 खाई पाटने की परियोजना के अतिरिक्त एमएसडीपी के अंतर्गत ऐसी नावाचारी परियोजना को लेने का प्रावधान हैं जो विभिन्न मंत्रालयों के वर्तमान सीएसएस द्वारा कवर नहीं की गई है और जिनका धन पोषण 6040 अनुपात के आधार पर होता है और पूर्वोत्तर राज्यों तथा पर्वतीय राज्यों में यह अनुपात केंद्र और राज्य के बीच 90 और 10 का है।