Els fons del FSI també serveixen per a la cooperació policial i judicial transfronterera i reforcen la capacitat dels Estats membres de gestionar eficaçment els riscos relacionats amb la seguretat, com ara el terrorisme i la radicalització violenta, el narcotràfic, la ciberdelinqüència, el tràfic d'éssers humans i altres formes de delinqüència organitzada.