ECLI:NL:RBOBR:2019:4830, Rechtbank Oost-Brabant, 19-08-2019, SHE 19/899
Rechtbank Oost-Brabant — Uitspraak 
Datum: 2019-08-19 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht; Bestuursprocesrecht

Samenvatting: Intrekking onherroepelijke natuurvergunning voor inrichting nabij Kampina.
        In 2013 is een natuurvergunning verleend voor het houden van 19.008 gespeende biggen nabij het Natura 2000 gebied ‘Kampina & Oisterwijkse Vennen’. Van deze vergunning is (nog) geen gebruik gemaakt. Milieuverenigingen hebben verzocht om intrekking van deze vergunning op basis van artikel 5.4 lid 1 en 2 van de Wet natuurbescherming. De rechtbank concludeert het volgende naar aanleiding van het beroep van de milieuverenigingen op artikel 5.4 lid 2 Wnb:
        De beoordeling van de gevolgen van de stikstofdepositie op het nabijgelegen Natura 2000 gebied in de natuurvergunning voldoet niet aan de eisen van artikel 6.3, derde lid, van de Habitatrichtlijn.
        Uitvoering van het project kan leiden tot significant negatieve gevolgen voor de instandhoudingsdoelstellingen van de Kampina. 
        GS heeft niet aangegeven dat deze gevolgen kunnen worden opgevangen door andere passende maatregelen. 
        Onder deze omstandigheden is de rechtbank van oordeel dat GS in het bestreden besluit met een individuele passende beoordeling had moeten aantonen dat uitvoering van het project toch mogelijk is. De PAS-gebiedsanalyse kan niet als passende beoordeling dienen. Verder staat voor de rechtbank onvoldoende vast dat de natuurvergunning is verleend op een verkeerde ammoniakreductiefactor. GS heeft de stikstofemissies van de inrichting bij vergunningverlening echter niet goed in kaart gebracht. De rechtbank vernietigt het besluit op het bezwaar van de milieuverenigingen en schorst de weigering om de vergunning in te trekken. Verder verbiedt de rechtbank het gebruik van de natuurvergunning totdat er een nieuw besluit is genomen op het bezwaar van de milieuverenigingen.

RECHTBANK OOST-BRABANT
    
    
      Zittingsplaats 's-Hertogenbosch
    
    
    
      Bestuursrecht
    
    
    
      zaaknummer: SHE 19/899
    
    
    uitspraak van de meervoudige kamer van 19 augustus 2019 in de zaak tussen
    
    1. Stichting Brabantse Milieufederatie, te Tilburg, 
    
      2. Vereniging tot behoud van Natuurmonumentente ’s-Graveland,
    
      eisers
      (gemachtigde: ir. A.K.M. van Hoof),
    
    
    
      en
    
    
    
      het college van gedeputeerde staten van de provincie Noord-Brabant, verweerder
      (gemachtigde: [naam] , [naam] en [naam] ).
    
    
    
      Als derde-partij heeft aan het geding deelgenomen: [bedrijf] B.V., te [vestigingsplaats] , vergunninghoudster, (gemachtigde: mr. J. van Groningen).
    
    
    
  
  
    Procesverloop
    
    
      Bij besluit van 27 juli 2018 (het primaire besluit) heeft verweerder het verzoek van eisers tot het intrekken van de op 18 januari 2017 afgegeven verklaring van geen bedenkingen (vvgb) en de op 19 december 2013 aan vergunninghoudster verleende vergunning op basis van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: de natuurvergunning) voor de activiteiten aan de [adres] (de projectlocatie) afgewezen.
    
    
    
      Bij besluit van 14 februari 2019 (het bestreden besluit) heeft verweerder het bezwaar van eisers tegen de afwijzing van het verzoek om intrekking van de vvgb niet-ontvankelijk verklaard en het bezwaar van eisers tegen de afwijzing van het verzoek om intrekking van de natuurvergunning ongegrond verklaard.
    
    
    
      Eisers hebben tegen het bestreden besluit beroep ingesteld.
    
    
    
      De zaak is behandeld op de zitting 18 juni 2019, samen met de zaken SHE 18/1693, SHE 18/1695, SHE 19/504 en SHE 19/505. Namens eisers zijn verschenen [naam] , [naam] en [naam] en de gemachtigde van eisers. Verweerder heeft zich laten vertegenwoordigen door zijn gemachtigde. Voor vergunninghoudster is [naam] verschenen, bijgestaan door de gemachtigde van vergunninghoudster.
    
    
    
    
  
  
    Overwegingen
    
    
      
        Inleiding
      
    
    1. Deze zaak hangt nauw samen met de andere zaken die ook op de zitting van 18 juni 2019 zijn behandeld. De uitspraak in deze zaak gaat alleen over het verzoek om intrekking van de natuurvergunning en intrekking van de vvgb, met gebruikmaking waarvan de omgevingsvergunning van 30 mei 2018 van het college van burgemeester en wethouders van de gemeente Oirschot (verder: B&W) is verleend.
    In de uitspraak komen de volgende zaken aan de orde:
    
      
        Eerst wordt een overzicht gegeven van de feiten. 
      
      
        Dan wordt het verzoek om intrekking van de vvgb behandeld. 
      
      
        Daarna zal de rechtbank aangeven hoe zij het verzoek om intrekking van de natuurvergunning zal beoordelen. 
      
      
        Hierna volgt de beoordeling van verweerders besluitvorming op dat verzoek.
      
      
        Aan het einde van de uitspraak staan de belangrijkste conclusies.
      
      
        In een bijlage bij deze uitspraak worden de belangrijkste regelgeving weergegeven. De gerechtelijke uitspraken van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (verder: Afdeling) en het Hof van Justitie van de Europese Unie (HvJ) staan op www.rechtspraak.nl. 
      
    
    
    
      
        Feiten
      
    
    2. De rechtbank gaat uit van de volgende feiten. 
    
      
        Vergunninghoudster is in het jaar 2008 eigenaar geworden van de projectlocatie aan de [adres] . Op deze projectlocatie is een varkenshouderij gevestigd. Voor de inrichting is op 26 september 1978 een vergunning krachtens de Hinderwet verleend voor het houden van 80 stuks vrouwelijk jongvee en 1.000 vleesvarkens in twee stallen. Bij besluit van 8 mei 2001 heeft het college ten behoeve van de inrichting een revisievergunning verleend voor het houden van 60 stuks vrouwelijk jongvee en 360 vleesvarkens in een bestaande stal (stal 1), 720 vleesvarkens in een bestaande stal (stal 2) en 2.280 vleesvarkens in een nieuwe stal. Vervolgens heeft het college bij besluit van 14 juni 2005 een revisievergunning verleend voor het houden van 12 stuks vrouwelijk jongvee, 105 vleesvarkens en 440 gespeende biggen in een bestaande stal (stal 1), 720 vleesvarkens in een bestaande stal (stal 2), en 2.280 vleesvarkens, 300 guste en dragende zeugen, 2 dekberen, 100 kraamzeugen en 1.000 gespeende biggen in drie nieuwe stallen. Op 3 juli 2012 heeft de gemeente Oirschot een revisievergunning op grond van artikel 8.4 van de Wet milieubeheer (Wm) voor de varkenshouderij verleend voor het houden van 19.008 gespeende biggen tot 25 kg. 
      
      
        In de uitspraak van 18 december 2013 (ECLI:NL:RVS:2013:2432) in het beroep tegen de revisievergunning van 3 juli 2012 heeft de Afdeling de vergunde situatie in kaart gebracht direct voorafgaand aan de verlening van een revisievergunning op 3 juli 2012. De revisievergunning van 14 juni 2005, voor zover hierin 3 nieuwe stallen zijn vergund, is vervallen voor wat betreft de drie nieuwe stallen omdat die nooit zijn gebouwd. Omdat de voor een luchtwasser in stal 2 benodigde bouwvergunning nooit is verleend, is de revisievergunning van 14 juni 2005 nooit in werking getreden. Dat betekent volgens de Afdeling dat het resterende deel van de revisievergunning van 2005 ook nooit is vervallen. De Afdeling oordeelt ook dat de revisievergunning van 8 mei 2001, voor zover hierbij een derde nieuwe stal is vergund met 2280 vleesvarkens, is vervallen omdat die nieuwe stal nooit is gebouwd. De revisievergunning uit 2001 voor het overige deel van de inrichting is in werking getreden omdat voor het (nooit gerealiseerde) koeldeksysteem geen bouwvergunning nodig was en omdat in de bestaande twee stallen wel dieren werden gehouden. De revisievergunning van 8 mei 2001 voor stallen 1 en 2 was de geldende milieuvergunning op 2004. Ten tijde van het bestreden besluit was de revisievergunning van 3 juli 2012 de geldende milieuvergunning.
      
      
        Op 19 december 2013 heeft verweerder aan vergunninghoudster de natuurvergunning verleend op grond van de artikelen 16 en 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 voor de inrichting die is vergund in de revisievergunning van 3 juli 2012. Deze natuurvergunning is onherroepelijk. 
      
      
        Op 19 december 2017 heeft B&W de revisievergunning ingetrokken, alsmede de bouwvergunning voor de stallen waar de revisievergunning betrekking op had. Dit besluit is op verzoek van vergunninghoudster geschorst bij uitspraak van de voorzieningenrechter van deze rechtbank van 5 april 2018 (ECLI:N:RBOBR:2018:1527). Op het beroep van vergunninghoudster heeft deze rechtbank een tussenuitspraak gedaan op 26 oktober 2018 (ECLI:NL:RBOBR:2018:5237). Hierna heeft B&W het intrekkingsbesluit ingetrokken. Onder andere eisers hebben hiertegen op hun beurt beroep ingesteld. 
      
      
        Op 30 mei 2018 heeft B&W aan vergunninghoudster een omgevingsvergunning verleend voor het wijzigen van het aantal dieren naar 15.168 gespeende biggen en 870 vleesvarkens en een wijziging van het stalsysteem. Voor deze omgevingsvergunning heeft verweerder een vvgb afgegeven op 18 januari 2017. Eisers en anderen hebben tegen deze omgevingsvergunning beroep ingesteld bij deze rechtbank.
      
    
    
    
      3.1
      
        In de directe nabijheid van de projectlocatie (ongeveer 650 meter) ligt het Natura 
        2000-gebied ‘Kampina & Oisterwijkse Vennen’. De referentiedatum voor het betreffende Natura 2000-gebied voor stikstofdepositie in kader van de Habitatrichtlijn is 7 december 2004. Voor de Vogelrichtlijn is dit 10 juni 1994. Het gebied bestaat uit bossen, zandduinen, vennen met hoogveenvorming, droge en vochtige heide, akkertjes, blauwgraslanden, struweel en een vrij meanderende beek. 
      
      
    
    
      3.2
      In de natuurvergunning heeft verweerder een stikstofdepositie vergund van 5,62 mol N/ha/jr. Op basis van de vvgb is met de omgevingsvergunning van 30 mei 2018 een toename van de stikstofdepositie van 0,04 mol N/ha/jr vergund ten opzichte van de Natuurbeschermingswetvergunning van 19 december 2013. De vvgb is verleend op basis van de passende beoordeling in het Programma Aanpak Stikstof 2015-2021 (het PAS). 
      
      
        
          Beoordeling van het verzoek om intrekking van de vvgb 
        
      
    
    
      4.1
      In het bestreden besluit heeft verweerder het bezwaar van eisers tegen het verzoek om intrekking van de vvgb niet-ontvankelijk verklaard, omdat verweerder niet bevoegd was op basis van de Wet natuurbescherming (Wnb) of de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo) een vvgb zelf in te trekken. Slechts het bevoegd gezag dat de omgevingsvergunning verleent, kan deze vergunning intrekken. Verweerder kan het bevoegd gezag (de gemeente Oirschot) slechts verzoeken om de omgevingsvergunning in te trekken. Volgens verweerder kan eisers verzoek dus tot niets leiden. Daarom is het verzoek volgens verweerder geen aanvraag in de zin van artikel 1:3 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) en is de reactie op het verzoek ook geen besluit en is het bezwaar tegen deze reactie niet-ontvankelijk.
      
    
    
      4.2
      Volgens eisers staat het hun altijd vrij een verzoek in te dienen. 
      
    
    
      4.3
      De rechtbank kan hier kort over zijn. Het is juist dat noch de Wnb, noch de Wabo verweerder de bevoegdheid verschaft een vvgb (zelfstandig) in te trekken. Eisers kunnen verweerder niet verzoeken iets te doen waartoe verweerder niet bevoegd is. Dan vragen eisers verweerder iets dat op voorhand onmogelijk is. Daar hebben eisers geen belang bij en daarom is hun verzoek geen aanvraag. De rechtbank maakt in dit verband de vergelijking met de aanvraag voor een omgevingsvergunning voor bouwen van een bouwwerk waarvan aannemelijk is dat het niet kan worden gebouwd (zie de uitspraak van de Afdeling van 23 januari 2019, ECLI:NL:RVS:2019:198). Evenals in die zaak is de reactie op dit verzoek geen besluit en verweerder heeft het hiertegen gerichte bezwaar terecht niet-ontvankelijk verklaard. 
      
      
        
          Het beoordelingskader van het verzoek om intrekking van de natuurvergunning.
        
        5.	De natuurvergunning geldt na de inwerkingtreding van de Wnb als een vergunning op basis van artikel 2.7, tweede lid van de Wnb (zie artikel 9.4, eerste lid, van de Wnb).
      
      
    
    
      6.1
      Artikel 5.4 van de Wnb geeft verweerder de bevoegdheid om vergunningen in te trekken. Op basis van het eerste lid kan verweerder een vergunning intrekken of wijzigen als: 
      a. de houder van een vergunning in strijd handelt met de hem verleende vergunning of de daaraan verbonden voorschriften;
      b. de gegevens op grond waarvan de vergunning is verleend zodanig onjuist of onvolledig blijken te zijn dat een andere beslissing zou zijn genomen als de juiste gegevens bekend waren geweest, 
      c. de vergunning in strijd met wettelijke voorschriften is verleend
      d. de omstandigheden sinds de verlening van de vergunning zodanig zijn gewijzigd, dat deze niet, niet zonder beperkingen of voorwaarden, of onder andere beperkingen of voorwaarden zou zijn verleend, als deze omstandigheden zouden hebben bestaan toen de vergunning werd verleend.
      Op basis van het tweede lid is verweerder verplicht een vergunning in te trekken of te wijzigen, indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn.
      
    
    
      7.1
      Hoe heeft verweerder het verzoek van eisers beoordeeld? Verweerder benadrukt dat de natuurvergunning onherroepelijk en van kracht is en daarmee vergunninghoudster het recht verschaft om hiervan gebruik te maken. Dit recht moet worden gerespecteerd. Dat is volgens verweerder alleen anders, als naderhand de vergunde activiteiten, in strijd met artikel 6 van de Habitatrichtlijn, toch een verslechtering of verstoring blijken mee te brengen. Verweerder heeft vervolgens bekeken of er zich dergelijke gewijzigde omstandigheden hebben voorgedaan. Die waren er volgens verweerder niet zodat verweerder zich niet bevoegd acht om de vergunning van 19 december 2013 in te trekken op grond van artikel 5.4, tweede lid van de Wnb. De omstandigheden als bedoeld in de onderdelen van artikel 5.4, eerste lid van de Wnb) doen zich volgens verweerder niet voor. 
      
    
    
      7.2.
      De rechtbank is van oordeel dat verweerder bevoegd is, maar niet verplicht is om een vergunning in te trekken op basis van artikel 5.4, eerste lid, van de Wnb, als de daarin genoemde omstandigheden zich voordoen. Verweerder zal moeten motiveren of deze omstandigheden zich voordoen en, als dat het geval is, of dit aanleiding is om gebruik te maken van zijn bevoegdheid tot intrekking. Verweerders motivering en de reactie daarop van eisers zullen verderop in deze uitspraak worden besproken. 
      
    
    
      7.3
      
        Kan artikel 6.2 van de Habitatrichtlijn verweerder verplichten om verleende vergunningen in te trekken en bestaande rechten niet te respecteren?
        Artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn bepaalt dat Nederland (en de andere EU staten) passende maatregelen treffen om ervoor te zorgen dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in de speciale beschermingszones niet verslechtert en er geen storende factoren optreden voor de soorten waarvoor deze zones zijn aangewezen, voor zover die factoren, gelet op de doelstellingen van deze richtlijn, een significant effect zouden kunnen hebben. Als een activiteit een dergelijk effect zou kunnen hebben, heeft verweerder, gelet op de dwingende formulering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn, geen keuze. Dan moet hij verleende vergunningen intrekken. Dit is ook geregeld in artikel 5.4, tweede lid van de Wnb. Er is in dat geval geen ruimte voor een afweging tussen de belangen van het betrokken Natura 2000-gebied en de belangen van vergunninghoudster. 
      
      
    
    
      7.4
      
        Dat neemt echter niet weg dat verweerder bij de toepassing van artikel 6.2 van de Habitatrichtlijn enige beoordelingsruimte heeft, zolang gewaarborgd is dat er geen verslechtering of verstoring plaatsvindt. Verweerder mag kiezen welke maatregelen worden getroffen, maar deze maatregelen moeten zonder uitstel worden uitgevoerd als verslechteringen of verstoringen met significante gevolgen dreigen. Deze beoordelingsruimte wordt begrensd door de Europese en nationale rechtspraak. 
        De rechtbank leidt uit de arrest van het HvJ van 14 januari 2016 (ECLI:EU:C:2016:10 Grüne Liga, Sachsen), het arrest van het HvJ van 7 november 2018 (ECLI:EU:C:2018:882, het PAS-arrest) en de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019 (ECLI:NL:RVS:2019:1603, verder de PAS-vergunningenuitspraak) de volgende criteria af:
      
      
        
          Van belang is of voor (het vergunnen van) een project een passende beoordeling is verricht volgens de eisen van artikel 6.3 van de Habitatrichtlijn Als zonder de uitvoering van het vergunde project al sprake is van een verslechtering of verstoring van de instandhoudingsdoelstellingen van het Natura 2000 gebied, kan intrekking van reeds verleende vergunningen een passende maatregel zijn, die zonder uitstel moet worden genomen, tenzij de verslechtering of verstoring op andere wijze kan worden voorkomen`(overweging 38-45 van het arrest van het HvJ van 14 januari 2016).
        
        
          Het project zelf mag alleen worden uitgevoerd, als is gegarandeerd dat deze uitvoering niet leidt tot een verstoring die significante gevolgen kan hebben voor de instandhoudingsdoelstellingen van het Natura 2000-gebied. Garanderen wil zeggen dat de waarschijnlijkheid of het gevaar van de verstoring kan worden uitgesloten. Met andere woorden: het is niet gegarandeerd als de waarschijnlijkheid of het gevaar van zo’n verstoring niet kan worden uitgesloten (overweging 85 van het PAS arrest).
        
        
          Als het niet is gegarandeerd, dan moet onderzoek worden verricht naar de gevolgen van de uitvoering van het project voor de instandhoudingsdoelstellingen van het Natura 2000-gebied. De nationale rechter kan zelfs bepalen dat als passende maatregel ingevolge artikel 6.2 van de Habitatrichtlijn een passende beoordeling als bedoeld in artikel 6.3 van de Habitatrichtlijn moet worden verricht (overweging 45 van het HvJ-arrest van 14 januari 2016). Als op grond van deze passende beoordeling niet kan worden verzekerd dat de natuurlijke kenmerken niet worden aangetast, kan vergunningverlening alleen plaatsvinden met toepassing van art. 6, lid 4, HRL. 
        
        
          De kritische depositiewaarde is geen absolute grenswaarde voor het bepalen van de gunstige staat van instandhouding van stikstofgevoelige habitattypen. De mate en duur van de overschrijding van de kritische depositiewaarde zijn wel belangrijke indicatoren of passende maatregelen noodzakelijk zijn voor het behoud en het voorkomen van verslechtering van de stikstofgevoelige natuurwaarden. Maatregelen in gebieden die liggen in categorie 1b (gebieden waar de maatregelen in kader van het PAS primair zijn gericht op het voorkomen van verslechtering van natuurwaarden) zijn al snel noodzakelijke maatregelen als bedoeld in artikel 6.1 en 6.2 van de Habitatrichtlijn. (overweging 14.5 van de PAS-vergunningenuitspraak).
        
      
      
    
    
      7.5
      Verweerder had daarom niet uitsluitend moeten kijken naar de vraag of omstandigheden van na de vergunningverlening zouden kunnen noodzaken tot intrekking, maar had de volgende vragen moeten beantwoorden:
      
        
          Heeft bij de verlening van de natuurvergunning een passende beoordeling als bedoeld in artikel 6.3 van de Habitatrichtlijn plaatsgevonden?
        
        
          Is in het Natura 2000- gebied sprake van een proces van verslechtering of verstoring gaande met significante gevolgen voor de instandhoudingsdoelstellingen en leidt de uitvoering van het project zelf tot een verdere verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de instandhoudingsdoelstellingen? 
        
        
          Kunnen deze verslechteringen/of verstoring worden voorkomen door andere passende maatregelen, ondanks de uitvoering van het project? 
        
        
          Als de laatste vraag negatief moet worden beantwoord, dan zal verweerder zonder uitstel moeten overgaan tot intrekking van de natuurvergunning, tenzij uit een nieuwe passende beoordeling blijkt dat uitvoering van het project al dan niet met toepassing van art. 6, lid 4, van de Habitatrichtlijn toch mogelijk is. 
        
      
      
    
    
      7.6
      Verweerder moet bij het beantwoorden van deze vragen rekening houden met de mate waarin de activiteit waarvoor vergunning is verleend is uitgevoerd of is gestart en het tijdstip waarop de vergunning is verleend. Naar mate er meer tijd is verstreken, kan zich sneller een situatie voordoen waarin de vergunning ingetrokken behoord te worden. Ten aanzien van een activiteit die nog niet is uitgevoerd of gestart zal eerder een situatie kunnen ontstaan dat intrekking van de vergunning kan worden beschouwd als een passende maatregel. Het zou vreemd zijn als verweerder een vergunning verleent met een passende beoordeling als bedoeld in artikel 6.3 van de Habitatrichtlijn en zich de volgende dag zou moeten afvragen of deze vergunning moet worden ingetrokken met artikel 6.2 van de Habitatrichtlijn. Hoe ouder de een passende beoordeling des te groter het risico dat deze passende beoordeling niet langer voldoende is.
      
    
    
      7.7
      Verweerder heeft dit beoordelingskader onvoldoende onderkend en het bestreden besluit bevat daardoor een onvolledige afweging. Aan de hand van bovenstaande vragen zal de rechtbank beoordelen of verweerder had moeten overgaan tot intrekking van de natuurvergunning als passende maatregel als bedoeld in artikel 6.2 van de Habitatrichtlijn.
      
      
        
          Is er bij vergunningverlening een passende beoordeling als bedoeld in artikel 6.3 van de Habitatrichtlijn geschiedt?
        
      
    
    
      8.1
      Eisers hebben gesteld dat bij de verlening van de natuurvergunning geen volledige passende beoordeling heeft plaatsgevonden omdat bij de vergunning de gevolgen van stikstofdepositie als gevolg van het project niet zijn betrokken. De natuurvergunning is verleend met toepassing van artikel 19kd van de Nbw 1998 en deze toepassing was in strijd met artikel 6.3 van de Habitatrichtlijn. 
      
    
    
      8.2
      Verweerder merkt in dit verband op dat de natuurvergunning resulteert in een forse afname van de stikstofdepositie zodat verweerder durft aan te nemen dat er geen significante verstoringen aan de orde zijn. 
      
    
    
      8.3
      In de natuurvergunning heeft verweerder toepassing gegeven aan artikel 19kd van de Nbw 1998. De natuurvergunning bevat wel een beoordeling van de afname van stikstofdepositie ten opzichte van de Wm-vergunde situatie, maar heeft de gevolgen van stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied niet uitputtend beoordeeld. Overigens is bij vergunningverlening uitgegaan van de volledige rechten vergund in de milieuvergunning van 8 mei 2001. Die vergunning was in 2004 gedeeltelijk in werking getreden en is voor wat betreft stal 3  vervallen, al was dit nog niet gebeurd op de referentiedatum van 7 december 2004. In de natuurvergunning is, in reactie op zienswijzen, overwogen dat significante gevolgen kunnen worden uitgesloten, als sprake is van een afname van stikstofdepositie op de referentiedatum. Verweerder herhaalt dit met zoveel woorden in het bestreden besluit in reactie op de stelling van eisers. Hiermee geeft verweerder echter geen gevolg aan de uitspraak van de Afdeling van 7 september 2011 (ECLI:NL:RVS:2011:BR6898). In deze uitspraak heeft de Afdeling overwogen dat het gehele artikel 19kd van de Nbw1998 een verkeerde implementatie is van de verplichtingen op basis van de Vogelrichtlijn en de Habitatrichtlijn. De beoordeling van een vergunningaanvraag moet betrekking hebben op de exploitatie van de gehele intensieve veehouderij zoals die zal plaatsvinden na wijziging of uitbreiding daarvan. Hierin moet worden bezien of op grond van objectieve gegevens kan worden uitgesloten of de wijziging of uitbreiding afzonderlijk, of in combinatie met andere projecten of plannen, significante gevolgen heeft voor het betrokken gebied. Dergelijke gevolgen kunnen worden uitgesloten, voor zover het gaat om de ammoniakdepositie op de betrokken gebieden, als de wijziging of uitbreiding van de intensieve veehouderij niet leidt tot een verhoging van de ammoniakdepositie ten opzichte van de vergunde situatie op de referentiedatum. De natuurvergunning bevat een gebrekkige beoordeling van de stikstofdepositie en bevat geen beoordeling van de gevolgen van de stikstofdepositie in combinatie met andere projecten. De rechtbank concludeert op grond van het voorgaande dan ook dat dat bij de verlening van de vergunning van 19 december 2013 geen passende beoordeling in overeenstemming met artikel 6.3 van de Habitatrichtlijn is uitgevoerd. 
      
      
        
          Is in het Natura 2000-gebied sprake van een proces van verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de instandhoudingsdoelstellingen?
        
      
    
    
      9.1
      
        Eisers stellen dat het niet goed gaat met het Natura 2000-gebied Kampina. Kort samengevat wijzen zij erop dat sprake is van een langdurige overschrijding van de kritische depositiewaarde voor verschillende habitattypes. Zij maken zich vooral zorgen over de habitattypes Blauwgraslanden (H6410), Oude Eikenbossen (H9190) en de actieve Hoogvenen (H7110B). Deze types komen voor in de directe omgeving van de varkenshouderij. 
        Zij onderbouwen hun vrees met een verwijzing naar het rapport van B-ware van 3 juni 2019 (het B-ware-rapport). In dit rapport wordt geconcludeerd dat een decennia lange overschrijding van de kritische depositiewaarden kan leiden tot een blijvend verlies van (kenmerkende) biodiversiteit. Hoe hoger en hoe langer de stikstofbelasting voortduurt, hoe groter de negatieve gevolgen voor deze habitattypen zijn. Een bijna stand-still in hoge stikstofdepositie betekent volgens de onderzoekers niet een stand-still in negatieve effecten door de cumulatieve gevolgen. Eisers stellen dat hiermee hun conclusie wordt ondersteund dat de natuurlijke kenmerken worden aangetast en dat er voor de conclusie van het college in het verweer, dat de natuurlijke kenmerken met zekerheid niet worden aangetast, geen grond bestaat. Zij wijzen er verder op dat op het Natura 2000-gebied sinds 2015 weer sprake is van een toename van ammoniakdepositie en niet van een daling van ammoniakdepositie. Zij leiden dit af uit het Meetnet Ammoniak in Natuurgebieden (MAN) van het Rijksinstituut voor volksgezondheid en milieu (RIVM).
      
      
    
    
      9.2
      Verweerder is uitgegaan van de PAS-gebiedsanalyse van 15 december 2017 (de PAS-gebiedsanalyse). Dit is een actualisatie van de daarvoor beschikbare analyses en voortgangsrapportages en van de uitkomsten van AERIUS Monitor 2016. Uit de PAS-gebiedsanalyse leidt verweerder kort samengevat af dat er geen significante verstorende effecten zijn die de instandhouding van het gebied aantasten en dat er – met inachtneming van de bestedingsruimte van projecten waarvoor toestemming is verleend – ruimte is voor nieuwe initiatieven, ook wel ontwikkelingsruimte genoemd. Het bestaan hiervan wordt niet weersproken door de daaropvolgende gebiedsrapportages. Desgevraagd heeft verweerder ter zitting aangegeven dat het niet beter gaat met de Kampina, maar ook niet slechter. Uit de gebiedsrapportage en bezoekverslagen na de PAS-gebiedsanalyse komt geen verbetering van het gebied naar voren.
      
    
    
      9.3
      
        De rechtbank stelt op basis van de stukken en hetgeen is besproken op de zitting het volgende vast:
        De instandhoudingsdoelstellingen voor de door eisers genoemde habitattypes en de meeste overige habitattypes zijn: behoud van de oppervlakte en verbetering van de kwaliteit. 
      
      
        
          Er is sprake van een jarenlange overschrijding van de kritische depositiewaarde op diverse habitattypes binnen het Natura 2000-gebied. Deze overschrijding leidt tot een toenemende vergrassing en een toename van woekerende andere gewassen zoals bramen en Amerikaanse vogelkers. Dit wordt als knelpunt genoemd bij de instandhoudingsdoelstellingen van bijna alle habitattypes. 
        
        
          Het gehele Natura 2000-gebied is ingedeeld in categorie 1b. Dat wil zeggen dat wetenschappelijk gezien er redelijkerwijs geen twijfel is dat de instandhoudingsdoelstellingen op termijn kunnen worden gehaald, dat behoud is geborgd en dat verslechtering wordt voorkomen in de periode tot 2020. Maar dit betekent ook dat verbetering van de kwaliteit of uitbreiding van de oppervlakte van de habitattypen of leefgebieden pas na 2020 kan aanvangen;
        
        
          Partijen verschillen van mening over de vraag of op dit moment sprake is van een stikstofdepositiedaling of een toename van stikstofdepositie. In de PAS-gebiedsanalyse is gesteld dat de absolute stikstofdepositie op het gebied daalt. Wel wordt hierbij (op pagina 21) de kanttekening gemaakt dat de verwachte depositiedaling in het eerste PAS-tijdvak (2014-2020) minder hoog is geworden dan vooraf gedacht. Uit monitoringsresultaten van de daadwerkelijk gemeten stikstofdepositie zou een beperkte daling van stikstofdepositie over het gehele gebied kunnen blijken, maar per habitattype en deelgebied blijft het aandeel overbelast gelijk. Eisers stellen daarentegen dat er helemaal geen depositiedaling is. Zij worden hierin gesteund door een advies ‘vergunningverlening voor megastallen aan de [adres] en het Natura 2000-regime’ van 10 september 2018 van prof. C. Bastmeijer (het advies van Bastmeijer) aan verweerder. Bastmeijer stelt dat sprake is van een toename van stikstofemissies bij de projectlocatie. Deze toename wordt niet weersproken door verweerder. De rechtbank concludeert dat niet zeker is dat er op dit moment sprake is van een stikstofdepositiedaling en dat er vermoedelijk sprake is van een toename in het gebied nabij de projectlocatie.
        
        
          Tot slot leidt de rechtbank uit het advies van Bastmeijer af dat er onzekerheid bestaat over de effectiviteit van de PAS-herstelmaatregelen binnen de Kampina (gekoppeld aan de kritische kanttekening dat veel PAS-maatregelen pas in 2017 zijn getroffen en maar beperkt zijn uitgevoerd). Ook dit is niet weersproken. 
        
        
          De rechtbank sluit niet uit dat door het uitblijven van een substantiële stikstofdepositiedaling op korte termijn een (gevaar op) verslechtering of verstoring van de instandhoudingsdoelstellingen kan optreden. Verslechtering houdt iedere vorm van achteruitgang van een habitat in. Dit blijkt uit het rapport van B-ware. De enkele omstandigheid dat er sprake is van een langdurige overschrijding van de kritische depositiewaarde kan resulteren in een blijvend verlies aan biodiversiteit. Dat is een achteruitgang en daarmee een verslechtering. De instandhoudingsdoelstellingen zijn niet alleen gericht op behoud maar ook op verbetering en herstel. Verweerder heeft op de zitting aangegeven dat hij het niet eens is met deze conclusies, maar hiermee heeft verweerder de conclusies uit het rapport van B-ware onvoldoende weersproken. 
        
        
          De rechtbank is verder van oordeel dat verweerder ten onrechte de resultaten van het MAN-netwerk niet heeft betrokken bij de beoordeling van het gevaar op verslechtering of verstoring van de instandhoudingsdoelstellingen. De resultaten van het MAN-Netwerk staan in de grafiek hieronder.
        
      
      
        
          
        
      
      
        Naar het oordeel van de rechtbank kan niet worden uitgesloten dat door de toename van ammoniakconcentraties nabij de projectlocatie (gelet op het meetpunt De Logt 5a) sprake is van een groter risico op verstoring of verslechtering van de instandhoudingsdoelstellingen van het nabijgelegen deel van het Natura 2000–gebied dan verweerder heeft aangenomen. 
      
      
    
    
      9.4
      De rechtbank concludeert dat er in ieder geval geen positieve gevolgen zijn voor de instandhoudingsdoelstellingen in omgeving van de projectlocatie. Van verbetering of herstel op korte termijn is in ieder geval geen sprake. Door de jarenlange overschrijding van de kritische depositiewaarde en de toename bestaat een gevaar op verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de instandhoudingsdoelstellingen. 
      
      
        
          Leidt de uitvoering van het project zelf tot een proces van verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de instandhoudingsdoelstellingen, dan wel tot een risico op verdere verslechtering of verstoring? 
        
      
      
    
    
      10.1
      Op basis van de stukken en het verhandelde ter zitting stelt de rechtbank vast dat uitvoering van het project en het volledige gebruik van de natuurvergunning niet is meegenomen in AERIUS, het rekenprogramma dat verweerder heeft gebruikt ten behoeve van de bepaling van de stikstofdepositie in de PAS-gebiedsanalyse en de voortgangrapportages. Er wordt alleen uitgegaan van de feitelijke stikstofdepositie. Omdat er op dit moment feitelijk geen stikstofemissie vanaf de projectlocatie plaatsvindt, zal uitvoering van het project automatisch leiden tot een toename van de stikstofdepositie op het gebied met de stikstofdepositie die is vergund op 19 december 2013. 
      
    
    
      10.2
      Verweerder lijkt er van uit te gaan dat de uitvoering van het project is verdisconteerd in de autonome ontwikkeling. De rechtbank is echter, in navolging van rechtsoverweging 25 van de PAS-vergunningsuitspraak, van oordeel dat de voordelen van de autonome ontwikkeling niet kunnen worden betrokken bij het bepalen van de staat van instandhouding van de natuurwaarden. Dat betekent dat uitvoering van het project zal leiden tot een proces van (verdere) verslechtering in een gebied waar het al slecht mee gaat. Gelet op de omvang van de vergunde stikstofdepositie kan de uitvoering van het project significant negatieve gevolgen hebben voor de instandhoudingsdoelstellingen van in ieder geval het gedeelte van het Natura 2000-gebied dat ligt in de nabije omgeving van de projectlocatie (waar overigens veel van de door eisers genoemde Habitattypes voorkomen). Dat betekent dat intrekking van de natuurvergunning voor het project een passende maatregel kan zijn als bedoeld in artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn.
      
      
        
          Kan deze verslechtering/verstoring worden voorkomen door andere passende maatregelen ondanks de uitvoering van het project? 
        
      
    
    
      11.1
      Verweerder verwijst in het bestreden besluit vooral naar de PAS-gebiedsanalyse en denkt dat er met de uitgifte van ontwikkelruimte in het gebied met zekerheid geen aantasting plaatsvindt van de natuurlijke kenmerken van het gebied en dat de instandhoudingsdoelstellingen kunnen worden gehaald, ondanks de uitgifte van ontwikkelingsruimte. Uit de gebiedsrapportage uit juli 2018 blijkt volgens verweerder zelfs dat er nog voldoende ontwikkelingsruimte voorhanden is (er is 48% van de beschikbare ontwikkelingsruimte benut tot en met voorjaar 2018) om toe te delen aan nieuwe of gewijzigde initiatieven. Zelfs als alle beschikbare ontwikkelingsruimte zou worden gebruikt, is er nog sprake van een daling van stikstofdepositie op dat Natura 2000-gebied. De rechtbank begrijpt hieruit dat verweerder, met de verwijzing naar de PAS-gebiedsanalyse, tevens stelt dat het project kan worden uitgevoerd, zolang er nog ontwikkelingsruimte is. 
      
    
    
      11.2
      In de PAS-gebiedsanalyse is aangegeven dat met het maatregelenpakket in de eerste beheerplanperiode wordt beoogd om verdere achteruitgang tegen te gaan. Hierbij is uitgegaan van een bepaald depositieverloop. Op basis van rechtsoverweging 14.5 van de PAS-vergunningsuitspraak moet dit maatregelenpakket ook als een passende maatregel als bedoeld in artikel 6.2 van de Habitatrichtlijn worden gekwalificeerd. Is het maatregelenpakket in de PAS-gebiedsanalyse dan genoeg om de gevolgen van uitvoering van het project ook op te vangen? Deze vraag is eenvoudig te beantwoorden: het maatregelenpakket is in de eerste periode niet gericht op verbetering maar op borging van behoud. Uitvoering van het project kan alleen maar leiden tot minder behoud en zeker niet tot verbetering (wat toch ook een instandhoudingsdoelstelling is). Bovendien blijkt uit het advies van Bastmeijer dat het maatregelenpakket maar gedeeltelijk is uitgevoerd en dat er twijfel bestaat over de effectiviteit van de maatregelen. De rechtbank is van oordeel dat met uitvoering van het maatregelenpakket in de PAS-gebiedsanalyse niet is gegarandeerd dat een gevaar voor verslechtering of verstoring van de instandhoudingsdoelstellingen als gevolg van uitvoering van de natuurvergunning wordt voorkomen. 
      
    
    
      11.3
      
        Kunnen de negatieve effecten dan worden opgevangen door de ontwikkelingsruimte op basis van de PAS-gebiedsanalyse? 
        In de PAS gebiedsanalyse staat aangegeven dat er over de periode tot 2020 gemiddeld 72 mol N/ha/j depositieruimte is, verdeeld over de verschillende segmenten van het PAS. Hierbij is uitgegaan van het stikstofdepositieverloop berekend met AERIUS Monitor 2016. In de berekening is de verwachte ontwikkeling van de stikstofdepositie gedurende de drie tijdvakken bepaald, rekening houdende met de autonome ontwikkelingen, het uitvoeren van de extra brongerichte PAS-maatregelen en het uitgeven van ontwikkelingsruimte (pagina 20 van de gebiedsanalyse). Verder is aangegeven dat de afnemende stikstofbelasting, gekoppeld aan de uitvoering van de herstelmaatregelen, zou moeten leiden tot het behalen van de instandhoudingsdoelstellingen. Daarmee is de conclusie van de gebiedsanalyse mede gebaseerd op de verwachte resultaten van het PAS. De rechtbank is van oordeel dat na de PAS-vergunningsuitspraak niet zomaar uit kan worden gegaan van de verwachte resultaten van het PAS. De rechtbank volstaat met een verwijzing naar rechtsoverweging en 19, 20 en 23 en overweging 27.3 tot en met 27.5 van deze uitspraak. De rechtbank deelt de twijfel van de Afdeling bij de PAS-herstelmaatregelen en de PAS-bronmaatregelen en de twijfel over de autonome ontwikkeling van de stikstofdepositie. De Afdeling oordeelt dat hieruit geen depositieruimte en ontwikkelingsruimte kan worden toebedeeld. De rechtbank oordeelt dat de verwachtingen omtrent stikstofdepositiedaling in de komende jaren in de PAS-gebiedsanalyse niet zeker zijn en dus dat hiervan niet kan worden uitgegaan. Evenmin is er ontwikkelingsruimte die zou kunnen worden ingevuld door uitvoering van het project. 
      
      
    
    
      11.4
      Verweerder kan in dit verband ook niet verwijzen naar de stikstofdepositiedaling in de natuurvergunning ten opzichte van de (milieu)vergunde situatie daarvoor. Vergunninghoudster kan geen gebruik meer maken van de Hinderwetvergunning van 26 september 1978 en de milieuvergunning van 2001, want die zijn vervallen met de verlening van de revisievergunning in 2012. Gebruik van de oude bestaande stallen is in strijd met deze revisievergunning en dus in strijd met artikel 2.1, eerste lid onder e, van de Wabo. 
      
    
    
      11.5
      Verweerder heeft op de zitting aangegeven dat hij al druk bezig is met een vervolg op het PAS. Ook dit kan verweerder niet baten. De enkele mededeling dat er een vervolg op het PAS zal komen, is geen garantie dat de waarschijnlijkheid of het gevaar van verstoring als gevolg van het project kan worden uitgesloten. Ook verweerders verwachting dat een groot aantal agrarische bedrijven op korte termijn zal stoppen, is geen garantie. De verwachte emissiedaling op de Kampina door stoppende agrarische bedrijven kan niet met de vereiste zekerheid in kaart worden gebracht. Dit kan verder alleen relevant zijn als vast staat dat deze emissiedaling op de Kampina op dezelfde locatie plaatsvindt als de locatie in De Kampina waar emissies van eiseres terecht komen. Dit wordt in het AERIUS rekenmodel (AERIUS Calculator) hetzelfde hexagoon genoemd. Daarom valt niet uit te sluiten dat, ook al zouden er veel agrarische bedrijven stoppen, in de omgeving van de projectlocatie geen bedrijven stoppen. In dat geval blijft het dichtst bijgelegen gedeelte van het Natura 2000-gebied De Kampina nog steeds geconfronteerd met dezelfde stikstofbelasting en niet met een dalende stikstofbelasting. De Afdeling oordeelde in overweging 26.5 van de PAS-vergunningsuitspraak al dat aan de verwachte emissiedaling die aan stoppende agrarische bedrijven wordt toegeschreven geen ontwikkelingsruimte kan worden toebedeeld. De rechtbank trekt hieruit de conclusie dat aan deze verwachting evenmin de garantie kan worden ontleend dat het proces van verslechtering en verstoring van de instandhoudingsdoelstellingen van het Natura 2000-gebied door de uitvoering van het vergunde project kan worden opgevangen. 
      
    
    
      11.6
      Dit alles betekent dat verweerder niet kan volstaan met een verwijzing naar de PAS‑gebiedsanalyse. Verweerder had in het bestreden besluit concreet moeten aangeven welke andere passende maatregelen in de zin van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn, worden getroffen om het proces van verslechtering en verstoring van de instandhoudingsdoelstellingen van het Natura 2000-gebied door de uitvoering van het vergunde project op te vangen. Dat heeft verweerder niet gedaan in het bestreden besluit. 
      
      
    
    
      11.7
      De rechtbank concludeert het volgende:
      
        
          De beoordeling van de gevolgen van de stikstofdepositie op het nabijgelegen Natura 2000‑gebied in de natuurvergunning voldoet niet aan de eisen van artikel 6.3, derde lid, van de Habitatrichtlijn.
        
        
          Uitvoering van het project kan leiden tot significant negatieve gevolgen voor de instandhoudingsdoelstellingen van de Kampina. 
        
        
          Verweerder heeft niet voldoende onderbouwd dat deze gevolgen kunnen worden opgevangen door andere passende maatregelen. 
        
      
      Onder deze omstandigheden is de rechtbank van oordeel dat verweerder in het bestreden besluit met een individuele passende beoordeling had moeten aantonen dat uitvoering van het project toch mogelijk is. De PAS-gebiedsanalyse kan niet als passende beoordeling dienen. Verweerder heeft het verzoek van eisers om intrekking van de natuurvergunning op basis van artikel 5.4, tweede lid van de Wnb verkeerd beoordeeld. Het bestreden besluit is onvoldoende gemotiveerd. Deze beroepsgrond slaagt.
      
      
        
          Moet verweerder de natuurvergunning intrekken op basis van artikel 5.4, eerste lid van de Wnb?
        
      
      12. Hierna worden beroepsgronden van eisers behandeld die betrekking hebben op de weigering van verweerder om gebruik te maken van zijn bevoegdheid op basis van artikel 5.4, eerste lid van de Wnb. De rechtbank benadrukt dat het eventueel bestaan van een bevoegdheid op basis van artikel 5.4, eerste lid, van de Wnb niet meteen wil zeggen dat verweerder de natuurvergunning moet intrekken. Bij het gebruik van deze bevoegdheid zal verweerder een belangenafweging moeten maken.
      
    
    
      13.1
      Eisers voeren aan dat er sprake is van tegenvallende resultaten van combi­luchtwassers. Dit is een omstandigheid die tot weigering of slechts gedeeltelijke vergunningverlening zou hebben moeten leiden, indien die omstandigheid op het tijdstip van vergunningverlening zou hebben bestaan. Vanwege het gebleken tegenvallende verwijderingsrendement van combiwassers kloppen, achteraf bezien, de gegevens op basis waarvan de vergunning van 19 december 2013 is verleend volgens eisers niet. Zij verwijzen onder andere naar het rapport ‘Evaluatie geurverwijdering door luchtwassystemen bij stallen’ van 3 april 2018 (verder: de Evaluatie) van Wageningen University & Research (WUR) en het rapport van de Commissie Deskundigen Meststoffenwet (CDM) en het RIVM van 3 december 2018 (verder: het CDM‑rapport). Op basis van deze rapporten kan volgens eisers niet uit worden gegaan van het rendement voor ammoniakreductie dat wordt afgeleid uit de bijlage bij de Regeling ammoniak en veehouderij (Rav). 
      
    
    
      13.2
      Verweerder heeft in het bestreden besluit overwogen, dat de Evaluatie zich vooral richt op het geurverwijderingsrendement van gecombineerde luchtwassers. Indicatief is ook gekeken naar het verwijderingsrendement voor ammoniak. De Evaluatie heeft geleid tot aanpassing van de Regeling geurhinder en veehouderij, maar niet tot aanpassing van de Rav. Ook het CDM-rapport heeft nog niet geleid tot aanpassing van de Rav. Als uit nader onderzoek blijkt dat de rendementseisen van de gecombineerde luchtwassystemen inderdaad niet gehaald worden en dat er sprake is van meer emissie dan waarmee destijds rekening is gehouden in de aanvraag, kan de vergunning voor dit aspect worden gewijzigd, zodat er geen sprake meer is van een negatief effect op een instandhoudingsdoelstelling van het betrokken Natura 2000-gebied. 
      
    
    
      13.3
      In de Evaluatie (bestaande uit twee onderzoeken) is vooral gekeken naar de hoeveelheid geur die met toepassing van combiluchtwassers kan worden gereduceerd. De Evaluatie was geen aanleiding voor aanpassing van de Rav. Volgens de rechtbank heeft verweerder zich op het standpunt kunnen stellen dat op basis van alleen de Evaluatie niet kan worden gezegd dat de ammoniakreductiefactoren in de Rav voor combiluchtwassers niet kloppen. Met alleen de Evaluatie in de hand kan niet worden gezegd dat de natuurvergunning op verkeerde uitgangspunten is gebaseerd. 
      
    
    
      13.4
      Het CDM-rapport is een onderzoek naar de verschillen in de trends van berekende ammoniakemissies en de gemeten ammoniakconcentraties. Er worden 3 factoren genoemd die verantwoordelijk zouden kunnen zijn voor deze verschillen. Een van de factoren is de daadwerkelijke ammoniakreductie door emissiearme stallen. In het CDM-rapport wordt in ieder geval de aanbeveling gedaan om vervolgonderzoek uit te voeren. Het CDM-rapport geeft als verdere aanbevelingen het verzamelen van gegevens over mestfraude en een betere inventarisatie van mesttoedieningstechnieken. 
      
    
    
      13.5
      De rechtbank leest in het CDM-rapport niet de conclusie dat voor de typen combiluchtwassers die zijn vergund in de natuurvergunning een onjuiste ammoniakreductiefactor is toegepast. De rechtbank is van oordeel dat onvoldoende vaststaat dat de natuurvergunning is verleend op een onjuist uitgangspunt, namelijk een verkeerde ammoniakreductiefactor. Deze onzekerheid mag verweerder, ten voordele van vergunninghoudster, betrekken bij zijn afweging om al dan niet gebruik te maken van de bevoegdheid om de natuurvergunning in te trekken. Dit neemt echter niet weg dat uit het CDM-rapport kan worden afgeleid dat niet met zekerheid kan worden vastgesteld dat een dalende trend in ammoniakemissies zich in de toekomst zal voortzetten. De Afdeling heeft hierover in rechtsoverweging 23.9 van de PAS‑vergunningsuitspraak overwogen dat de verwachte voordelen van de ammoniakemissiedaling door de autonome ontwikkelingen ten tijde van de passende beoordeling niet vaststonden en daarom niet in de passende beoordeling van het PAS konden worden betrokken. De Afdeling heeft vervolgens in rechtsoverweging 39.5 van de PAS-vergunningsuitspraak de aanwijzing gegeven om dieper in te gaan op dit aspect. In zoverre kan het CDM-rapport nog wel een rol spelen bij de beoordeling van passende maatregelen op basis van artikel 6.2 van de Habitatrichtlijn. 
      
    
    
      14.1
      Eisers zeggen verder dat de natuurvergunning fouten bevat. De stikstofemissies van transportbewegingen zijn niet meegenomen en de natuurvergunning is ten onrechte gebaseerd op de milieuvergunning van 8 mei 2001.
      
    
    
      14.2
      Verweerder merkt op dat de emissie van vervoersbewegingen niet is berekend, maar dat dit effect maar zeer beperkt is. Bovendien moet ervan uit worden gegaan dat ook in de oude situatie sprake was van vervoersbewegingen. Al zouden de vervallen rechten op basis van de milieuvergunning van 8 mei 2001 buiten beschouwing worden gelaten, dan nog is volgens verweerder sprake van een afname van de stikstofdepositie. 
      
    
    
      14.3
      Het is niet in geschil dat de stikstofemissie vanwege vervoersbewegingen niet bij vergunningverlening is betrokken. De rechtbank snapt niet waarop verweerder de stelling baseert dat het aantal dieren in de natuurvergunning zou zijn afgenomen en dat daarmee ook de stikstofemissie van de vervoersbewegingen afneemt. Op basis van de oude Hinderwetvergunning mochten 1.080 vleesvarkens in stallen 1 en 2 worden gehouden en 60 stuk vrouwelijk jongvee. In de natuurvergunning wordt het houden van 19.008 biggen vergund die meerdere malen per jaar zullen worden aangevoerd en afgevoerd. Een forse stijging van vervoersbewegingen kan volgens de rechtbank niet worden uitgesloten. Verweerder gaat hier te kort door de bocht en had in ieder geval de stikstofemissie vanwege de vervoersbewegingen in verband met de aanvoer en afvoer van de biggen in kaart moeten brengen. In de natuurvergunning wordt weliswaar het vervallen van de milieuvergunning uit 2001 onderkend, maar wordt ook gezegd dat deze nog niet was vervallen op de referentiedatum. Wat daar verder ook van zij, het klopt dat de stikstofemissie vanwege het houden van 1.080 vleesvarkens in de oude stallen lager is dan de stikstofemissie in de stallen die zijn vergund in de natuurvergunning. Dit is in zoverre geen verkeerd uitgangspunt in de natuurvergunning. Dat neemt echter niet weg dat de stikstofdepositie in de natuurvergunning is vergund zonder toereikende passende beoordeling. 
      
    
    
      14.4
      De rechtbank concludeert dat verweerder niet goed in kaart heeft gebracht of in de natuurvergunning wel is uitgegaan van de juiste stikstofemissies. Dat heeft tot gevolg dat de belangenafweging berust op een onvoldoende onderbouwing. Deze beroepsgrond slaagt.
      
      
        
          Conclusie
        
      
      15. De rechtbank is van oordeel dat verweerder het verzoek van eisers om intrekking van de natuurvergunning op basis van artikel 5.4, tweede lid van de Wnb verkeerd heeft beoordeeld. Daarnaast heeft verweerder niet goed in kaart gebracht of in de natuurvergunning wel is uitgegaan van de juiste stikstofemissies en is de vereiste belangenafweging op basis van artikel 5.4, eerste lid van de Wnb gebrekkig. 
      
      16. De beroepen van eisers tegen het bestreden besluit zijn gegrond. Het bestreden besluit kan, voor zover de bezwaren van eisers tegen de afwijzing van de intrekking van de vvgb niet-ontvankelijk zijn verklaard, in stand blijven. Het overige deel van het bestreden besluit moet worden vernietigd. 
      
      17. De rechtbank ziet geen aanleiding om zelf in de zaak te voorzien en de natuurvergunning zelf in te trekken. Dit kan pas na een passende beoordeling en dat kan de rechtbank niet zelf. Verweerder zou dit wel kunnen doen, maar de rechtbank weet niet hoe lang dit gaat duren. Daarom geeft de rechtbank verweerder ook niet bij tussenuitspraak de gelegenheid om deze passende beoordeling alsnog te maken. De rechtbank draagt verweerder op om een nieuw besluit te nemen. Verweerder moet, bij de beoordeling van het verzoek op basis van artikel 5.4, tweede lid van de Wnb, een individuele passende beoordeling maken die voldoet aan de eisen van artikel 2.8, derde lid van de Wnb. Verder zal verweerder de belangenafweging op basis van artikel 5.4, eerste lid, van de Wnb beter moeten onderbouwen met inachtneming van deze uitspraak. 
      
      18. De rechtbank zal het primaire besluit te schorsen. Dat heeft tot gevolg dat andere bestuursorganen niet van de rechtmatigheid van het primaire besluit kunnen uitgaan. Ter zitting heeft vergunninghoudster aangegeven dat hij door ontwikkelingen maar gedeeltelijk gebruik zou kunnen maken van de milieuvergunning van 2012 en de natuurvergunning. De rechtbank sluit daarom niet uit dat vergunninghoudster na deze uitspraak toch gebruik maakt van de natuurvergunning. Om te voorkomen dat verdere verslechtering optreedt van de instandhoudingsdoelstellingen van het betrokken Natura 2000 gebied door de gedeeltelijke uitvoering van het project, verbiedt de rechtbank bij wijze van voorlopige voorziening dat gebruik wordt gemaakt van de natuurvergunning totdat verweerder een nieuw besluit heeft genomen op het bezwaar van eisers.
      
      19. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, bepaalt de rechtbank dat verweerder aan eisers het door hun betaalde griffierecht vergoedt. De rechtbank veroordeelt verweerder in de door eisers gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de rechtbank, met inachtneming van het Besluit proceskosten bestuursrecht vast op € 1.024,00 voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen ter zitting). 
      
    
  
  
    Beslissing
    
    
      De rechtbank:
    
    
      
        verklaart het beroep van eisers gegrond;
      
      
        vernietigt het bestreden besluit, voor zover hierin het bezwaar tegen de weigering van de intrekking van de natuurvergunning ongegrond is verklaard;
      
      
        laat het bestreden besluit voor het overige in stand;
      
      
        schorst het primaire besluit;
      
      
        treft de voorlopige voorziening dat het gebruik van de natuurvergunning wordt verboden totdat verweerder opnieuw op het bezwaarschrift van eisers heeft beslist
      
      
        draagt verweerder op het betaalde griffierecht van € 345,00 aan eisers te vergoeden;
      
      
        veroordeelt verweerder in de proceskosten van eisers tot een bedrag van € 1.024,00.
      
    
    
    
    
    
      Deze uitspraak is gedaan door mr. M.J.H.M Verhoeven, voorzitter, en mr. D.J. de Lange en mr. M.M. Kaajan, leden, in aanwezigheid van mr. I.M.C. van Og, griffier. De uitspraak is in het openbaar geschied op 19 augustus 2019.
    
    
    
    
    
    
    
    
    
      griffier											voorzitter		
    
    
    
    
      Afschrift verzonden aan partijen op: 
    
    
    
  
  
    Rechtsmiddel
    Tegen deze uitspraak kan binnen zes weken na de dag van verzending daarvan hoger beroep worden ingesteld bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State. 
    
    
      
        Wettelijk kader
      
    
    
  
  
    Artikel 5.4. Wet natuurbescherming
    1. Een bij of krachtens deze wet verleende vergunning of ontheffing kan worden ingetrokken of gewijzigd indien:
    a. de houder van een vergunning, onderscheidenlijk ontheffing in strijd handelt met de hem verleende vergunning, onderscheidenlijk ontheffing of de daaraan verbonden voorschriften of beperkingen;
    b. de gegevens op grond waarvan de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zodanig onjuist of onvolledig blijken te zijn dat, waren de juiste gegevens bekend geweest, een andere beslissing zou zijn genomen;
    c. de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is strijd met wettelijke voorschriften is verleend, of
    d. de omstandigheden sedert het tijdstip waarop de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zodanig zijn gewijzigd, dat deze niet, niet zonder beperkingen of voorwaarden, of onder andere beperkingen of voorwaarden zou zijn verleend, indien deze omstandigheden op het tijdstip waarop de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zouden hebben bestaan.
    2. Een vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, wordt in elk geval ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid van de Habitatrichtlijn.
    3. Een krachtens artikel 3.3, eerste of derde lid, 3.4, tweede of derde lid, 3.8. eerste of derde lid, 3.9, tweede lid, 3.10 tweede lid in samenhang met artikel 3.8., eerste lid, 3.17, eerste lid, 3.25, eerste lid of vierde lid, 3.26 derde lid, of 3.34 derde of vijfde lid, verleende ontheffing, jachtakte of een valkeniersakte kan tevens worden ingetrokken indiende houder van de ontheffing, onderscheidenlijk de akte, nadat die is verleend, onherroepelijk is veroordeeld:
    a. wegens overtreding van een bij of krachtens hoofdstuk 3 gestelde bepaling, of indien tegen hem deswege een strafbeschikking is uitgevaardigd;
    b. wegens overtreding van artikel 5.3, vierde lid, in samenhang met artikel 3.3, eerste, tweede of derde lid, 3.4, tweede of derde lid, 3.8, eerste, tweede of derde lid, 3.9, tweede lid, 
    3.10, tweede lid in samenhang met artikel 3.8, eerste lid, 3.17, eerste lid, 3.25, eerste of vierde lid, 3.16, derde lid, 3.32, tweede lid of 3.34 derde of vijfde lid en artikel 5.3, vijfde lid, in samenhang met artikel 3.18, eerste lid of
    c. wegens een feit strafbaar gesteld bij de Wet dieren voor zover het gedragingen als bedoeld in de artikelen 2.1, 2.2., 2.3, 2.5, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9, 2.10, 2.13, 2.14, of 2.15 van die wet betreft, of tegen hem deswege een strafbeschikking is uitgevaardigd of hem wegens overtreding van het krachtens de voornoemde artikelen van de Wet dieren bepaalde een bestuurlijke boete als bedoeld in artikel 8.7. van de Wet dieren is opgelegd. 
    (…)
    
  
  
    Artikel 6 Habitatrichtlijn
    1. De Lid-Staten treffen voor de speciale beschermingszones de nodige instandhoudingsmaatregelen; deze behelzen zo nodig passende specifieke of van ruimtelijke-ordeningsplannen deel uitmakende beheersplannen en passende wettelijke, bestuursrechtelijke of op een overeenkomst berustende maatregelen, die beantwoorden aan de ecologische vereisten van de typen natuurlijke habitats van bijlage I en de soorten van bijlage II die in die gebieden voorkomen.
    2. De Lid-Staten treffen passende maatregelen om ervoor te zorgen dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in de speciale beschermingszones niet verslechtert en er geen storende factoren optreden voor de soorten waarvoor de zones zijn aangewezen voor zover die factoren, gelet op de doelstellingen van deze richtlijn een significant effect zouden kunnen hebben.
    3. Voor elk plan of project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van het gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor zo'n gebied, wordt een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor het gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen van dat gebied. Gelet op de conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied en onder voorbehoud van het bepaalde in lid 4, geven de bevoegde nationale instanties slechts toestemming voor dat plan of project nadat zij de zekerheid hebben verkregen dat het de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied niet zal aantasten en nadat zij in voorkomend geval inspraakmogelijkheden hebben geboden.
    4. Indien een plan of project, ondanks negatieve conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied, bij ontstentenis van alternatieve oplossingen, om dwingende redenen van groot openbaar belang, met inbegrip van redenen van sociale of economische aard, toch moet worden gerealiseerd, neemt de Lid-Staat alle nodige compenserende maatregelen om te waarborgen dat de algehele samenhang van Natura 2000 bewaard blijft. De Lid-Staat stelt de Commissie op de hoogte van de genomen compenserende maatregelen.
    Wanneer het betrokken gebied een gebied met een prioritair type natuurlijke habitat en/of een prioritaire soort is, kunnen alleen argumenten die verband houden met de menselijke gezondheid, de openbare veiligheid of met voor het milieu wezenlijke gunstige effecten dan wel, na advies van de Commissie, andere dwingende redenen van groot openbaar belang worden aangevoerd.