La primera fase del SECA (1999-2004) va desembocar en l'adopció de nombrosos instruments jurídics que fixaven normes mínimes comunes en àmbits com les condicions de recepció dels sol·licitants d'asil, els procediments d'asil i les condicions que han de complir-se perquè es reconegui que es necessita una protecció internacional, així com normes que permeten determinar l'Estat membre responsable de l'estudi d'una sol·licitud d'asil ("sistema de Dublín").