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아버지 고우다 상황과는 사이가 나빴다는 설이 있다. 그러나 그 뒤, 소송 정책이나 종교 정책 등에서 고우다 천황으로부터의 강한 영향이 지적되고 거듭 문헌 탐구를 통해 심정적으로도 부자는 사이가 좋았다고 볼 수 있다는 것이 판명되었다. 오기마치산조 사네미(正親町三条実躬)의 일기인 《실궁경기》(実躬卿記)에는 도쿠지(徳治) 2년(1307년) 1월 7일의 백마절회(白馬節会)에서 같은 고쇼(御所)에 묵었던 것을 비롯하여, 이 무렵부터 부자는 함께 활동하는 경우가 많았고, 축국(蹴鞠)을 하기도 하였다는 기록 등이 남아 있다. 특히 부자의 애정을 보여주는 일화로, 고우다의 총희였던 유기몬인(遊義門院) 레이시 내친왕(姈子内親王)이 위독해졌을 때, 이와시미즈 하치만구(石清水八幡宮)로의 쾌유 기도의 대리 참배라는 대임을 다카하루 즉 고다이고 천황에게 맡겼다. 다카하루 친왕은 행차 도중에 유기몬인이 결국 붕어하였다는 소식을 듣고도 그럼에도 불구하고 아버지의 기대에 부응하고자 발길을 돌리지 않고 기어이 처음의 목적대로 이와시미즈 하치만구에 참배하였다고 한다. 고우다의 명으로 제왕학 도서인 『군서치요』(群書治要)를 배우기도 한 것을 보면, 고우다 역시 정치의 추요에 다카하루 즉 고다이고 천황을 두고 있었던 것은 아닐까 보기도 한다.
할아버지 가메야마 상황으로부터는 어머니 주시가 후에 가메야마에게 의지한 적도 있는 등 가메야마 상황이 붕어할 때까지 비호를 받고 있었다. 가장 만년의 가메야마는 쓰네요시 친왕이 태어나고 그에게로 총애가 옮겨갔어도 가메야마는 고다이고를 걱정하여 주시와 고다이고 천황의 저택이나 장원 등의 소유 영지를 남겨주고 있었다.。
친여동생인 조시 내친왕(奨子内親王, )과는 20세 전후 무렵부터 『마스카가미』「さしぐし」에서 와카를 주고 받는 모습이 그려져 있는 등, 사이가 좋은 남매로써 당시에도 알려져 있었다. 고다이고 천황이 즉위한 뒤에도 천황의 처가 아니었지만 황후로 책립되어 황후에 준하는 대우를 받았다. 그 뒤에도 종종 와카를 주고 받은 것이 《속천재화가집》(続千載和歌集), 《신천재화가집》(新千載和歌集) 등에 실리기도 하였다. 《신엽화가집》(新葉和歌集)에서는 다치몬인이 고다이고 천황을 추도하는 와카가 2수 수록되기도 하였다.
가족으로 유일하게 다이카쿠지 왕통의 정통 적자이자 조카인 구니요시 친왕 및 그 계통과는 사이가 나빴다. 나가이의 추측에 따르면 천황으로써 차근차근 실적을 쌓아가는 고다이고에게 구니요시 측이 초조해하지 않았을까,라고 추측하였다. 또한 고다이고 천황의 유부(乳父)인 요시다 사다후사(吉田定房)와 구니요시파의 나카미카도 쓰네쓰구(中御門経継)는 견원지간이었기 때문에(『花園天皇宸記』 元応 원년(1319년) 10월 28일조) 조정 신료끼리의 대립이 더욱 그러한 싸움을 부추겼던 것이 아닐까, 라고도 지적하였다.
《마스카가미》의 저자는 쓰네요시 친왕(고다이고 천황의 할아버지인 가메야마 상황이 가장 만년일 때 태어난 아들)도 고다이고 천황과의 교류가 깊었고, 특히 고다이고 천황의 아들인 다카요시 ・ 요요시와 함께 있는 일이 많았다고 묘사하고 있다(「春の別れ」). 실제, 쓰네요시파로부터 요요시를 거쳐 고다이고파로 노선을 갈아탄 정신(廷臣)들도 많았으며, 기타바타케 지카후사도 그 대표적인 사례였다.
혈연뿐만 아니라 처의 가족에게도 교류가 있었다. 중궁 기시의 아버지 사이온지 사네카네(西園寺実兼)나 그 친형인 이마데가와 가네히데(今出川兼季)로부터 비파를 배웠고, 그 명수였다. 또한 측실인 니조 이시(二条為子)의 친정인 니조파에게 배워서 그 대표적인 가인이기도 하였다.
『태평기』유포본 권1「관소 정지」(関所停止の事)에서는 즉위 직후 ・ 겐코의 난 전의 일화로써 아래의 호소가 자신의 귀에 들어오지 않으면 문제라며 기록소(記録所, 즉위한 직후 당시에는 분쟁 처리 기관)에 임석하여 백성의 진정에 귀를 기울이면서 소송문제의 해결에 활동하였다는 묘사가 있다. 그러나 20세기에 들어서는 이를 뒷받침할 사료가 거의 발견되지 않아, 이는 단지 이야기일 뿐으로 고다이고 천황의 진짜 흥미는 바쿠후 타도 활동을 위한 책모에 있었고 실제로는 소송 제도에는 전혀 관심을 갖고 있지 않았다고 생각되고 있었다.
그 뒤 2007년에 구노 노부요시(久野修義)에 의해 『각영소송상락일기』(覚英訴訟上洛日記)가 소개되면서, 고다이고 천황이 재판에 임석해 있었던 것이 사실로 판명되었다. 이에 따르면 기록소의 개정은 오전 10시 무렵이었고, 하루 몇 건의 구두 변론에 고다이고 천황이 임석하여 그날 내로 윤지의 형태로 판결문을 당사자에게 발행하였고, 모든 공무를 끝내는 날이 저물고 그 날짜가 바뀔 무렵이라는 초인적인 스케줄이었다고 한다. 그 밖의 연구로는 소송의 처리뿐만 아니라 제도 개혁에 대해서도 고다이고 천황의 독단 전횡이 아니라 아버지 고우다인(後宇多院) 등 다이카쿠지 왕통이 행해왔던 소송 제도 개혁을 계승 ・ 발전시키고 있는 것이 지적되어 고다이고 천황은 소송 문제에 관해 실행력 ・ 지식과 함께 일정한 역량도 가지고 있었던 것이 알려지고 있다.
무사에 대한 후대.
우선 가마쿠라 바쿠후의 고케닌 신분을 철폐했다. 이는 첫째로는 당시 고케닌 제도가 사회의 실태에 맞지 않았던 것이 거론되고 있는데 또 한 가지 이유는 고케닌은 천황의 입장에서 보자면 배신(陪臣, 가신의 가신)에 해당하는 것으로 이를 폐지하여 모든 무사들을 천황의 직신(直臣)으로 「승격」시키는 것으로 무사 전체의 지위 향상을 노리고 있었다(『結城錦一氏所蔵結城家文書』에 수록되어 있는 「後醍醐天皇事書」).
또한 은상으로써 관위를 준다는 제도를 재흥시켜 수많은 무사들을 조정의 고관으로 끌어들였다. 공경(公卿) 지카후사로부터는 엄혹한 비판을 받았지만, 후에 가서는 지카후사 자신이 이 제도를 이용하여 남조 운영을 크게 성공시키기도 하였다.(→기타바타케 지카후사의 평가 항목 참조).
고다이고 천황이 좋아한 것은 행정적으로 실무 수완이 뛰어난 관료형 무사였고, 기록소 ・ 은상방 ・ 잡소결단소라는 신정권의 중요기관에(특히 잡소결단소에) 가마쿠라 이래의 실무 관료 무가 씨족들이 대거 등용되었다. 가마쿠라 바쿠후의 본거지였던 가마쿠라로부터의 채용보다는 가마쿠라 바쿠후의 옛 교토 주재 통치기관이었던 로쿠하라 단다이(六波羅探題)로부터의 채용이 많았고, 이는 가마쿠라에서는 호조 씨와 연결이 있는 씨족들로부터의 연고 채용이 많았던 것에 비해 로쿠하라 단다이에는 순수하게 관료적 능력에 의해 승진한 실력파들이 모여 있었기 때문은 아니었을까, 라고 해석되기도 한다. 또한 모리 유키오(森幸夫)에 따르면 일반적으로는 무장으로써의 인상이 강한 구스노키 마사시게나 나와 나가토시이지만 이들 두 사람은 특히 겐무 정권의 최고 정무 기관이었던 기록소 기인(記録所寄人)에 대대적으로 발탁되어 있었기 때문에, 실무 관료로써도 상응하는 수완을 가지고 있었던 것이 아니냐, 라는 해석도 있다.
고다이고 천황에게 발탁되어 지방으로부터 교토로 모여든 무가 관료들은 교토라는 정치 ・ 문화의 중추에 몸을 두는 것으로, 능력이나 지위를 향상시켰다. 예를 들면 스와 엔추(諏訪円忠)는 가마쿠라 바쿠후에서는 일개 부교닌(奉行人)에 지나지 않았으나, 겐무 정권에서 잡소결단소 직원을 경험하여 능력과 인맥을 갈고 닦은 가운데, 무로마치 바쿠후에서는 최고 정무기관인 효조슈(評定衆)의 한 사람이 되기까지 하였다. 그 가운데서도 저명한 인물은 훗날 무로마치 바쿠후의 초대 집사가 되는 아시카가 집안의 집사 고 모로나오(高師直)로, 가메다 도시카즈에 따르면 지방의 힘 있는 집안의 일개 가재(家宰)에 지나지 않았던 모로나오가 정치가로써도 무장으로써도 전국적인 수준으로 일류가 될 수 있었던 데에는 겐무 정권 하에서 구스노키 마사시게 등 우수한 인재와의 교류가 있었기 때문은 아니었을까, 라고 하였다. 고 모로나오는 훗날 고다이고 천황의 정책 대부분을 개량을 거쳐서 무로마치 바쿠후에까지 도입하였다.
또한 (겐무의 난이 발생할 때까지는) 아시카가 타카우지를 매우 총애하였다. 타카우지라는 이름은 처음에는 「다카우지」(高氏)로 표기되었는데, 이는 가마쿠라 바쿠후의 싯켄 호조 다카토키(北条高時)의 이름자 한 자를 받은 것이었다. 겐코(元弘) 3년/쇼쿄(正慶) 2년(1333년）8월 5일에 고다이고 천황으로부터 천황의 본명 「타카하루」(尊治)의 이름자 한 자 「타카」(尊)를 하사받아 이후 아시카가 타카우지(足利尊氏)라는 이름을 받기도 하였다. 겐코의 난 이후의 군공 인정은 타카우지와 모리요시 친왕(고다이고 천황의 친아들)이 맡았는데, 모리요시 친왕이 독자적인 권한으로 인정된 것에 비해 타카우지는 고다이고 천황의 충실한 대행자로써 모리요시 친왕 이상의 근면함으로 군공을 인정받았고 고다이고 천황은 타카우지에게 30개 소의 토지 그리고 진주후쇼군 ・ 사효에노카미(左兵衛督) ・ 무사시노카미(武蔵守) ・ 산기(参議) 등 중요 관직을 아낌없이 주었으며 나아가 진주후쇼군으로써 겐무 정권의 전군 지휘권을 위임받고 정치의 중추에 편입되었다. 진주후쇼군은 장식뿐인 지위가 아니라 다카우지가 규슈에서의 호조 씨 잔당 토벌 등의 때에 실제로 이들의 권한을 행사하였다. 동생 다다요시 또한 15개 소의 토지 그리고 가마쿠라 쇼군후(鎌倉将軍府)의 싯켄(실질적인 간토의 지도자) 등에 임명되었다. 한편 『매송론』(梅松論)에 기록되어 있는, 구게들이 「無高氏（尊氏なし）」라고 소문을 퍼뜨렸다는 사건은 이전에는 다카우지가 정치 중추로부터 배제된 것이라고 해석되고 있었는데, 요시하라 히로미치(吉原弘道)는 신연구의 성과에 힘입어, 다카우지가 받았던 이례적인 후대를 구게들이 질투하고자 묘사한 것은 아니었을까, 라고 해석하고 있다.
고다이고 천황은 이미 무너뜨린 가마쿠라 바쿠후의 도쿠소(得宗) 호조 다카토키에 대해서는 그 명복을 빌며 겐무 2년(1335년) 3월 무렵 그의 복심인 다카우지에게 명하여 가마쿠라의 다카토키의 옛 저택에 호케이지(宝戒寺)를 세울 것을 계획하였다. 그 후 전란으로 호케이지 건립은 일시 중단되었지만, 간노의 소란(観応の擾乱, 1350–1352)을 제압하고 바쿠후의 실권을 쥐게 된 다카우지는 엔칸(円観)의 명의상의 개산(開山, 2세 유현惟賢을 실질적인 개산으로 한다)으로 해서 쇼헤이(正平) 8년/분나(文和) 2년(1353년 봄 무렵부터 재개하여, 이듬해 무렵에는 완성시키고 고다이고 천황의 유지를 완수하였다. 또한 다카토키의 어린 아들 호조 도키유키(北条時行)는 나카센다이의 난에서 일시 고다이고 천황에게 반기를 들기는 했지만 훗날 남북조 내란이 시작되자 다카우지가 아닌 고다이고 편에 서기를 바랐고, 고다이고 천황도 이를 허락하여 유력 무장으로 중용되었다.
그렇다고 해서 고다이고 천황에 끝까지 대립을 지속한 무가 씨족에 대해서까지 겐무 정권이 신임을 보낸 것은 아니었다. 예를 들어 셋쓰 씨(摂津氏) ・ 마쓰다 씨(松田氏) ・ 사이토 씨(斎藤氏) 등은 가마쿠라 바쿠후 ・ 로쿠하라 단다이에 대대로 실무 관료를 맡아왔던 씨족으로 능력으로써는 고다이고 천황이 선호할 만한 부류였을 텐데도 호조 씨에 마지막까지 충성을 바쳤으므로 몇 사람의 예외를 제외하고는 겐무 정권 아래서 거의 등용되지 않았다.
겐무의 난 발생 이후에는 이전에는 총애하고 후대했던 타카우지를 「흉도」(凶徒)라고 부르는 등 대결 노선을 명확히 하였다(『阿蘇文書』（『南北朝遺文 九州編一』514号）). 그런 한편으로 기타바타케 지카후사나 지카후사를 신임한 고무라카미 천황이 다카우지가 앞서 고다이고 천황으로부터 이름자 한 자를 하사받았던 사실까지도 다카우지(尊氏)가 아닌 「다카우지」(高氏)라고 부른 것과는 달리 고다이고 천황은 끝까지 그를 「다카우지」(尊氏)라고 부르고 그렇게 표기하였다. 이에 대해 모리 시게아키는 「고다이고의 최소한의 배려였는지도 모른다」고 하였고, 오카노 도모히코(岡野友彦) 또한 다카우지를 철저하게 싫어한 지카후사와는 온도차가 있었고 겐무의 난 발생 후에도 고다이고는 지카후사 정도로까지 다카우지를 적대시하고 있지는 않았던 것 아닐까, 라고 하였다.
조정 의식의 부흥자.
가마쿠라 시대 후기 일본에는 '덕정'(徳政)이라는 사상이 보급되고 악한 정치는 천변지이로도 이어진다고 여겨졌다. 이를 천인상관설(天人相関説)이라고 한다. 위정자들에게는 선정(善政)이 요구되었고, 그렇게 함으로써 천재지변을 막는다는 것이었다. 덕정 가운데서도 중대한 사항이 바로 소송 제도 개혁이었고 그 다음으로 중요하게 여겨진 것이 조의(朝儀) 즉 고대로부터 내려오는 일본 조정의 주요 의례, 의식들을 부흥시키는 것이었다. 조정 의례를 부흥시키는 것 또한 소송 제도 개혁과 마찬가지로 중요한 과제로 여겨지고 있었다. 고다이고 천황은 특히 10세기 다이고(醍醐) ・ 무라카미(村上) 두 천황이 셋칸이나 인세이 같은 특수한 정치적 구조 없이 친정을 행했던 엔기 ・ 덴랴쿠의 치(延喜・天暦の治)를 부흥시키고자 했고, 그 시대를 덕정 ・ 조정 의례의 이상적 모습으로 삼았다. 조정 의식의 부흥자로써 고다이고 천황은 가마쿠라 시대 말기의 세상 사람들로부터 그 치세를 '성대'(聖代)라 추앙받았으며(『後伏見天皇事書』) 남북조 시대에는 북조의 준삼궁(准三宮) 니조 요시모토(二条良基) 역시 고다이고에게 경의를 표하였다.
고다이고 천황은 특히 조정 의식의 연구 방면에서도 유직고실(有職故実)에 정통하였으며 고다이고 자신이 직접 《겐무 연중행사》(建武年中行事)라는 의례 서적을 짓기도 하는 등 조정의 권위를 고양시키고자 하였다. 이 서적은 행사의 기원 등의 일화를 생략하고 언제 어떻게 실행할 것인가 하는 차례가 기록된 실용 서적이었고, 일본의 학자 사카이 노부히코(酒井信彦)는 겐무 신정 하에서의 의례 집행 안내서로써 실천 목적으로 편찬되었던 것이 아닐까 추측하고 있다. 자신이 집행하는 갖가지 정책들을 두고 "(짐이 행하는 일이) 미래의 선례가 될 것이다"(未来の先例たるべし)라고 자부했던 신정 초의 각오와는 대조적으로 《겐무 연중행사》의 서문은 "뭐 '후세의 귀감'이라고 할 만한 것은 아니라고 해도, 어쩌면, 이 시대에는 이런 일도 있었구나 하고, (후세 사람들에게 있어서) 무엇인가 참고가 될지도 모른다."(まあ後世の鑑というほどのものではないにしても、ひょっとしたら、この時代にはこんなことがあったのだなあと、〔後の世の人たちにとって〕何かの参考にはなるかもしれない)라고 서술하고 있다.
《겐무 연중행사》는 궁중에서 높은 평가를 받았다. 무로마치 시대 고하나조노 천황(後花園天皇, 재위 1428년 - 1464년)은 이를 필사하여 주석을 달고, 당시 폐지되어 있던 왕실의 여러 행사들을 이 책을 모방하여 부흥시키도록 아들 고쓰치미카도 천황(後土御門天皇, 재위 1464년 - 1500년)에게 추천하기도 하였다. 훗날 본인이 직접 《고미즈노오인 연중행사》(後水尾院年中行事)를 저술했던 에도 시대의 고미즈노오 천황(後水尾天皇, ) 역시 이 책을 준토쿠 천황(順徳天皇)의 《금비초》(禁秘抄)와 나란히 중시하였으며, 후세에 남을 보감(寶鑑)이라 칭찬하기도 하였다.
또한 고다이고 천황은 겐무 신정 아래서 대궐인 다이다이리(大内裏) 조영을 계획하였는데, 일본의 사학자 가이 겐요(甲斐玄洋)는 이는 단순한 권력 과시뿐만 아니라 '성대(聖代)의 정무의 장'(聖代の政務の場)을 부흥시키는 것으로 덕정을 목표로 한 것은 아니었을까 주장하고 있다. 하지만 그러한 '성대'를 펼치기 위한 장소를 짓는 것은 결과적으로 백성들에 대한 세금 부담으로도 이어지는 것이었다. 구교 ・ 진주후다이쇼군(鎮守府大将軍)이었던 기타바타케 아키이에(北畠顕家)는 엔겐 3년/랴쿠오 원년(1338년)에 올린 유명한 《기타바타케 아키이에 상주문》(北畠顕家上奏文)에서 무거운 세금에 대해 간언하였는데, 이는 일반적으로 다이다이리 조영에 대한 비판도 포함하고 있는 것으로 여겨지고 있다. 일본의 사학자 가메다 도시카즈는 조영 계획 자체는 잘못되었다고 보지는 않지만 겐코의 난을 거쳐온 뒤의 피폐상을 미처 다 회복하지도 못한 시기에 행했다는 점에서는 문제가 있다고 지적했다.
고다이고 천황은 겐무 신정 후기에는 천황 자신의 명령문인 윤지 대신 태정관(太政官, )의 정식 공문서인 태정관부(太政官符)를 많이 발급하였다. 1960년대의 사토 신이치(佐藤進一) 등의 설에서는 고다이고 천황은 '윤지 만능주의'를 선호한 독재 군주였는데 암우한 정책으로 윤지의 권위가 실추하고 그에 따라 독재 체제를 형식상 제한하는 태정관부를 발급할 수밖에 없었던 것이리라고 제창하였으며 이를 고다이고 천황의 '패배'라고 부르며 부정적인 면을 포착하고 있었다. 그러나 2007년 가이 겐료는 가마쿠라 시대의 덕정과 구게 법(公家法)에 관한 20세기 말부터의 연구 진전을 딛고, 대내리 조영이 시기가 연동되어 있는 것까지 감안할 때 태정관부 발급은 오히려 조정 의식의 부흥의 일환으로 보아야 마땅할 것이라고 지적하고, 사토의 설과는 반대로 구게 덕정(公家徳政)을 뜻하고 있던 고다이고 천황의 정치 구상과도 연관되어 있다고 주장하였다.
고다이고 천황은 양통질립 시기(1242년 - 1392년)에 있어서도 특히 선종을 비호한 천황이었다. 고사가 천황에서 고가메야마 천황에 이르는 치세까지 불교 승려에 대한 국사(国師) 칭호 수여는 모두 25회 행해졌으며, 그 가운데 20회가 임제종 선종 승려에 대한 것이었는데, 고다이고 천황은 총 12회의 국사(国師) 칭호를 수여를 행하였고 이 가운데 10회가 임제종에 대한 것으로 단독으로 이 시기의 모든 천황의 선종 흥성 사업의 반수를 점한다.
중세 일본에서 천태종(天台宗)이나 진언종(真言宗)이라는 구세대 불교는 학문 편중 경향이 있었고, 그것도 고귀한 집안에서 태어난 승려만이 요직에 취임하는 것이 가능하였다. 선종이나 율종(律宗)의 승려는 이와는 다른 길을 제창하고 계율을 중시하였기 때문에 신분으로써는 낮았지만 무가나 대중들로부터 높은 인기를 모으고 있었다. 고다이고 천황이 속한 다이카쿠지 왕통 또한 선종에 주목하였는데 가메야마 상황(고다이고 천황의 할아버지)은 교토 난젠지(南禅寺)를 열었고, 고우다 상황(고다이고 천황의 아버지)은 가마쿠라 바쿠후로부터 허가를 받아 난젠지에 가마쿠라 5산(鎌倉五山)에 준하는 사격(寺格)을 인정받았다. 고다이고 천황의 선종 흥성 사업은 그 아버지나 할아버지의 연장인 것이다.
겐토쿠(元徳) 2년(1330년)、원(元)로부터 내방한 승려 민키 소슌(明極楚俊)이 가마쿠라로 가는 길에 민키를 불러서 고쇼에 참내하도록 하였는데, 당시의 천황이 외국인과 직접 대면하는 것은 이례적인 사건이었다. 민키 외에 원의 임제종 승려로써는 세이세쓰 쇼쵸(清拙正澄)도 중용되었다.
고다이고 천황의 아들로써도 알려져 있는 무몬 겐센(無文元選)은 임제종의 고승으로써도 대성하였고, 도토미국(遠江国) 호코지(方広寺)의 개산조(開山祖)가 되어 「성감국사」(聖鑑国師), 「원명대사」(円明大師)라는 시호를 추증받았다.
사학자 가와세 가즈마(川瀬一馬)는 무소 소세키(夢窓疎石)가 난젠지 주지를 고사하였을 때 고다이고 천황이 「불법의 융성하고 그렇지 못하고는 사람을 얻느냐 못 얻느냐에 달려 있다」라는 열의를 가지고 무소 소세키를 설득하였다는 고사를 들고 선종이 가마쿠라 시대에도 멸망하지 않고 그 뒤로도 이어지게 된 것은 이 시기 고다이고 천황의 인선 덕분이었다고, 높이 평가받고 있다. 또한 이후의 무가 사상이나 무가 문화가 선종에 뿌리를 두게 된 것을 생각하면, 이들 분야에 있어서 고다이고 천황의 영향도 적지 않다, 고 하고 있다.
선종국가 구상.
2018년, 일본사 연구자인 호타테 미치히사(保立道久)가 제창한 설에 따르면 고다이고 천황의 선종 정책으로부터 그가 융화 노선을 지향하는 정치가였음을 알 수 있으며, 왕통이 분열되어 양통질립 을 우호적으로 해소하기 위한 수단으로써 선종을 활용하고자 했던 흔적을 볼 수 있다고 하였다. 또한 그 선종 정책은 역사적 의의로써도 가마쿠라 시대 → 겐무 정권 → 무로마치 시대 → 에도 바쿠후(江戸幕府)라는 일본사의 연속성을 찾아볼 수 있으며, 공무(公武)를 초월한 국가 통치의 틀로써 고다이고 천황이 구체적으로 선종을 제시하였기에 그 뒤 메이지 유신에 이르기까지 500년 이상 이어져온 일본의 이른바 '무가 선종 국가'(武家禪宗国家) 체제가 성립될 수 있었던 것이 아닐까, 주장하였다.
원래부터 선종은 어느 쪽이었느냐 하면 고다이고 천황 등 다이가쿠지 혈통이 지지하는 신흥 종교였는데, 지묘인 왕통이라고 해도 예외적으로 가잔 천황(花園天皇)은 선종에 깊이 귀의하여 특히 다이토쿠지(大徳寺)의 슈호 묘쵸(宗峰妙超)를 숭경하였다. 고다이고 천황측도 가잔 천황의 자세에 호의를 품었고 가잔 천황을 따라 다이토쿠지와 슈호 묘쵸를 독실히 공경하였으며 두 천황 모두 다이토쿠지를 기원소(祈願所)로 선정한다. 그 뒤, 고다이고 천황은 가마쿠라 바쿠후를 타도하고 교토로 돌아와서 겐무 신정을 개시한 바로 다음날인 겐코 3년/쇼쿄 2년(1333년) 6월 7일이라는 상당히 단기적인 단계에서 다이토쿠지에 「다이토쿠지 영지의 일은 관령함에 서로 다른 것이 있어서는 안 될 것이다」(大徳寺領事、管領不可有相違者)라는 윤지를 내린다(『大日本古文書 大徳寺文書』67、中御門宣明奉). 이후로도 종종 다이토쿠지는 소유 영지 기진 등을 으레 받았으며, 그 극진함은 진언율종(真言律宗)의 본거지 사이다이지(西大寺)와 나란히 설 정도였다고 한다. 같은 해 8월 24일에는 나아가 고다이고 천황 자신이 직접 쓴 치문(置文)으로 「다이토쿠 선사(大徳禅寺)는 마땅히 본조에 비길 데 없는 선종의 원림(苑林)이라」(大徳禅寺者、宜為本朝無双禅苑), 「문도 제자가 서로 잇는 것은 다른 문주에게는 허락되지 않는다」(門弟相承、不許他門住『大日本古文書 大徳寺文書』1)라 써서 다이토쿠지가 일본 최고의 선사(禅寺)라는 것이 선언되었으며 10월 1일에는 정식으로 윤지를 내려 「5산의 으뜸」(五山之其一, 『大日本古文書 大徳寺文書』14)가 되었다. 이듬해 1월 26일에 고다이고 천황은 난젠지(南禅寺)를 교토 고산(京都五山)의 제일로 정하고, 이틀 뒤인 28일에 다시금 다이토쿠지를 난젠지와 나란히 그 사격(寺格)을 정하고 「남종 단전의 정량」(南宗単伝の浄場なり)이라 칭하였다(『大日本古文書 大徳寺文書』15). 남종 운운한 것은 곧 다이토쿠지가 국가 사원이라 선언한 것으로 해석할 수 있다.
또한 다이토쿠지에 대한 사찰 소유 영지 안도 시기(6월 7일)를 보면, 그것은 실은 지묘인 왕통으로의 왕가 소유 영지 안도의 시기와 같은 날이다. 따라서 호타테에 따르면 이 두 가지는 연동되는 정책이었던 것은 아닐까 해석되고 있다. 특히 주목할 만한 것은 일찍이 가잔 상황이 다이토쿠지의 슈호 묘쵸에게 기진하고 있던 무로마치인(室町院) 소유 영지 「도모노 장(伴野床) ・ 가쓰니시 미하야(葛西御厨)」의 안도에 대해서는 가잔 천황으로부터의 다이토쿠지로의 기진을 고후시미 상황(後伏見上皇)에게 확인시킨다, 라는 번접한 수속을 밟아서 행한 것이었다(『鎌倉遺文』32242・『大日本古文書 大徳寺文書』30). 이 조치에 의해 다이토쿠지가 다시금 다이가쿠지 왕통과 지묘인 왕통 양측으로부터 숭경을 받는 형식이 되는 것이다. 무로마치인 소유의 영지는 원래부터 다이카쿠지 왕통 ・ 지묘인 왕통이라는 천황가 내부의 분쟁의 불씨가 되고 있던 장원들이었으므로 이들이 다이토쿠지라는 종교적 ・ 중립적인 조직에 붙여진 것에 대한 의미는 크다.。즉 고다이고 천황은 지묘인 왕통과의 융화 노선을 목표로 구게일통(公家一統)의 상징으로써 다이토쿠지를 전면에 세우고 있었던 것은 아닐까, 라고 하였다.
그것도 고다이고 천황은 「본조에 비길 데 없는 선종의 원림」, 「5산의 으뜸」이라는 그저 그럴싸한 명목으로 다이토쿠지를 장식하였던 것뿐만 아니라, 실제의 사찰 조영이나 사찰 부지 확보에 있어서도 다른 불교 종파와의 분쟁을 야기하지 않도록 세심하게 부심한 흔적이 엿보이는데 예를 들면 고다이고 천황이 겐무 신정 시기에 다이토쿠지에 제공한 사찰 권역은 천태종(天台宗) 사찰인 엔류인(円融院) ・ 가지이몬제키(梶井門跡) 수준에 달하는 것이었다. 여기서 당시의 가지이 몬제키를 관령하고 있던 것은 고다이고 천황의 아들로 천태좌주(天台座主)였던 소초 법친왕(尊澄法親王), 훗날 (모리요시 친왕이 그토록 바랐던 지위인) 세이이타이쇼군으로 임명되는 무네요시 친왕(宗良親王)이었다. 소초 법친왕(무네요시 친왕)은 겐코의 난 이전, 자신과 관련이 있는 선지사(善持寺)라는 사원의 토지가 개당된지 얼마되지 않은 다이토쿠지로 유입되어 버린 것에 대한 건을 흔쾌히 승낙하기도 하는 등(『大日本古文書 大徳寺文書』1-168)、천태종 사찰인 엔랴쿠지(延暦寺) 최고의 지위에 있었던 승려이면서 선종에도 이해가 있는 인물이었다. 이와 같이 수도 교토에 새로이 대규모의 선종 사원을 짓고 확대시킴으로써 자신의 인맥에 의해 가장 강한 장애물로 여겨지고 있던 불교계의 구세력 천태종과의 알력을 일으키지 않으려는 의도가 있었다. 이후 고다이고의 융화적인 자세는 겐무 정권 시기 내내 일관된 것이었다고 보이며, 겐무 원년(1334년) 10월 20일 윤지에서 다시금 부지 확인이 행해졌다(『大日本古文書 大徳寺文書』50).
물론 그 뒤의 겐무의 난으로 겐무 정권이 붕괴해버렸기 때문에 결과론으로만 본다면 고다이고 천황의 유화 계획이었을 다이토쿠지를 통한 구게 일통(公家一統) 그 자체는 성공하지 못하였다. 그렇다고 해도 역사적인 의의가 없다고 할 수는 없으며, 어쩌면 거꾸로 고다이고 천황의 선종 정책은 그 뒤의 일본의 역사에 결정적인 영향을 주었다.
송학(신유학)은 종종, 원래는 송학 가운데 하나에 지나지 않는 주자학(朱子学)과 동일한 것으로 오해되는 경우가 많았는데, 그것은 사실이 아니며 이 시대의 송학은 선종과는 뗄 수 없는 일체적인 것이었다. 가마쿠라 시대, 일본이 몽골 제국의 위협에 노출되자, 공무(公武)의 각 유식자는 그때까지의 민족주의를 버리고 일본의 근대화를 도모하였으며 송학과 선종이 일체화된 사상을 남송의 선종 승려였던 부쥰 시한(無準師範)의 문하나 남송으로부터 일본으로 건너온 승려 란케이 도류(蘭渓道隆)를 통해 배웠다. 이 시점에서는 선종 ・ 송학은 여러 세력들에 의해 제각기 배우던 것에 지나지 않았는데, 고다이고 천황에 의해 처음으로 선종국가라는 하나의 그림이 구체적으로 제시되었으며, 국가 통합의 상징으로써 사용되었던 것으로 그 뒤의 융성이 보증되게 되었던 것이다. 호타테에 따르면 고다이고 천황의 초상화가 율종의 사이다이지 출신의 몬칸과 선종의 다이토쿠지에 의해 소장되었던 점이 그 단적인 상징은 아닐까, 라고 하였다.
고다이고 천황의 정책은 겐무 정권 붕괴 이후에도 아시카가 정권에 의해 무가 선종 국가로써 발전적으로 이어지게 된다. 아시카가 다카우지 ・ 다다요시 형제에 의해 고다이고 천황의 명복을 빌기 위해 덴류지(天龍寺)가 창건된 것은 너무도 유명한 것으로, 3대 쇼군 아시카가 요시미쓰(足利義満) 또한 、고다이고 천황에 의해 재각이 발굴된 선종 승려 무소 소세키를 명목상의 개산으로 삼고 쇼고쿠지(相国寺)를 건립하고 있다. 이에 의해 아시카가 씨 정권이 선종 ・ 유학을 국가의 이념으로 위치시키고 그것도 선종 사원이 종교상 뿐만 아니라 경제적 ・ 사회적으로도 큰 역할을 맡게 된 것은 겐무 정권로부터의 연속성을 부정할 수 없다. 그 뒤 무가 선종 국가는 에도 바쿠후가 붕괴되기까지 500년 이상 이어지게 되는데, 「선종은 무가의 것」이라는 인식은 에도 바쿠후가 선종을 심화시키는 것을 과거소급적으로 적용시킨 이해에 지나지 않으며, 실제로는 공무를 초월한 국가적인 사업에 선종을 다룬 고다이고 천황이야말로 무가 선종 국가의 성립을 열어젖힌 인물이었다고 말할 수 있지 않을까, 라고 하였다.
율종.
닌쇼는 빈민이나 한센병 환자, 히닌(非人)이라 불리던 피차별대상자들에 대한 구제에 생애를 바친 율승(律僧)이었다. 고후시미 천황(後伏見天皇)이 에이손에게 「흥정보살」(興正菩薩)의 시호를 내린 것이 쇼안(正安) 2년(1300년) 윤7월 3일의 일로, 율승이 시호를 추증받은 것은 그로부터 약 28년 만의 일이자 동시에 닌쇼의 입멸로부터도 25년이 지난 때의 일이었다.
고다이고 천황은 또한 명예직을 추증하는 것뿐 아니라 일본 각지 율종의 민중 구제 사업에 대한 지원도 보였다. 예를 들어 동부 하리마(播磨, 효고현 동부)에서는 가코 강(加古川) 수계의 고가이 용수(五ヶ井用水)에 대해 중세에 몇 번에 걸쳐 대규모 치수 사업이 이루어졌는데 그 결과 700헥타르의 논에 물을 댈 수 있는 대형 용수 시설이기도 했고, 가고가와 오제키(加古川大堰)라 불리는 대규모 방죽이 1989년 완성되기까지 지역의 부를 만들어내는 심장부가 되었다고 알려져 있다. 일본의 역사학자 가네코 데쓰(金子哲)는 당대의 기록들을 조사하여 이 사업은 당시 겨우 20대 후반에서 30대 정도였던 몬칸에 의해 개시된 것이 아니었을까라는 주장을 내놓았다. 그리고 같은 시기 그 지역에 몬칸에 의해 세워졌던 석탑들이 다이카쿠지 통(大覚寺統)의 세력 범위 내에 있어 「금륜성왕」(金輪聖王, 천황) 운운하는 명문이 새겨져 있는 것에서 이러한 사업들은 고우다 상황(後宇多上皇, 고다이고 천황의 아버지)이나 당시 황태자(皇太子)의 신분이었던 다카하루 친왕(즉 고다이고 본인)으로부터의 지원이 있었던 것은 아닐까, 라고 추측하였다.
신도가.
신도가(神道家)로써도 고다이고 천황은 다이카쿠지 왕통의 관례를 따라 당시 거의 방폐되어 있던 이세 신궁(伊勢神宮)을 보호하고 외궁(外宮)의 와타라이 이에유키(度会家行)으로부터 이세 신토(伊勢神道)를 배웠다. 그 인연으로 고다이고 천황의 제일 측근으로 일본 중세 최대의 사상가이자 역사가이기도 했던 기타바타케 지카후사도 이세 신토의 사상을 받아들여 자신의 명저 『신황정통기』 등에 표현하는 등, 일본의 철학, 역사학에 대한 사상적 영향은 컸다.
이세 신궁은 고대 일본에서는 특수한 지위를 쌓고 있었는데, 율령제 붕괴나 하치만 궁(八幡宮) ・ 구마노 신사(熊野神社)의 대두로 중세에는 그 권세를 잃고 있었다. 이에 외궁의 와타라이 씨는 이세 신궁의 독자성을 지키고자 독특한 신도관을 형성하였다. 그런데 고후카쿠사 천황을 비롯하여 지묘인 왕통의 일본 군주들은 사이오(斎王) 제도를 무시했기에 이세 신궁은 곧 타격을 입었고 천황가와의 연줄도 잃게 되었다. 이러한 가운데 다이카쿠지 왕통의 일본 군주들은 되도록 사이오를 보내는 제도를 존중하였으므로 와타라이 씨 입장에서도 그에 대한 보답으로 비전(秘伝)으로 내려오던 이세 신토의 서적들을 바치기도 하였다. 일본의 사학자 오카노 도모히코(岡野友彦)에 따르면 「신본부쓰쟈쿠」(神本仏迹, しんぽんぶつじゃく) 즉 일본 신토의 전통 신들이 실은 부처가 중생을 구제하고자 신의 모습을 빌려 나타난 것이라는 사상인 본지수적(本地垂迹)과는 반대로 일본의 전통 신들이 그 본체이고 부처가 그 신들의 화신이라고 하는, 이세 신토 고유의 독특한 신도 우위주의가 가마쿠라 바쿠후로부터 자립하고자 하는 경향이 있던 다이카쿠지 왕통의 사상과 상통하였던 것은 아닐까, 하는 견해를 제시하였다.
와타라이 씨는 겐코(元弘) 2년/쇼쿄(正慶) 원년(1332년)까지 고우다 천황 즉 고다이고 자신의 아버지와 고다이고 본인에게, 와타라이 이에유키가 편찬한 『류취신기본원』(類聚神祇本源)을 헌상하였고, 부자 모두 이 책을 몸소 열람하였다. 또한 고다이고 천황은 다이카쿠지 왕통의 관습대로 겐토쿠 2년(1330년)에 중궁(中宮) 사이온지 기시(西園寺禧子)와의 사이에서 태어난 딸 겐시 내친왕(懽子内親王)을 이세 신궁의 사이오로 보쿠죠(卜定, ぼくじょう: 지명)하였는데 이 직후에 고다이고 천황은 가마쿠라 바쿠후 전복을 꾀하다 오키(隠岐)로 유배되었고(겐코의 난) 실제로 겐시 내친왕이 이세에 오는 일은 없었다. 겐코 3년(1333년) 가마쿠라 바쿠후를 타도하고 겐무 신정을 시작한 고다이고 천황은 총비 아노 렌시(阿野廉子)와의 사이에서 둔 딸 쇼시 내친왕(祥子内親王)을 이세 신궁의 사이오로 다시금 복정하였으나, 몇 년 뒤에 겐무의 난(建武の乱)으로 겐무 정권이 붕괴되어 버려서 결국 쇼시 내친왕은 일본 역사상 마지막 사이오가 되고 말았다.
그뒤 엔겐(延元) 원년/겐무 3년(1336년) 10월 10일 고다이고 천황의 측근이었던 기타바타케 지카후사가 무네요시 친왕(宗良親王)을 받들고 이세 국으로 내려갔는데 이때 지카후사가 의지한 인물이 앞서 고다이고 천황과의 연줄이 있었던 와타라이 이에유키였다. 그곳에서 지카후사는 이에유키로부터 처음으로 이세 신토를 배웠고 특히 이세 신토의 여러 서적들의 개요를 편집하여 성립한 『류취신기본원』에 흥미를 보여 손수 필사하기 시작하여 엔겐 2년/겐무 4년(1337년) 7월 이후에 그 필사를 마쳤다. 그 뒤의 지카후사의 저작들, 특히 『신황정통기』, 『원원집』(元々集)에는 이세 신토로부터의 영향이 짙게 보이고 있다.
한편 이세 신궁의 모두가 남조에 협력한 것은 아니었고, 그 중에 북조의 편에 선 신주(神主)도 있었다. 이는 신궁 내부의 파벌 싸움과도 관련이 있는 것으로 보이는데, 상세한 것은 알 수 없으나 고다이고 천황과 이세 신궁의 관계는 2010년대 시점에서도 연구가 다 된 것은 아니다.
서예가.
서예가로써는 화풍(和風)이라는 고유 일본 양식에 중국의 송풍(宋風)으로부터 파생된 선종양(禅宗様) 양식을 더해, 「신한양」(宸翰様, しんかんよう)이라 불리는 서예풍을 확립하였고(신한宸翰은 어필을 가리킨다) 새로운 기풍을 당시 일본 서도계에 가져왔다. 서예사 연구자 자이쓰 나가쓰기(財津永次)에 따르면 고다이고 천황은 북송(北宋)의 문인으로 「송사대가」(宋四大家)의 한 사람인 황정견(黄庭堅)의 서풍을 임제선(臨済禅)의 고승 슈호 묘초(宗峰妙超, 대등국사大燈国師)를 통해 습득한 것으로 보인다. 자이쓰는 고다이고 천황의 서예 작품을 「패기가 넘치는 것으로 이름 높다」(覇気横溢した書として名高い)고 평하였다. 또한 고필(古筆) 연구가 고마쓰 시게미(小松茂美)는 고다이고 천황을 일본 역사상 가장 이름 높았던 명필 군주로써 후시미 천황(伏見天皇)에도 버금간다고 평하였고, 「힘이 넘치고 패기가 흐르는 글씨」(力に満ちた覇気あふれる書)를 남겼다고 평가한다.
고다이고 천황의 글씨 작품은 1951년부터 1955년에 걸쳐 『後醍醐天皇宸翰天長印信（蠟牋）』、『後醍醐天皇宸翰御置文〈／元弘三年八月廿四日〉』、『四天王寺縁起〈後醍醐天皇宸翰本〉』、『三朝宸翰』 （後醍醐天皇의 宸翰 소식 10통을 포함) 이렇게 네 건이 일본의 국보로 지정되었다.
당시에는 고다이고 천황에 그치지 않고 남북조 모두 천황들이 다투어 글씨를 연찬하였기에 이 시기 여러 군주들의 어필은 사료로써 뿐만 아니라 서예 예술 작품으로써도 중요하다. 그런 한편으로 가쿠이 히로시(角井博)에 따르면 신한양은 서풍 그 자체의 예술적 가치라는 측면에서는 평가가 높지만 화양(和様) 즉 일본 양식의 서도의 일부라는 측면에서 보아 후세의 서도에 준 영향이라는 측면에서는 특기할 만한 것이 없다고 평하였다.。
가인.
니조파 진흥.
고다이고 천황은 와카에도 조예가 깊었다. 『신후찬화가집』(新後撰和歌集)에서 《신후찬습유화가집》(新後拾遺和歌集)에 이르는 일곱 종의 칙찬(勅撰) 와카 모음집에 고다이고 천황의 와카가 많이 실려 있다.. 이 칙찬 와카 모음집 가운데 제16에 해당하는 『속후습유화가집』(続後拾遺和歌集, 가랴쿠 원년(1326년) 6월 9일 返納)은 고다이고 천황이 니조 다메사다(二条為定)를 찬자로 하여 칙선(勅撰)한 것이다. 고다이고 천황 자신의 아들로 남조 세이이타이쇼군 무네요시 친왕(宗良親王)이 찬자였던 남조의 준칙선(准勅撰) 와카 모음집 《신엽화가집》(新葉和歌集)에도 또한 고다이고 천황의 와카가 실려 있고 무네요시 친왕 개인 가집(家集)인 『이화집』(李花集)에는 내면의 심경을 토로한 와카가 실려 있다. 남조뿐만 아니라 무로마치 바쿠후의 초대 쇼군 아시카가 타카우지의 집주(執奏)인 북조의 칙선 와카 모음집 《신천재화가집》(新千載和歌集)에도 24수가 실려 있는데 이는 니조 다메요(二条為世) ・ 니조 다메사다 ・ 후시미인(伏見院) ・ 고우다인(後宇多院) ・ 니조 다메우지(二条為氏)에 이어 여섯 번째로 많은 것이다. 무가의 수장이자 그 자신도 뛰어난 가인이기도 했던 타카우지는 고다이고 천황을 조상하는 공양 원문에서 「素盞嗚尊之詠、伝我朝風俗之往策」라고 하여 고다이고 천황의 와카 재능을 두고 가신(歌神) 즉 노래의 신이라 일컬어졌던 스사노오노 미코토(素盞嗚尊)에 비유하였으며, 그 읊은 와카는 옛 일본의 가풍(歌風)을 재현한 듯한 고아한 것이었다고 평하고 있다.
고다이고 천황은 당시 일본 상류 계급에 있어 정통 문예였던 와카를 비호한 유력한 후원자로 보이는데, 《마스카가미》 제13 「秋のみ山」에도 「당대(고다이고 천황) 또한 시키시마의 도(敷島の道, 일본 고래로부터 내려오는 와카의 도) 중히 여기시오니」(当代もまた敷島の道もてなさせ給)라고 칭송한다. 한편 가마쿠라 시대 중기의 비구니로 여류 가인이었던 아후쓰니(阿仏尼, 1222? - 1283)의 《십육야 일기》(十六夜日記)에 「야마토(일본)의 노래의 도(道)란 (중략) 세상을 다스리고 만물을 화합케 하는 한 수단이라」(やまとの歌の道は ... 世を治め、物を和らぐるなかだち)라고 하고 있듯이 이 당시 일본에서 와카는 단순한 문예가 아니라 자신의 의지를 표현하여 통치를 원활하게 하는 강력한 정치 도구이기도 했던 것으로 여겨진다.
일본 가학(歌学)에서의 업적으로 당시 지묘인 왕통 파벌이던 교고쿠파(京極派)에 밀리고 있던 니조파(二条派)를 다이카쿠지 왕통의 군주로써 부흥시켰다.. 앞에서 언급한 『속후습유화가집』의 찬자로 니조파의 다메사다를 채용한 것이 그 예이다. 후지와라 북가(藤原北家)의 御子左流는 헤이안 말기에서 가마쿠라 초기에 걸쳐 활약하며 「가성」(歌聖)이라고까지 불렸던 후지와라노 데이카(藤原定家) 등을 배출한 일본 가학의 가계이지만, 당시 일본 가단은 御子左流 적류로써 정치적으로는 다이카쿠지 왕통을 지지하던 니조 집안의 니조파와 그 서류로써 정치적으로는 지묘인 왕통을 지지하던 교고쿠파로 양분되어 있었다(여기에 가마쿠라 바쿠후와 친했던 레이제이파冷泉派를 더하기도 한다). 고다이고 천황의 가풍(歌風)으로써는 니조파는 전통을 따르되 알기 쉽고 명료하게 짓는 것을 중시했고 교고쿠파는 신선함과 참신함을 중시했다는 차이가 있다.. 일본의 문학연구자 이노우에 무네오(井上宗雄) 및 일본사 연구자 모리 시게아키에 따르면 유학을 중시했던 고다이고 천황은 니조파 중에서도 니조파의 당주였으나 고의(古儀)에 소홀한 니조 다메요보다도 그 차남으로 유학적 색채가 짙었던 니조 다메후지(二条為藤)의 와카를 좋아하였다고 한다. 그 논거로 『하나조노 천황 신기』(花園天皇宸記) 겐코(元亨) 4년(1324년) 7월 26일조 이서(裏書)에 다메후지의 평전 기사에 대해 「주상께서는 유교의 의리를 가지고 추량하시어 가도(歌道)의 본의를 아셨다」(主上, 儒教の義理をもつて, 推して歌道の本意を知る)라고 쓴 것이 거론된다. 모리 시게아키에 따르면 고다이고 천황은 가학의 교양을 니조파에서만 얻지 않고 그 반대 방향으로 고다이고 천황으로부터 다메후지나 그 조카인 다메사다의 가풍에도 큰 영향을 끼쳤으며, 니조파에 유학적인 풍조를 도입했다고 하였다.
또한 고다이고 천황은 혼맥으로도 미코히다리 류(御子左流) 니조 집안을 우대하였고 다메요의 딸(다메사다의 숙모)로 「가성」 후지와라노 데이카의 증손녀에 해당하는 니조 다메코(二条為子)를 측실로 맞이하기도 하였다.. 니조 다메코와의 사이에서 타카요시 친왕(尊良親王) 및 훗날 니조파 최대의 가인의 한 사람으로써 남조 가단의 중심 인물이었던 무네요시 친왕 두 사람을 얻었다. 『마스카가미』에는 고다이고 천황과 다메코는 사이가 돈독한 부부였던 것으로 그려져 있다.
또한 니조 다메미치(二条為道)의 딸인 후지코(藤子)와의 사이에서 얻은 아들인 가네요시 친왕(懐良親王)도 규슈에서 정서부(征西府)를 열고 정서장군궁(征西将軍宮)이라고 불리며 규슈 지역에서 남조 세력을 부식하고 세력을 넓혔으며, 그 와중에 와카를 짓기도 하였다. 가네요시 친왕의 와카는 두 수의 와카밖에 남아 있지 않지만 일본의 사학자 모리 시게아키는 어머니 니조 후지코의 뛰어난 가재(歌才)로 보건대 실제로는 가네요시 친왕도 와카에 재능이 있어 많은 노래를 지었을 것으로 추측하고 있다.
아시카가 타카우지 발굴.
고다이고 천황이 칙찬을 명한 《신후습유화가집》에서 발탁된 무가 가인(武家歌人)으로 당시에는 아직 「高氏」라는 이름을 쓰고 있었던 젊은 날의 아시카가 타카우지도 끼어 있었다. 타카우지는 앞서 『속천재화가집』 칙선 때에도 니조 집안에 와카를 보냈었는데, 그때는 불합격되어 입선되지 못했고 보냈던 와카도 돌려보내졌다. 거기서 고다이고 천황의 시대가 되어 「かきすつるもくづなりとも此度は かへらでとまれ和歌の浦波」라고 읊은 와카를 보냈을 때는 니조 다메사다의 눈에 들어 채용되었다. 그 와카의 대체적인 뜻은 이러했다. "어차피 내 노래가 이번에도 기이 국 와카노우라에서 긁어 모아다 버릴 녹말 같은 다 써 버린 종이 조각이라 와카노우라 파도처럼 돌아오겠지만, 부디 이번에야말로 반환되지 않고 뽑혔으면 합니다."
한편 사학자 모리 시게아키는 《신후습유화가집》 사계부(四季部)가 주람(奏覧)되었던 쇼추 2년(1325년)이라는 시기에 주목하여 이는 쇼추의 변에서 고다이고 천황의 가마쿠라 바쿠후 전복 계획이 발각되고 천황 자신의 측근이라 할 인물들을 많이 잃었던 이듬해에 해당하며, 타카우지의 와카가 채용된 것은 고다이고 천황의 입장에서 자신의 눈에 들고자 하는 무사들에게 은혜를 베풀어 조금이라도 반막 세력을 늘리려는 정치적 의도가 있었던 것이 아닌가 추측하고 있다. 또한 타카우지 입장에서도 정치적인 의도는 아직 고다이고만큼 강하지는 않았더라도 니조 가문의 배후에 있는 고다이고 천황에게 접근하고 싶다는 생각이 있었기에 양자의 이해가 일치한 결과로 타카우지의 와카가 채택된 것이 아닐까 추측하고 있다. 하지만 2000년대 후반 이후 가와치 쇼스케(河内祥輔) 등에 의해 쇼추의 변 시점에서는 고다이고 천황이 바쿠후를 쓰러뜨릴 생각을 하고 있지 않았으며, 정말 무고였다는 설도 제기되고 있다. 자세한 것은 해당 항목 참조.
어쨌든 타카우지가 고다이고 천황으로부터 받은 영향은 단순히 정치적인 것에 그치지 않았고, 가학상으로도 타카우지는 고다이고 천황의 의지를 이어받아 니조파를 진흥시켰다. 남북조 내란이 일어나고 아시카가 씨 내부의 실권이 타카우지의 동생인 아시카가 다다요시에게로 넘어간 뒤 북조(지묘인 왕통)에서 최초로 칙찬된 고곤 천황(光厳天皇)의 『풍아화가집』(風雅和歌集)은 교고쿠파가 바친 것으로 일시적으로 니조파는 쇠퇴하였다. 그러나 간노의 소란(観応の擾乱)에서 다다요시에게 승리하고 쇼군 친정을 시작한 타카우지는 바쿠후 ・ 북조 안정책의 일환으로써 북조의 고코곤 천황(後光厳天皇)에게 『신천재화가집』을 집주했다. 여기서 타카우지는 자신이 처음으로 입선한 『속후습유화가집』의 찬자 니조 다메사다를 다시금 찬자로 추천했다. 나아가 고셋케(五摂家)의 하나인 구조 류(九条流) 니조 가의 당주로 렌카(連歌)의 대성자로도 알려져 있는 니조 요시모토(二条良基, 이제까지 등장한 미코히다리 류 니조 가와는 별개의 가계)는 유직고실 연구자로써의 고다이고 천황을 존경하고 있었던 인물로 왕통 지지의 입장은 교고쿠파였을 고코곤 천황에게도 고다이고 천황계의 니조파를 배우도록 설득했고 고코곤 천황도 이에 납득해 니조파로 돌아섰다.
이렇게 타카우지 ・ 요시모토의 노력으로 『신천재화가집』의 찬자로는 다시금 니조파의 다메사다가 복귀하게 되었다.
고다이고 천황의 니조파는 최종적으로 교고쿠파에 승리했고, 교고쿠파는 남북조 시대 중기에 소멸해 버렸지만, 니조파는 살아남아 근세인 에도 시대까지 그 명맥을 유지하였다. 그 저명한 전승자로써는 남조의 무네요시 친왕이나 북조의 둔아(頓阿) ・ 겐코 법사(兼好法師), 무로마치 후기의 종기(宗祇) ・ 산조니시 사네타카(三条西実隆), 센고쿠 시대(戦国時代)의 산조니시 긴에타(三条西公条) ・ 산조니시 사네키(三条西実枝) ・ 호소카와 유사이(細川幽斎) 등이 있다. 유사이의 문하에서 도모히토 친왕(智仁親王) ・ 나카노인 미치카쓰(中院通勝) 등의 도소파(堂上派)와 마쓰나가 데이토쿠(松永貞徳) 등의 지하파(地下派)로 나뉘어 에도 시대까지 이어졌고 에도 시대 중후기에는 지하파 가가와 가게모토(香川景柄, 1745–1821)의 양자가 되었던 가가와 가게키(香川景樹, 1768–1843)가 고금전수의 권위주의를 비판하고 니조파를 발전적으로 해소하여 그 후계로써 실천을 거듭하고 게이인파(桂園派)를 새롭게 창시하였다. 메이지 시대인 1888년(메이지 21년)에 일본 궁내성 산하 어가소(御歌所)의 초대 소장이 된 게이엔파의 다카사키 마사카제(高崎正風) 등이 어가소파(御歌所派)를 형성하였고, 1946년에 어가소가 폐지될 때까지 존속하였다.
문학인으로써.
문인으로써의 고다이고 천황의 업적으로는 무라사키 시키부(紫式部)의 소설 『겐지 이야기』(源氏物語, 11세기 초두)에 대한 연구가 있다. 고다이고 천황은 『데이카본 겐지 이야기』(定家本源氏物語)나 가와치가타(河内方)의 『겐지 이야기』에 대한 주석서 『수원초』(水原抄)를 읽고 그 여백에 자신의 견해를 써 두었다. 또한 요쓰쓰지 요시나리(四辻善成, 1326~1402)의 『겐지 이야기』 주석서 『하해초』(河海抄, 1360년대)의 서문에 따르면 고다이고 천황은 얼마 되지 않았을 무렵 『겐지 이야기』 강연을 개최하여 자신의 설을 전개하였고, 요시나리의 스승으로 이를 청강했던 의사 겸 가인(歌人)인 단바 다다모리(丹波忠守)와도 의기투합하여 그 문하에 들어가기도 하였다고 한다. 나아가『원중최비초』(原中最秘抄, 1364년)에 따르면 겐무 신정 초기 공무 와중에도 틈을 내어 가와치가타의 연구자인 행아(行阿)에게 명하여 『가와치본 겐지 이야기』(河内本源氏物語)를 바치게 하였으며, 『겐지 이야기』의 등장인물의 계도를 고다이고 천황 자신이 직접 작성한다던가, 몹시 바쁜 시기에도 『겐지 이야기』 연구를 게을리 하지 않았다고 한다. 고다이고 천황의 연구 성과는 그의 적손인 조케이 천황(長慶天皇)에게 직접 계승되어 조케이 천황 자신이 『겐지 이야기』의 주석서 『선원초』(仙源抄)를 쓰기도 하였다.
한편 고다이고 천황의 제제자(弟弟子)에 해당하는 요쓰쓰지 요시나리의 『하해초』는 그때까지의 『겐지 이야기』의 기존 연구를 열거 ・ 검토한 집대성적인 연구서인데, 이제까지의 연구에서는 보이지 않는 특징으로 『겐지 이야기』의 「엔기 덴랴쿠 준거설」(延喜天暦準拠説)을 주장하였다는 것이 알려져 있다. 즉 『겐지 이야기』의 등장 인물인 호리쓰보 임금(桐壺帝) ・ 스자쿠 임금(朱雀帝) ・ 레이제이 임금(冷泉帝)을 각각 실존 인물인 다이고 천황(醍醐天皇) ・ 스자쿠 천황(朱雀天皇) ・ 무라카미 천황(村上天皇)에 비정하고, 『겐지 이야기』는 「엔기 ・ 덴랴쿠의 치」(延喜・天暦の治)를 답습하여 그린 것이라고 해석하는 것이다.
그리고 일본의 문학 연구자 가토 료스케(加藤洋介)의 논설에 따르면 「『겐지 이야기』 엔기 덴랴쿠 준거설」은 요쓰쓰지 요시나리의 독창적인 설이 아니라 실은 고다이고 천황에 의해 고안되어 나온 것이 아닌가, 라고 하였으며 그 논거로 다음과 같이 제시하였다.
그리고 고다이고 천황이 고안한 「『겐지 이야기』 엔기 덴랴쿠 준거설」은 스승 단바 다다모리를 매개로 요쓰쓰지 요시나리에게 전해졌던 것이 아닐까, 라는 것이다. 또한 고다이고 천황에게 있어 『겐지 이야기』 연구란 단순한 취미가 아니라 왕권을 회복하기 위한 사업의 일부이며, 따라서 그 의지를 이어받은 요시나리의 『하해초』도 문학적인 지견뿐만 아니라 겐무 정권의 성질을 이해하지 않고는 읽어낼 수는 없는 것이 아닌가 하고 생각하고 있다.
이상과 같은 가토의 논설은 일본의 역사 연구자 모리 시게아키(森茂暁)도 「수긍이 가는 의견」이라는 찬동을 받았다.
음악인으로써.
고다이고 천황은 다이카쿠지 왕통의 천황 ・ 황족 사이에서 습득을 필요로 했던 피리를 구리다구치 쓰구후사(粟田口嗣房)에게서, 쓰구후사 사망 뒤에는 그 종형제인 후지이 쓰구자네(藤井嗣実)에게서 습득하였고, 또한 비곡(秘曲)에 관해서는 지하악인(地下楽人)인 오카미 가게미쓰(大神景光)로부터 습득한 것으로 보인다. 특히 「나릉왕」(羅陵王)이라는 무악곡(舞楽曲)의 일부로 비곡으로써 알려진 「황서」(荒序)라는 곡을 애호하여 으레 이 곡을 연주하기도 하였다. 이 곡은 평시에는 태평을 축수하고, 비상시에는 승리를 호령하는 곡으로 알려져 있으며 원구(元寇) 즉 몽골의 일본 원정 때에도 일본의 궁정에서 으레 연주되었다고 전하고 있다. 때문에 「황서」와 바쿠후 타도를 관련짓는 설도 있을 정도이다.
또한 고다이고 천황은 지묘인 왕통의 천황 ・ 황족 사이에서 습득을 필요로 했던 비파의 습득에도 적극적이어서 사이온지 사네카네(西園寺実兼)에게 간원하여 분포(文保) 3년(1319년) 1월 10일에는 비곡 자존만추악(慈尊万秋楽)과 양진조(揚真操)를, 겐코(元亨) 원년(1321년) 6월 15일에는 같은 비곡 석상유천(石上流泉)과 상원석상유천(上原石上流泉)을 전수받았으며, 이듬해인 겐코 2년(1322년) 5월 26일에는 비곡인 탁목(啄木)을 사네카네가 바친 보면을 토대로 이마데가와 가네스에(今出川兼季)에게 전수받았다(사네자네의 병으로 그의 아들인 가네스에가 대리로 가르쳤다).
여기서 군주가 비곡 전수에 사용한 비파는 일본 왕실 대대로 전해오던 명기(名器) 「겐조」(玄上)였다. 가레키(嘉暦) 3년(1328년) 2월 16일에는 지묘인 왕통 안에서도 천황 외에는 전수받은 일이 없었다고 알려진 「탁목」의 보외구전(譜外口伝) 전수를 가네스에로부터 받았다. 어명인 이상 가네스에도 거절할 방법이 없기도 했고, 그러한 사정을 전해 들은 지묘인 왕통측으로써는 자신들의 계통을 상징하는 비전이 경쟁자인 다이카쿠지 왕통의 천황에게 알려졌다는 것에 충격을 받았다. 지묘인 왕통의 고후시미 상황(後伏見上皇)은 자신의 일기에서 지묘인 왕통이 지켜온 비곡의 도가 금상(今上, )에게 가로채이고 말았다고 한탄하였다.