الطائفية والعرقية في الحرب الأهلية السورية
الانتهاكات خلال الحرب الأهلية > بحسب الطوائف الدينية > المسلمون > أهل السنة والجماعة

اتُّهمت الشبيحة، وهي ميليشيا يزعم أنها حكومية علوية، بقتل المعارضين السنة مما أدى إلى بعض أعمال قتل العلويين من الجانب السني. وبالإضافة إلى ذلك، تحدثت عدة تقارير عن العنف الطائفية الذي ترتكبه الميليشيات الشيعية غير الحكومية بحق المسلمين السنة، حيث زعم مقاتلو هذه الميليشيات: «نحن نقوم بواجبنا، ونقتل الثوار السنة المتهمين بالقيام بجرائم حرب».
في 25 أيار 2012، وقعت أولى المجازر ذات الصبغة الطائفية في سوريا، وهي مجزرة الحولة التي راح ضحيتها أكثر من 200 مدني، وقد اتهم السكان وبعض نشطاء المعارضة ميليشيا الشبيحة وسكان القرى العلوية المجاورة بارتكاب المجزرة، رغم نفي السلطة السورية لذلك وتحميلها لتنظيم القاعدة مسؤولية الهجوم. كانت القرية إحدى المعاقل السّنية الكبيرة التي شاركت في الانتفاضة كما تواجدت فيها ميليشيات الجيش السوري الحر التي كانت تهاجم قوات ومنشآت الجيش السوري والقرى المجاورة التي تدعم الحكومة.
أدت المجزرة إلى أزمة سياسية هي الأولى منذ اندلاع الاحتجاجات، حيث قامت أكثر من 20 دولة بما فيهم الولايات المتحدة وبريطانيا وفرنسا وباقي دول الاتحاد الأوروبي بطرد السفراء السوريين من أراضيهم، وقد أدانت روسيا والصين حليفتي حكومة الأسد المجزرة ووصفوها ب«الوحشية»، وبعد زيارة فريق الأمم المتحدة، أكدت وقوع المجزرة في الجولة ومقتل 32 طفلًا.

كما وقعت مجازر طائفية أخرى ضد اسكان الذين يدعمون المعارضة مثل مجزرة القبير.
وفي أواخر كانون الثاني عام 2012، ذكرت رويترز أن 14 فرد من عائلة سنية قُتلوا على يد الشبيحة إضافة إلى 16 سني آخرين قُتلوا سابقًا في أحد الأحياء المختلطة في حمص الذي يدعي العلويون أنهم فروا منه قبل أربعة أيام من الحادثة. العديد من التقارير تحدثت أن استهداف قوات الأمن للمناطق والقرى السنية يعود تقريبًا إلى بداية الثورة، بما في ذلك القصف على الأحياء السنية في اللاذقية من قبل زوارق البحرية السورية في آب 2011. وفي بعض المناطق، تخلّى السكان السنة عن منازلهم التي تعرضت للنهب المنهجي من الجماعات الطائفية، لدرجة أن سوق السلع المستعملة المزدهرة في البلاد أخذت اسم «سوق السنّة».
وكانت قد حدثت العديد من المجازر ضد السكان السنّة منها المجازر في الحولة، المجازر في القبير والمجازر في المستوطنات الزراعية السنية على خط المواجهة بين المناطق ذات الأغلبية السنية ومعقل العلويين في جبال اللاذقية. ويقال أن هذه المجازرَ جزءٌ من خطةِ بعض العناصر العلوية المتجذرة في شمال غرب المحافظة لمسح القرى المجاورة السنية من أجل إنشاء «دولة رابضة» يسهل الدفاع عنها.
 الصوفيون
الحركة الصوفية الوحيدة التي وقفت بوضوح مع المعارضة هي حركة زيد الصوفية. قاوم شيوخها الضغط الحكومي لإدانة مظاهرات المعارضة. بل على العكس، دعا شيخ الحركة الرفاعي إلى إطلاق سراح المعتقلين ووقف تعذيبهم وطالب بإصلاحات سياسية. حدثت نقطة التحول في موقف حركة زيد عندما قام موالون للحكومة بضرب الشيخ الرفاعي وهاجموا مسجده ومؤيديه. هو وأخوه الأصغر تركا للبلاد وأعلنوا دعمهم الواضح للانتفاضة. بالإضافة إلى «حركة زيد»، قام عدد من المشايخ السوريين المعروفين من بينهم محمد راتب النابلسي وطلابه بدعم المعارضة المسلحة. على الرغم من أن الصوفية لا تملك حاليًا فصائل مسلحة هامة مثلما تفعل الجماعات الاسلامية الأخرى، إلا أن المراقبين يدّعون أن العديد من الأفراد الصوفيين قد انضموا إلى الكفاح المسلح. حتى أن بعضهم أنشأ فصائل مسلحة من بينها «كتائب مجاور» و«كتائب الصحابة» و«كتائب أحفاد النبي».
خلال عامي 2013 و2014 تم تدمير العديد من الأماكن المقدسة والمقابر في محافظة دير الزور السورية الشرقية المرتبطة بالصوفية من قبل تنظيم الدولة الإسلامية (داعش)، والتي كانت من بين الأهداف الرئيسية للمجموعة.