النظام الإفرازي الثالث في البكتيريا
قضايا عالقة

منذ منتصف التسعينات تم نشر مئات المقالات عن (T3SS). بالرغم من ذلك، لا يزال هناك العديد من القضايا العالقة وغير المحلولة حول هذا النظام:
بروتين (T3SS): بين كل 30 بروتين (T3SS) هناك أقل من 10 بروتينات في كل كائن يتم الكشف عنها مباشرة من خلال استخدام أساليب الكيمياء الحيوية. باقي البروتينات، تكون ربما نادرة، تم اثبات صعوبة الكشف عنها ولا تزال بروتينات نظرية (رغم أنه تم إجراء الدراسات الجينية بدلا من دراسات الكيمياء الحيوية على العديد من بروتينات\جينات (T3SS) ). بالإضافة إلى ذلك، فإنّ موقع كل بروتين على حدى ليس معروفاً تماماً.
طول الإبرة: من الغير معروف كيف تعرف البكتيريا أن الإبرة الجديدة قد وصلت الطول المناسب. توجد العديد من النظريات، من بينهم وجود بروتين حاكم “ruler protein” الذي يربط بطريقة أو بأخرى رأس وقاعدة الإبرة. أضافة أحادية (monomers) جديدة إلى رأس الإبرة يتطلب امتداد البروتين الحاكم وبذلك يعطي إشارة لطول الإبرة إلى القاعدة.
علم الطاقة: القوة التي تحرك البروتين داخل الإبرة غير معلومة تماماً. إحدى ال (ATPase) يرتبط بقاعدة بروتين (T3SS) ويشارك في توجيه البروتين في الإبرة، لكنه ليس واضحاً إذا كان يزودها بالطاقة للانتقال.
إشارة الإفراز: كما ذكر أعلاه، ان وجود إشارة افراز في المؤثرات هو شيء معروف. هذه الإشارة تسمح للنظام أن يميّز بروتينات نقل (T3SS) عن باقي البروتينات. لكن فهم طبيعة هذه الإشارة ومتطلباتها واّليه تعرّفها لا يزال ضعيفاً. لكن وسائل توقع أي من بروتينات البكتيريا يمكنه الانتقال عن طريق النظام الثالث من الإفراز تم تطويرهم مؤخراً.
تفعيل الإفراز: على البكتيريا أن تعرف ما هو الوقت الصحيح لإفراز المؤثرات. الإفراز الغير ضروري وهو حين تفرز البكتيريا ولا يكون هناك أي خلايا مضيفة مجاورة، هذا النوع من الإفراز يعتبر اسراف للبكتيريا من حيث الطاقة والموارد. البكتيريا قادرة على تعريف الاتصال بين الإبرة والخلية المضيفة، كيف يحصل هذا لا يزال طور البحث، والطريقة أو الأسلوب المستخدم ربما يعتمد على العوامل المسببة للأمراض. بعض النظريات تفترض تغيّر دقيق في التكوين الجزئي لشكل الإبرة أثناء اتصالها مع الخلية المضيفة، هذا التغيّر ربما يعمل كإشارة للقاعدة حتى تبدأ الإفراز. وقد تم اكتشاف أسلوب واحد من أساليب التعرّف في السالمونيلا، ويعتمد هذا الأسلوب على استشعار درجة حموضة العصارة الخلوية للخلية المضيفة خلال الجزيرة الإمراضية T3SS " the pathogenicity island 2-encoded T3SS” من اجل التبديل في افرازات المؤثرات.
ارتباط ال (chaperones): إنه ليس من المعروف متى ترتبط الـ (chaperopns) في المستجي «سواء أثناء أو بعد الترجمة» وكيف تنفصل عن مؤثراتها قبل الإفراز.
آليات عمل المؤثرات: رغم أنه تم اكتشاف الكثير من بداية القرن الواحد والعشرين عن الطرق التي تقوم فيها مؤثرات ال (T3SS) بالتلاعب في الخلية  المضيفة، لا تزال معظم التأثيرات والمسارات غير معروفة حتى اللحظة.
التطور: كما ذكر سابقاً، (T3SS) يرتبط ارتباطاً وثيقاً بسوط البكتيريا. هناك ثلاث فرضيات متنافسة: أولها، أن السوط تطور أولاً ثم T3SS اشتق من هذا شكل السوط. الثانية، أن الT3SS تطورت أولاً ثم اشتق السوط من شكلها، والثالثة، أن الشكلين «السوط و T3SS» تم اشتقاقهما من سلف مشترك. كان هناك الكثير من الجدل حول الفرضيات المختلفة بما أن الفرضيات الثلاثة توضح وتشرح التماثل البروتيني بين الشكلين، وكذلك التنوع الوظيفي لهما. ومع ذلك، أدلة التطور الجيني تفضل الفرضية التي تفترض أن الT3SS تم اشتقاقه من السوط البكتيري، من خلال عملية تقوم على فقدان الجينات الأولية واكتساب جينات جديدة. الخطوة الرئيسية في العملية الأخيرة هي تطويع ال (secretins) إلى (T3SS), وهو الحدث الذي يحدث أكثر بثلاث مرات على الأقل في هذا النظام عن النظم الأخرى المرتبطة بالغشاء.