Encara que van ser concebuts fonamentalment per a donar suport a les mesures a llarg termini i estructurals destinades a reforçar les capacitats permanents dels Estats membres de la UE en l'àmbit de la migració i la seguretat, a situacions d'emergència els fons FAMI i FSI també poden utilitzar-se per a respondre a una àmplia gamma de necessitats a curt termini (fins i tot de caràcter humanitari), especialment a través del seu mecanisme d'ajuda d'emergència.