غزو الولايات المتحدة لأفغانستان
2002: عملية أناكوندا

المقالات الرئيسة: 2002 في أفغانستان عملية أناكوندا
في يناير 2002 تم اكتشاف سلسلة أخرى من الكهوف في زاور جنوب تورا بورا مباشرة، وضربت غارات جوية تلك المواقع، ثم دخلتها فرق قوات العمليات الخاصة في المنطقة وفرق استطلاع، التي أمضت حوالي تسعة أيام في عمليات بحث مكثفة واستغلال الموقع، وتطهير ما يقدر بـ 70 كهفًا و 60 مبنى في المنطقة، فتمكنوا من الحصول على معلومات الاستخباراتية كثيرة وذخائر ضخمة، لكنهم لم يصادفوا أي مقاتل من القاعدة.
بعد أن أسس اللويا جيرغا حكومة مؤقتة في كابل برئاسة حامد كرزاي. أنشأت القوات الأمريكية قاعدتها الرئيسية في قاعدة بغرام الجوية شمال كابل. أصبح مطار قندهار أيضًا قاعدة أمريكية مهمة. أقيمت بؤر استيطانية في المقاطعات الشرقية لتعقب الهاربين من طالبان والقاعدة.
أعادت قوات القاعدة تجميع صفوفها في منطقة وادي شاه كوت بولاية بكتيا في يناير وفبراير 2002. بدأ الملا سيف الرحمن  أحد الهاربين في ولاية بكتيا بإعادة تشكيل بعض قوات طالبان التابعة له. بلغ عددهم أكثر من 1000 أوائل مارس 2002. أراد المتمردون شن هجمات حرب العصابات وربما شن هجوم كبير، كما فعل المقاتلين المناهضين للسوفييت في الثمانينيات.
اكتشفت الولايات المتحدة تلك التشكيلات، فبدأت القوات الأمريكية والكندية والأفغانية في 2 مارس 2002 «عملية أناكوندا» ضدهم. ولكن علقت شاحنات فرقة هامر في الوحل بسبب خطأ في الاتصال، فتأخر القصف الجوي المكثف. وقد أثبتت القوات الحكومية الأفغانية ضعيفة التدريب أنها غير قادرة على محاربة القاعدة بدون دعم جوي. فاستخدمت قوات المجاهدين الأسلحة الخفيفة والقذائف الصاروخية والهاون، وتحصنت في الكهوف والمخابئ في سفوح التلال التي ترتفع حوالي 3,000 م (10,000 قدم). واستخدموا تكتيكات «الكر والفر»، حيث يفتحوا النار ثم الانسحاب إلى الكهوف والمخابئ لمواجهة نيران الرد والقصف. قدر القادة الأمريكيون في البداية خصومهم على أنهم جيب معزول يقل عددهم عن 200. ولكن حسب تقديرات أخرى كان عدد المقاتلين يتراوح بين 1000-5000. وفي 6 مارس قُتل ثمانية أمريكيين، وسبعة أفغان متحالفين، وما يصل إلى 400 من مقاتلي القاعدة. في مرحلة ما هربت القوات الحكومية الأفغانية مذعورة أثناء تعرضها لنيران كثيفة من القاعدة ورفضت القتال، مما دفع رجال فرقة هامر لمواجهة القاعدة وحدهم. وأدت حوادث «النيران الصديقة» التي قصفت فيها الطائرات الأمريكية عدة مرات القوات الأمريكية في الأرض مماأدى إلى مزيد من الصعوبات. وجرت اشتباكات فرعية مثل معركة تاكور غار وعمليات جلوك للمتابعة وعملية بولار هاربون.
وفر عدة مئات من القاعدة وطالبان إلى المناطق القبلية في وزيرستان. أثناء عملية أناكوندا والحملات الأخرى خلال 2002 و 2003، وشاركت في العمليات القوة الجوية النيوزيلندية ومعها قوات خاصة من أستراليا وألمانيا والنرويج.
وفي فبراير 2002 اجتمع مجلس الأمن القومي ليقرر ما إذا كان سيتم توسيع قوة إيساف خارج كابل. في نزاع بين باول ورامسفيلد (وهو نمط تكرر في كثير من الأحيان من خلال إدارة بوش) سادت وجهة نظر رامسفيلد القائلة بأنه لا ينبغي توسيع القوة. كتب المؤرخون في وقت لاحق أن فشل قوة إيساف في الانتشار خارج كابل دفع كرزاي إلى عرض مواقع داخل الدولة للمفسدين المحتملين الذين ألحقت أنشطتهم ضررًا كبيرًا بسمعة الدولة. لأن ازدياد التمرد كان مرتبطًا بالمظالم المتعلقة بالحكم، وتلك كانت مشكلة خطيرة.
وكان وزير الدفاع الأمريكي دونالد رامسفيلد يهدف إلى تنفيذ عمليات في أفغانستان بأسرع ما يمكن، ثم المغادرة بأسرع ما يمكن أيضا. ومن ثم فقد رغب في التركيز على عمليات مكافحة الإرهاب الحركية وبناء جيش أفغاني جديد.
بدأت عملية هاربون في الساعات الأولى من يوم 13 مارس، بهدف القضاء على جيوب مقاومة طالبان والقاعدة في جبال أرما شرقي أفغانستان. كانت القوات البرية بقيادة المقدم بات ستوجران تحتوي على كتيبة كندية وقوة أمريكية من فوج المشاة 187 التابع الفرقة 101 المحمولة جواً.