En el seu Informe Anual relatiu a l'exercici 2005, el Tribunal de Comptes Europeu assenyala que la introducció del seu nou sistema comptable ha suposat un progrés considerable per a la Comissió, encara que ha observat, tant en aquesta com en els Estats membres, febleses en els sistemes de control intern de la major part de la despesa comunitària i una elevada incidència d'errors en les operacions subjacents