أسرى فلسطينيون
تبادل السجناء والإفراج عنهم

أطلق الاحتلال سراح فلسطينيين في اتفاقيات تبادل الأسرى المبرمة مع مختلف فصائل المقاومة الفلسطينية. في عام 1985 وفي إطار عملية الجليل أطلق الاحتلال سراح 1150 سجينًا، بمن فيهم الشيخ أحمد ياسين، مقابل ثلاثة أسرى حرب من جيش الاحتلال محتجزين لدى أحمد جبريل. دعت الاتفاقية المؤقتة لعام 1995 بشأن الضفة الغربية وقطاع غزة إلى إطلاق سراح المعتقلين الفلسطينيين على مراحل، كجزء من سلسلة من «تدابير بناء الثقة». عند انسحاب الاحتلال من المراكز الفلسطينية المأهولة بالسكان في عام 1995، نُقل العديد من الفلسطينيين في السجون العسكرية إلى السجون داخل المناطق المحتلة، والتي قال بعض الناشطين الفلسطينيين إنها تمثل انتهاكًا للمادتين 49 و 76 من اتفاقيات جنيف التي تحظر الترحيل. حددت اتفاقية واي ريفر لعام 1998 أن الاحتلال سيفرج عن 750 أسيرًا فلسطينيًا، تم الإفراج عن 250 منهم بحلول وقت اتفاقية شرم الشيخ في عام 1999. قللت واي 2 من عدد الذين سيتم إطلاق سراحهم من 500 إلى 350، تم إطلاق سراح هؤلاء بحلول منتصف أكتوبر 1999. أطلق الاحتلال 26 سجينًا أمنيًا في بداية شهر رمضان، نصفهم لم يتبق سوى بضعة أشهر. تم إطلاق سراح سبعة سجناء آخرين من القدس الشرقية في اليوم التالي بعد احتجاجات من السلطة الفلسطينية، والتي كانت تتوقع المزيد. في عام 2000، تم إطلاق سراح 18 سجيناً آخرين كمبادرة حسن نية في مارس ويونيو.
في قمة شرم الشيخ في 8 فبراير 2005، تعهد الاحتلال بالإفراج عن 900 سجين فلسطيني آخر من أصل 7500 محتجز في ذلك الوقت. بحلول ربيع عام 2005، كان قد تم إطلاق 500 منها، ولكن بعد هجمات صواريخ القسام على سديروت في 5 مايو، أرييل شارون أوقف إطلاق سراح الـ 400 المتبقي، مشيرًا إلى حاجة السلطة الفلسطينية لكبح جماح النشطاء. في 25 أغسطس 2008، أطلق الاحتلال سراح 198 سجينًا في «لفتة حسن نية» لتشجيع العلاقات الدبلوماسية ودعم قائد فتح محمود عباس. في 15 كانون الأول / ديسمبر 2008، أطلق الاحتلال سراح 224 سجيناً فلسطينياً من سجن عوفر في الضفة الغربية، وأُطلق سراح 18 منهم في قطاع غزة.
في عام 2011، أطلقت حكومة الاحتلال سراح 1027 أسيرًا فلسطينيًا مقابل جلعاد شاليط -ضمن صفقة وفاء الأحرار- وهو جندي إسرائيلي احتجزته المقاومة الفلسطينية كرهائن في قطاع غزة لأكثر من خمس سنوات. ونقلت صحيفة الحياة السعودية عن قائد حركة حماس أحمد الجعبري قوله إن الأسرى الذين أطلق سراحهم كجزء من الصفقة مسؤولون بشكل جماعي عن مقتل 569 إسرائيلياً. هذا الاتفاق هو أكبر اتفاق لتبادل الأسرى بين الإحتلال، وذلك كجزء من الاتفاقية التي وافق عليها الاحتلال لإطلاق سراح 1027 سجينًا فلسطيني لجندي إسرائيلي واحد - وهو أعلى سعر دفعه الاحتلال مقابل جندي واحد. كان جلعاد شاليط أول جندي إسرائيلي يتم أسره على قيد الحياة منذ 26 عامًا.
في أكتوبر 2012، زعمت مؤسسة جيش الإحتلال أن العشرات من الأسرى الفلسطينيين المفرج عنهم في تبادل الأسرى جلعاد شاليط قد استأنفوا نشاطهم المقاوم. انضم الكثير منهم إلى قيادة حماس، وبدلاً من ذلك قام أسرى فلسطينيون آخرون بتطوير أسلحة وأطلقوا صواريخ على مستوطنات الإحتلال، وقام بعضهم بتجنيد أعضاء في خلايا مقاومة جديدة في الضفة الغربية. قامت إحدى هذه الخلايا في الخليل بزرع قنبلة وتخطيطها لاختطاف جندي. تورط السجناء في الضفة الغربية أيضًا في أعمال عنيفة، وألقى الاحتلال القبض على 40 منهم، صرح مسؤول كبير بأن التعاون بين قوات الاحتلال والسلطات الفلسطينية كان فعالاً في تعقب الأفراد ومنع المزيد من الهجمات.
في أغسطس 2013، وافق مجلس وزراء الإحتلال على عملية من أربع مراحل يتم خلالها إطلاق سراح 104 أسيرًا فلسطينيًا كجزء من إجراء «لبناء الثقة» يهدف إلى تعزيز مفاوضات السلام الإسرائيلية الفلسطينية. أُدين جميع السجناء المقرر إطلاق سراحهم بتهمة المقاومة ضد الاحتلال قبل توقيع اتفاقات أوسلو في سبتمبر 1993؛ وكان معظمهم إما متورطين مباشرة في قتل المحتلون وكان الكثير منهم يقضون عقوبة السجن مدى الحياة. في ديسمبر 2013، أطلق الاحتلال سراح 26 سجينًا فلسطينيًا آخرين بموجب محادثات السلام التي توسطت فيها وزير الخارجية الأمريكية جون كيري.
وفي 24 نوفمبر 2023، تم الإأفراج عن 39 امرأة  وقاصرا فلسطينيا كانوا محتجزين بتهم مختلفة، وذلك بموجب اتفاق توسطت فيه قطر، مقابل الإفراج عن 13 رهينة إسرائيلية ممن احتجزتهم حماس خلال هجومها على إسرائيل في أكتوبر 2023.