ECLI:NL:RBDHA:2025:4036, Rechtbank Den Haag, 07-03-2025, SGR 24/16
Rechtbank Den Haag — Uitspraak 
Datum: 2025-03-07 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht; Omgevingsrecht

Samenvatting: Referentiesituatie kan niet worden ontleend aan de eerdere positieve weigering van de natuurvergunning.

RECHTBANK DEN HAAG
  
  
    Bestuursrecht
  
  
    zaaknummer: SGR 24/16
  
  
    uitspraak van de enkelvoudige kamer van 7 maart 2025 in de zaak tussen
    
  
  
    
      [eiseres] , te [vestigingsplaats] , eiseres
    (gemachtigde: mr. R.A.M. van Woerden)
    
    
      en
    
    
  
  
    het college van Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland, verweerder
    (gemachtigde: B. de Groot)
    
  
  
    Inleiding
    
    
      Bij besluit van 9 juli 2021 (het primaire besluit) heeft verweerder de aanvraag van eiseres om een vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid van de Wet natuurbescherming (natuurvergunning) afgewezen. 
    
    
    
      Bij besluit van 22 november 2023 (het bestreden besluit) heeft verweerder het bezwaar van eiseres tegen het primaire besluit ongegrond verklaard.
      Eiseres heeft tegen het bestreden besluit beroep ingesteld.
    
    
    
      Verweerder heeft een verweerschrift ingediend.
    
    
    
      De rechtbank heeft het beroep op 24 januari 2025 op zitting behandeld. 
      Eiseres heeft zich laten vertegenwoordigen door haar gemachtigde, N. Captein en K. Captein. Verweerder heeft zich laten vertegenwoordigen door T. van Ooyen, V. Kerpershoek en I. Blom.
    
    
  
  
    Waar gaat deze zaak over?
    
    
      1.	Eiseres heeft een agrarisch bedrijf (veehouderij met kaasmakerij) aan de [adres] in [plaats] . Aan eiseres is bij besluit van 24 oktober 1995 een vergunning op grond van de Wet milieubeheer (milieuvergunning) verleend voor het houden van 72 melk- en kalfkoeien, 35 stuks vrouwelijk jongvee, 180 vleesvarkens en 20 kippen. 
      Op 7 oktober 2009 is aan eiseres een milieuvergunning verleend waarmee een uitbreiding van haar bedrijf mogelijk is gemaakt naar 204 melk- en kalfkoeien, 81 stuks vrouwelijk jongvee en 1.152 vleesvarkens en 20 schapen. Voor deze uitbreiding was een vergroting van de melkrundveestal en de vervanging van de bestaande varkensstal nodig. Eiseres heeft bij verweerder destijds ook een vergunning op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 aangevraagd. Bij besluit van 24 mei 2011 (hierna: de positieve weigering) heeft verweerder deze aanvraag afgewezen omdat eiseres volgens verweerder geen vergunning op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 nodig had. Vervolgens heeft eiseres de uitbreiding van de melkrundveestal gerealiseerd. De bouw van de nieuwe varkensstal heeft niet plaatsgevonden, omdat eiseres de hiervoor vereiste bouwvergunning niet kreeg. De uitbreiding van het aantal vleesvarkens is daarom niet gerealiseerd. 
      Op 24 december 2019 heeft eiseres een natuurvergunning aangevraagd. Met deze natuurvergunning wil zij haar bedrijf in de bestaande situatie legaliseren, waarbij een beperkte verschuiving van jongvee naar melkkoeien plaatsvindt. 
    
    
    
      1.1.
      Verweerder heeft de gevraagde natuurvergunning geweigerd, omdat volgens verweerder uit de aanvraag niet blijkt of sprake is van een toe- of afname van stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden ten opzichte van de referentiesituatie.
      
    
    
      1.2.
      In het bestreden besluit heeft verweerder, in afwijking van het advies van de bezwaarschriftencommissie, zijn standpunt gehandhaafd. De natuurvergunning moet volgens verweerder worden geweigerd omdat niet uitgesloten kan worden dat de gevraagde activiteit een belemmering vormt voor het behalen van de instandhoudingsdoelstellingen van de Natura 2000-gebieden ‘De Wilck’ en ‘Meijendel & Berkheide’.  
      
    
  
  
    Beoordeling door de rechtbank
    
    2. De rechtbank beoordeelt de weigering van de natuurvergunning. Zij doet dat aan de hand van de beroepsgronden van eiseres.
    
    3. Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur
    Omgevingswet in werking getreden. Als een aanvraag om een besluit op grond van de Wnb is ingediend vóór 1 januari 2024 en tegen dat besluit beroep open staat, blijft het oude recht van toepassing tot het besluit onherroepelijk is. Dit volgt uit artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet. De aanvraag om de natuurvergunning is ingediend op 24 december 2019. Dat betekent dat in dit geval de Wnb van toepassing blijft.
    
    4. Eiseres betoogt dat de natuurvergunning had moeten worden verleend of dat op haar aanvraag een positief weigeringsbesluit genomen had moeten worden. Zij voert aan dat de stikstofdepositie vanwege haar bedrijf op de juiste wijze in kaart is gebracht. De positieve weigering uit 2011 vormt volgens eiseres de referentiesituatie voor haar bedrijf. Omdat de stikstofdepositie van het bedrijf in de aangevraagde situatie niet toeneemt ten opzichte van de stikstofdepositie in de referentiesituatie, kunnen significante negatieve effecten op Natura 2000-gebieden volgens eiseres op voorhand worden uitgesloten. 
    
    5. Verweerder stelt zich op het standpunt dat de stikstofgevolgen van het bedrijf van eiseres niet op de juiste wijze zijn berekend. Volgens verweerder kan de referentiesituatie niet ontleend kan worden aan de positieve weigering uit 2011. Uit die positieve weigering volgt dat de destijds aangevraagde activiteit weliswaar leidde tot een toename van stikstofdepositie op kwetsbare natuur, maar dat deze toename verwaarloosbaar klein werd geacht en daarom niet leidde tot een vergunningplicht. Intussen zijn de inzichten zodanig veranderd dat dit standpunt nu niet meer ingenomen zou worden, aldus verweerder. Volgens verweerder bestaan er bovendien wezenlijke verschillen tussen een natuurvergunning en een positieve weigering, die ertoe leiden dat een positieve weigering geen referentiesituatie oplevert. 
    
    
      5.1.
      Het betoog van eiseres slaagt niet. In haar uitspraak van 18 december 2024 heeft de Afdeling Bestuursrechtspraak van de Raad van State (de Afdeling) een nieuw kader voor intern salderen uiteengezet. Deze rechtspraakwijziging is direct van toepassing in lopende procedures en is dus – zoals met partijen ter zitting is besproken – ook voor deze zaak van belang. De wijziging in de rechtspraak over intern salderen houdt kort gezegd in, dat de referentiesituatie niet meer mag worden betrokken bij de vraag of significante gevolgen van een project op voorhand zijn uitgesloten. In de zogenoemde voortoets mag dus niet langer een vergelijking worden gemaakt tussen de gevolgen van de bestaande vergunde situatie en de gevolgen van het project na wijziging. Bij de beoordeling in een voortoets of significante effecten van een project zijn uitgesloten, dienen voortaan de gevolgen van het project op zichzelf te worden onderzocht. Als uit dit onderzoek volgt dat significante effecten niet op voorhand zijn uitgesloten, dan is voor het project een natuurvergunning nodig. Er zal dan een passende beoordeling moeten worden gemaakt waaruit de zekerheid moet worden verkregen dat het project de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden niet zal aantasten. De gevolgen van het project in de bestaande vergunde situatie kunnen – onder voorwaarden – als mitigerende maatregelen in deze passende beoordeling worden betrokken. 
      
    
    
      5.2.
      Niet in geschil is dat de aanvraag om een natuurvergunning betrekking heeft op een activiteit die stikstofdepositie veroorzaakt op stikstofgevoelige Natura 2000-gebieden. Naar het oordeel van de rechtbank heeft verweerder zich terecht op het standpunt gesteld dat niet op voorhand kan worden uitgesloten dat deze stikstofdepositie significante negatieve effecten heeft op deze gebieden. Gelet op het hierboven weergegeven gewijzigde toetsingskader met betrekking tot intern salderen, kan eiseres niet worden gevolgd in haar betoog dat significante effecten op voorhand kunnen worden uitgesloten omdat de stikstofdepositie in de aangevraagde situatie afneemt ten opzichte van de referentiesituatie. Dit betoog van eiseres is gebaseerd op de tot 18 december 2024 geldende rechtspraak waarin werd geaccepteerd dat in een voortoets de stikstofdepositie vanwege het bedrijf in de vergunde situatie, werd weggestreept tegen de stikstofdepositie in de aangevraagde situatie. Dit intern salderen met de referentiesituatie is in een voortoets echter niet langer toegestaan. 
      
    
    
      5.3.
      De rechtbank volgt eiseres niet in haar ter zitting ingenomen standpunt dat de toelichting op haar aanvraag als een passende beoordeling kan worden beschouwd. Bij het bepalen van het karakter van een rapport (voortoets of passende beoordeling) is de inhoud van het rapport beslissend. Uit een passende beoordeling moet volgen dat de wetenschappelijke zekerheid is verkregen dat het project de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden niet zal aantasten. Daarbij is van belang dat een passende beoordeling geen leemten mag vertonen en volledige, nauwkeurige en definitieve constateringen en conclusies moet bevatten die elke redelijke wetenschappelijke twijfel over de gevolgen van het project voor de betrokken Natura 2000-gebieden wegnemen. De door eiseres overgelegde toelichting bij haar aanvraag voldoet niet aan deze eisen. Zij bevat slechts een globale aanduiding van de betrokken Natura 2000-gebieden en de constatering dat sprake zal zijn van een afname van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie. Een inzichtelijke en onderbouwde analyse op gebiedsniveau ontbreekt echter. 
      
      
        6.	Subsidiair betoogt eiseres dat de aan haar verleende milieuvergunning, in combinatie met de positieve weigering uit 2011, gelijkgesteld moet worden met een omgevingsvergunning die met toepassing van artikel 47b van de Natuurbeschermingswet 1998 is verleend. De positieve weigering kan hierbij volgens eiseres worden gezien als een verklaring van geen bedenkingen. 
      
    
    
      6.1.
      Dit betoog slaagt niet. Aan eiseres is in 2009 een milieuvergunning verleend. Die vergunning was onherroepelijk voordat artikel 47b van de Natuurbeschermingswet 1998 en de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo) in werking traden en vóór de positieve weigering uit 2011. De Natuurbeschermingswet 1998 noch de (Invoeringswet) Wabo bieden aanknopingspunten voor de door eiseres gewenste samenvoeging van haar milieuvergunning en de positieve weigering tot één omgevingsvergunning zoals bedoeld in artikel 47b van de Natuurbeschermingswet 1998. 
      
      7. De rechtbank volgt eiseres tot slot niet in haar betoog dat het bestreden besluit strijd oplevert met het rechtszekerheidsbeginsel. De positieve weigering uit 2011 behelsde het standpunt van verweerder dat voor het toen aangevraagde project op grond van de toen geldende wetgeving geen natuurvergunning was vereist. Dat voor de nu aangevraagde activiteit op grond van de nu geldende wetgeving wél een natuurvergunning is vereist die door verweerder is geweigerd, levert geen strijd op met het rechtszekerheidsbeginsel.  
      
      8. Gelet op wat hiervoor is overwogen is de natuurvergunning terecht geweigerd. Verweerder heeft zich terecht op het standpunt gesteld dat niet is gebleken dat het aangevraagde project de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden niet zal aantasten. Om de gevolgen van de stikstofdepositie vanwege het bedrijf van eiseres in de aangevraagde situatie in kaart te brengen, zal alsnog een passende beoordeling gemaakt moeten worden. In die passende beoordeling kan – onder de voorwaarden die worden genoemd in de uitspraak van de Afdeling van 18 december 2024 – intern salderen met de referentiesituatie worden ingezet als mitigerende maatregel. Ter zitting heeft eiseres benadrukt dat zij in verband met een mogelijk vervolg van de zaak een oordeel van de rechtbank wenst over de vraag of de referentiesituatie kan worden ontleend aan de positieve weigering uit 2011. Ten overvloede overweegt de rechtbank daarom dat zij met verweerder van oordeel is dat de referentiesituatie niet kan worden ontleend aan de positieve weigering van de natuurvergunning uit 2011. Het is vaste rechtspraak dat een referentiesituatie kan worden ontleend aan een natuurvergunning of aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (de datum waarop artikel 6 van de Habitatrichtlijn van toepassing werd op het betrokken natuurgebied). De referentiesituatie wordt gevormd door een milieutoestemming die dateert van na de referentiedatum als deze milieutoestemming ziet op een activiteit die minder gevolgen heeft voor Natura 2000-gebieden dan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum. In voorkomende gevallen kan een referentiesituatie ook worden ontleend aan algemene regels. De rechtbank ziet in deze rechtspraak geen aanknopingspunten voor het oordeel dat ook een positieve weigering van een natuurvergunning een referentiesituatie kan vormen. Een positieve weigering is de mededeling van het bevoegd gezag dat de aangevraagde activiteit op dat moment niet vergunningplichtig is en dat dus geen bevoegdheid bestaat om de gevraagde natuurvergunning te verlenen. Die mededeling kan niet met het verlenen van een natuurvergunning op één lijn gesteld worden. Steun voor dit oordeel vindt de rechtbank in de uitspraak van de rechtbank Oost-Brabant van 1 december 2022.  Daar komt in dit geval bij dat niet in geschil is dat de activiteit waarop de positieve weigering uit 2011 betrekking had, leidde tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de milieutoestemming waarover eiseres beschikte op de referentiedatum. De positieve weigering kan daarmee in dit geval ook niet worden beschouwd als een milieutoestemming die beperkender is dan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum.  
      
    
  
  
    Conclusie en gevolgen
    
    9. Het beroep is ongegrond. 
    
    10. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.
    
  
  
    Beslissing
    
    
      De rechtbank verklaart het beroep ongegrond.
    
    
    
    
      Deze uitspraak is gedaan door mr. A.C. de Winter, rechter, in aanwezigheid van mr. H.B. Brandwijk, griffier. De beslissing is in het openbaar uitgesproken op 7 maart 2025.
    
    
    
    
    
    
      griffier						rechter
    
    
    
    
      Afschrift verzonden aan partijen op:
    
    
    
  
  
    Informatie over hoger beroep
    Een partij die het niet eens is met deze uitspraak, kan een hogerberoepschrift sturen naar de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waarin wordt uitgelegd waarom deze partij het niet eens is met deze uitspraak. Het hogerberoepschrift moet worden ingediend binnen zes weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. Kan de indiener de behandeling van het hoger beroep niet afwachten, omdat de zaak spoed heeft, dan kan de indiener de voorzieningenrechter van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State vragen om een voorlopige voorziening (een tijdelijke maatregel) te treffen.
  
  
    ECLI:NL:RVS:2024:4923.
  
  
     Zie de uitspraak van de Afdeling van 16 augustus 2023, ECLI:NL:RVS:2023:3129.
  
  
     Vergelijk de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1603.
  
  
     Richtlijn 92/43/EEG van de Raad van 21 mei 1992 inzake de instandhouding van de natuurlijke habitats en de wilde flora en fauna.
  
  
     Vergelijk de uitspraak van de Afdeling van 4 oktober 2023, ECLI:NL:RVS:2023:3700.
  
  
     ECLI:NL:RBOBR:2022:5232.