एनसीआयएम स्थापनेचा मुख्य उद्देश देशामध्ये पुरेशा प्रमाणात वैद्यकीय सुविधा तत्काळ उपलब्ध व्हाव्यात हा आहे तसेच भारतीय वैद्यकीय प्रणालीत आरोग्य सेवेमध्ये अंतर्भूत होत असलेल्या सर्व गोष्टींचे प्रमाणिकरण करताना उच्च नैतिक मानक ठेवण्यास प्रोत्साहन देणे आहे