Durante questo periodo, Link aiuta anche Midna a trovare le Ombre Fuse, frammenti di una reliquia che contiene una potente magia oscura. In cambio, aiuta Link a trovare i figli di Ordon Village aiutando le scimmie di Faron, i Gorons di Eldin e gli Zora di Lanayru. Una volta che Link ha restaurato gli Spiriti di Luce e Midna ha tutte le Ombre Fuse, sono imboscate da Zant. Dopo aver liberato Midna dai frammenti di Fused Shadow, lo ridicolizza per aver abusato della magia della sua tribù, ma Zant rivela che il suo potere proviene da un' altra fonte mentre lo usa per trasformare Link di nuovo in un lupo, e poi lascia Midna a Hyrule per morire dalla luce del mondo. Portare una Midna morente a Zelda, Link impara che ha bisogno della Spada Maestro per tornare alla forma umana. Zelda si sacrifica per guarire Midna con il suo potere prima di svanire misteriosamente. Midna è mosso dal sacrificio di Zelda e comincia a preoccuparsi di più di Link e del destino del mondo della luce.
Chi attacca Link e Midna quando hanno finito i loro compiti di raccolta?
Zant