हरिद्वार और षिकेश शहरों की प्रमुख समस्या यह है कि यहां आवासीय तथा औद्योगिक इकाइयों से अपशिष्ट जल के प्रवाह की व्यवस्था सीवेज प्रणाली से पूरी तरह से जुड़ी हुई नहीं है जिसकी वजह से सारा प्रदूषित जल शोधन संयंत्रों तक नहीं पहुंच पाता।