मोहंती को 1988 में भारतीय भौतिकी सोसायटी का युवा वैज्ञानिक पुरस्कार 1991 में भारतीय राष्ट्रीय विज्ञान अकादमी द्वारा युवा भौतिक शास्त्री पुरस्कार और 2001 में होमी भाभा विज्ञान और प्रौद्योगिकी के परमाणु ऊर्जा विभाग से पुरस्कार मिल चुका है।