Come nel caso della classificazione batterica, l' identificazione dei batteri si avvale sempre più spesso di metodi molecolari. La diagnostica che utilizza strumenti basati sul DNA, come la reazione a catena della polimerasi, è sempre più popolare a causa della loro specificità e velocità, rispetto ai metodi basati sulla coltura. Questi metodi permettono anche di rilevare e identificare le cellule "vitali ma non coltivabili" che sono metabolicamente attive ma non divisorie. Tuttavia, anche utilizzando questi metodi migliorati, il numero totale di specie batteriche non è noto e non può nemmeno essere stimato con certezza. Secondo l' attuale classificazione, ci sono poco meno di 9.300 specie conosciute di procarioti, che comprendono batteri e arcai; ma i tentativi di stimare il numero reale di diversità batterica variano da 107 a 109 specie totali - e anche queste stime diverse possono essere off di molti ordini di grandezza.
I nuovi metodi possono determinare un numero totale di specie batteriche?
non può nemmeno essere stimato con certezza