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7월 18일 특위는 24일 법무부, 25일 경찰청, 26일 국가정보원의 기관보고를 받기로 합의하여 의결했다. 기관 증인으로는 각각의 법무부장관, 경찰청장, 국가정보원장을 출석하도록 요구하였다. 국가정보원 보고를 비공개로 해야 한다고 새누리당이 요구하여 신경전이 있었다.
24일에는 법무부 황교안 장관이 증인으로 출석하여 기관보고가 열렸다. 보고중 박범계의원은 2012년 12월 10일 권영세(당시 새누리당 선거대책위원회 종합상황실장, 현 주중대사)가 대선 당시 캠프에 있을 때 '원세훈의 국가정보원이 남북정상회담 대화록을 새누리당에 유리하게 끼워맞춰 청와대에 보고했다', '집권하면 남북정상회담 대화록을 공개하겠다', 'NLL 이야기를 꺼내는 것은 비상계획이다'라고 말한 녹취파일을 공개했다. 국정조사 대상이 아니라는 새누리당측과 국정조사 대상 4가지 사유에 포함된다는 야당측의 대립이 있었다. 새누리당은 NLL 대화록이 국정조사 대상이 아니라고 주장하였지만, 정작 새누리당 김재원 의원은 NLL 대화록에 대하여 조명균의 진술에 대한 언론보도가 사실인지 질의하기도 했다. 한편 권영세는 이날 언론과의 통화에서 남북정상회담 대화록을 공개하겠다는 말은 대화록을 발언당시 당에서 사전 입수했던 것이 아니라 당내에서 대화록을 입수하여 공개하자는 주장이 나오는 것을 말리기 위한 것이며, 국정원이 대화록 내용을 고쳐 청와대에 보고했다는 말은 들은 말이라고 해명하며 원뜻이 왜곡되었다고 주장하였다. 민주당은 국정원에서 실제로 대화록을 왜곡시킨 발췌본을 만들었고 12월 14일 김무성의원이 비상계획대로 대화록 원문을 낭독한 사실을 들어 재반박했다.
25일 경찰청 이성한 청장이 참여한 기관보고가 열렸다. 야당 의원들은 질의를 통해 경찰이 대선 3일전이자 마지막TV토론 직후 실제로는 증거를 찾았는데도 찾지 못하였다고 허위의 수사 결과를 발표한 것에 대한 규명활동을 했다. 정청래의원은 경찰청 사이버범죄수사대가 증거분석을 하던 중 증거를 은폐한 CCTV화면을 공개한 뒤 새누리당 박근혜 대선 후보가 12월 16일 마지막 TV토론에서 증거가 발견되지 않았다는 영상을 상영하자 새누리당 10명 국조위원 전원이 집단 퇴장하기도 하였다. 통합진보당 이상규의원은 이 CCTV 영상중 2012년 12월 16일 새벽 4시 2분경 분석관 2명이 나눈 대화를 공개하였다. 한 분석관이 자도 되냐고 묻자 다른 분석관이 지금 댓글이 삭제되는 판인데 잠이와요라고 답하여, 경찰이 국정원 직원의 증거 인멸을 확인했었다고 주장했다.
7월 26일 국정원 기관보고를 앞두고 7월 25일 밤 새누리당은 국정원 기관보고를 비공개로 진행해야 한다며 불참한다고 하였다. 민주당은 새누리당이 빠지더라도 예정대로 참여하기로 결정했다. 7월 26일 열린 국정원 기관보고는 새누리당 뿐만 아니라 국가정보원의 장과 간부들마저 무단으로 불참하여 파행으로 끝났다. 국정원측은 불출석 사유를 국회에 제출하지도 않았다. 국정조사는 공개가 원칙이며 비공개로 하려면 의결이 필요하다. 국정원이 기밀에 대해서는 증언을 거부할 수 있으나 증언 거부 사유를 국회에 밝히도록 규정되어있다. 민주당 의원들은 국가정보원을 항의 방문하였다. 국가정보원장을 만나지는 못했지만 국정원 2,3차장 및 기조실장과 면담하여 오전 8시 남재준 원장이 주재한 간부회의에서 국정조사참여에 대해 논의해 불참이 법에 어긋난다고 결론을 내리고도 불참하고, 남재준은 국정조사 기관보고 동안 여의도 렉싱턴 호텔에 머문 사실, 새누리당 권성동 간사가 25일 23시 새누리당의 불참 통보 이후 국정원과 통화를 한 사실을 알게되었다. 그리고 돌아와서 국정원에 항의하는 브리핑을 하였다.
28일 여야의 국정조사 특위 간사는 재가동에 합의하였다. 그러나 국정조사가 한주동안 쉰 뒤 다음 일정을 진행하는 것에 논란이 제기되었다. 국정조사 하계 휴가는 새누리당의 요구로 이뤄졌다. 민주당 위원들은 그동안 현장조사를 하기로 했다. 박영선 의원은 그 만큼 조사 기간을 연장할 것을 요구하였다. 민주당 특위 위원들은 정청래 간사와 새누리당의 합의가 잘못된 것이라고 반발하였다.
한편 29일 이상규의원은 국정원 사건에 대한 경찰의 대선 직전 증거분석 영상을 추가로 공개하였다. 새누리당이 414개, 민주통합당이 121개, 박근혜가 2214개, 문재인 1685건을 확인하였었다. 게시글 뿐 아니라 처음 의혹이 제기된 사항인 국정원 직원의 댓글도 확인하였던 것으로 드러났다. 7월 31일 민주당 김민기 위원은 24일 경찰로부터 받은 자료를 공개했다. 국정원 요원이 자신의 오피스텔에서 112에 신고를 한후 경찰과의 통화를 담은 내용이다. 24일 오전에 받은 자료에서는 '밖으로 나올 거면 통로를 열어주겠다'고 얘기하자 국정원 요원은 '부모님과 상의해 재신고하겠다'고 말한 내용이 포함되었다. 그러나 오후에 보낸 자료에서는 통로를 열어주겠다는 내용이 빠졌다. 민주당은 국정원 여직원이 스스로 나오지 않은 것이라는 사실을 은폐하기 위해 경찰이 자료를 누락시켰다고 의혹을 제기하였다. 야당 의원들은 서울경찰청을 방문하여 이를 추궁했다. 경찰은 8월 1일 여러 문건을 가지고서 요구자료를 보내는 과정에서 실수한 것이라고 밝히며 통로를 열어주겠다는 내용이 사실이라고 밝혔다.
여야는 증인 채택을 위해 협상을 벌였으나 난항을 겪었다. 민주당은 국정조사 합의사항에 이름이 거명된 원세훈과 김용판을 절대적 증인으로 해야 한다고 말하였으나, 새누리당은 민주당 현역 위원을 증인으로 채택하지 않으면 못하겠다고 말하였다. 민주당은 또 김무성·권영세는 NLL 대화록 유출과 경찰 허위 발표에 관련이 있다며 증인 채택을 요구하였다. 반면 새누리당은 원세훈 김용판을 증인으로 채택하는 것도 협상 대상으로 삼았다. 7월 30일 민주당은 우선적으로 여야공통증인 18명과 원세훈 김용판에 대하여 증인채택에 조건없이 합의하라고 요구하였다.
7월 31일 다시 협상을 벌였다. 민주당은 원세훈, 김용판의 국조 불참시 동행명령 발부를 요구하였다. 새누리당은 정당한 사유가 있으면 동행명령 대상이 아니라고 말하며, 재판중인 사람이 국정조사에 불출석하는 것은 정당한 것으로 안다고 말하였다. 민주당은 새누리당의 주장을 두사람에게 국정조사에 나오지 말라는 메시지를 보내는 것으로 보았다.
7월 31일 민주당 김한길대표는 기자회견을 통해 원내외 병행 투쟁을 선포하여, 당내 국정원 사건에 대한 본부를 확대 개편하여 당대표가 본부장을 맡아 원내외 투쟁과 협상을 동시에 직접 하겠다, 여당이 국조를 모면하려 한다, 서울광장에 국민운동본부를 설치하고, 내일(8월 1일) 국민과 함께 하는 첫 의원총회를 현장에서 개최하겠다고 발표하였다. 민주당은 여당과 합의된 일정은 계속해서 진행하며 국조 정상화를 위해 노력할 계획이며 국조가 국민의 요구에 부응하는 국조가 될 수 있도록 요구·압박하는 것이라고 말하였다. 새누리당은 증인 합의가 되지 않으면 기관보고도 파기한다고 말하여 국정조사가 파국을 맞았다. 8월 4일 각당의 원내대표, 원내수석부대표, 국정조사 특위 간사가 참여한 회담에서 증인 문제는 합의에 이르지 못했으나 기관보고를 예정대로 진행하기로 했다.
8월 5일 10시 국정조사 국가정보원 기관보고가 열렸으나 약속과 달리 지상파 방송이 생중계는커녕 녹화중계도 하지 않기로 하여 민주당이 항의하였다. 이에 따라 여야 간사가 지상파 방송에 생중계를 요청하여 오후 2시에 재개되었다.
남재준은 기관보고에서 심리전단의 활동이 정당한 대북심리전이라고 주장하였으나, 원세훈의 지시사항이 직무범위에 벗어난 것은 인정하였다. 그리고 대북심리전단이 2009년 이후 이명박 전 대통령의 재가로 4개 팀으로 확대 개편됐고, 최고 책임자 역시 이 전 대통령의 재가를 받아 2급에서 1급으로 격상됐다는 사실이 밝혀졌다. 남재준은 NLL 대화록 논란에 대해 노무현은 NLL 아래쪽으로만 서해 평화지대를 만들겠다고 했다며 '등거리 등면적' 언급이 없어 포기라고 주장했다. 그리고 NLL 대화록 공개에 대해 자신의 판단으로 이뤄졌다고 말하였다. 민주당은 노무현이 NLL양측에 설치하는 것으로 제안한 등거리 등면적 지도의 보유 여부에 대해 질의하였다. 이에 대해서 한기범 1차장이 자료가 있다고 말하였다. 국정조사에서는 국정원 여직원이 체력·공수·해양·지리산 종주 훈련을 받고 과외 과목으로 무술훈련을 받은 사실이 드러났다.
8월 5일 국정조사 증인과 관련된 협상에서 원세훈·김용판 증인 채택과 출석 보장, 기간 연장에 대해 합의하였다. 민주당에서는 합의안에 대해 김무성 권영세 증인 채택이 되지 않는 것에 이견이 있었다. 8월 6일 민주당은 가합의안에서 김무성, 권영세 증인 논의를 추후 합의하도록 하고 축소수사에 관여한 혐의를 받는 박원동 국가정보원 전 국장을 증인으로 채택하는 것을 추가하여 수정 제안하기로 하였다. 8월 6일 국정조사 연장과 연장 일정 확정, 원세훈·김용판 증인 채택과 출석 보장에 대해 합의가 되었다. 청문회는 14,19,21일 진행된다. 그리고 국정조사 일정 연장은 8월 13일경 본회의를 열어 처리한다. 8월 7일 증인 29인이 의결되었다. 국정원 간부와 직원, 수사 축소에 관련된 경찰 간부와 직원, 대치 과정에 참여한 경찰 및 선관위 직원과 민주당 관계자, 제보 과정의 관계자가 포함되었다. 여야 공통 요구 증인은 국정원 여직원으로 알려진 김씨, 수사 축소에 관계된 경찰 간부와 직원중 김용판 서울지방경찰청장을 제외한 인물들, 사건 현장에 출동한 선거관리위원회 직원이 채택되었다. 새누리당만 요구하여 채택된 증인은 국정원 사건의 제보자 2명, 대치에 관여한 경찰관, 제보과정이 매관매직이라며 이에 관여했다는 보좌관과 회계관리자등이다. 야당만 요구하여 채택된 증인은 원세훈 원장과 이종명 전 차장, 박원동 전 국장등을 포함한 국정원 간부들과 심리전단 관계자, 김용판 전 서울청장이다. 그리고 미합의된 증인은 계속 협의하기로 했다. 청문회는 14일에 원세훈 김용판을 부르고 19일에 나머지 증인을 부르며 미합의된 증인과 불출석한 증인을 21일에 소환한다. 국정조사 일정 연장은 8월 12일 오후 본회의가 열려 통과되었다. 정청래 의원은 이날 대선 이전 국정원 여직원의 하드디스크를 증거 분석하던 분석관들의 CCTV 영상을 추가 공개하여 16일 오후 5시 21분 댓글을 삭제한 정황을 발표하면 안 된다는 발언, 15일 브리핑 준비를 독촉받은 발언, 16일 7시 39분 대통령후보 토론 시작 20분전 분석관이 '15분 뒤면 끝날 것 같다' 고 말한 뒤 어디엔가 전화보고를 하는 장면을 공개하였다.
8월 12일 국정원 직원과 함께 활동을 벌인 이정복의 계좌에 대선전 총 9234만원이 입금된 사실이 경찰수사기록을 통해 드러났다. 4309만원은 정모씨의 계좌에서 이체되었고 4925만원은 이정복이 현금으로 입금하였다. 대선전 8개월 동안 집중되었으며 돈이 입금된 시기는 고시원 입주 시기와 일치하였다. 검찰 확인 결과 4925만원은 대부분 이정복이 국가정보원으로부터 받은 돈이었고 4309만원은 검찰에서도 국정원으로부터 받았다고 추정하였지만 혐의를 입증하지는 못하였다.
국가정보원 직원은 청사 내에서도 댓글 작업을 하였다. '별빛달빛햇빛'이라는 아이디가 확인되었다. IP 소유자를 한 기획사로 하여 실체를 감춘 사실도 확인하였으나 이내용을 경찰과 검찰은 발표하지 않았다. 또한 국정원 심리정보국 직원들은 국정원 부지에 속한 임야나 국정원이 만든 사서함을 주소지로 둔 유령업체를 이용하여 IP 및 휴대전화를 발급받아 사용한 사실이 확인되었다.
청문회.
8월 14일 국정조사의 첫 청문회가 열렸다. 청문회 전 김용판은 공판준비기일과 겹친다는 이유로 참석할 수 없다고 통보하였으나 민주당은 공판준비기일은 오전에 다 끝나고 공판준비기일에는 대체로 변호인만 참여하며, 오후에 청문회를 개최할 용의도 있다고 반박하였다. 그리고 원세훈과 김용판이 불참할 경우 동행명령장을 발부하여 8월 16일에 독립적인 청문회를 개최해야 한다고 주장하였다. 8월 14일 결국 원세훈과 김용판은 청문회에 불참하였고 이날 특위는 동행명령장 발부와 16일 청문회 개최 의결을 표결에 붙여 통과시켰다.
1차: 김용판·원세훈.
8월 16일 개최된 청문회에서 김용판 전 서울경찰청장은 오전 10시에 청문회에 출석하였으나 증인 선서를 거부하였다. 원세훈은 오후 2시에 출석하였다. 원세훈도 증인 선서를 거부하였다. 국정조사와 국정감사에서 증인이 선서를 거부한 일은 대한민국 헌정사상 유래가 없던 일이다. 국회 증언·감정법에 따르면 선서한 증인이 위증을 한 경우만 위증죄로 처벌하고, 증언에 대해 다른 법으로 처벌을 받지 않도록 하고 있어서 위증을 해도 처벌할 방법이 없다.
이날 원세훈과 김용판은 자신의 혐의를 부인하였다. 김용판은 전해철 의원이 국정원 직원으로 확인된 '숲속의참치'가 올린 게시글에 대해 질의하자 국정원 직원이 열람한 게시글이라고 보고받았다고 주장했다. 전 의원이 숲속의참치가 김하영이 사용한 40개 아이디중 하나라고 반론하자 계속 혐의를 부인하였다 이날 원세훈은 현재 주중 대사를 맡고 있는 권영세 당시 박근혜캠프 종합상황실장에게 2012년 12월 13일 정상회담 대화록 공개문제에 대해 전화통화를 한 것을 시인했다. 그러나 댓글 사건에 대해서는 대화하지 않았다고 주장했다. 이날 청문회에서 김용판이 대선 4일전, 중간수사발표 1일전인 12월 15일 청와대 인근의 식당에서 점심 식사를 한 사실이 드러났다. 이 식사는 결제가 오후 5시에 이뤄졌다. 김민기 의원은 경찰 업무일지에 따르면 정보부장 등 직원 12명이 식사를 하였는데 정작 업무일지의 당사자들은 참여하지 않았다고 한 것에 대해 질의하였다. 정청래의원은 예약 접수증을 입수하여 실제로는 7명이 참여하여 3만5천원짜리 메뉴를 시키고 28만원을 결제한 사실을 제시했다. 민주당 의원들은 그 식당에서 축소 발표까지도 기획된 것이라고 주장하였다. 김용판은 누구와 식사를 했는지 기억나지 않고 정치권 인사는 아니라고 답하였다. 박영선 의원과 김민기 의원은 사우나에 간 사실과 손톱을 다친 사실, 저녁은 구로서 직원들과 식사한 사실은 기억이 나는데 점심식사만 기억을 하지 못하는 것에 대해 추궁하였다.
이날 새누리당 의원들은 국정원을 옹호·변호하는 발언을 하였다. 김진태 의원은 "영국은 정보기관 MI6 기관장이 누군지 국민들도 모른다"라고 말하였다. 그러나 MI6의 기관장은 대내외적으로 공개되어 있고 홈페이지에도 나와있다.
8월 18일에는 국정원 직원 의심 트위터 계정의 글이 1초도 차이가 나지 않게 동시에 수백계의 계정에서 리트윗되었고 수백만건에 이르는 사실이 확인이 되었다. 검찰은 미국 트위터 본사에 국정원 계정이 맞는지 알아보기 위해 미국 법무부에 사법공조를 요청했다.
8월 19일 오전 10시 2차 청문회가 열렸다. 오전동안 국정원 직원들의 증인석 앞에 설치된 가림막에 대한 논란이 있었다. 가림막에는 국정원 직원 4명이 들어갔다. 가림막에 들어가야 할 대상에 대하여 현재 국정원에 출근을 하지 않고 있는 박원동 전 국정원 국익정보국장과 민병주 전 국정원 심리전단 단장을 현직으로 보아 가림막 뒤에 있게 할 것이냐 전직으로 보아 가림막에서 나오게 할지와 가림막이 증언대 위부터 머리 위로 높게 쳐져 있어 증인의 행동을 볼수 없는 것에 대한 논쟁이 있었다. 민주당측은 민병주와 박원동을 전직 직원으로 보아 나오게 해야 한다고 주장하였고 새누리당은 현직직원으로 보아 가림막 안에서 증언하게 해야 한다고 주장하였다. 결국 가림막 아래 30cm를 제거하고 여야 보좌진이 증인들을 감시하기로 합의하였다.
이날 김하영과 박원동 국장은 미리 '모범답안'을 준비하여 답변을 하였다. 두 답안지의 답안지 형식·기호 등이 일치하여 모의 논란이 있었다. 국정원 직원들은 민감한 질문엔 답변을 회피하였는데 김하영의 경우 '답변하기 곤란하다' '재정신청이 진행 중이다'라고 말하였다.
박원동 전 국익정보국장은 권영세 현 주중대사, 대선당시 박근혜 캠프 종합상황실장이었던 권영세에대하여 평소에 통화하는 사이라고 답하였다. 그러나 대선 기간 동안의 통화에 대한 질의에는 기억나지 않는다고 답하였다.
김하영은 정치 선거 개입이라는 인식을 가지고 활동한 적이 없다고 주장하였다. 이상규의원이 연평도에 관한 글, 북한 핵에 대한 글이 심리전이냐고 추궁하자 글의 주제와 관련해서는 자신이 판단하지 않는다고 답하였다. 이상규 의원이 김하영이 연평도에 관한 제목에 '문재인 민주통합당 후보는 우리의 안보와 국익을 책임질 수 있는지 눈여겨봐야 한다'며 글을 올려 국정원이 선거에 개입한 것을 추궁하자 답을 하지 않았다.
3차: 새누리당 불참.
21일 3차 청문회가 열렸으나 추가로 출석한 증인이 없고 새누리당이 불참하여 반쪽으로 열렸다. 야당 의원들은 청문회에서 박근혜 대통령과 새누리당을 비판하고 특별검사가 필요하다고 말하였다.
한편 김하영과 민간인 보조요원 이정복의 관계가 추가로 공개되었다. 8월 19일 박범계 의원은 청문회에서 개포파출소 경위인 신 모씨와 김하영의 관계, 신모씨가 이정복을 김하영과 연결시켰는지를 김하영에게 추궁하였다. 이튿날 정청래 민주당 의원은 이정복이 김하영의 애인의 이종사촌이라고 주장하였다. 이들의 관계는 경찰이 검찰에 보낸 송치기록을 통해 확인됐다. 또한 이상규 의원은 8월 16일 이정복이 새누리당 김희정 의원과 대학 동기라고 공개하였다. 이후 8월 26일 문제의 김하영이 소속된 심리전단 3팀 5파트장 이규열, 민간인 조력자 이정복, 김하영이 사용한 대포폰의 실소유자 김모씨, 김희정 국회의원이 연세대 정치외교학과 90학번 동기라고 공개하였다. 이들이 모두 연세대 정외과 동기라는 사실은 한겨레신문의 취재로 확인됐다. 이상규의원에 따르면 민간인 조력자 이정복이 과거 선거운동을 했던 국회의원도 동기 관계인 새누리당 김희정 의원이었다.
8월 21일 국정조사 특위 야당의원들은 청와대에 서한을 보내기로 하였으나 가로막혔다. 8월 22일 정청래 의원이 다시 서한을 전달하였다. 이 과정에서 경찰이 국회의원을 위해요소라고 지칭하여 소동이 벌어졌다. 서한속의 3·15 부정선거에 대한 문구에 대하여 18대 대선에 문제가 없다는 여당측과 국정원의 대선개입으로 지난 대선의 정당성이 훼손됐다는 야당측의 충돌이 빚어졌다. 한편 국정조사 특위는 보고서를 채택하지 못하였다.
국정조사 이후.
민주당은 국정조사가 끝난 이후에도 이 사건에 대한 규명 활동을 하고 있다. 8월 22일 진선미 의원이 국정원의 여론조작 활동에 대한 특검을 요구하며 오늘의유머에서 73개의 아이디를 동원한 여론 조작의 실태를 공개하였다. 9월 6일에는 국정조사 과정에서 입수한 자료를 바탕으로 국정원이 여론조작에 동원한 트위터 계정 402개를 검찰이 확보해 추적중이라고 발표하는 기자회견을 하였다. 정치 개입, 대선개입, 북한관련, 이명박 대통령 옹호뿐 아니라 5·18 광주 민주화 운동을 비하하는 트윗도 있었다.
국정감사에서도 국정원 사건에 대한 문제가 제기됐다. 10월 14일 김광진 의원은 국방부 국정감사에서 국군사이버사령부 요원들이 대선기간 댓글작업을 했다고 질의했다. 김광진 의원은 해당 부대가 2000년 이후 국정원으로부터 예산을 받고 있다고 말하였다. 김관진 장관은 대선개입은 있을 수 없고 북한이 대한민국 정부의 실체를 부정하기 때문에 이에 대응하는 것이 있다고 말하였다. 10월 15일 신문을 통해 국방부 사이버사령부 소속 군무원 2명과 군인1명이 사용했다고 하는 아이디가 공개되었다. 10월 15일 아침 국방부는 이 사건에 대한 조사에 들어갔다. 군 조사 결과 사이버사령부 소속의 군무원 2명과 부사관 1명이 정치적 성향의 글을 올리거나 리트윗한 사실이 확인되었다. 10월 15일 국군사이버사령부에 대한 국정감사가 열렸다. 옥도경 국군사이버사령관이 증인으로 출석하였고 옥도경 사령관의 요청에 따라 업무보고를 비공개로 진행한 뒤 의원들과의 질의응답은 공개로 진행했다. 옥도경 사령관은 '사이버사령부는 그런 지시를 받은 적도 한 적도 없다','그에 상응하는 책임을 묻겠다'고 밝혔다. 민주당은 지난 대선 당시에는 현재 청와대 국방비서관인 연제욱이 사령관이었기 때문에 당시 사령관이 출석해야 한다고 요구하였다. 한편 사이버사령부 요원들이 국가정보원 심리전단의 트위터 계정 글을 리트윗한 사실과 평일 업무시간대에 활동한 사실도 드러났다. 또한 사이버사령부 요원 1명이 추가로 확인되고 사이버사령부 요원 2명은 문제가 제기되자 블로그의 글들을 삭제한 것이 드러났다.
10월 15일에는 안전행정위원회가 미근동 경찰청 본청에서 경찰청에 대한 국정감사를 열었다. 김용판은 국정조사에서처럼 또다시 선서를 거부하여 논란이 되었다. 진선미의원은 김하영의 남자친구이자 이정복의 사촌인 서울경찰청 경무과 소속 신동재 경위가 이규열 파트장과 조력자 이정복씨가 경찰에서 거짓진술을 하기로 대책 회의하는데 참여했다고 문제를 제기했다. 신동재 경위는 "같이 갔는데 내용은 잘 모른다"고 시인하였다. 새누리당은 김용판의 압수수색 신청 영장 철회 지휘는 문제가 없었다고 주장했다. 12월15일 저녁 8시 작성된 김하영에 대한 수서경찰서의 피의자신문조서가 2시간도 안되어 수사과장의 결재를 거치지 않고 서울경찰청 증거분석팀에 공유된 사실에 대한 문제가 제기되었다. 김병찬 전 서울경찰청 수사2계장은 수서경찰서 지능팀 실무자들이 공람조치를 한 것으로 알고 있고 경찰청 지침에 따르면 중요한 사건은 지방경찰청이나 경찰청에서 관련 서류를 열람할 수 있게 되어있다고 답했다. 이에 대해 권은희 당시 수서서 수사과장은 공람 사실이 당연히 수사팀에 보고되어야 하는데 보고받지 못했다고 답했다.
박남춘 의원은 10월 15일 서울지방경찰청으로부터 권은희 당시 수서경찰서 수사과장이 쓴 수사지휘서를 공개했다. 10월 17일에는 서울지방경찰청에 대한 국정감사가 열렸다.진선미의원은 12월 16일 밤 11시 직전 몇몇 경찰 간부가 '고맙다'라는 취지의 문자메시지를 받았다고 문제를 제기했다. 이병하 수사과장은 그런 취지의 문자가 아니라고 답하였다. 박남춘 의원은 수사지휘서와 전보이후의 미진한 추가수사를 근거로 검찰에 송치되기전 권은희 과장을 전보한 것이 수사 왜곡을 위한 것이라며 문제를 제기했다. 김정석 서울청장은 전보조치는 원칙에 따른 것으로 알고있다고 답하였다. 강기윤 새누리당 의원은 12월 15일에 하드디스크 분석 범위를 확대한 부분이 있다며 축소은폐가 없었다고 주장하였다.
김정석 청장은 '국정원 직원과 수사 중인 경찰의 통화가 잘못된 것 아니냐'는 질문에 네라고 답하였다. 새누리당 의원은 김용판의 재판에 영향을 미칠수 있다며 유의해야 한다고 반발하였다. 민주당의원들은 답변에 가이드라인을 제시하려는 것이라고 새누리당에 반발하였다.
이날 국정감사에서 당시 김용판 서울지방경찰청장이 점심식사 의혹에 대해 법원에 보낸 해명자료가 공개되어 논란이 되었다. 2012년 12월 15일의 점심식사를 지인들과 했다는 소명자료로 제출한 사진인데 12시45분에 촬영된 사진이었다. 민주당 김민기 의원은 대선을 앞둔 시기인데 집무실에서 지인을 불러 사진 촬영을 한 것이 문제일 뿐 아니라, 1시 이후 4시간 동안의 행적은 소명되지 않는다고 발언했다. 김용판은 2012년 12월 15일 청와대 인근 '백송'이라는 식당에서 점심 식사를 했고 식사대금은 오후 5시에 카드로 결제됐다. 김정석 서울경찰청장은 이에 대해 "윗분들이 와서 식사를 같이 한 내용으로 보고받았다, 김용판 전 청장도 그렇게 진술했다"고 답하였다.
국정감사 기간이었던 10월 18일 검찰은 국가정보원 직원들이 올린 트위터에 대해 추가 기소를 했다. 10월 20일 법제사법위원회 소속 야당의원들은 공소장 변경허가 신청서를 제출받아 국정원 심리전단이 올린 트위터를 공개했다. 야권비하, 여당 찬양등의 내용이 있었다. 지역비하표현이나 입에 담기 어려운 정도의 저열·저속한 표현도 발견됐다. 여당 홍보에 대하여 박근혜 대선캠프의 ARS 후원전화를 홍보하는 트윗도 발견됐다. 이들은 국정원의 대선개입에 참여한 것으로 김하영 직원이 지목된 이후 활동이 급감했다.
새누리당의 윤상현의원은 10월 20일 트위터 수사에 대해 2233건만이 직접적인 증거라고 주장하였다. 윤석열 당시 수사팀장과 검찰은 2233건은 심리정보국 직원중 17일 체포된 두명이 작성 또는 리트윗했다고 자백한 선거 관련 트윗이라고 확인했다. 이에 따라 수사내용이 새누리당에 누출됐다는 논란이 일었다. 국정원은 이에 대해 다른 직원들의 트위터에서 트윗을 올리거나 리트윗 활동을 합쳐 총 2만8317건이지 5만5689건이 아니라는 입장을 밝혔다. 검찰은 국정원 직원이 아닌 트윗이라면 국정원에 의해 사실상 고용됐던 외부 조력자가 쓴 것이라고 보았다. 이 문제에 대해서 검찰은 11월 추가 수사를 하는 과정에서 국정원으로부터 자금을 전달받은 사실을 입증하지 못하여 2만7천여건은 공소에서 제외하고, 국정원 직원으로 확인된 110만여건을 추가 기소했다.
10월 21일에는 서울고등검찰청과 그 산하의 일선 지방검찰청에 대한 국회법제사법위원회의 국정감사가 서울고등검찰청에서 실시되었다. 서울중앙지방검찰청은 물론 윤석열이 여주지청장을 맡고 있는 수원지방검찰청도 국정감사 대상이다. 윤석열은 여주지청장으로서 국정감사에 출석하였다.
윤석열은 체포영장과 압수수색 영장 신청에 대해 조영곤 중앙지검장의 자택에 10월 15일 찾아가 보고를 했다고 증언했다. 공소장 변경 문제는 구두로 4번이나 승인받았다고 증언했다. 조영곤 서울중앙지검장은 절차에 문제가 있다는 입장을 밝혔고 윤석열 지청장은 문제가 없다는 입장을 밝혔다. 체포영장이나 압수수색영장의 결재 권한에 대해서는 조영곤과 윤석열의 해석이 엇갈렸다. 서울중앙지검의 내부지침인 위임전결규정에서는 주요 사건일 경우 체포영장은 차장검사가 결재한다. 특별수사팀장은 차장검사급이다. 윤석열은 차장검사급도 전결할 수 있다고 주장했고 조영곤은 직제상 차장검사가 해야 한다는 입장으로 갈렸다. 윤석열은 원세훈에 대한 수사 초기부터 외압이 있었고 국정원이 다른 기관과 달리 조직 배치표를 주지 않는 등 수사에 비협조했고 트위터관련 조사 과정에서 국정원측 변호사가 국정원장의 진술 불허 지시를 주입시킨 것에 대한 문제를 제기했다. 윤석열은 트위터 수사에 대해 십알단의 트윗과 국정원 심리전단의 트윗이 서로 리트윗된 사실을 보고받았다고 증언했다.
국정감사 기간중 국정원 트위터의 분류에 대한 여야의 공방이 있었다. 새누리당 홍문종 사무총장은 10월 27일 국정원 트위터 추가기소의 분류가 잘못됐다고 주장하며 77개의 트윗을 자료로 제시했다. 그러나 자료를 분석한 결과 첫 번째 트윗부터 새누리당의 주장이 잘못된 것으로 드러났다. 민주당 서영교 의원실이 확인한 결과 마지막 부분에 야당 후보를 비방하는 내용이 있었거나, 같은 시간대에 긴글을 끊어서 올린 글중 하나인 것으로 확인됐다.
11월 2일로 대부분의 국정감사가 종료되었지만 정보위원회는 의원들이 다른 상임위를 겸직하고 있어 계속 국감을 진행했다. 11월 4일 국회 정보위원회의 국정원에 대한 국정감사가 열렸다. 이날 국정원은 이정복에게 11개월간 280만원을 지불한 사실을 시인했다. 또 이종명 3차장과 김하영직원에게 직원들의 월급에서 6000만원을 걷어 전달한 사실을 시인했다. 사이버사령부와의 연계에 대해서는 국정원이 편성권을 가진 점과 문서를 20여건 주고받았다고 시인했다. 트위터 활동 직원이 체포됐을 때 진술을 거부하라고 지시했다는 의혹은 부인했다. 트위터 계정을 사용했다는 국정원 직원 22명에 대해서는 확인 중이라며 7명을 검찰 조사에 보내기로 했다. 5만여건의 공소장변경서에 기재된 트위터에 대해서는 남재준이 처음에 2만여건이 직원이 맞고 선거에 관련된 것이 2000여건이라고 답하였다. 국정원 2차장은 국정원 직원으로 확인된 것이 2300건이라고 번복하자 남재준은 2차장 말이 맞다고 답하였다. 11월 6일에는 정보위의 경찰청 국정감사가 열렸다. 김용판이 퇴임직전 수사자료를 들고 나간 사실이 확인됐다. 김하영 직원에게 전달된 돈과 관련, 11월 6일 이 돈이 처음에는 국가정보원 공금으로 나간 뒤 나중에 직원 모금으로 나간 사실이 확인됐다. 이후 국정원 직원들은 활동비(월초비)에서 모금액을 낸 사실이 드러나 모금도 공금 유용인지가 논란이 되었다. 민주당은 월초비 모금도 공금 유용이라는 입장을 밝혔다.
7월 8일 원세훈의 1차 공판 준비기일에 원세훈의 변호인은 공소사실을 모두 부인하였고 재판일정을 국회 국정조사 뒤로 미뤄줄 것을 요청했다. 재판부는 준비기일은 계속 진행하되 국정조사가 끝나는 8월 15일 이후에 재판을 진행하는 방안을 검토하겠다고 밝혔다. 다음 공판준비기일은 7월 22일이다.
한편 원세훈은 황보건설 황보연 회장으로부터 뇌물을 받고 순금등 뇌물을 받은 사실을 포착해 수사를 받고 있었다. 7월 초 억대의 현금을 받은 사실이 포착되어 구속영장이 청구되었고 2013년 7월 10일 구속영장이 발부되어 같은 날 저녁 구속 수감되었다. 원세훈의 구속 기한은 19일까지였으나 검찰은 10일을 연장하였다. 이에 따라 2차 공판준비기일은 원세훈이 구속된 상태에서 진행되게 되었다.
7월 22일 원세훈의 2차 공판준비기일에서 원세훈은 원장님 지시사항을 인정하였으나 정치 선거 개입 혐의를 부인했다. 또 '댓글과 지시사항의 인과관계가 없다', '일부 ID가 국정원 직원의 것이 아니다'라고 주장했다. 그러나 지시사항중 2월 17일자 발언의 마지막 문장인 "우리 국가정보원은 금년에 잘못 싸우면 국가정보원이 없어지는거야, 여러분들 잘 알잖아"부분을 부인했다. 다음 공판준비기일은 8월 12일로 잡혔다. 원세훈은 7월 26일 1억7000만원 수수혐의로 구속 기소되어 앞으로도 구속된 상태에서 국정원 사건에 대한 재판을 받게 되었다.
8월 26일 원세훈의 1차 공판이 열렸다. 검찰은 원세훈이 정치중립을 지시했다고 주장하고 있는 회의록의 전체 내용을 공개했다. 한 문장만 떼놓고 보았을때는 정치중립적인 발언인듯 보였지만, 전체 문장을 본 결과 여당을 위해 일해야 한다, 내곡동 사저 문제를 차단하라 등 정치 편향적인 발언이었다. 원세훈측은 발언이 공개되자 당황하여 그때그때 생각나는 대로 말한 것이지 지시가 아니라고 주장하였다. 검찰은 원세훈이 무차별적으로 종북딱지를 붙인 사실을 지적했다. 또 국정원이 인터넷 회원 가입시 신분 위장,트위터 아이디 수시 삭제, 외부 활동 시 동일 장소 반복 이용 금지등의 지침을 만들어 운영한 사실, 외부조력자에게도 매일 지시를 하달하여 매월 300만원을 지급한 사실을 공개했다. 다음날 검찰은 원세훈이 외부 조력자를 동원하고 관리와 활동비 지급을 하라고 직접 지시한 정황이 확인되어 수사를 벌이고 있다고 밝혔다.
9월 2일 원세훈의 2차 공판이 열렸다. 이날 민병주 심리전단장이 증인으로 출석하였다. 이날 재판에서 증인 민병주는 원세훈의 지시로 사이버 활동을 했다고 시인했다. 검찰은 종북의 기준이 뭐냐고 추궁하자 민병주는 답을 하지 못하였다. 검찰은 기준·범위 없이 공작부서 임의로 진행될 경우 100% 선거 개입이 이뤄질 수 있다고 말하였다. 민병주가 국정원 여직원에게 중간수사발표 직후와 대선 개표 완료후 문자를 보내 덕분에 대선 결과를 편히 봤다는 문자를 보낸 사실이 공개됐다.
9월 6일 김용판의 3차 공판이 열렸다. 검찰은 12월 15일 오후 8시 30분쯤 서울경찰청 관계가들이 수사결과 축소를 논의한 수첩을 공개하였다. 이것은 12월 16일 오후 9시쯤 중간발표를 계획하고 준비했다는 김용판의 주장과 배치된다. 이날 증인으로 나온 대선 당시 수서서 지능팀장이었던 김성수 경기광주경찰서 지능범죄팀장은 검찰 진술을 번복하고 세부적인 질문에 모른다고 대답하여 재판부는 '모른다'고 답변할 수 있지만 당연히 알만한 사실도 진술하지 않으면 오히려 '발뺌하고 뭔가 숨기려 한다'는 느낌이 들 수 있다라고 지적하였다. 이날 검찰은 메신저 기록등을 근거로, 축소된 4개 키워드를 수서서로부터 전달받기 전인 12월 16일 오전 6시 이전에 이미 서울청에서 분석결과보고서 초안을 작성하고 있었다고 밝혔다. 또한 서울청이 시행한 분석과 같은 포렌식으로 키워드 개수별 검색시간을 확인한 결과 처음에 수서서에서 요구한 100개 키워드 분석시간은 서울경찰청에서 축소시키 4개 키워드 시간의 1.46배에 불과하다고 밝혔다.
9월 9일 원세훈의 3차 공판이 열렸다. 검찰은 국정원 심리전단이 북한에 대한 활동을 했다는 그들의 주장과 다르게 일베저장소사이트의 대선동향을 보고한 사실을 공개하였다. 또한 심리전단을 담당한 이종명 전 3차장이 2012년 12월 11일 김용판과 저녁식사를 가지고 11일·14일·16일 경찰 발표전 3차례 전화통화를 가진 사실을 공개했다. 11일은 김하영이 경찰에 신고된 날, 14일은 경찰이 임의제출받은 노트북을 분석하기 시작한 날, 16일은 중간수사결과가 발표된 날이다. 이종명은 증인으로 출석하여 2008년 미국산 쇠고기 반대집회, 최문순 강원도지사 당선, 접경지역 주민의 대북전단살포 반대가 북한이 심리전을 편 결과에 의한 것이라고 주장하였다.
원세훈은 서울중앙지법 형사합의21부(이범균 부장판사)에서 대선정치개입과 뇌물수수 혐의에 대해서 재판을 받고 있다. 다만 두사건을 병합하지 않고 따로 진행하고 있다.
9월 16일 원세훈의 4차 공판이 열렸다. 검찰은 증인들에게 심리전단이 안보와 무관한 개그콘서트의 인터넷 글을 보고한 사실, 2012년 12월 김하영이 오피스텔에 대치하고 있을 때 이는 민주당이 선거를 주도하기 위해 벌인 감금이라는 글을 심리전단에서 올린 사실에 대해 추궁하였다.
원세훈에 대한 5차 공판은 9월 23일 열렸다. 이날 공판에는 국정원 직원 김하영이 증인으로 출석하였다. 이날 공판에서는 국정원 직원 김하영이 상관의 존재를 숨기기 위해 외부조력자에 대해 경찰에서 허위 진술을 한 사실이 드러났다. 심리전단이 곽노현과 무상보육에 대한 지시를 받아 글을 올린 사실이 확인됐다. 재판장이 북한의 선전·선동이 있었느냐고 질문하자 뚜렷한 답변을 내놓지 못하였다. 김용판에 대한 5차공판은 9월 27일 열렸다. 이날 공판에서 CCTV 영상을 통해 서울청이 증거 분석 도중 30만 건 접속 기록중 10만건만 분석하고 20만건은 묵살한 사실을 공개했다. 이 내용은 '김씨 접속 기록을 전수 조사했다'는 중간수사발표와 배치된다. 또한 분석관들은 여론공작관련 글을 발견한 뒤 마이크를 줄이려고 시도하였다.
9월 23일 서울고등법원 형사29부는 국정원 관련자에 대한 재정 신청에서 이종명 전 국가정보원 3차장과 민병주 전 국정원 심리전단장을 공소제기하라고 명령하고 직접 사이버 활동을 한 직원 2명과 조력자 1명은 상급자의 지시 등에 따라 사건에 가담했고 일부 수사가 진행 중인 점을 이유로 신청을 기각했다. 민주당의 재정신청을 받아들인 것으로 재판부는 사퇴한 후보는 재정신청권자가 아니라고 결정했다. 검찰은 곧 기소 절차를 밟기로 하였다.
9월 30일에는 원세훈의 6차 공판이 열렸다. 3팀 5파트장 이규열은 자신이 직접 올린 야당 비방글이 지시에 따른 것이 아니라고 진술하며 이명박을 옹호하는 '오빤 MB스타일'동영상을 올리라는 상부의 지시를 받아 인터넷에 올렸다고 진술하였다. 민간인조력자 이정복은 일베저장소의 글을 포털에 퍼날랐다고 진술하였다. 이 전 파트장이 사이버상 방첩활동을 하면 돈을 주겠다고 하여 글을 올렸다고 진술했다. 또한 국정원으로부터 교육 책자등은 받지 않았지만 파트장으로부터 방향의 맞으니 계속하라는 등의 지시를 받았다고 증언했다. 검찰은 파트장에 대한 증인 신문에서 심리전단이 일베저장소에 대해 만든 보고서에서 안보와 상관 없는 분야가 다수를 차지한다고 공개하였다.
10월 14일에는 원세훈의 8차 공판이 열렸다. 이날 공판에는 원세훈을 2013년 3월 민주당을 대리하여 고발한 이광철 변호사가 증인으로 출석하였다. 원세훈은 고발장에 첨부된 원장님 지시·강조말씀이 검찰이 압수한 것과 다른 부분이 있다고 하여 고발 대리인에 대해 문제를 제기했다. 2012년 11월 23일 원자력 발전에 대한 홍보를 지시한 내용이 고발장에는 'IAEA 사무총장이 원전 활용하는 것은 현명하다고 말했다고 홍보할 것'이라고 나와있지만 원래 'IEA', '홍보할 필요가 있음'으로로 지시했다고 주장했다. 오늘의유머관리자 이호철도 증인으로 출석하여 국정원 직원으로 추정되는 사람들이 오늘의유머 사이트에 추천 테러를 가한것에 대해 증언하였다. 동일한 아이디로 반대클릭이 집중된 '반대 테러'가 일어난 것을 확인한 이후 한 아이디당 하루 반대 클릭 횟수를 5회 이하로 제한하자 11월부터는 2~3일 전에 작성된 정치·시사 이슈와 무관한 게시글들이 갑자기 집중적인 추천을 받아 베스트로 갔다고 증언했다. 10월 18일 서울중앙지검 특별수사팀은 법원에 국가정보원 직원들의 조직적인 트위터 정치선거개입을 확인하여 공소장변경신청서를 제출했다.
10월 15일 이종명과 민병주의 첫 공판준비기일이 열렸다. 재판부는 둘은 원세훈과 공범으로 기소됐으므로 병합해서 진행하는 게 원칙이라고 말하였다. 이종명의 변호인은 병합을 원한다고 말했고 민병주의 변호인은 반대하지 않는다고 말하였다. 두 변호인은 최소한의 반대신문기회를 달라고 요청하였다. 재판부는 추가신문을 한 뒤 11월 중순부터 이종명·민병주의 재판을 원세훈의 재판에 병합하기로 결정했다.
10월 21일 서울중앙지법에서 열린 원세훈의 공판에서는 공소장 변경 신청에 대해 검찰과 변호인의 의견이 엇갈렸다. 검찰측은 공소사실과 포괄일죄라는 입장, 변호인측은 별개의 범죄라는 입장을 보였다. 별개의 범죄라면 공소시효가 지나 처벌할 수 없다. 재판부는 28일까지 양측으로부터 의견서를 제출받아 30일 공판을 열어 결정하기로 했다. 10월 28일 수사팀장이 교체된 상황에서도 검찰은 공소장 변경 신청을 유지하는 입장을 밝혔고 10월 30일 승인되었다.
11월 4일 원세훈·이종명·민병주에 대한 재판이 열렸다. 임신으로 불참했던 황 아무개 직원이 증인으로 참석하여 진술을 번복했는데 재판장은 재판 진술의 신빙성에 의문을 제기했다. 그녀는 원세훈에 대한 검찰수사때 자신이 참고인으로 진술한 진술조서의 내용을 알아봤다고 시인하였다. 진술조서는 검찰과 재판부, 원세훈의 변호인만 열람할 수 있다. 검찰은 증인 황씨가 ‘82쿡’과 ‘맘스홀릭’에서 활동한 사실을 추가 공개했다. 한편 재판부는 원세훈·이종명·민병주가 어떻게 트위터 활동에 대해 지시관계에 있었는지 검찰에 증거를 보강할 것을 요구했다. 11월 6일에는 이종명·민병주에 대한 공판이 열렸다.
11월 18일 원세훈·이종명·민병주에 대한 14회 공판이 예정되었지만 변호인의 요청으로 25일로 연기되었다. 11월 20일 밤 검찰은 국가정보원 심리정보원 직원들이 120만건의 트위터를 유포한 사실에 대해 공소장 추가 신청을 냈다. 재판부는 이에 따라 22일 추가로 기일을 잡아 논의하기로 했다. 22일 원세훈에 대한 공판에서 원세훈의 변호인측은 공소장변경신청서에 121만건의 트위터 글을 누가 올렸는지 등이 나와있지 않았다고 문제를 제기했다. 검찰측은 국정원 직원의 실명을 누출하는 것이 부적절해서 그랬다고 답하며, 재판부의 판단에 따르겠다고 답했다. 이에 따라 재판부는 각각의 트윗을 남긴 실행위자를 밝히고 트윗들을 내용 단위로 정리할 것, 정리한 자료를 26일 오전까지 변호인에게 전달할 것을 명하였다. 재판부는 25일 공판을 취소하고 28일 다음 공판을 열어 공소장 변경여부를 결정하기로 했다.
11월 28일 재판부는 공소장 변경을 허가하였다. 12월 5일 공판에서 검찰측은 국정원 직원들이 트위터글을 대량으로 확산하는 프로그램의 이용법을 공유한 사실과 특정인의 트위터에 올라온글을 자동으로 유포하는 프로그램을 사용한 사실을 공개했다. 원세훈은 트위터 계정에 대한 증거 수집이 개인정보보호법에 어긋난다고 주장했다. 검찰은 트위터에 가입할 때 '스스로 공개한 트위터 활동의 재사용을 허락한다'는 약관에 동의했기 때문에 문제가 되지 않는다고 반박했다. 이날 검찰은 국가정보원에서 2653개 아이디로 트위터 글을 2200만개나 올린 사실을 확인했지만, 100여만건을 빼고는 재판일정에 맞추어 선거/정치 개입글을 분석할 시간과 인력이 부족하여 121만건을 먼저 기소했다고 밝혔다.
12월 9일 공판에서 증인으로 나온 국정원 직원은 파트원끼리 모인 상태에서 파트장이 이슈 및 논지를 시달받았다고 시인했다. 또 국정원이 직원들이 작성한 트위터 글과 리트윗 개수, 팔로어 수를 보고해올 것을 요구해 보고했다고 증언했다.
2014년 9월 11일 서울중앙지법 형사합의21부는 국가정보원법 위반과 공직선거법 위반 혐의로 기소된 원 전 원장에 대해 징역 2년6월에 집행유예 4년, 자격정지 3년을 선고하였다. 재판부는 원 전 원장의 국정원법 위반을 인정하였으나, 공직선거법위반 혐의에 대해서는 무죄를 선고하였다. 서울고등법원 형사6부는 2015년 2월 9일 항소심 선고 공판에서 공직선거법 위반 혐의도 유죄로 인정하여 징역 3년, 자격정지 3년을 선고하고 법정구속하였다. 대법원 전원합의체는 2015년 7월 16일 원심이 증거능력에 대한 법리를 오해하고 사실관계를 잘못 판단한 오류가 있다며 사건을 파기환송하였다.
김용판 재판.
7월 19일 김용판의 1차 공판준비기일은 서울중앙지법 형사21부(재판장 이범균) 심리로 열렸다. 김용판은 국정조사가 끝나는 8월 21일 이후로 재판을 연기해달라고 요청하였다. 김용판은 공소사실에 대한 입장을 밝히지 않았다. 검찰은 재판을 일부러 끌려는 것이라고 말하였다. 재판부는 김용판에게 1주일 내로 공소사실에 대한 입장을 제출하라고 요구하였다.
8월 14일은 김용판의 2차 공판준비기일이었다. 김용판은 국회 청문회에는 출석하지 않고 공판준비기일에만 출석하였다. 이날 공판에서는 권은희 전 수서경찰서 수사과장, 이광석 수서경찰서장 등에 대한 검찰측의 증인신청이 채택되었다. 김용판에 대한 첫 번째 공판기일은 8월 23일 오후 2시로 잡혔다.
8월 23일 김용판의 1차 공판이 열렸다. 김용판은 변호인을 통해 압수수색 재검토 지시는 김기용 전 경찰청장이 하였다고 말하였다. 검찰은 국정원 직원이 업무용 노트북에서 파일 187개를 복구할 수 없도록 삭제하고 이를 국정원 본부에 보고하였다고 밝혔다. 그리고 김용판이 국정원 직원의 요청에 따라 분석범위를 제한했고 아이디와 닉네임, 찬반, 이정희 후보 비방등은 국정원 직원의 요청범위가 아니라며 찾고 나서도 발표에서 제외한 사실을 지적하였다. 그리고 국정원이 경찰청의 중간수사발표 11분후 보도자료를 내놓아 국정원이 공조한 흔적을 언급했다. 검찰은 복구된 파일은 국정원 직원이 받은 이메일의 첨부파일로 임시파일으로 생성된뒤 자동으로 삭제되어 국정원 직원이 복구할 수 없도록 삭제하지 못하였다.
8월 30일 김용판의 2차 공판이 열렸다. 권은희는 증인으로 출석하여 김용판이 화를 내며 압수수색 영장을 신청하는 것을 막았다고 증언했다. 또한 김병찬 서울경찰청 수사2계장이 '피고발인이 동의한 파일만 분석해야 한다'며 김하영을 증거분석에 참여시키려해 항의했다고 말하였다.또 김병찬 수사2계장이 사회 혼란이 온다는 이유로 증거분석 자료를 송부해주지 않아 수사에 큰 차질을 빚었다고 증언했다. 또 김용판 당시 서울지방경찰청장이 2012년 12월 중간수사결과 발표 직전 이광석 수서경찰서장에게 전화하여 '분석결과 아무것도 나온 것이 없다. 내가 책임진다, 발표하자'라고 말했다고 전해들었고 아이디와 닉네임 40개를 받아 검색하여 선거개입 댓글과 게시글을 찾아낸 사실을 이광석 서장이 보고받자 '서울청이 나를 죽이려 하는 구나'라고 말했다고 증언하였다.
검찰은 국가정보원 관련자들의 통화내역을 법원에 제출하였다. 차문희 2차장은 직속상관인 원세훈 원장과 새누리당 소속 서상기 정보위원장에게 통화를 했고 국가정보원의 서울경찰청 담당 연락관 안모씨는 서울경찰청 수사책임자 여러명과 통화를 했다. 연락관 안모씨는 박원동 국장에게, 박원동 국장은 차문희 전 차장에게 연락을 한 사실을 확인했다. 박원동 3차장은 박근혜 후보 종합상황실장을 당시 지낸 권영세 현주중대사와 김용판에게 연락하였다.
9월 17일에는 김용판의 4차 공판이 열렸다. 이광석 당시 서울수서경찰서장이 증인으로 출석하였다. 이광석은 강남권 경찰서를 담당한 국정원 직원 신 모가 사건이 터진 이후부터 중간수사발표일까지 10차례 자신에게 수사진행상황을 전화로 물어왔다고 증언했다. 이광석은 서울경찰청장(김용판)과 서울경찰청 수사과장, 경찰청 지능과장이 자신에게 전화를 걸어 김하영에 대한 압수수색 신청 영장 보류를 요청했다고 증언했다. 또한 조작이 있을 것이라고 생각하지 못하여 믿고 발표했다고 증언했다. 또한 인터넷 사이트와 아이디를 제출받았다면 그런 발표를 하지 않았을 것이라고 말했다. 검찰은 서울경찰청이 허위의 중간수사발표를 한 증거로 허위로 작성된 예상 질의·답변서를 공개하였다. 김용판은 자신을 변호하기 위해 2013년 1월 김하영의 휴대전화 압수수색 영장을 신청한 뒤 검찰로부터 받은 수사지휘서를 공개하였는데 이는 경찰의 기밀문서여서 검찰은 입수 경위를 밝힐 것을 요구하였다.
10월 10일에는 김용판의 6차 공판이 열렸다. 검찰은 서울경찰청이 12월 18일과 19일 수서경찰서에 보낸 분석 결과에 대해 공개하였다. 검찰은 서울경찰청이 수서경찰서에 인터넷 접속 기록에 대한 분석 내용을 보낼때 하이퍼링크 기능도 설정하지 않아 실제 국정원 직원이 방문한 사이트를 확인하기 어렵게 보냈고, 임시인터넷파일은 인코딩을 하지 않은 코드상태로 보냈다고 밝혔다. 김용판측은 목록에 있는 인터넷 주소를 복사해 인터넷 브라우저에 들어가보면 된다고 반론하였다. 검찰은 다른 의미있는 자료는 보내지 않았다는 것이 본질이라고 재반론하였다.
이날 검찰은 김병찬 서울경찰청 수사2계장이 사건당시 국정원과 통화를 했다고 공개하였다. 이는 서울경찰청의 전체 간부가 중간수사발표 이전 국가정보원과 통화한 것이 된다.
10월 24일 공판에서는 김용판 전 서울지방경찰청장에 대한 재판 증인들이 말을 맞춘 정황이 드러났다. 또한 경찰 수사 과정에서 정부 홍보글 퍼나르기가 묵살된 사실이 드러났다.
11월 14일 김용판에 대한 공판이 열렸다. 재판부는 21일 마지막 증인신문과 12월 12일 공판기일을 가진 뒤 12월 19일 선고하기로 했다.
마지막 결심공판은 12월 26일 열렸다. 검찰은 징역 4년을 구형했다. 김용판은 증거 분석 범위에 대한 발표이기 때문에 잘못이 없다고 주장했다.
2014년 2월 6일 선고에서 재판부는 권은희의 진술이 사실과 맞지 않는다, 수기 보고는 보안 목적에서 그렇게 할 수 있는 일이다 등의 근거로 무죄를 선고하였으나 사실관계를 확인할 수 없는 부분에 대해서 잘못 판단하거나, 쟁점에 대해 판단을 회피하는 등의 오류가 나타났다는 지적이 있다. 내선전화 기록을 확인하지 않고 휴대전화 기록만으로 전화가 없었다고 단정하여 권은희의 다른 진술의 신빙성을 낮게 보거나, 12월 17일 브리핑에 대해 분석관과 김용판의 주장대로 당시 분석관이 판단했다고 하는 '임의제출에서 제출자가 말한 분석범위에 따라 발표했다'와는 발표내용이 일치하는지 판단하지 않았다. 휴대전화 여론조사에 따라 김용판이 유죄라고 보는지 무죄라고 보는지 여론조사를 실시한 결과 국민의 55%가 유죄라고 판단하고, 25%가 무죄 라고 판단하는 것으로 조사됐다.
6월 5일 김용판은 항소심에서 무죄를 선고받았다. 선고문에서 선거 전 발표 당시까지는 국정원이 선거에 개입했는지 명확히 밝혀지지 않았으므로, 수사결과의 축소 또는 은폐로 볼 수는 없다고 밝혔다. 한편 법원은 이날 ‘국가정보원 여론 조작 사건’과 관련된 증거를 삭제한 혐의로 기소된 서울청 사이버범죄수사대 증거분석팀장 심성원 경감을 법정구속됐다. 서울중앙지법 형사11단독 우인성 판사는 증거인멸 혐의로 기소된 박모 경감에 대해 징역 9월을 선고하고 법정구속했다(2013고단3139).
국고 손실 재판.
김병찬 재판.
국정원 사건에 대한 여야회담은 국정조사가 진행 중이던 7월 말 처음 제안됐다. 7월 27일 황우여 새누리당 대표는 김한길 민주당 대표에게 모든 정치 현안을 토론하자며 대표회담을 제의하였다. 그러나 7월 30일 여당내 이견, 정당간의 이견등으로 무산되었다. 8월 3일 민주당 김한길 대표는 국정원 사건에 대하여 대통령과의 영수회담을 제의하였다. 8월 5일 황우여 새누리당 대표는 여야 대표와 대통령의 3자회담을 제의하였다. 청와대는 8월 6일 대통령, 여야대표, 여야원내대표가 참여한 5자회담을 제의하였다. 민주당은 청와대의 5자회담 제의는 국정원 사건을 매듭짓고 대신 취득세 문제, 부동산 문제등에 대한 대화를 하려는 것으로 보았다. 이에 따라 김한길 대표는 5자회담 제의는 현 정국의 심각성을 고민한 결과가 아닐것이라며 양자회담을 요구하였다.
결국 2013년 9월 16일 오후 국회에서 박근혜 대통령과 새누리당 황우여 대표, 민주당 김한길 대표의 3자 회담이 열렸다. 3자 회담에서는 국가정보원 사건, 채동욱 검찰총장 사건, 민생 문제등이 논의되었다. 그러나 박근혜가 '국민공감대 하에 증세 할 수 있다' 발언한 것 이외에 국정원 사건을 포함한 정치 현안과 경제 현안에 대해 서로간의 입장이 평행선을 달렸다.
조사·수사 방해 활동.
국정원의 증거인멸.
2012년 말, 2013년 초에 인터넷 포털사이트에서 국정원 직원이 사용한 것으로 보이는 아이디 수백개가 탈퇴하고 글을 삭제했다. 서버에는 게시글이 삭제되면 보관되지 않는다. 보안수칙을 생명으로 하고 활동 중 흔적을 남기지 않도록 교육받은 국정원 직원들이 국정원 여직원 사건으로 4개월간 경찰 수사 받은 후에도 지우지 못한 흔적을 검찰이 찾은 것이다.
또, 뉴스타파는 국가정보원에서 만든 것으로 추정되는 트위터 계정에 대해 3월 18일 공개하였다. 뉴스타파는 이후 호외를 통해 이들 계정 중 언론 보도에서 아이디가 노출된 계정을 중심으로 그날 아이디가 삭제된 사실을 공개하였다. 65개중 48개는 2012년 12월 11일에 삭제됐고 남은 17개중 8개가 2013년 3월 18일에 삭제됐다. 한편 사이트에 게시한 글이나 댓글들을 국가정보원측이 삭제한 사실은 6월 최종 수사발표에서 확인되었다.
4월 19일 사건수사에 대해 잘 아는 한 경찰관은 연합뉴스와의 전화 인터뷰에서 수사 초기 서울지방경찰청이 수사에 개입하였다고 폭로했다. 그날 오후, 수사 개입을 폭로한 경찰관은 수사 초기 수서경찰서 수사과장으로 지내다가 2013년 2월 송파경찰서 수사과장으로 전보된 권은희 수사과장으로 드러났다.