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보스니아 국토방위군의 참모총장인 세페르 할릴로비치는 1992년 6월 기준 자국군의 병사 민족분포가 무슬림 70%, 크로아트인 18%, 세르브인 12%라고 주장했다. 사라예보, 모스타르, 투즐라에서는 보스니아군 내 세르브인과 크로아트인의 비율이 더 높았다. 보스니아 육군 총사령부의 부사령관이었던 장군 요반 디뱌크는 보스니아군 내 세르브인 중 최고 계급이었다. 크로아트인인 스체판 시베르는 보스니아군 내 서열 3위인 제1차사령관을 맡았다. 이제트베고비치는 크로아티아 국방군(HOS)의 사령관인 대령 블라주 크랄레비치를 암살당하기 7일 전 친보스니아계 다민족 방어전선을 구축한다는 명목으로 보스니아 육군 사령관에 임명한 적도 있었다. 이런 민족 다양성은 전쟁이 진행될수록 점점 줄어들어갔다.
보스니아 정부는 무기 금수 조치를 해제하기 위해 노력했으나 영국, 프랑스, 러시아의 반대로 막혔다. 미국은 무기 금수 해제 조치를 이룩하기 위해 리프트 앤 스트라이크라는 정책안을 펼쳤다. 미국 의회는 금수 조치 해제를 요구하는 2개 결의안을 통과하였으나 빌 클린턴 당시 미국 대통령은 미국과 유럽권 국가들 사이 관계 유지를 위해 두 결의안에 전부 거부권을 행사하였다. 그럼에도 미국은 C-130 수송기나 '뒷거래'를 이용하여 보스니아 내 다양한 무슬림 군사단체에게 무기를 지원하는 흑색작전을 펼치거나 이란이 제공한 무기를 크로아티아를 통해 보스니아로 이송하도록 도와주는 등 다양한 방법으로 보스니아를 원조하였다. 하지만 영국과 노르웨이가 "투즐라를 향한 기밀비행"에 협력하는 미국(과 터키도 동참한 것으로 추정)에게 무기 암거래에 난색을 표하고 NATO의 무기 금수 조치 시행에 대한 역효과에 우려를 표하는 등 NATO 내에서 미약하게나마 광범위하게 보스니아 무기 지원을 반대하는 목소리가 있었다.
파키스탄 정보부(ISI)도 1992년에서 1995년 사이 보스니아 내에서 활발히 첩보를 수행하면서 세르비아군에게 대항해 싸우는 무슬림 전사들에게 탄약, 소총, 유도 대전차 미사일을 비밀리에 지원하기도 하였다. 파키스탄은 UN의 보스니아 무슬림에 대한 무기 금수 조치를 무시하였고, 나중에 파키스탄의 자베드 나시르 장군은 정보부가 보스니아에 대전차 유도 미사일을 지원해 보스니아 이슬람교도에게 전세를 유리하게 만들어 세르비아군이 포위망을 풀도록 유도하는 작전을 시도했다고 말했다.
역사학자이자 작가이며, 빌 클린턴 전 대통령과 친구였던 테일러 브랜치는 자신의 저서인 "The Clinton Tapes: Wrestling History with the President"에서 1993년에서 2001년 사이 클린턴 대통령 재임 기간 70개의 녹음 테이프의 녹취록을 공개하였다. 1993년 10월 14일 녹음본의 녹취록과 브랜치의 요약본은 아래와 같다.
크로아트계.
크로아트인들은 1991년 말부터 군대를 조직하기 시작했다. 1992년 4월 8일에는 "헤르체그보스니아의 크로아티아인 방위 총집단"인 크로아티아 국방위원회(HVO)가 수립되었다. 크로아티아 국방위원회는 모스타르, 토미슬라브그라드, 비테즈, 오라셰에 본부를 두고 총 4개 작전구역으로 나눠서 지휘하였다. 1993년 2월 기준 국방위원회 사령부는 휘하 병력을 장교와 사병 총 34,080명으로 추산했다. 국방위원회에는 T-34, T-55 등 주력전차 50대와 포 500문 가량을 가지고 있었다.
전쟁 초기 크로아티아 정부는 크로아트계와 보스니아계 양쪽의 군사 세력 무장을 지원하였다. 자그레브와 리예카에 보스니아 헤르체고비나 공화국군 병사 모병을 위해 병참 중심지를 세웠다. 나중에 공식적으로 크로아티아 육군(HV)으로 개칭되는 구 크로아티아 국가방위군(ZNG)는 보스니아 포사비나, 헤르체고비나, 서보스니아에서 세르브계 군대와 교전하였다. 크로아티아-보스니아 전쟁이 발발하자 크로아티아 정부는 크로아티아 국방위원회에 무기를 보급했으며 보스니아 헤르체고비나에서 자원병 부대를 모집하여 국방위원회 소속으로 지원보냈다.
크로아티아 우익당(HSP) 산하 준군사조직인 크로아티아 국방군(HOS)은 국방위원회, 보스니아 공화국군과 함께 세르비아군과 교전하였다. 국방군은 지휘관인 블라주 크랄레비치이 사망한 직후 해체되었고 잔존 병력은 국방위원회나 보스니아 공화국군 산하로 편입되었다.
세르브계.
스릅스카 공화국군(, VRS)은 1992년 5월 12일 창설되었다. 유고슬라비아 연방과의 통일을 추구한 세르브인 독립국인 스릅스카 공화국에 충성했다.
세르비아는 스릅스카 공화국군에게 보급 지원, 자금, 물자를 제공하는 등 다양한 방면으로 지원하였다. 보스니아 내 세르브인은 유고 인민군 장교단의 상당 부분을 차지하고 있었다. 밀로셰비치는 전쟁에서 승리하기 위해 이런 세르브계 보스니아인에 의존했다. 지휘체계, 무기, 장군 라트코 믈라디치 같은 고위 장군들 대부분도 유고슬라비아 인민군에서 넘어왔다.
준군사와 자원군.
보스니아 전쟁 기간 다양한 준군사 단체가 활동하였다. 세르브계는 흰 독수리 ("Beli Orlovi")와 세르비아 의용방위군 ("Srpska Dobrovoljačka Garda"), 이른바 "아르칸의 호랑이" 부대가 있었다. 보스니아계는 애국연맹 ("Patriotska Liga")과 그린베레 ("Zelene Beretke")가, 크로아트계에는 크로아티아 국방군 ("Hrvatske Obrambene Snage") 등이 있었다. 세르브계와 크로아트계 준군사는 각각 세르브인과 크로아트인 자원군이 가담했으며, 각 국가의 민족주의 정당의 지원을 받았다.
본 전쟁은 다양한 국가에서 온 외국인 자원군과 용병이 가담했다. 자원군은 민족적, 종교적 이유에 때로는 돈을 위해 가담하기도 하였다. 통상 이슬람 국가에서 보스니아계, 동방 정교회 국가에서 세르브계, 가톨릭 국가에서 크로아트계를 지원하였다. 외국 전투원 존재 자체는 기록이 많으나 어느 민족 집단에서도 외국 자원군이 총 병력의 5%를 넘은 적은 없었다.
세르브계 보스니아인은 동방정교회를 믿는 기타 국가 자원군을 포함한 동유럽 여러 지역 기독교인 슬라브족 자원군을 받았다. 대외 자원군에는 러시아인 수백명, 그리스인 100여명, 우크라이나인과 루마니아인 일부가 있었다. 일부 문헌에서는 총 1,000여명에 달하는 자원군이 있었다고 추정한다. 그리스인 의용군인 그리스인 의용방위군은 스레브레니차 학살에 가담하기도 했으며, 세르브인이 함락한 스레브레니차 마을에 그리스 국기를 계양하기도 했다.
유럽 기타 국가에 살던 외국인도 크로아트인 측으로 자원군에 지원하기도 하였는데, 개중에서는 스웨덴에 귀국하자 전쟁범죄로 기소된 야키에 아르클뢰브같은 네오나치도 있었다. 나중에 아르클뢰브는 크로아트계 자원군에서 활동하면서 헬리오드롬과 드레텔 수용소에서 보스니아 무슬림계에 전쟁 범죄를 했다고 밝혔다.
보스니아는 여러 무슬림계 지원을 받았다. 파키스탄은 보스니아에 여러 군사적, 경제적 지원을 보냈다. 파키스탄 정보부(ISI)는 보스니아 전쟁이 시작된 1992년부터 1995년까지 군사 정보 활동을 하며 보스니아를 지원하였다. 파키스탄군 중장인 자베드 나시르가 시행하고 감독한 이 정보 프로젝트에서 전쟁 기간 보스니아 무자헤딘 계열 다양한 단체를 지원하였다. 영국 역사학자인 마크 커티스는 ISI 보스니아 파견대가 사우디아라비아의 재정 지원으로 조직되었다고 주장했다.
워싱턴 포스트에 따르면, 사우디아라비아가 암묵적인 미국 협조로 보스니아 정부군에 약 3억 달러 어치 무기를 지원했다고 했지만, 미국은 이를 부인하였다. 그 외에도 레바논 게릴라 조직인 헤즈볼라와 알카에다 같은 여러 무슬림 조직이나 해외 무슬림교도가 보스니아 이슬람 계열 자원군에 자원하였다.
크로아티아 독립 전쟁이 진행되면서 보스니아로 무기가 쏟아졌다. 유고 인민군은 세르브계 보스니아인을 무장하였고, 크로아티아군은 헤르체고비나의 크로아트인을 무장하였다. 무슬림계 자원군 조직인 그린베레와 애국연맹은 1991년 가을 경 수립되었으며 1992년 2월에는 방어 계획을 수립하였다. 보스니아인 25만명에서 30만명이 무장했던 것으로 추정되며 크로아티아에서 1만여명의 전투원이 유입되었다. 1992년 3월까지 크로아트계와 세르브계가 보스니아의 영토 3/4를 차지하였다. 1992년 4월 4일 이제트베고비치 대통령은 사라예보 내 모든 예비군과 경찰에 동원령을 발령했으며, 스릅스카 공화국은 "보스니아 정부와 세르브계 사이 확실한 분열"을 보여주며 도시 내 세르브인들에게 전면 대피를 요구하였다. 1992년 4월 6일 보스니아 헤르체고비나의 독립이 국제적으로 인정받았다. 많은 연구자들은 이 날을 보스니아 전쟁이 시작된 날로 보고 있다.
세르브계 보스니아인 정치 지도자인 라도반 카라지치는 "우리에게 있어 최상은 대세르비아고, 차선은 유고슬라비아 연방이다"라고 말했다. 보스니아 전쟁은 4월 들어 심각해졌다. 4월 3일 유고슬라비아 인민군과 HV-HVO 연합군 사이 쿠프레스 전투가 일어나 유고 인민군이 승리하였다. 4월 6일 세르비아군은 사라예보를 포격하기 시작하고, 이틀 뒤에는 세르비아 본토에서 드리나강을 도하해 무슬림 다수 마을인 즈보르니크, 비셰그라드, 포차를 포위했다. 4월에 함락된 포차 지역에서는 세르비아군이 보스니아인 2,700명 이상을 학살하는 포차 인종청소 사건이 발생했다. 4월 중순에는 보스니아 전 국토가 전쟁에 휩싸였다. 4월 23일 유고 인민군은 3월 4일부터 봉쇄되었던 차플리나의 병영에서 헬리콥터를 통해 병력을 철수하였다. 폭력 행위를 막으러는 여러 시도가 있었다. 4월 27일 보스니아 정부는 유고 인민군을 문민 통제 하에 두거나 축출하라고 명령하였고 5월 초에는 두 진영 사이 일련의 충돌이 발생하였다. 4월 30일에는 세르비아군에게 프리예도르가 함락되었고 세르비아군은 프리예도르에 거주하던 보스니아인과 크로아트인 3천명을 학살하였다. 5월 2일에는 그린베레와 지역 갱단이 사라예보를 두갈래 내어 포위하러는 세르비아군의 무질서한 공격을 막아냈다. 5월 3일에는 이제트베고비치가 사라예보 공항에서 유고 인민군 장교에게 납치되어 사라예보 시내의 유고 인민군의 안전한 철수 통로를 확보하는 데 사용하였다. 하지만 보스니아군은 유고 인민군 대열을 공격하여 폭력 사태가 일어났다. 5월 18일 유고 인민군의 철수에 관한 휴전 협정이 체결되었고 5월 30일에는 보스니아 대통령이 유고 인민군은 점령군이라고 선포하였다.
새롭게 수립된 스릅스카 공화국군의 총지휘관에 라트코 믈라디치가 올라서면서 전쟁은 새로운 국면으로 접어들었다. 5월 24일, 26일, 28일, 29일 사라예보에서 일어난 포격 사태를 유엔 사무총장 부트로스 부트로스갈리는 믈라디치가 했다고 주장하였다. 5월 27일 일어난 도심 포격 사태는 서방의 개입을 불러일으켜 5월 30일 유엔 안전 보장 이사회 결의 제757호로 세르비아에 대한 제재가 시작되었다. 같은 날 보스니아군인 도시 내 유고 인민군 막사를 공격하면서 격렬한 포격적으로 이어졌다. 6월 5일에서 6일 사이에는 격렬한 시가전과 포격이 계속되는 가운데 마지막 유고 인민군 병력이 사라예보에서 철수하였다. 6월 20일에는 유엔이 인도주의적 비행을 위해 사라예보 국제공항을 점령하기 위하여 휴전을 시행했으나 양측 모두 도시에서 공항으로 이어지는 영토를 차지하기 위해 전투를 벌이면서 휴전이 깨졌다. 공항 위기는 6월 26일 유엔 사무총장 부트로스갈리가 세르비아군은 더 이상의 도시 공격을 중단하고, 유엔이 공항 통제권을 가지도록 허용하며 유엔 감시 하에 중화기를 배치하겠다는 최후통첩으로 이어졌다. 한편 언론에서는 부시 대통령이 보스니아의 무력 사용을 고려하고 있다고 보도하였다. 사라예보 내에서 저격수의 저격과 포격이 보도되자 전 세계적으로 "세르비아에 대한 결정적이면서 영구적인 반대" 여론이 형성되었다.
사라예보 밖에서는 1992년 여러 전투원의 작전이 성공하였다. 세르브계는 드리나강과 사바강 연안의 무슬림 다수 거주 도시를 점령하고 뒤이어 그곳에 살고 있던 무슬림을 추방하기 시작했다. 5월에는 보스니아와 HVO 연합군이 유고 인민군의 철수로 인한 혼란을 틈탄 공세로 세르비아군을 포사비나와 중앙보스니아로 몰아냈다. 남쪽으로 공세를 계속하여 세르비아군이 비세르브인 500명 이상을 학살하던 도보이를 포위하였고 보산스카크라이나의 세르비아군이 셈베리야와 세르비아 본토와 차단되었다. 5월 중순에는 나세르 오리치가 이끄는 보스니아군이 스레브레니차를 탈환하였다. 세르비아군은 세르비아 정부 측 기록으로 아브도 팔리치의 부대가 스레브레니차 부근에서 매복 기습을 당해 400명이 사망하는 등 5월에 동부 보스니아에서 대패하였다. 5월에서 8월까지는 스릅스카 공화국군이 고라주데를 포위하여 보스니아군이 밀어낼 때까지 포위당했다. 1992년 4월에는 크로아티아 국방위원회(HVO) 군이 오라셰에 입성하여 세르브계 민간인에게 고문, 강간, 살인 등 집단보복을 하는 사태가 벌어졌다.
1992년 5월 15일에는 유고 인민군이 투즐라에서 매복 공격을 당했다. 유고 인민군 제92 차량화 연대(투즐라의 "후신스카 부나" 병영에 주둔)는 투즐라와 보스니아 헤르체고비나에서 철수하여 세르비아 본토로 복귀하라는 명령을 받았다. 보스니아 정부와 유고 인민군은 5월 19일까지 보스니아에서 평화적으로 군대를 철수하겠다고 합의하였다. 이 합의에도 불구하고 투즐라의 브르찬스카 지역에서 유고 인민군 대열이 소총과 로켓포 공격을 받았으며, 행군 경로에도 다수의 지뢰가 살포되었다. 이 공격으로 유고 인민군 병사 52명이 사망하고 40명이 부상을 입었다.
1992년 5월부터 12월까지 보스니아 내무부(BiH MUP), 크로아티아 국방위원회(HVO)와 나중에 보스니아 헤르체고비나 공화국 영토방위군(TO RBiH)이 첼레비치 수용소를 운영하였다. 첼레비치 수용소에는 1992년 5월 사라예보와 모스타르로 가는 길목을 봉쇄하기 위한 군사 작전 중 포로가 된 700명의 세르브계 보스니아인이 구금되었다. 700명의 포로 중 13명이 포로 생활 도중 사망하였다. 수용소에 수감된 포로들은 고문, 성폭행, 구타 및 기타 잔인하고 비인도적인 대우를 받았다. 포로 사망자 중에는 총에 맞거나 구타당에 사망한 경우도 있었다.
1992년 6월까지 보스니아의 난민 및 국내 실향민이 260만명에 달했다. 1992년 9월까지 크로아티아는 보스니아 헤르체고비나에서 넘어 온 335,985명의 난민을 수용했다. 많은 난민이 단기간에 쏟아지면서 크로아티아의 경제와 사회기반시설에 큰 부담을 주었다. 당시 크로아티아 주재 미국 대사였던 피터 갤브레이스는 1993년 11월 8일 인터뷰에서 크로아티아 내 무슬림 난민의 수를 적절하게 비유하러 했다. 갤브레이스는 당시 인터뷰에서 난민 수용 상황을 미국이 3천만명에 달하는 난민을 한꺼번에 수용한 상태와 같다고 말했다. 당시 크로아티아 내 보스니아 난민의 수는 588,000명으로 보스니아 헤르체고비나 내의 국내 실향민 수보다 더 많았다. 세르비아는 보스니아에서 넘어온 난민 252,130명을 받아들였고, 기타 유고슬라비아 공화국은 148,657명의 난민을 받아들였다.
1992년 6월 세르브계 보스니아군은 베오그라드-바냐루카-크닌을 잇는 도로를 확보하기 위해 보스니아 북부에 있는 크로아티아군과 크로아티아 국방위원회 군사를 공격하는 회랑 '92 작전을 시작하였다. 당시 작전으로 바냐루카 병원에서 신생아 집중치료실의 산소 탱크 부족으로 12명의 신생아가 사망했다는 보고가 들어오기도 했지만, 사망 사태에 대해서는 이견도 등장하였다. 당시 유고슬라비아의 대통령직 세르비아 대표이자 세르비아의 고위 관료였던 보리사브 요비치는 이 보고가 단지 전시 프로파간다일 뿐이며, 바냐루카에서는 인근에 즉시 가져올 수 있는 산소 탱크 생산 설비가 두 곳이나 있었고 산소 공급은 원활했다고 주장했다. 회랑 '92 작전은 1992년 6월 14일 스릅스카 공화국군의 제16크라이나기계화여단이 도보이 인군 스릅스카군 전차중대의 지원을 받으며 데르벤타를 공격하면서 시작했다. 스릅스카는 6월 28일 모드리차를, 7월 4-5일 데르벤타를, 7월 12일에 오자크를 점령했다. 크로아트계 군사들은 브로드와 오라셰 인근 고립된 지역으로 완전히 축소되어 8월에서 9월까지 두 도시에서 세르브계 군사의 공세를 버터냈다. 스릅스카군은 10월 초 크로아트계 군사 방어선을 돌파하여 브로드를 점령하였다. 잔존한 크로아트계 군사 대부분은 크로아티아 북부로 후퇴하였다. 크로아트계 군사는 포위된 오라셰 지역은 계속해서 지켜냈으며 11월 공세에서도 버터냈다.
1992년 6월 21일, 보스니아군이 스레브레니차 인근 세르브계 마을인 라트코비치를 장악했다. 이 과정에서 세르브계 민간인 24명이 살해당했다.
1992년 6월에는 유엔보호군(UNPROFOR)이 작전영역을 크로아티아에서 보스니아 헤르체고비나 영역으로 확대되어 사라예보 국제공항을 보호하기 위해 사라예보로 파견되었다. 9월에는 유엔보호군이 인도적 보호 활동을 확대하였으며 보스니아 헤르체고비나 지역의 구호물자 전달을 지원하였고 국제 적십자 위원회가 요구할 때 민간인 난민을 보호하는 역할도 수행하였다.
1992년 8월 4일에는 보스니아 공화국군의 제14기사차량화여단은 사라예보를 둘러싼 포위망을 돌파하러 시도했으며 흐라스니차 교외 지역의 파괴된 FAMOS 공장 인근에서 보스니아 공화국군과 스릅스카군 사이 치열한 전투가 벌어졌다. 스릅스카군이 공격을 막아냈긴 했지만 반격 작전에서는 스릅스카군이 흐라스니차를 점령하는 데 실패했다.
8월 12일에는 보스니아 헤르체고비나의 세르브계 공화국이 이름을 정식으로 '스릅스카 공화국'(RS)로 개칭하였다. 1992년 11월까진 동부 보스니아에서 대략 1,000 km2 면적을 보스니아 헤르체고비나 공화국이 장악하고 있었다.
크로아트계와 보스니아계의 동맹은 전쟁 초기에 수립되었지만 완전히 조화롭지는 못했다. 두 개의 병렬적인 명령 구조가 존재함에 따라 스릅스카군에 맞서 두 세력의 군사를 조정하는데 문제가 발생했다. 4월 중순에는 크로아티아 국방위원회와 영토방위군의 합동군사사령부를 수립하러 시도했으나 실패했다. 1992년 7월 21일 크로아티아의 투지만 대통령과 보스니아 헤르체고비나의 이제트베고비치 대통령이 친교 및 협력 조약에 서명해 두 군사간의 군사 협력을 약속하였다. 8월 6일에 열린 회담에서 보스니아의 대통령직은 크로아티아 국방위원회를 보스니아군 산하로 편성하는데 동의하였다.
이런 우호적 손길에도 불구하고 1992년 하반기 내내 양 세력간 갈등이 꾸준히 증가하였다. 5월 초에는 부소바차에서 두 세력간 무력 충돌이 발생하였고 6월 13일에도 또 다른 분쟁이 일어났다. 6월 19일에는 노비트라브니크에서 보스니아 영토방위군과 크로아티아군-크로아티아 국방위원회 사이 충돌이 발생했다. 7월에는 코니츠에서도 분쟁이 발생하였고, 8월에는 키셀랴크와 사라예보 인근 크로아트인 마을인 스투프에서도 분쟁 사건이 발생했다. 9월 14일에는 보스니아 헤르체고비나 헌법재판소가 크로아트계의 자칭 헤르체그보스니아 수립 주장이 위헌이라고 판결하였다.
10월 18일에는 노비트라브니크 인근 주유소를 둘러싼 도시 중심가의 무력 충돌로 번졌다. 10월 20일에는 노비트라브니크 인근에서 크로아티아 국방위원회의 사령관인 이비차 스토야크가 살해당하면서 상황이 더욱 악화되었다. 같은 날엔 라슈바 계곡으로 향하는 주요 도로에 설치된 보스니아 공화국군의 도로 봉쇄 지점에서 전투가 확대되었다. 급작스러운 분쟁이 지역 전역으로 확대되어 10월 21일 유엔보호군이 양 측의 휴전 협상을 주선하여 휴전이 이뤄질때까지 50명 가까이의 사상자가 발생했다. 10월 23일에는 북부 헤르체고비나에 있는 프로조르에서 보스니아 공화국군과 크로아티아 국방위원회 사이 전투가 발발하여 크로아티아계 군사가 승리하였다.
10월 29일에는 브르바스 '92 작전으로 스릅스카 공화국군이 야이체 마을을 점령했다. 야이체에는 보스니아 공화국군과 크로아티아 국방위원회 양 측의 군사가 방어를 맡고 있었지만 두 부대 사이 협동이 거의 없었고 여기에 스릅스카 공화국군이 병력과 화력의 우세를 활용하여 마을을 함락시켰다. 야이체에 있던 크로아트인 난민은 헤르체고비나와 크로아티아로 흩어졌고, 2만 명에 달하는 보스니아인 난민은 노비트라브니크, 트라브니크, 비테즈, 부소바차, 제니차 인근 마을로 도망쳤다. 10월 들어 양 측이 대립하기 시작하고 또한 야이체 마을의 함락 책임이 상대방 측에 있다고 서로 비난하긴 했지만 대규모 군사 충돌로 이어지진 않았고 통상적인 군사동맹은 계속 유지되었다. 1992년 11월 1일에는 투지만과 이제트베고비치가 자그레브에서 만나 크로아티아군과 보스니아군의 합동사령부를 창설하기로 합의하였다.
정교회에서 크리스마스인 1993년 1월 7일, 나세르 오리치가 지휘하는 보스니아 헤르체고비나 공화국군의 스레브레니차 제8작전부대가 브라투나츠 인근 크라비차를 공격하였다. 공격 과정에서 군인 35명과 민간인 11명 등 세르브인 46명이 사망하였다. 휴일에 이루어진 이 공격은 세르브인의 허를 찌르기 위해 의도적으로 감행된 기습 작전이라고 밝혔다. 보스니아군은 (군사의 주둔이 허용되지 않는) 스레브레니차 안전지대를 이용하여 크라비차를 포함한 세르브계 마을을 공격하였고 스릅스카군이 공격하기 전 다시 안전지대로 후퇴하였다. 보스니아 전쟁 기간 전체로는 브라투나츠에서 세브르계 민간인 117명, 군인 424명이 사망하였다. 스릅스카 공화국은 보스니아 공화국군이 세르브인 가옥을 불태우고 민간인을 학살했다고 주장했다. 하지만 이 주장은 ICTY 전범 재판에서 독립적으로 교차검증할 수 없었고 ICTY에서는 보스니아군의 공격 이전에 이미 대다수의 가옥이 파괴되어 있었으며 세르비아군의 대규모 스레브레니차 포위전으로 스레브레니차 내 대부분의 시민이 포위 상태에 기아에 처해 있어 보스니아인이 포위망을 뚫기 위해 인근 세르브인 마을을 공격한 것이라고 결론내렸다. 2006년에는 오리치가 구유고슬라비아 국제형사재판소(ICTY) 1심 재판에서 세르브인 살해를 막지 못한 죄로 유죄 판결을 받았으나, 항소심에서 모든혐의에 대해 무죄 판결을 받았다.
1993년 1월 8일에는 세르비아군이 보스니아 헤르체고비나 공화국의 부총리였던 하키야 투라일리치를 공항에서 데려가는 UN 호송대를 막고서 살해하였다.
1월 16일에는 보스니아 공화국군이 스레브레니차 인근 스켈라니 마을을 공격하였다. 이 공격으로 40-65명이 사망하였고 165명이 부상을 입었다. 세르비아 측은 어린이 2명이 사망했다고 주장했다.
유엔, 미국, 유럽 공동체(EC) 등은 여러 평화안을 제안했지만 전쟁에 큰 영향을 주지 못했다. 당시 제안되었던 평화 회담안 중에는 1993년 1월 제안된 벤스-오언 평화안도 있다. 이 계획은 유엔 특별대사인 사이러스 밴스와 유럽 공동체 대표 데이비드 오언이 세웠다. 벤스-오웬 계획은 보스니아 헤르체고비나 전체를 10개 자치주로 구성된 분권화된 국가로 구상하였다.
1993년 2월 22일에는 유엔 안전 보장 이사회에서 이사회 결의 제808호로 "국제인도법 위반에 책임이 있는 모든 사람들을 기소하기 위한 국제재판소를 수립해야 한다"는 안건이 통과되었다. 5월 15일에서 16일 사이 열린 벤스-오웬 평화안에 대한 국민투표에서 96.79%가 반대로 부결되었다. 일부 세력은 벤스-오웬 평화안이 보스니아 중부에서 보스니아와 크로아티아 사이 분쟁을 격화시킨 원인으로 보고 있다.
1993년 5월 25일 유엔 안전 보장 이사회에서 이사회 결의 제827호가 통과되어 구유고슬라비아 국제형사재판소(ICTY)가 정식으로 설치되었다. 그 이전인 3월 31일에는 유엔 안전 보장 이사회 결의 제816호를 통해 유엔 회원국들에게 보스니아 헤르체고비나 상공을 비행금지구역으로 지정할 것을 촉구하였다. 1993년 4월 12일 나토는 디나이 플라이트 작전을 통해 비행금지구역 유지 작전을 시행하였다.
1993년 보스니아 전장은 크로아티아-보스니아 전쟁으로 뒤덮였다. 1993년 1월 초 보스니아 공화국군과 크로아티아 국방위원회는 고르니바쿠프에서 충돌하였다. 며칠 간의 전투 후 유엔보호군(UNPROFOR)의 중재로 임시 휴전이 이루어졌다. 1월 하순에는 양 측의 군사 충돌이 고르니바쿠프에서 부소바차 지역으로 확대되었다. 부초바차는 라슈바 계곡으로 향하는 통신선이 한데 모이는 중요한 장소였다. 1월 26일에는 보스니아 공화국군이 부소바차-키셀랴크 도로 중간에 있는 카추니와 빌랄로바츠 등 여러 마을을 점령하며 키셀랴크와 부소바차 사이를 단절시켰다. 키셀랴크 지역에서는 보스니아 공화국군이 키셀랴크 동북쪽 마을을 장악하긴 하였으나 키셀랴크 중심지와 대부분의 주변마을은 크로아티아 국방위원회가 장악하고 있었다. 1월 26일에는 부소바차 북쪽의 두시나 마을에서 보스니아 공화국군이 세르브계 포로 6명을 살해하는 일이 발생했다. 부소바차 전투에서도 보스니아인 민간인 다수가 사망하였다.
1월 30일에는 보스니아 공화국군과 크로아티아 국방위원회 양 측 지도부가 비테즈에서 유엔보호군 및 기타 대외 옵서버들과 만나 보스니아 중부 지역 전체의 휴전 협정에 서명하였고 이 다음날부터 효력이 발생하였다. 상황이 여전히 긴박했기 때문에 보스니아 공화국군의 제3군단 군단장 엔베르 하지하사노비치와 크로아티아 국방위원회 중부보스니아 작전지대 지도자 티호미르 블라슈키치가 2월 13일 만나 보스니아 공화국군-크로아티아 국방위원회 합동위원회를 조직하여 현 사태에 대한 해결을 위한 회의를 가졌다. 1월 체결된 중부 보스니아의 휴전은 수많은 여러 소규모 무력 충돌이 발생했지만 2달 후인 4월 첫 주까지 지속되었다. 크로아티아 측은 분쟁이 확대된 이유를 보스니아의 이슬람화 정책이 증가했기 때문이라고 주장했고, 보스니아 측은 크로아티아의 분리주의 때문이라고 주장했다.
중부 보스니아.
4월 초 중부 보스니아에서 보슈냐크인과 크로아트인 민간인과 군인 사이에서 폭행, 살인, 무력충돌 등 일련의 소규모 분쟁 사건이 다수 발생하기 시작했다. 이 중 가장 심각한 사건으로는 노비트라브니크 외곽에서 크로아티아 국방위원회 인원 4명이, 국방위원회 사령관 지브코 토티치가 제니차 인근에서 무자헤딘에게 납치된 사건이다. 보스니아 공화국군 측은 이 사건에 대해 일절 관련이 없다고 주장하였고, 사건 조사를 위해 보스니아 공화국군-크로아티아 국방위원회 합동위원회가 설치되었다. 이후 납치되었던 국방위원회 측 인물들은 5월 경 크로아티아 국방위원회 측이 잡아두고 있던 포로와 교환하였다. 4월에 발생한 사건들은 4월 15일 비테즈, 부소바차, 키셀랴크, 제니차 지역의 무력 충돌로 확대되었다. 제니차 지역에서는 수적으로 열세였던 크로아티아 국방위원회 측이 빠르게 패퇴하였고, 제니차 지역의 크로아트인도 대규모로 살던 집을 떠나 집단 이주하였다.
부소바차 지역에서는 보스니아 공화국군이 세력을 잘 갖춰 크로아티아 국방위원회에게 큰 피해를 입혔지만 크로아티아 국방위원회 측이 부소바차 마을과 부소바차-비테즈를 잇는 카오니크 교차로를 점령하는 데 성공했다. 보스니아 공화국군 측은 키셀랴크 포위망을 몇 개의 작은 부분으로 나누고 포이니차 마을을 키셀랴크로부터 고립시키러 시도했으나 실패하였다. 이 과정에서 수많은 보스니아 민간인들이 구금되거나 키셀랴크에서 강제 추방당했다.
비테즈 지역에서는 블라슈키치가 제한된 병력을 동원하여 보스니아 공화국군에 대한 공격을 감행해 공화국군이 트라브니크-부소바차 간 도로 연결을 끊어버리고 비테즈에 있는 SPS 폭발물 공장 점거 시도를 막아냈다. 4월 16일에는 크로아티아 국방위원회가 비테즈 동쪽에 있는 아흐미치 마을 공격을 시작하였다. 공격부대가 보스니아 공화국군의 방어선을 붕괴시키고 마을에 진입하자 크로아티아 국방위원회 민병대가 집집마다 돌아다니면서 집을 불태우고 민간인을 살해하였다. 크로아트계 군사가 아흐마치 마을에 도착하자 이들은 크로아트인은 내버려두고서 제때 도망가지 못한 마을 내의 보슈냐크인들을 학살했다. 아흐미치 학살에서 총 117명에서 120명에 달하는 보슈냐크 민간인이 학살당했다. 이 학살은 밥 슈트어트가 지휘하는 영국 육군 체셔 연대 제1대대 유엔 평화유지군이 발견하였다. 전후 보스니아 정부는 학살 희생자 116명을 기리는 추모비를 건설하였다. 기타 지역에서도 크로아티아 국방위원회가 비테즈 지역의 스타리비테즈 구역에 있는 보스니아 공화국군 병력을 차단하고 공화국군이 마을 남쪽으로 진격하는 것을 막아냈다. 4월 24일 무자헤딘은 트라브니크 동북쪽에 있는 밀레티치 마을을 공격해 크로아트인 민간인 4명을 살해하였다. 포로로 잡힌 나머지 민간인들은 폴랴니체 수용소로 끌려갔다. 이렇게 군사 충돌이 계속되고 보스니아 공화국군과 크로아티아 국방위원회 양 측이 지원군을 증파했으나 무력 분쟁이 트라브니크와 노비트라브니크로 번지진 않았다. 4월 25일엔 이제트베고비치와 보반이 휴전 협정을 맺었다. 보스니아 공화국군 참모총장 세페르 할릴로비치와 크로아티아 국방위원회 참모총장 밀리보이 페트코비치는 매주마다 만나 현재 진행중인 문제를 해결하고 휴전을 이행하기로 합의하였다. 하지만 전장에서는 휴전 협정이 존중되지 않았고 양 측 부대는 4월 30일까지 부소바차 지역에서 교전하였다.
헤르체고비나.
크로아티아-보스니아 전쟁은 4월 14일 보스니아 공화국군이 크로아티아 국방위원회가 장악하던 마을인 코니츠 외곽지역을 공격하기 시작하면서 중부 보스니아에서 헤르체고비나 북부로도 번지기 시작했다. 크로아티아 국방위원회는 야블라니차 동북쪽 3개 마을을 점령하는 일로 대응하였다. 4월 16일에는 야블라니차 북쪽의 마을인 트루시나에서 크로아트 민간인 15명과 포로 7명이 보스니아 공화국군에게 학살당하는 사건이 일어났다. 코니츠와 야블라니차 전투는 5월까지 이어졌으며 보스니아 공화국군은 두 도시와 인근 마을을 전부 점령하는 데 성공했다.
4월 중순까지 모스타르는 크로아트인이 주로 사는 서부 지역은 크로아티아 국방위원회가, 보슈냐크인이 주로 사는 동부 지역은 보스니아 공화국군이 장악하는 두 편으로 분리되어 통치받는 도시였다. 5월 9일에는 도시 동부와 서부가 각각 포격을 받으면서 모스타르 전투가 시작되었다. 이후 격렬한 시가전이 펼쳐졌고 5월 13일 양 측 지휘관인 밀리보이 페트코비치와 세페르 할릴로비치가 휴전 협정을 맺었으나 이후에도 전투는 계속되었고 5월 21일 되어서야 멈췄다. 크로아티아 국방군은 차플리나 인근의 드레텔와 헬리오드롬에 수용소를 건설하였으며, 보스니아 공화국군은 포토치와 모스타르 동부의 학교에 수용소를 건설하였다. 모스타르 전투는 6월 30일 재개되었다. 보스니아 공화국군이 모스타르 북쪽으로 접근하여 도시 동부를 확보했으나, 크로아티아 국방위원회 측이 보스니아군의 남부를 향한 진격을 격퇴하였다.
6-7월 공세.
6월 첫 주에는 보스니아 공화국군인 트라브니크의 크로아티아 국방위원회 지휘본부와 스릅스카 공화국군에 맞서 전선에 배치된 크로아트계 군사를 공격하였다. 3일간의 시가전 끝에 수적으로 열세였던 크로아티아 국방위원회 측은 패퇴하여 수천명의 크로아트계 민간인과 군인은 자신의 진지가 빼앗기자 세르브계가 장악한 인근 지역으로 집단 피난갔다. 보스니아 공화국군의 공세는 트라브나크 동쪽을 향해 계속 이어졌으며 6월 14일에는 제니차까지 이어지는 도로를 확보하는 데 성공했다. 6월 8일에는 비코시 마을 인근에서 크로아트계 민간인과 포로 24명이 무자헤딘에게 살해당하는 사건이 발생했다.
비슷한 사건이 노비트라브니크에서도 발생했다. 6월 9일에는 보스니아 공화국군이 도니바쿠프의 스릅스카 공화국군과 맞닿아 있는 마을 동부의 크로아티아 국방위원회 군사를 공격하였고, 다음날에는 노비트라브니크로 격렬한 전투가 이어졌다. 6월 15일에는 보스니아 공화국군이 마을 서북부를 장악했으나 크로아티아 국방위원회가 도시 동북부 지역과 시가지를 계속 장악하였다. 전투는 7월까지 이어졌으나 이후에는 전선에 소규모 공방전만이 이어졌다.
카칸 마을에 있던 크로아티아 국방위원회 군사는 6월 중순 들어 수적 열세에 처하기 시작했고 13,000명에서 15,000명에 달하는 크로아트인 난민이 인근의 키셀랴크나 바레시 마을로 피난갔다. 키셀랴크 포위망에서는 크로아티아 국방위원회 측이 크레셰보를 향한 공격은 막아냈지만 7월 3일에는 포이니차 마을이 함락되었다. 6월 24일에는 젭체 전투가 시작되었으나 6월 30일 보스니아 공화국군의 패배로 끝났다. 하지만 7월 말에는 보스니아 공화국군이 부고이노 마을을 점령하였고 15,000명 이상의 크로아트인이 난민이 되었다. 전투 이후 마을의 축구 경기장에 세워진 포로수용소에 크로아트인 800명이 수용되었다.
9월 초에는 보스니아 공화국군이 중부 보스니아와 헤르체고비나에서 약 200 km 길이의 전선에 헤르체그보스니아를 공격하는 네레트바 '93 작전을 시작했다. 이 작전은 1993년 보스니아 전쟁에서 제일 큰 규모의 작전 중 하나이다. 보스니아 공화국군은 야블라니차 서쪽을 장악하고 모스타르 동부로 향하는 도로를 확보하였으나 크로아티아 국방위원회 측은 프로조르 지역을 사수하였고 모스타르 서부 후방의 병력을 보존하였다. 9월 8일에서 9일로 넘어가는 사이 밤에는 보스니아 공화국군이 크로아트인 33명 이상을 살해하는 그라보비차 학살 사건이 일어났다. 9월 14일에는 크로아트 민간인 29명과 군인 포로 1명이 살해당하는 우즈돌 학살 사건이 일어났다.
10월 27일에는 크로아티아 국방위원회가 보슈냐크인 민간인 27명을 살해하는 스투프니도 학살 사건이 발생했다. 본 학살 이후 11월 초에는 '보복'으로 보스니아 공화국군이 크로아티아 국방위원회 측이 포위된 지역인 바레시 지역을 공격하기 시작했다. 11월 3일에는 크로아트 민간인과 군인이 바레시 마을을 포기하고 키셸랴크로 후퇴하였다. 보스니아 공화국군은 다음 날 바레시 마을을 점령하였다.
1993년 5-6월 유엔안전구역 확대.
민간인을 보호하기 위해 1993년 5월 이후 유엔보호군(UNPROFOR)의 역할이 확대되어 유엔 안전 보장 이사회가 사라예보, 스레브레니차, 투즐라, 제파, 고라주데 및 인근 지대를 "유엔 안전구역"으로 지정하자는 결의안인 유엔 안전 보장 이사회 결의 제824호가 1993년 5월 6일 통과되었다. 1993년 6월 4일에는 유엔 안전 보장 이사회가 유엔보호군의 안전지대 보호를 위한 무력사용을 승인하는 결의 제836호가 통과되었다. 1993년 6월 15일에는 나토와 서유럽 연합이 아드리아해를 봉쇄하는 작전인 샤프 가드 작전이 시작되었으며, 1996년 6월 18일 유엔의 유고슬라비아 지역 무기 금수조치가 종료될 때까지 진행되었다.
크로아티아 국방위원회와 보스니아 공화국군은 비하치 포위망, 보스니아 포사비나, 테샨 지역을 포함한 보스니아 헤르체고비나 일부 지역에서 스릅스카 공화국군과도 함께 대항하며 3파전이 벌어졌다. 사라예보에서는 보스니아 공화국군과 함께 1,500명의 크로아티아 국방위원회 여단이 약간의 반감에도 서도 동맹을 맺고 스릅스카 공화국군에 대항해 싸웠다. 크로아트계와 보슈냐크계의 동맹이 붕괴된 지역에서는 스릅스카 공화국군이 크로아티아 국방위원회 혹은 보스니아 공화국군 양 측과 협력하면서 지역 세력 균형 정책을 추구했고 약한 쪽과 동맹을 맺었다.
세르브계가 장악한 영토에서 보슈냐크인의 강제 추방 및 학살이 지속적으로 발생하였으며, 이 때문에 발생한 난민 위기는 점점 고조되었다. 매달 수천 명의 사람들이 종교적인 이유로 위협받으며 살던 곳을 떠나 보스니아 외부로 쫓겨났다. 그 결과 크로아티아에서만 50만명의 난민이 유입되며 긴장 상황이 발생해 1994년 중반 크로아티아 정부는 보스니아 북부를 탈출하는 462명의 보스니아 난민 집단의 입국을 금지시켰으며, 유엔보호군은 급하게 난민을 위한 임시 피난처를 마련해야 했다. 1994년 3월 30일에서 4월 23일 사이 세르비아군은 고라주데 완전 점령을 목표로 마을을 향한 대규모 공세를 펼치기 시작했다. 하지만 4월 9일 당시 유엔 사무총장이었던 부트로스 부트로스갈리가 안보리 결의 제836호를 언급하며 자위권을 행사해 고라주데를 공격하는 세르비아군을 공습할 것이라고 위협했다. 그 후 이틀간 나토 항공기가 세르비아군의 전차와 전초기지에 대한 공습을 감행했다. 하지만 이 공습은 압도적인 숫적 우세를 지닌 세르브계 보스니아군을 막는데 거의 도움이 되지 못했다. 세르비아군은 고라주데에서 150명의 유엔보호군을 인질로 잡고 포위했다. 고라주데가 외국의 개입 없이는 함락될 것을 인식한 나토는 세르비아에게 최후통첩을 보냈고, 세르비아는 이에 따를 수 밖에 없었다. 최후통첩에 따라 세르비아군은 1994년 4월 23일까지 모든 민병대를 마을로부터 3 km 떨어진 지점까지 후퇴해야 했고, 4월 26일까지 모든 포병과 장갑차는 마을에서 20 km 떨어진 지점까지 후퇴해야 했다. 스릅스카 공화국은 본 최후 통첩을 따랐다.
마르칼레 학살.
1994년 2월 5일, 사라예보에서는 포위전 중 가장 사망자가 많은 단일 공격인 제1차 마르칼레 학살이 발생했다. 붐비는 사라예보 시내의 마르칼레 시장 중앙에 세르브인 민병대가 발사한 한 발의 120 mm 박격포탄이 떨어져 68명이 사망하고 144명이 부상을 입었다. 2월 6일 당시 유엔 사무총장인 부트로스 부트로스갈리는 나토에게 향후 공습 요청을 내보낼 시 즉시 공습 작전을 실행해 달라고 요청하였다.
1994년 2월 9일, 나토는 남유럽 연합군 사령관이자 미국 해군 제독인 제러미 마이클 부어다의 요청으로 민간인 표적 공격을 감행했다고 유엔보호군이 판단한 사라예보 혹은 인근 지역의 대포 및 박격포 진지를 공습하는 작전을 승인, 시행하였다. 나토 회원국 중 그리스만이 공습 시행을 지지하진 않았지만, 작전 시행에 거부권을 행사하진 않았다.
나토는 세르브계 보스니아에게 2월 20일에서 21일 안에 사라예보 인근에 배치된 중무기를 전부 철수할 것을 요구하는 최후통첩을 보냈다. 2월 12일에는 사라예보에서 1992년 4월 이후 처음으로 사상자가 발생하지 않았다. 1994년 2월 17일에는 세르브계 보스니아가 사라예보 인근 지역에 배치된 중무기를 전면적으로 철수하는 작전을 시작하였다.
워싱턴 협정.
크로아티아-보스니아 전쟁은 1994년 2월 23일 자그레브에서 크로아티아 국방위원회 참모총장 안테 로소와 보스니아 공화국군 참모총장인 라심 델리치가 휴전 협정에 서명하면서 종전하였다. 휴전 협정은 2월 25일 발효되었다. 미국이 중재한 워싱턴 협정으로 알려진 평화 협정으로 3월 2일에는 보스니아 헤르체고비나 공화국, 크로아티아, 헤르체그보스니아 크로아티아인 공화국 3국 대표가 모여 휴전에 합의하였다. 이 휴전 협정은 1994년 3월 18일 미국 워싱턴 D.C.에서 서명이 이루어졌다. 휴전 협정에 따라 크로아티아 국방위원회와 보스니아 공화국군이 장악한 영토는 보스니아 헤르체고비나 연방 내의 자치주로 분할되었다. 투지만과 이제트베고비치는 크로아티아와 보스니아 헤르체고비나 연방 간 연합에 대한 예비협정에 서명하였다. 연합 예비협정으로 크로아티아와 보스니아 간 동맹은 다시 이루어졌지만 분열 과정에서 발생한 모든 문제들이 해결된 건 아니였다.
워싱턴 협정 이후 크로아티아 국방위원회와 보스니아 공화국군이 합동으로 조율한 첫 군사 작전은 제2차 쿠프레스 전투로 1994년 11월 3일에는 스릅스카 공화국군이 장악하던 쿠프레스를 재탈환하였다. 11월 29일에는 크로아티아 국방위원회와 크로아티아군이 보스니아 서남부를 향한 겨울 '94 작전을 시작하였다. 한달간 이루어진 전투 끝에 크로아트계 군사는 스릅스카 공화국이 장악했던 약 200 km² 넓이의 영토를 장악하고 스릅스카 공화국과 세르비아 크라이나 공화국의 수도인 크닌을 잇는 주요 도로를 위협하였다. 비하치 포위망에 가해지는 압력을 줄인다는 1차 목표를 달성하진 못했지만, 보스니아 공화국군은 비하치 포위망을 공격하는 스릅스카 공화국군의 공세를 격퇴하는 데 성공했다.
유엔보호군과 나토.
1994년 2월 28일 나토는 보스니아 중부 상공에서 세르비아 항공기 4기를 유엔 비행금지구역 위반 혐의로 전부 격추하였다. 3월 12일에는 유엔 보호군(UNPROFOR)이 나토의 공중 지원을 요청하였으나 승인 절차와 관련된 여러 지연 때문에 근접항공지원이 배치되지 않았다. 3월 20일에는 의료품과 의사를 태운 항공기가 1993년 5월부터 포위되어 미국 공군 항공기가 투하한 식량 공급으로 살아가고 있는 인구 10만명의 도시인 마글라이에 도착했다. 3월 23일에는 2차 호송대가 납치되어 약탈당했다.
1994년 4월 10일에서 11일 사이에는 유엔 보호군은 고라주데 유엔 안전지대를 보호하기 위해 공습을 요청하였고 미 F-16 전투기 2기가 고라주데 인근의 세르비아군 지휘부 전초기지를 폭격하였다. 이는 나토 역사상 처음으로 강행한 공습 작전이다. 이에 대한 보복으로 세르비아는 4월 14일 유엔 직원 150명을 인질로 잡았다. 4월 15일에는 고라주데 인근 보스니아군 방어선이 붕괴되었고, 4월 16일에는 영국군의 시 해리어 1기가 고라주데 상공에서 세르비아군에게 격추당했다.
1994년 4월 29일에는 투즐라에 있는 유엔 보호군 북유럽 대대의 일부로 파견된 보스니아 평화임무 수행 중인 덴마크 대표단(노르트바트 2)가 칼레시야 마을 인근에서 세르브계 보스니아인이 거주 중인 셰코비치 여단의 강력한 포격을 받고 있던 스웨덴 감시초소(탱고 2)를 구출하던 도중 매복에 당했다. 매복 작전은 유엔군이 뵐레방크 작전으로 알려진 대규모 포격 작전으로 보복하면서 전부 흩어졌다.
5월 12일에는 미국 상원에서 밥 돌이 발의한 보스니아에 대한 무기 금수 조치를 일방적으로 해제하자는 법안인 S.2042 법안을 통과하였으나 당시 미국의 대통령 빌 클린턴은 거부권을 행사했다. 10월 5일에는 미국 대통령이 공법 L. 103-337에 서명하여 세르브계 보스니아인이 10월 15일까지 연락집단의 제안을 받아들이지 않는다면 대통령은 무기 금수 조치를 종료시키기 위해 유엔 안전 보장 이사회 결의안을 즉시 제안해야 하며 11월 15일까지 결의안이 통과되지 않을 경우 안보리 결의안 제713호에 따라 모든 유엔 회원국이 요구하는 자금만으로 금수 조치를 시행할 수 있으므로 미국이 금수 조치에 필요한 자금 지원을 거부해 사실상 금수 조치를 종료시키기로 결정하였다. 11월 12일에서 13일 사이 미국은 보스니아 정부에 대한 무기 금수 조치를 일방적으로 해제하였다.
8월 5일에는 유엔 보호군의 요청으로 나토 항공기가 사라예보 인근의 무기고에서 세르브계 보스니아인이 무기를 입수했다는 첩보를 바탕으로 사라예보 안전지대 내의 목표물을 공습하였다. 1994년 9월 22일에는 나토가 유엔 보호군의 요청으로 세르브계 보스니아군의 전차 행렬에 공습하였다. 10월 25일에는 보스니아 헤르체고비나의 그라다차츠 인근 감시초소를 복구하는 목표로 덴마크 평화유지군이 지휘하는 유엔 보호군의 임무인 아만다 작전이 시작되었다.
1994년 11월 19일에는 북대서양이사회에서 크로아티아 내 유엔군 보호를 위해 크로아티아 지역의 근접항공지원 임무를 연장하는 안건이 통과되었다.11월 21일에는 보스니아 헤르체고비나의 비하치 지역을 향한 비행장에서의 공격에 대한 보복으로 나토 항공기가 세르비아가 장악한 크로아티아의 우드비나 비행장을 공습하였다. 11월 23일에는 보스니아 헤르체고비나 서북부의 오토카 남부에서 나토 항공기 2기를 향해 지대공 미사일 기지에서 공격해오자 나토가 오토카 지역의 방공 레이더 공습을 시행했다.
1995년 5월 25일, 나토는 중무기를 반환하지 않았다는 이유로 팔레에 있는 스릅스카 공화국군의 진지를 공격하였다. 스릅스카 공화국군은 투즐라를 포함한 유엔 안전구역 내를 포격하였다. 세르비아의 포격 테러로 투즐라에서만 71명이 사망하고 150명이 부상을 입었다. 4월에서 6월 사이엔 크로아티아군이 리프 1, 리프 2 작전으로 두 차례 공세를 펼쳤다 크로아티아의 두 공세로 리브노 계곡 전체를 확보하였고 스릅스카 공화국군이 장악한 보산스코그라호보를 위협하였다.
1995년 7월 11일에는 라트코 믈라디치 장군이 이끄는 스릅스카 공화국군이 보스니아 동부의 유엔 "안전지대"인 스레브레니차를 점령하고 스레브레니차 내 남성 8,000명 이상을 학살, 여성과 어린이는 보스니아가 장악한 영토로 강제 추방한 스레브레니차 집단학살 사건이 발생하였다. 당시 스레브레니차 내에 주둔하던 유엔 보호군인 네덜란드 평화유지군인 400명 가량의 더치배트는 스릅스카 공화국군의 마을 점령과 뒤따른 대학살을 막지 못했다. 구유고슬라비아 국제형사재판소(ICTY)는 크르스티치 재판에서 스레브레니차에서 일어난 행위가 집단학살이라고 판결했다. 1995년 7월 25일엔 세르비아는 유엔이 지정한 동부 보스니아의 또 다른 안전지대인 제파를 점령하기 위한 "스툽차니차 '95 작전"을 시작했다. 제파도 7월 25일 함락되었으며 뒤이은 학살로 보슈냐크인 116명이 사망했다.
7월 22일 투지만과 이제트베고비치 대통령 간에 체결된 스플리트 협정에 따라 크로아티아군과 크로아티아 국방위원회는 보스니아 서부에서 합동 군사 공세 작전인 여름 '95 작전을 시작하였다. 크로아트계 군사는 글라모치와 보산스코그라호보를 장악하고 크닌과 스릅스카 공화국 사이를 완전히 갈라놓았다. 8월 4일에는 크로아티아군이 스톰 작전을 시작하여 작전 며칠만에 세르비아 크라이나 공화국이 완전히 붕괴되었다. 이로써 보슈냐크계-크로아트계 동맹이 전쟁의 주도권을 쥐었고 9월에서 10월 사이에 스릅스카 공화국이 가지고 있던 보스니아 서부 지역 대부분을 빼앗는 데 성공했다. 1995년 9월 18일에는 노비그라드에서 크로아티아군이 우나 작전을 개시하여 우나강을 도하해 보스니아 내로 입성하기 시작했다. 2006년 크로아티아 정부는 우나 작전 기간 자행된 전쟁 범죄 혐의, 특히 보산스카두비차 지역에서 제2근위여단 제1대대가 민간인 40명의 살해한 혐의에 대해서 조사하기도 하였다.
크로아티아군과 크로아티아 국방위원회는 9월 8일부터 15일까지 미스트랄 2 작전으로 스릅스카 공화국이 점령하던 보스니아 중부의 야이체, 시포보, 드르바르 등의 마을을 점령하고 2,500 km²에 달하는 영토를 탈환하였다. 이와 동시에 보스니아 공화국군은 보스니아 서북부에서 사나 작전을 시작해 보산스카크루파, 보산스키페트로바츠, 클류치, 산스키모스트 등 여러 도시를 점령하고 스릅스카 공화국을 북쪽으로 밀어냈다. 9월 23일에서 24일에는 스릅스카 공화국이 보스니아 서부의 보스니아 공화국군을 향한 반격 작전을 시작하였다. 작전 2주만에 스릅스카 공화국군이 클류치 인근까지 진격하였다. 보스니아는 크로아티아에게 군사 지원을 요청하였고, 10월 8일 안테 고토비나 장군이 지휘하는 크로아티아군을 중심으로 크로아트계 군사의 남향이동 작전이 시작되었다. 이 공세로 스릅스카 공화국은 므르코니치그라드를 잃고 크로아티아 국방위원회 부대가 바냐루카 남쪽 25 km 지점까지 도달하였다.
8월 28일에는 스릅스카 공화국군이 사라예보의 마르칼레 시장을 박격포로 공격하여 43명이 사망하는 제2차 마르칼레 학살이 발생했다. 제2차 마르칼레 학살에 대응하여 나토 사무총장 윌리 클라에스는 세르브계 보스니아군 진지에 대한 광범위한 공습 작전인 딜리버레이트 포스 작전 개시를 발표했으며 유엔 보호군도 긴급대응군의 포격으로 공습 작전을 지원하였다. 1995년 9월 14일에는 나토의 공습 작전이 사라예보 인근의 중화기 철수 협정을 이행하기 위해 일시적으로 중단되었다. 12일 후인 9월 26일에는 보스니아 헤르체고비나, 크로아티아, 신유고 연방 3국의 외무장관이 미국 뉴욕에서 모여 평화협정의 기본원칙에 대한 합의가 이루어졌다. 10월 12일에는 60일간의 휴전이 발효되었고, 11월 1일에는 미국 오하이오주 데이턴에서 평화 협상이 시작되었다. 1995년 11월 21일에는 데이턴 협정이 체결되어 보스니아 전쟁이 종전하였으며, 12월 14일 파리에서 평화 협정의 최종안을 서명하였다.
데이턴 협정에 따라 보스니아 헤르체고비나 전역에 나토의 평화이행군(IFOR)이 배치되었다. 8만명 규모의 평화임무 수행 부대인 나토 평화이행군은 보스니아 내 평화유지임무를 시행하고, 인도적, 정치적 원조에 대한 지원을 제공하며 재건 사업을 도우며 피난민이 집에 돌아올 수 있도록 지원하며 무기를 수집하고 지뢰를 제거하며 피해 지역의 불발탄 및 군수품을 수거하는 임무를 맡았다.
분쟁으로 발생한 사상자수를 계산하는 일은 고도로 정치화된 논의로 흘렀으며, 더군다나 다양한 민족의 정치 엘리트들이 설파하는 "피해자에 대한 이야기"로 가득 찬 정치적 향방에 큰 영향을 받았다. 분쟁 기간 총 사상자수는 25,000명에서 크게는 329,000명으로 추산된다. 사상자수 추산이 매우 크게 차이가 나는 이유는 전쟁의 희생자로 간주되는 사람의 범위가 어떤 연구에서는 군사 활동으로 발생한 직접적인 사망자만 계산하고, 다른 연구에서는 기아, 추위, 질병 등 전쟁 상황으로 사망한 모든 사람들을 포함하는 등 연구별로 그 정의가 일관되지 않았기 때문이다. 연구 초기 사상자수가 지나치게 높았던 또 다른 이유로는 많은 희생자들이 군인과 민간인 양 쪽에 중복으로 집계가 되었기 때문인데, 이는 전시 상황에서 양 쪽의 목록이 체계적으로 조정, 조사되지 않아 혼란이 많았기 때문이다. 1994년 유엔의 전쟁 범죄 전문위원회 책임자인 마흐무드 셰리프 바시우니는 총 사망자를 약 20만명이라고 추산했다.
1999년 스티븐 L. 버그 교수와 폴 S. 쇼프는 저서에서 초기에 너무 많이 집계된 사상자수 통계를 아래와 같이 정리했다.
RDC의 추산.
2007년 6월에는 사라예보에 본부를 둔 사라예보 연구 및 문서화 센터(RDC)가 보스니아 전쟁의 사망자에 대한 광범위한 연구를 다룬 "보스니아인 죽음의 서적"(The Bosnian Book of the Dead)을 발간했는데, 이 서적에서는 1992년부터 1995년까지 보스니아 헤르체고비나 내에서 사망하거나 실종된 전체 시민은 97,207명으로 집계되었고 희생자의 이름 명단이 공개되었다. 유엔 전범재판소의 인구통계부 부장인 에와 타보(Ewa Tabeau)는 RDC의 데이터베이스를 "보스니아 전쟁 희생자들에 대한 현존하는 가장 큰 데이터베이스"라고 평가했으며, 보스니아 전쟁 당시 사상자들을 가장 정밀하게 확인한 권위있는 자료로 알려져 있다. 2007년 97,207명의 희생자 명단을 작성하기 위해 24만개 이상의 데이터를 수집, 확인, 비교, 분석하였다.