الحرب الكرواتية البوسنية
فيما بعد

فرانيو تودجمان, 24 نوفمبر 1995, في لقاء مع ممثلي الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك.
في نوفمبر 1995 تم التوقيع على اتفاقية دايتون من قبل رؤساء كرواتيا والبوسنة والهرسك وصربيا التي أنهت حرب البوسنة والهرسك. تم تعريف اتحاد البوسنة والهرسك كواحد من كيانين في البوسنة والهرسك ويشكل 51٪ من الأراضي. وتشكل جمهورية صرب البوسنة نسبة ال49 في المائة المتبقية. ومع ذلك كانت هناك مشاكل في تنفيذها بسبب تفسيرات مختلفة للاتفاقية. كان من المقرر إنشاء جيش اتحاد البوسنة والهرسك من خلال دمج وحدات من جيش جمهورية البوسنة والهرسك ومجلس الدفاع الكرواتي على الرغم من أن هذه العملية كانت غير فعالة إلى حد كبير. تم تقسيم الاتحاد إلى 10 كانتونات. وكان الكروات يشكلون أغلبية في ثلاثة منهم والبوشناق في خمسة. كان اثنان من الكانتونات مختلطة عرقيا وفي البلديات التي تم تقسيمها خلال الحرب بقيت الإدارات المحلية الموازية. كان من المقرر أن تبدأ عودة اللاجئين في تلك الكانتونات. نصت الاتفاقية على إلغاء الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك في غضون أسبوعين.
اعتمد الاتحاد على الورق فقط وفشل في العمل كحكومة عاملة على الرغم من ضغوط واشنطن وأكد الرئيسان تودجمان وعزت بيغوفيتش أن السياسيين الكروات والبوشناق سينضمون معا في الحكومة الجديدة. ألغيت الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك رسميا في 17 ديسمبر 1996 ولكن في 27 يناير 1997 تم إنشاء الجمهورية الكرواتية الجديدة في البوسنة والهرسك كبديل. استمرت منظمات الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك في العمل وعملت حكومة موازية لتوسيع استقلالية مؤسساتها المالية. زعم قادة الاتحاد الديمقراطي الكرواتي أن «جانب الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك لا يمكنه قبول نظام مالي مشترك لأن مثل هذا النظام لم يسمح للكروات البوسنيين بتمويل جيشهم ومتابعة التزاماتهم الاجتماعية على المدى الطويل». أنظمة الموازنة الموازية في الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك تجمع الإيرادات من الكانتونات الخاضعة للسيطرة الكرواتية. يتحكم مكتب مدفوعات الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك في النشاط الاقتصادي الكرواتي وهناك مرافق عامة كرواتية منفصلة وخدمات اجتماعية وصناديق التأمين الاجتماعي وإدارات الغابات. يتم الحفاظ على نظام تعليمي منفصل مع مناهج وكتب مدرسية في الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك من كرواتيا. استمرت الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك في تلقي الدعم المالي من كرواتيا وخاصة وزارة الدفاع. يتم دعم أنظمة التقاعد والتعليم ورواتب السياسيين وضباط الجيش الكروات من قبل الحكومة الكرواتية. خلص تقرير لمنظمة الأمن والتعاون في أوروبا بعد عامين من انتهاء الحرب إلى أن الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك أصبحت «من جميع النواحي من الشؤون العسكرية والأمنية إلى العلاقات التجارية جزءا من كرواتيا».
أثناء المحادثات في دايتون تم الاتفاق على تبادل النازحين في يايتسي وستولاك وبوغوينو وترافنيك لكن السلطات في جميع البلديات الأربع أعاقت العملية. أعاق المسؤولون المحليون عودة اللاجئين الكروات في بلدية ترافنيك. خلال عام 1997 قُتل خمسة عائدين في القرى المحيطة بترافنيك. قال الكاردينال فينكو بولييتش إن حملة من قبل الحكومة ووسائل الإعلام تم إجراؤها لجعل الصرب والكروات يشعرون بأنهم لا ينتمون إلى البوسنة والهرسك. أعاق حزب العمل الديمقراطي عودة اللاجئين إلى ترافنيك وبوغوينو وغورني فاكوف.
في فبراير 1997 أثناء عطلة عيد الأضحى وقع حادث في موستار بين رجال الشرطة الكروات ومجموعة من عدة مئات من البوشناق كانوا يسيرون إلى مقبرة شارع ليسكا. وخلال المسيرة اندلع شجار وإطلاق نار أسفر عن مقتل بوسني وإصابة 24 آخرين. ووجهت إلى رئيس شرطة موستار لائحة اتهام في محكمة مقاطعة موستار بتهمة ارتكاب هجوم متعمد. وقال الدفاع إن المتظاهرين ألقوا الحجارة على الشرطة أولا وأن عددا من رجال الشرطة أصيبوا بطعنات بينما لم يتم الإعلان عن الموكب مسبقا. المحاكمة لا تزال جارية.
في أغسطس 1997 تعرض البوسنيون العائدون إلى يايتسي للهجوم من قبل الغوغاء بما في ذلك ميليشيا مجلس الدفاع الكرواتي بناء على تحريض من القادة السياسيين المحليين بما في ذلك داريو كورديتش نائب رئيس الجمهورية الكرواتية في البوسنة والهرسك السابق. وفر حوالي 500 من البوشناق العائدين واندلعت حرائق في المنازل وقتل أحد العائدين. أقيل المندوب السامي للبوسنة والهرسك المتشددون من الاتحاد الديمقراطي الكرواتي الذين يشغلون مكاتب في درفار وستولاك والذين أعاقوا عودة اللاجئين من مناصبهم في عام 1998.
تتطلب اتفاقيات دايتون للسلام رحيل جميع المقاتلين الأجانب من البوسنة والهرسك. في عام 1995 دعا عزت بيغوفيتش الجهاديين لمغادرة البلاد مما أدى إلى إدانته من الإسلاميين الآخرين. قدرت المخابرات العسكرية الفرنسية والبريطانية أن ما يصل إلى 2000 مجاهد ظلوا في البوسنة في أواخر عام 1995 بينما قال بعض الدبلوماسيين إن عددهم بقي ضعفهم. في 16 ديسمبر وقع اشتباك بين المجاهدين والشرطة الكرواتية عند حاجز على الطريق بالقرب من زيبشي. قتل خمسة من المجاهدين في تبادل لإطلاق النار وأصيب شرطيان كرواتيان. في عام 1996 مارست الولايات المتحدة ضغوطا على القيادة البوسنية لإغلاق علاقاتها المتبقية مع الجماعات الإسلامية وإبعاد حسن شنجيتش الذي كان متورطا في شحنات الأسلحة الإيرانية إلى البلاد من منصب نائب وزير الدفاع. في عام 2007 ألغت حكومة البوسنة والهرسك الجنسية عن مئات المجاهدين السابقين.
لم تمنح اتفاقية دايتون للكروات وحدة إقليمية يمكنهم أن يحكموها بشكل مستقل وداخل اتحاد البوسنة والهرسك غالبا ما يتم التصويت عليهم. من وجهة نظرهم فإن الهيكل المؤسسي الذي تم إنشاؤه مع دايتون قد همشهم. ودعوا إلى إنشاء كيان ثالث يحظى بأغلبية كرواتية وهو ما وصفه الممثل السامي آنذاك كارلوس وستندورب بأنه «غير مقبول» في عام 1999.
في عام 2000 بثت القناة الرابعة البريطانية التلفزيونية تقريرًا عن تسجيلات شريطية لفرانيو تودجمان تحدث فيه على ما يبدو عن تقسيم البوسنة والهرسك مع الصرب بعد اتفاقية دايتون. زعموا أن الرئيس الكرواتي آنذاك ستيبان ميسيتش أعطاهم الوصول إلى 17000 نسخة. ونفى ميسيتش ومكتبه إعطاء أي نصوص لصحفيين بريطانيين ووصفوا التقرير بأنه «قصة مثيرة لا علاقة لها بالحقيقة».