Title: エンド_オブ_エタニティ (Resonance of Fate)
Section: ストーリー

シリアスな世界観とは裏腹に、物語の多くの場面にギャグシーンがあり、チャプターの約半数がコメディ回である。クリア後の周回を重ねることでストーリーに組み込まれた伏線に気づいていくという内容になっている。オープニングデモ1本編より約2年前。カーディナル・ラガーフェルドに連れられ、惨劇が起きた神学校に赴いたヴァシュロン。その惨劇の犯人である少年ゼファーの荒々しい攻撃を華麗にかわし、彼を処刑する。オープニングデモ2本編より約20年前。教皇フリーダの突然の死に茫然自失とするカーディナル・ロエンの下に謎の男、サリヴァンが現れる。彼はロエンに「あなたはここより先に進まなければなりません。」と語った後、彼をゼニスに案内する。自分たちが神だと信じていたモノとフリーダの死の真相を知ったロエンは激昂し、サリヴァンに掴みかかる。サリヴァンは「理論と感情が融合した新たな信仰を作ろう」と、ゼニスを自分たちの思うがままに動かす実験を持ちかける。オープニング本編より約1年前。クリスマスで賑わう12月24日、賑わう大衆を眼下に実験体20号はある意志を持って日付が変わる時計の鐘の音を合図に飛び降り自殺を図るも、ゼファーの咄嗟の機転で助けられる。しかし、ゼファーが掴んだワイヤーが切れ、二人はそのまま下に落ちていく。その瞬間、眼下に光り輝く刻印が現れる。Prologue 「天頂の星」本編スタート。手にすれば願いが叶うと言われる宝石、「天頂の星」を届ける依頼を受けたヴァシュロンたちは待ち合わせ場所のカフェに現れた謎の男、サリヴァンから天頂の星を受け取り、依頼主であり、この世界バーゼルの指導者のひとり――カーディナルでもあるペーターの邸宅へ向かう。Chapter1 「命の重さ」過去、大規模な戦闘が起こり崩壊した町「ルキア」。そして、その戦闘に参加した部隊の中で単身生還を果たしたヴァシュロン。ある日、ヴァシュロンはかつて自分の上官であり部隊長だった亡きビクトーの妻であるカーディナル・テレサに、夫が眠るその町に花を供えて来てほしいと依頼を受ける。そして彼はゼファー、リーンベルと共に多くの戦友が眠るその町へ向かう。Chapter2 「停電」3人が住むエベルシティにて停電が発生。彼らはバーゼル内の予備電力が切れる前に事態を解決するべく「ヒュース発電所」へ急行する。その最奥では発電能力を持ったモンスターが巣食っており、これを撃破。ヴァシュロンの（いい加減な）操作によって電力は回復し、事態を解決したPMFとして一目置かれるようになる。Chapter3 「花」権力者であるカーディナルの中でもNo.2であり、美を追求する芸術家でもあるガリジャーノンの彫像制作に協力することになった3人。そして彼らは、彫像制作に必要な素体を取りにガリジャーノンのアトリエのある危険なエリア、「彫刻の森」へと向かう。その奥で彼らは現在では大変貴重な花が一面に広がっているのを目撃する。Chapter4 「小さな世界」以前、ガリジャーノンに彫像制作を依頼したカーディナルジャンポーレに彫像（神像）、「慈愛の女神」の運搬を依頼される。しかしながら勝手に神像のモデルにされたリーンベルはいささか不機嫌なよう。仕事を終えたゼファー、リーンベルにヴァシュロンは「ものすごく大きいけど、本当はちっぽけなもの…わかるか？」と問う。しばし考える2人。そして2人はその答えが個人が持つ「それぞれの世界」だと知る。バーゼルに風と共に吹き込む花びらを見たリーンベルは、バーゼルが狭い世界だということ、そして花びらがどこから飛んでくるのかと思う気持ち、可能性を信じることの大切さを学ぶ。一方、シャンデリアにおいてサリヴァンはゼニスの研究のため、ロエンに彼の所持する指輪の提供を申し出る。Chapter5 「変わりゆくもの」美食家カーディナルであるバーバレラから緊急の依頼を受けたヴァシュロンたち。しかし実際はワインの貯蔵庫からワインを持ってくるだけの仕事だった。使いっぱしりのような仕事に愕然とするヴァシュロンだが、渋々引き受け、3人は彼女の所有するワインの貯蔵庫があるシルバーキャニオンへ向かう。道中、イエティに襲撃されながらも無事ワインを確保することに成功するが、ヴァシュロンは依頼された高級ワインと安物のワインのラベルをすり替え、安物のほうを彼女に届け、もう一方をバーに持ち込み飲むことを提案する。バーにおいてヴァシュロンとマスターとの会話の中、ふとリーンベルは自身の過去に想いを馳せる。変わらないと思っていたことが変わっていく事実、しかし変わっていくからこそ楽しめる。絶えず変わっていく人と世界の中、彼女は徐々に「変化」を受け入れ始める。Chapter6 「病」風邪をひいてしまったリーンベル。風邪薬を取りに行こうとするも、薬品庫を管理するバーバレラには前回の仕事でのワインのすり替えがバレていた。気落ちするヴァシュロンに構うことなくゼファーは彼と共に薬品庫「ケミークロ」へ向かう。Chapter7 「星の鉱脈」クォーツが一面に広がる鉱脈、「第24番鉱脈」が元軍人ゲルシー率いる一個師団に占拠される。3人はサリヴァンからゲルシー討伐の依頼を受け、その鉱脈へ急行、ゲルシーと対峙する。ゲルシーは共にシャンデリアを落とし、世界を統べようと3人を誘うが、ヴァシュロンはそれを拒み戦闘になる。その後、ゲルシーを倒した3人は依頼主のサリヴァンに出会う。女子供に危険な仕事をさせているヴァシュロンにサリヴァンは呆れの色を見せるが、彼はその中の1人にリーンベルがいることに気づく。彼はヴァシュロン、ゼファーに「彼女を大事にしてあげてください…」と言い残し、その場を去る。Chapter8 「初デート」復興中の寂れた街「ペーティリア」。その復興作業の指揮をとっているカーディナルペーターは、街の視察の護衛にリーンベルを指名し仕事を依頼するが、実はそれはデートのための口実だった。それに感づいたヴァシュロン、ゼファーはキャメラを持ってリーンベルの後をつけるためペーティリアに向かう。Chapter9 「聖刻」過去ルキアにおいての大規模戦闘から単身生き残ったヴァシュロンは、カーディナルアントリオンからその時の詳細について聞きたいと依頼を受ける。部隊壊滅の直接の原因であるアントリオンからの依頼に少々不機嫌なヴァシュロンだったが、ゼファー、リーンベルと共にアントリオン邸に向かう。アントリオン邸に到着したヴァシュロンは、神が起こした奇跡、命を絶つほどの力が働いたにもかかわらず生き延びた人間の存在、そしてそこに必ず残されている不可思議な刻印「聖刻」の存在をアントリオンから聞く。「おぬしも見たことがあろう？」アントリオンの問いにヴァシュロンはゼファー死刑執行の際のことを思い返す。奇跡との縁が深く、また奇跡の体現者であるヴァシュロンにアントリオンは大規模戦闘の際、ヴァシュロンの前にも現れたはずであろう聖刻の調査を改めて依頼する。そしてヴァシュロンたちは英霊たちの眠るルキアに再び向かう。ルキアの中で特に激戦となった「パークウェイ」に到着したヴァシュロンは、聖刻が自身を襲った者の存在に現れたことを思い出す。「奇跡って本当にあるのかねぇ？」その質問に対し答えは気持ちの問題、生き方であるとヴァシュロンは悟り、ルキアを後にする。Chapter10 「神学校」数年前の銃撃事件によって惨劇の舞台になった神学校。詳しい理由を知らないリーンベルは、塞ぎこみ部屋に閉じこもるゼファーを心配する。「今日は俺とあいつが初めて会った日だ」過去にその事件を担当したヴァシュロンは、詳しい理由を知らないリーンベルと共に過去の惨劇の舞台へ花を添えに出かける。そこでリーンベルはゼファーの驚愕の過去を知る。Chapter11 「感情を置く場所」惨劇の起こった神学校を管理していたカーディナル・ラガーフェルド。彼は多くの子供たちを虐殺したゼファーを許すことができず、当時の事件について手を尽くして内情を調べていた。そしてひとつの事実を知り、ゼファーと彼の犠牲になった子供たちの墓標を用意し、ヴァシュロンのもとを訪れる。しかし、ヴァシュロンはゼファーとラガーフェルドの接触を拒もうと「ゼファーは旅に出ている」「いつ戻るかわからない」などと惚けてしまう。ラガーフェルドはヴァシュロンに「お前は彼を肯定するのか!?」と問う。ヴァシュロンは「肯定はしない」と引き下がり、道を空けるがラガーフェルドは家屋へは入らず、玄関前でゼファーに呼びかける。呼び出しを受けたゼファーは、自分の気持ちの整理がつかないままラガーフェルドと対峙。テレポートや念動力といった不可思議な力とショットガンを扱う一騎当千のカーディナル・ラガーフェルドと一騎討ちの末勝利。地に伏したラガーフェルドは、ゼファーにある物を見せる。Chapter12 「結婚式」シマーノという男性からヴァシュロンは依頼を受ける。内容は「元カノとカーディナル・ジャンポーレの結婚式を妨害して欲しい」というもの。しつこく「本当に依頼を受けてくれるんだろうな」と食い下がるシマーノに「そんなんだからフラれるんだよ」と呆れながらも、依頼を遂行すべくヴァシュロンはゼファーとリーンベルを呼ぶが、2人は別口の依頼を受けていたことを思い出す。久しぶりの単独活動に張り切りながらも、どこか寂しそうにするヴァシュロン。ジャンポーレの兵隊が警護する「スクエアガーデン」へと乗り込む。一方、ゼファーとリーンベルはジャンポーレから「偽装結婚式を挙げ、結婚式の妨害を企む者を討ってほしい」と依頼を受けていた。カーディナルの正装に着替えたゼファーと、ウェディングドレスを着たリーンベル。2人はスクエアガーデンの式場で、誰もいない結婚式を執り行う。そこへジャンポーレの武装部隊を撃破したヴァシュロンが現れる。Chapter13 「クリスマス」ヴァシュロンはカーディナル・テレサから依頼を受ける。内容は「サンタとトナカイのキグルミを着て、子供たちにプレゼントを配って欲しい」というもの。毎年、これを担当している者がいたが、今回は出られないということで代理を頼まれた。プレゼントを配り終えたリーンベルは、テレサから「大聖堂にロエンがいる」という話を聞き、単身大聖堂へと向かう。Chapter14 「古い約束」ヴァシュロンとゼファーから勇気をもらったリーンベルは、ロエンとの再会で過去を思い起こす。施設で自分を含む孤児たちの面倒を見てくれた「先生」、ユリス。再会の約束を果たすべく、そして死ぬことを前提とした実験体に過ぎなかった「自分たち」に優しく接してくれたのか。その真意を問うため、リーンベルは単身医療施設「エターシル」へと向かう。しかし、レイニーブリッジでヴァシュロンとゼファーに追いつかれ、説得の末にリーンベルは彼らとともに向かうことを決意。だが、エターシルではロエンの兵隊「R-コマンドー」による虐殺が繰り広げられていた。ロエンはリーンベルの正体を知り、「なぜ彼女が生きているのか」とサリヴァンに問いただそうとするも彼は既に行方をくらませた後だった。サリヴァンはエターシルにてユリスに危機を伝え、逃げるように言うが決して動こうとはしなかった。まるで浮浪者のように気力をなくしたユリスは、リーンベルが来ないことを知りながら約束の場所で最期を迎えるつもりだった。Chapter15 「推し量る事のできない力」ユリスを保護した一行は、彼からクォーツに関する事実を聞かされる。クォーツが割れると、それと連動して人が死ぬ。かつて鉱脈でクォーツが乱獲された時期にフォーセイクンの住民が死に絶えたこと、そしてカーディナル・ペーターがクォーツの破壊とともに息を引き取ったこと。事実を裏付ける根拠があっては信じるしかなく、リーンベルのクォーツを持つというサリヴァンを追うことになった。サリヴァンの邸宅に手がかりを求めてやってきた一行は、そこで目的の人物と出会うことになる。Chapter16 「大聖堂」サリヴァンはロエンの銃弾に討たれ、リーンベルのクォーツの手がかりは完全に途絶えた。そして、サリヴァンは「私が死ねば、リーンベルのクォーツは壊れるようになっている」と言い残していた。ロエンの「R-コマンドー」を撃破したリーンベルたちは、アジトへと戻り、最後の決戦に備えてそれぞれ決意を固めていた。「肩を並べてこそ信頼に足る」かつての師の遺言を守り、仲間たちと共に戦場に向かうヴァシュロン。最愛の女性を命の危機に晒す要因となったロエンへの復讐を果たすべく、銃を手に取るゼファー。今の彼に経典は不要なものだった。あの時、自分を外の世界に出してくれたロエンと向き合い、一歩踏み出そうとするリーンベル。誰もがただ前だけを見つめていた。一方、ロエンは「償いたい」という想いを押し隠し、3人と最後まで戦うことを決意。彼らが勝てばリーンベルのように「フリーダが生き返る」という奇跡を信じて死に、逆に自分が勝てばサリヴァンの理論を信じてゼニスを意のままに操り、機械によって選定される不条理な死を克服する。そんなロエンのもとに、2人のカーディナルが訪れる。ガリジャーノンとアントリオン。旧友ロエンの危機を感じ取り、2人はヴァシュロンたちと敵対する。神が安置されたバーゼル。その最も高き場所にて、相対する信念を持つ者たちが最後の戦いを繰り広げようとしていた。