Gli oppositori di Jefferson hanno detto che la sua posizione era la distruzione e il rifiuto governativo del cristianesimo, ma questa era una caricatura. Nell' istituire l' Università della Virginia, Jefferson ha incoraggiato tutte le sette separate ad avere predicatori propri, anche se c' era un divieto costituzionale dello Stato a sostegno di una cattedra di Divinità, derivante dal proprio Statuto della Virginia per la libertà religiosa. Alcuni hanno sostenuto che questo accordo era "pienamente compatibile con le opinioni di Jefferson sulla separazione tra chiesa e Stato"; altri, tuttavia, indicano il sostegno di Jefferson per un programma in cui gli studenti dell' Università avrebbero frequentato il culto religioso ogni mattina come prova che le sue opinioni non erano coerenti con una rigida separazione. Ancora altri studiosi, come Mark David Hall, tentano di eludere l' intera questione sostenendo che la giurisprudenza americana si concentra troppo limitatamente su questa lettera Jeffersoniana, senza tenere conto di altre rilevanti distruzioni storiche.
Come è stato vietato allo Stato di sostenere una cattedra di Divinità?
Statuto della Virginia per la libertà religiosa