Alcune critiche sono state mosse alle tesi di Popper. Una è la tesi di Quine-Duhem da cui deriva che è impossibile controllare una singola ipotesi, dal momento che ogni ipotesi fa parte di un apparato teorico più ampio. Di fronte a un controesempio è l'intero apparato teorico che risulta confutato senza che si possa sapere quale ipotesi deve essere sostituita. Si prenda per esempio la scoperta del pianeta Nettuno: quando si scoprì che il moto di Urano non corrispondeva alle previsioni fondate sulla teoria di Newton, fu la proposizione ""Ci sono sette pianeti nel sistema solare"" a essere rigettata e non le leggi di Newton. Popper discute questa critica nella "Logica della scoperta scientifica". Secondo Popper, le teorie scientifiche sono accettate e rifiutate in base a una sorta di selezione naturale. Le teorie che permettono di fare previsioni sulla realtà devono essere preferite a parità di evidenza sperimentale; più una teoria è applicabile, maggiore è il suo valore. Per questo le leggi newtoniane devono essere preferite alle teorie circa il numero dei pianeti che ruotano attorno al Sole.
L' apparente inosservanza delle leggi di Newton da parte del pianeta Urano portò alla scoperta di quale pianeta?
Nettuno