Title: 洞窟物語 (Cave Story)
Section: ストーリー

本作はマルチエンディング形式となっている。以下では先ず、共通ルートと真のエンディングの条件を全て満たさなかった場合の通常エンディングを記述する。共通ルート/通常エンディング洞窟の中で目覚めた主人公の少年。記憶を失っており自らの名前も分からぬ中、スーという人物に助けを求めるカズマという人物の通信を耳にする。洞窟を抜けた主人公はその先にあったミミガーという生物の村で、ミミガーであり村民のトロ子と村のナンバー1・キングと出会う。2人はスーと呼ばれる人物を知っており、トロ子は村に来たばかりのスーと仲良くし、トロ子の亡き兄・アーサーの家で共に住んでいたが、キングはスーをよそ者扱いしていた。村では過去、ミミガーを攫って時に殺すドクターという人物が襲来しており、キングは次にドクターが来た時に備え、家に閉じこもるよそ者のスーを犠牲にするつもりでいたがトロ子はそれを止める。すると、ドクターの命令でスーを探しにやって来たドクターの手下・ミザリーとバルログが村に現れ、トロ子をスーと勘違いし連れ去ってしまう。その後、主人公はスーがいるというアーサーの家にやって来るもそこにスーの姿はなく、タマゴ回廊という場所へと繋がった転送装置があり、主人公はそこへ向かう。タマゴ回廊ではミミガーの少女がバケモノに襲われており、主人公はバケモノを倒す。バケモノの正体は凶暴化したミミガーであった。主人公に助けられた少女はこの島から脱出したがっているらしく、タマゴ回廊で脱出に必要な飛竜の卵を見つけるが孵化させることはできず、主人公と共に一旦村に引き揚げる。主人公に助けられ、村に帰って来た少女――スー（坂本 数）は兄・カズマと連絡を取る。カズマはクサムラという場所のシェルターから出られなくなってしまっていた。スーはカズマを助けに行こうとするがそこへキングが現れ、ドクターの手先が来た時にスーと引き換えにトロ子を返してもらおうとスーを檻に閉じ込める。主人公はスーの頼みで代わりにクサムラへ行き、シェルターに閉じ込められたカズマ（坂本 数馬）を助ける。直後、シェルターの転送装置からカズマの仲間・ブースター博士も現れ、3人は村のスーの元へと向かう。同じ頃、村では檻から出されたスーが自身の知るドクターについての情報をキングたちと話し合っていた。そこへカズマとブースターも到着。スー、カズマ、ブースターはドクターの元から逃げ出した人物であり、この島から飛竜による脱出を試みていたが、ドクターがミミガーを集め、さらにミミガーに食べさせると凶暴化し殺人兵器と化す赤い花の在処を見つけたことをブースターは知り、脱出を中止。そしてブースターは、10年前にこの島に派遣され全滅したとされる武装探索ロボット――その中の1人であろう主人公に対し、ドクターによる凶暴化したミミガーを用いた戦争を防ぐべく、赤い花の在処である危険な砂区で赤い花を探して一つ残らず焼き払うよう頼む。砂区で主人公は、主人公の事をミミガーを殺すロボットであると誤解したロボットの少女に襲い掛かられるが、主人公は反撃して誤解を解く。彼女はカーリーブレイスという名で、彼女も記憶を失くした人物であった。ミミガー達と共に生活する彼女らの話から主人公は、赤い花について知っているであろう人物――ミザリーの母にして砂区を管理していたジェンカの元へ行く。赤い花の種がある倉庫を管理していたジェンカは赤い花の危険性を説き、惨劇を招かぬ為に誰に対しても倉庫を開放しないと主人公に告げるが、その後バルログによりジェンカが襲われ、倉庫の赤い花の種が全てドクターの手中に落ちてしまう。さらにドクターは倉庫に咲いていた赤い花の効果を確認するため、捕らえていたトロ子に食べさせる。その時、キングが現れドクターに攻撃を仕掛けるが返り討ちに遭ってしまう。直後、倉庫に到着した主人公は赤い花により凶暴化したトロ子を倒す。そしてキングは仇をとってほしいと主人公に言い残し力尽きる。しかし戦闘後、隙を突かれた主人公はミザリーにより島のゴミ溜め――迷宮に飛ばされてしまう。迷宮で主人公は同じくミザリーに飛ばされたカーリーや、重傷を負ったブースターと再会。ブースターはこの島が迷宮のどこかに居る、とある生命体の力によって空中に浮かんでおり島の心臓であるそれを破壊すればこの島の機能が停止すると伝え、空を飛ぶ機械であるブースターv0.8を主人公に託して死亡する。主人公とカーリーが迷宮を脱出すべく共に進んでいく中、島の心臓――コアを発見し、破壊しかけるがミザリーが現れてコアをドクターの研究室に転移。するとその場が急激に浸水し始める。息が続かずに気を失う主人公にカーリーは自らのボンベを託す。主人公が意識を取り戻した時にはその場にいたカーリーは返事をせず動かなくなってしまっていた。主人公が水路の流れに沿っていくと、ミミガーの村の貯水池に流れ着いた。しかし村には誰一人としていなくなっており、アーサーの家のパソコンには「タマゴ回廊へ」とカズマのメッセージがただ残されていた。主人公がタマゴ回廊へ向かうとそこは崩壊していたが、その奥地にはカズマと孵化に成功した飛竜がいた。カズマ達は主人公が砂区に向かった後、逃げ道の確保を急いでいたがミザリーによりスーは連れ去られてブースターも消されてしまい、凶暴化ミミガー軍団ができるのも時間の問題となる中、カズマは飛竜で島から脱出を図るためここへやって来たのだ。カズマから飛竜で共に逃げるか問われるが主人公は否定。するとカズマは島のコアを破壊すれば島が崩壊するかもしれないが、凶暴化したミミガーが元に戻せると話す。コアを探すべく、主人公が島の外壁を登って進んでいくと大農園があった。そこでは何も知らぬミミガー達がドクターに騙され、赤い花を育てていた。主人公は大農園の警備に発見され攻撃を受けて気を失い牢に入れられる。主人公が目覚めた時、ポケットにスーからの手紙が入っていた。スーは同じ牢に居たものの主人公が目覚める前に連れていかれてしまったのだ。手紙には、スー達が島の研究の為に地上からヘリでやって来たこと、その一員であったドクターは恐ろしい魔力を手に入れる悪魔の王冠の入手を密かに画策していたこと、王冠を手にしたドクターにスー達は逆らえなかったこと、ドクターは凶暴化したミミガーを魔力で思い通りにして島を拠点に地上に攻撃を仕掛けようとしていること、そして農園のカクレガに潜伏し、対策を考えているであろうスーの母親の力になって欲しいと書かれていた。主人公は牢屋を脱し、スーの母親・坂本 百鈴と研究員の伊藤に助力してドクターの玉座に向かう為のロケットを完成させる。玉座に到達した主人公は待ち構えていたミザリーを打ち倒し、その後ドクターと対峙。ドクターは赤い花から理性を破壊する物質を取り除き凝縮させて人間にも利用可能な赤い結晶を完成させ自ら用いて戦うが、最終的に赤い結晶の力が暴走し、主人公に倒され体が崩れ去る。主人公はその先に保管されたコアの元に辿り着くが、ミザリーがスーを人質にして主人公に対しコアから離れるよう命令する。しかしそこへ体がボロボロになったドクターが現れる。赤い結晶によってこの状態で尚も力を漲らせていたのだ。主人公はドクターに操られたミザリーとスー、そしてコアとドクターが一体化したアンデッドコアとの決戦の末、アンデッドコアを破壊。島が崩壊し落下をし始める中、主人公はスーと共にその場を脱し、2人が島から飛び降りた所を飛竜に乗ったカズマがキャッチ。ドクターに捕らえられていたミミガー達も伊藤と百鈴と共にヘリコプターで島から脱出し、一同は帰還したのだった。バッドエンディング崩壊したタマゴ回廊の奥地で、主人公はカズマと共に飛竜で逃げることを選択。主人公は無事に島を脱出することができた。やがてドクターがこの島を拠点として地上の国々への攻撃を開始するであろう中、主人公とカズマは2人、ドクターの手の及ばない山奥で慎ましく暮らしたのだった。真のエンディング迷宮で主人公はミザリーに飛ばされたブースター博士と再会することなく、カーリーと共に迷宮を進む。そしてコアと対峙した後、主人公は浸水する中でカーリーにボンベを託される。水中でピクリとも動かなくなったカーリーだったが、まだ生きているようであった。主人公は周囲にあったけん引ロープでカーリーと共にその場を脱し、水路の道中の小部屋でカーリーをケアすると、彼女は目を覚まして無事を喜んだものの程なくして眠りに落ちる。主人公はカーリーを連れ再び水路を進むが、道中でカーリーと離れ離れに流されてしまう。主人公はミミガーの村の貯水池に流れ着くが、村には誰一人としていなくなっていた。主人公がアーサーの家を訪れると、転送装置からブースターが現れる。迷宮の壊れた転送装置を直して自ら帰還したのだ。ブースターは主人公に空を飛ぶ機械であるブースターv2.0を託し、もう一度スーに会った時はスーを連れてこの島から逃げて欲しいと頼む。主人公が崩壊したタマゴ回廊を越え、大農園にやって来ると泉の近くに記憶を失ったカーリーがいた。食べると記憶が戻るというキノコを主人公が調達してカーリーに食べさせるとカーリーは記憶を取り戻し、主人公をクォートと呼んだ。そして彼女は、この島に眠る大きな力である悪魔の王冠を目的にかつて多くの武装ロボットが地上の国々から派遣されミミガーが殺されて島が荒らされていたこと、一方でクォートとカーリーの2人は他のロボットとは異なり王冠を破壊する為に派遣されたこと、そんな中で1人の男が王冠を手に入れ、その男がミミガーを凶暴化させ地上への攻撃を始めたこと、クォートとカーリーは共に王冠の男に立ち向かいダメージを与えながらも歯が立たず、その後は思い出せない、と自身の知る過去を主人公――クォートに伝え、クォートはカーリーから鉄のきずなを得る。そしてクォートは百鈴と伊藤のロケットでドクターの玉座へ向かい、ドクターと対峙してアンデッドコアを破壊。島が崩壊し落下をし始める中、クォートはスーと共にその場を脱そうとするが、その道中の亀裂にクォートは潜り込む。亀裂の先には血塗られた聖域が広がっていた。道中で倒れていたカーリーと共に聖域を進んでいく中で、クォートはジェンカの弟であるボロスという男の過去を語る誰かの声を聞く。姉と同じく人間には無い魔力を持ったボロスは、国民から愛され信頼されていたが、国王が嫉妬しボロスは残酷な刑に処されたこと、あまりにも残酷な刑によりボロスの魔力が暴走して王国は一夜にして滅んでしまい、ジェンカは狂ってしまった弟を空中に浮かぶこの島に幽閉したこと、幽閉されたボロスにジェンカの娘・ミザリーは悪魔の冠を作らせるが、冠に呪われたミザリーは冠を手にした人間に逆らえなくなってしまったこと、冠を破壊してもボロスが死なない限り何度でも冠は復活し呪いが解けないこと――そして最後に、ミザリーを永遠に解放し悲劇を繰り返さない為、ボロスを殺してほしいとボロスの飼い犬の魂はクォートに伝える。クォートとカーリーは聖域の最奥――封印の間に幽閉されたボロスの元へ辿り着く。ボロスは魔力の暴走をとめる者が現れるのを待ち望んでいた。クォートとカーリーが死闘を制しボロスを倒すと、負の力が弱まった為か島の落下が止まる。カーリーは自分たちの仕事が終わったことを悟るが、封印の間の壁が迫り始め2人は押しつぶされそうになる。するとバルログが2人の元にやって来て、2人はバルログと共にその場を脱する。ボロスが倒されたことでミザリーとバルログの呪いが解け、ミザリーの使いとしてバルログはクォートとカーリーを助けたのだ。役目を終えたカーリーは、どこか見晴らしのいい所でのんびり暮らしたいと話す。バルログも一緒に居たがっていた為、カーリーは3人で一緒に暮らそうと言い、住むのにいい場所をバルログに任せる。そしてクォートとカーリーは羽ばたくバルログの背に乗ってどこかへと飛び去っていくのだった。