La storia si concentra sul protagonista della serie Link, che cerca di impedire a Hyrule di essere inghiottito da una dimensione parallela corrotta nota come Twilight Realm. Per farlo, egli assume la forma sia di un Hylian che di un lupo, ed è assistito da una misteriosa creatura di nome Midna. Il gioco si svolge centinaia di anni dopo Ocarina of Time e Majora's Mask, in una timeline alternativa di The Wind Waker.
Quale personaggio ha aiutato Link in Twilight Princess?
Midna