जैव प्रौद्योगिकी विभाग ने अपनी स्थापना के बाद से देश भर में विभिन्न अनुसंधान संस्थानों विश्वविद्यालयों वैज्ञानिक संगठनों राष्ट्रीय प्रयोगशालाओं आदि में विभिन्न स्तरों पर काम करने वाले वैज्ञानिकों के योगदान को प्रोत्साहित और मान्यता दिलाने के लिए विभिन्न पुरस्कारों की शुरूआत की।