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1658년(효종 9) 12월 10일 효종은 송시열을 은밀히 불러 초구(貂裘:담비 가죽으로 지은 옷)를 내려 주었다. 송시열은 임금의 속내를 눈치채지 못하고 거듭 사양하자, 요하와 북경에서 함께 말달릴 때 입으라며 송시열에게 앞으로 큰 임무를 맡길 것임을 암시하고, 효종의 북벌계획에 동참할 의사가 있는지 보았다. 그러나 송시열은 “불세(佛世) 부처 스스로가 교화하는 시대의 공을 세우기는 쉬워도 지극히 은미한 본심은 보존하기는 어려우며, 중원의 오랑캐를 물리치기는 쉬우나 자기 한 몸의 사의를 제거하기는 어려운 법이니, 이것은 주자가 당시 인군에게 말씀한 지론입니다.” 라며 효종방식의 북벌에는 동의하지 않았다. 이에 효종은 “천리를 밝히고 인심을 바르게 하는 것이 나의 책무이다. 나와 함께 이 일을 수행할 자는 경이 아니고 누구겠는가.”라며 송시열에게 거듭 권유했다.
1659년 3월 효종은 송시열을 은밀히 불러들이면서 승지와 사관과 내시 등 늘 임금 곁에 붙어서서 수종하는 벼슬아치들을 모두 내보냈다. 이처럼 임금과 신하 단 둘이 만나는 것을 독대(獨對)라 하는데, 경국대전에 임금은 어떤 경우라도 독대하지 못한다는 조항이 있다. 효종은 규정을 어겼다는 비난을 감수하며서까지 독대를 하였다. 이 자리에서 효종은 자신의 생각을 토로했다. 이 자리에서 있었던 대화 내용을 송시열이 기록하여 남긴 것이 〈악대설화〉이다. 북벌에 대해 효종과 송시열간에 구체적으로 논의가 이루어진 것은 이날의 독대가 처음이자 마지막이었다.
송시열은 양병을 위해서는 기강을 확립해야 한다는 의견을 개진하였으며, 기강의 확립을 위해서는 군주의 사심을 없애야 할 것임을 강조하였다. 이 일로 남인들은 임금이 송시열과 독대한 것에 대해 시비를 가려야 한다고 들고 나와 오히려 남인에게 분란의 빌미만 제공하고 말았다. 효종은 세자를 시켜 은밀하게 송시열에게 비밀서신을 보내는 등 은밀하게 논의를 거듭하였다.
이 시기에 효종은 그에게 친히 초모(貂帽), 초구(貂裘) 등을 계속 송시열에게 하사하여 자신의 북벌 의지를 보이며 특별한 기대를 갖기도 한다. 그는 효종과 함께 북벌계획을 추진하였으나 이듬해(1659년) 봄 효종이 죽자 그 계획은 중지되었다. 한편 효종의 병이 위독하여 당시의 영의정 정태화(鄭太和)와 더불어 그를 불러 뒷일을 부탁하려는 눈치였으나 두 사람이 병상에 들어갔을 땐 이미 왕은 붕어한 뒤였다. 효종의 죽음으로 북벌 계획은 중지되었다.
소현세자가 의문의 죽음을 당할 당시 산림에 있던 재야 서인들은 소현세자와 세자빈 강씨 등이 억울하게 죽었다고 확신한다. 결국 재야의 산림 서인들은 소현세자의 복위 여론을 주청한다.
효종 즉위 초부터 송시열은 송준길과 함께 소현세자가 억울하게 죽었음을 공론화시켜 소현세자와 세자빈 강씨의 복위를 주장하였다. 이 주장은 서인의 당론으로 채택, 1651년(효종 2년) 김홍욱이 주장한 바와 같이 서인은 소현세자와 세자빈을 억울하게 희생당한 것으로 간주하였다.
효종은 내심 불쾌하게 생각하였으나 이를 처벌하지는 못했다. 그러나 이와 같은 주장은 1차 예송논쟁 당시 윤선도와 남인에 의해 효종의 정통을 부인하려는 행위로 몰리게 된다.
서인에서는 당론으로 소현세자 일가의 죽음을 억울한 죽음으로 규정했다. 그는 효종 즉위 초부터 소현세자의 억울한 죽음을 언급했고, 뒤이어 남인들은 이를 두고서 효종의 종통을 부인한 것처럼 몰고갔다. 그러나 남인의 공세에도 불구하고 민회빈 강씨는 숙종때 송시열 등의 거듭된 주청으로 복위된다. 또한 구언에 의해 소현세자와 민회빈 강씨 복권을 주장했다가 사형당한 김홍욱에 대한 포증도 계속 청원하였다.
숙종 초 송시열은 다시 소현세자빈 강씨의 억울함을 주장하여 신원을 청하는 상소를 올렸다. 그 뒤 김수항의 신원 상소로 복관되었다. 그 뒤 그와 김수항이 죽고 1718년 숙종은 소현세자빈 강씨의 무혐의를 인정하고, 민회(愍懷)라는 시호를 내려 복권시켰다. 민회빈 강씨가 억울하게 죽은 지 80년 만이었다.
1차 예송 논쟁.
그 뒤 효종의 죽음으로 효종의 계모이자 인조의 계비였던 자의대비 조씨(慈懿大妃 趙氏)의 복상 문제가 제기되자 윤휴 등 남인은 삼년복을 주장하였고 송시열은 기년복을 주장하였다. 이를 예송논쟁이라 한다. 효종이 인조의 맏아들로 왕위를 이었다면 별 문제가 없었겠지만 그는 차남이고 인조의 맏아들인 소현세자의 상중에 자의대비가 맏아들에게 행하는 예로써 3년상을 치렀기 때문에 다시 효종의 상을 당하여서는 몇 년 상을 해야 하는가? 하는게 문제가 되었다. 왕실에 이와 같은 난제에 직면하게 되자 예조의 관리들은 예학의 대가인 송시열에게 자문을 구했는데 서인의 송시열과 송준길은 효종이 차남이므로 유교 예법의 원칙대로 당연히 기년상이어야 한다고 원론적인 해석을 내놨다. 하지만 남인의 허목과 윤휴는 효종이 비록 차남이지만 왕위를 계승하였으므로 장남과 다름없기에 3년상이어야 한다고 반론을 주장했다. 윤선도와 허목을 비롯한 남인들의 상소에 의해 시작된 서인과 남인의 복상 예법 논쟁은 남인들의 극단적인 주장에 의해 당쟁으로 확대되고 말았다. 그리고 이 당쟁은 지방으로 확대되어 재야 선비들 사이에서도 중요한 논의 쟁점으로 부각되었다.
남인이 그가 왕통과 종통을 나누려 한다고 공세를 가하자 그는 공세에 딱히 대응하지는 않았고 남인의 주장을 정론과는 다른 그들만의 소수 이론으로 여겼다. 남인이 계속 정치 공세를 가하자 의례의 3년조의 소에 가통(家通)을 계승하였더라도 3년 상복을 입지 않는 사유인 사종지설과 체이부정(體而不正), 정이부체(正而不體)설을 찾아서 제출하였다.
그러나 남인은 송시열을 탄핵하여 역모로 몰아 가려다가 실패하였고, 3년설을 주장하며 송시열이 효종의 왕통을 부정한다는 정치 공세성 모함을 시작하면서 송시열을 제거하려 했으나 남인들의 주장과 상소는 이치에 맞지 않은 근거로 임금에게 아첨하며 정치적 공세로 확장시켜 이득을 취하려는 점 때문에 결국 받아들여 지지 않았고, 송시열이 예조에 자문했던 기년복이 받아들여져서 《대명률(大明律)》, 《경국대전(經國大典)》 등을 근거로 한 국제기년설(國制朞年說)에 따르도록 했다. 이 사건 이후 상복에 대한 학문적 자문이었던 것을 예송논쟁이라는 정쟁으로 처음 발전시키며 학문적 자존심 보다는 임금에 대한 아첨을 택하면서 예법을 정쟁으로 확대시켜서 정치적 이득을 보려했던 남인들은 학문적으로나 정치적으로 우암 송시열 한 명을 결국 넘어 서지 못했으며 송시열은 학통을 중시하는 당시 조선에서 율곡 이이를 추종하는 서인의 영수로서 자리를 굳건히 하게 되었다.
이때 남인 허목은 송시열의 주장에 반박하여 왕가의 예는 일반 사대부와 같을 수 없다고 항변하였다. 그러나 송시열은 예를 논함에 있어서 왕가라는 이유로 성역이 있을 수는 없으며 예는 그것에 우선한다면서 허목의 오류를 지적했으니 학문적으로 논파당한 허목의 주장은 남인들의 기세를 당분간 일축시켰다.
남인의 공세.
윤선도는 상소를 통해 소현세자를 적통으로 보는 송시열의 기년복에 반대하며 소현세자의 적통을 부정했으며 소현세자의 적통을 주장한 송시열, 송준길 등 서인 세력이 복상 문제를 기회로 역모를 도모하고 있다고 몰아가면서 이를 기회로 서인들을 제거하고 다시 벼슬과 정권을 잡기위해 남인들 편을 들었다. 즉, 종통을 이었으면 그만이지 소현세자의 적통을 옹호한 송시열을 향해서 종통과 적통을 분리해 임금을 비하했다는 주장을 했던 것이다.
윤선도는 평소 송시열의 체이부정(體而不正) 주장과 서인이 당론으로 소현세자와 민회빈 강씨, 김홍욱 복권운동을 벌이는 점을 못마땅하게 여겼으며 이것을 한꺼번에 지적하면서 송시열이 효종의 종통을 부정한다는 주장을 일삼기도 했다. 그러나 윤선도가 겨우 이와 같은 내용으로 상소한 송시열의 처형 주장은 역풍을 몰고와 서인들의 거센 반발을 불러왔다.
윤선도와 허목 등은 예송 논쟁 때 송시열과 송준길이 효종에게 소현세자빈의 명예회복과 복권을 강력하게 주청했다는 점을 걸고 넘어지며, 그들이 소현세자를 정통으로 생각했다고 공격하고, 윤휴 등도 이에 동조했다. 윤선도는 송시열을 사형에 처하라는 상소를 올렸고, 허목 등도 그가 불경한 의도로 체이부정(體而不正)을 주장했다며 사형에 처할 것을 상소하였다.
소현세자와 소현세자빈은 인조에 의해 억울하게 희생되어 죽었고, 세자빈 강씨를 구명했다가 희생된 김홍욱을 의를 위해 희생된 선비라고 확신하던 송시열과 송준길은 윤선도, 허목, 윤휴와 남인들의 정치공세에 크게 분노했다. 이때까지만 해도 송시열은 남인을 당이 다른 사대부로 인식하였으나, 자신을 사형시키라는 탄핵상소를 접하게 되면서 이후 남인을 위붕(僞朋)으로 규정하고 대립하게 된다.
정쟁으로 비화.
남인에 의해 발발한 예송논쟁은 송시열의 승리로 끝났지만, 예송을 둘러싼 학문적 논쟁이 정권을 사이에 둔 당쟁으로 치닫는 계기가 되었다. 송시열의 주장에 패한 후 남인은 송시열이 종통(왕실통과 적통(적통)을 구별하려 한다며 송시열의 사상이 불순하다며 공격했다. 이후 윤선도가 송시열의 사형을 주장한 이후, 허목 등이 송시열의 사형을 주장했다. 남인은 그를 사형시켜야 된다며 비난했고, 처음 남인의 주장을 사상의 문제, 학문의 문제, 이념의 차이로 인정하고 접수했던 송시열은 자신을 죽이려고 하는 남인의 정치공세에 분노하게 된다.
이 과정에서 국구(國舅) 청풍부원군 김우명(金佑明) 일가와 알력이 깊어지고, 현종에 대해 실망하게 된다. 의정부좌참찬을 거쳐서 의정부우찬성으로 승진했으나, 우찬성에 재직중이던 1660년 효종의 장지를 잘못 잡았다는 남인들 정치 공세를 받자 우찬성에서 사직하고 낙향하였다. 그러나 현종은 눈물을 흘리며 그를 다시 찾아 불렀고 결국 병조판서에 제수되었으며, 송시열은 현종의 간곡한 부름에 더는 거절하지 못하고 다시 관직을 받아 올라온다. 이후 현종 재위 15년간 조정에서 융숭한 예우와 많은 관직 수여가 있었지만 고사하고, 재야 학자의 신분에서 학문적으로 임금에게 학문과 현안을 자문하였다.
학문 논쟁에서 출발한 예송 논쟁을 남인이 임금에 대한 아첨과 함께 정치공세로 비화시켜서, 자신의 사형까지 주장하자 송시열의 남인에 대한 반감은 극에 달하게 되었다. 윤선도에 대한 유배령이 내려진 뒤에도 서인들은 계속 윤선도를 집요하게 공격하였다. 이에 윤선도를 변호하던 권시가 파직당하고, 조경이 삭탈관직 당했으며 윤선도를 반좌율로 사형에 처하라는 상소가 빗발치는 가운데 허목 등은 다시금 노골적으로 송시열을 사형에 처해야 한다고 주장했고, 송시열은 윤휴(尹鑴)는 참적(讒賊), 적휴(賊鑴), 흑수(黑水)라 불렀고, 허목은 독물(毒物)이라 불렀다.
1666년 12월 세자이사(世子貳師)에 임명되었다. 1668년(현종 9년) 2월 의정부우의정에 임명되자 곧 사직하였으나 간곡한 임금의 부름에 다시 상경하였다. 곧 사은숙배하고 부임하였으나, 남인 출신 좌의정 허적(許積)과의 갈등과 불화로 곧 사퇴하였고 낙향한다. 1671년 다시 우의정에 임명되자 좌의정 허적과 계속 마찰을 빚었는데도 현종의 간곡한 부탁으로 관직에 머물러 있게 되었다.
한편 그는 여성에게도 교육이 필요하다는 것을 인식했다. 그는 자신의 며느리와 딸에게도 꾸준히 한글로 간찰을 보내며 연락을 하는 한편 한글로 서신과 간단한 서책을 엮어 교훈으로 삼도록 지도하였다.
1차 예송 논쟁의 후폭풍.
윤선도를 옹호했던 권시가 파직되자, 윤선거의 형이자 송시열의 사돈인 윤문거가 사직소를 올렸다. 이 사건의 여파로 교리 이익(李翊) 등이 관직을 떠나게 되었고, 위기감을 느낀 남인들은 허목과 윤휴를 중심으로 세력을 뭉치며 다시 정치적 공세를 이어갔다.
여기에 조경(趙絅)이 윤선도를 옹호하면서 그의 상소를 태워버린 것은 잘못이라는 상소를 올려 이에 가세했다. 조경의 상소는 조정을 둘로 갈라놓았다. 송시열과 이유태, 그리고 부제학 유계 등은 조경의 잘못을 비판했으나, 영상 정태화와 좌상 심지원(沈之源), 그리고 대사간 조수익(趙壽益) 등은 조경을 옹호했다.
송시열은 조경을 삭탈관직하라는 자신의 주장이 받아들여지지 않자 사직상소를 올리고 고향으로 내려갔다. 그런데 이 사건 이후에 남인 유생들의 윤선도 구명 운동이 계속 일어나 조정에서 끝난 예송 논쟁은 지방 유생들의 대립으로 확산되었다. 결국 이러한 1차 예송 논쟁은 장자로 적통을 이은 소현세자의 셋째 아들인 석견이 소현세자처럼 젊은 나이에 의문사를 하자 일단락 되었는데 소현세자도 젊은 나이에 급사를 했었다.
인조실록에는 소현세자의 죽음에 대하여 “온 몸이 검은빛이었고 그 모습이 마치 극약에 중독되어서 죽은 사람과 같았다.”고 기록되어 있다. 인조는 세자가 죽으면 소현세자의 장자인 세손에게 왕위를 계승하는 권한을 물려줘야 하는 왕실의 법도를 어기고 적통이 아니었던 차남 봉림대군을 세자로 책봉했다. 세자가 급서 했을시에는 그 맏아들인 장남 석철이 자연히 세자를 승계해야 했으나 인조는 독단적으로 세자 승계 권한을 무시하고 소현세자의 동생인 봉림대군을 세자로 책봉했던 것이다.
인조는 그래도 못 미더웠는지 세손이었던 소현세자의 장남 석철, 차남 석린, 셋째 아들 석견을 제주도로 유배를 보냈다. 석철과 석린은 어린 나이인데 1년 안에 둘 다 의문사 해서 이 역시도 죽음에 대한 의문의 뒷 말들이 무성했다. 소현세자의 대를 끊기게 할 수는 없었기에 소현세자의 동생인 효종은 셋째 아들 석견이 경안군으로 신분을 복권시켜 한양에서 살게했는데 결국 아버지 소현세자와 형제들과 같이 의문사로 생을 마감하게 되었던 것이다.
남인과의 갈등.
이유태는 윤휴의 사상이 자의적이고 속내가 의심스럽다며 그를 추천하는 일을 말리며 중단할 것을 권고했다. 이 이후 후원과 이유태가 여러 차례 만류했음에도 송시열은 윤휴를 경연관으로서의 적임자라고 계속 추천했다.
효종 다음의 현종(顯宗)도 세자시절의 스승인 그를 신임하여 숭록대부에 특진시키고, 병조 판서, 이조 판서에 판의금부사, 지경연사를 겸임시켰다. 이어서 1660년 행의정부좌참찬으로 임명되어 효종의 능지(陵誌)를 지었다.
1661년(현종 2년) 남인들에 의해 윤선도(尹善道)가 유배된 삼수는 흉년과 기근이 심하다는 이유로 그의 유배지를 북청으로 옮기자는 논의가 있었다. 남인 허목 등은 윤선도의 유배지를 옮겨줄 것을 청하였다. 그러나 송시열과 송준길은 받아 먹는 처지의 죄인 신분으로 유배를 갔으면서 단지 그만한 이유로 윤선도의 유배지를 옮기는 것은 불필요하고 지나치다며 반대하여 허목 등과 언쟁이 벌어졌고, 남인들은 송시열과 송준길이 너무하다며 성토했다. 그러나 흉년이 유배지를 옮기는 것의 사유가 될 수는 없다는 송시열과 송준길의 뜻이 받아들여져서 윤선도의 유배지는 옮겨지지 못했다.
윤선도(尹善道) 등 남인(南人)의 공격은 그 직후에도 계속되었다. 그 이후 병조판서, 이조판서, 판중추부사 등에 제수되었으나 모두 사직하였다.
1662년 금강산을 여행하고 돌아오다가 명나라가 멸망했다는 소식을 접하고 애통해하였다. 이후 조정에서 여러 번 불렀으나 응하지 않다가 1655년 3월에 송강 정철의 후손과 상의하여 정철의 묘소를 충북 진천으로 이장하는 일을 주관하였다. 그해 원자(元子)의 탄생을 하례하지 않았다는 이유로 허목의 공격을 받았다.
1668년 우의정으로 취임하였으나, 좌의정 허적(許積)과 뜻이 맞지 않아 한때 사임하였다가 1671년 다시 우의정으로 복직하였다. 이어서 허적이 물러가자 1672년 좌의정에 승진하고, 그의 후임으로 김수항(金壽恒)이 우의정이 되었다. 그러나 효종이 돌아갈 때의 대왕대비 복상 문제와 장지 문제는 남인들에 의해 항상 말썽의 대상이 되어 벼슬길이 평탄치 못하였다.
윤휴와의 관계.
윤휴는 주자의 해석을 그르다 하고, 장구를 멋대로 고쳤다. 심지어 주자의 아성에 도전하는 듯한 인상까지 풍겼다. 그러나 그의 사상이 과격하다고 본 송시열은 그를 설득하게 된다. 송시열은 윤휴를 직접 찾아가 설득해 보고, 편지로 달래 보기도 했으나 허사였다. 그는 결국 윤휴를 사문난적(斯文亂賊)이라며 규탄했다.
예송 논쟁이 격화되면서 그의 오랜 친구였던 윤휴는 참최복을 주장했고, 역시 같은 3년복을 주장한 같은 남인인 윤선도의 편을 들었다. 그가 3년복을 지지한 것은 당론 때문이었다고 해도, 송시열을 죽이자고 거듭 주장한 윤선도나 허목에 동조하며 어울려 지내자 윤휴에 대한 송시열의 감정은 악화되었다. 그는 윤휴와도 오랫동안 서신을 주고 받았는데, 원시적 유학으로 돌아가자는 의견 중 윤휴가 주자만이 사물의 진리를 알 수 있느냐며 항변한 것이 송시열을 심히 불쾌하게 했다. 그런 윤휴가 허목, 윤선도와 함께 서인 및 송시열에 대한 공세를 가하자 그는 윤휴에게 절교를 선언한다.
윤휴는 중용의 주석을 놓고 연구를 거듭한 끝에 주자의 주석에 오류가 많다고 선언했다. 윤휴는 서슴없이 자기 주장을 펴며 이를 바로잡겠다고 큰소리쳤다. 송시열은 고향 회덕에서 가까운 논산군 연산의 황산서원을 찾아갔다. 여기에서 윤선거를 만나서 이를 지탄하며 논의했다.
유교가 국시인 조선에서 허목은 같은 당파인 윤휴를 옹호하기 위해 유교만이 진실을 알 수 있는 방법은 아니라고 유교를 부정하는 발언마저도 하였고, 어느 경연에서 윤휴는 사서육경에 정주가 달아놓은 주해를 삭제하고 자신의 방법대로 해석했고 이에 대하여서는 같은 당색인 남인 중에서도 우려를 표하는 반응이 나왔는데 같은 당파인 허목은 평소에 서인에게서 윤휴를 자주 옹호하며 편을 들어주었으나 어느날 윤휴에게 일갈 하기를 "자네의 가장큰 문제점은 모든것을 혼자서만 맞고 자네 혼자만 잘나서 자기만 제대로 알고 있다는 그 잘난척이 제일 문제일세" 라며 힐난했으며 윤휴는 학문에 대한 자의적인 해석만큼이나 정치적으로도 특이한 성향을 보였다. 학문적 측면에서 윤휴가 자의적 해석으로 경전의 내용을 변개한 것은 그 이전에 이미 비슷한 주장들이 논파당하고 사라지는 등 수많은 성리학 논쟁 중에서 별게 아니었다.
윤휴와 같은 당파인 남인 유혁연은 윤휴의 주장이 너무도 황당한 것이 많다며 윤휴의 주장들을 대부분 극구 반대했다. 그가 윤휴에 대해 공연히 일침을 가했으니 "윤휴는 실제 병권을 맡아본 적이 없어 북벌에 대해 이리저리 자기 생각대로 계획만 늘어놓길 잘한다고" 비판했다. 같은 남인 권대운도 윤휴를 자주 깠는데 결국 권대운, 유혁연 등의 탁남계 대신들은 윤휴랑 사이가 좋지 않아 말년에는 거의 원수처럼 지냈다. 심지어 허적마저도 참다 못해 윤휴에게 일갈 하길 "당신 혼자만 잘났고 잘안다고 맨날 나대는 게 당신의 큰 문제다"라고 꾸짖기도 했다.
허적은 당시 조정의 남인 실세들 중에서 윤휴를 제일 잘 챙겨줬었고 같은 당색이라 윤휴를 그래도 대외적으로 좋게 평가 하던 인사였는데도 참다 못해 이런 발언을 윤휴에게 공공연히 한 것이었다. 윤휴가 당파와 당색을 막론하고 학문적으로 비판을 받은 이유는 윤휴와 같이 자의적 해석을 자부하며 큰소리 치는 과격한 성향의 학자들은 지극히 부분적인 지식으로 주자학의 본질적인 심오한 의미를 이해하지 못하고 학문 전체에 반하는 잘못된 주장을 하는 것을 경계하고자 한 것으로써, 송시열은 윤휴에 대한 반박을 대신하여 오히려 주자대전차의 등 수많은 성리학 저술을 통해 끊임없이 학문에 정진하여서 유교 경전과 주자학의 올바른 이해 및 정확한 해석을 통해 영조, 정조시대에 꽃피운 우리 고유의 문화 창달과 융성에 굳건한 토대를 제공하였다.
2차 예송 논쟁.
북벌론의 재개.
1674년부터 남인의 허적과 윤휴 중심으로 북벌론이 계획되었다. 김석주 역시 북벌론 재개에 지지 의사를 표했고 곧 체부(도체찰사부) 부활과 만과 설치, 병력 선발 등의 안이 건의되었다. 유배소에 있으면서도 이 점에는 깊이 공감하고 지원하라는 글을 문하들에게 보낸다.
서인, 남인의 당론이 일치하면서 일시적으로 통합이 가능하였으나 남인의 영수였던 허목이 불가함을 들어 강하게 반대했다. 장정을 많이 징발하면 국가의 일꾼이 없어진다는 것과 청나라는 대국이고 조선은 소국에다가 국론까지 분열되었는데 상대가 가능하냐는 것이었다. 여기에 남인 강경파들이 반대하고 나서면서 북벌론은 다시 묻혀진다. 결국 그는 같은 남인이던 윤휴의 북벌론 주장의 진정성을 의심하게 되었고, 북벌 계획은 수포로 돌아간다.
제2차 예송 논쟁.
1674년 인선왕후의 사망으로 다시 자의대비의 복상 문제가 제기되어 대공설(大功說)을 주장하였으나, 남인 쪽이 내세운 기년설이 채택됨으로써 실각했고, 제1차 복상문제 때 기년설을 채택하게 한 죄로 남인의 보복성 공격을 받고 영중추부사 겸 영경연사로 전임되었다. 그러나 남인들의 거듭된 공격으로 1675년 함경남도 덕원(德源)에 유배되었다가, 그 뒤 여러 곳으로 유배 장소가 옮겨졌다.
유배지에서도 그는 독서와 성리학 연구와 사물의 현상 연구를 게을리하지 않았고, 사람이 없어도 사람이 있는 것처럼 삼가고 조심하며 한결같이 행동했다. 변방의 오지는 교통편이 불편하여 교육과 문화가 제대로 전해지지 않았으므로, 그는 외지의 백성들에게 공자, 맹자의 가르침, 주자의 가르침과 예학, 인간의 도리를 강의하였다.
학문의 연구는 진리를 찾는 길이라는 신념을 시종일관 유지했다. 그가 유배되는 유배지에는 위리안치의 예에 따라 가시울타리가 쳐져있었음에도, 양반 사대부와 평민들이 찾아와 가르침을 청하였다. 의식있는 선비와 평민들이 찾아와 가르침을 청하면, 거절하지 않고 신분에 구애됨 없이 모두 받아들였다.
숙종의 즉위와 석방.
마침내 현종이 돌아가고 숙종 즉위에 이르러 영중추(領中樞)로 복직했다. 1674년 8월 23일 성균관 유생 이심 등은 송시열이 ‘덕을 쌓은 유학의 종주(宿德儒宗)’라면서 “현자(賢者)의 진퇴는 구차스럽게 할 수 없지만 군주의 정성스러운 예절이 어떠한가에도 달려 있다”며 ‘정성스럽게 모셔야 한다’고 상소했다. 같은 날 전 영의정 김수흥과 그를 구원하다 유배형에 처해졌던 간관(諫官)들에 대한 처벌도 모두 무효화되었다.
8월 24일에는 숙종이 가주서(假注書) 이윤(李綸)을 보냈으나 송시열은 이미 한양을 떠나 버린 뒤였다. 이윤이 뒤따라가 국왕의 말을 전했음에도 광주(廣州)를 거쳐 관직을 고사한 뒤 다시 수원으로 향했다. 숙종은 송시열을 거듭 타이르면서 현종의 능 지문(誌文)을 지으라고 명했으나 송시열은 모두 고사했다. 그 뒤 숙종은 그에게 다시 한 번 승지를 보냈지만 또 다시 고사한다. 그 대신 그의 문인 이단하에게 현종의 묘지를 짓도록 추천 했다.
이후 영중추부사를 거쳐 9월 17일 행 판중추부사(判中樞府事)로 전임되었다. 그러나 1675년(숙종 1년) 1월 13일 함경남도 덕원(德源)에 유배된 이후 이해 6월에 남인들의 맹공을 받아 경상도 장기(長鬐)로 이배(移配)되었고, 1677년(숙종 3년) 3월에는 유배지인 경상도 장기에서 부인 이씨(李氏)의 사망 소식을 접했다. 덕원·웅천(熊川)·장기(長鬐)·거제(巨濟)·청풍(淸風) 등지로 귀양살이를 하다가 풀려 나왔다.
1675년 5월 허목은 "죄인에게 형을 더하는 것을 반대하는 차자"(請勿罪人加律箚)를 올려 송시열이 "효종을 마땅히 서지 못할 임금으로 여겨 지존을 헐뜯고 선왕을 비방했다며 마땅히 죽어야 할 죄가 셋이나 되지만 유배 중인 지금에와서 그 전의 형량을 가중해 송시열을 사형에 처해서는 안 된다고 남인들의 거센 공세를 중재하는 상소를 올렸다. 그러나 허목의 상소 이후에도 남인계열의 유생과 재야 지방인사들에 의해 송시열의 사형을 청하는 상소가 계속 올라왔다.
남인이 과거에 일단락 되었던 예송 논쟁을 다시 꺼내들어 이것을 빌미로 송시열을 재차 역모로 몰아가려 하자 송시열을 두둔하는 상소가 올라왔는데, 그 중 송시열의 제자이며 대전 회덕의 유생인 송상민이 1679년 음력 3월 12일 예송 논쟁의 전말을 정리하여 책으로 엮은 《석곡봉사》를 지어 임금에게 올리면서 송시열의 처벌이 부당함을 호소하며 송시열의 구명을 청하는 상소를 올렸지만 인정사정 없이 숙종은 냉혹하게도 스승을 구명하려는 제자 송상민을 사사했다. 남인들은 다시 송시열을 죽이기 위해 고묘(종묘에 고하는 일)를 계속하여 주장하였다. 한편 송시열이 유배되자 성균관을 중심으로 한 서인계 유생들이 송시열의 차자 기년설의 정당성을 주장하며 그에 대한 구명운동을 벌이기 시작하였다.
1675년 5월 허목, 윤휴 등이 그의 사형을 주장했으나, 허적은 두 선왕의 스승이고 고명대신임을 들어 사형을 반대하여 무산됐다. 허목은 송시열의 사형을 극력 주장하였다. 이때 그는 서인에 의해 복평군의 추종 세력 내지는 복평군의 하수인인 것으로 몰렸으나 왕이 듣지 않았다.
유배지에서도 위리안치된 그에게 가르침을 청하는 사대부와 평민들의 방문이 이어졌다. 그는 위리안치의 신분이었으나 가르침을 청하는 이들을 받아들였다. 그는 또한 한자를 모르는 아녀자들을 위해 '사서삼경'과 '주자가례'를 한글로 번역하여 집필하기도 했다.
한편 그는 김수항과 함께 김종직의 공적을 들어, 이들의 포상을 줄곧 주청하여, 1694년(숙종 20년) 영의정으로 추증하게 하였는데 비록 그는 생전에 김종직의 추증포상을 보지는 못했다.
윤선거가 죽자 그의 아들이자 우암의 제자인 윤증은 묘지명을 친히 그에게 부탁하였다. 윤증은 송시열의 제자였고, 그의 아버지 윤선거는 송시열의 친구였다. 윤증이 아버지의 묘지명을 써줄 것을 부탁하자, 박세채가 잘 썼으므로 박세채의 행장을 인용하면서 박세채의 인용구를 나타내는 의미로 술이부작을 넣었다. 그는 윤선거가 강화도에서 죽지 않고 살아서 온 것을 부정적으로 봤고, 윤선거가 윤휴와 교류한 것을 두고도 윤휴보다 앞서 그 추종자가 먼저 처벌받게 될 것이고 비판했다. 윤선거는 윤휴와 계속 만났고, 윤휴는 나중에 윤증의 아버지를 추도하는 제문이라며 윤증에게 제문을 보낸다. 제문의 내용은 윤선거가 우유부단하다고 조롱하는 내용이었으므로 윤증은 윤휴의 추도사를 받아 읽고 탄식했다.
론의분당.
1680년(숙종 6년) 경신대출척으로 남인이 실각하고 서인이 집권하게 되자 1680년 6월 석방되어 귀향하였다. 바로 그해 10월에 중추부영사(中樞府領事) 겸 영경연사로 기용되었다가 따라서 영부사라고 불리게 된다.
1683년(숙종 9년) 고령을 이유로 치사(致仕)하고 벼슬에서 물러나 기로소에 들어갔고 봉조하(奉朝賀)가 되었다. 이 무렵 남인에 대한 과격한 처벌을 주장한 김석주(金錫冑), 김익훈 등이 비난을 받았는데, 김석주와 김익훈은 허견의 옥사로 남인에게 지나친 처벌을 가한 뒤에 역모를 날조하여 허영, 허새를 역모로 몰아 죽이고 허새의 옥사를 날조한다.
처음에 송시열은 김익훈이 허새의 옥사를 날조하여 죄없는 남인 인사를 죽인 소식을 듣고 처벌에 찬성하였으나, 김석주의 설득으로 이후 김익훈에 대해 아무 의견 없이 더 이상 도움이 되지 못해 미안하다며 그 길로 낙향하자 이때 서인 내부의 소장파들은 김익훈의 처벌에 미온적인 서인들에 실망하여 마침내 서인은 윤증 등 소장파를 중심으로 한 소론과 송시열을 영수로 한 원로들의 당파인 노론으로 분열되었다. 그 후 정계에서 은퇴하여 청주(淸州)의 화양동(華陽洞)에 은거하였다.
그 후 금강산 지방을 여행하고 사직 상소를 올린 이후로는 다시 벼슬에 나가지 않았다. 충청도 청주 화양동에서 은거 생활을 하였는데, 1688년 희빈 장씨가 숙종의 아들을 낳자 1689년 1월 이를 원자로 정하는 것을 반대하여 숙종의 눈밖에 났다. 또한 희빈 장씨의 아들 왕자 균이 왕세자로 책봉되자 송나라 철종의 고사를 들어서 이를 시기상조라 하여 반대하는 상소를 올렸는데 이에 숙종은 크게 노하여 그의 모든 관작을 박탈하였다.
애초에 숙종은 환국을 거듭하며 붕당들을 이리저리 휘둘렀는데 멀쩡히 살아있는 중전의 소생도 아닌 후궁의 소생을 굳이 서둘러 세자로 삼는 건 왕실의 법도나 유교적으로 봐도 상식밖의 행동이었기 때문에 송시열은 상소를 올린 것인데 숙종은 이번에는 송시열을 지목하며 역정을 냈던 것이다. 이 기회를 놓칠세라 남인들은 다시 숙종에게 붙어서 그를 죽여야 한다는 상소를 올리기 시작했다.
상식에 벗어난 숙종의 행동을 발단으로 또 다시 환국을 예고하는 기운이 도는 가운데 나라의 근본인 유교 법도를 지키는게 당연하다는 의론이 남인과 팽팽히 맞서니 마침내 죽음은 면하는 대신에 숙종은 먼 제주도로 귀양을 보냈다. 다시 불러다가 심문을 하자고 주장하는 남인들이 분란을 만들며 상소하자 숙종은 못이기는 척 남인의 편을 들어 이를 허락하였다. 제주도에서 나온 그는 광양에 이르러 수제자인 권상하 등이 영접하였다. 육지에 당도한 송시열은 자신은 올바른 길을 가려다가 죽는 것이니 죽음이 두렵지 않다고 밝혔고 수많은 문도들이 눈물을 흘리며 그가 한성부까지 상경하는 길을 시종하였다. 그는 신발이나 우마를 타지 않고 한성부까지 걸어서 도보로 올라왔다.
그가 전라남도 장성군을 지날 무렵 김수항의 아들들과 장성의 하서 김인후 후손들인 김기하, 김시서와 이실지등 측근들이 그에게 찾아왔다. 이때 유배지에서 사약을 받고 죽은 김수항이 유언을 남겨 '우암 선생이 나보다 나중에 돌아가시게 되면 내 묘지명과 비문을 꼭 우암 선생에게 부탁해달라'고 했고, 그 유언을 김수항의 사람들에게서 전해들은 송시열은 즉시 묘비문을 써내려갔다. 자신도 죽음이 임박했다 하여 대충 쓰지 않고 몇시간 동안 심혈을 기울인 끝에 김수항은 도리와 정도를 지키려 했고 온화한 손길을 내밀었는데 사도(邪道)에 물든 자들은 그 손마저 거절하고 그를 죽음에 이르게 했다는 내용이었다.
김수항의 아들과 측근에게 묘비문을 지어서 준 뒤 다시 발걸음을 계속하여 전라북도 정읍군에 도달하였다. 그러나 그가 붙들려 한양으로 돌아오는 길에 별 다른 잘못이나 죄목도 없는 그를 억지로 국문했을 때의 파장을 우려한 숙종은 그에게 서둘러 사약을 내린다. 이에 제자 권상하, 김기하 등은 주변 선비들을 모아 장례를 주관하는 한편, 사림(士林)의 뜻을 모아 초산(楚山) 모천(茅川)에 스승을 모시는 사당을 세우고 그것을 운영하는 규칙을 만들었다.
그에게는 수암 권상하, 이단하, 민정중, 민시중, 김수항, 명재 윤증, 민유중, 각재 김기하, 김창협(金昌協), 김익훈, 송규렴, 직재 이기홍, 장암 정호 등의 문인들이 있었고 900여 명의 문하생을 배출하였다. 그 중에서도 권상하는 한때 그의 수제자로 손꼽히던 명재 윤증이 그와 등을 돌린 뒤 그의 수제자로 인정받았다.
사사 (賜死).
남인은 그를 한성부로 압송해 국문해야 된다고 주장한다. 그러나 남인 정승인 의정부영의정 권대운(權大運) 등이 ‘굳이 국문할 필요가 없다’면서 ‘성상께서 참작해 처리하라’고 권하자 금부도사가 만나는 곳에서 사사하라고 명한 것이다. 남인에 의해 숱한 논란에 휘말렸던 83세 원로 대신의 죽음은 결국 남인과 숙종에 의한 사약으로 끝이났다. 9년 전 허적과 윤휴의 사형을 남인들이 정치보복으로 여긴 것처럼 송시열의 사형 역시 김수항과 서인들은 정치보복으로 여겼다. 지도자를 잃은 남인이었지만 송시열에 대한 원한과 복수심은 계속되었다. 그는 의금부에 가서 자신의 소신을 밝히고 죽으리라고 장담하였다.
6월 3일 육지에 도착하자 수많은 문도들이 그의 뒤를 따랐다. 그는 죽림촌사에서 자손들과 질손들에게 보내는 유서를 썼는데 그 내용은 다음과 같다.
국문 받기 위해 상경하던 6월 3일 정읍에서 만난 금부도사가 건넨 사약을 받고 최후를 맞이한다. 제주도를 나와 정읍에 이르자 이미 사약(賜藥)이 내렸으므로 제자 권상하(權尙夏)·김만준(金萬埈)의 손을 붙잡고 뒷일을 부탁한 후 세상을 떠났다. 송시열은 임종 때 문인 권상하(權尙夏)의 손을 잡고 “학문은 마땅히 주자(朱子)를 주(主)로 할 것이다”라고 말했다고 전한다. 곧이어 권상하에게 자신이 소장하고 있던 서책과 의복을 유품으로 물려주었다.
6월 3일 도성에 3배를 올린 뒤 사약을 받고 최후를 맞이한다. 당시 그의 나이 83세였다. 송시열은 여든세살이라는 아주 많은 나이에 사망을 했다는 점이 그것도 사약을 마시고 세상을 떠났다는 점이 아주 특이하다. 그리고 또 하나는 대신의 신분임에도 불구하고 조선시대에 대신은 역적이 아니면 사형당한 전례가 없었는데 송시열은 역적이 아니라 죄인들의 수괴 라는 애매한 죄명으로 억지 사형을 당했고 그것도 국문을 당하기 위해서 제주도에서 한양으로 올라오는 도중에 정읍에서 서둘러 사약을 마신 점이 상당히 특이한 죽음이었다.
한 마디로 남인들과 숙종이 합작한 정치 공작이며 죄가 없어도 형벌에 해당하지도 않는 방법으로 서둘러 죽이려는 것에서 이미 부당한 집행이었으며 송시열은 무고하다는 것을 반증하고 있었다. 숙종은 환국을 통해 붕당들을 서로 싸우게 부추긴 부분이 적지 않으며 때론 필요에 의해서 쓰고 버리는 등 이번에는 남인의 손을 들어줘서 송시열을 사사했으나 명분이 없는 남인 붕당의 쓰임은 거기까지였고 그 이후 정도와 명분을 앞세운 서인들이 다시 숙종의 환국으로 집권하게 되는데 숙종을 믿고 기고만장했던 남인들은 더 이상 빛을 보지 못하고 정계에서 오랜 기간 밀려나게 된다.
김재구의 조야회통을 보면 송시열은 오직 바를 직(直)자 한 글자로 후손들을 가르쳤다고 한다. 죽기 전날 밤 흰 기운이 하늘에 뻗치더니 죽는 날 밤에는 규성이 땅에 떨어지고 붉은 빛이 지붕 위에 뻗쳤다. 규성은 문운, 즉 학문을 상징하는 별이다. 그가 사약을 받고도 바로 운명하지 않자, 사약을 더 가져와 여러 잔 마시게 해서 죽게 했다는 전설이 있다.
성격이 솔직담백하였고, 그의 문하에서 많은 인재가 배출되었으며 글씨와 문장에도 일가를 이루었다. 사사 이후 1694년 갑술옥사(甲戌獄事) 뒤에 억울한 죽음에 대해서 신원(伸寃)이 되었으며, 문묘 배향과 종묘에도 종사되는 영광을 누렸다.
이미 숙종은 후궁 장씨를 왕비로 올린다고 선포했으므로 장씨가 사실상 왕비였으나 숙종 14년에 사망한 자의대비 조씨의 복상기간이 아직 끝나지 않았으므로 왕비 책봉식만 거행하지 않았을 뿐이다. 숙종은 재위 16년(1690) 6월 원자를 세자로 책봉하고, 그해 10월 22일 장씨를 왕비로 책봉했다. 장희빈을 내세워 정권을 노린 남인들과 왕비 자리를 노린 장옥정의 결탁이 이때까지는 성공적으로 보였다.
그 후 5년 만에 다시 서인이 집권하자 신원(伸寃)되어 조정에서 관작을 복구하고, 1694년 수원(水原), 정읍(井邑), 충주(忠州) 등에 그를 제향하는 서원이 건립되었다. 그 뒤 문정(文正)의 시호를 내렸다. 1697년 송시열, 송상민, 권상하의 위패를 모신 남간사(南澗祠)를 건립했다.
유학자로 최고의 영예에 올랐는데 영조(英祖)에 의해 문묘(文廟)에 배향되었고, 세손 시절부터 그를 존경하던 정조(正祖)에 의해 효종(孝宗)의 종묘에 효종의 충신이라는 의미로써 종사되었는데 이는 신하로서 최대의 영광으로 모시던 왕의 종묘에 함께 추향(追享) 종사되었다. 또한 정조는 그를 공자, 맹자, 순자, 한비자, 주자에 버금가는 송자(宋子), 송부자(宋夫子)로 추대하고 국가의 스승으로 선포하였다. 대전 광역시 동구 소제동에 있던 우암 별당 기국정을 1926년 남간정사에 옮겼다. 대전시는 남간정사 옆에 우암사적 공원을 조성하여 공원 안에 남간사(南澗祠)를 새로 지어 위패 등을 모시고 있다. 장판각에 [송자대전] 목판이 보관되었다.
1756년(영조 32) 2월 23일 왕명으로 증(贈) 의정부영의정에 추증되었다. 그해 송준길과 함께 성균관 문묘에 종사되었다.
후일 송시열을 높이 평가한 정조가 친히 편찬한 앙현전심록에서 정조는 송시열을 마침내 주자에 비견될만한 성현의 반열에 올랐다. 또한 송시열을 비난하는 것은 공자와 맹자를 비난하는 것으로 못박아 그에 대한 비판을 금지했다. 1863년 이전까지 송시열의 주장에 공식으로 이의를 제기할 수 없었다.
일제는 조선조의 정통성을 훼손하기 위해 조선을 대표하는 성리학과 우암 폄하 작업을 전개했다. 이로 인해 우암은 일제 식민사관에 의해 폄훼를 당해 제대로된 평가를 받지 못하고 잘못 인식되어 왔다. 이것은 조선 성리학을 집대성한 우암의 사상과 기호학 전반에 관한 체계적이고 심층적인 연구를 부진하게 만든 원인이 되기도 했다.
송시열은 성격이 꾸밈없이 솔직 담백하였고 학식이 뛰어나 대학자로 불리며 문하에 많은 인재가 배출되었다. 조선 국왕 효종, 현종 두 임금이 그의 제자였으며, 송상민, 송상기, 민정중, 김기하, 김만기, 김만중, 이경화, 윤증, 민진원, 김익훈 등은 모두 그의 제자들이었다. 귀양지에서도 끊임없이 후학 양성과 학문 연구에 몰두하여 《주자대전차의》 등과 같은 학문적으로 중요한 성리학 저서를 많이 집필하였다. 송시열이 사망한 지 5년 후에 문묘와 효종묘를 비롯하여 충청북도 청주의 화양서원, 경기도 여주의 대로사, 수원의 매곡서원 등 전국 각지의 많은 서원에 배향되었다.
우암은 율곡 이이의 학맥을 계승한 기호 사림의 중추적 인물이면서 조선을 대표하는 주자학자이자 사상가, 정치가였다. 북벌론으로 국가의 자존감을 고양하고 조선중화사상을 정립하여 문화국가로 나아가는 방향타를 제시하여 영조와 정조시대 문화적 르네상스의 토대를 마련하였다.
우암 선생은 우리나라 성리학의 대표 학자임에도 불구하고 학계에서 그에 걸맞은 평가를 받지 못한 측면이 있다. 충북의 화양동을 중심으로 활동한 우암의 학문을 연구하는 일은 지역사회의 정체성을 확립하고 전통의 맥을 잇는 차원에서 매우 바람직한 일이다.
송시열의 문집인 &lt;송자대전&gt;이나 &lt;효종실록&gt; 등을 보아도 송시열이 북벌에 대한 구체적인 방법이나 준비에 대해 기술한 것이나 조정에 건의한 사례를 찾아볼 수 없다는 비판도 있다. 그러나 이는 북벌이 단순히 명분이나 군사력만으로 되는 것이 아니고 모든 백성의 의지가 결집되고 국력이 뒷받침되어야 가능하기 때문에 우선 임진왜란과 병자호란으로 피폐해진 국가의 현실을 직시하여 국왕이 백성을 먼저 돌보며 내정을 다지고 국력을 모아야 가능한 것으로 생각했기 때문이었다. 당시 서인의 영수인 송시열이 이런 주장을 한 것은 실제로 북벌에 대한 의지가 없어서가 아니라 오히려 국내외의 현실을 직시한 현실적인 판단으로 해석할 수 있으며, 효종 사후에도 북벌을 주장하는 등 북벌에 대한 의지를 꺽은 적이 없으며 갑작스러운 효종의 죽음으로 인해서 현실적인 여건상 효종이 염원하던 북벌을 결국 실행하지 못한 점을 아쉬워 하였다. 실록에서 나타난 바와 같이 사회적인 문제에도 많은 관심을 기울여 개혁에 앞장섰다.
그는 충과 의를 인간의 최고의 덕목으로 생각하였다. 또한 그는 윤원형의 첩 정난정이 정실부인으로 승격되었을 때, 한번도 찾아가지 않은 자신의 친할머니 이씨 부인을 높이 평가했다.
그는 자신의 서모와 서자, 서녀, 서얼 출신 친족, 친족의 서자, 서녀 등에게도 예의를 갖추고 깎듯하게 예로써 대하였다. 이는 서자와 서얼을 천대하던 다른 조선의 일반적인 사대부와 달랐다.
이기론(理氣論)과 사단칠정(四端七精).
기본적으로 이기론은 이원론적 성격을 갖는데 이기이원론은 두 요소를 상대적인 동시에 상호적인 것으로 본다는 데 그 특징이 있다. 이는 존재 하는 소이연의 원리며 동시에 변화 속에서 자기동일성을 유지하게 하는 본질이다. 이에 비해 기는 소이연의 이가 존재화하는 데 갖추어야 할 터전이며, 동시에 현실 존재의 구성 요소다. 그러나 이처럼 서로 달리 규정되는 이와 기는 현실 에서는 서로 분리되어 존재하지 않는다. 이러한 이기의 관계를 하나이면서 둘이며 둘이면서 하나라고 표현하며, 그 하나임을 불리라 하고 그 둘 임을 부잡이라 했다.
그는 이기논쟁에서 理와 氣는 하나라고 하는 이기일원론을 계승하였다. 주자학(朱子學)의 대가로서 이이(李珥)의 학통을 계승하여 기호학파(畿湖學派)의 주류를 이루었으며 이황(李滉)의 이원론적(二元論的)인 이기호발설(理氣互發說)을 배격하고 이이의 기발이승일도설(氣發理乘一途說)을 지지, 사단칠정(四端七情)이 모두 이(理)라 하여 이와 기는 하나라는 일원론적(一元論的) 사상을 발전시켰다.
산림으로 이름이 알려진 이후 그의 견해를 시험하고자 많은 문인들이 이황과 이이, 조식 중 누구의 사상이 정통이냐는 질문을 받았다. 그때마다 그는 주자의 뜻을 정확히 계승하는 학자를 나는 정통으로 본다 하며 학문 연구에 있어서 당론이나 당색에 구애받지 않음을 스스로 입증하기도 했으며 그는 율곡 이이뿐만 아니라 이황의 학설도 존중하였다.
당시부터 송시열은 학문적으로 큰 인정을 받은 대학자였는데 장원으로 과거 급제한 시제인 일음일양지위도(一陰一陽之爲道)에서 그는 사물과 진리를 바라보는 것을 주체적인 인식과 부차적인 인식으로 나누어 봐야한다는 것이다. 이 점진적인 사유의 발전 양상이 보여주는 가장 큰 특징은 기론이란 기초 위에 결합되어 있던 개념이 분리되었다는 것이다. 그 자신이 또 다른 종류의 실체를 주장하게 된 것이 더욱 중요한 전환이었다. 이렇게 해서 실체로서의 본질과 독립적인 형상으로서의 본질이 성립되었을 뿐만 아니라, 형상 자체가 또 하나의 실체라고 주장되기 시작했던 것이다. 성리학은 분명하게 형이상의 실체는 형상으로서의 리라는 개념으로 정립시켰고, 형이하의 실체는 전통적인 실체로서의 기로 수렴시켰다.
이런 점에서 보자면 역학적 관점에서 성리학적 사유는 기라는 단일한 실체 개념에 근거한 형상으로서 사유 양식을 각각 형상과 실체로 나누고 다른 방식으로 종합을 구축하려 시도했던 철학적 기획이라고 할 수 있다. 한편 변화 패턴으로서 본질은 개체 속에서 실체화된 형이상의 형상과 형이하에 의한 변화를 설명하는 일음일양속에서 유지되었다. 이기론적 해석 속에서 일음일양은 음양의 주기적인 교체를 의미하는 것으로 해석되었기 때문이다. 나아가 도는 일음일양의 과정 속에 포함된 리와 기의 존재로 말미암아 변화의 패턴이 단일한 개념이 되었다.
기론적 해석이 세계의 음양을 본질로서의 실체라는 단일한 이론 속에서 관계를 이루는데 반해 역학적 사유의 이기론적 해석은 형이상의 리가 형이하의 실체로서의 기를 자신의 일음일양이라는 방식으로 드러낸다는 점에서 볼때 일음일양지위도의 기론적 해석은 개체 내에서 상호 관계를 사유하는 서구적 전통과 유사하다는 것을 알 수 있다. 반면에 이기론적 해석은 리 개념이 갖는 형상성과 성격으로 개념적 관점에서 보자면 양자의 공통성은 실체로서의 본질과 형상으로서의 본질이라는 두 가지 원형적 사유의 축이라는 점이고 차이는 실체와 형상의 관계에 달려 있다는 것이다. 한쪽에는 단일한 형상이라는게 지배적인 반면 다른 쪽에서는 존재론적 성격을 달리하는 형상과 실체의 상호 결합이라는게 지배적이기 때문이다.
송시열은 이것에 대한 자신만의 독창적인 해석을 통해 자신의 성리철학 사상의 핵심인 직(直)사상과 이기론의 이론적 배경이 되는 도기형삼건물사설을 주창하였다. 그의 직 사상에서 직의 길은 의에 상응하게 되고 도와 함께하는 주체적 사람의 도, 즉 인성과 심성이 되며 그 직의 근원은 리의 직에 두고 있기 때문에 송시열 사상의 직과 일치하는 것이다.
우주 만물은 理에 의해 존재하고 또 생성 변화하게 되는데 이 理의 작용은 直으로 마침내 드러나기 때문에 直의 道와 일치되고 또 理의 直이 구체화된 것이 인간의 참된 길을 즉 도리를 의미한다는 것이다. 또한 우암 송시열은 태극(太極)을 본래의 오묘함을 나타내는 것으로 여겨서 이러한 개념을 통해 근본적인 道를 지극하고 세밀하게 탐구하려 했다. 송시열은 주자와 율곡을 계승하여 발전시킨 태극을 강론하면서 그는 또한 성리학이 설명한 태극의 도를 충실히 완성시키려 했다.
그런데 성리학의 이기론은 단순히 세계에 대한 해명에 그치지 않는다. 그것은 인간 존재에 대한 해명을 위해서도 제기되며 더 나아가서는 인간의 가치를 위해 생겨난 것이기 때문에 여기에서 많은 예법과 윤리 이념등의 논리적인 문제가 파생하게 된다. 그 중에서도 理氣 관계에 있어서 생성론적 선후의 문제와 가치론적 경중의 문제가 대표적이라 할 수 있다. 순수하게 존재론적인 관점에서 보면 이기의 관계는 현실속에서 분리될 수 없기 때문에 불상리(不相離)다. 한편, 이선기후와 이중기경을 내세워 이기의 불상잡을 강조하는데는 강한 가치론적인 시각을 표출한다. 이렇게 보면 주자에 의해 확립된 성리학의 이기이원론은 사실상 이(理)우위를 전제한 이론임을 알 수 있다.
그에 따르면 우주가 이와 같은 변화 작용을 하지 않을 수 없는 것은 그와 같이 추진하는 동력이 있기 때문인데 그것을 가리켜서 변화 작용의 본체라고 한다. 우주 안에서 벌어지는 변화상은 한 번 양이 되고 한 번 음이 되는 과정의 순환이다. 대자연에서는 모든 것이 상호작용을 한다. 하늘의 기운은 땅에 영향을 주고, 땅은 하늘의 영향을 받아 자신을 변화시키는 동시에 하늘에 영향을 주는 순환의 연속이며, 그 가운데 사람이 하늘과 땅의 교감을 받아 다시 자연에 영향을 미친다.
그는 이러한 상호 교감 작용을 끊임없이 되풀이하는 것이 자연의 도이며 음양론의 변화 이치를 설명하는 일음일양지위도는 낮이 가면 밤이 오는 것 번성기가 가면 쇠퇴기가 오는 것과 같고, 음양의 논리는 교감의 논리이므로 즉 음과 양의 전환에 대해서 한 번 음하고 한 번 양하는 것을 도라고 한다. 또 음과 양이 분명히 반대의 관계에 있지만 서로 모순관계가 아니라 서로 돕는 관계 즉 서로 상대가 존재함으로써 자기가 존재 할 수 있는 관계라고도 주장한다.
송시열은 성리학적 학문의 원리를 국가 통치 이념으로 내세우는 한편 음양의 조화 차원에서도 여성의 사회참여나 교육과 같은 혁신적인 정책과 대동법이나 호포제를 실시하고 노비종모법(奴婢從母法)과 서얼제를 폐지하는 등 민생에 도움이 될 수 있는 실제 정책에도 관심이 많았다. 당시는 양난을 겪은 혼란기라 최대한 빨리 국가 운영의 바탕 사상과 제도를 정립하고 어떻게 하면 정립된 정통 국가윤리를 바탕으로 도덕적인 삶을 살 수 있는가를 논하는 국가 재건을 위한 시기였는데 기의 작용과 변화 원리를 나타낸 구체적인 개념과 이론이 바로 음양론이다. 모든 것은 변화하고 있으며 그 안에 존재하는 나도 변화한다는 것인데 변화에 대응하기 위해 중요한 것은 외적인 변화보다 내면에 대한 성찰이다.
송시열이 강조한 것은 바로 자기 수양이며 내적 성찰을 통해 스스로를 재건하게 만드는 역할을 한다. 송시열은 이것을 통해 왕과 제자, 그리고 신하 및 백성들에게 주어진 상황을 잘 살피고 그 속에서 최선을 다하여 자신의 운명을 스스로 만들어 나가고 함께 극복 하자고 요청하고 있다. 또 하나의 논리는 극즉반이다 이는 하나의 상황이 극한에 이르면 반전이 일어난다는 상황 전환의 논리다.
즉, 흥한 것은 다시 망하고 위태로운 것은 다시 안정을 찾는 것이 자연이라는 것이다. 길흉이란 고정불변의 결과가 아니라 인간의 노력에 따라 극복할 수 있다는 것이다. 송시열이 당면한 당시의 국난을 극복하려는 논리가 바로 여기에 있다. 그리고 송시열은 여기서 한 번 더 선(善)을 강조한다. 선행과 덕을 쌓아야 비로소 성취를 이룰 수 있다고 한다. 즉 오랑캐의 침략으로 잦은 국난을 맞아도 당당하게 선을 행하고 덕을 쌓으면 상황을 바꿀 수 있다는 의미다.
하지만 송시열은 여성들에 대한 차별이 심했던 조선의 유교적 사회에서도 여성들에게 인간답게 살게 해야 되고, 인간답게 살려면 자기의 몫을 다해야 되며, 예의와 염치와 도리를 알 의무가 있다고 생각했다. 송시열은 여성들에게도 문자를 가르치고 효와 충과 신의를 강조하였으며 소학(小學)과 사서삼경을 가르쳤다. 한학을 교육받지 못하여 한문의 뜻을 해석하지 못하는 여성들을 배려해 사서육경을 한글로 번역한 책을 여성들에게 배포해서 가르치기도 했다. 이렇듯 여자와 노비의 인권을 생각하며 현실적 제도와 방안을 통해 학문과 사상을 실현하려고 했던 인물이 송시열이었다.
조선 성리학 흐름에서 율곡 이이과 송시열을 통해 주자의 理 우위적 이기이원론이 주류를 이루게 되는데 존재론적 관점에서 理氣의 불리(不離)를 강조하는 송시열의 이기론은 존재와 가치를 함께 아우르는 주자학 연구를 통해 계승한 것이었다. 이때문에 그의 이기론은 이기일원론이기도 하며, 그의 이기론은 기호학파로 계승된다. 이는 자연법칙뿐만 아니라 사람 마음 역시도 기발리승으로 관철되어 있다는 입장이다. 이처럼 세계를 포괄하는 원리가 바로 율곡의 기발리승일도(氣發理昇一道)였던 것이다. 율곡도 理가 氣의 주재라는 점은 인정하지만 기발리승의 명제에서 기의 자발적인 운동의 역량에 놓여 있으며 이것이 바로 퇴계의 호발설과 대비되는 지점이었다.
그에 따르면 율곡은 理와 기가 하나이면서 둘이 되는 실상을 보고 理와 氣가 오묘하게 결합하여 서로 떨어져서 존재할 수 없다는 원칙은 理와 기가 하나가 되는 근거가 되고 理는 스스로 리요 氣는 스스로 기라서 서로 섞이지 않는 원칙은 理와 氣가 둘이라는 점을 뒷받침한다는 것이다. 다시 말해 송시열은 리와 氣의 양면적 상호 관계를 포착한 것이다.
송시열이 보기에 리와 기의 관계에 대한 율곡의 통찰은 理氣가 각기 고유한 영역을 가져서 둘로 나뉘인 부분을 보지 못하고 하나로 여긴 오해라는 분석이다. 그리고 理기가 하나로 섞여 따로 각기 발동할 수 없다는 점을 간과하고 호발을 주장한 퇴계학의 비판으로 이어진다 송시열은 율곡의 관점이 리기의 양면적 관계성 곧 불상잡과 불상리의 원칙을 균형있계 파악한 반면 퇴계학파는 모순과 불균형에 빠져 있다고 분석했다. 주자는 음양을 리가 올라타는 것이라 해석했는데 율곡은 스스로 그러한 것일뿐 리가 그렇게 하도록 시키거나 理 자체에 있는 것이 아니라고 봤으며 송시열은 여기에 동의했다. 이것은 음과 양이 움직임의 주체가 되고 그러한 상태에 理가 타는 것이기 때문이다 이처럼 송시열에게 음양의 작용은 태극이나 理가 의존하는 기의 운동이다. 理는 氣의 운동이 발생하는 이유이자 원칙이며 발생론적 힘을 가진 운동의 주체로 여기진 않는다. 理가 움직이는 것이 아니라 氣 스스로 그러한 것이라는 주장은 당연히 리발을 긍정하는 퇴계의 주장에 대한 반론이다.
理가 스스로 움직이지 않는 것이라면 당연히 사단이란 감정에서도 리발의 가능성은 부정된다. 송시열은 리의 동을 부정하는 점에서 율곡을 긍정하지만 理가 기로 하여금 움직이게 하면서 고요하게도 한다는 학설에서는 독자적인 해석을 전개한다. 분명히 기발적인 역량에 귀속되어 외부의 어떤 존재가 그렇게 하도록 시키는 것이 아니라고 주장한다. 송시열은 리가 음양 동의 氣로 하여금 그렇게 동한다는 새로운 관점을 제시한다.