L'objectiu de la Directiva proposada és vincular els mecanismes del Protocol de Kyoto aplicats a projectes, és a dir per l'aplicació conjunta (AC) i el mecanisme per a un desenvolupament net (MDL), a l'EU MTS, permetent d'aquesta manera crèdits d'emissió d'activitats de projecte per l'AC i el MDL que podran utilitzar les empreses per a complir el que es disposa en l'EU MTS.