इसके बावजूद गृह मंत्रालय ने 17 सितम्बर 2018 को प्रावधानों में और छूट देते हुए अंडमान और निकोबार द्वीपसमूह आने वाले विदेशियों का एफआरओ के साथ अनिवार्य पंजीकरण को समाप्त कर दिया और 29 जून 2018 को जारी सर्कुलर द्वारा पहले से छूट प्राप्त द्वीप समहों की सूची में वाईपर द्वीप को जोड़ दिया गया। आयोग का मत है कि गृह मंत्रालय का यह निर्देश भारत के संविधान के अनुच्छेद 338ए (9) के अनुरूप नहीं है।