किसान को अनाज की लागत का भुगतान करने से शुरू की गई प्रक्रिया से लेकर एफपीएस दुकान मालिकों को कमीशन का भुगतान करने तक भारत सरकार द्वारा परिचालनों की कुल लागत चावल के लिए लगभग 39 रुपये प्रति किलोग्राम और गेहूं के लिए लगभग 28 रुपये प्रति किलोग्राम की दर से वहन की जाती है।