ECLI:NL:RBOVE:2022:1241, Rechtbank Overijssel, 11-05-2022, ZWO 20/2211
Rechtbank Overijssel — Uitspraak 
Datum: 2022-05-11 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht; Bestuursprocesrecht

Samenvatting: Wnb-vergunning voor een veehouderij. Het toepassen van een emissiearm stalsysteem is geen mitigerende maatregel. Verweerder mocht voor de referentiesituatie de huidige emissiefactoren gebruiken. Verweerder mocht niet zonder meer uitgaan van de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem A 1.13. De rechtbank concludeert dat niet op voorhand kan worden uitgesloten dat het project significante gevolgen zal hebben voor de omliggende Natura 2000-gebieden. Daarnaast heeft verweerder de gevolgen van het weiden van het vee ten onrechte niet in zijn beoordeling betrokken. Uit de enkele stelling dat het weiden van vee op grond van het bestemmingsplan ook was toegestaan in de referentiesituatie, kan niet worden afgeleid dat op voorhand is uitgesloten dat (een eventuele toename van) het beweiden in de aangevraagde situatie niet zal leiden tot significante gevolgen voor de omliggende Natura 2000-gebieden. Verweerder moet de gevolgen van het beweiden alsnog beoordelen en moet daarbij in elk geval ingaan op een aantal door de rechtbank genoemde omstandigheden. De rechtbank verklaart het beroep gegrond en vernietigt het bestreden besluit. Verweerder moet een nieuw besluit nemen op de aanvraag van de veehouder voor een natuurvergunning.

RECHTBANK OVERIJSSEL
  
  Zittingsplaats Zwolle
  
    Bestuursrecht
  
  
    zaaknummer: ZWO 20/2211
  
  
    
      uitspraak van de meervoudige kamer in de zaak tussen
      
    
    
      Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. en Vereniging Leefmilieu, 
    beide gevestigd in Nijmegen, eisers,
    gemachtigde: mr. V. Wösten,
  
  
    en
  
  
    
      het college van Gedeputeerde Staten van Overijssel, verweerder,
    gemachtigden: mr. H.J.M. Besselink en mr. S.J. van Winzum.
  
  
    Als derde-partij heeft aan het geding deelgenomen: [veehouder], te [plaats] (de veehouder).
  
  
    
      Procesverloop 
    
  
  
    Bij besluit van 29 september 2020 (het bestreden besluit) heeft verweerder aan de veehouder op grond van de Wet natuurbescherming (Wnb) een vergunning verleend voor een melkveehouderij (een natuurvergunning).
  
  
    Eisers hebben tegen het bestreden besluit beroep ingesteld. 
  
  
    Verweerder heeft een verweerschrift ingediend en eisers hebben aanvullende beroepsgronden ingediend.
  
  
    Het onderzoek ter zitting heeft plaatsgevonden op 31 januari 2022. Eisers en verweerder hebben zich laten vertegenwoordigen door hun gemachtigden. Verder zijn namens verweerder verschenen G. Knuttel, H. Puttenstein en T. Nicolai. De derde-partij was niet aanwezig.
  
  
    
      Overwegingen 
    
  
  
    
      Overweging vooraf
    
  
  1. De rechtbank heeft op 31 januari 2022 en 1, 10, 14, 23 en 24 februari 2022 in totaal 33 beroepen behandeld tegen besluiten over (kort gezegd) de stikstofemissie van veehouderijen. Eisers hebben de rechtbank opgeroepen om in haar uitspraken niet alleen in te gaan op de specifieke kwesties waar deze beroepen over gaan, maar om ook in een breder perspectief iets te zeggen over de stikstofproblematiek.
  De rechtbank geeft geen gehoor aan deze oproep. Het is de taak van de rechtbank om een (juridisch) oordeel te geven over de individuele beroepen die aan haar worden voorgelegd. De rechtbank zal geen uitspraak doen over de bestuurlijke keuzes die zijn gemaakt of in de toekomst moeten worden gemaakt over de stikstofproblematiek. Verweerder zal zijn eigen conclusies moeten trekken naar aanleiding van de uitspraken die de rechtbank in deze zaken doet.
  
    
      Relevante feiten en omstandigheden
    
  
  2. De veehouder heeft een melkveehouderij aan [adres] (het bedrijf). Het bedrijf ligt op een afstand van ongeveer 1,2 kilometer van het dichtstbij gelegen Natura 2000-gebied Landgoederen Oldenzaal. Dit gebied is gevoelig voor stikstof. Rondom het bedrijf bevinden zich meerdere voor stikstof gevoelige Natura 2000-gebieden.
  
    Op 29 juli 1992 heeft de [maatschap] aan het college van burgemeester en wethouders van Losser (het college) een kennisgeving gedaan op grond van het Besluit melkrundveehouderijen Hinderwet van het houden van 122 melkkoeien, 70 mestvarkens en 40 legkippen (de kennisgeving van 1992). Het college heeft deze melding op 6 augustus 1992 geaccepteerd.
  
  
    Op 4 september 2006 heeft de veehouder aan het college een melding gedaan op grond van het Besluit melkrundveehouderijen milieubeheer van het houden van 75 stuks melkrundvee, 50 stuks vrouwelijk jongvee (jongvee), 3 vleeskalveren van 0 tot 6 maanden, 1 fokstier van 6 tot 24 maanden, 2 paarden, 4 pony’s en 20 scharrelkippen (de melding van 2006). Het college heeft deze melding geaccepteerd op 27 oktober 2006.
  
  
    Op 25 april 2019 heeft de veehouder een natuurvergunning aangevraagd voor het houden van vee op het bedrijf. Op 20 januari 2020 en 15 april 2020 heeft de veehouder de aanvraag gewijzigd. Op 27 mei 2020 heeft de veehouder de aanvraag opnieuw gewijzigd en een natuurvergunning aangevraagd voor het houden van 141 melkkoeien, 59 stuks jongvee, 20 legkippen, 2 paarden en 4 pony’s op het bedrijf. In de beoogde situatie zullen een nieuw te bouwen stal en één van de bestaande stallen worden voorzien van het emissiearme stalsysteem met Rav-code A 1.13. In deze stallen zal een deel van de melkkoeien (134 stuks) worden gehuisvest. Het overige vee zal worden gehuisvest in bestaande stallen met reguliere stalsystemen. In de toelichting op de aanvraag is aangegeven dat de melkkoeien en het jongvee zowel in de milieu-vergunde situatie van de melding van 2006 als in de aangevraagde situatie worden beweid. Bij het bestreden besluit heeft verweerder de aangevraagde natuurvergunning verleend voor onbepaalde tijd. 
  
  
    
      Waar gaat deze zaak over?
    
  
  
    3.1	Op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is het verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. 
    Verweerder verleent zo’n natuurvergunning alleen als de aanvrager van de vergunning voor het project een passende beoordeling heeft gemaakt van de gevolgen voor het Natura 2000-gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen voor dat gebied. En dan alleen als uit die passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat het project de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zal aantasten. De verplichting om een passende beoordeling te maken geldt niet als het project een herhaling of voortzetting is van een ander project of deel uitmaakt van een plan en voor dat andere project of plan een passende beoordeling is gemaakt en een nieuwe passende beoordeling redelijkerwijs geen nieuwe gegevens en inzichten kan opleveren over de significante gevolgen van dat project. Dit volgt uit artikel 2.7, derde lid, en artikel 2.8, eerste, tweede en derde lid, van de Wnb.
  
  
    3.2	Volgens vaste rechtspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (ABRvS) wordt voor de vraag of de wijziging of uitbreiding van een bestaand project significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied, een vergelijking gemaakt van de gevolgen van het bestaande project in de referentiesituatie en de gevolgen van het project na wijziging of uitbreiding. De referentiesituatie wordt ontleend aan de geldende natuurvergunning of, bij het ontbreken daarvan, aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (dat is het moment waarop artikel 6 van de Habitatrichtlijn van toepassing werd voor het betrokken Natura 2000-gebied), tenzij nadien een milieutoestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen. Dan geldt die toestemming als referentiesituatie. Een referentiesituatie kan niet worden ontleend aan een natuurvergunning of milieutoestemming die is vervallen of geëxpireerd.
    Als de wijziging of uitbreiding van een project niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie (= intern salderen), dan is op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging of uitbreiding significante gevolgen heeft. Het project is dan niet vergunningplichtig. Als de wijziging of uitbreiding van een project ten opzichte van de referentiesituatie leidt tot een toename van stikstofdepositie op reeds overbelaste stikstofgevoelige natuurwaarden in een Natura 2000-gebied, dan moeten de gevolgen van die toename worden onderzocht. Als uit dat onderzoek volgt dat significante gevolgen niet op voorhand op grond van objectieve gegevens kunnen worden uitgesloten (voortoets), dan is het project vergunningplichtig en moet een passende beoordeling worden gemaakt. 
  
  
    3.3	In het bestreden besluit heeft verweerder aan de veehouder een natuurvergunning verleend voor het houden van 141 melkkoeien, 59 stuks jongvee, 20 legkippen, 2 paarden en 4 pony’s. Verweerder heeft dit besluit onder meer gebaseerd op een depositieberekening die op 27 mei 2020 is uitgevoerd met de AERIUS Calculator (de Aerius-berekening). Volgens verweerder blijkt uit de Aerius-berekening dat de stikstofdepositie in de aangevraagde situatie niet hoger zal zijn dan de depositie in de referentiesituatie en dat het project dus niet leidt tot een verslechtering van de kwaliteit van de omliggende Natura 2000-gebieden. Om die reden heeft verweerder de gevraagde natuurvergunning verleend.
    In het verweerschrift stelt verweerder zich op het standpunt dat uit de Aerius-berekening volgt dat het aangevraagde project niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie. Daarom zijn significante gevolgen volgens verweerder op grond van objectieve gegevens uitgesloten en is bij nader inzien geen sprake van een vergunningplicht. In dit verband wijst verweerder op de wijziging van artikel 2.7 van de Wnb met ingang van 1 januari 2020 (het vervallen van de verslechteringsvergunning) en de uitspraak van de ABRvS van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71 (Logtsebaan, r.o. 17.3). Volgens verweerder had de aangevraagde vergunning dan ook moeten worden geweigerd.
  
  
    3.4	Eisers zijn (kort samengevat) van mening dat niet op voorhand kan worden uitgesloten dat het aangevraagde project zal leiden tot een toename van stikstofdepositie. Daarom geldt volgens eisers een vergunningplicht en had een passende beoordeling moeten worden gemaakt. De rechtbank zal hierna de door eisers aangevoerde beroepsgronden bespreken.
  
  
    3.5	De rechtbank stelt vast dat tussen partijen niet (langer) in geschil is dat het bestreden besluit is gebaseerd op een voortoets en dat geen passende beoordeling is gemaakt.
    Op de zitting hebben eisers de beroepsgronden dat onduidelijk is van welke referentiesituatie verweerder is uitgegaan, dat verweerder de referentiesituatie ten onrechte heeft ontleend aan de melding van 2006 en dat verweerder onvolledig onderzoek heeft gedaan naar de feitelijke bedrijfsvoering ingetrokken. Ook de beroepsgrond over (de beoordeling van) de opslag van mest hebben eisers ingetrokken. Daarom zal de rechtbank deze beroepsgronden verder buiten beschouwing laten.
  
  
    
      Bevat de aanvraag voldoende gegevens over het gebruikte veevoer? 
    
  
  
    4.1	Eisers stellen zich op het standpunt dat verweerder de aanvraag niet-ontvankelijk had moeten verklaren, omdat de aanvraag onvoldoende gegevens bevat om deze te kunnen beoordelen. Eisers zijn van mening dat de aanvraag ten onrechte geen informatie bevat over (het eiwitgehalte van) het gebruikte veevoer. Eisers stellen dat het veevoer direct van invloed is op de stikstofemissies. Volgens hen kan zonder deze informatie niet worden vastgesteld wat de stikstofemissie per dier is en dus ook niet of sprake is van een toename van de emissie ten opzichte van de referentiesituatie. Eisers stellen dat deze informatie ook nodig is als in de toekomst een nieuwe natuurvergunning wordt aangevraagd, omdat in die situatie bekend moet zijn wat de huidige natuurvergunning waard is.
  
  
    4.2	Verweerder heeft toegelicht dat in de aanvraag voor een natuurvergunning kan worden aangegeven dat gebruik wordt gemaakt van voeding met een verlaagd eiwitgehalte. In dat geval wordt, overeenkomstig bijlage 2 bij de Regeling ammoniak en veehouderij (Rav), een reductiepercentage gehanteerd. In dit geval is dat in de aanvraag niet aangegeven. Daarom is ervan uitgegaan dat de dieren worden gevoerd met reguliere diervoeding. Dit is volgens verweerder een worstcase scenario. Daarom was het volgens verweerder niet nodig dat de aanvraag informatie bevatte over het gebruikte veevoer.
  
  
    4.3	De rechtbank is het niet met eisers eens dat de aanvraag onvoldoende gegevens bevat om deze te kunnen beoordelen. Zij zal dit hierna toelichten.
  
  
    4.3.1	Op grond van artikel 2, eerste lid, van de Rav worden voor de berekening van de ammoniakemissie van een veehouderij de emissiefactoren uit bijlage 1 bij deze regeling toegepast. In het derde lid is bepaald dat, als in een huisvestingssysteem een voer- of managementmaatregel uit bijlage 2 bij deze regeling wordt toegepast, de emissiefactor wordt verlaagd met het bij die maatregel vermelde reductiepercentage.
  
  
    4.3.2	In dit geval is in de aanvraag niet aangegeven dat een voermaatregel wordt toegepast. Daarom is op de emissiefactor geen reductiepercentage toegepast voor het gebruikte veevoer. De rechtbank vindt het aannemelijk dat bij het vaststellen van de Rav-emissiefactoren voor het gebruikte veevoer is uitgegaan van een worstcase scenario. Daarbij neemt de rechtbank in aanmerking dat aannemelijk is dat een veehouder zijn bedrijfsvoering, en dus ook het gebruikte veevoer, afstemt op het realiseren van een zo groot mogelijke opbrengst, zoals verweerder op de zitting heeft betoogd.
    4.3.3	Daarom was het naar het oordeel van de rechtbank niet nodig dat de aanvraag gegevens bevatte over (het eiwitgehalte van) het veevoer. De beroepsgrond slaagt dus niet.
  
  
    
      Had verweerder de stikstofemissies door het bemesten van gronden moeten beoordelen?
    
  
  
    5.1	Eisers stellen zich op het standpunt dat verweerder ten onrechte de stikstofemissie van het bemesten van gronden niet bij zijn beoordeling heeft betrokken. Volgens eisers is het bemesten een onlosmakelijk onderdeel van het aangevraagde project. Daarom had dit moeten worden beoordeeld in samenhang met het houden van het vee. Doordat verweerder dit niet heeft gedaan, zijn de stikstofemissies van het project volgens eisers onderschat en kan niet op voorhand worden uitgesloten dat het project significante gevolgen heeft.
    Daartoe voeren zij in de eerste plaats aan dat het bemesten van gronden verplicht is op grond van het ter plaatse geldende bestemmingsplan. Op grond van het bestemmingsplan mag op de gronden van het bedrijf alleen een grondgebonden agrarisch bedrijf worden uitgeoefend. Daaruit volgt volgens eisers dat binnen het eigen bedrijf veevoer moet worden gegenereerd. Zij zijn van mening dat daarvoor het uitrijden van mest onvermijdelijk is, omdat het genereren van veevoer zonder mestgift in Nederland is uitgesloten. Daarom is het drijven van een veehouderij op het perceel volgens eisers alleen toegestaan als de gronden worden bemest.
    Daarnaast is het bemesten van gronden volgens eisers een onlosmakelijk onderdeel van het aangevraagde project, omdat het vee wordt beweid. Volgens eisers is beweiding alleen mogelijk als de gronden worden bemest. Het gras in de wei groeit niet uit zichzelf. Dit geldt des temeer voor het eiwitrijke gras dat melkveehouders voor hun melkkoeien wensen.
  
  
    5.2	De rechtbank is van oordeel dat verweerder het bemesten van gronden terecht niet heeft betrokken in zijn beoordeling, omdat dit niet is aangevraagd en ook geen onlosmakelijk onderdeel is van het aangevraagde project. De rechtbank licht dit hierna toe.
  
  
    5.2.1	De rechtbank stelt vast dat de aanvraag voor de natuurvergunning niet ziet op het bemesten van gronden. Verweerder had het bemesten alleen bij zijn beoordeling moeten betrekken als het bemesten onlosmakelijk samenhangt met het aangevraagde project.
  
  
    5.2.2	Het is vaste rechtspraak van de ABRvS dat het bemesten van gronden niet onlosmakelijk samenhangt met de exploitatie, oprichting en uitbreiding van een agrarisch bedrijf. Het uitrijden van mest is niet noodzakelijk voor de afvoer van mest van een agrarisch bedrijf, omdat er alternatieven zijn zoals de verwerking ervan op een andere locatie dan de gronden van het bedrijf. 
    De ABRvS is van oordeel dat de rechtspraak van het Hof van Justitie van de Europese Unie, de Habitatrichtlijn en de Wnb geen aanknopingspunten geven voor het oordeel dat de aan een activiteit gegeven bestemming in een ruimtelijk plan, zoals een bestemmingsplan, (mede) van belang is voor de uitleg of invulling van het begrip project in artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn en artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb. Ook de Wet ruimtelijke ordening geeft geen aanknopingspunten voor het oordeel dat de gemeenteraad door het toekennen van een bestemming aan gronden daarmee invulling geeft aan het project-begrip in artikel 2.7 van de Wnb. De toekenning van een bestemming aan gronden en de daarbij gegeven regels worden gesteld met een ander doel, namelijk ten behoeve van de ruimtelijke ordening.
    De rechtbank ziet in het betoog van eisers geen reden om hier anders over te oordelen.
  
  
    5.2.3	De rechtbank is van oordeel dat het bemesten van gronden niet noodzakelijk is voor het kunnen weiden van vee. Dat het wellicht zeer gebruikelijk en aannemelijk is dat dit wel gebeurt, doet hier niet aan af.
  
  
    5.2.4	De rechtbank concludeert dat het bemesten van gronden (ook) in dit specifieke geval niet onlosmakelijk samenhangt met het aangevraagde project. Deze beroepsgrond slaagt niet.
  
  
    
      Had verweerder de stikstofemissie door het weiden van vee moeten beoordelen?
    
  
  
    6.1	Eisers zijn van mening dat verweerder ten onrechte de stikstofemissie die wordt veroorzaakt door het weiden van het vee niet bij zijn beoordeling heeft betrokken. Zij vinden dat het beweiden onlosmakelijk samenhangt met het aangevraagde project. Daarom had dit moeten worden beoordeeld in samenhang met het houden van het vee. Doordat verweerder dit niet heeft gedaan, zijn de stikstofemissies van het project onderschat en kan niet op voorhand worden uitgesloten dat het project significante gevolgen heeft, aldus eisers.
    Volgens eisers gaat verweerder er ten onrechte vanuit dat de stikstofemissie van het weiden van vee altijd 5% van de emissie van het houden van het vee in de stallen is.
  
  
    6.2	Verweerder erkent dat hij de stikstofemissie van het weiden van vee ten onrechte niet bij zijn beoordeling heeft betrokken. Volgens verweerder kan echter op voorhand worden uitgesloten dat het weiden van vee zal leiden tot significante gevolgen. Daartoe heeft verweerder in het verweerschrift aangevoerd dat door het weiden van vee minder grond wordt bemest met stalmest, terwijl stalmest een hogere stikstofemissie heeft dan mest van beweiding. Daarnaast heeft verweerder op de zitting aangevoerd dat het weiden van vee in de referentiesituatie was toegestaan op grond van het bestemmingsplan. Volgens verweerder valt een eventuele toename van de beweiding binnen de regels die daarvoor in het bestemmingsplan zijn gesteld. Beide argumenten leiden er volgens verweerder toe dat het weiden van vee in de aangevraagde situatie geen toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie tot gevolg heeft.
  
  
    6.3	De rechtbank is van oordeel dat verweerder de gevolgen van het beweiden ten onrechte niet in zijn beoordeling heeft betrokken en dat op voorhand niet kan worden uitgesloten dat het beweiden leidt tot een toename van stikstofemissie en -depositie ten opzichte van de referentiesituatie. De rechtbank zal dit hierna uitleggen.
  
  
    6.3.1	De aanvraag ziet onder meer op het houden van 141 melkkoeien en 59 stuks jongvee en in de aanvraag is aangegeven dat de melkkoeien en het jongvee worden geweid. Volgens vaste rechtspraak van de ABRvS hangen de exploitatie van een melkveehouderij en het weiden van vee onlosmakelijk met elkaar samen en vormen deze activiteiten daarom één project. De aanvraag voor een natuurvergunning moet betrekking hebben op alle activiteiten die tezamen één project vormen. Hieruit volgt dat de gevolgen van het beweiden in samenhang had moeten worden beoordeeld met de gevolgen van het houden van vee in de stallen. Verweerder heeft dit niet gedaan. Anders dan eisers menen, gaat verweerder er niet vanuit dat de stikstofemissie van het beweiden 5% is van de emissie van het houden van het vee in de stallen (de stalemissie). Het door eisers genoemde percentage heeft betrekking op de door verweerder toegepaste reductie op de stalemissie in verband met het beweiden. Deze reductie kan niet gelijk worden gesteld aan de emissie van het beweiden. Verweerder heeft dat ook niet gedaan; hij heeft de emissie van het beweiden in het geheel niet beoordeeld.
  
  
    6.3.2	Naar het oordeel van de rechtbank kan de stikstofemissie van de mest die op de gronden terecht komt door het beweiden niet worden weggestreept tegen een eventuele afname van de emissie van het bemesten van diezelfde gronden met stalmest. Zoals de rechtbank hiervoor heeft overwogen, is het bemesten van gronden (met stalmest) niet aangevraagd en is dit geen onderdeel van het project. Verweerder heeft de effecten van bemesting dan ook niet beoordeeld en onduidelijk is of sprake is van een bestaande, legale activiteit. Om die reden kan met een eventuele afname van emissie vanwege het bemesten van gronden met stalmest geen rekening worden gehouden bij de beoordeling van de onderhavige aanvraag. 
  
  
    6.3.3	De rechtbank is verder van oordeel dat uit de enkele stelling dat het beweiden op grond van het bestemmingsplan ook was toegestaan in de referentiesituatie, niet kan worden afgeleid dat op voorhand is uitgesloten dat (een eventuele toename van) het beweiden in de aangevraagde situatie niet zal leiden tot significante gevolgen.
    De ABRvS heeft in een uitspraak van 29 mei 2019 geoordeeld dat van belang is of voor het project naar nationaal recht toestemming was verleend vóór de relevante referentiedatum. Als voor een activiteit vóór de relevante referentiedatum in Nederland geen individuele toestemming was vereist, wordt naar het oordeel van de ABRvS ook aan deze voorwaarde voldaan als een activiteit op basis van algemene regels was toegestaan. Het gaat er namelijk om of de activiteit rechtmatig plaatsvond vóór de relevante referentiedata.
    De rechtbank stelt vast dat niet zondermeer duidelijk is van welke referentiesituatie in dit geval zou moeten worden uitgegaan. Voor het bedrijf is niet eerder een natuurvergunning verleend. Indien dat ertoe zou leiden dat uit moet worden gegaan van de datum waarop artikel 6 van de Habitatrichtlijn ten aanzien van het in dit geval relevante Natura 2000-gebied Engbertsdijksvenen van toepassing is geworden, zou dat betekenen dat dat 10 juni 1994 is. Dat gebied was immers al voor 10 juni 1994 aangewezen als Vogelrichtlijngebied. Op 10 juni 1994 was voor het beweiden in Nederland geen individuele toestemming vereist. Daarom moet worden beoordeeld of het beweiden op die datum was toegestaan op grond van algemene regels. De rechtbank is in dat geval met verweerder van oordeel dat dergelijke algemene regels kunnen worden ontleend aan de planologische regeling die gold op de referentiedatum.
    De rechtbank stelt vast dat verweerder slechts heeft gesteld dat het beweiden op de referentiedatum was toegestaan op grond van het bestemmingsplan. Verweerder heeft dit standpunt niet nader gemotiveerd. Verweerder heeft bijvoorbeeld niet aangegeven welke gronden op de referentiedatum bij het bedrijf hoorden, onder welk bestemmingsplan deze gronden vielen en welke bestemming deze gronden hadden. Daardoor kan de rechtbank reeds op basis van de beschikbare gegevens niet beoordelen of het standpunt van verweerder juist is.
    Daarnaast is de rechtbank van oordeel dat, als de planologische regeling het beweiden op de referentiedatum toestond, dit - anders dan verweerder kennelijk meent - nog niet hoeft te betekenen dat het bedrijf op die datum een onbeperkte hoeveelheid eigen vee mocht weiden. De vraag dringt zich op of de hoeveelheid eigen vee die het bedrijf op de referentiedatum mocht weiden, wordt begrensd door de hoeveelheid vee die het bedrijf op die datum mocht houden. 
    Verder is de rechtbank van oordeel dat in een geval als dit, waarbij de toestemming wordt ontleend aan een algemene regeling, ook moet worden vastgesteld of het vee in de referentiesituatie daadwerkelijk werd beweid. Het gaat er immers om of de activiteit rechtmatig plaatsvond op de referentiedatum. In de aanvraag wordt gesteld dat de melkkoeien en het jongvee in de referentiesituatie ook al werden beweid. Dit standpunt is echter niet onderbouwd. 
    Vervolgens komt het de rechtbank voor dat ook de locatie (de afstand tot de relevante Natura 2000-gebieden) en de intensiteit van het beweiden op en na die referentiedatum van belang zijn voor het beantwoorden van de vraag of het beweiden in de aangevraagde situatie significante gevolgen kan hebben op de omliggende Natura 2000-gebieden. 
  
  
    6.3.4	De rechtbank concludeert dat reeds op basis van het vorenoverwogene niet op voorhand zonder nader onderzoek kan worden uitgesloten dat het beweiden zal leiden tot een toename van stikstofemissie en -depositie ten opzichte van de referentiesituatie en daarmee tot significante gevolgen voor de omliggende Natura 2000-gebieden. Daarom slaagt deze beroepsgrond.
  
  
    
      Is verweerder uitgegaan van de juiste stikstofemissies van transportbewegingen?
    
  
  
    7.1	Eisers voeren aan dat verweerder bij de beoordeling van de transportemissies ten onrechte rekening heeft gehouden met de bestaande bedrijfstransporten, omdat daarvoor niet eerder toestemming is verleend. Als al rekening mag worden gehouden met eerder toegelaten bedrijfstransporten, moet volgens eisers worden uitgegaan van de laagst toegelaten en gerealiseerde bedrijfsemissie ten opzichte van de referentiedatum. Zij stellen dat verweerder de transportemissies van de toegelaten bedrijfsvoering in de referentiesituatie had moeten berekenen volgens de emissiefactoren die nu gelden en niet volgens de destijds geldende (achterhaalde) emissiefactoren. Verder voeren eisers aan dat verweerder nauwelijks inzicht geeft in de manier waarop hij de transportemissies heeft beoordeeld. Op de zitting hebben eisers daaraan toegevoegd dat in de Aerius-berekening is uitgegaan van een te korte en daardoor niet representatieve route van het transport. Volgens eisers is ten onrechte alleen gekeken naar de route tot het punt waar het verkeer is opgenomen in het heersende verkeersbeeld. Eisers erkennen dat ergens een grens moet worden getrokken, maar zij stellen dat deze grens in geen geval op slechts enkele honderden meters van het bedrijf ligt.
  
  
    7.2	De rechtbank volgt eisers niet in het standpunt dat verweerder niet is uitgegaan van de juiste stikstofemissies van transportbewegingen. Zij licht dit hierna toe.
  
  
    7.2.1	Volgens vaste rechtspraak van de ABRvS wordt een natuurvergunning verleend voor een project en moeten bij de verlening van een natuurvergunning alle gevolgen van het project voor Natura 2000-gebieden worden beoordeeld. Dat geldt ook voor transportbewegingen die inherent zijn aan de exploitatie van een veehouderij. Daarbij moet bijvoorbeeld worden gedacht aan verkeersbewegingen van tractoren en het aan- en afvoerverkeer van vee. Het uitvoeren van die verkeersbewegingen is noodzakelijk voor een veehouderij en is een gevolg van dat project.
  
  
    7.2.2	In de Aerius-berekening zijn de stikstofemissie en -depositie van transportbewegingen betrokken. Bij deze berekening is rekening gehouden met de transportbewegingen die plaatsvonden in de referentiesituatie. De berekening en de uitgangspunten daarvan (het aantal en soort verkeersbewegingen, de rekenpunten en de route) zijn opgenomen in het dossier. Daarmee heeft verweerder naar het oordeel van de rechtbank voldoende inzichtelijk gemaakt hoe de transportbewegingen zijn beoordeeld. De uitkomst van de berekening is dat het project (inclusief de inherente transportbewegingen) niet leidt tot een toename van stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden. 
  
  
    7.2.3	De rechtbank is van oordeel dat verweerder bij het beoordelen van de stikstofemissie door de transportbewegingen rekening mocht houden met de transportbewegingen die plaatsvonden in de referentiesituatie. Dat de transportbewegingen niet (expliciet) zijn meegenomen in de eerdere vergunningverlening doet daar niet aan af. Het gaat erom of het aangevraagde project leidt tot een toename van stikstofdepositie. De transportbewegingen zijn geen onderdeel van het project maar een gevolg daarvan.
  
  
    7.2.4	De rechtbank is niet gebleken dat verweerder voor de transportemissies in de referentiesituatie is uitgegaan van de destijds geldende (achterhaalde) gegevens. Verweerder betwist dat voor het berekenen van de verkeerseffecten in de referentiesituatie een andere, oudere emissiefactor is gebruikt dan voor het berekenen van de huidige effecten. Eisers hebben hun stelling dat is uitgegaan van achterhaalde gegevens niet onderbouwd, laat staan aannemelijk gemaakt. 
  
  
    7.2.5	Verweerder erkent dat niet de hele route van de transportbewegingen is meegenomen in de Aerius-berekening. Volgens verweerder hoeft dat ook niet. De gevolgen voor Natura 2000-gebieden van verkeer van en naar een inrichting kunnen volgens verweerder niet aan een inrichting worden toegerekend, als dit verkeer kan worden geacht te zijn opgenomen in het heersende verkeersbeeld. Verweerder stelt dat verkeer is opgenomen in het heersende verkeersbeeld, als het aan- en afvoerende verkeer zich door zijn snelheid en rij- en stopgedrag niet meer onderscheidt van het overige verkeer op de betrokken weg. Vanaf dat moment is het verkeer volgens verweerder onderdeel van het reeds vergunde gebruik van de weg en hoeven de verkeerseffecten niet te worden betrokken in de depositieberekening. 
    De rechtbank stelt vast dat uit deze toelichting blijkt dat verweerder in de Aerius-berekening voor het verkeer van en naar het bedrijf heeft aangesloten bij wat in de “Instructie gegevensinvoer voor AERIUS Calculator” (de instructie) staat over het heersende verkeersbeeld. De ABRvS heeft deze werkwijze aanvaard. De rechtbank ziet geen aanleiding om hier anders over te oordelen. 
    De rechtbank is niet gebleken dat dit onderdeel van de instructie in de Aerius-berekening niet juist is toegepast. 
  
  
    7.2.6	De rechtbank concludeert dat deze beroepsgrond geen aanleiding geeft voor het oordeel dat verweerder de stikstofemissies van de transportbewegingen die inherent zijn aan het project heeft onderschat. Daarom slaagt deze beroepsgrond niet.
    
      Mocht verweerder uitgaan van de emissiefactoren uit de Rav?
    
  
  
    8.1	Eisers voeren aan dat verweerder bij de beoordeling van het project niet had mogen uitgaan van de emissiefactoren voor emissiearme stalsystemen uit bijlage 1 van de Rav. Volgens eisers bestaat er wetenschappelijke onzekerheid over de emissies van veestallen en in het bijzonder van stallen met emissiearme stalsystemen. Daarbij is onder meer van belang dat de Rav-emissiefactoren zijn gebaseerd op gemiddelden. Ter onderbouwing van dit standpunt verwijzen zij naar het rapport “Stikstofverlies uit opgeslagen mest” van het Centraal Bureau voor de Statistiek van oktober 2019 (het CBS-rapport), het eindrapport van het Adviescollege Meten en Berekenen Stikstof van de commissie Hordijk (het rapport Hordijk), een artikel van/uit Boerderij van 20 september 2020, een artikel van Stichting Agrifacts (STAF) van september 2020 en een nieuwsbericht van het ministerie van Landbouw Natuur en Voedselkwaliteit van 13 oktober 2020. 
    Eisers zijn van mening dat niet kan worden toegelaten dat verweerder kort voor de zitting een emissierapport heeft overgelegd. Volgens eisers kunnen op basis van dit rapport ook geen valide conclusies worden getrokken, omdat dit slechts één van een serie metingen betreft. Daarbij komt dat verweerder uitgaat van een gemiddelde uitkomst van de serie metingen, terwijl volgens eisers uitgegaan zou moeten worden van een worstcase scenario.  
    Verder voeren eisers aan dat verweerder niet kan toezien op de werkelijk optredende emissies, waardoor hij de natuurvergunning niet kan handhaven en een rechtsonzekere situatie is ontstaan. Volgens eisers heeft verweerder er niet voor gezorgd dat hij kan controleren of de maximaal vergunde emissies niet worden overtreden.
  
  
    8.2	Verweerder stelt zich op het standpunt dat hij bij de beoordeling van de vergunningaanvraag mocht uitgaan van de Rav-emissiefactoren. Volgens verweerder zijn deze factoren zorgvuldig tot stand gekomen en gebaseerd op de best beschikbare wetenschappelijke inzichten. De factoren zijn gebaseerd op meerdere metingen, verricht conform een door deskundigen opgesteld meetprotocol, of op wetenschappelijk zorgvuldige afleidingen. Bovendien worden de factoren geactualiseerd als daartoe aanleiding bestaat. 
    Volgens verweerder zorgen de door eisers aangehaalde rapporten in dit concrete geval niet voor voldoende twijfel aan de haalbaarheid van de Rav-emissiefactoren. Het CBS-rapport is niet gebaseerd op metingen, maar enkel op berekeningen en dit rapport bevat geen definitieve conclusies. Verder geldt dat de berekende stikstofverliezen ook zouden kunnen zijn veroorzaakt doordat niet alle meststromen zijn opgegeven. Daarnaast zou de oorzaak van een eventuele verminderde werking van emissiearme stalsystemen in een concreet geval kunnen liggen in het stalmanagement. Daarbij kan worden gedacht aan het niet conform de ontwerp- en gebruiksvoorwaarden van de systeembeschrijving handelen. Daarmee is volgens verweerder niet gezegd dat de Rav-emissiefactoren niet kunnen worden gehaald. Of die voorwaarden worden nageleefd, is volgens verweerder een kwestie van handhaving.
    Verweerder erkent dat nader onderzoek nodig is en wijst erop dat de betrokken bewindspersonen hebben aangekondigd dat dit ook zal gaan plaatsvinden. Dit laat volgens verweerder onverlet dat hij in de tussentijd mag uitgaan van de huidige Rav-emissiefactoren, omdat daarin de op dit moment best beschikbare wetenschappelijke kennis is neergelegd. 
    Voorts voert verweerder aan dat de emissiefactor voor het in deze zaak aan de orde zijnde emissiearme stalsysteem met Rav-code A 1.13 op een geheel andere manier tot stand is gekomen dan de emissiefactoren van de meeste stalsystemen die door het CBS zijn onderzocht. De emissiefactor voor het stalsysteem met Rav-code A 1.13 is vastgesteld op basis van het momenteel geldende meetprotocol. Op grond van dit meetprotocol moeten voor elk stalsysteem bij vier meetlocaties verspreid over het jaar zes metingen worden uitgevoerd met een minimale duur van 24 uur per meting, waarvan er per stal minimaal vier bruikbaar moeten zijn. Per meetlocatie wordt het gemiddelde van de meetresultaten bepaald. Vervolgens wordt de definitieve emissiefactor bepaald door het gemiddelde te nemen van de vier gemiddelden per locatie. Ter illustratie hiervan heeft verweerder een meetrapport van het stalsysteem met Rav-code A 1.28 bij het verweerschrift gevoegd. Verweerder stelt dat de emissiefactoren van de meeste door het CBS onderzochte systemen tot stand zijn gekomen op basis van oudere, minder zorgvuldige methoden, waarvoor minder strenge eisen golden. Ook daarom zorgt het CBS-rapport volgens verweerder niet voor voldoende twijfel dat de emissiefactor voor het stalsysteem met Rav-code A 1.13 niet kan worden behaald.
    Verder voert verweerder aan dat het voor de werking van emissiearme stalsystemen van belang is dat aan de technische eisen en gebruiksvoorwaarden uit de systeembeschrijving wordt voldaan. Deze beschrijving is neergelegd in de leaflet van het stalsysteem en bevat gedetailleerde eisen en voorwaarden die waarborgen dat het stalsysteem daadwerkelijk de vastgestelde emissiereductie kan behalen. Verweerder wijst erop dat veehouders er op grond van artikel 3.123 van het Activiteitenbesluit milieubeheer (het Activiteitenbesluit) voor moeten zorgen dat het stalsysteem voldoet aan die technische eisen en dat het stalsysteem ook wordt gebruikt en onderhouden overeenkomstig de voorwaarden die noodzakelijk zijn voor een goede werking van dat systeem. Volgens verweerder is deze wettelijke verplichting voldoende om er in beginsel vanuit te mogen gaan dat een systeembeschrijving in een concreet geval wordt opgevolgd en dat de Rav-emissiefactoren dus worden gehaald. Als de veehouder zich daar niet aan houdt, kan de bevoegde gemeentelijke instantie daartegen handhavend optreden. Verweerder stelt dat hij onder omstandigheden zelf ook handhavend kan optreden op grond van overtreding van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb. Als de emissie hoger uitvalt en de referentiesituatie wordt overschreden, is geen sprake van intern salderen en wordt gehandeld zonder de vereiste natuurvergunning, aldus verweerder.
  
  
    8.3	De rechtbank is van oordeel dat verweerder niet zonder meer mocht uitgaan van de Rav-emissiefactoren en dat verweerder onvoldoende heeft aangetoond dat de stikstofdepositie in de aangevraagde situatie niet hoger is dan de depositie in de referentiesituatie. De rechtbank zal dit hierna toelichten.
  
  
    8.3.1	Bij het verlenen van een natuurvergunning moet verweerder beoordelen of op grond van objectieve gegevens kan worden uitgesloten dat het aangevraagde project leidt tot significante gevolgen voor een Natura 2000-gebied. Daarbij geldt dat er geen redelijke wetenschappelijke twijfel mag bestaan over de vraag of het project schadelijke gevolgen zal hebben voor de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden. De bewijslast hiervoor ligt bij verweerder. 
  
  
    8.3.2	Het project bestaat onder meer uit het houden van 141 melkkoeien. Daarvan zullen er 7 worden gehouden in een stal met een regulier stalsysteem en 134 in stallen waarin het emissiearme stalsysteem met Rav-code A 1.13 zal worden toegepast. Dit is een ligboxenstal met roostervloer voorzien van cassettes in de roosterspleten en een mestschuif. Op basis van artikel 2, eerste lid, van de Rav, gelezen in samenhang met bijlage 1 van de Rav, heeft verweerder voor deze melkkoeien (los van de reductie van 5% voor beweiding) een emissiefactor van 6,0 kg NH₃ per dierplaats per jaar toegepast in plaats van de emissiefactor van 13,0 kg NH₃ per dierplaats per jaar die geldt voor melkkoeien die in een reguliere stal worden gehouden. 
  
  
    8.3.3	De rechtbank stelt voorop dat de Rav niet is vastgesteld bij of krachtens de Wnb. Daarom kan bij de aanvraag van een natuurvergunning niet zonder meer worden uitgegaan van de haalbaarheid van de in de Rav genoemde emissiefactoren. Hieruit volgt dat de effectiviteit van emissiearme stalsystemen niet rechtstreeks uit de Rav kan worden afgeleid. Dit betekent echter niet dat de Rav geen enkele betekenis heeft. 
  
  
    8.3.4	Verweerder heeft de rechtbank per faxbericht van 6 januari 2022 (als bijlage bij het verweerschrift) een meetrapport van Pro Monitoring BV van 24 augustus 2018 toegestuurd. De rechtbank heeft dit meetrapport op 7 januari 2022 doorgestuurd aan de andere partijen. Naar het oordeel van de rechtbank is dit niet in strijd met de goede procesorde. Tussen het moment van doorsturen en de zitting zitten drie weken (en dus meer dan tien dagen). De andere partijen hebben daardoor voldoende tijd gehad om het rapport te bestuderen en daarop te reageren. De rechtbank ziet dan ook geen aanleiding om het rapport niet toe te laten.
    Uit het verweerschrift blijkt dat verweerder dit meetrapport heeft overgelegd om te illustreren hoe de Rav-emissiefactoren momenteel tot stand komen en niet om aan te tonen dat de emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem met Rav-code A 1.13 juist is. Daarom slaagt het betoog van eisers dat uit dit rapport geen valide conclusies kunnen worden getrokken niet.
  
  
    8.3.5	Het stalsysteem met Rav-code A 1.13 is betrokken in het door eisers aangehaalde onderzoek van het CBS. In het CBS-rapport staat dat er geen verschil is in stikstofverlies tussen emissiearme en overige stallen bij melkkoeien. Ook staat in dit rapport dat het stikstofverlies, gebaseerd op het verschil in N/P₂O₅-verhouding bij excretie en bij mestafvoer, dat niet wordt verklaard uit berekende emissies van ammoniak en overige stikstofverbindingen, bij emissiearme huisvesting relatief groot is en dat dit doet vermoeden dat de veronderstelde effectiviteit van emissiearme huisvesting wordt overschat.
  
  
    8.3.6	De rechtbank is van oordeel dat het CBS-rapport niet de zekerheid geeft dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stalsystemen te laag zijn. Dit volgt ook niet uit het rapport Hordijk, de door eisers overgelegde artikelen en het door eisers overgelegde nieuwsbericht. De rechtbank is echter van oordeel dat het CBS-rapport wel concrete aanknopingspunten geeft om eraan te twijfelen of de Rav-emissiefactor voor dit specifieke stalsysteem juist is en of het toepassen van dit emissiearme stalsysteem in dit concrete geval wel leidt tot de beoogde emissiereductie van meer dan 50% ten opzichte van een reguliere stal. Hierbij is van belang dat tussen partijen niet in geschil is dat de in het rapport genoemde emissiefactoren uit het model NEMA voor het grootste deel overeenkomen met de Rav-emissiefactoren. 
    De genoemde twijfel wordt naar het oordeel van de rechtbank bevestigd door het advies van de Commissie Deskundigen Meststoffenwet “Stikstofverliezen uit mest in stallen en mestopslagen” van 18 juni 2020 (het CDM-advies). In het CDM-advies (een openbare bron) staat dat de CBS-studie aangeeft dat de effectiviteit van emissiearme stallen om ammoniakemissie te reduceren minder groot is dan de emissiefactoren van de Rav aangeven en dat diverse onafhankelijke signalen uit de praktijk (mondelinge mededelingen van de Omgevingsdiensten NO Brabant en Twente) dat beeld bevestigen. De CDM concludeert dat de NH₃-emissiebeperking door emissiearme stallen zeer waarschijnlijk wordt overschat. 
    Ook het door eisers overgelegde artikel van STAF geeft aanleiding om te twijfelen aan de effectiviteit van emissiearme stalsystemen in rundveestallen in het algemeen. In dit artikel staat dat STAF van Mineral Valley Twente de ruwe meetdata van de ammoniakmetingen in 35 rundveestallen heeft ontvangen en deze heeft geanalyseerd. Negen van deze stallen waren volledig voorzien van een emissiearm stalsysteem, zes stallen waren gedeeltelijk voorzien van een emissiearm stalsysteem en de overige stallen hadden een traditionele vloer. Om welke emissiearme stalsystemen het daarbij gaat, blijkt niet uit het artikel. STAF heeft op basis van de meetdata geconcludeerd dat de ammoniakconcentraties boven de stalvloer in alle stallen vergelijkbaar zijn en dat er een groot verschil zit tussen het verwachte en het gemeten effect van emissiearme stalsystemen.
  
  
    8.3.7	De door verweerder aangevoerde omstandigheden dat de Rav-emissiefactoren zorgvuldig tot stand zijn gekomen en dat het CBS-rapport – anders dan de Rav-emissiefactoren – is gebaseerd op berekeningen en niet op metingen, kunnen de ontstane twijfel naar het oordeel van de rechtbank niet wegnemen. Daarbij neemt zij in aanmerking dat in het CBS-rapport wordt ingegaan op andere mogelijke oorzaken voor de geconstateerde verschillen in stikstofverliezen en wordt geconcludeerd dat niet waarschijnlijk is dat de geconstateerde verschillen in stikstofverliezen daarmee kunnen worden verklaard. Bovendien geven deze andere mogelijke oorzaken geen verklaring voor het feit dat de geconstateerde verschillen bij reguliere stalsystemen kleiner zijn dan bij emissiearme stalsystemen. 
    De twijfel aan de Rav-emissiefactor voor het stalsysteem met Rav-code A 1.13 kan evenmin worden weggenomen door verweerders stelling dat deze factor op een geheel andere, zorgvuldigere manier tot stand is gekomen dan de emissiefactoren van de meeste stalsystemen die door het CBS zijn onderzocht. Daarbij is van belang dat dit stalsysteem nu juist wel bij het onderzoek van het CBS is betrokken, zodat de in rechtsoverweging 8.3.5 vermelde conclusie van het CBS ook voor dit stalsysteem geldt. 
  
  
    8.3.8	Ook de door verweerder genoemde handhavingsmogelijkheden en verplichtingen uit het Activiteitenbesluit nemen de twijfel over de juistheid van de Rav-emissiefactor niet weg. Ook als het stalsysteem wordt geïnstalleerd, gebruikt en onderhouden conform de leaflet, is daarmee niet verzekerd dat de beoogde emissiereductie daadwerkelijk wordt behaald en ook in de toekomst behaald zal worden. Daarbij is van belang dat in het CDM-advies staat dat de onzekerheden in de (in het kader van de vaststelling van de emissiefactoren) gemeten gasvormige stikstofemissies uit dierlijke mest in stallen relatief groot zijn. De CDM wijst erop dat de standaardafwijking van de gemeten NH₃-emissies (in kg per dierplaats per jaar) per stal globaal varieert van 20% tot 50%. Volgens de CDM wordt dit niet alleen veroorzaakt door de grote verscheidenheid in diercategorieën, stalsystemen en management in de praktijk, maar ook door de grote verscheidenheid in omgevingscondities (temperatuur, luchtvochtigheid, windsnelheid en mestsamenstelling). Daarom kan zelfs bij een strikte naleving van de verplichtingen uit het Activiteitenbesluit niet op voorhand worden uitgesloten dat het project zal leiden tot significante gevolgen voor de omliggende Natura 2000-gebieden.
  
  
    8.3.9	Dit brengt de rechtbank tot de conclusie dat niet op voorhand kan worden uitgesloten dat het project significante effecten zal hebben op de omliggende Natura 2000-gebieden. 
    Daaruit volgt dat het project vergunningplichtig is en dat een passende beoordeling gemaakt had moeten worden. Dit betekent dat deze beroepsgrond slaagt.
  
  
    
      Mocht verweerder voor de referentiesituatie de huidige emissiefactoren gebruiken?
    
  
  
    9.1	Eisers stellen zich op het standpunt dat verweerder bij het bepalen van de referentiesituatie voor melkkoeien ten onrechte de nu geldende Rav-emissiefactor van 13,0 kg NH₃ per dierplaats per jaar heeft gebruikt. Dit is volgens eisers in strijd met de Habitatrichtlijn, omdat daardoor een grotere milieubelasting en natuurschade worden toegestaan dan in de referentiesituatie waren vergund. Eisers voeren aan dat de exploitatie van melkkoeien in enkele decennia ingrijpend intensiever is geworden en dat per koe steeds meer melk wordt gemolken. De gemiddelde melkproductie per koe is in de periode van 1992 tot en met 2021 toegenomen met ongeveer 50%. Eisers wijzen erop dat (het eiwitgehalte van) het veevoer een belangrijke invloed heeft op zowel de melkproductie als de stikstofemissie. Volgens eisers bestaat er een verband tussen de melkproductie en de stikstofemissie, in die zin dat een hogere melkproductie leidt tot een hogere stikstofemissie. Eisers zijn van mening dat dit ook blijkt uit de omstandigheid dat de Rav-emissiefactor voor melkkoeien sinds 1991 stapsgewijs met 47% is verhoogd van 8,8 kg NH₃ per dierplaats naar 13,0 kg NH₃ per dierplaats per jaar. Volgens eisers is het inconsequent om voor het vaststellen van de toegestane emissie van het weiden van vee en het bemesten van gronden in de referentiesituatie wel te kijken naar diffuse rechtsbronnen, zoals het destijds geldende bestemmingsplan en de destijds geldende meststoffenwetgeving, en om voor de toegestane stalemissie in de referentiesituatie niet te kijken naar andere rechtsbronnen die in de referentiesituatie golden, zoals de destijds geldende Rav-emissiefactoren. Eisers voeren aan dat de stalemissies in de referentiesituatie veel lager zouden zijn, als wordt uitgegaan van de destijds geldende Rav-emissiefactoren van 8,8 kg NH₃ per melkkoe en 3,9 kg NH₃ per stuk jongvee. Daarom zijn er volgens eisers ernstige twijfels over de juistheid van verweerders stelling dat de stikstofemissie en -depositie in de aangevraagde situatie niet toeneemt ten opzichte van de referentiesituatie en had volgens eisers niet kunnen worden volstaan met een voortoets.
  
  
    9.2	Verweerder stelt zich op het standpunt dat bij het bepalen van de referentiesituatie terecht is uitgegaan van de huidige Rav-emissiefactoren. Een vergunning wordt niet verleend voor een bepaalde emissie, maar voor een bepaalde activiteit. Volgens verweerder volgt uit de jurisprudentie van de ABRvS dat die activiteit moet worden beoordeeld naar de huidige inzichten over stikstofemissies.
  
  
    9.3	De rechtbank is het niet met eisers eens dat verweerder voor de referentiesituatie de destijds geldende Rav-emissiefactoren had moeten gebruiken. Zij zal dit hierna uitleggen.
  
  
    9.3.1	Zoals verweerder heeft aangevoerd, worden bij een natuurvergunning bepaalde activiteiten vergund en niet een bepaalde stikstofemissie of -depositie.
  
  
    9.3.2	Op het moment waarop geen sprake meer is van de voortzetting van één en hetzelfde project moet worden beoordeeld of de wijziging van het bestaande project significante gevolgen kan hebben. De bestaande activiteit gaat door de wijziging niet in zijn geheel onder de vergunningsplicht van artikel 2.7, eerste lid, van de Wnb en artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn vallen. De wijziging van de bestaande activiteit is in dat geval het project als bedoeld in artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn, waarvan beoordeeld moet worden of die significante gevolgen kan hebben.
    Voor zover in de referentiesituatie en de aangevraagde situatie dezelfde diersoorten en -aantallen worden gehouden in dezelfde stallen met hetzelfde stalsysteem, is geen sprake van een wijziging van het bestaande project. Deze bestaande activiteit is vergund op basis van de melding van 2006 en dit is nu nog steeds vergund. Dit verandert niet door de door eisers aangevoerde omstandigheid dat deze activiteit mogelijk in de loop der tijd is geëvolueerd, in die zin dat de gehouden melkkoeien meer melk zijn gaan geven en/of dat het gehouden vee een grotere stikstofemissie veroorzaakt.
  
  
    9.3.3	Daarnaast geldt dat een aanvraag voor een natuurvergunning moet worden beoordeeld naar het recht zoals dat geldt ten tijde van het nemen van het besluit. Dit heeft tot gevolg dat de referentiesituatie moet worden beoordeeld op basis van de Rav-emissiefactoren zoals die gelden op het moment dat op de aanvraag wordt beslist, zodat die eerder vergunde bedrijfssituatie kan worden vergeleken met de aangevraagde bedrijfssituatie. Daaruit volgt dat verweerder terecht zowel in de referentiesituatie als in de aangevraagde situatie is uitgegaan van de nu geldende Rav-emissiefactoren.
  
  
    9.3.4	De vergelijking die eisers maken tussen (het gebruiken van) de in de referentiesituatie geldende planologische situatie en meststoffenwetgeving enerzijds en (het gebruiken van) de huidige Rav-emissiefactoren anderzijds gaat niet op. De in de referentiesituatie geldende planologische situatie en meststoffenwetgeving kunnen van belang zijn voor het beantwoorden van de vraag welke activiteit destijds was toegestaan, maar zijn niet (direct) bepalend voor het beantwoorden van de vraag welke stikstofemissie in de referentiesituatie was toegestaan. De Rav-emissiefactoren worden niet gebruikt om te bepalen welke activiteit op een bepaald moment is toegestaan, maar om de gevolgen van deze activiteit in de verschillende situaties met elkaar te kunnen vergelijken. 
  
  
    9.3.5	Deze beroepsgrond slaagt dus niet.
  
  
    
      Is het toepassen van een emissiearm stalsysteem een mitigerende maatregel?
    
  
  
    10.1	Eisers stellen zich op het standpunt dat het toepassen van het aangevraagde emissiearme stalsysteem met Rav-code A 1.13 moet worden aangemerkt als een mitigerende maatregel. Daarom kon verweerder volgens eisers niet volstaan met een voortoets en had een passende beoordeling moeten worden gemaakt. Daartoe voeren eisers aan dat de beoogde activiteit primair bestaat uit het houden van dieren en niet uit het in werking hebben van een emissiereductietechniek. Het gaat volgens eisers ook niet om een maatregel die noodzakelijk samenhangt met het houden van vee. Het vee kan ook worden gehouden zonder emissiereducerende maatregel of met een andere emissiereductietechniek. Het emissiearme stalsysteem wordt volgens eisers uitsluitend toegepast om emissies te reduceren.
  
  
    10.2	De rechtbank is van oordeel dat het toepassen van een emissiearm stalsysteem geen mitigerende maatregel is en dat dit er dus niet (zonder meer) toe leidt dat een passende beoordeling moet worden gemaakt.
    In een uitspraak van 20 januari 2021 heeft de ABRvS geoordeeld dat de toepassing van combiluchtwassers geen mitigerende maatregel is, maar een onderdeel van het project (het houden van vee in een bepaald stalsysteem). Daarom betekent de omstandigheid dat de aanvraag voor een vergunning ziet op het houden van vee in een bepaald stalsysteem, dat impliceert dat een bepaald type luchtwasser wordt gebruikt, niet dat zonder meer een passende beoordeling aan de vergunningverlening ten grondslag moet worden gelegd.
    De rechtbank is van oordeel dat voor het toepassen van het emissiearme stalsysteem dat in deze zaak aan de orde is, des temeer geldt dat het een onderdeel is van het aangevraagde project (het houden van vee in een bepaald stalsysteem). Het systeem bestaat uit een ligboxenstal met roostervloer voorzien van cassettes in roosterspleten en een mestschuif. Dit systeem is geïntegreerd in de stal waarin het vee wordt gehouden. 
    Daarom slaagt deze beroepsgrond niet.
  
  
    
      Overige beroepsgronden
    
  
  11. Eisers hebben verder beroepsgronden aangevoerd over de geldigheidsduur van de vergunning, het aan de vergunning verbonden voorschrift 2 en het ontstaan van een handhavingstekort en een rechtsonzekere situatie doordat aan de vergunning onvoldoende voorschriften zijn verbonden.
  Gelet op hetgeen de rechtbank hiervoor heeft overwogen, komt zij niet toe aan de beoordeling van deze beroepsgronden.
  
    
      Conclusie
    
  
  12. De rechtbank is van oordeel dat verweerder de gevolgen van het beweiden ten onrechte niet heeft beoordeeld en dat daardoor niet op voorhand kan worden uitgesloten dat het project zal leiden tot significante gevolgen. Daarom zal verweerder de gevolgen van het beweiden alsnog moeten beoordelen. Daarbij moet verweerder in elk geval ingaan op de in rechtsoverweging 6.3.3 genoemde omstandigheden. 
  
    Daarnaast is de rechtbank van oordeel dat verweerder niet zonder meer mocht uitgaan van de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem met Rav-code A 1.13. Daarom heeft de rechtbank in rechtsoverweging 8.3.9 geconcludeerd dat niet op voorhand kan worden uitgesloten dat het project significante gevolgen zal hebben voor de omliggende Natura 2000-gebieden. Daaruit volgt dat het aangevraagde project vergunningplichtig is en dat ten onrechte geen passende beoordeling is gemaakt. 
    Dit betekent dat het bestreden besluit niet in stand kan blijven. 
  
  13. Het beroep is gegrond. De rechtbank zal het bestreden besluit vernietigen en verweerder opdragen om een nieuw besluit te nemen met inachtneming van deze uitspraak.  De rechtbank ziet geen aanleiding om een bestuurlijke lus toe te passen, omdat dat naar het zich laat aanzien geen doelmatige en efficiënte afdoeningswijze zou inhouden.
  14. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, bepaalt de rechtbank dat verweerder aan eisers het door hen betaalde griffierecht vergoedt.
  15. De rechtbank veroordeelt verweerder in de door eisers gemaakte proceskosten. Deze kosten bestaan alleen uit de kosten van door een derde beroepsmatig verleende bijstand. De rechtbank stelt deze kosten op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht vast op  € 1.518,00 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een waarde per punt van € 759,00 en een wegingsfactor 1).
  
    
      Beslissing
    
  
  
    De rechtbank: 
  
  - verklaart het beroep gegrond; 
  - vernietigt het bestreden besluit;
  - draagt verweerder op om een nieuw besluit te nemen op de aanvraag van de veehouder voor een natuurvergunning, met inachtneming van deze uitspraak;
  - draagt verweerder op het betaalde griffierecht van € 354,00 aan eisers te vergoeden;
  - veroordeelt verweerder in de proceskosten van eisers tot een bedrag van € 1.518,00.
  
    Deze uitspraak is gedaan door mr. J.W.M. Bunt, voorzitter, en mr. A. Oosterveld en mr. E. Hoekstra, leden, in aanwezigheid van mr. F.F. van Emst, griffier, op 
  
  
    De uitspraak wordt openbaar gemaakt op de eerstvolgende donderdag na deze datum.
  
  
    griffier	                                                                                      		voorzitter
  
  
    Afschrift verzonden aan partijen op: 
  
  
    
      Rechtsmiddel
    
    Tegen deze uitspraak kan binnen zes weken na de dag van verzending daarvan hoger beroep worden ingesteld bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State. Als hoger beroep is ingesteld, kan bij de voorzieningenrechter van de hogerberoepsrechter worden verzocht om het treffen van een voorlopige voorziening of om het opheffen of wijzigen van een bij deze uitspraak getroffen voorlopige voorziening.
  
  
    
      Bijlage: Regelgeving
    
  
  
    Habitatrichtlijn
    
      
        Artikel 6
      
      (…)
    
    2 De Lid-Staten treffen passende maatregelen om ervoor te zorgen dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in de speciale beschermingszones niet verslechtert en er geen storende factoren optreden voor de soorten waarvoor de zones zijn aangewezen voor zover die factoren, gelet op de doelstellingen van deze richtlijn een significant effect zouden kunnen hebben.
    3 Voor elk plan of project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van het gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor zo'n gebied, wordt een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor het gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen van dat gebied. Gelet op de conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied en onder voorbehoud van het bepaalde in lid 4, geven de bevoegde nationale instanties slechts toestemming voor dat plan of project nadat zij de zekerheid hebben verkregen dat het de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied niet zal aantasten en nadat zij in voorkomend geval inspraakmogelijkheden hebben geboden.
    (…)
    
    
  
  
    Wet natuurbescherming (Wnb)
    
      
        Artikel 2.7
      
      (…)
    
    2 Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied.
    3 Gedeputeerde staten verlenen een vergunning als bedoeld in het tweede lid uitsluitend indien is voldaan aan artikel 2.8.
    (…)
    
    
      
        Artikel 2.8
      
    
    1. Voor een plan als bedoeld in artikel 2.7, eerste lid, of een project als bedoeld in artikel 2.7, derde lid, maakt het bestuursorgaan, onderscheidenlijk de aanvrager van de vergunning, een passende beoordeling van de gevolgen voor het Natura 2000-gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen voor dat gebied.
    2 In afwijking van het eerste lid hoeft geen passende beoordeling te worden gemaakt, ingeval het plan of het project een herhaling of voortzetting is van een ander plan, onderscheidenlijk project, of deel uitmaakt van een ander plan, voor zover voor dat andere plan of project een passende beoordeling is gemaakt en een nieuwe passende beoordeling redelijkerwijs geen nieuwe gegevens en inzichten kan opleveren over de significante gevolgen van dat plan of project.
    3 Het bestuursorgaan stelt het plan uitsluitend vast, en gedeputeerde staten verlenen voor het project, bedoeld in het eerste lid, uitsluitend een vergunning, indien uit de passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat het plan, onderscheidenlijk het project de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zal aantasten.
    (…)
  
  
    Activiteitenbesluit milieubeheer
    Artikel 3.123
    1. Ten behoeve van de goede werking van een huisvestingssysteem en het voorkomen dan wel voor zover dat niet mogelijk is het zoveel mogelijk beperken van emissies naar de lucht, wordt ten minste voldaan aan het tweede en derde lid.
    2 Een huisvestingssysteem is uitgevoerd overeenkomstig de bij dat huisvestingssysteem behorende technische beschrijving, bedoeld in de bijlage bij de regeling op grond van artikel 1 van de Wet ammoniak en veehouderij.
    3 Degene die een inrichting drijft waarin landbouwhuisdieren worden gehouden in een huisvestingssysteem, draagt er zorg voor dat het huisvestingssysteem wordt gebruikt en onderhouden overeenkomstig de voorwaarden die noodzakelijk zijn voor een goede werking van het huisvestingssysteem. 
    
    
  
  
    Regeling ammoniak en veehouderij
    Artikel 2
    1. Voor de berekening van de ammoniakemissie van een veehouderij worden de emissiefactoren toegepast die zijn opgenomen in bijlage 1 bij deze regeling. 
    (…)
    3 Indien in een huisvestingssysteem een voer- of managementmaatregel zoals opgenomen in bijlage 2 bij deze regeling wordt toegepast, wordt de emissiefactor verlaagd met het bij die maatregel vermelde reductiepercentage.
    (…)
  
  
     De regelgeving die voor deze zaak van belang is, is opgenomen in de bijlage bij deze uitspraak.
  
  
     Zie bijvoorbeeld rechtsoverweging (r.o.) 7 van de uitspraak van 14 juli 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1507.
  
  
     Zie bijvoorbeeld r.o. 20.2 van de uitspraak van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1604.
  
  
     Zie bijvoorbeeld r.o. 11.4 van de uitspraak van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1604.
  
  
     Zie r.o. 22.4 van de uitspraak van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1604.
  
  
     Zie bijvoorbeeld r.o. 9.1 van de uitspraak van 14 juli 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1507.
  
  
     De rechtbank verwijst in dit kader naar r.o. 12.2 van de uitspraak van de ABRvS van 23 juni 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1332, r.o. 6 en 7 van de uitspraak van de ABRvS van 18 november 2020, ECLI:NL:RVS:2020:2760, en r.o. 7 van de uitspraak van de ABRvS van 9 september 2000, ECLI:NL:RVS:2020:2170.
  
  
     De rechtbank verwijst in dit kader naar r.o. 15.14 van de uitspraak van de ABRvS van 19 mei 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1054, en r.o. 14.3 en 14.4 van de uitspraak van de ABRvS van 1 september 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1969.
  
  
     Zie bijvoorbeeld r.o. 5.2 van de uitspraak van de ABRvS van 1 juli 2020, ECLI:NL:RVS:2020:1528.
  
  
     Zie r.o. 9.2 van de uitspraak van de ABRvS van 27 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:175.
  
  
     Zie r.o. 4.6 van de uitspraak van de ABRvS van 23 november 2016, ECLI:NL:RVS:2016:3108.
  
  
     Zie r.o. 9.2 van de uitspraak van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71.