مشروع الأسلحة الخاصة للقوات المسلحة
مخزون الأسلحة النووية

عندما تم تشكيل المجموعة الاقتصادية للاسيان عام 1947 تحفظت على مكونات نووية من مشروع مانهاتن على اساس ان سيستعرض المسالة.[53] في تشرين الثانى/نوفمبر 1947, طلبت اللجنة الاتصال العسكرى حضانة نقل المخزونات النووية العسكرية، لكن ليلينتال اعتقد أن احتجاز شركة أ اى سى للمخزون كان جانباً مهماً من السيطرة المدنية على الأسلحة النووية. كان منزعجًا من أن المشروع لم يبلغ الشركة قبل عملية أياكس.[54]من جانبه، اشتبه جروف في أن الشركة لم تكن تحتفظ بمكونات للقنبلة في الحالة التي أراد فيها الجيش استقبالها، ولم تؤكد عملية أياكس إلا شكوكه.(55) وبمراجعة التدريبات، ذكرت مونتاج أن «بموجب القانون الحالي، مع اللجنة العسكرية الأمريكية المكلفة بمشتريات وحراسة جميع الأسلحة النووية، لم يكن هناك دعم لوجستي مناسب للسلاح». أوصى بدور أكبر للجيش، وهي توصية وافق عليها غروفز، لكنها كانت عاجزة عن التنفيذ.(45)
تقاعد جروفز في نهاية شهر فبراير عام 1948، وتم تعيين نيكولز خلفًا له برتبة ميجر جنرال. في الوقت نفسه، أعاد فوريستال، وزير الدفاع الآن، تنظيم لجنة الارتباط العسكرية. استبدل مدني، دونالد إف كاربنتر، بريريتون كرئيس، وهناك الآن عضوان من كل من الخدمات الثلاث. [56] في 11 مارس، استدعى ترومان ليلينتال، نيكولز وأمين الجيش كينيث سي. رويال إلى مكتبه، وقال لهم إنه يتوقع أن يتعاون المشروع مع الشركة.(57)
كان موقف نيكولز هو نفسه بالنسبة لـجروفز ومونتاج: يجب أن تكون الأسلحة النووية متوفرة في حالات الطوارئ، وأن الرجال الذين كان عليهم استخدامها في المعركة يحتاجون إلى خبرة في صيانتها وتخزينها ومعالجتها. [58] جادل نوريس برادبيري
، الذي حل محل أوبنهايمر كمدير لمختبر لوس ألاموس في ديسمبر 1945، بأن النقل السريع يمكن أن يتم عن طريق إجراءات محسنة وأن أفضل الصعوبات الأخرى يمكن حلها بمزيد من التطوير، معظمها من العلماء. [59] تولى فورستال وكاربنتر هذا الأمر مع ترومان، الذي أصدر قراره في 21 يوليو 1948: "أعتبر استمرار السيطرة على جميع جوانب برنامج الطاقة الذرية، بما في ذلك البحث والتطوير وحراسة الأسلحة الذرية باعتبارها الوظائف المناسبة لل السلطات المدنية.(60)
مع اندلاع الحرب الكورية في عام 1950، تم وضع موارد النقل الجوي تحت ضغط كبير، وتقرر تقليل الحاجة إليها من خلال وضع المكونات غير النووية في مواقع في أوروبا والمحيط الهادئ. وبهذه الطريقة، في حالة الطوارئ، لا بد من طرد المكونات النووية فقط. [61] في يونيو، أمر ترومان بنقل 90 مجموعة من مكونات مارك 4 غير النووية إلى المشروع لأغراض التدريب. في ديسمبر، سمح بنقل مكونات غير نووية على متن ناقلات الطائرات من طراز ميدواي. [62] في أبريل 1951، أصدرت شركة (أ اى سى)تسعة أسلحة مارك 4 إلى سلاح الجو في حالة تدخل الاتحاد السوفيتي في الحرب في كوريا. [63] وقد نُقلت جواً إلى غوام، حيث كانت تحتفظ بها وحدة الأسلحة الخاصة التابعة للقوات الجوية هناك. [64] وهكذا، في نهاية عام 1951، كان هناك 429 سلاح في حجز شركة (أ اى سى)وتسعة في وزارة الدفاع.(65)
في ضوء ذلك، تم وضع اتفاقية  جديدة بين المشروع والشركة حول «مسؤوليات عمليات المخزونات» في أغسطس 1951، ولكن في ديسمبر، بدأ رؤساء الأركان المشتركة دفعة جديدة للأسلحة لتكون مخصصة بشكل دائم للقوات المسلحة، لضمان درجة أكبر من المرونة ودرجة أعلى من الاستعداد. [66] في 20 يونيو 1953، وافق أيزنهاور، الذي أصبح الآن رئيسًا، على نشر المكونات النووية بأعداد متساوية للمكونات غير النووية، [67] وعدّل قانون الطاقة الذرية لعام 1954 أقسام القانون القديم الذي منح الحضانة الحصرية لـ شركة (أ اى سى). (68)وبحلول عام 1959، ارتفع مخزون الأسلحة النووية إلى 12305 سلاح، من ضمنهم 3968 سلاح نووى في حضانة هيئة الطاقة الذرية الأمريكية، بينما احتفظت وزارة الدفاع ب 8337 المتبقيين.(65) ويتجاوز الآن اجمالى ناتج المخزون 19000 ميغا طن من المتفجرات (مادة «تى ان تى»)، أي ما يعادل (79000 بيتاجول) (69).
و مع البحث والتطوير، أصبحت الأسلحة النووية، كما وعد برادبوري، أصغر وأبسط وأخف وزنا. كما أصبح من السهل تخزينها وتجميعها واختبارها وصيانتها (70) ومن ثم، تقلص دور مشروع الأسلحة الخاصة للقوات المسلحة، في الوقت الذي أصبحت فيه القوات المسلحة، في ظل سياسة ايزنهاور الجديدة، أكثر تورطًا في جوانب الأسلحة النووية أكثر من أي وقت مضى. حيث ابتعدت القوات المسلحة عن تدريب فرق المجلس، التي لم تكن مطلوبة بشكل متزايد، مع انه مهمته الأساسية. بل وأصبحت أكثر مشاركة في إدارة المخزون النووي السريع النمو، بالإضافة إلى تقديم المشورة الفنية والدعم اللوجستي. [71] وفي عام 1953، اشتملت القيادة المدنية للمشروع على 10250 موظف . [72] وفي 16 أكتوبر / تشرين الأول 1953، وضع وزير الدفاع على عاتق المشروع مسؤولية إنشاء «نظام مركزي للإبلاغ والمحاسبة لضمان أن الوضع والموقع الحاليين» لجميع الأسلحة النووية «سيكون معروفا في جميع الأوقات.» تم إنشاء مركز الحالة الحربية الذرية بين جنبات مشروع الأسلحة الخاصة للقوات المسلحة؛ لتولى هذه المهمة. [52]