ECLI:NL:RBNHO:2025:2820, Rechtbank Noord-Holland, 17-03-2025, 23/4774
Rechtbank Noord-Holland — Uitspraak 
Datum: 2025-03-17 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Verweerder heeft het verzoek van eiseressen om de natuurvergunning van vergunninghouder (een melkveehouder) in te trekken, afgewezen. De rechtbank is van oordeel dat verweerder het verzoek op ontoereikende gronden heeft afgewezen en dat het bestreden besluit daarom niet in stand kan blijven.
        Over artikel 5.4, eerste lid, sub c, Wnb overweegt de rechtbank dat uit de vaststelling in de natuurvergunning uit 2014 volgt dat significante gevolgen voor Natura-2000 gebieden als gevolg van (extra) stikstofemissie door de melkveehouderij en daaruit volgende stikstofdepositie op (met stikstof reeds overbelaste) habitats in die gebieden niet (geheel) is uitgesloten. Dat verweerder die stikstofdepositiebijdrage toen gering achtte, kan (en kon) echter niet afdoen aan de verplichting op grond van de artikelen 19f, eerste lid, en 19g, eerste lid, Nbw (uitgelegd in het licht van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn), om een passende beoordeling te maken. Een dergelijke passende beoordeling heeft echter niet plaatsgevonden. Dat betekent dat de natuurvergunning in 2014 in strijd met de wettelijke voorschriften is verleend. Het bestreden besluit is op dit punt onvoldoende gemotiveerd. Verweerder moeten opnieuw beoordelen of dat reden is voor intrekking. Hij zal daartoe moeten nagaan of een passende beoordeling al dan niet meebrengt of de vergunning in stand kan blijven. De rechtbank merkt daarbij op, dat, als deze grond in beginsel tot intrekking leidt, verweerder vervolgens nog een belangenafweging kan maken of daadwerkelijk tot (gehele of gedeeltelijke) intrekking moet worden over gegaan.
        De afwijzing van het verzoek van eiseressen om tot intrekking over te gaan op grond van artikel 5.4, eerste lid, sub d van de Wnb kan de rechtbank volgen. Er is niet sprake van zodanige gewijzigde omstandigheden dat de vergunning niet zou zijn verleend indien deze omstandigheden ten tijde van de verlening bestonden.
        Tot slot oordeelt de rechtbank over het verzoek tot intrekking op grond van artikel 5.4, tweede lid, Wnb dat verweerder niet heeft voldaan aan de op hem rustende verplichting om uit te leggen welke andere passende maatregelen worden getroffen die kunnen onderbouwen dat wordt afgezien van het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning, binnen welk tijdpad deze maatregelen worden uitgevoerd en wanneer verwacht wordt dat deze effectief zijn. Het beroep is daarom gegrond.

RECHTBANK NOORD-HOLLAND
  
  
    Zittingsplaats Haarlem
  
  
    Bestuursrecht
  
  
    zaaknummer: HAA 23/4774
  
  
    
      uitspraak van de meervoudige kamer van 17 maart 2025 in de zaak tussen
    
    
      
        de stichting [eiseres 1] , uit Alkmaar
      en 
      de stichting [eiseres 2] , uit Leiden,
      en 
      de vereniging met volledige rechtsbevoegdheid [eiseres 3], uit Alkmaar,
      en
      de coöperatie [eiseres 4] , uit Nijmegen, 
      eiseressen,
      gemachtigde: mr. drs. H.M. Zwetsloot,
    
    
    
      en
    
    
  
  
    gedeputeerde staten van Noord-Holland, verweerder 
    gemachtigde: M. Schaper, in dienst van de Omgevingsdienst Noord-Holland Noord.
    
    
    
      Als derde-partij neemt aan het geding deel: de maatschap [naam maatschap] uit [plaats] , vergunninghouder
      gemachtigde: mr. drs. D.B. Pors, werkzaam bij Agrifirm NWE B.V.
    
    
    
  
  
    Inleiding
    
    
      1.1
      In deze uitspraak beoordeelt de rechtbank de vraag of de aan vergunninghouder verleende natuurvergunning in stand kan blijven of ingetrokken zou moeten worden.
      
    
    
      1.2
      Vergunninghouder heeft op 19 september 2014 een natuurvergunning gekregen voor de uitbreiding van zijn melkveehouderij. 
      
    
    
      1.3
      Eiseressen hebben op 28 februari 2022 aan verweerder gevraagd om de natuurvergunning in te trekken.
      
    
    
      1.4
      Verweerder heeft het verzoek van eiseressen in het besluit van 3 juli 2023 (het bestreden besluit) afgewezen. 
      
    
    
      1.5
      Eiseressen hebben op 27 juli 2023 beroep ingesteld. 
      
    
    
      1.6
      Vergunninghouder heeft op 23 februari 2024 op het beroep gereageerd. 
      
    
    
      1.7
      Verweerder heeft op 26 februari 2024 op het beroep gereageerd met een verweerschrift.  
      
    
    
      1.8
      De rechtbank heeft het beroep op 7 maart 2024 op zitting behandeld. Hieraan hebben deelgenomen: [naam 1] (voorzitter), en [naam 2] (secretaris) van [eiseres 1] , vergezeld door [naam 3] (adviseur). Namens de [eiseres 3] heeft deelgenomen: [naam 4] (voorzitter). Eiseressen werden bijgestaan en vertegenwoordigd door hun gemachtigde. Namens verweerder waren aanwezig: de gemachtigde, vergezeld door [naam 5] (ook in dienst bij de Omgevingsdienst Noord-Holland Noord). Van de zijde van de vergunninghouder heeft deelgenomen: [naam 6] , maat in de maatschap, bijgestaan door de gemachtigde.
      
    
    
      1.9
      Omdat partijen ter zitting hebben aangegeven een door de rechtbank gefaciliteerd mediation traject te willen volgen, is het onderzoek na de behandeling ter zitting aangehouden.
      
    
    
      1.10
      Partijen hebben meegedeeld dat de mediation niet tot overeenstemming heeft geleid.
      
    
    
      1.11
      Op 23 juli 2024 hebben eiseressen aanvullende beroepsgronden ingediend en de rechtbank verzocht om uitspraak te doen.
      
    
    
      1.12
      Verweerder heeft de rechtbank op 25 juli 2024 geïnformeerd dat het mediation traject inderdaad op 18 juli 2024 is afgerond, zonder dat partijen tot overeenstemming zijn gekomen. Gevraagd is om een termijn om te reageren op de aanvullende gronden van eiseressen. 
      
    
    
      1.13
      Op 29 juli 2024 heeft de rechtbank partijen verzocht om aan te geven of zij afzien van een nadere zitting, als bedoeld in artikel 8:64, vijfde lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb). 
      
    
    
      1.14
      Verweerder heeft op 1 augustus 2024 aangegeven geen nadere zitting te willen en dat hij ervan uitgaat dat de aanvullende gronden van eiseressen van 23 juli 2024 niet in de beoordeling worden betrokken.
      
    
    
      1.15
      De vergunninghouder heeft op 14 augustus 2024 ook aangegeven geen nadere zitting te willen.
      
    
    
      1.16
      Eiseressen hebben op 7 augustus 2024 de rechtbank bericht dat zij ook van een nadere zitting afzien. Eiseressen stellen dat de aanvullende gronden van 23 juli 2024 wel in  de beoordeling dienen te worden betrokken. 
      
    
    
      1.17
      De rechtbank heeft op 15 augustus 2024 partijen bericht dat zij zonder nadere zitting uitspraak doet. Daarnaast deelde de rechtbank mee dat de aanvullende gronden van eiseressen van 23 juli 2024 niet in de beoordeling worden betrokken, omdat de inhoudelijke discussie reeds was afgerond en er geen aanleiding is het onderzoek voort te zetten. Op het verzoek van verweerder om een termijn te stellen om op deze gronden te reageren, heeft de rechtbank daarom niet gereageerd
      
    
    
      1.18
      Op 6 september 2024 heeft de rechtbank het onderzoek gesloten.  
      
    
  
  
    Totstandkoming van het besluit en de vaststaande feiten
    
    
      2.1
      De vergunninghouder drijft een melkveehouderij op het perceel [adres] te [plaats] . Dit bedrijf is opgericht in 2003. Vanaf 2004 werden 95 stuks melkvee, 60 stuks vrouwelijk jongvee en 45 schapen gehouden. 
      
    
    
      2.2
      In een straal van 10 km rondom de melkveehouderij zijn drie Natura-2000 gebieden gelegen namelijk: Eilandspolder, Schoorlse Duinen en Noord Hollands Duinreservaat. Deze Natura-2000 gebieden, alsmede andere Natura-2000 gebieden in de nabijheid van de melkveehouderij, bevatten (mede) habitats die gevoelig zijn voor stikstof(depositie). De stikstofdepositie op die gebieden overschrijdt de kritische depositiewaarde (KDW): de depositie is hoger dan voor instandhouding van die habitats gunstig is. 
      
    
    
      2.3
      Aan de vergunninghouder heeft verweerder op 19 september 2014 de vergunning verleend op grond van (destijds) artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998 (Nbw). De vergunning is verleend voor de uitbreiding van de melkveehouderij met nieuwbouw van een ligboxenstal en een jongveestal waardoor er maximaal 375 melkkoeien en 200 stuks jongvee (en geen schapen) kunnen worden gehouden. In de vergunning is voor de uitbreiding uitgegaan van een “emissiearme” ligboxenstal (met geprofileerde vloerplaten). Het melkveebedrijf beschikte niet eerder over een natuurvergunning zodat de verleende vergunning de gehele inrichting betrof. In de vergunning wordt uitgegaan van een ammoniakemissie van 3.105 kg NH₃/jr, en een stikstofdepositie tussen 0,16 en 0,41 mol/ha/jr op stikstofgevoelige habitats in de drie Natura-2000 gebieden. Aan de vergunning is een zogeheten “verslechteringstoets” ten grondslag gelegd, waarin is geoordeeld dat geen sprake is van significante negatieve effecten van de uitbreiding van de melkveehouderij. Volgens verweerder was de stikstoftoename, berekend op 0,057% van de meest KDW van een van de habitats in de Eilandspolder (en tussen 0,028 en 0,056 % in andere stikstofgevoelige habitats in die Natura-2000 gebieden) zeer gering, zodat de toename van de stikstofdepositie niet meetbaar zou zijn en niet zou kunnen worden toegeschreven aan één bron. Significante negatieve effecten ten gevolge van de stikstofbijdrage van de melkveehouderij waren daarom volgens verweerder toen uit te sluiten. Ook de cumulatieve depositietoename van de melkveehouderij met andere projecten achtte verweerder zo gering – een neerwaartse tendens en beheermaatregelen mede in acht genomen – dat geen sprake was van significant negatieve effecten. 
      
    
    
      2.4
      Van deze natuurvergunning heeft de vergunninghouder tot op heden wel voor haar eerder bestaande bedrijfsvoering maar niet voor uitbreiding van haar bedrijf gebruik gemaakt. 
      
    
    
      2.5
      Sinds de invoering van de Wet natuurbescherming (Wnb) geldt de natuurvergunning als een vergunning op grond van artikel 2.7, tweede lid, van deze wet. Eiseressen hebben op 28 februari 2022 hun verzoek tot intrekking van de natuurvergunning gedaan op grond van artikel 5.4 Wnb. Het verzoek is behandeld met toepassing van afdeling 3.4 Awb.
      
    
    
      2.6
      De vergunninghouder had recentelijk een omgevingsvergunning voor de bedrijfsuitbreiding (bouwen en milieu) aangevraagd. Op 5 december 2022 had het college van burgemeester en wethouders van de gemeente Alkmaar deze omgevingsvergunning verleend. Een deel van de eiseressen hebben hiertegen beroep ingesteld. In een uitspraak van 1 juni 2023 heeft de rechtbank hun beroep gegrond verklaard en de omgevingsvergunning vernietigd vanwege strijdigheid met het bestemmingsplan. In een besluit van 5 oktober 2023 heeft het college de aanvraag daarna alsnog geweigerd.
      
    
    
      2.7
      Verweerder heeft het verzoek van eiseressen tot intrekking van de natuurvergunning afgewezen. Verweerder stelt dat de natuurvergunning niet in strijd met de wettelijke voorschriften is verleend, zodat een intrekking op grond van artikel 5.4, eerste lid, sub c, Wnb niet aan de orde is. Ook is intrekking op grond van gewijzigde omstandigheden zoals bedoeld in artikel 5.4, eerste lid, sub d, Wnb volgens verweerder niet aan de orde. Daarbij moet het gaan om omstandigheden, die ertoe hadden geleid dat de vergunning destijds niet was verleend als zij ten tijde van de vergunningverlening bekend waren geweest. Het belang van de vergunninghouder bij het behoud van zijn rechtens onaantastbare vergunning is dermate zwaarwegend, dat intrekking van de vergunning onevenredig is. Bij de belangenafweging neemt verweerder in aanmerking dat de hoogste depositie op Noordhollands Duinreservaat thans 0,39 mol/ha/jr bedraagt, voor Schoorlse Duinen 0,36 mol/ha/jr en voor Eilandspolder 0,25 mol/ha/jr. In zijn verweerschrift neemt verweerder daarnaast het standpunt in dat van gewijzigde omstandigheden geen sprake is. Verweerder voert aan dat indertijd voor het huisvesten van vee in een specifiek type stal een vergunning is verleend. Indien voor die activiteit een andere emissiefactor gaat gelden, wordt vervolgens van deze gewijzigde factor uitgegaan. Dat is geen gewijzigde omstandigheid in de zin van de intrekkingsbepaling. Tot slot stelt verweerder dat geen aanleiding bestaat om de natuurvergunning in te trekken op grond van artikel 5.4, tweede lid, Wnb. Landelijk en provinciaal worden al voldoende andere passende maatregelen getroffen. Ook hier stelt verweerder dat het belang van de vergunninghouder om de natuurvergunning te behouden dermate zwaarwegend is dat hij intrekking van de vergunning onevenredig acht. 
      
    
  
  
    Beoordeling door de rechtbank
    
    
      3.1
      De rechtbank beoordeelt of verweerder het verzoek tot intrekking van de natuurvergunning van vergunninghouder kon afwijzen. Zij doet dat aan de hand van de beroepsgronden van eiseressen.
      
    
    
      3.2
      De rechtbank is van oordeel dat verweerder het verzoek van eiseressen op ontoereikende gronden heeft afgewezen en dat het bestreden besluit daarom niet in stand kan blijven. Hierna legt de rechtbank uit hoe zij tot dit oordeel komt en welke gevolgen dit oordeel heeft. De rechtbank gaat eerst in op het verzoek om intrekking op grond van artikel 5.4, eerste lid, onder c, Wnb. Daarna bespreekt de rechtbank intrekking op grond van artikel 5.4, eerste lid, onder d, Wnb. Tot slot gaat de rechtbank in op het verzoek om intrekking op grond van artikel 5.4, tweede lid, Wnb.
      
      
        
          Wettelijk kader
        
      
    
    
      4.1
      De voor de beoordeling van het beroep met name relevante bepalingen luiden:
      
      
        Richtlijn 92/43/EEG van de Raad van 21 mei 1992 inzake de instandhouding van de natuurlijke habitats en de wilde flora en fauna (Habitatrichtlijn):
        Artikel 6
        1. De Lid-Staten treffen voor de speciale beschermingszones de nodige instandhoudingsmaatregelen; deze behelzen zo nodig passende specifieke of van ruimtelijke-ordeningsplannen deel uitmakende beheersplannen en passende wettelijke, bestuursrechtelijke of op een overeenkomst berustende maatregelen, die beantwoorden aan de ecologische vereisten van de typen natuurlijke habitats van bijlage I en de soorten van bijlage II die in die gebieden voorkomen.
        2. De Lid-Staten treffen passende maatregelen om ervoor te zorgen dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in de speciale beschermingszones niet verslechtert en er geen storende factoren optreden voor de soorten waarvoor de zones zijn aangewezen voor zover die factoren, gelet op de doelstellingen van deze richtlijn een significant effect zouden kunnen hebben.
        3. Voor elk plan of project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van het gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor zo'n gebied, wordt een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor het gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen van dat gebied. Gelet op de conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied en onder voorbehoud van het bepaalde in lid 4, geven de bevoegde nationale instanties slechts toestemming voor dat plan of project nadat zij de zekerheid hebben verkregen dat het de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied niet zal aantasten en nadat zij in voorkomend geval inspraakmogelijkheden hebben geboden.
        4. (…)
      
      
      
        Natuurbeschermingswet 1998
        Artikel 19d
        1. Het is verboden zonder vergunning (…) van gedeputeerde staten (…) projecten of andere handelingen te realiseren onderscheidenlijk te verrichten die gelet op de instandhoudingsdoelstelling (…) de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in een Natura 2000-gebied kunnen verslechteren of een significant verstorend effect kunnen hebben op de soorten waarvoor het gebied is aangewezen. Zodanige projecten of andere handelingen zijn in ieder geval projecten of handelingen die de natuurlijke kenmerken van het desbetreffende gebied kunnen aantasten.
        2. (…) 
        Artikel 19f
        1. Voor projecten waarover gedeputeerde staten een besluit op een aanvraag voor een vergunning als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, nemen, en die niet direct verband houden met of nodig zijn voor het beheer van een Natura 2000-gebied maar die afzonderlijk of in combinatie met andere projecten of plannen significante gevolgen kunnen hebben voor het desbetreffende gebied, maakt de initiatiefnemer alvorens gedeputeerde staten een besluit nemen, een passende beoordeling van de gevolgen voor het gebied waarbij rekening wordt gehouden met de instandhoudingsdoelstelling.
        2. (…).
        Artikel 19g
        1. Indien een passende beoordeling is voorgeschreven op grond van artikel 19f, eerste lid, kan een vergunning als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, slechts worden verleend indien gedeputeerde staten zich op grond van de passende beoordeling ervan hebben verzekerd dat de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zullen worden aangetast.
      
      
      
        Wet natuurbescherming
        Artikel 5.4
        1. Een bij of krachtens deze wet verleende vergunning of ontheffing kan worden ingetrokken of gewijzigd indien:
        (…)
        c. de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing in strijd met wettelijke voorschriften is verleend, of
        d. de omstandigheden sedert het tijdstip waarop de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zodanig zijn gewijzigd, dat deze niet, niet zonder beperkingen of voorwaarden, of onder andere beperkingen of voorwaarden zou zijn verleend, indien deze omstandigheden op het tijdstip waarop de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zouden hebben bestaan.
        2. Een vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, wordt in elk geval ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn.
      
      
    
    
      4.2
      Op 1 januari 2024 is de Omgevingswet in werking getreden en is de Wnb ingetrokken. Als een verzoek om intrekking van een natuurvergunning op grond van de Wnb is ingediend vóór het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet blijft op grond van artikel 2.9, tweede lid, onder a, van de Aanvullingswet Natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk vóór dat tijdstip van toepassing, tot het besluit op dat verzoek onherroepelijk wordt.
      
    
    
      4.3
      Het verzoek om intrekking van de natuurvergunning is gedaan op 28 februari 2022. Dat betekent dat in dit geval de Wnb, zoals die ook nog gold ten tijde van het bestreden besluit, op de beoordeling van toepassing blijft.
      
      
        
          Intrekking op grond van artikel 5.4, eerste lid, sub c van de Wnb (verlening in strijd met wettelijke voorschriften)
        
      
    
    
      5.1
      Eiseressen voeren (samengevat) aan dat de natuurvergunning in 2014 is verleend in strijd met wettelijke voorschriften, omdat toen ten onrechte geen passende beoordeling heeft plaatsgevonden. Ten onrechte heeft verweerder hun verzoek om intrekking op dit punt afgewezen. Een passende beoordeling was wel verplicht, omdat sprake is van een toename van stikstofdepositie door de vergunde activiteiten. Dat een verslechteringstoets heeft plaatsgevonden, doet hier niet aan af. Daarnaast blijkt uit jurisprudentie van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (de Raad van State) dat het hanteren van een drempelwaarde van 0,05 mol N/ha/jr niet voldoende is om af te zien van een passende beoordeling. Ook was het onderzoek in 2014 te beperkt qua omvang, omdat maar drie Natura-2000 gebieden zijn onderzocht, terwijl het project ook stikstofdepositie veroorzaakt op andere Natura-2000 gebieden, zoals Zwanenwater & Pettemerduinen, Polder Westzaan en Kennemerland-Zuid. Dat het destijds gebruikte rekenprogramma AAgroo-Stacks door beperkingen geen berekeningen kon uitvoeren buiten een straal van 10 kilometer (km), maakt dat niet anders. Het AERIUS-rekenmodel met een straal van 25 km was toen al wel beschikbaar. Tot slot zijn de resultaten van de cumulatietoets onjuist beoordeeld, omdat uit die toets blijkt dat de aangevraagde activiteiten in cumulatie met andere projecten tot een aanzienlijke stikstofdepositie leiden. Ten onrechte is alleen uitgegaan van een als beperkt aangemerkte individuele bijdrage van de uitbreiding, zoals die uit de verslechteringstoets volgt, en niet van de maximale depositietoename op de verschillende Natura-2000 gebieden. 
      
    
    
      5.2
      Verweerder stelt in het bestreden besluit (samengevat) dat de natuurvergunning in 2014 niet in strijd met enig wettelijk voorschrift is verleend. De vergunde activiteiten leiden wel tot een toename van stikstofdepositie op de omringende Natura 2000-gebieden, maar uit de verslechteringstoets bleek dat deze toename feitelijk niet meetbaar was en niet kon worden toegeschreven aan een individuele bron, omdat die kleiner is dan 0,5 % van de KDW. Uit de verslechteringstoets bleek ook dat het project in cumulatie met andere projecten geen significante effecten veroorzaakte. Een passende beoordeling was daarom volgens verweerder niet noodzakelijk. 
      
    
    
      5.3
      De vergunninghouder sluit zich daarbij aan. Hij voert aan dat bij overschrijding van de KDW niet bij voorbaat significante gevolgen kunnen optreden. Hij betwist ook dat zijn stikstofemissie terecht komt op een of meer van de nabije Natura-2000 gebieden. 
      
    
    
      5.4
      
        Deze beroepsgrond van eiseressen slaagt. De rechtbank legt dat als volgt uit. 
        Bij de toetsing van de aanvraag voor de natuurvergunning heeft verweerder in 2014 gebruik gemaakt van een zogeheten verslechteringstoets. Uit de toen gemaakte beoordeling volgde dat door het project wel sprake was van een toename van stikstofdepositie op de betrokken Natura 2000-gebieden. Deze toename was steeds kleiner dan 0,5% van de KDW, zodat volgens verweerder significante gevolgen voor de instandhoudingsdoelen van de betrokken Natura 2000-gebieden waren uitgesloten. Op basis van het toen geldende toetsingskader was het volgens verweerder gebruikelijk om het effect van een voorgenomen project als % van de KDW te berekenen, met 0,5% van de KDW als toetsingscriterium. 
      
      
    
    
      5.5
      De artikelen 19d, eerste lid, 19f, eerste lid, en 19g, eerste lid, Nbw waren een implementatie van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. Uit de jurisprudentie van het Hof van Justitie volgt dat die artikelen van de Nbw in het licht van (de uitleg van) artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn zo moeten (en moesten) worden uitgelegd dat steeds een passende beoordeling moet (en moest) worden gemaakt als significante gevolgen van een project voor een Natura-2000 gebied niet waren uitgesloten. Uit de vaststelling in de natuurvergunning uit 2014 volgt dat significante gevolgen voor Natura-2000 gebieden als gevolg van (extra) stikstofemissie door de melkveehouderij en daaruit volgende stikstofdepositie op (met stikstof reeds overbelaste) habitats in die gebieden niet (geheel) was uitgesloten. Uit de vergunning volgt dat toen reeds geconcludeerd was dat sprake was stikstofdepositie tussen 0,16 en 0,41 mol/ha/jr op stikstofgevoelige habitats. Dat verweerder die stikstofdepositiebijdrage toen gering achtte, kan (en kon) echter niet afdoen aan de verplichting op grond van de artikelen 19f, eerste lid, en 19g, eerste lid, Nbw (uitgelegd in het licht van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn) om een passende beoordeling te maken. Een dergelijke passende beoordeling heeft echter niet plaatsgevonden. Dat betekent dat de natuurvergunning in 2014 in strijd met de wettelijke voorschriften is verleend. 
      
    
    
      5.6
      De conclusie is dat de natuurvergunning in 2014 in strijd met de wettelijke voorschriften is verleend, zodat het bestreden besluit gebaseerd is op een onjuiste motivering en daarom niet in stand kan blijven. Verweerder zal opnieuw moeten beoordelen of dat reden is voor intrekking. Hij zal daartoe moeten nagaan of een passende beoordeling al dan niet meebrengt of de vergunning in stand kan blijven. De rechtbank merkt daarbij op, dat, als deze grond in beginsel tot intrekking leidt, verweerder vervolgens nog een belangenafweging kan maken, of daadwerkelijk tot (gehele of gedeeltelijke) intrekking moet worden over gegaan. Ten aanzien van deze intrekkingsgrond heeft verweerder een dergelijke afweging – ook niet “ten overvloede” – niet gemaakt.  
      
      
        
          Intrekking op grond van artikel 5.4, eerste lid, sub d van de Wnb (gewijzigde omstandigheden) 
        
      
    
    
      6.1
      Eiseressen voeren aan dat sprake is van gewijzigde omstandigheden. Als die omstandigheden bekend waren, was de vergunning niet verleend. Dat moet volgens hen ertoe leiden dat de verleende natuurvergunning wordt ingetrokken. Eiseressen voeren als gewijzigde omstandigheid aan: nieuwe inzichten over de werking van emissiearme stalsystemen. Ten onrechte is ten tijde van de vergunningverlening gerekend met een emissiefactor voor een stalsysteem waarvan de werking niet met zekerheid vastgesteld kan worden. Eiseressen verwijzen naar een uitspraak van de Raad van State van 12 oktober 2022 en een rapport van Wageningen Universiteit & Research van juni 2023 ter onderbouwing van hun standpunt. 
      
    
    
      6.2
      Verweerder voert - in zijn verweerschrift - aan dat het standpunt van eiseressen niet kan worden gevolgd, omdat geen sprake is van gewijzigde omstandigheden als bedoeld in artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder d, Wnb. 
      
    
    
      6.3
      Deze beroepsgrond van eiseressen slaagt niet. Verweerder wijst er terecht op dat de vergunning in het verleden is verleend voor een aangeduid aantal melk- en jongvee. In dat gegeven is geen wijziging gebracht, zodat geen sprake is van gewijzigde omstandigheden. 
      
    
    
      6.4
      De Raad van State heeft in de zogeheten Logtsebaan uitspraak over een verzoek tot intrekking van een natuurvergunning voor een varkensstal op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder d, Wnb geoordeeld dat uit de overgelegde informatie wel kon worden afgeleid dat het onzeker is of de emissiefactoren voor bepaalde combiluchtwassers (voor varkensstallen) juist zijn. Dit betekende echter niet dat de vergunning indertijd niet had kunnen worden verleend. Die onzekerheid betekende namelijk dat niet met zekerheid kon worden gesteld dat de omvang van de ammoniakemissie bij de vergunningverlening onjuist is vastgesteld. Die zekerheid is wel vereist om te kunnen vaststellen of voldaan is aan de voorwaarde voor een op artikel 5.4, eerste lid, onder d, Wnb gebaseerde intrekking of wijziging van de vergunning. Toegepast op deze zaak, betekent het voorgaande het volgende. Eiseressen hebben gesteld dat er onzekerheid is of de emissiearme stallen, waarvan in de natuurvergunning sprake is voor het melkvee: RAV1.23.1, wel leiden tot de in de natuurvergunning genoemde (mindere) emissies, maar hebben dat standpunt niet zodanig onderbouwd dat met zekerheid kan worden gesteld dat de omvang van de ammoniakemissie bij vergunningverlening onjuist is vastgesteld. De door hen aangehaalde uitspraak is voor die zekerheid onvoldoende onderbouwing, want die gaat over een ander stalsysteem (RAV1.23). En bovendien wordt in die uitspraak niet vastgesteld welke de juiste emissie uit dat systeem is, zodat niet de voor intrekking op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder d, Wnb vereiste zekerheid is verkregen dat sprake is van een gewijzigde omstandigheid sedert de verlening van de natuurvergunning. 
      
    
    
      6.5
      De conclusie is daarom dat geen sprake is van zodanige gewijzigde omstandigheden dat de vergunning niet zou zijn verleend indien deze omstandigheden ten tijde van de verlening bestonden.
      
    
    
      6.6
      De rechtbank kan de door verweerder in het bestreden besluit gemaakte belangenafweging, die een subsidiaire afwijzingsgrond vormt bij deze intrekkingsgrond, onbesproken laten. De conclusie is immers al dat geen aanleiding bestaat om de natuurvergunning op grond van artikel 5.4, eerste lid, sub d, Wnb in te trekken.
      
      
        
          Intrekking op grond van artikel 5.4, tweede lid, Wnb (intrekking als passende maatregel om verslechtering van habitats in Natura-2000 gebieden tegen te gaan)
        
      
    
    
      7.1
      Eiseressen voeren (samengevat) aan dat verweerder in het bestreden besluit onvoldoende heeft gemotiveerd dat intrekking van de natuurvergunning niet nodig is als passende maatregel. Verweerder heeft volgens eiseressen onvoldoende gemotiveerd dat de genoemde landelijke en provinciale maatregelen wel tot de noodzakelijke daling van stikstofdepositie zullen leiden. Een groot deel van de door verweerder genoemde maatregelen zijn namelijk nog niet in uitvoering of onzeker. Ook bestaat er grote twijfel over de uitvoering en effectiviteit van de huidige stikstofaanpak. De resultaten van de huidige stikstofaanpak vallen tegen. Dit heeft het RIVM recentelijk nog bevestigd. Ten slotte weegt verweerder ten onrechte het belang van vergunninghouder mee in de beoordeling van artikel 5.4, tweede lid, Wnb. Dat geldt ook voor de (veronderstelde) schadevergoedingsplicht die door intrekking voor verweerder zou ontstaan. 
      
    
    
      7.2
      
        Verweerder verwijst in het bestreden besluit naar een bijlage ‘Toelichting op de stikstofaanpak Noord-Holland’. Het uitgangspunt is, zoals hij in die bijlage ook beschrijft, dat per Natura 2000-gebied elke sector minimaal evenredig een bijdrage levert aan de reductie van zijn stikstofdepositie. Stikstofreductie is ook bij wet vastgesteld in artikel 1.12a Wnb. Op grond daarvan is op 16 december 2022 het Programma Stikstofreductie en Natuurverbetering opgesteld dat zorgt voor een stikstofstofdepositiereductie binnen de bandbreedte van 103-180 mol/N/ja/jaar in 2030 waardoor de resultaatverplichting van 50% in 2030 wordt behaald. Zo wordt bijvoorbeeld ingezet op de vrijwillige opkoop van piekbelasters. Ook stelt de provincie Noord-Holland een gebiedsplan op, waarin de maatregelen uit het Programma gebiedsgericht worden uitgewerkt. 
        Verweerder acht voorts het belang van de vergunninghouder bij het behoud van de onherroepelijke vergunning dermate zwaarwegend, dat hij het intrekken van die vergunning als onevenredig beschouwt. Het intrekken van de vergunning kan ook leiden tot een schadevergoedingsplicht voor verweerder. Los daarvan krijgen andere maatregelen die leiden tot de noodzakelijke stikstofreductie de voorkeur, aldus verweerder. Verweerder gebruikt het rapport Herstelstrategieën stikstofgevoelige habitats voor het bepalen van de herstelmaatregelen die in een gebied genomen kunnen worden. Diverse Terreinbeherende Organisaties (TBO)’s voeren de maatregelen per gebied uit en krijgen hiervoor ook subsidie. Verweerder bespreekt vervolgens in het bestreden besluit voor de Natura 2000-gebieden Noordhollands Duinreservaat, Eilandspolder en Schoorlse Duinen welke overige passende maatregelen worden toegepast. Verweerder stelt dat alle genoemde maatregelen bewezen methoden zijn om de natuur te herstellen en dat die maatregelen grotendeels zijn uitgevoerd. Evaluaties van beheerplannen geven over het algemeen aan dat de maatregelen een positief effect hebben. Ook is voorzien in toekomstige maatregelen en wordt jaarlijks gerapporteerd over de voortgang. Hoewel dit alles niet voldoende is om de verslechtering van de natuurwaarden in de gebieden te voorkomen, constateert verweerder dat maximaal mogelijk uitvoering wordt gegeven aan natuurherstelmaatregelen. Verweerder meent af te kunnen zien van intrekking omdat er voldoende (andere) passende maatregelen worden getroffen. 
      
      
    
    
      7.3
      
        Uit artikel 5.4, tweede lid, Wnb, dat verwijst naar artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn, volgt dat passende maatregelen getroffen moeten worden als dat nodig is om verslechtering van habitats in Natura-2000 gebieden of significante verstoring van natuurwaarden te voorkomen. Zoals de Raad van State in voornoemde Logtsebaan uitspraak heeft overwogen is er gelet op die bepaling een grond voor intrekking of wijziging van een natuurvergunning aanwezig als een verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden in een Natura 2000-gebied dreigt en de activiteit waarvoor de natuurvergunning is verleend, effecten heeft op die natuurwaarden. 
        Daarmee staat echter nog niet vast dat een natuurvergunning, die verleend is voor een project dat significante gevolgen heeft voor zo’n gebied, als passende maatregel moet worden ingetrokken. Verweerder heeft namelijk beoordelingsruimte bij de keuze van de te treffen passende maatregelen. Dat betekent dat verweerder moet beoordelen of de intrekking van de natuurvergunning als passende maatregel wordt ingezet of dat andere passende maatregelen worden getroffen. Als de intrekking van de natuurvergunning de enige te treffen noodzakelijke, passende maatregel is, dan moet de vergunning echter wel worden ingetrokken. Kiest verweerder niet voor de intrekking van de natuurvergunning, dan moet verweerder in het besluit tot afwijzing van een verzoek daartoe inzichtelijk maken op welke wijze hij invulling heeft gegeven aan de beoordelingsruimte die hij heeft bij de keuze van de te treffen passende maatregelen. Verweerder kan dat doen door uit te leggen welke andere maatregelen zijn of zullen worden getroffen, binnen welk tijdpad de maatregelen worden uitgevoerd en wanneer verwacht wordt dat deze effectief zijn.
      
      
    
    
      7.4
      Voor projecten en activiteiten die stikstofdepositie veroorzaken op natuurwaarden die door een overbelasting van stikstof dreigen te verslechteren, betekent het voorgaande het volgende. Verweerder kan, als hij niet voor de intrekking van de natuurvergunning kiest, niet volstaan met de enkele constatering dat andere passende maatregelen kunnen, zullen of al worden getroffen. Hij dient inzichtelijk te maken met welke maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie binnen een afzienbare termijn. Als er een pakket van maatregelen of een programma in uitvoering is dat gericht is op de daling van stikstofdepositie, dan kan verweerder daarnaar verwijzen, als ook aannemelijk wordt gemaakt dat die maatregelen en dat programma voldoende effectief zijn. Is er geen zicht op de uitvoering van andere stikstof reducerende maatregelen binnen afzienbare termijn, dan komt de intrekking of wijziging van de natuurvergunning, al dan niet in samenhang met de intrekking of wijziging van één of meer andere natuurvergunningen, nadrukkelijk in beeld. Dat is met name het geval als die intrekking(en) of wijziging(en) wel binnen afzienbare termijn tot relevante verbetering kan of kunnen leiden.
      
    
    
      7.5
      Tussen partijen is niet in geschil dat sprake is van een (dreigende) verslechtering van natuurwaarden door stikstofdepositie in (onder meer) de nabijgelegen Natura 2000-gebieden Noordhollands Duinreservaat, Eilandspolder en de Schoorlse duinen. Dit betekent dat ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn passende maatregelen moeten worden getroffen om verslechteringen of verstoringen met significante gevolgen voor deze natuurwaarden te voorkomen. Vast staat ook, zo volgt uit de in 2014 verleende natuurvergunning, dat de vergunde activiteiten van de vergunninghouder tot stikstofdepositie op deze Natura 2000-gebieden leiden. 
      
    
    
      7.6
      
        Verweerder heeft echter niet aannemelijk en inzichtelijk gemaakt met welke passende maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie in de relevante Natura 2000-gebieden binnen een afzienbare termijn. Verweerder verwijst weliswaar naar verschillende landelijke maatregelen, maar motiveert daarbij niet op welke wijze en in welke mate de daaruit voortkomende toekomstige maatregelen zullen bijdragen aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie in de relevante Natura 2000-gebieden. Dit geldt ook voor de verwijzing naar de piekbelastersaanpak. Nog daargelaten dat verweerder niet inzichtelijk heeft gemaakt dat sprake is van piekbelasters in de nabijheid van een of meer van de Natura 2000-gebieden, gaat deze aanpak uit van een vrijwillige deelname en is de daaruit te verwachten bijdrage daarom onzeker. 
        Voor zover verweerder verwijst naar de afschaffing van de derogatie-regeling, merkt de rechtbank allereerst op dat die dateert van na het bestreden besluit. Maar ook hier heeft verweerder onvoldoende inzichtelijk gemaakt op welke wijze, in welke mate en binnen welke termijn dit tot een noodzakelijk stikstofdepositiedaling zal leiden op de relevante Natura 2000-gebieden. Ten overvloede overweegt de rechtbank nog dat het nieuwe kabinet recent veel van die landelijke maatregelen heeft afgeblazen, hetgeen nog verder afbreuk doet aan de overtuigende kracht van de verwijzing naar landelijke maatregelen. De provinciaal voorgenomen maatregelen genoemd in de Toelichting op de stikstofaanpak Noord-Holland betreffen merendeels nog uit te werken plannen en vormen dus, zoals gepresenteerd, ook geen voldoende alternatief om van intrekking af te zien. 
      
      
    
    
      7.7
      De rechtbank concludeert dan ook dat verweerder niet heeft voldaan aan de op hem rustende verplichting om uit te leggen welke passende maatregelen worden getroffen die kunnen onderbouwen dat wordt afgezien van het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning, binnen welk tijdpad deze maatregelen worden uitgevoerd en wanneer verwacht wordt dat deze effectief zijn. Het betoog van eiseressen slaagt. De afwijzing van de intrekking op grond van artikel 5.4, tweede lid, Wnb kan dus ook de toetsing in rechte niet doorstaan. 
      
      
    
  
  
    Conclusie en gevolgen
    
    8. Het beroep is gegrond en de rechtbank zal het bestreden besluit vernietigen. Het besluit is niet draagkrachtig gemotiveerd en is niet op toereikende gronden gebaseerd. Verweerder zal met inachtneming van hetgeen hiervoor is overwogen over geconstateerde gebreken opnieuw moeten beslissen op het verzoek van eiseressen. De rechtbank bepaalt de termijn daarvoor op drie maanden. Verweerder kan daartoe onderzoeken of aan de natuurvergunning alsnog een toereikende wettelijke grondslag kan worden gegeven, dan wel onderzoeken of op grond van een (overtuigende) belangenafweging van (gehele of gedeeltelijke) intrekking op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, Wnb kan worden afgezien. Ook zal hij in het licht van artikel 5.4, tweede lid, Wnb (voldoende zekere) andere passende maatregelen moeten treffen, die verzekeren dat de Natura-2000 gebieden niet langer door overmatige stikstofdepositie worden aangetast om van intrekking te kunnen afzien. Maar als hij de effectiviteit van die maatregelen niet hard kan maken, zal hij gehele of gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning moeten overwegen. 
    
    9. Omdat de rechtbank het beroep van eiseressen gegrond verklaart, moet verweerder aan eiseressen het door hen betaalde griffierecht vergoeden. Eiseressen krijgen ook een vergoeding voor de proceskosten die zij hebben gemaakt. Verweerder moet die vergoeding betalen. De vergoeding wordt met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht als volgt berekend. De bijstand door een gemachtigde levert 2 punten op (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen op de zitting, met een waarde per punt van € 907,-). Daarnaast dient verweerder € 74,60 te vergoeden voor gemaakte reiskosten.
    
  
  
    Beslissing
    
    
      De rechtbank:
    
    
      
        verklaart het beroep gegrond;
      
      
        vernietigt het bestreden besluit;
      
      
        draagt verweerder op om binnen drie maanden na heden een nieuw besluit te nemen op het verzoek van eiseressen met inachtneming van deze uitspraak;
      
      
        bepaalt dat verweerder aan eiseressen het griffierecht van € 365,- vergoedt;
      
      
        veroordeelt verweerder in de proceskosten van eiseressen, begroot op € 1.888,60.
      
    
    
    
      Deze uitspraak is gedaan door mr. R.H.M. Bruin, voorzitter en mr. M.H. Affourtit-Kramer en mr. R. Brouwer, leden, in aanwezigheid van mr. A.W. Martens, griffier. De uitspraak is uitgesproken in het openbaar op 17 maart 2025.
    
    
    
    
    
    
    
      
        
        
        
          
            
              griffier
            
            
              voorzitter
            
          
          
            
              
            
            
              
            
          
        
      
    
    
    
    
      Een afschrift van deze uitspraak is verzonden aan partijen op:
    
    
    
  
  
    Informatie over hoger beroep
    Een partij die het niet eens is met deze uitspraak, kan in hoger beroep bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State. Het hogerberoepschrift moet worden ingediend binnen zes weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. Kan de indiener de behandeling van het hoger beroep niet afwachten, omdat de zaak spoed heeft, dan kan de indiener de voorzieningenrechter van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State vragen om een voorlopige voorziening (een tijdelijke maatregel) te treffen.  
    
    
  
  
     In die tijd werd die afstand aangehouden als relevante afstand voor stikstofdepositie vanaf stikstofuitstotende bedrijven. 
  
  
     Eiseressen betwisten de gestelde beperkte emissie vanuit de voorziene stal. 
  
  
     ECLI:NL:RBNHO:2023:13970. 
  
  
     Zie ro. 3.3, ECLI:NL:RVS:2015:3111.
  
  
     Zie bijvoorbeeld overwegingen 28-30 in het arrest van het Hof van 12 april 2018 (People over Wind) ECLI:EU:C:2018:244 en daar aangehaalde jurisprudentie, alsmede ook latere arresten. 
  
  
    ECLI:NL:RVS:2022:2874.
  
  
     Zie de uitspraak van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71, r.o. 10.3
  
  
    Monitor stikstofdepositie in Natura 2000-gebieden 2023. Monitoring van de Wet stikstofreductie en natuurverbetering | RIVM (https://www.rivm.nl/publicaties/monitor-stikstofdepositie-in-natura-2000-gebieden-2023)