تاريخ القاعدة
ملجأ في أفغانستان

بعد سقوط النظام الشيوعي الأفغاني عام 1992، ظلت أفغانستان غير خاضعة للحكم فعلياً لمدة أربع سنوات، وكانت تعاني من صراعات داخلية مستمرة بين مجموعات المجاهدين المختلفة. سمح هذا الوضع لطالبان بتنظيم صفوفها. وحصلت طالبان أيضًا على دعم من خريجي المدارس الإسلامية، والتي تسمى المدرسة الدينية . وفقًا لأحمد رشيد ، فإن خمسة من قادة طالبان كانوا من خريجي دار العلوم حقانية، وهي مدرسة دينية في بلدة أكورة ختك الصغيرة  تقع البلدة بالقرب من بيشاور في باكستان، لكن المدرسة يرتادها بشكل كبير اللاجئون الأفغان. عكست هذه المؤسسة المعتقدات السلفية في تعاليمها، وكان الجزء الأكبر من تمويلها يأتي من التبرعات الخاصة من العرب الأثرياء. وكان أربعة من قادة طالبان قد التحقوا بمدرسة دينية مماثلة في قندهار، وكانت ذات تمويل وتأثير مماثل. وكانت اتصالات بن لادن تقوم بغسيل التبرعات المقدمة لهذه المدارس، كما تم استخدام البنوك الإسلامية لتحويل الأموال إلى "مجموعة" من الجمعيات الخيرية التي كانت بمثابة مجموعات واجهة لتنظيم القاعدة.
وقد قاتل العديد من المجاهدين الذين انضموا لاحقًا إلى حركة طالبان إلى جانب جماعة الحركة الانقلابية التابعة للأمير الحربي الأفغاني محمد نبي محمدي أثناء الغزو الروسي. كما تمتعت هذه المجموعة أيضًا بولاء معظم المقاتلين العرب الأفغان.
لقد مكن استمرار حالة الفوضى حركة طالبان المتنامية والمنضبطة من توسيع سيطرتها على الأراضي في أفغانستان، ووصلت إلى إنشاء جيب أطلق عليه اسم إمارة أفغانستان الإسلامية. وفي عام 1994، استولت على المركز الإقليمي في قندهار، وبعد تحقيق مكاسب إقليمية سريعة بعد ذلك، استولت طالبان على العاصمة كابول في سبتمبر/أيلول 1996.
في عام 1996، وفّرت أفغانستان التي تسيطر عليها حركة طالبان بيئة مثالية لتنظيم القاعدة. ورغم أن تنظيم القاعدة لم يعمل رسمياً مع طالبان، فإنه كان يتمتع بحماية طالبان ويدعم النظام في علاقة تكافلية قوية إلى الحد الذي دفع العديد من المراقبين الغربيين إلى وصف إمارة طالبان الإسلامية في أفغانستان بأنها "أول دولة ترعاها الجماعات الإرهابية في العالم". ومع ذلك، في ذلك الوقت، كانت باكستان والمملكة العربية السعودية والإمارات العربية المتحدة فقط هي التي تعترف بطالبان باعتبارها الحكومة الشرعية لأفغانستان. في عام 1996 أصدر أسامة بن لادن رسميا " إعلان النضال ضد الأميركيين المحتلين لبلاد الحرمين الشريفين " والذي دعا فيه المسلمين في كل أنحاء العالم إلى حمل السلاح ضد الجنود الأميركيين. في مقابلة مع الصحفي الإنجليزي روبرت فيسك؛ انتقد بن لادن الإمبريالية الأميركية ودعمها للصهيونية باعتبارها أكبر مصادر الاستبداد في العالم العربي . كما أدان بشدة الممالك الخليجية المتحالفة مع الولايات المتحدة؛ وخاصة الحكومة السعودية بسبب تغريب البلاد، وإزالة القوانين الإسلامية، واستضافة القوات الأمريكية والبريطانية والفرنسية. وأكد بن لادن أنه خطط لإثارة تمرد مسلح للإطاحة بالنظام السعودي بمساعدة جنوده المجاهدين وإقامة إمارة إسلامية في شبه الجزيرة العربية تطبق الشريعة الإسلامية بشكل صحيح. وعندما سئل عما إذا كان يسعى لشن حرب ضد العالم الغربي، أجاب بن لادن: "إن هذا ليس إعلان حرب، بل هو وصف حقيقي للوضع. وهذا لا يعني إعلان الحرب ضد الغرب والشعوب الغربية، بل ضد النظام الأميركي الذي هو ضد كل مسلم." ردًا على تفجيرات السفارة الأمريكية عام 1998، هاجمت الولايات المتحدة قاعدة لتنظيم القاعدة في ولاية خوست خلال عملية الوصول اللانهائي.
أثناء وجودها في أفغانستان، كلفت حكومة طالبان تنظيم القاعدة بتدريب اللواء 055، وهو عنصر النخبة في جيش طالبان. يتكون اللواء في معظمه من المقاتلين الأجانب، وقدامى المحاربين من الغزو السوفييتي، وأتباع أيديولوجية المجاهدين. في نوفمبر 2001، وبعد أن أطاحت عملية الحرية الدائمة بحكومة طالبان، تم القبض على العديد من مقاتلي اللواء 055 أو قتلهم، ويعتقد أن الناجين فروا إلى باكستان مع بن لادن.
أكدت المديرية الوطنية للأمن الأفغانية في أكتوبر 2019 مقتل زعيم تنظيم القاعدة عاصم عمر في منطقة موسى قلعة بأفغانستان بعد غارة جوية مشتركة بين القوات الخاصة الأمريكية والأفغانية في 23 سبتمبر. في تقرير صدر في 27 مايو/أيار 2020، ذكر فريق الدعم التحليلي ومراقبة العقوبات التابع للأمم المتحدة أن العلاقات بين طالبان والقاعدة لا تزال قوية حتى يومنا هذا، بالإضافة إلى أن القاعدة نفسها اعترفت بأنها تعمل داخل أفغانستان.
في 26 يوليو 2020، ذكر تقرير للأمم المتحدة أن تنظيم القاعدة لا يزال نشطًا في اثنتي عشرة مقاطعة في أفغانستان وأن زعيمه الظواهري لا يزال متمركزًا في البلاد. وأن فريق الرصد التابع للأمم المتحدة يقدر أن العدد الإجمالي لمقاتلي القاعدة في أفغانستان يتراوح بين "400 و600".