ECLI:NL:RVS:2023:3699, Raad van State, 04-10-2023, 202203794/1/R2
Raad van State — Uitspraak 
Datum: 2023-10-04 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Bij besluit van 18 september 2020 heeft het college van gedeputeerde staten van Overijssel een vergunning op grond van artikel 2.7 van de Wet natuurbescherming verleend aan [veehouderij] voor het in werking hebben van een varkenshouderij aan de [locatie 1] in Olst. Het college heeft de natuurvergunning verleend voor het houden van het aangevraagde veebestand in de aangevraagde stalsystemen. De natuurvergunning is verleend omdat de aangevraagde situatie leidt tot een gelijkblijvende of afnemende depositie ten opzichte van de referentiesituatie. In 1982 is aan de veehouderij een Hinderwetvergunning verleend voor het in werking hebben van een melkvee- en varkenshouderij met een veebestand van 15 opfokkalveren, 57 melkkoeien en 325 vleesvarkens. Op 10 maart 2000 is aan de veehouderij een revisievergunning verleend voor het houden van 30 melkkoeien, 22 stuks jongvee en 934 vleesvarkens. In die revisievergunning is vastgesteld dat een deel van de Hinderwetvergunning is vervallen. Daarnaast zijn productierechten aangekocht van twee varkenshouderijen ten behoeve van de revisievergunning.

202203794/1/R2.
    Datum uitspraak: 4 oktober 2023
    
    AFDELING
    BESTUURSRECHTSPRAAK
    
    Uitspraak op het hoger beroep van:
    
    het college van gedeputeerde staten van Overijssel,
    appellant,
    
    tegen de uitspraak van de rechtbank Overijssel van 11 mei 2022 in zaak nr. 20/2176 in het geding tussen:
    
    Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A (hierna: MOB) en de Vereniging Leefmilieu, beide gevestigd in Nijmegen
    
    en
    
    het college.
    
    Procesverloop
    
    Bij besluit van 18 september 2020 heeft het college een vergunning op grond van artikel 2.7 van de Wet natuurbescherming verleend (hierna: natuurvergunning) aan [veehouderij] voor het in werking hebben van een varkenshouderij aan de [locatie 1] in Olst (hierna: de veehouderij).
    
    Bij uitspraak van 11 mei 2022 heeft de rechtbank het door MOB en Leefmilieu daartegen ingestelde beroep gegrond verklaard en het besluit van 18 september 2020 vernietigd. Deze uitspraak is aangehecht.
    
    Tegen deze uitspraak heeft het college hoger beroep ingesteld.
    
    Het college heeft nadere stukken ingediend.
    
    De Afdeling heeft de zaak op de zitting behandeld op 11 juli 2023, waar het college, vertegenwoordigd door D. Reijchard, M. Zuidema, T. Nicolai en J.G.M. van ‘t Erve, bijgestaan door mr. R.D. Reinders, advocaat te Den Haag, en MOB en Leefmilieu, vertegenwoordigd door mr. V. Wösten, rechtsbijstandverlener te Den Haag, zijn verschenen.
    Voorts is op de zitting de veehouderij, vertegenwoordigd door [gemachtigde], als partij gehoord.
    
    Overwegingen
    
    Inleiding
    
    1.       De veehouderij exploiteert een varkenshouderij aan de [locatie 1] in Olst. De veehouderij heeft een natuurvergunning aangevraagd voor het houden van 20 stuks jongvee en het houden van 250 vleesvarkens in bestaande reguliere stallen en 684 vleesvarkens in een nieuw te realiseren stal met het emissiearme stalsysteem D3.2.7.1.1.
    
    1.1.    Het college heeft de natuurvergunning verleend voor het houden van het aangevraagde veebestand in de aangevraagde stalsystemen. De natuurvergunning is verleend omdat de aangevraagde situatie leidt tot een gelijkblijvende of afnemende depositie ten opzichte van de referentiesituatie. In 1982 is aan de veehouderij een Hinderwetvergunning verleend voor het in werking hebben van een melkvee- en varkenshouderij met een veebestand van 15 opfokkalveren, 57 melkkoeien en 325 vleesvarkens. Op 10 maart 2000 is aan de veehouderij een revisievergunning verleend voor het houden van 30 melkkoeien, 22 stuks jongvee en 934 vleesvarkens. In die revisievergunning is vastgesteld dat een deel van de Hinderwetvergunning is vervallen. Daarnaast zijn productierechten aangekocht van twee varkenshouderijen ten behoeve van de revisievergunning. De referentiesituatie is ontleend aan het gedeelte van de Hinderwetvergunning dat niet is vervallen en de productieruimte die is aangekocht ten behoeve van het verlenen van de revisievergunning. Het college heeft de omvang van de emissie berekend met behulp van de emissiefactoren die voor de aangevraagde stalsystemen zijn opgenomen in de Regeling ammoniak en veehouderij (hierna: Rav-emissiefactor).
    
    Aangevallen uitspraak
    
    2.       MOB en Leefmilieu hebben in beroep gesteld dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stalsystemen niet geschikt zijn om in een voortoets de omvang van de emissie uit zo’n stalsysteem te berekenen. Volgens MOB en Leefmilieu worden de (lagere) Rav-emissiefactoren bij emissiearme stalsystemen in de praktijk niet gehaald. Ter onderbouwing van hun standpunt verwijzen zij onder meer naar (1) het CBS-rapport ‘Stikstofverlies uit opgeslagen mest’, uit oktober 2019, (hierna: CBS-rapport) (2) het advies van de Commissie Deskundigen Meststoffenwet (hierna: CDM) hierover aan het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit, van 18 juni 2020 (hierna: CDM-advies).
    
    2.1.    De rechtbank overweegt dat het CBS-rapport en CDM-advies concrete aanknopingspunten bieden voor het oordeel dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stallen de werkelijke ammoniakemissie van deze stalsystemen waarschijnlijk onderschatten. Dit rapport en advies geven volgens de rechtbank ook voldoende aanleiding om aan de juistheid van de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem D3.2.7.1.1 te twijfelen. Daarbij betrekt de rechtbank dat zelfs bij strikte naleving van de technische en gebruikseisen die beschreven zijn in het bij het stalsysteem behorende leaflet, niet kan worden uitgesloten dat het project kan leiden tot significante gevolgen voor omliggende Natura 2000-gebieden. De rechtbank komt dan ook tot de conclusie dat met de toepassing van de Rav-emissiefactor voor de emissiearme stal onvoldoende zeker is dat de wijziging van de veehouderij als een situatie van intern salderen kan worden aangemerkt. Daardoor is niet op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging significante gevolgen kan hebben voor de betreffende Natura 2000-gebieden.
    
    Voor zover het college heeft gesteld dat, ook bij een verminderde reductie, op voorhand kan worden uitgesloten dat het project kan leiden tot significante effecten omdat het verschil tussen de emissie in de referentiesituatie en beoogde situatie groot is, volgt de rechtbank dit standpunt niet. Volgens de rechtbank heeft het college ten onrechte de referentiesituatie mede ontleend aan de op 10 juni 1994 aanwezige milieu-vergunde situaties van de bedrijven waarvan de productieruimte is aangekocht voor de verlening van de revisievergunning uit 2000. Indien de referentiesituatie alleen wordt ontleend aan (het niet vervallen deel) van de Hinderwetvergunning uit 1982, is sprake van een toename van stikstofemissie. Hierdoor is niet op voorhand op basis van objectieve gegevens uitgesloten dat het project kan leiden tot significante effecten.
    
    Standpunten hoger beroep college
    
    3.       Het college komt niet op tegen de beslissing van de rechtbank om de natuurvergunning te vernietigen, omdat volgens het college geen natuurvergunning nodig is. Sinds 1 januari 2020 is immers geen natuurvergunning nodig indien op voorhand kan worden uitgesloten dat het project significante gevolgen voor de betreffende Natura 2000-gebieden kan hebben. Het hoger beroep is gericht tegen de overwegingen van de rechtbank over de toepassing van de Rav-emissiefactor voor de berekening van de emissie uit een emissiearm stalsysteem en tegen de overwegingen over de gehanteerde referentiesituatie.
    
    3.1.    Het college stelt dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat uit de door MOB en Leefmilieu aangehaalde stukken kan worden afgeleid dat de Rav-emissiefactor voor het stalsysteem D3.2.7.1.1 in dit geval niet kan worden toegepast. De Rav-emissiefactoren zijn op zorgvuldige wijze tot stand gekomen en gebaseerd op de best beschikbare wetenschappelijke inzichten. Zij zijn gebaseerd op meerdere metingen, verricht conform een meetprotocol en de emissiefactoren worden, indien daartoe aanleiding bestaat, geactualiseerd. Verder wijst het college erop dat het CBS-rapport en het CDM-advies geen definitieve conclusies bevatten. Bovendien kan de oorzaak van een eventuele verminderde werking van een emissiearm stalsysteem ook te vinden zijn in het stalmanagement, bijvoorbeeld omdat niet gehandeld wordt conform het leaflet. Dat is een kwestie van handhaving en daarmee is niet gezegd dat de Rav-emissiefactor niet kan worden gehaald.
    
    Daarbij zijn er handhavingsmogelijkheden op grond van het Activiteitenbesluit milieubeheer en de Wnb, indien de gevolgen van de referentiesituatie worden overschreden. Er geldt dan immers een vergunningplicht.
    
    De algemene conclusies uit het CBS-rapport en het CDM-advies en het gegeven dat naar aanleiding daarvan wordt bezien of sommige emissiefactoren of meetmethoden aanpassing behoeven, geven volgens het college geen aanleiding om nu niet uit te gaan van de Rav-emissiefactor. Die emissiefactoren zijn gebaseerd op de beste wetenschappelijke kennis en zijn op zorgvuldige wijze en op basis van wetenschappelijke inzichten vastgesteld. Bij de beslissing op de aanvraag voor een natuurvergunning moet het college zich baseren op de op dat moment best beschikbare wetenschappelijke kennis. Die ligt voor het stalsysteem D3.2.7.1.1. vast in de huidige Rav-emissiefactor. Een andere factor zou snel arbitrair zijn en niet te rechtvaardigen tegenover een aanvrager.
    
    Een en ander neemt volgens het college niet weg dat het CBS-rapport en het CDM-advies wel reden geven om nader onderzoek te doen. De minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit en de staatssecretaris van Infrastructuur en Waterstaat hebben aan de Tweede Kamer aangegeven dat maatregelen worden genomen om te waarborgen dat reductie van emissies niet alleen in theorie, maar ook in de praktijk plaatsvindt. Daartoe worden onder meer praktijkmetingen van emissiearme stallen op bedrijfsniveau geïntensiveerd, wordt onderzoek uitgevoerd naar stalmanagement van emissiearme stallen en wordt onderzocht of direct continue bedrijfsmonitoring van emissies door het gebruik van sensoren mogelijk is. Verder zal binnen het aangekondigde Kennisprogramma Stikstof onderzoek worden uitgevoerd om meer inzicht te krijgen in het verminderen van onzekerheden omtrent stikstofberekeningen.
    
    Ook stelt het college dat, wanneer de uitspraak van de rechtbank wordt gevolgd, nooit meer uitgegaan kan worden van gemiddelde waarden bij het bepalen van Rav-emissiefactoren. Gelet op alle factoren die de emissie uit een stal kunnen beïnvloeden zal de emissie afkomstig uit een stal nooit één constant getal zijn, maar altijd een bepaalde afwijking hebben. Een emissiefactor zal daarom altijd moeten bestaan uit een gemiddelde waarin de uitschieters en de meevallers worden meegenomen.
    
    3.2.    Het college stelt zich ook op het standpunt dat de rechtbank ten onrechte niet heeft onderkend dat voor deze veehouderij het verschil tussen de emissie in de referentiesituatie (4064,0 kg/per jaar NH3) en beoogde situatie (1522,0 kg/per jaar NH3) zodanig groot is, dat zelfs indien er vanuit wordt gegaan dat minder reductie wordt gerealiseerd, nog steeds op voorhand kan worden uitgesloten dat het project kan leiden tot significante effecten op de betreffende Natura 2000-gebieden. Daarbij is de referentiesituatie ontleend aan het gedeelte van de Hinderwetvergunning dat niet is vervallen en de productieruimte die is aangekocht ten behoeve van het verlenen van de revisievergunning. Ook als wordt uitgegaan van de uiterste bandbreedte van de onzekerheidsmarge in het CDM-advies (50%), dan nog treden er geen significante gevolgen op.
    
    Daarnaast stelt het college dat de rechtbank ten onrechte niet mee is gegaan in het betoog dat ook alleen aan de revisievergunning uit 2000 een referentiesituatie kan worden ontleend. Hiertoe voert het college aan dat de revisievergunning is aan te merken als een besluit in de zin van artikel 9.4, achtste lid, van de Wet natuurbescherming (hierna: Wnb). Volgens het college is de aangekochte productieruimte ten behoeve van de revisievergunning gedaan op basis van extern salderen en is daarmee de revisievergunning verleend met in achtneming van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. De uitbreiding destijds zorgde voor een toename in verzurende emissies ten opzichte van de Hinderwetvergunning uit 1982 en om die toename te mitigeren zijn de productierechten van twee andere bedrijven (gedeeltelijk) opgekocht (=extern salderen). Dat aan extern salderen in het heden een uitgebreidere beoordeling ten grondslag zou liggen wordt niet betwist, maar in 2000 was de Habitatrichtlijn nog niet volledig geïmplementeerd en moest toetsing in het milieuspoor plaatsvinden. Voor de volledigheid heeft het college een berekening overgelegd waaruit blijkt dat geen sprake is van een toename van stikstofdepositie wanneer de referentiesituatie wordt ontleend aan de bedrijfssituatie van de veehouderij zoals die volgt uit de revisievergunning, in plaats van de bedrijfssituatie die was toegestaan op grond van de milieutoestemming die op de referentiedatum gold voor de afzonderlijke saldogevende bedrijven.
    
    In een nader stuk van 20 juni 2023 heeft het college gesteld dat de referentiesituatie ontleend kan worden aan de revisievergunning uit 2000, omdat op basis van de nieuwe rekenvoorschriften in Aerius mag worden gerekend met een rekengrens op 25 km en het project geen effecten heeft op Natura 2000-gebieden met als aanwijsdatum 10 juni 1994 binnen die 25 km. De vroegste referentiedatum is dus 24 maart 2000.
    
    Beoordeling hoger beroep
    
    Beschrijving van het stalsysteem
    
    4.       Het emissiearme stalsysteem met Rav-code D3.2.7.1.1 is een stalsysteem met mestkelders met (water- en) mestkanaal met schuine putwand, metalen driekantroosters op het mestkanaal en een emitterend mestoppervlak van maximaal 0,18 m2 per varken. De ammoniakemissiebeperking is gebaseerd op het beperken van hokemissie en putemissie. De Rav-emissiefactor voor dit stalsysteem is 1,0 kg/jaar NH3 per dierplaats, in plaats van de emissiefactor 3,0 kg/jaar NH3 per dierplaats die geldt voor een regulier stalsysteem.
    
    Rol en betekenis Rav-emissiefactor in de natuurtoets
    
    5.       Zoals overwogen in 6 tot en met 6.2 in de uitspraak van de Afdeling van 7 september 2022 (ECLI:NL:RVS:2022:2557), is de Rav geen regeling die bij of krachtens de Wnb is vastgesteld, maar blijkt uit eerdere uitspraken van de Afdeling dat bij natuurvergunningen, voor het bepalen van de omvang van de emissie van agrarische bedrijven, aansluiting gezocht kan worden bij de emissiefactoren uit de Rav. Hiervoor is wel vereist dat de emissie uit stallen in een voortoets of passende beoordeling met de vereiste zekerheid in kaart kan worden gebracht met de Rav-emissiefactor. Dit vereiste volgt uit het voorzorgsbeginsel dat ten grondslag ligt aan artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn.
    
    Onderzoeken over emissies van veehouderijen
    
    CBS-rapport
    
    6.       Het CBS-rapport is een studie naar stikstofverliezen uit mest in stallen en mestopslagen van een groot aantal praktijkbedrijven in de periode 2015-2017, op basis van stikstof en fosfaatgehalten in veevoer, dierlijke producten en mest. Uit het CBS-rapport blijkt dat de totale stikstofverliezen uit stallen en mestopslagen groter zijn dan eerder berekend met het NEMA-model. Dit is het rekenmodel waarmee stikstofverbindingen uit stallen en mestopslagen, bij beweiding en bij toediening aan de bodem wordt berekend. Bovendien blijken de stikstofverliezen uit emissiearme stallen gemiddeld genomen niet kleiner te zijn dan die van gangbare stallen.
    
    In het CBS-rapport staat dat er een verschil is in de stikstof/fosfaatverhouding bij excretie (mest die wordt uitgescheiden) en bij mestafvoer, dat niet wordt verklaard uit berekende emissies van ammoniak en overige stikstofverbindingen. In het rapport wordt geconcludeerd dat dit verschil relatief groot is bij emissiearme huisvesting en hierdoor bestaat het vermoeden dat de veronderstelde effectiviteit van emissiearme huisvesting wordt overschat. Voor veel emissiearme stalsystemen zijn de emissiefactoren niet gebaseerd op metingen van ammoniakemissie in de desbetreffende stal, maar afgeleid van de gemeten emissies in andere stalsystemen. Dit introduceert volgens het CBS-rapport een onzekerheid in de berekening van de ammoniakemissie uit emissiearme systemen.
    
    Specifiek voor varkenshouderijen met stalsystemen D3.2.7.X is overwogen dat sprake is van een duidelijk lager stikstofverlies in vergelijking met reguliere huisvesting, maar dat ook bij deze emissiearme systemen het stikstofverlies groter is dan berekend met het NEMA-model. Het verschil in stikstofverlies tussen emissiearme en overige staltypen is kleiner dan verwacht op grond van het verschil in emissie per dierplaats volgens de Rav.
    
    Behalve onzekerheden in de gebruikte emissiefactoren voor stalsystemen zijn er volgens het CBS-rapport nog andere mogelijke oorzaken die kunnen bijdragen aan de verklaring van het verschil in stikstofverlies. Bij mestopslag buiten de stal kunnen de stikstofverliezen groter zijn dan waar nu van wordt uitgegaan in het NEMA-model. Verder is het mogelijk dat de afgevoerde mest niet representatief is voor alle geproduceerde mest of dat de mestmonsters geen goed beeld geven van de samenstelling van de mest. Ook kunnen de excretiefactoren voor een bedrijf afwijken van de gemiddelde praktijk. De effecten van een aantal van deze factoren zijn in het rapport aan de hand van gevoeligheidsanalyses onderzocht. Op basis daarvan kan geconcludeerd worden dat sommige factoren kunnen leiden tot een kleiner of groter stikstofverlies op basis van het verschil in de stikstof/fosfaatverhouding. Het is volgens het CBS-rapport echter niet waarschijnlijk dat daarmee het verschil in stikstofverlies kan worden verklaard. Bovendien geven de genoemde factoren geen verklaring voor het feit dat bij reguliere huisvesting het verschil tussen het stikstofverlies op basis van de stikstof/fosfaatverhouding en het verlies op basis van emissiefactoren kleiner is dan bij emissiearme huisvesting.
    
    CDM-advies
    
    6.1.    De CDM heeft op verzoek van het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit een analyse uitgevoerd van de mogelijke implicaties van het CBS-rapport.
    
    6.2.    Het CDM-advies onderschrijft de bevinding in het CBS-rapport dat een deel van het berekende verschil van de totale stikstofverliezen uit stallen en mestopslagen volgens de CBS-methode en het NEMA-model waarschijnlijk wordt veroorzaakt door een onderschatting van de ammoniakemissies uit emissiearme stallen en enkele andere stalsystemen. Een ander deel is waarschijnlijk het resultaat van een onderschatting van overige stikstofverliezen (lachgas, stikstofoxiden en stikstofgas), vooral bij stalsystemen met vaste mest.
    
    6.3.    Volgens het CDM-advies geeft het CBS-rapport aan dat de totale gasvormige stikstofverliezen uit emissiearme stallen van vergelijkbare grootte zijn als die van gangbare stallen. Dit impliceert volgens de CDM dat de effectiviteit van emissiearme stallen in de praktijk minder groot is dan de Rav-emissiefactoren aangeven. De resultaten van de CBS-studie kunnen echter niet gebruikt worden om met voldoende zekerheid af te leiden met hoeveel procent de ammoniakemissie uit emissiearme stallen in de Rav-emissiefactoren en de emissie-inventarisatie wordt onderschat in de praktijk. De resultaten van de CBS-studie leiden tot de conclusie dat de emissies van ammoniak, lachgas, stikstofoxiden en stikstofgas uit stallen en opslagen en bij mesttoediening herzien moeten worden.
    
    6.4.    De CDM heeft een lijst met acht acties opgesteld om te komen tot een betere analyse van de effectiviteit van emissiearme stallen. Er is meer systeembenadering en monitoring van emissies in en bij de stallen nodig; een veelheid van factoren bepaalt het succes (of het falen) van emissiearme stallen. Er is tot nu toe onvoldoende verificatie en controle geweest. Monitoring van emissies uit stallen maakt een betere controle mogelijk. De CDM adviseert om een onderzoeksplan met korte- en lange termijn onderzoek op te stellen en uit te voeren door vertegenwoordigers van de betrokken ministeries, landbouworganisaties, (internationale) onderzoeksinstellingen, omgevingsdiensten en bouwers.
    
    6.5.    In bijlage 2 van het CDM-advies staat over de vraag of er andere aanwijzingen zijn die iets kunnen zeggen over de effectiviteit van emissiearme stallen dat die stallen complexe systemen zijn en dat de emissiebeperking door een complex van factoren wordt beïnvloed. De CDM pleit voor meer systeembenadering, waarbij rekening wordt gehouden met alle factoren die de grootte van de ammoniakemissies uit stallen en mestopslagsystemen beïnvloeden. Belangrijke factoren zijn het management van het dier, het voer, de mest en de stal door de veehouder. Ook de voersamenstelling, het vloertype en de werking en frequentie van de mestrobots, ventilatie en voerbakkenplaatsing kunnen echter van invloed zijn. Daarnaast zijn de staat van het onderhoud en de slijtage van materialen en technieken van belang voor de ammoniakemissie.
    
    Bevatten de onderzoeken aanknopingspunten dat de emissie uit emissiearme stallen wordt onderschat?
    
    7.       Zoals uiteengezet in overwegingen 10 tot en met 10.3 in de uitspraak van de Afdeling van 7 september 2022, kunnen uit het CBS-rapport en CDM-advies alleen algemene conclusies en bevindingen worden afgeleid. Deze algemene conclusies en bevindingen hebben in algemene zin ook betrekking op emissiearme stalsystemen voor varkenshouderijen.
    
    Daarnaast kan uit bijlage B7.1 (pagina 47) van het CBS-rapport worden afgeleid dat voor 394 stallen met stalsysteem D3.2.7.1.1 in drie onderzoeksjaren een verlies van gemiddeld tussen 16-22% van de stikstof die via de mest wordt uitgescheiden, niet verklaard kan worden uit de gasvormige verliezen die berekend worden op basis van de ammoniakemissiefactor voor dit stalsysteem en de stikstofverliezen van lachgas, stikstofoxiden en stikstofgas. Bij een reguliere stal voor vleesvarkens (D3.1) is dit stikstofverlies tussen de 0-4% in de drie onderzoeksjaren bij 79 stallen. Het CBS constateert dat vooral bij emissiearme huisvesting het stikstofverlies groter is dan het verlies berekend met emissiefactoren.
    
    In het CBS-rapport wordt in algemene zin over de emissiefactoren van emissiearme stallen geconstateerd dat voor veel van dit soort stallen de ammoniakemissiefactoren niet op metingen zijn gebaseerd, maar afgeleid zijn van de gemeten emissies in andere stalsystemen. Voor vleesvarkens wordt geconstateerd dat de huidige emissiefactoren per dierplaats in het NEMA-model zijn gebaseerd op de methodiek van het ABO-model (ammoniakemissie besmeurd oppervlak) waarin nieuwe stalmetingen van Mosquera et al. (2010) zijn verwerkt. Deze emissiefactoren liggen hoger dan de emissiefactoren die voorheen werden toegepast. Bij het staltype D3.1 wordt het stikstofverlies vrijwel volledig verklaard uit de berekende emissies in het NEMA-model. De emissiefactoren in de Rav zijn echter niet gebaseerd op de nieuwe, hogere, stalmetingen maar op een herberekening van de bestaande gegevens. Vervolgens zijn die emissiefactoren in de Rav opgenomen. De resultaten van de metingen van Mosquera et al. (2010) duiden erop dat de herberekende emissiefactoren in de Rav mogelijk een onderschatting geven. Het onderzoek van Mosquera et al. zag op vier reguliere vleesvarkensstallen en twee stallen met een beperkt emitterend oppervlak.
    
    7.1.    Gelet op het voorgaande heeft de rechtbank terecht geoordeeld dat het CBS-rapport en het CDM-advies concrete aanknopingspunten bevatten dat de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem D3.2.7.1.1 de werkelijke ammoniakemissie van dat stalsysteem waarschijnlijk onderschatten. Zoals overwogen is in 10.3 van de uitspraak van 7 september 2022, volgt uit de rechtspraak van het Hof van Justitie dat bij de toepassing van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn uitgegaan moet worden van een strikte uitleg van het voorzorgsbeginsel en daarom niet voorbijgegaan kan worden aan de uitkomsten van het CBS-rapport en het CDM-advies. Daarbij is van belang dat de CDM de door het CBS gehanteerde onderzoeksmethode en toepassing daarvan heeft gecontroleerd en tot de conclusie is gekomen dat het onderzoek robuust is en de conclusies kan dragen.
    
    Het betoog slaagt niet.
    
    Leaflet
    
    8.       Niet in geschil is dat het voor een goede werking van een emissiearm stalsysteem essentieel is dat het systeem wordt uitgevoerd en gebruikt overeenkomstig de systeembeschrijving die is opgenomen in het bij het stalsysteem behorende leaflet. Het nummer van het bij het stalsysteem behorende leaflet is opgenomen in bijlage 1 bij de Rav. De systeembeschrijving bevat eisen over de technische uitvoering van het systeem en eisen over het gebruik van het systeem. De eisen over de technische uitvoering van het systeem betreffen eisen over de vloeruitvoering, het waterkanaal bij bolle vloer, het mestkanaal en het emitterend oppervlak daarvan en aflaat van de kanalen. De eisen over het gebruik van het systeem gaan over aflaat van het mestkanaal, dat in ieder geval na afloop van elke productieronde moet plaatsvinden, de overloop bij schuine wanden in het mestkanaal en de reiniging daarvan en het waterniveau in het waterkanaal en de aflaatfrequentie van het waterkanaal.
    
    8.1.    Artikel 3.123 van het Activiteitenbesluit milieubeheer bevat regels over de goede werking van een huisvestingssysteem. Dit artikel luidt:
    
    "1. Ten behoeve van de goede werking van een huisvestingssysteem en het voorkomen dan wel voor zover dat niet mogelijk is het zoveel mogelijk beperken van emissies naar de lucht, wordt ten minste voldaan aan het tweede en derde lid.
    
    2. Een huisvestingssysteem is uitgevoerd overeenkomstig de bij dat huisvestingssysteem behorende technische beschrijving, bedoeld in de bijlage bij de regeling op grond van artikel 1 van de Wet ammoniak en veehouderij.
    
    3. Degene die een inrichting drijft waarin landbouwhuisdieren worden gehouden in een huisvestingssysteem, draagt er zorg voor dat het huisvestingssysteem wordt gebruikt en onderhouden overeenkomstig de voorwaarden die noodzakelijk zijn voor een goede werking van het huisvestingssysteem."
    
    8.2.    Artikel 3.123, tweede lid, van het Activiteitenbesluit milieubeheer bevat een rechtstreekse verwijzing naar de eisen over de technische uitvoering van het systeem in het leaflet. Verder is niet in geschil dat in het derde lid met de woorden ‘overeenkomstig de voorwaarden die noodzakelijk zijn’ wordt verwezen naar de gebruikseisen die in het leaflet zijn opgenomen.
    
    8.3.    Het college meent dat verzekerd is dat de Rav-emissiefactor kan worden gehaald als het stalsysteem conform het leaflet is gebouwd en wordt gebruikt. De rechtbank heeft het college niet gevolgd in dit standpunt, maar geoordeeld dat zelfs bij strikte toepassing van alle vereisten niet is uitgesloten dat het project kan leiden tot significante effecten voor omliggende Natura 2000-gebieden.
    
    De Afdeling is, met de rechtbank, van oordeel dat naleving en handhaving van het leaflet niet verzekeren dat de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem kan worden gehaald. Zoals ook overwogen is in overweging 11.5 van de uitspraak van de Afdeling van 7 september 2022 staat in het CDM-advies dat emissiearme stalsystemen complexe systemen zijn en dat de emissiebeperking in emissiearme stallen door een complex van factoren wordt beïnvloed. Ook de staat van onderhoud en de slijtage van materialen en technieken beïnvloeden de grootte van de ammoniakemissies uit stallen. Volgens het CDM-advies is nader onderzoek nodig naar de factoren die bepalend zijn voor de goede werking van emissiearme stalsystemen en gaat het daarbij ook om factoren die niet terug te voeren zijn op de technische of gebruiksbeschrijving uit het leaflet.
    
    Het betoog slaagt niet.
    
    Kan er zolang er geen duidelijkheid is over de oorzaak van de mogelijke onderschatting toch gebruik gemaakt worden van de Rav-emissiefactor?
    
    9.       Het college stelt dat het nader onderzoek dat nodig is naar aanleiding van het CBS-rapport en CDM-advies niet betekent dat de Rav-emissiefactor nu niet kan worden toegepast. Het college moet zich immers bij de beslissing op de aanvraag voor een natuurvergunning baseren op de op dat moment best beschikbare wetenschappelijke kennis. Voor de berekening van de emissie uit emissiearme stallen is dat de Rav-emissiefactor die daarvoor is vastgesteld.
    
    9.1.    In overweging 7.1 is uiteengezet dat de rechtbank terecht heeft geconcludeerd dat er concrete aanknopingspunten zijn voor twijfel aan de juistheid van de Rav-emissiefactor voor emissiearme stallen in de varkenshouderij. Artikel 2.7 van de Wnb en artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn bieden geen ruimte om de Rav-emissiefactor voor stalsysteem D3.2.7.1.1. te gebruiken in een voortoets of passende beoordeling voor de beoordeling van de Wnb-vergunning(plicht), zolang onduidelijk is of deze factor kan worden gehaald. Het hierboven reeds aangehaalde voorzorgbeginsel dat aan artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn ten grondslag ligt en de strikte uitleg die het Hof van Justitie daaraan geeft in een voortoets en passende beoordeling, staan daaraan in de weg.
    
    Dit betekent dat, zolang de twijfel niet is weggenomen, de emissie van het emissiearme stalsysteem D3.2.7.1.1. niet met behulp van de Rav-emissiefactor voor dat stalsysteem met de vereiste zekerheid in kaart kan worden gebracht. Een berekening van de emissie met de Rav-emissiefactor voor stalsysteem D3.2.7.1.1 kan daarom nu niet zonder meer worden gebruikt in een voortoets waarin op grond van objectieve gegevens moet worden uitgesloten dat een project significante gevolgen kan hebben.
    
    Het betoog slaagt niet.
    
    Gemiddelde waarde
    
    10.     De Afdeling ziet in de aangevallen uitspraak niet dat de rechtbank heeft geoordeeld dat er concrete aanknopingspunten zijn om te twijfelen aan de Rav-emissiefactoren, omdat die factor tot stand is gekomen door de gemiddelde waarde te berekenen van de gemeten waarden. De rechtbank komt tot haar oordeel op grond van de volgende redenering. Omdat uit het onderzoek van het CBS en het advies van de CDM volgt dat er stikstofverliezen zijn die niet te verklaren zijn in vergelijking met de verwachte stikstofverliezen op basis van de Rav-emissiefactoren, staat onvoldoende vast dat het stalsysteem de reductie realiseert die het -gemiddeld- zou moeten realiseren.
    
    Het betoog slaagt niet.
    
    Referentiesituatie
    
    11.     In bijlage twee bij de natuurvergunning onder B1.2 is uiteengezet aan welke toestemming het college de referentiesituatie heeft ontleend. De kleinste vergunning is de Hinderwetvergunning van 6 april 1982. De Hinderwetvergunning is verleend voor 15 opfokkalveren, 57 melkkoeien en 325 vleesvarkens.
    
    In de revisievergunning van 10 maart 2000 staat dat een deel van de Hinderwetvergunning is vervallen, maar dat de vergunning in stand is gehouden voor 28 melkkoeien, 20 stuks vrouwelijk jongvee en 209 vleesvarkens. Het maatgevende jaar voor het vaststellen van de in stand gehouden rechten van de Hinderwetvergunning is 1984.
    
    De revisievergunning is aangevraagd voor 30 melkkoeien, 22 stuks vrouwelijk jongvee en 934 vleesvarkens. De aanvraag voor de revisievergunning is mede beoordeeld op basis van de Wet tot wijziging van de Interimwet ammoniak en veehouderij (Iav), de Uitvoeringsregeling ammoniak en veehouderij en het door de gemeente opgestelde ammoniakreductieplan (ARP), dat is vastgesteld op basis van de Iav. De veehouderij ligt op 300 m van een voor verzuring gevoelig bos en de gevraagde uitbreiding leidde tot een hogere depositie potentieel zuur per hectare per jaar ten opzichte van -het niet vervallen gedeelte- van de Hinderwetvergunning. Om de uitbreiding mogelijk te maken op grond van het ARP heeft de veehouderij extra productieruimte gekocht van andere varkenshouderijen: de eerste is gevestigd aan de [locatie 2] in Markelo en betreft 523 vleesvarkens (1307,5 kg/jaar NH3) en de tweede betreft een varkenshouderij aan de [locatie 3] in Olst met 472 vleesvarkens (1652,0 kg/jaar NH3).
    
    Voor de referentiesituatie is het saldo van de saldogevende bedrijven ten tijde van de referentiedatum meegenomen samen met het gedeelte van de Hinderwetvergunning dat niet is vervallen.
    
    11.1.  Zoals uiteengezet in overweging 9.4 van de uitspraak van de Afdeling van 19 december 2018 (ECLI:NL:RVS:2018:4192) kunnen de ammoniakrechten die in 2000 zijn aangekocht door de veehouderij in het kader van het ARP niet worden betrokken bij de berekening van de omvang van de ammoniakemissie die voortvloeit uit de toegestane bedrijfssituatie op de referentiedatum. Het bedrijf beschikte op 10 juni 1994 over een Hinderwetvergunning voor 28 melkkoeien, 20 stuks vrouwelijk jongvee en 209 vleesvarkens. De aankoop van de ammoniakrechten was een voorwaarde voor de verlening van de revisievergunning in 2000, en heeft niet -met terugwerkende kracht- geleid tot een wijziging van de vergunde situatie op de [locatie 1] in Olst, op 10 juni 1994. Dit betekent dat de rechtbank terecht heeft overwogen dat in de salderingsberekening voor de Natura 2000-gebieden met referentiedatum 10 juni 1994, ten onrechte het saldo van de aangekochte productieruimte is betrokken.
    
    Voor zover het college betoogt dat de referentiesituatie - ook voor de gebieden waarvoor 10 juni 1994 de referentiedatum is - kan worden ontleend aan de revisievergunning uit 2000 omdat die revisievergunning met in achtneming van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn is verleend, zoals bedoeld in artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb, overweegt de Afdeling het volgende.
    
    11.2.  Artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb luidt:
    
    "Artikel 2.7, tweede lid, is niet van toepassing op projecten en andere handelingen ten aanzien waarvan, voor 1 februari 2009, op grond van een andere wettelijke grondslag dan artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998 en met inachtneming van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn, een besluit is genomen waarbij dat project of die handeling is toegestaan, dan wel een aanvraag voor het nemen van dat besluit is gedaan en dat besluit na die datum onherroepelijk is geworden."
    
    11.3.  De rechtbank heeft terecht overwogen dat uit de revisievergunning niet blijkt dat deze is verleend met inachtneming van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn. De productieruimte is aangekocht om aan de Iav en het ARP te voldoen en is in dat kader getoetst. Deze beoordeling is niet gedaan om te bezien of significante gevolgen kunnen worden uitgesloten voor Natura 2000-gebieden, maar om gevolgen voor het voor verzuring gevoelig bos op 300 m van de veehouderij te voorkomen door het potentieel zuur per hectare per jaar niet te laten toenemen. Dat betekent dat de rechtbank terecht heeft vastgesteld dat de referentiesituatie moet worden ontleend aan de Hinderwetvergunning uit 1982 voor zover die niet is vervallen.
    
    11.4.  Voor zover het college stelt dat voor deze veehouderij het verschil tussen de emissie in de referentiesituatie zodanig groot is, dat zelfs bij minder reductie nog steeds op voorhand kan worden uitgesloten dat het project kan leiden tot significante effecten op de betreffende Natura 2000-gebieden, volgt de Afdeling dit standpunt niet. De Afdeling heeft hierboven vastgesteld dat de rechtbank terecht heeft geoordeeld dat de referentiesituatie, voor de Natura 2000-gebieden met als referentiedatum 10 juni 1994, moet worden ontleend aan het gedeelte van de Hinderwetvergunning dat niet is vervallen. In de referentiesituatie, waarbij geen rekening wordt gehouden met de saldogevende bedrijven, is sprake van een lagere emissie dan in de beoogde situatie. Alleen daarom al kan het betoog van het college niet slagen.
    
    11.5.  Voor zover het college in het nadere stuk van 20 juni 2023 heeft aangegeven dat, gelet op de 25 km rekengrens in Aerius, er geen sprake is van depositie op een Natura 2000-gebied met een aanwijsdatum van voor 24 maart 2000 en daarom aan de revisievergunning uit dat jaar een referentiesituatie kan worden ontleend, overweegt de Afdeling dat dit een omstandigheid is van na de uitspraak van de rechtbank en na het bestreden besluit en zij daarom niet toekomt aan de beoordeling van dit standpunt. De Afdeling wijst er wel op dat, ongeacht of een referentiesituatie kan worden ontleend aan de revisievergunning uit 2000, het oordeel onder 7.1 over de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem onverkort geldt. Zoals uiteengezet onder 9.1 betekent dit dat een berekening van de emissie met de Rav-emissiefactor voor stalsysteem D3.2.7.1.1 nu niet zonder meer kan worden gebruikt in een voortoets waarin op grond van objectieve gegevens moet worden uitgesloten dat een project significante gevolgen kan hebben. Nu de Afdeling niet toekomt aan een beoordeling van het bovenstaande standpunt van het college, komt de Afdeling ook niet toe aan het weerwoord van MOB en Leefmilieu over de 25 km rekengrens zoals verwoord ter zitting.
    
    Voor zover het college heeft verzocht dat de Afdeling zelf voorziend constateert dat uit het bovenstaande volgt dat significante effecten op de betreffende Natura 2000-gebieden zijn uitgesloten en de aanvraag van de veehouder afwijst omdat geen natuurvergunning nodig zou zijn, overweegt de Afdeling dat een dergelijke afweging en bevoegdheid primair hoort bij het college en het niet aan de Afdeling is om daar in dit geval als eerste, zelf voorziend, over te beslissen.
    
    Het betoog slaagt niet.
    
    Conclusie hoger beroep college
    
    12.     Gelet op wat hiervoor is overwogen is de Afdeling van oordeel dat de rechtbank terecht heeft overwogen dat met de toepassing van de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem D3.2.7.1.1 de emissie uit deze stal niet met de vereiste zekerheid kan worden vastgesteld. Gelet hierop en hetgeen is overwogen over de referentiesituatie kan niet op grond van objectieve gegevens worden uitgesloten dat de aangevraagde wijziging van de varkenshouderij ten opzichte van de referentiesituatie significante gevolgen heeft. Het hoger beroep van het college is ongegrond.
    
    12.1.  De Afdeling realiseert zich dat deze uitspraak de nadere besluitvorming over de aanvraag voor de natuurvergunning bemoeilijkt en vertraagt. Het voorzorgbeginsel dat aan artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn ten grondslag ligt en de strikte uitleg die het Hof van Justitie daaraan geeft in een voortoets en passende beoordeling, laten echter een andere uitkomst van de uitspraak niet toe.
    
    Proceskosten
    
    13.     Het college moet de proceskosten vergoeden. De Afdeling heeft op de zitting van 11 juli 2023 in totaal negen zaken behandeld over de Rav-emissiefactoren van melkveestallen, pluimveestallen en een varkensstal. Gezien de gezamenlijke behandeling ter zitting en de verwante onderwerpen, beschouwt de Afdeling alle zaken als samenhangende zaken. Er wordt één punt toegekend voor het verschijnen ter zitting. Omdat het om meer dan vier samenhangende zaken gaat, dient ingevolge onderdeel C2 van de bijlage bij het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de samenhangende zaken wegingsfactor 1,5 te worden toegepast. Het vorenstaande betekent dat de proceskosten in hoger beroep zullen worden vastgesteld op € 1255,50 (1 punt vermenigvuldigd met € 837,00 vermenigvuldigd met 1,5).
    
    Dit bedrag wordt over de zes zaken verdeeld waarin het college de proceskosten moet vergoeden (202203794/1/R2, 202203797/1/R2, 202203799/1/R2, 202203800/1/R2, 202203801/1/R2, 202203803/1/R2). Dit betekent dat per zaak het college zal worden veroordeeld tot het vergoeden van € 209,25.
    
    Griffierecht
    
    14.     Gelet op artikel 8:109, tweede lid, van de Awb wordt van het college griffierecht geheven.
    
    Beslissing
    
    De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
    
    I.        verklaart het hoger beroep ongegrond;
    
    II.       veroordeelt het college van gedeputeerde staten van Overijssel tot vergoeding van bij Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A en de Vereniging Leefmilieu in verband met de behandeling van het hoger beroep opgekomen proceskosten tot een bedrag van € 209,25,- geheel toe te rekenen aan door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand, met dien verstande dat bij betaling aan een van hen het bestuursorgaan aan zijn betalingsverplichting heeft voldaan;
    
    III.      bepaalt dat van het college van gedeputeerde staten van Overijssel een griffierecht van € 548,00 wordt geheven.
    
    Aldus vastgesteld door mr. R. Uylenburg, voorzitter, mr. J.W. van de Gronden en mr. M. Soffers, leden, in tegenwoordigheid van mr. J.J. Pistoor, griffier.
    
    w.g. Uylenburg
    voorzitter
    
    w.g. Pistoor
    griffier
    
    Uitgesproken in het openbaar op 4 oktober 2023
    
    932