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Title: アナゴ (Anago)
Section: アナゴと付く別の生物

マルアナゴ (Ophichthus remiger ) - アナゴの代用魚として南米ペルー沖などで捕れる「マルアナゴ」が食用される。マルアナゴはウナギ目アナゴ亜目ウミヘビ科に属するアナゴ近縁種であるが基本的に別種である。ウミヘビ科という名前は姿が蛇に近い事から命名されたものであり、爬虫類ではなく、魚類である。関西の激安寿司店などで使われる場合が多い。アナゴ - 秋田県の男鹿地方や新潟県の中越地方の方言で、「アナゴ」という場合には、クロヌタウナギ（旧称、メクラウナギ）という深海魚を指すことが多い。干して棒状にしたもの（棒あなご）を焼いて、「焼きアナゴ」と称して食べる。新潟県では生のまま、串焼きにする場合もある。ヌタウナギは、韓国でも古くから食べられている。アナゴー - カジカの土佐における地方名。アナゴミナ - 鹿児島県奄美大島におけるアワビの地方名。
Title: メタノカルドコックス・ヤンナスキイ (Methanocaldococcus jannaschii)
Section: abstract

メタノカルドコックス・ヤンナスキイ(ヤナシー)（Methanocaldococcus jannaschii）は、ユリアーキオータに属す海洋性、超好熱性のメタン菌である。古細菌として全ゲノムが初めて解析された種として知られる。旧名は"Methanococcus jannaschii"。2002年に新設されたMethanocaldococcus属に移動された際、この属のタイプ種に指定された。学名の種形容語は熱水噴出孔周辺の生物の研究で知られるHolger Jannaschに献名されたものである。1983年、ウッズホール海洋研究所によって東太平洋の水深2,600mにある熱水噴出孔から発見された。やや不規則な形をした鞭毛をもつ球菌で、若干酸性に寄せた硫黄を添加した海水中でギ酸塩または水素-二酸化炭素を基質として増殖する。増殖は1世代あたり25分であり、メタン菌としては最も早いという特徴がある。増殖温度は48-86℃、最適増殖温度は85℃の超好熱菌である。
Title: メタノカルドコックス・ヤンナスキイ (Methanocaldococcus jannaschii)
Section: ゲノム

Methanocaldococcus jannaschiiは最初に全ゲノムが解読された古細菌として知られている。1996年、先行して解析されていた真正細菌のインフルエンザ菌、Mycoplasma genitalium、真核生物の出芽酵母に次いで4番目に解読された。ゲノムサイズは173万9927bp。166万4970bpの染色体と2つの小さなプラスミドを持つ。タンパク質をコードする遺伝子は1,771箇所である。インフルエンザ菌などと類似する遺伝子は少数であり、解析結果は古細菌が他の生物とは大きく異なることを裏付けるもので、3ドメイン説が定着するきっかけの一つとなった。
Title: アルテロモナス属 (Alteromonas)
Section: abstract

アルテロモナス属（アルテロモナスぞく、Alteromonas）はPseudomonadota門ガンマプロテオバクテリア綱アルテロモナス目アルテロモナス科の属の一つであり、アルテロモナス目及びアルテロモナス科のタイプ属である。グラム陰性の非芽胞形成好気性桿菌であり、極鞭毛を持ち運動する。基準種はアルテロモナス・マクレオディイ。GC含量は38から50。海水に生息し、生育にナトリウムイオンが必要な好塩菌に分類される。糖や有機酸、アルコールを利用するほか、芳香族化合物やアルギン酸、キチンなど他の微生物が利用しない有機化合物を利用することのできる種がある。また、いくつかの種はビオラセインやプロジオシンなどの色素を生産する。
Title: アルテロモナス属 (Alteromonas)
Section: 下位分類（種）
Subsection: IJSEMに正式承認された種

アルテロモナス属に属する種を列挙する（2024年9月現在）。Alteromonas aestuariivivensPark et al. 2017Alteromonas albaアルテロモナス・アルバSun et al. 2019Alteromonas alteriprofundiGago et al. 2021Alteromonas alterisediminisGago et al. 2021Alteromonas antonianaGago et al. 2021Alteromonas australicaアルテロモナス・オーストラリカIvanova et al. 2013Alteromonas chungwhensis(Jeon et al. 2005) Gago et al. 2021Alteromonas confluentisアルテロモナス・コンフルエンティスPark et al. 2015Alteromonas facilisアルテロモナス・ファシリスZhang et al. 2020Alteromonas flavaアルテロモナス・フラバZhang et al. 2020Alteromonas fortisアルテロモナス・フォルティスBarbeyron et al. 2019Alteromonas genovensisアルテロモナス・ゲノベンシスVandecandelaere et al. 2008Alteromonas gilvaアルテロモナス・ギルバPark et al. 2023Alteromonas gracilisアルテロモナス・グラキリスMatsuyama et al. 2015Alteromonas halophilaアルテロモナス・ハロフィラChen et al. 2012Alteromonas hispanicaアルテロモナス・ヒスパニカMartínez-Checa et al. 2005Alteromonas iocasae(Zhang et al. 2020) Gago et al. 2021Alteromonas lipolyticaアルテロモナス・リポリィティカShi et al. 2017Alteromonas lipotrueaeGago et al. 2021Alteromonas lipotrueianaGago et al. 2021Alteromonas litoreaアルテロモナス・リトレアYoon et al. 2004Alteromonas lutimaris(Yoon et al. 2012) Gago et al. 2021Alteromonas macleodiiアルテロモナス・マクレオディイBaumann et al. 1972 (Approved Lists 1980)Alteromonas marinaアルテロモナス・マリナYoon et al. 2003Alteromonas mediterraneaアルテロモナス・メディテラネアIvanova et al. 2015Alteromonas naphthalenivoransアルテロモナス・ナフタレニボランスJin et al. 2015Alteromonas nigrifaciensアルテロモナス・ニグリファシエンス(ex White 1940) Baumann et al. 1984Alteromonas oceaniアルテロモナス・オセアニJin et al. 2018Alteromonas pelagimontanaSinha et al. 2017Alteromonas ponticolaKim et al. 2020Alteromonas portusアルテロモナス・ポータスHuang et al. 2020Alteromonas profundiShen et al. 2020Alteromonas sediminisアルテロモナス・セディミニスYe et al. 2019Alteromonas simiduiiChiu et al. 2007Alteromonas stellipolarisアルテロモナス・ステリポラリスVan Trappen et al. 2004Alteromonas tagaeアルテロモナス・タガエChiu et al. 2007
Title: アルテロモナス属 (Alteromonas)
Section: 下位分類（種）
Subsection: IJSEMに未承認の種

"Alteromonas abrolhosensis"Nobrega et al. 2018"Alteromonas agarilytica"Flament et al. 2007"Alteromonas agarlyticus"(Cataldi 1940) Potin et al. 1993"Alteromonas alvinellae"Kobayashi et al. 2003"Alteromonas aquimaris"Wang et al. 2023"Alteromonas arenosi"Luo et al. 2024"Alteromonas infernus"アルテロモナス・インフェルヌスRaguénès et al. 1997"Alteromonas marinoglutinosa"アルテロモナス・マリノグルチノサ(Zobell and Allen 1935) Van Landschoot and De Ley 1983"Alteromonas marinopraesens"アルテロモナス・マリノプラエセンス(ZoBell and Upham 1944) Baumann et al. 1972"Alteromonas oceanisediminis"Zhang et al. 2022"Alteromonas rava"Kodama et al. 1993"Alteromonas salexigens"Sun et al. 2023Alteromonas additaアルテロモナス・アディタIvanova et al. 2005Alteromonas atlanticaアルテロモナス・アトランティカAkagawa-Matsushita et al. 1992Alteromonas aurantiaGauthier and Breittmayer 1979 (Approved Lists 1980)Alteromonas carrageenovoraAkagawa-Matsushita et al. 1992Alteromonas citreaGauthier 1977 (Approved Lists 1980)Alteromonas colwellianaWeiner et al. 1988Alteromonas communisBaumann et al. 1972 (Approved Lists 1980)Alteromonas denitrificansアルテロモナス・デニトリフィカンスEnger et al. 1987Alteromonas distinctaRomanenko et al. 1995Alteromonas elyakoviiIvanova et al. 1997Alteromonas espejianaChan et al. 1978 (Approved Lists 1980)Alteromonas fuligineaRomanenko et al. 1995Alteromonas haloplanktisアルテロモナス・ハロプランクテイス(ZoBell and Upham 1944) Reichelt and Baumann 1973 (Approved Lists 1980)Alteromonas hanedaiJensen et al. 1981Alteromonas indicaLin et al. 2018Alteromonas luteoviolacea(ex Gauthier 1976) Gauthier 1982Alteromonas putrefaciensアルテロモナス・ピュートリファシエンス(ex Derby and Hammer 1931) Lee et al. 1981Alteromonas rubraGauthier 1976 (Approved Lists 1980)Alteromonas tetraodonisSimidu et al. 1990Alteromonas undinaアルテロモナス・ウンディナChan et al. 1978 (Approved Lists 1980)Alteromonas vagaBaumann et al. 1972 (Approved Lists 1980)
Title: ラウルテラ・プランティコラ (Raoultella planticola)
Section: abstract

ラウルテラ・プランティコラ（Raoultella_planticola、R. planticola）は、グラム陰性の 細菌。ラウルテラ属に属する。高濃度のカドミウム水溶液で嫌気的に増殖し、不溶性の硫化カドミウムを沈殿させるラウルテラ・プランティコラのCd-1株が発見されている。
Title: ラウルテラ・プランティコラ (Raoultella planticola)
Section: 解説

R. planticolaは、クレブシエラ・ニューモニアエと外見が非常に似ており、成長習性やDNA解析に基づいて同定する必要がある。いくつかの株がこれまで特定されている。（上記のCd-1株など） R. planticolaは、少なくとも1例の重症膵炎の合併症として特定されている。ラウルテラ・プランティコラは以前はクレブシエラ属に分類されていたが、2001年、他のいくつかのクレブシエラ属菌とともに再分類された。
Title: ラウルテラ・プランティコラ (Raoultella planticola)
Section: プランティコラの遺伝子組み換え

1980年代後半、R. planticolaはZymomonas mobilis由来のプラスミドを挿入することによって遺伝子組み換えされた。このプラスミドはピルビン酸デカルボキシラーゼという酵素をコードしており、バクテリアにすでに存在するアルコールデヒドロゲナーゼとともにエタノールの生産を可能にする。
Title: キクセラ目 (Kickxellales)
Section: abstract

キックセラ目はキックセラ亜門に含まれる菌類のひとつである。特殊な姿のカビの一群を含む。単胞子性の分節胞子嚢を特殊な形の菌糸の柄の上に集中して形成する。
Title: キクセラ目 (Kickxellales)
Section: 特徴

キックセラ目(Kickxellales)には、キックセラ(Kickxella)やブラシカビ(Coemansia)を代表として、それに類する菌類を集めたものである。キックセラ科にすべてをまとめるのが古典的な扱いだが、分割すべきとの声もある。いずれも特殊な姿をしたカビであり、一部のものは高等植物のような複雑な姿をしている。かつては接合菌門接合菌綱に所属させたが、現在では独立したキックセラ亜門に所属させる。菌糸体はよく発達した菌糸からなる。菌糸は比較的一定の太さで、規則的に隔壁がある。隔壁の中央にはプラグ状の構造がある。ほとんどは腐生菌で、土壌に生活するものや、糞から見いだされる。一部にキノコから出るものがあり(Martensella)、寄生菌と思われる。多くは通常の寒天培地でよく生育するが、成長は遅い。
Title: キクセラ目 (Kickxellales)
Section: 無性生殖

無性生殖は、分生子状の胞子による。この胞子は出芽するようにして形成されるが、形成部位から新たに次の胞子が作られることはない。多くの属では胞子を出芽する細胞が独立して、紡錘形をしていることから、アオカビやコウジカビに見られる胞子形成細胞であるフィアライドに類似しており、偽フィアライド（シュードフィアライド）と呼ばれる。また、この偽フィアライドを、胞子形成菌糸の側枝にずらりと並べるものが多く、この側枝のことをスポロクラディアと呼ぶ。標準的なスポロクラディアは、まず柄があって、その先に円柱状の胞子形成部がある。その部分の片面に偽フィアライドが二列ないし三列に並び、胞子を出芽的に生じる。その部分だけを見ると、ブラシのような形になる。この菌の胞子は、古くは分生子と言われたが、詳細な観察により、単胞子性の分節胞子嚢であると考えられるようになってきた。多くの場合、この類の胞子は、細長い形をしており、先端に透明な部分がある。発芽する時は側面から発芽管を生じる。
Title: キクセラ目 (Kickxellales)
Section: 有性生殖

有性生殖が知られているものでは、通常の栄養菌糸が接合して、そこに接合胞子嚢が作られる形である。ケカビ類に見られるように、菌糸が膨らんで配偶子嚢となることは見られない。接合胞子のうは球形で、その壁は厚くならず、色もほぼ透明である。
Title: キクセラ目 (Kickxellales)
Section: 研究史

この類でもっとも古くから知られたのはキックセラ、ブラシカビ、それにMartensella であり、いずれも19世紀後半に記載されている。これらはその性質が接合菌を思わせるのに、胞子形成や菌糸に隔壁を持つことが不完全菌類的であることから議論が多かった。ファンティガンはこれらを子嚢菌の分生子形成態とし、そのために学名に混乱を生じたこともある。しかしサクスターの残したコレクションを研究したLinderは接合胞子嚢の形成を確認し、そのためにこの類は接合菌であると認められた。彼はその無性生殖の構造をエダカビ科やハリサシカビモドキなどと結びつけて論じ、これら3属をまとめて、キクセラ科を独立の群と認めた(Linder(1943))。その後、Linderinaと Martensiomyces の2属が記載され、さらにR. K. ベンジャミンが20世紀半ばにこの類を含む分節胞子形成性の接合菌の研究を始める。彼はこれらをこの科に含め、さらに新属 Spirodactylon、および既存の属の新種を記載した(Benjamin(1959))。2000年頃より、日本の栗原祐子がこの分野の研究を開始し、さらにいくつかの属種を追加した。彼女はさらに多くの未発見のものが存在する可能性を示唆している。
Title: キクセラ目 (Kickxellales)
Section: 分類

キクセラ目は、当初はケカビ目に含まれていたもので、1980年代以降には、独立目として扱われることが多くなった。ディマルガリス目のものとは胞子の形態等が似ているが、向こうは二個の胞子を含む分節胞子のうを形成する。また、同じく接合菌門のトリコミケス綱ハルペラ目の形成する無性胞子であるトリコスポアは、構造上この類の胞子と類似性があり、また菌糸体の形態にも似たところがあることから、この両者の間に類縁関係があるとの説が浮上した。これらの関係は、分子系統のデータからも支持され、そのためにこれらをまとめたものがキックセラ亜門である。キクセラ目のものは従来はすべてキクセラ科に所属させてきた。ベンジャミンが追加した属も、彼はこの科に所属させた。現時点で知られている属を、Kurihara(2002)に基づいて示す。その大部分は1種、あるいは2種を含むのみで、数種以上を含むのはブラシカビ属のみである。なお、彼女自身はこれを科レベルでなく、目のレベルで分割すべきと主張している。スポロクラディアの上に直接に胞子を生じるものSpiromycesスポロクラディアは単一の細胞で構成され、その一細胞上に1つずつ偽フィアライドを生じるものRamicandelaberスポロクラディアは単一の細胞で、その上に複数の偽フィアライドを生じるものLinderinaリンデリナ属Myconymphaea ミコニンファエア属スポロクラディアは複数細胞からなり、それぞれの細胞から複数の偽フィアライドを生じるものSpirodactylon：スピロダクティロン属Kickxella：キックセラ属Martensiomyces マルテンシオミケスDipsacomyces ディプサコミケスMartensella マルテンセラCoemansia：ブラシカビReynolds et al.(2023) によるとキクセラ目からRamicandelaberales と Spiromycetales が独立目として分離されている。
Title: アキディアヌス属 (Acidianus)
Section: abstract

アキディアヌス属（Acidianus）は、通性嫌気性・好熱好酸性のクレン古細菌である。陸上の温泉、噴気孔から分離される。代謝や増殖条件は種によって少しずつ異なるが、共通する性質として、やや不規則な形の球菌で、強い酸性と比較的高い温度を好み、好気条件で硫黄を酸化して増殖できる。同科のSulfolobusとよく似た古細菌である。ただし、Sulfolobusが好気的にしか増殖できないのに対し、Acidianusは水素を硫黄で還元（A. sulfidivoransのみ硫化水素を第二鉄で還元[1]）することによって嫌気的にも増殖できる点で異なっている。また、大半の種は運動性を持っていない[1,2,3]。基本的には硫黄、または硫化物、第一鉄を好気条件下酸化するか、水素を硫黄で還元し、いずれの条件でも二酸化炭素を唯一の炭素源とする偏性化学合成独立栄養生物である。A. brierleyiのみ好気条件ではペプチドをエネルギー源並びに炭素源として利用し、従属的にも増殖することもできる通性独立栄養生物となっている。増殖pHは、おおむね1～3程度で、最も低いpHで増殖できるのは、A. sulfidivoransの0.35である。これはクレン古細菌として最低となっている[3]。増殖温度は、A. brierleyiが45～75ドと比較的低いが、A. infernusは85～96℃[2]と、この目としてはかなり高い。なお、好気条件で培養したものと、嫌気条件で培養したものでは、菌体の色や保存可能期間が異なるなど性質に違いが出ることが知られている[2,3]。
Title: アッケルマンシア属 (Akkermansia)
Section: abstract

アッケルマンシア属（Akkermansia）は、偏性嫌気性グラム陰性細菌の属である。ムチン分解性で、幅広い脊椎動物の消化器官に分布する。ヒトの糞便から分離されたアッケルマンシア・ムキニピラ（Akkermansia muciniphila）、アミメニシキヘビの糞便から分離されたアッケルマンシア・グリュカニピラ（Akkermansia glycaniphila）の2種が記載されている。何れも偏性嫌気性で、非運動性の楕円形の形状と外見も似ており、ムチンを唯一の炭素源及び窒素源並びにエネルギー源として使用できる。保護粘膜層であるムチンの分解は、腸壁のバリアの破壊につながるため病原性因子とみなされるが、一方でムチンの分解生成物が、他の常在細菌の栄養を提供するとの見方もある。抗炎症作用を有す可能性もあり、研究されている。ゲノムサイズは、Akkermansia muciniphila AKKM8が266万塩基対（ORF2138ヶ所）、Akkermansia glycaniphila APytTが307万塩基対（ORF2532ヶ所）。学名はオランダの微生物学者、Antoon Akkermans（1940～2006）への献名である。
Title: ミディクロリア (Midichloria)
Section: abstract

ミディクロリア(Candidatus Midichloria mitochondrii)はミトコンドリアに細胞内共生するリケッチアであり、マダニの卵巣に見出される。この名は映画スター・ウォーズ・シリーズに登場しフォースに寄与する共生微生物ミディ＝クロリアンに因んでおり、監督ジョージ・ルーカスの公認を得て命名されている。
Title: ミディクロリア (Midichloria)
Section: 形態・生態

長さ1.2μm、径0.45μmほどの桿菌で、鞭毛をもたず、グラム陰性である。ミトコンドリア膜間腔に共生し、内膜に包まれた内容物を消化して増殖していると見られる。細胞質中にも見出されるが、そこで増殖が可能なのかどうかは不明である。共生部位は主として卵巣であり、経卵巣感染により垂直伝播していると考えられている。雄には卵巣がないため共生部位は不明であるが、PCRによりDNAを検出できる場合がある。研究室で実験的に維持しているマダニでは、時間が経つにつれて徐々に排除されることが知られているが、その場合でもマダニの生殖能力などに差は生じない。このことから、この生物は宿主に対して取りたてて大きな利害を及ぼさないと考えられている。一方宿主ダニが吸血すると、それに応じてミディクロリアが増殖することが知られている。実際のところ、どのような共生関係にあるのかははっきりしていない。
Title: ミディクロリア (Midichloria)
Section: 分布

ヨーロッパおよび北米に生息する数種のマダニから見出されている。タイプ宿主はヨーロッパに広く分布するIxodes ricinusで、この種の野生個体からは地域を問わず100%の雌から検出される。オーストラリアのマダニからも非常に近縁だと考えられる細菌が見出されているが、ミトコンドリアの膜間腔には共生しないなど若干性質が異なっている。またミディクロリアに比較的近縁と思われるDNA配列が世界各地の吸血昆虫やヒトを含む哺乳動物の血液から検出されているが、これらがどの程度ミディクロリアと共通した性質を持っているのかは不明である。
Title: ミディクロリア (Midichloria)
Section: ゲノム

イタリアロンバルディア州ヴァレーゼ県のI. ricinusの卵細胞から得たサンプルを用い、ミディクロリアのゲノム1,183,732 bp (G+C含量36.6%)が解読されている。全般的にはリケッチア類の既知ゲノムと同様であると言えるが、特徴的なこととして鞭毛およびcbb3型のシトクロム酸化酵素をコードすると考えられる遺伝子群が見出されたことが挙げられる。ミディクロリアで鞭毛が観察されたことはないが、鞭毛タンパク質の遺伝子群が実際にmRNAとして発現していることから、鞭毛を用いる未知の時期が存在する可能性も考えられる。またcbb3型酵素は通常ミトコンドリアで利用されているaa3型酵素と比べて活性は低いものの、より低酸素条件に適応した酵素であると考えられている。ダニの卵形成過程では酸素消費が激しく増大することが知られており、ミディクロリアが通常のミトコンドリアより低酸素条件でATPを供給できるとすれば宿主にとっても利益があると考えられる。これら2つの遺伝子群は既知のリケッチア類ゲノムには存在しないものの、祖先的αプロテオバクテリアから受け継がれたものだと考えられる。
Title: ミディクロリア (Midichloria)
Section: 歴史

ミディクロリアと思われる細菌は、1979年にイギリス・リーズ大学の研究者（その後ファイザーの動物衛生部門の責任者となった）David Lewisが初めて報告し、その後スイス・ヌーシャテル大学でも研究が行われたが、いずれも電子顕微鏡による観察のみに留まっていた。イタリア・ミラノ大学獣医学部の寄生虫学教室では、1990年代後半からイタリア北部のマダニにおけるダニ媒介性病原体の保有状況について研究を進めていた。しかしPCRで既知のリケッチアとは似て非なるDNA配列が検出され、in situ ハイブリダイゼーションが陽性となる卵巣を電子顕微鏡で観察したところ、ミトコンドリアに共生するリケッチアが見出され命名された。ミトコンドリアに共生する細菌としては、他に繊毛虫のミトコンドリアに共生しているものが3例報告されているが、詳しく調べられていない。
Title: フクラスズメ (Arcte coerula)
Section: abstract

フクラスズメ（脹雀、学名：Arcte coerula）は、チョウ目ヤガ科の昆虫。中型のガで、人家の周辺でも見られる。和名は、スズメが羽毛を逆立てて冬の寒さに耐える様を「ふくらすずめ」と呼び、丸っこくて毛に覆われた様子をこのガに当てはめたものである。「スズメ」とあるが、スズメガ科ではない。
Title: フクラスズメ (Arcte coerula)
Section: 分布

日本全国に分布し、日本以外にもインド、東南アジア、台湾、中国、朝鮮半島、沿海地方まで広く分布する。
Title: フクラスズメ (Arcte coerula)
Section: 形態

成虫の前翅長は3 - 4cmほど。背中側と翅が黒褐色、体の腹側は黄白色をしている。胴が太く、全身に短い毛が密生する。触角は細い。前翅は体より少し大きいくらいで、後翅は前翅の2/3くらいの大きさである。後翅に水色の太い弧状の模様が2本あるが、これは捕えないと観察できない。止まる時は翅を後方へ閉じ、大きな鏃（やじり）のような形になる。幼虫は細長いケムシで、終齢幼虫では全長7cmに達する。頭と腹脚が橙色か黒色、体側に黒と白の線、背中に白黒の細かい横しま模様がある。
Title: フクラスズメ (Arcte coerula)
Section: 生態

成虫は夏と秋の年2回発生する。森林の周辺に多いが、人家にも現れ、夜には灯火に飛来する。冬は成虫で越冬する。冬に越冬のために進入した人家の中に現れ、人々を驚かせることもある。食物は熟した果物の発酵した汁や樹液などを摂取し、夜にカブトムシの集まるクヌギなどの樹液に飛来している姿をよく見かける。幼虫はイラクサ科のイラクサ、カラムシなどを食草とする。幼虫は危険を感じると頭部を反らせ、緑色の液体を吐き出しながら頭部を激しく横に振る。たまに大発生し、食草を茎だけの丸坊主になるまで食い尽くした上で周辺の地上を徘徊することがある。外見は毒々しいまでに派手だが、毒は持っていない。しかし人目に触れると嫌われることが多い。
Title: デスルフロモナス属 (Desulfuromonas)
Section: abstract

デスルフロモナス属はグラム陰性非芽胞形成偏性嫌気性化学合成桿菌。１本の側鞭毛を持つ。デスルフロモナス科の基準属で、基準種はデスルフロモナス・アセトキシダンス。GC含量は50から63。元素硫黄を還元して硫化水素を生産する硫黄還元菌に分類される。この還元反応を利用して有機酸を酸化してエネルギーを得る。
Title: ロドバクター属 (Rhodobacter)
Section: abstract

ロドバクター属（ーぞく、Rhodobacter）は真正細菌のPseudomonadota門アルファプロテオバクテリア綱ロドバクター目パラコッカス科の属の一つである。メンバーは全てグラム陰性の光合成桿菌である。一部の種は運動性を有する。かつてロドシュードモナス属（Rhodopseudomonas）に含まれていた種が再分類されてあらたに創設された属である。基準種はロドバクター・カプスラツス（Rhodobacter capsulatus）。属名はギリシャ語で「薔薇の桿菌」を意味し、産生するカロテノイドによってコロニーは赤みかがった色を呈することが属名の由来となっている。バクテリオクロロフィルを有して光合成を行い炭素を固定するが、酸素は放出しない。多くの有機化合物を利用でき、窒素固定能力もある。GC含量は62から71。
Title: ロドバクター属 (Rhodobacter)
Section: 下位分類（種）

ロドバクター属は以下の種を含む(2024年8月現在)。
Title: ロドバクター属 (Rhodobacter)
Section: 下位分類（種）
Subsection: IJSEMに正式承認されている種

ロドバクター・アエスツアリイRhodobacter aestuariiVenkata Ramana et al. 2009Rhodobacter amnigenusChen et al. 2021Rhodobacter azollaeSuresh et al. 2017ロドバクター・カプスラツスRhodobacter capsulatus(Molisch 1907) Imhoff et al. 1984Rhodobacter flagellatusXian et al. 2020Rhodobacter kunshanensisLiu et al. 2024ロドバクター・ラクスRhodobacter lacusSuresh et al. 2017ロドバクター・マリスRhodobacter marisVenkata Ramana et al. 2008ロドバクター・メガロフィルスRhodobacter megalophilusArunasri et al. 2008Rhodobacter ruberChen et al. 2021ロドバクター・セディミニコラRhodobacter sediminicolaSuresh et al. 2020ロドバクター・セディミニスRhodobacter sediminisSubhash and Lee 2016Rhodobacter tardusSheu et al. 2020Rhodobacter thermarumKhan et al. 2019Rhodobacter viridisShalem Raj et al. 2013Rhodobacter xanthinilyticusLee et al. 2024Rhodobacter xinxiangensisHan et al. 2024
Title: ロドバクター属 (Rhodobacter)
Section: 下位分類（種）
Subsection: IJSEMに未承認の種

"Rhodobacter calidifons"Kyndt et al. 2022ロドバクター・フェロオキシダンス"Rhodobacter ferrooxidans"Ehrenreich 1995ロドバクター・マリヌス"Rhodobacter marinus"Burgess et al. 1994"Candidatus Rhodobacter oscarellae"corrig. Jourda et al. 2015ロドバクター・アドリアティカスRhodobacter adriaticus(Neutzling et al. 1984) Imhoff et al. 1984現在の分類名はロドブラム・アドリアティカムRhodovulum adriaticumとされている。ロドバクター・アルカリトレランスRhodobacter alkalitoleransGandham et al. 2019現在の分類名はCereibacter alkalitoleransとされている。ロドバクター・アゾトフォルマンスRhodobacter azotoformansHiraishi et al. 1997現在の分類名はCereibacter azotoformansとされている。ロドバクター・ブラスティカスRhodobacter blasticuscorrig. (Eckersley and Dow 1981) Kawasaki et al. 1994現在の分類名はFuscovulum blasticumとされている。Rhodobacter changlensisAnil Kumar et al. 2007現在の分類名はCereibacter changlensisとされている。ロドバクター・ユーリハリナムRhodobacter euryhalinusKompantseva 1989現在の分類名はRhodovulum euryhalinumとされている。Rhodobacter johriiGirija et al. 2010現在の分類名はCereibacter johriiとされている。ロドバクター・マッシリエンシスRhodobacter massiliensisGreub and Raoult 2006現在の分類名はヘマトバクター・マッシリエンシスHaematobacter massiliensisとされている。ロドバクター・オヴァタスRhodobacter ovatusSrinivas et al. 2008現在の分類名はCereibacter ovatusとされている。ロドバクター・スフェロイデスRhodobacter sphaeroides(van Niel 1944) Imhoff et al. 1984現在の分類名はCereibacter sphaeroidesとされている。ロドバクター・スルフィドフィラスRhodobacter sulfidophilus(Hansen and Veldkamp 1973) Imhoff et al. 1984現在の分類名はRhodovulum sulfidophilumとされている。ロドバクター・ヴェルドカンピイRhodobacter veldkampiiHansen and Imhoff 1985現在の分類名はPhaeovulum veldkampiiとされている。Rhodobacter vinaykumariiSrinivas et al. 2007現在の分類名はPhaeovulum vinaykumariiとされている。
Title: ヒフォミクロビウム科 (Hyphomicrobiaceae)
Section: abstract

ヒフォミクロビウム科（Hyphomicrobiaceae）はプロテオバクテリア門アルファプロテオバクテリア綱ヒフォミクロビウム目の科の一つである。
Title: ヒフォミクロビウム科 (Hyphomicrobiaceae)
Section: 概要

この科の細菌は形態学的に非常に多彩であり、生息地も土壌、淡水、地下水、湿地、植物の根圏、硝化菌液、ニワトリ、下水など多様である。極わずかな菌種（例：Dichotomicrobium thermohalophilum、Filomicrobium fusiforme、Hyphomicrobium aestuarii）に限られるが、海洋環境からも分離されている。
Title: ヒフォミクロビウム科 (Hyphomicrobiaceae)
Section: 系統図

現在の分類体系はList of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)の決定に従う。下記の系統発生図は全ゲノム解析の結果に基づく。
Title: ルブロバクテル属 (Rubrobacter)
Section: abstract

ルブロバクテル属（ルブロバクテルぞく、Rubrobacter、ルブロバクター属）はグラム陽性の真正細菌の一属。
Title: ルブロバクテル属 (Rubrobacter)
Section: 特徴

放線菌の中でも好気性で放射線に耐性を持つ菌種が多い。
Title: ルブロバクテル属 (Rubrobacter)
Section: 代表的な菌種

(R. aplysinae)好気性グラム陽性細菌。(R. bracrensis)好気性グラム陽性細菌。(R. calidifluminis)好気性グラム陽性細菌。(R. naiadicus)好気性グラム陽性細菌。(R. radiotolerans)好気性グラム陽性細菌。放射線に耐性を持つ。(R. taiwanensis)好気性グラム陽性細菌。(R. xylanophilus)好気性グラム陽性細菌。
Title: オーストラリアタマキビ (Austrolittorina unifasciata)
Section: abstract

オーストラリアタマキビ（オーストラリア玉黍）、学名 Austrolittorina unifasciata は、タマキビ科に分類される海産の巻貝の一種。貝殻は殻高（殻長）20 mm前後。オーストラリアの固有種で、同国の温帯沿岸に生息する。オーストラリアタマキビ属 Austrolittorina Rosewater, 1970 のタイプ種（原指定）。
Title: オーストラリアタマキビ (Austrolittorina unifasciata)
Section: 分布

オーストラリアの固有種で、同国の温帯域沿岸に普通。オーストラリア本土の東岸、西岸、南岸、及びロード・ハウ島、タスマニア島の沿岸に分布する。東側の北限ははクイーンズランド州イェップーン（Yeppoon）、西側の北限は西オーストラリア州のノースウェスト岬（North West Cape）で、概ね南緯20度以北には分布しない。20世紀の資料にはニュージーランドにも分布するとするものもあるが（例えば Wilson, 1993など） 、これはかつて本種の亜種などとして扱われた A. antipodum を含んだ分布であり、2004年以降は別種と見なされている。
Title: オーストラリアタマキビ (Austrolittorina unifasciata)
Section: 形態

以下は主としてReid & Williams (2004)による。同論文には下記に加え、歯舌、メスの生殖器、浮遊性卵嚢などについても詳しい図示と説明、レファレンスがある。大きさ成貝の殻高（殻長）3 mmから24.9 mmで、本属中では最大になる。殻高／殻径比は1.23-1.8で、高い螺塔をもつ。螺塔側面は直線的かわずかに膨らむ。体層周縁は鈍く角張る。原殻は3層で直径0.36 mmだが、通常は浸食されている。彫刻殻は堅固で、螺層上面には等間隔の10本から12本の螺溝がある。またこれとは別に微細な螺条が全面にある。殻色成貝の殻色は白色から灰白色で、周縁より上にぼんやりとした幅広の青灰色の色帯を廻らし、螺溝の部分はやや色が濃く見える場合がある。また螺塔上部など殻表が摩滅や浸食された部分は内層の色が出て褐色がかることがある。殻頂は褐色で、後成層の2 - 3層目までは5 - 9本の褐色の螺線があるが、成長とともに消える。殻口内は暗褐色で、底部に1本の白色帯がある。蓋褐色の角質で少旋型。軟体頭部と腹足側面は黒色、触角は灰色から黒色で通常は明瞭な縦のストライプがある。触角の付け根付近の外側に眼があり、眼の周囲は色素がない。陰茎のフィラメントは本属内では最も長大に発達し、陰茎全体の6 - 7割の長さを占める。また先端手前まで皺状彫刻が広がり、先端は裁断状、もしくは鈍く尖るが鋭角には尖らない。
Title: オーストラリアタマキビ (Austrolittorina unifasciata)
Section: 生態

生息環境オーストラリア温帯の岩礁性の海岸で、波打ち際から高潮帯まで見られる。基質は片岩、花崗岩、堆積岩、コンクリート、さらには木製の桟橋などでも、一定の硬さがあれば様々な基質に見られるが、最も多いのは露出した岩上である。これらの場所で岩の窪みや割れ目などに主に生息するが、極端に隠蔽的な環境には見られない。適度に露出した環境では密度が著しく高くなる場合があり、ニューサウスウェールズ州ケープバンクスでは1平方メートル当たりに9600個体という例もある。夏の灼熱の下では本種も他の一部のタマキビ科の貝類同様に、貝殻を持ちあげて夏眠体勢をとる。食物基質上の微細藻類、胞子、地衣類などを食べている
Title: オーストラリアタマキビ (Austrolittorina unifasciata)
Section: 生態
Subsection: 繁殖

アデレード近郊では通年繁殖しており（Nwe、1974）、タスマニアでも通年の新規加入が報告されている（Chen＆Richardson, 1987）。ニューサウスウェールズ州ケープバンクス（Cape Banks (NSW)）では10月から5月にかけて雌が成熟し、産卵の最盛期は12月から3月との報告がある。卵は浮遊性卵嚢に入った形で産まれる。シドニーから報告された浮遊性卵嚢は直径240 μmの帽子形もしくはUFO形の透明なカプセルで、多少デコボコした中央ドームと幅広の周縁リングをもち、周縁リングの中央ラインを更に細い隆起がリング状に取り巻き、内部には直径100 μmの卵が1個入っている。アデレード付近から記録されたものは、卵嚢の直径が100-140 μm、卵の直径80 μmでやや小型である。幼生はプランクトン栄養型である。
Title: オーストラリアタマキビ (Austrolittorina unifasciata)
Section: 分類

オーストラリアタマキビ属は、最初は殻と陰茎の形態からタマキビ属 Littorina の亜属としてオーストラリアタマキビをタイプ種として創設された。しかしその後は形態分類における形態の解釈の恣意性から、イボタマキビ属 Nodilittorina の異名とされたり、その後再びイボタマキビ属の亜属として復活するなど20世紀中は必ずしも分類が確定していなかった。21世紀に入って盛んになった分子分類学的研究が進められた結果、オーストラリアタマキビ属 Austrolittorina は独立した属と認められることや、オーストラリアタマキビと亜種関係にあるとされていたニュージーランドの antipodum が明確に区別できる別種であることなどが明らかにされた。異名Litorina acuta Menke, 1843Litorina diemensis Philippi, 1847Littorina diemenensis Quoy & Gaimard, 1833Littorina diemenensis var. pseudolaevis G. Nevill, 1885Littorina mauritiana var. crassior Philippi, 1847Littorina unifasciata Gray, 1826Nodilittorina unifasciata (Gray, 1826)
Title: オーストラリアタマキビ (Austrolittorina unifasciata)
Section: 分類
Subsection: 同属種

Austrolittorina antipodum (Philippi, 1847)ニュージーランド本土、チャタム諸島、ケルマディック諸島に分布する。オーストラリアタマキビによく似ているが、最大でも殻高（殻長）13.7 mmと小型で、螺塔は相対的により高い傾向がある。また殻表の螺溝はより浅く、灰青色の色帯はより明瞭で、ペニスのフィラメントは短く皺がなく、先端が尖っていることなどで異なる。かつてはオーストラリアタマキビのニュージーランド亜種とされていたが、分子系統解析の結果から独立した別種とされた。Austrolittorina cincta (Quoy & Gaimard, 1833)ニュージーランド本土、オークランド諸島、チャタム諸島に分布する。成貝は殻高（殻長）8.9-20.2 mmで属内では大型。普通は淡色と褐色が交互に作る細い螺状の縞模様がある。ときに縞模様が不明瞭な場合でも、少なくとも殻底には縞模様が出ることで同属の他種と区別できる。ペニスの形態は antipodum に似る。Austrolittorina araucana (d'Orbigny, 1840)ペルーからチリ南部にかけての南米大陸沿岸に分布する。成貝の殻高は1.5-13.8 mmと小型。殻形や殻色は変化に富み、白色、青灰色、暗褐色などのものが見られ、不鮮明な斑紋が出る個体もある。色の薄い個体はオーストラリアタマキビや fernandezensis の小型個体に似るが、分布が異なる。ペニスのフィラメントは長く、皺彫刻はなく、先端手前に輸精溝の開口部のある前角があるため先端にかけて斜めの裁断状になることでも他の同属種と区別できる（Reid, 2002: fig.19A-C）。分子情報からは本属の現生5種の中で最も早く分岐したと推定され、その時期はおよそ4千万年前 - 7300万年前と見積もられている。Austrolittorina fernandezensis (Rosewater, 1970)チリ沖のファン・フェルナンデス諸島及びデスベントゥラダス諸島に分布する。成貝は殻高（殻長）5.4-21.3 mmで属内では大型。殻の形質のみではオーストラリアタマキビとの区別が難しい場合があるが、分布は重ならない。またペニスのフィラメントは短い角状で皺彫刻がなく、長大で皺彫刻をもつオーストラリアタマキビとは異なっている（Reid, 2002: fig.21G-J）。
Title: ウォリネーラ属 (Wolinella)
Section: abstract

ウォリネーラ属（ウォリネーラぞく、Wolinella）はヘリコバクター科に属するグラム陰性の非芽胞形成嫌気性桿菌ないしらせん菌。基準種はウォリネラ・スシノゲネス。名称はアメリカの微生物学者で基準種を発見したメイヤー・ウォリンに因む。GC比は42から48。口腔内などに生息する。糖は利用できず、ギ酸や水素分子をフマル酸呼吸によって酸化して利用する。ただし、フマル酸の代わりにアスパラギン酸やリンゴ酸、硝酸を電子受容体として利用することができるので、硝酸還元菌の一種であるとみなせる。また、鉄還元菌でもある。
Title: メタッロスパエラ属 (Metallosphaera)
Section: abstract

メタッロスパエラ属（メタロスファエラ属、Metallosphaera）は、陸上温泉や鉱山に生息する好気・好酸・好熱性の古細菌の一属である。属名は、金属を遊離すること、球状の細胞形態から、ラテン語で、鉱山・金属（Metallum;メタッルム）+ 球体（Sphaera;スパエラ）という構成である。主に硫化金属に富む環境に分布する好気好酸好熱性の古細菌である。1989年にイタリアポッツオーリの熱泥より発見、報告された。1996年には箱根温泉やドイツのウラン鉱山の鉱滓からも発見されている。形態は1μm程の球あるいは薄片状で、鞭毛を持つ種と持たない種がある。偏性好気性で、50-80°C、pH1-5程度で増殖する。栄養的には独立、従属、あるいは混合栄養。独立栄養時には硫化物を酸化し、硫酸イオンを生ずる。代謝できる硫黄化合物は、少なくとも硫黄、硫化水素、四チオン酸、二硫化鉄、黄銅鉱、硫化亜鉛などがあり、硫化金属の場合金属を遊離する。この他、分子水素の酸化も行う。従属栄養的には、酵母エキスや肉エキスなどの有機系培地が利用可能である。
Title: メタッロスパエラ属 (Metallosphaera)
Section: 分類

メタッロスパエラ・セドゥラ Metallosphaera sedula基準種。1989年にイタリアより発見された。2008年には全ゲノムが解読されている（219万1517bp、ORF 2256箇所）。メタッロスパエラ・ハコネンシス Metallosphaera hakonensis1996年に箱根温泉より発見された。当初はSulfolobusと考えられていたが、2003年にMetallosphaeraに移された。鞭毛を欠損する。メタッロスパエラ・プルナエ Metallosphaera prunae1996年にドイツのウラン鉱山の鉱滓より発見された。有害金属処理への利用が考えられている。
Title: チオスリックス属 (Thiothrix)
Section: abstract

チオスリックス属（チオトリクス属、チオスリクス属）はチオスリックス科の基準属で、グラム陰性の非芽胞形成偏性好気性のフィラメント状桿菌。硫化水素を酸化する硫黄酸化菌の一種で、GC含量は52。運動性はない。基準種はチオスリクス・ニベア。チオプロカ属やベギアトア属に近縁で、硫化水素が含まれる汚水や汚泥でみられ、菌体同士が末端でつながり放射状の集合体を形成する。
Title: チオプロカ属 (Thioploca)
Section: abstract

チオプロカ属（チオプロカぞく、Thioploca）はPseudomonadota門ガンマプロテオバクテリア綱ベギアトア目ベギアトア科の属の一つである。グラム陰性の非芽胞形成偏性好気性のフィラメント状桿菌。硫化水素を酸化する硫黄酸化菌の一種で、GC含量は52。滑走細菌に分類され、かつてはサイトファーガ目（Cytophagales）やチオスリックス目（Thiotrichales）に属するとされていた。タイプ種はチオプロカ・シュミドレイ。チオスリックス属やベギアトア属に近縁で、硫化水素が含まれる汚水や汚泥でみられる。菌体同士が末端でつながり放射状の集合体を形成し、目視で確認できる大きさのものもある。
Title: チオプロカ属 (Thioploca)
Section: 下位分類（種）

以下の種を含む(2024年9月現在)。Thioploca araucaeチオプロカ・アラウカエMaier & Gallardo 1984Thioploca chileaeチオプロカ・チレアエMaier & Gallardo 1984Thioploca ingricaチオプロカ・イングリカ(ex Visloukh 1911) Maier 1984Thioploca schmidleiチオプロカ・シュミドレイ（タイプ種）Lauterborn 1907 (IJSEMリストに掲載 1980)
Title: ハベリア (Habelia)
Section: abstract

ハベリア（Habelia）は、約5億年前のカンブリア紀に生息した化石節足動物の一属。こぶのある体表と長い尾をもつ、カナダのバージェス頁岩で見つかったハベリア・オプタタ（Habelia optata）という1種のみによって知られる。サンクタカリスなどと共に、ハベリア類という基盤的な鋏角類と思われるグループに分類される。
Title: ハベリア (Habelia)
Section: 名称

学名「Habelia」はカナダブリティッシュコロンビア州のハベル山（Mount Habel）に由来する。模式種（タイプ種）の種小名「optata」の由来は原記載（Walcott 1912）に特記されていないが、ラテン語の「optatus」（願い・欲望）によると推測される。
Title: ハベリア (Habelia)
Section: 形態

尾を除いて体長8.5mmから34mmまで及ぶ。背面の外骨格は数多くのこぶが密生し、順に丸い頭部（前体）、12節のある胴部（後体）、および体長とほぼ同じ長さの尾節からなる。
Title: ハベリア (Habelia)
Section: 形態
Subsection: 頭部

頭部（cephalon, head, または前体 prosoma）は体長の約30％を占め、中央部分は丸く盛り上がり、中に大きな胃が収納される。左右は三角形の平たい出っ張りで、一連の三角形の棘が縁の沿って生えている。出っ張りの直前には1対の丸い切り込みがあり、1対の眼が附属する。顕著な眼柄は見当たらず、複眼であったと考えられる。この頭部は眼や口が由来する先節と直後7節の体節（第1-7体節）の融合でできた合体節で、真鋏角類における前体（先節+第1-6体節）と後体第1節（第7体節）に相同とされる。頭部腹面は順に三角形のハイポストーマ（hypostome）、左右2枚に分かれた上唇（labrum）、および7対の付属肢（関節肢）が並んでいる。口は上唇と第2付属肢対の間で下向きに開き、常に第2付属肢対に覆われている。付属肢の中で最初の1対はかなり短小で、可動だが肢節数は不明、先端はおそらく爪がある。この付属肢は鋏角に相同（第1体節由来）とされる。次の5対（第2-6対）は後方ほど発達した二叉型付属肢（biramous appendage）で、強大な顎基（gnathobase）、およびそれぞれ7節以上に分かれた歩脚型の外肢（exopod）と内肢（endopod）からなる。顎基は前後重なりなって前に張り出し、頭部腹面のほとんどのスペースを占める。顎基内側に並んだ歯は大小を繰り返し、左右相互に噛み合わせる。歯は前の顎基ほど細く鋭く、後ろの顎基ほど鈍く頑丈に特化した。内肢は7節からなり、第5-6肢節内側前端には9本以上の剛毛が集密し、先端の第7肢節は鉤爪状。関節は正面に折り曲げて、付け根は顎基の先端付近にあるため、内肢は常に先頭に集約されるように見える。外肢は細長い7節以上からなり、3本の剛毛が各肢節の先端にもつ。外肢のうち前4対は前方、第5対はやや離れて左右に突出する。外肢の付け根の詳細は不明だが、顎基に関節しているようには見えず、少なくとも前4対はそこから遊離したと考えられる。この5対の付属肢は現生の真鋏角類における5対の歩脚型付属肢（触肢と残り4対の脚、第2-6体節由来）に相同とされる。第7対の付属肢は、直後の胴部前5節の付属肢に似たニ叉型付属肢である。ただし胴部のものに比べると、この付属肢の内肢は比較的に短く、外肢はもっと丸く周りの剛毛も比較的に多い。正確には頭部と胴部の境目に付属しているが、常に下から頭部の腹面を覆いかぶさり、胴部付属肢のように対応の背板も見当たらないことから、機能的には頭部の付属肢とされる。この付属肢は現生カブトガニ類の唇様肢とウミサソリの下層板に相同（第7体節由来）とされる。