ECLI:NL:RBMNE:2021:4508, Rechtbank Midden-Nederland, 22-09-2021, UTR 20/4269
Rechtbank Midden-Nederland — Uitspraak 
Datum: 2021-09-22 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht; Omgevingsrecht

Samenvatting: Wet natuurbescherming, stikstofemissie. De rechtbank vernietigt de vergunning voor de uitbreiding van een veehouderij in Westbroek. Beoordeling intern salderen na uitspraak Logtsebaan; Rav-emissiefactoren van emissiearme stalsystemen.

RECHTBANK MIDDEN-NEDERLAND
    
    
      Zittingsplaats Utrecht
    
    
    
      Bestuursrecht
    
    
    
      zaaknummer: UTR 20/4269 
    
    
      uitspraak van de meervoudige kamer van 22 september 2021 in de zaak tussen
    Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. en
    
      
        Vereniging Leefmilieu,
      beide gevestigd in Nijmegen, eisers,
      (gemachtigde: mr. D. Delibes)
    
    
    
      en
    
    
    het college van gedeputeerde staten van de provincie Utrecht, verweerder
    (gemachtigde: mr. H.J.M. Besselink).
    
    
      Verder heeft als partij aan het geding deelgenomen:
      
        
          [veehouderij]
        , gevestigd in Westbroek
      (gemachtigde: ing. L. Polinder).
    
    
    
      Partijen worden hierna MOB en Leefmilieu, gedeputeerde staten en de veehouderij genoemd.
    
    
    Inleiding
    
    1. De veehouderij is een melkveebedrijf aan de [adres] in Westbroek. Het bedrijf ligt op ongeveer 705 meter van het Natura 2000-gebied Oostelijke Vechtplassen en op ongeveer 12,2 kilometer van het Natura 2000-gebied Naardermeer. Dit zijn gebieden die gevoelig zijn voor stikstof. Gedeputeerde staten zijn op grond van de Wet natuurbescherming (Wnb) verantwoordelijk voor de beoordeling van de gevolgen van plannen en projecten op het Natura 2000-gebied. 
    
    2. Voor de veehouderij gold voorheen een natuurvergunning van 6 juli 2016. In de vergunde situatie had het bedrijf 140 melk- en kalfkoeien ouder dan 2 jaar en 80 stuks vrouwelijk jongvee (de referentiesituatie).
    
    3. De veehouderij heeft een natuurvergunning aangevraagd voor het wijzigen van het bedrijf. In de nieuwe situatie heeft het bedrijf in de nieuwe stal 22 melk- en kalfkoeien met een emissiearm stalsysteem en 44 stuks vrouwelijk jongvee. In de bestaande stallen komen 134 melk- en kalfkoeien ouder dan 2 jaar en 21 stuks vrouwelijk jongvee.
    
    4. Met het besluit van 9 oktober 2020 hebben gedeputeerde staten de gevraagde vergunning verleend. Daaraan hebben zij ten grondslag gelegd dat de nieuwe situatie, onder meer door de toepassing van het emissiearme stalsysteem, leidt tot een lagere stikstofdepositie op de Natura 2000-gebieden dan de oude vergunde situatie.
    
    5. MOB en Leefmilieu zijn het er niet mee eens dat de vergunning is verleend en hebben daartegen beroep ingesteld. Zij twijfelen aan de betrouwbaarheid van de emissiewaarden die gedeputeerde staten voor het stalsysteem hebben gehanteerd.
    
    6. De rechtbank heeft deze zaak samen met de zaken 20/4090, 20/4197 en 20/4359 behandeld op de zitting van 24 juni 2021. MOB en Leefmilieu hebben zich laten vertegenwoordigen door hun gemachtigde, bijgestaan door mr. ir. A.K.M. van Hoof. Gedeputeerde staten hebben zich laten vertegenwoordigen door hun gemachtigde, bijgestaan door mr. H. Heite en mr. K. Persoon-Ketel. Namens de veehouderij is niemand verschenen.
    
    7. Op de zitting heeft de gemachtigde van MOB en Leefmilieu kenbaar gemaakt een nader stuk te willen overleggen. Het gaat om een recente reactie van een deskundige van 23 juni 2021 op het onderzoek van [A] van 12 juli 2019 “Onderzoek naar de ammoniakemissie van proefstal van meetstal met Eco-vloer van Anders Beton” wat door gedeputeerde staten bij het verweerschrift is gevoegd. Met partijen is op de zitting afgesproken dat de rechtbank in de raadkamer zal beslissen of zij het onderzoek zal heropenen om dit stuk alsnog in te nemen. Gelet op het oordeel hierna, ziet de rechtbank geen aanleiding om de zaak te heropenen en het stuk bij de beoordeling te betrekken. 
    
    
    Vooraf
    
    8. De rechtbank doet vandaag uitspraak in meerdere zaken van MOB en Leefmilieu in de provincie Utrecht, over de toepassing van regelgeving uit de Wnb voor Natura 2000-gebieden. In deze zaken spelen verschillende rechtsvragen die zijn ontstaan na de ‘stikstofuitspraken’ van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State uit 2019 – en soms ook al daarvoor. Het gaat over de stikstofuitstoot van emissiearme stallen, over de vraag of het bemesten van gronden en het weiden van vee nog is toegestaan, over de illegale situatie van ‘PAS-melders’ en over de vraag of de natuurvergunning van bestaande bedrijven kan blijven bestaan. In alle zaken komt de rechtbank tot de conclusie dat de besluiten van gedeputeerde staten geen stand kunnen houden en dat zij nieuwe besluiten moeten nemen. Hoewel de rechtbank tracht zoveel mogelijk knopen door te hakken, kan zij niet vooruit lopen op besluitvorming die nog moet volgen. Dat heeft tot gevolg dat er voor MOB en Leefmilieu, maar ook voor de bedrijven die bij deze zaken zijn betrokken, nog steeds geen duidelijkheid is over de afloop.
    
    9. Deze uitkomst is onbevredigend, terwijl de procespositie van alle betrokken partijen te begrijpen is. MOB en Leefmilieu komen op voor het belang van de bescherming van Natura 2000-gebieden en zien sinds de uitspraken uit 2019 nog steeds niet de door hen gewenste structurele oplossing van de kant van de politiek op nationaal en provinciaal niveau. De (agrarische) bedrijven willen – ook met het oog op de nodige (financiële) planning – zekerheid over de vraag of hun activiteiten kunnen worden voortgezet en of uitbreiding mogelijk is. Die zekerheid is er nu niet. Gedeputeerde staten moeten als bevoegd gezag besluiten over vergunningaanvragen en handhavingsverzoeken en zijn daarbij gebonden aan de geldende wet en aan de rechtspraak daarover. 
    
    10. Uit de uitspraken van vandaag blijkt dat de stappen die sinds 2019 door kabinet en wetgever zijn gezet nog geen uitsluitsel geven. Deze ontwikkelingen op nationaal niveau lijken soms tot een ongewenst resultaat te leiden: door de Spoedwet aanpak stikstof is de discussie over emissies van stallen nu naar het handhavingsspoor verschoven. Bij het beweiden en bemesten is het advies van de commissie Remkes een eerste stap, maar nog niet voldoende juridische basis. En voor de PAS-melders ligt er nog steeds geen definitieve oplossing, terwijl daarop al lang gewacht wordt. De rechtbank kan hier niet de oplossing bieden. Zij moet beslissen op concrete zaken, op basis van de voorliggende beroepsgronden en niet meer dan dat. Het is bovendien te voorzien dat met de uitspraken van de rechtbank niet het laatste juridische woord is gezegd en dat hogerberoepsprocedures zullen volgen.
    
    11. Het lijkt erop alsof iedereen elkaar nu afwachtend aankijkt, terwijl de stikstofproblematiek een maatschappelijk vraagstuk is dat een individuele zaak bij de rechtbank overstijgt. Als hiervoor een oplossing wenselijk wordt geacht die verder gaat dan die individuele zaak, dan is het aan de overheid om nu in actie te komen. Aan het kabinet en aan de wetgever, om met goed doordachte generieke maatregelen te komen waar natuurorganisaties, bedrijven, burgers en lokale overheden mee verder kunnen in concrete gevallen. Zodat de rechtbank daar weer over kan oordelen.
    
    
    De vergunningplicht na de Logtsebaan-uitspraak
    
    
      
        Ten onrechte verslechteringsvergunning verleend 
      
    
    12. In deze zaak is de door de veehouderij aangevraagde natuurvergunning door gedeputeerde staten verleend voor de wijziging of uitbreiding van een bestaande activiteit die ten opzichte van de referentiesituatie volgens gedeputeerde staten en volgens de veehouderij niet leidt tot een toename van stikstofdepositie. Daarbij is de insteek van de aanvraag dat de extra stikstofemissie die de uitbreiding van het aantal koeien veroorzaakt, wordt weggenomen door (in dit geval) het emissiearme nieuwe stalsysteem, waardoor geen sprake is van een toename van stikstofdepositie. Dat staat bekend als intern salderen. Bij intern salderen is volgens vaste rechtspraak op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging significante gevolgen heeft. Onder het vergunningenregime tot 1 januari 2020 betekende dit dat het project wel vergunningplichtig was, maar dat de vergunning op basis van een belangenafweging kon worden verleend (de verslechteringsvergunning). Een passende beoordeling was niet nodig.
    
    13. Op 1 januari 2020 is de Spoedwet aanpak stikstof in werking getreden, waardoor de vergunningplicht in artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is gewijzigd. Als gevolg daarvan bestaat er alleen nog een vergunningplicht voor projecten die significante gevolgen kunnen hebben. De verslechteringsvergunning is vervallen. Er is niet voorzien in overgangsrecht. De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (de Afdeling) heeft begin dit jaar geoordeeld dat er geen reden is om de rechtspraak over intern salderen bij te stellen, en dat situaties waarin intern gesaldeerd wordt vanaf 1 januari 2020 niet vergunningplichtig zijn.
    
    
      
        MOB en Leefmilieu hebben procesbelang
      
    
    14. De rechtbank overweegt dat MOB en Leefmilieu belang hebben bij een vernietiging van de natuurvergunning, zelfs als vast zou komen te staan dat inderdaad sprake is van een situatie van intern salderen waarvoor nu geen vergunningplicht meer geldt. Hoewel na een vernietiging van de natuurvergunning wordt teruggevallen op de voorheen bestaande toestemming voor de veehouderij, ligt in de beroepsgronden van MOB en Leefmilieu besloten dat die toestemming voor de oude situatie minder gevolgen heeft voor de betrokken Natura 2000-gebieden dan de nieuwe situatie. Gedeputeerde staten zijn het daarmee niet eens – zij gaan immers uit van intern salderen – en dat is dus een geschilpunt en MOB en Leefmilieu hebben belang bij het beoordelen van hun standpunt dat de nieuwe situatie van de veehouderij niet gunstiger is. 
    
    
      
        Vernietiging vergunning en beoordeling intern salderen
      
    
    15. Gedeputeerde staten hebben de natuurvergunning na 1 januari 2020 toch als verslechteringsvergunning verleend. De rechtbank oordeelt dat dat in het licht van de rechtspraak van de Afdeling niet mogelijk is. Het besluit om de vergunning te verlenen is op een onjuiste grondslag gebaseerd, en de motivering van het besluit, die is gericht op het vaststellen van intern salderen, kan het besluit in het licht van de nu geldende vergunningplicht niet dragen. De rechtbank zal de natuurvergunning daarom vernietigen, wegens strijd met artikel 2.7 van de Wnb en met artikel 3:46 van de Algemene wet bestuursrecht.
    
    16. Als gevolg van de vernietiging van de natuurvergunning zullen gedeputeerde staten opnieuw op de aanvraag van de veehouderij moeten beslissen. Er zijn dan twee mogelijkheden. Als het door gedeputeerde staten gehandhaafde standpunt dat sprake is van intern salderen klopt, dan is de beoogde activiteit niet vergunningplichtig en dan moet de aanvraag worden afgewezen. Als, zoals MOB en Leefmilieu aanvoeren, geen sprake is van intern salderen, dan kunnen significante effecten op de Natura 2000-gebieden niet worden uitgesloten. Dan geldt een vergunningplicht, waarbij een natuurvergunning alleen kan worden verleend met een passende beoordeling. Voor de verdere besluitvorming is een oordeel over de vraag of sprake is van intern salderen dus bepalend en de vraag of intern gesaldeerd wordt is ook wat partijen verdeeld houdt. De rechtbank heeft dit op de zitting met partijen besproken. Overeenkomstig de wens van partijen en in het licht van haar taak om het geschil zo veel mogelijk definitief te beslechten zal de rechtbank daarom oordelen over het intern salderen, op basis van de beroepsgronden van MOB en Leefmilieu. Dit oordeel moeten gedeputeerde staten vervolgens bij hun nieuwe besluit betrekken.
    
    
    De Rav-emissiefactoren
    
    
      
        De Rav-emissiefactoren
      
    
    17. Voor de beoordeling van het intern salderen is een belangrijk geschilpunt of het emissiearme stalsysteem in de nieuwe situatie het (lage) emissiecijfer haalt waar gedeputeerde staten en de veehouderij van uitgaan. Dit emissiecijfer baseren gedeputeerde staten op bijlage 1 bij de Regeling en ammoniak en veehouderij (Rav), waarin van diverse huisvestingscategorieën emissiefactoren zijn vastgelegd. De Rav-emissiefactoren zijn per stalcategorie gebaseerd op metingen bij een aantal proefstallen. Op basis van die metingen worden in de Rav voor emissiearme stalsystemen lagere emissiefactoren gehanteerd dan voor reguliere stalsystemen. Bij de stalsystemen horen technische beschrijvingen, waarin staat hoe het stalsysteem gebouwd en gebruikt moet worden. Deze beschrijvingen worden ook wel leaflets genoemd.
    
    18. De Rav is een ministeriële regeling die is vastgesteld krachtens de Wet ammoniak en veehouderij, bedoeld als toetsingskader voor omgevingsvergunningen voor de oprichting of verandering van een veehouderij. De Rav is door de wetgever niet direct van toepassing verklaard als toetsingskader voor natuurvergunningen op grond van de Wnb, maar wordt door alle provincies wel gebruikt bij de invulling van de beoordelingsruimte die gedeputeerde staten daarbij hebben. De rechtbank toetst of gedeputeerde staten de gehanteerde Rav-emissiefactor in redelijkheid aan hun besluitvorming ten grondslag kunnen leggen.
    
    19. In deze zaak gaat het voor de nieuwe jongveestal om stalsysteem A1.13: een ligboxenstal met roostervloer voorzien van cassettes in de roosterspleten en mestschuif. De daarbij behorende Rav-emissiefactor is 6 kilogram ammoniak per dier per jaar. 
    
    
      
        Het standpunt van MOB en Leefmilieu
      
    
    20. MOB en Leefmilieu voeren aan dat de bij emissiearme stalsystemen behorende (lagere) Rav-emissiefactoren in de praktijk niet worden gehaald. Volgens hen doet de stikstofemissie van deze stalsystemen, waaronder ook het stalsysteem in deze zaak, niet onder voor de emissie van gangbare stallen. Gedeputeerde staten hadden de betreffende Rav-emissiefactor daarom niet mogen hanteren en door dat toch te doen kan niet worden aangenomen dat sprake is van intern salderen. Om dit te onderbouwen verwijzen MOB en Leefmilieu naar:
    - het CBS-rapport ‘Stikstofverlies uit opgeslagen mest’, uit oktober 2019, aan de Eerste Kamer aangeboden met de Kamerbrief van 25 oktober 2019;
    - het advies van de Commissie Deskundigen Meststoffenwet (CDM) aan het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit, van 18 juni 2020, aan de Tweede Kamer aangeboden met de Kamerbrief van 13 oktober 2020;
    
      
        artikelen in Boerderij, over bevindingen van stichting Mineral Valley Twente en over uitlatingen van de voorzitter van de CDM;
      
      
        het artikel ‘Emissiearme vloeren overtuigen niet in praktijk’, van Stichting Agri Facts van september 2020;
      
      
        een nieuwsbericht van de Rijksoverheid over stikstofaanpak, van 13 oktober 2020.
      
    
    
    21. MOB en Leefmilieu hebben op de zitting gereageerd op het standpunt van gedeputeerde staten dat voldoende zeker kan worden gesteld dat de leaflet wordt nageleefd. Zij betwisten dat, en wijzen erop dat het naleven van de leaflet afhankelijk is van veel variabelen die bovendien bedrijfsspecifiek en gedetailleerd zijn. In de praktijk kan nooit goed in de gaten worden gehouden of de veehouderij de leaflet blijvend naleeft. Ook dat leidt er volgens MOB en Leefmilieu toe dat de Rav-emissiefactoren niet kunnen worden gehaald.
    
    
      
        Het standpunt van gedeputeerde staten
      
    
    22. Gedeputeerde staten stellen zich op het standpunt dat de Rav-emissiefactoren gebruikt kunnen worden voor de beoordeling van de natuurvergunningplicht van wijzigingen in veehouderijen, ook als die wijziging inhoudt dat een emissiearm stalsysteem gebruikt gaat worden. Zij wijzen erop dat de Rav-emissiefactoren zijn gebaseerd op de beste wetenschappelijke kennis, en op zorgvuldige wijze en op basis van wetenschappelijke inzichten zijn vastgesteld. Iedere Rav-emissiefactor is gebaseerd op verschillende metingen gedurende een jaar op ten minste vier locaties, terwijl de bevindingen in het CBS-rapport niet op metingen zijn gebaseerd maar op wat uit de mestboekhouding wordt herleid. Die bevindingen zijn nu te onduidelijk en het is niet zeker of wat op deze wijze is berekend ook in de praktijk zo uitpakt. Gedeputeerde staten erkennen dat nader onderzoek nodig is en wijzen erop dat de minister daar ook mee bezig is, maar in afwachting daarvan zijn de Rav-emissiefactoren het beste middel om te gebruiken bij het beoordelen van de vraag of een activiteit natuurvergunningplichtig is. 
    
    23. Over de leaflets hebben gedeputeerde staten opgemerkt dat het Activiteitenbesluit milieubeheer waarborgt dat de stalsystemen worden gebouwd en gebruikt zoals daarin is voorgeschreven. Zij erkennen dat het nodig is om de leaflet na te leven om de Rav-emissiefactoren te halen, ook bij emissiearme stalsystemen. Maar of in de praktijk conform de leaflet wordt gewerkt is volgens gedeputeerde staten een kwestie van handhaving.
    
    
      
        Rav-emissiefactoren zijn om twee redenen ongeschikt
      
    
    24. De rechtbank komt tot het oordeel dat deze beroepsgrond slaagt. Zij komt tot de conclusie dat met het hanteren van de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stallen onvoldoende zeker is dat de wijziging van de veehouderij als een situatie van intern salderen kan worden aangemerkt. Daardoor is niet op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging significante gevolgen heeft en geldt de reguliere vergunningplicht en het vereiste dat een passende beoordeling wordt gemaakt.
    
    25. De rechtbank komt tot deze conclusie op basis van twee deeloordelen. In de eerste plaats geven de door MOB en Leefmilieu aangehaalde stukken voldoende aanleiding om eraan te twijfelen dat de Rav-emissiefactoren in redelijkheid gebruikt kunnen worden voor de beoordeling van de wijziging van een veehouderij met een emissiearm stalsysteem in een concreet geval. In de tweede plaats schrijft het leaflet voor het stalsysteem een specifiek gebruik voor, terwijl gedeputeerde staten niet de mogelijkheid hebben om daarop te controleren en te handhaven. Of het emissiearme stalsysteem daadwerkelijk conform de leaflet gebruikt zal worden is daarom onvoldoende zeker. Deze twee deeloordelen werkt de rechtbank hierna verder uit: in overwegingen 26 tot en met 33 wordt ingegaan op de wetenschappelijke informatie, en in overwegingen 34 tot en met 39 op de leaflets. In overwegingen 40 tot en met 43 volgt een conclusie met de gevolgen van het oordeel van de rechtbank over de Rav-emissiefactoren.
    
    
      
        Het CBS-rapport ‘Stikstofverlies uit opgeslagen mest’
      
    
    26. In het onderzoek dat tot het CBS-rapport heeft geleid is de informatie over aanwezige stallen in de periode 2015-2017 gekoppeld aan de bedrijfsgegevens over afgevoerde mest. Door de stikstof-fosfaatverhouding van de excretie (uitscheiding) van dieren te vergelijken met de stikstof-fosfaatverhouding van afgevoerde mest, is berekend welk deel van de stikstofexcretie blijkbaar verloren is gegaan. Daarbij is ervan uitgegaan dat de verandering in de stikstof-fosfaatverhouding volledig wordt veroorzaakt door gasvormige stikstofverliezen. 
    
    27. Het resultaat van het onderzoek ten aanzien van rundvee is volgens het rapport als volgt. Voor drijfmest van melkkoeien is het mediane stikstofverlies op basis van de stikstof-fosfaatverhouding 14 procent en voor vaste rundveemest circa 40 procent. Er is gebleken dat er geen verschil is in stikstofverlies tussen emissiearme en overige stallen bij melkkoeien. Vervolgens is ingegaan op de stikstofverliezen wanneer wordt uitgegaan van de indeling van stalsystemen volgens de Rav, bij enkele veel voorkomende combinaties van diercategorieën en stalsystemen. In de hieronder opgenomen figuur 3.2.1 uit het rapport is het gemiddelde stikstofverlies van rundveedrijfmest in de periode 2015-2017 weergegeven met uitsplitsing naar type huisvesting. Voor elke koppeling van een mesttransport aan een stal is berekend wat het stikstofverlies is op basis van de huidige emissiefactoren in het model NEMA voor ammoniak, lachgas, stikstofoxide en stikstofgas. Het gedeelte van het stikstofverlies dat niet wordt verklaard uit de berekende emissies is aangeduid met rest-N. Hieruit komt naar voren dat het stikstofverlies op basis van het verschil in stikstof-fosfaatverhouding bij excretie en bij mestafvoer meestal groter is dan de met NEMA berekende gasvormige stikstofverliezen.
    
    
      
        
      
    
    
    28. Het CBS-rapport constateert dus een verschil in de stikstof-fosfaatverhouding bij excretie en bij mestafvoer, dat niet wordt verklaard uit berekende emissies van ammoniak en overige stikstofverbindingen. In het rapport wordt geconcludeerd dat dit verschil relatief groot is bij emissiearme huisvesting, wat doet vermoeden dat de veronderstelde effectiviteit van emissiearme huisvesting wordt overschat. Voor veel emissiearme stalsystemen zijn de emissiefactoren niet gebaseerd op metingen van ammoniakemissie in de betreffende stal, maar afgeleid van de gemeten emissies in andere stalsystemen. Dit introduceert volgens het CBS-rapport een onzekerheid in de berekening van de ammoniakemissie uit emissiearme systemen. Specifiek met betrekking tot rundveebedrijven is daarbij nog overwogen dat de emissie per dierplaats kan veranderen door ontwikkelingen in de veehouderij, waarbij als voorbeeld is genoemd de overgang naar meer open stallen voor melkvee en een groter vloeroppervlak per dier. De open stallen zorgen voor meer ventilatie en een groter vloeroppervlak per dier, wat betekent dat de mest over een grotere oppervlakte verspreid wordt. Beide dragen bij aan een toename van de ammoniakemissie. Vanaf 2008 is het aantal nieuw in gebruik genomen stallen sterk toegenomen, met een piek in 2014. Van de nieuw in gebruik genomen stallen is vanaf 2013 de helft of meer emissiearm. De huidige emissiefactoren per dierplaats voor rundvee zijn gebaseerd op metingen aan melkveestallen in de periode 2007-2012. Het is mogelijk dat de emissie per dierplaats in de nieuwe generatie melkveestallen hoger ligt dan de emissie destijds. Daarnaast is door de krimp van de melkveestapel de capaciteit van nieuwe en bestaande stallen niet volledig benut, wat ook betekent dat het vloeroppervlak per dier is toegenomen.
    
    29. Behalve onzekerheden in de gebruikte emissiefactoren voor stalsystemen zijn er volgens het CBS-rapport nog andere mogelijke oorzaken die kunnen bijdragen aan de verklaring van het verschil in stikstofverlies. Bij mestopslag buiten de stal kunnen de stikstofverliezen groter zijn dan waar nu van wordt uitgegaan in NEMA. Verder is het mogelijk dat de afgevoerde mest niet representatief is voor alle geproduceerde mest of dat de mestmonsters geen goed beeld geven van de samenstelling van de mest. Ook kunnen de excretiefactoren voor een bedrijf afwijken van de gemiddelde praktijk. De effecten van een aantal van deze factoren zijn in het rapport aan de hand van gevoeligheidsanalyses onderzocht. Op basis daarvan kan geconcludeerd worden dat sommige factoren kunnen leiden tot een kleiner of groter stikstofverlies op basis van het verschil in de stikstof-fosfaatverhouding. Het is volgens het CBS-rapport echter niet waarschijnlijk dat daarmee het verschil in stikstofverlies kan worden verklaard. Bovendien geven de genoemde factoren geen verklaring voor het feit dat bij reguliere huisvesting het verschil tussen het stikstofverlies op basis van de stikstof-fosfaatverhouding en het verlies op basis van emissiefactoren kleiner is dan bij emissiearme huisvesting.
    
    
      
        Het CDM-advies
      
    
    30. De CDM heeft op verzoek van het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit een analyse uitgevoerd van de mogelijke implicaties van het CBS-rapport. In het advies staat dat er diverse onafhankelijke signalen uit de praktijk zijn die het beeld uit het CBS-rapport bevestigen, maar dat het ontbreekt aan robuuste metingen van de stikstofuitstoot uit emissiearme stalsystemen in de praktijk. De CDM overweegt dat de CBS-studie niet tot doel had om de effectiviteit van emissiearme stallen te verifiëren, maar dat het wel opvallend is dat de verschillen tussen gangbare stallen en emissiearme stallen in totale gasvormige stikstofverliezen per diercategorie zo klein zijn. 
    
    31. De CDM concludeert dat de emissiebeperking door emissiearme stallen zeer waarschijnlijk wordt overschat. Op basis van een indicatieve berekening bedraagt die overschatting mogelijk – bruto, exclusief een correctie voor bemesting – circa 8,8 miljoen kilogram ammoniak, waarvan 1,4 miljoen kilogram op het conto van de rundveehouderij komt. De CBS-studie vraagt om een vervolg en om acties op korte termijn voor een nauwkeuriger berekening van de totale stikstofverliezen uit stallen en mestopslagen.
    
    
      
        Het CBS-rapport geeft voldoende reden voor twijfel
      
    
    32. De rechtbank oordeelt dat het CBS-rapport niet de zekerheid geeft dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stalsystemen te laag zijn ten opzichte van de situatie in de praktijk. Maar het rapport geeft wel concrete aanknopingspunten om aan de juistheid van die emissiefactoren te twijfelen. Daarbij is van belang dat tussen partijen niet in geschil is dat de emissiefactoren uit het model NEMA dat in het rapport genoemd wordt, voor het grootste deel overeenkomen met de Rav-emissiefactoren. Gedeputeerde staten en de veehouderij hebben erop gewezen dat het CBS-rapport slechts gebaseerd is op onderzoek naar mestbewegingen, terwijl de Rav-emissiefactoren op metingen bij bedrijven zijn gebaseerd. De twijfel over de onjuistheid van de emissies van emissiearme stallen wordt echter niet weggenomen door andere mogelijke oorzaken die in het CBS-rapport worden genoemd. In het rapport zelf wordt op die mogelijke oorzaken immers ingegaan, met de conclusie dat deze niet waarschijnlijk zijn. 
    
    33. De twijfel over de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stallen wordt bevestigd in het CDM-advies, waarin een belangrijke conclusie is dat de emissiebeperking van die stallen waarschijnlijk wordt overschat. De rechtbank vindt voor haar oordeel bovendien steun in de toelichting bij de totstandkoming van de Rav:
    
      “De emissiefactoren uit bijlage 1 geven de emissie uit een huisvestingssysteem onder gestandaardiseerde omstandigheden weer. De feitelijke emissie vanuit een huisvestingssysteem zal in de praktijk vaak enigszins van de emissiefactor afwijken. Dat is het gevolg van het grote aantal factoren dat de ammoniakemissie vanuit een huisvestingssysteem beïnvloedt, waaronder bijvoorbeeld de temperatuur, voersamenstelling of – zoals onder andere bij melkrundvee – verschillen in beweidingduur. De omstandigheden in de praktijk zullen veelal niet exact overeenkomen met de gestandaardiseerde omstandigheden, waaraan de emissiefactor is gerelateerd. Dat de feitelijke emissie als gevolg daarvan enigszins van de emissiefactoren kan afwijken is echter niet bezwaarlijk. Zowel de Wet ammoniak en veehouderij als het ontwerpbesluit ammoniakemissie huisvesting veehouderij gaan uit van de emissie onder gestandaardiseerde omstandigheden, mede omdat een representatieve bepaling van de daadwerkelijke ammoniakemissie per veehouderij, waar ook consequenties aan zouden kunnen worden verbonden bij vergunningverlening en handhaving, gelet op de vele factoren die op de emissie van invloed zijn, niet goed mogelijk is.”
      Uit deze passage wordt duidelijk dat bij de totstandkoming van de Rav-factoren is onderkend dat de feitelijke emissie kan afwijken van de emissiefactoren, maar dat dit in het licht van het doel van de Wet ammoniak en veehouderij niet bezwaarlijk is. De rechtbank benadrukt in dit kader nogmaals dat de Rav-emissiefactoren door gedeputeerde staten nu worden gebruikt voor een ander doel dan waarvoor de Rav bedoeld was, namelijk voor het beoordelen van gevolgen van projecten op Natura 2000-gebieden in het kader van de Wnb.
    
    
    
      
        Leaflets met technische beschrijvingen
      
    
    34. Bij het stalsysteem A 1.13 uit deze zaak hoort leaflet BWL 2010.34.V8. Daarin 
    staan met betrekking tot de technische uitvoering van het stalsysteem bijvoorbeeld eisen over de breedte van de betonnen balken en de tussengelegen rubberen cassettes. Voor het gebruik van het systeem is bijvoorbeeld voorgeschreven dat de mest ten minste iedere anderhalf uur van de vloer wordt verwijderd met de mestschuif, en dat het met mest besmeurde oppervlak waar de mestschuif niet kan komen minimaal twee keer per dag handmatig moet worden gereinigd.
    
    35. Gedeputeerde staten hebben toegelicht dat het belangrijk is dat het stalsysteem wordt gebouwd en gebruikt volgens de leaflet – alleen dan kan worden voldaan aan de Rav-emissiefactor. MOB en Leefmilieu zijn het ermee eens dat het voldoen aan de leaflet daarvoor in ieder geval een voorwaarde is. De rechtbank stelt in dat licht vast dat partijen het eens zijn over het belang van het opvolgen van de leaflet. Dat wordt ook bevestigd door het CDM-advies, waarin staat dat belangrijke factoren die de grootte van de ammoniakemissie beïnvloeden het dier-, voer-, mest- en stalmanagement door de veehouder, de frequentie van mestschuiven (mestrobots), ventilatie, voerbakkenplaatsing, en mestmixen zijn. De rechtbank overweegt dat die factoren in de leaflet ook naar voren komen.
    
    
      
        Gedeputeerde staten kunnen de leaflets niet zelf handhaven…
      
    
    36. Volgens gedeputeerde staten is voldoende gewaarborgd dat de veehouderij de leaflet naleeft. Zij wijzen erop dat veehouderijen op grond van artikel 3.123 van het Activiteitenbesluit milieubeheer wettelijk verplicht zijn om blijvend aan de leaflet te voldoen en stellen zich op het standpunt dat op die wijze voldoende zeker is dat de Rav-emissiefactor zal worden gerealiseerd.
    
    37. De rechtbank overweegt dat dit artikel uit het Activiteitenbesluit milieubeheer de veehouderij inderdaad verplicht om aan de leaflet te voldoen. Maar de rechtbank constateert daarbij ook dat gedeputeerde staten zelf niet de mogelijkheid hebben om handhavend op te treden tegen een overtreding van de genoemde bepaling. Het Activiteitenbesluit milieubeheer vindt immers zijn grondslag in artikel 8.40 van de Wet milieubeheer, en voor de bestuursrechtelijke handhaving van de krachtens die wet gestelde regels is het bestuursorgaan bevoegd dat het bevoegde gezag is voor het verlenen van omgevingsvergunningen voor de betreffende inrichting. In het geval van de veehouderij is dat het college van burgemeester en wethouders van de gemeente De Bilt. Dit betekent dat gedeputeerde staten zelf geen toezicht mogen houden op de naleving van de leaflet, maar daarvoor afhankelijk zijn van de toezichthouders van de gemeente. En als zou worden geconstateerd dat de leaflet niet of gebrekkig wordt nageleefd, dan zijn gedeputeerde staten afhankelijk van burgemeester en wethouders – en van hun handhavingsbeleid en -strategie – bij het opleggen van een last onder bestuursdwang of last onder dwangsom vanwege een overtreding van het Activiteitenbesluit milieubeheer. 
    
    
      
        …en daarom is intern salderen niet zeker
      
    
    38. De rechtbank oordeelt dat deze bevoegdheidsverdeling gedeputeerde staten onvoldoende mogelijkheden geeft om te waarborgen dat de leaflet blijvend wordt nageleefd. De naleving van de leaflet is voor hen immers bepalend om te kunnen zeggen dat sprake is van intern salderen, terwijl gedeputeerde staten ten aanzien van Natura 2000-gebieden verantwoordelijk zijn voor de beoordeling van plannen en projecten, voor het zorgdragen voor instandhoudingsmaatregelen en passende maatregelen en voor de bestuursrechtelijke handhaving van de bepalingen daaromtrent. Dit heeft tot gevolg dat de uitvoerbaarheid van het project – via intern salderen zonder natuurvergunning – onvoldoende zeker is. Gelet op de inhoud van de leaflet gaat het om uitgebreide en gedetailleerde aanwijzingen. In het licht van het standpunt van gedeputeerde staten dat naleving daarvan belangrijk is, zou bijvoorbeeld het niet regelmatig (al dan niet handmatig) reinigen van de stalvloer er al toe kunnen leiden dat de Rav-emmissiefactor niet wordt gehaald en daarmee dat geen sprake (meer) is van intern salderen. Een duidelijk handhavingskader is dan zonder meer een vereiste, maar de mogelijkheid daartoe hebben gedeputeerde staten nu dus niet. Ook dit leidt daarom tot het oordeel dat onvoldoende zeker is dat het stalsysteem en de uitvoering daarvan in dit specifieke geval als intern salderen kan worden aangemerkt.
    
    39. Een oplossing zou kunnen zijn om in een natuurvergunning een voorschrift op te nemen dat het naleven van de leaflet voorschrijft, vergelijkbaar met artikel 3.123 van het Activiteitenbesluit milieubeheer. Maar in het licht van de rechtspraak over het vervallen van de verslechteringsvergunning is dat niet meer mogelijk als intern wordt gesaldeerd: er is dan immers geen vergunningplicht en zonder vergunning kunnen geen voorschriften worden gesteld. Dit heeft tot gevolg dat om voorschriften te kunnen stellen moet worden uitgeweken naar de huidige ‘zwaardere’ vergunningplicht met passende beoordeling. De rechtbank is zich ervan bewust dat dit voor gedeputeerde staten mogelijk een onbedoeld en onwenselijk gevolg is van de door de wetgever aangenomen Spoedwet aanpak stikstof. Op de zitting is er namens hen op gewezen dat zij de bevoegdheid hebben om aan degene die in de provincie een handeling verricht een verplichting op te leggen om die handeling overeenkomstig daarbij gegeven voorschriften uit te voeren. Er wordt onderzocht of deze wettelijke grondslag de basis kan vormen voor een provinciaal toestemmingsstelsel, als alternatief voor de vervallen verslechteringsvergunning. De rechtbank overweegt dat via deze route mogelijk ook voorschriften aan een toestemming kunnen worden verbonden die naleving door gedeputeerde staten van de leaflet afdwingen, maar dat dit nu onvoldoende concreet is. Het is aan gedeputeerde staten om dit desgewenst bij hun verdere besluitvorming te betrekken en verder uit te werken.
    
    
      
        Conclusie Rav-emissiefactoren
      
    
    40. De rechtbank deelt dus de conclusie van MOB en Leefmilieu dat er twijfel is over de juistheid van de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stalsystemen, waaronder ook het stalsysteem in deze zaak. Als die twijfel wordt afgezet tegen de wettelijke norm van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb en de vaste rechtspraak daarover, dan moet daaraan de conclusie worden verbonden dat níet op grond van objectieve gegevens is uitgesloten dat de wijziging van de veehouderij significante gevolgen heeft voor de natuurwaarden van de betrokken Natura 2000-gebieden. Daarbij heeft de rechtbank betrokken dat niet in geschil is dat de wijziging van de veehouderij tot een toename van de stikstofdepositie leidt, als zou worden uitgegaan van de Rav-emissiefactor voor een regulier stalsysteem.
    
    41. De rechtbank volgt ook het standpunt van MOB en Leefmilieu over de leaflets, en oordeelt dat onvoldoende gewaarborgd is dat die worden nageleefd. Nog afgezien van de twijfel over de juistheid van de Rav-emissiefactoren, is zonder die waarborg onvoldoende zeker dat die in een concreet project zullen worden gerealiseerd. Bij deze onzekerheid over de uitvoering conform de leaflet hoort eveneens de conclusie dat niet op grond van objectieve gegevens is uitgesloten dat de wijziging van de veehouderij significante gevolgen heeft voor de natuurwaarden van de betrokken Natura 2000-gebieden. 
    
    42. De Rav-emissiefactoren kunnen in het licht van wat MOB en Leefmilieu aanvoeren dan ook niet als dergelijke objectieve gegevens worden aangemerkt. De rechtbank begrijpt dat dit voor gedeputeerde staten op dit moment het middel is dat het beste is om de gevolgen van projecten op een standaardwijze te kunnen beoordelen en dat de uitkomst van nader onderzoek nog op zich laat wachten. Gedeputeerde staten zijn bovendien afhankelijk van een landelijke aanpak door de wetgever en door de minister van de stikstofproblematiek. Gedeputeerde staten zijn echter het bevoegd gezag voor het beoordelen van projecten in het kader van de Wnb, en in het licht van het voorgaande kunnen zij de Rav-emissiefactoren van emissiearme stalsystemen in redelijkheid niet aan hun beoordeling ten grondslag leggen. Het gevolg hiervan is dat niet intern gesaldeerd kan worden. Het project is dus natuurvergunningplichtig en er moet een passende beoordeling worden gemaakt. De rechtbank verwijst naar de Logtsebaan-uitspraak.
    
    43. Bij de te maken passende beoordeling zal zonder gebruikmaking van Rav-emissiefactoren op bedrijfsniveau moeten worden beoordeeld wat de gevolgen van de wijziging van de veehouderij op de betrokken Natura 2000-gebieden zijn. Voor zover het project al is gerealiseerd kunnen daaraan metingen op het bedrijf zelf ten grondslag worden gelegd. De rechtbank begrijpt dat deze beoordeling niet eenvoudig is en dat gedeputeerde staten als bevoegd gezag voor een lastige taak staan zonder de Rav-emissiefactoren. De systematiek van de Wnb, als uitwerking van de Europese Habitatrichtlijn, is echter leidend voor de beoordeling door de rechtbank. In het licht daarvan kan de moeilijke uitkomst van deze zaak voor gedeputeerde staten niet tot een ander oordeel leiden.
    
    
    Het weiden van vee
    
    
      44. Op de zitting zijn meerdere zaken behandeld en is ook uitgebreid gesproken over het weiden van vee. In deze zaak is daarover geen beroepsgrond aangevoerd, daarom komt dit punt in deze uitspraak niet aan de orde.
    
    
    
  
  
    Overige beroepsgronden
    
    
      
        Emissies in de referentiesituatie
      
    
    45. MOB en Leefmilieu betogen dat de natuurvergunning van 6 juli 2016 ten onrechte is gebruikt als referentiesituatie. Deze natuurvergunning is verleend met toepassing van het Programma Aanpak Stikstof (PAS). De Afdeling heeft in de uitspraak van 29 mei 2019 geoordeeld dat de passende beoordeling dit aan het PAS ten grondslag ligt niet in overeenstemming is met artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. Doordoor is bij de vergunningverlening in 2016 niet de zekerheid verkregen dat de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden niet worden aangetast. 
    
    46. Bij de beantwoording van de vraag of gedeputeerde staten de natuurvergunning als referentiesituatie hebben mogen hanteren, is het volgende van belang. Bij de beoordeling van de vraag of de aangevraagde situatie leidt tot een toename van stikstofdepositie moet een vergelijking gemaakt worden tussen de stikstofdepositie als gevolg van de voorgenomen activiteit met de stikstofdepositie in de vergunde situatie op de referentiedatum of een latere datum.  
    
    47. De vergunde situatie kan worden ontleend aan en vergunning op grond van de Wet milieubeheer of de daaraan voorafgaande Hinderwet, maar als er eerder een natuurvergunning is verleend op grond van de Wet natuurbescherming of de Natuurbeschermingswet, dan heeft die vergunning als referentiesituatie te gelden. De rechtbank verwijst hiervoor naar de uitspraak van de Afdeling van 29 juni 2016.
    48. Uit de PAS-uitspraak volgt dat vergunningen die met toepassing van het PAS zijn verleend en die in rechte onaantastbaar zijn, hun rechtsgevolg behouden. De PAS-uitspraak verandert dus niets aan de op 6 juli 2016 vergunde situatie, ook al is met de PAS-uitspraak duidelijk geworden dat de vergunning onrechtmatig is verleend. De veehouderij mag op basis de natuurvergunning uit 2016 nog steeds 140 melk- en kalfkoeien ouder dan 2 jaar houden en 80 stuks vrouwelijk jongvee houden met de daarbij behorende emissies. De rechtbank is van oordeel dat gedeputeerde staten deze vergunde situatie als referentiesituatie mogen hanteren bij de vraag of intern gesaldeerd kan worden. Anders dan MOB en Leefmilieu menen, hoeven gedeputeerde staten dus niet terug te vallen op een eerdere milieutoestemming. Dat de natuurvergunning is verleend zonder de vereiste zekerheid dat de natuurlijke kenmerken van de Natura 2000-gebieden niet worden aangetast, zoals MOB en Leefmilieu stellen, kan een rol spelen bij een eventueel verzoek om intrekking of wijziging van een onherroepelijke natuurvergunning, maar dat leidt er niet toe dat de in 2016 vergunde situatie niet als referentiesituatie kan gelden. 
    
    49. Volgens MOB en Leefmilieu hadden in de referentiesituatie geen emissies van mobiele werktuigen meegenomen mogen worden. Deze mobiele werktuigen niet zijn vergund en zij niet onlosmakelijk verbonden met het vergunde project, omdat er ook alternatieven zijn, zoals elektrisch materieel. 
    
    50. Bij de aanvraag voor een natuurvergunning moeten alle gevolgen van het project voor Natura 2000-gebieden worden beoordeeld. Dat geldt ook voor transportbewegingen die inherent zijn aan de exploitatie van een veehouderij. Daarbij moet bijvoorbeeld worden gedacht aan verkeersbewegingen van tractoren en het aan- en afvoerverkeer van vee. Dit volgt uit de uitspraken van de Afdeling van 9 september 2020 en 18 november 2020.
    
    51. Uit de AERIUS-berekening blijkt dat in de referentiesituatie emissies zijn meegenomen voor mobiele werktuigen. Naar het oordeel van de rechtbank mochten gedeputeerde staten deze emissies betrekken in de referentiesituatie, omdat deze emissies van vervoersbewegingen inherent zijn aan de exploitatie van de bedrijfsvoering en daarmee zijn deze vervoersbewegingen als onderdeel van het project vergund. De rechtbank vindt het niet aannemelijk dat de veehouderij in 2016 gebruik maakte van elektrische werktuigen, zodat hierin geen reden is gelegen om de emissie van mobiele werktuigen buiten beschouwing te laten.
    
    
      
        Vergunningvoorschrift 5
      
    
    52. De rechtbank komt niet toe aan de bespreking van de beroepsgrond over vergunningvoorschrift 5. De natuurvergunning wordt inclusief de daarbij gestelde voorschriften vernietigd. Alleen als gedeputeerde staten bij de nadere besluitvorming tot de conclusie komen dat geen sprake is van intern salderen, wordt eventueel opnieuw een natuurvergunning verleend en kan het stellen van voorschriften aan de orde zijn. Het strekt te ver om daar nu op vooruit te lopen.
    
    
    
  
  
    Conclusie
    
    53. Het beroep is gegrond. De natuurvergunning wordt vernietigd. Gedeputeerde staten moeten opnieuw op de aanvraag van de veehouderij beslissen en moeten daarbij in acht nemen wat in deze uitspraak is geoordeeld over de Rav-emissiefactoren en over de overige beroepsgronden.
    
    
      
        Griffierecht en proceskostenveroordeling
      
    
    54. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, moeten gedeputeerde staten aan  MOB en Leefmilieu het door hen betaalde griffierecht vergoeden.
    
    55. Omdat het beroep gegrond is, krijgen MOB en Leefmilieu een vergoeding voor de proceskosten die zij hebben gemaakt. Gedeputeerde staten moeten die vergoeding betalen. De vergoeding wordt met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht als volgt berekend. De bijstand door een gemachtigde levert 2 punten op (1 punt voor het indienen van het beroepschrift met een waarde per punt van € 748,- en 1 punt voor het verschijnen op de zitting met een waarde per punt van € 748,-), bij een wegingsfactor 1. Toegekend wordt € 1.496,-. 
    
    
    
  
  
    Beslissing
    
    
      De rechtbank:
    
    - verklaart het beroep gegrond;
    - vernietigt het besluit van 9 oktober 2020;
    - draagt gedeputeerde staten op het betaalde griffierecht van € 354,- aan MOB en Leefmileu te vergoeden;
    - veroordeelt gedeputeerde staten in de proceskosten van MOB en Leefmilieu tot een bedrag van € 1.496,-.
    
    
      Deze uitspraak is gedaan door mr. K. de Meulder, voorzitter, en mr. E.M. van der Linde en mr. R.C. Stijnen, leden, in aanwezigheid van mr. S.C.J. van der Hoorn, griffier. De beslissing is uitgesproken op 22 september 2021 en zal openbaar worden gemaakt door publicatie op rechtspraak.nl
    
    
    
    
    
    
    
    
      
        
        
        
          
            
              griffier
            
            
              voorzitter
            
          
        
      
    
    
    
    
      Een afschrift van deze uitspraak is verzonden aan partijen op:
    
    
    
  
  
    Bent u het niet eens met deze uitspraak?
    Als u het niet eens bent met deze uitspraak, kunt u een brief sturen naar de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waarin u uitlegt waarom u het er niet mee eens bent. Dit heet een beroepschrift. U moet dit beroepschrift indienen binnen 6 weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. U ziet deze datum hierboven.
  
  
     Uitspraak van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71 (Logtsebaan).
  
  
     Kamerstukken I 2019/20, 35 208, nr. F.
  
  
     Kamerstukken II 2020/21, 35 334, nr. 122.
  
  
     Staatscourant 2002, nr. 82.
  
  
     Op grond van artikel 18.1b van de Wet milieubeheer, in samenhang met de begripsbepaling van ‘bevoegd gezag’ in artikel 1.1, eerste lid, van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht.
  
  
     Op grond van § 2.3. van de Wnb.
  
  
     Op grond van § 2.2. van de Wnb.
  
  
     Op grond van artikel 7.2, eerste lid, van de Wnb.
  
  
     Op grond van artikel 2.4, eerste lid, van de Wnb.
  
  
     Overweging 17.2 van de Logtsebaan-uitspraak.
  
  
     ECLI:NL:RVS:2019:1603.
  
  
     ECLI:NL:RVS:2016:1818.
  
  
     ECLI:NL:RVS:2020:2170 en ECLI:NL:RVS:2020:2760.