No obstant això, malgrat aquest balanç positiu, Murcia continua mostrant manques importants vinculades, principalment, a la fragmentació del seu teixit industrial, la falta de mà d'obra qualificada, el dèficit en infraestructures de base en determinades zones de la regió, una taxa d'inversió reduïda en el sector de la recerca i el desenvolupament, així com a l'escassetat de recursos hídrics.