ECLI:NL:RBOVE:2022:1238, Rechtbank Overijssel, 11-05-2022, ZWO 20/2209
Rechtbank Overijssel — Uitspraak 
Datum: 2022-05-11 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht; Bestuursprocesrecht

Samenvatting: Wnb-vergunning voor een veehouderij. Het toepassen van een emissiearm stalsysteem is geen mitigerende maatregel. Verweerder mocht niet zonder meer uitgaan van de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem E 5.11. De rechtbank concludeert dat niet op voorhand kan worden uitgesloten dat het project significante gevolgen zal hebben voor de omliggende Natura 2000-gebieden. De rechtbank verklaart het beroep gegrond en vernietigt het bestreden besluit. Verweerder moet een nieuw besluit nemen op de aanvraag van de veehouder voor een natuurvergunning.

RECHTBANK OVERIJSSEL
  
  Zittingsplaats Zwolle
  
    Bestuursrecht
  
  
    zaaknummer: ZWO 20/2209
  
  
    
      uitspraak van de meervoudige kamer in de zaak tussen
      
    
    
      Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. en Vereniging Leefmilieu, 
    beide gevestigd in Nijmegen, eisers,
    gemachtigde: mr. V. Wösten,
  
  
    en
  
  
    
      het college van Gedeputeerde Staten van Overijssel, verweerder,
    gemachtigden: mr. H.J.M. Besselink en mr. S.J. van Winzum.
  
  
    Als derde-partij heeft aan het geding deelgenomen: [veehouder], gevestigd in [plaats] (de veehouder). 
  
  
    
      Procesverloop 
    
  
  
    In het besluit van 16 september 2020 (het bestreden besluit) heeft verweerder aan de veehouder op grond van de Wet natuurbescherming (Wnb) een vergunning verleend voor een veehouderij (een natuurvergunning).
  
  
    Eisers hebben tegen het bestreden besluit beroep ingesteld. 
  
  
    Verweerder heeft een verweerschrift ingediend en eisers hebben nadere gronden ingediend.
  
  
    Het onderzoek ter zitting heeft plaatsgevonden op 1 februari 2022. Eisers hebben zich laten vertegenwoordigen door hun gemachtigde. Verweerder heeft zich laten vertegenwoordigen door mr. Van Winzum. Verder zijn namens verweerder verschenen G. Knuttel, H. Puttenstein en T. Nicolai. Namens de veehouder heeft [naam] via een beeld- en geluidverbinding deelgenomen aan de zitting.
  
  
    
      Overwegingen 
    
  
  
    
      Overweging vooraf
    
  
  1. De rechtbank heeft op 31 januari 2022 en 1, 10, 14, 23 en 24 februari 2022 in totaal 33 beroepen behandeld tegen besluiten over (kort gezegd) de stikstofemissie van veehouderijen. Eisers hebben de rechtbank opgeroepen om in haar uitspraken niet alleen in te gaan op de specifieke kwesties waar deze beroepen over gaan, maar om ook in een breder perspectief iets te zeggen over de stikstofproblematiek.
  De rechtbank geeft geen gehoor aan deze oproep. Het is de taak van de rechtbank om een (juridisch) oordeel te geven over de individuele beroepen die aan haar worden voorgelegd. De rechtbank zal geen uitspraak doen over de bestuurlijke keuzes die zijn gemaakt of in de toekomst moeten worden gemaakt over de stikstofproblematiek. Verweerder zal zijn eigen conclusies moeten trekken naar aanleiding van de uitspraken die de rechtbank in deze zaken doet.
  
    
      Relevante feiten en omstandigheden
    
  
  2. De veehouder heeft een veehouderij aan [adres] (het bedrijf). Het bedrijf ligt op een afstand van ongeveer 3,1 kilometer van het dichtstbij gelegen Natura 2000-gebied Rijntakken. Dit gebied is gevoelig voor stikstof. Rondom het bedrijf liggen ook meerdere andere voor stikstof gevoelige Natura 2000-gebieden.
  
    Op 18 maart 2013 heeft verweerder aan de veehouder op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 een vergunning verleend voor het houden van 168 melkkoeien en 10 stuks vrouwelijk jongvee (jongvee) in de bestaande reguliere stallen A en B (op de tekening aangeduid als B en D), het houden van 123 stuks jongvee in de nieuw te bouwen reguliere stal V, het houden van 36.700 vleeskuikens in de bestaande stal J met het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.5 en het houden van 138.200 vleeskuikens in de bestaande stallen K, L en M en de nieuw te bouwen stal U, alle vier met het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.10 (de oude natuurvergunning).
  
  
    De vergunde Stal V is nooit gebouwd en zal ook niet meer worden gerealiseerd.
  
  
    Op 25 mei 2016 heeft de veehouder een vergunning op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 aangevraagd voor een wijziging van het bedrijf. Deze vergunning is aangevraagd bij Gedeputeerde Staten van Gelderland, omdat het Natura 2000-gebied waarvoor de gevolgen het meest kritisch zijn in Gelderland ligt. In een besluit van 8 december 2016 heeft Gedeputeerde Staten van Gelderland de aangevraagde natuurvergunning verleend. In een uitspraak van 4 juni 2019 heeft de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (ABRvS) deze natuurvergunning vernietigd. 
  
  
    Op 20 mei 2020 heeft de veehouder de aanvraag aangepast en een natuurvergunning aangevraagd voor het houden van 144 melkkoeien en 132 stuks jongvee in de bestaande gebouwen B, D, G en R, alle vier met een regulier stalsysteem, 38.000 vleeskuikens in de bestaande stal J met het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.5, 100.200 vleeskuikens in de bestaande stallen K, L en M met het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.10 en 38.600 vleeskuikens in de bestaande stal U, waarin het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.11 zal worden aangebracht. Ook is vergunning aangevraagd voor een houtkachel. Ditmaal is de vergunning aangevraagd bij verweerder, omdat het bedrijf in Overijssel ligt. Bij het bestreden besluit heeft verweerder de aangevraagde natuurvergunning verleend voor onbepaalde tijd. Verweerder duidt gebouw G aan als gebouw H.
  
  
    
      Waar gaat deze zaak over?
    
  
  
    3.1	Op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is het verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. 
    Verweerder verleent zo’n natuurvergunning alleen als de aanvrager van de vergunning voor het project een passende beoordeling heeft gemaakt van de gevolgen voor het Natura 2000-gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen voor dat gebied. En dan alleen als uit die passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat het project de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zal aantasten. De verplichting om een passende beoordeling te maken geldt niet als het project een herhaling of voortzetting is van een ander project of deel uitmaakt van een plan en voor dat andere project of plan een passende beoordeling is gemaakt en een nieuwe passende beoordeling redelijkerwijs geen nieuwe gegevens en inzichten kan opleveren over de significante gevolgen van dat project. Dit volgt uit artikel 2.7, derde lid, en artikel 2.8, eerste, tweede en derde lid, van de Wnb.
  
  
    3.2	Volgens vaste rechtspraak van de ABRvS wordt voor de vraag of de wijziging of uitbreiding van een bestaand project significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied, een vergelijking gemaakt van de gevolgen van het bestaande project in de referentiesituatie en de gevolgen van het project na wijziging of uitbreiding. De referentiesituatie wordt ontleend aan de geldende natuurvergunning of, bij het ontbreken daarvan, aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (dat is het moment waarop artikel 6 van de Habitatrichtlijn van toepassing werd voor het betrokken Natura 2000-gebied), tenzij nadien een milieutoestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen. Dan geldt die toestemming als referentiesituatie. Een referentiesituatie kan niet worden ontleend aan een natuurvergunning of milieutoestemming die is vervallen of geëxpireerd.
    Als de wijziging of uitbreiding van een project niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie (= intern salderen), dan is op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging of uitbreiding significante gevolgen heeft. Het project is dan niet vergunningplichtig. Als de wijziging of uitbreiding van een project ten opzichte van de referentiesituatie leidt tot een toename van stikstofdepositie op reeds overbelaste stikstofgevoelige natuurwaarden in een Natura 2000-gebied, dan moeten de gevolgen van die toename worden onderzocht. Als uit dat onderzoek volgt dat significante gevolgen niet op voorhand op grond van objectieve gegevens kunnen worden uitgesloten (voortoets), dan is het project vergunningplichtig en moet een passende beoordeling worden gemaakt. 
  
  
    3.3	In het bestreden besluit heeft verweerder aan de veehouder een natuurvergunning verleend voor het houden van 144 melkkoeien, 132 stuks jongvee en 176.800 vleeskuikens. Verweerder heeft dit besluit onder meer gebaseerd op een depositieberekening die op 21 augustus 2020 is uitgevoerd met de AERIUS Calculator (de Aerius-berekening). Volgens verweerder blijkt uit de Aerius-berekening dat de stikstofdepositie in de aangevraagde situatie niet hoger zal zijn dan de depositie in de referentiesituatie en dat het project dus niet leidt tot een verslechtering van de kwaliteit van de omliggende Natura 2000-gebieden. Om die reden heeft verweerder de gevraagde natuurvergunning verleend.
    In het verweerschrift stelt verweerder zich op het standpunt dat uit de Aerius-berekening volgt dat het aangevraagde project niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie. Daarom zijn significante gevolgen volgens verweerder op grond van objectieve gegevens uitgesloten en is bij nader inzien geen sprake van een vergunningplicht. In dit verband wijst verweerder op de wijziging van artikel 2.7 van de Wnb met ingang van 1 januari 2020 (het vervallen van de verslechteringsvergunning) en de uitspraak van de ABRvS van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71 (Logtsebaan, r.o. 17.3). Volgens verweerder had de aangevraagde vergunning dan ook moeten worden geweigerd.
  
  
    3.4	Eisers zijn (kort samengevat) van mening dat niet op voorhand kan worden uitgesloten dat het aangevraagde project zal leiden tot een toename van stikstofdepositie. Daarom geldt volgens eisers een vergunningplicht en had een passende beoordeling moeten worden gemaakt. De rechtbank zal hierna de door eisers aangevoerde beroepsgronden bespreken.
  
  
    3.5	De rechtbank stelt vast dat tussen partijen niet (langer) in geschil is dat het bestreden besluit is gebaseerd op een voortoets en dat geen passende beoordeling is gemaakt.
    Op de zitting hebben eisers de beroepsgronden dat verweerder onvolledig onderzoek heeft gedaan naar de feitelijke bedrijfsvoering en dat de aanvraag onvoldoende gegevens bevat om deze te kunnen beoordelen ingetrokken. Daarom zal de rechtbank deze beroepsgronden verder buiten beschouwing laten.
  
  
    
      Stal V is niet gerealiseerd en ook niet meegenomen in de referentiesituatie
    
  
  4. De rechtbank stelt vast dat in de oude natuurvergunning onder meer vergunning is verleend voor het houden van 123 stuks jongvee in de nieuw te realiseren stal V. Uit het dossier blijkt dat stal V uiteindelijk niet is gerealiseerd en ook niet meer gerealiseerd zal worden. In het bestreden besluit heeft verweerder het houden van 123 stuks jongvee in stal R (de rechtbank begrijpt stal V) niet meegenomen bij het bepalen van de referentiesituatie. Verweerder heeft dit gebaseerd op de Beleidsregel Natuur Overijssel 2017 (de beleidsregels). Ten tijde van het bestreden besluit stond in artikel 2.2.5, vijfde lid, van de beleidsregels dat verweerder bij het beoordelen van een aanvraag voor een natuurvergunning als uitgangspunt hanteerde dat alleen gebruik werd gemaakt van de in de toestemming opgenomen N-emissie in de referentiesituatie, voor zover de capaciteit aantoonbaar feitelijk is gerealiseerd. 
  In het verweerschrift heeft verweerder zich op het standpunt gesteld dat hij heeft gehandeld in overeenstemming met de beleidsregels, maar dat deze achteraf gezien niet hadden mogen worden toegepast, omdat er bij intern salderen geen vergunningsplicht is. Daarom had volgens verweerder uitgegaan moeten worden van de vergunde capaciteit, zonder dat het feitelijk gebruik daarbij een rol speelt. Verweerder stelt zich op het standpunt dat daaruit volgt dat hij de niet gerealiseerde stal ten onrechte niet heeft betrokken in de referentiesituatie. Dit standpunt hebben eisers niet betwist.
  
    
      Is verweerder uitgegaan van de juiste stikstofemissies van transportbewegingen?
    
  
  
    5.1	Eisers voeren aan dat verweerder bij de beoordeling van de transportemissies ten onrechte rekening heeft gehouden met de bestaande bedrijfstransporten, omdat daarvoor niet eerder toestemming is verleend. Als al rekening mag worden gehouden met eerder toegelaten bedrijfstransporten, moet volgens eisers worden uitgegaan van de laagst toegelaten en gerealiseerde bedrijfsemissie ten opzichte van de referentiedatum. Zij stellen dat verweerder de transportemissies van de toegelaten bedrijfsvoering in de referentiesituatie had moeten berekenen volgens de emissiefactoren die nu gelden en niet volgens de destijds geldende (achterhaalde) emissiefactoren. Verder voeren eisers aan dat verweerder nauwelijks inzicht geeft in de manier waarop hij de transportemissies heeft beoordeeld. Op de zitting hebben eisers daaraan toegevoegd dat in de Aerius-berekening is uitgegaan van een te korte en daardoor niet representatieve route van het transport. Volgens eisers is ten onrechte alleen gekeken naar de route tot het punt waar het verkeer is opgenomen in het heersende verkeersbeeld. Eisers erkennen dat ergens een grens moet worden getrokken, maar zij stellen dat deze grens in geen geval op slechts enkele honderden meters van het bedrijf ligt.
  
  
    5.2	De rechtbank volgt eisers niet in het standpunt dat verweerder niet is uitgegaan van de juiste stikstofemissies van transportbewegingen. Zij licht dit hierna toe.
  
  
    5.2.1	Volgens vaste rechtspraak van de ABRvS wordt een natuurvergunning verleend voor een project en moeten bij de verlening van een natuurvergunning alle gevolgen van het project voor Natura 2000-gebieden worden beoordeeld. Dat geldt ook voor transportbewegingen die inherent zijn aan de exploitatie van een veehouderij. Daarbij moet bijvoorbeeld worden gedacht aan verkeersbewegingen van tractoren en het aan- en afvoerverkeer van vee. Het uitvoeren van die verkeersbewegingen is noodzakelijk voor een veehouderij en is een gevolg van dat project.
  
  
    5.2.2	Verweerder heeft naar aanleiding van de zienswijze van eisers een nieuwe Aerius-berekening laten maken, waarin de stikstofemissie en -depositie van transportbewegingen is betrokken. Bij deze berekening is rekening gehouden met de transportbewegingen die plaatsvonden in de referentiesituatie. De berekening en de uitgangspunten daarvan (het aantal en soort verkeersbewegingen, de rekenpunten en de route) zijn opgenomen in het dossier. Daarmee heeft verweerder naar het oordeel van de rechtbank voldoende inzichtelijk gemaakt hoe de transportbewegingen zijn beoordeeld. De uitkomst van de berekening is dat het project (inclusief de inherente transportbewegingen) niet leidt tot een toename van stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden. 
  
  
    5.2.3	De rechtbank is van oordeel dat verweerder bij het beoordelen van de stikstofemissie door de transportbewegingen rekening mocht houden met de transportbewegingen die plaatsvonden in de referentiesituatie. Dat de transportbewegingen niet (expliciet) zijn meegenomen in de eerdere vergunningverlening doet daar niet aan af. Het gaat erom of het aangevraagde project leidt tot een toename van stikstofdepositie. De transportbewegingen zijn geen onderdeel van het project maar een gevolg daarvan.
  
  
    5.2.4	De rechtbank is niet gebleken dat verweerder voor de transportemissies in de referentiesituatie is uitgegaan van de destijds geldende (achterhaalde) gegevens. Verweerder betwist dat voor het berekenen van de verkeerseffecten in de referentiesituatie een andere, oudere emissiefactor is gebruikt dan voor het berekenen van de huidige effecten. Eisers hebben hun stelling dat is uitgegaan van achterhaalde gegevens niet onderbouwd, laat staan aannemelijk gemaakt. 
  
  
    5.2.5	Verweerder erkent dat niet de hele route van de transportbewegingen is meegenomen in de Aerius-berekening. Volgens verweerder hoeft dat ook niet. De gevolgen voor Natura 2000-gebieden van verkeer van en naar een inrichting kunnen volgens verweerder niet aan een inrichting worden toegerekend, als dit verkeer kan worden geacht te zijn opgenomen in het heersende verkeersbeeld. Verweerder stelt dat verkeer is opgenomen in het heersende verkeersbeeld, als het aan- en afvoerende verkeer zich door zijn snelheid en rij- en stopgedrag niet meer onderscheidt van het overige verkeer op de betrokken weg. Vanaf dat moment is het verkeer volgens verweerder onderdeel van het reeds vergunde gebruik van de weg en hoeven de verkeerseffecten niet te worden betrokken in de depositieberekening. 
    De rechtbank stelt vast dat uit deze toelichting blijkt dat verweerder in de Aerius-berekening voor het verkeer van en naar het bedrijf heeft aangesloten bij wat in de “Instructie gegevensinvoer voor AERIUS Calculator” (de instructie) staat over het heersende verkeersbeeld. De ABRvS heeft deze werkwijze aanvaard. De rechtbank ziet geen aanleiding om hier anders over te oordelen. 
    De rechtbank is niet gebleken dat dit onderdeel van de instructie in de Aerius-berekening niet juist is toegepast. 
  
  
    5.2.6	De rechtbank concludeert dat deze beroepsgrond geen aanleiding geeft voor het oordeel dat verweerder de stikstofemissies van de transportbewegingen die inherent zijn aan het project heeft onderschat. Daarom slaagt deze beroepsgrond niet.
  
  
    
      Mocht verweerder uitgaan van de emissiefactoren uit de Rav?
    
  
  
    6.1	Eisers voeren aan dat verweerder bij de beoordeling van het project niet had mogen uitgaan van de emissiefactoren voor emissiearme stalsystemen uit bijlage 1 van de Rav. Volgens eisers bestaat er wetenschappelijke onzekerheid over de emissies van veestallen en in het bijzonder van stallen met emissiearme stalsystemen. Daarbij is onder meer van belang dat de Rav-emissiefactoren zijn gebaseerd op gemiddelden. Ter onderbouwing van dit standpunt verwijzen zij naar het rapport “Stikstofverlies uit opgeslagen mest” van het Centraal Bureau voor de Statistiek van oktober 2019 (het CBS-rapport), het eindrapport van het Adviescollege Meten en Berekenen Stikstof van de commissie Hordijk (het rapport Hordijk), een artikel van/uit Boerderij van 20 september 2020, een artikel van Stichting Agrifacts (STAF) van september 2020 en een nieuwsbericht van het ministerie van Landbouw Natuur en Voedselkwaliteit van 13 oktober 2020. 
    Verder voeren eisers aan dat verweerder niet kan toezien op de werkelijk optredende emissies, waardoor hij de natuurvergunning niet kan handhaven en een rechtsonzekere situatie is ontstaan. Volgens eisers heeft verweerder er niet voor gezorgd dat hij kan controleren of de maximaal vergunde emissies niet worden overtreden.
  
  
    6.2	Verweerder stelt zich op het standpunt dat hij bij de beoordeling van de vergunningaanvraag mocht uitgaan van de Rav-emissiefactoren. Volgens verweerder zijn deze factoren zorgvuldig tot stand gekomen en gebaseerd op de best beschikbare wetenschappelijke inzichten. De factoren zijn gebaseerd op meerdere metingen, verricht conform een door deskundigen opgesteld meetprotocol, of op wetenschappelijk zorgvuldige afleidingen. Bovendien worden de factoren geactualiseerd als daartoe aanleiding bestaat. 
    Volgens verweerder zorgen de door eisers aangehaalde rapporten in dit concrete geval niet voor voldoende twijfel aan de haalbaarheid van de Rav-emissiefactoren. Het CBS-rapport is niet gebaseerd op metingen, maar enkel op berekeningen en dit rapport bevat geen definitieve conclusies. Verder geldt dat de berekende stikstofverliezen ook zouden kunnen zijn veroorzaakt doordat niet alle meststromen zijn opgegeven. Daarnaast zou de oorzaak van een eventuele verminderde werking van emissiearme stalsystemen in een concreet geval kunnen liggen in het stalmanagement. Daarbij kan worden gedacht aan het niet conform de ontwerp- en gebruiksvoorwaarden van de systeembeschrijving handelen. Daarmee is volgens verweerder niet gezegd dat de Rav-emissiefactoren niet kunnen worden gehaald. Of die voorwaarden worden nageleefd, is volgens verweerder een kwestie van handhaving.
    Verweerder erkent dat nader onderzoek nodig is en wijst erop dat de betrokken bewindspersonen hebben aangekondigd dat dit ook zal gaan plaatsvinden. Dit laat volgens verweerder onverlet dat hij in de tussentijd mag uitgaan van de huidige Rav-emissiefactoren, omdat daarin de op dit moment best beschikbare wetenschappelijke kennis is neergelegd. 
    Voorts voert verweerder aan dat de emissiefactor voor het in deze zaak aan de orde zijnde emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.11 op een geheel andere manier tot stand is gekomen dan de emissiefactoren van de meeste stalsystemen die door het CBS zijn onderzocht. De emissiefactor voor het stalsysteem met Rav-code E 5.11 is vastgesteld op basis van het momenteel geldende meetprotocol. Op grond van dit meetprotocol moeten voor elk stalsysteem bij vier meetlocaties verspreid over het jaar zes metingen worden uitgevoerd met een minimale duur van 24 uur per meting, waarvan er per stal minimaal vier bruikbaar moeten zijn. Per meetlocatie wordt het gemiddelde van de meetresultaten bepaald. Vervolgens wordt de definitieve emissiefactor bepaald door het gemiddelde te nemen van de vier gemiddelden per locatie. Ter illustratie hiervan heeft verweerder een meetrapport van het stalsysteem met Rav-code A 1.28 bij het verweerschrift gevoegd. Verweerder stelt dat de emissiefactoren van de meeste door het CBS onderzochte systemen tot stand zijn gekomen op basis van oudere, minder zorgvuldige methoden, waarvoor minder strenge eisen golden. Ook daarom zorgt het CBS-rapport volgens verweerder niet voor voldoende twijfel dat de emissiefactor voor het stalsysteem met Rav-code E 5.11 niet kan worden behaald.
    Verder voert verweerder aan dat het voor de werking van emissiearme stalsystemen van belang is dat aan de technische eisen en gebruiksvoorwaarden uit de systeembeschrijving wordt voldaan. Deze beschrijving is neergelegd in de leaflet van het stalsysteem en bevat gedetailleerde eisen en voorwaarden die waarborgen dat het stalsysteem daadwerkelijk de vastgestelde emissiereductie kan behalen. Verweerder wijst erop dat veehouders er op grond van artikel 3.123 van het Activiteitenbesluit milieubeheer (het Activiteitenbesluit) voor moeten zorgen dat het stalsysteem voldoet aan die technische eisen en dat het stalsysteem ook wordt gebruikt en onderhouden overeenkomstig de voorwaarden die noodzakelijk zijn voor een goede werking van dat systeem. Volgens verweerder is deze wettelijke verplichting voldoende om er in beginsel vanuit te mogen gaan dat een systeembeschrijving in een concreet geval wordt opgevolgd en dat de Rav-emissiefactoren dus worden gehaald. Als de veehouder zich daar niet aan houdt, kan de bevoegde gemeentelijke instantie daartegen handhavend optreden. Verweerder stelt dat hij onder omstandigheden zelf ook handhavend kan optreden op grond van overtreding van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb. Als de emissie hoger uitvalt en de referentiesituatie wordt overschreden, is geen sprake van intern salderen en wordt gehandeld zonder de vereiste natuurvergunning, aldus verweerder.
  
  
    6.3	De rechtbank is van oordeel dat verweerder niet zonder meer mocht uitgaan van de Rav-emissiefactoren. De rechtbank zal dit hierna toelichten.
  
  
    6.3.1	Bij het verlenen van een natuurvergunning moet verweerder beoordelen of op grond van objectieve gegevens kan worden uitgesloten dat het aangevraagde project leidt tot significante gevolgen voor een Natura 2000-gebied. Daarbij geldt dat er geen redelijke wetenschappelijke twijfel mag bestaan over de vraag of het project schadelijke gevolgen zal hebben voor de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden. De bewijslast hiervoor ligt bij verweerder. 
  
  
    6.3.2	De aanvraag ziet op het houden van 144 melkkoeien en 132 stuks jongvee in de stallen B, D, G en R met reguliere stalsystemen, 38.000 vleeskuikens in de bestaande stal J met het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.5, 100.200 vleeskuikens in de bestaande stallen K, L en M met het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.10 en 38.600 vleeskuikens in de bestaande stal U, waarin het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.11 zal worden aangebracht. 
    In de referentiesituatie mochten meer dan 144 melkkoeien (namelijk 168) en meer dan 132 stuks jongvee (namelijk 133) worden gehouden in stallen met een regulier stalsysteem. Daarnaast bestond in de referentiesituatie ook al toestemming voor het houden van 36.700 vleeskuikens in stal J, 100.200 vleeskuikens in de stallen K, L en M en 38.000 vleeskuikens in stal U. Ook was voor stal J al het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.5 vergund en was voor de stallen K, L en M al het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.10 vergund. In zoverre wordt de bestaande activiteit dus niet gewijzigd.
    Op het moment waarop geen sprake meer is van de voortzetting van één en hetzelfde project moet worden beoordeeld of de wijziging van het bestaande project significante gevolgen kan hebben. De bestaande activiteit gaat door de wijziging niet in zijn geheel onder de vergunningsplicht van artikel 2.7, eerste lid, van de Wnb en artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn vallen. De wijziging van de bestaande activiteit is in dat geval het project als bedoeld in artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn, waarvan beoordeeld moet worden of die significante gevolgen kan hebben.
    Hieruit volgt dat het project in dit geval bestaat uit het houden van 1.300 extra vleeskuikens in stal J, het houden van 600 extra vleeskuikens in stal U en het vervangen van het bestaande systeem in stal U door het nieuwe emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.11. 
    Het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.11 is een stal met een luchtmengsysteem voor droging van de strooisellaag in combinatie met een warmtewisselaar. Op basis van artikel 2, eerste lid, van de Rav, gelezen in samenhang met bijlage 1 van de Rav, heeft verweerder voor de vleeskuikens die in deze stal worden gehouden een emissiefactor van 0,021 kg NH₃ per dierplaats per jaar toegepast in plaats van de emissiefactor van 0,068 kg NH₃ per dierplaats per jaar die geldt voor vleeskuikens die in een reguliere stal worden gehouden. Voor het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.10 dat op basis van de oude natuurvergunning was vergund voor stal U geldt een emissiefactor van 0,035 kg NH₃ per dierplaats per jaar.
  
  
    6.3.3	De rechtbank stelt voorop dat de Rav niet is vastgesteld bij of krachtens de Wnb. Daarom kan bij de aanvraag van een natuurvergunning niet zonder meer worden uitgegaan van de haalbaarheid van de in de Rav genoemde emissiefactoren. Hieruit volgt dat de effectiviteit van emissiearme stalsystemen niet rechtstreeks uit de Rav kan worden afgeleid. Dit betekent echter niet dat de Rav geen enkele betekenis heeft. 
  
  
    6.3.4	Het stalsysteem met Rav-code E 5.11 is betrokken in het door eisers aangehaalde onderzoek van het CBS. In het CBS-rapport staat dat er bij vleeskuikens vrijwel geen verschil in stikstofverlies is tussen reguliere huisvesting en emissiearme systemen en dat vooral bij emissiearme huisvesting het stikstofverlies groter is dan het verlies berekend met emissiefactoren. Ook staat in dit rapport dat het stikstofverlies, gebaseerd op het verschil in N/P₂O₅-verhouding bij excretie en bij mestafvoer, dat niet wordt verklaard uit berekende emissies van ammoniak en overige stikstofverbindingen, bij emissiearme huisvesting relatief groot is en dat dit doet vermoeden dat de veronderstelde effectiviteit van emissiearme huisvesting wordt overschat.
  
  
    6.3.5	De rechtbank is van oordeel dat het CBS-rapport niet de zekerheid geeft dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stalsystemen te laag zijn. Dit volgt ook niet uit het rapport Hordijk, de door eisers overgelegde artikelen en het door eisers overgelegde nieuwsbericht. De rechtbank is echter van oordeel dat het CBS-rapport wel concrete aanknopingspunten geeft om eraan te twijfelen of de Rav-emissiefactor voor dit specifieke stalsysteem juist is en of het toepassen van dit emissiearme stalsysteem in dit concrete geval wel leidt tot de beoogde emissiereductie van 67% ten opzichte van een reguliere stal. Hierbij is van belang dat tussen partijen niet in geschil is dat de in het rapport genoemde emissiefactoren uit het model NEMA voor het grootste deel overeenkomen met de Rav-emissiefactoren. De genoemde twijfel wordt naar het oordeel van de rechtbank bevestigd door het advies van de Commissie Deskundigen Meststoffenwet “Stikstofverliezen uit mest in stallen en mestopslagen” van 18 juni 2020 (het CDM-advies). In het CDM-advies (een openbare bron) staat dat de CBS-studie aangeeft dat de effectiviteit van emissiearme stallen om ammoniakemissie te reduceren minder groot is dan de emissiefactoren van de Rav aangeven en dat diverse onafhankelijke signalen uit de praktijk (mondelinge mededelingen van de Omgevingsdiensten NO Brabant en Twente) dat beeld bevestigen. De CDM concludeert dat de NH₃-emissiebeperking door emissiearme stallen zeer waarschijnlijk wordt overschat.
  
  
    6.3.6	De door verweerder aangevoerde omstandigheden dat de Rav-emissiefactoren zorgvuldig tot stand zijn gekomen en dat het CBS-rapport – anders dan de Rav-emissiefactoren – is gebaseerd op berekeningen en niet op metingen, kunnen de ontstane twijfel naar het oordeel van de rechtbank niet wegnemen. Daarbij neemt zij in aanmerking dat in het CBS-rapport wordt ingegaan op andere mogelijke oorzaken voor de geconstateerde verschillen in stikstofverliezen en wordt geconcludeerd dat niet waarschijnlijk is dat de geconstateerde verschillen in stikstofverliezen daarmee kunnen worden verklaard. Bovendien geven deze andere mogelijke oorzaken geen verklaring voor het feit dat de geconstateerde verschillen bij reguliere stalsystemen kleiner zijn dan bij emissiearme stalsystemen. 
    De twijfel aan de Rav-emissiefactor voor het stalsysteem met Rav-code E 5.11 kan evenmin worden weggenomen door verweerders stelling dat deze factor op een geheel andere, zorgvuldigere manier tot stand is gekomen dan de emissiefactoren van de meeste stalsystemen die door het CBS zijn onderzocht. Daarbij is van belang dat dit stalsysteem nu juist wel bij het onderzoek van het CBS is betrokken, zodat de in rechtsoverweging 6.3.4 vermelde conclusie van het CBS ook voor dit stalsysteem geldt. 
  
  
    6.3.7	Ook de door verweerder genoemde handhavingsmogelijkheden en verplichtingen uit het Activiteitenbesluit nemen de twijfel over de juistheid van de Rav-emissiefactor niet weg. Ook als het stalsysteem wordt geïnstalleerd, gebruikt en onderhouden conform de leaflet, is daarmee niet verzekerd dat de beoogde emissiereductie daadwerkelijk wordt behaald en ook in de toekomst behaald zal worden. Daarbij is van belang dat in het CDM-advies staat dat de onzekerheden in de (in het kader van de vaststelling van de emissiefactoren) gemeten gasvormige stikstofemissies uit dierlijke mest in stallen relatief groot zijn. De CDM wijst erop dat de standaardafwijking van de gemeten NH₃-emissies (in kg per dierplaats per jaar) per stal globaal varieert van 20% tot 50%. Volgens de CDM wordt dit niet alleen veroorzaakt door de grote verscheidenheid in diercategorieën, stalsystemen en management in de praktijk, maar ook door de grote verscheidenheid in omgevingscondities (temperatuur, luchtvochtigheid, windsnelheid en mestsamenstelling). Daarom kan zelfs bij een strikte naleving van de verplichtingen uit het Activiteitenbesluit niet op voorhand worden uitgesloten dat het project zal leiden tot significante gevolgen voor de omliggende Natura 2000-gebieden.
  
  
    6.3.8	Dit betekent dat deze beroepsgrond slaagt.
  
  
    
      Kan op voorhand worden uitgesloten dat het project significante gevolgen heeft?
    
  
  
    7.1	Op de zitting heeft verweerder aangevoerd dat het verschil tussen de emissie in de referentiesituatie, inclusief de niet gerealiseerde stal V, en de emissie in de aangevraagde situatie zo groot is dat, ook als het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.11 de helft minder effectief is dan wordt aangenomen, significante gevolgen op voorhand zijn uitgesloten.
  
  
    7.2	De veehouder heeft zich op de zitting op het standpunt gesteld dat de stikstofemissie in de aangevraagde situatie nooit hoger kan zijn dan de stikstofemissie in de referentiesituatie. 
  
  
    7.3	De rechtbank stelt vast dat verweerder noch de veehouder hun standpunten met controleerbare berekeningen hebben onderbouwd. De rechtbank wijst er daarbij op dat verweerder uitgaat van een bepaalde werking van het vergunde stalsysteem ten opzichte van het voorheen toegepaste stalsysteem. Echter niet staat zonder meer vast dat het vergunde stalsysteem een door verweerder gehanteerd positief effect heeft/zal hebben of dat het ten minste een gelijkwaardig effect zal hebben als het voorheen toegepaste stalsysteem. De rechtbank gaat om voornoemde redenen voorbij aan de enkele stellingen van verweerder en de veehouder.
    Dit brengt de rechtbank tot de conclusie dat verweerder onvoldoende heeft gemotiveerd dat op voorhand kan worden uitgesloten dat het project significante effecten zal hebben.
  
  
    
      Is het toepassen van een emissiearm stalsysteem een mitigerende maatregel?
    
  
  
    8.1	Eisers stellen zich op het standpunt dat het toepassen van het aangevraagde emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.11 moet worden aangemerkt als een mitigerende maatregel. Daarom kon verweerder volgens eisers niet volstaan met een voortoets en had een passende beoordeling moeten worden gemaakt. Daartoe voeren eisers aan dat de beoogde activiteit primair bestaat uit het houden van dieren en niet uit het in werking hebben van een emissiereductietechniek. Het gaat volgens eisers ook niet om een maatregel die noodzakelijk samenhangt met het houden van vee. Het vee kan ook worden gehouden zonder emissiereducerende maatregel of met een andere emissiereductietechniek. Het emissiearme stalsysteem wordt volgens eisers uitsluitend toegepast om emissies te reduceren.
  
  
    8.2	De rechtbank is van oordeel dat het toepassen van een emissiearm stalsysteem geen mitigerende maatregel is en dat dit er dus niet (zonder meer) toe leidt dat een passende beoordeling moet worden gemaakt.
    In een uitspraak van 20 januari 2021 heeft de ABRvS geoordeeld dat de toepassing van combiluchtwassers geen mitigerende maatregel is, maar een onderdeel van het project (het houden van vee in een bepaald stalsysteem). Daarom betekent de omstandigheid dat de aanvraag voor een vergunning ziet op het houden van vee in een bepaald stalsysteem, dat impliceert dat een bepaald type luchtwasser wordt gebruikt, niet dat zonder meer een passende beoordeling aan de vergunningverlening ten grondslag moet worden gelegd.
    De rechtbank is van oordeel dat voor het toepassen van het emissiearme stalsysteem dat in deze zaak aan de orde is, des temeer geldt dat het een onderdeel is van het aangevraagde project (het houden van vee in een bepaald stalsysteem). Het systeem bestaat uit een luchtmengsysteem voor droging van de strooisellaag in combinatie met een warmtewisselaar. Dit systeem is geïntegreerd in de stal waarin het vee wordt gehouden. 
    Daarom slaagt deze beroepsgrond niet.
  
  
    
      Overige beroepsgronden
    
  
  9. Eisers hebben verder beroepsgronden aangevoerd over de geldigheidsduur van de vergunning, het aan de vergunning verbonden voorschrift 3 en het ontstaan van een handhavingstekort en een rechtsonzekere situatie doordat aan de vergunning onvoldoende voorschriften zijn verbonden.
  Gelet op hetgeen de rechtbank hiervoor heeft overwogen, komt zij niet toe aan de beoordeling van deze beroepsgronden.
  
    
      Conclusie
    
  
  10. De rechtbank is van oordeel dat verweerder niet zonder meer mocht uitgaan van de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem met Rav-code E 5.11. Daarnaast is de rechtbank van oordeel dat verweerder zijn standpunt dat desondanks op voorhand kan worden uitgesloten dat het project significante gevolgen zal hebben voor de omliggende Natura 2000-gebieden onvoldoende heeft gemotiveerd. 
  11. Het beroep van eisers is gegrond. De rechtbank zal het bestreden besluit vernietigen en verweerder opdragen om een nieuw besluit te nemen met inachtneming van deze uitspraak.  De rechtbank ziet geen aanleiding om een bestuurlijke lus toe te passen, omdat dat naar het zich laat aanzien geen doelmatige en efficiënte afdoeningswijze zou inhouden.
  12. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, bepaalt de rechtbank dat verweerder aan eisers het door hen betaalde griffierecht vergoedt.
  13. De rechtbank veroordeelt verweerder in de door eisers gemaakte proceskosten. Deze kosten bestaan alleen uit de kosten van door een derde beroepsmatig verleende bijstand. De rechtbank stelt deze kosten op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht vast op  € 1.518,00 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een waarde per punt van € 759,00 en een wegingsfactor 1).
  
    
      Beslissing
    
  
  
    De rechtbank: 
  
  
    
      verklaart het beroep gegrond; 
    
    
      vernietigt het bestreden besluit;
    
    
      draagt verweerder op om een nieuw besluit te nemen op de aanvraag van de veehouder voor een natuurvergunning, met inachtneming van deze uitspraak;
    
  
  - draagt verweerder op het betaalde griffierecht van € 354,00 aan eisers te vergoeden;
  - veroordeelt verweerder in de proceskosten van eisers tot een bedrag van € 1.518,00.
  
    Deze uitspraak is gedaan door mr. J.W.M. Bunt, voorzitter, en mr. A. Oosterveld en mr. E. Hoekstra, leden, in aanwezigheid van mr. F.F. van Emst, griffier, op 
  
  
    De uitspraak wordt openbaar gemaakt op de eerstvolgende donderdag na deze datum.
  
  
    griffier	                                                                                      		voorzitter
  
  
    Afschrift verzonden aan partijen op: 
  
  
    
      Rechtsmiddel
    
    Tegen deze uitspraak kan binnen zes weken na de dag van verzending daarvan hoger beroep worden ingesteld bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State. Als hoger beroep is ingesteld, kan bij de voorzieningenrechter van de hogerberoepsrechter worden verzocht om het treffen van een voorlopige voorziening of om het opheffen of wijzigen van een bij deze uitspraak getroffen voorlopige voorziening.
  
  
    
      Bijlage: Regelgeving
    
  
  
    Habitatrichtlijn
    
      
        Artikel 6
      
      (…)
    
    2 De Lid-Staten treffen passende maatregelen om ervoor te zorgen dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in de speciale beschermingszones niet verslechtert en er geen storende factoren optreden voor de soorten waarvoor de zones zijn aangewezen voor zover die factoren, gelet op de doelstellingen van deze richtlijn een significant effect zouden kunnen hebben.
    3 Voor elk plan of project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van het gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor zo'n gebied, wordt een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor het gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen van dat gebied. Gelet op de conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied en onder voorbehoud van het bepaalde in lid 4, geven de bevoegde nationale instanties slechts toestemming voor dat plan of project nadat zij de zekerheid hebben verkregen dat het de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied niet zal aantasten en nadat zij in voorkomend geval inspraakmogelijkheden hebben geboden.
    (…)
    
    
  
  
    Wet natuurbescherming (Wnb)
    
      
        Artikel 2.7
      
      (…)
    
    2 Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied.
    3 Gedeputeerde staten verlenen een vergunning als bedoeld in het tweede lid uitsluitend indien is voldaan aan artikel 2.8.
    (…)
    
    
      
        Artikel 2.8
      
    
    1. Voor een plan als bedoeld in artikel 2.7, eerste lid, of een project als bedoeld in artikel 2.7, derde lid, maakt het bestuursorgaan, onderscheidenlijk de aanvrager van de vergunning, een passende beoordeling van de gevolgen voor het Natura 2000-gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen voor dat gebied.
    2 In afwijking van het eerste lid hoeft geen passende beoordeling te worden gemaakt, ingeval het plan of het project een herhaling of voortzetting is van een ander plan, onderscheidenlijk project, of deel uitmaakt van een ander plan, voor zover voor dat andere plan of project een passende beoordeling is gemaakt en een nieuwe passende beoordeling redelijkerwijs geen nieuwe gegevens en inzichten kan opleveren over de significante gevolgen van dat plan of project.
    3 Het bestuursorgaan stelt het plan uitsluitend vast, en gedeputeerde staten verlenen voor het project, bedoeld in het eerste lid, uitsluitend een vergunning, indien uit de passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat het plan, onderscheidenlijk het project de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zal aantasten.
    (…)
  
  
    Activiteitenbesluit milieubeheer
    Artikel 3.123
    1. Ten behoeve van de goede werking van een huisvestingssysteem en het voorkomen dan wel voor zover dat niet mogelijk is het zoveel mogelijk beperken van emissies naar de lucht, wordt ten minste voldaan aan het tweede en derde lid.
    2 Een huisvestingssysteem is uitgevoerd overeenkomstig de bij dat huisvestingssysteem behorende technische beschrijving, bedoeld in de bijlage bij de regeling op grond van artikel 1 van de Wet ammoniak en veehouderij.
    3 Degene die een inrichting drijft waarin landbouwhuisdieren worden gehouden in een huisvestingssysteem, draagt er zorg voor dat het huisvestingssysteem wordt gebruikt en onderhouden overeenkomstig de voorwaarden die noodzakelijk zijn voor een goede werking van het huisvestingssysteem. 
    
    
  
  
    Regeling ammoniak en veehouderij
    
      
        Artikel 2, eerste lid
      
      Voor de berekening van de ammoniakemissie van een veehouderij worden de emissiefactoren toegepast die zijn opgenomen in bijlage 1 bij deze regeling. 
    
  
  
     De regelgeving die voor deze zaak van belang is, is opgenomen in de bijlage bij deze uitspraak.
  
  
     Zie bijvoorbeeld rechtsoverweging (r.o.) 7 van de uitspraak van 14 juli 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1507.
  
  
     Zie bijvoorbeeld r.o. 9.1 van de uitspraak van 14 juli 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1507.
  
  
     De rechtbank verwijst in dit kader naar r.o. 12.2 van de uitspraak van de ABRvS van 23 juni 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1332, r.o. 6 en 7 van de uitspraak van de ABRvS van 18 november 2020, ECLI:NL:RVS:2020:2760, en r.o. 7 van de uitspraak van de ABRvS van 9 september 2000, ECLI:NL:RVS:2020:2170.
  
  
     De rechtbank verwijst in dit kader naar r.o. 15.14 van de uitspraak van de ABRvS van 19 mei 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1054, en r.o. 14.3 en 14.4 van de uitspraak van de ABRvS van 1 september 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1969.
  
  
     Zie r.o. 9.2 van de uitspraak van de ABRvS van 27 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:175.
  
  
     Zie r.o. 9.2 van de uitspraak van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71.