एसटीआईपी 2020 सचिवालय की स्थापना प्रमुख वैज्ञानिक सलाहकार (पीएसए) एवं विज्ञान तथा प्रौद्योगिकी विभाग (डीएसटी) द्वारा संयुक्त रूप से समस्त एसटीआईपी 2020 नीति निर्माण प्रक्रिया को समन्वित एवं निष्पादित करने के लिए की गई है।