A fi de retornar a un bon estat la totalitat de les aigües comunitàries (aigües superficials interiors, aigües costaneres i aigües subterrànies) després de decennis de contaminació, es preveu un primer cicle de 6 anys a partir de l'establiment del programa de mesures (que s'aplicarà transcorreguts deu anys des de l'entrada en vigor de la Directiva) que contempla, en determinades condicions, tres nous cicles d'ampliació de 6 anys.