ميتال غير سوليد 5: ذا فانتوم بين
القصة

بعد دمار جنود بلا حدود في جراوند زيروز على يد منظمة سايفر، يدخل بيغ بوس في غيبوبه. يستيقظ بعد تسع سنوات في 1984، عندئذ تحاول كوايت والتي تعمل لصالح سايفر اغتياله. ينقذهُ شخص غامض تغطي وجهه الضمادات يدعو نفسه إسماعيل. بينما يحاولان الهروب من المستشفى يقع الاثنان وسط تبادل لإطلاق النار بين جنود سايفر والطفل الثالث (سايكو مانتيس في عمر المراهقة)، يساعده الرجل المحترق (فولغين). بعد المطاردة، يختفي إسماعيل، تاركاً سنيك يهرب مع ريفولفر أوسيلوت، الذي يعمل الآن مع شركة مرتزقة جديدة تدعى دايموند دوغز، أسسها كازوهيرا ميلر كبديل لجنود بلا حدود.
لكي يبحث عن أدلة حول سايفر وفي نفس الوقت يوسع شركته دايموند دوغز، يتدخل بيغ بوس ومرتزقته في الحرب السوفيتية في أفغانستان والحرب الأهلية الأنغولية. على طول الطريق، يقوم سنيك بتجنيد كوايت لصالحه والتي أصبحت لا تتحدث وأكتسبت قدرات جديدة، والعالم السابق لديهم الدكتور إيمريك "هيوي" المشتبه بأنه المسؤول جزئياً عن الهجوم على جنود بلا حدود، وأيضاً إيلاي، وهو طفل بريطاني شرير يقود مجموعة أطفال، وأخيراً، كود توكر، رجل عجوز من النافاجو مختص بالطفيليات أجبر على العمل لصالح سايفر. وفي الوقت نفسه، يبدأ بيغ بوس بمواجه «السكولز»، وهم جنود فتاكين لديهم قدرات مماثلة لكوايت. أيضاً تعاني دايموند دوغز من وباء يجعلها تفقد العديد من الجنود قبل أحتواءه.
لاحقاً يكشف أن إكس أو إف (XOF)، وهي فصيل منشق من سايفر، كانت مسؤولة عن الهجوم على جنود لا بحدود في 1975. قائد المجموعة سكول فيس، لا يتفق مع خطة سايفر التي تقتضي توحيد العالم عن طريق جعله ثقافياً أمريكياً. لمنع حدوث الخطة، ينوي سكول فيس إطلاق طفيل طورهُ جزياً كود توكر، يقتل أي شخص يتحدث الإنجليزية. نسخة معدلة من الطفيل أعطت كل من كوايت والسكولز قدراتهم الغير اعتيادية في حين أن سلالة أخرى من الطفيل تستهدف لغة مختلفة أستخدمت لأغراض اختبارية، هي كانت سبب الوباء في دايموند دوغز. بعد إطلاق طفيل اللغة الإنجليزية، ينوي سكول فيس جعل الأسلحة النووية متاحة لكل الدول والجماعات. عن طريق الردع النووي يتخيل سكول فيس أن لا دولة ستهاجم الأخرى ويتحقق السلام العالمي، مع أحتفاظه بجهاز تحكم لجميع الأسلحة النووية.
لجعل الأسلحة النووية مرغوبة أولاً، ينوي سكول فيس أستخدام سلاح الميتال غير الجديد المعرف بأسم سلانثروبس "Sahelanthropus"، أملً في إشعال حرب باردة جديدة. ينقلب الطفل الثالث على سكول فيس ويسيطر على الميتال غير ويسحق الرجل المحترق ويحاصر سكول فيس. يتمكن بيغ بوس من هزيمة الميتال غير ويجرح سكول فيس، الذي يقتل بعد ذلك على يد هيوي. لاحقاً يتضح أن الطفل الثالث لم يكن يعمل بوعيه لصالح سكول فيس، لكن نظرا لكونه حساس لأفكار الآخرين فهو يساعد أكثر الأشخاص انتقاماً حوله.
بعد ذلك، يقوم إيلاي والطفل الثالث والجنود الأطفال بسرقة بقايا سلانثروبس والهروب من قاعدة دايموند دوغز. يتفشى الوباء من جديد في القاعدة لكن هذه المرة بواسطة طفلي معدل محور وراثياً، فيجبر بيغ بوس على قتل العديد من رجاله لأحتواءه. يقرر بيغ بوس تحويل رماد قتلى جنوده إلى ألماس كي يحملها معه في المعركة كتشريف لذكراهم. يُتهم هيوي بالتسبب في الوباء بينما كان يحاول تحوير الطفيليات لبيعها كأسلحة. يقوم بيغ بوس بنفي هيوي من دايموند دوغز عندما يظهر دليل بأنه قتل زوجته الدكتورة سترينج لوف أثناء مجادلة بينهما حول استخدام أبنهما أوتاكون في التجارب، إضافة إلى الشبهات بأنه خان جنود بلا حدود لصالح سايفر.
في مهمة جانبية، يتضح أن سكول فيس حقن كوايت بالسلالة الإنكليزية من الطفيل وأرسلها للانضمام لبيغ بوس حتى تنشر الطفيل بينهم كملاذ أخير، لكن الوقت الذي أمضته مع دايموند دوغز جعلها تغير ولائها. تُجبر كوايت على التحدث بالإنجليزية لكي تنقذ بيغ بوس الذي تسمم بعضة أفعى، وبعد ذلك تختفي لتجنب التسبب في وباء آخر ويعتقد أنها ماتت وحيدة في الصحراء.
في مهمة جانبية أخرى، يتضح أن اللاعب كان في الواقع طوال اللعبة يتحكم بالمسعف الذي كان مع بيغ بوس في المروحية عند تعرضها للهجوم في جراوند زيروز، وأن البيغ بوس الحقيقي كان الرجل ذو الضمادات، إسماعيل. المسعف أجريت له جراحة تجميلية ونوم مغناطيسياً من قبل أوسيلوت ليصبح بيغ بوس ثاني (الفانتوم «شبح») ويكون بمثابة شرك لأعدائه. خلال عرض أسماء العاملين على اللعبة (credits) يُذكر أن فانتوم سنيك يمضي في حياته ليقوم بتهيئة الظروف التي تؤدي لصعود أوتر هيفن للساحة، ويقتل على يد سوليد سنيك. بيغ بوس الأصلي يظهر خلال اضطراب زنجبار.
بعد عرض أسماء العاملين، يناقش ميلر وأوسيلوت خطط بيغ بوس للمستقبل. بينما يدعهما أوسيلوت، فأن ميلر مستاء من خداع بيغ بوس له، لكنه يوافق على مساعدة الفانتوم وأبناء بيغ بوس فقط على أمل أن يؤدي ذلك للمساهمة في دمار بيج بوس الحقيقي. يوافق الاثنان على العمل معاً حتى يبدأ الصراع الحتمي بين أبناء بيغ بوس.