Pel que fa a la Directiva relativa als límits nacionals d'emissió, el major escull durant la conciliació el van constituir les xifres fixades per a cada Estat membre com a límits nacionals d'emissió per al diòxid de sofre, els òxids de nitrogen i els compostos orgànics volàtils, designats per a aconseguir els objectius mediambientals a mitjà termini, abans de 2010, relatius a l'acidificació, a la protecció de la salut contra l'exposició a l'ozó i la protecció de la vegetació contra l'exposició a l'ozó.