أطلس البروتين البشري
اثنا عشر قسما

يتكون أطلس البروتين البشري من اثني عشر قسمًا:
يركز قسم الأنسجة  في أطلس البروتين البشري على ملامح التعبير في الأنسجة البشرية للجينات على مستوى الرنا المرسال ومستوى البروتين. يتم اشتقاق بيانات التعبير البروتيني من 44 نوعًا طبيعيًا من الأنسجة البشرية من التنميط البروتيني القائم على الأجسام المضادة باستخدام الكيمياء الهيستولوجية المناعية . تتوفر جميع الصور الأساسية للأنسجة الطبيعية الملونة بالكيمياء المناعية جنبًا إلى جنب مع التعليق التوضيحي القائم على المعرفة لمستويات التعبير البروتيني.
يوفر قسم الدماغ  تحديدًا مكانيًا شاملاً للدماغ ، بما في ذلك نظرة عامة على تعبير البروتين في دماغ الثدييات بناءً على تكامل البيانات من الإنسان والخنزير والفأر. تتوفر بيانات النسخ جنبًا إلى جنب مع البروتين القائم على التقارب في الموقع وصولاً إلى تفاصيل الخلية المفردة في هذا الأطلس الفرعي المعتني بالدماغ لأطلس البروتين البشري. البيانات المقدمة تتعلق بالجينات البشرية وأخصائيي تقويم الأسنان الفرديين في الخنزير والفأر. توفر صفحات ملخص الجينات مشهد التعبير الهرمي من 13 منطقة رئيسية من الدماغ إلى نوى فردية وحقول فرعية لكل جين ترميز بروتين. بالنسبة للبروتينات المحددة ، تتوفر صور عالية المحتوى لاستكشاف توزيع البروتين الخلوي وشبه الخلوي. بالإضافة إلى ذلك ، يحتوي قسم الدماغ على قوائم الجينات ذات التعبير المرتفع في منطقة أو مجموعة من المناطق لمساعدة المستخدم على تحديد ملامح تعبير البروتين الفريدة المرتبطة بعلم وظائف الأعضاء والوظيفة.
يحتوي قسم نوع الخلية المفردة  على معلومات تستند إلى بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادية الخلية (scRNAseq) من 25 نسيجًا بشريًا وخلايا أحادية النواة في الدم المحيطي (PBMCs) ، جنبًا إلى جنب مع أقسام الأنسجة المشوبة المناعية التي تم اكوينها داخليًا والتي تصور أنماط التعبير عن البروتين المكاني المقابل . استند تحليل scRNAseq إلى بيانات التعبير الجينومي المتاحة للجمهور ، ويشتمل على جميع جينات ترميز البروتين في 444 مجموعة من أنواع الخلايا الفردية المقابلة لـ 15 مجموعة مختلفة من أنواع الخلايا. تم إجراء تصنيف للخصوصية والتوزيع لتحديد عدد الجينات المرتفعة في أنواع الخلايا المفردة هذه ، وعدد الجينات المكتشفة في نوع واحد أو عدة أنواع من الخلايا أو جميعها على التوالي. يمكن استكشاف الجينات المعبر عنها في كل نوع من أنواع الخلايا في مخططات UMAP التفاعلية والمخططات الرأسية ، مع روابط إلى البقع المناعية المناعية في الأنسجة البشرية.
يحتوي قسم نوع خلية الأنسجة على تنبؤات خصوصية تعبير نوع الخلية لجميع جينات ترميز البروتين البشري ، والتي تم إنشاؤها باستخدام تحليل شبكة متكامل لبيانات RNAseq الكثيرة المتاحة للجمهور. يتم استخدام تصنيف النوعية للتنبؤ بالجينات المخصبة في كل نوع من الخلايا المكونة داخل نسيج فردي. يمكن استكشاف البيانات على أساس نسيج تلو الآخر ، جنبًا إلى جنب مع أقسام الأنسجة المشوبة التي تم إنشاؤها داخليًا. بالإضافة إلى ذلك ، يركز تحليل نوع الخلية الأساسية على أنواع الخلايا الموجودة في جميع أو غالبية الأنسجة المحددة ؛ على سبيل المثال ، الخلايا البطانية أو الضامة. هنا يتم تفصيل الجينات ذات الخصوصية المتوقعة في أنواع الخلايا الأساسية هذه في الأنسجة المتعددة.
يحتوي قسم علم الأمراض  على معلومات تستند إلى mRNA وبيانات تعبير البروتين من 17 نوعًا مختلفًا من السرطان البشري بالإضافة إلى ملايين من صور أقسام الأنسجة الملطخة بالكيمياء المناعية التي تم إنشاؤها داخليًا ومخططات Kaplan-Meier التي توضح الارتباط بين تعبير mRNA لكل جين بروتين إنساني وشفاء مريض بالسرطان.
يحتوي قسم الخلايا المناعية  على معلومات خلية مفردة عن ملامح تعبير الحمض النووي الريبي على مستوى الجينوم لجينات ترميز البروتين البشري التي تغطي مختلف الخلايا المناعية B و T ، والخلايا الأحادية ، والخلايا الحبيبية ، والخلايا المتغصنة. يغطي تحليل النسخ 18 نوعًا من الخلايا معزولة عن طريق فرز الخلايا ويتضمن التصنيف بناءً على الخصوصية والتوزيع ومجموعة التعبير عبر جميع الخلايا المناعية.
يعرض قسم بروتينات الدم  تركيزات البلازما المقدرة للبروتينات المكتشفة في دم الإنسان من دراسات البروتينات القائمة على قياس الطيف الكتلي ، وبيانات المقايسة المناعية المنشورة ، ودراسة طولية تعتمد على مقايسة الامتداد التقريبي (PEA). علاوة على ذلك يٌقدم تحليل لـ "الإفراز البشري" بما في ذلك شرح الجينات المتوقع إفرازها بشكل نشط في دم الإنسان ، وكذلك إلى الأجزاء الأخرى أو أنظمة أعضاء الجسم البشري مثل الجهاز الهضمي أو الدماغ.
يقدم القسم دون الخلوي  من أطلس البروتين البشري رؤى عالية الدقة في التعبير والتوزيع الزماني المكاني للبروتينات المشفرة بواسطة 13041 جينًا (65٪ من جينات ترميز البروتين البشري). لكل جين تم التحقيق في التوزيع دون الخلوي للبروتين عن طريق التألق المناعي (ICC-IF) والفحص المجهري متحد البؤر في ما يصل إلى ثلاثة خطوط خلوية مختلفة ، تم اختيارها من مجموعة فرعية من 36 من خطوط الخلايا الموجودة في قسم خط الخلية. عند تحليل الصورة ، تم تصنيف التوطين الخلوي للبروتين في واحدة أو أكثر من 35 عضيات مختلفة وهياكل خلوية دقيقة. بالإضافة إلى ذلك ، يتضمن القسم شرحًا توضيحيًا للجينات التي تعرض تباينًا في خلية واحدة في مستويات التعبير البروتيني و / أو التوزيع الخلوي الفرعي ، بالإضافة إلى تحليل موسع لاعتماد دورة الخلية لهذه الاختلافات.
يحتوي قسم خط الخلية على معلومات حول ملامح تعبير الحمض النووي الريبي على مستوى الجينوم لجينات ترميز البروتين البشري في 69 خطًا من الخلايا البشرية. يشتمل تحليل النسخ على التصنيف بناءً على الخصوصية والتوزيع وتحليل كتلة التعبير عبر جميع خطوط الخلايا.
يتيح قسم التمثيل الغذائي  استكشاف وظيفة البروتين والتعبير الجيني الخاص بالأنسجة في سياق شبكة التمثيل الغذائي البشري الأكثر تنظيمًا. بالنسبة للبروتينات المشاركة في عملية التمثيل الغذائي تعطي ملخص استقلابي يصف النظم الفرعية / المسارات الأيضية والأعضاء الخلوية وعدد التفاعلات المرتبطة بالبروتين. أكثر من 120 خريطة لمسار التمثيل الغذائي المنسقة يدويًا تسهل تصور مشاركة كل بروتين في عمليات التمثيل الغذائي المختلفة. كل خريطة مسار مصحوبة بخريطة حرارية توضح بالتفصيل مستويات الرنا المرسال عبر 256 نوعًا مختلفًا من الأنسجة لجميع البروتينات المشاركة في المسار الأيضي. يتوفر المزيد من التفاصيل وخرائط الاعضاء الخلوية الكاملة على موقع metabolicatlas.org.
يحتوي قسم الأمراض على معلومات عن مستويات البروتين في الدم لدى المرضى الذين يعانون من أمراض مختلفة ويسلط الضوء على البروتينات المرتبطة بهذه الأمراض باستخدام تحليل التعبير التفاضلي واستراتيجية التنبؤ بالمرض على أساس التعلم الآلي.
يحتوي قسم البنية على معلومات حول التركيب ثلاثي الأبعاد للبروتينات البشرية.