الصراع الهاشمي الأموي
بعد فتنة مقتل عثمان

معاوية بن أبي سفيان والي الشام منذ فترة طويلة رفض مبايعة علي واتهمه بالتحريض على قتل عثمان، وأعلن معاوية أنه اعتبر بني هاشم مسؤولين بشكل جماعي عن دماء عثمان، فأحيا الثأر القديم وأنه لن يبايع حتى يتم القصاص من قتلة عثمان.
الوليد بن عقبة ابن عم معاوية، خاطب علي بهذه الكلمات: "إن أقاربك من عبد المطلب هم الذين قتلوا عثمان في حق لا يقبل الجدل، بسبب الظلم والعدوان، دون ادعاء الانتقام من الدم، و أنت أكثر الناس استحقاقًا للقفز عليهم، لذا اقفز" واتهم مروان بن الحكم الخليفة علي: "إذا لم تضرب الرجل المقتول علانية، فإنك بالتأكيد ضربته في الخفاء".
في غضون ذلك واجه الخليفة علي تمرد عائشة وطلحة والزبير، الذين ظنُّوا أنه لن يتمكَّن من القصاص بدم عثمان. كما لم يكن جميع الأمويين ميالون للقتال ضد علي - فقد اعتبره البعض أقرب قرابةً من طلحة والزبير. أعلن سعيد بن العاص الذي تبع طلحة والزبير في طريقهما إلى البصرة، أنه لن يجتهد لأخذ الحكم بعيدًا عن بني عبد مناف (اسم الأجداد المشترك لكل من الهاشميين والأمويين). وعاد.
بعد أن هزم علي جيش الجمل في معركة الجمل (ديسمبر 656) ، طالب معاوية بالتنازل عن منصب والي الشام.
إلا أن معاوية رفض واتهم مرة أخرى الخليفة علي (دون الاعتراف بخلافته) بالمسؤولية عن مقتل عثمان وبدأ في حشد جيش من أهل الشام.
قام الخليفة علي أيضًا بالتحضير للمعركة والتقى الجيشان في يوليو 657 في صفين.كتب المؤرخ اليعقوبي أن الخليفة علي كان لديه 80 ألف رجل بينهم 70 من الصحابة الذين شاركوا في معركة بدر، و 70 من الصحابة الذين حلفوا اليمين في الحديبية ، و 400 من الأنصار والمهاجرون البارزين. بينما كان لدى معاوية 120 ألف من أهل الشام.
كتب ويليام موير ذلك :
كلا الجيشين منتشرين في مجموعة كاملة، قاتلوا حتى سقطت ظلال المساء ولم يكن أي منهما أفضل. في صباح اليوم التالي ، تجدد القتال بقوة كبيرة. وقف علي في الوسط مع زهرة جنده من المدينة وتشكلت الأجنحة، أحد المحاربين من البصرة والآخر من الكوفة. كان معاوية جناح نصب على أرض الملعب وهناك محاطًا بخمسة صفوف من حراسه يراقبون اليوم. وحمل عمرو بثقل حصان على جناح الكوفة الذي هبط. وكان علي معرضًا لخطر وشيك سواء من زخات كثيفة من الأسهم أو من اللقاء القريب ... قائد علي الأشتر، على رأس 300 حافظ القرآن (أولئك الذين حفظوا القرآن) قاد الجناح الآخر، الذي أثار غضب حراس معاوية. تم قطع أربعة من رتبته الخمسة إلى أشلاء، وكان معاوية، وهو يفكر في الطيران، قد دعا بالفعل إلى حصانه، عندما تومض في ذهنه زوجان عسكريان، وتمسك بموقفه.
كتب المؤرخ الإنجليزي إدوارد جيبون: "أظهر الخليفة علي شخصية متفوقة من الشجاعة والإنسانية. كان على قواته أن تنتظر أول ظهور للعدو، لتجنيب إخوانهم الهاربين، وأن تحترم جثث الموتى، وعفة الأسيرات. وتحطمت صفوف الشاميين بسبب تهمة البطل الذي امتطى حصاناً، وشكل بقوة لا تقاوم سيفه الثقيل ذي الحدين". من بين الخسائر المقدرة فقدت قوات علي 25,000 ، بينما فقدت قوات معاوية 45,000. فزعته المذبحة أرسل علي رسالة إلى معاوية وطالبه بالقتال الفردي قائلاً إن من يفوز يجب أن يكون الخليفة. على حد تعبير جيبون "اقترح علي بسخاء إنقاذ دماء المسلمين بمعركة واحدة، لكن منافسه المرتجف رفض التحدي باعتباره حكماً بالموت المحتوم".

أقدم رواية عن المعركة نجدها في كتاب ابن هشام (833) حيث نقل عن ابن مزاحم توفي عام 212 هـ وتوفي أبو مخنف عام 170 هـ. وتقول إنه بعد ثلاثة أيام من القتال كانت الخسائر في الأرواح مروعة. وفجأة ، قيل إن أحد الشاميين، ابن لاهية خوفا من الفتنة وغير قادر على تحمل المشهد، انطلق إلى الأمام بنسخة من القرآن على أذني جواده ليحكم بكتاب الله، وبقية الشاميين. يُزعم أن أولئك على الجانبين رفعوا الصرخة متلهفين على تجنب قتل إخوانهم المسلمين باستثناء المتآمرين، أيد غالبية أتباع علي التحكيم. نصر بن مزاحم، في أحد المصادر المبكرة ذكر أن الأحنف بن قيس أحد أنصار علي الرئيسيين وهو كوفيّ وقف وقال
يا جماعة المسلمين! لقد رأيتم ما حدث في اليوم الذي مضى. فيها أباد بعض العرب. والله بلغت السن الذي شاء الله لي. لكني لم أر يومًا مثل هذا من قبل. دع الحاضر ينقل للغائب! إذا قاتلنا غدا فسيكون إبادة العرب وضياع ما هو مقدس. أنا لا أقول هذا خوفاً من الموت ، لكني رجل مسن أخاف على النساء والأطفال غداً إذا أبيدنا. اللهم إني نظرت إلى شعبي وأهل دين ولا تقوى أحدا. لا نجاح إلا بالله. عليه أعود إليه. يمكن أن يكون الرأي صحيحًا وخاطئًا. وحين يقضي الله أمرا يقوم به سواء شاء عباده أم أبوا. أقول هذا وأستغفر الله لي ولكم.
ثم قال نصر بن مزاحم إن الناس نظروا إلى معاوية والذي قال:
هو محق. وبالله إذا التقينا غدًا فسوف يهاجم البيزنطيون نسائنا وأطفالنا وسيهاجم شعب فارس نساء وأطفال العراق. أولئك الذين لديهم أقدار وذكاء يرون هذا اربط نسخ المصحف بأطراف الرماح. لذلك توقف القتال.
تقرر على الشاميين والمقيمين في الكوفة في العراق ترشيح محكم، كل واحد ليختار بين علي ومعاوية. وقع اختيار السوريين على عمرو بن العاص الذي كان الروح العقلانية والناطق باسم معاوية. كان عمرو بن العاص من دُهاة العرب وقد طرد الرومان من كامل مِصر  وقبل بضع سنوات وفقًا للتقاليد الإسلامية، وجد عمرو بن العاص مع 9,000 رجل في فلسطين نفسه في مواجهة جيش هرقل البالغ عدده 100,000 جندي حتى عبر خالد الصحراء السورية من العراق لمساعدته  كان مفاوضًا ماهرًا وقد استخدم سابقًا في المفاوضات مع هرقل الإمبراطور الروماني. أراد علي أن يعين مالك الأشتر أو عبد الله بن عباس حكماً لأهل الكوفة، لكن القرع اعترض بشدة، زاعمين أن رجالاً مثل هذين هم بالفعل مسؤولون عن الحرب ومشاركون به، وبالتالي، فإنهم غير مؤهلين لذلك. وقد رشحوا أبو موسى الأشعري حكماً لهم. (في عهد عثمان ، عيّنوا أبو موسى العشري والي الكوفة وعزلوا حاكم عثمان قبل أن يبدأوا في قتال عثمان) وجد علي أنه من المناسب الموافقة على هذا الخيار لدرء الخلافات الدموية في جيشه. وفقًا لـ "أسد الغابة" ، فقد حرص علي على أن يشرح شخصيًا للمحكمين "أنتم محكمون بشرط أن تقرروا وفقًا لكتاب الله، وإذا لم تكن تميل إلى ذلك، فلا ينبغي أن تعتبروا أنفسكم كن حكامًا".
لم ينقسم العراقيون تحت حكم علي والشاميين في عهد معاوية حول عقيدتهم  ولكن حول موعد تقديم أولئك الذين قتلوا عثمان إلى العدالة. أراد علي أيضًا تقديمهم إلى العدالة لكن الخلاف كان حول التوقيت.
في وقت لاحق، في عام 661، اغتيل علي في التاسع عشر من رمضان ، بينما كان يصلي في المسجد الكبير بالكوفة. هاجمه الخارجيّ عبد الرحمن بن ملجم أثناء صلاة الفجر وأصابه بجرح مُميت بخنجرٍ مسموم.
بعد مقتل علي، بويع ابنه الحسن بن علي إلى الخلافة. لتجنب معاناة المزيد من الحرب الأهلية، وقع حسن على معاهدة سلام مع معاوية. وفقًا للمعاهدة، تنازل الحسن عن الخلافة لمعاوية ولكن بشرط ألا يحدد معاوية خليفة له خلال فترة حكمه بدلاً من ذلك، كان عليه أن يترك العالم الإسلامي يختار خليفته بعد ذلك.