خليل ملا خاطر
أعماله العلمية

خلَّف أكثر من تسعين كتابًا بين تأليف وتحقيق، من أشهرها:
مكانة الصحيحين (صحيح البخاري وصحيح مسلم)
السُّنة النبوية وحي
مختصر السنة النبوية وحي
ثلاثيات الإمام الشافعي
السنن، للإمام الشافعي، تحقيق وتخريج
المسند للإمام الشافعي، ومعه شافي العِي، للحافظ جلال الدين السيوطي، تحقيق
الإسناد: أهميته وأقسامه وعناية علماء الأمة به
الحديث المتواتر
حديث الآحاد، المشهور، العزيز، الغريب
الحديث المعلَّل
بدعة دعوى الاعتماد على الكتاب دون السُّنة (مكانة السنة النبوية وحجيتها)
خطورة مساواة الحديث الضعيف بالموضوع
الإمام البخاري والرواية عن أئمة آل البيت
الأمانة العظمى ونبيها ﷺ
الرحمة المُهداة ﷺ
رحمة النبي الكريم ﷺ بالكفار
عظيم قدره ﷺ ورفعة مكانته عند ربه ، (ملخَّص لمئة خصلة انفرد بها ﷺ عن بقية الأنبياء السابقين ) تُرجم الكتاب إلى عدد من اللغات.
واجب الأمة نحو نبي الرحمة ﷺ
محبة النبي ﷺ وطاعته بين الإنسان والجماد
أمية النبي المصطفى الكريم ﷺ
دلائل النبوة في غزوة الخندق
ما رواه مالك عن نافع عن ابن عمر
أصح أسانيد ابن عباس وابن مسعود وجابر وعُقبة
أصح أسانيد أنس بن مالك  برواية ثابت والزُّهري وقَتادة عنه
من أصح الأسانيد ما رواه هشام عن عُروة عن السيدة عائشة
من أصح الأسانيد ما رواه الزُّهري عن سالم بن عبد الله بن عمر عن أبيه
من أصح الأسانيد ما رواه الزُّهري عن سعيد بن المسيب عن أبي هريرة
من أصح الأسانيد ما رواه عبيد الله بن عمر عن نافع عن ابن عمر
من أصح الأسانيد ما رواه أيوب عن نافع عن ابن عمر
صحيفة أبي الزناد عن الأعرج عن أبي هريرة
العلوم والإيمان (ملخص لما جاء في بعض الآيات القرآنية والأحاديث النبوية من الإعجاز العلمي)
مشروعية صيام ست من شوال والرد على منكري ذلك
فضائل المدينة المنورة
مختصر فضائل المدينة المنورة
مكانة الحرمين الشريفين عند المسلمين: ما اتفقا فيه من الفضائل والأحكام
ساكن مكة المكرمة منزلته ومسؤوليته
ساكن المدينة المنورة منزلته ومسؤوليته
الحب المتبادَل (بين النبي ﷺ والمدينة المنورة)
مكانة الصحابة وأثرهم في حفظ السنة وواجب الأمة نحوهم
الإصابة في صحَّة حديث الذبابة: يبحث في صحَّة الحديث من النواحي الحديثية والفقهية والطبية
زواج السيدة عائشة ومشروعية الزواج المبكر والرد على منكري ذلك
مقدمة شرح صحيح مسلم للإمام النووي، شرح وتعليق وضبط وتخريج
حقوق الوالدين القسم الأول بر الوالدين
الإمام الشافعي  محِّدثًا
الإمام الشافعي  وأثره في الحديث وعلومه
حجية الحديث المرسل عند الإمام الشافعي
الإمام الشافعي وعلم مختلف الحديث
مناقب الإمام الشافعي، لابن الأثير الجزَري، تحقيق
مناقب الإمام الشافعي، لأبي الفداء ابن كثير، تحقيق
مسألة الاحتجاج بالشافعي فيما أُسند إليه والردُّ على الطاعنين بعِظَم جهلهم عليه، لأبي بكر الخطيب البغدادي، تحقيق
بيان خطأ من أخطأ على الشافعي، لأبي بكر أحمد بن الحسين البيهقي، تحقيق وتخريج
مجموع الحديث، للشيخ محمد بن عبد الوهاب، تحقيق بالاشتراك مع الأستاذ الدكتور محمود الطحان
مختصر أشراط الساعة
المسيح عليه السلام، قطعية رفعه وتواتر نزوله
أخبار الدجَّال
الإمام ابن الجوزي محدثًا، ومنهجه في كتابه الموضوعات، إعداد قسم الله علي محمد مريود، إشراف خليل ملا خاطر
التنبيه على الأوهام الواقعة في الصحيحين من قِبَل الرواة: قسم البخاري، لأبي علي الحسين بن محمد الغسَّاني الجياني، تحقيق محمد صادق آيدن، إشراف خليل ملا خاطر
منهج الذهبي في كتابه ميزان الاعتدال في نقد الرجال، إعداد قاسم علي سعد، إشراف خليل ملا خاطر
ومن المشاريع التي عمل عليها طويلًا:
تحقيق كتاب (الشافي في شرح مسند الشافعي) لابن الأثير الجزري، ويُتوقع أن يكون في نحو عشرين مجلدًا.
جمع أحاديث الإمام الشافعي .
جمع أصح الصحيح من الأحاديث الشريفة، التي جاءت بالأسانيد التي يسميها علماء الحديث (أصح الأسانيد).