Nel frattempo, la dinastia cinese Ming cadde sotto la ribellione di Li Zicheng (1606–1645) nel 1644, tuttavia la sua dinastia Shun di breve durata fu schiacciata dall'invasione manciù e dal generale cinese Han Wu Sangui (1612–1678). Il "China Daily" afferma che quando la successiva dinastia Qing sostituì la dinastia Ming, si limitò a "rafforzare l'amministrazione del Tibet". Tuttavia, Kolmaš sottolinea che il Dalai Lama era,molto attento a ciò che stava accadendo in Cina e accettò un invito manciù nel 1640 di mandare delegati nella loro capitale a Mukden nel 1642, prima del crollo dei Ming. Dawa Norbu, William Rockhill e George N. Patterson osservano che quando l'imperatore Shunzhi (r. 1644–1661) della successiva dinastia Qing invitò il quinto Dalai Lama Lozang Gyatso a Pechino nel 1652, Shunzhi trattò il Dalai Lama come un sovrano indipendente del Tibet. Secondo Patterson, questo era un tentativo di Shunzhi di assicurarsi un'alleanza con il Tibet che alla fine avrebbe condotto all'instaurazione del dominio manciù sulla Mongolia. A proposito di questo incontro con l'imperatore Qing, Goldstein sottolinea che il Dalai Lama non era un personaggio che potesse essere sottovalutato a causa della sua alleanza proprio a causa della sua alleanza con le tribù mongole, alcune delle quali erano nemiche dichiarate dei Qing. Infatti, come nota Van Praag, il potere del Tibet e del Dalai Lama era riconosciuto dall'"Imperatore manciù, dai Khan e dai Principi mongoli e dai sovrani di Ladakh, Nepal, India, Bhutan e Sikkim".
Chi avrebbe trattato il Dalai Lama come un sovrano indipendente del Tibet?
Shunzhi