हालांकि नमामि गंगे कार्यक्रम के तत्वाधान में गंगा के संरक्षण का काम तेजी से चल रहा है गंगा की सहायक नदियों जैसे यमुना हिंडन रामगंगा कोसी आदि नदियों की सफाई का काम प्राथमिकता के आधार पर हाथ में लिया गया है।