ये इंजाइम्स वायरल प्रोटीएज (पापैन जैसे प्रोटीएज एवं 3सीएल प्रोटीएज) आरएनए निर्भर आरएनए पोलीमेराज (एनएसपी 12) एवं मेथिलट्रांसफेराज या एमटी एसे (एनएसपी 14) हैं। वायरल प्रोटीएज जो वायरल रोगजनकों के जेनेटिक मैटेरियल (डीएनए या आरएनए) द्वारा इनकोडेड इंजाइम्स होते हैं सेलुलर प्रोटीनों में विशिष्ट पेप्टिक बौंडों के क्लीएवेज को उत्प्रेरित करते हैं।