الحملة الفرنسية على مصر وسوريا
من الإسكندرية إلى سوريا > إدارة نابليون لمصر

بعد الهزيمة البحرية في أبو قير، أصبحت حملة بونابرت مرتبطة بالبر. إلا أن جيشه نجح في توطيد سلطته في مصر، رغم أنه واجه انتفاضات قومية متكررة، وبدأ نابليون يتصرف كحاكم مطلق لكل مصر. في مجهود فاشل إلى حد كبير للحصول على دعم من السكان المصريين، أصدر بونابرت تصريحات تصفه بأنه محرر للشعب من الاضطهاد العثماني والمملوكي، مشيدا بمبادئ الإسلام ومدعيا الصداقة بين فرنسا والإمبراطورية العثمانية على الرغم من التدخل الفرنسي في الدولة ذاتية الحكم. هذا الموقف أكسبه في البداية دعمًا قويًا في مصر وأدى لاحقًا إلى الإعجاب بنابليون من محمد علي، الذي نجح في ما لم ينجح فيه بونابرت بإصلاح مصر والإعلان عن استقلالها عن العثمانيين. في خطاب إلى شيخ في أغسطس 1798، كتب نابليون: «أتمنى ... أن أتمكن من توحيد جميع الرجال الحكيمين والمتعلمين في كل الدول وأنشئ نظامًا موحدًا يستند إلى مبادئ القرآن التي تستطيع توجيه الناس للسعادة». ومع ذلك، كتب سكرتير بونابرت «بوريان» أنه لم يكن لديه اهتمام جاد بالإسلام أو أي دين آخر بعيدا عن قيمته السياسية:
«كان مبدأ بونابرت هو النظر إلى الأديان على أنها عمل الرجال، ولكن مع احترامها في كل مكان كمحرك قوي للحكم ... إذا تحدث بونابرت كمسلم، فقد كان ذلك فقط جزءا من شخصيته العسكرية وحكمه السياسي لبلد مسلم. إن القيام بذلك كان أساسياً لنجاحه ولسلامة جيشه. في الهند كان ليؤيد علي، في التبت كان ليؤيد دالاي لاما، وفي الصين أيضا كان ليؤيد كونفوشيوس».
بعد فترة وجيزة من عودة بونابرت من مواجهة إبراهيم جاء المولد النبوي، الذي تم الاحتفال به ببهاء كبير. قاد بونابرت نفسه المسيرات العسكرية للمناسبة، واستعد لهذا المهرجان مرتديا لباسا شرقيا وعمامة. وفي هذه المناسبة، منحه الديوان لقب «علي بونابرت» بعد أن أطلق بونابرت على نفسه «ابن للنبي» و «محبوب من الله». وفي نفس الوقت تقريباً اتخذ إجراءات صارمة لحماية قوافل الحج من مصر إلى مكة المكرمة، حيث كتب رسالة بنفسه إلى حاكم مكة.
ومع ذلك، وبفضل الضرائب التي فرضها عليهم لدعم جيشه، ظل المصريون غير مقتنعين بصدق محاولات بونابرت للتصالح واستمروا في مهاجمته بلا توقف. لم تكن عمليات الإعدام العسكرية قادرة على ردع هذه الهجمات واستمرت في الحدوث.
كان يوم 22 سبتمبر 1798 هو الذكرى السنوية لتأسيس الجمهورية الفرنسية الأولى، ونظم بونابرت احتفالا كبيرا. بناء على أوامره، تم بناء سيرك هائل في أكبر ساحة في القاهرة، مع 105 عمود (كل منها يحمل راية مختلفة) حول الحافة ومسلة ضخمة منقوشة في المركز. تم تسجيل أسماء قتلى الحروب الثورية الفرنسية على سبعة مذابح كلاسيكية، وظهرت مشاهد معركة الأهرام على قوس للنصر. وكان الأمر غريبا، حيث كان الرسم التصويري يمدح الفرنسيين ويقلل من المصريين (الذين كان بونابرت يسعى لكسبهم كحلفاء).
في يوم المهرجان، خاطب بونابرت قواته، وقام بتعداد «مآثرهم» منذ حصار طولون عام 1793 وقال لهم:
من الإنجليز، المشهورين بالفنون والتجارة، إلى البدو الشرسين، لقد ألقيتم نظرة على العالم. أيها الجنود ، مصيركم عادل ... في هذا اليوم، 40 مليون مواطن يحتفلون بحقبة الحكومة، 40 مليون مواطن يفكرون بكم.
بعد أن جعل نفسه حاكما لمصر، أعطى بونابرت مصر بعضا من فوائد الحضارة الغربية. سرعان ما اتخذت القاهرة مظهر مدينة أوروبية، حيث كانت إدارتها (الدواوين) تؤول إلى بعض من أفضل رجال المنطقة. وفي الوقت نفسه، تم إنشاء بعض المؤسسات المحلية في المدن الأخرى. أُنشئ معهد للعلماء الفرنسيين وتم ضم لقب رئيس المعهد إلى لقب أكاديمي. تم إنشاء مكتبة، ومختبر للكيمياء، وخدمة صحية، وحديقة نباتية، ومرصد، ومتحف للآثار وحديقة حيوان.
وبموجب أوامر بونابرت، وضع العلماء جدولاً مقارناً للأوزان والمقاييس المصرية والفرنسية، وكُتِب قاموس فرنسي عربي وحُسِب تقويم مصري قبطي أوروبي (ثلاثي). تم إنشاء جريدتين في القاهرة، واحدة للأدب والاقتصاد السياسي تحت اسم "Décade égyptienne"، والأخرى للسياسة تحت عنوان "Courrier égyptien".
بسبب انخفاض الأعداد بشكل كبير بسبب الوفيات في المعارك والمرض، ومع كون الجيش لم يعد يأمل في الحصول على تعزيزات من فرنسا بعد الكارثة البحرية في أبو قير، حاول بونابرت التغلب على هذه المشكلة عن طريق فرض رسوم على المصريين الذين تتراوح أعمارهم بين 16 و 24 وتحويل الـ 3000 بحار الذين نجوا في أبو قير إلى فيلق بحري. أغلقت جميع الشوارع في القاهرة في الليل ببوابات لمنع السكان من مساعدة العرب في هجماتهم الليلية على الفرنسيين. قام بونابرت بإزالة هذه الأسوار، حيث كان المصريون يستخدمونها كمتاريس ضد الفرنسيين (وقد ثبت أن هذا الإزالة مبررة بالأحداث التي أعقبت ذلك).