مجزرة باتافيا 1740
ما بعد ذلك

تُقدر كثير من الإحصاءات أن عدد الضحايا الصينيين وصل إلى عشرة آلاف قتيل في جدران مدينة باتافيا، وحوالي 500 مصابين بإصابات خطيرة. ويتراوح عدد مساكن الصينيين التي تم الهجوم عليها ونهبها وحرقها ما بين 600 و700 بيت. قدر فيرميولين عدد الناجيين 600 شخصاً. بينما قدر عالِم إندونيسي أن عدد الناجيين وصل إلى ثلاثة آلاف صيني. وقد أكد مؤرخ إندونيسي أن 500 سجين ومريض تم قتلهم وأن إجمالي عدد الناجيين يبلغ 3431 شخصاً صينياً. وهذه المجزرة تتبعتها فترة تبيح فيها قتل أي صيني إندونيسي في جاوة، مما أدى إلى مجازر أخرى في سمارانغ في عام 1741 وأخرى في سورابايا]] وجريسيك.
كجزء من وقف العنف تم نقل كل الإندونيسيين الصينيين من باتافيا إلى الحي الصيني؛ خارج حوائط مدينة باتافيا. وهذا أتاح للقوات الهولندية مراقبة الصينيين بسهولة أكثر. والجدير بالذكر أن الصينيين كانوا لا يستطيعون مغادرة هذا الحي بدون إذن خاص بالخروج. وبالرغم من أن معظهم رجعوا إلى باتافيا الداخلية في عام 1743؛ الكثير من التجار بدأوا بالعمل فيها. إلا أن الكثير من الصينيين الإندونيسيين هربوا إلى وسط جاوة، حيث قاموا بمهاجمة شواحن الهولنديين التجارية وبعد ذلك أنضموا إلى كتائب تحت قيادة سلطان جاوي يسمى ماتارام باكوبووانا الثاني. بالرغم من أن هذه الاعتراضات والمظاهرات تم إخمادها في عام 1743، إلا أن التصادمات استمرت في جاوة لمدة سبعة عشرة عاماً متتالية بدون انقطاع.
في السادس من أكتوبر عام 1740، تم القبض على «فان إيمهوف» واثنين من أعضاء المجلس بأمر من فالكنيير بتهمة عدم الولاء. وفي الثالث عشر من يناير تم إرسالهم إلى الأراضي الهولندية في سفن منفصلة؛ ووصلوافي التاسع عشر من شهر سبتمبر 1741. في هولندا، أقنع فان ايمهوف المجلس أن اللوم كله يقع على عاتق فالكنيير، أنه هو المسؤول عن المذبحة التي حدثت، وقد ألقى خطاباً شاملاً وكان عنوانه:«بحث عن أحوال الشركة الهند الشرقية الهولندية الجارية» في الرابع والعشرين من نوفمبر. نتيجة لهذا الخطاب، تم تبرئة فان ايمهوف وعضوية المجلس من التُهم المنسوبة إليهم. في السابع والعشرين من أكتوبر 1742 تم إرسال ايمهوف إلى باتافيا كحاكم عام جديد للهند الشرقية. وقد وصل إلى الهند في السادس والعشرين من مايو 1743
في 1740، قد طُلٍب من فالكنيير استبداله. وفي فبراير 1741، استقبل خطاب يأمره بتعيين فان ايمهوف كخليفة له؛ رأي آخر يقول أن المُلاك التسعة للشركة الهندية الشرقية بعثوا له هذا الخطاب الذي يفسرون فيه انه تم استبدال فالكنيير بفان ايمهوف كعقاب لفالكنيير لأنه استورد الكثير من السكر والقليل من البُن في عام 1739 مما أدى إلى خسائر مادية فادحة. وخلال ذلك الوقت، فان ايمهوف كان في طريقه راجعاً إلى الأراضي الهولندية. غادر فالكنيير الهند في السادس من نوفمبر، بعد أن عين خليفة له مؤقت يُدعى «جوهانز ثيدين». وبعد أن أخذ الأمر بالمغادرة، ترك الهند إلى هولندا. وعند وصوله إلى كيب تاون، في الخامس والعشرين من يناير 1742، تم اعتقاله. وتم التحقيق معه بأوامر من حُكام الشركة الهندية الشرقية. وفي أغسطس 1742، تم إرسال فالكنيير إلى باتافيا، حيث تم اعتقاله في قلعة باتافيا، وبعد ثلاثة أشهر، تمت محاكمته في العديد من التُهم منها تورطه في مجزرة باتافيا. في مارس 1744، تم الحكم عليه بالإعدام وتمت مصادرة كل أملاكه. في ديسمبر 1744، أُعيدت المحاكمة بعد أن ألقى خطاباً طويلاً يؤكد فيه على براءته من هذه التُهم المنسوبة إليه. وطالب فالكنيير الحكونة الهولندية بالأدلة التي تثبت إدانته، ولكن وافته المنية في السجن العشرين من يونيو 1751 قيل انتهاء التحقيقات. ولكن في 1755 بعد موته، تم إثبات براءته وإلغاء عقوبة الإعدام. وصف فيرميولين التحقيقات بأنها غير عادلة مشتعلاً من الرأي العام في ذلك الوقت، وخصوصاً بعد أن تسلم أدريان ابن فالكنيير تعويضات تساوي 725 ألف جيلدر.
أيضاً تأثر إنتاج السكر بعد هذه المجزرة، بسبب قَتل بعض المنتجين الصينيين للسكر واختفاء البعض الآخر. بدأت الأوضاع تتحسن بعد أن احتل الحاكم العام الجديد فان ايمهوف مدينة تانجرانج. في البداية، أمر رجال بالمجئ من هولندا للعمل في الأرض؛ لاعتقاده بأن العٌمال الذي يعيشون في الهند الشرقية لا يصلحون للعمل لكسلهم. ولكن لم يستطع أن يجذب سكان جدد لهذه الأرض بسبب ارتفاع الضرائب، لذلك قام ببيعها لسكان من باتافيا. ولكن هؤلاء الملاك لم يريدوا أن يلوثو ايديهم، لذا قاموا بتأجيرها لأفراد إندونيسية صينية. نتيجة لهذا، تحسن الإنتاج وارتفع من بداية ستينيات القرن الثامن عشر ولكنه انخفض وكاد أن يختفي في بداية السبعينيات من نفس القرن. وأيضاً أعداد طواحين السكر قل عددها وتناقصت. كان يوجد في عام 1710، 131 طاحونة، وظلت تتناقص حتى بلغ عددهم 66 طاحونة في عام 1750.