محادثات جوبا 2006–08
استئناف

بعد هذا التعليق في محادثات السلام مكّن مشروع مبادرة جوبا من إستئناف جهود الممثل الخاص للأمين العام فيأيار مايو 2007م وبفضل جهود الممثل الخاص للأمين العام للمناطق المتضررة من جيش الرب للمقاومة (يواكيم شيسانو).
توسطت المحادثات مرة أخرى حكومة جنوب السودان ولكن بدعم من الأمم المتحدة و (تيسير لوجستي) من مكتب تنسيق الشؤون الإنسانية (OCHA) تحت قيادة رئيسها المحلي إليان دوثويت.
في 29يونيو 2007م وافق الطرفان على مبادئ كيفية معالجة العادلة والمصلحة وهي الثالة من جدول الأعمال التي تتكون من خمسة نقاط.
إتفق جيش الرب للمقاومة والحكومة على أن إجراءات العدالة الرسمية ومراسم (ماتو أوبوت) التقليدية للمصالحة ستعلب دوراً، وصرحت الناطقة باسم وفد الحكومة (باريغي با هوكو)
و بأنها ستحاول إقناع المحكمة الجنائية الدولية بأن هذا سيعالج مخاوفهم بشأن الإفلات من العقاب وأن عمليات الاعتقال تحت إشراف المحكمة الجنائية الدولية لن تكون ضرورية. في نوفمبر 2007 ، سافر وفد من جيش الرب للمقاومة برئاسة (مارتن أوجول) إلى كمبالا لتأكيد التزامهم بحل سلمي للنزاع. قاد (أوجول) في وقت لاحق الوفد في جولة في شمال أوغندا للقاء ضحايا التمرد واستغفارهم ومع ذلك ظهرت تقارير تفيد بأن نائب قائد جيش الرب للمقاومة أوتي أُعدم في 8 أكتوبر 2007 أو حوالي ذلك التاريخ بسبب صراع داخلي على السلطة مع كوني.
في 20كانون الأول(ديسمبر) 2007م حددت الحكومة مهلة لإنهاء محادثات السلام بحلول 31كانون الثاني(ياناير) 2008م مهددة بذلك بشن هجوم عسكري جديد.
تم الإبلاغ عن وفاة (فنسنت أوتي) التي تم تأكيدها في منتصف ياناير 2008م لتهديد نجاح المحادثات. أُستؤنف المحادثات في 30ياناير2008م وتم تمديد وقف إطلاق النار حتى 29فبراير 2008. انضم الاتحاد الأوروبي والولايات المتحدة إلى المفاوضات، مما زاد عدد المراقبين إلى ثمانية.
تم تحقيق تقدم كبير في المفاوضات وهذا في 3 فبراير 2008 بشأن المساءلة والمصالحة. تم توقيع إتفاق في الـ19 فبراير 2008 قرر أن جرائم الحرب ستتم محاكمتها في قسم خاص من المحكمة العليا في اوغندا، وبالتالي تجاوز المحكمة الجنائية الدولية وإزالة واحدة من آخر العقبات أمام إبرام إتفاق سلام نهائي. وفي 22 فبراير 2008 إنسحب المتمردون من المحادثة مرة أخرى وهذا بعد حرمانهم من المناصب الحكومية العليا. ومع ذلك بعد فترة وجيزة وقعوا أتفاق انفراجة أخرى تنص على أنها «ستنظر في المناصب الحكومية والجيش» ولكن لم يتم تعيينهم تلقائيًا. لقد تم الإتفاق على وقف معاهدة سلام شاملة المتوقع بحلول 29فبراير 2008م (في 23فبراير 2008م).
ظهرت المزيد من المشاكل في الـ28 فبراير 2008 حيث طالب المتمردون بسحب لوائح اتهام المحكمة الجنائية الدولية، لكن الحكومة الأوغندية تريد فقط أن تطلب من الأمم المتحدة بعد أن تم تسريح المتمردين. قد تم التوقيع على إتفاق بشأن نزع السلاح والتسريح وإعادة الإدماج في وقت متأخر من يوم 29فبراير 2008م وترك توقيع معاهدة السلام نفسها كآخر إجراء مفقود.
تم تمديد الهدنة حتى الـ28 مارس 2008،  وسوف تستمر محادثات السلام النهائية في الـ12 مارس 2008.
رفض المدعي العام للمحكمة الجنائية الدولية (لويس مورينو أوكامبو) في 5مارس 2008م مطالبة المتمردين بعقد اجتماع قائلاً«إن أوامر الاعتقال الصادرة عن المحكمة تظل سارية ويجب تنفيذها». وذُكر أن زعيم المتمردين (كوني) سيخرج من الأدغال لتوقيع إتفاق السلام في 28مارس 2008م مع الإتفاق الضمني بأنه لن يتم القبض عليه ونقله إلى المحكمة الجنائية الدولية أثناء وجوده في العراء؛ ويعتقد أن مثل هذا الإجراء من المحتمل أن يشهد إعادة تعبئة لجيشه المتمرد. علاوة على ذلك، اقترح على أوغندا الضغط في مجلس الأمن التابع للأمم المتحدة لتعليق لوائح اتهام المحكمة الجنائية الدولية لمدة عام.
في 12 مارس 2008 ومع استمرار المحادثات النهائية إستفسرت المحكمة الجنائية الدولية عن التعريف الدقيق لسلطات قسم محكمة جرائم الحرب داخل اوغندا، في خطوة ينظر إليها على أنها تخفيف لوائح الاتهام ضد متمردي جيش الرب للمقاومة. تأخر التوقيع النهائي على إتفاق السلام في 26 مارس 2008م من (28 مارس 2008 إلى 3 أبريل 2008)
في حين لم يتم تمديد وقف إطلاق النار رسمياً مع هذا الموعد النهائي كان من المتوقع أن يواصل الطرفان الالتزام به. ثم تأخر التوقيع إلى 5 أبريل 2008. ولقد أُعلن فيوقت لاحق أن (كوني) سيوقع هذه الصفقة في بوش قبل يومين من ذلك. ومع ذالك تم تأجيل ذلك إلى 10أبريل 2008م وورد أن (كوني) كان يعاني من (الإسهال)
استفسرت المحكمة الجنائية الدولية عن الطبيعة الدقيقة للمحاكم الخاصة في أوغندا. أرجى (كوني) لتوقيع المعاهد النهائية مرة أخرى في 10أبريل 2008م حيث طلب الحصول على مزيد من المعلومات حول نوع العقوبات التي قد يواجهها.
أوضح لاحقاً أنه يريد معرفة المزيد من التفاصيل حول كيفية استخدام (ماتو أوبوت) العدالة التقليدية في (أكولي) وكيف سيعمل التقسيم الخاص للمحكمة العليا بالضبط  ثم علق محادثات
السلام وعين فريقًا جديدًا للتفاوض مدعيا أنه «تم تضليله». وعلى وجه التحديد طرد (كوني) كبير مفاوضي جيش الرب للمقاومة (ديفيد نياكوراتش ماتسانغا) وإستبدله بـ (جيمس أوبيتا). فشل (كوني) فيما بعد في الظهور في نابانغا لتوقيع المعاهدة.