Nonostante i loro corpi morbidi e gelatinosi, i fossili che si pensavano rappresentassero i ctenorefori, apparentemente senza tentacoli ma con molti più pettini rispetto alle forme moderne, sono stati trovati in lagerstà¤tten già  all' inizio del Cambriano, circa 515 milioni di anni fa. La posizione dei ctenore nell' albero genealogico evolutivo degli animali è stata a lungo dibattuta, e l' opinione della maggioranza attualmente, basata sulla filogenetica molecolare, è che i cnidari e i bilateriani sono più strettamente legati l' uno all' altro che ad entrambi è quello dei ctenorefori. Una recente analisi di filogenetica molecolare ha concluso che l' antenato comune di tutti i ctenore moderni era di tipo cidippidico, e che tutti i gruppi moderni apparvero relativamente di recente, probabilmente dopo l' evento di estinzione del Cretaceo-Paleogene 66 milioni di anni fa. Le prove accumulate a partire dagli anni' 80 indicano che i "cidipidi" non sono monofilotici, in altre parole non comprendono tutti e solo i discendenti di un unico antenato comune, perchè tutti gli altri gruppi ctenofori tradizionali sono discendenti di vari cidipidi.
Fossili trovati che si credeva fossero ctenorefori erano vecchi?
515 milioni di anni 66 milioni di anni 515 milioni di anni