إيفانجيليون: 2.0 أنت (لا)
القصة

افتُتح الفيلم بهروب الهيكل العظمي للملاك الثالث المُحيا ومحاولته الخروج من قاعدة نيرف القطبية الشمالية، قاعدة بيتانيا، لكن ماري إلوستوريوس ماكينامي، قائدة إيفا جديدة، انطلقت بإيفانجيليون الوحدة المؤقتة-05 ودمرت الملاك بتدمير الوحدة-05 ذاتياً والخروج بسلام في اللحظة الأخيرة.
في تلك الأثناء، زار شينجي إيكاري ووالده غيندو قبر يوي. بعد ذلك بفترة قصيرة، بدأ الملاك السابع هجومه، ولكن قُضي عليه من قبل الوحدة-02 الواصلة للتو وقائدتها العنيدة، أسكا لانغلي شيكينامي. أوصل ريوجي كاجي إلى غيندو حقيبة تحتوي «مفتاح نبوخذنصر» الغامض ونوّه أن تدمير الوحدة-05 قد مضى كما خُطط له. بعد ذلك، غيندو وكوزو فويوتسكي زارا قاعدة نيرف القمرية، قاعدة تابغا، لرؤية بناء إيفانجيليون مارك.06، الملحوظ كونها مختلفة عن بقية وحدات الإيفا. لم يُسمح لهما بالهبوط، لكنهما رأيا كاورو ناغيسا جالساً على يد الإيفا بدون بدلة فضاء. خلال غياب غيندو، هاجم الملاك الثامن طوكيو-3، واستطاع شينجي، ريه، وأسكا القضاء عليه بخطة مرتجلة لميساتو كاتسراغي. كل من الوحدة-00 والوحدة-01 تضررتا. عاد غيندو وأمر بإصلاح الوحدتين كلتيهما، لكن سيلي سمحت فقط بإصلاح الوحدة-01.
في محاولة لتحسين العلاقة بين غيندو وشينجي، أعدت ريه وجبة عشاء. في الوقت ذاته، وصلت ماري إلى طوكيو-3. لاحقاً، تدمرت الوحدة-04 مع فرع نيرف في الولايات المتحدة أثناء تجربة، مما دفع الحكومة الأمريكية إلى إرسال الوحدة-03 إلى طوكيو-3. وفقاً لاتفاقية دولية تنص على ألا تمتلك أية دولة أكثر من ثلاث وحدات إيفانجيليون نشطة في الوقت ذاته، قامت نيرف بحجز الوحدة-02 وتنظيم اختبار للوحدة-03 في نفس يوم حفلة عشاء ريه؛ تطوعت أسكا لأخذ مكان ريه كقائدة الاختبار. سرعان ما بدأ الاختبار، سيطر الملاك التاسع على الإيفا ودمر المنشأة. قاد شينجي الوحدة-01، لكنه رفض قتال الملاك خوفاً من أن تتأذى أسكا، التي لا تزال محتجزة داخله. أمر غيندو بتفعيل النظام الوهمي، مما جعل الوحدة-01 ذاتية التحكم، وسمح لها بتدمير الوحدة-03 بوحشية، محطمة قمرة القيادة بين فكيها. غاضباً من قرار أبيه القاسي، غادر شينجي نيرف.
استطاعت أسكا النجاة، لكنها أصيبت بشكل كبير ووضعت في الحجر الصحي خوفاً من تلوث عقلي من قبل الملاك. اتجه شينجي لخارج المدينة، لكن الملاك العاشر بدأ بشن هجومه، لذا اتجه نحو مأوى الطوارئ. فشل غيندو في تشغيل الوحدة-01 بدون شينجي، لذا استولت ماري على الوحدة-02 وخرجت لقتال الملاك وحيدة. أزالت ماري مقيدات الوحدة-02 وبدأت هجوماً شاملاً على الملاك، لكنه ألحق بالإيفا أضراراً جسيمة. انضمت ريه للقتال بالوحدة-00 المتضررة واندفعت نحو الملاك بصاروخ N². انفجر الصاروخ، لكنه أخفق في قتل الملاك. ابتلع الملاك الوحدة-00 ودمجها مع جسمه، مما سمح له بالمرور خلال دفاعات نيرف.
بعد رؤية ريه تُبتلَع مع الوحدة-00، هرع شينجي نحو غيندو وطلب قيادة الوحدة-01 مجدداً. استطاع شينجي صد الملاك، لكن قبل أن يقضي عليه، نفدت طاقة الوحدة-01 وتوقفت عن العمل. نشطت الإيفا مجدداً في حالة هيجان تجاوباً مع غضب شينجي لفقده لريه. تمكن شينجي من الإطاحة بالملاك، واستعمل شينجي الإيفا للوصول إلى نواة الملاك من أجل إنقاذ ريه. بدأت الوحدة-01 بعدها بتجاوز حدودها الجسدية لتلبية أمنية شينجي. في اللحظة التي استعاد فيها شينجي ريه، سحبت الوحدة-01 نواة الوحدة-00 خارج الملاك. انفجر الملاك، وامتُصَّت بقاياه مع الوحدة-00 داخل الوحدة-01، مما دمج الثلاثة في كيان واحد. نتيجة لذلك، نمت للوحدة-01 أجنحة عملاقة من الضوء، وميساتو، التي كانت تراقب المعركة، رأت أنها مشابهة للأجنحة التي رأتها أثناء حدوث الاصطدام الثاني. أدركت ريتسكو حينها أن الإيفا قد تحولت إلى كيان إلهي، محفزة الاصطدام الثالث ومبينة أن ما يحدث هو نهاية العالم.
في مشهد ما بعد الائتمانات، هبط رمح غامض بسرعة من القمر وطعن الوحدة-01 في منتصف تأليهها، معطلاً الإيفا وموقفاً الاصطدام الثالث. هبط كاورو بعدها من القمر في مارك.06، قائلاً بأنه هذه المرة، سوف يري شينجي السعادة الحقيقية.