Nonostante i loro corpi morbidi e gelatinosi, i fossili che si pensavano rappresentassero i ctenorefori, apparentemente senza tentacoli ma con molti più pettini rispetto alle forme moderne, sono stati trovati in lagerstà¤tten già  all' inizio del Cambriano, circa 515 milioni di anni fa. La posizione dei ctenore nell' albero genealogico evolutivo degli animali è stata a lungo dibattuta, e l' opinione della maggioranza attualmente, basata sulla filogenetica molecolare, è che i cnidari e i bilateriani sono più strettamente legati l' uno all' altro che ad entrambi è quello dei ctenorefori. Una recente analisi di filogenetica molecolare ha concluso che l' antenato comune di tutti i ctenore moderni era di tipo cidippidico, e che tutti i gruppi moderni apparvero relativamente di recente, probabilmente dopo l' evento di estinzione del Cretaceo-Paleogene 66 milioni di anni fa. Le prove accumulate a partire dagli anni' 80 indicano che i "cidipidi" non sono monofilotici, in altre parole non comprendono tutti e solo i discendenti di un unico antenato comune, perchè tutti gli altri gruppi ctenofori tradizionali sono discendenti di vari cidipidi.
Quanto sono vecchi i fossili trovati che rappresentano ctenofori?
515 milioni di anni 66 milioni di anni fa 515 milioni di anni