ECLI:NL:RBNNE:2023:538, Rechtbank Noord-Nederland, 31-01-2023, LEE 22-1326
Rechtbank Noord-Nederland — Uitspraak 
Datum: 2023-01-31 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Omgevingsvergunning voor de uitbreiding van een bestaande ligboxenstal en voor het plaatsen van een emissiearme vloer. Geen reden om het relativiteitsvereiste aan eiseres tegen te werpen. Referentiesituatie. Ontbreken van een vvgb ondeugdelijk gemotiveerd. Significante effecten op het nabijgelegen Natura 2000-gebied zijn niet op voorhand uit te sluiten. Aerius-berekening ten onrechte gebaseerd op Rav-emissiefactoren en de generieke bouwvrijstelling. Verweerder heeft zich niet op het standpunt kunnen stellen dat op grond van objectieve gegevens is uitgesloten dat het bemesten van gronden door vergunninghoudster significante gevolgen heeft. Niet valt uit te sluiten dat de Aerius-berekeningen leiden tot onderschatting van de daadwerkelijke stikstofemissie en -depositie.

RECHTBANK NOORD-NEDERLAND
    Bestuursrecht
    
    
      locatie Groningen
    
    
    
      zaaknummer: 22/1326
    
    
    
      
        uitspraak van de enkelvoudige kamer van de rechtbank van 31 januari 2023 in de zaak tussen
      
    
    
    
      [eiseres], gevestigd te [plaats], eiseres,
    (gemachtigde: A. Wouda),
    
    
      en
    
    
    
      
        het college van burgemeester en wethouders van de gemeente De Fryske Marren, verweerder,
      (gemachtigde: K.H. Adema).
    
    
  
  
    Procesverloop
    Bij besluit van 18 februari 2022 (het bestreden besluit) heeft verweerder aan de maatschap [namen] (hierna: de vergunninghouder) een omgevingsvergunning ingevolge de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo) verleend voor het realiseren van een uitbreiding van een bestaande ligboxenstal en voor het plaatsen van een emissiearme vloer op het perceel aan [adres] te [plaats].
    
    
      Tegen het bestreden besluit heeft eiseres beroep ingesteld bij de rechtbank. 
    
    
    
      Verweerder heeft een verweerschrift ingediend.
    
    
    
      De zaak is behandeld op de zitting van 20 december 2022.
      Eiseres is vertegenwoordigd door zijn gemachtigde, [namen]
      Verweerder heeft zich laten vertegenwoordigen door zijn gemachtigde en S. van Hoving.
    
    
  
  Overwegingen 
  
    Feiten en omstandigheden
    1.	Bij haar oordeelsvorming betrekt de rechtbank de navolgende feiten en omstandigheden.
    
    
      1.1.
      Het college van Gedeputeerde Staten van de provincie Fryslân (hierna: het college van GS) heeft bij besluit van 15 juli 2016 een vergunning ingevolge artikel 19d, in samenhang gelezen met artikel 19km, eerste lid, aanhef en onder b, van de Natuur-beschermingswet 1998 (Nbw 1998) verleend aan vergunninghouder voor de uitbreiding van de melkrundveehouderij op voormeld perceel te [plaats].
      
    
    
      1.2.
      Vergunninghouder heeft op 3 juni 2021 een “aanmeldnotitie m.e.r.-beoordeling” ten behoeve van de wijziging van de bestaande melkrundveehouderij op voormeld perceel te [plaats] aan verweerder doen toekomen.
      
    
    
      1.3.
      Bij besluit van 6 juli 2021 heeft verweerder besloten dat voor de beoogde wijziging van de inrichting van vergunninghouder geen milieu-effect-rapport (m.e.r.) hoeft te worden opgesteld. Dit betreft een voorbereidingsbesluit in de zin van artikel 6:3 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb).
      
    
    
      1.4.
      
        Vergunninghouder heeft op 9 juli 2021 een aanvraag om omgevingsvergunning voor het uitbreiden van een bestaande ligboxenstal en voor het plaatsen van een emissiearme vloer op voormeld perceel te [plaats] ingediend.
        Deze aanvraag om omgevingsvergunning heeft betrekking op de navolgende activiteit:
        -	het veranderen en het veranderen van de werking van de inrichting.
      
      
    
    
      1.5.
      
        Verweerder heeft op 24 december 2021 een ontwerpbesluit tot het verlenen van de gevraagde omgevingsvergunning genomen.
        Verweerder heeft dit ontwerpbesluit met ingang van 31 december 2021 gedurende zes weken ter inzage gelegd. Daarop zijn geen zienswijzen bij verweerder ingediend.
      
      
    
    
      1.6.
      Bij het bestreden besluit van 18 februari 2022 heeft verweerder aan vergunninghouder een omgevingsvergunning ingevolge de Wabo verleend voor het realiseren van een uitbreiding van een bestaande ligboxenstal en voor het plaatsen van een emissiearme vloer op het perceel aan [adres] te [plaats].
      
    
  
  
    Toepasselijke regelgeving
    
      2.	Ingevolge artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder a, van de Wabo is het verboden zonder omgevingsvergunning een project uit te voeren, voor zover dat geheel of gedeeltelijk bestaat uit het bouwen van een bouwwerk.
      Ingevolge artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder e, ten tweede van de Wabo is het verboden zonder omgevingsvergunning een project uit te voeren, voor zover dat geheel of gedeeltelijk bestaat uit het veranderen of veranderen van de werking van een inrichting.
      Ingevolge artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder e, ten derde van de Wabo is het verboden zonder omgevingsvergunning een project uit te voeren, voor zover dat geheel of gedeeltelijk bestaat uit het in werking hebben van een inrichting.
      Ingevolge artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder i, van de Wabo is het verboden zonder omgevingsvergunning een project uit te voeren, voor zover dat geheel of gedeeltelijk bestaat uit het verrichten van een andere activiteit die behoort tot een bij algemene maatregel van bestuur aangewezen categorie activiteiten die van invloed kunnen zijn op de fysieke leefomgeving.
      Ingevolge artikel 2.14, eerste lid, aanhef en onder a, sub 5, van de Wabo, betrekt het bevoegd gezag, voor zover de aanvraag betrekking heeft op een activiteit als hier aan de orde, bij de beslissing op de aanvraag in ieder geval: de mogelijkheden tot bescherming van het milieu, door nadelige gevolgen voor het milieu die de inrichting kan veroorzaken, te voorkomen, of zoveel mogelijk te beperken, voor zover zij niet kunnen worden voorkomen.
      Ingevolge artikel 2.14, eerste lid, aanhef en onder c, sub 1, van de Wabo neemt het bevoegd gezag, voor zover de aanvraag betrekking heeft op een activiteit als hier aan de orde, bij de beslissing op de aanvraag in ieder geval in acht dat in de inrichting ten minste de voor de inrichting in aanmerking komende beste beschikbare technieken moeten worden toegepast.
      Artikel 2.14, derde lid, van de Wabo bepaalt dat, voor zover het een activiteit betreft als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder e, de omgevingsvergunning slechts in het belang van de bescherming van het milieu kan worden geweigerd.
      Ingevolge artikel 2.17 van de Wabo kan de omgevingsvergunning, voor zover de aanvraag betrekking heeft op een activiteit als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, onder i, slechts worden verleend of geweigerd op de gronden die zijn aangegeven in de betrokken algemene maatregel van bestuur.
      Ingevolge artikel 2.20a van de Wabo wordt de omgevingsvergunning, voor zover de aanvraag betrekking heeft op een activiteit waarvoor voor het verlenen van de omgevings-vergunning een verklaring vereist is als bedoeld in artikel 2.27, eerste lid, voor die activiteit geweigerd indien de verklaring is geweigerd.
      Ingevolge artikel 2.27, eerste lid, van de Wabo wordt in bij wet of algemene maatregel van bestuur aangewezen categorieën gevallen een omgevingsvergunning niet verleend dan nadat een daarbij aangewezen bestuursorgaan heeft verklaard dat het daartegen geen bedenkingen heeft. Bij een maatregel als bedoeld in de eerste volzin worden slechts categorieën gevallen aangewezen waarin voor het verrichten van de betrokken activiteit een afzonderlijke toestemming van het aangewezen bestuursorgaan wenselijk is gezien de bijzondere deskundigheid die dat orgaan ten aanzien van die activiteit bezit of de verantwoordelijkheid die dat orgaan draagt voor het beleid dat betrekking heeft op de betrokken categorie activiteiten. Bij die maatregel kan worden bepaald dat het aangewezen bestuursorgaan categorieën gevallen kan aanwijzen waarin de verklaring niet is vereist.
      Ingevolge artikel 2.27, derde lid, van de Wabo kan de verklaring slechts worden gegeven of geweigerd in het belang dat in de betrokken wet of algemene maatregel van bestuur is aangegeven.
    
    
    
      2.1.
      
        Ingevolge artikel 2.7, tweede lid (https://www.navigator.nl/document/openCitation/id8e607cb880d0420c97ad2e42a194cf70), van de Wnb is het verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied.
        Ingevolge artikel 2.7, derde lid, aanhef en onder a (https://www.navigator.nl/document/openCitation/id8e607cb880d0420c97ad2e42a194cf70), van de Wnb verlenen gedeputeerde staten een vergunning als bedoeld in het tweede lid uitsluitend indien is voldaan aan: artikel 2.8, met uitzondering van het negende lid, wanneer de vergunning betrekking heeft op een project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, en dat afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied.
        Ingevolge artikel 2.8, eerste lid (https://www.navigator.nl/document/openCitation/ide1072abf0a92430e9c8026b84aec4866) van de Wnb maakt het bestuursorgaan, onderscheidenlijk de aanvrager van de vergunning voor een plan als bedoeld in artikel 2.7, eerste lid, of een project als bedoeld in artikel 2.7, derde lid, onderdeel a, een passende beoordeling van de gevolgen voor het Natura 2000-gebied, rekening houdend met de instandhoudings-doelstellingen voor dat gebied.
      
      
    
  
  
    Overwegingen
    
    
      
        Het geschil
      
      3.	Tussen partijen is in geschil of verweerder een omgevingsvergunning heeft kunnen verlenen voor het realiseren van een uitbreiding van een bestaande ligboxenstal en voor het plaatsen van een emissiearme vloer op voormeld perceel te [plaats]. Dienaangaande overweegt de rechtbank als volgt.
    
    
    
      
        Ten aanzien van de relativiteit
      
    
    
      4.1.
      Verweerder stelt zich op het standpunt dat uit de statuten van eiseres blijkt dat het doel van de Stichting is, het instandhouden en zo mogelijk versterken van de natuur, landschaps- en milieu-waarden in de gemeente De Fryske Marren. De aangevoerde beroepsgrond gaat over de activiteit natuur. In de statuten geeft eiseres aan slechts op te komen voor het instandhouden van natuur in de gemeente de Fryske Marren. In de gemeente De Fryske Marren liggen géén stikstofgevoelige Natura 2000-gebieden. Eiseres kan het niet aanhaken van de activiteit natuur in de visie van verweerder dan ook niet met succes aanvechten nu de aangevoerde beroepsgronden niet strekken tot de bescherming van de belangen van eiseres. Dit blijkt volgens verweerder ook uit jurisprudentie van de AbRvS, namelijk ECLI:NL:RVS:2015: 2570 (rechtsoverweging 3.3) en ECLI:NL:RVS:2019:3836 (rechtsoverweging 9.2).
      
      
        4.2.1.
        
          Uit vaste jurisprudentie van de AbRvS, kenbaar uit ECLI:NL:RVS:2022:1086, volgt dat het relativiteitsvereiste als vervat in artikel 8:69a van de Awb, behelst dat er een verband is tussen een beroepsgrond en het belang waarin de eisende partij door het bestreden besluit dreigt te worden geschaad. De bestuursrechter mag een besluit niet vernietigen wegens schending van een rechtsregel die kennelijk niet strekt tot bescherming van het belang van degene die in beroep komt.
          Het relativiteitsvereiste staat niet aan vernietiging in de weg, wanneer een rechtspersoon als bedoeld in artikel 1:2, derde lid, van de Awb opkomt voor algemene belangen die zij, gelet op haar statutaire doelstelling en door haar feitelijke werkzaamheden behartigt, en die geheel of ten dele samenvallen met de belangen die de norm beoogt te beschermen.
        
        
      
      
        4.2.2.
        De rechtbank is van oordeel dat eiseres in dit geval een beroep kan doen op de normen uit de Wabo die zien op het zogenoemd aanhaken van de activiteit natuur bij de thans verleende omgevingsvergunning. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat in de statuten van eiseres is opgenomen dat eiseres ten doel heeft het instandhouden en zo mogelijk versterken van de natuur, landschaps- en milieuwaarden in de gemeente De Fryske Marren en haar doel tracht te bereiken door onder meer het voeren van juridische procedures. Anders dan verweerder stelt, heeft die doelstelling niet alleen betrekking op natuur en milieuwaarden in  stikstofgevoelige Natura 2000-gebieden. Die doelstelling ziet ook op natuur van andere aard binnen de gemeente. Daarbij komt dat stikstofdepositie zoals in dit geval ter discussie wordt gesteld, zich niet alleen beperkt tot Natura 2000-gebieden. De rechtbank zal het beroep daarom inhoudelijk beoordelen.
        
        
          
            Ten aanzien van de referentiesituatie
          
        
      
    
    
      5.1.
      
        Eiseres betoogt dat bij de interne saldering is uitgegaan van een referentiesituatie op basis van de natuurvergunning die is verleend is op 15 juli 2016 door het college van Gedeputeerde Staten van de provincie Fryslân (hierna: het college van GS). In de visie van eiseres is die natuurvergunning sinds de uitspraken van 19 mei 2019 van de AbRvS (ECLI: NL:RVS:2019:1603) over de programmatische aanpak stikstof (hierna: de PAS) niet alleen onrechtmatig, maar is die op grond van artikel 5.4 van de Wnb vanwege gebreken in de aanvraag voor die vergunning niet onaantastbaar. Daarbij betrekt eiseres dat bij die aanvraag - samengevat - ten onrechte is uitgegaan van een grotere veestapel dan aanwezig was op de
        referentiedata die hadden moeten worden gehanteerd. In dit verband wijst eiseres erop dat zij daartoe bij het college van GS een handhavingsverzoek heeft ingediend, waarover nog een beroep loopt bij de rechtbank (procedurenummer LEE 21/1791). Volgens eiseres zal het college van GS genoodzaakt zijn om voormelde natuurvergunning aan te passen (lees: de toegekende stikstofemissie te verminderen) waardoor aan het bestreden besluit (een deel van) de referentiesituatie ontvalt. 
      
      
      
    
    
      5.2.
      Verweerder stelt zich op het standpunt dat de referentiesituatie op grond van vaste jurisprudentie van de AbRvS bestaat uit de vigerende natuurvergunning of, indien er niet eerder een natuurvergunning is verleend, uit toestemmingsbesluiten die zijn verleend voor de referentiedatum. Als nadien een toestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen, dan geldt die toestemming als referentiesituatie. Volgens verweerder maakt de AbRvS daarbij geen uitzondering voor situaties waarin de vigerende natuurvergunning is verleend onder vigeur van het PAS. Naar de mening van verweerder is dat terecht. In dit verband wijst verweerder erop dat een onherroepelijke natuurvergunning formele rechts-kracht geniet, ook als die onder het PAS is verleend. In de visie van verweerder is de natuurvergunning van 15 juli 2016 in rechte onaantastbaar, moet daarom voor rechtmatig worden gehouden en mag ten volle worden benut (zie AbRvS, 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS: 2019:1603).
      
    
    
      5.3.
      
        Uit vaste jurisprudentie van de AbRvS, onder meer kenbaar uit ECLI:NL:RVS:2013: 1891, volgt dat de vergunde situatie op de referentiedatum kan worden ontleend aan hetgeen is vergund krachtens de Wet milieubeheer of is vergund krachtens de daaraan voorafgaande Hinderwet. Indien de ten tijde van de referentiedatum geldende vergunning niet meer of niet meer geheel van kracht is, dan kan de vergunde situatie op de referentiedatum niet zonder meer als uitgangspunt worden genomen bij de beoordeling van de vraag of de aangevraagde situatie leidt tot een toename van stikstofdepositie. Als een op de referentiedatum geldende vergunning nadien is vervangen door een andere milieuvergunning kan daarin een activiteit zijn vergund die meer dan wel minder ammoniakemissie tot gevolg heeft dan de op de referentiedatum vergunde activiteit. Indien na de referentiedatum een vergunning is verleend voor een activiteit die meer ammoniakemissie tot gevolg heeft en voor de exploitatie niet eerder een vergunning op grond van de Nb-wet 1998 of de Natuurbeschermingswet (oud) is verleend, blijft de vergunde situatie op de referentiedatum het uitgangspunt bij de beoordeling van de vraag of de aangevraagde situatie leidt tot een toename van stikstofdepositie. De vergunde situatie op de referentiedatum maakt immers nog steeds deel uit van de aangevraagde situatie. Indien na de referentiedatum een vergunning is verleend voor een activiteit die minder ammoniakemissie tot gevolg heeft dan de op de referentiedatum vergunde situatie en voor de exploitatie niet eerder een vergunning op grond van de Nb-wet 1998 of de Natuurbeschermingswet (oud) is verleend, maakt de op de referentiedatum vergunde situatie slechts voor een deel onderdeel uit van de aangevraagde situatie. Dit betekent dat bij de beoordeling van de vraag of de aangevraagde situatie leidt tot een toename van stikstofdepositie een vergelijking dient te worden gemaakt tussen de stikstofdepositie als gevolg van de voorgenomen activiteit met de stikstofdepositie in de vergunde situatie met de laagst toegestane ammoniakemissie in de periode vanaf de referentiedatum tot de datum van het nemen van het bestreden besluit. De vergunde situatie met de laagste ammoniakemissie heeft als uitgangspunt te gelden, nu slechts dat deel van de vergunning als voortzetting van het project kan worden aangemerkt.
        In de PAS-uitspraak van 29 mei 2019 (ECLI:NL:RVS:2019:1603) heeft de AbRvS in rechtsoverweging 32.7 het volgende overwogen:
        “Vergunningen en tracébesluiten (en eventuele andere toestemmingsbesluiten genoemd in artikel 19km van de Nbw 1998) die met toepassing van het PAS zijn verleend en die in rechte onaantastbaar zijn, behouden het rechtsgevolg dat zij hebben. Een initiatiefnemer die voor een activiteit die stikstofdepositie veroorzaakt een vergunning heeft die met toepassing van het PAS-beoordelingskader is verleend en die in rechte onaantastbaar is, heeft na deze uitspraak dus nog steeds een vergunning voor die activiteit.”
      
      
      
    
    
      5.4.
      De rechtbank stelt vast dat verweerder de referentiesituatie in dit geval heeft ontleend aan de natuurvergunning van 15 juli 2016. Dit is de bezetting met melkkoeien en jongvee van de inrichting van vergunninghoudster met de laagste emissie sinds de referentiedatum. De rechtbank ziet gezien het voorgaande geen grond voor het oordeel dat verweerder bij de beoordeling of het project significante gevolgen kan hebben ten onrechte de natuurvergunning van 15 juli 2016 heeft gebruikt om de referentiesituatie van het bestaande project te bepalen. Deze vergunning is niet vervallen of geëxpireerd. Dat de passende beoordeling die ten grondslag heeft gelegen aan de vergunning van 15 juli 2016 gebrekkig of onvolledig zou zijn, zoals eiseres stelt, kan daaraan niet afdoen. Omdat deze natuurvergunning onherroepelijk is, dient deze als referentiesituatie te gelden (vgl. AbRvS, 20 oktober 2021, ECLI:NL:RVS:2021:2341). Deze grond van eiseres slaagt niet.
      
      
        
          Ten aanzien van het ontbreken van de vvgb
        
      
    
    
      6.1.
      Eiseres betoogt dat verweerder bij het verlenen van een omgevingsvergunning er ten onrechte vanuit is gegaan dat een vvgb van het college van gedeputeerde staten van de provincie Fryslân (hierna: het college van GS) in dit geval niet nodig is. In de visie van eiseres had verweerder dit niet mogen aannemen omdat niet verzekerd is dat geen significante effecten op Natura 2000-gebieden kunnen ontstaan als gevolg van een toename van de stikstofdepositie. Volgens eiseres neemt de stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie toe, ondanks dat het lijkt alsof uit de bijgevoegde Aerius-berekening door interne saldering de depositie niet significant toeneemt. In dit verband wijst eiseres erop dat Aerius geduldig is en dat de invoer zo gekozen kan worden dat het lijkt alsof die toename er niet is. Volgens eiseres had verweerder dan wel moeten nagaan of die invoer in overeen-stemming is met de feiten, hetgeen niet het geval is.
      
    
    
      6.2.
      Verweerder stelt zich op het standpunt dat het agrarische bedrijf over een onherroepelijke natuurvergunning beschikt voor het houden van vee. In dit verband wijst verweerder erop dat er een nieuwe Aerius-berekening (met datum 29 juli 2022) is ingediend, waarbij het loonbedrijfgedeelte is meegenomen. Op basis van de nieuwe berekening en de daarbij behorende onderbouwing valt in de visie van verweerder vast te stellen dat het project geen depositie veroorzaakt op stikstofgevoelige habitats, zodat niet aangehaakt hoefde te worden in de vorm van een vvgb. Naar de mening van verweerder is er dus terecht niet aangehaakt.
      
    
    
      6.3.
      De rechtbank overweegt allereerst dat wanneer een derde-partij er voor kiest om voor zijn project geen vergunning op grond van de Wnb aan te vragen, het aan verweerder is om te beoordelen of die vergunning noodzakelijk is en eventueel een vvgb van het college van GS te vragen. In de systematiek van de Wabo wordt vervolgens een zienswijzeprocedure gevoerd over, en is beroep mogelijk tegen de omgevingsvergunning waarvan het oordeel van verweerder of een vergunning nodig is, dan wel de vvgb, integraal onderdeel uitmaakt.
      
      
        6.4.1.
        De rechtbank stelt voorop dat het in dit geval gaat om de verlening van een omgevingsvergunning en niet om de intrekking van een vergunning op basis van de Wnb. Het bevoegd gezag zal aannemelijk moeten maken dat het project geen significante gevolgen kan hebben voor het nabijgelegen Natura 2000-gebied. Daarom kan verweerder niet volstaan met een verwijzing naar de uitspraak van de AbRvS van 20 januari 2021 (ECLI:NL:RVS: 2021:71).
        
      
      
        6.4.2.
        De rechtbank stelt verder voorop dat de Regeling ammoniak en veehouderij (Rav) weliswaar een algemeen verbindend voorschrift is, maar niet een regeling bij of krachtens de Wnb. De emissiefactoren in de Rav worden als uitgangspunt gehanteerd bij de toetsing aan artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb maar worden (anders dan bij de toetsing aan de Wav en artikel 2.14 van de Wabo) niet als wettelijk toetsingskader voorgeschreven. Daarom is verweerder bij de toetsing aan de norm van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb niet gehouden om deze emissiefactoren te hanteren en is verweerder ook niet rechtens gehouden om van de juistheid van deze emissiefactoren uit te gaan.
        
      
    
    
      6.5.
      
        De rechtbank is voorts van oordeel dat op grond van artikel 2.7 en 2.8 Wnb en het onderliggende artikel 6 van de Habitatrichtlijn, volgt dat bij de beoordeling van emissies in de aangevraagde situatie daarom niet zonder meer kan worden volstaan met de verwijzing naar de door de minister op grond van de Wet ammoniak en veehouderij (Wav) vastgestelde emissies per dier per stalsoort. Uit de genoemde bepalingen en de daarop gebaseerde jurisprudentie van het Hof van Justitie (HvJ), onder meer kenbaar uit ECLI:EU:C:2018:882 en ECLI:EU: C:2016:583, vloeit voort dat er voldoende wetenschappelijke zekerheid moet bestaan ten aanzien van deze emissies. Met de enkele vaststelling door de minister van de emissie in het kader van de Rav is deze zekerheid niet gegeven. Dat is slechts anders indien aan deze vaststelling een kenbare wetenschappelijke onderbouwing is gegeven of zoals in het onderhavige geval, wanneer de juistheid van deze vaststelling wordt bestreden door eiseressen, verweerder mogelijke twijfel ten aanzien van deze vaststelling kan weerleggen. De rechtbank vindt steun voor dit toetsingskader in de PAS-vergunningsuitspraak (ECLI:NL: RVS:2019:1603). 
        Dat er geen redelijke wetenschappelijke twijfel bestaat ten aanzien van de conclusie dat het project geen significante gevolgen heeft voor de natuurlijke kenmerken van de betrokken gebieden moet door het bevoegd gezag dat de vergunning verleent, worden bewezen.
      
      
    
    
      6.6.
      Uit vaste jurisprudentie van de AbRvS, onder meer kenbaar uit ECLI:NL:RVS:2022: 2557, volgt dat de conclusie is dat verschillende onderzoeken concrete aanknopingspunten bevatten dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stallen in de melkveehouderij de werkelijke ammoniakemissie van deze stalsystemen waarschijnlijk onderschatten. Uit die onderzoeken volgt ook dat nader onderzoek nodig is naar de factoren die van belang zijn voor de goede werking van die systemen. Zolang de oorzaken van de twijfel over de juistheid van de emissiefactor niet duidelijk zijn, kan de emissie van het emissiearme stalsysteem A1.13 niet met behulp van de Rav-emissiefactor voor dat stalsysteem met de vereiste zekerheid in kaart worden gebracht. Een berekening van de emissie met de Rav-emissiefactor voor stalsysteem A1.13 kan daarom nu niet zonder meer worden gebruikt in een voortoets of passende beoordeling voor een natuurvergunning.
      
    
    
      6.7.
      Gelet op de in rechtsoverweging 6.6. vermelde vaste jurisprudentie van de AbRvS heeft verweerder in zijn beoordeling of dit project significante gevolgen kan hebben voor het nabijgelegen Natura 2000-gebied naar het oordeel van de rechtbank niet kunnen volstaan met een verwijzing naar de emissiefactoren in de Rav voor emissiearme stalvloeren. Dit brengt met zich dat verweerder voormelde notitie niet aan zijn besluitvorming ten grondslag mocht leggen, aangezien deze notitie de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stalvloeren als uitgangspunt heeft genomen. Voor zover de van de notitie deel uitmakende Aerius-berekening gebaseerd is op de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stalvloeren, mocht verweerder deze berekening evenmin aan zijn besluitvorming ten grondslag leggen, nu er sprake is van een onjuist uitgangspunt. Hieruit volgt naar het oordeel van de rechtbank dat verweerder zich ten onrechte op het standpunt heeft gesteld dat een vvgb van het college van GS in dit geval niet vereist was. Dit betekent dat het bestreden besluit in strijd met het zorgvuldigheidsbeginsel, als bedoeld in artikel 3:2 van de Awb, en het motiveringsbeginsel, als bedoeld in artikel 3:46 van de Awb, tot stand is gekomen. Om deze reden is het beroep van eiseres gegrond en komt het bestreden besluit voor vernietiging in aanmerking.
      
    
    
      6.8.
      Gelet op rechtsoverweging 6.7. is het beroep van eiseres gegrond en komt het bestreden besluit voor vernietiging in aanmerking. De rechtbank ziet geen aanleiding om de rechtsgevolgen van het vernietigde bestreden besluit in stand te laten of zelf in de zaak te voorzien. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat het primair aan verweerder is om te beoordelen of dit project significante effecten voor het nabijgelegen Natura 2000-gebied kan hebben. Gelet hierop zal worden volstaan met de opdracht aan verweerder om opnieuw te beslissen op de aanvraag om omgevingsvergunning, met inachtneming van hetgeen in deze uitspraak is overwogen. 
      
      
        
          Ten aanzien van de Aerius-berekening
        
      
    
    
      7.1.
      
        Eiseres betoogt dat de Aerius-berekening in dit geval onjuist is. In dit verband wijst eiseres er ten eerste op dat een gedeelte van de stalvloer zal worden gewijzigd en in de Aerius-berekening is aangenomen, dat dit leidt tot een lagere emissie van NH3 per melk- of kalfkoe (ouder dan 2 jaar), namelijk van13 kg/dier/jaar naar 6 kg/dier/jaar voor 140 dieren op basis van een stalinrichting met Rav-code A1.13. Door deze veronderstelde vermindering zal het totale aantal melk-of kalfkoeien (ouder dan 2 jaar) mogen toenemen met ruim 80 dieren.
        De zekerheid, dat deze wijziging van de stal tot die verminderde emissie leidt is er volgens eiseres niet. Uit verschillende onderzoeken en artikelen, zoals het CBS-rapport ‘Stikstof-verlies uit opgeslagen mest’ en een advies van de Commissie deskundigen meststoffenwet (CDM) blijkt in de visie van eiseres, dat de emissiefactoren die zijn opgenomen in bijlage 1
        bij de Regeling ammoniak en veehouderij (Rav) niet met zekerheid overeenkomen met de werkelijkheid of, anders gezegd, in de praktijk niet worden gehaald. Daarbij speelt volgens eiseres ook een rol of de zogenaamde leaflets, waarin een beschrijving voorkomt van de te hanteren werkwijze, kunnen en zullen worden nageleefd en of er voldoende kan worden gehandhaafd. Verder wijst eiseres erop dat de Aerius-berekening in dit geval meer gebreken vertoont. In dit verband acht eiseres van belang dat er voor de mobiele werktuigen uitgegaan is van slechts één werktuig (stageklasse 1) met een dieselverbruik van 10.000 l/jr. Volgens eiseres is in eerdere berekeningen ten behoeve van de eerder verleende vergunning voor uitbreiding van de ligboxenstal uitgegaan van vier mobiele werktuigen met ieder een verbruik van 60.000 l/jr, onder andere vanwege het loonbedrijf, dat onderdeel uitmaakt van het project. In de visie van eiseres is hiermee ten onrechte geen rekening gehouden in deze aanvraag. Evenmin is volgens eiseres toegelicht bij de aanvraag om welke redenen in dit geval uitgegaan kan worden van slechts één mobiel werktuig, terwijl bekend is dat er voor het eigen veebedrijf in samenhang met het loonbedrijf tenminste vier mobiele werktuigen aanwezig zijn. Daarnaast wijst eiseres erop dat in de Aerius-berekeningen de gevolgen van het uitrijden van mest ontbreken. Daarbij acht eiseres van belang dat uit de notitie ‘intern salderen Wnb’, die bij de aanvraag is gevoegd, blijkt dat de aanvrager er ten
        onrechte vanuit gaat, dat het uitrijden van mest niet vergunningplichtig is. In de visie van eiseres was het uitrijden van mest niet opgenomen in de vergunning op grond van de Wnb van 15 juli 2016, die als referentie is gebruikt. Volgens eiseres is bekend dat sinds de oorspronkelijke referentiedatum landerijen zijn aangekocht of gepacht, die op die oorspronkelijke referentiedatum nog niet tot het project behoorden. Naar de mening van eiseres is evident dat de stikstofdepositie door het uitrijden van mest sindsdien is toegenomen.
      
      
    
    
      7.2.
      
        Verweerder stelt zich op het standpunt dat de Rav-emissiefactoren de enige betrouwbare emissiefactoren zijn. Volgens verweerder worden deze in den lande gehanteerd bij het aanvragen van Wnb-vergunningen en in Aerius ondersteund. In de visie van verweerder kan deze emissiearme stalvloer worden gekozen in Aerius en wordt die daarom door de landelijke overheid ondersteund. Daarbij verwijst verweerder naar een brief van 
        16 maart 2022 van de minister voor Natuur en Stikstof. Naar de mening van verweerder staat deze emissiearme vloer niet ter discussie. 
      
      
    
    
      7.3.
      
        Uit rechtsoverweging 6.7. volgt dat verweerder de van voormelde notitie deel uitmakende Aerius-berekening niet aan zijn besluitvorming ten grondslag mocht leggen, aangezien deze berekening is gebaseerd op onjuiste uitgangspunten. Naar het oordeel van de rechtbank mocht verweerder de nadien overgelegde Aerius-berekening van 29 juli 2022 evenmin aan het bestreden besluit ten grondslag leggen. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat uit vaste jurisprudentie van de AbRvS, onder meer kenbaar uit ECLI:NL: RVS:2022:3159, volgt dat de partiële bouwvrijstelling, als bedoeld in artikel 2.9a van de Wnb, in samenhang gelezen met artikel 2.5 van het Besluit natuurbescherming (Bnb), wegens strijd met artikel 6 van de Habitatrichtlijn buiten toepassing moet worden gelaten. Dit brengt met zich dat een Aerius-berekening die is gebaseerd op de partiële bouwvrijstelling tot een onderschatting van de daadwerkelijke stikstofemissie en -depositie van een project zal leiden. Nu uit de Aerius-berekening van 29 juli 2022 niet valt af te leiden dat bij de invoer van de gegevens geen gebruik is gemaakt van de partiële bouwvrijstelling, mocht verweerder deze berekening zonder nadere motivering niet aan het bestreden besluit ten grondslag leggen. 
        Hetzelfde geldt naar het oordeel van de rechtbank voor het bemesten. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat uit vaste jurisprudentie van de AbRvS, onder meer kenbaar uit ECLI:NL:RVS:2022:3886, volgt dat aan het planologische regime een referentiesituatie voor bemesten kan worden ontleend als (1) voor de gronden vanaf de referentiedatum ononderbroken een planologisch regime van kracht is geweest waaruit volgt dat bemesten is toegestaan èn (2) die gronden voor de referentiedatum werden bemest. Dat wordt als vaststaand aangenomen als de gronden op dat moment als landbouwgrond in gebruik waren. De omvang van de referentiesituatie wordt begrensd door de hoogste stikstofgebruiksnorm voor enig gewas dat op de gronden planologisch is toegestaan. Het gaat hier om de stikstofgebruiksnorm die is opgenomen in Bijlage A van de Uitvoeringsregeling Meststoffenwet zoals die geldt op het moment van de aanvraag van de natuurvergunning of het nemen van het besluit als op dat moment een hogere norm geldt. Ter zitting heeft de gemachtigde van verweerder naar voren gebracht dat het niet uitvoerig is onderzocht, maar dat de gronden van vergunninghoudster eerder ook werden bemest. In dit verband overweegt de rechtbank dat het aan verweerder is om te controleren dat de percelen op de vroegste referentiedatum feitelijk in gebruik waren als landbouwgrond. Hieruit volgt dat in dit geval niet is komen vast te staan dat voor de percelen die vergunninghoudster bemest een referentiesituatie geldt. Om die reden heeft verweerder zich niet op het standpunt kunnen stellen dat op grond van objectieve gegevens is uitgesloten dat het bemesten van gronden door vergunninghoudster significante gevolgen heeft. Gelet hierop valt naar het oordeel van de rechtbank niet uit te sluiten dat de Aerius-berekening van 29 juli 2022 is gebaseerd op een onjuist uitgangspunt en zal leiden tot een onderschatting van de daadwerkelijke stikstofemissie en -depositie. Ook om die reden mocht verweerder voormelde Aerius-berekening niet aan het bestreden besluit ten grondslag leggen. Deze grond van eiseres slaagt.
      
      
      
        
          Conclusie
        
      
      8. Gelet op de rechtsoverwegingen 6.7. en 7.3. is het beroep van eiseres gegrond en komt het bestreden besluit voor vernietiging in aanmerking. De rechtbank ziet geen aanleiding om de rechtsgevolgen van het vernietigde bestreden besluit in stand te laten of zelf in de zaak te voorzien. Gelet hierop zal worden volstaan met de opdracht aan verweerder om opnieuw te beslissen op de aanvraag om omgevingsvergunning, met inachtneming van hetgeen in deze uitspraak is overwogen. 
      
      9. Aangezien het beroep gegrond wordt verklaard, ziet de rechtbank aanleiding om verweerder ingevolge artikel 8:75 van de Awb in de proceskosten van eiseres te veroordelen. Onder toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht (Bpb) kunnen deze kosten worden begroot op € 1.518,- voor door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand 
      (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een waarde per punt van € 759,- en een wegingsfactor 1). Verder ziet de rechtbank aanleiding om te bepalen dat verweerder het door eiseres betaalde griffierecht van € 365,- aan haar dient te vergoeden.
      
      
        Beslist wordt als volgt.
      
      
    
  
  
    Beslissing
    
    
      De rechtbank:
    
    
    - verklaart het beroep van eiseres gegrond en vernietigt het bestreden besluit;
    - bepaalt dat verweerder opnieuw dient te beslissen op de aanvraag om omgevingsvergunning, met inachtneming van hetgeen in deze uitspraak is overwogen;
    - veroordeelt verweerder in de proceskosten van eiseres ten bedrage van € 1.518,- en bepaalt dat verweerder deze kosten aan haar dient te vergoeden;
    - bepaalt dat verweerder het door eiseres betaalde griffierecht van € 365,- aan haar dient te vergoeden.
    
    
      Deze uitspraak is gedaan door mr. L. Mulder, rechter, in aanwezigheid van 
      mr. H.L.A. van Kats als griffier. 
      De beslissing is in het openbaar uitgesproken op 31 januari 2023.
    
    
    
    
    
    
    
      De griffier                                                                                           De rechter
    
    
    
  
  
    Rechtsmiddel
    
      Tegen de uitspraak op het beroep kan binnen zes weken na de dag van verzending van deze uitspraak hoger beroep worden ingesteld bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State. 
      Als hoger beroep is ingesteld, kan bij de voorzieningenrechter van de hogerberoepsrechter worden verzocht om het treffen van een voorlopige voorziening of om het opheffen of wijzigen van een bij deze uitspraak getroffen voorlopige voorziening.
    
    
    
      Afschrift verzonden op: