سلالة يوان الشمالية
هيمنة الأويرات (1388 – 1478)

في عام 1388، جرى الاستيلاء على العرش اليواني الشمالي من قِبل جوريغتو خان يسودير، الذي ينحدر من سلالة أريك بوغ (ابن تولي)، بدعم من الأويرات. في السنة التالية، أسس أحد رعايا الأوسخال خان، غوناشيري، سليل جغتاي خان، دولته الصغيرة التي تدعى كارا ديل في هامي.
شهد القرن التالي تعاقب حكام السلالة الجنكيزية، وكان العديد منهم حكام صوريين فحسب وُضعوا على العرش من قِبل أمراء الحرب، الذي صدف وكانوا الأكثر قوة. من نهاية القرن الرابع عشر وما بعد  ظهرت تعيينات مختلفة مثل «فترة الملوك الصغار». وقف الأورايت (المغوليون الغربيون) من جهة، وعلى الجهة الأخرى وقف الخورتشين (المغوليون الشرقيون). في حين عيّن الأويرات خاناتهم من سلالة أريك بوك وأمراء آخرين، دعم أروغتاي من مجموعة أسود العسكرية خانات اليوان السابقين المتحدرين من سلالة قوبلاي. حاولت عائلة أوغيدي أيضًا لوقت وجيز إعادة توحيد المغول تحت حكمها.
انقسم المغول إلى ثلاث مجموعات رئيسية: الأويرات في الغرب، الأوريانخاي في الشمال الشرقي، والخورتشين بينهما. استسلم الأوريانخاي لسلالة المينغ في ثلاثينيات القرن الرابع عشر. قسمهم المينغ إلى ثلاث حاميات: دويين وتاينين وفويو.
كانت علاقات يوان مع سلالة المينغ عبارة عن موجات متقطعة من الصراع تخللها فترات من العلاقات السلمية وتجارات عبر الحدود. في عام 1402، ألغى أوروغ تيمور خان (غيليتشي) اسم سلالة يوان العظمى؛ بيد أنه، هُزم من قِبل أولجي تيمور خان (بانياشيري، حكم: 1403 – 1412)، بدعم من تيمورلنك (توفي: 1405)، في عام 1403. تحالف معظم النبلاء المغوليين التابعين للمستشار أروغتاي مع أولجي تيمور. أصدر الإمبراطور يونغلي (حكم: 1402 – 1424) إنذارًا نهائيًا لأولجي تيمور مُطالبًا بقبوله لسلالة المينغ كدولة مهيمنة. رفض أولجي تيمور، مما أدى إلى قيام سلالة المينغ بعدة حملات ضد المغول. في عام 1409، دخل جيش من المينغ بتعداد 100,000 شخص، منغوليا لكنهم هُزموا أمام أولجي تيمور وأروغتاي في معركة خيرلين. في السنة التالية، قاد الملك يونغلي شخصيًا حملة عسكرية إلى منغوليا وهزم المغول. بعد وفاة أولجي تيمور، توّجَ الأويرات تحت قيادة باهامو (محمود) (توفي: 1417) ديلبغ خان من سلالة أريك بوكا عام 1412. في الأصل دعم المينغ الأويرات في صراع سلطتهم مع المغوليين الشرقيين، لكن مع هيمنة الأويرات عليهم، سحب المينغ دعمهم. بعد عام 1417 هيمن أروغتاي مرة أخرى، وقام يونغلي بحملات ضده عام 1422 و1423. دفع توغان، وهو خليفة باهامو، أروغتاي شرق جبال الخينغان الكبرى عام 1433. قتله الأويرات في غرب باوتو في السنة التالية. حاول حليف أروغتاي أداي خان (حكم 1425 – 1438) الصمود والمواجهة مرة أخيرة في إيجني قبل أن يُقتل أيضًا.
توفي توغان في نفس العام الذي انتصر فيه على أداي. أحضر ابنه إيسين تايشي (حكم: 1438 – 1454) الأويرات إلى قمة سلطتهم. تحت ظل خاناته الدمى، سيطر على مغولستان وسحق حاميات الأوريانخاي الثلاثة وكارا ديل والجورشين. في عام 1449 هزم جيشًا قويًا من المينغ مؤلفًا من 500,000 شخص، من خلال 20,000 خيّال فقط وأسر الإمبراطور زينتونغ في معركة تومو (تُعرف اليوم باسم أزمة تومو). لكن بعد هذا النصر المذهل، فشل إيسين بأخذ بكين عاصمة المينغ. في السنة التالية، أُبرم سلام بين الطرفين وسُمح للإمبراطور المأسور بالعودة إلى الوطن. بعد إعدام المتمردين تايسونغ خان (حكم: 1433 – 1453) وشقيقه أغبارجين عام 1453، لم يأخذ إيسين لقب خان فحسب، بل لقب إمبراطور يوان أيضًا. أدى هذا الأمر إلى إثارة معارضة انتشرت بين الجنكيزيين (من سلالة جنكيز خان)، وفي عام 1455 أدت سلسلة من الثورات إلى وفاة إيسين. إثر وفاته بدأ الأويرات بالانحدار، ولم يتعافوا حتى ظهورهم كخانات زنغهار في القرن السابع عشر.
من وفاة إيسين إلى عام 1481 تحارب أمراء الحرب من الخارتشين والبيلغوتيّ ومغول الأوردوس على الخلافة وتوّج كل منهم خاناته من السلالة الجنكيزية. يُدعى بعضهم من قِبل المؤرخين المغوليين بالأويغور ويمكن أن يكون لهم بعض الروابط مع واحة هامي. خلال فترة حكمه، انتصر ماندول خان (1475 – 1478) على معظم أمراء حرب المغول قبل وفاته عام (1478).