El Consell considera que la gestió dels programes haurien de basar-se en els principis fonamentals següents: major implicació dels investigadors i dels usuaris de la recerca, complementarietat adequada entre les iniciatives nacionals i les comunitàries, igualtat d'accés i oportunitats per a tots els possibles participants, tracte equitatiu de les propostes, així com transparència, eficàcia, flexibilitat i celeritat dels mètodes utilitzats.