مجاهدو البوسنة
ما بعد الحرب > محاكمات جرائم الحرب

زُعم أن المجاهدين البوسنيين شاركوا في جرائم حرب بما في ذلك قتل وتعذيب وقطع رؤوس المدنيين والجنود الصرب والكروات. ومع ذلك لم تصدر المحكمة الجنائية الدولية الخاصة بيوغوسلافيا السابقة لائحة اتهام ضدهم ولكن تم توجيه الاتهام إلى عدد قليل من ضباط جيش جمهورية البوسنة والهرسك على أساس مسؤولية القيادة. تم تبرئة كل من أمير كوبورا وأنور حاجي حسنوفيتش (ضباط جيش جمهورية البوسنة والهرسك المتهمين) في نهاية المطاف من جميع التهم المتعلقة بالحوادث المتعلقة بالمجاهدين. في الحكم خلص القضاة إلى أن المجاهدين مسؤولين عن إعدام 4 مدنيين كروات في قرية ميليتيتشي في أبريل 1993 والمعاملة غير الإنسانية لأسرى الحرب وقتل أحدهم في معسكر أوراشاتش في أكتوبر 1993.
تتعلق الأحكام الصادرة في قضيتي حاجي حسنوفيتش وكابورا بعدد من الأحداث التي تورط فيها المجاهدون. في 8 يونيو 1993 هاجمت وحدات جيش جمهورية البوسنة والهرسك ماليين وهي قرية كرواتية. بعد احتلال القرية وصلت إلى هناك وحدة من الشرطة العسكرية من اللواء 306 من جيش جمهورية البوسنة والهرسك. وقد كلف رجال الشرطة هؤلاء بإخلاء وحماية المدنيين في القرى التي استولى عليها جيش جمهورية البوسنة والهرسك. وترك الجرحى في الموقع ونقل ضباط الشرطة نحو مئتي شخص من بينهم مدنيون وجنود كروات باتجاه مهوريتشي. وأذن قائد اللواء 306 بنقل الجرحى في شاحنة ونقلهم إلى مهوريتشي. اعترض مجموعة من المجاهدين وعشرات من قوات جيش جمهورية البوسنة والهرسك في بوليانيتش القرويين المائتين الذين كانوا يرافقونهم إلى مهوريتشي من قبل اللواء 306 للشرطة العسكرية. وأسروا ما لا يقل عن 24 من الكروات في سن الخدمة العسكرية وفتاة كرواتية تبلغ من العمر 19 عام كانت ترتدي شارة الصليب الأحمر. ونُقل السجناء إلى بيكوشي بين ماليين ومهوريتشي. تم إعدام جميع هؤلاء السجناء بمن فيهم الفتاة البالغة من العمر 19 عام في بيكوشي أثناء احتجازهم.
في حكم المحكمة الجنائية الدولية ليوغوسلافيا السابقة أثناء محاكمة راسم ديليتش خلص القضاة إلى أن الادعاء أثبت أن أكثر من 50 صربي من الذين تم أسرهم خلال معركة فوزوتشا قتلوا في معسكر كامينيكا على يد المجاهدين. على الرغم من أن القضاة اتفقوا على أن ديليتش كان لديه سيطرة فعالة على وحدة المجاهدين فقد تمت تبرئته من المسؤولية منذ أن خلصت المحكمة الجنائية الدولية ليوغوسلافيا السابقة إلى أنه لا يمتلك معلومات كافية لمنعهم. تمت تبرئته أيضا من تهمة عدم إنقاذ 24 أسير كرواتي مسجون وفتاة كرواتية تبلغ من العمر 19 عام آنا برانييش من إعدام المجاهدين لأن الادعاء لم يثبت أنه قد تولى بالفعل منصب رئيس أركان حرب جيش جمهورية البوسنة والهرسك حيث تم تعيينه في نفس اليوم. وخلص القضاة إلى أن النيابة أثبتت أن المجاهدين عالجوا 12 أسير حرب صربي اعتقلوا أولا في قرية ليفادا ثم في معسكر كامينيكا بطريقة غير إنسانية من يوليو إلى أغسطس 1995 وقتلوا ثلاثة منهم. حكم على ديليتش بالسجن ثلاث سنوات لعدم إيقافهم.
في عام 2015 تحدث وزير حقوق الإنسان السابق ونائب رئيس اتحاد البوسنة والهرسك مرساد كيبو عن العديد من جرائم الحرب التي ارتكبها المجاهدون ضد الصرب في البوسنة والهرسك وعلاقاتهم بالمسؤولين المسلمين الحاليين والسابقين بما في ذلك الرؤساء السابقون والحاليون للاتحاد الفيدرالي ورؤساء البرلمان على أساس اليوميات والأدلة الموثقة الأخرى. وقدم أدلة إلى المدعي الفيدرالي في البوسنة والهرسك. كما اتهم كيبو شفيق جعفروفيتش الذي كان في ذلك الوقت قائد شرطة زينيتسا وآخرين بإخفاء جرائم الحرب عمدا. ندد حزب العمل الديمقراطي اتهاماته بأنها «أكاذيب وافتراءات رخيصة». وقرر المدعون الذين يحققون مع جعفروفيتش إسقاط التحقيق بعد فحص الوثائق التي أرسلها كيبو.
أُدين المجاهد العراقي عبد العظيم مكتوف بمساعدة مواطنيه في اختطاف مدنيين كروات من ترافنيك في عام 1993. وفي النهاية حكم عليه بالسجن لمدة ثلاث سنوات.
في عام 2016 قُدِّم قائد الفيلق الثالث في جيش جمهورية البوسنة والهرسك السابق شكيب محمودجين للمحاكمة لفشله في منع قتل صرب البوسنة والهرسك وتعذيبهم من قبل أعضاء وحدة المجاهدين في منطقتي فوزوتشا وزافيدوفيتشي. وبحسب لائحة الاتهام قُتل 50 أسير حرب صربي وقطعت رؤوس العديد منهم. وحُكم عليه بالسجن 10 سنوات في محكمة الدرجة الأولى في يناير 2021.