Malgrat aquests evidents avanços continua sent necessari debatre sobre algunes qüestions de fons, entre elles el contingut real dels termes fonamentals, l'àmbit d'aplicació de la Directiva i l'exclusió de determinats tipus d'assistència, els motius per a denegar la concessió de l'autorització prèvia, el reemborsament de les receptes, les disposicions sobre cooperació en assistència sanitària i la base jurídica.