راتكو ملاديتش
دوره في حروب يوغوسلافيا

المقالات الرئيسة: حرب الاستقلال الكرواتية حرب البوسنة والهرسك الإبادة في البوسنة والهرسك
في يونيو 1991 تمت ترقية ملاديتش إلى نائب قائد فيلق بريشتينا في مقاطعة كوسوفو المتمتعة بالحكم الذاتي الاشتراكي في وقت يشهد توتر شديد بين صرب كوسوفو وأغلبية سكان كوسوفو من الألبان. في ذلك العام تسلم ملاديتش قيادة الفيلق التاسع وقاد هذا التشكيل ضد القوات الكرواتية في كنين عاصمة جمهورية كرايينا الصربية المعلنة من جانب واحد.
في 4 أكتوبر 1991 رقي إلى رتبة لواء. شاركت قوات جيش يوغوسلافيا الشعبي تحت قيادته في الحرب الكرواتية ولا سيما خلال عملية الساحل 91 في محاولة لعزل دالماتيا عن بقية كرواتيا مما أدى إلى طريق مسدود (الكروات سيطروا على الساحل بأكمله بالقرب من زادار وشيبينيك وكرايينا الصربية وسعت أراضيها في المناطق النائية). من بين العمليات المبكرة الأخرى ساعد ملاديتش ميليشيا ميلان مارتيتش في عام 1991 حصار كييفو ومعركة زادار.
في 24 أبريل 1992 تمت ترقية ملاديتش إلى رتبة مقدم. في 2 مايو 1992 بعد شهر واحد من إعلان استقلال البوسنة والهرسك حاصر ملاديتش وجنرالاته مدينة سراييفو وأغلقوا جميع حركة المرور داخل وخارج المدينة وكذلك المياه والكهرباء. بدأ هذا حصار سراييفو الذي دام أربع سنوات وهو أطول حصار لمدينة في تاريخ الحرب الحديثة. وقصفت المدينة بالقذائف ونيران القناصة. في 9 مايو 1992 تولى منصب رئيس الأركان / نائب قائد القيادة الثانية للمنطقة العسكرية لجيش يوغوسلافيا الشعبي في سراييفو. في اليوم التالي تولى ملاديتش قيادة المنطقة العسكرية الثانية لجيش يوغوسلافيا الشعبي. في 12 مايو 1992 ردا على انفصال البوسنة والهرسك عن يوغوسلافيا صوت برلمان صرب البوسنة والهرسك لإنشاء جيش جمهورية صرب البوسنة. وفي الوقت نفسه تم تعيين ملاديتش قائد لهيئة الأركان الرئيسية لجيش جمهورية صرب البوسنة وهو المنصب الذي شغله حتى ديسمبر 1996. وخلال الدورة السادسة عشرة لجمعية صرب البوسنة والهرسك في 12 مايو 1992 أعلن رادوفان كاراديتش «أهدافه الاستراتيجية الستة» بما في ذلك «ترسيم حدود الدولة منفصلة عن الطائفتين القوميتين الأخريين» و«ممر بين سيمبريا وكرايينا» و«إنشاء ممر في وادي نهر درينا واستئصال نهر درينا كحدود بين الولايات الصربية». ثم قال ملاديتش:
«هناك لا يمكننا التطهير ولا يمكن أن يكون لدينا غربال للغربلة بحيث يبقى الصرب فقط أو يسقط الصرب ويغادر الباقون. حسنا هذا لن يحدث ولا أعرف كيف سيشرح السيد كراجيشنيك والسيد كاراديتش هذا للعالم. أيها الناس سيكون ذلك إبادة جماعية. علينا أن ندعو أي رجل أحن جبهته إلى الأرض ليحتضن هذه المناطق وأراضي الدولة التي نخطط لها.»
في مايو 1992 بعد انسحاب قوات جيش يوغوسلافيا الشعبي من البوسنة والهرسك أصبحت المنطقة العسكرية الثانية لجيش يوغوسلافيا الشعبي نواة لهيئة الأركان الرئيسية لجيش جمهورية صرب البوسنة. في 24 يونيو 1994 تمت ترقيته إلى رتبة عقيد لأكثر من 80.000 جندي متمركزين في المنطقة.
في يوليو 1995 اجتاحت القوات بقيادة ملاديتش التي تعرضت لضربات جوية لحلف شمال الأطلسي بهدف فرض الامتثال لإنذار الأمم المتحدة بإزالة الأسلحة الثقيلة من منطقة سراييفو واحتلت «المناطق الآمنة» التابعة للأمم المتحدة في سريبرينيتشا وسيبا. في سريبرينيتشا تم طرد أكثر من 40.000 بوسني كانوا قد بحثوا عن الأمان هناك. قُتل ما يقدر بنحو 8300 بأمر من ملاديتش. في 4 أغسطس 1995 مع قوة عسكرية كرواتية ضخمة تستعد لمهاجمة المنطقة التي يسيطر عليها الصرب في وسط كرواتيا أعلن رادوفان كاراديتش عزل ملاديتش من منصبه ويتولى بنفسه القيادة الشخصية لجيش جمهورية صرب البوسنة. ألقى كاراديتش باللوم على ملاديتش في خسارة مدينتين صربيتين رئيسيتين في غرب البوسنة والهرسك اللتين سقطتا مؤخرا في أيدي الجيش الكرواتي واستخدم خسارة المدن كذريعة للإعلان عن تغييراته المفاجئة في هيكل القيادة. تم تخفيض رتبة ملاديتش إلى رتبة «مستشار». رفض الرحيل بهدوء مدعيا دعم كل من جيش صرب البوسنة والهرسك وكذلك الشعب. ورد كاراديتش بشجب ملاديتش باعتباره «مجنون» ومحاولة إزالة رتبته السياسية لكن الدعم الشعبي الواضح لملاديتش أجبر كاراديتش على إلغاء الأمر في 11 أغسطس. أدت أفعاله خلال الحرب إلى أن أطلق عليه الكثيرون لقب «جزار البوسنة والهرسك».
تم تسجيل العديد من محادثات ملاديتش خلال الحرب:
«في محادثة تم اعتراضها في 23 مايو 1992 قال ملاديتش لفكرت عبديتش إنه "هنا من أجل السلام" لكنه هدد بشن هجمات انتقامية إذا لم يتم تلبية مطالبه وذكر أنه "سيأمر بقصف بيهاتش بأكملها [...] وسيحرقها أيضا". حذر ملاديتش عبديتش من أن "البوسنة والهرسك بأكملها سوف تحترق إذا بدأ في"التحدث". ثم هدد ملاديتش بأن القيادة البوسنية بما في ذلك عبديتش تسببت في "كل هذا" وذكر أنه إذا لم يتم تلبية مطالبه لعبديتش فإنه "لن يترك سراييفو بمفردها طالما أن أي شخص يتنفس فيها" ... قال ملاديتش "لذلك ذهبنا ببطء لالتقاط هذه الوديان وتنظيف تلك الأنقاض التركية". وأضاف ملاديتش أنه كان يخشى أن يسمح "الرجال من الأسفل" للاجئين - الذين وصفهم ب"الأتراك" والكروات - بالعودة مشيرا إلى أن هذا هو السبب في أنهم "يجب أن يروا ما يتعين علينا القيام به وكيفية القيام بذلك". في محادثة أخرى مسجلة بين ملاديتش وكاراديتش في نفس اليوم ذكر ملاديتش أنه قال في وقت سابق للبروفيسور كوليفيتش "اللعنة على الأتراك في سيبا وفي سريبرينيتشا وفي غورايد".»–المحكمة الجنائية الدولية ليوغوسلافيا السابقة في حكمها ضد ملاديتش.
في 8 نوفمبر 1996 قامت بيليانا بلافسيك رئيس جمهورية صرب البوسنة بإقالة ملاديتش من منصبه. واستمر في الحصول على معاش حتى نوفمبر 2005.