Alcune critiche sono state mosse alle tesi di Popper. Una è la tesi di Quine-Duhem da cui deriva che è impossibile controllare una singola ipotesi, dal momento che ogni ipotesi fa parte di un apparato teorico più ampio. Di fronte a un controesempio è l'intero apparato teorico che risulta confutato senza che si possa sapere quale ipotesi deve essere sostituita. Si prenda per esempio la scoperta del pianeta Nettuno: quando si scoprì che il moto di Urano non corrispondeva alle previsioni fondate sulla teoria di Newton, fu la proposizione ""Ci sono sette pianeti nel sistema solare"" a essere rigettata e non le leggi di Newton. Popper discute questa critica nella "Logica della scoperta scientifica". Secondo Popper, le teorie scientifiche sono accettate e rifiutate in base a una sorta di selezione naturale. Le teorie che permettono di fare previsioni sulla realtà devono essere preferite a parità di evidenza sperimentale; più una teoria è applicabile, maggiore è il suo valore. Per questo le leggi newtoniane devono essere preferite alle teorie circa il numero dei pianeti che ruotano attorno al Sole.
Che tesi dice che un' ipotesi scientifica non è testabile separatamente dal suo sistema di teorie?
Quine-Duhem