No obstant això, malgrat aquest balanç positiu, Andalusia continua tenint manques importants en el sector productiu (deficiències en els sistemes productius locals i sectorials, concentració industrial en sectors de baix nivell tecnològic…), en aspectes com el capital humà i tecnològic (taxa de desocupació elevada, escassa capacitat d'innovació…), i en ordenació del territori (disparitats territorials quant a equipaments i infraestructures, connexió insuficient a la xarxa de gran capacitat transeuropea…).