परियोजना से जुड़े प्रत्येक राज्य में पूर्वोत्तर क्षेत्र विकास मंत्रालय के अंतर्गत केंद्रीय स्तर की एक संचालन समिति एवं आंतरिक परियोजना प्रबंधन इकाई (आईपीएमयू) और राज्य स्तरीय संचालन समिति एवं परियोजना प्रबंधन इकाइयों (पीआईयू) की स्थापना की गई है।