خوسيه بارانهوس، فيكونت ريو برانكو
رئيس مجلس الوزراء > سؤال ديني

في غضون ذلك، كان على الحكومة أن تتعامل مع أزمة خطيرة وطويلة الأمد تتعلق بالكنيسة الكاثوليكية. كانت الكاثوليكية هي دين الدولة في البرازيل ، وكانت هناك درجة كبيرة من سيطرة الدولة التي ورثتها من الحكم البرتغالي، بما في ذلك تعيين رجال الدين. أدى هذا الوضع إلى حالة من الأمور حيث كان يُنظر إلى رجال الدين الكاثوليك على أنهم يعانون من نقص الموظفين وغير المنضبطين وضعف التعليم، مما أدى إلى فقدان السلطة الأخلاقية والاحترام الشعبي للكنيسة. كانت هناك سلسلة من الإجراءات التي تهدف إلى إضعاف سلطة البابوية على الكنيسة البرازيلية بما في ذلك تعليق قبول المبتدئين في الأديرة في عام 1856 وإدخال حق الاستئناف إلى التاج على معظم شؤون الكنيسة في 1857، لم تقبل روما أي منهما.
أرادت حكومة الإمبراطورية إصلاح الكنيسة وعينت سلسلة من الأساقفة المتعلمين والمصلحين. بالرغم من أن هؤلاء الأساقفة اتفقوا مع الحكومة على الحاجة إلى الإصلاح، إلا أنهم لم يشاركوا آراء بيدرو الثاني حول خضوع الكنيسة للحكومة، وكانوا يميلون إلى التأثر بالفكر الطائفي الذي أكد على الولاء للبابوية لا على للسلطات المدنية.
كان الدون فيتال، أسقف أوليندا، أحد الجيل الجديد من الأساقفة. في عام 1872، طرد الماسونيين من الأخوة العلمانية. وتم حظر جميع أشكال الماسونية على جميع الكاثوليك وتحت طائلة الحرمان الكنسي.
كان ريو برانكو سيدًا كبيرًا لـ غراند أورينت دو برازيل، وهو أكبر جسم ماسوني برازيلي. لا يُعرف بالضبط متى أو كيف أصبح ريو برانكو ماسونيًا، لكنه كان عضوًا منذ عام 1840 على الأقل. لم يُنظر إلى الماسونية البرازيلية على أنها مُعادية للكنيسة مثل الماسونية اللاتينية في القارة الأوروبية.  في رأي أحد المؤرخين ، «لا يمكن اتهام رئيس المجلس أو مساعديه بالإلحاد أو العداء للدين».
نزلت الحكومة إلى جانب الماسونيين وضد الكنيسة، وأمرت الدون فيتال بإلغاء الحظر، الذي رفضه. أدى هذا الرفض إلى محاكمة الأساقفة أمام محكمة العدل العليا للإمبراطورية حيث تمت إدانتهم عام 1874 وحكم عليهم بأربع سنوات من الأشغال الشاقة، وتم تخفيفها إلى السجن دون الأشغال الشاقة. أوضح ريو برانكو في رسالة كتبها في أغسطس 1873 أنه يعتقد أن الحكومة «لا يمكن أن تتنازل في القضية» لأنها «تنطوي على مبادئ أساسية للنظام الاجتماعي والسيادة الوطنية». تتوافق هذه الأفعال مع آرائه الخاصة، لكن قناعاته عززتها الاستنتاجات المتطابقة للإمبراطور. اعتبر بيدرو الثاني ريو برانكو السياسي المفضل لديه  والثاني في القيادة الذي يمكنه الاعتماد عليه. لعب الإمبراطور دورًا حاسمًا من خلال الدعم القاطع لإجراءات الحكومة في التحرك ضد الأساقفة. انتقد المؤرخ رودريك بارمان عدم الاستقلال الذي أظهره ريو برانكو فيما يتعلق ببيدرو الثاني بشدة ، حيث اعتقد أن رئيس الوزراء فرض فقط السياسات التي لا ترضي الإمبراطور أو التي حظيت بدعمه الكامل. وكانت مُحاكمة وسجن الأسقفين لا تحظى بشعبية كبيرة.
أدى فرض النظام المتري إلى مظاهرات في الشمال الشرقي خلال عام 1874. دمر الفلاحون الأوزان والمقاييس المترية، وتم حرق سجلات الأراضي والضرائب. كانت تسمى حركة Quebra Quilo ("سحق كيلو") وليس لديها أي تأثير دائم على الرغم من أنه يتضح عدم الرضا الشعبي وكان إحراجاً للحكومة ".
تم الاشتباه في أن أعمال الشغب في كويبرا كويلو وإلى جانب اعتقال الأساقفة، لفت الانتباه إلى أن الحكومة الإمبراطورية أصبحت متورطة في نزاع غير مكسب. لن يتم حل الأزمة إلا من خلال استبدال مجلس الوزراء في سبتمبر 1875 ومنح الإمبراطور المُتردد عفوًا كاملاً للأساقفة.  ألقى المؤرخ هيتور ليرا باللوم على ريو برانكو ومجلس وزرائه، وكلاهما من الأساقفة، وبشكل أساسي بيدرو الثاني. حيث كشفت جميع الأطراف المعنية عن افتقارها إلى اللباقة، ولم يتسبب عنادها إلا في إلحاق الضرر - في الغالب بالنظام الملكي نفسه. كانت النتيجة الرئيسية للأزمة أن رجال الدين لم يعودوا يرون أي فائدة في دعم بيدرو الثاني. بالرغم من أنهم تخلوا عن الإمبراطور، إلا أن معظمهم كانوا ينتظرون بفارغ الصبر انضمام ابنته الكبرى ووريثته إيزابيل بسبب آرائها في الدفاع عن السلطة البابوية العليا في مسائل الإيمان والانضباط.