Tret que ja s'haguessin incoat els procediments davant el TPEUE, els titulars de patents europees o de sol·licituds de patents concedides o sol·licitades abans de l'entrada en vigor de l'Acord sobre el TPEUE haurien de tenir la possibilitat d'excloure's voluntàriament de la jurisdicció exclusiva del TPEUE, si es notifica aquesta opció en la secretaria a tot tardar un mes abans que finalitzi el període transitori.