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다이지(大治) 2년(1127년) 9월 11일에 도바 상황(鳥羽上皇)과 중궁(中宮) ・ 후지와라노 다마코의 제4황자로 태어났다. 나카고몬 무네타다(中御門宗忠)는 "한 분의 오키사키(后)에게서 네 황자가 나오는 것은 예로부터 보기 드문 일"이라고 평하고 있다. 11월 14일에 친왕 선하(親王宣下)를 받아 마사히토(雅仁)라는 이름을 얻게 되었다(《주기》(中右記)). 2년이 지나서 증조부 시라카와 법황(白河法皇)의 사망으로 아버지 도바 상황이 인세이를 행하게 되었다. 호엔(保延) 5년(1139년) 12월 27일에 12세로 겐푸쿠(元服)를 행하고 2품의 관위를 받았다.
인세이를 개시한 뒤부터 아버지 도바 상황은 후지와라노 나리코(藤原得子)를 총애하여, 에이지(永治) 원년(1141년) 12월 7일에 스토쿠 천황(崇徳天皇)을 강제로 양위하게 하고 나리코 소생의 나리히토 친왕(體仁親王)을 즉위시킨다(고노에 천황近衛天皇). 황위 계승과는 별로 연이 없었던 친왕은 젊은 시절의 대부분을 유흥에 빠져 지냈는데, 이 무렵부터 덴라쿠(田楽) ・ 사루가쿠(猿楽) 등 서민의 잡예(雑芸)가 상류 귀족들의 생활에도 파고들어 사이바라(催馬楽) ・ 로에이(朗詠)에 비하면 자신의 감정을 더욱 자유롭게 표현할 수 있는 민요나 유행가 같은 이마요(今樣)가 한창 성행하고 있었는데, 마사히토 친왕은 특히 이러한 이마요에 심취해 있었다. 훗날 자신이 칙명으로 편찬하게 한 《료진히쇼 구전집》(梁塵秘抄口傳集)에서 그는 "열 살 남짓할 무렵부터 이마요를 좋아하게 되어 연습을 게을리한 적이 없었다. 낮에는 노래하느라 해가 저물었고 밤에는 노래하느라 날이 밝았다. 목소리가 나오지 않게 된 적이 세 번 있었는데 두 번은 목이 부어서 뜨거운 물을 목에 넘기기도 괴로웠다. 다이켄몬인(待賢門院)께서 돌아가시고 50일이 지났을 무렵에 스토쿠인(崇徳院)이 같은 고쇼(御所)에 살자며 맞이하였다. 너무 가까이 있어 걱정도 되었지만, 이마요가 좋아서 견딜 수가 없었기에 예전처럼 매일 밤 노래를 불렀다. 도바도노(鳥羽殿)에 있을 때에는 50일 정도를 노래하느라 지샜고, 히가시산조도노(東三条殿)에서는 배를 타고 사람들을 모아서 40일 남짓을, 해가 뜰 때까지 매일 밤 음악을 연주하며 노닐었다."고 술회하고 있다. 이러한 친왕의 이마요에 대한 지대한 관심은 주위 사람들의 눈에는 정상의 범주를 넘어선 것처럼 보였고 아버지 도바 상황은 "즉위할 그릇은 못 되겠다(即位の器量ではない)"(《구간쇼》)고 친왕을 평가할 정도였다.
친왕의 이마요 놀이 상대는 미나모토노 스케카타(源資賢) ・ 후지와라노 스에카네(藤原季兼) 같은 상류 귀족뿐 아니라 교토의 남녀나 하시타모노(はしたもの), 조시(雑仕), 에구치(江口) ・ 간자키(神崎)의 유녀(遊女), 구구쓰(傀儡子) 같은 하층 계급까지 폭 넓게 걸쳐 있었다. 친왕의 첫 아내는 미나모토노 아리히토(源有仁)의 양녀였던 요시코(懿子)였으나 고지(康治) 2년(1143년)에 모리히토 친왕(守仁親王, 훗날의 니조 천황)을 낳고 급서하였다. 이후 후지와라노 스에나리(藤原季成) 딸 나리코(成子)를 다시 아내로 맞아 2남 4녀를 두었지만, 평생 총애를 받지는 못했다.
규쥬(久寿) 2년(1155년) 고노에 천황이 붕어하였을 때, 친왕의 제1황자이자 비후쿠몬인(美福門院) 나리코의 양자였던 모리히토 친왕이 즉위할 때까지의 중계(中継)로서 태자 책봉도 거치지 않고 29세의 나이로 즉위하였다. 모리히토는 아직 나이가 어렸고, 엄연히 친아버지가 살아있는데 장유의 서열을 넘어서 즉위하는 것은 곤란하다는 조정 중신들의 목소리 때문이었다(본래 새로운 천황의 즉위 → 즉위식 → 태자책봉의 순서로 이루어져야 했지만, 새로운 천황의 즉위식도 치르기 전인 9월에 도바 법황의 주도로서 모리히토 친왕의 태자 책봉이 이루어진 것도 고시라카와 천황의 즉위의 성격을 보여주고 있다).
호겐(保元) 원년(1156년) 도바 법황이 붕어하고 호겐의 난이 발생하였다. 이 난에서 주도권을 쥔 것은 천황의 후견인이었던 신제이(信西)였고 고시라카와 천황은 형식적으로 존재할 뿐이었다. 난이 끝난 뒤 신제이는 정권 강화에 힘써 호겐신제(保元新制)라 불리는 신법을 발표하여 소엔(荘園)의 정리와 거대 지샤(寺社) 세력에 대한 규제, 황궁인 다이리(內裏) 재건에 착수했다. 호겐 3년(1158년) 고시라카와 천황은 모리히토 친왕에게 양위하였다(니조 천황). 이것은 당초 예정된 일이었으며 「부처와 부처 사이의 평정(評定)」(《효한키兵範記》 호겐 3년 8월 4일조), 즉 출가한 비후쿠몬인과 신제이 두 사람의 협의에 따른 것이었다. 아버지의 영지 대부분은 비후쿠몬인과 쇼시 내친왕(暲子內親王)에게 넘겨졌으므로 고시라카와 상황은 호겐의 난에서 패하고 죽은 후지와라노 요리나가(藤原頼長)에게서 몰수된 영지를 자신의 영지로 짜넣는 등 자신의 기반을 형성해나갔다. 니조 천황의 즉위로 조정에서는 고시라카와 상황을 지지하는 인세이파(院政派)와 니조 천황을 지지하는 친정파(親政派)의 대립이 시작되었고 인세이파 내부에서도 신제이와 후지와라노 노부요리(藤原信頼) 사이에 반목이 생겨나는 등 조정은 세 개의 당파가 서로 대립하는 양상을 드러냈다. 그리고 이 대립은 헤이지(平治) 원년(1159년)에 일어난 헤이지의 난으로 정점에 달했다. 12월 9일 밤에 인노고쇼(院御所)가 있던 산조도노(三條殿)가 후지와라노 노부요리 ・ 미나모토노 요시토모(源義朝)의 군세에 야습을 당하여 상황은 천황과 함께 다이리에 유폐되고, 신제이를 제거한 노부요리가 정권을 장악했지만, 친정파와 손잡은 다이라노 기요모리(平淸盛)가 무력으로 노부요리 등을 격파하고 인세이파를 무너뜨렸다. 고시라카와인(後白河院)은 난 도중에 자력으로 고쇼를 빠져나와 닌나지(仁和寺)로 피신했고(이때 쟁탈의 대상이 된 것은 니죠 천황이었고 신제이가 살해된 뒤 정치력을 잃은 고시라카와인은 별로 주목받지 않았기에) 난이 평정된 뒤, 친정파의 중심에 서있던 오이노미카도 쓰네무네() ・ 하무로 고레카타(葉室惟方)의 체포를 다이라노 기요모리에게 명했다(후지와라노 노부요리와 함께 신제이 살해의 주모자로 몰려 책임을 물었던 것). 이후 양파의 대립은 고착상태가 되었다.
인세이파와 친정파 양측의 유력한 신하가 다같이 제거된 상태에서 "인(院)과 다이(內)가 마음을 합쳐"(《구간쇼》) 행하는 이두정치가 확립되었다. 구란도노카미(蔵人頭)를 지낸 나카야마 다다치카(中山忠親)의 《잔카이기(山槐記)》에 의하면, 당시 주요 국정 안건은 고시라카와인과 니조 천황에게 주상되어 전 간파쿠(關白) · 후지와라노 다다미치(藤原忠通)가 자문에 대답하는 형태로 처리되고 있었다. 10월이 되어 고시라카와인은 소실된 산조도노를 대신할 새로운 인세이 거점으로서 홋슈지도노(法住寺殿) 축조에 착수했다. 다이라노 기요모리의 저택이 있는 로쿠하라(六波羅) 남쪽의 히가시 시치조(東七條)의 끄트머리에는 셋칸정치기 후지와라노 다메미쓰(藤原為光)가 지은 홋슈지가 있었지만 일찍 쇠퇴해버리고 신제이의 저택(헤이지의 난으로 소실)나 후지와라노 기요타카(藤原清隆) ・ 기이노 니이(紀伊二位)의 불당 등이 늘어서 있었다. 홋슈지도노 축조는 하리마노카미(播磨守)를 중임하게 된 후지와라노 이에아키라(藤原家明)가 맡아서 후지와라노 노부요리의 옛 저택을 이축하는 것으로 진행되었는데, 10여 정의 토지 안의 크고 작은 건물 80여 채를 부수었으므로 많은 사람들의 미움을 샀다고 한다(《잔카이기》 에이랴쿠 2년 4월 13일조).
한편 고시라카와인이 정무를 맡는 것에 부정적인 견해를 표하는 사람도 적지 않았다. 인의 측근으로 예능에 통달한 자는 많았지만, 도바 인세이 이래의 전통적인 귀족이나 실무 관료와의 연계는 옅었고 그 지지 기반도 강고한 것만은 아니었다. 고시라카와인의 총애는 오로지 조사이몬인의 뇨보(女房) · 쇼벤노 쓰보네(小弁局) 다이라노 시게코(平滋子)에게 쏠려 있었고 황후나 다른 후궁들은 완전히 무시되고 있었다. 뇨고(女御) 무네코(琮子)의 아버지 산조 기미노리(三条公教)나 황후의 아버지인 도쿠다이지 기미요시(德大寺公能)도 연달아 사망하는 등 고시라카와인과 후지와라 간닌류(閑院流)의 관계는 소원해져 있었다.
니조 천황의 친정(親政).
9월 3일, 시게코는 고시라카와인의 제7황자 노리히토 친왕(憲仁親王, 훗날의 다카쿠라 천황高倉天皇)을 출산하였으나, 15일에 노리히토를 태자로 세우려는 음모가 발각되어 인세이파의 다이라노 도키타다(平時忠, 시게코의 오빠) ・ 다이라노 노리모리(平敎盛, 기요모리의 동생) ・ 다이라노 모토모리(平基盛, 기요모리의 둘째 아들) ・ 후지와라노 나리치카(藤原成親) ・ 후지와라노 노부타카(藤原信隆) 등이 니조 천황에 의해 관직을 박탈당했다. 그 뒤 고시라카와인은 정치에서 배제되고 국정은 니조 천황과 간파쿠 후지와라노 다다미치의 합의로 운영되게 된다. 12월 17일에는 간닌류 출신(도쿠다이지 사네요시德大寺實能의 딸)으로 전임 간파쿠 후지와라노 다다미치의 양녀인 후지와라노 무네코(藤原育子)가 입궁하여 이듬해인 오호(應保) 2년(1162년) 2월 19일 중궁으로 책봉되고, 간닌류의 후지와라노 사네나가(藤原實長)가 주구노곤노다이후(中宮權大夫)가 되었으며(다이후 구조 가네자네九條兼實는 이때 14세로 명목상 지위만 유지) 기요모리도 다이리를 경호하게 하는 등 니조 천황을 지지할 뜻을 명백히 보이면서 인세이파는 궁지에 몰렸다. 3월에는 앞서 유배당한 오야키고몬 쓰네무네의 교토 귀환도 허락되고, 뒤를 잇듯 6월 23일에 사네나가의 밀고로 니조 천황을 저주했다는 혐의를 쓰고 미나모토노 스케카타(源資賢) ・ 다이라노 도키타다가 유배에 처해졌다.
도바 상황 때부터 인세이를 지지해오던 귀족들의 인식으로서는 니조 천황이 정통성을 가진 진짜 통치자였고 고시라카와인은 어디까지나 '잠정적' 존재에 불과했다. 인세이를 정지당한 고시라카와인은 종교에 심취하게 되는데, 오호 2년(1162년) 정월의 구마노 참배에서 천수관음경(千手観音経) 1천 권을 읽는데 고신타이(御神體) 거울이 빛이 나는 것을 보고 "1만의 부처의 원(願)보다도 천수(千手)의 맹세를 의지하니/시들어버린 초목마저도 자라나 꽃을 피우네(万の佛の願よりも千手の誓いぞ頼もしき、枯れたる草木もたちまちに花咲き実なると説ひたまふ)"라는 내용의 이마요를 노래하는 등, 천수관음에 대한 신앙이 깊어지게 된다(《료진히쇼 구전집》). 조칸(長寛) 2년(1164년) 12월 17일에 고시라카와인은 여러 해 동안 품어온 숙원대로 1천의 관음을 모신 관음당(觀音堂) ・ 엔카오인(蓮華王院)을 짓는다(엔카오인의 공사는 기요모리가 비젠 국備前国의 지행知行으로서 맡아 행했다). 고시라카와인은 낙성 기념식을 겸한 공양 법회날 니조 천황의 행행(行幸)과 지시(寺司)의 공에 대한 포상을 바랬지만 천황이 어느 것 하나 관심을 보이지 않자, "아아, 어쩌면 저리도 미울까(ヤヤ、ナンノニクサニ)"라고 한탄했다고 한다(《구간쇼》). 엔카오인 ・ 니이히요시노야시로(新日吉社) ・ 니이구마노야시로(新熊野社)에는 소엔(荘園)이 기진되고, 고시라카와인의 재정 기반도 강화되었다. 니조 천황은 고시라카와인의 움직임에 경계를 품었지만, 이듬해 에이만(永万) 원년(1165년) 6월 25일에 병환이 악화되어 노부히토 친왕(順仁親王, 로쿠조 천황六條天皇)에게 양위하고 7월 28일에 붕어한다. 로쿠조 천황은 어머니 신분이 낮았기에 중궁 무네코가 양모(養母)로서 셋쇼 ・ 고노에 모토자네(近衛基実)를 중심으로 하는 체제 유지를 꾀했지만 정국은 여전히 불안정했고 이 틈을 노려 고시라카와인을 지지하는 인세이파는 세력을 회복해 나갔다.
12월 25일, 고시라카와인은 노리히토의 친왕 선하를 행하고 기요모리를 신노쵸쿠벳토(親王勅別當)로 삼는다(인세이 시기에 원칙적으로는 정비正妃 소생의 황자만이 친왕 선하를 받을 수 있었던 데서 노리히토의 황위 계승 자격은 더욱 공고해졌다). 에이만(永万) 2년(1166년) 7월 26일에는 셋쇼 모토자네가 급사하고, 나이 어린 적자(嫡子) 모토미치(基通) 대신 마쓰도노 모토후사(松殿基房)가 새로운 셋쇼 ・ 씨장자(氏長者)로 임명되었다. 이때 기요모리는 덴카도료(殿下渡領)를 제외한 셋칸케 소유의 영지를 자신의 딸인 모리코(盛子)에게 상속시키는데 성공했는데(모리코는 죽은 셋쇼 모토자네의 미망인), 이 조치에는 고시라카와인의 용인도 있었던 것으로 보인다. 친정파를 지탱하던 후지와라 셋칸케와 헤이케가 인세이파로 돌아서면서 친정파는 완전히 와해되고 말았다.
고시라카와인은 친정파를 무너뜨리는 동시에 인세이파의 세력 확대를 더욱 밀어붙였다. 7월에 미나모토노 스케카타가 산기(參議)에 보임된 것을 시작으로 8월에는 후지와라노 나리치카 ・ 후지와라노 미쓰타카(藤原光隆)가 산기, 후지와라노 나리노리(藤原成範) ・ 다이라노 요리모리(平賴盛, 기요모리의 이복동생)가 종3위 관위를 받는 등 인의 근신(近臣)들이 차츰 구교(公卿)의 반열에 올라나갔다. 반면 외척이면서도 인세이파를 저버린 간닌류에 대해서는 냉담한 태도를 보여서, 곤노다이나곤(權大納言) 도쿠다이지 사네사다(徳大寺実定) ・ 후지와라노 사네나가가 사임하고 있다. 사네나가는 이후 안겐(安元) 3년(1177년)에 운좋게 복귀할 수 있었지만 사네나가는 평생 산미(散位)인 채로 지내야만 했다.
10월 10일에 고시라카와인은 기요모리의 협력을 얻어 마침내 노리히토 친왕을 황태자로 책봉시킨다. 태자 책봉의 의식은 셋칸케(摂関家)의 정저(正邸)였던 히가시산조도노(東三条殿)에서 성대하게 치러졌고, 구조 가네자네가 도구노부(東宮傅), 기요모리가 슌구다이후(春宮大夫)가 되어, 셋칸케와 헤이케가 노리히토를 지지하고 있음을 드러냈다. 11월에는 기요모리를 나이다이진(內大臣)으로 삼았다. 인의 근신에 대한 관위의 승진은 다이나곤(大納言)까지가 한계였는데, 이미 고노에노다이쇼(近衛大将)로 있던 기요모리가 다이진(大臣)으로 임명된 것은 몹시 이례적인 일로 파격적인 인사였다. 여기에 후지와라노 사네나가가 사임한 곤노다이나곤(權大納言) 자리에 후지와라노 모로나가(藤原師長)를 기용했다(모로나가는 호겐의 난 때에 유배되었으나 고시라카와인으로부터 비파 연주를 인정받아, 다소 기회주의적인 경향이 강하던 당시의 상류 귀족들 가운데서는 가장 고시라카와인을 충실하게 따른 인물이었다).
인사의 쇄신을 끝마친 고시라카와인은 고쇼의 확장과 군사력 정비에 나섰다. 홋슈지 미나미도노(法住寺南殿)가 노부요리의 저택을 옮겨 지은 것으로 궁중의 의식을 치르기에는 비좁다 하여 닌난(仁安) 2년(1167년) 정월 19일에 새롭게 다시 세웠다. 홋슈지도노는 의식용의 홋슈지 미나미도노와 노리히토 친왕이 거주할 시치조 우에노고쇼(七條上御所), 고시라카와인과 시게코가 거주할 시치조 시타노고쇼(七條下御所) 등으로 구분되어 정치의 중추 구실을 했다. 28일에는 로쿠조 천황의 조근 행차가 이루어져 서위나 지모쿠 등의 의식도 이루어졌다.
5월 10일에 고시라카와인은 기요모리의 장남 · 시게모리(重聲)에게 도산(東山) · 도카이(東海) · 산요(山陽) · 난카이(南海) 등 도(道)의 산적 · 해적 추토선지를 내렸다(《효한키》).이로써 시게모리는 국가적인 군사 · 경찰권을 정식으로 위임받는다. 시게모리는 노리히토 친왕의 태자 책봉식에서 고시라카와인의 경호를 맡았고 9월의 구마노 참배에도 동행하는 등 헤이케 안에서도 고시라카와인과 가까운 입장에 있었다. 기요모리는 가독 자리를 시게모리에 양보한 뒤에도 여전히 큰 발언력을 가지고 있었는데, 닌난 3년(1168년) 2월에 병에 쓰러진다. 구마노 참배를 마치고 돌아오던 고시라카와인은 일정을 앞당겨 흰 옷을 갈아입지도 않고 곧장 로쿠하라로 문병하러 찾아올 정도로 당황하는 모습을 보였다. 구조 가네자네도 "전 대상국(大相國)의 병환, 천하의 대사가 모름지기 이 일에 달려 있다."(《교쿠요》 2월 11일조)며 정황 불안을 두려워하였다. 셋칸이 아니면 신하의 병이 쾌유되기를 기원하는 대사면을 내리는 일이 없었지만 고시라카와인은 이례적으로 기요모리의 병이 낫기를 비는 대사면령을 19일에 내리고, 반대파의 움직임을 봉쇄하기 위해 마쓰도노 모토후사의 간닌 저택에서 로쿠조 천황의 노리히토 친왕에 대한 양위식을 거행했다(다카쿠라 덴노). 이후 완쾌된 기요모리는 정계에서 은퇴하여 후쿠하라(福原)에 별장을 짓고 그곳으로 물러나 살았다.
대상회(大嘗会) 등의 즉위 행사가 끝나고 새해가 된 닌난 4년(1169년) 정월에 고시라카와인은 12번째 구마노 참배에 나섰다. 2월 29일에는 가모 신사에도 참배했는데, 이러한 행동들은 출가를 앞둔 작별인사였다(《료진히쇼 구전집》). 3월 13일에는 고야 산(高野山)에 참배하고, 돌아오던 길인 20일에 후쿠하라의 기요모리의 별장에 들렀는데 이 때에 행해진 천승공양은 이후의 정기적인 연례행사가 되었다. 연호를 가오로 고친 4월에 시게코에게 겐슌몬인(建春門院)의 원호를 내리고, 6월 17일에 홋슈지도노에서 출가하여 법황(法皇)이 되었다. 이때 계사(戒師) 등 8명의 승려들은 모두 온죠지(園城寺)의 문도였다. 11월 25일에 새로 즉위한 천황의 야소시마노 마쓰리(八十嶋祭)에서 다이라노 시게모리의 아내 쓰네코(經子)가 칙사역으로서 구교들을 거느리고 로쿠하라로부터 왔다. 고시라카와인은 시게코와 함께 시치조도노에 마련된 관람석에서 행렬을 관람하였는데, 이때까지 고시라카와인과 헤이케 사이의 협력 체제는 튼튼해 보였다.
가오 원년(1169년) 12월 23일에 엔랴쿠지(延暦寺)는 후지와라노 나리치카의 유배를 요구하며 강소(強訴)를 벌였다(가오의 강소). 고시라카와인은 나리치카를 옹호하면서 맞섰지만, 엔랴쿠지와 우호관계에 있던 헤이시는 비협조적인 태도를 취하며 이듬해 2월에야 사태가 종식되었고, 양측의 정치노선의 차이가 이때 표면으로 불거져나왔다. 4월 19일에 고시라카와인은 도다이사(東大寺)에서 수계를 받기 위해 나라(奈良)로 행차했다. 기요모리도 합류하여 20일에 함께 수계를 받았는데, 이것은 고지(康治) 원년(1142년) 도바 법황과 셋쇼 후지와라노 다다자네(藤原忠実)가 같은 날에 수계를 받았던 선례를 모방한 것이었다(《교쿠요》 및 《효한키》). 21일에 고시라카와인은 다이라노 시게모리를 곤노다이나곤, 나리치카를 곤노주나곤(権中納言) ・ 게비이시벳토(検非違使別当)로 임명했다. 고시라카와인과 헤이시 사이에 생겨난 골을 해소하고자 다카쿠라 천황의 원복 의식도 준비되었다. 그러나 10월 21일에 입궐 중이던 셋쇼 마쓰도노 모토후사의 수레를 시게모리의 휘하 무사들이 습격하는 사건(전하승합사건殿下乗合事件)이 일어나 원복 일정은 연기되었다. 모리코가 간파쿠 모토자네의 미망인 자격으로 셋칸케 소유의 영지를 상속받은 것에 대해 모토후사는 헤이시에 대해서 큰 불만을 품고 있었는데 이 사건으로 양자간의 관계는 더욱 악화될 지경에 놓였다. 30일에 고시라카와인은 근신 후지와라노 미쓰요시(藤原光能)를 후쿠하라로 보냈다(《교쿠요》). 구조 가네자네는 "무슨 일을 하려는지 모르겠다(何事なるかを知らず)"고 적었지만 대체로 전하승합사건의 사후처리에 대해 기요모리와 협의가 이루어졌을 가능성이 있다. 12월 9일에 모토후사가 타이조다이진(太政大臣)이 된 것은 사건으로 피해를 입은 것에 대한 사과였다고 생각된다. 이듬해인 가오 3년(1171년) 정월 3일에 셋쇼 ・ 다이진 ・ 구교 ・ 헤이시 일문이 참석한 가운데 천황의 원복식이 거행되었다.
고시라카와인의 인세이는 그 내부에 서로 다른 이해관계를 가진 여러 세력들이 혼재되어 있었기에 언제든 그것이 분열될 위기에 노출되어 있었다. 전하승합사건과 같은 혼란을 피하기 위해서는 정권 내부 결속이 절실했는데, 그런 가운데 정권 강화 및 안정책으로서 떠오른 것이 다카쿠라 천황과 기요모리의 딸 도쿠코(德子)와의 혼인이었다. 쇼안(承安) 원년(1171년) 7월 26일에 고시라카와인은 기요모리로부터 양 다섯 마리와 쟈(麝) 한 마리를 증정받는데(《햐쿠렌쇼百錬抄》 10월 23일에는 시게코와 함께 후쿠하라에 초대되어 환대를 받는 등, 기요모리에 의한 도쿠코 입궁의 움직임이 자주 보인다(다만 고시라카와인으로서는 인세이 확립을 위해 헤이시의 지원이 필요하긴 했지만 헤이시의 발언력이 늘어나 주도권을 뺏기는 것은 피하고 싶었던 것 같다). 12월 2일에 입궐 의식이 홋슈지도노에서 행해졌고 도쿠코는 고시라카와인의 수양딸로서 입궁하게 되었다(《교쿠요》 및 《효한키》). 앞서 고시라카와인의 어머니인 후지와라노 다마코 역시 시라카와 법황(白河法皇)의 양녀로서 도바 천황의 비가 되었던 선례를 적용한 것인데, 구조 가네자네는 "법황의 양녀라면 천황과는 누나나 여동생의 관계가 되니 꺼림칙한 일이다"(《교쿠요》 12월 14일조)라며 비난하였다. 도쿠코의 입궁에 대한 거센 반발에도 불구하고 이 조치를 통해 고시라카와인은 도쿠코를 자신의 영향 아래 끌어들여 발언력을 확보할 수 있었다. 14일에 도쿠코는 홋슈지도노를 찾아 시게코의 손으로 착상(着裳)의 의식을 행한 뒤 다이다이리(大內裏)로 향했다.
고시라카와인과 기요모리 사이에는 정치노선 차이 같은 해소하기 어려운 대립이 존재했지만, 한편으로는 기존의 관례나 편견에 얽매이지 않고 새로운 것을 좋아한다는 공통점도 있었다. 고시라카와인은 기요모리가 추진하는 일송 무역에 이해하는 모습을 보이며, 귀족의 반대를 억누르고 확대를 도왔다. 가오 2년(1170년) 9월 20일에 고시라카와인은 후쿠하라에 행차하여 송나라 사람과 대면한다(《햐쿠렌쇼》, 《교쿠요》).
당시 일본에서 송나라와의 무역은 민간 차원의 교역은 활발하게 이루어지고 있어 하카타(博多)에 송나라 사람이 거주하는 마을이 있는가 하면, 에치젠 국(越前国)의 쓰루가(敦賀)까지 송나라 상선이 들어오기도 했다. 그러나 기나이(畿内)까지 송나라 사람이 들어오는 것은 이례적인 일로 우다 천황(宇多天皇)이 "외국인과 접견하지 말라"는 유계를 남긴 이래로 천황이 외국인과 접견하는 것은 금기시되고 있었기에, 구조 가네자네는 "우리 조정에서는 엔기(延喜) 이래로 이런 일이 없었는데, 천마(天魔)의 수작일런가?"라며 한탄하였다. 대대로 하카타와 오와다노토마리(大輪田泊)를 잇는 세토나이카이(瀬戸内海) 항로의 정비와 장악에 힘을 쏟아왔던 헤이시였지만 기요모리 자신의 힘만으로는 송나라 상선을 기나이까지 들어오게 하기에는 한계가 있었기에 고시라카와인의 조력을 필요로 하게 된 것이다. 5월 25일에 오슈의 후지와라노 히데히라(藤原秀衡)를 진수부장군(鎭守府將軍)에 임명한 것도 송나라와의 무역에 자금으로서 필요한 황금을 얻기 위해서였다고 여겨진다(고시라카와인에게 기요모리가 헌상한 동물들도 일본에서는 자생하지 않는 것으로 송나라와의 무역을 통해 들여온 것이었다).
쇼안 2년(1172년) 9월에 이르러 송나라에서 고시라카와인과 기요모리에게 보내는 물품이 도착했다. 물품과 함께 부쳐온 글에는 "일본국왕(고시라카와인)에게 하사하는 물색(物色), 태정대신(기요모리)에게 보내는 물색"이라고 기록되어 있었는데, 교토의 귀족들은 중국의 중화사상이 드러난 '일본국왕에게 하사한다'는 문장의 표현과, 물품을 보내온 것이 당시 송나라의 황제인 효종(孝宗)이 아니라 명주자사(明州刺史)라는 점을 문제로 들어, '서로 차별함이 없는 외교'에 반하는 것으로 보고 이 물품을 받지 말고 반첩도 보내서는 안 된다고 반발했다(《교쿠요》 9월 17일, 22일조). 그러나 이듬해 3월 3일에 좌대신(左大臣) 오이노미카도 쓰네무네의 조처로 반첩(返牒)이 나오게 되었고 답하는 물품도 보내지게 되었다. 후지와라노 나가노리(藤原永範)가 초안을 작성하고 후지와라노 노리나가(藤原教長)가 정서한 반첩의 내용은 선물의 미려하고 진귀함을 칭찬한 것이었고, 고시라카와인은 금칠한 그림이 있는 궤짝에 색을 입힌 가죽 30매와 사금 1백 냥, 기요모리는 검 한 자루와 갑옷을 보냈다(《햐쿠렌쇼》 3월 3일조, 《교쿠요》 3월 13일조). 이후 일본과 송나라 사이의 무역은 공적인 성격을 띠며 본격화되어갔고, 수입품인 송전(宋錢)은 일본에 대량으로 유입되어 중요한 교환 수단이 되었다.
송나라와의 무역과 함께 고시라카와인이 적극적으로 임한 것은 지샤의 통제였다. 이 시기 장원영주로서 발전한 유력한 지샤들이 각지에서 지방관들과 분쟁을 일으키는 가운데 특히 강대했던 '난토호쿠레이(南都北嶺)' 즉 나라의 고후쿠지와 히에이 산 엔랴쿠지는, 후지와라노 가마타리의 무덤이 있는 곳으로 천태종에 속하던 다무봉(多武峯)의 귀속 문제를 놓고 날카로운 대립관계에 있었고, 쇼안 3년(1173년) 6월에 이 항쟁은 격화되었다. 고시라카와인은 분쟁의 조정에 나서서 양절에 대중의 봉기 정지를 엄명했지만 6월 25일에 고후쿠지가 다무봉을 습격해 가마타리의 미카게당까지 전소시켰고, 주동자 색출 및 승강의 소환 명령에 대해서도 "3천 중도가 모두 장본인"(《교쿠요》 7월 21일조)이라며 응하지 않았기 때문에, 고시라카와인은 홋쇼지에서 열리는 팔강법회에 고후쿠지 승려가 참가하지 못하게 금지시켜 버리고 고후쿠지 벳토 심범 등을 해임했다(《햐쿠렌쇼》 6월 26일조, 29일조). 그 뒤 고후쿠사에서 처분 철회를 요구하였음에도 불구하고 10월 29일에 장본인 가쿠교()가 유배되자 11월 3일에 강소와 엔랴쿠지 공격의 방침을 굳힌 고후쿠지는 우지(宇治)로 향했고 그곳에서 천태좌주(天台座主) 즉 엔랴쿠지 주지승의 유배와 각흥의 소환, 시치다이지(七大寺) 소유의 영지를 탈취하려는 엔랴쿠지 중들을 하옥시킬 것을 요구했다. 고시라카와인은 관병(官兵)을 동원해 고후쿠지 승병들의 교토 입경을 막는 한편으로 사자를 보내 설득을 시도했지만 실패하고, 7일로 예정되어 있던 가스가노 마쓰리(春日祭)가 지연되고 11일로 예정되어 있던 구마노 참배도 시행이 불투명해지는 등 사태는 수렁에 빠져들었다. 고시라카와인은 마침내 선지를 내려 도다이지 ・ 고후쿠지 이하 난토(南都)의 15개 다이지(大寺)및 여러 구니에 소재한 이들 사찰의 말사(末寺)가 소유한 장원의 몰수라는 전에 없던 무거운 처분을 내리기에 이른다(《햐쿠렌쇼》, 《교쿠요》). 2개월 뒤에 15개 다이지 소유의 영지는 반환되었지만, 고시라카와인의 강경한 자세는 지샤 세력에 충격을 주었고, 야마토 국(大和国)의 국검(国検)이나 모리코에 대한 셋칸케 소유 영지의 상속 등의 일로 고후쿠지와 대립관계에 놓여있던 헤이시는 이때 적극적으로 고시라카와인을 도와 신속한 행동에 나섰다.
이쓰쿠시마(厳島) 행차.
쇼안 2년(1172년)에 홋슈지도노 남쪽에 시게코의 발원으로 새 법당이 지어져서 2월 3일에 상량식이 열렸다(《햐쿠렌쇼》, 《교쿠요》). 이보다 앞서 가오 2년(1170년) 4월 19일에 고시라카와인은 도다이지에서 수계를 받기 위해 나라로 향하던 도중에 우지의 평등원(平等院)에 들러서 본당에서 설계도를 열람하였다(《효한키》). 쇼안 원년(1171년) 11월에도 시게코를 데리고 다시 방문하여(《교쿠요》 11월 1일조) 평등원을 모델로 한 법당을 지을 것을 구상했던 것으로 보인다. 이를 짓기 위해서 여러 구니마다 부과된 무거운 세금에 대한 호소가 잇따르는 등 공사는 난항을 겪었지만, 쇼안 3년(1173년) 10월 21일에 완성공양식을 열고 새로 완성된 불당의 이름은 최승광원(最勝光院)으로 붙여졌다(《햐쿠렌쇼》, 《교쿠요》). 그 화려함과 웅장함은 예전에 없던 것이라 일컬을 만큼 대규모의 것이었다. 쇼안 4년(1174년) 3월 16일에 고시라카와인은 시게코와 함께 아키(安芸)의 이쓰쿠시마 신사()에 참배하기 위해 교토를 떠나 후쿠하라를 경유해 26일에 도착한다(이때 교통수단은 후쿠하라에서 기요모리가 제공한 송선宋船이었을 가능성이 높다). 천황 혹은 상황이 황후를 동반하고 바닷길을 지나 먼 곳까지 여행한 것은 전대미문의 일이었고, 당시 구교였던 요시다 쓰네후사(吉田経房)는 "이는 선대의 규범이 아니며 세상에 보기 드문 일이라, 바람과 파도를 헤치며 수고롭지 않은 길이 없었을 것을 상하가 비록 놀랐다 해도 이보다 더할 수는 없을 것이다(已無先規、希代事歟、風波路非無其難、上下雖奇驚、不及是非)"(《깃키吉記》 3월 16일조)라며 경악했다. 이쓰쿠시마 참배에는 기요모리에 대한 정치적 배려의 측면도 있었지만, 단순히 시게코와 함께 당대의 절경을 자랑하던 이쓰쿠시마 진쟈를 보고 싶었던 것으로 여겨진다(고시라카와인의 많은 후비들 가운데 그가 굳이 먼 여행에 데려가거나 한 것은 시게코밖에 없었다).
이쓰쿠시마에서 고시라카와인은 회랑 아래로 흐르는 물결이나 산 언덕의 풍경을 즐겼고, 무녀(巫女)의 춤을 보고는 "기악(伎楽)의 보살(菩薩)이 춤사위를 보인다 해도 이같지는 못할 것이다."라며 감탄했다. 이윽고 무녀가 "내게 말하는 것은 반드시 이루어지리라. 후세의 일을 말하는 것은 감심(感心)할 일이다. 이마요를 들려주거라."라는 신탁을 내자 고시라카와인은 "사방에서 들리는 커다란 목소리에/온몸으로 기뻐하기에도 과분하다/우리가 후세에 부처가 될 것을/오늘에야 확실하게 듣겠도다(四大声聞いかばかり、喜び身よりも余るらん、われらは後世の仏ぞと、確かに聞きつる今日なれば)"라는 이마요를 불렀고, 고시라카와인은 감격해 눈물을 흘렸고, 기요모리는 "이 신께서는 후세(後世)의 소원을 아뢰는 것을 기뻐하십니다"라고 설명했다고 한다(《료진히쇼 구전집》)
귀경 뒤인 7월 8일에 구가 마사미치(久我雅通)가 고다이쇼직을 사임하자 후임 인사로 다이라노 시게모리와 가잔인 가네마사(花山院兼雅)가 후보에 오르지만, "선문(禪門, 다이라노 기요모리)의 마음이 시게모리에게 있어"(《교쿠요》 7월 9일조) 기요모리의 후광으로 시게모리가 임명되었다. 이듬해 안겐 원년(1175년) 2월에 마사미치가 사망하면서 나이다이진이 공석이 되었는데 좀처럼 후임이 정해지지 않다가 11월 10일에야 간신히 후지와라노 모로나가가 임명되었다(《교쿠요》). 모로나가가 맡고 있던 다이나곤은 시게모리가, 시게모리가 맡고 있던 곤노다이나곤은 후지와라노 나리치카가 맡게 되었다(인의 근신과 헤이시의 대립을 막기 위해서는 서로의 세력균형을 유지하는 것이 절실했다). 안겐 2년(1176년)에 고시라카와인은 50세가 된 것을 맞이해 3월 4일부터 6일에 걸쳐 홋슈지도노에서 축하연을 열었다. 이 시기의 천황이나 상황은 50세까지 사는 경우가 드물고 대부분 단명하고 있었기에 시라카와 법황의 고와의 예에 따라 예식은 성대하게 거행되었다. 연회에는 고시라카와인과 시게코, 다카쿠라 천황과 중궁 도쿠코, 조사이몬인 · 슈카쿠 법친왕 등의 황실 일가와 간파쿠 · 다이진 · 구교 · 헤이케 일문이 두루 참석해, 첫날은 춤과 음악, 다음날에는 배를 띄워 놀며 관현을 연주하거나 축국을 했다. 마지막 날에는 다카쿠라 천황이 몸소 피리를 불어서 사람들을 감탄하게 했다. 축하연이 무사히 끝나고 고시라카와인은 시조 다카스에(四条隆季)를 사자로 보내 축하연에서의 헤이시 일문이 보여준 모습들에 대한 칭찬을 담은 인센을 기요모리에게 인센을 내렸고, 기요모리는 금 1백 냥을 넣은 백은상자를 답례로 보냈다(《안겐미카기安元御賀記》).
이 축하연은 고시라카와인과 헤이시의 협력 관계를 보여주는 마지막 자리가 되었다. 축하연 후의 3월 9일, 고시라카와인은 시게코를 데리고 셋쓰국의 아리마 온천에 행차한다(《햐쿠렌쇼》). 4월 27일에는 히에이 산에 올라 천태좌주 묘운으로부터 천태종의 계를 받아 엔랴쿠지와의 관계 회복을 도모했다. 그러나 6월에 시게코가 갑작스럽게 병으로 쓰러져, 7월 8일에 훙서하고 만다. 잇따라 다카마쓰인(高松院) ・ 로쿠조 상황 ・ 구조노인(九條院)도 사망하면서, 축하연에서의 화려했던 분위기는 순식간에 사라지고 정국은 혼란에 빠졌다.
시게코의 죽음 이후 고시라카와인과 헤이시의 관계는 악화 조짐을 보이기 시작했다. 10월 23일, 시조 다카후사(四条隆房)가 고시라카와인의 제9황자(훗날의 도호 법친왕道法法親王)을 데리고 참내(参内)하고, 11월 2일에는 다이라노 도키타다도 제10황자(훗날의 쇼닌 법친왕承仁法親王)을 대동하여 참내하여 두 황자가 모두 다카쿠라 천황의 수양아들이 되었다. 구조 가네자네가 “저이(儲貳, 태자)를 삼으려는 것인가”(《교쿠요》 10월 29일조)라고까지 의심했던 이 사건은 사실 고시라카와인에 의한 다카쿠라 천황 퇴위 공작의 일환이었다. 이미 성인이 된 천황이 퇴위하는 자체는 이미 선대 시라카와・도바 인세이기에도 있었던 일이지만, 헤이케 일문의 중궁인 도쿠코가 황자를 낳기도 전에 퇴위하는 것은 인정받기 어려웠다. 두 황자를 다카쿠라 천황의 수양아들로 삼은 것도 고시라카와인과 헤이케의 대립을 회피해보기 위한 타협책으로 보기도 하지만, 이것은 문제의 연장에 지나지 않았고 양자의 대립은 차츰 깊어져갔다.
12월 5일에 지모쿠가 이루어졌고, 인의 근신이었던 후지와라노 나리노리(藤原成範)·다이라노 요리모리(平頼盛)가 곤노추나곤(權中納言)이 되었다. 공석이 된 산기(參議) 자리는 구로도노토(蔵人頭) 사이온지 사네무네(西園寺実宗)·후지와라노 나가카타(藤原長方)가 맡으면서 후임 구로도노토는 누가 될 것인지에 대한 인사문제에 초점이 맞춰졌다. 고시라카와인은 자신의 측근인 후지와라노 사다요시(藤原定能)·후지와라노 미쓰요시(藤原光能)를 구로도노토로 내세웠는데, 사다요시는 미치쓰나류(道綱流), 미쓰요시는 미코사류(御子左家) 출신으로 오랫동안 구교를 배출하지 못한 가계였고, 위계도 앞서 임명된 후지와라노 마사나가(藤原雅長)·다이라노 도모모리(平知盛)를 뛰어넘는 것으로 구조 가네자네는 ‘희대(希代)’라는 단어로 이를 평한다(《교쿠요》). 헤이시는 이에 대한 반격으로 안겐 3년(1177년) 정월 14일에 다이라노 시게모리·무네모리(宗盛) 형제를 나란히 사다이쇼(左大将)·고다이쇼(右大将)로 삼게 하여, 두 다이쇼직을 헤이시 일문이 모두 독점하게 되었다. 다만 시게코의 수양아들로 고시라카와인와의 관계가 양호했던 무네모리는 2월 3일 배하(拝賀)에서 덴조비토·구로도를 전구(前駆)로 삼아 보낸다. 3월 14일에는 후쿠하라에서 열린 천승공양(千僧供養)에 참가하여 시게코의 명복을 빌었다.
헤이시와의 관계는 수복된 듯 보였지만, 여기에 새로운 요소로서 엔랴쿠지가 등장했다. 가가 국(加賀国)의 모쿠다이(目代) 후지와라노 모로쓰네(藤原師経)가 하쿠산(白山)의 말사(末寺)의 승려들과의 사소한 분쟁 끝에 절을 불살라버린 사건이 발생했는데, 당초에는 모쿠다이와 현지 지샤 사이의 사소한 분쟁이었던 이 사건은 하쿠산(白山)의 본사(本寺)인 엔랴쿠지와 가가노카미(加賀守) 후지와라노 모로타카(藤原師高)의 아버지로 인의 근신이었던 사이코(西光)가 연관되면서 삽시간에 엔랴쿠사와 인 세력의 전면충돌로까지 번졌고, 3월 28일에 고시라카와인은 모로쓰네를 히고 국(備後国)에 유배했지만, 엔랴쿠지 승병들은 끝까지 모로타카의 유배를 요구하면서 4월 13일에 신여(神輿)를 들고 다이리로 향했다. 고시라카와인은 승병들의 행동을 “중들이 나를 향해 모반을 행하는가?”(《교쿠요》 4월 14일조), “내게 모반하려는 것과 같음이다”(《교쿠요》 4월 17일조)라며 다이라노 시게모리에게 막게 했지만, 시게모리의 군병이 신여에 화살을 맞히는 실수를 범하는 바람에 정세는 단숨에 고시라카와인에게 불리하게 돌아갔다. 두려움을 느끼고 다카쿠라 천황과 도쿠코는 14일 다이리에서 홋슈지도노로 탈출했고, 이때의 모습을 《교쿠요》는 “상하 남녀가 마구 흩어져 흡사 다이리(内裏)에 불이 나던 때와 같으니”라고 적고 있다.
인노고쇼에서 열린 의정에서 나이시쇼(内侍所, 신경神鏡)도 홋슈지도노로 옮겨야할 것인가 논의되었지만 나이시쇼가 도성 밖으로 나간 예가 없다는 반대 의견으로 중지되었다. 고시라카와인은 나이시쇼의 수호를 기요모리의 동생 쓰네모리(経盛)에게 명했지만 쓰네모리는 “좌우가 뉴도(入道)의 명을 따를 뿐입니다”라며 받아들이지 않았고, 무네모리도 쓰네모리를 변호하고 나서 하는 수 없이 미나모토노 요리마사를 다이리에 보낸다(《교쿠요》 19일조). 고시라카와인은 신여에 활을 쏜 것에 대한 책임을 인정하고 20일에 모로타카를 오와리 국(尾張國)에 유배, 신여를 쏜 시게모리의 게닌(家人)들은 옥에 갇혔다.
4월 28일에 일어난 안겐의 대화재로 다이다이리를 비롯한 교토의 주요 지역이 모두 불타버리고 말았다. 5월 4일에 고시라카와인은 천태좌주(天台座主) 묘운(明雲)을 체포하고 5일에는 좌주직에서 해임시켰다. 5월 11일에 이르러 가오의 강소나 이번의 사건의 책임을 묘운에게로 돌려, 그를 “조가(朝家)의 수적(愁敵)”, “에이잔(叡山)의 악마”로 규탄한 법가(法家)에게 죄명을 올리게 하는 동시에 그의 영지를 모두 몰수한다(《교쿠요》 동일조). 후임 천태좌주가 된 것은 가쿠카이 법친왕(覚快法親王)이었다. 이러한 법황의 처우에 반발해 엔랴쿠지가 봉기할 것이라는 소문도 돌았다. “낙중(洛中)의 놀란 눈들이 흡사 군진(軍陣)과도 같으니”라며 긴박한 정세가 된다(《햐쿠렌쇼》 5월 13일조). 15일에 엔랴쿠지의 승강(僧綱)이 홋슈지도노에 들어가 여지껏 좌주가 유배된 선례가 없었음을 들어 사면할 것을 호소했지만 고시라카와인은 거절했고, 법가에서 모반죄에서 1등을 감해주어 유배하자고 한 것을 받아들여, 20일에 묘운의 죄명을 결정할 구교 의정이 열렸다. 후지와라노 나가카타는 “승병들의 소송에 따라 참진(参陣)하게 되었고 싸우는 데까지 이른 것입니다. 굳이 모반이라고 볼 여지가 없습니다.”라며 묘운의 환속이나 유배까지는 면해주자고 주장했고 다른 구교들도 동조했지만(《교쿠요》) 고시라카와인은 의정 결정을 “시의(時議)를 살피지 못했다”고 일침을 놓고 21일에 묘운을 이즈 국(伊豆國)에 유배해버렸다(《햐쿠렌쇼》 동일조, 《교쿠요》 22일조). 23일에 승병들은 유배길에 오른 묘운의 신병을 도중에 습격해 탈환했고, 고시라카와인은 이즈의 지교코쿠슈(知行国主)로 묘운 유배의 책임자였던 미나모토노 요리마사를 문책했다. 엔랴쿠지가 무력 공격의 결의를 굳힌 와중에 군사를 지휘할 다이라노 시게모리·무네모리 형제도 “기요모리의 지시가 없이는 움직일 수가 없습니다”라며 출동을 거부했기에, 격노한 고시라카와인은 친히 후쿠하라에 있는 기요모리를 찾아가 공격을 요청했고 28일의 회담에서 기요모리는 출병을 약속했지만 속으로는 여전히 껄끄러워하고 있었다. 29일에 무기를 소지하고 교토를 오가는 무리들을 붙잡았고, 여러 고쿠시들에게 엔랴쿠지의 말사와 소엔의 법진(注進), 오미(近江)·에치젠(越前)·미노(美濃) 안의 무사들을 동원한다(《교쿠요》 29일조). 쇼안(承安) 3년(1173년)의 고후쿠지의 때와 마찬가지로 엔랴쿠지 장원의 정지와 폐지를 의도한 것으로 보인다. 그러나 6월 1일에 다다 유키쓰나(多田行綱)가 헤이시 타도의 음모를 기요모리에게 밀고해버리면서 상황은 격변하고, 사이코는 잡혀 처형되었으며 후지와라노 나리치카는 유배, 다른 인의 근신들도 일망타진된다(시시가타니 음모 사건). 5일에는 묘운이 소환되었고 9일에는 후지와라노 모로타카가 기요모리의 게닌의 습격으로 참살되었다. 이 사건으로 고시라카와인은 유력 측근들을 잃었고 정치적 지위도 떨어지는 지경에 이르렀다. 7월 29일에 천하가 떠들썩한 것은 호겐의 난의 원령(怨霊)들이 저주를 내리고 있기 때문이라 하여 이들을 진혼하기 위해 사누키인(讃岐院)의 원호(院号)를 스토쿠인(崇徳院)으로 고치고, 후지와라노 요리나가를 태정대신(太政大臣) 정1위로 추증했다(《햐쿠렌쇼》《교쿠요》 동일조).
시시가타니 음모 사건으로 다카쿠라 천황에 대한 퇴위 공작도 엔랴쿠지 공격도 모두 무산되었다. 실의에 빠진 고시라카와인에게 더욱 충격을 준 사건이 시게코의 1주기를 맞아 법화팔강 거행을 둘러싼 분규였다. 다카쿠라 천황은 간닌(閑院)을 사토노다이리(里内裏)로서 쓰고 있다가 기요모리의 의향에 따라서 하치조도노(八条殿)로 행행했다. 고시라카와인은 간닌에서 법화팔강(法華八講)을 행할 것을 명했으나, 가네자네 저택을 찾은 히노 가네미쓰(日野兼光)는 “함부로 간닌에 돌아오면 기요모리가 내심 어떻게 생각할지 모릅니다. 하치조도노에서 거행한들 문제될 것이 없습니다.”고 고시라카와인을 설득, 결정은 연장되었다(《교쿠요》 안겐 3년 6월 21일조). 고시라카와인은 아내의 명복을 비는 불사(仏事) 장소만이라도 자유롭게 결정하고 싶어 했다. 고시라카와인의 정치력 저하에 반비례해서 17세가 된 다카쿠라 천황은 정치적으로 자립하려는 모습을 보이기 시작했다. 고시라카와인이 전혀 정무에 관여하지 않는 경우도 있었지만, 약해졌다고 해도 인세이는 여전히 기능을 유지하고 있었기에 잠시 니조 천황의 때와 같은 이두정치로 변했다.
지쇼 2년(1178년) 정월, 고시라카와인은 온죠지(園城寺)에서 곤노쇼조(権僧正) 구겐(公顕)으로부터 전법관정(伝法灌頂)을 받으려 했지만 관정에 대한 상으로 온죠지에 가이단(戒壇)이 세워질 것을 두려워한 엔랴쿠지가 말사 소엔의 병사들을 동원해 봉기했고 온죠지를 전소시킬 태세를 보였다(《교쿠요》, 《잔카이기》 정월 20일조). 고시라카와인은 승강을 보내 엔랴쿠지를 꾸짖는 동시에 다이라노 무네모리를 후쿠하라에 보내 기요모리를 불러들였다. 그러나 기요모리는 부름에 응하지 않았고, 고시라카와인은 온죠지 행행과 관정을 모두 단념해야 했다(《잔카이기》 정월 25일조, 《햐쿠렌쇼》2월 1일조, 《교쿠요》 2월 5일조). 이 사건으로 큰 한을 품게 된 고시라카와인은 5월에 보복조치로 최승강(最勝講) 법회에서 엔랴쿠지 승려들의 공청을 정지시켜 버린다(《교쿠요》《잔카이기》 5월 16일조). 엔랴쿠지와의 충돌을 바라지 않았던 다카쿠라 천황이 몇 번이나 중재에 나섰지만, 고시라카와인은 ‘관정을 막은 죄’라며 귀를 기울이지 않았다. 이와 같이 인세이와 친정의 병립은 힘들게 되었고, 이두정치는 이미 기능하지 못하고 있었다. 역대의 ‘치천(治天)의 군(君)’은 어린 황제를 옹립하고 이중권력의 형태이면서도 이중권력을 회피하고 있었지만, 헤이케의 지원을 받고 있던 다카쿠라 천황을 퇴위시키는 것은 고시라카와인에게는 불가능했다. 헤이케의 의도는 다카쿠라 천황의 친정을 신속하게 이행하도록 하여 고시라카와인을 정계에서 물러나게 하려 했던 것으로 추측된다.
5월 24일에 다이라노 도키타다가 다카쿠라 천황에게 도쿠코의 회임 소식을 전했다(《잔카이기》 동일조). 후계자가 없다는 것이 약점이었던 다카쿠라 천황에게 황자가 태어난다는 것은 희소식과도 같았고, 조정은 출산을 위한 기도에 전념했다. 고시라카와인도 도쿠코를 양딸로 삼고 있었기에 헤이시에 대한 감정을 일단 접고 안산기원(安産祈願)에 참가하여, 11월 12일에 다카쿠라 천황의 제1황자가 무사히 태어났고 기요모리로부터 그 황자를 태자로 삼자는 요청이 들어오는 가운데 고시라카와인은 구조 가네자네에게 연내로 태자를 세우는 것이 옳은지를 자문했는데, 가네자네는 “2세, 3세로 태자로 세워진 예는 좋지 않고, 4세까지 기다리자면 너무 늦습니다.” 라고 아뢰었지만 연내에 태자로 책봉하기로 결정되었다(《교쿠요》11월 28일조). 12월 9일에 친왕 선하가 내려져 ‘고토히토(言仁)’라는 이름이 주어지고, 15일에 태자로 세워졌는데 그 의식은 로쿠하라에서 거행되었고, 춘궁방(春宮坊)은 모두 헤이시 일문이었다. 황태자 주변에서 배제된 꼴이었던 고시라카와인은, 다시 헤이시에 대한 불만과 경계심을 강하게 갖게 되었다. 지쇼 3년(1179년) 3월까지 고시라카와인이 이쓰쿠시마의 무녀 다이시의 춤을 보기 위해 기요모리의 니시하치조 저택(西八条邸)을 찾아, 다음 날에도 인노고쇼, 시치조도노(七条殿)에서 함께 춤을 관람하는 등 양자의 교류는 가까스로 유지되었다(《잔카이기》 3월 17일, 18일조).
인세이 정지.
6월 21일, 고시라카와인은 고마쓰도노(小松殿)에 행차하여 중병을 앓던 다이라노 시게모리를 찾아 위로했다(《잔카이기》 동일조). 시게모리는 헤이시 일문에서는 친인세이파에 속했고 기요모리와의 대립을 막아주는 마지막 장치와도 같은 존재였다. 이보다 앞서 17일, 기요모리의 딸인 시라카와도노 모리코(白河殿盛子)가 서거하는데, 모리코의 죽음으로 모리코가 가지고 있던 옛 셋칸케 소유의 영지에 대한 귀속문제가 제기되었고, 고시라카와인과 기요모리의 전면충돌을 야기하게 된다. 전 간파쿠 고노에 모토자네가 사망한 뒤 셋칸케 소유의 영지를 모토자네의 미망인 자격으로 기요모리의 서녀 모리코가 관리한다는 것은 어디까지나 모토자네의 적남인 모토미치(基通)가 성장할 때까지의 일시적인 것이었는데, 모리코의 이른 죽음은 영지를 모토미치에게 잇게 하려던 기요모리의 기존의 노선을 크게 뒤흔들었다. 이 시점에서 산기(参議)가 아닌 고쥬조(右中将)에 불과했던 모토미치가 간파쿠이자 후지와라 집안의 씨장자인 마쓰도노 모토후사를 그대로 둔 채로 남은 영지를 모두 상속받는 데는 무리가 있었다. 헤이시가 택한 방책은 모리코를 준모(准母)로 두고 있던 다카쿠라 천황에게 영지를 상속하는 것이었다. 모리코가 죽고 이틀이 지난 19일에 다이라노 도키타다가 나카야마 다다치카(中山忠親)에게 “소엔(庄園)은 모두 주상께 속해 바쳐졌다”(《잔카이기》 동일조)고 통보했고, 20일에는 구조 가네자네도 “시라카와도노(白川殿)의 소유 영지 이하의 일은 모두 다 다이(内)의 분부에 의한 것”이라는 정보를 입수한다(《교쿠요》). 이러한 처분은 모토미치가 자라서 간파쿠 씨장자가 될 때까지의 시간벌이였다. 불만을 품은 마쓰도노 모토후사는 씨장자로서 영지의 상속권이 자신에게 있다며 고시라카와인에게 호소했다. 모토후사의 호소를 받아들여 고시라카와인이 영지 상속 문제에 개입하여, 이윽고 “다이의 분부”임이 분명했던 모리코의 영지는 인의 근신・후지와라노 가네모리(藤原兼盛)가 시라카와도노(白河殿)의 창예(倉預)직에 임명됨으로써 고시라카와인이 관리하게 된다. 이는 다카쿠라 천황 소유의 영지에 대해 ‘왕가(王家)의 가장(家長)’으로서의 권한을 행사한 것으로 해석할 수 있다. 이 시기에 재위중인 천황의 영지관리를 고인(後院)이 행하게 되는데, 왕가의 가장인 ‘치천(治天)의 군(君)’이 고인을 장악하기에 이른 것이다.
고시라카와인·마쓰도노 모토후사와 기요모리의 대립은 10월 9일의 지모쿠에서 결정적으로 드러났는데, 닌간 원년(1166년) 이래 다이라노 시게모리의 지쿄고쿠(知行国)였던 에치젠을 시게모리 사망 뒤에 몰수하여 인의 분고쿠(分国)로 짜넣고, 나아가 시게모리의 죽음으로 충격에 빠져 있던 기요모리가 지원하던 20세의 고노에 모토미치를 무시하고 모토후사의 아들이었던 여덟 살의 마쓰도노 모로이에(松殿師家)를 곤노주나곤에 임명한 것이다. 이 인사는 모로이에가 후지와라 씨장자를 이어받을 것이며 고시라카와인의 관리하에 들어간 셋칸케 소유의 영지가 그에게 계승될 것이란 의미였다. 이러한 강경한 처사에 대해서는 셋칸케 출신의 구조 가네자네조차도 “법황의 과태(過怠)”, “박륙(博陸)의 죄과”라며 국정을 어지럽힌 처사라고 비판한다(《교쿠요》11월 15일조). 여기에 고시라카와인과 모토후사가 헤이케 당류들을 아주 멸망시키려 모의하고 있다는 정보까지 새어나가자(《햐쿠렌쇼》11월 15일조) 결국 기요모리는 11월 14일에 쿠데타를 일으켜(지쇼 3년의 정변) 마쓰도노 모토후사·모로이에 부자를 바로 파면시켜 버렸고, 이것은 천황의 공식명령인 선명(宣命), 조서(詔書)의 이름으로 집행되었다(인세이는 ‘천황의 후견인’이라는 자격으로 권력을 행사하는 것이었기에 천황이 독자적인 지지 세력을 배경으로 공격해오면 그것을 대처할 방법이 없다는 구조적인 약점이 있었다). 고시라카와인은 급히 세이겐(静賢)을 보내 사과의 뜻을 전했지만 20일에 기요모리에 의해 강제로 홋슈지도노에서 교토 남쪽의 도바도노(鳥羽殿)로 연행되어 유폐되고 만다. 고시라카와인의 인세이는 완전히 정지되었다.
지샤 세력의 반발.
고시라카와인이 유폐된 도바도노에는 후지와라노 나리노리·나가노리·세이겐(모두 신제이의 아들들) 세 사람과 뇨보(女房) 2, 3인 이외에는 누구도 출입할 수 없었다. 유폐 다음날 기요모리는 인쵸의 연예(年預)・나카하라 무네이에(中原宗家)에게 인의 영지 목록을 작성하게 하고 12월에는 고인쵸(後院庁)가 설치된다(《햐쿠렌쇼》). 고시라카와인이 가진 인 소유의 영지를 몰수하여 다카쿠라 천황의 영지로 짜넣기 위해서 필요한 조치였다. 지쇼 4년(1180년) 2월 21일에 다카쿠라 천황은 양위하고, 고인쵸의 인시(院司)였던 후지와라노 다카스에(藤原隆季)·요시다 쓰네후사(吉田経房)·후지와라노 나가카타(藤原長方)가 곧바로 다카쿠라 인쵸(院庁)의 벳토로 인사 이동함으로써 다카쿠라 인세이가 발족했다. 유폐된 고시라카와인은 정월 하순부터 중병을 앓아, 다이라노 무네모리의 허가를 얻어 도바도노로 들어간 의관 와키 사다나리(和気定成)에게 “단 한 번만이라도 구마노 참배를 가고 싶다”며 눈물을 흘렸다고 한다(《잔카이기》 2월 27일조). 3월에 다카쿠라 상황은 기요모리의 강한 요청으로 이쓰쿠시마 참배를 계획하는데, 기존의 관례상 상황이 처음으로 참배하는 곳은 교토 근교의 이와시미즈 하치만궁(石清水八幡宮)·가모노 야시로(賀茂社)·가스가 야시로(春日社)·히요시 야시로(日吉社) 등으로 정해져 있었기에, 종교적 지위가 낮아질 것을 두려워한 엔랴쿠지・온죠지・고후쿠지는 이쓰쿠시마 참배를 맹렬하게 반발하고 나섰다. 세 절의 승병들이 연합해 다카쿠라인이나 고시라카와인의 신병을 탈취한다는 계획도 은밀히 진행되었지만 고시라카와인이 이러한 승병들의 움직임을 다이라노 무네모리에게 전하면서 폭로된다(《교쿠요》, 《잔카이기》 3월 17일조). 무네모리는 사촌 형제인 다이라노 미치모리(平通盛)·다이라노 쓰네마사(平経正)를 도바도노에, 친동생 다이라노 도모모리를 다카쿠라인의 고쇼에 보내어 경호를 엄히 했고, 후쿠하라의 기요모리에게 앞으로의 일에 대한 지시를 의뢰한다. 기요모리는 고시라카와인의 협력적 자세에 다소 태도를 완화시켜 교고쿠노 쓰보네(京極局)・단고노 쓰보네(丹後局) 두 뇨보가 인을 섬기는 것을 허락했다(《잔카이기》 3월 17일조). 도바도노가 교토 중심부에서 멀리 떨어져 있어 경비가 불편하다는 이유로 고시라카와인을 고조 오오미야(五条大宮)의 후지와라노 다메유키(藤原為行) 저택으로 옮겨졌지만, 무네모리가 “히나미(日次)가 좋지 않다”며 비판하여 지연되었다(《교쿠요》 3월 19일조).
동란의 시작.