ديناميكا جزيئية
مراجع

↑  "معلومات عن ديناميكا جزيئية على موقع universalis.fr". universalis.fr. مؤرشف من الأصل في 2019-07-25.
↑  "معلومات عن ديناميكا جزيئية على موقع britannica.com". britannica.com. مؤرشف من الأصل في 2016-08-06.
↑  "معلومات عن ديناميكا جزيئية على موقع dx.doi.org". dx.doi.org. مؤرشف من الأصل في 2018-06-02.
↑  Schlick، Tamar (1996). "Pursuing Laplace's Vision on Modern Computers". Mathematical Approaches to Biomolecular Structure and Dynamics. The IMA Volumes in Mathematics and its Applications. ج. 82. ص. 219–247. DOI:10.1007/978-1-4612-4066-2_13. ISBN:978-0-387-94838-6.
↑  Bernal، J. D. (يناير 1997). "The Bakerian Lecture, 1962 The structure of liquids". Proceedings of the Royal Society of London. Series A. Mathematical and Physical Sciences. ج. 280 ع. 1382: 299–322. Bibcode:1964RSPSA.280..299B. DOI:10.1098/rspa.1964.0147.
↑  Fermi E., Pasta J., Ulam S., Los Alamos report LA-1940 (1955).
1 2  Alder، B. J.؛ Wainwright، T. E. (أغسطس 1959). "Studies in Molecular Dynamics. I. General Method". The Journal of Chemical Physics. ج. 31 ع. 2: 459–466. Bibcode:1959JChPh..31..459A. DOI:10.1063/1.1730376.
↑  Gibson، J B؛ Goland، A N؛ Milgram، M؛ Vineyard، G H (1960). "Dynamics of Radiation Damage". Phys. Rev. ج. 120 ع. 4: 1229–1253. Bibcode:1960PhRv..120.1229G. DOI:10.1103/PhysRev.120.1229.
1 2  Rahman، A. (19 أكتوبر 1964). "Correlations in the Motion of Atoms in Liquid Argon". Physical Review. ج. 136 ع. 2A: A405–A411. Bibcode:1964PhRv..136..405R. DOI:10.1103/PhysRev.136.A405.
↑  Koehl، P.؛ Levitt، Michael (1999). "A brighter future for protein structure prediction". Nature Structural Biology. ج. 6 ع. 2: 108–111. DOI:10.1038/5794. PMID:10048917.
↑  Raval، A؛ Piana، S؛ Eastwood، MP؛ Dror، RO؛ Shaw، DE (أغسطس 2012). "Refinement of protein structure homology models via long, all-atom molecular dynamics simulations". Proteins. ج. 80 ع. 8: 2071–9. DOI:10.1002/prot.24098. PMID:22513870.
↑  Beauchamp، KA؛ Lin، YS؛ Das، R؛ Pande، VS (10 أبريل 2012). "Are Protein Force Fields Getting Better? A Systematic Benchmark on 524 Diverse NMR Measurements". Journal of Chemical Theory and Computation. ج. 8 ع. 4: 1409–1414. DOI:10.1021/ct2007814. PMID:22754404. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |PMCID= تم تجاهله يقترح استخدام |pmc= (مساعدة)
↑  Piana، S؛ Klepeis، JL؛ Shaw، DE (فبراير 2014). "Assessing the accuracy of physical models used in protein-folding simulations: quantitative evidence from long molecular dynamics simulations". Current Opinion in Structural Biology. ج. 24: 98–105. DOI:10.1016/j.sbi.2013.12.006. PMID:24463371.
↑  Dynamics based pharmacophore models for screening potential inhibitors of mycobacterial cyclopropane synthase Chinmayee Choudhury et al. J Chem Inf Model. 2015.. نسخة محفوظة 2020-10-17 على موقع واي باك مشين.
↑  Molecular dynamics study of peptide segments of the BH3 domain of the proapoptotic proteins Bak, Bax, Bid and Hrk bound to the Bcl-xL and Bcl-2. نسخة محفوظة 2018-06-05 على موقع واي باك مشين.
↑  Combining molecular dynamics simulation and ligand-receptor contacts analysis as a new approach for pharmacophore modeling: beta-secretase 1 and check point kinase 1 as case studies, Ma'mon M Hatmal et al. J Comput Aided Mol Des. 2016 Dec نسخة محفوظة 24 ديسمبر 2021 على موقع واي باك مشين.
↑  Hydrophobic effects are mostly of entropic nature at room temperature.
↑  Myers، J. K.؛ Pace، C. N. (1996). "Hydrogen bonding stabilizes globular proteins". Biophys. J. ج. 71 ع. 4: 2033–2039. Bibcode:1996BpJ....71.2033M. DOI:10.1016/s0006-3495(96)79401-8. PMID:8889177. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |PMCID= تم تجاهله يقترح استخدام |pmc= (مساعدة)
1 2  Israelachvili, Jacob  ‏ (1992). Intermolecular and surface forces. Academic Press, San Diego.
↑  Cruz, F.J.A.L.؛ de Pablo, J.J.؛ Mota, J.P.B. (2014)، "Endohedral confinement of a DNA dodecamer onto pristine carbon nanotubes and the stability of the canonical B form"، J. Chem. Phys.، ج. 140، ص. 225103، arXiv:1605.01317، Bibcode:2014JChPh.140v5103C، DOI:10.1063/1.4881422، PMID:24929415
↑  Cruz, F.J.A.L.؛ Mota, J.P.B. (2016)، "Conformational Thermodynamics of DNA Strands in Hydrophilic Nanopores"، J. Phys. Chem. C، ج. 120، ص. 20357–20367، DOI:10.1021/acs.jpcc.6b06234
↑  Plimpton, Steve. Molecular Dynamics - Parallel Algorithms. sandia.gov نسخة محفوظة 2018-07-15 على موقع واي باك مشين.
↑  Streett WB, Tildesley DJ, Saville G؛ Tildesley؛ Saville (1978). "Multiple time-step methods in molecular dynamics". Mol Phys. ج. 35 ع. 3: 639–648. Bibcode:1978MolPh..35..639S. DOI:10.1080/00268977800100471.{{استشهاد بدورية محكمة}}:  صيانة الاستشهاد: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين (link)
↑  Tuckerman ME, Berne BJ, Martyna GJ؛ Berne؛ Martyna (1991). "Molecular dynamics algorithm for multiple time scales: systems with long range forces". J Chem Phys. ج. 94 ع. 10: 6811–6815. Bibcode:1991JChPh..94.6811T. DOI:10.1063/1.460259.{{استشهاد بدورية محكمة}}:  صيانة الاستشهاد: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين (link)
↑  Tuckerman ME, Berne BJ, Martyna GJ؛ Berne؛ Martyna (1992). "Reversible multiple time scale molecular dynamics". J Chem Phys. ج. 97 ع. 3: 1990–2001. Bibcode:1992JChPh..97.1990T. DOI:10.1063/1.463137.{{استشهاد بدورية محكمة}}:  صيانة الاستشهاد: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين (link)
↑  Sugita، Yuji؛ Okamoto، Yuko (نوفمبر 1999). "Replica-exchange molecular dynamics method for protein folding". Chemical Physics Letters. ج. 314 ع. 1–2: 141–151. Bibcode:1999CPL...314..141S. DOI:10.1016/S0009-2614(99)01123-9.
↑  Sinnott، S. B.؛ Brenner، D. W. (2012). "Three decades of many-body potentials in materials research". MRS Bulletin. ج. 37 ع. 5: 469–473. DOI:10.1557/mrs.2012.88.
↑  Albe، K.؛ Nordlund، K.؛ Averback، R. S. (2002). "Modeling metal-semiconductor interaction: Analytical bond-order potential for platinum-carbon". Phys. Rev. B. ج. 65 ع. 19: 195124. Bibcode:2002PhRvB..65s5124A. DOI:10.1103/physrevb.65.195124.
↑  Brenner، Donald W. (15 نوفمبر 1990). "Empirical potential for hydrocarbons for use in simulating the chemical vapor deposition of diamond films". Physical Review B. ج. 42 ع. 15: 9458–9471. Bibcode:1990PhRvB..42.9458B. DOI:10.1103/physrevb.42.9458. PMID:9995183. مؤرشف من الأصل في 2017-09-22.
↑  Beardmore، Keith؛ Smith، Roger (1996). "Empirical potentials for C-Si-H systems with application to C60 interactions with Si crystal surfaces". Philosophical Magazine A. ج. 74 ع. 6: 1439–1466. Bibcode:1996PMagA..74.1439B. DOI:10.1080/01418619608240734.
↑  Ni، Boris؛ Lee، Ki-Ho؛ Sinnott، Susan B (2004). "A reactive empirical bond order (rebo) potential for hydrocarbon oxygen interactions". Journal of Physics: Condensed Matter. ج. 16 ع. 41: 7261–7275. Bibcode:2004JPCM...16.7261N. DOI:10.1088/0953-8984/16/41/008.
↑  van Duin، Adri C. T.؛ Dasgupta، Siddharth؛ Lorant، Francois؛ Goddard، William A. (أكتوبر 2001). "ReaxFF: A Reactive Force Field for Hydrocarbons". The Journal of Physical Chemistry A. ج. 105 ع. 41: 9396–9409. Bibcode:2001JPCA..105.9396V. DOI:10.1021/jp004368u.
↑  Cruz، Fernando J. A. L.؛ Canongia Lopes، José N.؛ Calado، Jorge C. G.؛ Minas da Piedade، Manuel E. (ديسمبر 2005). "A Molecular Dynamics Study of the Thermodynamic Properties of Calcium Apatites. 1. Hexagonal Phases". The Journal of Physical Chemistry B. ج. 109 ع. 51: 24473–24479. DOI:10.1021/jp054304p. PMID:16375450.
↑  Cruz، Fernando J.A.L.؛ Lopes، José N. Canongia؛ Calado، Jorge C.G. (مارس 2006). "Molecular dynamics simulations of molten calcium hydroxyapatite". Fluid Phase Equilibria. ج. 241 ع. 1–2: 51–58. DOI:10.1016/j.fluid.2005.12.021.
1 2  Justo، J. F.؛ Bazant، M. Z.؛ Kaxiras، E.؛ Bulatov، V. V.؛ Yip، S. (1998). "Interatomic potential for silicon defects and disordered phases". Phys. Rev. B. ج. 58 ع. 5: 2539–2550. arXiv:cond-mat/9712058. Bibcode:1998PhRvB..58.2539J. DOI:10.1103/PhysRevB.58.2539.
↑  Tersoff، J. (15 مارس 1989). "Modeling solid-state chemistry: Interatomic potentials for multicomponent systems". Physical Review B. ج. 39 ع. 8: 5566–5568. Bibcode:1989PhRvB..39.5566T. DOI:10.1103/physrevb.39.5566. PMID:9948964.
↑  Daw، Murray S.؛ Foiles، Stephen M.؛ Baskes، Michael I. (مارس 1993). "The embedded-atom method: a review of theory and applications". Materials Science Reports. ج. 9 ع. 7–8: 251–310. DOI:10.1016/0920-2307(93)90001-U. مؤرشف من الأصل في 2021-10-30.
↑  Cleri، Fabrizio؛ Rosato، Vittorio (1 يوليو 1993). "Tight-binding potentials for transition metals and alloys". Physical Review B. ج. 48 ع. 1: 22–33. Bibcode:1993PhRvB..48...22C. DOI:10.1103/physrevb.48.22. PMID:10006745.
↑  Lamoureux G, Harder E, Vorobyov IV, Roux B, MacKerell AD؛ Harder؛ Vorobyov؛ Roux؛ MacKerell (2006). "A polarizable model of water for molecular dynamics simulations of biomolecules". Chem Phys Lett. ج. 418 ع. 1: 245–249. Bibcode:2006CPL...418..245L. DOI:10.1016/j.cplett.2005.10.135.{{استشهاد بدورية محكمة}}:  صيانة الاستشهاد: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين (link)
↑  "Signature properties of water: Their molecular electronic origins". Proceedings of the National Academy of Sciences. ج. 112 ع. 20: 6341–6346. 2015. Bibcode:2015PNAS..112.6341S. DOI:10.1073/pnas.1418982112. PMID:25941394. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |PMCID= تم تجاهله يقترح استخدام |pmc= (مساعدة)
↑  "Hydrogen bonding and molecular orientation at the liquid–vapour interface of water". Physical Chemistry Chemical Physics. ج. 17 ع. 14: 8660–8669. 2015. Bibcode:2015PCCP...17.8660C. DOI:10.1039/C4CP05506C. PMID:25715668.
↑  Mahmoudi، Morteza؛ Lynch، Iseult؛ Ejtehadi، Mohammad Reza؛ Monopoli، Marco P.؛ Bombelli، Francesca Baldelli؛ Laurent، Sophie (2011). "Protein−Nanoparticle Interactions: Opportunities and Challenges". Chemical Reviews. ج. 111 ع. 9: 5610–37. DOI:10.1021/cr100440g. PMID:21688848.
↑  Patel, S.؛ MacKerell, Jr. AD؛ Brooks III, Charles L (2004). "CHARMM fluctuating charge force field for proteins: II protein/solvent properties from molecular dynamics simulations using a nonadditive electrostatic model". J Comput Chem. ج. 25 ع. 12: 1504–1514. DOI:10.1002/jcc.20077. PMID:15224394.
↑  The methodology for such methods was introduced by Warshel and coworkers. In the recent years have been pioneered by several groups including: أريه وارشيل (جامعة كاليفورنيا الجنوبية), Weitao Yang (جامعة ديوك), Sharon Hammes-Schiffer (جامعة ولاية بنسلفانيا), Donald Truhlar and Jiali Gao (جامعة منيسوتا) and Kenneth Merz (جامعة فلوريدا).
↑  Billeter، Salomon R.؛ Webb، Simon P.؛ Agarwal، Pratul K.؛ Iordanov، Tzvetelin؛ Hammes-Schiffer، Sharon (نوفمبر 2001). "Hydride Transfer in Liver Alcohol Dehydrogenase: Quantum Dynamics, Kinetic Isotope Effects, and Role of Enzyme Motion". Journal of the American Chemical Society. ج. 123 ع. 45: 11262–11272. DOI:10.1021/ja011384b. PMID:11697969.
1 2  Kmiecik، Sebastian؛ Gront، Dominik؛ Kolinski، Michal؛ Wieteska، Lukasz؛ Dawid، Aleksandra Elzbieta؛ Kolinski، Andrzej (22 يونيو 2016). "Coarse-Grained Protein Models and Their Applications". Chemical Reviews. ج. 116 ع. 14: 7898–7936. DOI:10.1021/acs.chemrev.6b00163. PMID:27333362.
↑  Voegler Smith، Anne؛ Hall، Carol K. (15 أغسطس 2001). "?-Helix formation: Discontinuous molecular dynamics on an intermediate-resolution protein model". Proteins: Structure, Function, and Genetics. ج. 44 ع. 3: 344–360. DOI:10.1002/prot.1100. PMID:11455608.
↑  Ding، F؛ Borreguero، JM؛ Buldyrey، SV؛ Stanley، HE؛ Dokholyan، NV (1 نوفمبر 2003). "Mechanism for the alpha-helix to beta-hairpin transition". Proteins. ج. 53 ع. 2: 220–8. DOI:10.1002/prot.10468. PMID:14517973.
↑  Paci، Emanuele؛ Vendruscolo، Michele؛ Karplus، Martin (ديسمبر 2002). "Validity of Gō Models: Comparison with a Solvent-Shielded Empirical Energy Decomposition". Biophysical Journal. ج. 83 ع. 6: 3032–3038. Bibcode:2002BpJ....83.3032P. DOI:10.1016/S0006-3495(02)75308-3. PMID:12496075. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |PMCID= تم تجاهله يقترح استخدام |pmc= (مساعدة)
↑  Chakrabarty، Arnab؛ Cagin، Tahir (مايو 2010). "Coarse grain modeling of polyimide copolymers". Polymer. ج. 51 ع. 12: 2786–2794. DOI:10.1016/j.polymer.2010.03.060.
↑  Foley، Thomas T.؛ Shell، M. Scott؛ Noid، W. G. (2 سبتمبر 2015). "The impact of resolution upon entropy and information in coarse-grained models". The Journal of Chemical Physics. ج. 143 ع. 24: 243104. DOI:10.1063/1.4929836. ISSN:0021-9606. PMID:26723589. مؤرشف من الأصل في 2021-12-24.
↑  Heydari، Tiam؛ Heidari، Maziar؛ Mashinchian، Omid؛ Wojcik، Michal؛ Xu، Ke؛ Dalby، Matthew John؛ Mahmoudi، Morteza؛ Ejtehadi، Mohammad Reza (2017). "Development of a Virtual Cell Model to Predict Cell Response to Substrate Topography". ACS Nano. ج. 11 ع. 9: 9084–9092. DOI:10.1021/acsnano.7b03732. PMID:28742318.
↑  Leach, Dr Andrew (30 Jan 2001). Molecular Modelling: Principles and Applications (بالإنجليزية) (2nd ed.). Harlow: Prentice Hall. ISBN:9780582382107. (أمازون 0582382106).
↑  Allen, Michael P.; Tildesley, Dominic J. (22 Aug 2017). Computer Simulation of Liquids (بالإنجليزية) (2nd ed.). Oxford University Press. pp. 216. ISBN:9780198803201. (أمازون 0198803206).
↑  Nienhaus, Gerd Ulrich (2005). Protein-ligand interactions: methods and applications. ص. 54–56. ISBN:978-1-61737-525-5.
↑  Leszczyński, Jerzy (2005). Computational chemistry: reviews of current trends, Volume 9. ص. 54–56. ISBN:978-981-256-742-0.
↑  Kumar، Shankar؛ Rosenberg، John M.؛ Bouzida، Djamal؛ Swendsen، Robert H.؛ Kollman، Peter A. (أكتوبر 1992). "The weighted histogram analysis method for free-energy calculations on biomolecules. I. The method". Journal of Computational Chemistry. ج. 13 ع. 8: 1011–1021. DOI:10.1002/jcc.540130812.
↑  Bartels، Christian (ديسمبر 2000). "Analyzing biased Monte Carlo and molecular dynamics simulations". Chemical Physics Letters. ج. 331 ع. 5–6: 446–454. Bibcode:2000CPL...331..446B. DOI:10.1016/S0009-2614(00)01215-X.
↑  Lemkul، Justin A.؛ Bevan، David R. (4 فبراير 2010). "Assessing the Stability of Alzheimer's Amyloid Protofibrils Using Molecular Dynamics". The Journal of Physical Chemistry B. ج. 114 ع. 4: 1652–1660. DOI:10.1021/jp9110794. PMID:20055378.
↑  Patel، Jagdish Suresh؛ Berteotti، Anna؛ Ronsisvalle، Simone؛ Rocchia، Walter؛ Cavalli، Andrea (28 يناير 2014). "Steered Molecular Dynamics Simulations for Studying Protein–Ligand Interaction in Cyclin-Dependent Kinase 5". Journal of Chemical Information and Modeling. ج. 54 ع. 2: 470–480. DOI:10.1021/ci4003574. PMID:24437446.
↑  Gosai، Agnivo؛ Ma، Xiao؛ Balasubramanian، Ganesh؛ Shrotriya، Pranav (22 نوفمبر 2016). "Electrical Stimulus Controlled Binding/Unbinding of Human Thrombin-Aptamer Complex". Scientific Reports. ج. 6 ع. 1: 37449. Bibcode:2016NatSR...637449G. DOI:10.1038/srep37449. PMID:27874042. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |PMCID= تم تجاهله يقترح استخدام |pmc= (مساعدة)
↑  Levitt، Michael؛ Warshel، Arieh (1 فبراير 1975). "Computer simulation of protein folding". Nature. ج. 253 ع. 5494: 694–698. Bibcode:1975Natur.253..694L. DOI:10.1038/253694a0. PMID:1167625.
↑  Warshel، Arieh (أبريل 1976). "Bicycle-pedal model for the first step in the vision process". Nature. ج. 260 ع. 5553: 679–683. Bibcode:1976Natur.260..679W. DOI:10.1038/260679a0. PMID:1264239.
↑  Smith, R.، المحرر (1997). Atomic & ion collisions in solids and at surfaces: theory, simulation and applications. Cambridge, UK: Cambridge University Press.
↑  "Molecular dynamics simulation of the Satellite Tobacco Mosaic Virus (STMV)". Theoretical and Computational Biophysics Group. University of Illinois at Urbana Champaign. مؤرشف من الأصل في 2021-10-21.
↑  Jayachandran، Guha؛ Vishal، V.؛ Pande، Vijay S. (28 أبريل 2006). "Using massively parallel simulation and Markovian models to study protein folding: Examining the dynamics of the villin headpiece". The Journal of Chemical Physics. ج. 124 ع. 16: 164902. Bibcode:2006JChPh.124p4902J. DOI:10.1063/1.2186317. PMID:16674165.
1 2  Lindorff-Larsen، Kresten؛ Piana، Stefano؛ Dror، Ron O.؛ Shaw، David E. (2011). "How Fast-Folding Proteins Fold". Science. ج. 334 ع. 6055: 517–520. Bibcode:2011Sci...334..517L. DOI:10.1126/science.1208351. PMID:22034434.
↑  Shaw، David E.؛ Maragakis، Paul؛ Lindorff-Larsen، Kresten؛ Piana، Stefano؛ Dror، Ron O.؛ Eastwood، Michael P.؛ Bank، Joseph A.؛ Jumper، John M.؛ Salmon، John K.؛ وآخرون (2010). "Atomic-Level Characterization of the Structural Dynamics of Proteins". Science. ج. 330 ع. 6002: 341–346. Bibcode:2010Sci...330..341S. DOI:10.1126/science.1187409. PMID:20947758.