La Directiva contempla la creació d'una xarxa de llocs protegits denominada Natura 2000 que, quan abast el seu nivell màxim d'implantació, abastarà tant les ZPE designades en aplicació de la Directiva sobre conservació dels ocells silvestres, com els llocs proposats pels Estats membres en virtut de la Directiva sobre hàbitats.