पूरे एसटीआईपी 2020 नीतिनिर्माण प्रक्रिया के समन्वय और क्रियान्वयन के लिए प्रधान वैज्ञानिक सलाहकार (पीएसए) के कार्यालय तथा विज्ञान और प्रौद्योगिकी विभाग (डीएसटी) द्वारा एसटीआईपी 2020 सचिवालय को संयुक्त रूप से स्थापित किया गया है।