shintaro-ozaki/entity-explanation huggingface dataset:
Title: ベッギアトア属 (Beggiatoa)
Section: 下位分類（種）
Subsection: IJSEMに正式承認されている種

Beggiatoa albaベギアトア・アルバ(Vaucher 1803) Trevisan 1845 (IJSEMリストに掲載 1980)Beggiatoa leptomitoformisベギアトア・レプトミトフォルミスDubinina et al. 2017 (IJSEMリストに掲載 2017)
Title: ベッギアトア属 (Beggiatoa)
Section: 下位分類（種）
Subsection: IJSEMに未承認の種

"Beggiatoa arctoalpina"ベギアトア・アルクトアルピナSkuja 1964"Beggiatoa punctata"ベギアトア・プンクタタ(Corda 1835) Trevisan 1842"Beggiatoa nivea"ベギアトア・ニベアRabenhorst 1865
Title: キチノゾア (Chitinozoan)
Section: abstract

キチノゾア (Chitinozoa) は未知の動物によって作られた、フラスコ型の有機質の殻を持つ海洋性微化石のタクソンである。古生代の中頃 (オルドビス紀からデボン紀) に一般的で、世界中のあらゆる種の海生堆積物にわたって広く見られる。大きさは最大で数ミリメートル程度。分布が広く進化も速いため示準化石として利用できる。その異様な形態から、生態の復元や分類学的位置の推定は困難であった。1931年の発見時には原生生物、植物、菌類の全てとの類縁関係が考慮された。顕微鏡の改良によってその微細構造の理解が進み、海洋生物の卵または幼生であることを示す証拠が多く得られている。生態に関しても議論があり、海中を浮遊していたとする説や、他の生物に付着していたとする説などがある。ほとんどの種は特定の環境条件に特化しており、そのような条件の下では最も卓越した生物となる傾向がある。季節によっても個体数の変動がある。
Title: キチノゾア (Chitinozoan)
Section: 形態

大きさは50-2000マイクロメートル程度。光学顕微鏡下ではほとんど不透明で黒く見える。化石表面には毛状、輪状、突起状の装飾がよく保存されており、これはチャンバー（右図のCHAMBER）と同程度の長さに達することもある。装飾された領域とその複雑さは時代が下るにつれて増大するが、生物体の大きさは逆に縮小する。つまり、オルドビス紀初期の大型種は滑らかな表面を持っていたが、オルドビス紀中期からは装飾の大きさと多様性が増大し、空洞を持つ付属物も明瞭に現れる。短い付属物は一般に中実構造だが、大型の突起物は中空である傾向があり、最も大きなものでは内部構造がスポンジ状になっていた。しかし中空の付属物であっても生物体の内壁には対応する痕が存在せず、この付属物は外壁から分泌されたか、単に付着していただけだと考えられている。体壁が何層から構成されていたかについては議論がある。内壁に装飾物を持つ3層構造との報告もあるが、1層しか見られない標本もある。体壁の層の数は生物体の構造を反映している可能性もあるが、単に化石の生成過程に由来したものの可能性もある。“未成熟”の個体や幼体は発見されていない。これを説明する仮説として、そもそも“成長”を行わない、（考えにくいが）脱皮を行う、化石化する部位が成長後にしか形成されない、等の説が考えられている。ほとんどの個体は単独で発見されるが、口部（右図のAperture）と底部（右図のBase）で鎖状に繋がった殻も全ての属において報告されている。非常に長い鎖は螺旋状となる傾向にある。稀に、塊状または圧縮された鎖状の個体が有機質の“繭”に包まれて発見されることがある。
Title: キチノゾア (Chitinozoan)
Section: 分類

Alfred Eisenackによる記載当初は形態に基いて3科7属に分類されていたが、その後も毎年のように新たな属が同定され続けた。新たな属の発見と顕微鏡の発展によって、1931年に発表された最初の分類体系はより洗練されたものとなっていった。1970年代には走査型電子顕微鏡の発展によって、同定の鍵となる表面の装飾が遥かに詳細に識別できるようになった。この時点では光学顕微鏡像でさえも、保存状態の悪い標本や古い型の顕微鏡を利用していた頃のものと比べると遥かに高品質となっていた。Eisenackが最初に提唱した3科は当時において利用できたデータを用いたもので、主に鎖状個体の有無やチャンバーの形態に基いていた。後にこの分類は、類似した分類群をまとめることでリンネ式分類により適合するように改定された。これが可能となったのは、科学の進歩によってEisenackの分類群全体にわたって特有の形質の同定が可能となったためである。現在では、底部 (Base) と頚部 (Neck) の形態、棘の有無、孔の有無、連結構造の有無が最も同定に有用な形質と考えられている。
Title: キチノゾア (Chitinozoan)
Section: 類縁関係
Subsection: アメーバ

Alfred Eisenackは当初、類似したキチン質の殻を生成することを根拠として、キチノゾアを有殻アメーバの一種であると推測した。だが殻の化学的組成が異なることと、現生の有殻アメーバはほぼ淡水産で生息環境が全く異なるという相違点があり、彼は年内にこの考えを撤回した。
Title: キチノゾア (Chitinozoan)
Section: 類縁関係
Subsection: 光合成生物

Obut (1973) は、この生物は現在クロムアルベオラータとされているような渦鞭毛藻に似た単細胞“植物”であると主張した。しかし先に述べたように、キチノゾアの棘などの付属物は生物体の外側から取り付けられており、このような構造を実現できる細胞機構を有するのは動物のみである。さらに繭のような構造に関しては、植物界からは類似したものが発見されていない。
Title: キチノゾア (Chitinozoan)
Section: 類縁関係
Subsection: フデイシの幼体

フデイシは有機質の殻を持つ群体性生物の化石であり、やはりオルドビス紀からデボン紀に産する。その生活環や繁殖様式については未知の部分が多い。キチノゾアは、フデイシの繁殖後に新しい群体が形成されるまでの間の段階（pre-sicula期）のものであると提案されている。フデイシとキチノゾアが共に産出し一方の産出量がもう一方の産出量を反映していることも、この仮説の根拠とされている。両者の化石は類似した化学組成を持つが、これは仮説の賛同者と批判者の両者から注目されている。仮説の賛同者は、類似した化学組成を有することはこれらが関連している証拠であると主張する。しかし批判者は、フデイシを母岩から抽出する際の処理によって、偶然にも類似した化学組成を持つキチノゾアが同時に抽出されてしまっているだけだと主張する。批判者の主張に従えば、両者が同時に産出するように見えるのは、人為的に化石を処理することで発生する単なるアーティファクトにすぎないということになる。また、デボン紀中期を過ぎるとフデイシの産出は稀になるが、キチノゾアは産出し続けるということもこの仮説の難点である。
Title: キチノゾア (Chitinozoan)
Section: 類縁関係
Subsection: 有鐘繊毛虫

繊毛虫の一グループである有鐘繊毛虫のシストの形態から、キチノゾアとこの群との関連が提案されたことがある。
Title: キチノゾア (Chitinozoan)
Section: 類縁関係
Subsection: 卵

キチノゾアの殻は全体が一体となっており、回転部や可動部はない。この点から見るとこの殻は単なる容器であり、“休眠状態”にある生物、またはシスト化した生物、または卵塊などの内容物を守るためのものだと推測できる。環形動物や腹足類とキチノゾアとの関連については議論があるが、この両グループが収斂進化によってキチノゾアのような形態の卵を生み出すようになっていたと考えることも不可能ではない。つまり、螺旋状に巻かれたキチノゾアの鎖からは腹足類のような螺旋構造を持つ生物との類縁関係が推論されてきたし、この推論が正しければ、螺旋状でない鎖は（直線状の）環形動物のような生物に由来する可能性がある。近年、南アフリカに位置するオルドビス紀の化石鉱脈であるスーム頁岩での調査によって、キチノゾアと共に様々な生物が発見された。キチノゾアを産み出した生物が化石化して残るような部位を備えていたとしたら、その生物はスーム動物群に存在しているはずだと考えられた。注目すべきことに、この頁岩からは腹足類もフデイシも発見されていない。産出した生物のほとんどは様々な理由から除外でき、候補として残るのは多毛類、Promissum属のコノドント、チョッカクガイ類である。しかし、キチノゾアとこれらの群が結びつけられているのは単なる状況証拠によるものにすぎない。
Title: キチノゾア (Chitinozoan)
Section: 生態

これらの奇妙な生物がどのような生活を送っていたのかは自明なことではなく、ある程度は推論に頼るしかない。化石が海洋性堆積物からしか産出しないため、古生代の海洋に生息していたことはほぼ確実と見られる。一般的に、海洋生物の生活環境としては以下の3つが考えられる。埋在性 — 堆積物の中に住む底生 — 水底を這い回るか、一所に固着する漂泳性 — 水中を自由に漂う化石がしばしば堆積物の流れに沿って見つかることから、海底に固定されていたわけではない。つまり埋在性という可能性はすぐに排除でき、水中を落ちてきたことが結論付けられる。キチノゾア表面の装飾がヒントとなるかもしれない。個体を大きくすることで捕食されにくくする防御目的のものだったということも考えられるが、突起によって海底に付着していたと考えることも不可能ではない。しかし殻の密度が低いことからこの可能性は少し考えづらく、他の生物に付着していた、とするのがより辻褄の合う解釈である。また、長い棘は個体を水中に漂いやすくする効果もある。このため、少なくとも長い棘を持つキチノゾアはプランクトンだったと考えることも可能である。一方で、数種のキチノゾアは水中を漂うには殻が厚く高密度すぎるとも考えられている。他の生物との相互作用に関してはあまり知られていないものの、数種の殻に見られる小さな孔は、キチノゾアに寄生する生物が存在した証拠だとされている。これらの孔の内のいくつかは黄鉄鉱の続成作用による分解に起因する“あばた模様”であると再評価されたが、キチノゾアの実体が詰まっていたであろうチャンバーの周囲に円筒形の孔が密集していることは、これが生物由来であることの証左だと考えられている。ゴットランドで発見されたサンゴに1日ごとの成長輪を有するものがあり、ここに取り込まれたキチノゾアを調べることで季節ごとの個体数変動が調査されている。個体数のピークは晩秋で、個体数が最大となる日は種によって異なる。同様のパターンは現在の熱帯性動物プランクトンでも観察される。また、生活環境の多様性は水深と岸からの距離にも反映されており、個体数がピークとなる水深は種によって異なる。一般的には岸から40キロメートル以上離れた深い水域で豊富に見られたものの、数種は非常に浅い水域を好んでいたようである。全体的に見てキチノゾアは濁った水域や岩礁には少なく、これが堆積作用の影響でなければ、生きたキチノゾアはそのような水域を避けていたということになる。浅い水域ではキチノゾアは稀になるが、この逆は必ずしも正しくない（深い水域でも稀なことはある）。淡水の混じる水域では生存できなかった。
Title: キチノゾア (Chitinozoan)
Section: 層序学においての利用

1930年にAlfred Eisenackがこの分類群を認識し命名してから、キチノゾアは生層序学において、オルドビス紀、シルル紀、デボン紀を通じて非常に有用な示準化石であると証明されてきた。これは個体数の豊富さと、その形態的進化速度の速さが理由である。最もキチノゾア個体数の多い堆積物には1グラムあたり1,000個体が含まれているし、容易に同定が可能で（主に形状の変動が大きいため）、ほとんどの種の生存期間は比較的短い（1,000万年以下）。分布域が広く、多様な海底堆積物から発見されることも関連付けを容易にしている。さらに良いことに、キチノゾアはかなり強い変成作用を受けた岩石内でさえも、識別可能な形で残存していることがよくある。しかし、類似した環境条件での形態的収斂進化は時間的、空間的に大きく隔てられた種の誤同定に繋がることがあり、このような場合に2種が同種だと解釈されれば、明らかに大きな問題を引き起こすことになる。コノドントとフデイシに関する詳細な研究によってそれらの層序学的利用可能性が明らかになる1960年代後半までは、古生代の層序年代を特定する上で、キチノゾアはアクリタークを除いて唯一の信頼できる手段であった。
Title: オンコプリスティス (Onchopristis)
Section: abstract

オンコプリスティス (Onchopristis)は、前期白亜紀から後期白亜紀にかけて地球上の広い範囲の淡水系に生息していた軟骨魚類の属の一つである。学名は古代ギリシャ語で｢腫れたエイ｣を意味する。
Title: オンコプリスティス (Onchopristis)
Section: 概説

オンコプリスティスはノコギリエイに似た軟骨魚類であるが、ノコギリエイとは目レベルで異なり、この属はガンギエイ目に含まれる。この属を含むスクレロリンクス亜目は英語で「sawskate（saw=ノコギリ、skate＝ガンギエイ）」と呼ばれる場合がある。北アメリカとニュージーランドと北アフリカから知られている。近縁種に基づくと、全長は3～4.2メートルほどになる。現生のノコギリエイと同じく、目は頭のてっ辺にあり、口と鰓は体の腹側に付いている。ノコギリ状の口吻は1-2mの長さになる。模式種 O. numida（以前O. numidusとされた種）では全ての歯に1つのかえしがついている。O. dunklei ではそれらにかえしが2～5、その亜種O. d. praecursorでは2～3本備わっている。口吻は現生のいくつかの軟骨魚類に散見されるように電磁的なセンサーで、獲物を探査するのに用いたと思われる。オンコプリスティスは湖や河川に生息していたと思われる。
Title: サテライトウイルス (Satellite (biology))
Section: abstract

サテライト（Satellite）とは、感染性の核酸（DNAまたはRNA）で、その増殖のために他のウイルス（ヘルパーウイルス）が同じ細胞に感染していることを要するもの。サテライトのうち、コート蛋白質をコードし、その蛋白質に包まれて独立のビリオンを形成するものを特にサテライトウイルスという。現在、植物に寄生するものが多数知られるほか、微生物や昆虫に寄生するものが知られている。またヒトに病原性を有するサテライトとして、D型肝炎ウイルス（B型肝炎ウイルス感染下にのみ共感染する）がある。
Title: サテライトウイルス (Satellite (biology))
Section: 分類

サテライトウイルス一本鎖RNAサテライトウイルスサブグループ 1：Chronic bee-paralysis virus associated satelliteChronic bee-paralysis satellite virusサブグループ 2：Tobacco necrosis virus satelliteMaize white line mosaic satellite virusPanicum mosaic satellite virusTobacco mosaic satellite virusTobacco necrosis satellite virusD型肝炎ウイルス Hepatitis delta virus (HDV)サテライト核酸一本鎖DNATomato leaf curl virus satellite DNA二本鎖RNASaccharomyces cerevisiae M virus satelliteTrichomonas vaginalis T1 virus satellite一本鎖RNAサブグループ1：大型サテライトRNAArabis mosaic virus large satellite RNABamboo mosaic virus satellite RNAChicory yellow mottle virus large satellite RNAGrapevine Bulgarian latent virus satellite RNAGrapevine fanleaf virus satellite RNAMyrobalan latent ringspot virus satellite RNATomato black ring virus satellite RNABeet ringspot virus satellite RNAサブグループ 2：小型線状サテライトRNACucumber mosaic virus satellite RNACymbidium ringspot virus satellite RNAPea enation mosaic virus satellite RNAGroundnut rosette virus satellite RNAPanicum mosaic virus small satellite RNAPeanut stunt virus satellite RNATurnip crinkle virus satellite RNATomato bushy stunt virus satellite RNA, B10Tomato bushy stunt virus satellite RNA, B1サブグループ 3：環状サテライトRNA（ウイルソイドvirusoid ともいう）Arabis mosaic virus small satellite RNACereal yellow dwarf virus-RPV satellite RNAChicory yellow mottle virus satellite RNALucerne transient streak virus satellite RNASolanum nodiflorum mottle virus satellite RNASubterranean clover mottle virus satellite RNATobacco ringspot virus satellite RNAVelvet tobacco mottle virus satellite RNA
Title: オウシマダニ (Rhipicephalus microplus)
Section: abstract

オウシマダニは、マダニ科コイタマダニ属に属するダニの一種である。1宿主性でその名の通りウシに寄生するが、ヒツジ、水牛、ライオン、イリオモテヤマネコなどにも寄生する。バベシアを媒介することで知られるが、他に重症熱性血小板減少症候群ウイルスを媒介するという報告がある。
Title: オウシマダニ (Rhipicephalus microplus)
Section: 分布

かつては九州から沖縄にかけて日本にも分布していたが、現在はウシの薬浴などによる駆除が進み、これらの地域からは撲滅された。世界的には亜熱帯や熱帯地域を中心に、アジア、オーストラリアの一部、マダガスカル、アフリカ南東部、西インド諸島、中南米など広域で確認されている。また、以前はアメリカにも分布していたが、現在はテキサス州やカリフォルニア州におけるメキシコとの国境地帯に時々発見されるのを除いて撲滅されている。
Title: オウシマダニ (Rhipicephalus microplus)
Section: 経済的損失

撲滅以前のアメリカでは Rhipicephalus annulatus とともに牛のバベシア（Babesia bigemina および B. bovis）やアナプラズマ (Anaplasma marginale) を媒介することで、現在の貨幣価値に換算して年間30億ドルの損失があったと算定されている。
Title: テルモコックス属 (Thermococcus)
Section: abstract

テルモコックス属（Thermococcus、サーモコッカス、サーモカカス）はユリアーキオータに属す超好熱性の古細菌である。同じテルモコックス科に属するPyrococcusよりもやや好熱性は低いが、幅広い温度、pHで生息が可能。Thermococcus celerを初めとして古細菌最多の27種が属す。深海や浅瀬の熱水域によく生育している。理由は不明だが油田鉱床から分離されることもある。生育可能温度は40-103℃と幅広く、pHも3.5-10.5と広い。Thermococcus barophilusの増殖温度は48℃-100℃とかなり広く、最も生育可能温度に幅がある生物と思われる。栄養学的には偏性嫌気性の偏性従属栄養生物で、多糖類（マルトース他）やアミノ酸を発酵している。この際生成する水素が増殖を阻害するため、硫黄などを利用して硫化水素として除去している。硫黄がなければ強い増殖阻害が起こり、種によっては増殖が停止する。窒素酸化物や鉄化合物を還元剤として利用する種もいる。形態的には1-2μmほどの直径を持つ球菌で、細胞壁はS-レイヤーより構成される。多数の鞭毛を持つ場合が多い。進化的にはユリアーキオータの基部付近で分岐していると考えられており、古細菌の原始的な性格を残していると思われる。Thermoplasmaの様にいくつか細胞壁を欠き、多数の細胞が集合した融合体を形成するものも知られている。T. gammatoleransなどの様に、かなり強いガンマ線に耐える種もいくつか含まれている。利用例としてはT. kodakaraensis由来のDNAポリメラーゼがPCR用に市販されている他、古細菌や超好熱菌を対象とした研究での使用頻度が比較的高い。ゲノムは2005年にT. kodakaraensis KOD1（2,088,737bp、ORF2306）が解読されたのを始め、T. onnurineus NA1（2008年）、T. sibiricus（2009年）、T. gammatolerans EJ3（2009年）の4種について解読が完了。ゲノムサイズは何れも2Mbp前後、ORFは2000ヶ所前後である。
Title: テルモコックス属 (Thermococcus)
Section: 分類（種）

T. acidaminovorans、T. aegaeus、T. aggregans、T. alcaliphilus、T. atlanticus、T. barophilus、T. barossii、T. celer、T. celericrescens、T. chitonophagus、T. coalescens、T. fumicolans、T. gammatolerans、T. gorgonarius、T. guaymasensis、T. hydrothermalis、T. kodakarensis、T. litoralis、T. pacificus、T. peptonophilus、T. profundus、T. sibiricus、T. siculi、T. stetteri、T. thioreducens、T. waiotapuensis、T. zilligii
Title: ハロクアドラトゥム・ワルスビイ (Haloquadratum walsbyi)
Section: abstract

ハロクアドラトゥム・ワルスビイ (ハロクアドラタム・ウォルズビイ、Haloquadratum walsbyi) は、特徴的な形状を持つ高度好塩菌の一種。薄っぺらい四角形のタイル状の細胞形状を持つ。高濃度のNaCl環境に適応し、世界中の塩湖や潮にまみれた砂に分布する。1980年にシナイ半島の紅海沿岸の塩湖より発見された。特徴的な形状から顕微鏡下で比較的簡単に見つけられるが、培養は困難を極め、2004年に初めて培養に成功するまで生態は20年以上にわたって不明であった。2007年に正式に記載され、生育環境と形状、発見者に因み、Halo+quadratum（塩+正方形） Walsbyi（発見者Anthony Walsby）と命名された。生育環境は中性の高塩環境（至適NaCl濃度3.3M）。塩湖などで比較的広く見つけられる。加えて高濃度（最高2M）の塩化マグネシウム環境にも耐性が有り、塩田などで海水が濃縮され、完全に無菌になる直前まで繁殖する。形状は郵便切手にも例えられる、厚み0.1-0.2μm、一辺2-5μmの正方形。鞭毛があり、運動性を持つ。複数の細胞が集まり碁盤の目のようになったシート状の群体を形成することがある。細胞内には泡のようなものが見えるが、これは光化学反応を効率よく起こすための浮力調整用ガス胞と、蓄積したPHB（ポリ-3-ヒドロキシ酪酸）である。ゲノムサイズ - 3,179,361bp（主ゲノム3,132,494bp、プラスミド46,867bp）。ORFは2,646箇所。
Title: アゾスピリルム属 (Azospirillum)
Section: abstract

アゾスピリルム属はロドスピリルム科に属するグラム陰性の非芽胞形成好気性らせん菌の一属。基準種はアゾスピリルム・リポフェルム。極鞭毛を持つが、条件によっては運動しない。属名は窒素のスピリルム属(らせん菌)を意味する。GC比は69から71。土壌に生息し、ニトロゲナーゼを有する窒素固定細菌に分類される。根粒は形成しないが植物に対して窒素を供給する共生関係を示すことがある。グルコースやフルクトースなどの単糖を利用するが二糖は利用できない。オキシダーゼ陽性、カタラーゼ陽性である。
Title: アーキアル・リッチモンド・マイン・アシドフィリック・ナノオーガニズム (Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms)
Section: abstract

アーキアル・リッチモンド・マイン・アシドフィリック・ナノオーガニズム (Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms) とは、古細菌のひとつである。既知の古細菌と似ているところが少なく、未知の部分も多い。身体の大きさは200×60nmしかなく、最も小さな生物である。名称が長いためしばしばARMANと表記される。2018年時点では、パルウ古細菌 (ARMAN-4,5) とミクル古細菌 (ARMAN-1,2) の2つに分割されており、しかもこの2つはDPANN群の中で単系統となっていない。それぞれ個別に言及されるようになってきている。
Title: アーキアル・リッチモンド・マイン・アシドフィリック・ナノオーガニズム (Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms)
Section: 発見と分布

ARMAN は、2006年にアメリカ合衆国カリフォルニア州にあるアイアンマウンテン鉱山の排水中から発見された新種の古細菌である。排水はpH1.5以下という強酸性液体であり、ヒ素、銅、亜鉛、鉄を含むが、この環境に適応し生息する極限環境微生物である。アイアンマウンテン鉱山では、同じ水から2004年と2005年にも新種の古細菌が4種類発見されている。アイアンマウンテン鉱山では、ARMAN は Leptospirillum 属の細菌が多くを占めるバイオフィルム内に、テルモプラズマ目の古細菌と生息しており、生態系全体の5%から25%を占めている。ARMAN はそのほか、フィンランドの沼、日本の湯野浜温泉、スペインのリオ・ティント川で発見されている。このうちフィンランドとスペインはアメリカ合衆国と同じく強酸性の環境であるが、湯野浜温泉はpH8.1の弱塩基性の環境であり、ARMAN が多様な環境に生息している可能性を示している。
Title: アーキアル・リッチモンド・マイン・アシドフィリック・ナノオーガニズム (Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms)
Section: 細胞構造と生態

ARMAN の細胞の長さは200nm、幅60nmしかなく、体積も0.009μm3から0.04μm3しかない。これはそれまで最小であったマイコプラズマ・ゲニタリウム (Mycoplasma genitalium) の平均250nmを下回る、生物界最小の身体を持っている。これ以上小さいと、単細胞生物として生存する事ができなくなるとも考えられている。ARMAN の少数は、テルモプラズマ目の古細菌の身体に付着している事が分かっている。三次元画像では、ARMAN はテルモプラズマ目の細胞壁を貫通し、細胞質にあるように見えている。このことから、ARMAN は単独では生存できず、他の生物に寄生もしくは共生することで生存している可能性があるが、詳細は不明である。このような生物は、2002年に発見された、イグニコックス・イスランディクス (Ignicoccus hospitalis) の表面に共生するナノアルカエウム・エクウィタンス (Nanoarchaeum equitans) が前例としてあり、比較されている。
Title: アーキアル・リッチモンド・マイン・アシドフィリック・ナノオーガニズム (Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms)
Section: 種類

ARMAN のゲノムはまだ完全に解析されていないが、メタゲノム解析によって、これまでに5種類の異なる遺伝子を持つものが確認されている。これらは生物の分類において種の地位に当たる物と考えられている。5種類のそれぞれには、発見・解析された順に ARMAN-1 、 ARMAN-2 、 ARMAN-3 、 ARMAN-4 、 ARMAN-5 と名づけられている。これらの多様性は、ARMAN のゲノムが短く、突然変異によって短い期間の間に多様性が出現したと考えられており、長い時間をかけて進化したわけではないと考えられている。暫定的な名称である "Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms" は以下の意味を持つ。Archaeal ⇒ 古細菌Richmond Mine ⇒ リッチモンド鉱山（最初の発見地であるアイアンマウンテン鉱山の別名）acidophilic ⇒ 好酸性nanoorganisms ⇒ ナノサイズの生物ARMAN-2 、ARMAN-4 、ARMAN-5 は完全なゲノム解析がされており、それぞれ暫定的な地位を示す "Candidatus" が頭に付けた上で、暫定的な学名がそれぞれ "Micrarchaeum acidiphilum" 、"Parvarchaeum acidiphilum" 、"Parvarchaeum acidophilus" と与えられている。学名はイタリック体ではなく立体なのは暫定的であるためである。一方、ARMAN-1 と ARMAN-3 は解析が進んでおらず、暫定的な学名すら与えられていない。ARMAN はユリアーキオータ門（界）に属しているが、暫定的な分類であり、新たな門の生物である可能性すらある。
Title: アーキアル・リッチモンド・マイン・アシドフィリック・ナノオーガニズム (Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms)
Section: ゲノム

ARMAN-2 のゲノムサイズは99万9043塩基対であり、オープンリーディングフレーム (ORF) は1033である。一方で、ARMAN-4 はゲノムサイズが80万0887塩基対、ORF が916であり、ARMAN-5 はゲノムサイズが92万1220塩基対、ORF が1046であり、ARMAN-2 とあまり変わらない。ただし、ゲノムの断片数は ARMAN-2 は3つであるが、ARMAN-4 は44、ARMAN-5 は73に分かれている。解析されている ARMAN のゲノムは特殊な点が多数ある。ARMAN の全ゲノムに占める古細菌由来のゲノムは、およそ66%以下と異常に割合が少ない。これはケナルカエウム・シュンビオスム (Cenarchaeum symbiosum) の58%に次いで小さな値である。また、翻訳や転写に関わるいくつかの遺伝子を欠いている。また、ARMAN-2 の25%、ARMAN-4 の35%、ARMAN-5 の38%の遺伝子は、これまでに知られていない配列であり、役割が不明である。また、極めて小さな遺伝子であるにもかかわらず、ARMAN-2 にはβ酸化、ARMAN-2, 4, 5 には脂肪酸の分解に関わる遺伝子を持っており、完全、もしくはほぼ完全なクエン酸回路を持っており、ARMAN が好気細菌であることが分かる。実際、ARMAN が生息するバイオフィルム内は好気呼吸が行われている事が知られている。ARMAN-2 には、従来知られていないイントロン配列が見つかっており、これは近縁種がもつ酵素では切断できないことから、ARMAN-2 は新種のtRNA切断酵素を持っている可能性がある。このように非常に特殊な性質を多数持つため、ARMAN は原始生命体の生き残りであるとする考えもある。
Title: マツノネクチタケ (Heterobasidion annosum)
Section: abstract

マツノネクチタケ（Heterobasidion annosum）は、ミヤマトンビマイタケ科（Bondarzewiceae）マツノネクチタケ属（Heterobasidion）に属するキノコである。
Title: マツノネクチタケ (Heterobasidion annosum)
Section: 形態

子実体は、底面は白色でスポンジの様であり上面は暗褐色である。子実体の直径は40 cm、厚さは4 cmにほどなる。子実体の表面下部は5-26 mmと目に見える大きさの胞子で出来ている。
Title: マツノネクチタケ (Heterobasidion annosum)
Section: 生態

夏に胞子を飛ばす。この胞子は風に乗って長い距離を運ばれる。胞子は新鮮な切り株の様なダメージを受けたものに感染する。切り株の上で増殖した菌は菌糸体を伸ばして根に移動する。感染した切り株の根から近くにある生きている樹の根まで触れ合っている根を伝って移動する。根を食べる昆虫が拡散を手伝うこともある。この菌は土壌中ではあまり遠くまでは動けないので、樹の根の同士の接触や昆虫に依存して分布を広げる。生きている木の根は毎年0.1-2.0 m生長している。この結果、菌とそれが起こす病害も切り株から同心円状に広がって行く。胞子は有性胞子（sexual spores）である。分生子（無性胞子）は有性段階(sexual stage)で行われ、分生子柄の上で生産される。分生子と胞子はどちらも菌が作り出し、特に後者が樹木への感染に重要である。
Title: マツノネクチタケ (Heterobasidion annosum)
Section: 林業被害

本種は北半球において最も経済的に重大な影響をもたらす森林病原菌だとみなされている。これは本種が生きている針葉樹の根に寄生して心材を腐朽させてしまう木材腐朽菌であるためで、腐朽が進むことで材の価値を著しく下げてしまう。また、根元の腐朽が進んだ樹木は強風や冠雪で倒れやすく樹木にとって間接的な死因となる。アメリカにおいては各地の森林に分布しており、毎年多額の損失をもたらす。日本では特に北海道のトドマツ(Abies sachalinensis)やエゾマツ(Picea jezoensis)で被害が知られている。本種の起こす病害は根株の心材を腐朽させることから根株心腐病（英:butt rot）と呼ばれる。病状は地下を中心に進行するために目につきにくく、子実体が生えてから気づいたり、腐って倒れて死んだあとに気付くこともある。子実体が目につくようになるのは感染後3年かかる。感染すると樹木は針葉の異常な成長や樹皮が淡い黄色みを帯びて、衰えて死ぬ。樹木の根に白色腐朽菌（white rot fungus）が見られるのは本種に侵されている可能性のある徴候である。病状が進むと樹皮の色が淡い黄色から錆びのような明るい茶色に変化していく。末期には本種の菌糸が出てきて白色に変わる他- 黒い斑点が列状に浮き出てくる。他にも地表と黒い列状の斑点の間に子実体が顔を出すことがある。
Title: マツノネクチタケ (Heterobasidion annosum)
Section: シノニム

本種はたくさんの異名（シノニム）を持つことが知られている。1821年に最初に本種のことを記載したFriesはPolyporus annosumと名付けた。1874年、Hartingは本種がコニファーに病気を起こすという関係を発見し、Fomes annosusに改名した。現在の学名であるHeterobasidion annosumは1888年にBrefeldによって与えられた。
Title: ベイロネラ属 (Veillonella)
Section: abstract

ベイロネラ属（ベイロネラぞく、ベイヨネラ属ともいう。Veillonella）は、他のフィルミクテス門の細菌のほとんどがグラム陽性菌であるのとは異なり、グラム陰性（グラム染色でピンクに染色）の嫌気性球菌である。この細菌は、乳酸を発酵する能力でよく知られている。哺乳類の腸管や口腔粘膜に所在する通常の細菌である。ヒトでは、ベイロネラ属は、骨髄炎および心内膜炎について、例えば、Veillonella parvula種が関係している場合がある。Veillonella disparは、口腔内で最も硝酸塩を還元する細菌であり、生成される亜硝酸には抗菌作用がある。
Title: ベイロネラ属 (Veillonella)
Section: 代謝

ベイロネラ属は、乳酸をメチルマロニルCoA経路によってプロピオン酸と酢酸に代謝する。この代謝ではATPはほとんど生成されない。高い基質親和性が理由であることが示唆されている。3 乳酸                              ⟶                      {\displaystyle {\ce {->}}}  酢酸 + 2プロピオン酸 +                                           CO                          2                                                                      +                      H                          2                                                                      O                      {\displaystyle {\ce {CO2 + H2O}}}  ベイロネラ属の研究では、持久走の運動選手を対象として調査したところ、この細菌が腸内に比較的豊富に存在することが判明し、トレッドミルの走行時間の速度向上に関連していることが判明した。この効果は、乳酸から生成されたプロピオン酸の代謝機構によるものであることが実証された。
Title: ベイロネラ属 (Veillonella)
Section: 系統発生

現在受け入れられている分類法は、Standing in Nomenclature（LPSN）およびNational Center for Biotechnology Information（NCBI）のProkaryotic名のリストに基づいており、系統発生は、The All-Species Living Tree Projectの16SrRNAベースのLTPリリース111に基づいている 。
Title: ベイロネラ属 (Veillonella)
Section: 歴史

本属のタイプ種は、1898年にフランスの微生物学者ベイヨン（Adrien Veillon、1864-1931）らによりStaphylococcus parvulus として記載された。1933年にフランスの微生物学者プレボ（André Romain Prévot)により、属名をベイヨンにちなんだVeillonellaと変更され、Veillonella parvulaと改名された。Veillonellaの発音・日本語表記は、報告者名ベイヨンに従ってベイヨネラとする場合と、ベイロネラとする場合がある。（英語でも同様に二通りの発音がある。）
Title: カラカラ (Caracara (subfamily))
Section: abstract

ルキウス・セプティミウス・バッシアヌス（ラテン語: Lucius Septimius Bassianus、188年4月4日 - 217年4月8日）は、ローマ帝国の皇帝で、セウェルス朝の君主としては第2代当主となる。本名よりもカラカラ（Caracalla）という渾名で呼ばれる場合が多く、歴史学者達もこのように呼称している。セウェルス朝の初代君主セプティミウス・セウェルスの長男であり、ローマ史上に残る暴君の一人として記憶される。一方で全属州民にローマ帝国の国民としての権利と義務（市民権）を与えるアントニヌス勅令を決定し、結果的にローマ領内における民族・人種による出自差別を撤廃したことで知られる。他に銀貨の改鋳（銀の含有量を減らした）、大浴場（カラカラ浴場）の建設などを肯定的に評価する歴史家も存在する。ただし勅令の目的は歴史家カッシウス・ディオによれば税収拡大が目的ではないかと考えられており、また利点以外に様々な影響をもたらした。
Title: カラカラ (Caracara (subfamily))
Section: 生い立ち

ルキウス・セプティミウス・バッシアヌスは、ガリアのルグドゥヌムで元老院議員を兼ねる軍人ルキウス・セプティミウス・セウェルスとその後妻である属州シリア出身の神官家系の娘ユリア・ドムナの長男として生まれた。彼はカルタゴ人とアラム系シリア人の混血であり、風貌にもその血統が強く現れていたとされている。父がコンモドゥス帝死後の内戦を制して皇帝に即位すると、政治的駆け引きの一環としてかつて先代王朝を形成していたアウレリウス氏族との関連を持たせるためにマルクス・アウレリウス・アントニヌス・カエサル（Marcus Aurelius Antoninus Caesar）に改名したが、殆どの人間は彼をカラカラという渾名で呼んだ。カラカラとはガリア地方独特のフード付きチュニックのことで、彼が幼少期から好んで着ていた服装だった。209年、父から弟プブリウス・セプティミウス・ゲタと共に共同皇帝としての指名を受けているが、実質的な権限はまだ持たなかった。
Title: カラカラ (Caracara (subfamily))
Section: 治世
Subsection: 即位と粛清

セプティミウス・セウェルス帝はカレドニア遠征中に属州ブリタニアのエボラクム（現：ヨーク）で病没した。父の遠征に同行していたカラカラは同じ立場であった弟ゲタと共に実権を掌握して、本格的な統治を開始した。カラカラ帝とゲタ帝は父の始めた戦争を早々と切り上げると、帝都ローマに帰還した。しかしローマに戻った兄弟はそれぞれ独自に統治を行うことを望み、激しく帝国の主導権を争った。あまりの争い振りに内乱すら起こりえる有様であり、二人は帝国を二分して統治する計画を立てた。しかし帝国領の分裂に危機感を抱いた母ユリア・ドムナに反対され、宮殿内での兄弟の諍いは続いていった。211年、遂にカラカラ帝はゲタを殺す決意を固めて近衛兵隊を抱き込み、母が用意した和解の場で弟を殺害するという凶行に及んだ。ゲタ帝は駆けつけた母親の腕の中で息絶えたと伝えられている。カラカラは厚顔無恥にも「弟から身を守った」と嘯いたが、カラカラの側が先に仕掛けたのは誰もが知る事実であった。カラカラ帝の敵意は凄まじく、弟を殺しただけでは飽き足らずダムナティオ・メモリアエ（名誉の抹殺）を元老院に命令している。ゲタ帝とカラカラ帝を共に描いていた通貨や絵画からは全てゲタ帝の姿が削り取られ、胸像は打ち壊された。更にゲタ帝に好意的であった貴族や元老院議員にも粛清の手は及び、亡父の重臣を含めた大勢の人間が処刑された。
Title: カラカラ (Caracara (subfamily))
Section: 治世
Subsection: 初期統治

権力を確立したカラカラ帝は資金確保のため、貨幣改鋳を行なって貨幣価値を切り下げた。デナリウス銀貨に含まれていた銀量を56.5%から51.5%にまで減らし、代わりに他の金属を混ぜ込んで価値を引き下げた。同時に新しい通貨としてアントニニアヌス銀貨を採用して2デナリウス相当の価値に設定したが、銀の含有量はデナリウス銀貨の1.5倍程度であった。これらの行動で帝国内では貨幣価値の全体的な低下が起こり、インフレーションが進行する結果となった。213年、セウェルス帝が唯一手を付けていなかった西方国境でアレマンニ族による攻撃が激化したことを受け、カラカラ帝は属州ゲルマニア・スペリオルのアグリ・ディクマテスに親征を行った。同地でカラカラ軍は侵攻するアレマンニ軍にマイン川の戦いで戦術的勝利を収めている。しかしアレマンニ族の本拠地は落とせず、膠着した戦況を嫌ったカラカラ帝は蛮族と講和を結ぶことを選択した。講和は蛮族に和解金を支払って撤退を促す屈辱的な内容であったが、元老院は国境問題を解決したとしてゲルマニクス・マキシムス（Germanicus Maximus）の称号を与えた。同時期にカラカラは母方の故郷であるシリアなどの東方属州に赴き、そのまま後に暗殺されるまで首都ローマには一度も戻らなかった。212年、カラカラは「アントニヌス勅令（Constitutio Antoniniana ）」を発布し全属州民にローマ市民権を付与した。正規の国民には相続税や奴隷解放税の納税を義務づけられる点から、この勅令は主に税収の拡大を狙ったものとされている。既にイタリア本土の住民は一部の使用人階層などを除けば本国民であったことから、狙いが属州に住む植民者以外の住民であったことは明らかである。ただし僅かながらラテン人でありながら、準市民権に留まる住民が農村部には残存していたため、彼らもこの法律の範囲に含められる。
Title: カラカラ (Caracara (subfamily))
Section: 治世
Subsection: 暴政

歴史家エドワード・ギボンはカラカラの治世を「人類共通の敵」とまで痛罵しているが、その暴政が本格化するのは東方属州へ移住した213年からとなる。従って彼の横暴を一身に受けたのは殆どが東方属州の諸都市・諸地域であり、カラカラの残りの治世はこれらの地域に対する略奪と虐殺に費やされたと言って過言ではない。ギボンは『ローマ帝国衰亡史』で「カラカラ帝は近衛兵を従えて不満を押さえ込み、元老院議員達は粛清を恐れて皇帝の気分を損ねないように機嫌をとる日々を送っていた。巨費を投じて街中に自分の別荘や劇場を建て、資金が足りなくなると裕福な商人や貴族に言いがかりをつけて財産を没収したり、法外な重税を強いたりといった行動に出た」と辛辣に批判している。東方属州最大の都市であるアレクサンドリアでは、カラカラが実の弟を殺害したことを正当防衛だと主張したことを揶揄する詩が流行した。この噂を聞きつけたカラカラ帝はアレクサンドリアへと赴き、民衆の誤解を解く場を持ちたいと提案した。意外に寛大な行動を見せたカラカラ帝に民衆は感心して皇帝の弁明を聞くために集まったが、カラカラは集まった無抵抗の民衆を兵士に命じて虐殺させた。集会に集まった民衆を殺し尽くしただけでは満足せず、カラカラ帝は更に数日間にわたってアレクサンドリア市内を徹底的に破壊して民衆を殺戮した。カッシウス・ディオの記録によれば凄惨な殺戮劇の中、2万名以上の住民が殺害されたという。またカラカラ帝は軍権力を重視した父セウェルスの政策を踏襲して軍事費の増加や兵士の給与増を推し進め、軍団兵の年俸は675デナリウスにまで高められた。また自ら兵士達と食事を取ったり陣地建設で資材を運ぶなどのパフォーマンスを積極的に見せて兵士達からの信頼を勝ち取った。カラカラは軍の力を味方に付けることに成功し、民衆や貴族を弾圧する権力基盤を整えた。しかし軍事費の著しい増大はセウェルス時代より益々深刻になり、帝国の財政にとって大きな負担になっていった。カラカラは多くの胸像を作ったがその殆どはそれまでの皇帝が好んだ「哲学者風」の装いと柔和な表情ではなく、短髪で厳しい顔つきの物を作らせている。これも軍人達の人気を考えて作ったものであり、図らずもその軍隊から権力を簒奪した軍人皇帝達によって踏襲される様式となった。歴史家ヘロディアヌスによれば、216年にカラカラ帝はパルティアとの戦争を計画し始めた。並行して彼は自らの名を後世に明確な形で残したいと考え、数少ない業績として知られるカラカラ浴場を建設している。
Title: カラカラ (Caracara (subfamily))
Section: 治世
Subsection: 暗殺

216年の夏にパルティアへの親征を開始しティグリス川沿いの都市を占領したカラカラは、エデッサまで戻って軍団とともに越冬し、翌年のパルティア遠征を準備した。翌217年4月8日、カラカラ帝は護衛を務めていたユリウス・マルティアリス（Julius Martialis）という近衛兵に刺殺された。カラカラはエデッサを出て南のカルラエ近郊の神殿に向かおうとする途中、軍列を止め、道端で放尿している所を後ろから刺されて絶命したとされている。暗殺理由は個人的なもので、数日前に同じ近衛兵であった親族が無実の罪で処罰されたことに対する復讐であったとされる。隊列から離れて一人で用を足していたカラカラはその暴政から考えれば呆気ない最期を迎えた。マルティアリスは馬を奪って逃げようとしたが、他の衛兵が放った矢に倒れたと伝えられる。
Title: カラカラ (Caracara (subfamily))
Section: 死後

カラカラには子息が無く、他の男系子孫にも適任者が居なかったことでセウェルス朝は一旦断絶、カラカラに付き従っていた近衛隊長官で暗殺事件に一枚絡んでいたと言われているマクリヌスが元老院の支持を得て皇帝に即位、息子ディアドゥメニアヌスを共同皇帝として自らの王朝建設を試みた。しかし、パルティア戦争ではニシビスの戦いで大敗するなどローマ軍は不利な状況に立たされた。パルティアに多額の賠償金を支払うという講和条約が軍の不興を買ってしまい、それに便乗したユリア・マエサ（カラカラの母ユリア・ドムナの姉）が軍に接近、自らの孫ヘリオガバルスがカラカラの落胤であることを主張して軍を買収、反乱を起こした。この反乱でマクリヌス父子は殺害されて、大いに正当性に疑問符が付くものの、セウェルス朝は再興された。しかし、ヘリオガバルスは奇行を繰り返して国を乱れさせた挙句、222年に近衛兵に殺された。その後を継いだアレクサンデル・セウェルスも235年に軍の反乱で殺害され、今度こそセウェルス朝は完全に断絶した（血統が途絶えたという意味では無く、セウェルス朝（=セウェルス家）からの皇帝の輩出やローマ帝国支配が終わったという意味。セウェルス家の血統自体はカラカラの父方の伯父プブリウス・セプティミウス・ゲタ（143年 - 203年/204年）の系統またはセプティミウス・セウェルスの父プブリウス・セプティミウス・ゲタの従兄弟プブリウス・セプティミウス・アペルの系統が少なくとも8世紀の終わりまで存続している）。
Title: フェロプラズマ属 (Ferroplasma)
Section: abstract

Ferroplasma（フェロプラズマ属）はテルモプラズマ目フェロプラズマ科に属す古細菌の属である。非常に強い好酸性と金属耐性、細胞壁を欠くことを特徴とする。2009年に、"F. cupricumulans"がフェロプラズマ科のAcidiplasma cupricumulansに再分類されたため、現在はF. acidiphilum1種のみを含む。ただし、数種の未記載種が存在する。分布としては強い酸性の黄鉄鉱鉱山廃水などに生息する。主に好気条件で2価の鉄などを酸化して独立又は従属栄養的に増殖している。細胞壁を持たないため細胞は柔軟性に富み複雑な形をしている。鞭毛は無い。増殖最適条件は30-50℃、pH1.5程度で、pH0での増殖も報告されている。金属類に対する耐性が極めて強く、高濃度の銅、カドミウム、ヒ素、亜鉛などの重金属含有培地で増殖が可能である。
Title: アッカーマンシア・ムシニフィラ (Akkermansia muciniphila)
Section: abstract

アッカーマンシア・ムシニフィラ（Akkermansia muciniphila）は、2004年にMuriel Derrienらによって報告された、Akkermansia の代表種である。ヒトの腸内にも存在するムチン分解菌であり、肥満、糖尿病、炎症との関連について広範な研究が行われている。
Title: アッカーマンシア・ムシニフィラ (Akkermansia muciniphila)
Section: 生物学と生化学

アッカーマンシア・ムシニフィラは、グラム陰性、偏性嫌気性、非運動性、非芽胞形成性の楕円形をした細菌である。その代表株はMucT (=ATCC BAA-835T =CIP 107961T)である。アッカーマンシア・ムシニフィラは、ムチンのみを炭素源と窒素源として成長可能で、消化器由来のムチン質を加えた培地上で嫌気性培養でき、多数の動物種の消化器官内で繁殖することができる。2015年、アッカーマンシア・ムシニフィラの Urmite 株の全ゲノム配列が決定された。これは、ヒトの大便試料を直接用い、培養なしにゲノム配列決定を行った初の例である。