ECLI:NL:RVS:2024:3569, Raad van State, 04-09-2024, 202205185/1/R2
Raad van State — Uitspraak 
Datum: 2024-09-04 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Bij besluit van 16 november 2020 heeft het college aan [vergunninghouder] (hierna: de maatschap) een natuurvergunning verleend voor het uitbreiden en wijzigen van de veehouderij aan [locatie] in Etten-Leur en geweigerd voor het weiden van het vee. De maatschap exploiteert aan [locatie] in Etten-Leur een melkveehouderij. Zij heeft in 2019 een natuurvergunning aangevraagd voor het wijzigen van de rundveehouderij. De aanvraag ziet op het houden van 60 melkkoeien, 43 vleesstieren, 70 stuks vrouwelijk jongvee, 40 zoogkoeien en 15 schapen. In één van de stallen wordt het emissiearme stalsysteem A1.28 toegepast. Het college heeft de vergunning verleend voor het houden van het aangevraagde veebestand in de aangevraagde stalsystemen. De aangevraagde situatie leidt volgens het college weliswaar tot een toename van emissie ten opzichte van de referentiesituatie, maar de toename van emissie leidt niet tot een toename van stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden. Het college heeft de vergunning geweigerd voor het weiden van het vee, omdat daarvoor geen vergunning nodig is.

202205185/1/R2.
    Datum uitspraak: 4 september 2024
    AFDELING
    BESTUURSRECHTSPRAAK
    Uitspraak op het hoger beroep van:
    Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. en de Vereniging Leefmilieu, beide gevestigd te Nijmegen (hierna: MOB en Leefmilieu),
    appellanten,
    tegen de tussenuitspraak van de rechtbank Oost-­Brabant van 31 mei 2022 en haar einduitspraak van 29 juni 2022 in zaak nr. 20/3747 in het geding tussen:
    MOB en Leefmilieu
    en
    het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant.
    Procesverloop
    Bij besluit van 16 november 2020 heeft het college aan [vergunninghouder] (hierna: de maatschap) een natuurvergunning verleend voor het uitbreiden en wijzigen van de veehouderij aan [locatie] in Etten-Leur en geweigerd voor het weiden van het vee.
    Bij tussenuitspraak van 31 mei 2022 (hierna: de tussenuitspraak) heeft de rechtbank het college in de gelegenheid gesteld een in die uitspraak geconstateerd gebrek in dat besluit te herstellen.
    Bij brief van 13 juni 2022 heeft het college aan de rechtbank bericht dat het daarvan geen gebruik maakt.
    Bij uitspraak van 29 juni 2022 (hierna: de einduitspraak) heeft de rechtbank het door MOB en Leefmilieu ingestelde beroep gegrond verklaard, het bestreden besluit vernietigd en het college opgedragen om met in achtneming van de tussenuitspraak en de einduitspraak een nieuw besluit te nemen.
    Tegen de tussenuitspraak en de einduitspraak heeft de maatschap hoger beroep ingesteld. MOB en Leefmilieu hebben incidenteel hoger beroep ingesteld.
    MOB en Leefmilieu hebben een schriftelijke uiteenzetting gegeven.
    Het college, de maatschap en MOB en Leefmilieu hebben nadere stukken ingediend.
    Bij besluit van 8 april 2024 heeft het college ter uitvoering van de einduitspraak van de rechtbank opnieuw een natuurvergunning verleend aan de maatschap.
    MOB en Leefmilieu hebben gronden ingediend tegen het besluit van 8 april 2024.
    Het college heeft een nadere reactie op die gronden ingediend.
    Het college heeft nadere stukken ingediend.
    De Afdeling heeft de zaak, samen met de zaak met nummer 202203199/1/R2, op de zitting van 27 juni 2024 behandeld. Daar zijn de maatschap, vertegenwoordigd door mr. T. van der Weijde, rechtsbijstandverlener te Amsterdam, en [gemachtigde], MOB en Leefmilieu, vertegenwoordigd door ir. A.K.M. van Hoof, rechtsbijstandverlener te Gennep en het college, vertegenwoordigd door A.P.M. van Boven en mr. A. Speekenbrink, verschenen.
    Op de zitting zijn MOB en Leefmilieu in de gelegenheid gesteld om een schriftelijke reactie te geven op het verweer en enkele andere stukken.
    MOB en Leefmilieu hebben op 3 juli 2024 een nadere reactie ingediend.
    Het college en de maatschap hebben daarop een reactie ingediend.
    De Afdeling heeft vervolgens het onderzoek gesloten.
    Overwegingen
    Intrekken hoger beroep
    1.       De maatschap heeft het hoger beroep op de zitting ingetrokken. In deze uitspraak wordt daarom alleen het incidenteel hoger beroep van MOB en Leefmilieu tegen de tussenuitspraak en de einduitspraak van de rechtbank en het beroep van rechtswege van MOB en Leefmilieu tegen het nadere besluit van 8 april 2024 besproken.
    Overgangsrecht Omgevingswet
    2.       Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur Omgevingswet in werking getreden. Als een aanvraag om een natuurvergunning is ingediend vóór het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet, dan blijft op grond van artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk vóór dat tijdstip van toepassing tot het besluit op die aanvraag onherroepelijk wordt.
    De aanvraag om een natuurvergunning is ingediend op 9 april 2019. Dat betekent dat in dit geval de Wet natuurbescherming, zoals die gold vóór 1 januari 2024, van toepassing blijft.
    Inleiding
    3.       De maatschap exploiteert aan [locatie] in Etten-Leur een melkveehouderij. Zij heeft in 2019 een natuurvergunning aangevraagd voor het wijzigen van de rundveehouderij. De aanvraag ziet op het houden van 60 melkkoeien, 43 vleesstieren, 70 stuks vrouwelijk jongvee, 40 zoogkoeien en 15 schapen. In één van de stallen wordt het emissiearme stalsysteem A1.28 toegepast.
    3.1.    Het college heeft de vergunning verleend voor het houden van het aangevraagde veebestand in de aangevraagde stalsystemen. De aangevraagde situatie leidt volgens het college weliswaar tot een toename van emissie ten opzichte van de referentiesituatie, maar de toename van emissie leidt niet tot een toename van stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden.
    Het college heeft de vergunning geweigerd voor het weiden van het vee, omdat daarvoor geen vergunning nodig is. Voor de emissies van beweiden geldt volgens het college dat er geen sprake is van een hogere depositie dan waar in de stalemissies van de natuurvergunning al rekening mee is gehouden.
    3.2.    MOB en Leefmilieu vinden dat de natuurvergunning voor het houden van vee in de stallen ten onrechte is verleend, omdat de vergunde situatie wel tot een toename van stikstofdepositie leidt. De emissiearme techniek die wordt toegepast, werkt volgens MOB en Leefmilieu minder goed dan waarvan bij de vergunningverlening is uitgegaan. Verder vinden zij dat het college de vergunning voor het weiden van vee ten onrechte heeft geweigerd. Het weiden van vee is een onderdeel van het project en had in de vergunning moeten worden betrokken.
    De aangevallen uitspraak
    4.       De rechtbank heeft het college in de tussenuitspraak in de gelegenheid gesteld om twee gebreken in het bestreden besluit te herstellen. Het eerste gebrek gaat over het weiden van vee. Dat is volgens de rechtbank niet aangevraagd, zodat het college daarop geen beslissing kon nemen. Het tweede gebrek gaat over de emissie uit het toegepaste stalsysteem A1.28. Volgens de rechtbank bestaat onzekerheid over de juistheid van de emissiefactor van 6 kg/NH3 per dierplaats per jaar die voor dit stalsysteem is opgenomen in de Regeling ammoniak en veehouderij (hierna: Rav-emissiefactor). Dat leidt de rechtbank onder meer af uit het CBS-rapport ‘Stikstofverlies uit opgeslagen mest’ uit oktober 2019 (hierna: CBS-rapport), het advies van de Commissie Deskundigen Meststoffenwet (hierna: CDM) hierover van 18 juni 2020 (hierna: CDM-advies) en het deskundigenverslag van de Stichting Advisering Bestuursrechtspraak voor Milieu en Ruimtelijke Ordening (hierna: STAB-advies) dat is bijgevoegd bij de uitspraak van de rechtbank van 8 april 2022 (ECLI:NL:RBOBR:2022:1323). Daarom kon het college niet zonder meer uitgaan van deze emissiefactor. Dit kan het college herstellen door voorschriften aan de vergunning te verbinden over emissiebeperkende maatregelen die aanvullend zijn op de maatregelen die voortvloeien uit de stalbeschrijving (het leaflet). Het gaat dan onder meer om de maatregelen die de maatschap wil nemen, zoals een verdere beperking van het met mest besmeurd oppervlak, het eenmaal per uur reinigen van de stal met een mestrobot met watersproeier en het sluiten van een onderhoudscontract voor het stalsysteem. Daarnaast kan het college maatregelen voorschrijven die samenhangen met (de gevolgen van) de voersamenstelling. Nadat het college aan de rechtbank meedeelde dat het geen gebruik maakt van de geboden herstelmogelijkheid, heeft de rechtbank een einduitspraak gedaan. Daarin is het beroep van MOB en Leefmilieu gegrond verklaard en is de natuurvergunning vernietigd. De rechtbank heeft met toepassing van artikel 8:72, vierde lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) enkele aanwijzingen meegegeven voor het alsnog te nemen besluit.
    Het incidenteel hoger beroep van MOB en Leefmilieu
    -.- De aanwijzingen over de emissie uit de stallen
    5.       Over de beoordeling van de emissie uit stallen heeft de rechtbank met toepassing van artikel 8:72, vierde lid, van de Awb de volgende aanwijzingen meegegeven voor het alsnog te nemen besluit:
    - verweerder kan de door vergunninghouder voorgestelde maatregelen en/of andere maatregelen als beschermingsmaatregel aan de natuurvergunning verbinden. Dit kan door aanvullende voorschriften, al dan niet na aanpassing van de aanvraag. De rechtbank geeft verweerder in overweging mee de volgende voorschriften op te nemen:
    IV In afwijking van de beschrijving van het project in de aanvraag bedraagt de met mest besmeurde oppervlakte per dierplaats in stal B 2,85 m2.
    V In afwijking van de beschrijving van het project in de aanvraag vindt ieder uur een reiniging plaats met een mestrobot met watersproeier in stal B.
    VI Vergunninghouder registreert de samenstelling en hoeveelheid toegediend veevoer van het gehouden vee in stal B. Het veevoer voor het vee in stal B heeft een maximum melkureumgehalte van 23 mg per 100 ml.
    5.1.    MOB en Leefmilieu betogen dat de rechtbank ten onrechte tot het oordeel komt dat met het stellen van de voorschriften IV, V en VI de zekerheid wordt verkregen dat de natuurlijke kenmerken van Natura 2000-gebieden niet worden aangetast. Ter onderbouwing van hun standpunt wijzen zij op rechtsoverweging 11.5 uit de uitspraak van de Afdeling van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2557. Daaruit leiden MOB en Leefmilieu af dat er meer factoren dan de factoren waarover de voorschriften gaan, een rol spelen bij de werking van het stalsysteem. Tot slot merken MOB en Leefmilieu op dat voorschrift VI niet klopt omdat het melkureumgehalte niet een gehalte in veevoer, maar in de melk is.
    5.2.    De rechtbank overweegt in de einduitspraak dat zij het college in de tussenuitspraak in de gelegenheid heeft gesteld om extra voorschriften aan de natuurvergunning te verbinden, zodat een inhoudelijke passende beoordeling niet nodig is. De Afdeling leidt daar met MOB en Leefmilieu uit af dat de rechtbank van oordeel is dat met het verbinden van voorschriften, zoals de door de rechtbank voorgestelde, de zekerheid wordt verkregen dat de aangevraagde situatie de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden niet zal aantasten. De Afdeling deelt dat oordeel van de rechtbank niet. De Afdeling verwijst naar 11.5 van haar uitspraak van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2557. Daar is overwogen dat nader onderzoek nodig is naar de factoren die bepalend zijn voor de goede werking van emissiearme stalsystemen in de melkveehouderij. Daarbij gaat het ook om factoren die niet zijn terug te voeren op de technische of gebruiksbeschrijving uit het leaflet. De Afdeling overwoog ook dat zolang de oorzaken van de twijfel over de juistheid van de emissiefactor niet duidelijk zijn, de emissie van het emissiearme stalsysteem A1.13, niet met behulp van de Rav-emissiefactor voor dat stalsysteem met de vereiste zekerheid in kaart kan worden gebracht. Uit de uitspraak van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2624, volgt dat dit ook geldt voor stalsysteem A1.28. De rechtbank heeft dat niet onderkend.
    Het betoog slaagt.
    -.- De aanwijzingen over het beweiden van vee
    6.       In de tussenuitspraak stelt de rechtbank vast dat het beweiden niet is aangevraagd. Het college is volgens de rechtbank buiten de grondslag van de aanvraag getreden door een beslissing te nemen over de toelaatbaarheid van het weiden van vee. De vergunning moet daarom worden vernietigd voor zover daarin is besloten dat de vergunning voor het weiden van vee wordt geweigerd omdat die niet nodig is.
    In de einduitspraak geeft de rechtbank met toepassing van artikel 8:72, vierde lid, van de Awb de volgende aanwijzing mee voor het alsnog te nemen besluit:
    - verweerder zal aan vergunninghouder moeten vragen of hij zijn vee laat beweiden bij de veehouderij, hoeveel vee in de wei wordt gezet en waar hij zijn vee laat beweiden. Indien vergunninghouder (zoals op de zitting) aangeeft dat hij al zijn vee laat beweiden op de huiskavel bij de veehouderij (zowel in het verleden in de referentiesituatie als in de toekomst, in de beoogde situatie), zal verweerder de AERIUS-berekening hierop moeten aanvullen, omdat de AERIUS-berekening betrekking moet hebben op het volledige project en de veestapel in de beoogde situatie toeneemt. Volgens de rechtbank is het buiten beschouwing laten van een deel van het project in de AERIUS-berekening in strijd met artikel 2.1, eerste lid, van de Regeling natuurbescherming. Verweerder moet de stikstofdepositie berekenen met de op dat moment geldende versie van AERIUS Calculator. Gelet op de afstand van de huiskavel tot het dichtstbij gelegen Natura 2000-gebied "Ulvenhoutse Bos" acht de rechtbank het overigens op voorhand uitgesloten dat bij een toename van het aantal stuks vee in de wei op de huiskavel significante gevolgen voor dat Natura 2000-gebied zullen optreden.
    De rechtbank geeft verweerder in overweging mee de volgende voorschriften op te nemen:
    […]
    VII Beweiden van vee is alleen toegestaan op de huiskavel direct bij de veehouderij.
    6.1.    MOB en Leefmilieu betogen dat de rechtbank in de einduitspraak ten onrechte aanwijzingen geeft over het beweiden van vee. Dat kan niet, omdat het weiden van vee niet is aangevraagd. Daarom valt niet in te zien waarom het college voor het nieuw te nemen besluit aan de aanvrager moet vragen of en hoe hij het vee beweidt. Ook betwisten MOB en Leefmilieu het oordeel van de rechtbank dat op voorhand kan worden uitgesloten dat het beweiden van vee op de huiskavel significante gevolgen heeft. Het beweiden van vee moet samen met de andere bedrijfsactiviteiten beoordeeld worden.
    6.2.    Het oordeel en de beslissing van de rechtbank impliceerden dat het college na de vernietiging van de natuurvergunning op dit punt geen nieuw besluit op de aanvraag hoefde te nemen. Dat betekent dat de rechtbank niet met toepassing van artikel 8:72, vierde lid, van de Awb aanwijzingen over het beweiden kon geven voor het alsnog te nemen besluit. Dat artikel leent zich bovendien niet voor het geven van aanwijzingen over de inhoud van een alsnog te nemen besluit op een aanvraag die na de uitspraak wordt uitgebreid met beweiden. In een overweging ten overvloede had de rechtbank deze informatie wel kunnen meegeven.
    Het betoog van MOB en Leefmilieu slaagt. Dat betekent dat het college bij het alsnog te nemen besluit niet gebonden is aan de aanwijzingen die de rechtbank over de inhoud van een alsnog te nemen besluit over het beweiden heeft gegeven.
    -.- Geringe toename depositie
    7.       MOB en Leefmilieu voeren aan dat de rechtbank in 7.3 van de tussenuitspraak ten onrechte oordeelt dat de toename van stikstofdepositie door het project zo gering is dat significante gevolgen daarvan op voorhand zijn uitgesloten.
    7.1.    Deze beroepsgrond gaat over de resultaten van de stikstofdepositieberekening voor het Natura 2000-gebied Ulvenhoutse Bos. Die resultaten zijn weergeven in tabel 3 in de vergunning. Uit die tabel blijkt dat de stikstofdepositie in de aangevraagde situatie 0,12 mol N/ha/jr is en in de referentiesituatie 0,11 mol N/ha/jr. Het projectverschil is berekend op 0,00 mol. Dat komt door de wijze waarop AERIUS de rekenresultaten afrondt.
    7.2.    MOB en Leefmilieu hebben op de zitting toegelicht dat zij op dit punt een oordeel willen over de wijze waarop omgegaan kan worden met de afronding van de rekenresultaten door AERIUS. De Afdeling ziet daar in dit geval geen aanleiding voor. De stikstofberekening is gebaseerd op de toepassing van de Rav-emissiefactor van 6 kg zoals die was opgenomen in de Rav. Uit de uitspraak van de rechtbank, die op dit punt niet langer bestreden is, volgt dat die factor niet zonder meer toegepast kan worden. Dat betekent dat de vergunningverlening, al om een andere reden, niet op deze berekening gebaseerd kon worden.
    -.- Realisatietermijn
    8.       MOB en Leefmilieu betogen dat de rechtbank in 9.3 van de tussenuitspraak ten onrechte heeft overwogen dat het college het voorschrift ‘de beoogde ontwikkeling moet, in overeenstemming met de beleidsregel, binnen drie jaar nadat dit besluit onherroepelijk is geworden, zijn gerealiseerd’ aan de vergunning kon verbinden. Volgens MOB en Leefmilieu verplicht dit voorschrift tot de realisering van het project. Dat voorschrift kan niet worden gesteld omdat het niet dient ter bescherming van de natuur.
    8.1.    De rechtbank heeft overwogen dat het voorschrift niet verplicht tot de realisering van het project. Als het voorschrift niet wordt nageleefd, dan is het college bevoegd om de vergunning in te trekken op grond van artikel 5.4, eerste lid, onder a, van de Wnb (nu: artikel 5.40, tweede lid, onder b, van de Omgevingswet). De Afdeling deelt de uitleg die de rechtbank aan het voorschrift geeft. Anders dan MOB en Leefmilieu ziet de Afdeling niet in waarom het voorschrift niet in het belang van de natuur is. Daarbij wijst zij erop dat ook uit de uitspraak van 26 april 2017, ECLI:NL:RVS:2017:1142, volgt dat een voorschrift van deze strekking aan een natuurvergunning kan worden verbonden.
    Het betoog slaagt niet. 
    Conclusie incidenteel hoger beroep
    9.       Het incidenteel hoger beroep van MOB en Leefmilieu is gegrond. 
    Het nadere besluit van 8 april 2024
    10.     Na de uitspraak van de rechtbank heeft de maatschap de aanvraag aangepast. Er worden 5 zoogkoeien minder gehouden. In stal B wordt stalsysteem A1.28 toegepast, dat na 1 januari 2024 in de Omgevingsregeling wordt aangeduid als stalsysteem HA1.27. In de Rav en in bijlage V bij de Omgevingsregeling is voor dit stalsysteem een emissiefactor van 6 kg/NH3 per dierplaats per jaar opgenomen. Dat is een afronding van het rekenkundige gemiddelde van de meetwaarden van vier meetlocaties dat voor de totstandkoming van de emissiefactor is berekend. Het rekenkundige gemiddelde was 6,49 kg/NH3 per dierplaats per jaar. 
    Het college heeft de natuurvergunning op basis van een passende beoordeling verleend. Het college neemt in de passende beoordeling een emissiefactor van 6,85 kg/NH3 per dierplaats per jaar als uitgangspunt. Dat is de gemiddeld hoogst gemeten (gestandaardiseerde) emissiefactor van de vier meetlocaties.
    In de passende beoordeling zijn beschermingsmaatregelen betrokken die van invloed zijn op de ammoniakemissiebeperking van het stalsysteem. Die beschermingsmaatregelen zijn ook als voorschrift aan de vergunning verbonden. Het gaat in dit geval om de maatregel en het voorschrift dat het melkureumgehalte niet hoger mag zijn dan 23 mg per 100 ml melk. Daarvan is bij het vaststellen van de emissiefactor uitgegaan en wordt door het opnemen van een voorschrift geborgd. Verder gaat het om de maatregel en het voorschrift dat het totale met mest besmeurde oppervlak in stal 6 niet groter mag zijn dan 138 m2 en dat bij een onderbezetting van meer dan 10% van het vergunde aantal melk- en kalfkoeien in stal B het beloopbaar oppervlak en bijbehorende emitterend kelderoppervlak wordt afgesloten en afgedekt, zodat daaruit geen emissies kunnen optreden. Dit betekent dat het met mest besmeurd vloeroppervlak 2,86 m2 per dierplaats is. Bij iedere vierkante meter afname van het met mest besmeurd oppervlak moet volgens het college de ammoniakemissie ten opzichte van de vastgestelde oppervlakte in het meetprotocol (= 4,5 m2 per dierplaats) met 2,8% per vierkante meter worden verlaagd. Op basis van deze maatregelen stelt het college de emissiefactor in dit geval, na correctie met het standaard meetprotocol, vast op 6,54 kg/NH3 per dierplaats per jaar. Volgens het college is met deze maatregelen het emissiereducerend rendement van het stalsysteem gewaarborgd. Daarnaast zijn in de voorschriften stalmanagementmaatregelen over het schoonhouden van de vloer opgenomen. Het college ziet daarom geen redenen eraan te twijfelen dat de stalvloer niet correct wordt onderhouden en dat dat van invloed zou zijn op de ammoniakemissiebeperking.
    Omdat uit de AERIUS-berekening, waarin met het voorgaande rekening is gehouden, volgt dat de stikstofdepositie in de aangevraagde situatie niet toeneemt ten opzichte van de referentiesituatie, heeft het college de vergunning verleend.
    11.     Het besluit van 8 april 2024 wordt, gelet op artikel 6:24 van de Awb, gelezen in samenhang met artikel 6:19, eerste lid, van de Awb, van rechtswege geacht onderwerp te zijn van dit geding. Tegen dit besluit is van rechtswege een beroep ontstaan voor MOB en Leefmilieu. MOB en Leefmilieu hebben tegen dit besluit gronden naar voren gebracht.
    Het beroep van MOB en Leefmilieu
    -.- Emissiefactor
    12.     In de nadere reactie van 3 juli 2024 stellen MOB en Leefmilieu dat alsnog duidelijk is geworden hoe het college uitkomt bij een emissiefactor van 6,54 kg/NH3 per dierplaats per jaar. Deze kwestie is opgehelderd.
    13.     MOB en Leefmilieu betogen dat het college ten onrechte uitgaat van een emissiefactor van 6,54 kg/NH3 per dierplaats per jaar voor de beoordeling van de hoogte van de emissie uit de stal. MOB en Leefmilieu wijzen op het WUR-rapport 1426 van juni 2023 (WUR-rapport 1426) en de Kamerbrief van de minister van LNV en de staatssecretaris van I&W van 30 juni 2023, waarin de resultaten uit het CBS-rapport ‘Stikstofverlies uit opgeslagen mest’, uit oktober 2019, worden bevestigd. Uit het WUR-rapport en de Kamerbrief volgt dat er geen verschil in stikstofuitstoot is tussen een melkveestal met een emissiearme vloer en een gangbare stal. Het valt daarom volgens MOB en Leefmilieu niet in te zien dat op basis van het opgenomen voorschriftenpakket de emissie van het staltype kan worden teruggebracht tot 6,54 kg/NH3 per dierplaats per jaar. Er kan in ieder geval niet worden gesteld dat die lagere emissie is geborgd.
    13.1.  Het college stelt in zijn reactie op het beroep dat de uitspraak van de Afdeling van 7 september 2022 en het WUR-rapport 1426 zijn betrokken bij de verlening van de vergunning. Voor alle emissiearme stalsystemen in de melkveehouderij geldt dat het geschatte percentage stikstofverlies hoger is dan verwacht mag worden op basis van de Rav-emissiefactor. Mogelijke factoren van invloed op het ontbreken van emissiereductie in emissiearme melkveestallen zijn grotere loopoppervlaktes per dier in nieuwe stallen. Eerder onderzoek beschreef ook dat de vloeren in combinatie met de mestschuiven niet lijken te werken zoals bedoeld en getest. Hierdoor blijven de vloeren onvoldoende schoon. Het college stelt dat het het verschil tussen de resultaten van die bevindingen en de toegekende emissiefactor aan het systeem niet ontkent, maar dat wel betekenis moet worden toegekend aan die eerdere meetresultaten. Daarbij wijst het college erop dat uit verschillende rapporten en bijvoorbeeld het hiervoor onder 4 genoemde STAB-advies blijkt dat stalmanagement van invloed is op de ammoniakemissiebeperking. In ‘schone’ stallen wordt de reductie wel behaald. Daarom zijn verschillende stalmanagementmaatregelen in de voorschriften opgenomen. Daarnaast is een voorschrift over leegstand opgenomen, waardoor het met mest besmeurd oppervlak beperkt blijft. Het college ziet daarom geen redenen eraan te twijfelen dat de stalvoer niet correct zal worden onderhouden en dat er daarmee ook een invloed is op de ammoniakemissiebeperking.
    13.2.  De inhoud van het CBS-rapport en het CDM-advies is samengevat weergegeven in 7-8.2 van de uitspraak van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2557. In die uitspraak en de uitspraak van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2624, heeft de Afdeling overwogen dat het CBS-rapport en het CDM-advies concrete aanknopingspunten bevatten dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stallen de werkelijke ammoniakemissie van deze stalsystemen waarschijnlijk onderschatten. Daarnaast heeft de Afdeling overwogen dat uit die onderzoeken ook volgt dat nader onderzoek nodig is naar de factoren die van belang zijn voor de goede werking van die systemen. Daarbij gaat het ook om factoren die niet zijn terug te voeren op de technische of gebruiksbeschrijving uit het leaflet. Zolang de oorzaken van de twijfel over de juistheid van de emissiefactor niet duidelijk zijn, kan de emissie van het emissiearme stalsysteem A1.13, en daarmee te vergelijken stalsystemen, zoals A1.28, niet met behulp van de Rav-emissiefactor voor dat stalsysteem met de vereiste zekerheid in kaart worden gebracht. Een berekening van de emissie met de Rav-emissiefactor voor stalsysteem A1.28 kan daarom nu niet zonder meer worden gebruikt in een voortoets of passende beoordeling voor een natuurvergunning, zo overwoog de Afdeling.
    13.3.  Na de uitspraken van 7 september 2022 is het WUR-rapport 1426 verschenen. Dit rapport is een verificatie van het CBS-rapport. In paragraaf 3.2 Conclusies en aanbevelingen staat:
    "Voor alle emissiearme staltypen in de melkveehouderij geldt dat in beide analyses (CBS- en KLW-dataset) het geschatte %N-verlies hoger is dan verwacht mag worden op basis van de bijbehorende Rav emissiefactor. In beide analyses is dit verschil voor ca. de helft van de staltypen statistisch significant. Beide analyses vertonen hetzelfde beeld, namelijk dat er geen duidelijke relatie is tussen de hoogte van de emissiefactor van staltypen en het bijbehorende geschatte %N-verlies. De conclusie is dat de nieuwe staltypen in de onderzochte periode geen evidente emissiereductie ten opzichte van de referentiestal A1.100 realiseren, ook niet wanneer bedrijfsspecifieke factoren meegenomen worden. De enige uitzondering hierop is de grupstal (A1.1) in de KLW-analyse waar het %N-verlies significant lager ligt dan het referentieniveau. Maar ook voor dit staltype wordt de verwachte reductie niet gerealiseerd.
    Mogelijke factoren van invloed op het ontbreken van emissiereductie in emissiearme melkveestallen zijn grotere loopoppervlaktes per dier in nieuwe stallen en het gebruik van dikke fractie mest als boxstrooisel. Het is echter niet aannemelijk dat deze factoren een doorslaggevende rol spelen. Eerder onderzoek van Bremmers et al. (2022) beschreef al dat de vloeren i.c.m. de schuiven niet lijken te werken zoals bedoeld en getest. Hierdoor blijven de vloeren onvoldoende schoon".
    13.4.  In de Kamerbrief staat: "De conclusie voor melkvee is dat er geen verschil is in stikstofuitstoot tussen een stal met een emissiearme vloer en een gangbare stal. Het toepassen van een dergelijke staltechniek in de melkveehouderij heeft dus geen effect op de ammoniakuitstoot per dierplaats. Deze conclusie gaat op voor alle verschillende subcategorieën van emissiearme vloeren, er is geen onderscheid te zien tussen de verschillende werkingsprincipes".
    13.5.  De Afdeling stelt vast dat het college de emissiebeperkende werking van het stalsysteem als uitgangspunt heeft genomen en ervan uitgaat dat met het treffen van maatregelen een hogere emissiereductie kan worden bereikt dan de gemiddeld hoogst gemeten (gestandaardiseerde) emissiefactor van één van de vier meetlocaties die betrokken is bij de vaststelling van de Rav-emissiefactor. Het college heeft dit niet onderbouwd met onderzoeken naar de werking van het stalsysteem of de werking van de maatregelen, terwijl in het WUR-rapport 1426 en de Kamerbrief wordt geconstateerd dat de emissiearme staltechnieken in de melkveehouderij geen effect hebben op de ammoniakuitstoot per dierplaats. Het STAB-advies dat is gevoegd bij de uitspraak van de rechtbank Oost-Brabant van 8 april 2022, ECLI:NL:RBOBR:2022:1323, bevat geen conclusies over de goede werking van het stalsysteem of het effect van te treffen maatregelen. De verwijzing naar rapporten zonder duiding welke worden bedoeld of naar het STAB-advies volstaat daarom niet. De Afdeling is gelet op de uitspraak van 7 september 2022, het WUR-rapport 1426 en de Kamerbrief van oordeel dat het college op deze wijze de emissie van het emissiearme stalsysteem A1.28 in het bestreden besluit niet met de vereiste zekerheid in kaart heeft gebracht.
    Het betoog slaagt. De overige beroepsgronden over de aard, inhoud en het effect van de voorschriften die met het oog op de emissiereductie zijn gesteld behoeven geen bespreking.
    -.- Beweiden
    14.     MOB en Leefmilieu stellen dat uit de motivering van het besluit volgt dat het beweiden van vee onderdeel is van het project. Zij betogen dat de emissie van het beweiden ten onrechte niet in het dictum van het besluit staat. Ook is in de vergunning ten onrechte niet bepaald op welke percelen het vee beweid wordt.
    14.1.  De Afdeling stelt vast dat het nadere besluit is onderverdeeld in drie hoofdstukken: "Beschikking", "Procedurele aspecten", "Overwegingen en Toetsingen". De overwegingen over het beweiden zijn opgenomen in het hoofdstuk "Overwegingen en Toetsingen". Daarin staat dat uit de aanvraag blijkt dat in de beoogde situatie melk- en kalfkoeien en schapen worden beweid op de percelen kadastraal bekend gemeente Etten-Leur, sectie P, nummer 2251 en sectie Q, nummers 1476, 2106, 30, 31, 75 en 80.
    In paragraaf 2 van het hoofdstuk "Beschikkingen" staat onder I waarvoor de vergunning is verleend. Daaruit volgt dat een natuurvergunning is verleend voor de wijziging van de rundveehouderij aan de Hoge Vaartkant 20 in Etten-Leur, zoals weergeven in bijlage 1. Bijlage 1 is een AERIUS Calculator berekening van de beoogde situatie inclusief buitenlandse Natura 2000-gebieden. Die berekening ziet op de stalemissies en de daarmee verband houdende emissies, zoals emissies van transportmiddelen. Onder II staat vervolgens dat de beschrijving van het project, in de aanvraag en de bijlagen bij deze beschikking, voor zover deze betrekking heeft op de activiteit, stalsystemen, veebezetting en emissiepunten onderdeel uitmaakt van de beschikking.
    14.2.  MOB en Leefmilieu en het college verschillen van mening of het beweiden onder II valt. De Afdeling leest de beschikking zo dat onder I is weergegeven waarvoor de vergunning is verleend. Daarin worden het beweiden en het perceel waarop dat plaatsvindt niet genoemd. Onderdelen II en III bevatten naar het oordeel van de Afdeling geen uitbreiding van de vergunde activiteit maar vullen de onder I vergunde activiteit nader in. De Afdeling is daarom van oordeel dat MOB en Leefmilieu terecht betogen dat uit het hoofdstuk "Beschikking" van de vergunning niet blijkt dat het weiden van vee is vergund. Het bestreden besluit is op dit punt niet met de vereiste zorgvuldigheid genomen. 
    Het betoog slaagt.
    -.- Referentie NOx-emissies
    15.     MOB en Leefmilieu stellen dat in het nadere besluit ten onrechte wordt uitgegaan van 112,5 kg aan NOx-emissies in de referentiesituatie. In het vernietigde besluit werd uitgegaan van 78,14 kg. De rechtbank heeft in 8.4 van de tussenuitspraak geoordeeld dat deze stikstofdepositie betrokken mocht worden in de referentiesituatie. Dat oordeel is in hoger beroep niet aangevochten. Door uit te gaan van een hogere emissie in de referentiesituatie gaat het college voorbij aan de opdracht van de rechtbank. Bovendien is de wijziging van de referentiesituatie op dit punt niet gemotiveerd in het besluit.
    15.1.  De rechtbank heeft in 8.4 van de tussenuitspraak geoordeeld dat de door het college genoemde stikstofemissiebronnen in de referentiesituatie mogen worden betrokken omdat deze bronnen onlosmakelijk zijn verbonden met de referentiesituatie. Verder stelt de rechtbank vast dat MOB en Leefmilieu de inhoudelijke berekening niet hebben bestreden.
    15.2.  De Afdeling stelt vast dat het nadere besluit voor de referentiesituatie van dezelfde stikstofemissiebronnen uitgaat dan het vernietigde besluit. Wel zijn de emissies die zijn toe te rekenen aan mobiele bronnen en het verkeersnetwerk verhoogd. De Afdeling volgt MOB en Leefmilieu niet waar zij stellen dat het college dit niet kon doen, omdat het daarmee voorbij gaat aan de uitspraak van de rechtbank. Bij het nemen van het nadere besluit moest de stikstofdepositie immers worden bepaald met de op dat moment geldende versie van AERIUS-Calculator en de laatste inzichten over de wijze waarop emissiebronnen die NOx veroorzaken daarin ingevoerd moeten worden. Verder ziet de Afdeling in wat MOB en Leefmilieu aanvoeren, geen aanleiding voor het oordeel dat het college geen rekening mocht houden met de correctie van het aantal tractoren dat het bedrijf gebruikt.
    Het betoog slaagt niet.
    -.- Realisatietermijn
    16.     MOB en Leefmilieu stellen dat het college ten onrechte het volgende voorschrift aan de vergunning hebben verbonden: ‘de beoogde ontwikkeling moet, in overeenstemming met de Beleidsregel natuurbescherming Noord-Brabant, binnen drie jaar nadat deze beschikking onherroepelijk is geworden, zijn gerealiseerd’. Volgens MOB en Leefmilieu verplicht dit voorschrift tot de realisering van het project. Dat voorschrift kan niet worden gesteld omdat het niet dient ter bescherming van de natuur.
    16.1.  De Afdeling verwijst naar wat zij hiervoor in 8.1 heeft overwogen.
    Het betoog slaagt niet.
    Conclusie
    17.     Het beroep van MOB en Leefmilieu tegen het besluit van 8 april 2024 is gegrond gelet op wat hiervoor in 13.5 en 14.2 is overwogen. Het besluit is genomen in strijd met artikel 2.8, derde lid, van de Wet natuurbescherming en artikel 3:2 van de Awb. Het besluit moet daarom worden vernietigd.
    Hoe nu verder?
    18.     Het college moet met inachtneming van deze uitspraak en de uitspraak van de rechtbank, voor zover deze niet of tevergeefs is aangevochten, een nieuw besluit nemen. Zoals onder 2 van deze uitspraak is weergegeven, is op dat besluit het recht van toepassing zoals dat onmiddellijk voor 1 januari 2024 gold. Dat zijn in dit geval de relevante bepalingen over de verlening van een natuurvergunning uit de Wnb, het Besluit natuurbescherming en de Regeling natuurbescherming (hierna: Rnb). Daarbij geldt dat, in afwijking van het bepaalde in artikel 2.1 van de Rnb, de versie van AERIUS-Calculator moet worden gebruikt die op grond van artikel 1.4, eerste lid, van de Omgevingsregeling in samenhang gelezen met bijlage II bij de Omgevingsregeling, geldt op het moment van het nemen van het nieuwe besluit (vergelijk de uitspraak van vandaag in zaak nr. 202203156/1/R2, ECLI:NL:RVS:2024:3356).
    Proceskosten
    19.     Het college moet de proceskosten van MOB en Leefmilieu vergoeden.
    Beslissing
    De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
    I.        verklaart het hoger beroep van Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. en de Vereniging Leefmilieu gegrond;
    II.       verklaart het beroep van Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. en de Vereniging Leefmilieu gegrond;
    III.      vernietigt het besluit van het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant van 8 april 2024;
    IV.      veroordeelt het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant tot vergoeding van bij Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. en de Vereniging Leefmilieu in verband met de behandeling van het hoger beroep en het beroep opgekomen proceskosten tot een bedrag van € 2.625, geheel toe te rekenen aan door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand, met dien verstande dat bij betaling van genoemd bedrag aan een van hen het bestuursorgaan aan zijn betalingsverplichting heeft voldaan.
    Aldus vastgesteld door mr. R. Uylenburg, voorzitter, en mr. J. Gundelach en mr. J.J.W.P. van Gastel, leden, in tegenwoordigheid van mr. J. Verbeek, griffier.
    w.g. Uylenburg
    voorzitter
    w.g. Verbeek
    griffier
    Uitgesproken in het openbaar op 4 september 2024
    388