shintaro-ozaki/entity-explanation huggingface dataset:
Title: インテグリン結合キナーゼ (Integrin-linked kinase)
Section: 植物のILK1の機能
Subsection: 病原体の検知

ILK1は細菌病原体に対する耐性を促進することが知られている。ILK1は苗のflg22感受性に必要である。触媒的に不活性型のILK1が接種された植物は活性型のILK1が接種された植物よりも細菌感染に弱く、ILK1が細菌の病原体の検出に必要であることが示唆されている。ILK1は病原菌の検出には関与している一方で、それによって誘導される防御機構には利用されていない。ILK1は、MPK3やMPK6のリン酸化を介してPAMPへの応答や基底レベルの免疫応答を高め、活性酸素種の産生にも独立して作用する。また、HAK5などの高親和性カリウム取り込みトランスポーターもflg22シグナルの伝達に不可欠であることが判明している。HAK5はカリウムレベルが低いときに機能する。flg22に対する応答として、HAK5はILK1とともに細胞膜を脱分極させてイオンの恒常性を媒介し、成長やその抑制などの短期的・長期的な作用を助けることが示されている。
Title: α-ラクトアルブミン (Α-Lactalbumin)
Section: abstract

α-ラクトアルブミンは、タンパク質である。牛乳の乳清タンパク質の重要な成分であり(～1 g/l)、また他の多くの哺乳類の乳にも含まれる。ヒトでは、LALBA遺伝子がコードする。
Title: α-ラクトアルブミン (Α-Lactalbumin)
Section: 機能

霊長類では、α-ラクトアルブミンの発現はプロラクチンに反応して正に調節され、ラクトースの生産量を増加させる。α-ラクトアルブミンは、ラクトースシンターゼヘテロ二量体の調節サブユニットを形成し、β-1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼが触媒部位を形成する。これらのタンパク質は一緒に働いて、ラクトースシンターゼがガラクトースの一部をグルコースに転移させ、ラクトースを合成することができるようにしている。α-ラクトアルブミンがβ-1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼと複合体を形成すると、グルコースとのアフィニティが約1000倍も上昇し、ガラクトースを重合させる機能が失われる。これにより、β-1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼをラクトースシンターゼに変化させることで、ラクトース形成経路を形成させる。多量体として、α-ラクトアルブミンはカルシウムイオンと亜鉛イオンに強く結合し、恐らく抗細菌、抗腫瘍活性を持つ。胃等の酸性環境で形成されるヒトのα-ラクトアルブミンのフォールディングバリアントは、HAMLETと呼ばれ、腫瘍細胞にアポトーシスを起こさせると考えられている。クリーヴィランド・クリニックのVincent Tuohyの研究は、α-ラクトアルブミンを乳癌のワクチンの基礎として用いるものである。乳癌は通常、出産適齢期を過ぎた人生の後半に発病する。このタンパク質は通常、妊娠後期や授乳期にしか発現しないが、Tuohyは、このたんぱく質は新しく形成された腫瘍でも発現していることを発見し、「彼らがやっていることの1つは、α-ラクトアルブミンのような適切ではないタンパク質を作ることだ」と記した。Tuohyのグループは、α-ラクトアルブミンをターゲットとするワクチンを開発し、患者自身の免疫系を騙して、α-ラクトアルブミンを発現する胸の組織を攻撃させ、癌細胞を高い確率で殺させた。実際に、腫瘍が発達する前にワクチンを接種されたマウスは乳癌から100%守られた。組織の損傷や炎症は胸の組織に限定されたが、ヒトの乳癌の患者は通常出産適齢期を過ぎているため、このことはあまり問題にならないと考えられる。
Title: α-ラクトアルブミン (Α-Lactalbumin)
Section: 物理的性質

分子量は14178 Da、等電点は4.2と4.5の間である。β-ラクトグロブリンとの構造上の最大の違いの1つは、共有縮合反応の開始点となるフリーなチオール基を持たないことである。結果として、純粋なα-ラクトアルブミンは、変性や酸性化によってゲルを形成しない。
Title: α-ラクトアルブミン (Α-Lactalbumin)
Section: 進化

α-ラクトアルブミンの配列比較により、リゾチーム、特にカルシウムイオンと結合するc-リゾチームとの強い類似性が示された。従って、考えられる進化史は、c-リゾチームの遺伝子重複の後に突然変異が起こったということである。この遺伝子は、哺乳類と鳥類の最後の共通の祖先（有羊膜類出現後の単弓類と双弓類の分岐点に相当する）より前から存在し、起源は恐らく約3億年であると考えられる。
Title: 核内受容体コアクチベーター3 (Nuclear receptor coactivator 3)
Section: abstract

核内受容体コアクチベーター3（NCOA3: nuclear receptor coactivator 3）は、ヒトのNCOA3遺伝子によってコードされているタンパク質である。AIB1（amplified in breast 1）、SRC-3（steroid receptor coactivator-3）、またはTRAM-1（thyroid hormone receptor activator molecule 1）とも呼ばれる。
Title: 核内受容体コアクチベーター3 (Nuclear receptor coactivator 3)
Section: 機能

NCOA3は、いくつかの核内受容体相互作用ドメインと固有のヒストンアセチルトランスフェラーゼ活性を有する転写共制御タンパク質である。NCOA3は、リガンド活性型核内受容体によってDNAのプロモーター部位に動員される。そしてNCOA3はヒストンをアセチル化し、下流のDNAの転写を容易にする。したがって、NCOA3はDNA発現の上方調節において核内受容体を支援する。
Title: 核内受容体コアクチベーター3 (Nuclear receptor coactivator 3)
Section: 臨床的な意義

NCOA3あるいはAIB1のタンパク質発現に対するペアードボックス転写因子2（PAX2）のそれの比率は、乳癌治療におけるタモキシフェンの有効性予測を可能にする可能性がありる。いくつかの分子メカニズムの観測結果は、NCOA3が乳癌の内分泌療法への耐性に関係していることを示す。ERKおよび/またはPIK3CA/AKTキナーゼ経路の持続的な活性化につながるシグナル伝達経路または変異（例えば、HER2/neu過剰発現、PIK3CA（PI3K）の活性化突然変異、癌原遺伝子チロシンプロテインキナーゼSrcの活性化変異など） は、一方ではNCOA3転写共活性化能力を増強し、他方ではプロテアソーム依存性NCOA3ターンオーバーの阻害することによってNCOA3の過剰発現を引き起こす。どちらの条件でも、エストロゲン受容体（ER）複合体形成の平衡は、転写活性複合体に向かって変位し、したがって、タモキシフェンやフルベストラント（選択的エストロゲン受容体モジュレーター）などの抗エストロゲン薬によって引き起こされる阻害を打ち消す。その結果、エストロゲン感受性遺伝子の転写が回復し、癌の進行および/または再発が促進される。特に、NCOA3とHER2/neuの同時過剰発現と診断された腫瘍患者は、他のすべての患者を合わせた場合よりもタモキシフェン療法の結果が悪かった。さらに、内分泌療法で治療された管腔形成乳癌の休眠腫瘍細胞は、キナーゼシグナル伝達経路を変化させて最終的にNCOA3発癌機能を増強する突然変異を時間とともに獲得する可能性がある。また、エストロゲン受容体-PAX2複合体はHER2/neuの発現を抑制するが、PAX2の発現が失われると、新たにHER2/neuの発現が起こり、内分泌療法の耐性と再発が始まる可能性がありる。
Title: 核内受容体コアクチベーター3 (Nuclear receptor coactivator 3)
Section: 相互作用分子

核内受容体コアクチベーター3は、以下の生体分子と相互作用する。AR（アンドロゲン受容体）CHUKCREBBP（CREB結合タンパク質）DDX17DDX5ERα（エストロゲン受容体α）ERβ（エストロゲン受容体β）GR（グルココルチコイド受容体）IKBKGIKK2PPAR-γ（ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ）RXR-α（レチノイドX受容体α）
Title: S100A9 (S100A9)
Section: abstract

遊走阻止因子関連タンパク質14（MRP14）またはカルグラヌリンBとしても知られるS100カルシウム結合タンパク質A9 （ S100A9 ）は、ヒトではS100A9遺伝子によってコードされるタンパク質である。 タンパク質S100A8とS100A9は、カルプロテクチンと呼ばれるヘテロダイマーを形成する。
Title: S100A9 (S100A9)
Section: 機能

S100A9は、 2つのEFハンドカルシウム結合モチーフを含むS100ファミリーのタンパク質のメンバーである。 S100タンパク質は、広範囲の細胞の細胞質および/または核に局在し、細胞周期の進行や分化などの多くの細胞プロセスの調節に関与している。 S100遺伝子には、染色体1q21にクラスターとして位置する少なくとも13のメンバーが含まれている。このタンパク質は、カゼインキナーゼの阻害に機能する可能性がある。 S100A9(MRP14) は、カルシウム調節タンパク質のS100ファミリーの別のメンバーであるS100A9（MRP-8）と複合体を形成する。MRP8とMRP14の複合体は、トール様受容体4（ TLR4 ）  および糖化最終産物の受容体に結合することによって骨髄細胞機能を調節する。 細胞内S100A9は、好中球内のミトコンドリアの恒常性を変化させる。その結果、S100A9を欠く好中球は、高レベルのミトコンドリアスーパーオキシドを生成し、細菌性病原体に応答して高レベルの自殺的なネトーシスを起こす。 さらに、S100A9欠損マウスは、心臓での負荷の低い黄色ブドウ球菌感染症から保護される。これは、S100A9の臓器特異的機能を示唆する。
Title: S100A9 (S100A9)
Section: 臨床的な意義

S100A9タンパク質の発現の変化は、嚢胞性線維症の疾患に関連している。 S100A9、S100A8のヘテロダイマーであるカルプロテクチンは、血管の炎症を幅広く調節し、白血球の動員を促進することにより、血管損傷に対する生物学的反応に寄与する。 また、カルプロテクチンは好中球とマクロファージの蓄積、マクロファージのサイトカイン産生、およびSMCの増殖を制御することにより、血管の損傷を調節する。したがって、上記の研究S100A8およびS100A9の欠損が好中球および単球依存性の血管炎症を軽減し、invivoでの多様な血管損傷反応の重症度を軽減することを示している。 カルプロテクチンは、アテローム血栓症における血小板および炎症性疾患の活動の有用なバイオマーカーである可能性があり、治療的介入の新しい標的として役立つ可能性がある。 また、血小板トランスクリプトームは、急性冠状動脈疾患と安定した冠状動脈疾患の量的な違いを明らかにする。 S10０A9の発現は、ST上昇型心筋梗塞（STEMI）の前に増加し、健康な個人のカルプロテクチンの血漿濃度の増加は、将来の心血管イベントのリスクを予測する。 S100A9（骨髄関連タンパク質14、MRP 14またはカルグラヌリンB）は、癌の間質における骨髄細胞の異常な分化、および白血病の進行に関与している。  これは、腫瘍を有する宿主によって生成される保護的または治療的細胞性免疫応答の不能に寄与する可能性がある全体的な免疫抑制微小環境の作成に寄与する。悪性腫瘍以外では、S100A9はその二量体化パートナーであるS100A8 （MRP8またはカルグラヌリンA）と関連して、炎症部位でのリンパ球動員のシグナルを発する。  S100A9 / A8（同義語：カルグラヌリンA / B;カルプロテクチン）はまた、ヒトの多くの炎症性疾患、特に関節リウマチおよび炎症性腸疾患（IBD）のマーカータンパク質と見なされている。骨髄関連タンパク質（MRP）-8は、いくつかの粘膜分泌物に見られる炎症性タンパク質である。子宮頸膣分泌物では、MRP-8はHIV産生を刺激する可能性がある。 したがって、HIVの性感染症、およびその他の性感染症（STD）に関与している可能性がある。in vitroでは、組換えMRP-8のHIV誘導がHIV発現を最大40倍増加させることができることを示した。
Title: S100A9 (S100A9)
Section: 動物実験

S100A9ノックアウトマウス（S100A9を欠損したマウス変異体）が構築された。このマウスは、肥沃で、実験使用が可能で、健康である。ただし、S100A9の二量体化パートナーであるS100A8タンパク質の発現は、分化した骨髄細胞のこれらのマウスにも存在しない。 このマウス系統は、多くの実験的炎症状態におけるS100A9およびS100A8の役割を研究するために使用されている。
Title: デスモグレイン1 (Desmoglein-1)
Section: abstract

デスモグレイン1（英:desmoglein-1、英語発音はデズモグライン  ワン）は、細胞接着装置の１つである接着斑(デスモソーム)の細胞接着分子で、カルシウム結合性の膜貫通タンパク質（transmembrane protein）である。ヒト遺伝子は、DSG1。 カドヘリン様配列があるので、接着斑カドヘリン（desmosomal cadherins）とも呼ばれ、カドヘリンファミリーの糖タンパク質である。4つのアイソフォーム・デスモグレイン1、デスモグレイン2、デスモグレイン3、デスモグレイン4があり、対応する4つの遺伝子は18番染色体にある。主に表皮を材料に研究されているが、小腸、乳腺、気管、膀胱、肝臓、心臓、胸腺などの臓器にも存在する。
Title: デスモグレイン1 (Desmoglein-1)
Section: デスモグレイン1の別名

DG1; DSG1; cadherin family member 4; desmoglein-1; desmosomal glycoprotein 1; pemphigus foliaceus antigen
Title: デスモグレイン1 (Desmoglein-1)
Section: 相互作用

デスモグレイン1は、細胞外でデスモグレインと同親性結合（ホモフィリック結合、homophilic adhesion）し、細胞内でプラコグロビン（plakoglobin）、plakophilin-3、plakophilin-2 と結合、および receptor-type tyrosine-protein phosphatase T(PTPrho)と相互作用する。
Title: デスモグレイン1 (Desmoglein-1)
Section: 機能と構造

デスモグレイン1の機能は、図1に示すように、カルシウム依存性の「細胞－細胞接着」を担う同親性結合（ホモフィリック結合、homophilic adhesion）の細胞接着分子として、接着斑(デスモソーム)の細胞接着と接着斑の構築・維持に機能している。構造は、図2に示す。デスモグレイン1は、SDS電気泳動で160 kDa(150 kDa)の糖タンパク質とされているが、cDNAの塩基配列から推定されたデスモグレインのアイソフォームの１つ・「デスモグレイン1」のアミノ酸残基数は、959個である。対応分子量は102 kDaで、160 kDa(150 kDa)との差分は糖鎖とSDS電気泳動の特性である（ある種のタンパク質はSDS電気泳動で分子量値がズレる）。細部内ドメインにプラコグロビン（plakoglobin）とプラコフィリン（plakophilin）結合部位がある。
Title: デスモグレイン1 (Desmoglein-1)
Section: 疾患

デスモグレイン1の異常は接着斑の異常、つまり、上皮組織の異常になる。デスモグレイン 1の変異または自己抗体が原因のヒト皮膚病を以下に示す。Striate palmoplantar keratoderma落葉状天疱瘡（Pemphigus foliaceous）。接着斑の自己抗体が原因でおこる皮膚病として、落葉状天疱瘡が最初に発見された。Bullous impetigo伝染性膿痂疹（でんせんせいのうかしん）（Staphylococcal scalded skin syndrome）ブラジル天疱瘡（Fogo selvagem）紅斑性天疱瘡（Pemphigus erythematosus）尋常性天疱瘡（Mucosal pemphigus vulgaris）
Title: BUB1 (BUB1)
Section: abstract

BUB1（budding uninhibited by benzimidazoles 1）は、ヒトではBUB1遺伝子にコードされる酵素（プロテインキナーゼ）である。BUB1は、出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeの遺伝的スクリーニングから最初に同定されたセリン/スレオニンキナーゼである。このタンパク質はキネトコアに結合し、紡錘体チェックポイント（SAC）の確立と染色体集合に重要な役割を果たす。BUB1は出芽酵母からヒトまで多様な生物で進化的に保存されており、その機能喪失変異や欠損は染色体の異数性、不安定性、早老を引き起こすことが報告されている。
Title: BUB1 (BUB1)
Section: 構造

BUB1は保存されたN末端領域、中央部の非保存領域、そしてC末端のセリン/スレオニンキナーゼドメインから構成される。N末端領域は、キネトコアタンパク質ブリンキン/AF15q14への結合を媒介する。この相互作用はBUB1のキネトコアへの局在、そしてSAC活性化時の細胞周期停止機能に必要不可欠である。ヒトBUB1のC末端のキナーゼドメインの結晶構造が解かれており、2つのローブからなる典型的なキナーゼフォールドを取ることが明らかにされている。ATP結合部位と触媒部位は2つのローブの相互作用面に位置している。キナーゼドメインのN末端側の伸長部には3つのβストランドと1つのαヘリックスが含まれ、キナーゼドメインのNローブに巻き付いている。
Title: BUB1 (BUB1)
Section: 細胞内局在

BUB1は細胞周期のG1期からS期にかけて徐々に蓄積し、G2/M期にピークに達し、そして有糸分裂後に急激に減少する。有糸分裂前期にouter kinetochore領域に最初に局在するタンパク質の1つであり、有糸分裂の適切なタイミングや紡錘体損傷に対するチェックポイント応答過程に関与することが示唆されている。
Title: BUB1 (BUB1)
Section: 機能

BUB1は細胞周期を通じて多様な機能を持ち、主に有糸分裂中期におけるSACと染色体整列に機能を有する。このタンパク質の機能と同様、現在同定されている相互作用ネットワークもまた複雑である。SACは、真核生物細胞において染色体が高い信頼性で次世代へ受け継がれるよう保証する、中心的な監視機構となっている。キネトコアへの微小管の双極型（bipolar）接着はいくつかの構成要素によって監視されているが、おそらく双極型接着によって生じる張力が検知されているものと考えられている。双極型接着を行っていないキネトコアが1つでも存在する限り、有糸分裂中期から後期への移行はSACによって停止される。このことは、SACが非常に高感度のシグナル伝達経路である必要があることを示している。Bub1はSACの形成とシグナル伝達のマスターレギュレーターであると考えられている。チェックポイントは他に少なくとも13種類のタンパク質（Mad1、Mad2、Mad3/BubR1、Bub3、Mps1など）によって構成されており、これらの多くはBUB1と相互作用することが明らかにされている。SACの活性化に伴って、Bub1はAPC/CのコアクチベーターであるCdc20を直接リン酸化する。このリン酸化はおそらくBub3との複合体によって行われており、Bub3自体もこれに先立ってBub1によるリン酸化を受けている。Cdc20のリン酸化は最終的には、中期から後期の移行を決定しているAPC/Cの活性の低下をもたらす。一方、Cdh1と複合体を形成したAPC/CはBub1に対して作用し、有糸分裂を終結させるためにBub1に分解標識を付加する。また、G2期から有糸分裂前期にかけてのBub1のキネトコアへの局在は、SACの機能のもう1つの側面を示している。Bub1はMad1、Mad2、BubR1、CENP-E、PLK1といった他のチェックポイントタンパク質やモータータンパク質をキネトコアへリクルートするためのプラットフォームとして機能すると考えられている。SAC活性におけるBub1の主な役割は、Cdc20のリン酸化よりも、むしろBubR1、Mad1、Mad2のリクルートであることを示唆するデータも得られている。紡錘体損傷に伴って、Bub1によるMad1のリン酸化も開始され、その結果Mad2はCdc20へアクセスして阻害を行えるようになる。また、Bub1はシュゴシンタンパク質（Sgo1）のセントロメア領域への局在を高めることで、姉妹染色分体間の接着を保護する。そしてBub1はホスファターゼPP2Aをリクルートし、セントロメアからSgo1を除去してしまうPLK1の作用を阻害する。一方で、PLK1の局在もBub1の活性に依存している。ツメガエル抽出物を用いてRNAiや抗体によってBub1を枯渇させた研究では、Bub1がinner centromereと呼ばれる領域の組織化に重要な機能を果たしていることが示唆されている。こうしたキネトコアの組み立てにおける役割と同様に、Bub1はオーロラBキナーゼ、サバイビン、INCENPといった染色体パッセンジャー複合体（chromosomal passenger complex）の構成要素もリクルートする。Bub1によるINCENPの直接的リン酸化も観察されている。RNAiによるヒトBUB1の枯渇実験からは、BUB1が中期の適切な染色体集合に関与していることが示唆されている。BUB1の下流の標的として、CENP-F、MCAK、SGO1などのキネトコアタンパク質が同定されている。
Title: BUB1 (BUB1)
Section: がんとの関係

分裂期チェックポイント機構の異常は、ヒトの多くのがんに共通する特徴である。より正確には、紡錘体チェックポイントの変異は染色体の不安定性や異数性をもたらす場合があり、こうした特徴は全ての固形腫瘍の90％以上でみられる。BUB1の機能喪失変異や遺伝子発現の低下は、大腸がん、食道がん、胃がん、乳がん、メラノーマなど、ヒトのいくつかのがんで同定されている。Bub1の発現レベルと腫瘍の発生部位や重症度には相関がみられることが知られている。一例としてマウスでは、Bub1の発現が最も低い場合には肉腫、リンパ腫、肺腫瘍がより多く発生し、それよりもいくぶん高い場合には肉腫と肝腫瘍が発生するもののリンパ腫や肺腫瘍は発生しないことが示されている。さらに、Bub1はSV40ウイルスのラージT抗原の標的として同定されており、おそらくその発がん性形質転換能に寄与している。Bub1が腫瘍発生に関与してることは動物実験からも示されており、Bub1の発現が低下したマウスは腫瘍易罹患性を示す。p53機能不全細胞（HeLa細胞など）でのBub1のノックダウンは染色体異数性を引き起こす。異数性がそれ単独で腫瘍発生の十分な原動力となるのか、それとも腫瘍発生に伴う単なる結果であるのかに関しては、科学的論争がある。
Title: BUB1 (BUB1)
Section: CIMDとの関係

Bub1は、CIMD（caspase-independent mitotic death）と呼ばれるカスパーゼ非依存的な細胞死の負の調節因子としても同定されている。Bub1の枯渇によって、SACの機能低下に伴って生じる異数性を避けるために行われるCIMDは増加する。CIMDはp73に依存しており、p73の転写活性はリン酸化を介して阻害されるが、p73とBub1との直接的な相互作用は示されておらず、またBub1とp73を関連付けている分子も未発見である。また、p53はBub1が枯渇した場合にはアポトーシスを誘導することができ、Bub1がp53に結合してアポトーシス促進遺伝子の活性化を防いでいることが提唱されている。p53とBub1との相互作用は示されていないが、p53はBubR1に結合することが報告されている。
Title: Ki-67 (Ki-67 (protein))
Section: abstract

KI-67抗原 (Ki-67 または MKI67) は MKI67 遺伝子にコードされるタンパク質である。モノクロナール抗体 Ki-67によって検出された。
Title: Ki-67 (Ki-67 (protein))
Section: 概要

KI-67は MKI67 遺伝子にコードされる、細胞分裂関係タンパク質である。ゆえに増殖細胞マーカーとして用いられており、臨床では肺がんに関わるマーカーとして利用されている。
Title: Ki-67 (Ki-67 (protein))
Section: 構造

N-terminal forkhead-associated (FHA) domain; a protein phosphatase (PP)1 binding domain , 16 tandem repeats of 122 residues (in primates); C-terminal LR (leucine/arginine-rich) chromatin-binding domain
Title: Ki-67 (Ki-67 (protein))
Section: 機能
Subsection: 染色体を分離する生物学的界面活性剤

Ki-67は細胞分裂時に染色体同士が絡み合わないようにする、界面活性剤として機能している。真核生物のDNAは、有糸分裂の際に染色体と呼ばれる棒状の構造体へとパックされる。有糸分裂の際、ヒトでは[23対46個]×2、つまり92個の染色体が構成され、これらが正確に2つの娘細胞へ分配される必要がある。染色体が互いに絡み合ってしまうと異常な分配が起きてしまうため、染色体の絡みを防ぐ仕組みが必要になる。Ki-67は染色体を鞘のように包み込んで電荷を与え、染色体同士を電気的に反発させることで絡み合いを防いでいる。いわば生物学的な界面活性剤として機能している。
Title: Ki-67 (Ki-67 (protein))
Section: 機能
Subsection: リボソームRNAの転写

リボソームRNAの転写に関与しており 、KI-67の不活性化はリボソームRNA合成を阻害する。
Title: Ki-67 (Ki-67 (protein))
Section: 分裂細胞マーカーとしての利用

Ki-67は増殖マーカーである。  細胞増殖に強く関係している。間期の間、Ki-67は核で強く検出され、有糸分裂の際にクロモソームの表面へと大多数が再配置される。 Ki-67は細胞周期のすべての活性化フェイズ(G1, S, G2, M期)に存在しているが、静止状態の細胞 (G0期)には存在しない. 細胞内のKi-67量は細胞分裂S期に急激に増えることが知られている。. またKi-67は肺がんで高い増殖能を持つ患者サブタイプ (ER-positive 肺がんで、アジュバント化学療法が大きな効果をもつ)の同定に用いられる。
Title: Ki-67 (Ki-67 (protein))
Section: 抗体ラベル

Ki-67 is an excellent marker to determine the growth fraction of a given cell population. The fraction of Ki-67-positive tumor cells (the Ki-67 labeling index) is often correlated with the clinical course of cancer. The best-studied examples in this context are carcinomas of the prostate, brain and the breast and nephroblastoma and neuroendocrine tumours. For these types of tumors, the prognostic value for survival and tumor recurrence have repeatedly been proven in uni- and multivariate analysis.
Title: Ki-67 (Ki-67 (protein))
Section: 抗体ラベル
Subsection: MIB-1

Ki-67 and MIB-1 monoclonal antibodies are directed against different epitopes of the same proliferation-related antigen. Ki-67 and MIB1 may be used on fixed sections. MIB-1 is used in clinical applications to determine the Ki-67 labelling index. One of its primary advantages over the original Ki-67 antibody (and the reason why it has essentially supplanted the original antibody for clinical use) is that it can be used on formalin-fixed paraffin-embedded sections, after heat-mediated antigen retrieval (see next section below).
Title: Ki-67 (Ki-67 (protein))
Section: 抗体ラベル
Subsection: Ki-67抗体の起源

The Ki-67 protein was originally defined by the prototype monoclonal antibody Ki-67, which was generated by immunizing mice with nuclei of the Hodgkin lymphoma cell line L428. The name is derived from the city of origin (Kiel, Germany) and the number of the original clone in the 96-well plate.
Title: Ki-67 (Ki-67 (protein))
Section: 相互作用

Ki-67タンパク質はCBX3との間に相互作用が見られる。
Title: カテプシンE (Cathepsin E)
Section: abstract

カテプシンE（英: cathepsin E、EC 3.4.23.34）は、ヒトではCTSE遺伝子にコードされる酵素である。この酵素は、slow-moving proteinase、erythrocyte membrane aspartic proteinase、SMP、EMAP、non-pepsin proteinase、cathepsin D-like acid proteinase、cathepsin E-like acid proteinase, cathepsin D-type proteinaseといった名称でも知られる。カテプシンEは動物やその他さまざまな生物にみられるプロテアーゼであり、アスパラギン酸プロテアーゼに分類される。ヒトでは、1番染色体の1q32に位置するCTSE遺伝子にコードされている。カテプシンEは細胞内に位置する非リソソーム糖タンパク質であり、主に皮膚や免疫細胞に存在する。ジスルフィド結合によって連結されたホモ二量体として機能するアスパラギン酸プロテアーゼであり、高マンノース型の糖鎖が付加されている。カテプシンEの欠損はアトピー性皮膚炎など炎症性皮膚疾患に関与している可能性があり、その治療は体内でのタンパク質の機能や濃度の改善といった方法に依存することとなる。カテプシンEはレニンやカテプシンDととともに、消化管や生殖器以外の組織で合成されることが知られている数少ないアスパラギン酸プロテアーゼの1つである。
Title: カテプシンE (Cathepsin E)
Section: 構造

カテプシンEの構造はカテプシンDやBACE1と非常によく類似しており、これら3つのタンパク質の活性部位はほぼ同一である。これらの間の差異は、活性部位周囲の微小環境にある。96DTG98と281DTG283は、酵素の活性部位に形成に寄与している。また、272番と276番、314番と351番のシステイン残基はジスルフィド結合を形成している。109番、114番の2つのシステイン残基は立体構造上近接して位置しているが、硫黄原子間の距離は3.53 Åでありジスルフィド結合を形成するには離れすぎている。活性部位の2つのアスパラギン酸残基は周囲の残基と4つの水素結合を形成している。カテプシンDやBACE1と比較してカテプシンEの特徴となるのは、Asp96とSer99の間の水素結合が存在し、またAsp281とLeu/Metとの間の水素結合が存在しないことである。
Title: カテプシンE (Cathepsin E)
Section: 分布

カテプシンEは、消化管、リンパ組織、血液細胞、泌尿器、ミクログリアなどに分布している。さまざまな哺乳類細胞において、カテプシンEの細胞内局在はアナログであるカテプシンDとは異なっている。カテプシンEは胃の壁細胞の細胞内分泌細管（intracellular canaliculus）、肝細胞の毛細胆管、腎臓の近位尿細管細胞、腸、気管、気管支の上皮細胞、破骨細胞、赤血球においては膜に結合して存在している。抗原を提示しているB細胞、胃の主細胞、ミクロソームなどの細胞種ではエンドソーム構造への局在が観察される。また、小胞体槽にも検出される。
Title: カテプシンE (Cathepsin E)
Section: 機能

カテプシンEはタンパク質の分解、MHCクラスII経路を介した抗原のプロセシング、生理活性タンパク質の生成に重要な役割を果たしている。また、加齢、興奮性毒素によるグルタミン酸受容体の過剰刺激、前脳の一過性の虚血に伴う、神経死経路の実行にも関与していると考えられている。ラットで行われた実験では、カテプシンEは若齢ラットの脳組織ではほとんど検出されないが、老齢ラットでは線条体や大脳皮質において濃度が大幅に上昇していることが示されている。また、一過性前脳虚血から1週間後の海馬CA1領域のミクログリアや変性神経細胞でも高レベルで発現している。カテプシンEは腸上皮化生から高分化型腺癌の発生に関与している可能性がある。また、樹状細胞と関連して自己・外来タンパク質に応答したCD4レパートリーの形成に関与している。
Title: カテプシンE (Cathepsin E)
Section: 翻訳後修飾

カテプシンEはグリコシル化されている。糖鎖修飾の性質は細胞種によって異なる。線維芽細胞中の酵素前駆体では高マンノース型のオリゴ糖が付加されているが、成熟酵素では複合型オリゴ糖が付加されている。赤血球膜では、成熟酵素と酵素前駆体の双方で複合型オリゴ糖がみられる。カテプシンEは自己触媒切断によって2つの形態が生み出され、Form1はIle54番残基から始まり、Form2はThr57番から始まる。
Title: グリシンtRNAリガーゼ (Glycine—tRNA ligase)
Section: abstract

グリシンtRNAリガーゼ(Glycine—tRNA ligase、EC 6.1.1.14)は、酵素である。ヒトでは、GARS遺伝子によってコードされる。この酵素はリガーゼに分類され、特にアミノアシルtRNAと関連化合物に炭素-酸素結合を形成する。系統名はグリシン:tRNAGlyリガーゼ(AMP生成)(Glycine:tRNAGly ligase (AMP-forming))である。グリシルtRNAシンテターゼ(Glycyl-tRNA synthetase)、グリシルトランスラーゼ(Glycyl translase)等とも呼ばれる。
Title: グリシンtRNAリガーゼ (Glycine—tRNA ligase)
Section: 機能

グリシンtRNAリガーゼは、tRNAを関連するアミノ酸と結合させるアミノアシルtRNA合成酵素の一種である。酵素はα2二量体を形成し、II型のtRNA合成酵素である。
Title: グリシンtRNAリガーゼ (Glycine—tRNA ligase)
Section: 反応

グリシンtRNAリガーゼは、以下の化学反応を触媒する酵素である。ATP + グリシン + tRNAGly                    ⇌              {\displaystyle \rightleftharpoons }  AMP + 二リン酸 + グリシルtRNAGly従って、この酵素は、ATPとグリシンとtRNAGlyの3つの基質、AMPと二リン酸とグリシルtRNAGlyの3つの生成物を持つ。この酵素は、グリシン、セリン、トレオニンの代謝、アミノアシルtRNAの生合成に関与する。
Title: グリシンtRNAリガーゼ (Glycine—tRNA ligase)
Section: 相互作用

グリシンtRNAリガーゼは、EEF1Dとタンパク質間相互作用することが示されている。
Title: グリシンtRNAリガーゼ (Glycine—tRNA ligase)
Section: 臨床的関連

この酵素は、多発性筋炎、皮膚筋炎等のヒト自己免疫疾患の自己抗原のターゲットとなっていることが示されている。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: abstract

ジストニン（英: Dystonin、BP230、BPAG1）は、ヒト遺伝子DSTにコードされたタンパク質で、数種類のアイソフォームがある。神経組織、筋組織、上皮組織に存在する。上皮組織に発現するアイソフォーム（ジストニン-e）は、BP230（ビーピー ツーサーティ、BPAG1e）とも呼ばれ、神経組織に発現するアイソフォーム（ジストニン-a）はBPAG1a、筋組織に発現するアイソフォーム（ジストニン-b）はBPAG1bとも呼ばれている。プラキン (plakins) ファミリーの一員である 。プラキンの上位はスペクトラプラキン (spectraplakins) なので、スペクトラプラキンファミリーの一員でもある。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: 用語

別称一覧BP230; BPAG1; BPAG1e; BPAG1a; BPAG1b; DT; BPA; DMH; BP240; HSAN6; MACF2; CATX15; CATX-15; D6S1101; bullous pemphigoid antigen 1; trabeculin-beta; dystonia musculorum protein; hemidesmosomal plaque protein; bullous pemphigoid antigen 1, 230/240kDa上皮組織の半接着斑の研究者は、ジストニンという名称をほとんど使用せず、BP230という呼称を多用する。上皮組織のジストニン・アイソフォーム「ジストニン-e」の別名であるBP230の「BP」は、皮膚病の病名である「Bullous pemphigoid 」(水疱性類天疱瘡)の頭文字で、つづく「230」は、タンパク質の分子量が230 kDaという意味である。つまり、水疱性類天疱瘡の患者で発見された分子量230 kDaのタンパク質という含意である。誤解されないように書くが、患者で発見されたが、患者特有のタンパク質ではなく、健常なすべてのヒトに存在する。BP230の別名「BPAG1e」の「BP」は、上記の通り「Bullous pemphigoid 」（水疱性類天疱瘡）の頭文字で、「AG1」は「抗原（antigen）の1番目」と言う意味である。「e」は「epithelial（上皮の）」の頭文字である。神経組織のジストニン・アイソフォーム「ジストニン-a」は、BPAG1aとも呼ばれる。筋組織のジストニン・アイソフォーム「ジストニン-b」は、BPAG1bとも呼ばれる。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: 発見
Subsection: BP230の発見

1953年、米国・ハーバード大学のウォルター・レーバー (Walter F. Lever) が老人の表皮の水泡を水疱性類天疱瘡 (bullous pemphigoid：BP) として最初に記載した 。 1967年、レーバーは、水疱性類天疱瘡の患者が自分の皮膚の基底膜に対する抗体（自己抗体）をつくっていることを、蛍光抗体法（immunofluorescence) で発見した 。病気の原因を、自己抗体が自分の皮膚を破壊するためだと突き止めた。1986年、米国のジョンズ・ホプキンス大学のディアズは、水疱性類天疱瘡の患者の自己抗体を使い、免疫ブロッティング法で、自己抗体に反応する5つのタンパク質（つまり、抗原）を同定した。内2つが主要で、分子量は240 kDaと180 kDaだった。2つとも、半接着斑に局在することも確かめられた 。240 kDaは、後に230 kDaと修正（さらに315 kDaと修正）されるが、この記事で説明するタンパク質・BP230である。なお、180 kDaはBP180だった。1989年、cDNAが単離され、塩基配列が解明され、ヒト染色体6にあると同定された。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: 発見
Subsection: ジストニンの発見

1995年、カナダ・モントリオールがん研究所のラシミ・コタリー（Rashmi Kothary）が、マウスの遺伝的な神経変性疾患であるジストニア（Dystonia musculorum）の原因遺伝子を突き止め、病名の「Dystonia musculorum」に因んで「dystonin」（ジストニン）と命名した。判明したアミノ酸配列から、ジストニンは半接着斑のタンパク質・BP230に類似のタンパク質であると判明した 。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: ジストニン・アイソフォーム

半接着斑の研究界では、ジストニンという名称を使用しないでBP230と呼ぶ人が多いが、2013年9月現在、BP230はジストニンのアイソフォームの1つに統合されつつある。ジストニン-a：神経組織のジストニン・アイソフォーム。別名、BPAG1a。ジストニン-a1ジストニン-a2ジストニン-a3ジストニン-b：筋組織のジストニン・アイソフォーム。別名、BPAG1b。ジストニン-b1ジストニン-b2ジストニン-b3ジストニン-e：上皮組織のジストニン・アイソフォーム。別名、BP230、BPAG1e。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: 構造

N末端側からC末端側へと説明する。図3のドメイン構造モデルに対応して説明する。上皮組織のジストニン-e（BP230、BPAG1e）は、315 kDaの大きなタンパク質である。N末端側にプラキンドメイン（plakin domain）がある。プラキンドメインは、スペクトリンリピート構造（SR：spectrin repeats）が4つ（青色の楕円）、次いで、SH3ドメイン(src homology 3 domain)(SH3)が１つ（紫色の長方形）、そして、再びスペクトリンリピート構造が4つあるドメインである。ついでロッドドメイン（rod domain）がある。ロッドドメインは、2つのコイルドコイル（CC：coiled coils)構造からなる（橙色の長方形）。このドメインでジストニン-eどうしが結合し、二量化する。C末端側に中間径フィラメント結合ドメイン（IFBD：intermediate filament-binding domain）があり、中間径フィラメントに結合する。中間径フィラメント結合ドメインは2つのプラキンリピート構造からなる（白色の2個の長方形）。神経組織のジストニン-a（BPAG1a）は、615 kDaと巨大なタンパク質である。図3に示していないが、ジストニン-aのN末端側のABD（アクチン結合ドメイン）(黄色)のさらにN末端側にペプチドが異なる3種類のアイソフォーム（a1/a2/a3）がある。付加したペプチドに細胞膜への結合活性があり、アイソフォームにより機能は大きく異なる。ジストニン-a1：付加なしジストニン-a2：ABDのさらにN末端側に膜貫通ドメイン（TM：transmembrane domain）が付加している。そのために、細胞内から膜に結合できる。ジストニン-a3：ABDのさらにN末端側にミリストイル化モチーフ（短いペプチド構造）（MYR：Myristoylation motif）が付加している（ジストニン-a2の膜貫通ドメインはない）。そのために、細胞内から膜に結合できる。N末端側にABDがあり、アクチン線維に結合する。アクチン結合ドメインの内部は、2つのカルポニン相同ドメイン（calponin homology domains）（黄色の2個の長方形）である。ついで、ジストニン-eと全く同じ構造のプラキンドメインがある。次に、スペクトリンリピート構造がたくさんある（青色の楕円）。C末端側近くの赤色の手前に2つのEFハンドのCa++結合ドメインがある。C末端側に微小管結合ドメイン（MTBD：microtubule-binding domain）があり（赤色の長方形）、微小管に結合する。筋組織のジストニン-b（BPAG1b）は、834 kDaとさらに巨大なタンパク質である。ジストニン-bのアイソフォームもジストニン-aと同じ以下の3種類がある。付加するペプチドは、ジストニン-aと全く同じである。ジストニン-b1ジストニン-b2ジストニン-b3N末端側にジストニン-aと同じABDがあり、アクチン線維に結合する。ついで、ジストニン-eやジストニン-aと全く同じ構造のプラキンドメインがある。次に、2つのプラキンリピート構造がある（白色の2個の長方形）。図3では書き落としたが、ここはIFBDであり、中間径フィラメントに結合する。次に、ジストニン-aとよく似たスペクトリンリピート構造がたくさんある（青色の楕円）。ジストニン-aと同じだが、C末端側近くの赤色の手前に2つのEFハンドCa++結合ドメインがある。ジストニン-aと同じ、C末端側にMTBDがあり（赤色の長方形）、微小管に結合する。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: 機能
Subsection: BP230の機能

上皮組織のジストニン-e（BPAG1e）は、図4では「BP230」と示してある。半接着斑(ヘミデスモソーム)の細胞膜裏打ちタンパク質で、細胞内のケラチン線維と膜貫通タンパク質（transmembrane protein）であるインテグリン（integrin）α6β4、BP180、CD151に結合し、半接着斑(ヘミデスモソーム)の接着構造を細胞の内側から支える。角化細胞（ケラチノサイト）の半接着斑の形成と機能維持、極性形成、運動に必須である。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: 機能
Subsection: ジストニンの機能

神経組織と筋組織のジストニンは、アクチン結合ドメイン、中間径フィラメント、微小管結合ドメインがある。ジストニンは、神経細胞内でこれら3種類の細胞骨格に結合する。さらに、細胞膜貫通ドメインや膜結合のミリストイル化モチーフ（短いペプチド構造）を持つので、細胞膜にも結合し、細胞の骨格構造の形成・維持、細胞の生物機能の場の確保に重要な役割を果たしていると思われる。また、ゴルジ体に存在するジストニンは、微小管の重合の核となり、微小管構造の安定性を維持している。シュワン細胞では、特に、ミエリン鞘の形成に必須である。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: 遺伝子欠損マウス

1995年、BP230遺伝子欠損マウス（BP230 KO）の作成が発表された。マウスは、致死ではなく、成体になる。半接着斑の形態、細胞増殖「細胞‐基質接着」も正常である。異常な点は、半接着斑の細胞内に細胞骨格が結合していないことだった。予想外のことに、このマウスには、強度のジストニアと感覚神経退行の症状が見られた。「予想外のこと」というのは、BP230遺伝子欠損マウス論文発表時点では、BP230がジストニンと同一タンパク質だということが知られていなかったためである。同じ年の1995年の論文で、同一だと報告された。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: 病気

ある種の水疱性類天疱瘡(bullous pemphigoid：BP)は、患者が自分の皮膚のジストニン-e（BP230、BPAG1e）に対する抗体(自己抗体)をつくるために生じる皮膚病である。ある種のジストニア（Dystonia musculorum）は、神経組織や筋組織のジストニンの異常が原因である。変異遺伝子を持つと遺伝的ジストニアになる。
Title: ジストニン (Dystonin)
Section: 応用・特許

上記の病気の予防・診断・治療に関する医薬品や研究器材への応用が大いに期待できるが、有効な医薬品はまだ登場していない。
Title: ガラクトシルセラミダーゼ (Galactosylceramidase)
Section: abstract

ガラクトシルセラミダーゼ(Galactosylceramidase、EC 3.2.1.46)は、ヒトにおいてGALC遺伝子でコードされる酵素である。セラミド誘導体（ガラクトセレブロシド）からガラクトースを取り除く。
Title: ガラクトシルセラミダーゼ (Galactosylceramidase)
Section: 機能

ガラクトシルセラミダーゼは、ガラクトセレブロシド、ガラクトシルスフィンゴシン、ラクトシルセラミド、モノガラクトシルジグリセリドのガラクトースエステル結合を加水分解するリソソームタンパク質である。
Title: ガラクトシルセラミダーゼ (Galactosylceramidase)
Section: 病理

この遺伝子の変異はクラッベ病と関連しており、また球様細胞白質萎縮症との関連も知られている。
Title: SCNN1A (SCNN1A)
Section: abstract

SCNN1Aは、脊椎動物の上皮性ナトリウムチャネル（ENaC）のαサブユニットをコードする遺伝子である。ENaCは3つの相同なサブユニット（αβγまたはδβγ）からなるヘテロ三量体として組み立てられる。ENaCの他のサブユニットは、SCNN1B、SCNN1G、SCNN1Dによってコードされる。ENaCは上皮細胞で発現しており、神経細胞で活動電位の形成に関与する電位依存性ナトリウムチャネルとは異なる。電位依存性ナトリウムチャネルをコードする遺伝子の略称はSCNの3文字で始まる。これらのナトリウムチャネルとは対照的に、ENaCは恒常的に活性化されており、電位に依存しない。遺伝子名の2番目のNは電位非依存性（NON-voltage-gated）のチャネルであることを表している。ほとんどの脊椎動物において、ナトリウムイオンは細胞外液の浸透圧を決定する主要な因子である。ENaCは、タイト上皮（tight epithelia）と呼ばれる透過性の低い上皮細胞の細胞膜を挟んだナトリウムイオンの輸送を可能にする。上皮細胞との間でのナトリウムイオンの流れは細胞外液の浸透圧に影響を与える。このように、ENaCは体液の調節と電解質の恒常性に中心的な役割を果たし、結果的に血圧に影響を与える。ENaCはアミロライドによって強く阻害されるため、アミロライド感受性ナトリウムチャネル（amiloride-sensitive sodium channel）とも呼ばれる。
Title: SCNN1A (SCNN1A)
Section: 歴史

ENaCのαサブユニットをコードするmRNAは、2つの独立したグループによってラット結腸cDNAライブラリのスクリーニングから単離された。
Title: SCNN1A (SCNN1A)
Section: 遺伝子構造

ヒトのSCNN1A遺伝子は12番染色体の短腕12p13に位置している。ヒトのSCNN1A遺伝子には13個のエクソンが含まれ、長さは約29 kbである。タンパク質をコードする領域はエクソン2から13に位置している。イントロンの位置はヒトのENaCの4つの遺伝子すべてで保存されている。イントロンの位置は脊椎動物の間でも高度に保存されている。ヒトの肺と腎臓で発現しているαサブユニットのmRNAの解析により、SCNN1A遺伝子は選択的スプライシングによる転写産物と複数の翻訳開始部位が存在することが示された。これらから翻訳されたアイソフォームはその活性が異なる。
Title: SCNN1A (SCNN1A)
Section: 組織特異的発現

SCNN1A、SCNN1BとSCNN1Gは、水の透過性の低いタイト上皮で一般的に発現している。ENaCが発現している主な器官には、腎臓の尿細管上皮、気道、女性器、精巣（精細管の精原細胞、セルトリ細胞、精子）、結腸、唾液腺などがある。皮膚では、SCNN1Aは表皮のケラチノサイト、皮脂腺、平滑筋細胞で主に細胞質内に発現している。対照的に、エクリン腺ではおもにエクリン管上皮の内腔側に位置している。ENaCは舌でも発現しており、塩味の知覚に必要不可欠であることが示されている。ENaCのサブユニットの遺伝子の発現は主に、レニン-アンジオテンシン系によって活性化される鉱質コルチコイドホルモンであるアルドステロンによって調節されている。
Title: SCNN1A (SCNN1A)
Section: タンパク質構造

ENaCの4種類のサブユニットの一次構造は高度に類似している。これら4種類のタンパク質は共通の祖先に由来するタンパク質ファミリーを構成する。サブユニット間のグローバルアラインメント（タンパク質全長でのアラインメント）では、ヒトのαサブユニットはδサブユニットと34%が同一であり、β、γサブユニットとは26–27%が同一である。ENaCの4種類のサブユニットにはすべて、膜貫通セグメントを形成する2つの疎水的配列が存在し、それぞれTM1、TM2と呼ばれている。膜結合状態ではTMセグメントは脂質二重層に埋め込まれ、N末端とC末端は細胞内に位置し、2つのTMの間の領域が細胞外領域となる。この細胞外領域には各サブユニットの約70%の残基が含まれる。このように、膜結合状態では各サブユニットの大部分は細胞外に位置している。ENaCと相同なタンパク質ASIC1の構造が解かれている。ニワトリのASIC1は3つの同一なサブユニットから組み立てれらるホモ三量体構造である。ASIC1三量体は「ボールを持った手」のような構造をしており、ASIC1の各ドメインはpalm、knuckle、finger、thumb、β-ballと名付けられている。ENaCのサブユニットの配列とASIC1の配列とのアラインメントからは、TM1とTM2、palmドメインは保存されており、knuckle、finger、thumbドメインにはENaCでは挿入配列が存在することが明らかにされている。部位特異的変異導入によるENaCの研究からは、ASIC1の構造モデルの基本的特徴の多くはENaCにも同様に適用されるという証拠が得られている。近年ENaCの構造も解明され、ASIC1三量体と類似した構造をしていることが明らかにされた。