ECLI:NL:RVS:2021:1507, Raad van State, 14-07-2021, 202000348/1/R2
Raad van State — Uitspraak 
Datum: 2021-07-14 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: In het besluit van 22 december 2015, kenmerk 2015/0400038, heeft het college van gedeputeerde staten van Overijssel een vergunning op grond van artikel 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 verleend aan [vergunninghouder] in [plaats]. [vergunninghouder] exploiteert een varkenshouderij aan de [locatie] in [plaats]. Het is voornemens om de vleesvarkenshouderij te wijzigen in een zeugenhouderij. Daarvoor worden de bestaande stallen gesloopt en nieuwe stallen gebouwd. Het college heeft op 22 december 2015 een natuurvergunning verleend voor het inwerking hebben van de zeugenhouderij. De vergunning is verleend voor het houden van 640 kraamzeugen, 2363 guste en dragende zeugen, 4 dekberen en 432 opfokzeugen, met een totale emissie van 2518,41 kg NH3/jr. Het college heeft de vergunning verleend, omdat de depositie van de aangevraagde bedrijfssituatie niet toeneemt ten opzichte van de depositie in de referentiesituatie.

202000348/1/R2.
    Datum uitspraak: 14 juli 2021
    AFDELING
    BESTUURSRECHTSPRAAK
    Uitspraak op het hoger beroep van:
    Stichting Leefbaar Buitengebied (hierna: SLB), gevestigd te Geerdijk, gemeente Twenterand,
    appellante,
    tegen de uitspraak van de rechtbank Overijssel van 6 december 2019 in zaak nr. AWB 19/495 in het geding tussen:
    SLB
    en
    het college van gedeputeerde staten van Overijssel.
    Procesverloop
    In het besluit van 22 december 2015, kenmerk 2015/0400038, heeft het college een vergunning op grond van artikel 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: Nbw 1998) verleend aan [vergunninghouder] in [plaats].
    In het besluit van 28 januari 2019, kenmerk 2019/0006809, heeft het college het door SLB daartegen gemaakte bezwaar ongegrond verklaard.
    Bij uitspraak van 6 december 2019 heeft de rechtbank het door SLB daartegen ingestelde beroep ongegrond verklaard. Deze uitspraak is aangehecht.
    Tegen deze uitspraak heeft SLB hoger beroep ingesteld.
    Het college heeft een schriftelijke uiteenzetting gegeven.
    SLB heeft een nader stuk ingediend.
    De Afdeling heeft de zaak ter zitting behandeld op 9 juni 2021, waar SLB, vertegenwoordigd door [gemachtigde A], en het college, vertegenwoordigd door mr. P.W.M. de Laat en A. Willigenburg, zijn verschenen. Verder is daar [vergunninghouder], vertegenwoordigd door [gemachtigde B], bijgestaan door [gemachtigde C], gehoord.
    Overwegingen
    1.       [vergunninghouder] exploiteert een varkenshouderij aan de [locatie] in [plaats]. Het is voornemens om de vleesvarkenshouderij te wijzigen in een zeugenhouderij. Daarvoor worden de bestaande stallen gesloopt en nieuwe stallen gebouwd. Het college heeft op 22 december 2015 een natuurvergunning verleend voor het inwerking hebben van de zeugenhouderij. De vergunning is verleend voor het houden van 640 kraamzeugen, 2363 guste en dragende zeugen, 4 dekberen en 432 opfokzeugen, met een totale emissie van 2518,41 kg NH3/jr. Het college heeft de vergunning verleend, omdat de depositie van de aangevraagde bedrijfssituatie niet toeneemt ten opzichte van de depositie in de referentiesituatie.
    1.1.    Het college heeft het bezwaar van SLB tegen deze vergunning op 2 mei 2016 niet-ontvankelijk verklaard. Dat besluit is door de Afdeling vernietigd bij uitspraak van 21 december 2016, ECLI:NL:RVS:2016:3431. Daarna heeft het college op 13 maart 2017 een nieuw besluit op bezwaar genomen dat door de rechtbank bij uitspraak van 13 december 2018, in zaaknr. AWB 17/1029 is vernietigd. Het college heeft vervolgens op 28 januari 2019 opnieuw op het bezwaar van SLB beslist. De rechtbank heeft bij de aangevallen uitspraak het beroep van SLB tegen dat besluit ongegrond verklaard.
    1.2.    SLB is kort gezegd van mening dat er gebreken kleven aan de wijze waarop de vergunning procedureel tot stand is gekomen, dat het college het verkeerde recht heeft toegepast bij het besluit op bezwaar en dat het college de beoordeling van de aanvraag op onjuiste uitgangspunten heeft gebaseerd. Zo zijn de emissies van transportbewegingen niet beoordeeld en is van een onjuiste referentiesituatie uitgegaan.
    1.3.    De rechtbank heeft het beroep ongegrond verklaard. De rechtbank heeft overwogen dat SLB in beroep in enigszins andere woorden dezelfde gronden naar voren brengt als in bezwaar. Omdat SLB in beroep niet motiveert waarom de weerlegging van de bezwaren door het college niet juist zou zijn, ziet de rechtbank geen aanleiding voor het oordeel dat het besluit op bezwaar niet in stand kan blijven.
    1.4.    Het op deze zaak betrekking hebbend wettelijk kader is opgenomen in de bijlage bij deze uitspraak. Deze bijlage maakt deel uit van deze uitspraak.
    Ontvankelijkheid hoger beroep
    2.       Het college en [vergunninghouder] hebben ter zitting betoogd dat het hoger beroep van SLB niet-ontvankelijk is. Zij stellen dat niet duidelijk is of ing. M.H. Middelkamp nog gemachtigd was om het hoger beroepschrift namens SLB in te dienen. De machtiging waarover zij beschikken was geldig tot 1 februari 2018.
    2.1.    Op 16 januari 2020 heeft ing. M.H. Middelkamp namens SLB hoger beroep ingesteld. Bij dat pro-forma hoger beroep zijn de statuten van SLB, een uittreksel van de inschrijving bij de Kamer van Koophandel en een machtiging gevoegd. Deze machtiging is gedateerd 17 april 2018. Uit de machtiging volgt dat ing. M.H. Middelkamp onder meer gemachtigd is om namens SLB beroep in te stellen tegen besluiten op grond van de Natuurbeschermingswet, voor zover die betrekking hebben op activiteiten die een negatieve invloed hebben of kunnen hebben op Natura 2000-gebied Engbertsdijksvenen. In het besluit van 22 december 2015 staat dat het bedrijf waarvoor de natuurvergunning wordt verleend invloed heeft op dit Natura 2000-gebied. De machtiging is niet voor een bepaalde tijd verleend. Uit het uittreksel van de Kamer van Koophandel volgt voorts dat de machtiging is ondertekend door degene die SLB op dat moment mocht vertegenwoordigen.
    Het betoog slaagt niet.
    Goede procesorde
    3.       SLB heeft op 26 mei 2021 een nader stuk ingediend waarin zij voor het eerst in deze procedure aanvoert dat het college voor de berekening van de ammoniakemissie niet zonder meer had mogen uitgaan van de emissiefactor die in de Regeling ammoniak en veehouderij (hierna: Rav) is opgenomen voor het aangevraagde stalsysteem. Volgens SLB kan uit het rapport ‘Emissies van stikstofverbindingen uit luchtwassers met biologische wasstap’, van R.W. Melse e.a. (2018) en uit de in oktober 2019 gepubliceerde resultaten van een CBS-onderzoek op basis van 90.000 mestmonsters naar de effectiviteit van de emissiereductietechnieken van veestallen, worden afgeleid dat het emissiereducerende vermogen van de aangevraagde luchtwassers niet 85 maar 59% is.
    Ter zitting heeft het college gesteld dat dit een zeer technisch punt is waarover meer onderzoeken beschikbaar zijn dan waar SLB zich op beroept. Het college stelt dat het, gelet op het late tijdstip waarop dit punt naar voren is gebracht, onvoldoende gelegenheid heeft gehad om een goede inhoudelijke reactie voor te bereiden. Het college vindt dat het betoog daarom wegens strijd met een goede procesorde buiten beschouwing moet worden gelaten.
    3.1.    Ook na afloop van de hoger beroepstermijn en, als die termijn is gegeven, na afloop van de termijn als bedoeld in artikel 6:6 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb), kunnen, gelet op artikel 8:58 van de Awb, nieuwe argumenten worden aangevoerd en stukken, ter motivering van een eerdere beroepsgrond, worden ingediend, tenzij dat in strijd is met een goede procesorde. Dat is het geval als die argumenten, gegevens of stukken verwijtbaar zo laat worden ingediend dat de andere partijen worden belemmerd om daarop voldoende te reageren of de goede voortgang van de procedure daardoor op andere wijze wordt belemmerd. Dat is in dit geval aan de orde. SLB heeft niet gemotiveerd waarom zij de rapporten uit 2018 en 2019 waarop zij haar betoog baseert niet eerder kon overleggen. Door het late moment van indienen waren het college en [vergunninghouder], mede gelet op de technische inhoud van de rapporten, niet in staat uiterlijk ter zitting daarop adequaat te reageren. De Afdeling zal het betoog over de gebruikte emissiefactor voor het aangevraagde stalsysteem wegens strijd met een goede procesorde niet in de beoordeling van het hoger beroep betrekken.
    Procedurele bezwaren
    4.       SLB stelt dat de rechtbank ten onrechte heeft geoordeeld dat de vergunning niet in strijd met artikel 6 van het Verdrag van Aarhus tot stand is komen. De vergunning is volgens SLB in strijd met het Verdrag van Aarhus tot stand gekomen omdat er (1) voorafgaand aan het primaire besluit geen inspraak is geboden aan een ieder, (2) geen hoorzitting heeft plaatsgevonden en (3) geen kennisgeving van het primaire besluit heeft plaatsgevonden in de huis-aan-huisbladen van de gemeenten van alle Natura 2000-gebieden waarop het bedrijf effect heeft. Dat laatste is ook in strijd met artikel 42 van de Nbw 1998. Bovendien volgt uit het Verdrag van Aarhus dat aan een ieder de gelegenheid geboden moet worden om bezwaar en beroep in te stellen en dat het relativiteitsvereiste niet mag worden toegepast, aldus SLB.
    4.1.    Het college stelt dat de vergunning tot stand is gekomen volgens de procedurebepalingen uit hoofdstuk 8 van de Nbw 1998. Het bieden van inspraak door het ter inzage leggen van een ontwerpbesluit maakt geen onderdeel uit van die procedure en heeft daarom niet plaatsgevonden. Dat is volgens het college niet in strijd met het Verdrag van Aarhus omdat deze vergunning, die op basis van een voortoets is verleend, niet binnen de reikwijdte van artikel 6 van dat Verdrag valt. Op grond van artikel 6, eerste lid, onder b, van het Verdrag van Aarhus zijn de inspraakbepalingen uit artikel 6, derde, vierde en zevende lid, van toepassing op activiteiten die een aanzienlijk effect op het milieu kunnen hebben. Aanzienlijke effecten op het milieu zijn in dit geval niet aan de orde. De vergunning is immers verleend omdat de aangevraagde situatie niet leidt tot een toename van depositie in de referentiesituatie, zodat significante gevolgen voor Natura 2000-gebieden bij voorbaat zijn uitgesloten.
    Verder stelt het college dat de bekendmaking en kennisgeving van de vergunning in overeenstemming met artikel 3:41 van de Awb en artikel 42 van de Nbw 1998 heeft plaatsgevonden. Bovendien zijn in de bezwaarfase verschillende hoorzittingen gehouden.
    5.       In artikel 6 van het Verdrag van Aarhus is het recht op inspraak geregeld bij de voorbereiding van besluiten over het al dan niet toestaan van bepaalde milieubelastende activiteiten. Artikel 6 luidt, voor zover van belang: "1. Elke Partij:
    a. past de bepalingen van dit artikel toe ten aanzien van besluiten over het al dan niet toestaan van voorgestelde activiteiten vermeld in bijlage I;
    b. past, in overeenstemming met haar nationale wetgeving, de bepalingen van dit artikel ook toe op besluiten over niet in bijlage I vermelde voorgestelde activiteiten die een aanzienlijk effect op het milieu kunnen hebben. Hiertoe bepalen de Partijen of een dergelijke voorgestelde activiteit onder deze bepalingen valt.
    […]
    4. Elke Partij voorziet in vroegtijdige inspraak, wanneer alle opties open zijn en doeltreffende inspraak kan plaatsvinden".
    5.1.    Artikel 19d, eerste lid, van de Nbw 1998 is een implementatie van artikel 6, tweede en derde lid, van de Habitatrichtlijn. Artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn luidt: "Voor elk plan of project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van het gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor zo’n gebied, wordt een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor het gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen van dat gebied. Gelet op de conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied en onder voorbehoud van het bepaalde in lid 4, geven de bevoegde nationale instanties slechts toestemming voor dat plan of project nadat zij de zekerheid hebben verkregen dat het de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied niet zal aantasten en nadat zij in voorkomend geval inspraakmogelijkheden hebben geboden."
    5.2.    Artikel 19d, eerste lid, van de Nbw 1998 luidde, voor zover relevant: "Het is verboden zonder vergunning […] van gedeputeerde staten […] projecten of andere handelingen te realiseren onderscheidenlijk te verrichten die gelet op de instandhoudingsdoelstelling, […], de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in een Natura 2000-gebied kunnen verslechteren of een significant verstorend effect kunnen hebben op de soorten waarvoor het gebied is aangewezen. Zodanige projecten of andere handelingen zijn in ieder geval projecten of handelingen die de natuurlijke kenmerken van het desbetreffende gebied kunnen aantasten."
    Uit de artikelen 19e, 19f en 19g van de Nbw 1998 volgde dat de vergunning op basis van een belangenafweging kon worden verleend als in een voortoets op grond van objectieve gegevens was uitgesloten dat het project significante gevolgen heeft. Konden significante gevolgen niet worden uitgesloten dan was voor de vergunningverlening in ieder geval een passende beoordeling vereist.
    5.3.    Het bieden van inspraak door het ter inzage leggen van een ontwerpbesluit maakt geen onderdeel uit van de procedurebepalingen die in hoofdstuk 8 van de Nbw 1998 zijn opgenomen.
    Op grond van artikel 3:10, eerste lid, van de Awb kan een bestuursorgaan besluiten dat afdeling 3.4 van de Awb, van toepassing is op de voorbereiding van het besluit.
    5.4.    De vraag of een toestemming op basis van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn onder de reikwijdte van artikel 6, eerste lid, van het Verdrag van Aarhus valt is aan de orde in de arresten van het Hof van Justitie van 8 december 2016, C-243/15, ECLI:EU:C:2016:838 (Lesoochranárske zoskupenie VLK; hierna: LZ II) en van 20 december 2017, C-664/15, ECLI:EU:C:2017:987 (Protect), punt 38.
    In het LZ II-arrest overwoog het Hof:
    45. Voorts bepaalt artikel 6, lid 3, van richtlijn 92/43 (= Habitatrichtlijn) dat de bevoegde nationale autoriteiten, alvorens hun toestemming te geven voor een project of een plan als bedoeld in deze bepaling, in voorkomend geval inspraakmogelijkheden moeten bieden. Deze bepaling moet worden gelezen in samenhang met artikel 6, lid 1, onder b), van het verdrag van Aarhus, dat integrerend deel uitmaakt van de rechtsorde van de Unie.
    46. Volgens laatstgenoemde bepaling zijn de voorschriften van artikel 6 van het verdrag van Aarhus, betreffende inspraak in besluiten over specifieke activiteiten, van toepassing wanneer een besluit wordt vastgesteld over niet in bijlage I bij dit verdrag vermelde voorgestelde activiteiten die een aanzienlijk effect op het milieu kunnen hebben. Blijkens dit artikel 6, leden 3, 4 en 7, verleent dit artikel het publiek met name het recht om „gedurende de milieu-besluitvorming doeltreffend" deel te nemen, door „schriftelijk of, indien van toepassing, tijdens een hoorzitting of onderzoek met de verzoeker, alle opmerkingen, informatie, analyses of meningen naar voren te brengen die het relevant acht voor de voorgestelde activiteit". Deze inspraak moet „vroegtijdig" aanvangen, dat wil zeggen „wanneer alle opties open zijn en doeltreffende inspraak kan plaatsvinden.
    47. […] Voorts behoort, zoals ook de advocaat-generaal in punt 65 van haar conclusie heeft opgemerkt, het in het hoofdgeding aan de orde zijnde project voor de plaatsing van een omheining in het beschermde gebied weliswaar niet tot de in bijlage I bij het verdrag van Aarhus genoemde activiteiten, doch laat het feit dat de bevoegde nationale autoriteiten hebben besloten een vergunningprocedure voor dat project te starten uit hoofde van artikel 6, lid 3, van richtlijn 92/43 de opvatting toe dat die autoriteiten het nodig hebben geacht om de omvang van het effect van dat project op het milieu te beoordelen in de zin van artikel 6, lid 1, onder b), van het verdrag van Aarhus.
    49. [..] dat een milieubeschermingsorganisatie die, zoals LZ, voldoet aan de vereisten van artikel 2, lid 5, van het verdrag van Aarhus, aan artikel 6, lid 3, van richtlijn 92/43, gelezen in samenhang met artikel 6, lid 1, onder b), van dat verdrag, een recht ontleent op inspraak, in de in punt 46 van dit arrest nader bepaalde zin, in een procedure voor de vaststelling van een besluit inzake een vergunningaanvraag voor een plan of project dat een aanzienlijk effect op het milieu kan hebben, voor zover in het kader van deze procedure een van de in artikel 6, lid 3, van die richtlijn bedoelde besluiten moet worden genomen.
    5.5.    De Afdeling leidt uit het LZ II-arrest af dat toestemmingsbesluiten die de bevoegde autoriteiten in het kader van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn nemen, onder de reikwijdte van artikel 6, eerste lid, van het Verdrag van Aarhus vallen. De toestemming die op basis van artikel 19d, eerste lid, van de Nbw 1998 wordt gegeven is, ongeacht of deze op basis van een voortoets of op basis van een passende beoordeling wordt verleend, een toestemmingsbesluit in het kader van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. Zoals overwogen in 4.6 van de uitspraak van 14 april 2021, ECLI:NL:RVS:2021:786, gaat de Afdeling ervan uit dat het bij artikel 6 van het Verdrag van Aarhus kan gaan om besluiten waarvoor een passende beoordeling moet worden gemaakt vanwege de ligging nabij een Natura 2000-gebied of om besluiten waarbij voorafgaand aan dat besluit een voortoets moet worden verricht om gevolgen voor een Natura 2000-gebied in kaart te brengen.
    Dat betekent dat de Afdeling het college niet volgt in zijn standpunt dat een natuurvergunning die met een voortoets is verleend, daargelaten of in dit geval met een voortoets kon worden volstaan, niet onder de reikwijdte van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn, gelezen in samenhang met artikel 6, eerste lid, van het Verdrag van Aarhus valt.
    5.6.    Voor de vraag of SLB een rechtstreeks beroep kan doen op de inspraakverplichting van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn en artikel 6, vierde lid, van het Verdrag van Aarhus is het volgende van belang. Artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn en artikel 6, vierde lid, van het Verdrag van Aarhus, verplichten beide tot het bieden van inspraak en komen in zoverre overeen. Omdat de Habitatrichtlijn in dit geval van toepassing is, kan in het midden gelaten worden of aan het Verdrag van Aarhus in zoverre rechtstreekse werking toekomt. Aan SLB komt echter ook niet zonder meer een beroep toe op artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. De vraag naar de rechtstreekse werking van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn kan alleen rijzen in gevallen van incorrecte implementatie of indien de volledige toepassing van de richtlijn niet daadwerkelijk is verzekerd (uitspraak van 25 juli 2012, ECLI:NL:RVS:2012:BX2543).
    5.7.    Zoals de Afdeling heeft overwogen in 21.1 van de uitspraak van 18 juli 2018, ECLI:NL:RVS:2018:2454, strekken de inspraakverplichtingen in artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn niet verder dan de verplichtingen op grond van artikel 6, vierde lid, van de MER-richtlijn - dat een unierechtelijke implementatie is van de inspraakverplichtingen van het Verdrag van Aarhus - en zijn die verplichtingen correct geïmplementeerd in afdeling 3.4 van de Awb. Afdeling 3.4 van de Awb is in de Nbw 1998 echter niet van toepassing verklaard op de voorbereiding van de vergunning en evenmin is op andere wijze in de Nbw 1998 voorgeschreven dat bij de totstandkoming van de vergunning inspraak wordt geboden. Omdat niet dwingend is voorgeschreven dat een bestuursorgaan inspraak biedt voordat beslist wordt op een aanvraag voor een natuurvergunning, is artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn op dit punt niet correct geïmplementeerd. Van het college mag bij een dergelijke incorrecte implementatie op grond van het beginsel van Unietrouw, zoals verwoord in artikel 4, derde lid, van het Verdrag betreffende de Europese Unie, verwacht worden dat het met toepassing van artikel 3:10, eerste lid, van de Awb, afdeling 3.4 van die wet van toepassing verklaart op de voorbereiding van de natuurvergunning. Nu het college dat in dit geval heeft nagelaten, komt aan SLB een rechtstreeks beroep toe op de Habitatrichtlijn voor zover het gaat om de eis dat inspraak wordt verleend bij een toestemmingsbesluit in het kader van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. Het betoog van SLB dat ten onrechte geen inspraak is geboden in het kader van de totstandkoming van het besluit slaagt.
    5.8.    Het hoger beroep van SLB is gegrond. De aangevallen uitspraak moet worden vernietigd. Doende hetgeen de rechtbank had behoren te doen, zal de Afdeling het beroep van SLB bij de rechtbank gegrond verklaren, het besluit van 28 januari 2019 vernietigen en het besluit van 22 december 2015 herroepen.
    Het college zal opnieuw op de aanvraag moeten beslissen. Omdat de Wet natuurbescherming, op basis waarvan de aanvraag nu moet worden voorbereid (zie art. 9.10, eerste lid, van de Wnb), niet regelt dat voorafgaand aan het nemen van een besluit op de aanvraag inspraak wordt geboden, zal het college, gelet op het beginsel van Unietrouw, met toepassing van artikel 3:10, eerste lid, van de Awb, moeten besluiten dat die afdeling op de voorbereiding van het besluit van toepassing is.
    5.9.    De Afdeling gaat hierna nog in op enkele beroepsgronden die van belang kunnen zijn voor het alsnog te nemen besluit op de aanvraag.
    Het toepasselijke recht
    6.       SLB betoogt dat het college ten onrechte ervan uitgaat dat de aanvraag onder het overgangsrecht van het Besluit natuurbescherming (hierna: Bnb) en de Regeling natuurbescherming (hierna: Rnb) valt. Het overgangsrecht is volgens SLB niet van toepassing omdat de aanvraag na 1 juli 2015 is aangepast. Dat betekent volgens SLB dat het college de regelgeving in de Wnb, het Bnb en de Rnb over de beoordeling van stikstof veroorzakende activiteiten, het zogenoemde PAS-regime, onverkort moet toepassen en dat voor de stikstofberekeningen verplicht gebruik moet worden gemaakt van het rekenmodel AERIUS Calculator.
    6.1.    De aanvraag voor de natuurvergunning is op 24 juni 2015 ingediend. Op 1 januari 2017 is de Wnb in werking getreden. Uit artikel 9.10, eerste lid, van de Wnb, volgt dat procedures tot het nemen van een besluit krachtens de Nbw 1998 die op dat moment aanhangig zijn - zoals de hier aan de orde zijnde aanvraag - overeenkomstig het bepaalde bij of krachtens de Wnb worden behandeld.
    6.2.    In artikel 5.13 van het Bnb is voorzien in overgangsrecht voor aanvragen voor natuurvergunningen die zijn ingediend voordat op 1 juli 2015 de regelgeving voor de beoordeling van stikstof veroorzakende activiteiten voor gebieden die zijn opgenomen in het Programma Aanpak Stikstof (het zogenoemde PAS-regime) in werking trad. Omdat er momenteel geen PAS geldt heeft deze overgangsrechtelijke regeling, voor zover daarbij is bepaald dat artikel 5.5, derde lid, van de Wnb (verbod op extern salderen onder het PAS-regime), en de artikelen 2.7, 2.8 en 2.9 van het Bnb (toedeling en registratie ontwikkelingsruimte uit het PAS) in bepaalde gevallen niet van toepassing zijn, geen betekenis voor het alsnog te nemen besluit op de aanvraag. Het betoog van SLB dat de aanvraag na 1 juli 2015 is aangevuld, zodat niet voldaan is aan artikel 5.13, tweede lid, van het Bnb, en de aanvraag onder het PAS-regime valt, is niet meer van belang voor het alsnog te nemen besluit op de aanvraag.
    6.3.    In artikel 7.13 van de Rnb is bepaald dat voor aanvragen als bedoeld in artikel 5.13, eerste of tweede lid, van het Bnb het verplichte gebruik van AERIUS Calculator voor het maken van stikstofberekeningen niet geldt.
    De aanvraag om een vergunning als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, van de Nbw 1998, die is ingediend vóór 1 juli 2015, is een aanvraag als bedoeld in artikel 5.13, eerste lid, van het Bnb. De aanvraag van [vergunninghouder] is ingediend voor 1 juli 2015. Het betoog van SLB dat de aanvraag op dat moment niet compleet was is niet relevant. Artikel 5.13, eerste lid, van het Bnb vereist immers, in tegenstelling tot artikel 5.13, tweede lid, van het Bnb, niet dat een aanvraag om een vergunning voor 1 juli 2015 compleet is (vergelijk ABRvS 28 december 2016, ECLI:NL:RVS:2016:3489). Het college stelt zich daarom terecht op het standpunt dat artikel 7.13 van de Rnb van toepassing is op de aanvraag zoals die nu voorligt. De Rnb staat er dus niet aan in de weg dat voor de stikstofberekeningen gebruik gemaakt wordt van een ander rekenmodel dan AERIUS Calculator.
    Het beoordelingskader voor het besluit op de aanvraag
    7.       De aanvraag heeft betrekking op de omschakeling van een bestaande vleesvarkenshouderij naar een zeugenhouderij. Daarvoor worden de bestaande stallen gesloopt en nieuwe stallen gebouwd. Dat betekent dat de aanvraag ziet op de wijziging van een bestaand project. Het college dient bij het alsnog te nemen besluit op de aanvraag te bezien of de wijziging van het bestaande project vergunningplichtig is op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb, zoals dat vanaf 1 januari 2020 geldt. Daarvoor is relevant of op grond van objectieve gegevens kan worden uitgesloten dat de wijziging van het bestaande project significante gevolgen heeft voor de natuurwaarden van de betrokken Natura 2000-gebieden.
    Het is vaste rechtspraak van de Afdeling dat voor de vraag of de wijziging van een bestaand project significante gevolgen kan hebben, een vergelijking wordt gemaakt van de gevolgen van het bestaande project in de referentiesituatie en de gevolgen van het project na wijziging. De referentiesituatie wordt ontleend aan de geldende natuurvergunning of, bij het ontbreken daarvan, aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (dat is het moment waarop artikel 6 van de Habitatrichtlijn van toepassing werd voor het betrokken Natura 2000-gebied), tenzij nadien een milieutoestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen. Dan geldt die toestemming als referentiesituatie. Een referentiesituatie kan niet worden ontleend aan een natuurvergunning of milieutoestemming die is vervallen of geëxpireerd.
    Als de wijziging van een project niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie (= intern salderen), dan is op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging significante gevolgen heeft. Het project is dan niet vergunningplichtig. Als de wijziging of uitbreiding van een project ten opzichte van de referentiesituatie leidt tot een toename van de stikstofdepositie op reeds overbelaste stikstofgevoelige natuurwaarden in een Natura 2000-gebied, dan moeten de gevolgen van die toename worden onderzocht. Als uit dat onderzoek volgt dat significante gevolgen niet op voorhand op grond van objectieve gegevens kunnen worden uitgesloten (voortoets), dan is het project vergunningplichtig en moet een passende beoordeling worden gemaakt (uitspraken van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71, r.o. 17.2 en 22  januari 2020, ECLI:NL:RVS:2020:212, r.o. 6.1).
    Referentiesituatie
    8.       SLB stelt dat het college van een onjuiste referentiesituatie uitgaat. Het bedrijf dat voorheen op de [locatie] gevestigd was, was gestopt voordat [vergunninghouder] zich daar vestigde. Dat betekent volgens SLB dat de aangevraagde situatie betrekking heeft op een geheel nieuw project, dat geen referentiesituatie heeft. Als er wel een referentiesituatie geldt, dan is voor de berekening van de emissie in de referentiesituatie van een te grote vergunde veestapel uitgegaan. Er bestond volgens SLB voor het college voldoende aanleiding te onderzoeken of de vergunningen waaraan de referentiesituatie is ontleend geheel of gedeeltelijk waren vervallen. Bovendien had de emissie berekend moeten worden op grond van de emissiewaarden uit het Besluit emissiearme huisvesting.
    8.1.    Voor het bedrijf [locatie] is niet eerder een natuurvergunning verleend. Daarom is in dit geval relevant of de aangevraagde situatie leidt tot een toe- of afname van emissie en depositie ten opzichte van de (milieu)vergunde situatie op de relevante referentiedata. De relevante referentiedata zijn: 10 juni 1994 en 24 maart 2000 voor de Vogelrichtlijngebieden en 7 december 2004 voor de Habitatrichtlijngebieden.
    8.2.    Het bedrijf [locatie] beschikte op de relevante referentiedata over een hinderwetvergunning die op 29 januari 1985 is verleend voor het houden van 1703 mestvarkens. Voor de vraag of deze hinderwetvergunning, zoals SLB stelt, geheel of gedeeltelijk is vervallen op grond van artikel 27, derde lid, van de Hinderwet, is bepalend in welke omvang de inrichting in de periode van 2 januari 1979 tot 1 maart 1993, de datum waarop artikel 27 van de Hinderwet is komen te vervallen, in werking is geweest. Op grond van dit artikellid is de bedoelde vergunning vervallen, voor zover gedurende drie achtereenvolgende jaren een veebestand is gehouden dat kleiner is dan het vergunde veebestand of een daarmee wat de ammoniakemissie betreft gelijk te stellen veebestand. Vanaf 1 maart 1993 was voor de vraag of een vergunning is vervallen het bepaalde in artikel 8.18, eerste lid, aanhef en onder a, van de Wet milieubeheer, zoals deze bepaling luidde tot 1 oktober 2010, van belang. Op grond van die bepaling verviel de vergunning indien de inrichting niet binnen drie jaar nadat de vergunning onherroepelijk is geworden, is voltooid en in werking gebracht.
    8.3.    Het college heeft bij de beoordeling of de hinderwetvergunning geheel of gedeeltelijk is vervallen het besluit van het college van burgemeester en wethouders van Ommen van 3 oktober 1995, waarbij de voorschriften van de hinderwetvergunning zijn gewijzigd, betrokken. In dat besluit staat dat is vastgesteld dat de hinderwetvergunning van rechtswege is vervallen voor het houden van 543 mestvarkens. In dat besluit is verder bepaald dat op het bedrijf ten hoogste 1160 mestvarkens mogen worden gehouden. Het college heeft hiermee rekening gehouden bij het bepalen van de referentiesituatie.
    Het betoog van SLB dat het college in dit besluit aanleiding had moeten zien om nader te onderzoeken of een groter deel van de hinderwetvergunning van rechtswege was vervallen deelt de Afdeling niet. Het ligt primair op de weg van SLB om feiten en omstandigheden aan te voeren die een begin van bewijs opleveren voor de juistheid van de stelling dat de vergunning voor de veehouderij gedeeltelijk is vervallen (vergelijk de uitspraak van de Afdeling van 20 mei 2015, ECLI:NL:RVS:2015:1587). SLB is daar niet in geslaagd. De verwijzing naar de brief van 6 december 2018, van de Rijksdienst voor Ondernemend Nederland (hierna: RVO) waarin staat dat er over de jaren 1994 tot en met 2008 geen dieraantallen op deze locatie bekend zijn bij de RVO is niet relevant omdat de Hinderwet op 1 maart 1993 is vervallen. Het niet of minder houden van vee in een inrichting die in werking was gebracht was voorts op grond van artikel 8.18 van de Wet milieubeheer geen omstandigheid voor het van rechtswege vervallen van de vergunning. Onder deze omstandigheden is de Afdeling van oordeel dat het college voor de vraag of en in hoeverre de hinderwetvergunning van 29 januari 1985 van rechtswege is vervallen mocht afgaan op wat het besluit van 3 oktober 1995 tot wijziging van de voorschriften van de hinderwetvergunning daarover vermeldt (vergelijk de uitspraak van 17 mei 2017, ECLI:NL:RVS:2017:1305).
    8.4.    Het college heeft de referentiesituatie in dit geval ontleend aan de melding die op 1 juli 2014 op grond van het Activiteitenbesluit milieubeheer is gedaan. Die melding is gedaan omdat het vergunde aantal dieren moest worden verminderd omdat het bedrijf de ammoniakemissie van 190 mestvarkens heeft overgedragen aan drie verschillende bedrijven. Op basis van de melding mogen nog maximaal 970 mestvarkens worden gehouden. Dit is, zoals het college terecht heeft vastgesteld, de veebezetting met de laagste emissie sinds de referentiedatum.
    8.5.    De Afdeling is van oordeel dat het college zich terecht op het standpunt stelt dat het feit dat het bedrijf dat voorheen op de locatie was gevestigd heeft deelgenomen aan de stoppersregeling en daarvoor een Bedrijfsontwikkelplan op basis van het Actieplan ammoniak veehouderij heeft opgesteld, niet relevant is voor het bepalen van de referentiesituatie. De maatregelen die het bedrijf moest treffen om aan de stoppersregeling mee te doen, wijzigden de milieuvergunde situatie die relevant is voor de referentiesituatie niet (uitspraak van 3 juni 2015, ECLI:NL:RVS:2015:1775). Verder heeft de Afdeling eerder overwogen dat voor het bepalen van de toegestane ammoniakemissie in de referentiesituatie, in het geval die ontleend wordt aan een milieuvergunning voor een bedrijfsvoering die niet voldoet aan het Besluit emissiearme huisvesting, geen rekening hoeft te worden gehouden met de emissiewaarden die voortvloeien uit het Besluit emissiearme huisvesting (uitspraak van 5 november 2014, ECLI:NL:RVS:2014:3934, r.o. 4.8).
    Voorts is evenmin van belang of op de locatie steeds vee is gehouden. De referentiesituatie wordt ontleend aan de vergunde en niet aan de feitelijke situatie (vergelijk de uitspraak van 27 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:175, r.o. 10).
    De betogen van SLB dat het college de referentiesituatie onjuist heeft vastgesteld slagen niet.
    Transportbewegingen
    9.       SLB voert aan dat het college ten onrechte stelt dat de transportbewegingen van en naar het bedrijf geen stikstofdepositie veroorzaken op Natura 2000-gebieden, zodat de gevolgen daarvan niet hoeven te worden onderzocht. In haar nader stuk wijst SLB erop dat AERIUS Calculator voor de berekening van stikstofdepositie door wegverkeer een rekengrens van 5 kilometer kent. Deposities op grotere afstand zijn ten onrechte niet berekend.
    9.1.    Bij de verlening van een natuurvergunning moeten alle gevolgen van het project voor Natura 2000-gebieden worden beoordeeld. Dat geldt ook voor transportbewegingen die inherent zijn aan de exploitatie van een veehouderij. Daarbij moet bijvoorbeeld worden gedacht aan verkeersbewegingen van tractoren en het aan- en afvoerverkeer van vee. Het uitvoeren van die verkeersbewegingen is noodzakelijk voor een veehouderij en is een gevolg van dat project (vergelijk de uitspraak van 18 november 2020, ECLI:NL:RVS:2020:2760, r.o. 6).
    9.2.    Het college heeft een berekening van de depositie door verkeersbewegingen gemaakt. De uitkomst van die berekening is dat het verkeer van en naar het bedrijf geen depositie veroorzaakt op Natura 2000-gebieden. De berekening en de uitgangspunten van de berekening (aantal en soort verkeersbewegingen, emissiefactor en rekenpunt) zijn opgenomen in het dossier, zodat deze anders dan SLB stelt kenbaar zijn. SLB heeft verder niet beargumenteerd waarom in dit geval, waarin uit de AERIUS-berekening volgt dat er geen sprake is van een toename van stikstofdepositie op een kortere afstand dan 5 kilometer van het rekenpunt, AERIUS Calculator niet geschikt zou zijn voor het maken van de berekening. Dat het college de berekening heeft gemaakt is anders dan SLB stelt niet bezwaarlijk. Zij heeft voorts louter gesteld dat, maar niet gemotiveerd waarom, zij vindt dat de invoergegevens niet juist of onvoldoende onderbouwd zijn.
    Overige gronden
    10.     SLB brengt verder een groot aantal gronden naar voren over onderwerpen die geen betrekking hebben op de verleende natuurvergunning of die niet betrokken kunnen worden bij of relevant zijn voor een besluit over de verlening van een natuurvergunning. Het college kan die onderwerpen niet bij de beoordeling van de aanvraag betrekken. Deze gronden zijn de vraag of voor het project een ontheffing op grond van de Flora- en faunawet of de Wnb is verleend, dat onduidelijk is of rekening is gehouden met het beheerplan, dat de effecten van het project op het grondwaterbeschermingsgebied Hammerflier niet zijn beoordeeld, dat onduidelijk is waar de dierproductierechten van de aanvrager en eerdere exploitanten van het bedrijf vandaan komen, dat geen rekening is gehouden met het NSL en dat bij de vergunningaanvraag geen startnotitie voor een milieu-effectrapport is gevoegd en dat het project in strijd is met het bestemmingsplan. De NEC-richtlijn en de Kaderrichtlijn Water spelen, zoals het college terecht stelt, ook geen rol bij de beoordeling van de aanvraag van een natuurvergunning. Beide richtlijnen zijn in het nationale recht geïmplementeerd. De uitvoering van deze richtlijnen vindt plaats met andere instrumenten dan de natuurvergunning.
    11.     Het college moet de proceskosten vergoeden.
    Beslissing
    De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
    I.        verklaart het hoger beroep gegrond;
    II.       vernietigt de uitspraak van de rechtbank Overijssel van 6 december 2019 in zaak nr. AWB 19/495;
    III.      verklaart het bij de rechtbank ingestelde beroep gegrond;
    IV.      vernietigt het besluit van het college van gedeputeerde staten van Overijssel van 28 januari 2019, kenmerk 2019/0006809;
    V.       herroept het besluit van 22 december 2015, kenmerk 2015/0400038;
    VI.      bepaalt dat deze uitspraak in de plaats treedt van het vernietigde besluit;
    VII.     veroordeelt het college van gedeputeerde staten van Overijssel tot vergoeding van bij Stichting Leefbaar Buitengebied in verband met de behandeling van het bezwaar opgekomen proceskosten tot een bedrag van € 1.602,00 (zegge: zestienhonderdtwee euro), geheel toe te rekenen aan door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand;
    VIII.    veroordeelt het college van gedeputeerde staten van Overijssel tot vergoeding van bij Stichting Leefbaar Buitengebied in verband met de behandeling van het beroep en het hoger beroep opgekomen proceskosten tot een bedrag van € 2.301,97 (zegge: tweeduizend driehonderdeen euro en zevenennegentig cent), waarvan € 2.244,00 is toe te rekenen aan door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand;
    IX.      gelast dat het college van gedeputeerde staten van Overijssel aan Stichting Leefbaar Buitengebied het door haar betaalde griffierecht ten bedrage van € 877,00 (zegge: achthonderdzevenenzeventig euro) voor de behandeling van het beroep en het hoger beroep vergoedt.
    Aldus vastgesteld door mr. H.C.P. Venema, voorzitter, en mr. J. Hoekstra en mr. B. Meijer, leden, in tegenwoordigheid van mr. J. Verbeek, griffier.
    De Voorzitter is verhinderd de uitspraak te ondertekenen.       
    De griffier is verhinderd de uitspraak te ondertekenen.
    Uitgesproken in het openbaar op 14 juli 2021
    388.
    BIJLAGE
     
    Wet natuurbescherming
    Artikel 2.7 (vanaf 1 januari 2020)
    1. [..]
    2. Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied.
    3. Gedeputeerde staten verlenen een vergunning als bedoeld in het tweede lid uitsluitend indien is voldaan aan artikel 2.8.
    Artikel 9.10
    1.De op het tijdstip van inwerkingtreding van deze wet aanhangige procedures tot het nemen van een besluit krachtens de Natuurbeschermingswet 1998, de Flora- en faunawet of de Boswet, zijn aanhangig in de staat waarin zij zich op dat moment bevinden en worden vanaf het tijdstip van inwerkingtreding van deze wet overeenkomstig het bepaalde bij en krachtens deze wet behandeld.
    Besluit natuurbescherming
    Artikel 5.13
    1. Artikel 5.5, derde lid, van de wet is niet van toepassing op een besluit op een aanvraag om een vergunning als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, of 47a, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998, die is ingediend vóór 1 juli 2015.
    2. De artikelen 2.7, 2.8 en 2.9 zijn niet van toepassing op projecten, plannen en andere handelingen die stikstofdepositie op voor stikstof gevoelige habitats in een Natura 2000-gebied veroorzaken indien is voldaan aan elk van de volgende voorwaarden:
    a. voor het project, het plan of de andere handeling was vóór 1 juli 2015 een besluit als bedoeld in artikel 2.7, eerste lid, in voorbereiding bij het desbetreffende bestuursorgaan;
    b. de voor het nemen van het desbetreffende besluit beschikbare gegevens en bescheiden zijn naar het oordeel van het desbetreffende bestuursorgaan voldoende voor de beoordeling van de aanvraag of voor de voorbereiding van het desbetreffende besluit en bovendien, ingeval het besluit betrekking heeft op een project als bedoeld in artikel 2.7, derde lid, onderdeel a, van de wet, is een volledige passende beoordeling als bedoeld in artikel 2.8, eerste lid, van de wet gemaakt, en
    c. degene die het desbetreffende project zal realiseren, onderscheidenlijk de andere handeling zal verrichten, heeft een tijdige uitvoering verzekerd van de maatregelen die in het kader van de realisering van het project, onderscheidenlijk het verrichten van de andere handeling worden getroffen om te verzekeren dat de natuurlijke kenmerken van Natura 2000-gebied niet zullen worden aangetast als gevolg van het project, onderscheidenlijk om verslechteringen of significant verstorende effecten als gevolg van de andere handeling te voorkomen.
    Regeling natuurbescherming
    Artikel 2.1
    1. Voor de vaststelling of een project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, afzonderlijk of in combinatie met plannen of andere projecten significante gevolgen kan hebben voor dat gebied door het veroorzaken van stikstofdepositie in het gebied op een voor stikstof gevoelige habitat, wordt de stikstofdepositie berekend met AERIUS Calculator versie 2020.
    Artikel 7.13
    Artikel 2.1 is niet van toepassing op:
    a. een besluit op een aanvraag als bedoeld in artikel 5.13, eerste lid, van het Besluit natuurbescherming;
    b. projecten, plannen en andere handelingen als bedoeld in 5.13, tweede lid, van het Besluit natuurbescherming.