Uno dei modelli concorrenti per la replicazione di cpDNA afferma che la maggior parte di cpDNA è lineare e partecipa a strutture omologhe di ricombinazione e replicazione simili al batteriofago T4. E' stato stabilito che alcune piante hanno cpDNA lineare, come il mais, e che un maggior numero di specie contengono ancora strutture complesse che gli scienziati non capiscono ancora. Quando furono effettuati gli esperimenti originali su cpDNA, gli scienziati notarono le strutture lineari; tuttavia, attribuirono queste forme lineari a cerchi spezzati. Se le strutture ramificate e complesse viste negli esperimenti di cpDNA sono reali e non artefatti di DNA circolare concatenato o cerchi spezzati, allora un meccanismo di replicazione D-loop è insufficiente per spiegare come tali strutture si replicherebbero. Allo stesso tempo, la ricombinazione omologa non espande i molteplici gradienti A --> G visti nei plastomi. A causa dell' incapacità di spiegare il gradiente di deaminazione così come le numerose specie vegetali che hanno dimostrato di avere cpDNA circolare, la teoria predominante continua a sostenere che la maggior parte cpDNA è circolare e molto probabilmente replica attraverso un meccanismo di loop D.
Che cos' è la replicazione di cpDNA simile a?
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