الخسائر المدنية وعمليات النزوح أثناء النزاع القبرصي
1974: الانقلاب والغزو التركي

لمعلوماتٍ أكثر: الغزو التركي لقبرص المستوطنون الأتراك في شمال قبرص
مع انقلاب 21 أبريل 1967، دخلت اليونان فترة حكم المجلس العسكري.
في 15 يوليو 1974، أطاح الحرس الوطني القبرصي اليوناني بحكومة جمهورية قبرص بأوامر من المجلس العسكري اليوناني. عين المجلس العسكري اليوناني أحد المحاربين القدامى في المنظمة الوطنية للمقاتلين القبارصة وعضو البرلمان القبرصي، نيكوس سامبسون كرئيس جديد. فشلت محاولة اغتيال الرئيس مكاريوس، وهرب من قبرص بمساعدة الجيش البريطاني.
في 20 يوليو 1974، رداً على الانقلاب، هبطت القوات التركية بالقرب من غرنة، وفتحت ممرًا ضيقًا إلى نيقوسيا في غضون يومين، حتى تم التفاوض على وقف إطلاق النار في 22 يوليو. في اليوم الثاني من الغزو التركي لقبرص، انهار المجلس العسكري اليوناني. عاد كرامنليس من باريس وشكل حكومته المدنية. في قبرص، استقال نيكوس سامبسون وتولى غلافكوس كليريدس الرئاسة كرئيس بالإنابة، وفقًا لدستور عام 1960.
في أغسطس من نفس العام، بعد ما يقرب من شهر الانقلاب، اجتمع ممثلو الطائفتين في جنيف. طالب القبارصة الأتراك بقيادة رؤوف دنكطاش بدولة اتحادية مع التنازل عن 34٪ من الأراضي للقبارصة الأتراك. طلب غلافكوس كليريدس- ممثل القبارصة اليونانيين - مهلة من 36 إلى 48 ساعة للتشاور. أثناء المحادثات، شنت القوات التركية غزوا ثانيا على قبرص. عندما تم إعلان وقف إطلاق النار، كانت القوات التركية قد احتلت أكثر من 36٪ من الأراضي. لا يزال خط وقف إطلاق النار لعام 1974 يفصل بين المجتمعين ويشار إليه عمومًا بالخط الأخضر (أو "خط أتيلا")، ويمر أيضًا عبر نيقوسيا، مما يجعلها العاصمة الوحيدة المقسمة في العالم.
نفذ الجيش التركي والجانب اليوناني سياسات تطهير عرقي في المناطق التي كانت تحت سيطرتهما.   أدانت اللجنة الأوروبية لحقوق الإنسان تركيا بتهمة تهجير الأشخاص، والحرمان من الحرية، وسوء المعاملة، والحرمان من الحياة، والحرمان من الممتلكات.
في عام 1976 ومرة أخرى في عام 1983، وجدت المفوضية الأوروبية لحقوق الإنسان أن تركيا مذنبة بارتكاب انتهاكات متكررة للاتفاقية الأوروبية لحقوق الإنسان. أدينت تركيا لمنع عودة اللاجئين القبارصة اليونانيين إلى ممتلكاتهم.  تنص تقارير المفوضية الأوروبية لحقوق الإنسان لعامي 1976 و1983 على ما يلي:
«وبعد أن وجدت انتهاكات لعدد من مواد الاتفاقية، تشير اللجنة أن الأفعال التي تنتهك الاتفاقية كانت موجهة حصريًا ضد أفراد إحدى الطائفتين في قبرص، وهما الطائفة القبرصية اليونانية. ويخلص بأغلبية 11 صوتًا مقابل ثلاثة أن تركيا فشلت بالتالي في تأمين الحقوق والحريات المنصوص عليها في هذه المواد دون تمييز على أساس الأصل العرقي أو العرق أو الدين كما هو مطلوب بموجب المادة 14 من الاتفاقية.»
تعرض القبارصة اليونانيون المحاصرون في شبه جزيرة كارباس في عام 1975 لانتهاكات من قبل الأتراك حتى أنه بحلول عام 2001 عندما وجدت المحكمة الأوروبية لحقوق الإنسان أن تركيا مذنبة بانتهاك 14 مادة من الاتفاقية الأوروبية لحقوق الإنسان في حكمها (رقم 25781/94)، بقي أقل من 600 من السكان. وفي نفس الحكم، أُدينت تركيا بانتهاك حقوق القبارصة الأتراك بالسماح بمحاكمة المدنيين أمام محكمة عسكرية.
قبلت اللجنة الأوروبية لحقوق الإنسان بأغلبية 12 صوتًا مقابل صوت واحد، أدلة من جمهورية قبرص تتعلق باغتصاب العديد من النساء اليونانيات من قبل الجنود الأتراك وتعذيب العديد من السجناء القبارصة اليونانيين أثناء غزو الجزيرة.  أدى ارتفاع معدل الاغتصاب إلى الإذن المؤقت بالإجهاض في قبرص من قبل الكنيسة الأرثوذكسية القبرصية المحافظة.   وبحسب بول سانت كاسيا، فقد استُخدم الاغتصاب بشكل منهجي "لتخفيف" المقاومة وتطهير المناطق المدنية من خلال الخوف. كان يُنظر إلى العديد من الفظائع على أنها انتقام من الفظائع التي ارتكبت ضد القبارصة الأتراك في 1963-1964 والمجازر التي حدثت أثناء الغزو الأول.  كانت هناك حالات اغتصاب، شملت اغتصابًا جماعيًا، لمراهقات من قبل جنود أتراك وقبارصة أتراك في شبه الجزيرة. كانت النساء المغتصبات في بعض الأحيان منبوذات من المجتمع.  ارتكب مقاتلو منظمة إيوكا-ب من القبارصة اليونانيين مذبحة في قرية توشني، حيث تم العثور على جميع الرجال الذين تتراوح أعمارهم بين 13 و 74 عامًا مقتولين رميا بالرصاص (مذبحة توشني).  وبالمثل، تم استخراج مقابر جماعية أخرى في قرى ألوا، وساندالاريس، وماراتا، تحتوي على 126 قتيلاً من المدنيين، بينهم نساء وأطفال (مذبحة مارثا وسانتالاريس وأودا).