ECLI:NL:RBLIM:2025:2782, Rechtbank Limburg, 26-03-2025, ROE 22 / 2694 en ROE 23 / 430
Rechtbank Limburg — Uitspraak 
Datum: 2025-03-26 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Verzoeken tot intrekken of wijzigen natuurvergunning afgewezen. Beroep gegrond, maar rechtsgevolgen in stand laten gelet op aanvullende motivering in het verweerschrift. Andere passende maatregelen voldoen aan voorwaarden Logtsebaan-uitspraak. Verweerder mocht daarom onder verwijzing naar deze andere passende maatregelen afzien van het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning.

RECHTBANK LIMBURG 
    
    
      Zittingsplaats Roermond 
    
    
    
      Bestuursrecht 
    
    
    
      zaaknummers: ROE 22 / 2694 en ROE 23 / 430 
    
    
      uitspraak van de meervoudige kamer van 26 maart 2025 in de zaken tussen
    Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A., uit Nijmegen, 
    
      Stichting Animal Rights (de Stichting), uit Den Haag, 
    
    
      eiseressen, 
      (gemachtigde: mr. D. Delibes),
    
    
    
      en
    
    
    het college van gedeputeerde staten van de provincie Limburg, verweerder 
    (gemachtigden: mr. A.C.H. Lahaije, [gemachtigde 1] en [gemachtigde 2] ).
    
    
      Als derde-partij neemt aan de zaken deel: [vergunninghoudster], uit [vestigingsplaats] (de vergunninghoudster),
      (gemachtigde: [gemachtigde 3] ).
    
    
    
  
  
    Procesverloop 
    
    
      Eiseressen hebben bij afzonderlijke brieven van 22 december 2021 verweerder verzocht om de natuurvergunning van 1 september 2016 in te trekken of te wijzigen. 
    
    
    
      Coöperatie Mobilisation for the Environment (hierna: MOB) heeft op 8 juli 2022 verweerder in gebreke gesteld vanwege niet tijdig beslissen op haar verzoek. Vervolgens heeft zij op 10 november 2022 beroep ingesteld bij de rechtbank wegens het niet tijdig beslissen op haar verzoek. Dit beroep van MOB heeft het zaaknummer ROE 22 / 2694. 
    
    
    
      Bij afzonderlijke besluiten van 22 december 2022 (de bestreden besluiten) heeft verweerder de verzoeken van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning van 
      1 september 2016 afgewezen. 
    
    
    
      Eiseressen hebben gezamenlijk tegen de bestreden besluiten beroep ingesteld. Het beroep van MOB heeft het zaaknummer ROE 22 / 2694 dat al was toegekend aan het beroep wegens niet tijdig beslissen en het beroep van de Stichting heeft het separate zaaknummer 
      ROE 23 / 430, omdat deze zaak niet is begonnen als beroep wegens niet tijdig beslissen. 
      Verweerder heeft op de beroepen van eiseressen gereageerd met een verweerschrift. De vergunninghoudster heeft geen gebruik gemaakt van haar mogelijkheid om een schriftelijke reactie in te dienen. Eiseressen hebben naar aanleiding van het verweerschrift een reactie ingediend. 
    
    
    
      De rechtbank heeft de beroepen van eiseressen op 16 januari 2025 op zitting behandeld. Hieraan hebben deelgenomen: de gemachtigde van eiseressen, de gemachtigden van verweerder en de gemachtigde van de vergunninghoudster.
    
    
    
      Ter zitting heeft MOB haar beroep tegen het niet tijdig nemen van een besluit ingetrokken onder de toezegging van verweerder tot het betalen van een proceskostenvergoeding aan MOB ter hoogte van € 907,-. 
    
    
    
  
  
    Overwegingen
    
    
      
        Overgangsrecht Omgevingswet  
      
    
    
    1. Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur Omgevingswet in werking getreden. Als een verzoek om intrekking van de (onherroepelijke) natuurvergunning is ingediend voor het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet blijft op grond van artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a, van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk voor dat tijdstip van toepassing tot het besluit op die aanvraag onherroepelijk wordt.
    
    2. De verzoeken tot het intrekken van de (onherroepelijke) natuurvergunning zijn in dit geval ingediend op 22 december 2021. Dat betekent dat op deze zaken de Wet natuurbescherming (Wnb), zoals die gold voor 1 januari 2024, van toepassing blijft.
    
    
      
        De besluitvorming 
      
    
    
    3. Bij besluit van 1 september 2016 heeft verweerder aan de vergunninghoudster een natuurvergunning verleend voor het exploiteren en uitbreiden van een varkenshouderij aan de [adres] te [vestigingsplaats] . De varkenshouderij ligt in de nabijheid van onder meer de Natura 2000-gebieden Roerdal en Meinweg. Deze gebieden zijn gevoelig voor stikstof en de varkenshouderij veroorzaakt stikstofdepositie op dit Natura 2000-gebied. De natuurvergunning is verleend met toepassing van het Programma Aanpak Stikstof (PAS). 
    
    4. Bij afzonderlijke brieven van 22 december 2021 hebben eiseressen verweerder verzocht om de natuurvergunning van 1 september 2016 in te trekken of te wijzigen op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb (intrekking omdat de vergunning is verleend in strijd met wettelijke voorschriften) en artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb (intrekking nodig ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn (Hrl). Eiseressen hebben in hun verzoeken aangegeven dat de natuurvergunning volgens hen in strijd met artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb is verleend omdat deze met toepassing van het PAS is verleend en daarom niet correct passend is beoordeeld. Eiseressen hebben hierbij gewezen op de uitspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (de Afdeling) van 29 mei 2019. Daarmee staat volgens eiseressen vast dat de natuurvergunning in strijd met wettelijke voorschriften is verleend en intrekking of wijziging hiervan op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb aan de orde is. Daarnaast hebben eiseressen in hun verzoeken aangegeven dat in de 
    Natura 2000-gebieden Roerdal en Meinweg sprake is van een (dreigende) verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de natuurwaarden. Het is volgens eiseressen eveneens evident dat de met de natuurvergunning van 1 september 2016 vergunde bedrijfssituatie hier effecten op heeft. Hierdoor moeten volgens eiseressen op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb in samenhang met artikel 6, tweede lid, van de Hrl passende maatregelen worden genomen. Aangezien er volgens eiseressen geen andere passende maatregelen zijn die uitvoering geven aan de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie binnen een afzienbare termijn, is het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb aan de orde. 
    
    5. Verweerder heeft de ontvangst van de verzoeken aan eiseressen bevestigd en eiseressen laten weten dat de besluiten op de verzoeken zullen worden voorbereid met de uitgebreide voorbereidingsprocedure. Verweerder heeft vervolgens op 7 juli 2022 ontwerpbesluiten genomen op de verzoeken van eiseressen. Verweerder is voornemens om de natuurvergunning van 1 september 2016 niet in te trekken of te wijzigen. Eiseressen hebben beide tegen de ontwerpbesluiten zienswijzen ingediend. 
    
    6. Bij de bestreden besluiten heeft verweerder de verzoeken van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning afgewezen. Verweerder heeft zich voor wat betreft artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb op het standpunt gesteld dat de natuurvergunning niet in strijd met wettelijke voorschriften is verleend. Ten tijde van het verlenen van de natuurvergunning werd volgens verweerder voldaan aan de op dat moment geldende relevante wettelijke bepalingen. Voor zover de natuurvergunning al in strijd met wettelijke voorschriften zou zijn verleend, stelt verweerder zich op het standpunt dat in het geval van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb sprake is van een discretionaire bevoegdheid en in redelijkheid geen aanleiding bestaat om de natuurvergunning in te trekken of te wijzigen. Verweerder heeft hierbij meegewogen dat de vergunninghoudster aan een onaantastbare vergunning rechtszekerheid mag ontlenen, dat al andere passende maatregelen worden genomen en dat van het intrekken van de natuurvergunning een beperkt effect uitgaat. Voor wat betreft artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb stelt verweerder zich op het standpunt dat het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning een te vergaande maatregel is aangezien reeds andere passende maatregelen zijn genomen. Verweerder heeft hierbij verwezen naar een pakket aan maatregelen op zowel landelijk als provinciaal niveau.  
    
    7. Eiseressen zijn het niet eens met de bestreden besluiten en hebben hiertegen beroep ingesteld.  
    Omvang van het geding 
    
    8. In deze zaken staat de vraag centraal of verweerder de verzoeken van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning heeft mogen afwijzen. De stikstofproblematiek is een maatschappelijk vraagstuk dat deze individuele zaken bij de rechtbank overstijgt. Voor zover eiseressen beogen om aan de orde te stellen dat de (provinciale) overheid in zijn algemeenheid onvoldoende maatregelen neemt om de stikstofproblematiek aan te pakken, zullen zij een procedure moeten starten tegen de Staat of de provincie bij de civiele rechter. De rechtbank moet beslissen op deze concrete zaken, aan de hand van de bestreden besluiten en op basis van de voorliggende beroepsgronden en niet meer dan dat.
    
    
      
        De standpunten van partijen
      
    
    
    9. Eiseressen vinden dat de natuurvergunning ingetrokken of gewijzigd had moeten worden op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb en artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb.
    
    
      
        De standpunten van partijen over de intrekkingsgrond ‘strijd met wettelijke voorschriften’ (artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb) 
      
    
    
    
      9.1.
      Eiseressen hebben voor wat betreft de intrekkingsgrond ‘strijd met wettelijke voorschriften’ het volgende aangevoerd. Op grond van artikel 6, derde lid, van de Hrl moet voor plannen en projecten met significante gevolgen een passende beoordeling worden gemaakt. Deze bepaling is geïmplementeerd in artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb. In het geval van de natuurvergunning van 1 september 2016 is de bedrijfsvoering vergund met toepassing van de passende beoordeling die ten grondslag ligt aan het PAS. Eiseressen wijzen in dit kader op de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019 (de PAS-uitspraak) waarin de Afdeling heeft geoordeeld dat het PAS is gebaseerd op een ondeugdelijke passende beoordeling. Daardoor is niet de vereiste zekerheid gegeven dat de bedrijfsvoering niet zal leiden tot negatieve effecten voor het Natura 2000-gebied. Gelet hierop is het PAS in strijd met artikel 6, derde lid, van de Hrl vastgesteld en dus ook in strijd met artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb. Volgens eiseressen is het gevolg hiervan niet dat een aantal nationaalrechtelijke bepalingen wegens strijd met Europees recht pas vanaf de PAS-uitspraak onverbindend waren maar dat deze altijd al onverbindend waren. Aangezien de natuurvergunning conform deze onverbindende bepalingen is verleend, is de vergunning in strijd met artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb verleend en is intrekking of wijziging hiervan op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb aan de orde. Daarnaast stellen eiseressen zich voor wat betreft de door verweerder te maken belangenafweging op het standpunt dat verweerder ten onrechte een zwaarwegend belang heeft toegekend aan de rechtszekerheid van de vergunninghoudster bij een onherroepelijke vergunning. Volgens eiseressen is dit niet een dermate zwaarwegend belang dat intrekking of wijziging van de natuurvergunning op voorhand als onevenredig beschouwd kan worden. In dit geval komt daar nog bij dat van de vergunning nog geen gebruik is gemaakt.
      
    
    
      9.2.
      Verweerder heeft zich in het verweerschrift, anders dan in de bestreden besluiten, op het standpunt gesteld dat de natuurvergunning inderdaad in strijd met wettelijke voorschriften is verleend nu deze met gebruikmaking van het PAS is vergund. Verweerder ziet echter geen aanleiding om gebruik te maken van zijn discretionaire bevoegdheid tot intrekking op deze grond. Dit gelet op de rechtszekerheid van de vergunninghoudster bij haar onherroepelijke vergunning, het feit dat volgens verweerder reeds (andere) passende maatregelen worden genomen en het beperkte effect dat uitgaat van het intrekken van de vergunning. Verweerder ziet in het feit dat van de vergunning deels nog geen gebruik is gemaakt, geen omstandigheid die meegewogen moet worden, gelet op de reden voor het nog niet gebruiken van de natuurvergunning. Om van de gehele natuurvergunning gebruik te kunnen maken, moet namelijk een stal worden bijgebouwd en de omgevingsvergunning daarvoor is nog niet onherroepelijk.
      
      
        
          De standpunten van partijen over de intrekkingsgrond ‘nodig ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hbr’ (artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb) 
        
      
      
    
    
      9.3.
      Eiseressen stellen zich voor wat betreft artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb op het standpunt dat in de Natura 2000-gebieden Roerdal en Meinweg sprake is van een (dreigende) verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de natuurwaarden. Volgens eiseressen is het verder evident dat de bedrijfssituatie van de varkenshouderij, die met de natuurvergunning van 1 september 2016 is vergund, hier effecten op heeft. Gelet hierop moeten op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb passende maatregelen worden getroffen. Volgens eiseressen heeft verweerder met de door hem genoemde maatregelen niet voldaan aan zijn motiveringsplicht om de verzoeken van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning af te wijzen. Dit omdat verweerder met de genoemde maatregelen niet inzichtelijk heeft gemaakt dat deze tot de noodzakelijke afname van stikstofdepositie zullen leiden, zoals de uitspraak van de Afdeling van 20 januari 2021 voorschrijft. Aangezien verweerder niet kan verwijzen naar een maatregelenpakket dat leidt tot de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie binnen afzienbare termijn, zijn aanvullende passende maatregelen nodig. Gelet hierop is het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb aan de orde volgens eiseressen.
      
    
    
      9.4.
      
        Verweerder stelt zich op het standpunt dat intrekking of wijziging van de natuurvergunning niet strikt noodzakelijk is ter uitvoering van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb en artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Verweerder erkent dat er in de 
        Natura 2000-gebieden Roerdal en Meinweg sprake is van een (dreigende) verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de natuurwaarden waardoor passende maatregelen moeten worden genomen. Verweerder vindt het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning echter een te vergaande maatregel aangezien de verslechtering kan worden voorkomen door het treffen van andere passende maatregelen. Verweerder heeft in het verweerschrift, naast de in de bestreden besluiten reeds genoemde landelijke en provinciale maatregelen, verschillende natuurherstel maatregelen beschreven die al zijn uitgevoerd of nog zullen worden uitgevoerd in of nabij de Natura 2000-gebieden. 
      
      
      
      
        
          De beoordeling door de rechtbank 
        
      
      
      
        
          Is de natuurvergunning in strijd met wettelijke voorschriften verleend? (artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb)  
        
      
      
      
        10.	Artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb bepaalt dat een vergunning kan worden ingetrokken of gewijzigd als de vergunning in strijd met wettelijke voorschriften is verleend. Als eerste moet dus beoordeeld worden of de vergunning van 
        1 september 2016 in strijd met wettelijke voorschriften is verleend. 
      
      
    
    
      10.1.
      De rechtbank overweegt als volgt. De Afdeling heeft in de PAS-uitspraak geoordeeld dat de passende beoordeling die aan het PAS ten grondslag lag niet voldoet aan de eisen die uit artikel 6 van de Hrl voortvloeien. De Afdeling heeft het PAS onverbindend verklaard, waarbij erop is gewezen dat natuurvergunningen die in rechte onaantastbaar zijn hun rechtsgevolg behouden. De natuurvergunning van de varkenshouderij is ook na de PAS-uitspraak dus van kracht gebleven. De rechtbank overweegt dat dit echter niet wegneemt dat een onverbindendverklaring jegens een ieder geldt en niet beperkt is tot de in die uitspraak voorliggende zaak: zij heeft in zoverre terugwerkende kracht. Dit betekent dat het PAS niet in de wet had mogen worden opgenomen. Naar het oordeel van de rechtbank is de vergunning, ondanks dat deze in rechte onaantastbaar is, dan ook verleend in strijd met wettelijke voorschriften en doet de in artikel 5.4, eerste lid, onder c, van de Wnb genoemde omstandigheid zich voor. Dit is tussen eiseressen en verweerder ook niet langer in geschil.
      
    
    
      10.2.
      Verweerder is gelet op het voorgaande bevoegd om de natuurvergunning van de varkenshouderij in te trekken of te wijzigen op grond van artikel 5.4, eerste lid, onder c, van de Wnb.
      
      
        
          De samenhang tussen artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb en artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb 
        
      
      
      
        11.	Bij de toepassing van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb is sprake van een zogenoemde discretionaire bevoegdheid van verweerder. Dit betekent dat verweerder niet verplicht is om deze bevoegdheid te gebruiken. Hij moet een afweging maken van de betrokken belangen bij de vraag of hij van zijn bevoegdheid tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning gebruik zal maken.
      
      
    
    
      11.1.
      Verweerder kent aan het belang van de vergunninghoudster bij behoud van de rechtens onaantastbare natuurvergunning een zwaarwegend gewicht toe. Het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning beschouwt verweerder als onevenredig. Daarnaast heeft de intrekking van deze individuele natuurvergunning volgens verweerder nauwelijks enig positief effect op de Natura 2000-gebieden. Ook bestaat er volgens verweerder geen aanleiding om de natuurvergunning in te trekken of te wijzigen vanwege het feit dat reeds (andere) passende maatregelen worden genomen. 
      
    
    
      11.2.
      Artikel 5.4, tweede lid van de Wnb bepaalt dat een vergunning wordt ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Artikel 6, tweede lid, van de Hrl voorziet in een permanente beschermingsverplichting en strekt ertoe dat passende maatregelen getroffen worden als verslechtering of significante verstoring van natuurlijke habitats en habitats van soorten dreigt.
      
    
    
      11.3.
      In artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb ligt besloten dat een grond voor intrekking of wijziging van een natuurvergunning aanwezig is als een verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden in een Natura 2000-gebied dreigt en de activiteit waarvoor de natuurvergunning is verleend effecten heeft op die natuurwaarden. Anders dan bij het eerste lid, heeft verweerder bij toepassing van het tweede lid geen ruimte voor een belangenafweging. Uit de Logtsebaan-uitspraak volgt dat verweerder bij toepassing van dit artikel wel beoordelingsruimte heeft bij de keuze van de maatregelen die passend zijn om verslechteringen of verstoringen met significante gevolgen voor de natuurwaarden in een Natura 2000-gebied te voorkomen. Het intrekken of wijzigen van een natuurvergunning is in het licht daarvan niet altijd en zonder meer de passende maatregel die moet worden getroffen.
      
    
    
      11.4.
      Uit de Logtsebaan-uitspraak volgt dat het eerste en tweede lid van artikel 5.4 van de Wnb in samenhang moeten worden gelezen, gelet op de geschiedenis van de totstandkoming van artikel 5.4. De Afdeling heeft overwogen dat als de c- of d-grond uit het eerste lid van toepassing is én uit de herbeoordeling van de vergunde activiteit volgt dat deze, anders dan ten tijde van de vergunningverlening werd verondersteld, leidt tot een (dreigende) verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden, dat dan ook artikel 5.4, tweede lid, van belang is.
      
    
    
      11.5.
      Verweerder stelt zich in dit concrete geval op het standpunt dat het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning niet strikt noodzakelijk is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Verslechtering kan worden voorkomen door het treffen van andere passende maatregelen. Verweerder heeft zowel in de bestreden besluiten als in het verweerschrift verschillende natuurherstelprojecten beschreven die al zijn uitgevoerd of nog zullen worden uitgevoerd in of nabij de Natura 2000-gebieden.
      
    
    
      11.6.
      Zowel bij de beoordeling op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb als bij de beoordeling op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb heeft verweerder dus afgezien van het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning onder verwijzing naar andere maatregelen.  
      
      
        
          Mocht verweerder afzien van het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning onder verwijzing naar de andere passende maatregelen? 
        
      
      
      
        12.	Tussen partijen is niet in geschil dat bij (in ieder geval) de stikstofgevoelige Natura 2000-gebieden Roerdal en Meinweg een verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden dreigt, én dat de activiteiten van de varkenshouderij daarop effecten hebben. Gelet op artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb moeten in dat geval dus passende maatregelen worden genomen. 
      
      
    
    
      12.1.
      De rechtbank overweegt dat uit de Logtsebaan-uitspraak duidelijke kaders volgen voor de vraag waaraan de motivering van het bevoegd gezag moet voldoen als het niet kiest voor intrekking of wijziging van de natuurvergunning als passende maatregel. De enkele constatering dat andere passende maatregelen kunnen, zullen of al worden getroffen, is onvoldoende. Het bevoegd gezag moet inzichtelijk maken met welke maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie binnen afzienbare tijd. De rechtbank zal het standpunt van verweerder dat andere passende maatregelen genomen zijn en zullen gaan worden in het licht hiervan beoordelen.
      
    
    
      12.2.
      In de bestreden besluiten heeft verweerder op het volgende gewezen. Op 1 juli 2021 is de Wet tot wijziging van de Wet natuurbescherming en de Omgevingswet (stikstofreductie en natuurverbetering) (Wsn) in werking getreden. Het doel en de strekking van deze wet is om ervoor te zorgen dat de natuur sterker wordt en dat de stikstofuitstoot en depositie omlaag gaat. Op den duur moet de achtergrondconcentratie lager worden dan de kritische depositiewaarden (KDW) voor de beschermde natuur. De Wsn bepaalt via het ingevoegde artikel 1.12a, eerste lid, van de Wnb concrete resultaatsverplichtingen wat betreft het percentage van het areaal van de voor stikstofgevoelige habitats in Natura 2000-gebieden dat niet hoger mag zijn dan de KDW. Om deze verplichtingen te bereiken zal de Minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit conform artikel 1.12b Wnb een programma vaststellen waarin onder andere maatregelen zijn opgenomen om de vermindering van stikstofdepositie te bereiken. In dit programma worden, naast de bovengenoemde resultaatsverplichtingen, tussentijdse doelstellingen opgenomen met het oog op het tijdig voldoen aan de verplichtingen en de in het programma opgenomen maatregelen voor het bereiken van de instandhoudingsdoelstellingen (artikel 1.12b Wnb). Ter uitwerking van dat programma stelt verweerder een gebiedsplan vast (artikel 1.12fa Wnb) waarin gebiedsgericht onder andere de verwachte gevolgen van de maatregelen worden beschreven. Deze gebiedsplannen zijn in juli 2023 opgeleverd. Op provinciaal niveau heeft verweerder op 28 januari 2020 het Aanvalsplan Stikstof Limburg vastgesteld met daarin een gestructureerde aanpak om de stikstofdepositie in de stikstofgevoelige Limburgse natuurgebieden substantieel te verminderen. In deze gebiedsgerichte aanpak wordt per gebied onderzocht welke bronnen een negatieve invloed hebben op de natuurkwaliteit en waar ontwikkelingen mogelijk zijn. Daarbij wordt niet alleen gekeken naar de land- en tuinbouwsector, maar ook naar andere sectoren zoals industrie, mobiliteitsaspecten, energie- en bouwsector, aldus verweerder in de bestreden besluiten. 
      
    
    
      12.3.
      Naar het oordeel van de rechtbank voldoen de hiervoor door verweerder in de bestreden besluiten beschreven maatregelen niet aan de voorwaarden zoals die volgen uit de Logtsebaan-uitspraak, zoals onder 12.1. weergegeven. Verweerder heeft naar het oordeel van de rechtbank namelijk niet inzichtelijk gemaakt op welke wijze deze maatregelen bijdragen aan de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie in de Natura 2000-gebieden. Hoewel het niet nodig is om concreet aan te geven welke maatregel tot dezelfde reductie van de stikstofdepositie leidt als de intrekking of wijziging van de natuurvergunning zou leiden, moet wel duidelijk worden gemaakt of de maatregelen effectief zijn en op welke termijn. Aangezien onduidelijk is wanneer verwacht wordt dat de maatregelen effectief zullen zijn en wat de effecten hiervan zijn bevatten de bestreden besluiten op dit punt een motiveringsgebrek. De bestreden besluiten zijn daarmee in strijd met artikel 7:12, eerste lid, van de Awb dat vereist dat deze berusten op een deugdelijke motivering.
      
    
    
      12.4.
      Gelet op het voorgaande zal de rechtbank de beroepen van eiseressen gegrond verklaren en de bestreden besluiten vernietigen. De rechtbank ziet echter aanleiding om de rechtsgevolgen van de bestreden besluiten in stand te laten. Hieronder legt de rechtbank uit hoe zij tot dit oordeel komt. 
      
    
    
      12.5.
      
        In het verweerschrift heeft verweerder gewezen op de actuele AERIUS-Calculator berekening van de natuurvergunning. Verweerder heeft de stikstofdepositie bij de bijbehorende natuurvergunning nogmaals berekend met de nieuwste versie van AERIUS-Calculator (AERIUS 2024). De resultaten laten zien dat er sprake is van een hoogste bijdrage van 1,89 mol/ha/j op het Natura 2000-gebied Roerdal en 1,01 mol/ha/j op het Natura 2000-gebied Meinweg. Volgens verweerder geven de metingen van het ‘Meetnet Ammoniak in Natuurgebieden’ (MAN) geen betrouwbaar beeld van de depositie die neerkomt op de Natura 2000-gebieden en dus op de diverse habitattypen. Die MAN metingen fluctueren namelijk aanzienlijk van jaar op jaar vanwege wisselende weersomstandigheden. Ze zeggen dus niet zo veel over de effectiviteit van maatregelen. Volgens verweerder kan daarvoor beter naar de AERIUS monitor worden gekeken. Verweerder heeft een uitdraai van de AERIUS monitor bij het verweerschrift overgelegd. Daar zijn de ‘Maatregel gerichte aankoop en beëindiging veehouderijen nabij natuurgebieden’ (MGA) -1 en de ‘Subsidieregeling sanering varkenshouderij’ (Srv) in betrokken. De AERIUS Monitor laat zien dat de stikstofdepositie in elk betrokken Natura 2000-gebied daalt en dat de daling volgens de prognoses doorzet. Daarnaast heeft verweerder gewezen op een pakket aan landelijke maatregelen zoals het Programma Stikstofreductie en Natuurverbetering (Psn) met diverse bronmaatregelen binnen de sectoren mobiliteit, industrie landbouw en bouw, alsmede de natuurherstelmaatregelen via het Programma Natuur en Subsidiemodule investering in bewezen innovaties voor veehouderijen met piekbelasting (Sbv). De Landelijke beëindigingsregeling veehouderijlocaties voor stikstofreductie (Lbv) stond open van 3 juli tot en met 1 december 2023 en in Limburg zijn 28 aanvragen ingediend. De Landelijke beëindigingsregeling veehouderijlocaties met piekbelasting (Lbv- plus) is opengesteld op 3 juli 2023 en men kon tot 20 december 2024 een aanvraag indienen. Op peildatum 11 december 2024 waren landelijk reeds 1501 aanvragen ingediend voor deelname aan de Lbv en Lbv-plus. Daarvan zijn in de gemeente Venray al 73 aanvragen ingediend en in Nederweert 39. In totaal zijn er reeds 267 aanvragen in Limburg ingediend en daarvan zijn er 235 toegekend. Per 
        18 november 2024 is de Landelijke beëindigingsregeling veehouderijlocaties kleinere sectoren (Lbv kleinere sectoren) opengesteld tot en met 20 december 2024, waarvoor een budget beschikbaar is van € 50.000.000,-. Inmiddels is ook de Regeling provinciale beëindiging veehouderijlocaties (Rpgb) (ook wel de Maatregel Gebiedsgerichte beëindiging, MGB) gepubliceerd waarvoor een budget van ongeveer €110.000.000,- beschikbaar is gesteld (te verdelen over de provincies). Voor de MGA-regeling geldt dat de Wnb-vergunningen van de 23 deelnemende Limburgse deelnemers inmiddels definitief en onherroepelijk zijn ingetrokken. Voor de Natura 2000-gebieden Roerdal en Meinweg gaat het om een indicatieve bijdrage van 1.648,00 mol N/ha/jr. en 25,65 mol N/ha/jr. Verweerder heeft ook voor andere Natura 2000-gebieden aangegeven wat de indicatieve bijdrage van de MGA-regeling is. Ten aanzien van de LBV-plus-regeling wijst verweerder erop dat voor 
        28 Limburgse deelnemers daadwerkelijk op korte termijn de besluiten tot intrekking van de vigerende Wnb-vergunningen worden vastgesteld. Voor de Natura 2000-gebieden Roerdal en Meinweg gaat het om een indicatieve bijdrage van 2,65 respectievelijk 16,27 mol N/ha/jr. Voor de Srv-regeling geldt dat de Wnb-vergunning van de 47 deelnemende Limburgse deelnemers inmiddels definitief en onherroepelijk zijn ingetrokken. Voor de Natura 2000-gebieden Roerdal en Meinweg gaat het om een indicatieve bijdrage van 3,47 respectievelijk 3,25 mol N/ha/jr.
      
    
    
      12.6.
      Naar het oordeel van de rechtbank voldoet het geheel aan de hiervoor door verweerder in het verweerschrift beschreven maatregelen aan de voorwaarden zoals die volgen uit de Logtsebaan-uitspraak. Verweerder heeft naar het oordeel van de rechtbank inzichtelijk gemaakt op welke wijze deze maatregelen bijdragen aan de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie in de betrokken Natura 2000-gebieden. Ook heeft verweerder voldoende onderbouwd dat de maatregelen effectief zijn en wat de concrete effecten zijn voor de betrokken Natura 2000-gebieden. 
      
    
    
      12.7.
      Dat een deel van de natuurvergunning nog niet is gerealiseerd, maakt in dit geval niet dat verweerder intrekking van de natuurvergunning wel noodzakelijk had moeten achten. De rechtbank overweegt daartoe als volgt. In de Logtsebaan-uitspraak heeft de Afdeling geoordeeld dat langdurige leegstand en het ongebruikt laten van een vergunning geen omstandigheden zijn als bedoeld in artikel 5.4, eerste lid, onder d, van de Wnb waaraan het college de bevoegdheid kan ontlenen om een vergunning in te trekken, maar dat deze omstandigheden wel een rol kunnen spelen in de belangenafweging en de invulling van de beoordelingsruimte of de intrekking een passende maatregel is die nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn. De rechtbank overweegt dat in dit geval de natuurvergunning deels nog niet gebruikt is omdat daarvoor nog een juridisch beletsel bestaat: de benodigde omgevingsvergunning is nog niet onherroepelijk. Het feit dat de omgevingsvergunning niet onherroepelijk is, betekent dat vergunninghoudster aan de natuurvergunning slechts een beperkte rechtszekerheid kan ontlenen: dat de betreffende stal gebouwd kan worden, staat immers in rechte niet vast nu de natuurvergunning slechts een van de beide benodigde toestemmingen is. Ter zitting is gebleken dat de natuurvergunning voor ongeveer 5/6 deel inmiddels is gebruikt en voor 1/6 deel niet. De genoemde beperkte rechtszekerheid geldt dus slechts voor een klein deel. Met verweerder is de rechtbank bovendien van oordeel dat deze situatie wat betreft de belangenafweging een andere situatie is dan die waarin een vergunninghouder kennelijk niet de intentie (meer) heeft om de natuurvergunning te gaan gebruiken.
      
    
    
      12.8.
      Verweerder mag zich naar het oordeel van de rechtbank dan ook onder verwijzing naar de genoemde maatregelen op het standpunt stellen dat er op dit moment al dusdanige andere maatregelen worden genomen dat het op dit moment intrekken van deze specifieke natuurvergunning niet noodzakelijk is. Daarmee is de afwijzing van de verzoeken van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning alsnog voldoende gemotiveerd waardoor de rechtsgevolgen van de bestreden besluiten in stand kunnen worden gelaten. 
      
      
      
        
          Conclusie en gevolgen
        
      
      
      
        13.	Aangezien de bestreden besluiten niet deugdelijk gemotiveerd zijn en dus in strijd met artikel 3:46, eerste lid, van de Awb zijn genomen, zijn de beroepen van eiseressen gegrond. De rechtbank vernietigt daarom de bestreden besluiten. 
      
      
    
    
      13.1.
      Verweerder heeft echter met de aanvullende motivering in het verweerschrift alsnog deugdelijk gemotiveerd waarom intrekking van de natuurvergunning niet noodzakelijk is. Daarom ziet de rechtbank aanleiding om met toepassing van artikel 8:72, derde lid, aanhef en onder a, van de Awb de rechtsgevolgen van de bestreden besluiten in stand te laten. Dat betekent dat verweerder de verzoeken van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning mocht afwijzen. 
      
    
    
      13.2.
      Omdat de beroepen van eiseressen gegrond zijn, moet verweerder het griffierecht aan eiseressen vergoeden. Van beide eiseressen is afzonderlijk griffierecht geheven, nu de beide procedures op een verschillend moment gestart zijn (zie het procesverloop). Eiseressen krijgen ook een vergoeding van hun proceskosten. Verweerder moet deze vergoeding betalen. Deze vergoeding bedraagt op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand € 1.814,-. Dit omdat de gemachtigde van eiseressen hetzelfde beroepschrift in beide zaken heeft ingediend en aan de zitting heeft deelgenomen, dus één punt voor het beroepschrift en één punt voor de zitting, met een waarde van € 907,- per punt en een gemiddeld gewicht van de zaken. Verder zijn er geen kosten gemaakt die vergoed kunnen worden.
      
      
      
      
      
      
      
      
      
      
      
      
      
      
      
    
  
  
    Beslissing
    
    
      De rechtbank: 
    
    
    
      
        verklaart de beroepen van eiseressen gegrond;
      
      
        vernietigt de bestreden besluiten; 
      
      
        bepaalt dat de rechtsgevolgen van de vernietigde besluiten in stand blijven; 
      
      
        bepaalt dat verweerder het betaalde griffierecht van € 365,- per eiseres aan eiseressen moet vergoeden, in totaal dus € 730,-; 
      
      
        veroordeelt verweerder tot betaling van € 1.814,-. aan proceskosten van eiseressen. 
      
    
    
    
    
    
    
      Deze uitspraak is gedaan door mr. A. Snijders, voorzitter, mr. G.A. van der Straaten en mr. M.B.L. van der Weele leden, in aanwezigheid van mr. A.E.M. Genders, griffier. De uitspraak is uitgesproken in het openbaar op 26 maart 2025 			.
    
    
    
    
    
    
    
    
      
        
        
        
          
            
              griffier
            
            
              rechter
            
          
        
      
    
    
    
    
      Een afschrift van deze uitspraak is verzonden aan partijen op: 26 maart 2025 
    
    
    
  
  
    Informatie over hoger beroep
    Een partij die het niet eens is met deze uitspraak, kan een hogerberoepschrift sturen naar de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waarin wordt uitgelegd waarom deze partij het niet eens is met deze uitspraak. Het hogerberoepschrift moet worden ingediend binnen zes weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. Kan de indiener de behandeling van het hoger beroep niet afwachten, omdat de zaak spoed heeft, dan kan de indiener de voorzieningenrechter van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State vragen om een voorlopige voorziening (een tijdelijke maatregel) te treffen.  
    
    
      
        Juridisch kader 
      
    
    
    
      
        Wet natuurbescherming 
      
    
    
    
      Artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c 
    
    
    1. Een bij of krachtens deze wet verleende vergunning of ontheffing kan worden ingetrokken of gewijzigd indien:
    
    
      
        (…)
      
    
    
    
      c. de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing in strijd met wettelijke voorschriften is verleend, of
    
    
    
      
        (…) 
      
    
    
    
      Artikel 5.4, tweede lid
    
    
    2. Een vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, wordt in elk geval ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn.
    
    
      
        Habitatrichtlijn 
      
    
    
    
      Artikel 6, tweede lid 
    
    
    
      
        	(…) 
      
    
    
    2. De Lid-Staten treffen passende maatregelen om ervoor te zorgen dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in de speciale beschermingszones niet verslechtert en er geen storende factoren optreden voor de soorten waarvoor de zones zijn aangewezen voor zover die factoren, gelet op de doelstellingen van deze richtlijn een significant effect zouden kunnen hebben.
    
    
      
        (…) 
      
    
    
    
    
  
  
     Vergunninghoudster is de huidige drijver van de inrichting, die de vergunning heeft overgenomen van Sebava B.V., waaraan de vergunning was verleend.
  
  
     Op grond van artikel 6:20, derde lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) heeft het beroep van MOB tegen het niet tijdig nemen van een besluit mede betrekking op het alsnog genomen besluit door verweerder. 
  
  
     Richtlijn 92/43/EEG van de Raad van de Europese Gemeenschappen van 21 mei 1992 inzake de instandhouding van de natuurlijke habitats en de wilde flora en fauna.
  
  
     ECLI:NL:RVS:2019:1603. 
  
  
     Afdeling 3.4. van de Awb en hoofdstuk 5 van de Wnb. 
  
  
     ECLI:NL:RVS:2019:1603.
  
  
     ECLI:NL:RVS:2021:71 (Logtsebaan-uitspraak). 
  
  
     ECLI:NL:RVS:2019:1603, r.o. 32.7. 
  
  
     ECLI:NL:RVS:2021:71. 
  
  
     ECLI:NL:RVS:2021:71, r.o. 6.4 en 6.5.