Title: ゴジラアイランド (Godzilla Island)
Section: ストーリー
Subsection: 第2シーズン

ミサト登場編（第129 - 148話）トレマとザグレスが地球を去ってから1年が過ぎた。ゴジラアイランドにはすっかり平和が訪れ、司令官もルーカスも緊張感を失っていた。だがそんなつかの間の平和を破り、暗黒大皇帝がランデスという新たなる地球攻撃隊長を地球に差し向ける。ランデスはヴァバルーダでゴジラアイランドに向かうと、司令官に降伏を迫った。司令官はそれに対し、「破壊力のある対空レーザー砲があるぞ」とランデスを脅し、追い返すことに成功。しかし、ランデスが送り込んだ小型コンピュータロボットのキャメロンにより、対空レーザー砲が1発も撃てないことを暴かれてしまった。ランデスは再びゴジラアイランドに進軍、ビーム砲で怪獣たちと基地を攻撃してくる。だがその時、謎の声と共に対空レーザー砲が火を噴いた。突然のことに動揺したランデスは撤退する。そして基地に、1人の女性が現われる。彼女こそ、地球政府の辞令でゴジラアイランドに赴任してきた怪獣ドクターにして、司令官の一人娘・神宮寺ミサトだった。突然の娘の赴任に戸惑う司令官はミサトを追い出そうとするが、ミサトは断固としてそれを受け入れず、与えられた研究室で仕事を始める。その時、ゴジラアイランドにミサイルが落下してきた。しかし、ミサイルは爆発せず不発に終わる。ミサトはメディカルジェットジャガーを駆って、自らミサイルを解体しようとする。司令官がそれを阻止しようと揉めている最中、ジュニアがミサイルを触ってしまう。すると、ミサイルから黄色いガスが漏れ出した。至急、怪獣たちを避難させたミサトは、ガスのサンプルを採取して煙の分析を始める。そんな中、今度はゴジラアイランドの上空に巨大なラジオが飛来。司令官は対空レーザー砲で迎え撃とうとするが、射程が足らず撃墜出来ない。ランデスはラジオから音楽を流し始めた。すると驚くべきことに、怪獣たちが踊りだした。唖然とする司令官とルーカスを前に、散布されたガスはダンスグロビンという物質であると話すミサト。それを浴びたために怪獣たちが踊りだしてしまったのだ。司令官は至急解毒剤の開発をミサトに依頼するが、ダンスグロビンを解毒する酵素はまだ発見されていないため、解毒剤の製造は不可能だった。狂ったように踊り続ける怪獣たちのダンスは丸一昼夜続いた。体力の限界が近づく怪獣たちを前に、業を煮やした司令官は自らメカゴジラに搭乗して巨大ラジオを破壊しようとするが、ラジオから発せられる高周波で撃墜されてしまう。ミサトは必死に戦う父の姿を見て奮起し、「やるっきゃない！」と対策に講じる。そしてミサトは、基地に帰ってきた司令官に、第3カタパルトからスピーカーを出すように依頼する。スピーカーから大音量で音楽を流すミサト。ミサトの考えた作戦とは、高出力の超音波で逆にスピーカーを攻撃することだった。焦ったランデスは音量を最大に上げるが、ミサトも負けじとこれに対抗。出力の上がり過ぎた双方は、大爆発を遂げる。音楽が止まり、バタバタと倒れる怪獣たち。怒ったランデスは、キングギドラをゴジラアイランドに送り込む。司令官はモゲラを出撃させ迎え撃たせるが、キングギドラの引力光線に撃墜されてしまう。打つ手の無い基地を執拗に空爆するキングギドラ。あわやと思われた瞬間、ダンス地獄から解放されたゴジラが登場。キングギドラに熱線を浴びせ墜落させ、後方から掴みかかる。キングギドラも負けじと引力光線で反撃し、壮絶なバトルが展開される。ゴジラは背負い投げでキングギドラを圧倒するが、もうすぐというところで、ダンス地獄の疲れが来てしまう。そこにミサトの乗ったメディカルジェットジャガーが到着。ミサトは採取したダンスグロビンのサンプルをキングギドラに浴びせ、音楽を流し、キングギドラを踊らせる。逃げ出すキングギドラを前に、怪獣たちは喜びのダンスを踊った。このエピソードからミサト、ランデス、キャメロンが初登場。さらにオープニング映像が一新された。二代目モスラ編（第149 - 168話）ミサトは、ランデスと戦うべく新型戦闘機の設計に取り組んでいた。そんな中、ゴジラアイランドの片隅にあるゴラス火山が噴火する。大噴火で起きた落盤により、崖の中腹から卵のようなものが発見された。それはモスラの卵だった。かつてゴジラアイランドに怪獣たちが移住してきたばかりのころ、先代のモスラとバトラとの間で争いがあり、バトラから自らの卵を守るため、モスラが卵を仮死状態にしてゴラス火山に隠したのだった。ミサトは卵をモスラの洞窟に運び、モスラ自身に温めさせて孵化させようと考える。モスラに歌を聞かせて成長を促進させたりするなど腐心するミサト。その様子を見ていたランデスは、デストロイアとメガロを送り込み、卵を盗みにかかる。司令官はモゲラとメカゴジラで迎え撃つが、歯が立たない。モスラも必死に抵抗するが、デストロイアにやられてしまう。そこへゴジラが出現、デストロイアに立ち向かう。ミサトもメディカルジェットジャガーでメガロに挑むが、撃退され、モスラの卵は奪われてしまった。モスラの卵は2匹によってマタンゴ島に運ばれる。そこにバトラが飛来し、ランデスの指示で卵を温め始める。モスラへの長年の恨みを晴らそうというのである。やがて卵は孵化し、中からモスラの赤ちゃんベビーモスラが誕生した。ベビーモスラはすり込みからバトラを親だと思い込む。一方、ミサトはモスラの卵を取り返そうと、新型戦闘機タルトクープを完成させ、マタンゴ島に飛んだ。だがそこで彼女が目にしたのは、孵化したベビーモスラだった。ミサトがベビーモスラに島へ帰るよう諭すと、ベビーモスラは素直にゴジラアイランドに向かって泳ぎ始める。とりあえず怪獣病院に搬送されるベビーモスラだったが、ミサトは何の妨害も無かったことに疑念を抱く。それは的中し、翌日ベビーモスラが脱走してしまう。脱走したベビーモスラは、ガバラ池で水を飲んでいたゴロザウルスを皮切りに、キングシーサー、バラゴン、アンギラス、ラドンを襲い、次々と繭の中に閉じ込めて身動きを取れなくしてしまう。ランデスの狙いは、ベビーモスラを凶悪怪獣に仕立て上げることだった。ベビーモスラは次の標的、ジュニアを襲った。ジュニアを助けようとゴジラが現れ、熱線でベビーモスラを吹き飛ばす。そこに何も知らないモスラが飛来し、今度はモスラ対ゴジラの戦いが始まってしまう。放射熱線と燐粉攻撃の応酬で相打ちになるゴジラとモスラ。そこにバトラが現われ、ベビーモスラを連れていってしまう。怒ったミサトはそれを追うが、ランデスのヴァバルーダがビーム砲で妨害に入る。ミサトはエネルギーを集中させ、ヴァバルーダを撃退すると、基地へ向かった2匹を追うが、何と基地がベビーモスラの繭糸によって封じ込められ、機能を失っていた。ベビーモスラを用済みと判断したランデスは、今度はバトラにベビーモスラを攻撃するよう指示する。バトラはそれに従い、プリズム光線でベビーモスラを攻撃。そこに怒ったモスラとゴジラが現われ、バトラと激しい戦いになる。ミサトはそんなゴジラとモスラを見ながら、ベビーモスラに改心するよう諭す。卵の中にいた時のことを思い出したベビーモスラは、遂に目覚め、プチ・レールガンでバトラを撃退。繭の中に封じ込めた。だが怒ったランデスは、デストロイアとメガロを差し向け、ゴジラとモスラ兄弟を攻撃する。ミサトはメガロの目を回そうと周囲を旋回するが、調子に乗って燃料が切れてしまい、墜落してしまう。3匹の共闘でデストロイア、メガロ、バトラは追い返すことが出来たが、ミサトは調子に乗ったことを司令官に叱られてしまう。だが司令官は、共に出会えたモスラ兄弟を見守る娘に差し入れをした。このエピソードから、ナオが初登場。だが、本格的に物語に絡んでくるのは、次のエピソード以降となる。ドロリン編（第169 - 178話）マタンゴ島をパトロールするミサトが出会ったのは、ひたすら修行をするガイガンだった。島へ帰ったミサトは、ガイガンがゴジラを倒すために修行を続けていることを司令官から聞く。一方、ランデスはゴジラに勝ったことのあるガイガンの話を聞きつけ、キャメロンを使ってスカウトしようと試みるが、一匹狼のガイガンはそれを拒絶する。そこで暗黒大皇帝は、ランデスに変身怪獣ドロリンをプレゼントし、卑怯な作戦を開始するよう命じた。その作戦とは、まずゴジラに化けたドロリンにガイガンを襲わせ、さらにガイガンに化けたドロリンにゴジラを襲わせて、互いを共倒れさせようというものだった。突然の襲撃に怒った双方は、戦いを開始。その隙を突いて、手薄になった基地をドロリンが襲う。司令官がメカゴジラに乗ってドロリンと戦うが、敵はレーザーで砕け散ってもすぐに再生してしまう。ミサトは研究室でドロリンを分析するが、埒が明かない。焦ったルーカスはミサトにゴジラを呼んでくるよう頼むが、忙しくて手が離せない。そこに都合よく、Gガードストアのナオが登場。彼女を見たルーカスは、強引にモゲラに乗せ、ゴジラへの伝言を頼む。泣きながらもゴジラのいる場所に辿り着き、基地を助けるよう伝えるナオ。ゴジラはドロリンを攻撃するが、倒しても砕け散るドロリンに苦戦を強いられる。そこに助太刀したのはガイガンだった。そしてドロリンの分析も完了する。ドロリンが砕けても再生するのは、ドロリンの本体である光の玉が土を集めているからだった。これを突き止めたミサトは、消防ジェットジャガーに乗り込み、ドロリンに放水。結果、ドロリンは溶け、逃げようとする光の玉もガイガンに破壊された。「お主を倒すのは拙者だ」と捨て台詞を残して、ガイガンはいずこかへ飛び去っていく。アンギラス編（第179 - 188話）怪獣たちの健康診断の日、ふざけて遊んでいたバラゴンとゴロザウルスの不注意で、ジュニアがアンギラスのトゲに触れて怪我をした。その姿を見たアンギラスは深く傷つき、浜辺で落ち込んでしまう。「ハリネズミのジレンマ」に陥るアンギラスを心配するミサト。そのころ、ゴジラアイランドに何か秘密があるのではないかと探っていたランデスは、宇宙の彼方からゴジラアイランドにサボテンを送り込む。アンギラスはそれを目撃し警戒するが、楽観的な司令官は、島に生えたサボテンの周りを怪獣たちの遊び場にしようとサボテン広場と名付ける。夜間、サボテンに近づいたアンギラスは、サボテンから攻撃を受ける。すかさず反撃するアンギラスだったが、寝起きの司令官に「同じ針を持つ者に嫉妬するな」とひどい言葉を浴びせられ、再び落ち込んでしまう。ミサトはそんなアンギラスを励ますが、自らの殻に閉じこもってしまったアンギラスは、聞く耳を持たない。翌日、広場のサボテンは怪獣たちにトゲを飛ばし始めた。これこそ、ランデスが送り込んだサボテン怪獣ゴロリンだった。ゴロリンは転がってゴジラアイランドを荒らし始める。司令官は怪獣たちに力を合わせてゴロリンを止めるよう指示するが、ゴロリンのスピードには敵わない。ランデスはゴロリンを徘徊させてゴジラアイランドの秘密を探るつもりだった。そしてゴロリンがアンギラスの谷に差し掛かった瞬間、アンギラスの背中のトゲに跳ね返されてしまう。ゴロリンを倒せる唯一の対抗馬はアンギラスだけだった。責任を感じた司令官はメカゴジラに乗り込み、アンギラスに謝罪するが、今度は司令官がゴロリンの標的になってしまう。危機一髪の瞬間を救ったのはアンギラスだった。アンギラスはゴロリンを止めようと、倒立姿勢になって押さえつける。他の怪獣たちが応援する中、アンギラスは必死だった。そして体力の限界が近づいた時、ナオの操縦するモゲラが到着。モゲラのドリルには脱毛剤が塗られており、そのドリルを差し込まれたゴロリンはトゲが全て抜け、サッカーボールのようになってしまう。そしてゴジラとアンギラスがヴァバルーダに向け、ゴロリンをシュート。事件は終わり、アンギラスは今回の殊勲選手となった。スペースゴジラの悪霊再び編（第189 - 198話）ある日、鬼ヶ森でゴジラに似た、肩に大きな角が生えた怪獣を目撃したとナオが報告してくる。タルトクープで飛び立ったミサトが見たものは、仮死状態になって倒れているゴロザウルスの姿だった。鬼ヶ森は、かつてゴジラがスペースゴジラの悪霊に取り憑かれた場所であり、悪霊の復活を懸念した司令官は、怪獣神社にお札を取りに行くようミサトに指示する。しかし今度は、怪獣神社に火災が発生。燃え尽き、灰となってしまったお札に呆然とする司令官。仕方なく司令官は、かつて悪霊が見つかった時と同様に、怪獣たちの写真を撮るようにミサトに言う。疑念を抱きながらも、写真を撮影するミサトだったが、やはり撮影した写真には悪霊など写っていなかった。そしてそんな中、今度はラドンが仮死状態となって発見される。疑心暗鬼になったバラゴンとアンギラスが喧嘩を始める中、霧が発生。そしてキングシーサーの背後にスペースゴジラの悪霊が映し出される。悪霊は次々と怪獣たちの背後に移動。それを見た怪獣たちは恐怖におののき、逃げ出してしまう。だがミサトは、やはり悪霊の存在に疑問を抱いていた。悪霊の出現の際に発生した霧を調査するために、観測所のデータを調べるが、その当時は霧の発生する気象条件ではなかった。続いてミサトはガバラ池を調査。すると、ゴロザウルスとラドンが同じガバラ池の水を飲んでいたことがわかった。すかさずガバラ池の水を調べたミサトは、池の水に毒が混入されていたことを突き止める。そして基地をスペースゴジラの悪霊が襲ってきた。直ちに対獣レーザー砲で迎撃する司令官だったが、悪霊にレーザーなど通用しない。ゴジラがすかさず現われ、熱線で攻撃するが、実体を持たない相手には戦いようが無かった。その時、ミサトがタルトクープで現われ、霧の中から映写機のようなものを発見。それをレーザーで破壊すると、悪霊は姿を消してしまう。悪霊の正体は、映写されたトリックだった。しかし翌日、ナオは足の生えた本物のスペースゴジラを見たと主張し続ける。その言葉通り、本物のスペースゴジラが出現。突然の事態に驚くミサト。それこそ、暗黒大皇帝がランデスの失敗を見越してゴジラアイランドに潜入させておいた最強怪獣「スーパースペシャルスペースゴジラハイグレードタイプ2」、略してスペゴジ2だった。スペゴジ2に立ち向かっていくゴジラだが、赤い熱線を吐く敵の猛攻に苦戦を強いられる。すると、ミサトは消防ジェットジャガーに乗り込み、消火剤を散布。消火剤をスクリーンにして、空に超巨大ゴジラを映した。その大きさに圧倒されるスペゴジ2。ゴジラはその隙を突いてスペゴジ2の結晶体を破壊、熱線を浴びせる。怯んだスペゴジ2は宇宙へ逃げ去ってしまった。ファイヤーラドン編（第199 - 208話）しばしの平和が続くゴジラアイランド。怪獣たちの生態研究に余念のないミサトは、かつてラドンが炎の精霊と合体して口から火炎を吐けるようになったという伝説を調べていた。そこへナオがやって来る。彼女は、Gガードストアの店長とガイラ山にハイキングへ行った際に見つけた青いキノコを見せに来たと言う。そんな時、司令官からジュニアが倒れたと通信が入る。何と、ジュニアの背中にはナオが見つけたのと同じキノコが生えていた。直ちにタルトクープでガイラ山に飛んだミサトは、大量のキノコが群生しているのを発見する。そしてその中心に、ヘドラの新種ネオヘドラが出現した。ネオヘドラは口から吐く煙でキノコを増殖させていた。目からのビームでタルトクープを攻撃してくるネオヘドラ。そこへゴジラが駆け付け、熱線で攻撃するが、ネオヘドラはゴジラの熱線を吸収してしまう。すかさず口から煙を吐いて応戦するネオヘドラ。そこにラドンが助太刀に入り、衝撃波でネオヘドラを吹き飛ばす。ゴジラは何とか危機を逃れたが、ネオヘドラを倒すには10万度の熱で焼却する必要があった。ゴジラの熱線は6万度で、温度が足りない。勝利を確信したランデスは、「ゴジラアイランドキノコ化作戦」を推し進めていく。ネオヘドラは怪獣たちを次々と襲い、背中にキノコを生やしていく。やがて島中がネオヘドラの胞子に汚染されていき、何と司令官がナオに注文したパンにまでもキノコが生えてしまう。空腹に苦しむ司令官を前に、ランデスがいやらしく食事を見せつけ降伏を迫る。一方ミサトは、文献で見た古代の精霊とラドンの儀式が気にかかっていた。さらに不思議なことに、悟りの森だけがネオヘドラの胞子に汚染されていなかった。ミサトは儀式を試すべく、悟りの森へ向かう。そこには既に準備を整えていたキングシーサーとラドンの姿があった。儀式を成功させるためにはミサトの力が必要だと語るキングシーサー。ミサトはその言葉を胸に、祈りを捧げ始める。ネオヘドラは遂にGガード基地攻撃に踏み出した。司令官は対獣レーザー砲で反撃するが、ネオヘドラはレーザーを吸収してしまう。キノコが生えて使用不能となったレーザー砲。そこにゴジラが現われ、ネオヘドラを攻撃するが、熱線を吸収されてしまい歯が立たない。そして遂にゴジラの背中にまでキノコが生えてしまう。司令官はメカゴジラで出撃しようとするが、空腹で力が出ない。一方、悟りの森では炎の精霊がラドンと合体しようとしていた。だが、儀式は失敗し、ラドンは祭壇から転げ落ちてしまう。心のどこかで神秘の力を疑っていたミサトは自らを責める。今度こそと精霊たちに祈りを捧げるミサト。さらにゴジラや他の怪獣たちも祈りを捧げると、炎の精霊が再びラドンと合体、火の鳥ファイヤーラドンが誕生した。ネオヘドラの前に立ちはだかり、高熱の火炎を浴びせるファイヤーラドン。さらにゴジラも熱線でネオヘドラを攻撃する。ゴジラとファイヤーラドン、合計10万度の超高熱ダブル火炎が炸裂し、ネオヘドラは炭化して絶命した。ルーカス編（第209 - 218話）ゴジラアイランドでは、対獣レーザー砲の訓練が行われていた。しかし、司令官の指示が出てもレーザー砲は光線を発射しない。その原因はルーカスだった。ルーカスは、老朽化がたたってコンピューターに異常が出てしまったのだ。一方ランデスは、地球政府からの届け物に偽装してキャメロンをGガード基地に送り込んだ。ランデスとキャメロンはわざとバトラを送り込んで撤退させるなどの自作自演で司令官の信頼度を上げ、司令官は調子の悪いルーカスよりも、性能の良いキャメロンを気に入ってしまう。その様子に危機感を覚えたルーカスは、ミサトに自分の改造を頼む。だが、ルーカスのAIは掃除機用のコンピュータを改造したものであることが判明し、ショックを受けたルーカスは基地を飛び出してしまった。その時、スイカを海で冷やしていたランデスがヴァバルーダで飛来し、スイカと間違えてルーカスをトラクタービームで回収してしまう。自暴自棄になったルーカスはランデスに自らを壊してくれと懇願するが、ランデスはそれをなだめると、基地に潜入しているキャメロンの映像をルーカスに見せる。キャメロンがランデスの部下であることに気付いたルーカスは騒ぎ始めるが、ランデスの電撃にコンピュータをショートさせられ、ヴァバルーダのゴミ捨て場に捨てられてしまう。遂に作戦を開始したキャメロンは、手始めに対獣レーザー砲に細工。レーザー砲は怪獣たちを攻撃し始めた。出撃したミサトのタルトクープも操縦不能に陥り、空を旋回するしかない。司令官もメカゴジラで出撃するが、キャメロンがコンピュータに細工した影響で、ゴジラに攻撃を仕掛けてしまう。さらにモゲラとメディカルジェットジャガーまでもがゴジラを襲い、それを助けようとアンギラス、ゴロザウルス、バラゴンも参戦。キャメロンはそこに対獣レーザー砲を撃ち込み、ゴジラアイランドは大混戦の極みを迎える。そして無人となったGガード基地にランデスが潜入、基地を乗っ取ってしまう。ランデスの目的はゴジラアイランドの秘密を探ることだった。キャメロンと共に基地のコンピュータを解析するランデス。一方、燃料が切れたミサトのタルトクープは墜落するが、寸前でモスラに救われる。そこにヴァバルーダを脱出してきたルーカスも合流し、2人は基地への潜入作戦を考え始める。ミサトは自らのパソコンを使用してメカ怪獣とレーザー砲を止め、基地には引き続き戦いが続いている映像を映すことでランデスを欺くことに成功。その隙に司令官とミサト、ルーカスが作戦室に侵入、さらに怪獣たちが基地を包囲することによってランデスを袋のネズミにしようと画策した。しかし、あと一歩のところでランデスにワープで逃げられてしまう。残ったキャメロンは基地の外に逃げ出し、ルーカスが追いかける。そして激しいチェイスの末、ゴジラに吹き飛ばされたキャメロンは、ルーカスにデータを吸い取られ、ヴァバルーダに帰っていった。地球政府から陣中見舞いでスイカが贈られた。G島の秘密編（第219 - 233話）ある日、バラゴンが、ボールのような物体を口にくわえて、地中より現れた。その物体は、奇妙な象形文字を空に投影した。司令官は慌ててその物体の回収を命じるが、一足早くランデスのヴァバルーダに奪われてしまう。ランデスは、暗黒大皇帝に内緒で謎の物体の分析を始め、その一部を解読する。そして、デストロイアとメガロをゴジラアイランドに差し向けるが、2匹はゴジラにあっけなく倒された。不審に思ったミサトは、タルトクープで出動し、2匹の怪獣の死を確認する。その墓標に花をたむけたミサトは、その夜空にオーロラを見た。謎の物体の資料を調査した結果、それが1万2千年前のタイムカプセルであることが判明。その時、突然怪獣たちが苦しみだした。ミサトは、原因究明にタルトクープで出発するが、見えない壁に激突してしまう。その見えない壁は、ゴジラアイランドを覆い尽くす巨大なバリヤーだった。しかも、次第にゴジラアイランドの空気が減少していくゴジラ365日 2016, p. 231, 「8月19日」。これこそ、ランデスが仕組んだ「ゴジラアイランド真空パック作戦」だった。司令官は、モゲラとメカゴジラでバリヤーの破壊を試みるが、失敗に終わる。ミサトは事態を打開すべく、象形文字の解読に取りかかった。その結果、「ゴジラアイランドの秘密」の正体は、古代ムウ文明が残した禁断の超兵器であることが判明する。ランデスも秘密を解明したものの、その在処がわからないため、ゴジラアイランドを酸欠状態にして、Gガードが動き出すのを虎視眈々と待っていた。そんなランデスの策略にも気がつかないミサトは、怪獣たちを救うべく必死になっていた。そして、ついに古代ムウ文明の超兵器の在処を突き止める。そこへ向かうミサトの動きを知ったランデスは、死んだふりをしていたデストロイアとメガロに出撃命令を下した。やがて、ミサトは遂に古代ムウ文明の超兵器を発見。それを横取りせんと襲い掛かるデストロイアとメガロの前に、ゴジラが立ちはだかるが、酸欠状態のゴジラは思うように力が出せず、苦戦を強いられる。無敵のゴジラも遂に敗れ去るのかと思われたその時、ミサトが操る古代ムウ文明の超兵器仰天号が現れ、その危機を救った。仰天号はそのままバリヤーを突き破り、バリヤー発生装置を粉砕。分が悪くなったデストロイアとメガロは、這う這うの体で逃げ出した。221話では本作品で初めて怪獣がまったく登場しない。完結編（第234 - 256話）仰天号が遂にその姿を見せたのと同時刻、宇宙空間で、怪獣自動販売機からハイパーメカギドラを購入する者があった。一方、 仰天号に搭乗していたミサトは、ザグレス襲来を告げる微弱な電波をキャッチ。その時、ヴァバルーダがミサトもろとも仰天号をトラクタービームで捕獲してしまう。しかし、仰天号を手中に収めたにもかかわらず、ランデスは暗黒大皇帝にクビを言い渡される。その時、ハイパーメカギドラに乗って、すっかりリッチになったザグレスが舞い戻ってきた。ザグレスは、ランデスに代わって再び地球攻撃隊長に任命されたのだ。ハイパーメカギドラの冷凍光線により、さしものゴジラもたちまち氷漬けにされてしまう。その時、トレマもザグレスを追って地球に帰還。しかし、トレマのパンナトルテは、ハイパーメカギドラの攻撃を受けて墜落してしまう。絶体絶命の危機が迫る中、トレマの一念がゴジラに呼応して、氷を溶かす奇跡を呼んだ。復活したゴジラの前にハイパーメカギドラは退散。トレマは司令官、ルーカスと感激の再会をする。一方、ゴジラアイランドの本当の秘密を知りたいランデスは、ミサトを連れてゴジラアイランドへ向かった。再び、あの洞窟の奥へと進む仰天号。そこでミサトとランデスは、壁面に描かれた暗黒大皇帝を目にする。そして、その壁面の向こうには、本当のゴジラアイランドの秘密が隠されていた。ゴジラアイランドの本当の秘密。それは、2万8千光年の距離を一瞬にして超えるワープゲートの存在だった。ミサトを脅し、それを動かそうとするランデス。だが、そこへトレマがミサトを救出に現れる。そしてランデスは、突如現れた遺跡の中へ消え去った。崩れ落ちる洞窟から脱出するトレマとミサト。パンナトルテは故障し、白日の下にさらされたワープゲートは、ザグレスと暗黒大皇帝に奪われてしまった。ワープゲートは渡すものかとミサトをはねつける暗黒大皇帝。と、そこにランデスの操縦する仰天号が出現。その正体を暴かんと、ランデスは暗黒大皇帝を撃った。暗黒大皇帝の正体は、2万年の懲役刑を負ってX星の牢獄へ流された、古代ムウ帝国の独裁者だった。それを知って驚くザグレスの前にランデスがワープ。ヴァバルーダの席を巡って掴み合ううちに、誤って自爆装置のボタンを押してしまう。自爆装置のプログラムを解除しようと焦るザグレスとランデス。その結果、カウントダウンはさらに早まり、ヴァバルーダは大爆発を起こした。司令官は、遂に全てを語った。地球政府はワープゲートの存在を隠すために、この島をゴジラアイランドにしたのだった。ゴジラアイランドの存続を巡り、トレマとミサトは対立する。トレマは、ゴジラアイランドを戦場にさせないために、こちらから打って出たいと進言。ミサトは、トレマの強さと優しさを悟り、自分もそうなりたいと思った。と、その時、遺跡上空にハイパーメカギドラが現れた。操るのは、生きていたザグレス。ザグレスは再びワープゲートを奪わんとするが、怪獣たちに阻まれてしまう。ミサトは、これを最後の戦いとするべく、司令官、トレマと共に出撃する。ゴジラや司令官たちの総攻撃で、さしものハイパーメカギドラも遂に倒された。倒されたザグレスは、命乞いをするが、トレマはとどめのビームを撃ち続ける。と、その時、今度は仰天号が出現。何と、ランデスもしぶとく生きていた。しかも、暗黒大皇帝の命を受けたキャメロンがワープゲートを起動させようとしていた。そして、起動したワープゲートの向こうから、暗黒大皇帝が出現。その暗黒大皇帝を、ランデスが撃つ。さらにハイパーメカギドラも復活し、大混戦となる。だが、ミサトは逆転の発想でワープゲートを逆転させ、暗黒大皇帝をX星の牢獄へ戻すことに成功し、さらにランデス、ザグレス、キャメロンもワープゲートの次元の彼方へと吸い込まれていった。諸悪が消え去ったのもつかの間、ワープゲートがそのまま暴走を始めてしまう。全てのものがワープゲートの恐るべきパワーに飲み込まれようとする中、司令官、ミサト、トレマ、そして怪獣たちは一斉にワープゲートに集中砲火を浴びせ、災いの超兵器は遂に破壊された。こうして、長かった戦いはようやく終結を見た。トレマは故郷のトレンディル星に帰り、ミサトとナオは転勤。必要の無くなったGガードは解体され、それを機に司令官も引退を決意する。そして、手つかずの島となったゴジラアイランドは、その名の通り怪獣たちの本当の楽園となったのだった。