Le versioni GameCube e Wii presentano alcune piccole differenze nei loro comandi. La versione Wii del gioco utilizza i sensori di movimento e l' altoparlante integrato del telecomando Wii. L' altoparlante emette i suoni di un archetto quando si riprende una freccia, la risata di Midna quando dà consigli a Link, e il marchio di fabbrica della serie "chime" quando scopre segreti. Il giocatore controlla la spada di Link facendo oscillare il telecomando Wii. Altri attacchi vengono attivati usando gesti simili con il Nunchuk. Unico alla versione GameCube è la possibilità per il giocatore di controllare la fotocamera liberamente, senza entrare in una speciale modalità "Lookaround" richiesta dal Wii; tuttavia, nella versione GameCube, solo due delle armi secondarie di Link possono essere equipaggiate alla volta, rispetto a quattro nella versione Wii.
Che suono fanno gli utenti qui quando scoprono segreti nel gioco?
chime