تاريخ حزب البعث العربي الاشتراكي – قطر سوريا
الثورة والانفصال في 1966: 1962-1966

المقالات الرئيسة: ثورة الثامن من آذار الانقلاب العسكري في سوريا 1966
كان الانفصال عن الجمهورية العربية المتحدة في نفس وقت اندلاع الأزمات في الحزب حيث عدة مجموعات بما في ذلك الحوراني قرروا مغادرة حزب البعث. استقال الحوراني رسميا في 20 يونيو 1962 وأعيد تأسيس الحزب الاشتراكي العربي لكن نداءه الشعبي قد أضعف على مر السنين وكان معقل الحزب الاشتراكي العربي الوحيد في محافظة حماة. في عام 1962 عقد عفلق مؤتمرا أعاد تأسيس حزب البعث. انقسمت الفرقة في حزب البعث الأصلي بين القيادة الوطنية بقيادة ميشيل عفلق و«الاقليميين» في الحزب السوري من تفكك الجمهورية العربية المتحدة. سعى عفلق إلى السيطرة على العناصر الإقليمية - وهي مجموعة غير متماسكة يقودها فائز الجاسم ويوسف زويين ومنير العبد الله وإبراهيم مخوس. أشاد الإقليميون من بلدات في الأطراف السورية حيث لم تحل هياكل حزب البعث المحلي خلال سنوات النقابة مع ناصر. حافظ عفلق على دعم غالبية أعضاء القيادة الوطنية غير السورية (13 في ذلك الوقت).
عقد عفلق المؤتمر الخامس في حمص. لم يتم دعوة الحوراني. الخلايا التي تحدت أوامر عفلق ظلت نشطة ولم يدع البعثيون الذين أصبحوا ناصريين خلال فترة ولاية الجمهورية العربية المتحدة إلى المؤتمر. أعيد انتخاب عفلق الأمین العام للقیادة الوطنیة وأمر بإعادة تأسیس منظمة البعث السوریة الإقلیمیة. خلال المؤتمر اتصل عفلق واللجنة العسكرية من خلال محمد عمران لأول مرة. طلبت اللجنة الإذن لبدء انقلاب وهو ما دعمه عفلق. لم تظهر اللجنة العسكرية نفسها على الجناح المدني للحزب في هذا المؤتمر.
في أعقاب نجاح انقلاب فبراير 1963 في العراق بقيادة الخلية العراقية لحزب البعث دعت اللجنة العسكرية على عجل إلى التخطيط لانقلاب ضد رئاسة ناظم القدسي. كان الانقلاب - الذي أطلق عليه ثورة الثامن من آذار - ناجحا وتم تنصيب حكومة بعثية في سوريا. كان ترتيب المتآمرين الأول هو إنشاء المجلس الوطني لقيادة الثورة الذي يتألف بالكامل من البعثيين والناصريين وكان يسيطر عليه العسكريون وليس المدنيين.
بينما وصل حزب البعث إلى السلطة فقد واجه مشاكل في الاقتتال الداخلي. اضطرت اللجنة العسكرية التي كانت أقلية ضئيلة من أعضاء حزب البعث الصغير إلى الحكم بالقوة. كان حزب البعث الذي كان يضم 2500 عضو فقط في منتصف عام 1963 يفتقر إلى قاعدة شعبية. دعا حنا بطاطو في الفترة من 1963 إلى 1970 إلى «البعث الانتقالي» وكتب أن «البعث القديم» تم إزالته واستعيض عنه ب«البعث الجديد» بقيادة صلاح جديد وحافظ الأسد في عام 1966.
كان الجناح المدني مزدحما مع الاقتتال الداخلي بين الفصائل الاشتراكية المتطرفة والفصائل المعتدلة في حين كان الجيش أكثر توحدا. حشدت القيادة الإقليمية السورية ببطء السلطات بإضعاف القيادة الوطنية وبلغت ذروتها في الانقلاب السوري عام 1966. وفقا لبطاطو صراع السلطة لم يكن ايديولوجية في الطابع:
«لم تكن حالات الخلاف في الحزب الداخلي طائفية بحتة أو ذات طابع إقليمي بحت ... في كثير من الأحيان كانت العوامل الشخصية أو الطموحات للقوة المطلقة في اللعب. كان للانتماءات الأيديولوجية بعض الدور ولكن لا يبدو أنها كانت حاسمة. من المؤكد أن تسميات "اليساريين" و"اليمينيين" قد رميت بحرية. إلا أن التصرفات السياسية للشخص البارز في السلطة صلاح جديد لم تشر إلى التزام ايديولوجي واضح أو ثابت.»
عمل جدید کأمني مساعد للقیادة الإقلیمیة للحزب في سوریا بینما عمل الجنرال أمين الحافظ کأمني إقلیمي. أوقف الحافظ جدید کرئیس أركان القوات المسلحة مما أجبر جدید علی الترکیز علی بناء قاعدة دعم داخل الحزب. في 21 ديسمبر 1965 حلت القيادة الوطنية القيادة الإقليمية السورية وفي 18 فبراير 1966 ندد عفلق بأن الجماعة الجديدة هي انحراف انفصالي إقليمي. حدث انقلاب في 23 فبراير 1966 وهو الانقلاب الأكثر دموية الذي شهدته سوريا منذ عام 1949. استولى جديد والقيادة الإقليمية السورية بدعم من وحدات الجيش الخاضعة لسيطرتها على السلطة. كان قادة الانقلاب الآخرون الضابط البعثي حافظ الأسد ونور الدين الأتاسي. طرد حكام سوريا الجدد أعضاء القيادة الوطنية السابقين من الحزب ومن سوريا. أطلق سراح عفلق والبيطار من السجن وذهبا إلى المنفى بعد فترة قصيرة من الانقلاب. قسم هذا الأمر بشكل فعال القيادة الوطنية لحزب البعث إلى اثنين: أحدهما في سوريا والآخر في العراق. في سوريا أصبح السياسيون المدنيون البعثيون قادة مؤسسات الدولة. أصبح الأتاسي رئيسا وأصبح يوسف زويين رئيس الوزراء وأصبح إبراهيم مخوس وزير الشؤون الخارجية. حاول جدید تجنب الشکوك ضد دکتاتوریة عسکریة ولم ینضم إلی الحکومة رسمیا. خلال محاولة انقلاب في سبتمبر 1966 شكلت «كتائب العمال» مستوحاة من الحرس الأحمر لجمهورية الصين الشعبية للدفاع عن الحكومة.