندما بدأ الأخير في الاعتداء على أديرة جيلوغ.
يكتب تشين عن التكهنات حول وفاة الدالاي لاما الرابعة الغامضة، ومؤامرة ملك يو تسانغ لقتله بتهمة «القاء لعنة» المرض عليه، على الرغم من ذلك، بحسب تشين، فإن القتل كان على الأرجح نتيجة للصراع على السلطة الإقطاعية. وفي عام 1618، أي بعد عامين فقط من وفاة يونتين جياتسو، اندلعت الحرب بينالجيلوغ والكارما كارغيو التي كانت مدعومة من قِبَل ملك يو تسانغ العلماني.
قتل حاكم يو تسانغ عددًا كبيرًا من كهنة جيلوغبا، واحتل أديرتهم في دريبانغ وسيرا ومنع بالقانة أي محاولات لايجاد دالاي لاما اخر. وفي عام 1621، توفي ملك يو تسانغ تبعه بالحكم ابنه الصغير كارما تينكيونغ، وهو حدث أعاق المجهود الحربي حيث وافق الأخير على أن يصبح لوزانغ جياتسو البالغ من العمر ست سنوات هو الدالاي لاما الجديد. على الرغم من الجهود الدبلوماسية التي بذلها الدالاي لاما الجديد للحفاظ على علاقات ودية مع حاكم يو تسانغ الجديد سونام رابتن (الذي حكم بين 1595–1657)، قام كبير أمناء الدالاي لاما وأمين الصندوق في دريبانغ ببذل جهودهم للإطاحة بملك يو تسانغ مما أدى إلى صراع آخر.
في عام 1633 هزم الجيلوغبا وعدة آلاف من أتباع المغول قوات ملك يو تسانغ بالقرب من لاسا قبل تسوية المفاوضات السلمية حيث كتب غولدشتاين أنه في هذا الأمر «كان المغول يلعبون مرة أخرى دورًا مهمًا في شؤون التبت، وهذه المرة بصفتهم الذراع العسكري للدالاي لاما.»
عندما هدد حليف لحاكم تسانغ بتدمير جيلوجباس مرة أخرى، التمس الدالاي الخامس لاما لوزانغ جياتسو المساعدة من الأمير المغولي جوشي خان (1582-1655)، وهو زعيم قبيلة خوشوت (قوشوت) من مغول أويرات والذي كان في رحلة حج إلى لاسا. قبل جوشي خان دوره كحامي ومن الفترة بين 1637-1640، لم يهزم فحسب أعداء جيلوجباس في منطقتي امدو وخام بل وأعاد توطين قبيلته بالكامل في امدو. حث سونام تشوبل غوشي خان على مهاجمة قاعدة شيغاتسي ملك تسانغ، وهو الأمر الذي وافق عليه غوشي خان وحشد مساعدة رهبان جيلوج وأنصاره. في عام 1642، وبعد حصار شيغاتسي لمدة عام استسلمت قوات تسانغ ثم قبض غوشي خان على كارما تينكيونغ حاكم تسانغ وملك التبت وأعدمه بإجراءات موجزة.
بعد فترة وجيزة من الانتصار في تسانغ، نظم غوشي خان مراسم استقبال لوزانغ جياتسو بمجرد وصوله من رحلة يوم كامل من شيغاتسي، مقدمًا احتلاله للتبت كهدية للدالاي لاما. وفي احتفال ثان أقيم داخل القاعة الرئيسية لقلعة شيغاتسي، تَوَّجَ غوشي خان الدالاي لاما كحاكم للتبت لكنه منح السلطة الحاكمة الفعلية إلى الوصي على العرش سونام تشوبل. فعلى الرغم من أن غوشي خان قد منح الدالاي لاما «السلطة العليا» كما يكتب غولدشتاين إلا أن لقب «ملك التبت» قد تم منحه لغوشي خان حيث كان يقضى الصيف في المراعي شمال لاسا، وديقطن لاسا كل شتاء. يكتب فان براغ أنه في هذه المرحلة كان غوشي خان يسيطر على القوات المسلحة إلا أنه قبل تدني منزلته مقابل الدالاي لاما. وكتبت راوسكي أن الدالاي لاما تقاسم السلطة مع الوصي على العرش وغوشي خان خلال فترة حكمه المبكرة العلمانية والدينية. ومع ذلك، كما تذكر راوسكي، أنه في نهاية المطاف «قام بتوسعة سلطته الخاصة من خلال تقديم نفسه كأفالوكيتشفارا وأداء الطقوس»، من خلال بناء قصر بوتالا وغيرها من الأبنية على المواقع الدينية التقليدية ومن خلال التأكيد على تناسخ الأرواح عبر السير الذاتية المكتوبة. يذكر غولدشتاين أن حكومة غوشي خان والدالاي لاما اضطهدوا طائفة كارما كاجيو وصادروا ثرواتهم وممتلكاتهم وحتى أنهم حولوا أديرتهم إلى أديرة جيلوغ وكتبت راوسكي أن هذا الرعاية المغولية سمحت للجيلوجباس بالسيطرة على الطوائف الدينية المتنافسة في التبت.
وفي هذه الأثناء، سقطت سلالة مينغ الصينية أمام تمرد  لي تسي تشنغ  (1606-1645) في عام 1644، ومع ذلك تم سحق سلالة شون الخاصة به التي لم تعش طويلا بسبب غزو مانشو وجنرال الهان الصيني ووسانغي (1612-1678). ذكرت صحيفة تشاينا ديلي أنه عندما قامت سلالة تشينغ باستبدال سلالة مينغ، كانت مجرد «تعزيز لحكم التبت». ومع ذلك، يذكر كولماس أن الدالاي لاما كان شديد الانتباه لما يجري في الصين وقام بقبول دعوة مانشو في عام 1640، لإرسال مبعوثين إلى عاصمتهم في موكدين في عام 1642 قبل انهيار سلالة مينغ. كتب داوا نوربو وويليام روكهيل وجورج ن. باترسون أنه عندما دعا الإمبراطور شونزي (الذي حكم 1644-1661)، وهو من سلالة تشينغ، الدالاي لاما لوزانغ جياتسو الخامس إلى بكين عام 1652 قام شونزي بالتعامل مع الدالاي لاما كحاكم مستقل للتبت. وقد كتب باترسون أن هذا كان محاولة من شونزي لتأمين تحالف مع التبت من شأنه أن يؤدي في النهاية إلى إنشاء حكم مانشوعلى منغوليا وفي هذا الاجتماع مع إمبراطور تشينغ، يؤكد غولدشتاين أن الدالاي لاما لم يكن شخصًا يمكن العبث معه بسبب تحالفه مع القبائل المنغولية التي أعلن بعضها عن عداءه لتشينغ. ويذكر فان براغ أن التبت وسلطة الدالاي لاما معترف بها من قِبَل «إمبراطور مانشو والخان والأمراء المنغوليين وحكام لداخ ونيبال والهند وبوتان وسيكيم.»
عندما حاول مغول زنغهار توسعة أراضيهم من ما هو الآن شينجيانغ وصولا الى التبت، استجاب إمبراطور كانغشي (الذي حكم من 1661-1722) لمناشدات التيبيتيين للمساعدة من خلال بعثته الخاصة إلى التبت واحتلال لاسا في 1720. وبحلول 1751 خلال عهد حكم الإمبراطور تشيان لونغ (الذي حكم من 1735-1796)، تم إنشاء موقع عسكري تحت  الحماية الدائمة لسلالة تشينغ في التبت. أما بالنسبة لعام 1751 فقد كتب ألبرت كولب أن «ادعاء الصين بالسيادة على التبت يعود إلى هذا الوقت.»