2002 के संशोधन के बाद एनईसी को पूर्वोत्तर क्षेत्र के लिए क्षेत्रीय नियोजन संस्था के रूप में कार्य करने का अधिकार दिया गया है और एनईसी इस क्षेत्र के लिए क्षेत्रीय योजना बनाते समय दो या अधिक राज्यों को लाभ पहुंचाने वाली योजनाओं और परियोजनाओं को प्राथमिकता देगी। परिषद सिक्किम के मामले में विशेष परियोजनाएं और योजनाएं बनाएगी।