تاريخ فاس
فاس تحت حكم المرابطين والموحدين

تقدم المرابطون الذين ظهروا في أقصى الجنوب من المنطقة المحيطة بفاس في أوائل ستينيات القرن العاشر. ثم في عام 1063، بدأوا غزوًا عسكريًا طويلاً للمنطقة تحت قيادة يوسف بن تاشفين من أجل هزيمة المغراويين، الذين كانوا المعارضين الرئيسيين لحكمهم، وكان معنصر آخر حكام المغراويين لفاس عقبة كبيرة لهم. بالبداية لم يكن ابن تاشفين قادر على الاستيلاء على مدينة فاس، فقرر غزو بعض الحصون والمدن المحيطة أولاً قبل أن يعيد التركيز على محاصرة المدينة. ففر معنصر من فاس قبل أن يتمكن المرابطون من الاستيلاء عليها في أواخر عام 1063. عين ابن تاشفين أحد أفراد عشيرته حاكماً للمدينة وترك حامية من 400 من رجال قبيلة لمتونة لحراستها، ثم انطلق في حملات أخرى عبر شمال المغرب. في غيابه عاد معنصر واستولى على المدينة مرة أخرى بعد حصار وقتل والي ابن تاشفين عليها. ورد المرابطون بمهاجمة المدينة وفرض حصار عليها. في النهاية، قُتل معنصر في حملة عسكرية، لكن الزناتيين المحليين استمرتوا في المقاومة والتفوا حول زعيم جديد، رجل من تازة يدعى قاسم بن عبد الرحمن. لم ستطع ابن تاشفين الاستيلاء على المدينة رغم محاولاته المتكررة، فاختار بدلاً من ذلك استئناف احتلاله للمناطق المحيطة وشمال المغرب، وذلك للقضاء على المقاومة خارج المدينة أولاً.
استولى ابن تاشفين أخيرًا على المدينة نهائيًا في 18 مارس 1070م. فنهب المرابطون المدينة وذبحوا العديد من سكانها من الزناتيين. وفي نفس العام من هذا الفتح، وحد ابن تاشفين أخيرًا فاس والعالية في مدينة واحدة. تم دمر الأسوار التي تفصل بينهما، وقام ببناء وتجديد الجسور التي تربطهما، كما تم إعادة انشاء سور واحد يشمل المدينتين. تم قام ببناء القصبة، التي عُرفت فيما بعد باسم قصبة بوجلود على الحافة الغربية للمدينة، لإيواء حاكم المدينة وحاميتها. قام ابن تاشفين أيضًا بتحديث نظام إمدادات المياه في المدينة بمساعدة مهندسين من قرطبة من خلال إنشاء قنوات إضافية متفرعة من القنوات الرئيسية التي أنشأها في وقت سابق دوناس ابن حمامة. وتحت رعاية الأمير المرابطي اللاحق علي بن يوسف، تمت أكبر عملية توسعة وترميم لجامع القرويين الكبير بين عامي 1134 و 1143 م.  و على الرغم من أن العاصمة قد تم نقلها إلى مراكش في عهد المرابطين، إلا أن فاس اكتسبت سمعة طيبة كقاعدة رئيسية للمذهب المالكي بشمال أفريقيا، وظلت مركزًا مهمًا للتجارة والصناعة. كان تأثير المرابطين على هيكل المدينة كبيرا الى درجة أن البعض يعتبر يوسف بن تاشفين أحيانًا المؤسس الثاني لفاس.
في 1145 أو 1146 م، حاصر زعيم الموحدين عبد المؤمن بن علي المدينة أثناء حملته للإطاحة بالمرابطين. قاومت المدينة بضراوة ولم يتم احتلالها إلا بعد حصار شديد قطع خلاله الموحدين إمدادات المياه عن المدينة. دخل المحاصرون المدينة أخيرًا بمساعدة عبد الله بن خيار الجياني، المشرف المالي المرابطي، الذي غير ولاءه وفتح أبواب المدينة لهم.  وبسبب المقاومة الشرسة التي واجهوها، انتقم الموحدون المنتصرون من الساكنة، وذبحوا معظم المرابطين، ودمروا العديد من المنازل والمباني.
ومع ذلك، وبسبب الأهمية الاقتصادية والعسكرية المستمرة لفاس، أمر الخليفة الموحدي يعقوب بن يوسف المنصور لاحقًا بإعادة بناء الأسوار. وبعد أن نمت المدينة مرة أخرى، اصبحت الأسوار التي بناها الموحدين الجديدة أكبر من أسوار المرابطين السابقة. وتم الانتهاء من البناء أثناء فترة تولي خليفته محمد الناصر الحكم في عام 1204، الذي منحها شكلها النهائي وأنشأ جدران فاس البالي التي استمرت حتى يومنا هذا. أعاد الموحدون بناء قصبة بوجلود في موقع قصبة المرابطين السابقة. و في زمن يعقوب المنصور، تم تزويد هذه القصبة بمسجد جامع جديد المسمى مسجد بو جلود، الذي لا يزال قائماً حتى اليوم. وفي الجوار، بنى الموحدون أيضًا قصبة أخرى، والتي احتلت موقع ما يعرف الآن بقصبة النوار . وأعاد محمد الناصر بناء وتوسيع مسجد الأندلس بين عامي 1203 و1207 م.
في هذه الفترة، بدأ يشار إلى المدينة كمدينة كبرى رئيسية واكتسبت شهرة عالية بين الكتاب المعاصرين مثل الإدريسي وعبد الواحد المراكشي. في ظل حكم الموحدين، نمت المدينة لتصبح واحدة من أكبر المدن في العالم بين 1170 و 1180 م، وقدر عدد سكانها بنحو 200000 نسمة.  لم تكن كل الأراضي داخل أسوار المدينة مأهولة بالسكان، بحيث كان الكثير منها عبارة عن أراضي زراعية وحدائق يستخدمها السكان. كان اقتصاد المدينة مزدهرًا وظهرت صناعات جديدة متعدد مثل المدابغ. تركزت كل صناعة بشكل عام في حي أو أحياء معينة. برزت معظم الحرف بالقرب من المركز، ولكن بعضها مثل صناعة الخزف تشكلت في المناطق الخارجية للمدينة لأن الصناع يحتاجون إلى مساحات أكبر.  لعبت فاس إلى جانب مدن رئيسية أخرى في المنطقة، دورًا في التجارة عبر الصحراء. كانت هناك طرق تجارية متعددة، لكن القوافل التي تسلكت الطريق عبر سجلماسة ستستمر في رحلتها عادة من هناك إلى فاس أو تلمسان. ومن فاس، يمكن للبضائع أن تنتقل شمالًا إلى مضيق جبل طارق والأندلس.  بحلول نهاية العهد الموحدي، أصبحت فاس ليست فقط مركزًا للتجارة المحلية والإقليمية، ولكن أيضًا مركزًا مصدرًا للمنتجات الخاصة التي تصنع في المدينة.