La teologia naturale non era una dottrina unificata, e mentre alcuni come Louis Agassiz erano fortemente contrari alle idee contenute nel libro, altri cercarono una riconciliazione in cui l' evoluzione era vista come voluta. Nella Chiesa d' Inghilterra, alcuni sacerdoti liberali interpretarono la selezione naturale come uno strumento del disegno di Dio, con il chierico Charles Kingsley che la considerava "altrettanto nobile una concezione della divinità". Nella seconda edizione del gennaio 1860, Darwin citò Kingsley come "un celebre chierico", e aggiunse la frase "dal Creatore" alla frase conclusiva, che da quel momento in poi recitò "la vita, con i suoi molteplici poteri, essendo stata originariamente respirata dal Creatore in poche forme o in una sola". Mentre alcuni commentatori hanno preso questo come una concessione alla religione che Darwin in seguito rimpiangeva, la visione di Darwin all' epoca era di Dio creando la vita attraverso le leggi della natura, e anche nella prima edizione ci sono diversi riferimenti alla "creazione".
Cosa pensava Louis Agassiz dell' origine delle specie?
fortemente contrari alle idee contenute nel libro