ECLI:NL:RBLIM:2025:2780, Rechtbank Limburg, 26-03-2025, ROE 22/231
Rechtbank Limburg — Uitspraak 
Datum: 2025-03-26 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Verzoek om intrekken of wijzigen natuurvergunning afgewezen. Beroep gegrond, maar rechtsgevolgen in stand gelaten. Andere passende maatregelen voldoen aan voorwaarden Logtsebaan-uitspraak. Verweerder mocht daarom onder verwijzing naar deze andere passende maatregelen afzien van het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning. Eiseressen krijgen wel schadevergoeding voor de overschrijding van de redelijke termijn.

RECHTBANK LIMBURG
    
    
      Zittingsplaats Roermond
    
    
    
      Bestuursrecht
    
    
    
      zaaknummer: ROE 22 / 231 
    
    
      uitspraak van de meervoudige kamer van 26 maart 2025 in de zaak tussen
    Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A., uit Nijmegen, 
    
      Vereniging Leefmilieu, uit Nijmegen, 
    
    
      eiseressen, 
      (gemachtigde: [gemachtigde 1] ),
    
    
    
      en
    
    
    het college van gedeputeerde staten van de provincie Limburg, verweerder 
    (gemachtigden: mr. A.C.H. Lahaije, [gemachtigde 2] en [gemachtigde 3] ).
    
    
      Als derde-partij neemt aan de zaak deel: [vergunninghoudster], uit [vestigingsplaats] (de vergunninghoudster)
      (gemachtigde: mr. T. Pothast).
    
    
    
  
  
    Procesverloop 
    
    
      Bij besluit van 30 juni 2021 (het primaire besluit) heeft verweerder het verzoek van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning van 4 mei 2016 afgewezen. Eiseressen hebben tegen het primaire besluit bezwaar gemaakt. 
    
    
    
      Bij besluit van 14 december 2021 (het bestreden besluit) heeft verweerder het bezwaar van eiseressen ongegrond verklaard. 
    
    
    
      Eiseressen hebben tegen het bestreden besluit beroep ingesteld. 
    
    
    
      Verweerder heeft op het beroep van eiseressen gereageerd met een verweerschrift. De vergunninghoudster heeft een schriftelijke reactie ingediend. 
    
    
    
      Op 21 mei 2024 hebben eiseressen een schriftelijk stuk ingediend waarin zij verzoeken om schadevergoeding wegens overschrijding van de redelijke termijn als bedoeld in 
      artikel 6 EVRM. 
    
    
    
      De rechtbank heeft het beroep van eiseressen op 16 januari 2025 op zitting behandeld. Hieraan hebben deelgenomen: de gemachtigde van eiseressen, de gemachtigden van verweerder, de vertegenwoordiger van de vergunninghoudster [gemachtigde 4] en de gemachtigde van de vergunninghoudster. 
    
    
    
  
  
    Overwegingen
    
    
      
        Overgangsrecht Omgevingswet  
      
    
    
    1. Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur Omgevingswet in werking getreden. Als een verzoek om intrekking van de (onherroepelijke) natuurvergunning is ingediend voor het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet blijft op grond van artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a, van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk voor dat tijdstip van toepassing tot het besluit op die aanvraag onherroepelijk wordt.
    
    2. Het verzoek om intrekking van de (onherroepelijke) natuurvergunning is in dit geval ingediend op 28 januari 2021. Dat betekent dat op deze zaak de Wet natuurbescherming (Wnb), zoals die gold voor 1 januari 2024, van toepassing blijft.
    
    
      
        De besluitvorming 
      
    
    
    3. Bij besluit van 4 mei 2016 heeft verweerder aan de vergunninghoudster een legaliserende natuurvergunning verleend voor het uitbreiden en exploiteren van een geitenhouderij aan de [adres] te [vestigingsplaats] . De geitenhouderij ligt in de nabijheid van de Nederlandse Natura 2000-gebieden Maasduinen en Zeldersche Driessen en het Duitse Natura 2000-gebied Reichswald. Deze gebieden zijn gevoelig voor stikstof en de geitenhouderij veroorzaakt stikstofdepositie op deze Natura 2000-gebieden. De natuurvergunning is verleend met toepassing van het Programma Aanpak Stikstof (PAS). 
    
    4. Bij brief van 28 januari 2021 hebben eiseressen verweerder verzocht om de natuurvergunning van 4 mei 2016 in te trekken of te wijzigen op grond van 
    artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb (intrekking omdat vergunning is verleend in strijd met wettelijke voorschriften) en artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb (intrekking nodig ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn (Hrl)). Eiseressen hebben in hun verzoek aangegeven dat de natuurvergunning volgens hen in strijd met artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb is verleend omdat deze met toepassing van het PAS is verleend en daarom niet correct passend is beoordeeld. Eiseressen hebben hierbij gewezen op de uitspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (de Afdeling) van 29 mei 2019. Daarmee staat volgens eiseressen vast dat de natuurvergunning in strijd met wettelijke voorschriften is verleend en intrekking of wijziging hiervan op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb aan de orde is. Daarnaast hebben eiseressen in hun verzoek aangegeven dat in het Natura 2000-gebied Maasduinen sprake is van een (dreigende) verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de natuurwaarden. Hierdoor moeten volgens eiseressen op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb in samenhang met artikel 6, tweede lid, van de Hrl passende maatregelen worden genomen. Aangezien er volgens eiseressen geen andere passende maatregelen zijn die uitvoering geven aan de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie binnen een afzienbare termijn, is het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb aan de orde. Eiseressen hebben in hun brief van 28 januari 2021 niet alleen het verzoek tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning gedaan maar ook een zienswijze ingediend tegen ontwerp-vergunningen die verweerder voornemens was te verlenen. 
    
    5. Bij het primaire besluit heeft verweerder het verzoek van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning afgewezen. Verweerder heeft zich voor wat betreft artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb op het standpunt gesteld dat de natuurvergunning niet in strijd met wettelijke voorschriften is verleend. Ten tijde van het verlenen van de natuurvergunning werd volgens verweerder voldaan aan de op dat moment geldende relevante wettelijke bepalingen. Voor zover de natuurvergunning al in strijd met wettelijke voorschriften zou zijn verleend, stelt verweerder zich op het standpunt dat in het geval van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb sprake is van een discretionaire bevoegdheid en in redelijkheid geen aanleiding bestaat om de natuurvergunning in te trekken of te wijzigen. Verweerder heeft hierbij meegewogen dat de vergunninghoudster aan een onaantastbare vergunning rechtszekerheid mag ontlenen, dat al andere passende maatregelen worden genomen en dat van het intrekken van de natuurvergunning een beperkt effect uitgaat. Voor wat betreft artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb stelt verweerder zich op het standpunt dat het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning een te vergaande maatregel is aangezien reeds andere passende maatregelen zijn genomen. Verweerder heeft hierbij verwezen naar een pakket aan maatregelen op zowel landelijk als provinciaal niveau. Eiseressen hebben tegen het primaire besluit bezwaar gemaakt. 
    
    6. Bij het bestreden besluit heeft verweerder het bezwaar van eiseressen ongegrond verklaard. Verweerder is bij de afwijzing van het verzoek van eiseressen gebleven en heeft daaraan dezelfde motivering ten grondslag gelegd als in het primaire besluit. Verweerder heeft daar nog aan toegevoegd dat uit nieuwe AERIUS-berekeningen (met rekenjaar 2021) blijkt dat de maximale depositie op het Natura 2000-gebied Maasduinen 32,44 mol/ha/j bedraagt in plaats van een maximale depositie van 388 mol/ha/j. Dit verschil is volgens verweerder te verklaren door voortschrijdend inzicht.  
    
    7. Eiseressen zijn het niet eens met het bestreden besluit en hebben hiertegen beroep ingesteld. 
    
    
      
        Omvang van het geding 
      
    
    
    8. In deze zaak staat de vraag centraal of verweerder het verzoek van eiseressen tot het  intrekken of wijzigen van de natuurvergunning heeft mogen afwijzen. De stikstofproblematiek is een maatschappelijk vraagstuk dat deze individuele zaak bij de rechtbank overstijgt. Voor zover eiseressen beogen om aan de orde te stellen dat de (provinciale) overheid in zijn algemeenheid onvoldoende maatregelen neemt om de stikstofproblematiek aan te pakken, zullen zij een procedure moeten starten tegen de Staat of de provincie bij de civiele rechter. De rechtbank moet beslissen op deze concrete zaak, aan de hand van het bestreden besluit en op basis van de voorliggende beroepsgronden en niet meer dan dat.
    De standpunten van partijen 
    
    9. Eiseressen vinden dat de natuurvergunning ingetrokken of gewijzigd had moeten worden op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb en artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb.
    
    
      
        De standpunten van partijen over de intrekkingsgrond ‘strijd met wettelijke voorschriften’ (artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb) 
      
    
    
    
      9.1.
      Eiseressen hebben voor wat betreft de intrekkingsgrond ‘strijd met wettelijke voorschriften’ het volgende aangevoerd. Op grond van artikel 6, derde lid, van de Hrl moet voor plannen en projecten met significante gevolgen een passende beoordeling worden gemaakt. Deze bepaling is geïmplementeerd in artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb. In het geval van de natuurvergunning van 4 mei 2016 is de bedrijfsvoering vergund met toepassing van de passende beoordeling die ten grondslag ligt aan het PAS. Eiseressen wijzen in dit kader op de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019 (de PAS-uitspraak) waarin de Afdeling heeft geoordeeld dat het PAS is gebaseerd op een ondeugdelijke passende beoordeling. Daardoor is niet de vereiste zekerheid gegeven dat de bedrijfsvoering niet zal leiden tot negatieve effecten voor het Natura 2000-gebied. Gelet hierop is het PAS in strijd met artikel 6, derde lid, van de Hrl vastgesteld en dus ook in strijd met artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb. Volgens eiseressen is het gevolg hiervan niet dat een aantal nationaalrechtelijke bepalingen wegens strijd met Europees recht pas vanaf de PAS-uitspraak onverbindend waren maar dat deze altijd al onverbindend waren. Aangezien de natuurvergunning conform deze onverbindende bepalingen is verleend, is de vergunning in strijd met artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb verleend en is intrekking of wijziging hiervan op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb aan de orde. Daarnaast stellen eiseressen zich voor wat betreft de door verweerder te maken belangenafweging op het standpunt dat de rechtszekerheid van de vergunninghoudster bij een onherroepelijke vergunning niet een dermate zwaarwegend belang is dat intrekking of wijziging van de natuurvergunning op voorhand als onevenredig beschouwd kan worden.
      
    
    
      9.2.
      Verweerder heeft zich in het verweerschrift, anders dan in het bestreden besluit, op het standpunt gesteld dat de natuurvergunning inderdaad in strijd met wettelijke voorschriften is verleend nu deze met gebruikmaking van het PAS is vergund. Verweerder ziet echter geen aanleiding om gebruik te maken van zijn discretionaire bevoegdheid tot intrekking op deze grond. Dit gelet op de rechtszekerheid van de vergunninghoudster bij haar onherroepelijke vergunning, het feit dat volgens verweerder reeds (andere) passende maatregelen worden genomen en het beperkte effect dat uitgaat van het intrekken van de vergunning. Verder stelt verweerder dat de hoge projectbijdrages neerkomen op leefgebieden waarin het met de habitatsoorten die daarvan afhankelijk zijn helemaal niet slecht gaat. 
      
      
        
          De standpunten van partijen over de intrekkingsgrond ‘nodig ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hbr’ (artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb) 
        
      
      
    
    
      9.3.
      Eiseressen stellen zich voor wat betreft artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb op het standpunt dat in het Natura 2000-gebied Maasduinen sprake is van een (dreigende) verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de natuurwaarden. Volgens eiseressen realiseert de geitenhouderij een hoge stikstofdepositie op dit Natura 2000-gebied. Gelet hierop moeten op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb passende maatregelen worden getroffen. Volgens eiseressen heeft verweerder met de door hem genoemde maatregelen niet voldaan aan zijn motiveringsplicht om het verzoek van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning af te wijzen. Dit omdat verweerder met de genoemde maatregelen niet inzichtelijk heeft gemaakt dat deze tot de noodzakelijke afname van stikstofdepositie zullen leiden, zoals de uitspraak van de Afdeling van 20 januari 2021 voorschrijft. Aangezien verweerder niet kan verwijzen naar een maatregelenpakket dat leidt tot de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie binnen afzienbare termijn, zijn aanvullende passende maatregelen nodig. Gelet hierop is het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb aan de orde volgens eiseressen. 
      
    
    
      9.4.
      Verweerder stelt zich op het standpunt dat intrekking of wijziging van de natuurvergunning niet strikt noodzakelijk is ter uitvoering van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb en artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Verweerder erkent dat er in het Natura 2000-gebied Maasduinen sprake is van een (dreigende) verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de natuurwaarden waardoor passende maatregelen moeten worden genomen. Verweerder vindt het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning echter een te vergaande maatregel aangezien de verslechtering kan worden voorkomen door het treffen van andere passende maatregelen. Verweerder heeft in het verweerschrift, naast de in het bestreden besluit reeds genoemde landelijke en provinciale maatregelen, verschillende natuurherstel maatregelen beschreven die al zijn uitgevoerd of nog zullen worden uitgevoerd in of nabij het Natura 2000-gebied. 
      
      
        
          De beoordeling door de rechtbank 
        
      
      
      
        
          Is het verzoek van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning aan te merken als een aanvraag? 
        
      
      
      
        10. Voordat de rechtbank zal ingaan op de beroepsgronden van eiseressen, beoordeelt zij eerst of het verzoek tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning, zoals dat door eiseressen is gedaan, is aan te merken als een aanvraag als bedoeld in artikel 1:3, derde lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb).
      
      
    
    
      10.1.
      De vergunninghoudster heeft zich namelijk ter zitting op het standpunt gesteld dat het verzoek, zoals dat door eiseressen is gedaan, niet is aan te merken als een aanvraag als bedoeld in de Awb. Zij stelt, onder verwijzing naar de uitspraak van de rechtbank Oost-Brabant van 10 januari 2025, dat voor een aanvraag als bedoeld in de Awb is vereist dat deze in een apart document wordt gedaan. Dat is volgens haar hier niet het geval omdat het verzoek van eiseressen samen met een zienswijze tegen ontwerp-vergunningen voor vergunninghoudster is ingediend. Dit heeft tot gevolg dat de reactie van verweerder op het verzoek van eiseressen niet is aan te merken als een besluit als bedoeld in artikel 1:3, eerste lid, van de Awb en eiseressen dus geen bezwaar konden maken, aldus vergunninghoudster. 
      
    
    
      10.2.
      Eiseressen stellen zich op het standpunt dat hun verzoek wel is aan te merken als een aanvraag als bedoeld in artikel 1:3, derde lid, van de Awb. Zij stellen, onder verwijzing naar de uitspraak van de rechtbank Oost-Brabant van 5 september 2024, dat in het geval van een natuurvergunning het verzoek om deze in te trekken of te wijzigen niet in een apart document hoeft te worden gedaan om te kunnen spreken van een aanvraag als bedoeld in artikel 1:3, derde lid, van de Awb. Volgens eiseressen geldt deze eis alleen voor omgevingsvergunningen. Aangezien het verzoek volgens eiseressen wel is aan te merken als een aanvraag als bedoeld in de Awb is er ook sprake van een besluit van verweerder hierop waartegen zij bezwaar konden maken. 
      
    
    
      10.3.
      
        Verweerder heeft zich aangesloten bij het standpunt van eiseressen,   
        onder verwijzing naar het onderwerp dat eiseressen hebben vermeld in het document waarin het verzoek is gedaan. 
      
      
    
    
      10.4.
      De rechtbank overweegt als volgt. 
      
    
    
      10.5.
      Op grond van artikel 1:3, derde lid, van de Awb wordt onder ‘aanvraag’ verstaan: een verzoek van een belanghebbende een besluit te nemen. Een aanvraag is in beginsel vormvrij. Wel is van belang dat duidelijk is dat een aanvraag is gedaan. Het verzoek om een besluit te nemen mag niet zodanig verhuld worden gedaan dat het bestuursorgaan niet tijdig ontdekt dat een aanvraag is gedaan. Specifiek voor aanvragen om omgevingsvergunningen heeft de Afdeling de aanvullende eis gesteld dat de aanvraag in een zelfstandig stuk is gedaan. De achtergrond van die vergaande eis is dat onder de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo), de voorganger van de Omgevingswet, bij overschrijding van de beslistermijn een van rechtswege verleende omgevingsvergunning kon ontstaan.Dat maakte het bij de aanvraag om een omgevingsvergunning nog belangrijker dat voor het bestuursorgaan meteen duidelijk was wanneer een aanvraag is gedaan. Een aanvraag om toepassing van artikel 5.4 van de Wnb kon en kan echter niet tot een besluit van rechtswege leiden. De rechtbank ziet dan ook geen aanleiding om ook voor dergelijke aanvragen de vergaande eis te stellen dat deze in een zelfstandig stuk moeten worden neergelegd en dat bij gebreke daarvan geen sprake zou zijn van een aanvraag en, nog verdergaand, dat een daarop volgende beslissing van het bestuursorgaan geen besluit zou zijn. De rechtbank volgt de vergunninghoudster dan ook niet in haar standpunt. 
      
    
    
      10.6.
      Naar het oordeel van de rechtbank is in dit geval voldoende duidelijk dat eiseressen in hun brief van 28 januari 2021 een aanvraag om toepassing van artikel 5.4 van de Wnb hebben gedaan. Er is geen sprake van een verhulde aanvraag. In de aanhef van de brief staat: “Betreft: zienswijze en verzoek om intrekking/wijziging”. Uit deze omschrijving blijkt dat de brief een tweeledig doel heeft. Het doel om een verzoek tot intrekking of wijziging te doen, is duidelijk aangegeven. In de inleiding van de brief is expliciet vermeld dat niet alleen een zienswijze wordt ingediend tegen twee ontwerp-vergunningen, maar ook wordt verzocht om met toepassing van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb en artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb de natuurvergunning in te trekken of te wijzigen. Beide onderwerpen zijn met tussenkopjes van elkaar gescheiden. 
      
    
    
      10.7.
      Gelet op het voorgaande merkt de rechtbank de brief van 28 januari 2021 aan als een aanvraag om de natuurvergunning in te trekken of te wijzigen als bedoeld in de Awb. De reactie van verweerder daarop is een besluit waartegen eiseressen bezwaar konden maken.
      
      
        
          Is de natuurvergunning in strijd met wettelijke voorschriften verleend? (artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb)  
        
      
      
      
        11. Artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb bepaalt dat een vergunning kan worden ingetrokken of gewijzigd als de vergunning in strijd met wettelijke voorschriften is verleend. Als eerste moet dus beoordeeld worden of de vergunning van 
        4 mei 2016 in strijd met wettelijke voorschriften is verleend. 
      
      
    
    
      11.1.
      De rechtbank overweegt als volgt. De Afdeling heeft in de PAS-uitspraak geoordeeld dat de passende beoordeling die aan het PAS ten grondslag lag niet voldoet aan de eisen die uit artikel 6 van de Hrl voortvloeien. De Afdeling heeft het PAS onverbindend verklaard, waarbij erop is gewezen dat natuurvergunningen die in rechte onaantastbaar zijn hun rechtsgevolg behouden. De natuurvergunning van de geitenhouderij is ook na de PAS-uitspraak dus van kracht gebleven. De rechtbank overweegt dat dit echter niet wegneemt dat een onverbindendverklaring jegens een ieder geldt en niet beperkt is tot de in die uitspraak voorliggende zaak: zij heeft in zoverre terugwerkende kracht. Dit betekent dat het PAS niet in de wet had mogen worden opgenomen. Naar het oordeel van de rechtbank is de vergunning, ondanks dat deze in rechte onaantastbaar is, dan ook verleend in strijd met wettelijke voorschriften en doet de in artikel 5.4, eerste lid, onder c, van de Wnb genoemde omstandigheid zich voor. Dit is tussen eiseressen en het college ook niet langer in geschil. 
      
    
    
      11.2.
      Verweerder is gelet hierop bevoegd om de natuurvergunning van de geitenhouderij in te trekken of te wijzigen op grond van artikel 5.4, eerste lid, onder c, van de Wnb.
      
      
        
          De samenhang tussen artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb en artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb 
        
      
      
      
        12. Bij de toepassing van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb is sprake van een zogenoemde discretionaire bevoegdheid van verweerder. Dit betekent dat verweerder niet verplicht is om deze bevoegdheid te gebruiken. Hij moet een afweging maken van de betrokken belangen bij de vraag of hij van zijn bevoegdheid tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning gebruik zal maken.
      
      
    
    
      12.1.
      Verweerder kent aan het belang van de vergunninghoudster bij behoud van de rechtens onaantastbare natuurvergunning een zwaarwegend gewicht toe. Het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning beschouwt verweerder als onevenredig. Daarnaast heeft de intrekking van deze individuele natuurvergunning volgens verweerder nauwelijks enig positief effect op het Natura 2000-gebied. Ook bestaat er volgens verweerder geen aanleiding om de natuurvergunning in te trekken of te wijzigen vanwege het feit dat reeds (andere) passende maatregelen worden genomen. 
      
    
    
      12.2.
      Artikel 5.4, tweede lid van de Wnb bepaalt dat een vergunning wordt ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Artikel 6, tweede lid, van de Hrl voorziet in een permanente beschermingsverplichting en strekt ertoe dat passende maatregelen getroffen worden als verslechtering of significante verstoring van natuurlijke habitats en habitats van soorten dreigt.
      
    
    
      12.3.
      In artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb ligt besloten dat een grond voor intrekking of wijziging van een natuurvergunning aanwezig is als een verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden in een Natura 2000-gebied dreigt en de activiteit waarvoor de natuurvergunning is verleend effecten heeft op die natuurwaarden. Anders dan bij het eerste lid, heeft verweerder bij toepassing van het tweede lid geen ruimte voor een belangenafweging. Uit de Logtsebaan-uitspraak volgt dat verweerder bij toepassing van dit artikel wel beoordelingsruimte heeft bij de keuze van de maatregelen die passend zijn om verslechteringen of verstoringen met significante gevolgen voor de natuurwaarden in een Natura 2000-gebied te voorkomen. Het intrekken of wijzigen van een natuurvergunning is in het licht daarvan niet altijd en zonder meer de passende maatregel die moet worden getroffen.
      
    
    
      12.4.
      Uit de Logtsebaan-uitspraak volgt dat het eerste en tweede lid van artikel 5.4 van de Wnb in samenhang moeten worden gelezen, gelet op de geschiedenis van de totstandkoming van artikel 5.4. De Afdeling heeft overwogen dat als de c- of d-grond uit het eerste lid van toepassing is én uit de herbeoordeling van de vergunde activiteit volgt dat deze, anders dan ten tijde van de vergunningverlening werd verondersteld, leidt tot een (dreigende) verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden, dat dan ook artikel 5.4, tweede lid, van belang is.
      
    
    
      12.5.
      Verweerder stelt zich in dit concrete geval op het standpunt dat het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning niet strikt noodzakelijk is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Verslechtering kan worden voorkomen door het treffen van andere passende maatregelen. Verweerder heeft zowel in het bestreden besluit als in het verweerschrift verschillende natuurherstelprojecten beschreven die al zijn uitgevoerd of nog zullen worden uitgevoerd in of nabij het Natura 2000-gebied.
      
    
    
      12.6.
      Zowel bij de beoordeling op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wnb als bij de beoordeling op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb heeft verweerder dus afgezien van het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning onder verwijzing naar andere maatregelen.  
      
      
      
        
          Mocht verweerder afzien van het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning onder verwijzing naar de andere passende maatregelen? 
        
      
      
      
        13. Tussen partijen is niet in geschil dat bij het stikstofgevoelige Natura 2000-gebied Maasduinen een verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden dreigt, én dat de activiteiten van de geitenhouderij daarop effecten hebben. Gelet op artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb moeten in dat geval dus passende maatregelen worden genomen. 
      
      
    
    
      13.1.
      De rechtbank overweegt dat uit de Logtsebaan-uitspraak duidelijke kaders volgen voor de vraag waaraan de motivering van het bevoegd gezag moet voldoen als het niet kiest voor intrekking of wijziging van de natuurvergunning als passende maatregel. De enkele constatering dat andere passende maatregelen kunnen, zullen of al worden getroffen, is onvoldoende. Het bevoegd gezag moet inzichtelijk maken met welke maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie binnen afzienbare tijd. De rechtbank zal het standpunt van verweerder dat andere passende maatregelen genomen zijn en zullen gaan worden in het licht hiervan beoordelen.
      
    
    
      13.2.
      In het bestreden besluit heeft verweerder op het volgende gewezen. Op 1 juli 2021 is de Wet tot wijziging van de Wet natuurbescherming en de Omgevingswet (stikstofreductie en natuurverbetering) (Wsn) in werking getreden. Het doel en de strekking van deze wet is om er voor te zorgen dat de natuur sterker wordt en dat de stikstofuitstoot en depositie omlaag gaat. Op den duur moet de achtergrondconcentratie lager worden dan de kritische depositiewaarden (KDW) voor de beschermde natuur. De Wsn bepaalt via het ingevoegde artikel 1.12a, eerste lid, van de Wnb concrete resultaatsverplichtingen wat betreft het percentage van het areaal van de voor stikstofgevoelige habitats in Natura 2000-gebieden dat niet hoger mag zijn dan de KDW. Om deze verplichtingen te bereiken zal de Minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit conform artikel 1.12b Wnb een programma vaststellen waarin onder andere maatregelen zijn opgenomen om de vermindering van stikstofdepositie te bereiken. In dit programma worden, naast de bovengenoemde resultaatsverplichtingen, tussentijdse doelstellingen opgenomen met het oog op het tijdig voldoen aan de verplichtingen en de in het programma opgenomen maatregelen voor het bereiken van de instandhoudingsdoelstellingen (artikel 1.12b Wnb). Ter uitwerking van dat programma stelt verweerder een gebiedsplan vast (artikel 1.12fa Wnb) waarin gebiedsgericht onder andere de verwachte gevolgen van de maatregelen worden beschreven. Deze gebiedsplannen zijn in juli 2023 opgeleverd. Op provinciaal niveau heeft verweerder op 28 januari 2020 het Aanvalsplan Stikstof Limburg vastgesteld met daarin een gestructureerde aanpak om de stikstofdepositie in de stikstofgevoelige Limburgse natuurgebieden substantieel te verminderen. In deze gebiedsgerichte aanpak wordt per gebied onderzocht welke bronnen een negatieve invloed hebben op de natuurkwaliteit en waar ontwikkelingen mogelijk zijn. Daarbij wordt niet alleen gekeken naar de land- en tuinbouwsector, maar ook naar andere sectoren zoals industrie, mobiliteitsaspecten, energie- en bouwsector, aldus verweerder in het bestreden besluit.
      
    
    
      13.3.
      Naar het oordeel van de rechtbank voldoen de hiervoor door verweerder in het bestreden besluit beschreven maatregelen niet aan de voorwaarden zoals die volgen uit de Logtsebaan-uitspraak, zoals onder 13.1. weergegeven. Verweerder heeft naar het oordeel van de rechtbank namelijk niet inzichtelijk gemaakt op welke wijze deze maatregelen bijdragen aan de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie in het Natura 2000-gebied. Hoewel het niet nodig is om concreet aan te geven welke maatregel tot dezelfde reductie van de stikstofdepositie leidt als de intrekking of wijziging van de natuurvergunning zou leiden, moet wel duidelijk worden gemaakt of de maatregelen effectief zijn en op welke termijn. Aangezien onduidelijk is wanneer verwacht wordt dat de maatregelen effectief zullen zijn en wat de effecten hiervan zijn bevat het bestreden besluit op dit punt een motiveringsgebrek. Het bestreden besluit is daarmee in strijd met artikel 7:12, eerste lid, van de Awb dat vereist dat het berust op een deugdelijke motivering.
      
    
    
      13.4.
      Gelet op het voorgaande zal de rechtbank het beroep van eiseressen gegrond verklaren en het bestreden besluit vernietigen. De rechtbank ziet echter aanleiding om de rechtsgevolgen van het bestreden besluit in stand te laten. Hieronder legt de rechtbank uit hoe zij tot dit oordeel komt. 
      
    
    
      13.5.
      In het verweerschrift heeft verweerder gewezen op de actuele AERIUS-Calculator berekening van de natuurvergunning. Verweerder heeft de stikstofdepositie bij de bijbehorende natuurvergunning nogmaals berekend met de nieuwste versie van AERIUS-Calculator (AERIUS 2024). De resultaten laten zien dat sprake is van een hoogste bijdrage van 33,72 mol/ha/j. Volgens verweerder geven de metingen van het ‘Meetnet Ammoniak in Natuurgebieden’ (MAN) geen betrouwbaar beeld van de depositie die neerkomt op het Natura 2000-gebied en dus op de diverse habitattypen. Die MAN metingen fluctueren namelijk aanzienlijk van jaar op jaar vanwege wisselende weersomstandigheden. Ze zeggen dus niet zo veel over de effectiviteit van maatregelen. Volgens verweerder kan daarvoor beter naar de AERIUS monitor worden gekeken. Verweerder heeft een uitdraai van de AERIUS monitor bij het verweerschrift overgelegd. Daar zijn de ‘Maatregel gerichte aankoop en beëindiging veehouderijen nabij natuurgebieden’ (MGA) -1 en de ‘Subsidieregeling sanering varkenshouderij’ (Srv) in betrokken. De AERIUS Monitor laat zien dat de stikstofdepositie in elk betrokken Natura 2000-gebied daalt en dat de daling volgens de prognoses doorzet. Daarnaast heeft verweerder gewezen op een pakket aan landelijke maatregelen zoals het Programma Stikstofreductie en Natuurverbetering (Psn) met diverse bronmaatregelen binnen de sectoren mobiliteit, industrie landbouw en bouw, alsmede de natuurherstelmaatregelen via het Programma Natuur en Subsidiemodule investering in bewezen innovaties voor veehouderijen met piekbelasting (Sbv). De Landelijke beëindigingsregeling veehouderijlocaties voor stikstofreductie (Lbv) stond open van 3 juli tot en met 1 december 2023 en in Limburg zijn 28 aanvragen ingediend. De Landelijke beëindigingsregeling veehouderijlocaties met piekbelasting (Lbv- plus) is opengesteld op 3 juli 2023 en men kon tot 20 december 2024 een aanvraag indienen. Op peildatum 11 december 2024 zijn landelijk reeds 1501 aanvragen ingediend voor deelname aan de Lbv en Lbv-plus. Daarvan zijn in de gemeente Venray al 73 aanvragen ingediend en in Nederweert 39. In totaal zijn er reeds 267 aanvragen in Limburg ingediend en daarvan zijn er 235 toegekend. Per 18 november 2024 is de Landelijke beëindigingsregeling veehouderijlocaties kleinere sectoren (Lbv kleinere sectoren) opengesteld tot en met 20 december 2024, waarvoor een budget beschikbaar is van € 50.000.000,-. Inmiddels is ook de Regeling provinciale beëindiging veehouderijlocaties (Rpgb) (ook wel de Maatregel Gebiedsgerichte beëindiging, MGB) gepubliceerd waarvoor een budget van ongeveer €110.000.000,- beschikbaar is gesteld (te verdelen over de provincies). Voor de MGA-regeling geldt dat de Wnb-vergunningen van de 23 deelnemende Limburgse deelnemers inmiddels definitief en onherroepelijk zijn ingetrokken. Voor het dichtstbijgelegen Natura 2000-gebied Maasduinen gaat het om een indicatieve bijdrage van 6.370,90 mol N/ha/jr. Verweerder heeft ook voor andere Natura 2000-gebieden aangegeven wat de indicatieve bijdrage van de MGA-regeling is. Ten aanzien van de LBV-plus-regeling wijst verweerder erop dat voor 28 Limburgse deelnemers daadwerkelijk op korte termijn de besluiten tot intrekking van de vigerende Wnb-vergunningen worden vastgesteld. Voor bijvoorbeeld het Natura 2000-gebied Maasduinen gaat het om een indicatieve bijdrage van 24,92 mol N/ha/jr. Voor de Srv-regeling geldt dat de Wnb-vergunning van de 47 deelnemende Limburgse deelnemers inmiddels definitief en onherroepelijk zijn ingetrokken. Voor bijvoorbeeld het Natura 2000-gebied Maasduinen gaat het om een indicatieve bijdrage van 37,00 mol N/ha/jr.
      
    
    
      13.6.
      Naar het oordeel van de rechtbank voldoet het geheel aan de hiervoor door verweerder in het verweerschrift beschreven maatregelen aan de voorwaarden zoals die volgen uit de Logtsebaan-uitspraak. Verweerder heeft naar het oordeel van de rechtbank inzichtelijk gemaakt op welke wijze deze maatregelen bijdragen aan de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie in de betrokken Natura 2000-gebieden. Ook heeft verweerder voldoende onderbouwd dat de maatregelen effectief zijn en wat de concrete effecten zijn voor de betrokken Natura 2000-gebieden. 
      
    
    
      13.7.
      Verweerder mag zich naar het oordeel van de rechtbank dan ook onder verwijzing naar deze maatregelen op het standpunt stellen dat er op dit moment al dusdanige andere maatregelen worden genomen dat het op dit moment intrekken van deze specifieke natuurvergunning niet noodzakelijk is. Daarmee is de afwijzing van het verzoek tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning alsnog voldoende gemotiveerd waardoor de rechtsgevolgen van het bestreden besluit in stand kunnen worden gelaten. 
      
      
        
          Verzoek om schadevergoeding wegens overschrijding redelijke termijn 
        
      
      
      
        14. In deze zaak is sprake van een opvolgende bezwaar- en beroepsprocedure. De redelijke termijn als bedoeld in artikel 6, eerste lid, van het EVRM mag in dat geval maximaal twee jaar duren voor beide procedures samen. De omstandigheden van het geval kunnen een langere behandelingsduur rechtvaardigen.
      
      
    
    
      14.1.
      Voor het onderhavige geval betekent dit het volgende. Vanaf de ontvangst van het bezwaarschrift van eiseressen door verweerder op 29 juli 2021 tot de datum van deze uitspraak zijn afgerond 3 jaar en 9 maanden verstreken. Nu sprake is van een langere termijn dan de hiervoor bedoelde twee jaar, dient per instantie te worden bezien of er sprake is van een langere behandelingsduur dan gerechtvaardigd. De behandeling van het bezwaar mag in dit verband ten hoogste een half jaar en de behandeling van het beroep ten hoogste anderhalf jaar duren. Omdat van voornoemd tijdsverloop de behandeling van het bezwaar door verweerder minder dan zes maanden heeft geduurd, heeft de overschrijding van de redelijke termijn in de onderhavige zaak volledig plaatsgevonden in de fase bij de bestuursrechter. Niet gebleken is dat die langere behandelingsduur gerechtvaardigd was.
      
    
    
      14.2.
      Uitgangspunt in de jurisprudentie is dat een schadevergoeding is aangewezen van € 500,- per half jaar dat de redelijke termijn is overschreden. Omdat de redelijke termijn met 1 jaar en 9 maanden is overschreden stelt de rechtbank de schadevergoeding vast op € 2.000,-.
      
    
    
      14.3.
      Nu de overschrijding van de redelijke termijn aan de rechtbank is toe te rekenen, zal de Staat der Nederlanden (ministerie van Justitie en Veiligheid) worden veroordeeld tot het betalen van een vergoeding van immateriële schade tot een bedrag van € 2.000,-. Gelet op het beleid ter zake behoeft deze in dit geval niet in de procedure te worden betrokken.
      
    
    
      14.4.
      Gelet op de toewijzing van het verzoek om schadevergoeding, hebben eiseressen recht op vergoeding van de proceskosten die zij hebben gemaakt voor het indienen van dat separate, schriftelijke verzoek. Deze kosten stelt de rechtbank op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 453,50 (1 punt voor het indienen van het verzoek, met een waarde per punt van € 907,00 en wegingsfactor 0,5). Deze proceskostenvergoeding moet worden betaald door de Staat.
      
      
        
          Conclusie en gevolgen
        
      
      
      
        15. Aangezien het bestreden besluit niet deugdelijk gemotiveerd is en dus in strijd met artikel 7:12, eerste lid, van de Awb is genomen, is het beroep van eiseressen gegrond. De rechtbank vernietigt daarom het bestreden besluit. 
      
      
    
    
      15.1.
      Verweerder heeft echter met de aanvullende motivering in het verweerschrift het gebrek in het bestreden besluit afdoende hersteld. Daarom ziet de rechtbank aanleiding om met toepassing van artikel 8:72, derde lid, aanhef en onder a, van de Awb de rechtsgevolgen van het bestreden besluit in stand te laten. Dat betekent dat verweerder het verzoek van eiseressen tot het intrekken of wijzigen van de natuurvergunning mocht afwijzen. 
      
    
    
      15.2.
      Omdat het beroep van eiseressen gegrond is, moet verweerder het griffierecht aan eiseressen vergoeden. Eiseressen krijgen ook een vergoeding van hun proceskosten. Verweerder moet deze vergoeding betalen. Deze vergoeding bedraagt op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand € 1.814,-. Dit omdat de gemachtigde van eiseressen een beroepschrift heeft ingediend en aan de zitting heeft deelgenomen. Verder zijn er geen kosten gemaakt die vergoed kunnen worden.
      
    
    
      15.3.
      Aangezien de redelijke termijn als bedoeld in artikel 6, eerste lid, van het EVRM is overschreden en dit volledig aan de rechtbank is toe te rekenen, zal de Staat der Nederlanden (ministerie van Justitie en Veiligheid) worden veroordeeld tot het betalen van een vergoeding van immateriële schade aan eiseressen tot een bedrag van € 2.000,-. Gelet op de toewijzing van het verzoek om schadevergoeding, hebben eiseressen recht op vergoeding van de proceskosten die zij hebben gemaakt voor het indienen van dat separate, schriftelijke verzoek. Deze kosten stelt de rechtbank vast op € 453,50 te betalen door de Staat. 
      
      
      
      
      
      
      
      
      
      
    
  
  
    Beslissing
    
    
      De rechtbank: 
    
    
    
      
        verklaart het beroep gegrond; 
      
      
        vernietigt het bestreden besluit; 
      
      
        bepaalt dat de rechtsgevolgen van het vernietigde besluit in stand blijven; 
      
      
        bepaalt dat verweerder het griffierecht van € 365,- aan eiseressen moet vergoeden; 
      
      
        veroordeelt verweerder tot betaling van € 1.814,-. aan proceskosten van eiseressen; 
      
      
        veroordeelt de Staat der Nederlanden (ministerie van Justitie en Veiligheid) tot betaling aan eiseressen van een vergoeding van immateriële schade tot een bedrag van € 2.000,-;
      
      
        veroordeelt de Staat der Nederlanden (ministerie van Justitie en Veiligheid) tot betaling aan eiseressen van een vergoeding tot een bedrag van € 453,50 voor de door eiseressen gemaakte proceskosten.
      
    
    
    
    
    
    
    
    
    
      Deze uitspraak is gedaan door mr. G.A. van der Straaten, voorzitter, en mr. A. Snijders en mr. M.B.L. van der Weele en, leden, in aanwezigheid van mr. A.E.M. Genders, griffier. De uitspraak is uitgesproken in het openbaar op 26 maart 2025 		.
    
    
    
    
    
      			De rechter is verhinderd de uitspraak te 					ondertekenen. 
    
    
    
    
      
        
        
        
          
            
              griffier
            
            
              rechter
            
          
        
      
    
    
    
    
      Een afschrift van deze uitspraak is verzonden aan partijen op: 26 maart 2025 
    
    
    
  
  
    Informatie over hoger beroep
    Een partij die het niet eens is met deze uitspraak, kan een hogerberoepschrift sturen naar de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waarin wordt uitgelegd waarom deze partij het niet eens is met deze uitspraak. Het hogerberoepschrift moet worden ingediend binnen zes weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. Kan de indiener de behandeling van het hoger beroep niet afwachten, omdat de zaak spoed heeft, dan kan de indiener de voorzieningenrechter van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State vragen om een voorlopige voorziening (een tijdelijke maatregel) te treffen.  
    
    
      
        Juridisch kader 
      
    
    
    
      
        Wet natuurbescherming 
      
    
    
    
      Artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c 
    
    
    1. Een bij of krachtens deze wet verleende vergunning of ontheffing kan worden ingetrokken of gewijzigd indien:
    
    
      
        (…)
      
    
    
    
      c. de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing in strijd met wettelijke voorschriften is verleend, of
    
    
    
      
        (…) 
      
    
    
    
      Artikel 5.4, tweede lid
    
    
    2. Een vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, wordt in elk geval ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn.
    
    
      
        Habitatrichtlijn 
      
    
    
    
      Artikel 6, tweede lid 
    
    
    
      
        	(…) 
      
    
    
    2. De Lid-Staten treffen passende maatregelen om ervoor te zorgen dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in de speciale beschermingszones niet verslechtert en er geen storende factoren optreden voor de soorten waarvoor de zones zijn aangewezen voor zover die factoren, gelet op de doelstellingen van deze richtlijn een significant effect zouden kunnen hebben.
    
    
      
        (…) 
      
    
  
  
     Verdrag tot bescherming van de rechten van de mens en de fundamentele vrijheden. 
  
  
     Richtlijn 92/43/EEG van de Raad van de Europese Gemeenschappen van 21 mei 1992 inzake de instandhouding van de natuurlijke habitats en de wilde flora en fauna.
  
  
     ECLI:NL:RVS:2019:1603. 
  
  
     ECLI:NL:RVS:2019:1603. 
  
  
     ECLI:NL:RVS:2021:71 (Logtsebaan-uitspraak). 
  
  
     ECLI:NL:RBOBR:2025:82. 
  
  
     ECLI:NL:RBOBR:2024:4145. 
  
  
     Zie onder meer de uitspraak van de Afdeling 20 maart 2019, ECLI:NL:RVS:2019:829.
  
  
     Zie artikel 3.9, derde lid, van de Wabo, in verbinding met artikel 4:20b, eerste lid, van de Awb. Sinds 1 januari 2024 kan geen omgevingsvergunning van rechtswege meer ontstaan.
  
  
     ECLI:NL:RVS:2019:1603, r.o. 32.7. 
  
  
     ECLI:NL:RVS:2021:71. 
  
  
     ECLI:NL:RVS:2021:71, r.o. 6.4 en 6.5.