El Protocol pretén fomentar el desenvolupament de l'economia xipriota i els objectius de l'Acord d'Associació CEE-Xipre, a fi de facilitar la transició econòmica de Xipre amb la intenció de la seva adhesió a la Unió Europea, i donar suport als esforços per aconseguir una solució global de la qüestió xipriota.