تاريخ إندونيسيا
ما قبل التاريخ

المقالة الرئيسة: إندونيسيا ما قبل التاريخ
في عام 2007، أظهر تحليل لعلامات جروح على عظمتين بقريتين وُجدتا في سانغيران أن الجروح حدثت قبل 1.5 إلى 1.6 مليون عام عبر أدوات صدفية. هذا هو الدليل الأقدم لوجود الإنسان الباكر في إندونيسيا. اكتُشفت بقايا متحجرة لإنسان منتصب (هومو إريكتوس)، تُعرف شعبيًا «بإنسان جاوة»، للمرة الأولى من قبل عالم التشريح الهولندي يوجين دوبوا في ترينيل عام 1891، ويُقدّر عمرها بما لا يقل عن 700 ألف عام، وكانت في ذلك الوقت أقدم سلف بشري عُثر عليه على الإطلاق. وُجدت بقايا إضافية لإنسان منتصب بعمر مماثل في سانغيران في ثلاثينيات القرن العشرين من قبل عالم الأنثروبولوجيا غوستاف هنريش رالف فون كوينيغسفالد، الذي كشف في الفترة التاريخية نفسها بقايا في نغاندونغ، بالإضافة إلى أدواتٍ أخرى متطورة، أُعيد تأريخ عمرها في عام 2011 بين 550 ألف عام و143 ألف عام. في عام 1977، اكتُشفت جمجمة إنسان منتصب أخرى في سامبونغماكان. في عام 2014، اكتُشف أقدم دليل عُثر عليه لنشاط فني، في شكل نقوش قطرية صنعتها أسنان أسماك القرش، على بقايا عمرها 500 ألف عام لمِلزم وُجد في جاوة في تسعينيات القرن التاسع عشر مرتبط بالإنسان المنتصب.
في عام 2003، اكتُشفت على جزيرة فلوريس بقايا بشريّ صغير جديد يبلغ عمره بين 74 ألف و13 ألف عام سُمّي «إنسان فلوريس» (هومو فلوريسنسيس)، الأمر الذي أثار دهشة المجتمع العلمي. يُعتقد أن هذا الإنسان الذي يبلغ طوله 3 أقدام فصيل ينحدر من الإنسان المنتصب وتقلَّص حجمه على مدى آلاف السنين عبر سيرورة معروفة جيدًا سُمّيت التقزُّم الجزيري. يبدو أن إنسان فلوريس كان قد تشارك الجزيرة مع الإنسان العاقل (هومو سابينز) الحديث حتى فترة تعود إلى 12 ألف عام، الفترة التي انقرض فيها. في عام 2010، اكتُشفت أدوات حجرية في فلوريس تعود إلى مليون سنة مضت، وهي الدليل الأقدم في أي مكان في العالم امتلك فيه الإنسان القديم تقنيةً لإنشاء معابر بحرية في هذا الوقت المبكر جدًا.
تشكَّل الأرخبيل خلال الذوبان بعد آخر عصر جليدي. سافر البشر الأوائل عبر البحر وانتشروا من براري آسيا شرقًا إلى غينيا الجديدة وأستراليا. وصل الإنسان العاقل إلى الإقليم قبل نحو 45 ألف عام. في عام 2011، كُشف الدليل في تيمور الشرقية المجاورة، مُظهرًا أن هؤلاء المستوطنين الأوائل كانوا قبل 42 ألف عام يمتلكون مهاراتٍ بحرية عالية المستوى، وضمنيًا التقنية الضرورية لإقامة معابر بحرية للوصول إلى آسيا وجزر أخرى، في حين كانوا يلتقطون أعدادًا كبيرة من سمك البحر مثل التونا ويستهلكونها.
تشكّل الشعوب الأسترونيزية غالبية السكان الحديثين. من المحتمل أنهم قد وصلوا إلى أندونيسيا في عام 2000 قبل الميلاد تقريبًا، ويُظن أن أصولهم من تايوان. امتدت حضارة دونغ سون إلى أندونيسيا جالبةً معها تقنيات زراعة حقول الأرز الرطبة، وشعائر تضحية بالجواميس، وصب البرونز، وتعلُّم تشكيل صخور الجندل، وطرائق حياكة إيكات. استمرت بعض هذه الممارسات في مناطق من بينها مناطق باتاقيون في سومطرة، وتوراجا في سولاويسي، وجزر عديدة في جزر سوندا الصغرى. كان الإندونيسيون الأوائل وثنيين كرّموا أرواح الموتى بإيمانهم بأن أرواحهم أو قوى حياتهم ما تزال قادرةً على مساعدة الأحياء.
أتاحت الظروف الزراعية المثالية وإتقان زراعة حقول الأرز الرطبة في وقت مبكر يعود إلى القرن الثامن قبل الميلاد الفرصة لازدهار القرى والمدن والممالك الصغيرة بحلول القرن الأول الميلادي. تطورت هذه الممالك (هي أكثر بقليل من من مجموعة من القرى التابعة لزعماء صغار) مع أديانها الإثنية والقبلية الخاصة بها. كانت درجات الحرارة المرتفعة والمنتظمة في جاوة، وأمطارها الوفيرة، وتربتها البركانية، مثاليةً لزراعة الأرز الرطب. تطلبت زراعة كهذه مجتمعًا منظمًا خلافًا لحقول الأرز الجافة التي هي نوع زراعة أبسط ولا تتطلب بنيةً اجتماعية متطورة لتدعهما.
ازدهرت صناعة الفخار في حضارة بوني في الساحل الشمالي غرب جاوة وبنتن في وقت بين عام 400 قبل الميلاد وعام 100 ميلادي. من المحتمل أن حضارة بوني كانت سلف مملكة تاروماناغارا، إحدى أقدم الممالك الهندوسية في إندونيسيا، منتجةً نقوشًا كثيرة ومشيّدةً بداية الفترة التاريخية في جاوة.