आयुष प्रणालियों में अनुसंधान गतिविधियों को बढ़ावा देना आयुर्वेद योग व प्राकृतिक चिकित्सा यूनानी सिद्ध और होम्योपैथी को समर्पित अनुसंधान की केंद्रीय परिषदें जो कि मंत्रालय के अधीन स्वायत्त निकाय हैं वे आयुष अनुसंधान का मुख्य आधार बनी रहीं।