서울중앙지방검찰청 공안1부장으로 부임한 직후인 2006년 3월 19일 인혁당 재건위 사건 재수사를 맡으면서 "검찰은 국민 전체에 대한 봉사자로서 정치적 중립을 지키고 객관적이고 투명하게 임할 것"이라며 "사건 기록을 수집해 검토한 후 진실규명을 위해 필요한 조치를 다할 계획"이라고 밝혔다. 제4회 전국동시지방선거에서 후보자 공천이 확정된 한나라당 소속 현역 서울 성북구청장 서찬교와 열린우리당 중구청장 경선후보에게 사전구속영장을 청구했지만 법원에서 기각되었다. 2006년 4월 11일에 중국과 북한을 상대로 무역업을 하면서 알게 된 북한 공작원 조모씨에게 포섭돼 13만달러를 받고 국내에서 발간된 주간조선, 북한연감, 연합연감 2001의 부록인 ‘한국인명사전 2001’과 연합뉴스, 신동아 잡지, TV뉴스 등을 사서 중국으로 출국해 북한 공작원에게 전달(간첩 등)하고 한반도 주변의 ‘전자해도’ 등도 구해서 조씨에게 전달하려다 미수애 그친 대만인 정 모(69)씨를 구속했다. 한나라당이 김덕룡·박성범 의원의 '공천헌금' 수수의혹에 대한 수사를 검찰에 정식 의뢰한 사건을 맡아 관련자 출국금지하고 압수수색하여 2006년 6월 5일 성낙합 전 중구청장의 인척 장모(59·여·구속)씨에게서 울 중구청장 후보 공천을 받게 해주는 대가로 650만원 상당의 밍크 털로 장식된 로베르토 카발리 코트 1점, 230만원짜리 샤넬 핸드백 1점,300만원 정도의 루이 13세 코냑 1병 등 1400여만원 상당의 고가품 8종을 건네받은 혐의(배임수재 및 선거법 위반)로 박성범 의원을 불구속 기소하면서 부인 신은경 (아나운서)를 기소유예했다. 2006년 5월 1일에 평양축전 방북단 일원으로 김일성 주석의 생가인 만경대를 방문해 방명록에 "만경대 정신 이어받아 통일위업 이룩하자"는 글을 남기고 각종 언론매체에 "한국전쟁은 북한 지도부가 시도한 통일전쟁"이라는 취지의 글을 게재한 국가보안법 위반으로 불구속 기소된 강정구 동국대 교수에 대해 "피고인은 공소사실에 적시된 글들을 언론매체에 게재해 이념논쟁을 일으켰고 사회적 혼란을 야기한 만큼 죄가 중하다"며 징역 4년을 구형했다. 2006년 6월 15일 지방선거 한나라당 구청장 공천희망자로부터 수차례에 걸쳐 4억3901만원을 받아 자신이 운영하는 병원 금고에 보관한 혐의(선거법 위반)로 구속 기소된 김덕룡 의원의 부인 김모씨에 대해 징역 3년과 몰수 4억1901만원, 추징 2000만원, 김씨에게 돈을 건낸 혐의로 구속 기소된 서울시의원 한모씨에게는 징역3년을 각각 구형했다. 광주시에서 열린 민족통일대축전 행사에서 북한 정권에 대한 충성을 서약하는 문건과 북에 있는 가족에게 보내는 편지 등 A4용지 109장 분량의 문서가 담긴 디스켓 3장을 북측 참가자에게 전달한 범민련 서울시연합 우모(77) 부의장을 국가보안법 위반 혐의로 구속했다 오세훈 서울특별시장 당선자가 2006년 3월2일부터 4월7일까지 정수기 광고에 출연하여 선거일 90일 전부터 후보자 본인이 등장하는 사진과 동영상 광고를 금지하도록 한 선거법 93조 위반에 해당된다며 고발된 것에 대해 "2005년 11월 불출마 선언을 한 점,2016년 2월 23일부터 3월3일 사이에 한나라당 서울시장 경선후보 등록을 하지 않은 점, 4월9일 한나라당 최고위원회의 경선후보 추가등록 결의가 없었으면 사실상 후보등록이 불가능했다는 점 등 서울시장 후보자가 되고자 하는 자에 해당한다고 보기 어렵다"고 하면서 무혐의 처분했다. 열린우리당이 "오세훈과 나경원 의원이 정수기 광고 논란에 대해 '선관위의 유권해석을 받았다'는 취지의 발언을 한 것은 허위사실 공표"라며 추가 고발한 사건에 대해서도 무혐의 처분을 내렸다. 군 헬기 사업과 관련한 군사기밀을 빼낸 혐의(군사기밀보호법 위반)로 예비역 장성 출신 무기중개업체 사장 양 모씨를 구속했다. 5·31 지방선거 기간 중 17대 대통령 선거에서 후보자가 되고자 하는 박근혜가 대통령에 당선되지 못하게 할 목적으로 인터넷 문학사이트 ‘문학의 즐거움’(www.poet.or.kr)에 풍자시를 올려 박 전 대표와 그 직계존속인 박정희 전 대통령을 비방한 인터넷에 게재한 혐의(선거법 위반)로 민족문학작가회의 소속 시인 송명호(54)를 불구속 기소했다. 김제시장 공천을 대가로 현금 4억원이 든 사과상자 2개를 주고받은 혐의(정치자금법 위반)로 구속기소된 최락도 전 민주당 의원과 조재환 민주당 사무총장에 대해 각각 징역 3년에 검찰이 압수한 물품의 몰수를 구형했다 5.31 지방선거를 하루 앞두고 '대전.제주도 한나라당 우세'라는 제목의 기사를 통해 선거와 관련된 정당 지지도 및 당선인 예상이 가능한 한국사회여론연구소의 선거 여론조사 결과를 인용 보도한 오마이뉴스 이모 편집팀장(37)과 김모 기자(46)를 공직선거법 위반 혐의로 불구속 기소했다. 국내에 잡입해 울진 원자력 시설과 용산 미8군부대 등 주요 시설을 촬영하다 노무현 정부에서 처음으로 잡힌 직파간첩인 정경학에 대해 국가보안법 위반으로 징역 20년을 구형했으며 법원은 징역10년 자격정지10년을 선고했다. 경기도 파주시에 있는 보광사로부터 "비전향장기수 6명의 묘지를 단장하겠다"는 제의를 받고, 사망했거나 북한에 송환된 장기수들의 비석과 표지석에 '불굴의 통일애국투사'라는 표현을 새기고 실천불교 전국승가회 사무국장 이모씨와 함께 '불굴의 애국투사 묘역 연화공원'이라는 이름이 새겨진 표지석을 절 입구에 세울 뿐만 아니라 장기수 묘역 200평방미터를 단장한 다음, "우리민족끼리 힘을 합쳐 조국통일의 길로 나가자"는 취지의 제막식을 한 '6·15 남북공동선언 실현과 한반도 평화를 위한 통일연대' 간부 권모씨(59)와 '비전향 장기수 송환추진위원회’ 집행위원장 노모(53)씨 등 2명을 국가보안법 위반 혐의로 불구속 기소했다. 6·15 남북공동선언 이후 최대 간첩 사건으로 규정된 일심회 사건을 맡아 재미교포 장민호(마이클 장) 등 조직원 5명을 기소했으며 한나라당 박성범 의원의 아내인 신은경 전 아나운서가 연루된 명품 공천 청탁 사건 수사를 맡아 큰 성과를 거두었다. 교육위원 선거를 앞두고 유권자들에게 문자메시지를 보내는 등 사전선거운동을 한 서울시교육위원 윤모씨(63)를 지방교육자치에 관한 법률 위반 혐의로 불구속 입건했다. 2007년 1월 30일 '인혁당 사건 재심 판결에 대한 항소 여부에 대한 검찰의 입장'이란 자료에서 "사형 선고의 근거였던 반국가단체 구성 부분 등에 대해 항소를 하더라도 무죄판결이 번복될 가능성이 희박하다고 판단돼 항소하지 않기로 결정했다"고 밝혔다. 이명박 전 서울특별시장의 전직 비서관 김유찬이 한나라당 의원 등을 명예훼손 혐의로 고소한 사건을 수사했다.