اضطهاد ديني
اضطهاد المسلمين

المقالة الرئيسة: اضطهاد المسلمين
في الأيام الأولى للإسلام في مكة، تعرض المسلمون الجدد للإساءة والاضطهاد من قبل المكيين الوثنيين وقُتل بعضهم، مثل سمية بنت خباب، والتي كانت سابع معتنقة للإسلام، وتعرض للتعذيب لأول مرة على يد عمرو بن هشام. حتى النبي محمد تعرض لمثل هذا الاعتداء. وبينما كان يصلي بالقرب من الكعبة، ألقى عقبة بن أبو معيث أحشاء جمل ذبيحة فوقه.
في العام 1492، طبع سقوط غرناطة بأيدي بني نصر نهاية حرب الإسترداد، واسترجع الإسبان الأندلس، ولم تنته الحرب إلا بسقوط غرناطة سنة 1492، وأسست محاكم التفتيش الإسبانية؛ والتي شملت أهدافها الموريسكيون واليهود والبروتستانت. أجبر المسلمون واليهود على اعتناق المسيحية وسموا بالمسيحيين الجدد، وأطلق على المسلمين معتنقي المسيحية مصطلح «الموريسكيون». قدرت أعداد المسلمين المورسكيين الذين أجبروا على التحول للمسيحية بحوالي مليون شخص. بعد التحول للمسيحية، اعتمدت العائلات الإسلامية الأصل أسماء مسيحية جديدة. بقى عدد من المورسكيين سريًا على دينه الإسلامي وحافظ على التقاليد والشعائر الإسلاميّة بعيدًا عن أعين محاكم التفتيش، في حين أن عددًا آخر اندمج مع المجتمع المسيحي الإسباني.
رداً على الإبادة الجماعية الأرمينية واليونانية، تم تنفيذ أعمال انتقامية من قبل القوات الروسية المتقدمة في عام 1916 ضد المسلمين (من الأكراد والأتراك) في المقاطعات الشرقية، وبمساعدة من المتطوعين الأرمن، لا تزال الإحصائيات حول القتل موضع خلاف، وفقاً للمؤرخ جستن مكارثي، بين الأعوام 1821-1922، منذ بداية حرب الاستقلال اليونانية وحتى نهاية الدولة العثمانية، تم طرد خمسة ملايين مسلم من أراضيهم وتوفي خمسة ونصف مليون آخرين، حيث تم قتل بعضهم في الحروب، والبعض الآخر ماتوا كلاجئين من الجوع أو المرض، وعلى الرغم من أن الكثير من المؤرخين يرون أن مكارثي يميل للجانب التركي، إلا أنهم يؤكدون أن الأرقام ما تزال ضخمة، وتنظر بعض أعمال مكارثي إلى التغييرات السكانية العظيمة في تلك الفترة، بما في ذلك فحص الطرد المكثف للمسلمين من دول البلقان الجديدة والكوارث الديموغرافية في الفترة ما بين عام 1912 وعام 1923، ولفت عمل مكارثي الانتباه إلى التاريخ الذي لا يحظى باهتمام الكثيرين من المعاناة والإقصاء للمسلمين الذي شكل عقلية مرتكبي عام 1915، وبحسب دونالد دبليو بلايشر، تشكل أعمال مكارثي تصحيحا للمفهوم الشائع لدى الغرب بأن جميع الضحايا في تلك الفترة كانوا من المسيحيين. ويقدر مارك بيونديش أنه في الفترة ما بين 1912 و1923 كانت الخسائر بين المسلمين في البلقان في سياق الذين قُتلوا وطُردوا أكثر من ثلاثة ملايين، وبقي أقل من مليون في البلقان. وبشكل عام، يقدر عدد الوفيات واللاجئين بين المسلمين خلال فترة تفكك الدولة العثمانية بالعديد من الملايين.
أعلن يوم 15 أغسطس 1947 استقلال الهند عن الإستعمار البريطاني، وقد تزامن هذا الاستقلال مع تقسيم الهند إلى حكومة الهند وحكومة الباكستان. وقد خلف هذا التقسيم الكثير من حركات العنف والتهجير حيث قتل ما بين 500 ألف إلى مليون شخص بينما هجر ما يقارب العشرة ملايين. وقد حصلت العديد من أعمال العنف ضد المسلمين، وأجبر عدد من المسلمين بفعل الإكراه التحول ظاهريًا للديانة الهندوسية. وأدت أعمال الشغب والعنف بين الهندوس والمسلمين في ولاية غوجارات عام 2012 إلى مقتل 790 مسلمًا فضلًا عن أضرار لمساكن ومشاغل المسلمين وأشارت تقارير إلى مراسيم بالإكراه لمسلمين للتحول للديانة الهندوسية.
تتعرض بعض الأقليات المسلمة إلى اضطهاد ممنهج في الدول التي يعيشون بها، مثل أقلية الروهينغا في بورما، والتي تعتبرها الأمم المتحدة أكثر أقلية مضطهدة في العالم. تُمارس بعض الجماعات البوذية المتشددة عمليات ملاحقة، وقتل، وتدمير لممتلكات أقلية الروهينغا. أشارت تقارير أنه خلال أعمال العنف في ولاية راخين سنة 2012 أُجبر عدد من المسلمين على التحول بالإكراه للديانة البوذية من خلال مراسيم دينية. كما تتعرض أقلية الإيغور الصنية إلى اضطهاد من الحكومة الصينية؛ حيث يُمنع المسلمون من صيام شهر رمضان، كما ويُمنع ارتداء الحجاب، والصلاة في المساجد. وشهدت جمهورية أفريقيا الوسطى صراع طائفي بين عام 2012 وعام 2014 بين السكان المسيحيين والمسلمين، وذكر تقرير سنة 2015 أن العديد من المسلمين يتم إجبارهم على التحول للمسيحية تحت تهديد القتل. ووفقا لمركز بيو، كان عدد الدول التي تم اضطهاد المسلمين أو التحرش بهم فيها بين 2006 و2011 هو 129 دولة.