ماري ملكة إسكتلندا
العودة إلى اسكتلندا

في 5 ديسمبر 1560 توفي الملك فرانسوا الثاني، بسبب عدوى في الأذن الوسطى أدت إلى ظهور خراج في دماغه. وقد تأثر ماري كثيرا لفراقه. عندها أصبحت حماتها كاترين دي ميديشي وصية على شقيق الملك الراحل تشارلز التاسع البالغ من العمر عشر سنوات، وورث العرش الفرنسي. ثم عادت ماري إلى إسكتلندا بعد تسعة أشهر، ووصلت إلى ليث في 19 أغسطس 1561. أمضت ماري حياتها في فرنسا منذ أن كانت في سن الخامسة، لم يكن لديها خبرة بالوضع السياسي الخطير والمعقد في إسكتلندا. وبما أنها كاثوليكية متدينة، فقد اعتبرت في محل شك من قبل بعض رعاياها، وكذلك من ملكة إنجلترا. كانت إسكتلندا ممزقة بين الفصائل الكاثوليكية والبروتستانتية، وكان أخ ماري غير الشرعي، إيرل موراي يتزعم البروتستانت. المبشر البروتستانتي جون نوكس يعظ ماري، ويدينها لسماع القداس، والرقص، وارتداء الملابس بإسهاب. وقد استدعته أن يحضر إليها محتجة على فعله لكن دون جدوى، واتهمته فيما بعد بالخيانة، لكن تمت تبرئته واطلق سراحه.
أدى تهاون ماري مع البروستانت إلى خيبة أمل الحزب الكاثوليكي، وهيمنة البروستانت، واحتفظت بأخيها غير الشقيق اللورد موراي ليصبح كبير مستشاريها. قررت تعيين مجلسها الخاص المكون من 16 رجلاً في 6 سبتمبر 1561، واحتفظت بالذين كانوا في مكاتب الدولة وكان يسيطر عليهم زعماء البروتستانت لأزمة الإصلاح لعام 1559-1560 وهم: إيرلات كل من أرغيل، وغلنكيرن، وموراي. أربعة فقط من أعضاء المجلس كانوا من الكاثوليك وهم: إيرلات كل من واتول، وايرول، ومونتروز، وهانتلي الذي كان لورد مستشار. ترى المؤرخة الحديثة جيني ورمالد أن هذا الأمر مثير، وهو يشير إلى أن ماري قد فشلت في تعيين المجلس بسبب تعاطفها مع المصالح الكاثوليكية والفرنسية، وكان هذا مؤشرا على أن تركيزها كان العرش الإنجليزي على حساب المشاكل الداخلية في إسكتلندا. حتى أن إضافة اللورد روثفن إلى المجلس في ديسمبر 1563 كانت غريبة، فقد كان بروتستانتيا آخر وكانت ماري تكرهه شخصيا. وفي هذا، كانت تعترف بضعف القوات العسكرية لمواجهة اللوردات البروتستانتية، بينما أيضا كانت تتبع سياسة تعزز صلتها مع إنجلترا. وفي 1562 انضمت ماري إلى اللورد موراي في تدمير زعيم الكاثوليك الكبير في اسكتلندا اللورد هانتلي، بعد أن قاد تمرد في المرتفعات ضدها.
أرسلت ماري وليام ميتلاند من ليثينغتون  إلى البلاط الإنجليزي كسفير لطرح قضية ماري على أنها وريثة مفترضة للعرش الإنجليزي. وقد رفضت إليزابيث تسمية وريث مفترض، خوفا من أن تفعل ما يدعو بمؤامرة لتحل من يخلفها. ومع ذلك فقد أكدت إليزابيث لميتلاند أنها لا تعرف شخصا أفضل من ماري. وفي أواخر عام 1561 وأوائل عام 1562، تم اتخاذ الترتيبات اللازمة لتلتقي الملكتين في إنجلترا في يورك أو نوتنغهام، وذلك في أغسطس أو سبتمبر 1562، لكن بسبب الحرب الأهلية في فرنسا فقد أرسلت إليزابيث السير هنري سيدني  للإلغاء في يوليو.
قررت ماري إيجاد زوجا جديدا من ملوك أوروبا. لكن عندما بدأ خالها كارل، كاردينال لورين مفاوضاته مع كارل الثاني، أرشيدوق النمسا وبدون موافقتها، اعترضت ماري بغضب مما أدى إلى تعثر المفاوضات. ورفض فيليب الثاني محاولتها للتفاوض على زواجها من ابنه دون كارلوس، المختل عقلياً والوريث الواضح للملك فيليب الثاني. ومن جهة أخرى حاولت الملكة إليزابيث أن تحيد ماري من خلال اقتراح زواجها من الإنجليزي البروتستانتي روبرت دادلي، إيرل ليستر الأول (صهر السير هنري سيدني والمحبوب لدى الملكة الإنجليزية)، والذي تثق به إليزابيث وتعتقد أنها ستستطيع السيطرة عليها بعد زواجها منه. وأرسلت السفير توماس راندولف، إلى ماري ليخبرها بأنها إذا كانت ستتزوج أحد النبلاء الإنجليز، فإن إليزابيث سوف «الشروع في محاكم التفتيش لحقها ولقبها لتكون ابنة عمنا ووريثتنا القادمة». لكن تم رفض هذا الاقتراح.
في المقابل، كان هناك شاعر فرنسي في بلاط ماري، اسمه بيير دي بوسكوسيل دي تشاستيلارد، وعلى ما يبدو أنه مفتونا بماري. ففي بداية عام 1563، تم اكتشافه متخفيا تحت سريرها، ينوي مفاجأتها عندما كانت وحدها وأن يعلن عن حبه لها. لكن ماري ارتاعت من واضطرت أن تنفيه من اسكتلندا. لكنه تجاهل هذا القرار، بعد يومين دخل إلى غرفتها وهي على وشك أن تجرد ثيابها. وكانت ردة فعلها الغضب مع الخوف، هرع موراي إلى غرفتها عندما سمع صراخها طلبا للمساعدة، صرخت قائلة: «اطعن الحقير بخنجرك!»، لكن موراي رفض القيام بذلك، لأن تشاستيلارد كان محجورا وسيقبض عليه. تم الحكم على تشاستيلارد بتهمة الخيانة، وقطع رأسه. يعتقد وليام ميتلاند أن حماس تشاستيلارد كان مختلقا، وأنها كانت جزءا من مؤامرة الهوغونوت (بروتستانت فرنسا) لتشويه سمعة ماري.