Segons la Comissió, la Directiva no garanteix per si mateixa que les dades conservades s'emmagatzemin, recuperin i utilitzin amb ple respecte del dret a la intimitat i la protecció de les dades personals, i això ha donat lloc al fet que en alguns Estats membres els òrgans jurisdiccionals hagin anul·lat la legislació que incorporava la Directiva.