केन्द्रीय विद्यालय संगठन का मुख्य उद्देश्य केन्द्र सरकार के तबादले वाले कर्मचारियों के बच्चों को बिना किसी बाधा के गुणवत्तापूर्ण शिक्षा प्रदान करना है जबकि नवोदय विद्यालय समिति प्रतिभाशाली छात्रों विशेषकर ग्रामीण पृष्ठभूमि से आने वाले बच्चों को गुणवत्तापूर्ण शिक्षा प्रदान करती है।