حرب جمهورية الكونغو الأهلية الثانية
الصراع

في 5 يونيو 1997، قاد ساسو انقلابا متوقعا، وأمر ليسوبا ميليشيا كوكويي باعتقال ساسو ونزع سلاح ميليشيا الكوبرا بالقوة، هكذا بدأت الحرب الأهلية الثانية. اجتاح القتال مبكرا كل المدينة، مع سيطرة كل ميليشيا من ميليشيات كوكويي، النينجا والكوبرا على مناطق داخل العاصمة. جلبت الحكومة مرتزقة أوكرانيين للقيام بهجمات ضد طائرات هليكوبتر، فيما بعد، قامت بتعبئة قواتها للقيام بحملة قصف للمناطق التي تقع تحت سيطرة الكوبرا. قصف كلا الجانبين المناطق المأهولة بالسكان بالقذائف، مما سبب في وقوع عدد قتلى كبير من المدنيين. اتهم المقاتلون بالقيام بعمليات ابتزار ومضايقة للسكان المدنيين، حيث كان يتم عليهم ذلك حسب انتماءهم العرقي.
في 16 يونيو 1997، أنهى ليسوبا وساسو نغيسو محادثات فاشلة في ليبرفيل، الغابون نظمت بوساطة الأمم المتحدة، الاتحاد الأوروبي، فرنسا وعدد من الدول الأفريقية. في 17 يونيو 1997، حضر جنود فرنسيون وعدد من قوات مشاة البحرية الأمريكية إلى العاصمة، لإجلاء 6,000 من الرعايا الأجانب من خلال مطار برازافيل بعد أن اتفقت الأطراف المتحاربة على وقف لإطلاق النار لمدة 3 أيام.
في نفس الوقت، زار ليسوبا رواندا، أوغندا وناميبيا في محاولة لكسب دعمهم. بالإضافة إلى ذلك، اتهمت ميليشيا الكوبرا بدعم أنصار الرئيس الزائيري السابق موبوتو سيسي سيكو، لقتال رئيس جمهورية الكونغو الديمقراطية، لوران كابيلا، والتي قامت بلاده بإرسال مئات الجنود لدعم ليسوبا.
تزامن اندلاع الحرب الأهلية الكونغولية مع الصراع الداخلي في أنغولا. خلال رئاسة باسكال ليسوبا، قدمت الكونغو دعما كبيرا لمقاتلي يونيتا المعادين للحكومة الأنغولية، وذلك عبر تجارة الماس معهم. استغلت أنغولا الفرصة لتدمير خط إمداد يونيتا عن طريق دخولها الصراع في جانب ساسو نغيسو. دعمت فرنسا أيضا ميليشيا الكوبرا عن طريق إعطاءها قوات حربية، حفاظا على مصالحها في صناعة النفط في البلاد. فر عدد كبير من اللاجئين الروانديين إلى الكونغو في مايو 1997، ليشكلوا جزء من الصراع، حيث اشترك ما يقرب من 600 من الهوتو الروانديين في ميليشيا أسسها ساسو، فيما قاتل آخرون ضده. كانت هناك ادعاءات تتمحور حول تدخل كوبا إلى جانب ميليشيا الكوبرا، وأخرى اتهمت فيها يونيتا بمساعدة ميليشيا النينجا.
في سبتمبر 1997، بعد رفض ساسو قبول خمسة حقائب وزارية، عين ليسوبا بيرنارد كوليلاس في منصب رئيس الحكومة، مما أدى إلى دخول ميليشيا النينجا رسميا في جانب الحكومة.
في 11–12 أكتوبر 1997، أجرت طائرات مقاتلة تابعة للقوات الجوية الأنغولية عددا من الضربات الجوية ضد مواقع ميليشيا كوكويي داخل برازافيل. في 16 أكتوبر 1997، عزرت ميليشيا الكوبرا بدعم من دبابات وقوة تتألف من 1,000 جندي أنغولي سيطرتها في برازافيل، مما أدى إلى خلع ليسوبا بعد يومين. في اليوم الموالي، عاد ديني ساسو نغيسو إلى السلطة، وعين نفسه رئيسا. أدى هذا إلى دمج ميليشيا الكوبرا مع الجيش الوطني، دون حلها تماما. بعد احتلال العاصمة، قام رجال ميليشيا الكوبرا باعتقال وإعدام العشرات من المقاتلين المعادين والمعارضين السياسيين وسلب ممتلكاتهم. رافق هذا هجوما أنغوليا على بوانت نوار لم يلقى أدنى مقاومة، مما أدى إلى استسلام أغلبية القوات الحكومية.
خرجت ميليشيات النينجا وكوكويي بالقوة من برازافيل، وأعادت بعدها تنظيم صفوفها، ثم اندلعت اشتباكات في مدن إمبفوندو، ويسو وأوواندو وفي بوانت نوار كذلك. في أبريل 1998، احتل متمردو كوكويي سد موكوكولو الكهرومائي الواقع في إدارة بوينزا، ثم قتلوا عدة موظفين وخفضوا إمداد بوانت نوار بالكهرباء لعدة أسابيع. في 29 أغسطس 1998، قتل مقاتلو النينجا مفوض الشرطة في ماندولي. في 26 سبتمبر 1998، اغتال متمردو النينجا نائب والي غوما تسي تسي. في 9 أكتوبر 1998، أطلق متمردو النينجا النار على مخفر شرطة ومكاتب ولاية كينكالا.
تأسست ميليشيا نسيلولو في إدارة بول في 1998، وشكلت عرقية لاري أساس هذه المجموعة. تحالفت هذه الأخيرة مع ميليشيا النينجا، وأطلقتا هجمات ضد القوات الحكومية والمدنيين الداعمين لهم.
شهد الربع الأخير من عام 1998 تصعيدا في الصراع، حيث سيطرت ميليشيات النينجا ونسيلولو على عدة مناطق في جنوب البلاد. في 14 نوفمبر 1998، شنت ميليشيا النينجا هجوما في ماندولي، وقتل 41 مدنيا، بما في ذلك، ستة أعضاء في لجنة الإعلام المحلية. في 18 ديسمبر 1998، احتل متمردو كوكويي مدينة نكايي، وشرعوا مباشرة في إعدام مسؤولي الحكومة وعرقية المبوشي بإجراءات مختصرة؛ استعادت القوات الحكومية السيطرة على المدينة بعد ثلاثة أيام. نشر مسلحون أنغوليون وتشاديون في مناطق بوينزا، نياري وليكومو الواقعة في إدارة بولو، لمواجهة أنشطة التمرد المستمرة. في 16 ديسمبر 1998، تسللت مجموعة تتكون من 300 مقاتل من ميليشيا النينجا إلى أحياء الباكونغو والماكيليكيلي في برازافيل، فاندلعت اشتباكات استمرت أربعة أيام. تعرضت هذه المناطق إلى قصف خطير بقذائف الهاون والمدفعية، تسبب في دمار واسع، وفرار لما يصل إلى 200,000 مدني. قامت القوات الحكومية بحملة نهب واسع النطاق وإعدام بإجراءات مختصرة، سببت خسائر تقدر بحوالي 1000 قتيل مدني.
في ديسمبر 1999، تواصلت هجمات الحكومة، فقام ما مجموعه 2,000 من متمردي ميليشيات النينجا وكوكويي بالاستسلام إلى السلطات، بعد توقيع اتفاق سلام مع الحكومة، أنهى رسميا الصراع.