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1794년 영국과 체결한 제이조약으로 프랑스와 관계가 악화되었는데 워싱턴의 외교적 해결 시도는 1797년에 일어난 뇌물 스캔들 XYZ 사건'으로 이어졌다. 그리고 프랑스 총재정부는 워싱턴이 임명한 찰스 핑크니 주 프랑스 신임 공사의 부임에 대해 승인을 거부하며 외교보복을 감행하였다. 양국 사이에는 전쟁 분위기가 흐르기 시작했다. 애덤스 행정부가 들어선 1798년 말 프랑스가 미국 상선들을 나포하기 시작하자 미 의회는 프리깃함 나머지 3척을 완성하기 위한 자금을 승인했다. 결국 양국 사이에는 해상에서 산발적으로 무력 충돌이 발생하는 불상사가 벌어졌다. (유사전쟁)
1800년 들어 바르바리 해적들이 미국 선박을 약탈하는 문제가 다시 발생하자 미국 제3대 토머스 제퍼슨 대통령은 미 해군을 동원하여 전격적으로 바르바리 해적 소탕 작전을 펼친다. 제1차 바르바리 전쟁(1801년 ~ 1805년)과 제2차 바르바리 전쟁(1815년)에 승리를 거둔 미국은 그간 입은 피해를 보상 받았을 뿐만 아니라 안전통행세 없이 지중해를 항해할 수 있는 조약도 체결했다. 이는 전례가 없는 일이었기에 미국의 대외 위상은 상승했으며 해적집단에 신생 독립국가가 예상 밖으로 크게 성과를 거둔 점에 유럽 국가들은 강하게 자극받게 되었다.
1797년 두 번에 걸친 임기가 끝나자 모든 사람은 그가 사망할 때까지 종신 대통령직에 머물러줄 것을 간청했지만 그는 단호히 거절하며 자기가 3번씩 임기를 맡는다면 장기 집권을 위한 무서운 정치 싸움이 벌어질 것을 염려해 임기를 2번만 수행했다. 대통령직을 떠나면서 그는 유명한 '고별사'를 발표했고 이는 오늘날까지도 미국인의 신념에 신성한 사료로 살아 있다. 그는 이 고별사에서 무엇보다 통일의 중요성을 강조하고 미국민들에게는 정당 간 극심한 대립에 대해 경고하고 대외적으로는 외국에 지나치게 종속되는 것과 과한 적대감을 경계했다.
임기를 마친 그는 미련 없이 자신의 사저가 있는 마운트버넌으로 돌아갔고 2년 뒤인 1799년 향년 67세로 세상을 떠났다. 두 번까지만 대통령으로 재임한다는 전통은 그가 세우고 1940년 프랭클린 D. 루스벨트가 깼다. 그 뒤 수정헌법 22조에 3선 출마금지, 타인의 임기로 2년 이상 대통령으로 재임하는 사람은 2번 이상 대통령에 당선될 수 없다는 조항을 추가할 때까지 철칙처럼 지켜온 절제의 미덕이었다.(임기 4년으로 2회, 최장 8년까지 가능) 당연히 수정헌법 22조에 대통령 3선 출마금지법은 워싱턴의 전통을 계승, 강화한 것이라 볼 수 있다.
그는 미국 건국의 아버지인 초대 대통령이자, 떠날 때에는 떠나는 지도자의 모습을 보여준 대통령이고, 귀족정치를 지지하고 비록 황제처럼 행동하여 정치를 결코 대중화하지는 않았지만 미국의 대중민주주의를 창조하는 데 큰 역할을 한 사람이다.
예비역 미국 육군 중장 출신이던 그에게 사후 1862년 2월 22일에 에이브러햄 링컨 대통령이 명예역 미국 육군 대장 계급을 추서했으며 1869년 12월 14일에 율리시스 그랜트 대통령이 명예역 미국 육군 원수 계급을 추서했고 그 107년이 지난 뒤 1976년 7월 4일에 제럴드 포드 대통령이 명예역 미국 대원수 계급을 추서했다.
업적과 평가.
그는 명석한 판단력과 탁월한 지도력으로 남을 이끄는 데 훌륭한 능력을 지녔다. 이러한 성격으로 온갖 악조건과 싸우면서 끝내 영국과의 독립전쟁에서 승리를 거두어 미국 독립을 이뤘다.
그의 제왕과 같은 언행으로 새로운 나라 미국의 새로운 직책인 대통령은 처음부터 강력한 군주와 같이 강력한 정치력을 발휘하게 된다.
마지막으로 대통령제를 한 번도 겪어보지 않은 미국에서 행정부의 수반인 대통령직을 구체화하는 업적을 이룩하고 그 유명한 '고별사'를 발표하여 떠나는 때를 아는 지도자의 모습을 보여준 대통령이었으며 미국의 대중민주주의를 창조하는 데 큰 역할을 한 사람으로 평가된다.
존 애덤스(, 1735년 10월 30일 ~ 1826년 7월 4일)는 영국 식민지와 미국 초기의 정치인이었다. 미국의 제2대 (1797년-1801년) 대통령과 초대(1789년-1797년) 부통령이다.
미국 건국의 주역 중 한사람이자 토머스 제퍼슨의 정적이었으며, 같은 이름의 그의 아들 존 퀸시 애덤스는 6대 미국 대통령을 지내 미국 최초의 부자(父子) 대통령이었다. 백악관에 처음으로 입주한 대통령이기도 하다.
변호사.
존 에덤스는 아버지 존 애덤스()와 어머니 수잔나 애덤스() 사이에서 3형제 중 장남으로 태어났다. 그는 조지 워싱턴 매사추세츠 만 식민지의 브레인트리(Braintree)라는 도시에서 태어났다. 그는 브레인트리의 부유한 가정에서 태어나 하버드 대학교를 마치고 1758년 23세의 나이에 이미 변호사가 되었다. 그는 1765년 인지세법 반대투쟁으로 정치에 뛰어들었고, 5년 뒤엔 놀랍게도 보스턴 학살에 연관된 영국군 장교를 변호하기도 했다.
존 에덤스는 토머스 제퍼슨등과 함께 독립선언서 작성에 참여했다. 1780년, 그는 그의 출신주인 매사추세츠주의 헌법초안을 만들었다. 미국 독립전쟁이 막바지에 이르러 파리에서 영국과 독립협상을 벌이게 되었을 때 그는 벤저민 프랭클린, 존 제이와 함께 협상대표로 참가하여 1783년 미국 독립을 영국으로부터 승인 받은 인물이었다.
초대 미국 부통령.
대통령 임기.
제퍼슨과의 갈등.
1797년, 대선에서 득표수가 두 번째로 많은 후보를 부통령으로 임명하는 당시의 제도에 의해, 그의 친구이자 정적인 토머스 제퍼슨을 부통령으로 맞게 되었다. 제퍼슨은 임기 4년 동안 존 애덤스의 정책을 반대했다. 그 이유는 제퍼슨은 철저한 반연방주의 세력의 중심지도자였고, 애덤스는 열렬한 연방주의자로 정치이념이 정반대였기 때문이다. 애덤스가 대통령으로서 당면한 가장 심각한 문제는 영국, 프랑스와의 갈등이었다. 미국은 이제 막 건국한 허약한 국가에 지나지 않았고, 아메리카 대륙에서 영향력을 발휘하려고 경쟁하는 영국과 프랑스는 서로 미국을 자국의 보호령으로 만들기 위해 노력하고 있었다.
프랑스와의 전쟁.
전임 조지 워싱턴 대통령 시절에 1차 대불동맹 전쟁(1793년)이 벌어진 직후 미영간 관계가 악화되자 미국은 영국과 제이조약(1794년)을 통해 갈등을 해소한바 있다. 그러나 이는 1778년에 체결한 미불간 동맹조약을 일방적으로 폐기하는 행위이기 때문에 미국은 프랑스와 관계가 악화되었다. 배신당한 프랑스가 1796년 주프랑스 신임 대사 찰스 핑크니의 부임을 인정하지 않는 등 외교적인 보복을 가해 왔다.
애덤스는 사태해결을 위해 프랑스에 비밀특사 3명을 보냈는데 프랑스측은 1778년에 체결한 조약의 폐기를 조건으로 거액의 뇌물과 차관을 요구했고, 뇌물 스캔들인 XYZ사건이 대중에게 알려지면서 미국인들은 분노했다. 알렉산더 해밀턴 등 친영 반불(프랑스)의 연방주의자 세력은 프랑스에 대한 강력한 응징을 요구했고 결국 애덤스는 그들의 의견을 받아들여 1798년에 미국 해군을 창설하고 프랑스의 무력도발에 맞섰다. 미국과 프랑스는 합법적인 선전포고 행위 없이 해상에서 산발적으로 무력충돌을 벌였다.(유사전쟁 1798년 ~ 1800년).
그와 동시에 프랑스에 대한 반감이 크게 높아져 프랑스 등 외국에 협조적인 자들을 처벌할 수 있는 외국인법에 애덤스는 서명했다. 이 법은 선동을 방지하고 간첩, 배신행위를 막는다는 구실로 제정되었지만, 실질적으로는 국민들의 입과 귀를 막는 비민주적인 법이었다. 자연 친불반영의 토머스 제퍼슨 등 반연방주의자 세력들의 반발은 커져갔고 연방주의자들과의 싸움도 더욱 거세어졌다.
별다른 명분도 실리도 없이 분풀이 같은 유사전쟁(Quasi-War)을 벌이던 애덤스는 결국 프랑스와 휴전을 하게 되었다. 제1통령이 된 나폴레옹은 1800년 9월에 협상을 제의 해왔고, 양국은 1778년의 동맹조약을 폐기한후 새로운 통상협정인 몰트퐁텐 조약(Treaty of Mortefontaine)을 체결하여 사태를 원만하게 수습하였다. 하지만 이 사건으로 동지들이었던 연방주의자세력들은 존 애덤스에게서 등을 돌렸다. 결국 1800년 대통령 선거에서 재선에 실패하고 제퍼슨에게 대통령 자리를 넘겨줬다.
은퇴 이후.
연임에 실패한 애덤스는 고향인 브레인트리로 돌아왔고 세상을 떠날 때까지 25년간 저술활동에 전념했다. 만년에는 우울증을 앓기도 했으나 오랜 동지이자 정적이기도 했던 제퍼슨과는 화해하였다. 1826년 7월 4일 미국이 독립한 지 50년이 되는 해, 독립기념일에 존 애덤스는 토머스 제퍼슨과 같은 날에 세상을 떠났다. 토마스 제퍼슨이 이미 수시간 전에 사망한 것을 몰랐던 그의 마지막 말은 "토마스 제퍼슨은 아직 살아있다"이었다고 전해진다. 사망 당시 그의 나이 90세였다.
존 애덤스는 &lt;정부에 대한 고찰&gt;에서 새로운 정부와 헌법 초안에 대한 그의 생각을 나누었다. 그는 '정치는 인간의 행복에 관한 학문' 이라고 하며 사회의 행복은 그들이 사는 정부의 헌법에 달려 있다' 라고 주장하였다. 그는 이곳에서 입법, 행정, 사법의 견제와 균형의 제도를 그려내었고, 토머스 페인의 상식 (소책자)에 반대하여 단원제를 채택하면 의회가 독재적이며 이기적인 기관으로 전락한다고 경고하였다. 그는 양원제만이 서로의 힘을 견제할 수 있다고 주장하였다.
미합중에 정부의 헌법에 대한 보호 'A Defense of the Constitution of Government in the United States of America'(1788)
토머스 제퍼슨(, 1743년 4월 13일 ~ 1826년 7월 4일)은 미국의 정치인으로 3번째 미국 대통령(재임 1801년 ~ 1809년)이자 미국 독립 선언서의 기초자이다(1776년). 제퍼슨은 영향력 있는 건국의 아버지의 일원이었고, 미국 공화주의의 이상을 추구함으로써 역대 대통령 중 가장 존경받는 대통령 중 한 사람이 되었다. 대통령 재임 기간 중 그의 업적은 루이지애나 매입과 루이스와 클라크의 서부 원정, 지중해 해적 소탕 등이며 소수의견의 존중, 종교·언론·출판 자유의 확립 등에 주력하였다.
과도한 중앙집권을 싫어하는 공화주의자로서 작은 정부를 지향하였으며 연방주의를 반대했다. 시민의 자유, 정교분리, 엄격한 헌법 해석을 지지했다. 또한 도시의 산업 경제보다 농촌 경제가 미국의 특성을 더 잘 보호할 수 있다고 믿었다.
1809년, 퇴임후 버지니아의 몬티첼로에 돌아가 1819년 버지니아대학교를 설립하고 스스로 학장에 취임하여 민주적 교육의 보급에 노력하였다. 또한 철학·자연과학·건축학·농학·언어학 등 다방면에 걸쳐 많은 사람들에게 영향을 주어 '몬티첼로의 성인(聖人)'으로 불리었다. 미국 지폐중 1976년에 첫 발행된 2달러의 앞면에 제퍼슨의 초상화가 새겨져 있다.
토머스 제퍼슨은 1743년 4월 13일에 버지니아주에서 가장 저명한 가문 중 하나에서 여덟 명의 아이 중 셋째, 그리고 장남으로 태어났다. 어머니는 제인 랜돌프로 농장주이자 선주인 이스암 랜돌프의 딸이었다. 토머스 제퍼슨의 외할아버지인 이스암 랜돌프는 사촌으로는 페이튼 랜돌프가 있었고 이스암 랜돌프의 5촌 조카로는 훗날 제퍼슨의 후임 국무장관이 된 에드먼드 랜돌프가 있었다. 토머스 제퍼슨의 아버지 피터 제퍼슨은 알버마를 군의(Albemarle County, 셰드웰(Shadwell)) 대농장주이자 측량기사였고 제퍼슨은 웨일스 사람의 후손이었다. 1745년 피터 제퍼슨의 절친한 친구인 윌리엄 랜돌프 대령이 죽자, 피터 제퍼슨은 랜돌프의 유언 집행자로서 터카호(Tuckahoe)에 있던 그의 토지와 그의 어린 아들인 토머스 만 랜돌프의 양육도 맡게 되었다. 그 해에 제퍼슨 일가는 다시 알버마를로 돌아가기 전까지 7년 동안 살 터카호로 이주하였고 얼마 안 되어, 피터 제퍼슨은 터카호 군의 군수로 임명되었다. 그리고 피터 제퍼슨은 치안판사와 버지니아주 의원을 지내는 등 많은 요직에서 활약하였다.
1752년 제퍼슨은 스코틀랜드 출신 목사인 윌리엄 더글라스가 운영하던 학교에 입학하였다. 9살에 제퍼슨은 라틴어, 그리스어, 프랑스어를 공부하기 시작하였으나 1757년 제퍼슨이 14살 때, 아버지 피터 제퍼슨이 죽었다. 제퍼슨은 5,000 에이커(약 20km2)와 삼십명의 노예를 상속받았으며 상속받은 땅에다 집을 지었는데 그곳은 훗날 바로 몬티첼로로 불렸다.
아버지가 갑작스럽게 죽은 후, 제퍼슨은 1758년에서 1760년까지 교육받은 목사인 제임스 모우리의 학교에서 공부하였다. 학교는 고든스빌 근처의 프레드릭스빌 교구에 자리 잡고 있었는데 이 곳은 섀드웰에서 12마일(약 19 km) 떨어진 곳이었다. 제퍼슨은 모우리의 집에서 하숙하면서 고전 교육과 역사, 과학을 공부하였다.
1760년, 제퍼슨은 만 16세의 나이에 윌리엄스버그에 있던 윌리엄 앤 메리 대학교에 입학하였다. 제퍼슨은 그곳에서 2년을 공부하였는데 1762년에 수석으로 졸업하였다. 제퍼슨은 철학대학에 들어가 수학과 형이상학, 그리고 윌리엄 스몰 교수가 가르치던 철학을 공부하였다. 스몰 교수는 배움에 열성인 제퍼슨에게 경험주의를 알려주었는데 그는 경험주의에서 프랜시스 베이컨, 존 로크, 아이작 뉴턴의 이론까지 배웠다. 훗날 제퍼슨은 이들을 "세상이 이제까지 만들어낸 3명의 가장 위대한 인물"이라며 칭송하였다. 또한 그는 자신의 프랑스어 수업을 완전히 끝냈고 자신의 그리스어 문법책을 항상 들고 다녔으며, 바이올린을 연습하였고 타키투스와 호메로스의 책을 감명깊게 읽었다. 예리하고 부지런한 학생이었던 제퍼슨은 모든 분야에서 학구적인 궁금증과 욕심을 보여주었고 가족의 전통에 따라, 종종 하루에 15시간씩 공부를 하였다. 제퍼슨의 가장 친했던 대학 동창인 로스웰의 존 페이지는 제퍼슨을 두고 "자신의 가장 친한 친구를 뿌리치고 떠나 자신의 학업에 열중하였다"라고 하였다. 이것을 봐도 제퍼슨은 그리 사교성은 많지 않고 성격이 내성적이었다는 것을 단적으로 보여준다.
대학에 재학 중일때, 제퍼슨은 '납작한 모자 클럽'("Flat Hat Club")이라는 비밀 조직의 회원이었는데 지금은 이 클럽이 윌리엄 앤드 메리 대학 학생 신문으로 이름이 바뀌었다. 제퍼슨은 대학의 건물 중 영국 건축가 크리스토퍼 렌의 이름을 딴 렌 빌딩에서 기숙하였고 본관에서 동창들과의 단체 식사에도 참석하였으며 렌 예배당의 아침, 저녁 예배에도 참석하였다. 제퍼슨은 왕립 주지사 프랑시스 파우키에의 호화 파티에 자주 참석해 바이올린을 연주하고 와인을 마시기 시작하여 이내 와인 마시는 것을 매우 좋아하였다. 1762년 대학을 수석으로 졸업한 후, 조지 위트 아래서 법학을 배웠으며 1767년 버지니아주 법정에서 자신의 변호사 인생을 시작하고 위트에게 자신의 변호 실력을 인정받았다.
변호사로서의 생활.
1765년 10월 1일, 토머스 제퍼슨의 큰누나인 제인이 25세의 짧은 생애를 일기로 요절하였다. 제퍼슨의 누나와 여동생이 큰언니 제인의 장례식에도 참석하지 못한 것을 안타까워 한 제퍼슨은 혼자 외롭게 슬픔의 나날을 보냈다. 제퍼슨의 작은누나인 메리는 토머스 볼링과 결혼하고 여동생 마사는 그해 7월에 다브니 카에게 시집갔으나, 친정인 섀드웰에서 멀리 떨어진 각자의 남편의 집에서 살아 오기가 쉽지 않았다. 제퍼슨의 다른 여동생들인 엘리자베스와 루시, 그리고 아직 유아인 애너 스콧과 랜돌프가 그의 말동무가 되어주었다. 제퍼슨은 엘리자베스나 루시가 있을 때 기분이 좋지 않았는데 엘리자베스와 루시가 제퍼슨의 누나들처럼 제퍼슨에게 지적인 영향을 끼치거나 격려를 해주지 않았기 때문이다.
제퍼슨은 버지니아 식민지의 변호사로서 많은 법적 소송을 다루었고 1768년에서 1773년까지 주 의회에서 해마다 100개 이상의 소송을 도맡아 변호하였다. 제퍼슨의 소송 의뢰인 중에는 많은 버지니아주 출신 명문가들이 많았고 제퍼슨 외가인 랜돌프 가문도 포함되어 있었다.
1772년 제퍼슨은 23세의 젊은 과부 마사 웨일스 스켈턴과 결혼하였다. 제퍼슨 부부는 6명의 자녀를 두었는데 마사 제퍼슨 랜돌프(1772년 ~ 1836년), 제인 랜돌프(1774년 ~ 1775년), 사산된 아들(1777년), 메리 웨일스(1778년 ~ 1804년), 루시 엘리자베스(1780년 ~ 1781년), 그리고 엘리자베스(1782년 ~ 1785년)가 있었다. 부인 마사는 1782년 9월 6일에 사망하고 제퍼슨은 다시는 재혼하지 않았다. 제퍼슨은 샐리 헤밍스(Sally Hemings)라는 자신의 노예가 낳은 자식들의 아버지라는 설이 있었으나, 1998년의 유전자 검사로 이들의 아버지가 제퍼슨 또는 제퍼슨의 남자 친척 중 한 사람임이 밝혀졌다.
1774년부터 1800년까지의 정치 인생.
독립운동 대열 합류.
제퍼슨은 법을 다루는 변호사를 직업으로 삼았지만, 1769년에 버지니아주 자치의회에 알버마를 군을 대표하는 의원이 되었다. 당시 식민지는 영국 본토의 인지세법으로 영국에 반감을 품는 식민지인들이 많아지기 시작할 때였다. 1774년, 참을 수 없는 법(Intolerable Acts)이 영국 의회에서 통과되자, 제퍼슨은 이 법에 대한 여러 대책들을 썼는데 이것이 그가 출판한 첫 번째 팜플렛인 《영국령 아메리카의 권리에 대한 요약》("A Summary View of the Rights of British America")이었다. 이전의 참을 수 없는 법에 대한 비판은 법과 헌법에 맞추어져 있던 것이었으나 제퍼슨은 식민지인들은 모두 자연권이 있으며 스스로 다스릴 수 있다는 급진적인 생각을 표현하였다. 또한 제퍼슨은 영국 의회는 말그대로 영국만의 의회이며, 식민지의 입법권을 행사할 수 있는 자격이 없다 주장하였다. 이 팜플렛은 제1차 대륙회의의 버지니아 선언의 초안으로 쓸 계획이었으나 대륙회의에서 제퍼슨의 생각이 너무나 과격하였음이 증명되었다. 그렇지만 팜플렛은 미국 독립의 이론상 뼈대가 되었으며 제퍼슨을 가장 유식하고 생각이 깊은 독립파 정치인의 한사람으로 각인시키게 해주었다.
독립 선언서 작성.
제퍼슨은 1775년 6월부터 제2차 대륙회의 위원으로 재직하였는데 대륙회의가 열리고 얼마 안 있어 미국 독립 전쟁이 일어났다. 1776년 6월, 대륙회의에서는 독립 선언 결의의 공포를 숙고하기 시작하였는데 독립 선언 결의는 그리 문체가 깔끔하고 설득력있지 못하였다. 그리고 얼마 안있어 제퍼슨은 새로 창설된 5인 위원회의 한 사람으로 선정되어 이 결의를 바탕으로 독립 선언서를 쓰기 시작하였다. 위원회는 제퍼슨이 초안을 작성하도록 하였는데 제퍼슨이 문필가로서의 실력과 명성이 높았기 때문이었다. 제퍼슨은 자신이 굳게 믿던 계몽 사상을바탕으로 초안을 작성하였다. 그러나 많은 사람들은 이 작업이 그리 중요하지 않다며 얼버무리고 아무도 이 독립 선언서 작업이 중요한 사명감을 가지고 해야 한다는 생각을 하지 않았다. 제퍼슨은 5인 위원회의 다른 위원들의 도움과 버지니아 헌법의 초안과 조지 매이슨의 버지니아 인권 선언, 그리고 다른 자료들을 참고하여 완성하였다.
제퍼슨은 5인 위원회에게 초안을 보여준 뒤 최종적으로 교열하였고 1776년 6월 28일, 7월 2일에 발표할 예정이었던 독립 선언 결의 찬반 투표 직후, 독립 선언서를 공개대륙회의에 공개하였다. 이것이 완성되자 대륙회의는 독립 선언서에 관심이 집중되었다. 며칠 간의 논쟁 뒤, 대륙회의는 선언서의 1/4을 지우거나 고쳤는데 우선 당시 논쟁의 대상이 되었던 노예 무역에 관한 조항은 빠졌으나 제퍼슨은 계몽 사상에 어긋난다며 이를 완강히 반대하였다. 1776년 7월 4일, 결국 독립 선언서가 대륙회의에서 승인되었다. 독립 선언서는 제퍼슨의 업적 중 중요한 위치를 차지하며 그의 설득력있고 논리적인 머릿말은 인권을 수호하며 인권의 가장 기본적인 사상을 담은 유명한 글귀가 되었다.
1776년 9월, 제퍼슨은 버지니아로 돌아와 하원의원으로 선출되어 정식 출범된 버지니아주 의회 버지니아주 의회 하원의원에 들어갔다. 의원 재직 기간 중 제퍼슨은 버지니아의 사법 제도를 바꾸고 강화하여 민주적인 주로서의 모습을 보여주려 하였다. 그는 3년동안 무려 126개의 법안을 작성하였는데 이 중에는 장자 상속권을 폐지하는 법안과 버지니아의 종교자유령, 그리고 사법 제도를 합리화시켰다. 1778년, 제퍼슨은 “더 많은 지식의 보급을 위한 법안”(Bill for the More General Diffusion of Knowledge)이라는 교육법을 작성하였는데 이 법안은 최초로 미국의 대학에서 이루어진 선택과목제를 도입하여 기존의 대학 제도 등을 바꿨다.
버지니아 주지사 시절.
1779년부터 1781년까지 제퍼슨은 버지니아주 주지사로 재직하였다. 본래 군인이 아니었던지라 조지 워싱턴같이 정면에서 싸우지 않고 후방에서 미국 대륙군과 독립 세력을 지원하였다. 주지사로서 그는 1780년 주도를 협소한 윌리엄스버그에서 리치먼드로 옮기는 일을 감독하였다. 그는 계속해서 학생 감찰 하의 우수성적자 규약 등을 미국 최초로 만든 윌리엄 앤드 메리 대학의 교육 정책 개혁을 극찬하였다. 1779년, 제퍼슨의 명령에 따라, 윌리엄 앤드 메리 대학은 조지 위트를 미국 대학 최초의 법학 교수로 임명하였다. 그러나 그가 주도한 교육 정책 변화의 성과가 그리 만족스럽지 않았는지 제퍼슨은 대통령에서 물러난 뒤, 버지니아 대학교를 세우는데 이 대학교는 종교적 학문을 배제하고 고등 교육을 가르친 미국 최초의 대학이다.
제퍼슨이 주지사로 재직하는 동안, 미국 독립 전쟁이 한창 진행되고 있었다. 버지니아는 제퍼슨의 임기 동안 두 번 영국군의 침략을 받았다. 1781년 6월, 제퍼슨은 영국군의 급습을 받아 패트릭 헨리, 다른 버지니아 유지들과 함께 영국군 대령 배내스터 탈턴의 기병대에게 붙잡힐 뻔했으나, 영국군이 들이닥치기 10분 전에 리치먼드를 빠져나가 화를 피했다. 주지사로서의 직분을 망각하고 도망가려 했다는 점은 공공에게 실망감을 안겨줬고 그의 미래의 정치적 전망도 어둡게 만들었다. 또한 제퍼슨은 다시 버지니아 주지사로 당선되지 못하였다.
프랑스 공사 시절.
제퍼슨은 1784년부터 1789년까지 벤저민 프랭클린의 후임으로 프랑스 공사에 임명되었다. 프랑스 공사에 재직 중인 1787년에는 미국 제헌회의가 열렸는데 프랑스 공사로 해외에 있어 참석할 수 없었다. 일반적으로 제퍼슨은 아직 자신이 지향하는 반연방주의의 색채가 드러나 있는 권리장전이 아직 만들어지지 않았음에도 불구하고 연방주의적인 미국의 헌법을 대체로 지지하였다. 그러나 연방을 지향하고 자신이 독립선언서에서 가장 중요하게 여겼던 개인의 인권에 대하여 아무런 조항이 명시되어 있지 않은 터라 버지니아주 출신 후배인 제임스 매디슨과 연락을 주고 받으며 영국의 권리장전을 모델로 한 새 권리장전을 헌법의 추가 조항인 수정헌법으로서 집어넣으라고 자신의 의견을 피력하였다. 파리에 있으면서, 제퍼슨은 유명한 거리인 샹젤리제에 위치한 공관에서 살았다. 그는 많은 시간을 도시의 고고학적 유적과 파리의 거리 예술 등을 감상하며 보냈다. 그는 파리의 살롱 문화를 좋아하며 도시의 가장 영향력 있는 인사들의 만찬 파티에 자주 초대되어 프랑스와의 친밀감을 쌓고, 더욱 프랑스를 동경하게 되었다. 그의 뛰어난 프랑스어 실력은 프랑스의 유명한 인사들에게 인정을 받으며 더욱 그들과 친밀하게 지낼 수 있었다. 프랑스에 활동하며 그는 많은 사회적 엘리트와 귀족들과 친분을 쌓았으나 정작 1789년 프랑스 혁명이 발발하였을 때, 제퍼슨은 혁명군 손을 들어 혁명을 열렬히 지지하였다.
국무장관 시절.
제퍼슨이 프랑스에서 귀국한 후, 이미 아메리카 합중국은 건국되어 있던 상태였다. 제퍼슨은 곧 조지 워싱턴 대통령 아래서 초대 국무장관(1789년 ~ 1793년)을 맡았다. 제퍼슨과 알렉산더 해밀턴은 오랫동안 국가의 재정 정책에 논쟁을 벌였는데 특히 전쟁 때 빌린 빚을 처리하는 일에서 마찰을 빚었다. 해밀턴은 빚을 모든 주가 똑같이 나누어서 갚아야 한다 주장하였으나 제퍼슨은 각 주가 자신들의 빚을 알아서 갚아야 한다고 역설하였다. 당시 제퍼슨이 주지사로 있던 버지니아 주는 독립 전쟁 때 많은 빚을 꾸지 않았는데 공업을 중시하는 뉴잉글랜드 지방의 많은 주들은 엄청난 빚을 떠안고 있었다. 그리고 뉴잉글랜드 출신의 재무장관 해밀턴은 그 빚을 똑같이 나누어 갚자 하니, 자연히 빚을 많이 꾸지 않은 버지니아주, 노스캐롤라이나주, 사우스캐롤라이나주 등의 불만을 샀다. 이렇게 엄청난 반대에 부딪히자 해밀턴은 제퍼슨에게 협상을 요구하여 연방의 수도를 남부 쪽에 양도하는 대신 주들이 똑같이 빚을 나눠 갚는 법을 통과시켜 달라하였고 제퍼슨이 받아들여 수도는 그렇게 뉴욕이 아닌 워싱턴 D.C.로 정해졌다.
제퍼슨과 해밀턴은 미합중국 제1 은행을 세울 때에도 마찰을 빚었는데 제퍼슨은 국영 은행 설립이 헌법에 명시되어 있지 않다 역설하였으나 해밀턴은 수정헌법 제10조에 '국민들이 필요로 하는 것을 연방정부가 행사할 수 있다'는 조목을 들어 합중국 은행 설립을 논리정연히 설명하였다. 워싱턴은 해밀턴의 손을 들어주었고 1791년에 합중국 은행이 설립되었다. 제퍼슨은 연방주의자들과의 논쟁이 격화되자 해밀턴과 다른 연방주의자들을 보고 공화주의를 무너뜨리려는 토리당 당원 또는 왕당파라고 비판하였다. 그는 연방주의가 "왕당주의"와 같다고 설명하고 이렇게 덧붙였다.
또한 해밀턴은 영국을 국가 정치의 모범으로 삼아야한다 했고, 제퍼슨은 프랑스를 정치의 모범으로 삼아야한다 했을 만큼 이들 둘의 정치적 사상과 견해는 달랐다. 제퍼슨은 제임스 매디슨과 함께 민주공화당을 창당하고 총재가 되어 당을 이끌어나갔다. 제퍼슨은 매디슨, 선거 전략가인 존 J. 베클리와 같이 일하며 연방주의자들에게 맞서기 위해 국가적인 민주공화당의 세력과 통신망을 갖추려 하였다.
제퍼슨은 1793년에 영국과 프랑스가 전왕인 루이 16세의 처형을 빌미로 전쟁을 벌였을 때, 프랑스를 강력히 지지하였다. 역사학자 로렌스 S. 카플란은 제퍼슨의 "프랑스에 대한 본능적인 지지"라는 워싱턴 대통령이 유럽의 전쟁에 끼어들어서는 안된다는 의지를 확고히 하였다 하며 제퍼슨 역시 워싱턴의 중립 선언에 동의하였다. 1793년, 급진적인 신임 프랑스 공사 에드몽 샤를 주네(Edmond-Charles Genêt)가 도착하자 제퍼슨에게 대대적인 환영을 받았으나, 곧 제퍼슨과 국무부를 매우 난처하게 만들었다. 주네는 미국이 중립을 풀고 프랑스를 지원해야 한다 큰소리쳤고 여론을 조종하여 선동하였으며 심지어는 사람들에게 호소하며 이 호소장을 워싱턴에게 주기까지 하였다. 그리고 스스로 미국 정부를 전복한 힘이 있다 큰소리쳤으며 또한 워싱턴이 교수형당한 그림이 그려진 판화를 뿌리는 등 계속 분란을 조장하였다. 제퍼슨은 주네의 대외 활동을 금지하여 소동을 막으려 하였으나. 제퍼슨은 자신의 정치적 성공이 유럽에서의 프랑스군의 승리에 달려있다고 믿을 만큼, 프랑스를 열렬히 지지하였다.
제퍼슨은 아직 프랑스에 대한 호의를 잊지 않았고 프랑스가 전쟁에서 승리하는 것과 프랑스와의 맹약을 희망하였다. 그는 프랑스의 적들, 즉 대부분의 유럽 국가들이 독재정치를 지향하고 정부에 대하여 무제한 권한을 행사하는 것을 두려워 하였다. 또한 1793년 여름까지 프랑스의 상황이 좋지가 않고 연전연패하면 개혁적이고 진취적인 민주공화당의 세력이 의회에서 의기소침해 질지도 모른다 믿고 있었다. 한편 미국 정부는 주네가 계속 난동을 피우자 프랑스에게 그의 소환을 요청하였고 후임자 포쉐가 그를 체포하러 왔으나 워싱턴은 주네의 인도를 거부하고 뉴욕주에서 살게 해주었다.
제퍼슨은 1793년 12월 31일, 국무장관 직을 사임하고 자신의 저택이 있는 몬티첼로로 돌아가 워싱턴과 해밀턴에 대한 정치적 대립을 총지휘하였다. 그러나 1794년의 해밀턴의 압력으로 맺어진 제이 조약은 영국과의 관계를 개선하고 무역을 재개하게 만들었으나 해밀턴에 반대하고 제퍼슨의 신임을 얻은 매디슨은 전쟁으로 가지 않고 과거의 모국인 영국을 압박하는 것을 원하였다. 사실 제이 조약에는 모순점이 많았는데 제대로 영국과의 타협을 마무리짓지 못했고 아직까지 영국이 당시 세계 최대의 강대국이었던 만큼, 영국의 눈치를 봐야 했던 불평등 조약이나 다름없었다. 매디슨은 제이 조약을 보고 '상업 무기'로 영국을 미국에 끌어들여 독재의 길로 가게 만드는 데 충분한 명분을 명시한 문서라고 혹평하였다. 한편, 은퇴한 제퍼슨은 아직까지 막후의 지도자로서 당을 통제하였으나, 대외적으로는 매디슨을 내세웠고 그를 강력히 지지하여 그에게 정치적 발판을 마련해주었다.
1796년 국민들과 장관들의 권유를 뿌리치고 물러난 조지 워싱턴 대통령 다음으로 워싱턴 아래에서 부통령직을 수행했던 존 애덤스가 연방주의자당 후보로 나왔다. 또한 제퍼슨도 민주공화당 후보로 대통령 선거에 출마하였으나 선거인단수에서 더 많은 인원을 확보한 애덤스에게 패배하였다. 그러나 최고득표자가 대통령, 차점자가 부통령이 되는 당시의 선거 방식에 따라 차점자였던 제퍼슨은 제2대 부통령이 되었다. 또한 같은 당에서 정·부통령이 나오지 않고 각기 다른 당에서 정·부통령이 나오는 진풍경이 벌어졌다. 그리하여 제퍼슨은 대통령인 애덤스를 부통령으로서 도와주기는커녕, 애덤스의 정책을 방해하고 반대하였다. 제퍼슨은 의회에서 지켜야 할 것들을 명시한 의회 의사 절차를 써서 하원의 지침으로 삼았으며 아직 연방주의자들이 과반수 이상의 의석을 확보한 상원에게도 적용하려 하였으나 완강한 반대로 실패하였다.
'XYZ 사건'으로 발발한 프랑스와의 '유사전쟁'(Quasi-War)은 딱히 싸울만한 명분도, 실리도 없던 전쟁이었다. 애덤스 아래의 연방주의자들은 해군을 창설하고 육군을 정비하였으며 세금을 걷어들여 전쟁 준비를 하고 1798년에 애덤스는 외국인 규제법을 승인하였다. 이 법은 미국 시민권을 따려는 이민자들의 미국 체류 기간을 5년에서 14년으로 대폭 늘리고 프랑스에 대한 간첩·배신 행위를 막는다는 명분하에 만들었으나 실제로는 국민들의 정치적 발언 기회를 뺏는 비민주적인 법이었다. 제퍼슨은 이 외국인 보안법이 자신의 정당인 민주공화당을 목표로 삼은 것을 알고 이것을 국외의 적보다 정적이며 프랑스에 우호적인 민주공화당에 대한 정면 공격이라 비판하였다. 민주공화당 소속의 버몬트주의 하원의원 매튜 라이온이 이 법을 비판하자, 애덤스는 그를 감옥에 가두었다. 제퍼슨과 민주공화당원들은 이러한 정치적 보복 공격에 크게 반발하였다. 분개한 제퍼슨과 매디슨은 버지니아-켄터키 결의안을 썼는데, 여기서 그들은 연방정부는 주들이 인정하지 않은 법안을 집행시킬 권한이 없다고 명시하였다. 다시 말하면, 연방정부는 주와 국민들이 원하지 않는 법과 국민들의 정당한 권리를 해칠수 없다는 뜻이다. 이 법안은 주의 권한을 보장하는 이론의 첫 번째 문장으로 쓰여져 있으며 뒷날 주권 우위설과 주의 연방법 거부설을 만드는 원동력이 되었다.
1800년 대통령 선거.
제퍼슨은 해밀턴의 출신지인 뉴욕주의 표 분산을 위해 같은 뉴욕주 출신인 에런 버(Aaron Burr)를 부통령 후보로 지명하였다. 곧 민주공화당 당원들을 모아 새 세금에 대한 공격을 퍼붓고 1800년 미국 대통령 선거에 출마하였다. 본래 제퍼슨이 연설하는 것을 좋아하지 않아 제퍼슨은 정식으로 대중 앞에서 선거 운동을 하지 않았다. 수정헌법 제12조가 훗날 제퍼슨이 대통령이 되고 난 뒤, 발효되나 아직 만들어지기 전이라, 여전히 최고득표자는 대통령, 차점자는 부통령이 되는 방식이었다. 1800년 대통령 선거는 선거인단의 문제를 떠안고 있었다. 제퍼슨과 에런 버가 대통령 선거인단 득표에서 각각 73표로 공동 1위를 한 것이다. 분명 같은 당에서 나오고 제퍼슨을 대통령으로, 버를 부통령으로 뽑은 민주공화당은 적잖이 당황하였다. 그리고 대통령 결정권은 헌법에 따라 아직 연방주의자들이 득세하던 미국 하원으로 넘어가게 되었다.
하원에서 해밀턴은 같은 주 출신의 버를 두려워하여 그가 대통령이 되면 미국이 독재 정치의 길로 내달릴 것이라 비판하였다. 그래서 그는 차라리 명망도 높고 오랫동안 정치를 한 그의 정치적 라이벌인 제퍼슨을 대통령으로 당선시키는게 낫다 판단되어 그의 추종자들을 조종하였다. 1801년 2월 17일, 새 대통령 취임 15일 전에, 하원에서 제퍼슨을 대통령으로, 버를 부통령으로 선출되었다. 제퍼슨과 버는 정치적 협약을 서로 맺어 민주공화당 정권을 세워서 버는 자신의 공이 크다 여겼다. 그러나 제퍼슨은 그에게 아무런 대가를 주지 않았고 버가 계속 대가를 요구하자 제퍼슨과 에런 버 사이에 갈등이 심화되었다. 또한 일부 연방주의자들과 북부 연합을 만들고 1804년 에런 버가 해밀턴에게 결투를 신청하여 해밀턴을 사살하자, 제퍼슨은 현직 부통령이 저지른 일에 크게 분노했다. 그래서 1804년 미국 수정 헌법 제12조가 발효된후, 제퍼슨은 에런 버를 러닝메이트로 지명하지 않고 대신 조지 클린턴을 지명하였다.
대통령 재임 기간 (1801년 ~ 1809년).
취임과 내각 구성.
소란스러웠던 1800년 미국 대통령 선거는 정치적 관계와 해밀턴이 평소에 버를 증오했기 때문에 제퍼슨이 해밀턴의 지지를 얻어 대통령에 당선되었다. 이제 그는 해밀턴과 강경 연방주의자들에게 빚을 졌고 행정부에서 할 것이 아무것도 없던 부통령 에런 버 곁에서 떠나 그와는 일체 정치적인 논의를 하지 않았다. 전직 대통령인 조지 워싱턴은 이미 1799년에 서거하고, 존 애덤스는 대통령 선거에서 진 뒤 고향인 브레인트리로 돌아가자 제퍼슨은 이제 마음대로 국가에 그의 공화주의 정책을 세우고 시행할 수 있게 되었다. 역사학자들은 이러한 제퍼슨이 이끄는 민주주의를 제퍼슨 민주주의라 이름붙이고, 신임 대통령 제퍼슨은 농업주의와 제한된 연방정부를 기초로 한 자신의 정치적 믿음을 바탕으로 정책을 만들었다. 우선 내각을 민주공화당 인사로 바꾸었는데, 에런 버가 힘을 쓰지 못하는 이상, 정권의 실질적인 2인자나 다름없었던 국무장관에는 오랜 정치적 동지이자 같은 주 출신 후배인 제임스 매디슨으로 임명하고, 재무장관에는 스위스 출신의 앨버트 갤러틴을 임명하였다. 제퍼슨은 의회에 민주공화당 출신 상·하원 의원들이 자신들의 주관적인 정치적 사상을 가지고 있었음에도 민주공화당 지도자로서 그들에게 막강한 대통령의 권위를 행사하였다. 정권이 민주공화당으로 넘어간 이후, 연방주의자들이 해밀턴파와 애덤스파로 분리되자 이것은 제퍼슨에게는 의회를 장악할 호기가 되었다. 그의 8년 임기 동안, 제퍼슨은 한개의 거부권도 행사하지 않았다.
제퍼슨의 국내 정책.
국채와 군대 문제.
제퍼슨은 작은 정부를 원하였기 때문에 정부의 국채를 보상하려고 하였다. 대개 국채는 큰 정부가 졌으며 작은 정부를 지향하던 제퍼슨은 작게 되면 그만큼 정부의 예산과 지출이 줄어들기에 국채 보상에 공을 들였다. 제퍼슨은 해외의 신용을 얻기 위해 빚을 도로 그들에게 갚을 필요까지는 없다 생각하였는데, 이러한 발상은 워싱턴 내각에서 해밀턴이 강력히 주장한 것과 일치하였다. 재무장관 갤러틴은 위스키 반란 때 민주공화당 지지자들을 목표로 삼았던 세금 등 연방주의자들이 만든 고압적인 세금을 철폐하였다. 갤러틴은 연방정부가 관세의 큰 이익을 독점으로 관리해야 하며 직접 과세가 필요하지 않다고 믿었다. 처음에 어느 정도 성공을 거두었을 때, 이 정책은 훗날 그 결과과 순전치 못하였는데 나폴레옹 전쟁 당시 영국과 프랑스로 인해 미국의 무역에 타격을 주었다.
제퍼슨은 자신의 반연방주의 사상에 따라 군주제의 중요 수단인 상비군같은 막강한 군대가 민주 공화국에는 필요없다 여기고 군대의 숫자를 줄였다. 애덤스 행정부 당시 해군으로 들어간 상당수의 연방주의자들은 해직되었다. 연방주의자들은 제퍼슨의 이 정책이 만약 외국에서 침략을 하면 적은 군대가 큰 약점이 된다고 비판하였으나 제퍼슨은 그런 상황이 되면 미국 독립 전쟁처럼 민병대들이 스스로 일어나 국가와 국민을 위해 싸울 것이라고 반박하였다. 제퍼슨은 민간인들을 전쟁에 투입하면 군대의 장교들이 이를 통제하기가 더 어려워 질것이라 여겨 1802년, 육군공병사령부(Army Corps of Engineers)와 웨스트포인트에 미국 육군사관학교를 설립하였다.
임명권과 연방주의자.
1796년 존 애덤스가 대통령직을 승계하였을 때, 애덤스는 전임 대통령 워싱턴이 임명한 각료들을 유임시켰다. 그 결과, 미국의 첫 번째 정권이양 시기에서는 연방 정부에 작은 변화밖에 없었지만 1800년 대통령 선거 이후, 연방주의자당과 민주공화당 사이에 정권이 이양되었는데 이것은 단순한 이양이 아닌 정권의 완전교체였다. 대통령으로서 제퍼슨은 연방주의자들이 독점한 정부 요직을 갈아치우고 민주공화당 인사들로 바꿀 힘을 가지게 되었다. 많은 사람들은 임명권이 정권을 장악한 정당과 그 정당 소속의 대통령이 가질 수 있는 특권이라 예상하였으나 제퍼슨은 모든 연방주의자들을 임명된 자리에서 내보낼 것을 주장하는 민주공화당 당원들의 요청을 거부하였다. 대신 그는 애덤스가 임명하였던 정부 각료와 요직에 앉아있는 사람들을 몰아내고 자신의 심복들을 앉혀야 한다 생각하였다. 해밀턴의 연방주의자 강경파보다 온건한 애덤스 연방주의자들은 민주공화당 당원들의 요청으로 해직될 수 있었으나 민주공화당 총재인 제퍼슨은 그들을 계속 유임시켰다. 제퍼슨의 연방정부 인사 전원 해직 거절은 1828년 선거 이후 앤드루 잭슨이 대통령이 된 후 모든 측근 인사들을 자신의 사람들로 바꿀 때까지 계속 지켜졌다.
제퍼슨이 연방주의자들에게 온건한 태도를 취하고 있을 때, 연방주의자들은 당내의 내분에 휩싸여 분열되었다. 아직 민주공화당을 그리 신뢰하지 않는지, 연방주의자들은 민주공화당의 정치 선거운동 참여를 거부하였으나, 한편으로는 민주공화당의 대중적 지지에 매우 놀랐다. 연방주의자들의 정신적 지주인 전임 대통령 애덤스와 존 제이는 공직에서 은퇴하여 고향으로 돌아갔으며 또다른 지도자인 알렉산더 해밀턴은 1804년에 부통령 에런 버와 결투를 벌였으나 그에게 사살당하여 사실상 연방주의자당을 이끌 마땅한 지도자가 없었다. 미국이 점점 영토를 넓혀가자, 제퍼슨의 반연방 민주주의적 사상이 높은 세금과 강력한 중앙 정부를 지향하던 연방주의자들을 제치고 대중들의 마음을 움직였다. 1805년까지, 연방주의자들은 뉴 잉글랜드 지방과 델라웨어주에서만 강세를 보였고 연방주의자 온건파들은 민주공화당에 가입하였다. 그리고 연방주의자당에서 가장 손해를 끼친 탈당 사건은 바로 존 애덤스 대통령의 아들 존 퀸시 애덤스가 연방주의자당을 탈당하고 민주공화당에 입당한 것이었다.
사법부와의 갈등.
제퍼슨은 그의 전임자들이 임명한 판사들을 좋아하지 않고 매우 의심하였다. 그가 생각하는 좋은 판사는 현실과는 매우 다른 것이었는데 그가 반연방주의적인 권리장전에서 주장한 것 중 하나는 바로 판사가 사법부에서 가질 수 있는 권한이었다. 그의 주장에 동조한 민주공화당이 지배하고 있던 의회는 애덤스 행정부 때 통과된 1801년의 사법법을 무효로 하여 애덤스 행정부 말기 만들어진 연방주의적인 많은 지역법원들을 없애버렸다. 그러나 사법법 폐기는 그렇게 쉬운 문제가 아니었다. 연방주의자들은 "헌법에 한번 법원이 만들어지고 판사가 임명을 받으면 중죄를 저질러 탄핵을 받지 않는 이상, 판사는 죽을 때까지 재직이 가능하다"라고 제퍼슨의 이러한 행동에 반발하였다. 민주공화당의 제퍼슨은 법원에 대한 정치적 대책을 연방주의자들에게 설명하지 않고, 대신 그들에게 법원이 국가에 끼치는 부담을 이유로 들며 공격을 퍼부었다. 이미 종신 연방주의자 판사들이 지배하던 사법부가 자신들 세력 하의 많은 법원을 만든 뒤부터 전혀 법원이 필요없다는 상황이 발생하기 시작하였다. 민주공화당 당원들은 이러한 법원의 부당한 행동은 사법법을 무효시키기 위하여 법원이 정부에 과도한 걱정을 끼치고 있다고 주장하였다. 그러나 이러한 주장은 헌법에 대한 약간의 해석이 필요하였음에도 불구하고 제퍼슨은 미국 제1 합중국 은행 창설 당시 반대하였던 당원들을 모두 규합하여 상·하원 모두에서 1801년의 사법법을 무효로 하는 데 성공하였다.
이 사태는 애덤스 행정부가 끝나기 바로 직전에 임명된 "심야 판사"들이 제대로 임명을 받지 못하게 만들었다. 민주공화당 인사로부터 사법부를 연방주의자당으 세력권 안에 넣기 위해 "심야 판사"들이 임명된 뒤부터, 제퍼슨은 새 연방 판사들을 임명은 하였으나, 정작 그들에게 자리를 주는 것을 꺼려하였다. 그가 유일하게 어찌해볼 도리가 없었던 것이 하나 있었는데 바로 애덤스 행정부 말기 국무장관을 지냈던 존 마셜이 연방 대법원장으로 임명되었던 것이다. 마셜은 본래 제퍼슨의 5촌 조카로 당숙인 제퍼슨과 같이 법학을 전공하였으나, 사상은 당숙과 매우 달랐는데 그는 존 애덤스의 사상을 그대로 이어받은 열렬한 연방주의자였다. 마셜이 사법부에 끼친 영향은 매우 대단하여 사법부가 주의 권한을 보호하는 대신 연방정부의 권한과 권위를 더 중시하도록 하였다. 가장 중요한 사건인 마베리 대 매디슨 사건은 "심야 판사"중 하나로 임명받은 윌리엄 마베리가 판사로 임명은 받았으나 정작 임명장은 받지를 못하였다. 마베리는 당시 임명장을 가지고 있던 정권의 2인자 국무장관 제임스 매디슨에게 항의를 하여 소송을 걸었다. 마셜을 비롯한 대법관들은 직무집행 영장을 내려 당장 매디슨에게 임명장을 줄 것을 권고하였다. 이 사건은 비록 의회나 정부가 만든 법률은 무엇이든간에 헌법에 합법한가 아닌가를 따져야 하며 연방대법원은 이러한 법률을 위헌으로서 무효화할 수 있도록 하여 오늘날의 사법심사의 시초가 되었다.
민주공화당 인사들은 1801년의 사법법을 무효로 하는 것과 "심야 판사"들을 해직시키는 걸로 만족하지 않았다. 그들은 이참에 연방주의적인 연방 판사들을 대법원에서 해직시키려고 하였다. 첫 번째 소송은 미친 행동을 보이며 공공에서 음주를 하여 기소된 연방주의자 지역 판사 존 핑커링에 관한 소송이었다. 제퍼슨의 조종으로 하원은 1804년에 핑커링을 탄핵하고 상원 역시 탄핵에 찬성하여 얼마 안가 핑커링은 대법원에서 해직당하였다. 그리고 제퍼슨은 이제 연방대법원을 주시하기 시작하였다. 연방주의자 대법관인 새뮤얼 체이스(Samuel Chase)는 대배심원에게 "민주공화당 인사들은 '평화와 질서, 자유와 소유권'을 침해하고 있다"라고 주장하였다. 체이스가 자신을 비난하는 것을 안 제퍼슨은 의회의 지도자들에게 다시 탄핵을 올릴 것을 재촉하였다. 그러나 많은 민주공화당 당원들, 특히 상원 의원들은 이러한 정당한 반박에 대한 규탄은 이미 제퍼슨 행정부 초기 무효화된 연방주의자당의 외국인 규제법을 생각나게 한다고 제퍼슨의 요청을 거부하였다. 정치적 비판으로 대법원 재판관을 해직하는 것을 바라지 않던 상원은 1804년 체이스가 모든 혐의에서 죄가 없다고 선언하였다. 새뮤얼 체이스 사건은 미국 역사상 최초이자 유일한 연방 대법관 탄핵 사건이었다. 당의 최고 지도자인 제퍼슨의 의견에 반대한 민주공화당 소속 연방 상원의원들은 사법부의 독립은 정치적으로 어찌 할 수 없다는 의견을 제퍼슨에게 보냈다.
제퍼슨은 1804년 미국 대통령 선거에서 선거인단 표 162표를 확보하여 불과 14표밖에 확보하지 못한 연방주의자당 소속 찰스 핑크니를 손쉽게 물리치고 재선에 성공하였다. 뉴 잉글랜드 지방에서 제퍼슨에 대한 반대세력이 형성되자, 연방주의자들은 이 곳을 제퍼슨 행정부 반대파의 기점으로 삼아 계속 반제퍼슨 세력을 이루고 있었다. 온건한 공화주의를 내건 제퍼슨에게 반대하는 연방 하원의원인 존 랜돌프와 존 테일러는 탈당하고 제퍼슨에게 본래 자신이 주장하던 작고 힘없는 연방정부를 지향하는 "1798년의 원칙"으로 돌아가라고 요청하였다. 이들은 "구민주공화당"(또는 제3당, Tertium Quids)의 당원으로 불렸고, 민주공화당이 유약해 진것은 모두 국무장관 매디슨과 재무장관 갤러틴 때문이라고 강도높게 비판하였다. 제퍼슨이 조지아의 서쪽의 야주 랜드(Yazoo Land) 문제로 혼란에 빠져있을 때, 랜돌프는 하원에서 대통령인 제퍼슨을 정면으로 비판하기 시작하였다. 랜돌프의 이러한 행동은 민주공화당 출신 의원들이 제3당을 멀리하는 계기가 되었다. 그리고 결국에는 마셜의 연방대법원이 플레쳐 대 펙 사건에서 야주 랜드 문제를 종결짓도록 요구받았다. 마셜은 제퍼슨의 야주 랜드 문제에 대한 설명을 지지하는 것에 탐탁하게 여기지 않았으나, 어쨌든 제퍼슨을 지지하였고 마셜은 헌법에 대한 주의 법의 적합성을 따짐으로서 사법부의 권한을 한층 강화하였다.
제퍼슨이 대통령으로 취임할 때, 미국 서부 오하이오 계곡에서는 원주민 부족 중 하나인 쇼니족의 추장 테쿰세와 그의 남동생 텐스콰타와가 원주민들을 이끌고 미국 정부에 대항하고 있었다. 그들은 오하이오·일리노이 등의 노스웨스트 지역에서 미국에 대항한 인디언 연합을 만들었고 테쿰세·텐스콰타와 형제는 서부로 향하려는 미국인들을 막는 강력한 존재가 되고 있었다. 제퍼슨은 인디언들에게 미국 문명화를 강요하였다. 일부의 견해는 아메리카 원주민에게 그리 반대하는 입장은 아니었으나 테쿰세 형제를 백인 문화로 문명화시키거나 그들을 서부에서 몰아내는 것이 필요하다 느꼈다고 보는 견해도 있다. 한편 인디언 등에 대한 그의 입장에는 이견이 제기되어 있다.
제퍼슨은 미시시피 강 동부 지역을 미국의 영토로 선언하고, 테쿰세를 비롯한 동부 인디언들을 백인 문화로 편입시키고, 일부는 미시시피 서부로 몰아내는 정책을 추진했다. 제퍼슨의 대통령 재임 기간 남부에서 아메리카 원주민들에 대한 이주가 시작되었다. 문명화된 다섯 부족인 체로키 족, 촉토 족, 머스코지 족, 치카소 족, 세미놀 족은 그들의 영토를 지킬 수 있었는데 바로 이들이 백인들의 문화를 존중하고 그것을 받아들였기 때문이다. 머스코지 족과 한 핏줄인 크릭 족이 앨라배마에 있는 자신들의 영토에서 나가기를 거부하자, 앤드루 잭슨이 이끄는 테네시 민병대가 원정을 펼쳐 호스슈 벤드 전투에서 저항하는 원주민들을 가차없이 살육하고 그들을 서부로 몰아냈다. 한편 아메리카 원주민들을 가리켜 쓰레기라고 했다는 혹평도 존재하고 있다.
노예 무역 제재.
제퍼슨의 두 번째 임기 중, 의회에서 제정하고 헌법에 명시한 노예 무역 금지 법안의 기간이 만료되었다. 제헌회의에서 노예 무역 조약으로 만들어진 이 제재는 1808년까지 의회에서 다시 노예 무역에 관한 논의 자체를 막았다. 1807년 북부 출신 연방 하원의원들이 미국에서 노예 무역을 영원히 금지하는 법안을 의회에 제출하였다. 이 법안은 대통령인 제퍼슨의 승인을 받았으나 이 법안의 제정을 놓고 의회가 두 개의 파로 갈라졌다. 북부 출신 하원의원들이 노예 무역을 반대하였으나 정작 자신의 땅에서 잡혀 미국으로 밀수입된 노예들을 자유 시민으로 만들어 북부 자유주에서 살게 해준다는 요구는 없었다. 남부 출신 하원의원들은 노예 무역 제재는 무시될 것이며 노예들을 규제하는 건 의회가 아닌 각 주에게 달려 있다고 반박하였다. 1808년 북부와 남부 사이에 협상안이 타결되어 노예 무역을 금지하였으나 연방정부는 노예 제재에 손을 때고 잡혀온 노예들은 각 주가 관장하도록 하였다. 주 정부는 잡혀온 노예들을 경매에 내보내 가장 높은 값을 부르는 사람에게 노예들을 팔았다. 그러나 노예 무역 제재는 말 그대로 노예 무역만을 금지한 것이었을 뿐, 모든 노예 제도마저 폐지시키지는 못하였다.
제퍼슨의 대외 정책.
첫 번째 취임사에서 제퍼슨은 광활한 루이지애나 영토를 미국의 세력권 안에 집어넣으려는 자신의 비전을 피력하였다. 당시 그가 대통령으로 취임할 무렵, 루이지애나는 파리 조약(1763)에 따라 스페인이 영유권을 가지고 있었다. 그러나 제1통령에 올라 프랑스 정권을 장악한 나폴레옹이 1800년 10월에는 스페인과 비밀리에 산일데폰소 조약을 체결하여 루이지애나의 소유권을 되찾았다. 1802년 미국 선박이 뉴올리언스 항구 이용에 문제가 발생하자, 이를 해결해야만 했다. 남부지역에서 생산되는 농산물 수송의 대부분을 미시시피 강에 의존하고 있었기 때문이다.
제퍼슨은 제임스 먼로와 로버트 리빙스턴을 파리로 보내 프랑스와 뉴올리언스 매입에 대하여 협상을 하도록 하였다. 당시 나폴레옹은 아이티에서 반란을 진압하느라 많은 군비를 지출한 상태였고, 영국과의 전쟁을 앞두고 군자금이 필요했다. 나폴레옹은 외무상인 탈레랑을 통해 뉴올리언스 뿐만 아니라 루이지애나 전체에 대한 매입을 제안하였고 협상결과 1,500만 달러에 매각하였다. 제퍼슨은 협상 소식에 매우 기뻐하였으나 곧 그는 영토 매입 결정에 대한 법적인 권한이 없음을 알게 되었다. 그러나 본래 헌법을 신봉하던 제퍼슨은 땅을 살 권한을 의회에 주는 것을 골자로 하는 수정헌법을 준비하기 시작하였다. 당시 루이지애나 편입에는 반대의견이 있었고, 매입에 반대하는 이들은 "사람도 살지 않고, 있는 것은 기껏해야 늑대와 떠돌이 인디언, 엄청난 쓰레기뿐인 땅을 가뜩이나 부족한 돈으로 사들였다"며 제퍼슨을 비난하였다. 제퍼슨 본인도 "미주리 강 상류에는 매머드와 큰땅늘보를 비롯해 선사시대 생물들이 존재하고, 소금으로 이뤄진 산이 펼쳐져 있다"라고 믿기도 하였다.
그러나 미국의 땅값 지불 지연과 프랑스의 국고가 아이티의 반란에 들어갈 군비로 인하여 갈수록 비자, 나폴레옹은 탈레랑에게 만약 미국이 루이지애나 영토의 값을 빨리 지불하지 않으면 프랑스는 영국에게 줄 것이라는 소문을 퍼뜨리라고 지시하였다. 먼로와 리빙스턴이 고심하고 있을 때, 제퍼슨은 흥분을 가라앉히고 새 수정헌법의 이익도 따지지 않은 채 상원에게 병합 조약을 승인할 것을 요구하였다. 연방주의자들의 적은 반대를 제외하고 대다수 상원의원들이 이를 찬성하여 미국은 루이지애나 영토를 미국에 준주로 편입시켰으니 역사학자들은 이것을 바로 루이지애나 매입이라고 부른다. 이 매입으로 미국의 영토는 하루아침에 두 배로 늘어났으며 새 영토가 셍긴 제퍼슨은 이제 그 곳에 살고 있는 프랑스인과 스페인인, 멕시코인, 그리고 아메리카 원주민을 어떻게 다스려야 할지 곰곰이 생각하였다. 각 민족 간의 다툼을 막기 위해 제퍼슨은 루이지애나 정부법을 만들어서 루이지애나 준주를 다스릴 정부를 만들고 세금을 걷을 체계 또한 갖추게 하였다. 하지만 제퍼슨은 미국 독립 당시 '대표없는 곳에 과세 없다'고 강력히 주장하였으나 아이러니하게도 의회에 의원들을 보내지도 못하는 준주인 루이지에나에 과세를 하였다.