ألمانيا المحتلة من قبل قوات الحلفاء
نظام الحكم وظهور دولتين ألمانيتين

انهارت خطة الحلفاء الأصلية لحكم ألمانيا كدولة واحدة من خلال مجلس مراقبة الحلفاء في الفترة 1946-1947 بسبب التوترات المتزايدة بين الحلفاء، رغبت بريطانيا والولايات المتحدة في التعاون، لكن فرنسا عرقلت أي عمل لتفكيك ألمانيا، من جهته عمل الاتحاد السوفياتي منذ البداية على تطبيق مبادئ النظام الاشتراكي السياسية والاقتصادية في منطقة نفوذه (إعادة التوزيع القسري للأرض، تأميم الشركات). كانت نقطة الخلاف الأخرى هي استيعاب المُهجرين بعد الحرب، ففي حين وافقت المملكة المتحدة والولايات المتحدة والاتحاد السوفيتي على استقبال وإيواء وإطعام حوالي ستة ملايين مواطن ألماني طرد من ألمانيا الشرقية السابقة وأربعة ملايين شخص من أصول ألمانية من تشيكوسلوفاكيا وبولندا والمجر ويوغوسلافيا، لم توافق فرنسا على عمليات الطرد والتهجير التي سمحت بها اتفاقية بوتسدام (اتخذ القرار دون مشاركة فرنسا)، ولذلك رفضت فرنسا استيعاب لاجئين الحرب الألمان الذين حُرموا من العودة إلى ديارهم في الأراضي الألمانية الشرقية، ومع ذلك فقد سُمح بعودة بعض السكان الأصليين الذين هجرهم النازيون مثل اللاجئين السياسيين واليهود، وكذلك الذين هُجروا بسبب عمليات الترحيل المرتبطة بالحرب مثل الإخلاء بسبب الغارات الجوية، فقد عاد كل هؤلاء إلى ديارهم في المناطق الواقعة تحت السيطرة الفرنسية.
كانت كل دولة من دول الاحتلال الأربع تمارس سلطات حكومية مستقلة في مناطق نفوذها في ألمانيا، ونفذت سياسات مختلفة تجاه السكان والحكومات المحلية. تطورت لاحقاً إدارة موحدة للمناطق الغربية، فقد دمجت المناطق الأمريكية والبريطانية في 1 يناير 1947 وعُرفت باسم بايزون، ثم دمجت المنطقة الفرنسية وأصبحت المنطقة الغربية تعرف باسم ترايزون. انهار التعاون بين الشرق والغرب بشكل كامل في ألمانيا خصوصاً مع فرض الاتحاد السوفيتي حصار برلين من يونيو 1948 إلى مايو 1949. دمجت المناطق الغربية الثلاث لتشكيل جمهورية ألمانيا الاتحادية في مايو 1949، ورد السوفييت في أكتوبر 1949 بإنشاء جمهورية ألمانيا الديمقراطية.
استمر الاحتلال في الغرب حتى 5 مايو 1955، عندما دخلت المعاهدة العامة (بالألمانية: Deutschlandvertrag)‏ حيز التنفيذ. وكانت الدول الغربية قد استبدلت الحكام العسكريين عند إنشاء جمهورية ألمانيا الاتحادية في مايو 1949 بمفوضين مدنيين كبار، لكن مع دخول المعاهدة العامة حيز التنفيذ انتهى الاحتلال وتوقف تقسيم ألمانيا الغربية إلى مناطق نفوذ، واستُبدل المفوضون السامون بسفراء عاديين، وسمح لألمانيا الغربية ببناء جيش دفاعي وتأسس البونديس فير في 12 نوفمبر عام 1955.
حدث وضع مشابه في ألمانيا الشرقية، فأُقيمت جمهورية ألمانيا الديمقراطية في 7 أكتوبر 1949، وفي 10 أكتوبر استُبدلت الإدارة العسكرية السوفيتية في ألمانيا بلجنة المراقبة السوفيتية، وعلى الرغم ذلك لم تمنح السيادة الجزئية لحكومة جمهورية ألمانيا الديمقراطية حتى 11 نوفمبر 1949. استبدلت لجنة المراقبة السوفييتية بعد وفاة جوزيف ستالين في مارس 1953 بمكتب المفوض السوفيتي السامي في 28 مايو 1953. ألغي منصب المفوض السامي واستبدال بالسفير ومنحت السيادة العامة لجمهورية ألمانيا الديمقراطية عندما أبرم الاتحاد السوفييتي معاهدة «الدولة» مع جمهورية ألمانيا الديمقراطية في 20 سبتمبر 1955. أنشأت جمهورية ألمانيا الديمقراطية الجيش الشعبي الوطني في 1 مارس 1956.
على الرغم من منح السيادة العامة لكلتا الدولتين الألمانيتين في عام 1955، لكن لم تتمتع أي حكومة ألمانية بسيادة كاملة وغير مقيدة بموجب القانون الدولي إلا بعد إعادة توحيد ألمانيا في أكتوبر 1990. كانت ألمانيا الغربية مستقلة فعلياً، لكن الحلفاء الغربيين احتفظوا بسيطرة محدودة على ألمانيا الغربية وبرلين، أما ألمانيا الشرقية فقد تحولت من دولة تابعة في فلك الاتحاد السوفياتي إلى دولة مستقلة اقتصادية، مع احتفاظ السلطة السوفيتية بالسيطرة الأمنية. أصبحت أحكام معاهدة التسوية النهائية والمعروفة أيضاً باسم «معاهدة 2+ 4» - والتي تمنح ألمانيا سلطات كاملة ذات سيادة - نافذة قانونياً في 15 مارس 1991 بعد أن صدقت جميع الدول المشاركة فيها على المعاهدة. غادرت آخر قوات الاحتلال من ألمانيا عندما انتهى الوجود العسكري الروسي في عام 1994، على الرغم من أن جيش الاحتلال البلجيكي في ألمانيا قد بقي في الأراضي الألمانية حتى نهاية عام 2005.
لم تكن مدينة برلين جزءاً من أي من الدولتين، وظلت تحت احتلال الحلفاء حتى إعادة توحيد ألمانيا في أكتوبر 1990. دمجت القطاعات الغربية الثلاثة في برلين في كيان واحد هو برلين الغربية لأغراض إدارية. أصبح القطاع السوفياتي معروفاً باسم برلين الشرقية، وفي حين لم تعترف بها القوى الغربية كجزء من ألمانيا الشرقية، فقد أعلنت جمهورية ألمانيا الديمقراطية برلين عاصمة لها.