एसटीआईपी 2020 सचिवालय की स्थापना मुख्य वैज्ञानिक सलाहकार (पीएसए) के कार्यालय और विज्ञान एवं प्रौद्योगिकी विभाग (डीएसटी) द्वारा संयुक्त रूप से की गई है जिससे संपूर्ण एसटीआईपी 2020 नीतिनिर्माण प्रक्रिया के लिए समन्वय और निष्पादन का कार्य किया जा सके।