ميكروبيوم جذري
مراجع

1 2 3 4 5 6 7  Mendes R، Garbeva P، Raaijmakers JM (سبتمبر 2013). "The rhizosphere microbiome: significance of plant beneficial, plant pathogenic, and human pathogenic microorganisms". FEMS Microbiology Reviews. ج. 37 ع. 5: 634–63. DOI:10.1111/1574-6976.12028. PMID:23790204.
1 2  Gottel NR، Castro HF، Kerley M، وآخرون (سبتمبر 2011). "Distinct microbial communities within the endosphere and rhizosphere of Populus deltoides roots across contrasting soil types". Applied and Environmental Microbiology. ج. 77 ع. 17: 5934–44. Bibcode:2011ApEnM..77.5934G. DOI:10.1128/AEM.05255-11. PMC:3165402. PMID:21764952.
1 2  Nguyen C (2009)، "Rhizodeposition of Organic C by Plant: Mechanisms and Controls"، Sustainable Agriculture، ص. 97–123، DOI:10.1007/978-90-481-2666-8_9، ISBN:978-90-481-2665-1
1 2 3 4 5  Kogel KH، Franken P، Hückelhoven R (أغسطس 2006). "Endophyte or parasite--what decides?". Current Opinion in Plant Biology. ج. 9 ع. 4: 358–63. DOI:10.1016/j.pbi.2006.05.001. PMID:16713330.
1 2 3 4  Smith SE، Read DJ (2010). Mycorrhizal symbiosis (ط. 3rd). New York, NY: Academic Press. ISBN:978-0-08-055934-6.
↑  Kristin A، Miranda H (2013). "The root microbiota—a fingerprint in the soil?". Plant and Soil. ج. 370 ع. 1–2: 671–86. DOI:10.1007/s11104-013-1647-7. S2CID:14961515. مؤرشف من الأصل في 2020-02-03.
1 2 3 4 5  Nemergut DR، Schmidt SK، Fukami T، O'Neill SP، Bilinski TM، Stanish LF، Knelman JE، Darcy JL، Lynch RC، Wickey P، Ferrenberg S (سبتمبر 2013). "Patterns and processes of microbial community assembly". Microbiology and Molecular Biology Reviews. ج. 77 ع. 3: 342–56. DOI:10.1128/MMBR.00051-12. PMC:3811611. PMID:24006468.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13  Buée M، De Boer W، Martin F، van Overbeek L، Jurkevitch E (2009). "The rhizosphere zoo: An overview of plant-associated communities of microorganisms, including phages, bacteria, archaea, and fungi, and of some of their structuring factors". Plant and Soil. ج. 321 ع. 1–2: 189–212. DOI:10.1007/s11104-009-9991-3. S2CID:45768977. مؤرشف من الأصل في 2020-02-03.
1 2 3 4  Dean SL، Farrer EC، Taylor DL، Porras-Alfaro A، Suding KN، Sinsabaugh RL (مارس 2014). "Nitrogen deposition alters plant-fungal relationships: linking belowground dynamics to aboveground vegetation change". Molecular Ecology. ج. 23 ع. 6: 1364–78. DOI:10.1111/mec.12541. PMID:24112704. S2CID:15540300.
1 2 3 4  Dean SL، Farrer EC، Porras-Alfaro A، Suding KN، Sinsabaugh RL (2014). "Assembly of root-associated bacteria communities: interactions between abiotic and biotic factors". Environmental Microbiology Reports. ج. 7 ع. 1: 102–110. DOI:10.1111/1758-2229.12194. PMID:25870878.
1 2  Hardoim PR، Andreote FD، Reinhold-Hurek B، Sessitsch A، van Overbeek LS، van Elsas JD (يوليو 2011). "Rice root-associated bacteria: insights into community structures across 10 cultivars". FEMS Microbiology Ecology. ج. 77 ع. 1: 154–64. DOI:10.1111/j.1574-6941.2011.01092.x. PMC:4339037. PMID:21426364.
1 2  Egerton-Warburton، Louise M.؛ Johnson، Nancy Collins؛ Allen، Edith B. (نوفمبر 2007). "Mycorrhizal Community Dynamics following Nitrogen Fertilization: A Cross-Site Test in Five Grasslands". Ecological Monographs. ج. 77 ع. 4: 527–44. DOI:10.1890/06-1772.1. JSTOR:27646105.
1 2  Tedersoo L، Bahram M، Toots M، Diédhiou AG، Henkel TW، Kjøller R، Morris MH، Nara K، Nouhra E، Peay KG، Põlme S، Ryberg M، Smith ME، Kõljalg U (سبتمبر 2012). "Towards global patterns in the diversity and community structure of ectomycorrhizal fungi". Molecular Ecology. ج. 21 ع. 17: 4160–70. DOI:10.1111/j.1365-294X.2012.05602.x. PMID:22568722.
1 2  van der Heijden MG، Bardgett RD، van Straalen NM (مارس 2008). "The unseen majority: soil microbes as drivers of plant diversity and productivity in terrestrial ecosystems". Ecology Letters. ج. 11 ع. 3: 296–310. DOI:10.1111/j.1461-0248.2007.01139.x. PMID:18047587.
↑  Marschner P، Crowley D، Rengel Z (2011). "Rhizosphere interactions between microorganisms and plants govern iron and phosphorus acquisition along the root axis – model and research methods". Soil Biology and Biochemistry. ج. 43 ع. 5: 883–94. DOI:10.1016/j.soilbio.2011.01.005.
↑  Green LE، Porras-Alfaro A، Sinsabaugh RL (سبتمبر 2008). "Translocation of Nitrogen and Carbon Integrates Biotic Crust and Grass Production in Desert Grassland". Journal of Ecology. ج. 96 ع. 5: 1076–85. DOI:10.1111/j.1365-2745.2008.01388.x. JSTOR:20143553.
↑  Lugtenberg B، Kamilova F (2009). "Plant-growth-promoting rhizobacteria". Annual Review of Microbiology. ج. 63: 541–56. DOI:10.1146/annurev.micro.62.081307.162918. PMID:19575558.
↑  Latch، Garrick C.M. (1993). "Physiological interactions of endophytic fungi and their hosts. Biotic stress tolerance imparted to grasses by endophytes". Agriculture, Ecosystems & Environment. ج. 44 ع. 1–4: 143–56. DOI:10.1016/0167-8809(93)90043-O.
↑  Rodriguez R، Redman R (2008). "More than 400 million years of evolution and some plants still can't make it on their own: plant stress tolerance via fungal symbiosis". Journal of Experimental Botany. ج. 59 ع. 5: 1109–14. DOI:10.1093/jxb/erm342. PMID:18267941.
↑  Lau JA، Lennon JT (أكتوبر 2011). "Evolutionary ecology of plant-microbe interactions: soil microbial structure alters selection on plant traits". The New Phytologist. ج. 192 ع. 1: 215–24. DOI:10.1111/j.1469-8137.2011.03790.x. PMID:21658184.
↑  Porras-Alfaro A، Bayman P (2011). "Hidden fungi, emergent properties: endophytes and microbiomes". Annual Review of Phytopathology. ج. 49: 291–315. DOI:10.1146/annurev-phyto-080508-081831. PMID:19400639. S2CID:12770904. مؤرشف من الأصل في 2022-06-11.
↑  Doornbos RF، van Loon LC، Bakker PA (2011). "Impact of root exudates and plant defense signaling on bacterial communities in the rhizosphere. A review" (PDF). Agronomy for Sustainable Development. ج. 32 ع. 1: 227–43. DOI:10.1007/s13593-011-0028-y. S2CID:26283073. مؤرشف من الأصل (PDF) في 2022-02-18.
↑  Bakker AH، Doornbos RF، Zamioudis C، Berendsen RL، Pieterse CM (2013). "Induced Systemic Resistance and the Rhizosphere Microbiome". The Plant Pathology Journal. ج. 29 ع. 2: 136–43. DOI:10.5423/PPJ.SI.07.2012.0111. PMC:4174772. PMID:25288940.
↑  Packer A، Clay K (مارس 2000). "Soil pathogens and spatial patterns of seedling mortality in a temperate tree". Nature. ج. 404 ع. 6775: 278–81. Bibcode:2000Natur.404..278P. DOI:10.1038/35005072. PMID:10749209. S2CID:23292138. مؤرشف من الأصل في 2020-02-03.
↑  Smith SE، Read DJ (1996). Mycorrhizal Symbiosis (ط. 2nd). New York, NY: Academic Press. ISBN:978-0-08-053719-1.
1 2  Zeilinger S، Gupta VK، Dahms TE، Silva RN، Singh HB، Upadhyay RS، Gomes EV، Tsui CK، Nayak SC (مارس 2016). "Friends or foes? Emerging insights from fungal interactions with plants". FEMS Microbiology Reviews. ج. 40 ع. 2: 182–207. DOI:10.1093/femsre/fuv045. PMC:4778271. PMID:26591004.
↑  Jumpponen A، Trappe JM (أكتوبر 1998). "Dark Septate Endophytes: A Review of Facultative Biotrophic Root-Colonizing Fungi". New Phytologist. ج. 140 ع. 2: 295–310. DOI:10.1046/j.1469-8137.1998.00265.x. JSTOR:2588371. PMID:33862835.
↑  Downie JA (مارس 2010). "The roles of extracellular proteins, polysaccharides and signals in the interactions of rhizobia with legume roots". FEMS Microbiology Reviews. ج. 34 ع. 2: 150–70. DOI:10.1111/j.1574-6976.2009.00205.x. PMID:20070373.
1 2 3 4  Wheatley RM، Poole PS (يوليو 2018). "Mechanisms of bacterial attachment to roots". FEMS Microbiology Reviews. ج. 42 ع. 4: 448–461. DOI:10.1093/femsre/fuy014. PMID:29672765.
1 2  Udvardi M، Poole PS (29 أبريل 2013). "Transport and metabolism in legume-rhizobia symbioses". Annual Review of Plant Biology. ج. 64 ع. 1: 781–805. DOI:10.1146/annurev-arplant-050312-120235. PMID:23451778.
1 2  Moissl-Eichinger، Christine؛ Pausan، Manuela؛ Taffner، Julian؛ Berg، Gabriele؛ Bang، Corinna؛ Schmitz، Ruth A. (18 أغسطس 2017). "Archaea Are Interactive Components of Complex Microbiomes". Trends in Microbiology. ج. 26 ع. 1: 70–85. DOI:10.1016/j.tim.2017.07.004. ISSN:0966-842X. PMID:28826642.
1 2  Chelius، M.K.؛ Triplett، E.W. (23 فبراير 2001). "The Diversity of Archaea and Bacteria in Association with the Roots of Zea mays L." Microbial Ecology. ج. 41 ع. 3: 252–263. DOI:10.1007/s002480000087. ISSN:0095-3628. PMID:11391463. S2CID:20069511. مؤرشف من الأصل في 2023-04-15.
↑  Prudence، Samuel M.M.؛ Worsley، Sarah؛ Balis، Lucas؛ Murrell، J. Colin؛ Lehtovirta-Morley، Laura؛ Hutchings، Matthew L. (1 مارس 2019). "Root-associated archaea: investigating the niche occupied by ammonia oxidising archaea within the wheat root microbiome". Access Microbiology. ج. 1 ع. 1A. DOI:10.1099/acmi.ac2019.po0112. ISSN:2516-8290.
1 2 3 4  Leininger، S.؛ Urich، T.؛ Schloter، M.؛ Schwark، L.؛ Qi، J.؛ Nicol، G. W.؛ Prosser، J. I.؛ Schuster، S. C.؛ Schleper، C. (17 أغسطس 2006). "Archaea predominate among ammonia-oxidizing prokaryotes in soils". Nature. ج. 442 ع. 7104: 806–809. Bibcode:2006Natur.442..806L. DOI:10.1038/nature04983. ISSN:0028-0836. PMID:16915287. S2CID:4380804. مؤرشف من الأصل في 2023-01-05.
↑  Pump، Judith؛ Pratscher، Jennifer؛ Conrad، Ralf (27 يناير 2015). "Colonization of rice roots with methanogenic archaea controls photosynthesis-derived methane emission". Environmental Microbiology. ج. 17 ع. 7: 2254–2260. DOI:10.1111/1462-2920.12675. ISSN:1462-2912. PMID:25367104.
1 2  Wang، Haitao؛ Su، Jianqiang؛ Zheng، Tianling؛ Yang، Xiaoru (4 فبراير 2015). "Insights into the role of plant on ammonia-oxidizing bacteria and archaea in the mangrove ecosystem". Journal of Soils and Sediments. ج. 15 ع. 5: 1212–1223. DOI:10.1007/s11368-015-1074-x. ISSN:1439-0108. S2CID:84753901. مؤرشف من الأصل في 2020-02-03.
↑  Herrmann، M.؛ Saunders، A. M.؛ Schramm، A. (14 مارس 2008). "Archaea Dominate the Ammonia-Oxidizing Community in the Rhizosphere of the Freshwater Macrophyte Littorella uniflora". Applied and Environmental Microbiology. ج. 74 ع. 10: 3279–3283. Bibcode:2008ApEnM..74.3279H. DOI:10.1128/aem.02802-07. ISSN:0099-2240. PMC:2394948. PMID:18344332.
1 2 3  Liu، Yin؛ Li، Hong؛ Liu، Qun Fang؛ Li، Yan Hong (5 مارس 2015). "Archaeal communities associated with roots of the common reed (Phragmites australis) in Beijing Cuihu Wetland". World Journal of Microbiology and Biotechnology. ج. 31 ع. 5: 823–832. DOI:10.1007/s11274-015-1836-z. ISSN:0959-3993. PMID:25739566. S2CID:19039050. مؤرشف من الأصل في 2020-02-03.
↑  Chen، Xue-Ping؛ Zhu، Yong-Guan؛ Xia، Yue؛ Shen، Ju-Pei؛ He، Ji-Zheng (8 يوليو 2008). "Ammonia-oxidizing archaea: important players in paddy rhizosphere soil?". Environmental Microbiology. ج. 10 ع. 8: 1978–1987. DOI:10.1111/j.1462-2920.2008.01613.x. ISSN:1462-2912. PMID:18430011. مؤرشف من الأصل في 2022-08-26.
1 2  Ke، Xiubin؛ Lu، Yahai؛ Conrad، Ralf (28 أغسطس 2013). "Different behaviour of methanogenic archaea and Thaumarchaeota in rice field microcosms". FEMS Microbiology Ecology. ج. 87 ع. 1: 18–29. DOI:10.1111/1574-6941.12188. ISSN:0168-6496. PMID:23909555.
1 2  Song، Geun Cheol؛ Im، Hyunjoo؛ Jung، Jihye؛ Lee، Soohyun؛ Jung، Man‐Young؛ Rhee، Sung‐Keun؛ Ryu، Choong‐Min (21 يناير 2019). "Plant growth‐promoting archaea trigger induced systemic resistance in Arabidopsis thaliana against Pectobacterium carotovorum and Pseudomonas syringae". Environmental Microbiology. ج. 21 ع. 3: 940–948. DOI:10.1111/1462-2920.14486. ISSN:1462-2912. PMID:30461142. S2CID:53944018. مؤرشف من الأصل في 2020-02-03.
↑  Cheung، Man Kit؛ Wong، Chong Kim؛ Chu، Ka Hou؛ Kwan، Hoi Shan (26 سبتمبر 2018). "Community Structure, Dynamics and Interactions of Bacteria, Archaea and Fungi in Subtropical Coastal Wetland Sediments". Scientific Reports. ج. 8 ع. 1: 14397. Bibcode:2018NatSR...814397C. DOI:10.1038/s41598-018-32529-5. ISSN:2045-2322. PMC:6158284. PMID:30258074.
↑  Cadillo-Quiroz، Hinsby؛ Yavitt، Joseph B.؛ Zinder، Stephen H.؛ Thies، Janice E. (22 ديسمبر 2009). "Diversity and Community Structure of Archaea Inhabiting the Rhizoplane of Two Contrasting Plants from an Acidic Bog". Microbial Ecology. ج. 59 ع. 4: 757–767. DOI:10.1007/s00248-009-9628-3. ISSN:0095-3628. PMID:20024684. S2CID:22134029. مؤرشف من الأصل في 2020-02-03.
1 2  Marschner P، Yang CH، Lieberei R، Crowley DE (2001). "Soil and plant specific effects on bacterial community composition in the rhizosphere". Soil Biology and Biochemistry. ج. 33 ع. 11: 1437–45. DOI:10.1016/S0038-0717(01)00052-9.
↑  Broeckling CD، Broz AK، Bergelson J، Manter DK، Vivanco JM (فبراير 2008). "Root exudates regulate soil fungal community composition and diversity". Applied and Environmental Microbiology. ج. 74 ع. 3: 738–44. Bibcode:2008ApEnM..74..738B. DOI:10.1128/AEM.02188-07. PMC:2227741. PMID:18083870.
↑  Bogar LM، Kennedy PG (مارس 2013). "New wrinkles in an old paradigm: neighborhood effects can modify the structure and specificity of Alnus-associated ectomycorrhizal fungal communities". FEMS Microbiology Ecology. ج. 83 ع. 3: 767–77. DOI:10.1111/1574-6941.12032. PMID:23078526.
↑  Meinhardt KA، Gehring CA (مارس 2012). "Disrupting mycorrhizal mutualisms: a potential mechanism by which exotic tamarisk outcompetes native cottonwoods". Ecological Applications. ج. 22 ع. 2: 532–49. DOI:10.1890/11-1247.1. PMID:22611852.
بوابة طب
بوابة علم الأحياء
بوابة علم الأحياء الدقيقة
تمتص أوراق النبات ضوء الشمس وثاني أكسيد الكربون من الغلاف الجوي وتحويلهما إلى كربون ثابت. ينتقل هذا الكربون إلى جذور النبات، حيث ينتقل البعض إلى الأوراق. ينتقل الكربون الثابت الذي ينتقل إلى الجذر إلى خارج التربة المحيطة حيث تستخدمه الميكروبات كغذاء للنمو. في المقابل، تلتصق الميكروبات بجذر النبات حيث تعمل على تحسين وصول الجذور إلى العناصر الغذائية ومقاومتها للإجهاد البيئي ومسببات الأمراض. في العلاقات التكافلية الخاصة بالنبات/ الجذور، يفرز جذر النبات مركبات الفلافونيد في التربة التي تستشعرها الميكروبات، حيث تطلق هذه الميكروبات عوامل Nod إلى جذر النبات مما يحفز إصابة جذر النبات. تقوم هذه الميكروبات الفريدة بتثبيت النيتروجين في العقيدات الجذرية التي تزود النبات بالمغذيات.