Un altro strumento principale nella diagnosi delle malattie infettive è la microscopia. Praticamente tutte le tecniche di coltura di cui sopra si basano, ad un certo punto, su un esame microscopico per l' identificazione definitiva dell' agente infettivo. La microscopia può essere eseguita con strumenti semplici, come il microscopio leggero composto, o con strumenti complessi come un microscopio elettronico. I campioni ottenuti dai pazienti possono essere visti direttamente sotto il microscopio luminoso e spesso possono portare rapidamente all' identificazione. La microscopia è spesso utilizzata anche in combinazione con tecniche di colorazione biochimica, e può essere resa squisitamente specifica se utilizzata in combinazione con tecniche a base di anticorpi. Ad esempio, l' uso di anticorpi resi artificialmente fluorescenti (anticorpi etichettati con fluorescenza) può essere diretto per legare e identificare uno specifico antigene presente su un agente patogeno. Un microscopio a fluorescenza viene quindi utilizzato per rilevare anticorpi marcati fluorescentemente legati agli antigeni internalizzati all' interno di campioni clinici o cellule coltivate. Questa tecnica è particolarmente utile nella diagnosi di malattie virali, dove il microscopio luminoso non è in grado di identificare direttamente un virus.
Che cosa si possono ottenere i campioni dai pazienti sotto i quali si vede direttamente?
microscopio leggero