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1945년 12월 1일 조소앙, 홍진 등 임정 환국 제2진이 전라도 군산비행장에 도착 후 서울에 도착하였다. 이날 오후 1시 서울운동장에서 열린 임시정부봉영회(臨時政府奉迎會)에 참석했다. 윤보선의 사회로 시작되어 오세창의 개회사, 이인의 봉영문 낭독, 권동진의 만세삼창이 이어진 뒤 봉영문은 권동진, 김성수, 이인을 통해 김구에게 전달되었다. 조선국민학교생도를 선두로 기행렬에 옮기어 행렬은 오후 2시 20분경 안국정 네거리에 이르러 조선생명보험회사 2층에서 축하를 받는 김구를 중심으로 좌우에 이승만, 이시영, 김규식, 류동렬 등 앞에서 "대한임시정부 만세, 김구 만세, 이승만 만세"를 부르고 경성역 앞에 이르러 해산하였다.
1945년 12월 1일 돈암장의 이승만으로부터 초대받았다. 김구와 김규식은 이승만의 초대를 받고 12월 2일 돈암장을 방문, 2시간 동안 회담하였다. 12월 9일 윤치호의 장례식에 참석하였다.
삼청장에 기거하며 이시영, 조소앙, 류동렬 등과 함께 경교장을 수시로 방문하였다. 귀국 직후 인사차 임정을 방문한 여운형을 만났으나, 뒤이어 여운형이 경비원에게 끌려가 몸수색을 당하고 다시 들여보내지는 것을 목격했으나 이를 말리지 않았다.
12월 경교장 임정 요인을 찾아온 청년 중 윤판석이 자신의 손가락을 깨물어 혈서를 썼다. 그러자 김규식은 "일본 놈한테 배웠구먼, 왜놈들한테 배웠다...여보게 청년들 그런 짓은 하지 말게." 하며 만류하였다.
모스크바 3상회의 이후 (1945~1946).
1945년 12월 28일 모스크바 삼국 외상 회의(3상회의) 결과 미소공동위원회를 통해 미·소·영·중 4개국에 의한 5년간의 신탁통치를 협의하게 됐다는 사실이 알려리자 김구 등 임정 측은 오후 4시 긴급 국무위원회의를 열고 각 정당, 종교단체, 언론기관 대표들을 초청하여 비상대책회의를 개최한 끝에 신탁통치반대국민총동원위원회 구성을 결의하였다. 김규식은 김구, 조소앙, 김원봉, 신익희 등 9인의 장정위원(章程委員) 중 한 사람으로 선출되었다.
반탁진영은 1946년 1월 20일 임정을 중심으로 한 과도정부 수립을 목표로 비상정치회의주비회를 개최하여 전국의 정당과 사회단체를 소집하였다. 1월 21일 비상정치회의주비회는 독립촉성중앙협의회를 합류시켜 비상국민회의주비회로 개칭하고 이승만·김구을 공동회장으로 추대하였다. 1월 23일 임정 측 혁신계인 민혁당의 김원봉·성주식(成周寔), 조선민족해방동맹의 김성숙 등 3명은 '임정이 중립을 지키지 않고 반탁에 가담해 우익 편향화하고 있다'면서 비상국민회의주비회 탈퇴성명을 하였으며, 임정의 장건상도 임정과의 결별을 고하였다. 또한 공산진영 산하단체도 모두 참가를 거부해왔으므로 비상국민회의주비회는 우익진영만의 집결체가 되었다. 1월 30일 비상국민회의 상임위원회가 설치되었고, 이 상임위원회는 비상국민회의 최고정무위원 선임권을 이승만·김구에게 위임하였다. 2월 1일 비상국민회의가 정식으로 발족하였다. 김규식은 비상국민회의 대의원에 선임되었다. 2월 13일 이승만·김구는 김규식을 포함한 28인의 비상국민회의 최고정무위원을 선발하였다.
1946년 2월 14일 비상국민회의 최고정무위원회가 과도정부 수립을 위한 미군정의 자문기관인 남조선대한국민대표민주의원(민주의원)으로 개편되었다. 이승만이 의장에, 김구·김규식이 부의장에 추대되었다. 이날 여운형, 함태영, 김창숙, 정인보, 조소앙은 결석하였다. 또한 이날 찬탁진영의 조선인민당은 민주의원 탈퇴성명을 발표하였다.
조선민족혁명당 탈퇴 (1946).
1946년 3월 1일 '3.1.기미년독립선언 기념사업회' 고문에 취임하였고, 3월에 미·소공위가 개최 예정되자, 그는 미소공동위원회의 성공을 기원하는 성명서를 발표했다. 3월 7일 소련 군정청 사령관 스티코프가 짠 초안에서 그는 향후 수립될 정부의 부수상으로 지목되기도 했다.
1946년 3월 10일 서울시내 시천교당(侍天敎堂)에서 열린 대한노총(대한독립촉성노동총연맹) 결성대회에 참석하고 대한노총 고문으로 선임되었다. 한편 하지는 한때 좌익의 힘을 약화시키기 위해 중도우파인 김규식을 이승만 대신 대통령으로 앉힐 생각도 했다고 한다.
김규식은 미소공동위원회 때부터 모스크바 3상회의 결의문에 대한 입장을 변경하였다. 즉 신탁 통치가 논의되는 것조차 거부하는 반탁론을 보류하고, 미소공위에 협조하여 과도정부부터 수립하고 탁치논의는 나중에 하자는 입장에 섰다. 그러나 '미소공위 참가는 곧 찬탁'이라는 오해를 받아 매국노라는 모욕을 듣거나 김규식을 암살하려는 극우단체로부터 신체적 위협을 받기도 했다. 중국 체류 중에도 일본 영사관 경찰과 밀정의 테러와 암살 위협에 시달렸으나, 귀국 후에도 동포에 의한 테러, 암살 위혐은 그에게 비애감을 심어 주었다.
후일 그의 비서실장을 지낸 송남헌은 그가 '김규식이 군중에게 말하기를 '정부가 제주도에 세워졌더라도 그건 중앙정부다'라고 하던 분이 후에 가서는 주장이 완전히 달라졌다'고 했다. 송남헌에 의하면 김규식이 초기에 반탁을 지지했던 것에 대해 그는 '(모스크바)3상회의 결정의 내용이 정확히 무엇인지 몰랐던' 것이라고 했다.
1946년 3월 20일에 열린 제1차 미소공동위원회에서 소련은 미국의 예상대로 모스크바 3상회의 합의문을 지지하지 않는 반탁세력을 과도정부 구성에서 제외해야 한다고 주장했다. 3월 24일 민주의원은 미소공위에 파견할 대표로서 김규식, 조소앙, 안재홍, 원세훈, 김준연 이상 5인을 선정했다. 김규식은 미소공위 참관 문안 작성 중 김준연의 방문을 받았다. 그러나 타이프로 신탁통치 관련 문서를 작성하던 중 찬성이라는 단어를 보고 김준연은 이를 문제삼기도 했다.
미소공동위원회는 난항을 거듭하다가, 1946년 4월 18일 과도정부 수립에 참여할 정당과 단체는 모스크바 3상회의 협정에 대한 지지를 약속하는 선언서에 서명해야 한다는 것을 골자로 하는 공동성명, 즉 '공동성명 제5호(제5호 코뮤니케)'가 발표되었고, 이어서 4월 27일 존 하지가 공동성명 제5호에 서명하더라도 반탁의견 발표를 보장하겠다는 특별성명을 냈다. 이에 5월 2일 비상국민회의, 독촉국민회, 조선기독교청년연합회, 한국독립당, 한국민주당 등 25개의 우익 정당과 사회단체가 "미소공동위원회에 참가하되 탁치를 전제로 한 일체 문제는 절대 배격한다"고 발표하며 공동성명 제5호에 서명하였다. 이때 김규식은 조선기독교청년연합회의 대표로서 서명하였다. 그러나 소련은 '공동성명 제5호'에 서명했어도 신탁 통치 반대를 포기하지 않는 한 협의할 용의가 없다고 하였다. 결국 5월 6일 미소공동위원회는 무기 휴회에 들어갔다.
1946년 4월 26일 경성 정동교회에서 한국청년회를 결성하고 초대 총재에 선임되었다. 한국청년단은 우익 청년단체이면서도 온건한 성향을 띄고 있었고, 주요한, 장준하 등이 한국청년단에 가입하여 활동하기도 했다.
1946년 4월 29일 대한독립촉성청년총연맹 전국대표자대회 개최되었다. 이승만이 총재, 김구가 주석, 김규식이 부총재에 추대되었다.
1946년 5월 12일 독립전취국민대회(獨立戰取國民大會) 석상에서 김규식이 남한 단독 정부 수립론에 관해 발표하자, 5월 14일 민주주의민족전선은 다음과 같은 담화를 발표하여 맹비난하였다. "(남한 단독 정부 수립론을)내세우게 된 것은 조선에 있어서 친일파 민족반역자 대지주 자본가의 이익을 테러로 옹호하면서 민족분열을 내란으로 하고 극소수의 이익을 위한 정권이라도 세워 보자는 可恐 可憎의 음모이다. 지금이야 우리 민족은 통일된 정부를 세워서 공존번영을 누리느냐 분열된 전제정부(專制政府)를 세워 相殘 相虐의 비운에 빠지느냐 하는 가장 위험한 기로에 서 있다. (후략)" 그러자 5월 16일 김규식은 다음과 같이 반박하였다. "내가 12일 서울운동장에서 연설한 가운데에 남조선단독정부를 설치하겠다고 말한 것처럼 보도하며 혹은 그리 선전하는 사람이 있으나 그것은 잘못이다. 단독정부란 말은 아니오 좌익정부를 의미함도 아니다. 남조선에 있거나 어디 있거나 무슨 정부를 세우거나 나는 통일정부를 말한 것이다."
1946년 5월 경제보국회로부터 정치자금을 제공받았다. 경제보국회는 이승만, 김구, 김규식 등 우익 정치인들에게 정치자금을 제공하였는데, 이들 중 가장 큰 혜택을 받은 것은 이승만이었다.
1946년 6월 1일 창간한 《민주일보(民主日報)》의 명예사장에 추대되었다.
1946년 6월 16일 오후 5시 40분 서울역에 마중 나가 윤봉길·이봉창·백정기 삼의사 유골을 영접하였다. 김규식은 다음과 같은 감상을 말하였다. "급한대로 세분만을 이렇게 모시기로 했다. 이 외에도 해외에서 모셔올 분과 국내에서 모셔야 할 분이 상당히 많다. 앞으로 이분들을 안장할 묘소 장례식 등 우리정부가 수립된 다음에 국민전체가 다시 성대히 해야 할 것이다."
1946년 7월 3일 김규식은 친일파 처단을 요구하였다가 안재홍과 함께 용공분자로 모는 삐라가 나돌고 벽보가 붙기도 했다. 기독연맹 모임에서 김구의 연설에 이어 김규식이 연설을 하였을 때 참석자들이 모두 귀를 막아 김규식은 퇴장하였다. 거리에는 그들을 공격하는 내용이 잔뜩 담긴 전단이 살포되고 벽보가 나붙었다. 전단이 뿌려진 그날 괴청년들은 김규식의 집을 둘러싸고 김규식과 안재홍의 사퇴를 요구하는 시위를 벌였으며, 안재홍의 사무실을 습격하여 반탁, '반(反) 과도입법위원회'의 내용을 담은 전단을 살포하였다.
좌우합작운동 전개 (1946).
1946년 7월 25일 김규식과 여운형의 주도 하에 좌우합작운동이 정식으로 시작되었다. 이후 좌우합작위원회의 비공식적인 회의는 계속되었다. 4사람의 만장일치에 의하여 하지중장의 정치고문이 초대되어 중재자로서 그 회의에 참석하였다. 그러나 김규식은 회의 초에 버치의 노력이 없었다면 그들이 함께 화합할 수 없었을 것이라고 논평하였다.
김규식은 좌우합작이 안될 것이라고 절망하였다. 그러나 이것이 독립국가를 수립하기 위한 길이라면 실패하겠지만 기꺼이 해야 한다고 다짐한다. 한편 좌우합작위원회에 한민당에서는 대표를 보내기를 꺼려했다. 그러나 김규식의 설득으로 한민당에서도 좌우합작위원회에 대표를 보냈다. 김규식은 한민당에서 온건한 분파의 지도자인 원세훈을 참가하게 하였다.
그는 여운형, 김원봉 등과의 대화·합작과는 대조적으로 박헌영을 몹시 싫어하였다. 미군정에 의해 좌우합작운동에 뛰어들게 되었음에도 그는 박헌영과의 합작은 거부하였다.
적십자사 활동 중 조선공산당의 총수 박헌영이 조선적십자사(대한적십자사의 전신)에 정당사회단체 대표자 자격으로 가입, 조선적십자사의 이사로 선출되자 김규식은 "나는 박헌영이 이사를 맡은 조직에 앉아서 일 못한다"고 반발했다. 여운형의 측근이었다가 김규식 진영으로 넘어간 강원룡이 김규식에게 "그렇게 공산당을 싫어해서야 어떻게 좌우합작을 합니까"하고 항의하였다. 그러자 김규식은 자신이 소련에서 겪었던 일을 소개하였다.
"내가 러시아에 자주 다녀왔는데, 러시아 사람들은 참 선량하다. 그런데 그곳에서 레닌이 1917년에 혁명을 일으켜 1922년까지 5년 사이에 700만 명을 죽였다. 또한 알바니아라는 조그마한 나라에서 공산당이 혁명을 일으켰는데, 단 하루 만에 6만 명을 죽였다. 그런데 한국 사람들은 러시아 사람들과는 비교가 안 될 만큼 잔인하다. 만일 한국에서 공산당이 정권을 잡게 되면 피바다가 된다. 그러니까 절대로 공산당이 들어와선 안 된다."
그는 박헌영과 절친하게 지내던 조봉암 역시 혐오하였다. '조봉암 씨는 믿을 수 없어. 공산당 하던 사람을 어떻게 믿어?'라면서 거부감을 노골적으로 드러냈다. 김규식에 의하면 한국인들은 잔인하고 비겁한 심성을 가졌고, 그때문에 공산주의가 들어오면 외국보다 더 심한 유혈사태나 학살을 야기할 수 있다는 것이었다.
김규식은 박헌영을 미워하여 조선적십자사 이사로 박헌영이 참여하자 박헌영이 이사로 있는 곳에서는 일 못한다고 항의하기도 했다. 그러나 박헌영은 김규식에게도 프락치를 보냈다. 뒤에 김규식의 삼청장에 파견된 기자 이본영은 송남헌에 의하면 '일종의 박헌영 프락치'라 증언했다. 민족자주연맹의 비서처장으로 있던 송남헌은 그에게 권태양을 추천했다. 송남헌은 뒤에 '권태양은 내 밑에 있던 사람으로 내가 추천해서 썼다', '(권태양은) 성시백의 바로 직계이다. 내가 감쪽같이 속았지, 성시백이 선이라는 것을 전혀 몰랐'다고 진술했다.
장택상과의 갈등.
한편 존 하지는 장택상과 조병옥에게 김규식을 도울 것을 요구했지만 그들은 거절했다. 특히 장택상은 대놓고 거절하였다. 이에 김규식은 장택상에게 악감정을 품게 된다. 1946년 6월 경 하지 장군이 통역관 이묘묵을 통해 수도청으로 전화를 걸어 하지 중장이 할 얘기가 있으니 곧 들어오라는 것이었다. 사령관실에 들어서니 하지 중장은 파이프를 입에 물고 있었으며 장택상이 앉자 김규식을 지지하라고 강요했다. "중요한 문제가 있어 오늘 장 총감을 불렀소. 다름 아니라 앞의 정책을 의논하자는 것이오. 지금까지 미 국무성에서는 이승만 박사를 지지해 왔는데, 이제부터는 좌우 합작을 위하여 중립적인 김규식 박사를 지지하기로 바꾸었습니다. 장 총감도 앞으로는 김규식 박사를 지지하는 방향으로 일을 해주기 바라오."
그러자 장택상은 '이러한 그의 말은 나로서는 도저히 받아들일 수 없는 제안이었다.'라며 지체 높은 사령관의 말을 제가 감히 어떻게 거역하겠습니까? 그리고 지금 그 말은 오히려 늦은 감이 있지만 참 잘하셨습니다. 잘 알았소 하고는 비꼬는 투로 말하였다. 그리고는 안주머니에서 봉투 한 장을 내어 그에게 주었다. 하지는 이게 무어요 하고 의아스럽게 물었다. 그러자 장택상은 펴 보시면 알 것 아닙니까? 하고 퉁명스럽게 말했다. 그 봉투 속에 있는 것이 사표임을 알자 그는 얼굴이 굳어지더니 언성을 높여 "당신이나 조 부장이나 다 나쁜 사람이오."하면서 심한 욕설까지 했다. 장택상이 하지의 방을 나와서 조병옥을 만나 보았더니 그도 하지의 그같은 제의를 받고 사표를 냈다는 것이다. 이러한 일이 있고 난 뒤부터 하지는 두 번 다시 김규식 박사를 지지하라는 말을 하지 않았다.
1946년 10월 10일 김규식은 합작7원칙 해명 성명서를 발표하였다. 그 중 일부는 다음과 같다. "운운하는 문구 중에 신탁통치를 언급치 아니하였다 하여 탁치를 지지한 것처럼 대의(大疑) 소괴(小怪)하는 듯하다. 그러나 그들은 3상회의결의를 다시 숙독 연구하는 것이 좋을 것이다." "반역분자를 포용하는 것은 절대로 불허할 것이나 다만 친일분자에 이르러는 죄상이 현저하지 않을 뿐 아니라 건국사업에 공헌이 있는 자에 한하여 채용하는 것이 무방하다고 인정한다."
1946년 11월 4일 김규식은 하지에게 과도입법의원 민선의원의 무효화를 요구하였다. "전체적으로 유능한 애국자가 못 나왔고 더구나 좌익진영은 전면적 검거때문에 피선될 기회가 거의 없었다는 것 때문에 유감이며 더구나 피선된 자가 극도로 편향적인 데다가 친일파라고 지목되는 자가 다수 피선된 것은 입법기구에 대하여 전민중의 실망을 주었고 충분하 민의를 반영시키지 못한 반민주적 선거이라는 것을 국민대중에게 인식케 하여 진실한 입법기구가 아니라는 인상을 주게 되었읍니다. 이상 지적한 바에 인하여 선거가 원만하게 되지 못하고 118호 법령 7항에 위반되는 인물이 다소 등장되었다는 점으로 보아 현명한 장군의 판단에 의하여 지방민선은 전부 혹은 부분적으로 무효로 정하고 재선하든지 또는 지방법으로 하든지 할 것을 요청하는 것입니다." 이에 11월 8일 한국민주당은 김규식을 맹렬히 비판하였다.
1946년 12월 11일 김규식은 남조선과도입법의원 의장에 선출되었다. 12월 12일 남조선과도입법의원 개원식이 거행되었다. 이날 개회사 중 김규식은 다음과 같이 말했다. "이 의원(남조선과도입법의원)이 결코 미주둔군사령장관이나 미군정의 자문기관으로 행사할 것은 아니며 또 미군정을 연장시키기 위한 것도 아니다 오히려 말하자면 남에 있는 미군정이나 북에 있는 어떠한 군정이나 그 존재를 단축시키려는 것이다. (중략) ...우리는 우리의 땅에서 완전한 자격을 얻어 우리의 일은 우리의 손으로 하며 우리에게 대한 법령제정도 우리의 손으로 하고 우리의 운명을 우리로서 자정하는데 매진할 것이다."
과도입법의원은 좌우합작 7원칙에 따라 출범되었고, 김규식은 과도입법의원을 통해 좌우합작을 모색하였으나 여운형 일파와 장택상 일파가 과도입법의원 참가를 거부하여 처음부터 난항했다. 과도입법의원이 개설된 뒤 그는 아직까지 회의 절차에 참석해본 적이 거의 없는 입법의원들을 위해 직접 미국식, 유럽식 회의 과정, 원탁토의와 직선 회의 등 회의 방법을 일일이 설명하고, 동의와 제청, 재청, 삼청의 의미가 무엇이라고 계속 설명하였으며, 의원들이 투표 전후에 앞서 어떻게 해야 된다고 훈시를 하는 등 상세하게 설명하였다. 과도입법의원 의장이었지만 그는 소수파였다. 과도입법의원을 그의 사회로 개최하고 난 지 며칠 뒤 신탁통치 반대 결의안을 만장일치로 가결시켰다.
1946년 12월 22일 민중동맹(民衆同盟) 결성에 참여하였다. 초대 의장은 임의탁(林義鐸)이었다. 이날 김규식은 축사를 하였다.
1946년 12월 24일 남조선과도입법의원에서 성탄절과 신년이 다가오므로 특별히 2주간 휴회하자는 안건이 들어오자 거절하였다. 그는 쉬지 말고 일하자고 간곡하게 호소하였다. 그는 독립운동 당시를 말하며 입법의원들은 민족의 자주 독립을 위해서는 희생해야 된다고 설득, 입법의원 회의는 성탄절 당일과 12월 30일까지 계속 개원되었다.
1947년 1월 1일 다음 내용이 포함된 연두사를 하였다. "(상략) 나는 몸이 비록 우익에 속한 사람이라 할지라도 좌익동지들과 합작할 필요를 느낄 뿐만 아니라, 반드시 합작할 수 있다고 확신합니다. 나는 오직 이러한 신념을 가지고 좌우합작위원회에 임하였으며, 또 남북통일의 임시정부 수립이 실현될 수 있다고 확신합니다."
1947년 1월 20일 과도입법위원회에서 이승만 진영과 한민당계인사들이 반탁결의안을 통과시켰으나 수적으로 불리하여 김규식은 손을 쓸 수 없었다. 입법의원 회의장에는 우익 청년단체 회원들이 진입해 장덕수, 장택상 등의 지휘 아래 반대파들에게 야유를 보내는 등 공포분위기를 조성하였고 반탁결의가 통과되었다. 반탁결의안의 통과로 김규식의 위신은 크게 실추당했다.
제2차 미소공동위원회 직전 (1947).
1947년, 이승만을 견제할 목적으로 미군정청 사령관 존 하지가 미국에 있던 서재필을 군정 고문관으로 초빙하려 하자 김규식 역시 서재필의 귀국을 원하였다. 그는 군정청과 하지의 의견을 물어본 뒤 서재필 귀국에 적극 찬성, 지지한다. 그는 직접 서재필 귀국 환영 성명서를 지어 발표하였고, 서재필이 귀국하자 김규식은 여운형, 이승만, 김구 등과 친히 공항에 나가 서재필을 환영하기도 했다.
1947년 2월 3일 김규식은 제13차 남조선과도입법의원 본회의에서 동 의원에서 반탁을 결의한 후 하지 중장과의 회견보고를 하였는데, 하지는 다음과 같이 말했다. "반탁결의라고 하면 언론자유가 있고 또 민의 대표기관인 만큼 얼마든지 좋다. 그러나 결의문 내용을 보면 반탁을 하는 결의가 아니라 나와 미국정책에 대한 반대표현 밖에 안되는 것이다. 그러므로 나는 불쾌하다." 즉 김규식과 과도입법의원이 한 반탁결의는 언론자유를 넘어 미국반대결의라는 주장이었다. 2월 8일 민족통일총본부는 "탁치반대가 하지와 미국정책을 반대하는 것이라 운운함은 실로 터무니없는 모략적 중상에 불외하다"고 반박하였다.
1947년 2월 남로당은 2.7 사건을 일으키고 3월 초까지 대규모 투쟁을 벌였다. 이들은 이승만, 김구, 김규식 등을 친일반동이자 제국주의의 앞잡이로 싸잡아 비난하며 사회 혼란을 더욱 가속화시켰다.
1947년 2월 10일 김구는 다음과 같이 말했다. "그러나 해당 회의(좌우합작위원회)를 취소한다 하여서 합작공작을 위하여 진심으로 노력한 몇분에 대한 우리의 경의는 감할 바 아니어늘 일시 감정상 충동으로서 그들에게 굴욕을 가하려 하는 것은 천만부당한 것이다. 더구나 좌우합작위원회를 영도하던 김규식은 독립운동을 위하여 일생을 희생하였고 탁치반대자로는 누구보다도 철저한 터인데 그를 찬탁자로 몰아넣으려는 것은 일종의 공심을 떠난 모략으로 밖에 인정할 수 없다. 우리는 격별히 이런 점에 주의하여야 할 것이다. 또 한가지 부언할 것은 근일에 세간에서 운위하는 바 중앙노선은 정치이상으로 있을 수 있는 것이며 이것을 이상으로 하는 중간당도 있는 것이다."
1947년 3월 12일 트루먼 독트린이 발표되었다. 미국 본토의 정치적 변화와 함께 1946년 9월 총파업과 대구 10.1 사건도 겪었던 미군정은 북한과 조선공산당 등 극좌익이 우세한 한반도에 극좌부터 극우까지 아우르는 통일정부가 수립될 경우 우익은 결국 살아남을 수 없을 거라고 판단, 좌우합작운동을 외면하고 남한 단독 정부 수립을 구상하기 시작하였다. 1947년 3월 15일 전재동포원호회는 김규식을 후임위원장에 추대하였다.1947년 3월 16일 조선적십자사 회장에 선출되었다. 적십자사 활동 중 그는 정식 대한적십자사의 부활을 위해 노력하였다. 1947년 조선적십자사의 국제적십자사 가입요청 서한을 미국적십자사를 통해 연맹에 보냈으나 별다른 성과를 거두지 못했다.
1947년 5월 17일 지난 5월 13일 이래 시내 공덕리(孔德里) 미육군병원에 요양차로 입원중이던 김규식은 제2차 미소공위 재개를 앞두고 천재일우의 호기회를 놓치지 말자는 담화를 발표하였다. 6월 3일 오후 5시 퇴원하였다.
1947년 조봉암이 중간운동 하던 리극로와 손잡고 조직한 민주주의독립전선을 만들었다. 그런데 독립전선이 좌우합작위원회에 참여하려 하자 김규식은 이를 거부했다. 조봉암은 공산당을 탈당한 후 김규식을 만나려고 했는데, 김규식은 조봉암의 면담요청을 거부하였다. 강원용이 김규식한테 “만나야지 왜 거부합니까” 했더니 “이 사람아, 한 번 공산당 한 사람은 바뀌지 않아. 조봉암씨는 믿을 수 없어. 공산당 하던 사람을 어떻게 믿어” 하는 것이었다. 그 무렵 조봉암이 공산당을 탈당한 게 아니라 박헌영이 이승엽을 인천지구당 책임자로 앉혔기 때문에 반발했을 뿐이라는 소문이 돌았다. 조봉암은 김규식을 지지하고 좌우합작운동에 참여하려고 했지만, 김규식은 이를 받아들이지 않았다. 김규식은 공산당이라고 하면 전향 여부를 떠나 아예 상대를 하지 않았다. 강원룡에 의하면 그래서 조봉암이 좌우합작위원회에 들어오지 못하고 이극로와 민주주의독립전선을 만들게 되었던 것이라 한다.
1947년 5월 28일 미소공위를 적극 추진시키기 위하여 중간노선을 지향하는 각 정당단체로 구성된 미소공위대책정당단체협의회(공협)가 조직되었다. 의장에 김규식, 부의장에 이극로, 이용직이 취임하였다.
1947년 6월 16일 오전 2시 30분경 괴한 3명이 김규식의 삼청동 자택 동북쪽 철망을 파괴하고 침입하려다가 경비대에게 발견되어 도주하였고 한편 서쪽 철망도 뚫고 수명이 침입하려다가 도주하였다. 김규식은 자신이 머무르는 삼청장 안에서도 테러단을 피해 침실을 자주 옮겨다니기까지 했으며, 측근들은 만일의 테러 사태를 염려해 강원도 홍천군에 있는 아버지의 묘소에 참배를 가는 것도 만류하였다.
제2차 미소공위 당시 소련은 미소 양군의 철수를 주장했다. 소련측의 미소 양군 철퇴 주장에 대해서 김규식과 홍명희는 신중한 반응을 보였으나, 중도파 정당들은 민족자주의 입장에서 원칙적으로는 양군 철수를 지지했다.
제2차 미소공위는 초반까지는 순조롭게 진행되어 갔었다. 6월 25일 공동위원회 참가를 청원한 남한의 정당 및 사회단체 대표 400여명과 미소 두 나라 대표의 합동회의가 개최됐고, 7월 1일에는 북한 정당 및 사회단체 대표와 미,소 두나라 대표의 합동회의가 개최됐다. 그러나 7월 10일 소련 대표가 공동위원회 참가단체로 등록한 남한의 425개 단체를 118개로 제한하자고 제의해서 문제가 생기기 시작했다. 단체 참여수 문제를 놓고 미국과 소련 양측은 자신의 주장을 굽히지 않았으며, 국내에서도 좌파·우파 양 진영 역시 한걸음도 물러서지 않으려 했다.
1947년 9월 26일 미소공위 소련 측의 양군 철퇴 주장에 대해 다음과 같이 말했다. "명년초에 미소가 동시 철병하자는 것은 원칙상으로 보아 어느 민족을 막론하고 주둔하였던 외병(外兵)이 철거하는 것을 불가라 할 자가 없을 것이다. 그러나 아무 책임적 선결조건의 언명도 없이 철거만 하자는 것은 일종의 우롱술책이 아닐까 한다."
좌우합작운동 좌초 (1947).
1947년 7월 19일 서울 혜화동 로터리에서 좌우합작위원회 좌측 대표 여운형이 백의사 단원 한지근 외 4명 등이 쏜 권총에 맞고 피습 절명하였다. 여운형이 죽기 몇 시간 전에 김규식도 죽이겠다는 협박편지를 받았다고 한다. 그가 신탁통치와 미소공위 참가를 선언한 이래 수시로 그에게 협박 투서나 협박전화 등이 걸려왔다.
김규식은 여운형의 죽음에 매우 크게 충격 받았다. 김규식은 여운형과 사적으로 형님·아우님 하던 사이였고, 오래전 상해 임시정부 시절부터 해방이후 좌우합작운동까지 함께해온 동지였기에 여운형에 대한 그의 특별한 동지애는 1947년 12월, 좌우합작이 실패로 끝난 뒤에 촬영한 기념사진에 손수 여운형의 얼굴이 든 사진을 오려서 붙이는 것으로도 표현되었다. 김규식은 여운형 영결식에 참석하여 추모사를 남기면서 평가하였는데, 그 주요내용은 다음과 같다. "우리는 한 위대한 혁명투사를 잃었을 뿐만 아니라, 유일목표인 신국가 건설을 위하여 전 민족이 합작으로부터 완전 통일에 나아감으로 최후 목적을 달하기를 제창하여 이에 최종까지 노력하던 지도자를 상실하였다. 그러므로, 나는 몽양 동지의 영별에 대하여 정실상의 감촉보다도 우리 민족의 자유를 획득하려는 공동진영의 한 용장을 상실하였다고 본다. 곧 민족 전체의 손실이다."
1947년 7월 23일 김규식은 좌익 각 정당 단체를 중심으로 결성된 구국대책위원회(救國對策委員會)와 무관하다는 담화를 발표했다. "본 좌우합작위원회에서는 지난 7월 20일 故여운형 동지 장의에 대한 상의차로 權泰陽 비서를 좌우합작위원회 대표로 참가시켰으나 기타 여하한 신조직 단체에 참가하라는 사명을 주어 보낸 일은 없다. 그러므로 본 좌우합작위원회는 신출발하는 구국대책위원회와 하등의 관련이 없는 것을 玆에 성명한다."
1947년 7월 28일 서울에서 열린 기독교청년연합회 주최 강연회에 김구, 김규식은 연사로 참여하였다. 김구가 연설을 마치고 내려왔다. 다음 연사인 김규식이 장내에 소개되었다. 장내의 열띤 청중들은 김규식의 예정된 연설을 들어야 하는지의 여부를 두고 논란을 벌였다. 마침내 한 청년이 나와서 김규식과 같은 유물론자의 연설을 들어서는 안 된다고 하면서 그 대안으로 모두가 귀를 막자고 제안했다. 청중들은 이 문제를 표결에 붙여버렸다. 김규식의 연설을 듣지 말자는 주장은 바로 가결시켰고, 이어 김규식은 조용히 퇴장해버렸다.
민족자주연맹 결성 (1947).
1947년 10월 1일 민족자주연맹 결성준비위원회에 참여하였다. 김규식은 일부 중도좌파, 중도우파 정치인과 청년들의 정치조직 결성 건의를 받아들여 민족자주연맹 결성에 착수하게 된다. 민족자주연맹은 경성부 천도교 강당에서 결성되었다.
1947년 10월 14일 한미문화협회(韓美文化協會) 명예회장으로 선출되었다.
1947년 10월 30일 미국 육군 소장 윌리엄 F. 딘이 미군정청 군정장관으로 부임하였다. 11월 3일 김규식은 환영담화를 발표하였다. "조선 속담에 초불득삼(初不得三)이라는 말이 있는데, 이것은 첫 번에 성공하지 못하면 세 번째 노력했을 때는 반드시 성공한다는 말입니다. 그러므로 우리는 제1대 군정장관 아놀드 장군 때와 2대 군정장관 러치 장관 때에 성공하지 못한 자주 독립을 제3대 군정장관인 딘 장군을 맞이함으로써 이 소망을 달성할 것을 확신하는 바입니다. 그러므로 우리는 보통 환영사에서는 되도록이면 오랫 동안 우리와 함께 있기를 원하는 것이나, 금일 이 석상에서는 장군에게 환영사를 드리는 나로써는 될 수 있는 대로 단시일에 군정장관의 자리를 물러가고, 제1대 주한미국대사나 특별대사의 자격으로 오랫동안 우리와 함께 있기를 원하는 바입니다."
1947년 12월 20일 경운동 천도교강당에서 민족자주연맹이 결성되었다. 의장에 김규식, 부의장에 김붕준, 홍명희, 원세훈, 이극로, 김성규(金成圭) 이상 5인이 추대되었다. 결성식에서 그는 극좌-극우를 반대하고 민족주체성을 찾자고 역설하였다.
미군정 수뇌들은 민족자주연맹 결성식에 참석하여 축사를 함으로써, 이 당시 이승만에게 보낸 반응과 대조적으로 김규식에 대한 지지를 표명하였지만, 그러나 미군정측이 남북지도자회의를 지지한 것은 아니었다. 이 점에서 개인 김규식에 대해서 보인 호의와는 무관하게, 민자련은 미군정, 미국과 대립되지 않을 수 없었다. 김규식을 정점으로 한 민족자주연맹은 미군정의 지원을 받고 있었지만, 원칙적으로 미소 양군의 철퇴를 지지하여 미국측 입장과는 차이를 보였다.
남북협상 참가 선언 (1948).
그런데 1948년 1월 23일 유엔 한국 임시위원단의 북한 입국을 유엔 소련 대표 안드레이 그로미코가 거부했다. 이를 기점으로 민족진영 3영수(이승만·김구·김규식)가 이승만의 단정단선론(외교적 통일)과 김구·김규식의 남북협상론(자주적 통일)으로 분열하였다.
1948년 1월 28일 김구는 유엔 한국 임시위원단에게 '미소양군이 철수하여 군정의 간섭없이 유엔 치안 하에 자유스러운 선거를 치러야 하며, 남북지도자회의를 소집할 것'을 요구하는 의견서를 보냈다.
1948년 2월 4일 김규식은 김구를 방문하였다. 1948년 2월 4일 민족자주연맹은 남북통일 문제를 토의하기 위해 남북 요인회담을 열 것을 요망하는 서한을 김일성과 김두봉에게 발송하기로 건의했다. 이 결의에 따라 김규식은 장덕수 살해사건 관련설로 난처한 입장에 빠져 있던 김구를 방문하고, 김일성에게 보내는 서한은 신기언(申基彦)이, 김두봉에게 보내는 서한은 엄항섭이 기초하여 김구와 김규식 두 사람 연서의 사신 형식으로 발송할 것에 합의했다.
1948년 2월 27일 김규식은 과도입법의원 의장직에 대한 사표를 제출하였다. 이후 경교장에서 김구와 회담하였다.
1948년 3월 1일 남로당 중앙위원회로부터 "제국주의자의 앞잡이가 되어 조국의 분할 침략계획을 지지하고 나라를 팔아먹는 이승만, 김구, 김규식, 김성수 등의 정체를 폭로하고 인민으로부터 고립·매장시키지 않으면 안 된다."는 비판을 받았다. 한편 한민당으로부터 김구와 김규식의 주장이 남로당 주장을 대변하고 있는 것 같다느니, 그들이 "크레믈린 궁의 사자"라느니 하며 비난을 받았다. 한민당은 총선거에 임하여 만천하 동포에게 고함에서 김규식은 한때 공산당원이었으니 그 태도가 공산당과 동일할 것은 필연의 귀결로 볼 수 있고, 김구도 토지국유정책 등을 볼때 공산당과 통할 가능성이 있다는 공격을 당했다.
1948년 3월 25일경 김규식의 후임으로 신익희가 과도입법의원 신임 의장이 되었다. 1948년 5월 20일 과도입법의원은 폐원하였다. 이로써 1946년 12월 22일 개원한 이래 1년 5개월만에 해산되었다.
1948년 4월 3일 김규식은 서울 필동의 호국역경원에서 열린 통일독립운동자협의회 결성식에 참석하여 훈화하였다. 김규식은 남북협상의 실패를 예견하였고, 자신이 남북협상에 참여했다가 실패하면 이승만이 대통령이 될 것이라는 것도 미리 예상하고 있었다. 국민들이 심정적으로는 남북협상을 지지하겠으나 현실적인 선택에 있어서는 이승만을 선택하리라는 것도 인식하고 있었다.
1948년 4월 김규식이 남북협상에 참여하려 할 때 주변에서는 그에게 북한에 가지 말 것을 여러번 권고하였다. 남북협상이 정치적 자살 행위임을 김규식은 잘 알고 있었다. 조병옥은 '남북협상을 한다고 하더라도 결국은 하등의 결론도 못 얻고 그대로 돌아올 것이라고 확신하였다.' 그래서 조병옥은 김규식을 찾아가 북한에 가지 말 것을 설득하였다. 조병옥은 김규식을 방문하여 3시간 동안 면담하면서 현존 국제정세 하에 있어서 공산주의자들과 독립정부 수립을 협상한다는 것은 무익한 일이며 협상을 하기 위하여 북행을 한다고 하더라도 그것은 허행(虛行)이 될 뿐만 아니라 마침내는 정치적 자살을 하게 될 것이라고 하였다. 김규식도 그의 의견을 존중히 여기고 북행하지 않을 것을 말하였던 것이다.
민족자주연맹과 좌우합작파, 우파 일각에서도 그의 남북협상 참여를 만류하였다. 김규식의 비서로 지냈던 송남헌에 의하면 장건상과 원세훈 등은 김규식이 남북협상에 참가할 때, 김규식의 직접 참여가 장차 정치계에 미칠 영향을 고려하여 김규식의 북행을 만류했다고 한다. 장건상은 특히 후일을 도모하기 위해서라도 박사님은 북행해서는 안 된다고 조언하였다.
1948년 4월 14일 서울에서 문화예술인 108인이 남북협상을 지지하는 성명을 발표하였다. 또한 이날 민족자주연맹 정치상무연석회의의 결의와 측근자의 권고에 따라 김규식은 남북협상에 참석키로 결정하였다.
제1차 남북협상 참가 (1948).
1948년 4월 19일 모란봉회장에서 김일성의 사회로 제1차 전조선 제정당사회단체 대표자 연석회의(약칭 남북연석회의 또는 남북협상)가 개최되었다. 김구, 김규식을 비롯한 남한 측의 한국독립당, 민주독립당, 민족자주연맹 등 중간파요인들이 참석하지 않은 채 개막하여 일반의 이목거리가 되었다. 이날 회의에는 북조선측요인들과 남조선 민전계열이 주로 참석하였다.
1948년 4월 22일 보도에 따르면 남북연석회의의 민족자주연맹 측 참석자는 김규식, 원세훈, 孫斗煥, 최동오, 김붕준, 申肅, 金性馨, 신기언, 송남헌, 姜舞, 朴建雄, 權泰錫, 裵成龍, 申감圭, 韓台圭, 潘日炳, 李炳熙, 여운홍, 金是鎌 외 수행원 몇 명이었다.
평양에 도착한 뒤 평양의 특별호텔에 숙소를 정했다. 평양의 특별호텔에 있을 때 김원봉, 허헌, 박헌영 등의 방문을 받았다. 환영 피로연에서 그는 '우리는 우리 장단에 맞추어 우리춤을 추자'며 자주성을 역설하기도 했다. 그러나 남한의 주요 정치인사들은 북행하였으나 연석회의에는 불참하였다. 이는 철저히 소련 군정청의 민정청장 레베데프가 세운 각본대로 진행되었던 것이다. 이를 눈치챈 김규식과 김구는 4월 22일 회의에만 참석해 간단한 인사말을 했을 뿐이다. 4월 22일 평양시내에 도착한 김규식은 4김회동에만 참석했을 뿐, 이후 병을 이유로 숙소에 머무르며 한 번도 회의에 참가하지 않았다.&lt;ref name="동아광장/윤평중민족은 主義를 초월하는가"&gt;(동아광장/윤평중)민족은 主義를 초월하는가 동아일보 2007년 10월 3일자&lt;/ref&gt;
1948년 5월 6일 김구는 "경교장에서 내가 떠날 때 만류하였음에도 불구하고 몰래 다녀왔는데 이번 우리 일행의 큰 소득은 말할 수 없으나 장차로 남북의 우리 동포는 통일적으로 영구히 손잡고 살아가겠다는 기초를 튼튼히 닦아 놓았다. 첫술에 배부르는 법은 없는 것이니 다만 한 두 번 또다시 만난다면 우리의 목적 달성을 확신하는 바이다"라고 소감을 밝힌 후 남북협상의 성과에 대한 김구·김규식의 공동성명서를 발표하였다.
1948년 5월 14일 북한이 남한으로의 송전을 중단했고 이에 남한도 즉히 북한 송전을 중단하였다. 북한에서 남북협상 당시 끊지 않겠다고 약속한 송전을 끊어버림으로서 남북협상에 참여했던 정치인들의 입지는 더욱 약화되었다. 송전이 마비된 뒤 미군에 의해 전기 공급이 일부 복귀되기는 하였으나, 송전 중단의 원인을 김규식의 탓으로 몰고 가는 비난 여론이 나타났었다.
제1차 남북협상 참가 이후 (1948).
1948년 7월 21일 김구와 함께 통일독립촉진회를 결성하였다. 김구와 김규식은 공동영수로 추대되었다. 김규식은 축사에서 다음과 같이 말했다. "...유감인 것은 우리가 北에서 발표한 공동콤뮤니케의 제안은 명백한데 불구하고 北에서 정부를 세우느니 하는 말이 들리는 까닭이다. (중략) 이제 남조선 국회에서 대통령이 선출됐는데 나는 과거에 나의 성명과 같이 반대도 안하고 참가도 아니하는 동시에 그거나마도 잘돼 나가기를 바라며 그것이 정부가 아무렇든간에 외국인의 군정부보다는 낫게 되기를 바란다. 동시에 북에서 또하나 정부가 선다면 그 북정부와 남정부가 한데 합하여 우리가 살길을 얻기 바란다." 한편 김구는 다음과 같이 말했다. "우리 민족은 우리 자신이 살려야 하겠다. 친소 친미보다 우리는 먼저 우리 조국을 親하고 우리 자신이 통일한 연후에 비로소 친소도 할 수 있고 친미도 할 수 있는 것이다. 우리는 이러한 의미에서 먼저번 평양회담도 해보았다. 그런데 최근 평양에서 또하나의 정부를 세운다 하니 이는 그들의 배신적 행위임으로 우리 애국통일독립운동자들은 희생을 각오하고 통일을 위하여 싸워야 하겠다."
김구는 반공주의자였고 김규식 또한 반공적이어서 두 사람은 통일독립촉진회에 친북인사들이 들어오는 것을 크게 경계하고 북의 정부수립을 배신행위로 단죄하고 북한·좌익과 선을 긋고자 끊임없이 노력하였다. 그런데 한국민주당의 김준연은 김규식이 과거 공산당에 가입했던 사람이라며 문제삼았다. 1919년~1921년 원동민족회의에 활동하면서 가입한 일이 있었다.
민족진영 재결합의 노력 (1948~1949).
1948년 12월 12일 유엔 총회 결의 195(III)호(The problem of the independence of Korea)에서, 대한민국 정부(the Government of the Republic of Korea)를 "한반도에서 유엔 임시위원단의 감시와 통제 아래 대다수 주민의 자유로운 의사에 의해 선거가 치러진 한반도에서 유일하게 그러한 합법 정부"임을 결의했다.
1948년 12월 15일 민족진영 3영수(이승만·김구·김규식)의 합작운동 태동이 보도되었다. 유엔의 승인 이후 김규식은 대한민국 정부를 인정했고 현실 정치에 영향력을 행사하려 했다.
1949년 5월 19일 민족진영 3영수(이승만·김구·김규식)의 재결합이 가시화되었다. 5월 20일 김구는 "일반국민들이 3영수의 재합작을 간절히 바란다는 것은 현 시국에 비추어 있음직한 일이나 본래부터 대통령과 김박사와 나의 사이에는 별반 간격은 없었던 것이므로... (중략) 과거 우리들의 노력방법에 있어서 약간의 차이가 있었던 것은 사실이나 시간과 공간은 차차로 이러한 차이를 해소하고 합일점으로 도달케 할 것을 의심하지 않는 바이다. (중략) 대통령과 金박사와는 앞으로도 종종 만날 기회가 있을 것으로 믿는다"라고 말하였다.
1949년 6월 27일 김구의 장례는 국민장이 결정되었다. 이날 오후 5시부터 김규식·최동오·조소앙·안재홍·명제세 등이 회합하여 '고백범김구선생국민장의위원회'를 구성하고 위원장에는 오세창, 부위원장에는 김규식·조완구·이범석을 선출하였다. 그리고 묘지는 김구의 유언대로 효창공원 3열사묘 서록에 안치하기로 되었으며, 장일은 7월 5일로 결정되었다. 이승만 부부는 7월 4일 오전 9시 40분경 조문하였다. 김구의 국민장은 대한민국 정부 수립 이후 최초의 국민장이었다.
1949년 7월 25일 민족진영강화대책준비위원회가 구성되었다. 국민회·한국독립당·민주국민당·민족자주연맹·朝民黨·대한국민당·社會黨·新進黨·新生會·在日韓僑 10단체와 명제세·조완구·裵恩希·원세훈·안재홍·신익희·조소앙·池大亨·이윤영·金朋濬·백남훈·柳東悅·崔東旿·嚴恒燮·韓根祖·李活·朴烈 외 8명이 참여하였다.
1949년 7월 30일 민족진영강화대책준비위원회 제1차 회의가 열렸다. 남북협상 당시 민족진영의 분열로 국회 제1당을 차지한 민주국민당(한국민주당의 후신)은 한국독립당·민족자주연맹 등 남북협상파의 참석을 기피하였다.
1949년 8월 15일 김규식은 정부 수립 1주년 기념 담화에서 다음과 같이 말했다. "유엔과 열국이 승인한 대한민국의 1주년을 맞이함에 있어 누구나 다 경하할 바이다. 그러나 오늘까지 국토의 완전 통일을 보지 못하고 해방된 이 나라 백성이 생활고에 허덕이고 있는 상황은 목불인견이라 아니 할 수 없다. 그러므로 민국은 앞으로 진정한 독립국가로서의 명실상부하게 完美한 발전이 있어야 하겠고, 자주통일된 국가로서 국가 주인공인 전체 인민의 생활 안정과 행복을 제일로 획득하기에 전력을 다할 것이며 따라서 인류 평화에 공헌하여야 할 것이라고 믿는다."
1949년 8월 20일 민족진영강화위원회가 조직되었다. 민주국민당·朝民黨·국민회·한국독립당을 비롯한 12정당·단체 대표자 31명이 출석하여 김규식을 의장으로 선출하고 강령과 규약을 채택하였다. 남북협상 문제와 관련하여 민주국민당과 한국독립당·민족자주연맹 간의 알력이 있었고, 이에 민주국민당은 즉석에서 정식으로 민족진영강화위원회 참가를 보류하였다.
민주국민당은 자신들이 공산당 분쇄에 노력해온 공을 내세움과 동시에 좌우합작운동과 남북협상에 참가하였던 한국독립당 등에게 자기비판이 없는 것을 비판하였다. 또한 민족진영강화위원회 강령 제2조 "대한민국을 부정하는 공산진영은 배제하고 일방 그들의 전향을 촉진(促)한다"라고 명시하였는데 이 "전향"이란 표현은 일제강점기에 끝까지 비전향하고 독립운동을 한 한국독립당으로서는 굴욕적이었다. 광복 직후 대한민국 임시정부의 여당으로서 국민적 칭송을 받던 한국독립당과 호남지역주의 친일파정당으로서 국민적 질타를 받던 한국민주당 간의 입지가 제헌 총선과 남북협상 이후로 완전히 역전된 것이다.
1949년 8월 24일 김규식이 돌연 민족진영강화위원회 위원장직을 사퇴하였다. "객관적으로 봐서 본인이 의장으로 있으면 본인의 책임이 중대할 뿐만 아니라 어떠한 단체에서는 참가를 않겠다는 등 직접·간접으로 이에 미치는 영향이 적지 않을 것이다. 과거에 좌우합작이니 남북협상이니 여러 가지로 이론물의(異論物議)가 분분한 것 같고 하여간 이러한 책임을 절대로 맡을 수 없다. 복잡한 모든 일이 다 정리되고 보면 모르겠으나 현 단계에 있어서는 의장 책임을 절대로 수리할 수 없다. 주관적으로 볼 때 신병이 있고 여러 가지 곤란한 일이 많으므로 그 책임에서 제외하여 주기를 요망한다. 본인의 장래를 위하여 사의를 표명하는 바이다."
1949년 8월 27일 대한국민당, 국민회 등이 민족진영강화위원회 불참을 선언하였다. 그리하여 11월 10일 민족진영강화위원회는 민주국민당, 대한국민당의 다음인 국회 제3당이 되기 위한 방향으로 가게 됐다.
1950년 4월 12일 민족자주연맹 위원장 김규식은 건강문제로 5월 30일에 예정된 제2대 국회의원 선거 출마를 단념하였다. 그는 경남 동래(東萊)에서 무투표 당선으로 추천 받았음에도 감사하다는 뜻을 표할 뿐 현재 정양중(靜養中)에 있으므로 차기 선거입후보는 기권하겠다는 의사를 표명하였다.
납북과 사망.
납북 (1950).
1950년 6.25 전쟁 발발 직후 공산 치하의 서울에서 김규식을 마지막으로 본 강원룡에 의하면 여전히 건강이 안좋은 상태였으나 자신의 신변에 대해서는 걱정하지 않는 눈치였다 한다. 이승만의 정치적 반대자이고 단독정부 수립에 반대해 평양에까지 다녀온 자신을 설마 북한 정권이 어떻게 하리라고는 생각하지 않았기 때문이다. 그 해 6월, 김규식은 한국전쟁때 조선인민군에 의해 납북되었으며, 이때 아무도 그에게 피신할 자동차를 보내주지 않았다 한다. 북한 인민군이 소환을 재촉하자 아들 김진동이 동행하려 하였으나 비서인 권태양이 그와 함께 나갔다.
한편 김규식을 인도한 권태양은 조선로동당에서 침투시킨 첩자였다. 송남헌과 강원룡은 권태양을 첩자로 지목했다. 김규식의 측근이었던 강원룡은 공산 치하의 서울에서 권태양이 박소붕이라는 사람에게 '당신 지금 내가 누군지 알고 이러는 거야? 함부로 떠들지 말아.'라고 하는 말과 그 뒤에 박씨에게 뭐라 하자 박소붕의 태도가 싹 달라지는 것을 보고 권태양의 정체를 의심하였다. 김규식은 북에 가지 않을 목적으로 그를 보냈으나, 그가 김규식이 북에 가도록 일을 만든 것은 아닌가 하고 의혹을 제기하였다.
김규식의 비서였던 송남헌은 권태양이 성시백이 보낸 프락치라고 증언하였다. 송남헌은 한국정신문화연구원 한민족문화연구소 기자와의 인터뷰에서 도처에 공산당의 프락치들이 들어가지 않은 곳에 없었다고 증언하였고 '권태양은 내(송남헌)가 속을 정도로 은밀히 활동하였'다고 진술했다. 송남헌은 또한 '권태양이 성시백의 직접선'이라 하였고 '8월 25일 공산당에서 하는 해주회의에도 갔다' 고 진술했다.
사망 (1950).
1950년 12월 10일 김규식은 오랫동안 앓아왔던 심장병, 천식 등의 병세가 악화되면서 숨을 거뒀다. 향년 69세였다. 1950년 12월 10일에 사망했다는 설은 평양 애국열사릉의 김규식 묘소 비석에 적혀있는 것으로 확실하지는 않다.
그가 1950년 12월 평안북도 만포진(滿浦鎭)에서 노상발병(路上發病)으로 사망했다는 인민군 정치연대장 출신 남로당원 조석호(趙石虎)의 1953년 증언이 있다.
1951년 4월 6일 김규식, 안재홍 등이 자강도에 연행되었다고 보도되었다. 1951년 10월 18일 김규식이 평양의 감옥에서 별세했다는 설이 보도되었다. 1952년에 사망했다는 설도 있다.
1989년 3월 1일 건국공로훈장 대한민국장에 추서되었다. 북한에 납치된 독립운동가 포상을 결정한 대통령 노태우의 결정에 의해 포상되었다. 1990년 8월 15일 조선민주주의인민공화국에서 조국통일상이 추서되었다.
1906년 5월 21일에는 전 군수 조순환(趙淳煥)의 무남독녀인 조은애(趙恩愛, 당시 14세)와 결혼하였다. 1907년 장남 김진필(金鎭弼)이 출생했으나 6개월 만에 병으로 사망하였다. 1910년에 태어난 차남 김진동(金鎭東)은 독립운동을 하였다. 1917년에 첫부인 조은애가 사망하였다.
1918년 12월에 서병호와 김필순의 소개로 황해남도 장연군 출신 김순애를 만나 재혼한다. 본래 김규식은 조은애와의 첫 결혼 이전에 김순애와도 혼담이 오갔다. 김규식은 결혼 직후 구식 여성이던 본처 조은애를 정신여학교에 입학시켰는데, 김순애는 조은애의 정신여학교 동창이기도 했다. 김순애의 사람됨을 알아본 조은애는 죽기 전 김순애와 재혼하라고 권고했다 한다. '당신에게 좋은 사람을 소개시켜줄 것이니 꼭 김순애 양과 결혼하라'는 것이었다.
처음 그가 청혼했을 때 김순애는 받아주지 않았다. 김순애는 고된 결혼생활에 매력을 느끼지 못하고 독신주의를 고집했는데, 병중에 있던 친정어머니 안성은이 '너를 시집보내지 않으면 내가 죽어도 눈을 감지 못하겠다'라고 애원하여 결국 결혼을 하게 되었다는 것이다. 1918년 12월 말 난징의 한 선교사의 집에서 김순애와 간소하게 결혼식을 올린 뒤 다시 상하이로 되돌아왔다. 김순애와 사이에서는 1남 3녀를 얻었다.
김순애는 일제강점기에 독립운동 단체, 사회단체, 대한적십자사 등에서 활동했다. 1919년 한국부인회의 조직에 참여하여 회장이 되고, 부활된 대한적십자사에도 참여하여 간부로 활동하였다. 일제강점기 후반에는 재중 교포 부녀단체의 회원으로 활동하며 대한민국 임시정부의 홍보, 모금, 선전 활동 등에 주력하였다. 성실함과 흔들리지 않는 자세로 교포 사회 여성단체의 중망있는 지도자로 추대되었다. 광복 이후에는 대한민국 임시정부 환국 제1진으로 귀국, 남편 김규식의 활동을 도왔으나 1950년 한국 전쟁 중 남편이 피랍되면서 정계에서 은퇴한 후 교육 사업에 투신하였다.
기타 노력.
외교적 노력.
그는 국제사회에 있어서 각국가는 자국의 이익에 의해서 서로 동맹도 되었다가 적이 된다고 확신했다. 1919년 4월의 파리강화회의 참여 이전까지는 이상론자였으나, 파리 참석이 좌절되고 소련조차도 조선의 독립에 미온적인 반응을 보이자 그는 좌절, 보편적인 정의가 존재한다는 믿음에서 자국의 이익에 의한 합종연횡론으로 세계관을 바꾸게 된다.
그는 친미(親美) 인사이면서 친중국(親中國)인사였고, 소련과도 우호적인 노선을 유지했다. 그러나 미국에서 활동하였고 주로 미 군정청과 교섭하였으므로 친미적 성향이 강하였다. 그러나 미국문명의 장단점을 잘 알고 있었기 때문에 그는 미국에 대해 상당히 비판적이었다. 김규식은 외교 관계를 중요시 하면서도 자주성, 자립성과 경계를 강조하였다. 1919년 4월~7월의 파리강화회담에서 외면당한 것에 대한 미국, 프랑스, 영국 등 구미 유럽 각국의 민주주의(民主主意) 정책에 대한 불신을 갖게 되었고, 미국, 프랑스, 영국을 흡혈귀들이라고 비판하기도 했다.
구미유럽에 대한 대안으로 김규식은 사회주의를 택하였다. 소련의 레닌과 스탈린이 한국의 독립을 지원해줄 것을 확신한 그는 사회주의자들과 손잡고 소련을 찾게 되었다. 그러나 소련에서 조차도 1924년 10월 추방당하면서 불신을 갖게 되었다. 그는 미국을 흡혈귀와 같은 제국주의 침략국가로 보기도 했다. 친미국인사이면서도 미국을 신뢰할 수 없었던 김규식은 해방 직후 미국과 가까이 지내면서도 항상 미국을 경계할 것을 주문하기도 했다.
무장 투쟁 노력.
무장투쟁론과는 거리가 있었으나 무력부대 육성에도 노력을 기울였다. 1913년부터 류동렬, 이태준 등과 몽골로 건너가 무장투쟁을 위한 한인부대 육성을 목적으로 한 군사학교 설립을 추진하였다. 그러나 일본 경찰의 감시와 방해, 마적단의 출현, 적은 월급 등으로 어려움을 겪기도 했다. 1919년 1월에는 모금을 위해 만주를 거쳐서 압록강을 건너 비밀리에 국내에 진입했다가 되돌아가기도 했다. 1923년 만주로 건너가 고려혁명군 조직에 관여했다. ← 앞 내용 모두 삭제할 것. 군사에 관여한 사람은 우사(尤史) 김규식이 아니라 노은(芦隱) 김규식이다. 김규식은 3명이다. 활동영역도 서간도, 북간도, 외교무대로 제각각이다.
그밖의 활동.
사회단체 활동으로는 온건 우파 청년들로 구성한 한국청년단 총재로 청년단을 이끌었고, 1947년에는 조선적십자사 총재에 임명되었다. 정치 활동으로 실제 활동은 부총재 백상규가 대리하였으며 48년 8월 정부수립 이후부터는 49년 대한적십자사가 정식으로 부활할 때까지 임시로 적십자사를 이끌었다.
남북협상에 실패한 후 납북되어 잊혀졌다가 2000년대 이후 재평가가 이루어지고 있다. 이승만 정권에서 금기인물로 지정되었다는 주장까지도 있다. 2000년 8월 김규식의 생애와 사상 5권이 출간되었으며, 그 해 12월의 독립운동가로 선정되었다.