قلعة كارنارفون
في وقت لاحق

لمدة قرنين تقريبًا بعد غزو ويلز، ظلت الترتيبات التي وضعها إدوارد الأول لحكم البلاد سارية. خلال هذا الوقت كانت القلعة محصنة باستمرار، وكانت كارنارفون فعليًا عاصمة شمال ويلز. وقد عرفت بدرجة من التمييز، حيث كانت الوظائف الإدارية الأكثر أهمية في ويلز مغلقة عادةً أمام الويلزيين. امتد التوتر بين الويلزيين وغزاتهم الإنجليز في بداية القرن الخامس عشر مع اندلاع انتفاضة جليندور (1400-1415). خلال الثورة، كان كارنارفون أحد أهداف جيش أوين جليندور. تمت محاصرة المدينة والقلعة  في عام 1401 وفي نوفمبر من ذلك العام دارت معركة توثيل في مكان قريب بين المدافعين عن كارنارفون والقوة المحاصرة. في عامي 1403 و1404 حاصرت القوات الويلزية مدينة كارنارفون بدعم من القوات الفرنسية. كانت الحامية في ذلك الوقت حوالي الثلاثين. أدى انضمام سلالة تيودور إلى العرش الإنجليزي في عام 1485 إلى حدوث تغيير في طريقة إدارة ويلز. كانت عائلة تيودور من ويلز في الأصل، وخفف حكمهم العداوات بين الويلزية والإنجليزية. نتيجة لذلك أصبحت القلاع مثل كارنارفون، التي وفرت مراكز آمنة يمكن من خلالها إدارة البلاد. وفي عام 1538 أفيد أن العديد من القلاع في ويلز كانت «مدمرة ومتهالكة من أجل الحصول على تعويضات بسيطة».
ظلت جدران المدينة والقلعة في حالة جيدة، في حين أن الميزات التي تتطلب الصيانة - مثل الأسطح - كانت في حالة تآكل وكثير من الأخشاب فاسدة. كانت الظروف سيئة للغاية لدرجة أن أبراج القلعة السبعة وبوابتين، فقط برج إيجل وبوابة الملك كانا لهما أسقف بحلول عام 1620. جردت المباني المحلية داخل القلعة من أي شيء ذي قيمة، مثل الزجاج والحديد. على الرغم من تدهور المباني المحلية، كانت دفاعات القلعة في حالة جيدة بما فيه الكفاية لدرجة أنه خلال الحرب الأهلية الإنجليزية في منتصف القرن السابع عشر، تحصن بها ا الملكيون. حوصرت قلعة كارنارفون ثلاث مرات خلال الحرب.
كان الشرطي جون بايرون، بارون بايرون الأول، الذي استسلم كارنارفون التابع للقوات البرلمانية في عام 1646. وهذه آخر مرة تشهد فيها قلعة كارنارفون القتال. على الرغم من أنه صدر أمر في عام 1660 بتفكيك القلعة وأسوار المدينة.
أهملت القلعة حتى أواخر القرن التاسع عشر. من سبعينيات القرن التاسع عشر فصاعدًا، مولت الحكومة إصلاحات قلعة كارنارفون. أشرف نائب شرطي لويلين تيرنير على العمل، وفي كثير من الحالات قام بترميم وإعادة بناء القلعة بشكل مثير للجدل، بدلاً من مجرد الحفاظ على الأعمال الحجرية الحالية. تم إصلاح السلالم والأسوار والأسقف، وتم تطهير الخندق الواقع شمال القلعة من المباني التي تعود إلى العصور الوسطى والتي كانت تُفسد المنظر، على الرغم من احتجاج السكان المحليين. تحت رعاية مكتب الأشغال وخلفائه منذ عام 1908، تم الحفاظ على القلعة لأهميتها التاريخية. في عام 1911 استخدمت كارنارفون لتنصيب أمير ويلز لأول مرة للأمير إدوارد (لاحقًا إدوارد الثامن) الابن الأكبر للملك جورج الخامس المتوج حديثًا؛ أقيم الحفل هناك بإصرار من وزير الخزانة ديفيد لويد جورج، وهو ويلزي نشأ في كارنارفونشاير. في عام 1969، تكررت السابقة مع تنصيب تشارلز أمير ويلز. على الرغم من أن قلعة كارنارفون كانت ملكًا لـكراون منذ بنائها، إلا أنها تحت رعاية كادو، قسم البيئة التاريخية في حكومة ويلز، والمسؤول عن صيانة المباني التاريخية في ويلز والعناية بها. في عام 1986، تمت إضافة مدينة كارنارفون إلى قائمة اليونسكو لمواقع التراث العالمي كجزء من «القلاع وأسوار المدينة للملك إدوارد في جوينيد» تقديراً لأهميتها العالمية وللمساعدة في الحفاظ على الموقع وحمايته. تضم القلعة متحف رويال ويلش فيوزيليرس. خلال عام 2015، تم بناء «جناح مدخل» جديد، صممه المهندسون المعماريون دونالد إنسال أسوشيتس.
تعد قلعة كارنارفون الآن من المعالم السياحية الرئيسية، حيث زار أكثر من 205000 شخص المعالم السياحية في عام 2018.