الاتحاد الأمريكي للحريات المدنية
حقبة ما بعد الحرب الباردة > قضايا مكافحة الإرهاب

بعد هجمات 11 سبتمبر، وضعت الحكومة الفيدرالية مجموعة واسعة من الإجراءات الجديدة لمكافحة الإرهاب، بما في ذلك تمرير قانون باتريوت . طعن اتحاد الحريات المدنية في العديد من الإجراءات، مدعيا أنها انتهكت الحقوق المتعلقة بالإجراءات القانونية الواجبة والخصوصية وعمليات التفتيش غير القانونية والعقوبات القاسية وغير العادية . ينص بيان سياسة ACLU على ما يلي:
«طريقنا إلى الأمام يكمن في إدارة ظهورنا بشكل حاسم للسياسات والممارسات التي تنتهك أعظم نقاط قوتنا: دستورنا والالتزام الذي يجسده بسيادة القانون. الحرية والأمن لا يتنافسان في لعبة محصلتها صفر ؛ حرياتنا هي أساس قوتنا وأمننا. يدافع مشروع الأمن القومي التابع لاتحاد الحريات المدنية الأمريكي عن سياسات الأمن القومي التي تتماشى مع الدستور وسيادة القانون وحقوق الإنسان الأساسية. يرفع المشروع قضايا تتعلق بالاحتجاز والتعذيب والتمييز والمراقبة والرقابة والسرية.»
خلال النقاش الذي أعقب ذلك بشأن التوازن الصحيح بين الحريات المدنية والأمن، زادت عضوية اتحاد الحريات المدنية بنسبة 20٪، ليصل إجمالي عدد الملتحقين بالجماعة إلى 330 ألفًا. استمر النمو، وبحلول أغسطس 2008 كانت عضوية ACLU أكبر من 500000. وظلت عند هذا المستوى حتى عام 2011.
كان اتحاد الحريات المدنية الأمريكي معارضًا صريحًا لقانون باتريوت الأمريكي لعام 2001، وقانون باتريوت 2 لعام 2003، والتشريعات المرتبطة به والتي صدرت ردًا على تهديد الإرهاب المحلي. استجابة لمتطلبات قانون باتريوت الأمريكي، انسحب اتحاد الحريات المدنية من حملة الحملة الخيرية الفيدرالية المشتركة . فرضت الحملة مطلبًا بوجوب فحص موظفي اتحاد الحريات المدنية الأمريكي مقابل قائمة مراقبة فيدرالية لمكافحة الإرهاب. صرح اتحاد الحريات المدنية الأمريكي بأنه "سيرفض 500 ألف دولار من المساهمات من الأفراد بدلاً من الخضوع لسياسة الحكومة" القائمة السوداء ".
في عام 2004، رفع اتحاد الحريات المدنية الأمريكي دعوى قضائية ضد الحكومة الفيدرالية في قضية اتحاد الحريات المدنية الأمريكية ضد. أشكروفت نيابة عن نيكولاس ميريل، مالك مزود خدمة الإنترنت . بموجب أحكام قانون باتريوت، أصدرت الحكومة خطابات الأمن القومي إلى ميريل لإجباره على تقديم معلومات الوصول الخاصة إلى الإنترنت من بعض عملائه. بالإضافة إلى ذلك، أصدرت الحكومة أمر حظر نشر على ميريل، منعته من مناقشة الأمر مع أي شخص.
في يناير 2006، رفع اتحاد الحريات المدنية ACLU دعوى قضائية، ACLU ضد. NSA، في محكمة مقاطعة فيدرالية في ميشيغان، تتحدى التجسس الحكومي في جدل المراقبة غير القانوني لوكالة الأمن القومي . في 17 أغسطس / آب 2006، قضت تلك المحكمة بأن برنامج التنصت بدون إذن قضائي غير دستوري وأمرت بإيقافه على الفور. ومع ذلك، تم تعليق الأمر في انتظار الاستئناف. قامت إدارة بوش بتعليق البرنامج أثناء الاستماع إلى الاستئناف. في فبراير 2008، رفضت المحكمة العليا الأمريكية استئنافًا من اتحاد الحريات المدنية الأمريكي للسماح له برفع دعوى قضائية ضد البرنامج الذي بدأ بعد وقت قصير من هجمات 11 سبتمبر الإرهابية.
كما رفع الاتحاد الأمريكي للحريات المدنية ومنظمات أخرى دعاوى قضائية منفصلة في جميع أنحاء البلاد ضد شركات الاتصالات. رفع اتحاد الحريات المدنية الأمريكي دعوى قضائية في إلينوي (Terkel v. AT&T) التي تم رفضها بسبب امتياز أسرار الولاية  واثنان آخران في كاليفورنيا يطلبان إصدار أوامر قضائية ضد AT&T وVerizon . في 10 أغسطس 2006، تم تحويل الدعاوى المرفوعة ضد شركات الاتصالات إلى قاضٍ فيدرالي في سان فرانسيسكو.
يمثل اتحاد الحريات المدنية الأمريكي مسلمًا أمريكيًا تم اعتقاله ولكن لم يتم اتهامه بارتكاب جريمة في قضية أشكروفت ضد الكيد، وهي قضية مدنية ضد المدعي العام السابق جون أشكروفت . في يناير 2010، نشر الجيش الأمريكي أسماء 645 معتقلاً محتجزًا في مرفق اعتقال مسرح باغرام في أفغانستان، لتعديل موقفه الراسخ منذ فترة طويلة ضد نشر مثل هذه المعلومات. تم تقديم هذه القائمة من خلال دعوى قضائية بموجب قانون حرية المعلومات تم رفعها في سبتمبر 2009 من قبل اتحاد الحريات المدنية، الذي طلب محاموه أيضًا معلومات مفصلة حول الشروط والقواعد واللوائح.
كما انتقد الاتحاد الأمريكي للحريات المدنية عمليات القتل المستهدف للمواطنين الأمريكيين الذين يقاتلون ضد الولايات المتحدة. في عام 2011، انتقد الاتحاد الأمريكي للحريات المدنية مقتل رجل الدين الإسلامي الراديكالي أنور العولقي على أساس أنه كان انتهاكًا لتعديله الخامس لحقه في عدم الحرمان من الحياة أو الحرية أو الممتلكات دون اتباع الإجراءات القانونية الواجبة.