Segons es declara en l'Informe Anual de 2006, i s'ha confirmat pels treballs de verificació de les operacions i d'anàlisis dels propis sistemes, els sistemes de control continuen sent insatisfactoris en l'àmbit de les polítiques estructurals, i només parcialment satisfactoris en les despeses agrícoles fora del marc del SIGC, les polítiques internes, les accions exteriors i l'estratègia de preadhesió.