ECLI:NL:RVS:2016:1454, Raad van State, 01-06-2016, 201506338/1/R2
Raad van State — Uitspraak 
Datum: 2016-06-01 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Bij besluit van 29 juni 2015, kenmerk C2130062/14394, heeft het college geweigerd aan [appellante] vergunning als bedoeld in de artikelen 16 en 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: Nbw 1998) te verlenen voor de uitbreiding en wijziging van een varkens- en rundveehouderij aan de [locatie] te Deurne (hierna: de veehouderij).

201506338/1/R2.
    Datum uitspraak: 1 juni 2016
    
    AFDELING
    BESTUURSRECHTSPRAAK
    
    Uitspraak in het geding tussen:
    
    [appellante], gevestigd te [plaats], waarvan de vennoten zijn [vennoot A] en [vennoot B], beiden wonend te [woonplaats],
    
    en
    
    het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant,
    verweerder.
    
    Procesverloop
    
    Bij besluit van 29 juni 2015, kenmerk C2130062/14394, heeft het college geweigerd aan [appellante] vergunning als bedoeld in de artikelen 16 en 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: Nbw 1998) te verlenen voor de uitbreiding en wijziging van een varkens- en rundveehouderij aan de [locatie] te Deurne (hierna: de veehouderij).
    
    Tegen dit besluit heeft [appellante] beroep ingesteld.
    
    Het college heeft een verweerschrift ingediend.
    
    Het college heeft een nader stuk ingediend.
    
    De zaak is door een meervoudige kamer van de Afdeling verwezen naar een enkelvoudige.
    
    De Afdeling heeft de zaak ter zitting behandeld op 29 maart 2016, waar [vennoot A] en [vennoot B], bijgestaan door ing. A. Venneker en M.M.W.J. Verscharen, en het college, vertegenwoordigd door mr. J.W. Meelkop, zijn verschenen.
    
    Buiten bezwaren van partijen zijn ter zitting nog stukken in het geding gebracht.
    
    Overwegingen
    
    Inleiding
    
    1. In geschil is de weigering van vergunning als bedoeld in de artikelen 16 en 19d van de Nbw 1998 voor een bestaande varkenshouderij, na de wijziging daarvan, met een veebestand met een ammoniakemissie van 3.835,6 kg NH3/jaar. De veehouderij ligt in de omgeving van verscheidene beschermde natuurgebieden. Het college heeft de aanvraag afgewezen omdat de uitstoot van ammoniak negatieve effecten kan hebben voor de natuurwaarden van deze natuurgebieden. [appellante] exploiteert de veehouderij en is van mening dat de vergunning had moeten worden verleend. Het college gaat volgens haar van een onjuiste uitgangssituatie uit en veronderstelt daarom ten onrechte dat de ammoniakemissie toeneemt. De Afdeling zal in de uitspraak eerst de weigering van de vergunning als bedoeld in artikel 19d beoordelen en vervolgens de weigering van de vergunning als bedoeld in artikel 16.
    
    Weigering 19d Nbw 1998-vergunning
    
    2. [appellante] betoogt dat de vergunning als bedoeld in artikel 19d van de Nbw 1998 ten onrechte is geweigerd. [appellante] voert hiertoe aan dat het college ten onrechte de stikstofdeposities van de veehouderij in de beoogde situatie heeft vergeleken met de stikstofdeposities die zijn ontleend aan een combinatie van de bij besluit van 27 juni 2000 voor de veehouderij verleende revisievergunning en de bij besluit van 18 december 2001 verleende veranderingsvergunning, voor zover deze het stalsysteem van stal E betreft. De veranderingsvergunning dient volgens [appellante] buiten beschouwing te blijven omdat deze niet in werking is getreden nu daarvoor nooit een bouwvergunning (thans: omgevingsvergunning voor bouwen) is verleend. Daarnaast betoogt [appellante] dat het college ten onrechte de intrekking van de milieuvergunningen van de agrarische bedrijven aan de Paardenkopweg 18 te Deurne, de Bultweg 7 te Deurne, de Vuchtvenweg 9-11 te Deurne en de Diepertseweg 17 te Gemert buiten beschouwing heeft gelaten in de passende beoordeling voor de betrokken Habitatrichtlijngebieden. [appellante] stelt dat hij de betreffende ammoniakrechten heeft aangeschaft omdat dit op grond van het voormalige Ammoniakreductieplan (hierna: arp) noodzakelijk was om de veranderingsvergunning te verkrijgen. Nu een overschot aan ammoniakrechten moest worden aangeschaft, van de veranderingsvergunning geen gebruik is gemaakt en de ammoniakrechten niet anderszins zijn ingezet, kunnen zij volgens [appellante] als mitigerende maatregelen in de passende beoordeling worden betrokken.
    
    2.1. De veehouderij ligt in de nabijheid van de gebieden "Deurnsche Peel & Mariapeel", "Groote Peel", "Leenderbos, Groote Heide & De Plateaux", "Strabrechtse Heide & Beuven" en "Weerter- en Budelerbergen & Ringselven". Deze gebieden zijn bij besluit van 7 december 2004 ingevolge Richtlijn 92/43/EEG van de Raad van 21 mei 1992 inzake de instandhouding van de natuurlijke habitats en de wilde flora en fauna (PB 1992 L 206), zoals laatstelijk gewijzigd bij Richtlijn 2006/105/EG van de Raad van 20 november 2006 (PB 2006 L 363; hierna: Habitatrichtlijn) geplaatst op de lijst van gebieden van communautair belang als bedoeld in artikel 4, tweede lid, van deze richtlijn. De instandhoudingsdoelstellingen van deze Natura 2000-gebieden hebben onder meer betrekking op voor verzuring gevoelige habitats en soorten die van die habitats afhankelijk zijn. De relevante referentiedatum voor de voormelde Habitatrichtlijngebieden is derhalve 7 december 2004.
    
    2.2. Voor de veehouderij is niet eerder een vergunning op grond van de Nbw 1998 of de Natuurbeschermingswet (oud) verleend.
    
    Bij besluit van 27 juni 2000 is voor de inrichting een revisievergunning als bedoeld in artikel 8.1, gelezen in samenhang met artikel 8.4 van de Wet milieubeheer verleend. Deze vergunning betreft een veebestand met een ammoniakemissie van 2.109,7 kg NH3/jaar.
    
    Voorts is bij besluit van 18 december 2001 voor de inrichting een veranderingsvergunning als bedoeld in artikel 8.1, eerste lid, onder b en c, van de Wet milieubeheer verleend. Deze veranderingsvergunning heeft betrekking op het veranderen van het stalsysteem van de reeds binnen de inrichting aanwezige traditionele stal E in stalsysteem Groen Label BB 99.02.069, het uitbreiden van de inrichting met een spoelplaats voor transportwagens en vaste kadaverplaats, alsmede het uitbreiden van de inrichting met een nieuw op te richten vleesvarkensstal voor 1.320 varkens. Op basis van de veranderingsvergunning mocht binnen de inrichting een veebestand met een ammoniakemissie van 3.053,9 kg NH3/jaar worden gehouden. Niet in geschil is dat de ammoniakemissie 1.733,9 kg NH3/jaar zou bedragen als de bestaande stal E werd uitgerust met het Groen Label systeem en realisatie van de nieuwe stal achterwege zou blijven.
    
    Bij besluit van 15 februari 2005 is voor de inrichting een revisievergunning verleend voor een veebestand met een emissie van 3053,9 kg NH3/jaar.
    
    Bij besluit van 19 december 2006 is voor de inrichting een revisievergunning verleend voor een veebestand met een emissie van 3053,2 kg NH3/jaar.
    
    2.3. Blijkens het bestreden besluit heeft het college de gevolgen van de totale ammoniakemissie van de veehouderij in de aangevraagde situatie beoordeeld. Het betreft een ammoniakemissie van 3.835,6 kg NH3/jaar. Om de gevolgen te beoordelen, is een berekening gemaakt van de stikstofdepositie als gevolg van deze ammoniakemissie op de betrokken Natura 2000-gebieden. Deze stikstofdeposities zijn vergeleken met de stikstofdeposities in een situatie die is ontleend aan de revisievergunning van 27 juni 2000 en de veranderingsvergunning van 18 december 2001, voor zover deze het stalsysteem van stal E betreft. Het college heeft deze uitgangssituatie gehanteerd omdat dit volgens hem de vergunde situatie met de laagste stikstofdepositie sinds de referentiedatum betreft. Blijkens het bestreden besluit is aangenomen dat de veranderingsvergunning aanvankelijk niet in werking was getreden omdat de daarvoor benodigde bouwvergunning niet was verleend. Voorts is aangenomen dat de veranderingsvergunning van rechtswege is vervallen voor zover deze de nieuwe stal, kadaverplaats en spoelplaats betrof en alsnog in werking is getreden voor zover deze de wijziging van het stalsysteem in de bestaande stal E betrof. Uitgaande van het in de veranderingsvergunning voorziene Groen Label systeem in stal E, betrof de vergunde situatie gedurende een periode een veebestand met een emissie van 1.733,9 kg NH3/jaar, zo volgt uit het bestreden besluit.
    
    Volgens het bestreden besluit leidt de veehouderij in de beoogde situatie tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de gehanteerde uitgangssituatie. Derhalve is een passende beoordeling als bedoeld in artikel 19f van de Nbw 1998 verricht, in de vorm van salderingsberekeningen. Het college heeft daarbij de intrekking van de vergunning van het agrarische bedrijf aan de Roekweg 1 te Deurne als mitigerende maatregel betrokken. De intrekkingen van de onder 2 door [appellante] genoemde vergunningen van andere agrarische bedrijven heeft het college buiten beschouwing gelaten, omdat deze dateren van voor 7 december 2004. Omdat de geconstateerde toename van stikstofdepositie ten opzichte van de gehanteerde uitgangssituatie niet volledig wordt weggenomen door de beëindiging van de veehouderij aan de Roekweg 1, kan volgens het college op basis van de passende beoordeling niet de zekerheid worden verkregen dat de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden niet worden aangetast. De gevraagde vergunning als bedoeld in artikel 19d van de Nbw 1998 is daarom geweigerd.
    
    2.4. De gevraagde vergunning als bedoeld in artikel 19d van de Nbw 1998 heeft betrekking op de wijziging en uitbreiding van een bestaande veehouderij. Zoals de Afdeling eerder heeft overwogen in de uitspraak van 31 maart 2010, ECLI:NL:RVS:2010:BL9656, kan een vergunning voor een uitbreiding of wijziging van een veehouderij op grond van artikel 19d, eerste lid, van de Nbw 1998 worden verleend als de wijziging of uitbreiding van de veehouderij niet leidt tot een verhoging van de stikstofdepositie ten opzichte van de vergunde situatie op de relevante referentiedatum. De vergunde situatie op de referentiedatum kan worden ontleend aan hetgeen is vergund krachtens de Wet milieubeheer of de daaraan voorafgaande Hinderwet.
    
    Voorts heeft de Afdeling in de uitspraak van 13 november 2013, ECLI:NL:RVS:2013:1891, overwogen dat de vergunde situatie op de referentiedatum niet zonder meer als uitgangspunt kan worden genomen bij de beoordeling van de vraag of de aangevraagde situatie leidt tot een toename van stikstofdepositie, indien de ten tijde van de referentiedatum geldende vergunning niet meer of niet meer geheel van kracht is. Als een op de referentiedatum geldende vergunning nadien is vervangen door een andere milieuvergunning kan daarin een activiteit zijn vergund die meer dan wel minder ammoniakemissie tot gevolg heeft dan de op de referentiedatum vergunde activiteit. Indien na de referentiedatum een vergunning is verleend voor een activiteit die meer ammoniakemissie tot gevolg heeft en voor de exploitatie niet eerder een vergunning op grond van de Nbw 1998 of de Natuurbeschermingswet (oud) is verleend, blijft de vergunde situatie op de referentiedatum het uitgangspunt bij de beoordeling van de vraag of de aangevraagde situatie leidt tot een toename van stikstofdepositie. De vergunde situatie op de referentiedatum maakt immers nog steeds deel uit van de aangevraagde situatie. Indien na de referentiedatum een vergunning is verleend voor een activiteit die minder ammoniakemissie tot gevolg heeft dan de op de referentiedatum vergunde situatie en voor de exploitatie niet eerder een vergunning op grond van de Nbw 1998 of de Natuurbeschermingswet (oud) is verleend, maakt de op de referentiedatum vergunde situatie slechts voor een deel onderdeel uit van de aangevraagde situatie. Dit betekent dat bij de beoordeling van de vraag of de aangevraagde situatie leidt tot een toename van stikstofdepositie een vergelijking dient te worden gemaakt tussen de stikstofdepositie als gevolg van de voorgenomen activiteit met de stikstofdepositie in de vergunde situatie met de laagst toegestane ammoniakemissie in de periode vanaf de referentiedatum tot de datum van het nemen van het bestreden besluit. De vergunde situatie met de laagste ammoniakemissie heeft als uitgangspunt te gelden, nu slechts dat deel van de vergunning als voortzetting van het project kan worden aangemerkt.
    
    2.5. Vaststaat dat op 7 december 2004 op basis van de op 27 juni 2000 verleende revisievergunning en de op 18 december 2001 verleende veranderingsvergunning toestemming bestond voor het houden van een veebestand met een ammoniakemissie van 3.053,9 kg NH3/jaar. In geschil is of nadien een vergunde situatie is ontstaan waarin een lagere ammoniakemmissie was toegestaan, die als referentiesituatie heeft te gelden. Niet in geschil is dat geen van de met de veranderingsvergunning toegestane veranderingen is gerealiseerd.
    
    Om te beoordelen of het standpunt van het college dat een periode toestemming bestond voor het houden van een veebestand met een ammoniakemissie van 1.733,9 kg NH3/jaar juist is, hegeen [appellante] betwist, is ten eerste van belang of het door het college gestelde vervallen van de veranderingsvergunning, voor zover deze de spoelplaats, kadaverplaats en nieuwe varkensstal betrof, is geschied vóór de revisievergunning van 15 februari 2005 van kracht werd.
    
    Uit het bestreden besluit blijkt niet wanneer het door het college gestelde gedeeltelijke vervallen heeft plaatsgevonden. Op grond van artikel 8.18, eerste lid, aanhef en onder a, van de Wet milieubeheer (oud) verviel een vergunning voor een inrichting, indien de inrichting niet binnen drie jaar nadat de vergunning onherroepelijk is geworden, is voltooid en in werking is gebracht. Het college is kennelijk ervan uitgegaan dat op of kort na 18 december 2001 een exemplaar van de veranderingsvergunning ter inzage is gelegd, zodat de beroepstermijn ingevolge artikel 20.7 van de Wet milieubeheer (oud) is aangevangen op of kort na 19 december 2001. Voorts is het college kennelijk ervan uitgegaan dat de beroepstermijn ingevolge artikel 6:7 van de Algemene wet bestuursrecht na zes weken op of kort na 30 januari 2002 ongebruikt is verstreken, zodat de veranderingsvergunning op die datum onherroepelijk is geworden. Het moet er derhalve voor worden gehouden dat volgens het college de veranderingsvergunning, voor zover deze de spoelplaats, kadaverplaats en nieuwe varkensstal betrof, ingevolge artikel 8.18, eerste lid, aanhef en onder a, van de Wet milieubeheer (oud) drie jaar later op of kort na 30 januari 2005 van rechtswege is vervallen.
    
    Uit de stukken die aan het bestreden besluit ten grondslag zijn gelegd, kan echter niet worden afgeleid op welke datum de veranderingsvergunning van 18 december 2001 onherroepelijk is geworden. Nu met name de kennisgeving van de veranderingsvergunning ontbreekt, kan niet worden uitgesloten dat de ter inzagelegging na 18 december 2001 heeft plaatsgevonden. Derhalve kan evenmin met zekerheid worden gezegd of de veranderingsvergunning, voor zover deze de spoelplaats, kadaverplaats en nieuwe varkensstal betrof, van rechtswege is vervallen vóór de revisievergunning van 15 februari 2005 van kracht werd. Gelet op het belang hiervan voor de vraag of de aangevraagde vergunning als bedoeld in artikel 19d van de Nbw 1998 had kunnen worden verleend, had het op de weg van het college gelegen hier nader onderzoek naar te verrichten.
    
    Indien, zoals het college heeft aangenomen, de veranderingsvergunning van 18 december 2001 is vervallen voor zover deze de spoelplaats, kadaverplaats en nieuwe varkensstal betreft en alsnog in werking is getreden voor zover deze het Groen Label systeem van stal E betreft, is tevens het volgende van belang. Vaststaat dat de huisvesting en bedrijfsvoering van stal E plaatsvonden overeenkomstig de revisievergunning van 27 juni 2000 en dat het in de veranderingsvergunning voorziene Groen Label systeem in stal E niet is gerealiseerd. Reeds hierom dient in het voornoemde geval de referentiesituatie niet mede te worden ontleend aan de veranderingsvergunning voor zover deze het Groen Label systeem van stal E betreft, maar alleen aan de revisievergunning van 27 juni 2000. Nu dat oordeel ook geldt indien de veranderingsvergunning, voor zover deze het Groen Label systeem van stal E betreft, zoals [appellante] betoogt niet alsnog in werking is getreden, behoeft dit betoog geen verdere bespreking.
    
    Het vorenstaande brengt met zich dat het college de uitgangssituatie niet heeft kunnen ontlenen aan een combinatie van de revisievergunning van 27 juni 2000 en de veranderingsvergunning van 18 december 2001, voor zover deze het stalsysteem van stal E betreft, waarin de veehouderij een veebestand met een emissie van 1.733,9 kg NH3/jaar zou hebben gehad. Tenminste diende te worden uitgegaan van de situatie ontleend aan de voormelde revisievergunning, waarin de veehouderij een veebestand had met een emissie van 2.109,7 kg NH3/jaar. Voorts had het college nader moeten bezien of de combinatie van de revisievergunning van 27 juni 2000 en de gehele veranderingsvergunning van 18 december 2001, waarin de veehouderij een veebestand met een emissie van 3.053,9 kg NH3/jaar heeft, is blijven gelden tot de revisievergunning van 15 februari 2005 van kracht werd. In dat laatste geval dient de uitgangssituatie te worden ontleend aan de revisievergunning van 19 december 2006, op grond waarvan een veebestand mocht worden gehouden met de iets lagere emissie van 3053,2 kg NH3/jaar.
    
    Door geen nader onderzoek te verrichten naar het moment waarop de veranderingsvergunning van 18 december 2001 onherroepelijk werd en door niet te onderkennen dat, indien de veranderingsvergunning voor zover deze het Groen Label systeem in stal E betreft in werking is getreden en voor het overige is vervallen vóór de revisievergunning van 15 februari 2005 van kracht werd, de referentiesituatie niet mede aan de veranderingsvergunning dient te worden ontleend, heeft het college de weigering van de gevraagde vergunning als bedoeld in artikel 19d van de Nbw 1998 niet voorbereid met de daarbij te betrachten zorgvuldigheid.
    
    Het betoog slaagt.
    
    2.6. Niet in geschil is dat de intrekking van de vergunning van het agrarische bedrijf aan de Roekweg 1 te Deurne als mitigerende maatregel in de passende beoordeling mocht worden betrokken.
    
    Wat de vergunningen voor de agrarische bedrijven aan de Paardenkopweg 18 te Deurne, de Bultweg 7 te Deurne, de Vuchtvenweg 9-11 te Deurne en de Diepertseweg 17 te Gemert-Bakel betreft, geldt het volgende. Deze vergunningen zijn bij verschillende besluiten in 2001 ingetrokken. Blijkens het bestreden besluit zijn de intrekkingen van de voormelde vergunningen niet betrokken bij de beoordeling of de stikstofdepositie op de betrokken Habitatrichtlijngebieden per saldo niet toeneemt. Hieraan heeft het college ten grondslag gelegd dat deze intrekkingen reeds hebben plaatsgevonden voordat deze gebieden op de lijst van gebieden van communautair belang zijn geplaatst. De Afdeling ziet zich voor de vraag gesteld of de intrekking van deze vergunningen terecht niet als mitigerende maatregelen in de passende beoordeling is betrokken. Zij overweegt daartoe als volgt.
    
    Zoals de Afdeling eerder heeft overwogen (uitspraak van 13 november 2013, ECLI:NL:RVS:2013:1931) is in de jurisprudentie aanvaard dat saldering in de vorm van intrekking van een milieuvergunning, Hinderwetvergunning of melding (hierna tezamen aangeduid als: milieuvergunning) ten behoeve van de verlening van een Nbw-vergunning voor de oprichting of uitbreiding van een agrarisch bedrijf onder voorwaarden kan worden betrokken als maatregel in een passende beoordeling. Deze zogenoemde externe saldering is slechts mogelijk als er een directe samenhang bestaat tussen de intrekking van de milieuvergunning en de verlening van de Nbw-vergunning. Die directe samenhang wordt aangenomen als de vergunning voor het saldogevende bedrijf daadwerkelijk is of zal worden ingetrokken ten behoeve van de uitbreiding van het saldo-ontvangende bedrijf. Dit kan blijken uit het intrekkingsbesluit of uit een overeenkomst tussen het saldogevende en saldo-ontvangende bedrijf over de overname van het stikstofdepositiesaldo van de in te trekken milieuvergunning. Verder dient vast te staan dat de bedrijfsvoering van het saldogevende bedrijf daadwerkelijk is of wordt beëindigd. De voorwaarde van directe samenhang tussen de intrekking van de milieuvergunning en de verlening van de Nbw-vergunning betekent voorts dat niet elke intrekking van een milieuvergunning kan worden gebruikt voor externe saldering. Een milieuvergunning die is verleend en is ingetrokken voordat artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn van toepassing werd op een Natura 2000-gebied (de referentiedatum) waarop het agrarisch bedrijf stikstofdepositie veroorzaakt, kan niet voor externe saldering worden gebruikt.
    
    Weliswaar was intrekking van deze vergunningen op grond van het arp noodzakelijk om de bij besluit van 18 december 2001 verleende veranderingsvergunning voor de veehouderij te kunnen verlenen, maar het college stelt met juistheid dat de intrekkingsbesluiten van de milieuvergunningen voor de agrarische bedrijven aan de Paardenkopweg 18, de Bultweg 7, de Vuchtvenweg 9-11 en de Diepertseweg 17 dateren van voor 7 december 2004, het moment waarop voor de betrokken Habitatrichtlijngebieden artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn van toepassing werd. De intrekkingen van deze milieuvergunningen zijn reeds hierom terecht niet als mitigerende maatregelen bij de passende beoordeling betrokken.
    
    Het betoog faalt.
    
    Weigering artikel 16 Nbw 1998-vergunning
    
    3. [appellante] betoogt dat de aangevraagde vergunning als bedoeld in artikel 16 van de Nbw 1998 eveneens ten onrechte is geweigerd. Hij voert in dat verband ten aanzien van de betrokken beschermde natuurmonumenten dezelfde beroepsgronden aan als hiervoor vermeld onder 2.
    
    3.1. Ingevolge artikel 16, eerste lid, van de Nbw 1998, voor zover hier van belang, is het verboden zonder vergunning van het college van gedeputeerde staten in een beschermd natuurmonument handelingen te verrichten, te doen verrichten of te gedogen, die schadelijk kunnen zijn voor het natuurschoon, voor de natuurwetenschappelijke betekenis van het beschermd natuurmonument of voor dieren of planten in het beschermd natuurmonument of die het beschermd natuurmonument ontsieren, dan wel in strijd met de bij een vergunning gestelde voorschriften of beperkingen handelingen te verrichten, te doen verrichten of te gedogen.
    
    Ingevolge het tweede lid, worden als schadelijke handelingen in elk geval aangemerkt handelingen die de in het besluit tot aanwijzing als beschermd natuurmonument vermelde wezenlijke kenmerken van het beschermde natuurmonument aantasten.
    
    Ingevolge het vierde lid is het in het eerste lid bedoelde verbod tevens van toepassing op handelingen als bedoeld in dat lid die buiten het beschermd natuurmonument kunnen worden verricht en die zijn vermeld in het besluit tot aanwijzing als beschermd natuurmonument, bedoeld in artikel 10.
    
    Ingevolge artikel 65 geldt ten aanzien van beschermde natuurmonumenten die op grond van de Nbw (oud) zijn aangewezen, in afwijking van artikel 16, vierde lid, het verbod van artikel 16, eerste lid, voor in dat artikellid bedoelde schadelijke handelingen die buiten het beschermde natuurmonument worden verricht zonder dat deze handelingen vermeld zijn in het besluit tot aanwijzing.
    
    3.2. Bij besluiten van 3 maart 1997 en 26 april 1997 is het gebied Dommelbeemden aangewezen als staatsnatuurmonument onderscheidenlijk beschermd natuurmonument. In het aanwijzingsbesluit staat onder meer dat het gehele gebied vooral vanuit vegetatiekundig oogpunt van groot belang is, daar hier op een relatief kleine oppervlakte een verscheidenheid aan plantengemeenschappen voorkomt. Niet in geschil is dat verscheidene van de voorkomende plantensoorten gevoelig zijn voor stikstofdepositie.
    
    3.3. Niet in geschil is dat de uitbreiding en wijziging van de veehouderij, waarvoor nog niet eerder een vergunning krachtens artikel 16 van de Nbw 1998 is verleend, vanwege de emissie van ammoniak handelingen zijn die schadelijk kunnen zijn voor planten in het beschermd natuurmonument "Dommelbeemden", zodat een vergunning als bedoeld in artikel 16 van de Nbw 1998 is vereist.
    
    3.4. Zoals de Afdeling eerder heeft overwogen (uitspraak van 26 september 2012, ECLI:NL:RVS:2012:BX8254) bestaat met de inwerkingtreding van de Crisis- en herstelwet per 31 maart 2010 bij het verlenen van een vergunning op grond van artikel 16 van de Nbw 1998 ruimte voor een belangenafweging. Bij die afweging geldt ingevolge artikel 3:4, tweede lid, van de Awb, dat de nadelige gevolgen van een besluit niet onevenredig mogen zijn in verhouding tot de met het besluit te dienen doelen. De bestuursrechter kan bij de toetsing van deze afweging slechts concluderen dat deze in strijd is met artikel 3:4, tweede lid, wanneer de betrokken belangen zodanig onevenwichtig zijn afgewogen dat het college niet in redelijkheid tot dat besluit heeft kunnen komen. De Afdeling heeft voorts eerder overwogen (uitspraak van 15 juli 2015, ECLI:NL:RVS:2015:2245) dat de voormelde door het college te maken belangenafweging met zich brengt dat het bevoegd gezag waar het gaat om de beschermde natuurmonumenten - anders dan in het geval van de Natura 2000-gebieden - wat betreft de referentiedatum niet vast hoeft te houden aan een vaste referentiedatum als de datum van aanwijzing, maar daarentegen uitgaande van de in het geding zijnde belangen een voor het natuurmonument passende referentiedatum kiest. In dit geval heeft het college voor de beschermde natuurmonumenten als referentiedatum 7 december 2004 gehanteerd.
    
    Het college heeft ook in dit verband een uitgangssituatie gehanteerd die is ontleend aan de revisievergunning van 27 juni 2001 in samenhang met de veronderstelling dat in een korte periode voor 15 februari 2005 de veranderingsvergunning van 18 december 2001 gedeeltelijk van rechtswege was vervallen zodat een veebestand met een ammoniakemissie van 1.733,90 kg NH3/jaar was toegestaan. Gelet op hetgeen hiervoor is overwogen onder 2.5 heeft het college echter zonder nader onderzoek te verrichten niet van deze referentiesituatie mogen uitgaan, zodat ook de weigering van de gevraagde vergunning als bedoeld in artikel 16 van de Nbw 1998 niet is voorbereid met de daarbij te betrachten zorgvuldigheid.
    
    Het betoog slaagt.
    
    3.5. Wat betreft het betoog van [appellante] dat het college ten onrechte niet de intrekkingsbesluiten van milieuvergunningen voor de agrarische bedrijven aan de Paardenkopweg 18, de Bultweg 7, de Vuchtvenweg 9-11 en de Diepertseweg 17 bij de afweging van de belangen heeft betrokken, ziet de Afdeling in het kader van artikel 16 van de Nbw 1998 geen aanleiding voor een ander oordeel dan hiervoor onder 2.6 is gegeven.
    
    Het betoog faalt.
    
    Conclusie en proceskosten
    
    4. Het beroep is gegrond. Het bestreden besluit is genomen in strijd met artikel 3:2 van de Awb en dient wegens strijd met deze wettelijke bepaling te worden vernietigd.
    
    5. Het college dient op na te melden wijze tot vergoeding van de proceskosten te worden veroordeeld.
    
    Inwerkingtreding Programmatische aanpak stikstof
    
    6. Het college dient met inachtneming van deze uitspraak een nieuw besluit te nemen. Voor zover het de aangevraagde vergunning als bedoeld in artikel 19d van de Nbw 1998 betreft, is daarbij het volgende van belang. Op 1 juli 2015 zijn de wet tot wijziging van de Natuurbeschermingswet 1998 (programmatische aanpak stikstof), het Besluit grenswaarden programmatische aanpak stikstof en de Regeling programmatische aanpak stikstof (hierna: regeling PAS) in werking getreden. Het college dient mede gelet op het overgangsrecht dat in de Nbw 1998 en de Regeling PAS is opgenomen te bezien of en in hoeverre de Nbw 1998 zoals die vanaf 1 juli 2015 luidt van toepassing is op het nieuw te nemen besluit voor zover het de vergunning als bedoeld in artikel 19d van de Nbw 1998 betreft. De Afdeling ziet hierin aanleiding de termijn voor het nieuw te nemen besluit op de aanvraag om een vergunning als bedoeld in de artikelen 16 en 19d van de Nbw 1998 op zes maanden te bepalen.
    
    Beslissing
    
    De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
    
    I. verklaart het beroep gegrond;
    
    II. vernietigt het besluit van het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant van 29 juni 2015, kenmerk C2130062/14394;
    
    III. bepaalt dat de beslistermijn voor het nieuw te nemen besluit zes maanden bedraagt, aanvangend op de dag van verzending van deze uitspraak;
    
    IV. veroordeelt het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant tot vergoeding van bij [appellante] in verband met de behandeling van het beroep opgekomen proceskosten tot een bedrag van € 1.082,90 (zegge: duizendtweeëntachtig euro en negentig cent), waarvan € 992,00 is toe te rekenen aan door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand;
    
    V. gelast dat het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant aan [appellante] het door haar voor de behandeling van het beroep betaalde griffierecht ten bedrage van € 331,00 (zegge: driehonderdeenendertig euro) vergoedt.
    
    Aldus vastgesteld door mr. J.C. Kranenburg, lid van de enkelvoudige kamer, in tegenwoordigheid van mr. R. van Baaren, griffier.
    
    w.g. Kranenburg w.g. Van Baaren
    lid van de enkelvoudige kamer griffier
    
    Uitgesproken in het openbaar op 1 juni 2016
    
    579-743.