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1934년 10월 9일, 알렉산다르 국왕은 크로아티아 민족주의 조직인 우스타샤의 지원을 받는 불가리아인 총격범에 의해 마르세유에서 암살당했다. 스테피나츠는 안툰 악샤모비치, 디오니지예 냐라디, 그레고리 로즈만 주교와 함께 벨그라드의 교황 대사로부터 세르비아 정교회 장례식에 참석할 특별 허가를 받았다. 암살 후 한 달도 채 되지 않아 스테피나츠는 "자그레브 메모랜덤"으로 알려지게 된 문서에 서명한 사람들 중 한 명이었다. 이 문서에는 마체크의 면죄, 일반 사면, 이동 및 결사의 자유, 정부 공인 준군사 조직 활동 제한, 자유 선거 등 여러 요구 사항이 나열되어 있었다. 메모랜덤의 핵심 요구 사항은 국왕을 계승한 섭정이 "크로아티아 문제"를 해결해야 한다는 것이었는데, 이는 많은 크로아트인들의 자기 결정권에 대한 열망이었다.
1936년 그는 유고슬라비아 최고봉인 트리글라브산에 올랐다. 2006년 그의 등정 70주년을 기념하여 정상 근처에 기념 예배당이 건립되었다. 1937년 7월, 그는 거룩한 땅(당시 영국 위임 통치 팔레스타인)으로 순례를 이끌었다. 순례 중에 그는 당시 이미 시복되었고 나중에 성인으로 시성된 순교자 니콜라 타벨리치에게 봉헌된 제단을 축성했다. 팔레스타인에서 돌아온 후 스테피나츠는 타벨리치 시성 운동을 시작했으며, 아드리아해를 내려다보는 벨레비트산맥에 그를 위한 기념비를 세울 것을 제안했다.
자그레브 대주교.
1937년 12월 7일, 바우어가 사망했고, 40세가 채 되지 않았음에도 스테피나츠는 그의 뒤를 이어 자그레브 대주교가 되었다. 제2차 세계 대전 중 우스타샤의 테러 통치를 예견하듯, 스테피나츠는 1938년 사순절 기간 동안 대학생들에게 연설하면서 말했다.
1938년 유고슬라비아 왕국은 전쟁 발발 전 마지막 선거를 치렀다. 스테피나츠는 마체크의 야당 명단에 투표했지만, 라디오 베오그라드는 그가 밀란 스토야디노비치의 유고슬라비아 급진 연합에 투표했다는 허위 정보를 퍼뜨렸다. 1938년 하반기에 스테피나츠는 급성 충수염 수술을 받았다.
1940년, 스테피나츠는 스베트코비치–마체크 협정에 대한 지지를 얻기 위해 자그레브에 도착한 파블레 왕자를 성 마르카 교회에서 맞이했다. 이 협정은 "크로아티아 문제"를 해결하기 위한 것이었지만, 완전한 독립을 요구하는 사람들을 만족시키지 못했다. 교황 비오 12세는 1940년 6월 29일부터 1941년 6월 29일까지를 크로아트인들 사이에서 기독교 1300주년을 기념하는 희년으로 선포했다. 1940년, 프란치스코회는 크로아티아에서 700주년을 기념했으며, 수도회 총장 레오나르도 벨로가 이 행사를 위해 자그레브를 방문했다. 그의 방문 기간 동안, 스테피나츠는 1940년 9월 29일 성 프란치스코 제3회에 가입했다. 바우어 사망 후, 스테피나츠는 정치에서 거리를 두려고 노력했고, 크로아티아 가톨릭 단체들을 통합하여 자신의 권위 아래 직접 종속시키려 했다. 그는 이를 달성할 수 없었는데, 이는 아마도 그가 젊고 비교적 경험이 부족했으며, 자그레브 대주교에게 일반적으로 부여되는 존경과 권위 수준을 지휘하지 못했기 때문일 것이다.
역사가 마르크 비온디치는 가톨릭 교회가 역사적으로 크로아티아 대중 정치와 공공 생활의 주변부에 있었으며, 전간기 동안 왕실 독재와 반성직자 HSS의 인기로 인해 교회의 영향력이 더욱 침식되었다고 관찰한다.
제2차 세계 대전 이전의 정치적 및 종교적 견해.
독일 주도의 추축국의 1941년 4월 유고슬라비아 침공 이전, 부교구장 대주교와 자그레브 대주교로 재직하던 기간 동안, 스테피나츠는 여러 정치적, 종교적 문제에 대한 자신의 견해를 분명히 했다. 이 진술들 중 가장 중요한 것은 개신교, 동방 정교회, 공산주의, 그리고 프리메이슨에 관한 것이었다.
스테피나츠는 1938년 연설에서 "가톨릭 교회는 인류 역사상 가장 위대한 문명화 세력이었다"고 말하며 개신교를 비판했고, 가톨릭 교회의 공공 생활에서의 영향력을 박탈하려는 자들을 맹렬히 비난했다. 그는 종교 개혁을 "변형"이라고 언급했고, 루터를 "주님께서 주신 합법적 권위의 원칙을 파괴한" 거짓 선지자로 비난했다. 그는 이어서 개신교가 "오늘날 인간 사회가 고통받는 지옥"을 열었으며, "모든 형태의 인간 생활에서 무정부 상태"로 가는 길을 열었다고 말했다. 스테피나츠는 또한 동방 정교회에 대해 매우 비판적이었으며, 이를 가톨릭 교회와 크로아트인 전반에 심각한 위험으로 보았다. 1941년 3월 27일 영국 지원을 받는 세르비아 장교들이 추축국과의 조약에 반대하여 일으킨 유고슬라비아 쿠데타 다음 날, 그는 일기에 다음과 같이 썼다.
같은 날 그는 성직자들에게 회칙을 발표하여 어린 국왕을 위해 기도하고 크로아티아와 유고슬라비아가 "전쟁의 공포에서 벗어나기를" 촉구했다. 이는 국가와 지도부에 대한 충성을 보이는 가톨릭 교회의 오랜 관행과 일치하는 것이었다.
스테피나츠는 전간기에 약 20만 명의 대부분 크로아티아 가톨릭 신자들이 세르비아 정교회로 개종했다는 사실을 잘 알고 있었다. 그는 나중에 가톨릭 신자들이 전간기에 정교회로 강제 개종당했다고 주장했지만, 역사가 조조 토마세비치에 따르면, 그들의 개종의 주된 이유는 세르비아인 지배 유고슬라비아 국가에서 친세르비아 공공 정책이 지배적인 종교의 구성원이 되는 것이 정치적으로나 경력 전망에 유리했기 때문이었다. 토마세비치는 또한 국가에서 지배적인 민족의 국교임에도 불구하고 세르비아 정교회가 로마, 특히 가톨릭 교회가 매우 역동적인 보스니아에서 위협을 느꼈다는 점을 지적한다. 보스니아 가톨릭 신자의 절반을 포함하는 단 한 개의 교구에서만 전간기에 17개의 새로운 본당을 만들었다. 토마세비치는 우스타샤 사제에게 공격을 받았을 때, 자신의 자서전에서 전전 유고슬라비아에서 가톨릭 교회가 박해받았다고 명시하지 않은 것에 대해, 전전 크로아티아 야당 지도자 블라트코 마체크가 "가톨릭 교회의 박해에 대해 쓸 수 없었다. 왜냐하면 내가 아는 한 그러한 박해는 존재하지 않았기 때문이다"라고 답한 것을 인용한다. 그러나 스테피나츠는 유고슬라비아 국가를 본질적으로 반가톨릭적이라고 보았다. 특히 바티칸과 이미 서명된 콩고르다툼이 유고슬라비아 의회에서 비준되지 못한 후에는 더욱 그러했는데, 이 콩고르다툼은 가톨릭 교회를 정교회와 더 동등한 위치에 놓았을 것이다. 그는 또한 콩고르다툼이 세르비아 교회의 압력으로 인해 유고슬라비아 의회에서 거부되었다는 사실에 민감했다.
정치학자 사브리나 P. 라메트는 전간기 유고슬라비아 국가에 대한 다양한 반가톨릭적 측면을 상세히 설명했는데, 여기에는 알렉산드르 국왕이 국가의 종교 생활을 규제하려 시도하고, 세르비아 정교회를 제외한 종교 단체 신자들에 대한 차별을 강화하며, 정교회 선교를 가톨릭 지역에서 허용함으로써 그들의 영향력을 침식시키려 했다는 점이 포함된다. 그러나 스텔라 알렉산더는 가톨릭 교회와 정교회 모두 전간기에 선교 활동을 했으며, 특히 가톨릭, 무슬림, 정교회 인구가 혼재된 보스니아 헤르체고비나에서는 가톨릭 교회가 정교회보다 더 공개적이고 적극적으로 선교 활동을 했다고 진술한다. 언론은 가톨릭 교회를 친파시스트라고 비난하는 데 사용되었다. 정부는 제1차 바티칸 공의회 이후 일부 가톨릭 신자들이 교황 무류성 교리를 받아들이기를 거부했을 때 설립된 경쟁 조직인 구 가톨릭교회를 홍보했다. 1921년 가톨릭 신자가 전체 인구의 39.3%를 차지하고 정교회 신자가 46.7%를 차지했음에도 불구하고, 신앙부는 처음에 정교회에 가톨릭 교회보다 14배나 많은 돈을 할당했다. 이는 조정되었지만, 자금 할당 비율은 매우 불균형하게 유지되었다. 이러한 모든 전략은 유고슬라비아에서 가톨릭 교회의 역할을 약화시키는 데 기여했다. 세르비아 정교회의 중요성을 강조하는 것이 정부 교육 정책의 중심에 있었으며, 학교 교과서는 달마티아의 세르비아 정교회 수도원의 중요성을 강조하고 가톨릭 수도원은 무시했다. 세르비아 정교회의 공식 신문은 유고슬라비아 전역에서 "세르비아 정교회의 승리"를 달성하기를 원한다고 밝혔다. 국가와 세르비아 정교회의 끊임없는 압력 아래, 1923년부터 1931년 사이에 유고슬라비아에서 가톨릭 신자의 비율은 37.4%로 감소했고 세르비아 정교회 신자의 비율은 48.7%로 증가했다. 크로아티아 신학자 로코 로고시치는 1935년에만 유고슬라비아 정부와 세르비아 정교회의 압력으로 10만 명의 로마 가톨릭 신자들이 동방 정교회로 개종했다고 주장했다. 그러나 인구 조사 데이터는 이러한 주장에 반대되는 결과를 보여주며, 전간기에 크로아티아와 보스니아 모두에서 정교회 세르브인에 비해 가톨릭 크로아트인의 수가 약간 더 많이 증가했음을 보여준다.
1930년대 크로아티아에서 가톨릭 운동은 권위주의적이고 급진적인 가톨릭주의로 우경화되었다. 스테피나츠 아래에서 계층적인 십자군 가톨릭 청년 조직은 1938년까지 4만 명의 회원으로 성장했다. 제복을 입은 행진과 대중 집회, 그리고 "하느님, 교회, 조국"이라는 슬로건을 통해 그들은 급진적인 가톨릭주의와 크로아트 민족주의를 혼합하여 자유주의, 공산주의, 대세르비아주의에 반대했다. 그들은 보스니아 헤르체고비나와 바치카를 주장하며 크로아티아의 국경 확장을 구상하는 대크로아티아 이데올로기를 채택했다. 1941년 십자군들은 우스타샤 정권의 열렬한 지지자가 되었다. 스테피나츠는 자그레브 대교구의 크로아티아 가톨릭 운동의 지도자였으며, 그들의 신문인 Hrvatska straža(크로아티아 수호자)는 그들이 "항상 급진적인 크로아트인이자 항상 급진적인 가톨릭 신자"이며, "공산주의는 가장 큰 악"이고 "유대인 카를 마르크스의 결과물"이라고 선포했다. 스페인 내전에서 그들은 프랑코, 이탈리아, 독일 편에 섰는데, 이는 "그들이 유대인이나 공산주의자, 또는 음흉하고 위험한 프리메이슨을 용납하지 않기 때문"이었다. 스테피나츠 대교구의 공식 신문인 Katolički list는 "유대인은 인류의 주적이다. 그들은 인류의 진정한 저주이다"라고 선포했다. 국내 전선에서 가톨릭 신문들은 특히 크로아티아 농민당의 정책과 블라트코 마체크를 공격했다. 1930년대 후반, 크로아티아 가톨릭 운동의 상당 부분은 크로아티아 농민당의 민주주의, 평화주의, 협상에 대한 약속을 공격하고, 대신 독립과 권위주의로 나아갔으며, 저명한 가톨릭 지식인들이 제2차 세계 대전 이전에 우스타샤에 가입했다. 1941년 이후, 이들 가톨릭 운동가들—, , , 등—은 주요 우스타샤 선전가이자 변호인이 되었으며, 일부는 우스타샤 정권의 관리로 일했다. 따라서 십자군 지도자 이반 오르샤니치는 먼저 크로아티아 독립국의 선전 사무국을 이끌었고, 그 후 우스타샤 청년단의 지도자가 되어 파벨리치에게 직접 보고했다.
1937년 스테피나츠 대주교는 자그레브에 난민 지원 위원회를 설립했으며, 이 위원회는 나치 독일에서 탈출하는 유대인들을 광범위하게 도왔다. 이 위원회의 비서였던 테레지야 스크린가르는 1940년 4월 독일 국방군이 자그레브에 도착하자마자 게슈타포에 체포되어 독일 구금 시설에서 5개월을 보냈다. 스테피나츠는 1938년부터 여러 설교에서 인종주의에 반대하는 설교를 했다. "자신을 어떤 더 높은 존재—초인간적으로—생각하고 다른 사람을 경멸하는 것은, 모든 사람이 그 자체로 먼지이며 재이고, 하나님의 자비로 모든 사람이 한 분이신 하늘 아버지의 자녀라는 것을 알 때 잘못된 것입니다."라고 그는 1938년에 설교했다. 스테피나츠는 나치를 "이교도"로 여겼으며, 독일 대표자와의 모든 접촉에서 항상 유보적인 태도를 유지했다. 자그레브의 게슈타포는 스테피나츠가 나치즘에 대한 명백한 반감을 가지고 있었고, 1941년에서 1945년 기간 동안 박해받는 유대인들을 돕기 위한 많은 행동을 했다고 보고했다.
1940년, 스테피나츠는 파블레 왕자에게 말했다.
크로아티아 민족과 가톨릭 교회에 대한 그가 인지하는 모든 위협 중 스테피나츠는 공산주의의 위험에 가장 강력히 반대했다. 1940년 8월, 유고슬라비아와 소련 간의 최근 외교 관계 수립에 대한 응답으로 스테피나츠는 교회와 공산주의자들 사이에 협력이 있을 수 없다고 설교했고, 교회가 공산주의자들을 두려워하지 않으며, 공산주의자들이 크로아티아를 "살인자, 강도, 방탕자, 도둑의 민족"으로 만들 것이라고 말했다.
스테피나츠는 특히 프리메이슨에 집착했으며, 이는 유고슬라비아의 통일을 지지하고 가톨릭 교회의 "권위주의와 반자유주의 이데올로기"로 간주하는 것에 반대하는 것과 밀접하게 관련되어 있었다. 1934년 스테피나츠는 자신의 일기에 다음과 같이 썼다. "오늘날 유고슬라비아에서는 프리메이슨이 통치한다. 불행히도 크로아티아 민족의 심장부인 자그레브에도 이 지옥 같은 사회가 뿌리내렸다. 부도덕, 부패, 온갖 부정직의 소굴이며, 가톨릭 교회의 맹세한 적이고 따라서 크로아티아 민족의 적이다. 프리메이슨의 지식과 승인 없이는 아무도 영향력 있는 직위에 임명될 수 없다. 그것과 싸우는 것은 농담이 아니지만, 교회와 크로아티아 국민, 심지어 유고슬라비아 국가의 이익을 위해 싸워야 한다. 왜냐하면 오늘날 지배하는 폭력은 프리메이슨에 의해 지지되기 때문이다."
토마세비치는 제2차 바티칸 공의회 이전의 보수적인 고위 성직자들 사이에서 프리메이슨에 대한 그러한 맹렬한 감정이 드물지 않았다고 언급한다. 토마세비치는 또한 1931년 이탈리아 파시스트의 가톨릭 청년 조직 남용과 1937년 독일 나치즘에 대한 교황 회칙에도 불구하고 스테피나츠는 파시즘이나 나치즘을 비난하거나 언급하는 것을 삼갔다고 지적하며, 1938년 가톨릭 교회가 스페인 내전에서 프랑코의 이탈리아와 독일 동맹국들을 지지하고 있었기 때문에 그들의 정치 이데올로기에 대한 공개적인 비판은 도움이 되지 않았을 것이라고 강조한다. 마지막으로 토마세비치는 바티칸이 독일을 공산주의의 가장 중요한 적수로 보았다는 점을 강조한다. 그럼에도 불구하고 스테피나츠는 1937년 나치 이데올로기에 대한 교황 회칙 이후 나치즘과 공산주의 모두에 대해 경고를 발표한 유고슬라비아 주교 회의의 일원이었다. 스테피나츠는 나치즘과 공산주의 모두를 두려워했지만, 서구 의회 민주주의를 경멸했다. 이는 1940년 11월 5일 스테피나츠가 일기에 쓴 내용에서 확인할 수 있다.
웨스트는 스테피나츠를 "청교도적 열성가"라고 묘사하며, 그가 공산주의, 자유주의, 세속 교육, 이혼 개혁, 욕설, 결혼 외 성교, 피임에 반대하는 사람들을 크로아티아 가톨릭 운동이라는 우산 아래 모았다고 말한다. 스테피나츠는 심지어 "남녀 혼합 일광욕과 수영"에 대해서도 비난했다. 웨스트는 또한 1934년까지 스테피나츠가 다음과 같이 발전했다고 관찰한다.
언론인 마르쿠스 태너에 따르면, 부교구장 주교가 될 무렵, 스테피나츠는 세르비아 중심적인 유고슬라비아 정부의 접근 방식에 단호한 반대자가 되었고, 대주교가 될 무렵에는 HSS의 강력한 지지자가 되어 1938년 선거에서 마체크에게 투표했음을 분명히 했다.
스텔라 알렉산더는 스테피나츠의 정치적 전망에 대해 다음과 같이 썼다.
1939년 9월 전쟁 발발 후, 유고슬라비아 왕국은 중립을 선언했고, 영국은 유고슬라비아가 그 입장을 유지하도록 열심히 노력했다. 독일과 이탈리아의 압력이 꾸준히 증가하는 가운데, 1941년 3월까지 유고슬라비아는 추축국 회원국들로 완전히 둘러싸였다. 이러한 상황에서 일부 고위 정부 인사들은 유고슬라비아도 삼국 동맹 조약에 가입할 것을 주장했다.
여러 차례의 지연 끝에 파블레 왕자와 츠베트코비치 총리는 3월 25일 조약에 서명했지만, 다음날 벨그라드에서는 "노예보다는 무덤이 낫고, 조약보다는 전쟁이 낫다"는 구호를 외치는 시위가 일어났다. 3월 27일 새벽 무혈 군사 쿠데타가 일어났다. 쿠데타 이후 새 정부는 유고슬라비아의 삼국 동맹 조약 서명을 비준하기를 거부했지만, 공개적으로 배제하지는 않았다. 이 쿠데타는 크로아티아 인구에게 거의 지지를 받지 못했고, 침공이 시작된 다음 날 마체크는 정부에서 사임하고 소요를 예상하며 자그레브로 돌아왔다.
침공과 크로아티아 독립국 설립.
히틀러는 쿠데타 소식에 격분했고, 1941년 3월 27일 유고슬라비아 침공을 명령했다. 4월 6일부터 독일 주도의 추축군 침공 부대가 여러 방향에서 공격을 시작했고, 제한된 저항을 빠르게 제압했다. 전투 중에 여러 크로아트 부대가 반란을 일으키거나 제대로 싸우지 못하거나 이탈했다. 1941년 4월 10일, 독일군의 도움으로 국내 우스타샤 고위 인사 슬라브코 크바테르니크는 크로아티아 독립국(, NDH)의 설립을 선포했다. 독일 전차는 같은 날 늦게 자그레브에 진입했으며 환호하는 군중의 환영을 받았다.
전쟁 전 우스타샤는 독립 크로아티아를 위해 싸우는 파시스트, 극단 민족주의, 인종 차별주의, 테러리스트 조직이었다. 우스타샤 테러리스트들은 유고슬라비아행 국제 열차에 폭탄을 터뜨렸고, 1934년 유고슬라비아 국왕과 프랑스 외무부 장관의 마르세유 암살 사건에서 유죄 판결을 받았다. 안테 파벨리치, 크바테르니크 및 기타 우스타샤 지도자들은 실제 암살 주범으로 프랑스 법원에 의해 궐석 사형 선고를 받았다. 우스타샤의 "17원칙"은 "크로아트 혈통"이 아닌 사람들(즉, 세르브인과 유대인)은 미래 크로아티아 국가에서 어떤 정치적 역할도 할 수 없다고 선포했다. 1936년 그의 저서 "크로아트 문제"에서 우스타샤 지도자 파벨리치는 반세르비아 및 반유대인 증오를 퍼부으며 유대인을 크로아트 민족의 적이라고 불렀다.
4월 12일, 스테피나츠는 크바테르니크를 방문하여 크로아티아 독립국에 충성을 맹세했다. 다음 날, 우스타샤 지도자 안테 파벨리치가 자그레브에 도착했을 때 스테피나츠는 환영 행사에 참여하지 않았지만, 4월 16일 파벨리치를 방문했다. 이 회의와 라디오 방송은 모두 4월 17일 유고슬라비아 군대의 항복 이전에 발생했다. 그날 저녁, 스테피나츠는 파벨리치와 주요 우스타샤를 위해 만찬을 열었다. 4월 27일, 스테피나츠는 자신의 일기에 파벨리치가 가톨릭 교회의 소망에 따라 행동할 것이며, 파벨리치가 구 가톨릭교회(교황 권위를 거부하는)를 "박멸"할 것이며, 세르비아 정교회에 대해서는 그가 교회로 여기지 않고 정치 조직으로 여기기 때문에 관용을 베풀지 않을 것이라고 확언했다고 기록했다. 이를 바탕으로 스테피나츠는 파벨리치가 "진실한 가톨릭 신자이며 교회가 자유롭게 활동할 수 있을 것"이라고 일기에 결론 내렸지만, 어려움이 있을 것임을 인정했다. 같은 날, 크로아티아 가톨릭 공식 신문 네델리야는 파벨리치와 히틀러를 모두 칭찬하며 다음과 같이 말했다.
우스타샤는 즉시 정권에 반하는 행위를 시도하는 자에게는 사형만을 선고하는 가혹한 법령(4월 17일)을 시행하고, 첫 강제 수용소(4월 15일)를 개설했으며, 유대인과 세르브인에 대한 박해를 시작했다. 우스타샤가 나치식 인종법을 준비하고 있음을 인지한 스테피나츠는 4월 23일 우스타샤 내무부 장관 안드리야 아르투코비치에게 편지를 써서, 인종법이 "필요하다"고 언급하며, 가톨릭으로 개종한 유대인들은 예외로 해줄 것을 요청했다. 5일 후인 4월 28일, 스테피나츠는 "젊은 크로아티아 국가"의 탄생에 대한 "열광적인" 회칙을 자신의 교구에 발표했으며, 여기에는 다음과 같은 내용이 포함되어 있었다.
스테피나츠는 자신의 대교구 성직자들에게 새로운 크로아티아 국가에 대한 의무를 다하고 국가 원수인 우스타샤 지도자 파벨리치를 위해 기도할 것을 촉구했다.
스테피나츠의 편지는 크로아티아 민족주의자들과 신생 국가 내 가톨릭 교회의 상당 부분 사이에서 공통된 정서를 담고 있었다. 전간기 동안 교회의 정치적 역할이 미미했던 점을 고려할 때, 크로아티아 독립국의 수립은 교회와 크로아티아 가톨릭 운동에게 기회를 제공하는 것처럼 보였다. 신생 국가의 지도자들은 교회 지도자들과 협력할 의향이 있는 것처럼 보였고, 따라서 유고슬라비아 국가 하에서 교회가 겪었던 소외를 줄일 수 있을 것으로 보였다.
스테피나츠가 즉시 크바테르니크와 파벨리치를 방문하고, 그의 교구 편지는 모두 우스타샤가 신생 국가에 대한 통제를 강화하는 데 도움을 주었으며, 크로아티아 국민 사이에서 그 신뢰도를 높였다. 콘웰은 이 편지가 우스타샤가 비엘로바르 근처에서 거의 200명의 세르브인을 학살한 날 발행되었다고 지적한다. 스테피나츠의 편지 이전에도 우스타샤와 폴크스도이치는 이미 오시예크 회당을 파괴했으며(4월 14일), 4월 17일 파벨리치는 국민과 국가 보호에 관한 법령을 발표했는데, 이는 세르브인, 유대인, 롬족을 법 밖으로 밀어내 박해와 파괴로 이끈 최초의 법령이었다. 우스타샤는 그들의 첫 강제 수용소를 개설하고 수용하기 시작했으며(4월 15일), 유대인과 세르브인에 대한 추가적인 차별적 법령(4월 14일, 19일, 22일, 25일)을 제정했다. 스테피나츠는 이미 인종법 계획을 알고 있었는데, 파벨리치는 스테피나츠가 파벨리치와 우스타샤 국가를 칭찬하는 편지를 발행한 지 불과 이틀 후에 서명했다.
1941년 4월 30일, 파벨리치는 주요 인종법—인종 기원에 관한 법률령과 아리안 혈통 및 크로아티아 국민의 명예 보호에 관한 법률령—에 서명했다. 5월 16일 교황에게 보낸 편지에서 스테피나츠는 인종법이 나치들을 달래기 위한 것이며, "크로아트인들이 이 법을 통과시킨 것이 독일인들이 모든 권력을 자신들의 손에 넣는 것보다 훨씬 덜한 악이었다"고 결론지었다. 5월 14일 교황에게 보낸 편지에서, 글리나 교회에 갇혀 있던 260명의 정교회 세르브인 학살을 알고 있던 스테피나츠는 크로아티아를 "가톨릭 국가"로 만들려는 우스타샤의 노력을 칭찬하고, 특히 파벨리치를 칭찬하며, 그가 크로아티아에서 정교회 세르브인들을 "청산"(제거)할 것이라고 언급했다.
크로아티아 역사학자 흐르보예 클라시치(Hrvoje Klasić)는 스테피나츠가 오늘날 법원에서 민족 청소로 분류될 수 있는 세르비아인에 대한 행동을 지지했다고 지적한다. 1941년 5월 파벨리치는 교황을 알현했다. 파이어는 스테피나츠가 비오 12세와의 알현을 주선했으며, "성좌에 독재자를 추천했다"고 썼다. 에스터 기트만은 "스테피나츠는 파벨리치에 합류하지 않았다"고 썼으며, 그는 교황과 개인 알현을 가졌다. 파벨리치는 스테피나츠 대주교에게 마글리오네 추기경을 통해 교황 비오 12세에게 서한을 써서 크로아티아 독립국의 공식 인정을 요청하도록 압력을 가했다. 답변은 7월에 돌아왔다. 전시 오랜 전통에 따라 크로아티아 독립국에 대한 바티칸의 인정은 없었다. 그러나 교황은 교황 특사로서 주세페 마르코네 아빠스를 보냈으며, 이는 스테피나츠를 만족시켰다. 그는 "바티칸이 사실상 새로운 국가를 인정했다"고 느꼈기 때문이다.
5월 16일 교황에게 보낸 보고서에서 스테피나츠는 다음과 같이 썼다.
파벨리치는 1941년 6월 7일 히틀러를 처음 만났고, 많은 젊은 성직자들이 우스타샤 정권에 대해 매우 긍정적인 태도를 보였지만, 스테피나츠는 그가 "가능한 한 관대하게" 통치해야만 통치할 수 있다고 조언했다고 말했다. 비온디치는 스테피나츠가 많은 젊은 사제들이 우스타샤를 공개적으로 지지하는 것에 불만을 품었다고 지적한다. 1941년 6월 26일, 스테피나츠는 사라예보 대교구장과 벨그라드, 반야루카, 스플리트, 흐바르, 시베니크, 세니-모드루시 교구장들과 만났다. 모스타르 주교는 수도사를 회의에 보냈다. 이 그룹은 파벨리치를 찾아가 그들의 헌신과 신뢰를 표명하기로 결정했다. 파벨리치와의 접견에서 스테피나츠는 "종교와 국가에 대한 사랑은 오직 하느님에게서만 나온다"고 말한 후, 파벨리치에게 "우리 조국의 더 나은 미래를 위한 진실되고 충성스러운 협력"을 약속했다.
처음에는 크로아티아 독립국을 환영했지만, 스테피나츠는 나중에 나치 동맹국의 유대인과 세르브인에 대한 잔학 행위를 비난했다. 그는 유대인 박해와 나치 법률에 반대하고, 유대인과 다른 사람들의 탈출을 도왔으며, 1943년 자그레브 대성당 앞에서 우스타샤의 잔학 행위를 비판했다. 그럼에도 불구하고 스테피나츠는 우스타샤 정권과 결별하지 않았으며, 그들과 함께 공공 모임에 계속 참석했다. 침공과 달마티아 해안의 대부분이 이탈리아에 병합된 후, 자그레브 대교구의 교회 관구는 자그레브 대교구를 포함하여 자코보와 세니-모드루시 교구, 그리고 크리제브치 그리스 가톨릭 주교구를 포함했다. 스테피나츠는 자신의 관구 대리 주교들에 대해 매우 제한적인 공식 권한을 가지고 있었으며, 상위자라기보다는 "동등한 사람들 중 첫째"에 가까웠다. 비온디치는 스테피나츠가 사라예보에 기반을 둔 사라예보 대교구장 이반 샤리치 또는 크로아티아 독립국 내 다른 주교들의 정책을 지시하거나 행동을 통제할 권한이 없었다고 진술한다. 그러나 골트슈타인은 스테피나츠가 사라예보 대교구장 이반 샤리치와 소통했지만, 런던의 크로아티아 농민당 당원들이 샤리치를 격렬하게 비난한 것과는 달리, 그의 우스타샤 집단 학살에 대한 공개적인 지지를 사적으로조차 비난하지 않은 것으로 보인다고 지적한다.
1941년 여름 말, 안테 파벨리치는 지난 몇 달 동안 우스타샤가 저지른 모든 잔학 행위에 대해 비정규 "야만적인 우스타샤"(약 25,000-30,000명, 많은 범죄 요소 포함)를 공개적으로 비난했다. 국가 당국은 "야만적인 우스타샤" 구성원들에게 급여를 지급하거나 군 복무를 인정하지 않았지만, 정부 통제 언론과 우스타샤 관리들은 이전 몇 달 동안 "적대적 요소"에 대항하도록 이 공격적이지만 규율 없는 집단들을 분명히 부추겼다. 이는 정권이 크로아티아 독립국 내에서 민족 청소와 집단 학살을 실행하는 데 인력이 필요했기 때문이다. 이 우스타샤 민병대 비정규 부대의 일부 구성원들은 세르브인과 롬족에 대한 범죄로 체포, 재판, 처형되었다. 이는 나머지 "야만적인 우스타샤"에게 우스타샤 계층 구조에 편입되라는 메시지를 전달하기 위해 이루어졌다. 그러나 세르브인, 유대인, 롬족에 대한 박해는 계속되었다.
역사가 조조 토마세비치는 크로아티아 독립국 정권이 유대인, 세르브인, 롬족에 대해 집단 학살 정책을 펼쳤으며, 동시에 크로아트인들에게도 역사상 가장 큰 억압을 가했다고 진술한다. 존 파인에 따르면, 스테피나츠는 수도의 대주교였기 때문에 우스타샤 지도자들과 긴밀한 관계를 유지했다. 전쟁 기간 동안 스테피나츠는 크로아티아 독립국 창립 기념일에 테 데움을 개인적으로 집전했으며, 1945년 4월 10일도 포함되었다. 스테피나츠는 전쟁 내내 크로아티아 독립국 군대의 군종 대리로 복무했다. 그는 우스타샤 신문에 파벨리치와 다른 우스타샤 지도자들과 함께 여러 차례 사진에 실렸다. 비록 나중에 우스타샤와 거리를 두려 했지만, 특히 추축국과 우스타샤가 전쟁에서 패배할 것이 분명해졌을 때, 스테피나츠와 크로아티아 가톨릭 교회의 성직자들은 마지막까지 우스타샤 정권을 공개적으로 지지했다.
1941년 5월 중순, 마글리오네는 이미 스테피나츠와 다른 주교들이 우스타샤 지도부와 "타협하는" 것을 피하기 위해 크로아티아 독립국 당국과 조심스럽게 행동하고 있다고 언급했다. 1941년 7월, 파벨리치의 생일을 축하하기 위해 자그레브 대성당에서 테 데움이 불리지 않아 스테피나츠와 우스타샤 지도자 사이에 긴장이 고조되었다. 그러나 같은 달, 첫 크로아티아 독립국 주교 회의가 끝난 후, 주교들은 파벨리치에게 접견을 받았다. 스테피나츠는 파벨리치를 직접 맞이하며 주교들이 "크로아티아 독립국의 합법적인 하느님 교회의 대표로서, 우리 조국의 더 나은 미래를 위한 진실되고 충성스러운 협력의 약속과 함께" 그를 방문하고 있다고 말했다. 1941년 10월, 우스타샤가 자그레브 주요 회당을 파괴한 직후, 스테피나츠는 다음과 같은 설교를 했다.
1941년 11월, 스테피나츠는 주교 회의를 주재하며 크로아티아 독립국 내 여러 주교들로부터 보고를 들었다. 그가 들은 내용은 새로운 크로아티아 국가에 대한 그의 열정을 식게 만들었다. 11월 20일 그는 파벨리치에게 자신이 받은 보고서 일부를 포함하여 편지를 썼다. 그는 최악의 잔학 행위는 끝났고, 그것들은 개인들의 소행이라고 믿는다고 진술했다. 그러나 스테피나츠가 개인들을 비난한 것과는 달리, 역사학자들은 우스타샤 정권이 유대인, 세르브인, 롬족에 대해 체계적인 집단 학살 정책을 수행했다고 진술한다. 편지는 파벨리치에게 다음과 같이 도전했다. "이러한 끔찍한 폭력과 잔혹 행위가 일어나고 있다는 것을 아무도 부정할 수 없습니다." 그는 파벨리치 자신이 우스타샤가 저지른 잔학 행위를 비난했다고 지적했다. 그는 "크로아티아 민족은 1000년 된 문화와 기독교 전통을 자랑스러워해 왔습니다. 그래서 우리는 이제 자유를 얻은 크로아티아가 이전 통치자들이 보인 것보다 더 큰 고귀함과 인간성을 실제로 보여주기를 기다립니다"라고 말했다. 토마세비치는 스테피나츠가 이 편지를 공개하지 않았다는 점, 예를 들어 사목 서한 형태로 공개하지 않았다는 점을 지적하는데, 이는 우스타샤의 범죄를 억제하는 데 유익한 효과를 가져올 수 있었을 것이다. 사실 토마세비치는 스테피나츠도, 교회 계층의 다른 누구도 우스타샤의 세르브인에 대한 범죄에 대해 공개적으로 단 한 마디도 항의하지 않았다고 썼다. 세르브인들은 크로아티아 독립국 집단 학살 정책의 가장 많은 희생자였다.
1941년 12월, 파벨리치는 이탈리아 외무부 장관 갈레아초 치아노 백작과 만나 가톨릭 성직자 중 하위 계층은 우스타샤 정권에 대해 매우 긍정적인 태도를 보였지만, 일부 주교들은 정부에 노골적으로 적대적이었다고 말했다. 또한 12월에 스테피나츠는 가톨릭 운동과 우스타샤에 가입하는 것이 양립할 수 없다고 선언했다. 콘웰은 스테피나츠가 "새로운 크로아티아 국가의 일반적인 목표와 전적으로 일치했다"고 진술한다. 토마세비치는 가톨릭 교회가 우스타샤 정책을 전적으로 지지했으며, 세르브인에 대한 범죄를 공개적으로 비난하지 않았다고 진술한다. 많은 사제들과 잘 알려진 가톨릭 평신도들은 공개적으로 우스타샤 편에 섰고, 크로아티아 독립국에서 중요한 직책을 맡았으며, 가톨릭 언론은 파벨리치 정권을 칭찬했다. 여러 차례, 대주교는 크로아티아 독립국에 대한 지지를 선포하고 유고슬라비아의 소멸을 환영했다. 그는 전쟁 기간 동안 매년 4월 10일 크로아티아 독립국 선포 기념 미사를 집전했다. 1945년 6월, 크로아티아 독립국 주재 교황 특사 마르코네는 자그레브의 한 영국 장교에게 전쟁 중 크로아티아 가톨릭 교회가 "우스타샤와 너무 밀접하게 동일시하려는 경향이 있었다"고 말했다. 이는(1) 많은 크로아트인 사제들이 크로아티아 독립의 열정적인 신봉자였으므로 우스타샤의 잔학 행위에 눈감고 싶어했고,(2) 파벨리치, 루카비나, 루부리치와 같은 최악의 범죄자를 포함하여 우스타샤 지도자들이 독실한 가톨릭 신자였기 때문에 그들에게 끌렸기 때문이었다.
1943년 5월, 스테피나츠는 교황청 국무장관에게 크로아티아 가톨릭 교회가 우스타샤 정권에 대해 어떤 태도를 취하고 있는지 보고했다. 교회가 우스타샤의 범죄에 충분히 반대하지 않았다는 비판에 대해 스테피나츠는 교회가 우스타샤 정권으로부터 받은 주요 이점들을 열거했다. 그는 낙태에 반대했는데, 스테피나츠는 주로 유대인과 세르비아인 의사들이 낙태를 시행한다고 주장했으며, 음란물을 금지했는데, 스테피나츠에 따르면 유대인과 세르비아인들이 음란물을 발행했다고 한다. 또한 프리메이슨을 폐지하고 공산주의에 강력히 맞서 싸웠으며, 욕설에 대한 법령을 발표했다. 우스타샤 정부는 크로아티아 독립국 군인들의 기독교 교육을 보장했고, 학교에서 종교 교육을 주장했으며, 가톨릭 종교 기관에 대한 재정 지원을 늘리고 성직자들의 봉급을 인상했으며, 교회의 자선 활동을 지원하고 새로운 교회의 건설과 기존 교회의 수리를 재정적으로 지원했다. 스테피나츠에 따르면, 이 모든 것들은 가톨릭 교회를 향한 우스타샤 정권의 선의의 지표였으며, "대주교의 보고서가 분명히 보여주듯이, 교회도 이에 상응하는 보답을 했다."
같은 편지에서 스테피나츠는 유고슬라비아 망명 정부의 우스타샤 정권에 대한 불평을 바티칸의 눈에 크로아티아 독립국을 불신시키려는 "적의 선전"으로 묘사했다. 그는 책임감 없는 사람들에 의해 크로아티아 독립국 당국의 승인 없이 세르브인에 대한 잔학 행위가 저질러졌다는 것을 인정했으며, 책임자 중 상당수는 정부에 의해 처형되었다고 주장했다. 그는 잔학 행위를 한탄하고 비난했지만, 이는 세르브인들이 전간기에 크로아티아 민족의 모든 권리를 침해했던 행동에 대한 반응이라고 진술했다. 그는 또한 추기경에게 1928년 의회에서 크로아티아 의원들이 암살당한 사건을 상기시켰다. 토마세비치는 우스타샤도 "일부 과잉 행위"와 "야만적인 우스타샤"라고 정기적으로 언급했던 것을 정당화하려 했으며, 이는 세르비아인 지배 유고슬라비아 정권의 전전 탄압 행위를 들먹였다고 지적한다. 그러나 스테피나츠의 견해와 달리, 토마세비치는 "전시 우스타샤의 세르비아인에 대한 정책은 집단 학살적 성격을 띠었으며, 이전의 [세르비아인의] 반크로아티아 조치와는 성격과 범위 면에서 완전히 불균형했다"고 썼다. 또한 우스타샤 정권은 크로아티아 독립국이 운영하는 강제 수용소에서 유대인과 롬족에 대한 집단 학살도 자행했다.
파벨리치는 4년 동안 재임하면서 자그레브 대성당에서 단 한 번만 미사에 참석했으며, 스테피나츠는 그 때 입구에서 그를 맞이하지 않았다. 스테피나츠는 새로운 정권 하에서 대교구의 출판물인 Katolički List에 대한 통제권을 잃었다. 1942년, 헝가리 관리들은 헝가리가 점령한 메지무리예를 헝가리의 교구에 교계적으로 편입시키기 위해 로비 활동을 했다. 스테피나츠는 이에 반대했고, 교황청으로부터 전쟁 중에는 교구 경계가 변경되지 않을 것이라는 보장을 받았다. 1943년 10월 26일, 독일군은 대주교의 형제인 미요를 살해했다.
태너에 따르면 스테피나츠는 정치와 우스타샤 정권의 본질에 대해 여전히 순진했다. 1943년 스테피나츠는 바티칸을 방문하여 크로아티아 예술가 이반 메슈트로비치와 접촉했다. 메슈트로비치에 따르면 스테피나츠는 파벨리치가 세르브인 학살에 대해 알고 있었는지 그에게 물었다. 메슈트로비치가 파벨리치가 모든 것을 알고 있어야 한다고 대답하자 스테피나츠는 얼굴이 창백해지며 눈물을 흘렸다.
역사가 마르틴 길버트는 스테피나츠가 처음에는 크로아티아 독립국을 환영했지만, 나중에는 "세르브인과 유대인에 대한 크로아트인들의 잔학 행위를 비난했고, 직접 노인 요양원에서 유대인 집단을 구했다"고 썼다. 웨스트에 따르면 스테피나츠와 전체 가톨릭 교회는 파벨리치와 크로아티아 독립국에 충성을 유지했다. 웨스트는 스테피나츠가 파벨리치, 부닥, 크바테르니크, 아르투코비치와 같은 고위 우스타샤의 사제이자 고해성사 신부 중 한 명이었다고 진술한다.
1944년, 크로아티아 독립국 법무종교부는 스테피나츠에게 파벨리치로부터 크로아티아 공로훈장을 제안했고, 스테피나츠는 이를 수락했다. 이는 "대주교로서 국내외에서 크로아티아 독립국의 적들을 폭로한 공로" 때문이었다.
크로아티아 독립국의 가톨릭 교회는 이후 정부가 취한 조치를 비판하기 시작했고, 당국과 어느 정도 거리를 두려 했다. 유력한 대안 정부가 세르비아인 쇼비니스트 체트니크나 공산주의자들이 이끄는 상황에서, 교회에는 진정한 대안이 없었다. 당시 우스타샤는 이미 크로아티아 국민 대다수의 지지를 잃었고, 주요 크로아티아 전전 정당인 크로아티아 농민당의 대부분 구성원들은 파르티잔을 지지하고 있었다. 이와 달리 교회는 크로아티아 독립국 정부에 대한 지지를 끝까지 유지했다. 이는 1945년 3월 24일 주교 회의 후 발표된 사목 서한으로 입증되는데, 이 서한에서 크로아티아 가톨릭 교회는 대부분의 고위 정권 인물들이 해외로 도피할 준비를 하고 있었음에도 불구하고 괴뢰 국가와 그 통치자들에 대한 공식적인 지지를 유지했다. 주교 회의는 우스타샤 정부의 촉구로 소집되었으며, 서한 초안 작성에도 관여했는데, 이 서한은 이미 연합군에 의해 인정된 새로운 통합 유고슬라비아 정부가 수립된 후에 발표되었다. 나중에 자그레브 주재 영국 대표에 따르면, 교황 특사 마르코네는 크로아티아 독립국에 대한 주교들의 지지 서한을 알았다면 그 발행을 막기 위해 모든 노력을 다했을 것이라고 진술했다.(전쟁 중 바티칸은 망명 중인 유고슬라비아 정부를 인정했고, 전후에는 새로운 유고슬라비아 정부를 인정했다.) 크로아티아 독립국 내 가톨릭 언론 또한 마지막까지 파벨리치를 지지했다.
이보 골트슈타인은 스테피나츠가 우스타샤의 범죄에 대해 항의했음을 인정하지만, 스테피나츠의 가장 큰 실패는 크로아티아 독립국의 첫날부터 마지막 날까지 그 범죄 정권에 대한 공개적인 지지였다고 진술한다. 그는 우스타샤의 집권 소식을 축하했고, 크로아티아 독립국 기념일(심지어 1945년 4월 10일에도)에 테 데움을 거행했으며, 수많은 경우에 파벨리치와 다른 우스타샤 관리들과 함께 사진을 찍혔는데, 이 모든 것이 우스타샤 정권에 정당성을 부여하여 권력을 유지하고 범죄를 저지를 수 있게 했다. 우스타샤는 스테피나츠의 사적인 비판을 무시했으며, 그의 소수의 공개적인 비판을 들은 사람들은 상대적으로 적었다. 반면에 수많은 사람들이 스테피나츠의 크로아티아 독립국에 대한 공개적인 지지를 보고 들었다. 또한 스테피나츠는 그의 비판의 대부분을 우스타샤가 이미 대부분의 집단 학살 범죄를 저지른 후에야 표명했다.
비온디치는 스테피나츠가 우스타샤 정권의 모든 정책을 정당화하는 "열렬한 지지자"도 아니었고, 그의 많은 옹호자들이 주장하는 것처럼 체계적인 방식으로 그들의 범죄를 공개적으로 비난하는 "공언된 반대자"도 아니었다고 결론지었다. 그러나 비온디치는 또한 스테피나츠가 그의 많은 옹호자들이 주장하는 것처럼 우스타샤 정권에 대해 솔직하게 비판하는 인물은 아니었다고 진술한다.
반면에 역사학자 로버트 맥코믹은 다음과 같이 말한다. "대주교의 모든 후회에도 불구하고, 그는 크로아티아 독립국(ISC)에 묵시적으로 참여했다. 그는 포글라브니크(우스타샤 지도자)와 반복적으로 공개 석상에 나타났고, 크로아티아 독립국 창설 기념일에 테 데움을 발표했다. 크로아티아 독립국의 이름으로 우스타샤의 잔학 행위를 공개적으로 비난하지 않은 것은 파벨리치의 정책을 받아들이는 것과 마찬가지였다."
1945년 4월 10일, 스테피나츠는 자그레브 대성당에서 크로아티아 독립국 창립 4주년 기념 미사를 집전했으며, 우스타샤 국가의 잔존 세력을 위해 테 데움이 불렸다. 리차드 웨스트는 4월 15일 파벨리치와 다른 우스타샤 지도자들이 도피 준비를 하고 있을 때, "스테피나츠 대주교는 그의 설교를 크로아티아의 가장 큰 죄악이라고 믿는 것에 바쳤는데, 이는 대량 학살이 아니라 욕설이었다."
우스타샤 잔학 행위에 대한 대응.
인종법.
1941년 4월 23일, 스테피나츠는 우스타샤 내무부 장관 아르투코비치에게 "반유대인 법률 발표를 계기로" "유대인 혈통이지만 유대교에서 개종한 훌륭한 가톨릭 신자들... 필요한 법률을 통과시킬 때 이러한 개종자들을 고려해야 한다"고 주의를 주었다. 역사학자 이보 골트슈타인은 스테피나츠가 인종법 채택에 반대하지 않았을 뿐만 아니라, 이를 "필요하다"고 불렀으며, 가톨릭으로 개종한 유대인들만 면제해 줄 것을 요청했을 뿐이라고 지적한다. 파벨리치의 인종법 선포 후, 스테피나츠는 교황에게 파벨리치를 "진정한 가톨릭 신자"로 칭찬했으며, "크로아트인들이 이 법을 통과시킨 것이 독일인들이 모든 권력을 자신들의 손에 넣는 것보다 훨씬 덜한 악이었다"고 진술했다.
스테피나츠는 5월 22일 아르투코비치에게 다시 편지를 써서 인종법과 개종 유대인에 대한 적용에 항의하며, 다른 인종의 구성원들이 "자신의 잘못이 아닌데도" 차별받아서는 안 된다고 말했다. 그는 "우리... 반유대인 법안과 세르브인에 관한 유사 법안의 틀 내에서도 인간 존엄성 원칙이 보존되도록 규정을 제정해 줄 것을 요청합니다"라고 썼다. 스테피나츠는 덧붙였다. "경제 주체가 국민의 손에 있고, 비국민적이고 반국가적인 요소가 자본을 축적하거나 외래 요소가 국가와 국민에 대해 결정하는 것을 허용하지 않는 시도는 분명히 모두가 승인할 것이다. 그러나 다른 민족이나 다른 인종의 구성원들에게 생존의 모든 가능성을 빼앗고 그들에게 수치의 낙인을 찍는 것은 인간성과 도덕성의 문제이다."
골트슈타인이 지적하듯이, 스테피나츠는 "인간적인" 인종법을 주장하는 듯 보였다. 1942년 5월 24일, 스테피나츠는 세르브인을 언급하지는 않았지만, 일반적으로 인종 박해를 비난했다. 그는 교구 서한에서 다음과 같이 진술했다.
1942년 10월 25일 설교에서 그는 인종 수용에 대해 다음과 같이 추가적으로 언급했다.
유고슬라비아 망명 정부의 비판에 대한 응답으로, 교회가 우스타샤의 범죄에 맞서 충분히 행동하지 않았다는 비판에 대해, 1943년 5월 스테피나츠는 교황청 국무장관에게 편지를 써서 범죄를 인정하면서도 우스타샤를 칭찬했다. 그 이유 중에는 낙태와 음란물에 맞서 싸운 것 등이 있었는데, 스테피나츠는 둘 다 유대인과 세르브인에게 책임이 있다고 주장했다.
1943년 10월 31일 그의 강론은 일부에서 우스타샤에 대한 가장 단호한 비판으로 간주된다. 스테피나츠는 먼저 낙태, "오늘날 여성 세계의 이교도적 유행", 그리고 "해변과 다른 목욕 장소에서 목격된 모든 방탕함"에 대해 비난했다. 그는 이러한 "죄"가 "오늘날 하느님께서 도시와 마을뿐만 아니라 모든 민족을 무너뜨리시는" 이유라고 비난한다. 이 연설의 주된 주제는 "우리 조국의 일부 지역에서 발생한 범죄에 대해 제때 또는 적절하게 일어나지 않았다고 우리를 비난하는" 사람들에 맞서 교회의 행동을 옹호하는 것이다. 스테피나츠는 "교회는 다른 사람들이 하느님의 법에 따라 행동하도록 강요할 수 없다"며 "사제 계급 내의 열정적인 자들"에 대해 책임질 수 없다고 진술한다. 그는 "사람들의 영혼에 그러한 슬픈 결과를 초래한 불만과 불만족을 만든 것은 교회가 아니다"고 선포하며, 대신 "특정 집단, 조직, 그리고 다른 민족 그룹의 구성원"을 비난하는데, 일부 자료는 이를 세르브인과 아마도 유대인을 지칭한다고 본다.
스테피나츠는 또한 공산주의, 사유재산권 부인, 이혼 승인, 하느님 부정, 학교에서의 종교 교육 금지 등을 비판한다. 마지막으로 강론 끝부분에서 그는 다음과 같이 말한다. "가톨릭 교회는 다른 사람을 지배하는 인종이나 노예 인종을 알지 못한다. 가톨릭 교회는 인종과 민족을 하느님의 피조물로만 알며, 만약 어떤 인종을 더 소중히 여긴다면, 그것은 강한 주먹이 아니라 고귀한 마음을 가진 자들이다. 그녀에게 왕궁의 왕은 마지막 빈자나 천막 아래의 집시와 같은 사람이다... 죄인이 발견되지 않는 범죄에 대해 수백 명의 인질을 총살하는 체제는 좋은 열매를 맺지 못하는 이교도적인 체제이다."
이 연설에서 스테피나츠는 "모든 잘못, 모든 무고한 살해, 모든 마을 불태우기"를 비난한다. 그의 공개적인 비판 대부분은 대부분의 집단 학살이 이미 완료되고 나치와 우스타샤가 패배할 것이 분명해진 후에 이루어졌다. 이 늦은 연설들은 제한된 청중 앞에서 이루어졌으며, 공산주의자들이 권력을 장악한 지 불과 4개월 후 그가 크로아티아 전역의 모든 강단에서 읽도록 명령한 사목 서한과는 달랐다. 1943년 5월 바티칸에 보낸 편지에서 스테피나츠는 여전히 우스타샤를 "좋은 일"을 했다고 칭찬했으며, 여기에는 "유대인과 정교회 신자들이 주로 발행하던 모든 포르노그래피 출판물에 대한 엄격한 금지!"가 포함되어 있었다.
스테피나츠는 유대인들을 박해로부터 구하려는 노력에 직간접적으로 관여했다. 아미엘 솜로니(에밀 슈바르츠)는 1942년까지 자그레브의 수석 랍비 미로슬라브 샬롬 프라이베르거의 개인 비서였다. 유대인 구조 활동에서 솜로니는 수석 랍비와 스테피나츠 사이의 중개자 역할을 했다. 그는 나중에 스테피나츠가 전쟁 중 유대인들을 위해 최선을 다했기 때문에 그를 "진정으로 복받은 자"로 여긴다고 진술했다. 알려진 바에 따르면, 우스타샤 정부는 이 시점에서 교황청에 그를 자그레브 대주교직에서 해임해 줄 것을 요청했지만, 바티칸이 우스타샤 국가를 인정하지 않았기 때문에(이탈리아의 압력에도 불구하고) 이는 거부되었다.
스테피나츠와 벨그라드 주재 교황 대사 주세페 마르코네는 이탈리아 왕실, 헝가리, 불가리아 군대와 중재하여 유고슬라비아 유대인들이 추방을 피하기 위해 점령된 발칸 영토로 피난할 수 있도록 허용해 줄 것을 촉구했다. 그는 또한 이스탄불에 기반을 둔 교황 대사 안젤로 론칼리와 함께 이 영토를 통해 유대인들이 안전한 중립국인 튀르키예와 스페인으로 여행할 수 있도록 주선했다. 그는 일부 유대인들을 드라구틴 예이시 신부에게 보냈는데, 그는 파르티잔을 지지했다는 혐의로 전쟁 중 우스타샤에 의해 살해되었다.
대량 살상 및 강제 수용소.
우스타샤는 크로아티아 독립국 내 유대인의 80%(3만 명 희생), 롬족의 거의 모두(2만 5천 명 희생), 그리고 세르비아 인구의 거의 20%(34만 명 희생 – 참조: 희생자 수)가 살해당하는 공포 정치를 펼쳤다. 군종 대리로서 스테피나츠는 우스타샤 군대에 축복을 내렸다. 스테피나츠는 처음에 이러한 대량 학살에 대해 사적인 항의 서한으로 대응했다. 그리하여 1941년 5월 14일, 스테피나츠는 글리나에서 우스타샤가 세르비아인 마을 주민들을 학살했다는 소식을 들었다. 같은 날, 그는 파벨리치에게 다음과 같이 썼다.
비온디치에 따르면, 크로아티아 독립국 수립 후 처음 몇 주 또는 몇 달 동안 스테피나츠는 우스타샤가 저지른 잔학 행위가 그들의 계획의 핵심 구성 요소라는 것을 알지 못했을 수도 있다. 이 견해는 스테피나츠가 잔학 행위를 자발적이거나 소위 "무책임한 요소"의 결과로 간주했으며, 그들은 당국에 책임을 질 것이라고 생각했다고 가정한다. 파벨리치와의 서신은 그가 포글라브니크가 그러한 행동을 승인했을 것이라고 믿지 않았다는 것을 시사한다. 스테피나츠가 자코보 주교 관할 구역 내에 강제 수용소를 설립하려는 우스타샤의 생각에 단호히 반대했지만, 1941년 12월 1일 자코보 강제 수용소는 자코보 교구 소유의 버려진 제분소에 설립되었다.
1943년 1월 안테 칠리가가 야세노바츠에서 석방된 후, 스테피나츠는 그곳에서 무슨 일이 벌어지고 있는지 알아보기 위해 그와 면담을 요청했다. 7명의 슬로베니아 사제들이 야세노바츠에서 살해된 후, 스테피나츠는 1943년 2월 24일 파벨리치에게 다음과 같이 썼다.
이들은 여전히 사적인 항의 서한이었다. 비록 1942년과 1943년 후반에 스테피나츠가 우스타샤의 집단 학살에 대해 더 공개적으로 발언하기 시작했지만, 이는 대부분의 집단 학살이 이미 저질러진 후였고, 나치와 우스타샤가 패배할 것이 점점 더 분명해졌을 때였다. 게다가 스테피나츠는 수적으로 가장 큰 우스타샤의 집단 학살인 세르브인에 대한 집단 학살을 공개적으로 비난한 적이 없으며, 스테피나츠는 이 범죄를 저지른 우스타샤 국가를 끝까지 지지했다. 스테피나츠의 더 사적인 접근 방식을 옹호하는 사람들에게 이보 골트슈타인은 다음과 같이 지적한다. "고위 성직자들이 박해에 공개적이고 활기차며 원칙적인 방식으로 반대했을 때, 비교적 더 많은 박해받는 유대인들이 구출되었다. 프랑스(특히 툴루즈와 리옹 대주교), 네덜란드, 이탈리아, 덴마크, 그리고 한동안 심지어 독일 자체에서도 그러했다. 슬로바키아의 가톨릭 주교들은 급진적인 추방에 대한 나치의 요구에 강력히 반대하여 많은 개종 유대인들의 생명을 구했고, 소피아의 정교회 대주교 스테판은 유대인들의 생명을 끊임없이 공개적으로 옹호함으로써 불가리아에서 단 한 명의 유대인도 나치 수용소로 추방되는 것을 막는 데 근본적인 역할을 했다."
반면에 에스더 기트만은 생명을 구하려는 욕구가 스테피나츠의 바람이었다고 인용하며, "네덜란드 가톨릭 교계의 유대인 방어를 위한 강력한 노력은 1942년 모든 유대인, 심지어 사제와 수녀를 포함한 오랜 개종자들의 대규모 검거로 이어졌다"고 지적한다. 유명한 성인 에디트 슈타인도 마찬가지였다. "네덜란드 주교들은 큰 용기를 보여주었지만, 해당 국가 유대인의 79%—11만 명—가 살해되었다."
스테피나츠는 1941년 7월 21일 유대인과 세르비아인들이 강제 수용소로 대량 추방된 후 파벨리치에게 다시 편지를 썼다. 그는 파벨리치가 그 잔학 행위에 대해 알지 못했을 것이며, 다른 사람들은 그에게 말해주려 하지 않을 것이라고 확신한다고 밝혔다. 그는 이러한 상황 때문에 스테피나츠가 파벨리치에게 이 문제들을 알리는 것이 더욱 큰 의무라고 썼다. 유대인들을 "비아리안인"이라고 언급하며, 스테피나츠는 "비아리안인들이 강제 수용소로 추방되는 과정과 수용소 자체에서 비인간적이고 잔인하게 다루어지고 있으며, 심지어 어린이, 노인, 병자들도 그러한 대우에서 예외가 아니라는 소식을 여러 곳에서 듣고 있습니다"라고 썼다. 처음에는 스테피나츠는 이러한 유대인 및 기타 사람들의 강제 수용소 추방에 원칙적으로 반대하지 않았지만, "인간적으로" 시행해 줄 것을 호소했으며, 1941년 7월 21일 파벨리치에게 "절차를 완화하기 위한 몇 가지 세부 사항"을 도입할 것을 제안했다. "a) 사람들이 가장 필수적인 것을 준비할 수 있도록, 가족과 직업에 대한 가장 시급한 의무를 정리할 수 있도록 수용소로 보내야 한다. b) 특히 먼 곳으로 갈 때는 혼잡한 밀폐된 철도 차량으로 수송해서는 안 된다. c) 수감자들에게 충분한 음식을 제공해야 한다. d) 병든 사람들에게 의료 치료를 제공해야 한다. e) 가장 필요한 음식을 보내고 가족과 서신을 주고받을 수 있도록 허용해야 한다." 추방된 사람들 중 일부가 최근 가톨릭으로 개종했다는 소식을 듣고, 그는 그들에 대해 더 큰 관심을 보여야 할 의무가 있었다. 그는 "인간적이고 기독교적인 배려... 특히 약한 노인, 어린 무고한 아이들, 그리고 병든 사람들에게 보여져야 한다"고 요청했다. 비온디치에 따르면, 스테피나츠가 이러한 우려를 바티칸과 공유했을 가능성이 매우 높다. 반면에 파이어는 "우스타샤 정권의 억압과 테러는 동남부 유럽 역사상 유례가 없었다"는 점을 고려할 때, "스테피나츠와 바티칸이 우스타샤 살인이 집단 학살에 해당한다는 것을 몰랐다고 믿는 것은 불가능하다"고 썼다. 스테피나츠는 1941년 5월 글리나 학살과 우스타샤 국가가 유대인, 세르브인 등을 강제 수용소로 보내기 시작했다는 것을 분명히 알고 있었다.