मुखर्जी ने देश में औद्योगीकरण की नींव रखी और चित्तरंजन लोकोमोटिव फैक्ट्री हिंदुस्तान एयरक्राफ्ट फैक्ट्री सिंदरी फर्टिलाइज़र फैक्ट्री और दामोदर वैली कॉरपोरेशन जैसी परियोजनाओं के विकास में बहुत महत्वपूर्ण भूमिका निभाई।