ECLI:NL:RBMNE:2023:1714, Rechtbank Midden-Nederland, 14-04-2023, UTR 22/1453
Rechtbank Midden-Nederland — Uitspraak 
Datum: 2023-04-14 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht; Omgevingsrecht

Samenvatting: Wnb. Positieve weigering na intern salderen met een milieuvergunning uit 2008. Artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb is niet van toepassing op de milieuvergunning, omdat deze vergunning niet voorziet in een toetsing aan artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn.

RECHTBANK MIDDEN-NEDERLAND
  
  
    Zittingsplaats Utrecht
  
  
    Bestuursrecht
  
  
    zaaknummer: UTR 22/1453 
  
  
    uitspraak van de meervoudige kamer van 14 april 2023 in de zaak tussen
  
    
      Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A., uit Nijmegen, eiseres
    (gemachtigde: mr. D. Delibes),
    
    
      en
    
    
  
  
    het college van gedeputeerde staten van de provincie Flevoland, verweerder
    (gemachtigde: mr. S.J. van Winzum)
    
  
  
    Als derde-partij heeft aan de zaak deelgenomenZuiderzee B.V. uit Creil 
    (gemachtigde: mr. P.P.A. Bodden)
    
    
    
    
      Partijen worden hierna MOB, gedeputeerde staten en Zuiderzee genoemd.
    
    
    
  
  
    Inleiding
    
    1. Zuiderzee exploiteert een varkenshouderij op het perceel Noordermeerpad 1 in Creil . Het bedrijf veroorzaakt stikstofdepositie op verschillende Natura 2000-gebieden. In 2016 heeft Zuiderzee een aanvraag voor een natuurvergunning ingediend vanwege wijzigingen in de bedrijfsvoering. Gedeputeerde staten zijn op grond van de Wet natuurbescherming (Wnb) verantwoordelijk voor de beoordeling van de gevolgen van plannen en projecten op de Natura 2000-gebieden. 
    
    2. Deze zaak gaat over het besluit van gedeputeerde staten van 4 februari 2022. In dit besluit hebben gedeputeerde staten zich op het standpunt gesteld dat de wijziging in de bedrijfsvoering van Zuiderzee niet vergunningplichtig is op grond van de Wnb. Door intern salderen is ten opzichte van de referentiedatum geen sprake van een toename van stikstofdepositie op stikstofgevoelige Natura 2000-gebieden. Gedeputeerde staten hebben de natuurvergunning daarom geweigerd. Dit is een zogenoemde ‘positieve weigering’. MOB kan zich hiermee niet verenigen. 
    
  
  
    Voorgeschiedenis
    
    3. Deze zaak speelt al lang. Zuiderzee heeft de aanvraag om een natuurvergunning in 2016 ingediend. Na toepassing van de uniforme openbare voorbereidingsprocedure is de natuurvergunning bij besluit van 25 april 2017 verleend. MOB stelde daartegen beroep in. Met de uitspraak van 2 september 2019 heeft deze rechtbank het beroep van MOB gelet op artikel 6:13 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) niet-ontvankelijk verklaard.
    
    4. Het hoger beroep van MOB is door de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (de Afdeling) gegrond verklaard, omdat na het Varkens in Nood-arrest van het Hof van Justitie de rechtspraak is gewijzigd en artikel 6:13 van de Awb buiten toepassing blijft in een beroepsprocedure tegen een besluit in een omgevingsrechtelijke zaak die is voorbereid met toepassing van de uniforme openbare voorbereidingsprocedure. De Afdeling heeft vervolgens het besluit van 25 april 2017 vernietigd, omdat de natuurvergunning is verleend onder verwijzing naar de passende beoordeling die voor de PAS is gemaakt en in haar uitspraak van 29 mei 2019 is geoordeeld dat die beoordeling niet voldoet aan de eisen die uit artikel 6 van de Habitatrichtlijn voortvloeien. Het gevolg hiervan is dat gedeputeerde staten opnieuw op de aanvraag moesten beslissen. Dat hebben gedeputeerde staten gedaan met het besluit dat in deze zaak ter beoordeling voorligt.
    
  
  
    Verloop van de procedure 
    
    5. Gedeputeerde staten hebben op het beroep gereageerd met een verweerschrift. Zuiderzee heeft ook een schriftelijke reactie gegeven. MOB heeft op beide stukken weer schriftelijk gereageerd. 
    
    6. De rechtbank heeft het beroep op 21 maart 2023 op zitting behandeld. Hieraan hebben deelgenomen: de gemachtigden van MOB, gedeputeerde staten en Zuiderzee en mr. N. Bree, juridisch adviseur Wet natuurbescherming bij gedeputeerde staten.
    
  
  
    Beoordeling door de rechtbank
    
    
      
        Geschilpunt 
      
    
    7. Partijen verschillen van mening over het antwoord op de vraag of de wijziging in de bedrijfsvoering van Zuiderzee natuurvergunningplichtig is. De vraag staat centraal of intern gesaldeerd mag worden met een onherroepelijke milieuvergunning van Zuiderzee. De vraag die partijen daarbij verdeeld houdt is of de milieuvergunning onder de overgangsrechtelijke bepaling uit artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb valt en bij het intern salderen als referentiesituatie gebruikt kan worden. 
    
    
      
        Oordeel rechtbank 
      
    
    8. De rechtbank komt in deze uitspraak tot het oordeel dat artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb niet van toepassing is op de milieuvergunning, omdat deze vergunning niet voorziet in een toetsing aan artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn. De milieuvergunning mag daarom niet gebruikt worden om intern mee te salderen. Dat brengt de rechtbank tot het oordeel dat gedeputeerde staten zich ten onrechte op het standpunt hebben gesteld dat de bedrijfswijziging door intern salderen niet leidt tot een toename van stikstofdepositie en daarom niet natuurvergunningplichtig is. Hierna legt de rechtbank uit hoe zij tot dit oordeel komt en welke gevolgen dit oordeel heeft.
    
    
      
        Grondslag positieve weigering
      
    
    9. De natuurvergunning is geweigerd, omdat de aangevraagde situatie ten opzichte van de referentiesituatie volgens gedeputeerde staten en volgens Zuiderzee niet leidt tot een toename van stikstofdepositie. Dat staat bekend als intern salderen. Bij intern salderen is volgens vaste rechtspraak van de Afdeling op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging significante gevolgen voor een stikstofgevoelig Natura 2000-gebied heeft. Projecten die met intern salderen niet tot een toename van stikstofdepositie leiden zijn daarom (sinds de wetswijziging van artikel 2.7, tweede lid, Wnb per 1 januari 2020) niet langer vergunningplichtig. Volgens gedeputeerde staten kan de milieuvergunning van 16 juni 2008, gelet op artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb, als referentiesituatie gebruikt worden.
    
    
      
        Toetsingskader 
      
    
    10. Op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb geldt een vergunningplicht voor plannen of projecten die significante gevolgen kunnen hebben voor een Natura 2000-gebied. 
    
    11. In artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb staat dat artikel 2.7, tweede lid, niet van toepassing is op projecten en andere handelingen ten aanzien waarvan, voor 1 februari 2009, op grond van een andere wettelijke grondslag dan artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998 en met inachtneming van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn, een besluit is genomen waarbij dat project of die handeling is toegestaan, dan wel een aanvraag voor het nemen van dat besluit is gedaan en dat besluit na die datum onherroepelijk is geworden.
    
    12. Artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb bevat een uitzondering op de vergunningplicht. Het gaat om een overgangsrechtelijke bepaling. Uit de Memorie van Toelichting bij dit artikel volgt dat de implementatie van de Habitatrichtlijn met de wijzigingen van de Natuurbeschermingswet 1998 per 1 oktober 2005 en 1 februari 2009 is gecomplementeerd en sindsdien voorziet in een zelfstandig regime ter toetsing van projecten en andere handelingen aan de vereisten van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn. Tot die tijd werd de toetsing van projecten en handelingen aan de vereisten van artikel 6 van de Habitatrichtlijn zoveel mogelijk verricht bij het nemen van andere besluiten die voorzagen in de autorisatie van het project of de handeling, bijvoorbeeld milieu(revisie)vergunningen, vrijstellingen op grond van artikel 19 van de Wet op de ruimtelijke ordening, bestemmingsplannen en ontgrondingenvergunningen. Dit op basis van een zogenoemde richtlijnconforme interpretatie van de rechtstreeks werkende onderdelen van artikel 6 van de Habitatrichtlijn. De Memorie van Toelichting vermeldt verder dat het voorgestelde achtste lid regelt dat deze projecten en handelingen niet nogmaals aan de vereisten van de Habitatrichtlijn hoeven te worden getoetst.
    
    13. In artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb staat een aantal voorwaarden waaraan een besluit moet voldoen om onder deze bepaling te vallen. Ten eerste moet het besluit op grond waarvan het project of de andere handeling is toegestaan zijn genomen vóór 1 februari 2009. Ten tweede moet dit besluit berusten op een andere wettelijke grondslag dan artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998. Ten derde moet bij dit besluit artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn in acht zijn genomen. Als aan deze voorwaarden is voldaan, dan is een uitzondering op de natuurvergunningplicht aan de orde en kan het andere besluit gelijkgesteld worden met een natuurvergunning, waarmee intern gesaldeerd kan worden. 
    
    
      
        Valt de milieuvergunning onder artikel 9.4, achtste lid, van de Wet natuurbescherming? 
      
    
    14. De discussie tussen partijen spitst zich toe op de vraag of de milieuvergunning is genomen met inachtneming van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn. Volgens gedeputeerde staten heeft bij de verlening van de milieuvergunning een toets aan artikel 6 van de Habitatrichtlijn plaatsgevonden en kan de milieuvergunning daarom als referentiesituatie gebruikt worden. Onder verwijzing naar de literatuur stellen gedeputeerde staten zich op het standpunt dat het achtste lid van artikel 9.4 zo uitgelegd moet worden dat een toets aan artikel 6 van de Habitatrichtlijn heeft plaatsgevonden en dat het waarschijnlijk niet de bedoeling van de wetgever is geweest om deze bepaling zo uit te leggen dat moet worden nagegaan of de toets toentertijd correct is geweest. MOB betoogt dat uit de milieuvergunning blijkt dat helemaal geen toets aan artikel 6 van de Habitatrichtlijn heeft plaatsgevonden. Daarom is de overgangsbepaling volgens MOB niet van toepassing op de milieuvergunning. 
    
    15. In paragraaf 3.3 van de milieuvergunning staat het volgende:
    
    
      3.3
      
        Natuurbeschermingsregelgeving
      
      
    
  
  
    Europese regelgeving
    Voor de Europese natuurbeschermingsregelgeving zijn twee richtlijnen van belang: de Habitatrichtlijn en de Vogelrichtlijn.
    
    
      Habitatrichtlijn
    
    De in 1992 vastgestelde Europese Habitatrichtlijn heeft als doel de biologische verscheidenheid te bevorderen. Deze richtlijn houdt de verplichting in om natuurlijke habitats en de wilde flora en fauna die voor de Europese Unie van belang zijn in stand te houden. Iedere lidstaat moet op zijn grondgebied de gebieden die voor het behoud van de onder de richtlijn vallende natuurlijke habitats en wilde flora en fauna het belangrijkst zijn identificeren en vervolgens aanwijzen als Speciale Beschermingszones.
    
    
      Vogelrichtlijn
    
     De in 1979 vastgestelde Europese Vogelrichtlijn heeft als doel alle op het grondgebied van de  Europese Unie in het wild levende vogels en hun habitats te beschermen en te beheren. Deze richtlijn ziet speciaal toe op de bescherming van de leefgebieden voor in het wild levende vogels. Ook  ingevolge deze richtlijn kunnen Speciale Beschermingszones worden ingesteld.
    
    
    
       Nationale wet- en regelgeving
    
     De implementatie van de Europese Vogel- en Habitatrichtlijn heeft in Nederland zijn grondslag gekregen in de Natuurbeschermingswet 1998 en de Flora- en faunawet
  
  
    
      
    
    
      
        
      
      
        
        Natuurbeschermingswet 1998 (Nb-wet)
        Doel van de Natuurbeschermingswet 1998 is het geven van wettelijke bescherming aan gebieden met bijzondere en/of kwetsbare natuur- en landschapswaarden.Met de Natuurbeschermingswet 1998 is beoogd de gebiedsbeschermingsbepalingen uit de Habitat- en Vogelrichtlijn te implementeren in de Nederlandse wetgeving. Binnen de provincie Flevoland zijn door de Minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit, het IJsselmeer, het Markermeer, de Oostvaardersplassen, de Lepelaarsplassen en de randmeren aangewezen als “Speciale beschermingszone” ter uitvoering van de Vogelrichtlijn. Daarmee dient de vraag of voorgenomen activiteiten in deze gebieden of in de nabijheid van deze gebieden, in overeenstemming zijn met de Vogelrichtlijn en de Habitatrichtlijn, overeen met de vraag of een vergunning ingevolge de Natuurbeschermingswet 1998 is vereist en zo ja, of die vergunning kan worden verleend en onder welke voorwaarden. Er bestaat geen ruimte voor de beoordeling van de verenigbaarheid met de Vogelrichtlijn en de Habitatrichtlijn in het kader van de onderhavige milieuvergunning.
    
    
    
      
        Flora- en faunawet
        Het onderdeel van de Europese Habitatrichtlijn dat niet ziet op de aanwijzing van gebieden, maar op de bescherming van specifieke inheemse en uitheemse dier- en plantensoorten, wordt in één wet geregeld: de Flora- en faunawet. Deze wet biedt, uit het oogpunt van natuurbehoud, bescherming aan in- en uitheemse planten- en diersoorten die in het wild leven. Ook maakt de Flora- en faunawet het mogelijk een bepaald (kleinschalig) gebied alsmede een bepaalde soort aan te wijzen die van wezenlijke betekenis zijn. Deze aanwijzing vormt het centrale onderdeel van de Flora- en faunawet. Van belang is dat, ingevolge artikel 4, lid 1 Flora- en faunawet, een lijst van beschermde inheemse diersoorten is opgesteld. Bij constatering van een zeldzame dier- of plantensoort binnen een gebied waar de realisatie van een bepaald project beoogd wordt, speelt de vraag om met de aanwezigheid van deze soort op basis van één of meerdere wettelijke kaders rekening gehouden dient te worden. Het ministerie van LNV is bevoegd gezag inzake de Flora- en faunawet.
      
        
        Toetsing en beoordeling
        De inrichting is gelegen in de nabijheid van het IJsselmeer. Aangezien het hier om een bestaand bedrijf gaat dat slechts licht uitbreidt wat betreft ammoniak en geur is de natuurwaarde van het IJsselmeer niet in het geding. In het IJsselmeer bevindt zich kalkrijk water dat de hoeveelheid ammoniak makkelijk kan neutraliseren.De uitbreiding van Zuiderzee BV heeft nauwelijks effect op de omgeving. Een vergunning op grond van de FF-wet is dan ook niet nodig.
    
    
    16. Hieruit volgt dat aandacht is besteed aan de Habitatrichtlijn. Gelet op de laatste twee regels onder het kopje Natuurbeschermingswet 1998 (Nb-wet), kan naar het oordeel van de rechtbank uit deze alinea van de milieuvergunning niet worden opgemaakt dat ook getoetst is aan artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn. Zoals MOB ook aanvoert, staat hier juist uitdrukkelijk dat in het kader van de milieuvergunning geen ruimte bestaat voor de beoordeling van de verenigbaarheid met de Vogelrichtlijn en de Habitatrichtlijn. 
    
    17. Gedeputeerde staten hebben opgemerkt dat deze passage uit de milieuvergunning niet helder is, maar dat uiteindelijk wel een beoordeling heeft plaatsgevonden op de effecten van het Vogel- en Habitatrichtlijngebied IJsselmeer. Daarbij wijzen gedeputeerde staten op het kopje Toetsing en beoordeling. Op de zitting heeft de gemachtigde van gedeputeerde staten toegelicht dat onder dit kopje zowel aan de Habitatrichtlijn als aan de Flora- en faunawet is getoetst. Het eerste gedeelte gaat over de effecten op het IJsselmeer en dat is de beoordeling aan de Habitatrichtlijn, het tweede gedeelte is de toetsing aan de Flora- en faunawet. 
    
    18. De rechtbank is van oordeel dat uit de tekst onder Toetsing en beoordeling niet kan worden afgeleid dat is getoetst aan artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn met betrekking tot de Habitatrichtlijngebieden. Uit de vermelding van het IJsselmeer en de constatering dat de natuurwaarde van het IJsselmeer niet in het geding is, omdat het bedrijf slechts licht uitbreidt voor wat betreft ammoniak en geur, kan niet worden afgeleid dat een zodanige toets is gedaan. Daarvoor is de tekst te algemeen van aard. Dit kan evenmin worden afgeleid uit andere alinea’s in paragraaf 3.3. Onder het kopje Natuurbeschermingswet 1998 (Nb-wet) staan alleen de aangewezen Vogelrichtlijngebieden vermeld. Dit is een verschil met de situatie in de uitspraak van de rechtbank Overijssel waar gedeputeerde staten en Zuiderzee op wijzen. In de uitspraak van de rechtbank Overijssel is overwogen dat uit de milieuvergunning blijkt dat daarin uitdrukkelijk is beoordeeld of de instandhouding van gebieden die zijn aangemeld als Habitatrichtlijngebied nadelig wordt beïnvloed door het aangevraagde project en dat geconcludeerd is dat de aangevraagde inrichting geen invloed heeft op deze Habitatrichtlijngebieden.
    
  
  
    Conclusie en gevolgen
    
    19. De rechtbank concludeert dat de milieuvergunning geen aanknopingspunten biedt voor het oordeel dat bij de verlening van de milieuvergunning artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn in acht is genomen. De rechtbank is het met MOB eens dat niet is gebleken van een toetsing aan dit artikel. Daarom kan de milieuvergunning niet worden aangemerkt als een ander besluit in de zin van artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb. Het gevolg hiervan is dat de milieuvergunning niet gebruikt kan worden voor intern salderen. Gelet op deze uitkomst komt de rechtbank niet toe aan de vraag of artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb zo uitgelegd moet worden dat ook een besluit met een niet correcte of volledige toetsing aan de eisen uit artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn onder artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb geschaard kan worden. 
    
    20. Het beroep is gegrond. De rechtbank vernietigt het besluit van 4 februari 2022 met de positieve weigering wegens strijd met artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb. Gelet op de aard van het gebrek, ziet de rechtbank geen mogelijkheden om de rechtsgevolgen van het besluit in stand te laten of zelf in de zaak te voorzien. Ook draagt de rechtbank gedeputeerde staten niet op om het gebrek te herstellen met een betere motivering of een ander besluit (bestuurlijke lus). Dit omdat gedeputeerde staten opnieuw moeten beoordelen of en zo ja, op welke wijze een natuurvergunning kan worden verleend. De uitkomst daarvan is nu nog onzeker. 
    
    21. Als gevolg van de vernietiging van de positieve weigering moeten gedeputeerde staten opnieuw op de aanvraag van Zuiderzee beslissen.
    
    22. Omdat het beroep gegrond is moeten gedeputeerde staten het griffierecht aan MOB vergoeden en krijgt MOB ook een vergoeding van haar proceskosten. Gedeputeerde staten moeten deze vergoeding betalen. Deze vergoeding bedraagt € 1.674,- omdat de gemachtigde van MOB een beroepschrift heeft ingediend en aan de zitting heeft deelgenomen. 
    
    
    
  
  
    Beslissing
    
    
      De rechtbank:
    
    - verklaart het beroep gegrond;
    - vernietigt het besluit van 4 februari 2022;
    - bepaalt dat gedeputeerde staten het griffierecht van € 365,- aan MOB moet vergoeden;
    - veroordeelt gedeputeerde staten tot betaling van € 1.674,- aan proceskosten aan MOB.
    
    
    
    
    
      Deze uitspraak is gedaan door mr. J.R. van Es-de Vries, voorzitter, en mr. R.C. Stijnen en mr. J.L.W. Broeksteeg, leden, in aanwezigheid van mr. S.C.J. van der Hoorn, griffier. De uitspraak is uitgesproken in het openbaar op 14 april 2023.
    
    
    
    
    
    
    
    
      
        
        
        
          
            
              griffier
            
            
              voorzitter
            
          
        
      
    
    
    
    
      Een afschrift van deze uitspraak is verzonden aan partijen op:
    
    
    
  
  
    Informatie over hoger beroep
    Een partij die het niet eens is met deze uitspraak, kan een hogerberoepschrift sturen naar de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waarin wordt uitgelegd waarom deze partij het niet eens is met deze uitspraak. Het hogerberoepschrift moet worden ingediend binnen zes weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. Kan de indiener de behandeling van het hoger beroep niet afwachten, omdat de zaak spoed heeft, dan kan de indiener de voorzieningenrechter van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State vragen om een voorlopige voorziening (een tijdelijke maatregel) te treffen.  
  
  
     ECLI:NL:RBMNE:2019:4016.
  
  
     Uitspraak van 2 juni 2021 ECLI:NL:RVS:2021:1163.
  
  
    Zie het arrest van het Hof van Justitie van de Europese Unie van 14 januari 2021, ECLI:EU:C:2021:7 (Varkens in Nood) en de uitspraak van de Afdeling van 14 april 2021, ECLI:NL:RVS:2021:786.
  
  
    ECLI:NL:RVS:2019:1603.
  
  
    Uitspraak van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71.
  
  
     Tweede Kamer, vergaderjaar 2011-2012, 33 348, nr. 3, p. 290.
  
  
     Uitspraak van 11 mei 2022, ECLI:NL:RBOVE:2022:1277.