ميشال عون
رئيس الوزراء

بعد تعذّر انتخاب رئيس جمهورية جديد، أقال الرئيس أمين الجميل، في الدقائق الأخيرة من ولايته، الحكومة الحالية التي ترأسها سليم الحص بعد إغتيال رئيسها الأصلي رشيد كرامي وأعلن تشكيل حكومة إنتقالية عسكرية برئاسة قائد الجيش ميشال عون. تكونّت الحكومة من ستة عسكريين منهم ثلاثة مسيحيين وثلاثة مسلمين. بعد تشكيل الحكومة، إعتذر الوزراء المسلمون عن المشاركة بها، لكنّ البعض، ومنهم أمين الجميل، أكّد أنّ ذلك حدث رغمًا عنهم وتحت ضغوط من سوريا. بدعم من الأخيرة وحلفائها الداخليين، أعلن سليم الحص رفضه لقرار إقالته وإعتبره غير شرعي. أدى ذلك إلى قيام حكومتين، الأولى برئاسة سليم الحص في بيروت الغربية، وذات أغلبية مسلمة، والثانية برئاسة ميشال عون في بيروت الشرقية، ذات أعضاء مسيحيين. تولّى ميشال عون بالإضافة إلى رئاسة الحكومة، وزارتي الدفاع الوطني والإعلام، ثم كلّف بوزارات الخارجية والتربية والداخلية بعد إنسحاب الوزراء المسلمين.
قرار الجميل واجه الكثير من التساؤلات والإعتراضات، خاصةً وأنه يخالف الميثاق الوطني والذي يقتضي بأن يكون رئيس الحكومة دائمًا مسلمًا سنيًا. لكنّه برر ذلك بأن الميثاق الوطني نفسه يكفل حق الموارنة برئاسة الجمهورية، وأن صلاحيات رئيس الجمهورية تنتقل إلى رئيس الحكومة في ظلّ غيابه. ورأى أن من حق الموارنة أن يحصلوا على على منصب رئاسة الحكومة مؤقتًا بعد عجز مجلس النواب عن إنتخاب رئيس جمهورية جديد خلفًا له. وشبّه ذلك بتعيين قائد الجيش فؤاد شهاب الماروني رئيسًا للحكومة الإنتقالية بعد استقالة رئيس الجمهورية بشارة الخوري.
في 14 مارس 1989، بعد محاولة ميشال عون استعادة سيطرة الدولة اللبنانية على الساحل اللبناني، وتحويل الموانئ غير الشرعية التي أستخدمت بكثافة خلال الحرب الأهلية لنقل الأسلحة والبضائع إلى السلطة القضائية، قامت سوريا كردٍ على ذلك بقصف القصر الجمهوري في بعبدا ومقرّ وزارة الدفاع في يرزة. أدّى ذلك لإعلان عون الحرب على القوات السورية. في حين أن الأخيرة تتمتع بعمق إستراتيجي وسلاح أفضل وعدد أكبر من الجيش اللبناني، حيث تواجد في لبنان في ذلك الوقت أكثر من 40,000 جندي سوري، راهن عون على أفضلية المواقع التي يسيطر عليها ودعم السكان المحليين والميليشيا الحليفة القوات اللبنانية. حصل السوريون على دعم الولايات المتحدة برئاسة جورج بوش مقابل إنضمامها لقوات التحالف ضد العراق في حرب الخليج الثانية. إنتقد عون الدعم الأمريكي لسوريا وتقرّب من صدام حسين، الذي زوّد القوات المسلحة اللبنانية بالأسلحة.
في أكتوبر 1989، توصّل أعضاء مجلس النواب اللبناني إلى اتفاق الطائف من أجل حل النزاع اللبناني الطويل الأمد. تبيّن لاحقًا أنّ رفيق الحريري كان يحضّر لهذا الإتفاق منذ سنتين بالتعاون مع المملكة السعودية. رفض عون الإتّفاق، واعتبر أن من يوقّع ويوافق عليه خائنًا لوطنخ وأصدر مرسومًا يقضي بحل مجلس النواب لمنعه من إكمال الاتّفاق. يعود سبب معارضة عون الرئيسي إلى وجود بندٍ يسمح للجيش السوري بالانتشار على كامل الأراضي اللبنانية، ولا يحدد آليّة ولا مهلة زمنيّة لانسحابه من البلاد.
بعد توقيع الاتّفاق على الرغم من معارضة عون، إجتمع مجلس النواب في قاعدة مطار القليعات، وقام بانتخاب رينيه معوّض رئيسًا للجمهورية اللبنانيّة. بعد 17 يومٍ فقط، أغتيل معوض بعد الاحتفالات بعيد الاستقلال في 22 نوفمبر 1989، وأتّهم عون بأنه وراء هذه الحادثة، غير أن البعض يحمّل سوريا وإسرائيل المسؤولية. إجتمع النّواب مجددًا في بارك أوتيل شتورا، وأنتخبوا إلياس الهراوي ليتولّى المنصب. أعلن الهراوي إقالة عون من قيادة الجيش، وعيّن إميل لحود مكانه، كما أمره بالخروج من القصر الجمهوري في بعبدا على الفور، دون أي تجاوب من عون.
بعد طلبه مساعدةً دوليّة غير مشروطة، لم يجد عون دعمًا من أحد إلا رئيس العراق صدام حسين، ولذلك تضرّر وحكومته كثيرًا بسبب حرب الخليج. مع مرور الوقت توتّرت العلاقة بين الجيش والقوات اللبنانية، خاصة بعد موافقة سمير جعجع على اتّفاق الطائف. في نهاية ديسمبر 1989، زار ضباط في الجيش اللبناني، وأمرهم بتحضير لمعركة كبيرة «لتكنيس الفخّار المكسّر». لهذا السبب تسمّى المعارك بين الجيش اللبناني تحت قيادة عون والقوات اللبنانية حرب الإلغاء. في يناير 1990، هجم الجيش اللبناني على مدرسة قمر العسكرية في عين الرمانة التي تنتمي للقوات اللبنانية، وسيطر عليها. حصل ذلك بعد أن صرّح عون أنه لا يحق لأحد أن يحمل السلاح بإستثناء الجيش اللبناني. على عكس توقّعات عون، كان جعجع جاهزًا للمعركة، ودامت ستة أشهر إضافية، وتسببت في إضعاف الطرفين والقوى المسيحيّة عمومًا، وأدّت إلى إقتحام الجيش السوري الأراضي المسيحيّة للمرة الأولى. في 12 أكتوبر 1990، عون نجى من محاولة إغتيال عبر رجل مسلّح بين الجماهير.
في 13 أكتوبر 1990، بعد حملة أرضيّة وجويّة، سيطرت القوات السورية على جميع الأراضي التابعة للجيش اللبناني. تحت ضغط من الجيش السوري والقوات اللبنانية، حوصر في القصر الجمهوري في بعبدا، وطلب منه الانتقال إلى السفارة الفرنسية لإعلان إستسلامه. وهذا ما حصل بالفعل، حيث أعلن عون إستسلامه عن طريق الراديو، ودعا كافة قطع الجيش وألويته وأفواجه إلى أخذ الأوامر العسكرية من قائد الجيش الجديد العماد إميل لحود. لكنّ سوء الاتصالات بسبب القصف الثقيل في مناطق المعارك أدّت إلى عدم وصول خبر الإستسلام إلى بعض الوحدات في الجيش. نتيجة لذلك، إستمرّت هذه الوحدات بالقتال، ونتج عن ذلك معارك دموية خصوصًا في ضهر الوحش، لكنّها إنتهت بإنتصار الجيش السوري وإقتحامه قصر بعبدا. عرفت هذه الأحداث بمجزرة 13 تشرين الأول، وقدّر عدد الضحايا بأكثر من 700 قتيل و2000 جريح من مدنيين وعسكريين.