Malgrat haver arribat a una acord sobre el contingut de la Directiva, el Consell i el Parlament Europeu no van aconseguir unificar criteris sobre la comitologia, és a dir, sobre les competències dels comitès (integrats per representants dels Estats membres) encarregats d'assistir a la Comissió en l'execució de la normativa emanada de la Directiva.