علم الجينوم المقارن
التاريخ

علم الجينوم المقارن هو كان األصل في المقارنة بين جينومات الفيروسات في أوائل الثمانينات. ]8 ]على سبيل المثال، تمت مقارنة فيروسات الحمض النووي الريبي الصغيرة التي تصيب الحيوانات)اسم الفيروس العلمي: فيروسه بيكورناوية (picornaviruses))وتلك التي تصيب النباتات)اسم الفيروس العلمي: فيروس فسيفساء اللوبيا) cowpea virus mosaic))واتضح أنها تشترك في تشابه تسلسل مهم وكبير وفي ترتيب جيناتها جزئيًا. ]10 ]في عام 1986، نُشرت أول دراسة لعلم الجينوم المقارن على نطاق أوسع، قارنت جينومات فيروس)الحماق-فيروسي)-varicella virus zoster))و فيروس)داء إبشتاين-بار)virus Barr-Epstein))الذي احتوى على أكثر من 100 جين لكل منهما. ]11]
تم نشر أول تسلسل كامل لجينوم كائن حيوي، وهو) سلسلة المستدمية النزلية)Rd influenzae Haemophilus،)) في عام 1995[ .12 ]الورقة الثانية لتسلسل الجينوم كانت عن البكتيريا الطفيلية الصغيرة)الميكوبالزما التناسلية ًء من هذه الورقة، أصبحت التقارير عن) genitalium Mycoplasma))و التي نشرت في نفس العام. ]13 ]ابتدا الجينومات الجديدة حتما دراسات لعلم الجينوم المقارن. ]8]
تم تطوير أول نظام مقارنة عالي الدقة لكامل الجينوم في عام 1998 بواسطة آرت دلشر وسيمون كاسيف وستيفن سالزبرغ)أسماء علماء (وطبق هذا النظام على مقارنة الكائنات الحية المجهرية شديدة الرتباط بكاملها مع المشاركين معها في معهد البحوث الجينية)TIGR .)يُطلق على النظام اسم) MUMMER)وقد تم وصفه في منشور في أبحاث األحماض النووية في عام 1999 .ويساعد النظام الباحثين على تحديد عمليات إعادة الترتيب الكبيرة، والطفرات ذات القاعدة الواحدة)أي التي تؤثر على نيوكليوتيد ضمن التسلسل الجيني (، وا النعكاسات، وزيادة التكرارات جنبا إلى جنب وغيرها من األشكال. في البكتيريا، يُمّكن) MUMMER) من تحديد األشكال المتعددة المسؤولة عن مقدار حدة الفيروس والتسبب في المرض والمقاومة للمضاد الحيوي. تم تطبيق النظام أي ًضا على مشروع الحد األدنى من الكائنات الحية في)TIGR)وبعد ذلك على العديد من مشاريع الجينوم المقارن
كانت خميرة)cerevisiae saccharomyces:فطريات الخميرة(، خميرة الخباز، كانت أول حقيقيات النواة التي نشرت تسلسل الجينوم الكامل في عام 1996[ .14 ]بعد نشر جينوم الدودة) elegans Caenorhabditis: أحد أنوع الديدان األسطوانية (في عام 1998[ 15 ]جنبًا إلى جنب مع جينوم ذبابة الفاكهة)melanogaster Drosophila)في عام 2000[ ، 16 ]نشر جيرالد إم. روبين وفريقه ورقة بعنوان «علم الجينوم المقارن لحقيقيات النوى»، والتي قاموا فيها بمقارنة جينومات حقيقيات النوى ك) melanogaster. D ،elegans. C ، و cerevisiae. S ،) وكذلك بدائية النوى. ك)influenzae. H[ .)17]في الوقت نفسه، نشر بوني بيرجر وإريك الندر وفريقهم ورقة حول المقارنة بين الجينوم الكامل لإلنسان والفأر]18]
مع نشر الجينومات الكبيرة للفقاريات في العقد األول من القرن العشرين، بما في ذلك اإلنسان، تم إصدار)اسم الصدار بناء على الكائنات التي تمت المقارنة بين جينومات كل منها:()Japanese, rubripes Takifugu pufferfish mouse and ،)وتم إصدار نتائج مسبقة لمقارنات الجينوم الكبيرة لتنزيلها أو لتصورها في متصفح الجينوم. بدالً من إجراء تحليالتهم الخاصة، يمكن لمعظم علماء األحياء الوصول إلى هذه المقارنات بين األنواع الكبيرة وتجنب الالعملية)أي عدم القابلية للتنفيذ بسهولة (الناجمة عن حجم الجينومات. ]19]
نظريات تسلسل الصدار\الجيل التالي، والتي تم تقديمها ألول مرة في عام 2007، أنتجت كمية هائلة من البيانات الجينومية وسمحت للباحثين النشاء سالسل متعددة)بدائية النواة (للجينوم في وقت واحد. يمكن لهذه الطرق أي ًضا أن تكشف بسرعة عن األشكال المتعددة للنكليوتيدات واإلضافات والحذف عن طريق تعيين قراءات غير معروفة)مبهمة (في مقابل الجينوم المرجعي)المعروف (المشروح جيدًا، وبالتالي توفر قائمة با الختالفات الجينية المحتملة التي قد تكون األساس ألي تباين وظيفي بين السالالت. ]9]