मत्स्य पालन पशुपालन एवं डेयरी मंत्रालय का मत्स्य पालन विभाग एफआईडीएफ के तहत एनएलई की ओर से रियायती वित्त मुहैया कराने के लिए 3 प्रतिशत तक की वार्षिक ब्याज सब्सिडी मुहैया कराता है। हालांकि यह ब्याज दर 5 प्रतिशत वार्षिक से कम नहीं होनी चाहिए।