ميجا مان محارب النت
القصة > المانجا

تدور المانجا في ستة خطوط مختلفة للقصة، كل منها مقتبسة بشكل فضفاض من عناصر الألعاب التي أنتجت من شركة كابكوم . تتبع القصة الأولى لان وميجا مان وهما يقاتلان العالم الثالث في شكل شرير الأسبوع . بعد سلسلة من الهجمات التي شنتها العالم الثالث، طور لان وميجامان قدرة نادرة وهي التوافق الكامل - وهي حالة يندمج فيها عقل المشغل و مقاتل النت معًا مما يسمح بردود أفعال أسرع على حساب أي ضرر على مقاتل النت يتم إلحاقه أيضًا بالمشغل. بفضل هذا، حصل على ترخيص Net-Battler وتم توظيفه رسميًا من قبل الشرطة للمساعدة في هزيمة العالم الثالث. في النهاية، يبدأ زعيم العالم الثالث، الدكتور ويلي، هجومًا ضخمًا على إلكترونيات العالم ويعتزم استخدام اختراعه، فيروس الحياة، للسيطرة على الأقمار الصناعية في الفضاء لتدمير الأرض. تمكن لان وميجا مان من العثور على ثغرة وهزيمة فيروس الحياة مع ميجا مان الذي تم تفجيره طوال الطريق إلى شبكة الإنترنت تحت الأرض، Undernet.
في القصة الثانية، يقاتل لان وميجامان بقايا العالم الثالث، فقط ليتم مهاجمتهم فجأة من قبل أقوى نافي في Undernet، "الظل الأسود" باس. لقد هُزموا بسرعة، لكنهم وعدوا بعضهم البعض بتحسين مهاراتهم من أجل مباراة العودة في النهاية. يدخل كلاهما قريبًا هرمًا قديمًا ويواجهان فرعون ، وهو مقاتل نت قادم من حضارة قديمة يمنحهما قوة Hub-Style عند حذفه. لقد جذبت قوة ميجامان الجديدة انتباه المنظمة الإجرامية Grave، التي تهدف إلى سرقة قوة ميجامان باستخدام كائن Multibug Organism، Gospel. انضم باس إلى القتال وبدأ مباراة العودة التي طال انتظارها، حيث خرج ميجامان منتصرًا.
بعد تدمير غراف، اقترب مدرب مشهور في حرب الشبكات، السيد فيموس، من لان وميجامان، وحذرهما من وجود أعداء جدد في هيئة قوة مظلمة يقودها الرباعي الشرير الذي جعل هاب ستايل عديم الفائدة. سرعان ما تحيط القوة المظلمة بالمدينة، مما يتسبب في ظهور مقاتلي النت بداخلها في العالم الحقيقي. قام السيد المشهور بتجميع مقاتلي الشبكة ذوي الخبرة لمحاربة التهديد، ولكن تم هزيمتهم جميعًا باستثناء لان وميجا مان، وأصدقائهما، تشاد و ممتاز الذين اكتسبوا قوة جديدة تسمى أسلوب موراماسا من ملك أندرنت، سيريناد. معًا، يهزمون الرباعي الشرير، الذي جمع الظلام لإحياء باس باعتباره نافي الظلام. بدأ باس هجومه على العالم البشري، واستوعب سيريناد في هذه العملية. باستخدام البرنامج الجديد الذي تركه Serenade، Double Soul، اكتسب ميجا مان شكلًا جديدًا، Proto Soul، من خلال امتصاص 99% من قوة ممتاز وهزم Bass. ومع ذلك، بعد هزيمة باس، كشف اثنان من Dark Navis، LaserMan و MegaMan DS (Dark Soul)، عن أنفسهم باعتبارهم Darkloids، المجهزين الحقيقيين لـ Dark Navis.
تتراجع القبة المظلمة ويعود أفراد مقاتلي النت إلى أجهزة البي إي تي خاصتهم وشبكة الرقمية . بمساعدة Net Navi من Schaero وSearchMan وBubbleMan، تمكنوا من العثور على الثقب الأسود الذي استخدمه Darkloids لدخول عالمهم. استخدم ميجامان ولان أسلوب Hub Style لدخول الثقب الأسود ومواجهتهما بواسطة ميجامان دي إس الذي جعل شيدمان يفصل بين وعي ميجامان ولان، وأصاب لان بجروح بالغة ليجعل ميجامان يستسلم لكراهيته، مما عزز قوة ميجامان دي إس وسمح له بامتصاص باس تمامًا. قام ممتاز وSearchMan بملاحقة ميغامان ، وبفضل جهودهما المشتركة بالإضافة إلى تمرد Bass من داخل MegaMan DS، تمكنا أخيرًا من هزيمة MegaMan DS وLaserMan. وصل جيش Netopia بقيادة العقيد NetNavi بعد فترة وجيزة وقام بتدمير ما تبقى من Dark Loids وأغلق البوابة إلى Dark Cybernet. بعد أيام، تلقى جيش نيتوبيا الأمر بسجن ميجامان خوفًا من احتمالية وجود روح مزدوجة بينه وبين باس مما قد يؤدي إلى تدمير العالم، مما يجبر ميجامان على الهروب.
تبع لان ميجامان إلى نيتوبيا بمساعدة شود واكتشف أن جيش نيتوبيا قد تم اختراقه من قبل داركلويدس. بعد أن أثبت أنه جدير بالثقة، سمح العقيد ومشغله باريل لميجامان ولان بالانضمام إلى قضيتهم لهزيمة داركلويدس بقيادة ريجال. ردًا على ذلك، أطلق ريجال البرنامج المظلم Nebula Gray الذي يهدد بامتصاص Cybernet. يحاول جيش Netopia غزو خادم Regal ولكن يتم القضاء عليهم بواسطة Nebula Gray باستثناء العقيد. منجذبًا بقوة نيبيولا جراي المظلمة، انضم باس أيضًا إلى القتال، وتبعه قريبًا ميجامان، وبروتومان، وتوماهوكمان، وجيرومان. تم هزيمة الجميع ما عدا ميجامان وباس وكولونيل، لذلك لم يبق أمام ميجامان أي خيار سوى دمج نفسه مع باس، ليصبح باس كروس ميجامان. بينما تغلبوا على نيبيولا جراي، استعاد البرنامج المظلم نفسه من خلال امتصاص قوة باس. وجد ميجامان قوة جديدة تسمى Beast Out واستخدمها للقضاء على Nebula Gray أخيرًا.
في بعض الأحيان بعد المعركة ضد Nebula Gray، تم الاقتراب من MegaMan بواسطة NetNavi يدعى Iris. جمعت NetNavis القوية المحتملة وطلبت منهم القتال ضد بعضهم البعض والفائز سيحصل على البرنامج النهائي القادر على إعادة ختم Cybeast Gregar، أصل قوة MegaMan's Beast Out. بينما يتقاتل NetNavis مع بعضهم البعض لاستعادة Navi Mark الخاص بالخاسر، ظهر Cybeast Falzer آخر واستهدفه. حصل ميجامان على علامات نافي من أصدقائه، لكنه كان لا يزال غير قادر على هزيمة فالزر. ظهر باس وامتص قوة فالزر، لكن غريغار وفالزر اندمجا مع بعضهما البعض في سوبر سايبيست غريزار لاستبدال القوة التي فقدوها. يؤدي اندماجهم إلى تحويل الواقع إلى بيانات وامتصاصها، ولا يتبقى سوى ميجا مان وباس لمحاربة سايبيست. في النهاية، تمكن ميجا مان باستخدام قوته الخارقة من تدمير قلب سايبيست، ويبدو أنه تم حذفه في الانفجار، مما ترك لان في حالة من الذهول. بعد مرور عام، تم إعادة فتح شبكة الرقمية وعاد ميغامان ، حيث اجتمع بسعادة مع لان .