आयोग का सबसे महत्वपूर्ण दायित्व यह सुनिश्चित करना है कि यात्री यातायात के लिए खोली गई प्रत्येक ई रेल लाइन रेल मंत्रालय द्वारा अनुशंसित मानकों एवं निर्देशों के अनुरूप हों तथा नई रेल लाइन हर लिहाज से यात्री यातायात के परिचालन के लिए सुरक्षित हो।