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서울중앙지방검찰청에서는 김하영과 이환주등 국정원 관련자가 활동한 것이 확인된 오늘의유머, 뽐뿌, 보배드림 이외에 네이버, 다음, 네이트 등 포털, 그리고 다른 사이트에 대해 수사했다. 앞선 사이트를 포함하여 일베저장소, 디시인사이드 등 총 8~10개 사이트에 대하여 압수수색을 5월 초 실시하였고, 수사 대상을 15개 사이트로 확대하였다. 엠엘비파크, 클리앙, 웃긴대학에서의 활동이 추가로 확인되었다.
오늘의유머.
국정원 직원 김하영 등이 주로 활동한 것으로 포착된 인터넷 사이트는 오늘의유머이다. 4월 30일 민주사회를 위한 변호사모임은 국가정보원 직원과 관련자의 여론조작에 대해 피해사이트를 대리하여 업무방해죄로 고발하였다. 민변은 국가정보원 의심 아이디가 오늘의유머에 대한 활동을 분석한 결과 73개의 아이디에서 총 1485번 반대를 눌렀고 새누리당과 박근혜를 비판하는 글에 대한 반대, 문재인 지지글에 대한 반대의 형태로 1100건의 반대 표시가 있었고 이밖에 이명박을 비판하는 글에 대한 반대가 있었던 사실을 공개했다. 또 390개의 게시글을 올렸는데 박근혜를 옹호하고 문재인을 비방하는 글이 다수 공개되었다 북한에 대한 내용에 반대한 것은 3건에 불과했으며 3건 모두 북한을 옹호하는 글은 아니었다. 한편 추천은
5월 6일 국가정보원 직원 김하영을 도운 혐의를 받고 있는 일반인 보조요원 이정복은 일간베스트저장소의 글을 '오늘의 유머'에 지속적으로 퍼나르는 활동을 했으며 국가정보원 직원 김하영은 직접 아이디까지 건네며 이정복을 지원했던 것으로 파악됐다. 둘의 관계를 잘 아는 지인은 JTBC와의 통화에서 "일반인 이씨가 오늘의 유머 활동을 차단당하자 국가정보원 직원이 아이디 5개를 건넸다"고 말했다.
민주사회를 위한 변호사 모임이 공개한 자료에 따르면 이들 계정의 찬성·반대 활동은 평일 근무시간에 주로 이루어졌고 대선 한 달 전인 11월부터 왕성하게 활동하였다. 특히 토요일, 일요일, 추석연휴에는 활동을 중단했다. 특히 정치 사회에 대한 글을 밀어내기 목적으로 연예,요리 게시판의 글을 추천했다. 평소에는 유머·요리 분야에 전혀 관심을 보이지 않았으나 선거 시기가 다가올때 연예, 요리 게시판의 글을 추천했다.
뽐뿌, 보배드림.
2013년 2월 4일 김하영이 두 사이트에서 활동한 사실이 공개되었다. 이 사이트는 실명인증이 필요하여 두 개의 아이디를 만들 수 없는데 각 사이트에서 두 개의 아이디를 사용했으며 하나는 자신의 것으로, 하나는 타인의 것을 사용했다. 국가정보원은 김하영이 일반인에게 동의를 받고 제공받은 것이라고 해명하였다.
2013년 3월, 원세훈의 지시 내용을 오타까지 그대로 따라 올린 트위터 계정 65개가 발견되었다. 이들 계정은 민주통합당이 김하영의 오피스텔을 급습한 2012년 12월 11일 이후 활동이 중단된 상태였다.
4월 19일 뉴스타파는 국가정보원장의 지시내용을 퍼트리는 등 국가정보원으로 의심되는 트위터 계정 640개를 분석하여 10개의 그룹으로 특징지어지며 역할을 분담하는등 조직적인 구조를 띄고 있다는 사실을 공개했다. 뉴스타파는 10개의 그룹 이 각각 특정 이용자의 트윗내용을 주로 리트윗하는 활동을 했다고 보도했는데, 이들 계정의 하나인 nudlenudle은 십알단으로 새누리당을 위해 트위터에서 활동한 윤정훈 목사가 올린 사진을 다시 올리기도 했다.
이들 계정이 삭제되어 글이 지워져 있지만, 5월 9일 YTN의 보도에서 트위터의 내용을 수집하여 빅 데이터 처리하는 업체에 글이 남아있는 것으로 확인되었다. 한편, 대한민국내 포털에 있는 똑같은 아이디가 남아있어서 이를 통해 실체를 규명할 수 있다고 한다.
이에 따라 검찰은 트위터 등 SNS 계정에 대한 수사를 개시하였다. 한편 뉴스타파는 트위터 아이디와 포털 아이가 일치하는 아이디를 바탕으로 국정원 의심 트위터의 정체를 분석하여 공개했다.
2013년 5월 17일 뉴스타파는 이 중 nudlenudle을 국정원 직원으로 확인하여 보도했다. 국가정보원이 트위터에 여론 조작을 한 사실은 2013년 6월 7일 채널A보도에서 확인되었다. 자동으로 리트윗하는 프로그램을 제공하였다. 국가정보원에서 트윗 글을 올리는 방식으로 정치적 여론 조작행위를 한 사실도 확인되었다. 국정원 본부에서 올린 트윗이 확인된 것만 60개에 이른다. 이들 계정이 올린 특정 대선후보 지지·비방글은 320개가 확인되었다. 이들 아이디중에는 뉴스타파가 확인한 nudlenudle이 포함되었다.
일베저장소.
일간베스트저장소의 일부 게시판에 2012년 12월 1일부터 12월 14일 사이에 올라온 글의 내용이 갑자기 모두 일제히 사라지는 일이 있었다. 사라진 시기가 국가정보원 직원의 대선 여론조작 사건과 새누리당 불법 선거운동사무소가 적발된 시기와 겹쳐, 누리꾼들은 국가정보원 직원처럼 일베저장소 이용자들도 댓글로 불법 선거운동을 했을 가능성을 제기했다. 이에 대해서 신원이 전혀 드러나지 않은 일간베스트저장소 운영자는 “기술적인 요인에 의해 발생한 부분이다. 누리꾼들의 의혹 제기는 전혀 사실이 아니다”라고 말했지만. 어떤 기술적인 문제인지 묻는 질문에는 “외부에 해명할 필요가 없다”답했다. 전문가들은 통상적인 오류가 아니라고 입을 모았다.
기타 포털 사이트.
포털사이트는 뉴스에 대한 댓글, 다음 아고라나 네이트 판 등의 토론 방등을 제공한다. 2013년 5월 초 뉴스 리플을 중심으로 압수수색을 벌였다. 2013년 5월 23일에는 글을 올리고 추천 조작을 한 33개가 추가로 드러났다. 원세훈 지시사항, 박원순 서울특별시장 제압, 반값 등록금 운동 차단에 대한 지시사항을 그대로 따르고 있었다. 국가정보원이 네이버 댓글에서 정치 활동을 한 사실도 6월 14일 수사 발표를 통해 확인되었다. 대선후보 토론회에 대해 특정 후보를 비방하고 국정원 직원과 민주당, 경찰의 대치 과정에서 민주당을 비판하는 방식으로 개입하였다.
박원순은 시민운동가 시절 국정원의 불법 사찰에 대해 문제를 제기하여 국가정보원으로부터 손해배상 소송을 받았다가 승소한 적이 있다. 2013년 5월 15일 진선미의원은 국가정보원에서 보낸 박원순 서울특별시장이 좌편향적이며 야당의 지지를 확산시킨다며 국정원 국익전략실장에게 SNS에서, 박원순의 정치적 영향력을 차단하고 박원순의 정책에 대한 불만을 홍보하라는 문건을 공개하였다. 특히 박원순을 제압하라는 등의 문구가 있었다. 검찰은 고소고발이 이뤄지면 수사하겠다고 입장을 밝혔으며, 민주당이 고소고발 입장을 밝혀 이에 대해서도 검찰 수사가 이뤄지게 되었다. 참여연대또한 5월 28일 원세훈을 추가 고발했다.
박원순은 이 문건이 공개된 이후 인터뷰에서 실제로 정책에 대한 방해 운동을 느낀 적이 있다고 밝혔다. 서울특별시는 국가정보원에 대응하고 신속한 수사를 요청하기 위해 문건의 내용에 따라 박원순에 반대하는 여론 조성 활동이 어떻게 이루어졌는지에 대한 보고서를 작성했다. 보고서에 따르면 보수단체의 활동과 보수적 언론의 보도에 영향을 미치고, SNS에서 박원순에 부정적인 보도를 조직적으로 노출시키는 방향으로 국가정보원이 활동을 벌인 것으로 추정되었다.
반값등록금 운동 관련.
2013년 5월 19일에는 국가정보원 간부가 작성한 것으로 추정되는 반값등록금 운동에 반대하는 문건이 공개되었다. 특히 반값등록금에 찬성한다고 좌파이며, 해외 유학을 보냈다고 등록금 인하를 요구하는 것이 위선이라 하여 정치인들을 비방했다.
사건 관련 인물.
원세훈은 2009년 2월 제30대 국정원장으로 임명되어 2013년까지 근무하였다. 국정원장 취임 초기부터 이른바 지시 사항을 국정원 조직내에 하달해왔고, 여기에는 대통령 선거 당시 “종북세력들이 사이버 공간에서 선전·선동... 좌시해서는 안됨”이라는 지시사항도 포함되어 있었다. 야권과 시민단체 등은 '국가정보원법의 규정'에 의해 국가정보원 업무상에 있어서 정치적 중립을 지켜야 함에도 불구하고 이를 지키지 않고 지시 내용 중에 다른 사람에 대한 편향적이자 비방적인 내용을 지시하고 이를 따르게 한 점에 대해서 원세훈을 고발하였고, 원세훈에 의해 명예를 훼손당한 피해자도 원세훈을 고소했다. 원세훈은 이 지시 사실이 밝혀진 이후 2013년 3월 21일 밤에 비공개로 퇴임식을 가진 후 국가정보원장직에서 사임했다.
한편 2013년 3월 23일에는 그가 2013년 3월 24일에 인천국제공항에서 미국으로 가는 항공편을 예약했다는 사실이 공개됐다. 원세훈이 출국할 경우 고소·고발 사건은 물론 국정조사까지 차질을 빚게 되는 상황이었다. 이후 대한민국 법무부가 원세훈에 대한 출국 금지 조치를 취하였다는 언론 보도가 나왔다. 2013년 3월 24일, 원세훈에 대한 출국 금지 조치에 대해 공식적으로 확인하지 못한 민주통합당 진선미 국회의원과 기타 시민단체들이 원세훈의 출국을 저지하기 위해 인천국제공항으로 가 원세훈을 기다렸지만, 원세훈은 공항에 나타나지 않았다.
원세훈은 5월 서울중앙지검 조사에서 2차례 소환 조사를 받았다. 그리고 JTBC와의 인터뷰에서 댓글 작업을 지시한 사실도 시인했으나, 여전히 정당한 업무라고 주장하고 있다. 원세훈은 2008년 이명박 정부의 첫 행정안전부 장관으로 임명됐는데 행정안전부 장관 시절 미국산 소고기 수입에 대한 2008년 대한민국의 촛불 시위를 보면서 정권에 반대하는 것이 종북좌파라는 생각을 가지게 되었다고 검찰 조사에서 밝혔다. 이때의 반정부 선전을 보고 국정을 흔드는 행위를 종북세력들이 대한민국에 반대하기 위한 것으로 판단하여 국가정보원이 사이버공간에서 이에 맞서야 한다고 생각했다고 진술했다.
원세훈 지시사항 문건.
원세훈은 2009년 국정원장 부임시부터 한달에 한번 꼴로 확대부서장회의를 통해 국정원의 각 부서장 및 지부장들에게 지시사항을 하달하고, 이를 국정원 내부 인트라넷에 게재한 것으로 알려졌다. 이 문건의 지시사항은 전교조·시민단체·종교단체 등을 감시하고, 정부의 정책현안을 홍보하는 등 국정원의 업무범위를 벗어나거나 중립의무를 위반하는 내용이 다수 포함되어 있다.
원세훈의 지시사항 중에는 또한 이명박이 추진한, 세종특별자치시에 대한 수정안을 옹호하고 반대자를 '종북 세력'이라고 하는 내용이 공개되었다. 2010년에 실제로 자유선진당이 세종특별자치시 수정안에 반대하는 주민들에 대한 국가정보원의 회유·협박 의혹을 제기한 적이 있었다.
원세훈은 국가정보원 직원들에게 원세훈의 취임 후 정부 정책에 반대하는 야당, 시민단체, 노조 등을 모두 '종북 좌파'라고 인식하여 공격하라고 지시하였고 '전(全)부서장회의 지시·강조 말씀'을 통해 22차례 정치 개입을 지시하였다. 이에 따라 무상급식·4대강 사업 반대·제주 해군기지 반대등을 좌파로 규정하였고 선거에 대해서는 2010년 대한민국 제5회 지방 선거부터 개입을 지시하였다. 2012년 2월 "종북좌파들은 북한과 연계해 가지고 어떻게 해든지간에 다시 정권을 잡으려하고"라고 규정하고 2012년 대한민국 제19대 국회의원 선거직후 '통합진보당만도 13명이고 종북좌파들이 한 40여명이 여의도에 진출했다'고 하였다. 국정원 직원들이 올린 글은 정치관련 게시글이 1704건, 선거 관련 게시글이 226건, 이중 공직선거법 처벌이 가능한 대선 관련 글은 73건이었다. 그밖에 전체 5174회에 걸친 찬반 클릭 활동으로 정치와 선거에 개입했는데 신변잡기를 제외한 활동을 기준으로 대선 관련 찬반 클릭 행위가 57.9%, 정치 관련 찬반 클릭은 19.6%였다. 여당에 우호적이고 야당에 비판적인 일정한 경향을 보였으며 신변잡기적 찬반 클릭 활동은 일반인을 가장하기 위한 것으로 분석되었다.
이종명은 2011년 4월 군에서 대북 심리전을 담당한 이력을 통해 국가정보원 제3차장으로 발탁되었다. 당시 심리정보국과 국익정보실은 3차장 관할이었다. 2013년 6월 검찰의 수사발표에 따르면 그는 원세훈의 정치개입 지시를 심리정보국에 하달하는 역할을 맡았다.
검찰은 원세훈이 국가정보원장으로 재직하던 당시 심리정보국장이었던 민병주 전 국장의 연루정황을 포착하고, 민병주를 소환해 조사해 대선 당시 댓글 활동을 벌였다는 진술을 확보했다. 한편 민병주 전 심리정보국장은 2013년 5월 23일 검찰에 재소환되었다.
박원동은 국가정보원 국익전략실장 및 국익전략국장, 국익정보실장을 맡았다. 국가정보원의 그가 장을 맡은 부서에서 쓴 것으로 추정되는 박원순 비방 문건이 발견된뒤 민주당은 국익전략실을 고발했으며 그 부서의 장으로 확인된 이후 다시 고발했다. 민주당 신경민위원은 국정조사에서 그가 김용판과 연락을 취했다고 6월 11일 주장했고 박범계의원은 김용판, 박원동, 권영세전 의원과 3자간에 연락을 취했다는 제보를 받았다고 공개했다.
김용판은 6월 18일 조선일보와의 전화통화에서 자신과 권영세간의 연락설은 부인하며 박원동 국장이 자신에게 전화를 한 사실을 인정했다. 김용판은 대선 중간수사발표 직전인 12월 16일 오후 전화를 받았고 이 내용을 검찰에 진술했다고 밝혔다.
박원동이 최근 출국금지된 사실이 2013년 6월 22일 채널A를 통해 알려졌다. 검찰은 박 전 국장이 정치권 인사들과 폭넓은 관계를 유지하였고 박원동이 정치권의 의중을 전달한 중간 고리 역할을 한 것으로 보고 있다.
통칭 '국정원 여직원'으로 알려진 인물이다. 국가정보원 심리정보국 소속 김하영은 국정원 소속 직원인 상급자의 지시를 받아 지난 3개월 동안 근무하면서 야권 후보의 비방과 여론조작을 일삼아 왔다. 민주당은 이러한 제보를 받고 2012년 12월 11일 저녁 선관위 직원과 관할 경찰을 대동하고 김하영이 거주하고 있는 서울 강남구 역삼동의 성우 스타우스 오피스텔을 찾아갔었고 이 과정이 생중계되면서 국민적 관심을 모으게 되었다.
4월 5일 국가정보원 소속 공무원으로 추정되는 남성 이환주가 경찰에 소환되어 조사를 받았다. 그는 게시물 작성 경위, 피의자들과 공모 여부, 국가정보원 직원 여부의 질문에 대한 진술을 거부했으나 공무원이라는 사실은 시인했다. 경찰은 그를 국가정보원 직원으로 보고있으나 국가정보원은 그에 대한 확인을 거부했다.
그는 인터넷을 등록하는데에 자신이 수시로 사용하는 국가정보원의 공용 전화번호를 입력했다. 경찰은 잠복수사를 통해 그가 국가정보원에 출퇴근한다는 사실을 확인하였다.
일반인 이정복.
일반인 이정복은 2013년 2월 김하영으로부터 아이디를 받아 이명박 정부와 새누리당을 옹호하는 글을 올린 정황이 드러났다. 이정복은 부산 출신의 40대 남성으로 17대 총선에서 한나라당의 선거 운동을 한 적이 있다. 2011년부터 뚜렷한 직업 없이 고시원에 머물렀으며, 그럼에도 월세를 거르지 않았다가 김하영이 이정복에게 5개의 아이디를 건넸다는 진술이 나온 1월 5일 고시원을 떠났다.
김용판은 사건이 알려진 이후 대선 직전 국정원 직원 김하영의 '댓글, 게시글'에 대한 여론 조작 의혹 수사당시 서울지방경찰청장이었다. 그가 수사에 부당한 압력을 가하였다는 주장이 경찰 내부에 의해 제기된 이후 검찰의 수사를 받고 있다. 김용판은 5월 21일 조사에서 축소수사지시를 시인했고, 5월 22일 직권남용 혐의로 입건되었다. 축소 수사의 실체가 확인된 이후 민주당은 그를 공직선거법 위반으로 고발했다.
김병찬 수사2계장.
심리정보국은 2011년 말 3차장 산하의 대북심리전단으로 출발해 심리정보국으로 확대 개편되었다. 산하에 안보 1·2·3팀 등 4개 팀을 두고 70여명의 인력이 활동해 왔다.
심리전단은 단장 아래 4개의 팀, 그리고 각 팀 밑에 4개의 파트가 있다. 1팀은 기획 담당이고 2팀, 3팀, 5팀은 댓글달기 활동을 했다. 2,3,5팀에는 각각 1,2,3,5파트가 있다. 2팀은 대형 포털 사이트, 3팀은 중소 커뮤니티, 5팀은 트위터에서 활동했다. 김하영은 3팀 5파트에서 활동하였다. 검찰은 여건상 모든 파트를 수사하지 못하고 김하영이 포함된 한 파트를 중심으로 수사를 하여 정치 관여 댓글을 찾은 것이었다.
18대 대통령 선거 이후, 국가정보원의 선거개입에 대한 경찰 조사가 본격화되자, 국가정보원은 심리정보국을 폐지하고 간부들을 대기발령 시켰다고 발표했다. 정상적인 대북심리전은 다른 부서에서 맡고 있다.
국가정보원은 보조요원에게 매달 300만원을 지급하며 VPN과 다수의 차명 아이피를 지원해 댓글을 달 수 있게 했다. 트위터를 이용하는 보조요원에게는 동시에 수십건씩 리트윗할 수 있는 프로그램을 지원해 이용하게 했다. 보조요원은 여당 선거운동원 출신등 비밀유지가 가능한 사람으로 고용했다.
18대 대통령 선거 당시, 국가정보원의 선거개입이 드러나기 시작할 무렵, 경찰청은 수사에 부당하게 개입하였다. 당시 경찰은 하드디스크 분석 당시 김하영이 사용한 아이디와 닉네임, 비밀번호가 포함된 파일과 김하영이 주로 활동한 사이트인 오늘의유머의 운영 방식에 대한 메모를 발견하였다. 그 파일에는 김하영이 활동한 '뽐뿌', '보배드림', 'SLR클럽' 등 인터넷 커뮤니티 사이트 이름과 가담자 이정복의 인적사항, 이정복의 명의로 개설된 ID와 닉네임 등도 나와있었다. 서울경찰청은 이를 분석하여 메모장에 저장되어 있는 30여개 ID·닉네임을 게시글 작성과 찬·반 클릭에 사용한 것을 확인하였으며 아이디 10개를 추가로 찾기도 했다. 김하영이 오늘의유머에 게시한 '저는 이번에 바근혜를 찍습니다'등의 정치적인 게시글을 htm,html 파일 조각의 형태로 발견하였었다. 분석관들은 분석 결과를 100여페이지의 보고서로 작성해 서울경찰청 지휘부에 보고했다. 김용판 서울지방경찰청장은 그러나 증거가 발견될 때마다 서울수서경찰서에 실시간으로 알려줘야 함에도 불구하고 분석관에게 정보를 수서서에 보내지 말라는 지침을 내렸다.
또 분석이 진행 중인 12월 15일, 증거를 분석하여 대통령 후보에 대한 지지글, 반대글을 찾지 못했다는 발표자료를 작성하였다. 또 이후 수서서에 분석 결과를 보내는 것을 미루다가 선거 전날 오후에야 ID와 닉네임 등을 누락시켰고 서울경찰청 분석팀이 출력한 100여페이지 상당의 분석자료는 모두 폐기하였다. 특히 분석팀에게 '국정원의 개입 의혹을 해소해주는 발표 방안을 강구하라'고 지시하였다.
조사·수사 활동.
2013년 3월 18일, 민주통합당 진선미 국회의원은 국가정보원이 원장 원세훈의 지시에 따라 소속 공무원들에게 국정 홍보 활동을 하고 '젊은 층 우군화 심리전'이라는 이름으로 인터넷 여론 조작을 하도록 한 사실을 공개했다. 국가정보원은 여론에 영향을 미칠 행위를 한 것을 시인하면서도 '종북'에 대처하기 위한 것이라고 주장했다.
4월 15일 경찰은 사전 계획된 선거 개입이며 정상적인 대응 행위라고 볼수 없다는 결론을 내렸다. 뒤이어, 4월 18일 경찰은 김하영, 이환주, 이정복에 대해 국가정보원법 위반으로 기소의견으로 경찰에 송치했다. 그러나 이 3명의 공직선거법 위반혐의는 불기소 의견을 냈으며 이에 대해 김하영 등은 대통령선거 기간에 활동한 흔적이 드러나 공직선거법 위반혐의 적용에 소극적인 자세를 보였다는 비판을 받았다. 다만, 공직선거법 공소시효 마감이 되지 않게 한다는 말에서 검찰 수사에 따라 공직선거법 적용이 가능할 수 있다고 경찰이 본 것으로 풀이되기도 한다.
검찰 수사 진행 과정.
한편 이 사건의 공소시효에 대해서도 논란이 있었다. 공소시효는 국가정보원법 위반에 대해서는 5년이지만, 공직선거법 위반은 6개월에 불과하여 공직선거법 위반에 대해 시효가 지나 처벌을 하지 못해 가벼운 처벌을 받게 될 수 있다는 우려가 있었다.
검찰 특별수사팀.
서울중앙지방검찰청은 국가정보원의 인터넷 여론 조작에 대하여 당시 국정원 심리정보국장을 소환하여 조사하였다. 이후 인터넷 포털 사이트인 보배드림, 뽐뿌, 오늘의유머 등 이외에도 국가정보원 직원들이 올린 글이 있는 것으로 의심이 가는 사이트에 대해 압수수색 영장을 받아 분석하였다. 또, 국가정보원에 대한 압수수색도 2013년 4월 30일 14시간동안 진행되었다.
2013년 4월 27일 심리정보국을 관할하는 당시 국정원 3차장을 지낸 이종명을 소환 조사하였으며 당시 국정원장 원세훈은 4월 29일 소환하여 조사하였다. 다음날인 4월 30일 옛 심리정보국의 자료를 중심으로 압수수색을 실시하였다. 그리고 국가정보원이 포털에 작업을 벌인것으로 의심되는 내용에 대한 자료를 네이버와 다음으로부터 제출받아 분석중이다. 압수수색에는 25명이 투입되어 13시간 30분간 진행되었다. 압수수색으로 확보한 자료에는 국가정보원이 댓글 작업에 동원했을 것으로 추정되는 보조요원에게 줬을 급여를 확인할 수 있는 예산 내역이 포함됐다. 그리고 국가정보원이 특정 사이트에서 찬반조작 행위를 벌인 것에 대한 업무방해죄 고소 사건도 수사에 들어갔다. 검찰은 국가정보원 직원들이 카페나 블로그에 정치적 게시활동을 벌인 부분에 대해서도 자료를 받아 수사중이다. 5월 1일에는 국가정보원 직원들이 올린 내용과 비슷한 내용이 올라간 블로그가 공개되었다. 국가정보원으로부터 찬반조작 피해를 받은 사이트를 대리하여 업무방해죄로 고발한 민주사회를 위한 변호사 모임에 따르면 국가정보원으로 추정되는 아이디 그룹의 상당수가 가상 사설망을 통해 아이피를 바꿔 접속했다고 하며 검찰도 이런 정황을 확인한 상태이다. 검찰은 김용판 당시 서울지방경찰청장이 은폐를 지시했는지에 대해서도 5월 2일 수사에 들어갔으며 국정원 사건의 제보자가 국가정보원의 행위에 대해 자료를 더가지고 있다고 보고 압수수색하였다.
압수수색에 따른 결과로 검찰은 5월 6일 원세훈의 여론조작 지시를 입증할 증거를 확보하였다. 진선미 의원이 공개한 내용보다도 더 많은 자료를 확보하였다. 새로 확보한 자료는 내부 메모와 업무일지등, 내부 지시체계와 관련된 문건으로 되어 있다.
5월 3일에는 국가정보원 직원 또는 관련자가 사용한 이메일, 전화번호, 아이디, 주민등록번호를 확보하여 압수수색영장을 받아 여러 사이트에 이들이 게시한 글을 확인요청을 했다. 주민번호는 89개, 이메일은 654개였다. 또 국정원 직원 김하영과 관련자 3인이 사용한 가상 사설망 업체도 압수수색하였다. 검찰은 10여개 사이트에 압수수색영장을 제시하여 게시글, 댓글 기록을 받았으며 이들 사이트에는 네이버, 다음, 그리고 먼저 확인된 3개 사이트는 물론 디시인사이드, 일베저장소가 포함되었다.
그러나 검찰은 국가정보원 심리정보국내 다른 팀의 자료를 확보하지 못하여 해당사이트에서 활동한 아이디의 신원을 확인하는데 어려움을 겪었다. 한편 일부 보수세력에서는 증거가 없음을 빌미로 역공격을 벌이기도 했다.
2013년 5월 7일에는 그때까지 검찰에 확보된 자료를 바탕으로 수사 대상사이트를 15개로 확대하였다. 그리고 아이피와 인적 사항을 바탕으로 해당 아이디의 신원을 파악하였다. 그 결과 직원 2명과 일반인 1명을 빼고도 여러명의 다른 국가정보원 직원이 게시글과 댓글을 게시한 것을 확인하고, 아이디의 신원을 확인하였다. 국가정보원의 활동의 조직적인 불법성을 규명하는 방향으로 수사를 확대하기로 하였다.
이러한 결과를 바탕으로 검찰은 정치 개입이 분명하다는 결론을 내리고 선거 개입 목적여부를 수사중이다. 검찰은 15개 사이트에서 발견한 댓글을 공개하기로 했다.
서울지방경찰청이 사건 초기 수사를 축소했을 가능성에 대해서도 검찰 조사를 진행했다. 먼저 서울중앙지검은 5월 7일 경찰의 감찰 자료를 받은 후, 5월 8일 권은희 송파경찰서 수사과장(사건 발생 당시 수서경찰서 수사과장)을 참고인자격으로 소환하여 수사를 개시했다. 이어서 9일에는 사건 관련 서울경찰청 관계자와 수서경찰서 수사팀원에 대해서 소환하겠다는 계획을 밝혔다. 13일에는 당시 수서경찰서장 이광석 (현 서울지하철경찰대장)을 불러 조사했다.
5월 20일 오전 서울지방경찰청에 대해 압수수색했다. 사이버수사대등 분석 실무 부서와 함께, 청장실, 수사부장실등 수사 책임자들의 집무실에 대해서도 압수수색했다. 그 결과로 다음날인 5월 21일 김용판 당시 서울경찰청장을 검찰이 소환하여 조사했다. 김용판은 5월 21일 아침 10시부터 22일 새벽 5시 20분까지 조사를 피고발인신분으로 받았으며 조사 이후 피의자로 입건되었다. 그는 혐의를 시인하였다. 김용판은 25일 오후 재소환되어 12시간동안 조사를 받은 뒤 익일 새벽 귀가했다.
한편, 서울경찰청의 수사 지휘계통에 있는 한 중간간부는 5월 20일 행해진 검찰의 압수수색 이전에 관용 컴퓨터의 하드디스크에 저장된 자료를 삭제하였다. 검찰은 해당 간부가 디가우징으로 자료를 삭제한 것으로 보고 있는데, 간부는 실수였고, 고의성이 없다고 주장했다. 검찰은 상부의 조직적인 개입 여부에 대해 조사하기로 했다. 경찰은 디가우징 방법에 대해서 부인하였고, 그 뒤 자료 삭제가 압수수색 당일 이뤄졌으며 '무오'라는 프로그램을 이용한 것으로 확인되었다. 이 프로그램은 데이터를 여러차례 덧씌우는 방식으로 하드디스크의 기록을 완전히 지워버리는 프로그램이다. 이 간부는 국정원 수사에 참여한 적이 없어 책임 질 필요가 없는 상황이라서 상부의 지시로 강력히 의심받고 있다.
특히 검찰은 경찰이 국정원 여직원이 남긴 문재인 후보에 불리한 댓글을 선거일 직전 수사당시 확인하였음에도 그런 것이 없다고 축소 발표한 정황을 포착하였다. 그리고 국정원 직원의 노트북에 대한 분석을 한 뒤 대통령선거일 전날인 12월 18일 오후에야 수서경찰서에 자료를 넘겼는데 이마저도 일부만 넘긴 사실이 확인되었다. 또, 대선 전 서울지방경찰청 사이버수사대가 작성한 분석 보고서도 허위로 꾸며진 사실이 드러났다. 그리고 분석 범위도 고의적으로 수서경찰서의 요청보다 축소하였음에도 대통령 선거에 개입한 글이 발견되자 분석관에게 압력을 행사하여 이를 은폐한 사실도 드러났다.
검찰은 김용판 서울지방경찰청장이 2012년 12월 16일 수사결과를 중간 발표하기 직전 권은희 수사과장에게 압박 전화를 건 사실을 확인했다. 김용판은 조사에서 격려 차원이라고 주장했지만, 이후 해당 전화가 12월 11일 국정원 직원의 자택에서 대치하면서 압수수색을 할지 수서경찰서에서 고심하고 있을 때 전화한 사실이 드러났다. 권은희 수사과장은 압박감을 느껴 압수수색을 하지 못했다. 김용판은 '내사중인 상황에서 압수수색영장 신청이 적절하냐'는 취지의 말로 압력을 넣었으며 수서경찰서는 압수수색 신청서를 작성해 검찰에 제출하러 가던 중 이를 철회했다. 국정원 직원 김하영은 압수수색이 진행되지 않은 덕에 데이터 일부를 지워 증거를 훼손할 수 있었다.
2013년 7월 29일 공개된 서울 경찰청 사이버범죄수사대 디지털증거분석실 CCTV 영상에 따르면 2012년 12월 14일 "문재인이 총 몇 건이에요?"라고 묻자 다른 수사관은 "지금 돼 있는 것에서 문재인은 1685건이다. 박근혜가 2214건"이라고 답했다. 이 수사관은 HTML 파일에 대해선 "새누리당이 414개, 민주통합당이 121개"라고 하면서 "언제 다 보냐고...자꾸 나와"라고 불만을 표하기도 했다.
서울중앙지검은 박원순 서울특별시장 제압 문건과 반값등록금 여론 조작 문건에 대하여 원세훈등 9명에 대한 고발을 받아 공공형사수사부에 배당했다. 특별수사대 내용과의 병합 여부는 연관성에 대한 조사를 한 뒤에 결정할 예정이다. 한편 5월 27일 원세훈은 특별수사대에 재소환되어 정치개입 활동과 직원에 대한 지시에 대하여 조사를 받았다. 이 과정에서 박원순 제압, 반값등록금 문건의 연관성에 대해서도 조사를 받았다.
특별수사팀은 7월 민주당이 제보 받은 문건이 국정원 문서 고유의 폰트와 다르다고 판단하여 국정원 것이 아니라는 잠정 결론을 내렸다. 그러나 국정원 문서를 복사해 밖으로 유출할 때는 고유의 폰트가 변형되는 것으로 전해져 논란이 되었다. 검찰은 국정원의 반대로 문건에 나온 국정원 직원에 대한 소환조사를 하지 못했다. 한편 신동아는 이 문건이 국무총리실의 문서양식과 흡사하다고 보도하였다. 특히 국무총리실과 원세훈 시절의 국정원이 협력한 사실을 밝혀냈다. 국무총리실의 국가정보원이 원세훈 원장 시절 국무총리실의 민간인 사찰 사건때 총리실과 협력하여 민간인 사찰을 벌인 사실을 밝혀냈다. 국정원이 요청을 하면 지원관실이 사찰하고, 다시 국정원에 통보하는 방식으로 협력하였다. 국무총리실 사찰 수사에서도 국무총리실 이외의 기관이 작성한 문건이 많이 발견된 적이 있어, 두 문건도 지원관실과 국정원이 공조한 문건일 가능성이 높다고 보도하였다.
서울중앙지검은 원세훈이 공직선거법을 위반하며 야권 대선 후보를 비방하는 글을 올리도록 했다는 내용을 6월 2일 밝혔다. 그러나 법무부장관 황교안은 공직선거법 적용과 구속영장 청구를 요구하는 대검찰청의 요청을 묵살하고, 선거법을 적용하지 말라고 지시했다. 채동욱 검찰총장과 서울중앙지검 및 특별수사팀은 공직선거법을 적용해야 된다는 입장이며 대검찰청 공안부와 황교안 법무부장관은 반대 입장을 보였다. 수사팀의 입장에 반대하며 사건을 진행시키지 않는 것에 대해 황교안 법무부장관은 수사지휘권을 행사한 것은 아니고 의견을 조율한 것이라고 해명했다. 검찰은 6월 4일 오후 국가정보원법, 공직선거법 위반으로 구속영장을 청구하기로 입장을 정리했다. 수사팀은 이에 대해 만장일치로 결론을 냈으며 수사팀내 공안통 검사들도 찬성하였다. 6월 5일에는 원세훈이 야당 정치인을 임의로 종북좌파로 규정하고 낙선 활동을 상습적으로 한 사실을 확인했고, 김용판이 대선직선 수사내용에서 심리정보국 활동 내역을 은폐·축소하고 일부 조작하여 허위로 중간수사결과를 발표하도록 지시한 사실을 확인하여 원세훈과 김용판을 공직선거법 위반으로 기소하기로 했다. 이와 함께 원세훈의 지시에서는 반값등록금 문건에서 종북 좌파로 규정한 정치인들을 원세훈이 종북좌파로 규정한 사실이 확인됐다.
6월 7일 검찰은 기소를 연기했다. 국정원 직원의 계정으로 추정되는 아이디 여러개를 추가로 발견해 신원을 파악중이다. 국정원 직원으로 확인되면 원세훈의 선거 개입 의도가 입증되는 상황이다. 그리고 다음주 초에 발표하기로 했다. 공소시효 10일 전까지 검찰이 기소를 하지 않는 경우 고발인측은 재정신청을 낼 수 있으며 그 경우 공소시효가 정지된다. 김용판에 대해서는 공직선거법 위반으로 기소하기로 정했지만 발표는 원세훈에 대해서와 동시에 하기로 했다. 검찰이 증거를 추가로 모으려는 것은 황교안 장관이 증거가 불충분하다고 주장하고 있어 이를 설득하기 위해서라고 전해졌다. 황교안은 열흘넘게 구속 의견을 수용하지 않고 있으며 공소시효가 얼마 남지 않아 구속영장 청구의 명분을 떨어트리고 있다. 결국 불구속 기소하되 공직선거법 적용에 합의한 것으로 알려졌다. 서울중앙지검은 공직선거법 85조 아래 조항중 가장 처벌이 무거운 공직선거법 85조 1항으로 처벌을 추진중이다. 이 조항은 '공무원은 그 지위를 이용해 선거운동을 할 수 없다'고 규정하고 있는데 원세훈의 정치개입 지시에서 '종북정권이 정권을 잡으면 안 된다'고 지시한 사실을 확인한데 따른 것이다. 민주당도 원세훈이 박근혜의 당선을 위해 활동한 것이 분명해졌다는 입장을 밝혔다. 6월 11일 오전까지도 검찰이 법무부의 대립으로 기소를 하지 못하고 있음에 따라 민주당은 11일 11시 재정 신청을 추진하고 황교안장관의 해임안을 내기로 했다.
6월 11일 오전까지 기소를 못한데 대하여 윤석열 특별수사팀장(수원지방검찰청 여주지청장)은 11일 법무부와 검찰 일각에서 선거개입이 아니라는 의견이 있다는 인터뷰를 했다. 원세훈이 부서장 회의에서 얘기한 것이 인트라넷에 게시되었다. 국정원 중간 간부들도 검찰 수사에서 윗선이 지시했다고 시인하여 녹취했으며 이를 제출했다고 밝혔다. 그리고 장관이 틀어쥐고 있어 방법이 없는 상황이며 채동욱 검찰총장이 어떻게든 불구속으로라도 기소해서 공소유지하러 참고있다고 밝혔다. 또 이 기사에서 다른 핵심 관계자가 청와대에서 황교안장관을 통하지 않고 검찰총장이 어떤 것도 못하게 하고 있다고 밝혔다.
이 보도가 나온 뒤 민주당은 11일 오후 국정원 진상조사특위 위원과 국회 법제사법위원회 위원들은 다시 기자회견을 가져 황교안·곽상도의 사퇴를 촉구했다. 민주당은 인터뷰가 사실이라면 황교안 장관은 국회에서 거짓말을 한 것으로 국회 모독, 위증, 직권 남용이라고 하였다. 특히 검찰의 진실 규명 노력을 청와대와 정부부처에서 묵살하는 상황을 용납할 수 없다고 밝혔다.
원세훈은 원세훈을 공직선거법·국가정보원법 위반혐의으로 기소되었다. 4대강 사업, 한미자유무역협정(FTA) 체결, 제주해군기지 건설등 정부정책에 대한 댓글·게시글 활동지시에 국가정보원법 위반, 댓글·게시글을 통해 박근혜 옹호 및 문재인, 안철수, 이정희 후보 비방 활동 및 반대 클릭을 통한 박근혜 비판글 은폐에 대해 공직선거법상 공무원 지위를 이용한 선거운동금지 조항(85조 1항)이 적용되었다. 이밖에 국가정보원법 제9조(정치 관여 금지) 및 제11조(직권 남용의 금지)를 적용했다. 김용판경찰청장에게도 형법상 직권남용, 경찰공무원법 위반, 공직선거법 위반이 적용되었다. 국가정보원 직원들은 조사 과정에서 "우리는 지시하지 않은 일 안한다"라고 말해 윗선의 지시에 따른 행위임을 시인했다.
조선일보는 6월 14일 아침 국가정보원의 직원이 작성한 글은 1760여개였고, 이 가운데 검찰이 원세훈 전 국정원장의 공직선거법 위반 혐의에 적용한 글은 67개라고 공개했는데 이들 중에는 여러 정치인을 인신공격적으로 비방하기도 했다. 이 보도는 서울중앙지검 특별수사팀이 대검찰청과 법무부에 제출한 '수사 보고서'를 유출하여 나온 것으로 드러나 채동욱 검찰총장은 특별감찰에 들어갔다. 검찰은 결과 발표를 6월 14일 오후 2시에 하기로 했다.
6월 14일 검찰은 원세훈이 수시로 직무에서 일탈하여 북한 대처를 명목으로 주장하여 특정 정당 및 정치인에 대해 지지·반대 의견을 유포하거나 선거운동을 한 사실을 확인하였다. 이 지시는 이종명 전 3차장, 민병주 전 심리전단장을 통해 직원들에게 하달되었다. 김용판은 컴퓨터에 대한 디지털증거분석 결과 서울경찰청이 이미 확인한 ID·게시물 등 분석결과 자료를 수서경찰서에 넘기지 않고 범죄 혐의 유무를 왜곡하는 중간 발표를 지시한 사실, 증거분석결과물 회신을 거부한 사실이 확인되었다. 압수수색 전 증거를 인멸한 박모 증거분석팀장을 증거인멸 혐의로 불구속 기소했다. 기밀 유출논란에 대해서는 당시 직원 정 모가 국정원 심리전단 직원의 신상정보와 '원장님 지시·강조 말씀' 문건을 누설하였다는 이유로 공직선거법 및 국가정보원직원법 위반 혐의로, 이를 민주당에 건넨 전직 국정원 직원 김모씨를 공직선거법 위반 혐의로 각각 불구속 기소했다. 국가기관의 본질적인 기능이 훼손되는 일이 없도록 한다는 이유로 국정원 간부, 직원에 대한 형사처벌 대상을 줄였다.
현재 검찰은 박원순 제압 문건과 반값등록금 문건, 국정원 직원 SNS활동에 대해서는 수사를 하지 못한 상태이다. 국정원 본부에서 지난 대선 직전 SNS에 특정 후보에 대한 지지·반대 게시글을 60여개 작성한 사실은 이미 파악하였다. 그러나 그 활동을 한 부서가 어디인지는 파악중이다.
검찰은 국정원 직원의 제보 활동을 선거 기획으로 본다고 밝혔지만 민주당은 선거 이전부터 국정원의 여론 조작 활동 제보를 받아 대해 국정감사에서 질의한 바 있다. 내부 제보가 없었다면 문제제기나 검찰 수사도 불가능했을 것이기 때문에 문제가 제기되었다. 국정원 간부와 직원들을 기소유예한 것에 대해서는 민주당이 재정신청을 내겠다는 입장을 밝혔다.
이정희 후보는 6월 17일 국가정보원 직원 불기소에 항의하여 재정신청을 냈다. 민주사회를 위한 변호사 모임은 국정원 직원 불기소와 오늘의유머 업무 방해 불기소에 항고하였다. 민주당은 6월 18일 오후 5시 10분 서울중앙지검에 재정신청을 냈다. 한편 참여연대는 6월 20일 서울지방경찰청의 수사 은폐에 가담한 경찰 간부 15명을 서울중앙지검에 고발했다. 서울중앙지검은 이를 특별수사팀(팀장 윤석열)에 배당하여 수사에 들어갔다. 혐의가 사실일 경우 김용판과 공범 관계가 적용되어 공직선거법상 공소시효가 정지된데 따른 것이다.
진선미 의원은 검찰 수사가 끝난 뒤 검찰이 기소장에 포함시킨 '국정원 대선 개입 사건 범죄일람표'를 제출받았다. 이에 따르면 국가정보원이 2009년부터 여론 조작을 벌이면서 종합편성채널 도입을 위한 미디어법 개정 옹호 활동을 다음 아고라에서 벌였고, 노무현의 사망 직후 그를 '뇌물 먹고 자살한 자'로 칭하는등 죽은지 얼마 되지 않은 노무현을 비방하고 노무현을 추모하는 행위를 비판하는 수백개의 글을 다음 아고라, 네이트, 네이버등에 올리기도 했다. 오마이뉴스는 진선미의원으로부터 범죄일람표를 받아 6월 27일 범죄일람표를 공개하였다. 누리꾼들이 범죄일람표를 확인하여 해당 아이디를 추적한 결과 범죄일람표에 나온 글을 올린 디시인사이드의 '좌익효수'(chiwoo9300)가 전라도 지역을 홍어, 절라디언등으로 비하하고 5·18 광주 민주화 운동을 폭동으로 왜곡, '아따' '~당께' 등 전라도 비하 표현, 여성 정치인들과 연예인에 대한 성적 비하표현, 전교조를 빨갱이로 표현, 인터넷 팟캐스트 진행자 망치부인의 딸에게 어미처럼 빨갱이가 될것이라는 민간인에 대한 비하 표현등이 발견되었다. 이사실이 알려진 이후 7월 2일 5·18 기념재단과 5·18 유족회·부상자회·구속부상자회는 국정원의 불법 선거개입을 규탄하고 5·18 왜곡 및 폄하 행위를 중단할 것을 촉구하였다. 국가정보원은 좌익효수가 국가정보원 직원이 아닌 것으로 확인되었다는 입장을 밝혔다. 그러나 범죄일람표 3-1에 나온 디시인사이드 게시물 총 61개중 8개(63번, 96~99번, 101~103번)이 '좌익효수'의 게시물과 일치했다. 이에 대하여 검찰이 틀린 경우, 국가정보원이 거짓말을 한 경우, 좌익효수가 국가정보원의 외부 조력자 ID인 경우일 세가지 가능성이 제기되었다. 국가정보원은 오마이뉴스와의 인터뷰에서 '국정원에서 심리전단 전 직원을 조사했지만 좌익효수라는 아이디를 가진 사람이 없었다', '검찰의 수사 발표에 나온 외부 조력자의 존재를 인정할 수 없다'는 입장을 밝혔다.
'좌익효수'의 반인륜적 지역 비하·증오, 왜곡행위에 대해 통합진보당 광주시당은 7월 9일 고발장을 제출하였다. 좌익효수가 국정원 직원인지 밝혀줄 것과, 국정원 직원이 아니라해도 명예훼손이나 모욕 등으로 처벌할 것을 촉구하였다.
좌익효수의 아이디는 7월 23일을 전후한 주말 갑자기 디시인사이드에서 탈퇴되었다. 이에 따라 갤로그(디시인사이드에서 사용자가 올린 글,댓글을 볼 수 있는 일종의 블로그)가 삭제되었다. 국가정보원은 좌익효수가 국정원 직원이 아니라 주장하며 좌익효수가 국정원 아이디라는 말이 명예훼손이라며 고발하겠다는 입장과 달리, 24일까지도 고발하지 않았다. 검찰 수사 결과 국정원 직원으로 확인되었다.
좌익효수는 심리정보국 소속이 아니며 대공수사에 관여한 자로 탈북 화교 공무원 간첩 사건수사에 가담한 자로 드러났다. 공직선거법 공소시효가 지났고 국정원법 정치개입금지조항의 적용 대상인지 결론을 내리지 못해 사법처리할지에 대한 결론이 나지 않고 있다.
검찰은 6월 14일 원세훈을 기소하면서 트위터에 대한 수사는 계속 진행 중이라고 밝혔다. 대한민국 검찰은 미국에 소재한 트위터본사에 대한 사법 공조를 요청했다. 2013년 10월 17일 국정원 3차장 산하 심리정보국 직원들이 작성한 선거·정치 관련 글을 트위터에 퍼나른 국정원 직원 3명이 긴급 체포되어 조사를 받고 귀가했다. 또한 17일 오전에는 심리정보국 직원의 자택에 대해 압수수색을 하여 컴퓨터 하드디스크와 휴대전화, 댓글 관련 문건을 확보했다. 국정원은 사전 통보가 없이 체포되었다고 주장했다. 검찰은 나름의 방식대로 통보를 했다고 주장했다. 10월 18일 원세훈과 이종명, 민병주에 대해 트위터 여론조작 혐의를 포함한 혐의를 추가하여 공소장변경허가신청서를 법원에 제출했다. 심리정보국직원들은 총 5만5689회에 걸쳐 특정 정당을 지지하거나 반대하는 글을 트위터에 게시했다. 한편 18일 서울중앙지검은 윤석열 수사팀장을 공소유지와 수사 업무에서 배제시켜 논란이 되었다.
검찰 특별수사팀은 국정원 직원들의 트위터 활동을 계속 수사했다. 11월 20일 검찰 특별수사팀은 국정원 직원들이 대선 관련 트윗과 총선 관련 트윗 총 120만여건을 통해 선거에 개입한 사실을 확인하여 원세훈에 대해 추가 기소를 했다. 공소시효 문제로 18대 대선에 대한 트윗에 공직선거법을, 지난 선거에 대한 트윗은 국가정보원직원법을 적용했다. 11월 21일 검찰 특별수사팀은 수사 결과를 발표하였다. 빅데이터 분석 IT업체에 의뢰해 지난 2년 간 트위터 이용자들의 글을 확인하여 국정원 심리전단 직원 계정을 확인했다. 문제가 되는 트윗은 총 121만건으로 선거 관련이 64만7,443건 정치 관련이 56만2,785건이다. 국정원 직원이 직접 작성한 글, 보수매체의 글, 보수 논객의 글등 원문 2만6천550개 (선거 관련 1만3천292건, 정치 관련 1만3천258개)를 프로그램을 사용하여 확대재생산하여 유포하였다. 트윗·리트윗·동시트윗등의 방법을 이용했다. 한편 1차 추가 기소때의 트윗 2만7천여건은 조력자로 의심하고 있지만 국정원에서 받은 자금 흐름을 확인하지 못해 공소에서 제외했다. 국정원이 조력자의 존재를 숨기기 위해 검찰 압수수색을 귀뜸하며 컴퓨터 등을 치우도록 하여 수사를 방해했기 때문이었다. 검찰은 국정원의 수사 방해가 고의적인지에 대해 직원들을 소환하기로 했다. 검찰은 또한 국가정보원이 보수 성향의 매체에 선물을 보내고 특정 기사를 써 달라고 청탁한 정황도 포착하였다. 심리정보전단 팀장급 간부의 e메일에서'인터넷 매체 관리 대상 명단'을 확보하여 이를 바탕으로 수사한 결과 원하는 이슈와 내용까지 해당 매체에 상세히 제시한 사실을 확인했다. 국가정보원은 또 이들 매체의 대표 등 30여 명에게 선물을 보내라고 민간인 조력자에게 지시했다. 국가정보원은 이렇게 작성된 기사를 트위터로 퍼트리는데 이용했다.
국회 대정부질문.
대한민국 국회는 2013년 6월 10일부터 대정부질문을 열었다. 대정부질문에서 국정원 선거개입과 황교안 법무부 장관등 박근혜 정부 인사의 수사 개입에 대한 질의가 이어졌다.
민주당 신경민 의원은 곽상도 정무수석이 검찰 수사도중 검사들 전화를 하여 압력을 넣었다는 제보에 대해 질의했다. 그리고 국가정보원이 대선직전 서울지방경찰청의 수사에 영향을 미친 사실을 폭로했다. 이에 따르면 수사도중 국정원 2차장 산하의 하석재 단장, 신승규 실장이 경찰과 연락을 취했고 업무 협조가 잘 안되자 김용판 경찰청장과 국정원 박원동 국장이 직접 연락을 취하였다. 그리고 대선 3일전,tv토론 직후 밤 11시 수사결과 발표가 차문희 국가정보원 제2차장이 박근혜 후보의 TV토론이 잘 안되자 김용판 서울지방경찰청장에게 '조간 판갈이를 해야 한다'며 전화한 결과 이뤄졌다. 곽상도 청와대 민정수석은 전화를 하여 압력을 넣은 의혹을 부인했다. 새누리당측은 국정원을 옹호하는 발언을 하였다. 이중 이채익 의원은 '총풍, 안풍등 모두 선거 때마다 붉어진 정치공작은 모두 증거가 없거나 근거가 없어 무죄 판결을 받았다. 이번 국정원 사건도 불순한 세력들의 의도된 폭로'라고 주장했다. 그러나 총풍, 안풍등은 유죄로 판결된 바 있다.
6월 13일에는 진선미의원이 국정원의 트위터에 여론조작을 통한 선거개입활동에 대해 질의하였다. 그리고 기업형 수퍼마켓(SSM) 규제법의 국회처리를 2010년 원세훈 당시 국정원장이 방해했다고 폭로했다. 원세훈이 대형마트와 서울시 부시장시절부터 친분을 쌓아 대형마트 연수원 허가에 개입하였다고 폭로하였다.
새누리당과 민주통합당은 2013년 3월 정부조직법 개정에 합의하면서 검찰 수사가 끝난 뒤 국정조사를 개최하기로 합의했다. 6월 11일 기소 발표 이후 민주당은 즉시 실시, 새누리당은 수사가 종료되지 않았고 재판에 영향을 미칠수 있다며 반대 입장을 보였다. 앞서 새누리당과 민주통합당은 검찰 수사가 끝난 뒤 국정조사를 개최하기로 합의한 바 있다.
2013년 6월 17일 국회 법제사법위원회에서는 국정원 대선개입 사건에 대한 논쟁이 오갔다. 이 과정에서 2012년 대선 당시 제기된 2007년 남북 정상 회담에서 NLL을 포기했다는 주장에 대해 국가정보원이 계획했다고 박영선의원이 주장했다. 이사건에 대하여 민주당과 새누리당간에 고소 고발이 오갔었는데, 검찰은 6월 19일 대화록 발췌본을 확인하여 새누리당 측에 무혐의 결론을 냈다. 새누리당측 정보위 의원들은 다음날인 6월 20일 국가정보원으로부터 대화록 발췌본을 열람하였고 서상기는 노무현이 남북정상회담에서 NLL을 포기했다고 주장하여 거짓이면 의원직을 사퇴하겠다고 했다. 이후 민주당은 새누리당과 국가정보원을 규탄하고 열람 행위에 대해 대통령기록물관리법 및 국정원법 위반 혐의로 검찰에 고발했다. 문재인은 이 문건을 대통령기록물이라고 하며 대통령기록물관리법에 따라 국회 표결을 통해 공개할 것을 제의하였다. 또한 민주당 김한길대표는 새누리당의 행위를 국정조사를 회피하기 위해 NLL 관련발언 논쟁을 재점화한 것이라며 국정원 대선 개입에 대한 국정조사를 먼저 진행한 뒤에 NLL 대화록을 공개할 것을 제의했다. 새누리당은 두사건이 별개이며 NLL 발언록 공개를 즉시 해야 하며 검찰수사가 마무리 된 것이 아니라는 입장을 밝혔다. 이 과정에서 NLL 발언록 논란이 국정원 국정조사를 회피하기 위한 물타기라고 민주당이 주장했고 새누리당은 논쟁이 박영선 민주당 의원에 의해 촉발되었다며 반박했다.
24일 국정원은 회의록 전문을 국회 정보위원에게 제공하기로 하였고 민주당은 수령을 거부했다. 24일 오후 발췌본이 언론을 통해 국민에 공개되었으며 25일 오전 대화록 전문도 공개되었다.
6월 25일 오후 여야는 국정조사를 통해 진실을 규명하기로 합의하고 6월말까지 국정조사계획서를 처리하기로 합의했다. 한편 6월 26일 오전에는 여야가 국정조사 특위 위원장을 민주당이 맡기로 합의했으며 28일에는 여야가 특위에 참여할 의원의 선임을 끝냈다. 특위 위원장은 민주당 4선 의원 신기남이며 특위 간사는 새누리당 간사는 권성동 의원, 민주당 간사는 정보위원회 소속인 정청래 의원이다. 특위위원은 새누리당은 이철우 , 김재원, 정문헌, 조명철, 윤재옥, 김태흠, 김진태, 이장욱 의원을 임명했고 민주당은 특위위원으로 박영선, 김현, 박범계, 신경민, 전해철, 진선미 의원을 임명했다. 비교섭단체몫의 특위의원에는 통합진보당의 이상규 의원이 지명되었다.
국정조사가 합의된 날인 2013년 6월 26일에는 새누리당측이 대선 직전 정상회담 대화록을 누출하여 이용했다는 주장이 제기됐다. 이날 열린 새누리당 최고중진연석회의에서 김무성은 대화록을 대선 전에 받아서 2012년도 12월 14일 부산 선거 연설에서 낭독했다고 실토하였다. 이 발언은 프레시안의 기자가 당시 연설을 녹음한 파일을 발견하면서 사실로 확인됐다. 김무성은 12월 18일에도 같은 내용의 연설을 했다. 김의원의 원문을 직접 보지 않았다는 해명과 달리 구체적인 부분까지 대화록 원문과 일치했다. 또 정문헌 새누리당 의원에게 들은 내용과 노 대통령의 정상회담 뒤 발언 등을 종합해 만든 문건을 읽었다고 해명했지만 정문헌의 발언과는 일치하지 않았다. 김무성의 연설에는 국정원이 만든 발췌본에 없고 전문에만 있는 '저항감'이라는 문구가 등장한 사실이 확인됐다. 한편 12월 14일 부산 유세에는 김무성과 박근혜가 동참하였다.
이에 따라 여야는 대선이전 정상회담 대화록 유출의혹을 국정조사에 포함시킬지 논쟁을 벌였다. 새누리당은 별개의 사건이므로 빼야 한다고 주장했고, 민주당은 여야가 합의한 국정조사 요구서에 들어간 '전현직 국정원 직원의 대선 및 정치 개입 관련 의혹과 비밀 누설 의혹'항목에는 국가정보원이 새누리당에 국가 기밀인 정상회담 대화록을 대선전 유출한 의혹이 포함되며, '기타 필요한 사항'항목에도 포함된다고 주장했다.
국정조사를 가지기로 합의한 이후 국정조사 참여 의원 자격에 대한 논란이 벌어졌다. 새누리당은 2012년 12월 14일 국정원 사건이 흑색선전이며 대치 과정에서 감금을 했다며 민주통합당 관계자들을 고발했었다. 새누리당은 자기들이 고발한 사건의 피고발인이라는 이유로 진선미, 김현의원이 이해당사자로 제척되어야 한다고 주장하였다. 진선미의원은 대치 현장에 5분만 방문하였을 뿐인데 새누리당이 자신이 감금을 했다고 혐의를 씌운 것이라 반박하였다. 또 같은 논리대로라면 고발인도 이해당사자이므로 특위에서 빠져야 한다고 반박하였다. 또한 민주당은 비밀인 NLL 대화록의 내용을 언급했던 정문헌 의원, 원내대변인으로서 이를 이슈화한 이철우 의원도 제척사유라는 입장을 밝혔다. 특히 이철우 의원은 과거 국가정보원에 근무하여 이해관계가 있기 때문에 빠져야 한다는 입장을 밝혔다. 이철우와 정문헌은 7월 9일 특위위원에서 사퇴하였다. 민주당은 새누리당의 제척 주장은 이유가 되지 않는 것으로 거부할 뜻을 분명히 하였다. 특히 새누리당측의 사퇴한 국조특위 위원이 본회의 국정조사 표결에서 기권·반대를 하는 등 국조특위를 반대·방해하는 것을 비판하였다. 한편 새누리당은 두 의원 대신 경대수·김도읍의원을 지명했다.
새누리당이 제척을 요구하며 국정조사를 계속 거부하면서 7월 15일 민주당 내에서는 새누리당의 요구는 부당한 요구이지만 국정조사 정상화가 더 중요하므로 진선미, 김현 의원이 사퇴하고 국정조사를 진행하자는 입장과 새누리당의 주장은 이유가 되지 않으므로 거부하자는 의견이 엇갈렸다. 국정조사가 우선이라는 입장은 민주당 지도부에서, 거부해야 한다는 입장은 민주당 국정조사 특위에서 나왔다. 같은 날 언론 보도를 통하여 검찰은 민주당과 국정원 직원이 오피스텔 앞에서 대치한 행위에 대해 경찰과 선관위 직원이 철수할 때까지를 합법, 그 이후 남아서 대치하여 직원이 못나오게 한 행위를 불법으로 본다고 밝혔다. 진선미 의원은 사건초기 5분만 있었으며 김현 의원도 경찰이 있었을 때만 국정원 직원과 대치하였다고 밝혔다. 한편 7월 15일 야당측은 국정조사 개회 요구서를 제출하여 새누리당이 제척 주장의 이유를 회의에 나와 설명하라고 요구하였다. 7월 16일 국정조사 첫 회의가 개최되었으나 새누리당은 불참했다.
새누리당이 계속 국정조사 참여를 거부하자 김현,진선미 의원은 부당한 요구이지만 국조는 반드시 이뤄져야 하기 때문에 사퇴한다고 7월 17일 국회 정론관에서 기자회견을 열었다. 민주당은 경찰의 은폐 축소 수사를 규명하기 위해 경찰청을 담당하는 안전행정위원회에 속한 김민기·박남춘의원을 특위위원으로 임명하였다.