ECLI:NL:RVS:2018:4192, Raad van State, 19-12-2018, 201700623/1/R2
Raad van State — Uitspraak 
Datum: 2018-12-19 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Bij besluit van 9 december 2016, kenmerk Z/006317-37804, heeft het college aan [vergunninghouder] een vergunning krachtens artikel 16 en krachtens artikel 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: Nbw 1998) verleend voor de oprichting van een varkenshouderij aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode.

201700623/1/R2.
    Datum uitspraak: 19 december 2018
    
    AFDELING
    BESTUURSRECHTSPRAAK
    
    Uitspraak in het geding tussen:
    
    Brabantse Milieufederatie, gevestigd te Tilburg, en anderen, allen wonend te Sint-Oedenrode, gemeente Meierijstad,
    appellanten,
    
    en
    
    het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant,
    verweerder.
    
    Procesverloop
    
    Bij besluit van 9 december 2016, kenmerk Z/006317-37804, heeft het college aan [vergunninghouder] een vergunning krachtens artikel 16 en krachtens artikel 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: Nbw 1998) verleend voor de oprichting van een varkenshouderij aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode.
    
    Tegen dit besluit hebben BMF e.a. beroep ingesteld.
    
    Bij besluit van 2 augustus 2017, kenmerk Z/006317-62546, heeft het college aan [vergunninghouder] een vergunning krachtens artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming (hierna: Wnb) verleend, voor de oprichting van een varkenshouderij aan de [locatie 1] te
    Sint-Oedenrode. Daarbij is bepaald dat dit besluit in de plaats treedt van het besluit van 9 december 2016, kenmerk Z/006317-37804.
    
    Bij besluit van 8 maart 2018, kenmerk Z/006317-85353, heeft het college aan [vergunninghouder] een vergunning krachtens artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb verleend, voor de oprichting van een varkenshouderij aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode. Daarbij is bepaald dat dit besluit in de plaats treedt van het besluit van 2 augustus 2017, kenmerk Z/006317-62546.
    
    Bij besluit van 7 september 2018, kenmerk Z/041178-117423, heeft het college aan [vergunninghouder] een vergunning krachtens artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb verleend, voor de oprichting van een varkenshouderij aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode. Daarbij is bepaald dat dit besluit in de plaats treedt van het besluit van 8 maart 2018, kenmerk Z/006317-85353.
    
    BMF e.a. hebben nadere gronden ingediend tegen de nadere besluiten van 2 augustus 2017, 8 maart 2018 en 7 september 2018.
    
    Het college heeft een verweerschrift ingediend.
    
    BMF e.a., het college en [vergunninghouder] hebben nadere stukken ingediend.
    
    De Afdeling heeft de zaak ter zitting behandeld op 29 oktober 2018, waar BMF e.a., vertegenwoordigd door [gemachtigde], gemachtigde, en het college, vertegenwoordigd door mr. A. Speekenbrink en ing. V.C. Bax, zijn verschenen. Voorts is daar [vergunninghouder], vertegenwoordigd door mr. J.J.J. de Rooij, advocaat te Tilburg, gehoord.
    
    Buiten bezwaren van partijen is ter zitting door het college een stuk in het geding gebracht.
    
    Overwegingen
    
    De besluiten
    
    1.    [vergunninghouder] heeft het voornemen om aan de [locatie 1] in Sint-Oedenrode een varkenshouderij met 17.680 vleesvarkens op te richten. Omdat de stikstofdepositie die de varkenshouderij zal veroorzaken kan leiden tot een verslechtering van de natuurwaarden in een aantal beschermde natuurmonumenten en Natura 2000-gebieden, heeft [vergunninghouder] op 29 juni 2015 bij het college een aanvraag voor een vergunning krachtens artikel 16 van de Nbw 1998 (beschermde natuurmonumenten) en een aanvraag voor een vergunning krachtens artikel 19d, eerste lid, van de Nbw 1998 (Natura 2000) ingediend.
    
    1.1.    Bij besluit van 9 december 2016 heeft het college een vergunning op grond van artikel 16 van de Nbw 1998 (beschermde natuurmonumenten) en op grond van artikel 19d, eerste lid, van de Nbw 1998 (Natura 2000) verleend voor de oprichting van een varkenshouderij aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode. Volgens het college zal de toename van stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden door de varkenshouderij geheel teniet worden gedaan door de afname van stikstofdepositie door de (gedeeltelijke) beëindiging van zeven agrarische bedrijven (externe saldering). Van deze bedrijven is de milieutoestemming ingetrokken.
    
    1.2.    Op 1 januari 2017 is de Wnb in werking getreden en is de Nbw 1998 ingetrokken. Artikel 9.10, eerste lid, van de Wnb luidt: "De op het tijdstip van inwerkingtreding van deze wet aanhangige procedures tot het nemen van een besluit krachtens de Nbw 1998 […] zijn aanhangig in de staat waarin zij zich op dat moment bevinden en worden vanaf het tijdstip van inwerkingtreding van deze wet overeenkomstig het bepaalde bij en krachtens deze wet behandeld".
    
    1.3.    Bij besluit van 2 augustus 2017 heeft het college het besluit van 9 december 2016 ingetrokken en gelet op artikel 9.10, eerste lid, van de Wnb, op grond van artikel 2.7 van de Wnb een vergunning verleend voor de oprichting van een varkenshouderij aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode. Verder is bepaald dat op grond van de Wnb geen vergunning is vereist voor de gevolgen van de veehouderij voor beschermde natuurmonumenten. Aan dit besluit ligt een herberekening ten grondslag van de stikstofdepositie die voor externe saldering beschikbaar is door de (gedeeltelijke) beëindiging van zeven agrarische bedrijven. De vergunning kan volgens het college met toepassing van externe saldering worden verleend.
    
    1.4.    Bij besluit van 8 maart 2018 heeft het college het besluit van 2 augustus 2017 ingetrokken en op grond van artikel 2.7 van de Wnb een vergunning verleend voor de oprichting van een varkenshouderij aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode. Aan deze vergunning is ten opzichte van het besluit van 2 augustus 2017 een extra voorschrift verbonden. Verder is bepaald dat op grond van de Wnb geen vergunning is vereist voor de gevolgen van de veehouderij voor beschermde natuurmonumenten. Het college stelt zich in dit besluit op het standpunt dat de externe saldering met zeven bedrijven die ten grondslag ligt aan de eerdere besluiten niet toereikend is om de toename van stikstofdepositie door de varkenshouderij geheel weg te nemen. Aan dit besluit is een extra salderingslocatie ten grondslag gelegd. Uit een met AAgro-Stacks gemaakte berekening volgt volgens het college dat de toename van stikstofdepositie door de varkenshouderij geheel teniet zal worden gedaan door de afname van stikstofdepositie door de (gedeeltelijke) beëindiging van acht agrarische bedrijven.
    
    1.5.    Bij besluit van 7 september 2018 heeft het college het besluit van 8 maart 2018 ingetrokken en op grond van artikel 2.7 van de Wnb een vergunning verleend voor de oprichting van een varkenshouderij aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode. Aan deze vergunning is ten opzichte van het besluit van 8 maart 2018 een extra voorschrift verbonden. Verder is bepaald dat op grond van de Wnb geen vergunning is vereist voor de gevolgen van de veehouderij voor beschermde natuurmonumenten. De stikstofdepositieberekeningen die aan dit besluit ten grondslag liggen zijn gemaakt met AERIUS Calculator. Uit die berekening volgt volgens het college dat externe saldering met acht bedrijven niet toereikend is om de toename van stikstofdepositie door de varkenshouderij geheel weg te nemen. Aan dit besluit is een extra salderingslocatie ten grondslag gelegd. Uit de met AERIUS Calculator gemaakte berekening volgt volgens het college dat de toename van stikstofdepositie door de varkenshouderij geheel teniet zal worden gedaan door de afname van stikstofdepositie door de (gedeeltelijke) beëindiging van negen agrarische bedrijven. Van deze bedrijven is de milieutoestemming ingetrokken.
    
    1.6.    BMF e.a. hebben beroep ingesteld tegen het besluit van 9 december 2016. De besluiten van 2 augustus 2017, 8 maart 2018 en 7 september 2018 zijn ingevolge artikel 6:19, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) mede onderwerp van het geding. Het beroep van BMF e.a. wordt geacht mede te zijn gericht tegen deze besluiten.
    
        Het besluit van 2 augustus 2017 strekt tot intrekking van het besluit van 9 december 2016. Het besluit van 8 maart 2018 strekt tot intrekking van het besluit van 2 augustus 2017. Het besluit van 7 september 2018 strekt tot intrekking van het besluit van 8 maart 2018. Omdat aan de besluiten van 9 december 2016, 2 augustus 2017 en 8 maart 2018 geen betekenis meer toekomt en niet is gesteld dat ten gevolge van deze besluiten schade is geleden die voor vergoeding in aanmerking zou kunnen komen, hebben BMF e.a. naar het oordeel van de Afdeling geen belang meer bij de beoordeling van het beroep dat gericht is tegen het besluit van 9 december 2016 en de beroepen van rechtswege die gericht zijn tegen de besluiten van 2 augustus 2017 en 8 maart 2018.
    
        Het beroep en de beroepen van rechtswege tegen de besluiten van 9 december 2016, 2 augustus 2017 en 8 maart 2018 zijn dan ook niet-ontvankelijk.
    
        Het beroep van rechtswege tegen het besluit van 7 september 2018 is onder meer gericht tegen de afwijzing van de aanvraag voor een vergunning op grond van artikel 16 van de Nbw 1998. BMF e.a. hebben hiertegen geen nadere gronden aangevoerd. Het beroep van rechtswege, voor zover het is gericht tegen de afwijzing van de aanvraag voor een vergunning op grond van artikel 16 van de Nbw 1998, is dan ook ongegrond.
    
    De vergunning
    
    2.    Het college heeft bij besluit van 7 september 2018 vergunning verleend voor de oprichting van een varkenshouderij met 17.680 varkens met een totale emissie van 7956,00 kg/NH3/jr. De toename van de stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden door de varkenshouderij zal volgens het college geheel teniet worden gedaan door de afname van stikstofdepositie door de (gedeeltelijke) beëindiging van negen agrarische bedrijven (externe saldering). De milieutoestemmingen van deze bedrijven zijn geheel of gedeeltelijk ingetrokken. De toe- en afnames van de stikstofdepositie zijn berekend met toepassing van AERIUS Calculator.
    
        BMF e.a. voeren - kort weergegeven - aan dat de vergunde activiteit ook na externe saldering zal leiden tot een toename van stikstofdepositie op stikstofgevoelige natuurwaarden in Natura 2000-gebieden. De reden daarvoor is volgens BMF e.a. onder meer dat ten onrechte is gesaldeerd met de intrekking van omgevingsvergunningen beperkte milieutoets. De intrekking van een omgevingsvergunning beperkte milieutoets heeft volgens BMF e.a. geen gevolgen voor de bedrijfsvoering van de saldogevers, zodat die niet voor extern salderen kan worden gebruikt. Verder betogen BMF e.a. dat in enkele situaties niet aan de eisen voor extern salderen is voldaan, bijvoorbeeld omdat niet is uitgegaan van de laagste vergunde emissie sinds de referentiedatum, of omdat niet duidelijk is dat het bedrijf op het moment waarop de milieutoestemming werd ingetrokken nog kon worden hervat. Verder stellen BMF e.a. dat niet is uitgesloten dat de emissies die bij de externe saldering zijn betrokken ook worden uitgegeven als depositieruimte bij vergunningen die met toepassing van het Programma Aanpak Stikstof worden verleend.
    
    Relativiteit
    
    3.    Het beroep is onder meer ingesteld door [zes anderen], die in de nabijheid van de beoogde varkenshouderij wonen. Het dichtstbij gelegen Natura 2000-gebied waarvoor de gevolgen van stikstofdepositie door de varkenshouderij bij de vergunningverlening zijn beoordeeld is het gebied Kempenland-West. Dit Natura 2000-gebied ligt op ongeveer 15 kilometer afstand van de woningen van appellanten.
    
    3.1.    Artikel 8:69a van de Awb luidt:
    
    "De bestuursrechter vernietigt een besluit niet op de grond dat het in strijd is met een geschreven of ongeschreven rechtsregel of een algemeen rechtsbeginsel, indien deze regel of dit beginsel kennelijk niet strekt tot bescherming van de belangen van degene die zich daarop beroept."
    
    3.2.    De bepalingen in de Wnb over de beoordeling van projecten en andere handelingen die gevolgen kunnen hebben voor een Natura 2000-gebied, strekken ter bescherming van het behoud van de natuurwaarden in deze gebieden. Uit de uitspraak van de Afdeling van 13 juli 2011, ECLI:NL:RVS:2011:BR1412, volgt dat de individuele belangen van burgers bij het behoud van een goede kwaliteit van hun leefomgeving, waarvan een Natura 2000-gebied deel uitmaakt, zo verweven kunnen zijn met het algemene belang dat de Wnb beoogt te beschermen, dat niet kan worden geoordeeld dat de betrokken normen van de Wnb kennelijk niet strekken tot bescherming van hun belangen. Deze situatie doet zich in dit geval niet voor, omdat het dichtstbij gelegen Natura 2000-gebied op ongeveer 15 kilometer van de woningen van appellanten ligt. Dit betekent dat artikel 8:69a van de Awb in de weg staat aan de vernietiging van het besluit vanwege de door [zes anderen] aangevoerde gronden. Het beroep van rechtswege tegen het besluit van 7 september 2018 voor zover ingesteld namens [zes anderen] is ongegrond.
    
    Het beroep van rechtswege van BMF
    
    Berekening stikstofdepositie door de veehouderij
    
    4.    BMF stelt dat bij de berekening van de stikstofdepositie door de veehouderij ten onrechte geen rekening is gehouden met de emissie als gevolg van de extra mest en het extra verkeer dat van en naar de veehouderij rijdt. Verwezen wordt naar de uitspraak van de Afdeling van 30 november 2016, ECLI:NL:RVS:2016:3197.
    
    4.1.    De Afdeling overweegt dat het college terecht stelt dat de aanvraag voor de vergunning uitsluitend betrekking heeft op de oprichting van een varkenshouderij. Het uitrijden van mest is geen onderdeel van het aangevraagde project. Ook als voorbij wordt gegaan aan het gegeven dat het uitrijden van mest na het moment van de aanvraag is uitgezonderd van de vergunningplicht, over welke regeling de Afdeling in vervolg op het arrest van het Hof van Justitie van 7 november 2018, ECLI:EU:C:2018:882, in zaak 201506170/1/R2 e.a. nrs, nog een oordeel moet geven over de verenigbaarheid daarvan met artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn, bestond er voor het college geen aanleiding om de vergunning te weigeren omdat deze niet mede zag op het uitrijden van mest. Zoals de Afdeling eerder heeft overwogen in de uitspraak van 21 oktober 2015, ECLI:NL:RVS:2015:3243, vormen de oprichting, uitbreiding en exploitatie van een agrarisch bedrijf en het uitrijden van mest niet één project waarvoor één vergunning moet worden aangevraagd. Het uitrijden van mest is niet noodzakelijk voor de afvoer van mest van een agrarisch bedrijf, omdat er alternatieven zijn zoals de verwerking van de mest op een andere locatie dan de gronden van het bedrijf (vergelijk 8.12 van de uitspraak van 17 mei 2017, ECLI:NL:RVS:2017:1260).
    
        Voorts overweegt de Afdeling dat het college in reactie op de zienswijze van BMF heeft gesteld dat er, gezien de afstand van ongeveer 15 kilometer van de projectlocatie tot het dichtstbij gelegen Natura 2000-gebied Kempenland-West, geen effecten van het extra verkeer van en naar de inrichting op natuurwaarden te verwachten zijn. BMF heeft op dit punt de inhoud van haar zienswijze herhaald en heeft in het beroepschrift noch ter zitting redenen aangevoerd waarom het standpunt van het college op dit punt onjuist zou zijn.
    
        De uitspraak van 30 november 2016, waarnaar BMF verwijst, is voor deze zaak niet relevant omdat deze betrekking heeft op het houden van dieren buiten de stallen, een situatie die zich hier niet voordoet.
    
        Het betoog faalt.
    
    Relatie externe saldering - PAS
    
    5.    BMF betoogt dat artikel 5.13 van het Besluit natuurbescherming (hierna: Bnb) weliswaar niet uitsluit dat een vergunning die voor 1 juli 2015 is aangevraagd na die datum nog met toepassing van extern salderen wordt verleend, maar dat het college zonder nadere motivering niet de conclusie kon trekken dat met extern salderen de zekerheid wordt verkregen dat de natuurlijke kenmerken van een Natura 2000-gebied niet zullen worden aangetast. In dat verband wijst zij op de inwerkingtreding op 1 juli 2015 van het Programma Aanpak Stikstof 2015-2021 (hierna: PAS) en de daarop gebaseerde regelgeving. Een deel van de depositieruimte die in het PAS beschikbaar is gesteld voor de landbouw, en die voor een deel ook is benut, wordt gevormd door de zogenoemde stoppersruimte. Volgens BMF is het mogelijk dat de depositie van stoppende agrarische bedrijven dubbel wordt uitgegeven: bij extern salderen en als onderdeel van de depositieruimte die ontleend wordt aan de stoppersruimte. Volgens BMF bestaat er daardoor geen directe samenhang tussen de bedrijfsbeëindigingen bij de saldogevers en de vergunningverlening van de saldonemer, een vereiste om extern salderen als mitigerende maatregel te kunnen duiden. In de passende beoordeling had volgens BMF minimaal onderzocht moeten worden hoe de depositieruimte die is toegekend op basis van de stoppersruimte zich verhoudt tot de depositie van de saldogevers in deze zaak.
    
        BMF wijst ter motivering van haar betoog op de uitspraak van 17 mei 2017, ECLI:NL:RVS:2017:1259, waarin de Afdeling overweegt dat in het PAS onvoldoende inzichtelijk is gemaakt of binnen de depositieruimte voor autonome ontwikkelingen voldoende rekening is gehouden met de mogelijkheden die het overgangsrecht biedt voor extern salderen. Verder wijst BMF erop dat de Afdeling in die uitspraak voorts overwoog dat de omvang van de mogelijke dubbeltelling van extern salderen en de stoppersruimte onvoldoende is onderbouwd in het PAS. BMF verbindt hieraan de conclusie dat niet is uitgesloten dat de depositie van de bedrijven waarmee in deze vergunning extern is gesaldeerd, als onderdeel van de stoppersruimte is betrokken en uitgegeven als depositieruimte in het PAS. BMF stelt dat hierdoor een andere situatie is ontstaan dan ten tijde van de jurisprudentie waarin de Afdeling uiteenzette onder welke voorwaarden externe saldering als mitigerende maatregel kan worden ingezet. Zonder beoordeling van cumulatieve effecten is dit volgens BMF niet langer mogelijk.
    
        Voorts stelt BMF dat het college niet heeft voldaan aan artikel 2.14, derde lid, van het Bnb. BMF leidt uit dat artikel af dat het college in het geval het verbod op extern salderen buiten toepassing blijft daarbij dient te beoordelen dat (a) via de externe saldering is verzekerd dat per saldo nergens in het Natura 2000-gebied de stikstofdepositie op de voor stikstofgevoelige habitats toeneemt, en (b) ingeval het Natura 2000-gebied is opgenomen in het PAS-programma, de gevolgen van de externe saldering niet al betrokken zijn bij de ecologische beoordeling voor het PAS-programma. Deze verplichting geldt volgens BMF ook als het verbod op extern salderen buiten toepassing blijft op grond van artikel 5.13, eerste lid, van het Bnb.
    
    5.1.    Het college stelt zich op het standpunt dat aan de in de jurisprudentie gestelde voorwaarden voor externe saldering wordt voldaan. De stoppersregeling kan volgens het college geen rol spelen bij de beoordeling of aan die voorwaarden wordt voldaan.
    
        [vergunninghouder] stelt dat als al sprake zou zijn van dubbele uitgifte van depositie, die veroorzaakt is door vergunningen op grond van het PAS en niet door de aan haar verleende vergunning. Haar vergunning was eerder verleend, op grond van het regime dat gold voordat het PAS in werking trad. Het betoog van BMF is volgens [vergunninghouder] niet van belang in deze procedure, maar hoort thuis in procedures tegen vergunningen die verleend zijn met toepassing van het PAS-regime.
    
    5.2.    Artikel 5.5, derde lid, van de Wnb luidt: "Ingeval op grond van artikel 1.13, eerste lid, aanhef in samenhang met onderdeel a, een programma is vastgesteld dat betrekking heeft op Natura 2000-gebieden, wordt geen vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, verleend voor een project dat of andere handeling die betrekking heeft op een inrichting als bedoeld in artikel 1.1, derde lid, van de Wet milieubeheer en dat, onderscheidenlijk die een belasting veroorzaakt van natuurwaarden van het desbetreffende, in het programma opgenomen Natura 2000-gebied door de factor waarvoor het programma is vastgesteld, op grond van het feit dat in verband met dit project of deze andere handeling onmiddellijk een afname van de belasting door de desbetreffende factor plaatsvindt als gevolg van de beëindiging of beperking van een of meer bepaalde andere handelingen buiten die inrichting".
    
    Artikel 2.14, van het Bnb luidt - voor zover relevant - als volgt:
    
    "1. Het bestuursorgaan dat bevoegd is tot verlening van een vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, van de wet, […], kan in uitzonderlijke gevallen en uitsluitend ingeval verzekerd is dat een goede werking van het programma, bedoeld in artikel 2.1, niet in gevaar komt, besluiten dat artikel 5.5, derde lid, van de wet met betrekking tot een project dat of andere handeling die stikstofdepositie veroorzaakt op voor stikstof gevoelige habitats in een Natura 2000-gebied buiten toepassing blijft. […]
    
    2 Het derde tot en met zesde lid is van toepassing op projecten en andere handelingen als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, van de wet:
    
    a. die stikstofdepositie veroorzaken op een gebied dat niet in het programma, bedoeld in artikel 2.1 is opgenomen, of
    
    b. ten aanzien waarvan een besluit als bedoeld in het eerste lid is genomen.
    
    3 Voor de toepassing van artikel 2.7, derde lid, aanhef en onderdeel a, in samenhang met artikel 2.8, derde lid, van de wet wordt ervan uitgegaan dat de door een project veroorzaakte stikstofdepositie op voor stikstof gevoelige habitats in een Natura 2000-gebied met zekerheid de natuurlijke kenmerken van dat gebied niet aantast, indien:
    
    a. blijkens de passende beoordeling is verzekerd dat, in samenhang met voor dat project getroffen maatregelen, per saldo nergens in het Natura 2000-gebied de stikstofdepositie op de voor stikstof gevoelige habitats als gevolg van dat project toeneemt, en,
    
    b. ingeval het Natura 2000-gebied is opgenomen in het programma, bedoeld in artikel 2.1, de gevolgen van de in onderdeel a bedoelde maatregelen niet al zijn betrokken bij de ecologische beoordeling, bedoeld in artikel 2.5".
    
    Artikel 5.13, eerste lid, van het Bnb luidt: "Artikel 5.5, derde lid, van de wet is niet van toepassing op een besluit op een aanvraag om een vergunning als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, of 47a, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998, die is ingediend voor 1 juli 2015".
    
    5.3.    De aanvraag voor de vergunning is op 29 juni 2015 ontvangen door het college. Uit artikel 5.13, eerste lid, van het Bnb volgt dat het in artikel 5.5, derde lid, van de Wnb opgenomen verbod om een vergunning te verlenen met externe saldering niet van toepassing is.
    
        Anders dan BMF betoogt is het bepaalde in artikel 2.14, derde lid, van het Bnb, niet van toepassing in het geval dat het verbod op extern salderen op grond van artikel 5.13, eerste lid, van het Bnb niet van toepassing is, omdat de aanvraag voor een vergunning voor 1 juli 2015 is ingediend. Artikel 2.14 van het Bnb ziet op aanvragen van na die datum waarvoor het college in uitzonderlijke gevallen op grond van artikel 2.14, eerste lid, van het Bnb kan besluiten het verbod op extern salderen buiten toepassing te laten.
    
    5.4.    Het verbod op extern salderen houdt verband met de inwerkingtreding van het PAS en de daarop gebaseerde regelgeving per 1 juli 2015 in de Nbw 1998. In de Nbw 1998 was het verbod op extern salderen opgenomen in artikel 19km, derde lid, terwijl het vierde lid bepaalde dat het verbod op extern salderen niet van toepassing is op een besluit op een aanvraag om een vergunning als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, die is ingediend voor het tijdstip van inwerkingtreding van het derde lid. In de Wnb is deze regeling voortgezet in de artikelen 5.5, derde lid, van de Wnb en artikel 5.13, eerste lid, van het Bnb. Uit dit wettelijke regime vloeit voort dat vergunningverlening met toepassing van externe saldering en vergunningverlening met toepassing van het PAS-regime naast elkaar mogelijk zijn, zij het dat externe saldering in beginsel alleen kan als de aanvraag voor een vergunning voor 1 juli 2015 is gedaan. Met beide regimes wordt uitvoering gegeven aan artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. Dat betekent dat een vergunning alleen kan worden verleend als op basis van een passende beoordeling verzekerd is dat de natuurlijke kenmerken van een Natura 2000-gebied door het vergunde project niet zullen worden aangetast.
    
    5.5.    In de uitspraak van 17 mei 2017, ECLI:NL:RVS:2017:1259, (hierna: de PAS-uitspraak), oordeelde de Afdeling over een aantal beroepen gericht tegen vergunningen die met toepassing van het PAS en de daarbij behorende regelgeving die vanaf 1 juli 2015 van kracht is zijn verleend. In 25-25.6 van die uitspraak wordt uiteengezet op welke wijze vergunningverlening met extern salderen en vergunningverlening met toedeling van depositieruimte die in het PAS beschikbaar is gesteld, zich tot elkaar verhouden. Kort samengevat komt het erop neer dat een deel van de depositie van stoppende agrarische bedrijven, de zogenoemde stoppersruimte, wordt toegevoegd aan de depositieruimte die binnen het PAS beschikbaar is voor de agrarische sector. Bij de berekening van de stoppersruimte is een percentage van het aantal bedrijven dat naar verwachting na 1 juli 2015 stopt en op een grotere afstand dan 1 kilometer tot Natura 2000-gebieden ligt, betrokken. In 25.6 van de PAS-uitspraak wordt vastgesteld dat de dubbele inzet van deposities door extern salderen en door het toevoegen van zogenoemde stoppersruimte in de depositieruimte van het PAS, niet is uitgesloten als een bedrijf op 1 juli 2015 nog in bedrijf was en op een afstand van meer dan 1 kilometer van een Natura 2000-gebied staat. De Afdeling verbond daar in de PAS-uitspraak de conclusie aan dat redelijke twijfel bestaat over de vraag of ten gevolge van deze dubbeltelling de natuurlijke kenmerken van Natura 2000-gebieden kunnen worden aangetast.
    
    5.6.    In de jurisprudentie van de Afdeling is aanvaard dat externe saldering in de vorm van intrekking van een milieuvergunning, Hinderwetvergunning of melding (hierna: milieutoestemming) ten behoeve van de verlening van een Wnb-vergunning voor de oprichting of uitbreiding van een agrarisch bedrijf onder voorwaarden kan worden betrokken als maatregel in een passende beoordeling. De voorwaarden waaronder dat kan zijn uiteengezet in de uitspraak van 13 november 2013, ECLI:NL:RVS:2013:1931. Een van de voorwaarden is dat externe saldering slechts mogelijk is als er een directe samenhang bestaat tussen de intrekking van de milieuvergunning en de verlening van de Wnb-vergunning. Die directe samenhang wordt aangenomen als de vergunning voor het saldogevende bedrijf daadwerkelijk is of zal worden ingetrokken ten behoeve van de uitbreiding van het saldo-ontvangende bedrijf. Dit kan blijken uit het intrekkingsbesluit of uit een overeenkomst tussen het saldogevende en saldo-ontvangende bedrijf over de overname van ammoniakemissie van de in te trekken milieuvergunning. Verder moet vaststaan dat de bedrijfsvoering van het saldogevende bedrijf daadwerkelijk is of wordt beëindigd.
    
    5.7.    De voorwaarde van directe samenhang waarborgt dat de (gedeeltelijke) intrekking van een milieutoestemming slechts éénmaal wordt gebruikt voor externe saldering. Extern salderen kan immers slechts als maatregel in een passende beoordeling worden betrokken als verzekerd is dat de depositieafname waarmee gesaldeerd wordt, niet ook is of zal worden gebruikt bij de verlening van een vergunning voor een andere stikstofveroorzakende activiteit. Zoals volgt uit de uitspraak van de Afdeling van 24 december 2014, ECLI:NL:RVS:2014:4672, waarin de vraag aan de orde was of in de provincie Gelderland vergunningverlening met externe saldering en vergunningverlening met toepassing van een depositiebank naast elkaar konden bestaan, geldt deze voorwaarde evenzeer in het geval er meerdere systemen naast elkaar bestaan waarbij deposities van stoppende stikstofveroorzakende activiteiten worden betrokken bij de vergunningverlening voor een nieuwe stikstofveroorzakende activiteit. De Afdeling overwoog in 7.7 van die uitspraak dat toepassing van externe saldering naast saldering met een depositiebank niet is uitgesloten, maar: "[…] dat saldering met deposities afkomstig van agrarische bedrijven gelet op het bepaalde in de stikstofverordening over het inrichten van een salderingssysteem alleen kan als verzekerd is dat de milieutoestemmingen waarmee gesaldeerd is niet zijn of zullen worden gebruikt in het kader van de verlening van vergunningen voor agrarische bedrijven waarbij toepassing wordt gegeven aan de stikstofverordening of de beleidsregels".
    
    5.8.    Uit 5.6 en 5.7 volgt dat het college zich bij de verlening van de vergunning ervan moest verzekeren dat de depositieafname van de saldogevers, niet ook op een andere wijze kan worden ingezet. Voor 1 juli 2015 was dat verzekerd als voldaan werd aan de voorwaarden voor externe saldering zoals uiteengezet in de uitspraak van 13 november 2013, ECLI:NL:RVS:2013:1931. Vanaf 1 juli 2015 is het mogelijk een vergunning voor een stikstofveroorzakende activiteit te verlenen op grond van het PAS-regime, en voor zover een aanvraag voor een vergunning is gedaan voor 1 juli 2015 met toepassing van externe saldering. Als hierdoor de dubbele inzet van de depositieafname bij de saldogever niet kan worden uitgesloten, is niet verzekerd dat de aangevraagde activiteit per saldo niet tot een toename van stikstofdepositie zal leiden. Het college zal in dat geval dienen te onderbouwen dat een dubbele inzet van depositie is uitgesloten, zodat het zich ervan heeft verzekerd dat de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied niet zullen worden aangetast.
    
    5.9.    Zoals uit de PAS-uitspraak kan worden afgeleid kan ten aanzien van twee situaties worden uitgesloten dat de depositie van externe saldering ook in de depositieruimte van het PAS kan terechtkomen. Dat zijn:
    
    a. deposities van bedrijven waar op 1 juli 2015 feitelijk geen vee meer werd gehouden;
    
    b. deposities van bedrijven die binnen 1 kilometer van een Natura 2000-gebied staan.
    
        Als extern wordt gesaldeerd met een vergunning van een bedrijf dat onder één van deze twee situaties valt, dan heeft het college zich er naar het oordeel van de Afdeling, van kunnen verzekeren dat de depositie afname door extern salderen niet dubbel wordt ingezet.
    
    5.10.    Uit 25.6 van de PAS-uitspraak volgt dat niet is uitgesloten dat externe saldering met deposities van bedrijven die op 1 juli 2015 nog in bedrijf waren, ook wordt vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS. Uit de door BMF en het college overgelegde brief van 4 juli 2018 blijkt dat de zogenoemde stoppersruimte ook daadwerkelijk in de eerste drie jaren van het PAS als depositieruimte beschikbaar is gesteld.
    
        De Afdeling oordeelde in de PAS-uitspraak dat zij "niet van oordeel [is] dat geen redelijke twijfel bestaat over de vraag of ten gevolge van deze dubbeltelling de natuurlijke kenmerken van Natura 2000-gebieden kunnen worden aangetast". Onvoldoende inzichtelijk is gemaakt op welke wijze rekening is gehouden met de mogelijke dubbeltellingen en de eventuele gevolgen daarvan voor de waarden in Natura 2000-gebieden.
    
        Het in 25.6 van de PAS-uitspraak overwogene is naar het oordeel van de Afdeling evenzeer van toepassing op een vergunning die verleend wordt met toepassing van extern salderen met een bedrijf dat op 1 juli 2015 feitelijk nog stikstofdepositie veroorzaakte, tenzij dit bedrijf is gelegen binnen een afstand van 1 km van een Natura 2000-gebied. Niet is uitgesloten dat de depositie van de saldogever ook is of wordt vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS. Dit betekent dat in de gevallen waarin externe saldering heeft plaatsgevonden met een bedrijf dat op een grotere afstand dan 1 kilometer van een Natura 2000-gebied ligt en dat op 1 juli 2015 feitelijk nog stikstofdepositie veroorzaakte, het niet is uitgesloten dat de depositieafname door extern salderen dubbel zal worden ingezet. Het college dient in dat geval nader te onderbouwen dat de dubbele inzet is uitgesloten.
    
    5.11.    Het voorgaande betekent dat het betoog van BMF aanleiding geeft te bezien of kan worden uitgesloten dat de saldoafnames van de bedrijven waarmee voor deze vergunning extern is gesaldeerd, betrokken kunnen zijn in de stoppersruimte die in het kader van het PAS beschikbaar wordt of is gesteld. De Afdeling zal deze vraag betrekken bij de bespreking van de beroepsgronden tegen de verschillende vergunningen waarmee extern gesaldeerd is. Daarbij is van belang dat ter zitting is vastgesteld dat alle bedrijven waarmee extern is gesaldeerd op een grotere afstand dan 1 kilometer van een Natura 2000-gebied liggen.
    
    Externe saldering [locatie 2] Sint-Oedenrode
    
    6.    BMF stelt dat de milieutoestemming voor het bedrijf [locatie 2] te Sint-Oedenrode ten onrechte is betrokken bij de externe saldering. De ingetrokken vergunning betreft een omgevingsvergunning beperkte milieutoets, als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder i, van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (hierna: Wabo). Anders dan een omgevingsvergunning voor het oprichten, veranderen, en/of in werking hebben van een inrichting als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder e, van de Wabo, heeft de omgevingsvergunning beperkte milieutoets alleen betrekking op het oprichten, wijzigen of uitbreiden van een inrichting en niet op het in stand houden daarvan. Omdat de omgevingsvergunning beperkte milieutoets volgens BMF uitgewerkt is nadat een inrichting is opgericht, gewijzigd of uitgebreid, leidt de intrekking daarvan niet tot een wijziging van de toestemming bij de saldogever. De intrekking van een omgevingsvergunning beperkte milieutoets kan daarom niet als mitigerende maatregel betrokken worden in een passende beoordeling, aldus BMF.
    
    6.1.    Het college stelt dat een omgevingsvergunning beperkte milieutoets niet alleen ziet op het oprichten van een inrichting maar ook op het in stand houden en in werking zijn daarvan. Het intrekken van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets betekent dat geen vee meer mag worden gehouden. Het college is dan ook van mening dat de intrekking van een dergelijke vergunning als mitigerende maatregel in een passende beoordeling kan worden betrokken.
    
    6.2.    Op 16 augustus 2001 is op grond van de Wet milieubeheer een revisievergunning verleend voor de varkenshouderij aan de [locatie 2] te Sint-Oedenrode.
    
        Vanaf de inwerkingtreding van de Wabo op 1 oktober 2010 moest deze vergunning op grond van het in artikel 1.2 van de Invoeringswet Wabo opgenomen overgangsrecht worden gelijkgesteld met een omgevingsvergunning voor het oprichten, veranderen of in werking hebben van een inrichting als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder e, van de Wabo.
    
        Vervolgens is per 1 januari 2013 de aanwijzing van vergunningplichtige activiteiten in het Besluit omgevingsrecht gewijzigd. De varkenshouderij aan de [locatie 2] te Sint-Oedenrode is vanaf dat moment niet meer aangewezen als vergunningplichtige inrichting op grond van artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder e, van de Wabo. In plaats daarvan zijn oprichting, wijziging of uitbreiding van een varkenshouderij als deze in artikel 2.2a, eerste en vierde lid, aangewezen als activiteiten waarvoor op grond van artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder i, vergunning is vereist.
    
        Uit het in artikel X van het Besluit van 14 september 2012 tot wijziging van het Besluit algemene regels voor inrichtingen milieubeheer (agrarische activiteiten in het Besluit algemene regels voor inrichtingen milieubeheer) (Stb. 2012, 441) opgenomen overgangsrecht volgt dat de vergunning voor de varkenshouderij vanaf 1 januari 2013 moet worden gelijkgesteld met een omgevingsvergunning als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder i, van de Wabo (hierna: omgevingsvergunning beperkte milieutoets).
    
        Op 2 mei 2016 is deze omgevingsvergunning beperkte milieutoets geheel ingetrokken ten behoeve van de saldering met het bedrijf aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode.
    
    6.3.    De omgevingsvergunning beperkte milieutoets heeft betrekking op de oprichting, wijziging of uitbreiding van de varkenshouderij. Zoals de Afdeling heeft overwogen in de uitspraak van 22 februari 2017, ECLI:NL:RVS:2017:465 sluit de enkele omstandigheid dat de vergunde activiteiten zijn uitgevoerd niet uit dat de omgevingsvergunning beperkte milieutoets kan worden ingetrokken. De Afdeling overwoog in die uitspraak voorts dat de intrekking van een vergunning die moet worden gelijkgesteld met een omgevingsvergunning beperkte milieutoets die niet het inwerking hebben van de varkenshouderij betreft, tot gevolg heeft dat wat destijds is opgericht of gewijzigd, moet worden geacht zonder vergunning te zijn opgericht. Intrekking kan leiden tot handhavend optreden tegen het zonder vergunning verrichten van deze activiteiten. De Afdeling volgt BMF dan ook niet in haar betoog dat de intrekking van een milieuvergunning beperkte milieutoets niet leidt tot een wijziging van de toestemming bij de saldogever.
    
    6.4.    BMF stelt dat het college onvoldoende heeft onderzocht of de varkenshouderij aan de [locatie 2] te Sint-Oedenrode ten tijde van de intrekking van de vergunning of het sluiten van de overeenkomst nog kon worden hervat zonder dat daarvoor een vergunning voor de realisering van een project op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is vereist. Voorts is volgens BMF niet duidelijk dat het intrekkingsbesluit bevoegd is genomen.
    
    6.5.    Het college stelt dat de overeenkomst over de overname van de ammoniakemissie is gesloten op 3 maart 2016. Op 2 mei 2016 is vervolgens de milieuvergunning beperkte milieutoets ingetrokken. Het college leidt uit de foto’s die bij het verweerschrift zijn gevoegd af dat het bedrijf feitelijk nog aanwezig was ten tijde van het sluiten van de overeenkomst dan wel het intrekken van de vergunning. Bovendien was op dat moment de stalinrichting nog aanwezig. Volgens het college is dan ook voldaan aan de voorwaarden voor externe saldering.
    
    6.6.    Zoals de Afdeling eerder heeft overwogen in de uitspraak van 13 november 2013, ECLI:NL:RVS:2013:1931, is voor externe saldering niet relevant of tot het moment van intrekking van de vergunning, of tot het moment waarop de overeenkomst van de overname van de ammoniakemissie wordt gesloten, nog vee aanwezig was op het bedrijf. Wel is relevant of het bedrijf op dat moment feitelijk nog aanwezig was (uitspraken van 29 juni 2011, ECLI:NL:RVS:2011:BQ9630 en 14 augustus 2013, ECLI:NL:RVS:2013:714). Dat is het geval als hervatting van het bedrijf mogelijk is zonder dat daarvoor een vergunning op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb voor de realisering van een project, is vereist.
    
    6.7.    Niet in geschil is dat de bedrijfsgebouwen van de varkenshouderij [locatie 2] te Sint-Oedenrode nog aanwezig waren op het moment waarop de overeenkomst werd gesloten. Verder heeft het college gesteld dat op dat moment de stalinrichting binnen de gebouwen nog aanwezig was. De Afdeling is gelet hierop van oordeel dat er voor het college geen aanleiding bestond nader te onderzoeken of in de bestaande stallen vee kon worden gehouden overeenkomstig de omgevingsvergunning beperkte milieutoets.
    
        De vraag of het besluit tot intrekking van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets al dan niet bevoegd in mandaat is genomen is niet relevant in deze procedure. Het intrekkingsbesluit is onherroepelijk. Het bezwaar had aan de orde kunnen komen in een procedure tegen het intrekkingsbesluit.
    
        Het betoog faalt.
    
    6.8.    Het college heeft niet onderzocht of het bedrijf [locatie 2] feitelijk voor 1 juli 2015 was beëindigd. Het betoog van BMF dat het college zich er niet van heeft verzekerd dat uitgesloten is dat de depositie van de ingetrokken omgevingsvergunning beperkte milieutoets van het bedrijf [locatie 2] te Sint-Oedenrode, waarmee wordt gesaldeerd, ook kan worden vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS, slaagt.
    
    [locatie 3] te Beek en Donk
    
    7.    BMF stelt dat het college onvoldoende heeft onderzocht of de varkenshouderij aan de [locatie 3] te Beek en Donk ten tijde van de intrekking van de vergunning nog kon worden hervat zonder dat daarvoor een vergunning voor de realisering van een project op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is vereist. Voorts is volgens BMF niet duidelijk dat het intrekkingsbesluit bevoegd is genomen.
    
    7.1.    Het college stelt dat de omgevingsvergunning beperkte milieutoets op 12 mei 2016 gedeeltelijk is ingetrokken. Het college leidt uit de foto’s die bij het verweerschrift zijn gevoegd af dat het bedrijf feitelijk nog aanwezig was ten tijde van het intrekken van de vergunning. Bovendien was op dat moment de stalinrichting nog aanwezig. Volgens het college is dan ook voldaan aan de voorwaarden voor externe saldering.
    
    7.2.    Op 27 april 2004 is op grond van de Wet milieubeheer een revisievergunning verleend aan het bedrijf [locatie 3] te Beek en Donk voor het houden van 300 vleesvarkens. Deze vergunning wordt na 1 januari 2013 gelijkgesteld met een omgevingsvergunning beperkte milieutoets.
    
        Bij besluit van 12 mei 2016 is de omgevingsvergunning beperkte milieutoets gedeeltelijk ingetrokken (223 vleesvarkens) ten behoeve van de saldering voor de vergunning van het bedrijf van [vergunninghouder]. Verder is aan het bedrijf een omgevingsvergunning beperkte milieutoets verleend voor de verandering van het veebestand van 77 vleesvarkens naar 495 schapen.
    
        De overeenkomst over de overname van de ammoniakemissie is gesloten op 19 februari 2016.
    
    7.3.    Niet in geschil is dat de bedrijfsgebouwen van de varkenshouderij [locatie 3] te Beek en Donk nog aanwezig waren op het moment waarop de omgevingsvergunning beperkte milieutoets gedeeltelijk werd ingetrokken. Verder heeft het college gesteld dat op dat moment de stalinrichting binnen de gebouwen nog aanwezig was. Uit het controleverslag van de Omgevingsdienst Zuidoost-Brabant volgt dat ten tijde van de controle op 10 maart 2016 op het bedrijf geen varkens meer werden gehouden, maar dat dit nog wel mogelijk is. Uit dat rapport volgt voorts dat op dat moment feitelijk 92 schapen worden gehouden. Dit wordt ook bevestigd door de landbouwtellingen die door BMF zijn overgelegd en waaruit volgt dat in 2015 nog 255 vleesvarkens werden gehouden en in 2016 niet meer. De Afdeling is gelet hierop van oordeel dat er voor het college geen aanleiding bestond nader te onderzoeken of in de bestaande stallen vee kon worden gehouden overeenkomstig de omgevingsvergunning beperkte milieutoets.
    
        De vraag of het besluit tot intrekking van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets al dan niet bevoegd in mandaat is genomen is zoals overwogen in 6.7 niet relevant in deze procedure.
    
        Het betoog faalt.
    
    7.4.    Het college heeft niet onderzocht of het bedrijf [locatie 3] te Beek en Donk feitelijk voor 1 juli 2015 was beëindigd. Het college dient in dit geval, waarin uit de landbouwtellingen volgt dat in mei 2015 het vee waarop de gedeeltelijke intrekking van de vergunning betrekking heeft nog werd gehouden en in 2016 niet meer, nader te onderzoeken op welk moment het houden van de 223 varkens feitelijk is beëindigd. Slechts in het geval komt vast te staan dat het houden van de varkens voor 1 juli 2015 feitelijk is beëindigd, is verzekerd dat de depositieafname waarmee wordt gesaldeerd, niet ook wordt vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS. Het betoog van BMF dat het college niet heeft onderzocht dat is uitgesloten dat de depositie van de gedeeltelijk ingetrokken omgevingsvergunning beperkte milieutoets waarmee wordt gesaldeerd ook kan worden vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS, slaagt.
    
    [locatie 4] te Son
    
    8.    BMF stelt dat het college onvoldoende heeft onderzocht of de varkenshouderij aan de [locatie 4] te Son ten tijde van de intrekking van de vergunning nog kon worden hervat zonder dat daarvoor een vergunning voor de realisering van een project op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is vereist. In dat verband wijst zij erop dat uit de opgevraagde landbouwtellingen volgt dat vanaf 2011 ter plaatse geen vee meer wordt gehouden. Verder herhaalt BMF haar standpunt dat niet kan worden gesaldeerd met een omgevingsvergunning beperkte milieutoets, en dat niet duidelijk is dat het intrekkingsbesluit bevoegd is genomen.
    
    8.1.    Het college stelt dat de omgevingsvergunning beperkte milieutoets op 10 mei 2016 gedeeltelijk is ingetrokken. Het college leidt uit de foto’s die bij het verweerschrift zijn gevoegd af dat het bedrijf feitelijk nog aanwezig was ten tijde van het intrekken van de vergunning. Bovendien was op dat moment de stalinrichting nog aanwezig. Volgens het college is dan ook voldaan aan de voorwaarden voor externe saldering.
    
    8.2.    Op 16 maart 1993 is op grond van de Hinderwet een vergunning verleend aan het bedrijf [locatie 4] te Son voor het houden van 1012 gespeende biggen, 4 dekberen en 84 kraamzeugen. Deze vergunning wordt na 1 januari 2013 gelijkgesteld met een omgevingsvergunning beperkte milieutoets.
    
        Bij besluit van 10 mei 2016 is de omgevingsvergunning beperkte milieutoets geheel ingetrokken ten behoeve van de saldering voor de vergunning van het bedrijf van [vergunninghouder] en een ander bedrijf.
    
        Zoals volgt uit 6.3 kan de intrekking van een omgevingsvergunning beperkte milieutoets, mits voldaan wordt aan de vereisten voor externe saldering, als mitigerende maatregel worden betrokken in een passende beoordeling.
    
    8.3.    Niet in geschil is dat de bedrijfsgebouwen van de varkenshouderij [locatie 4] te Son nog aanwezig waren op het moment waarop de omgevingsvergunning beperkte milieutoets werd ingetrokken. Verder heeft het college gesteld dat op dat moment de stalinrichting binnen de gebouwen nog aanwezig was. Dat uit de landbouwtellingen volgt dat vanaf 2011 ter plaatse feitelijk geen vee mee wordt gehouden is, zoals volgt uit 6.6 niet relevant. De Afdeling is gelet hierop van oordeel dat er voor het college geen aanleiding bestond nader te onderzoeken of in de bestaande stallen vee kon worden gehouden overeenkomstig de omgevingsvergunning beperkte milieutoets.
    
        De vraag of het besluit tot intrekking van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets al dan niet bevoegd in mandaat is genomen is zoals overwogen in 6.7 niet relevant in deze procedure.
    
        Het betoog faalt.
    
    8.4.    Uit de overgelegde landbouwtellingen volgt dat op het bedrijf vanaf 2011 geen vee meer wordt gehouden. Hieruit kan worden afgeleid dat het bedrijf feitelijk is beëindigd voor 1 juli 2015. Het college heeft zich er dan ook van kunnen verzekeren dat uitgesloten is dat de depositie van de ingetrokken omgevingsvergunning beperkte milieutoets van het bedrijf [locatie 4] te Son, waarmee wordt gesaldeerd, ook wordt vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS.
    
        Het betoog faalt.
    
    [locatie 5] te Mariahout
    
    9.    BMF stelt dat het bedrijf [locatie 5] te Mariahout ten tijde van de referentiedatum 10 juni 1994 op basis van een melding 800 konijnen (voedsters) mocht houden met een totale ammoniakemissie van 960 kg per jaar. Volgens BMF is het college ten onrechte uitgegaan van de op 27 mei 1997 verleende milieuvergunning voor het houden van 1800 vleesvarkens met een totale emissie van 2160 kg. Dat het bedrijf voor het verkrijgen van de milieuvergunning van 27 mei 1997 in het kader van het Ammoniakreductieplan ammoniakrechten heeft aangekocht (3240 kg), betekent volgens BMF niet dat een hogere ammoniakemissie dan 960 kg per jaar op de referentiedatum 10 juni 1994 kan worden betrokken bij de saldering.  
    
    9.1.    Het college stelt dat de saldogever [locatie 5] in 1997 ammoniakrechten (3240 kg NH3 per jaar) heeft aangekocht van de locatie [locatie 6] te Stevensbeek. De aangekochte ammoniakrechten maakten onderdeel uit van de Hinderwetvergunning uit 1988 voor het bedrijf [locatie 6]. Deze rechten waren, zo stelt het college, voor de referentiedatum 10 juni 1994 aanwezig en zijn bij de verkoop in 1997 overgegaan op de locatie [locatie 5], waarbij deze met terugwerkende kracht voor [locatie 5] ingezet konden worden. Het college leidt hieruit af dat de ammoniakemissie op de referentiedatum 10 juni 1994, 4199,98 kg NH3 per jaar bedroeg. Omdat op 27 mei 1997 voor de locatie [locatie 5] een milieuvergunning is verleend voor een veebestand met een emissie van 2160 kg NH3 per jaar, moet deze lagere emissie als uitgangspunt worden genomen bij de berekening van de saldering, aldus het college.
    
    9.2.    Zoals volgt uit de uitspraak van 13 november 2013, ECLI:NL:RVS:2013:1931 is externe saldering alleen mogelijk met ammoniakemissies die waren vergund op de referentiedatum en die ook nog aanwezig waren of konden zijn tot het moment van intrekking van de milieuvergunning of het sluiten van de overeenkomst over de overname van de vergunde ammoniakemissie ten behoeve van het saldo-ontvangende bedrijf. Indien na de referentiedatum aan de saldogever een vergunning is verleend voor een activiteit die minder ammoniakemissie tot gevolg heeft dan de op de referentiedatum voor hem geldende toestemming, dan kan uitsluitend die lagere emissie worden betrokken bij de externe saldering.
    
        In dit geval is 10 juni 1994 de relevante referentiedatum voor enkele Natura 2000-gebieden die zijn aangewezen ter uitvoering van de Vogelrichtlijn en is 7 december 2004 de relevante referentiedatum voor Natura 2000-gebieden die ter uitvoering van de Habitatrichtlijn zijn aangewezen.
    
    9.3.    Voor de saldogevende locatie [locatie 5] te Mariahout is op 22 juni 1993 een melding op grond van artikel 2, tweede lid, van de Hinderwet (milieu-neutrale wijziging van de inrichting) geaccepteerd voor het houden van in totaal 800 konijnen (voedsters), met - rekening houdend met de huidige emissiefactoren - een emissie van 960 kg/NH3/jr.
    
        Op 27 mei 1997 is een nieuwe, de gehele inrichting omvattende vergunning als bedoeld in artikel 8.4 van de Wet milieubeheer verleend voor het houden van 1800 vleesvarkens met een emissie van 2160 kg/NH3/jr. Deze vergunning wordt na 1 januari 2013 gelijkgesteld met een omgevingsvergunning beperkte milieutoets.
    
        In deze vergunning is onder het kopje Ammoniakreductieplan vermeld:
    
    "In de onderhavige situatie is ten opzichte van de bestaande situatie sprake van een uitbreiding van het aantal dieren op het bedrijf.
    
    Op grond van de in het Ammoniakreductieplan (ARP) aangegeven rekenmethodiek moet er elders in deelgebied IIB een (gedeelte van een) rechtsgeldige milieuvergunning worden ingetrokken die een ammoniakemissie vertegenwoordigt van 3.240 kg ammoniak.
    
    Ter verkrijging van de benodigde ammoniakrechten voor de inrichting aan de [locatie 5] te Mariahout is er van het bedrijf [locatie 6] te Stevensbeek (gemeente ST. Anthonis) een (gedeelte van een) rechtsgeldige milieuvergunning ingetrokken voor 3.240 kg".
    
        Bij besluit van 9 augustus 2016 is de omgevingsvergunning beperkte milieutoets geheel ingetrokken. Zoals volgt uit 6.3 kan de intrekking van een omgevingsvergunning beperkte milieutoets, mits voldaan wordt aan de vereisten voor externe saldering, als mitigerende maatregel worden betrokken in een passende beoordeling.
    
    9.4.    De Afdeling volgt het college niet in zijn standpunt dat de ammoniakrechten die in 1997 door het saldogevende bedrijf zijn aangekocht in het kader van Ammoniakreductieplan, kunnen worden betrokken bij de berekening van de omvang van de ammoniakemissie die voortvloeit uit de toegestane bedrijfssituatie op de referentiedatum 10 juni 1994. Het bedrijf [locatie 5] beschikte op 10 juni 1994 over een vergunning voor een veebezetting die 960 kg ammoniak kon veroorzaken. De aankoop van de ammoniakrechten was een voorwaarde voor de verlening van de milieuvergunning in 1997, en heeft niet - met terugewerkende kracht - geleid tot een wijziging van de vergunde situatie op de locatie [locatie 5], op 10 juni 1994. Dit betekent dat in de salderingsberekening voor de Natura 2000-gebieden met de referentiedatum 10 juni 1994 ten onrechte is uitgegaan van een afname van emissie van 2160 kg/NH3/jr. Er had, mits aan de andere voorwaarden voor externe saldering is voldaan, ten hoogste van 960 kg/NH3/jr, uitgegaan mogen worden.
    
        Het betoog slaagt.
    
    9.5.    BMF betoogt voorts dat de vergunningen uit 1993 en 1997 van de saldogevende locatie gelet op het destijds geldende artikel 8.18, eerste lid, van de Wet milieubeheer van rechtswege zijn vervallen, omdat niet binnen 3 jaar na het onherroepelijk worden daarvan gebruik is gemaakt van de vergunning. BMF leidt uit de door haar overgelegde landbouwtellingen af dat pas vanaf 2005 vee wordt gehouden op de locatie [locatie 5].
    
    9.6.    Zoals de Afdeling eerder heeft overwogen in de uitspraak van 20 januari 2016, ECLI:NL:RVS:2016:122, is voor de vraag of een vergunning op grond van artikel 8.18, eerste lid, aanhef en onder a, van de Wet milieubeheer is vervallen, bepalend of de inrichting binnen drie jaar nadat deze vergunning onherroepelijk is geworden, is voltooid en in werking is gebracht. Verder is het college naar het oordeel van de Afdeling in een geval waarbij geen tekenen aanwezig waren dat de inrichting niet is voltooid en in werking gebracht, bij het verlenen van een Wnb-vergunning niet verplicht ambtshalve onderzoek te verrichten naar de vraag of een milieuvergunning eventueel is komen te vervallen als bedoeld in de artikelen 8.18, eerste lid, aanhef en onder a, van de Wet milieubeheer. Het ligt primair op de weg van BMF om feiten en omstandigheden aan te voeren die een begin van bewijs opleveren voor de juistheid van de stelling dat de vergunning voor de veehouderij is vervallen. Indien een zodanig begin van bewijs is geleverd, komt de bewijslast van het tegendeel bij het college te liggen. Vergelijk de uitspraak van 20 mei 2015, ECLI:NL:RVS:2015:1587. Landbouwtellingen, die een momentopname van de bedrijfssituatie betreffen, kunnen onder omstandigheden een begin van bewijs zoals hiervoor bedoeld opleveren.
    
        In reactie op het betoog van BMF stelt het college dat een deel van de locatie tot 2004 gedeeltelijk werd verhuurd aan een pachter en dat er van dat bedrijf wel degelijk landbouwtellingen beschikbaar zijn vanaf 1994. Uit de door [vergunninghouder] overgelegde pachtontbindingsovereenkomst en landbouwtellingen leidt het college af dat vanaf 1991 dieren zijn gehouden aan het [locatie 5] en dat binnen drie jaar na het onherroepelijk worden van de vergunning uit 1993 en 1997 gebruik gemaakt is van deze vergunningen. Ter ondersteuning van dit standpunt heeft het college ter zitting een overzicht van de dierbezetting vanaf 1991 overgelegd, welke door BMF, desgevraagd, niet is weersproken. Gezien het voorgaande volgt de Afdeling BMF niet in haar betoog dat de in 1993 en de in 1997 vergunde inrichtingen niet zijn voltooid en in werking zijn gebracht als bedoeld in artikel 8.18, eerste lid, aanhef en onder a, van de Wet milieubeheer.
    
        Het betoog faalt.
    
    9.7.    Voor zover BMF haar standpunt herhaalt dat niet kan worden gesaldeerd met een omgevingsvergunning beperkte milieutoets, en dat niet duidelijk is dat het intrekkingsbesluit bevoegd is genomen, verwijst de Afdeling naar 6.3 en 6.7.
    
    9.8.    BMF stelt dat niet is uitgesloten dat de veehouderij aan de [locatie 5] en de [locatie 1] tegelijkertijd in werking zijn. Zij wijst er in dit verband op dat aan het besluit tot intrekking van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets het voorschrift is verbonden dat de ‘intrekking in werking treedt met ingang van de dag dat op de aanvraag om omgevingsvergunning inrichting voor de begunstigde inrichting op het adres [locatie 1] te Sint-Oedenrode positief is beslist en deze vergunning onherroepelijk is’.
    
    9.9.    Het college stelt dat met voorschrift V dat bij het bestreden besluit aan de vergunning is verbonden wordt voorkomen dat beide inrichtingen tegelijkertijd in werking kunnen zijn.
    
    9.10.    Aan het besluit van 9 augustus 2016 tot intrekking van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets voor de locatie [locatie 5] te Mariahout is het volgende voorschrift verbonden:
    
    ‘dat de intrekking in werking treedt met ingang van de dag dat op de aanvraag om omgevingsvergunning inrichting voor de begunstigde inrichting op het adres [locatie 1] te Sint-Oedenrode positief is beslist en deze vergunning onherroepelijk is’. Het besluit van 9 augustus 2016 is onherroepelijk.
    
        Aan de vergunning op grond van de Wnb voor de varkenshouderij aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode is het volgende voorschrift verbonden:
    
    "V. dat de ingebruikname van de (nieuwe) bedrijfslocatie aan de [locatie 1] te Sint-Oedenrode, pas mag plaatsvinden nadat de intrekking van de vergunde rechten op grond van de OBM (intrekkingsbesluit OBM d.d. 9 augustus 2016) voor het houden van 1.800 vleesvarkens op de locatie aan de [locatie 5] heeft plaatsgevonden en het intrekkingsbesluit onherroepelijk is".
    
    9.11.    De Afdeling overweegt dat het voorschrift in het intrekkingsbesluit voor de locatie [locatie 5] ertoe strekt dat het besluit pas werking verkrijgt nadat het besluit tot verlening van de Wnb-vergunning voor de locatie [locatie 1] onherroepelijk is geworden. Er kan derhalve nog gebruik worden gemaakt van de milieuvergunning beperkte milieutoets tot het moment waarop de Wnb-vergunning voor de locatie [locatie 1] onherroepelijk is geworden.
    
        Zonder nader voorschrift in de Wnb-vergunning zou niet gewaarborgd zijn dat het saldogevende bedrijf en het saldo-ontvangende bedrijf in de periode tussen de inwerkingtreding van de Wnb -vergunning en het onherroepelijk worden daarvan, tegelijkertijd in werking kunnen zijn.
    
        Het in de Wnb-vergunning opgenomen voorschrift strekt ertoe dat het bedrijf op de [locatie 1] pas in gebruik mag worden genomen, nadat de Wnb-vergunning onherroepelijk is geworden. Dat is immers het moment waarop ‘de intrekking van de vergunde rechten […] heeft plaatsgevonden’, zoals het voorschrift bepaalt. Bovendien mag de locatie [locatie 1] pas in gebruik worden genomen nadat het intrekkingsbesluit van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets onherroepelijk is. Dat laatste is overigens het geval.
    
        Met het aan de vergunning verbonden voorschrift is naar het oordeel van de Afdeling gewaarborgd dat beide bedrijven niet tegelijkertijd in werking kunnen zijn en ammoniakemissie kunnen veroorzaken.
    
        Het betoog faalt.
    
    9.12.    Ter zitting heeft BMF gesteld dat uit de door haar overgelegde landbouwtellinggegevens volgt dat op het bedrijf [locatie 5] in 2016 nog varkens werden gehouden. BMF heeft de beroepsgrond dat het college onvoldoende heeft onderzocht of de varkenshouderij aan het [locatie 5] te Mariahout ten tijde van de intrekking van de vergunning nog kon worden hervat zonder dat daarvoor een vergunning voor de realisering van een project op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is vereist, ingetrokken.
    
    9.13.    Ter zitting heeft [vergunninghouder] verklaard dat de varkenshouderij [locatie 5], dat de huidige locatie van het bedrijf is, nog steeds feitelijk in bedrijf is. Het betoog van BMF dat het college zich er niet van heeft verzekerd dat uitgesloten is dat de depositie van de ingetrokken omgevingsvergunning beperkte milieutoets waarmee wordt gesaldeerd ook kan worden vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS, slaagt.
    
    [locatie 7] te Helvoirt
    
    10.    BMF stelt dat uit de melding op grond van het Activiteitenbesluit, die wordt gebruikt voor de externe saldering met het bedrijf [locatie 7] te Helvoirt, niet blijkt welk deel van de veestapel niet langer op dat bedrijf zal worden gehouden. Volgens BMF bestaat er daardoor geen directe samenhang tussen de gedeeltelijke intrekking van de melding voor het bedrijf [locatie 7] en de verlening van de Wnb-vergunning voor de varkenshouderij van [vergunninghouder].
    
    10.1.    Het bedrijf [locatie 7] te Helvoirt heeft op 23 februari 2016 een melding op grond van het Activiteitenbesluit gedaan in verband met een wijziging (verkleining) van de veestapel, die zal leiden tot een afname van ammoniakemissie met 1098,4 kg/NH3/jr. In de melding staat dat deze wordt gedaan ten behoeve van saldering met twee agrarische bedrijven, waaronder de locatie [locatie 1] te Sint-Oedenrode (overname van 678,3 kg/NH3/jr). Bij de melding is een bijlage gevoegd waaruit volgt dat ten behoeve van de saldering met het bedrijf [locatie 1] te Sint-Oedenrode, de verkleining van de veestapel met 54 melkkoeien, 2 stuks vrouwelijk jongvee en 3 pony’s in opfok (jonger dan 3 jaar), die gezamenlijk een ammoniakemissie van 678,3 kg/NH3/jr veroorzaken, wordt gemeld. Het betoog van BMF dat niet duidelijk is op welk deel van de veestapel de melding betrekking heeft, mist feitelijke grondslag.
    
    10.2.    Het college heeft niet onderzocht of het houden van 54 melkkoeien, 2 stuks vrouwelijk jongvee en 2 pony’s in opfok op het bedrijf [locatie 7] te Helvoirt feitelijk was beëindigd voor 1 juli 2015. Het betoog van BMF dat het college zich er niet van heeft verzekerd dat uitgesloten is dat de depositie van de (wijziging) melding Activiteitenbesluit van het bedrijf [locatie 7] te Helvoirt, waarmee wordt gesaldeerd, ook kan worden vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS, slaagt.
    
    [locatie 8]-[locatie 9] te Sint-Oedenrode
    
    11.    BMF stelt dat het besluit tot intrekking van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets van het bedrijf [locatie 8]-[locatie 9] onduidelijk is, omdat enerzijds wordt aangegeven dat de vergunning geheel wordt ingetrokken en anderzijds wordt aangegeven dat er nog 135 gespeende biggen, 8 kraamzeugen en 34 guste/drachtige zeugen en een beer mogen worden gehouden.
    
        Verder stelt BMF dat het college onvoldoende heeft onderzocht of de varkenshouderij aan de [locatie 8]-[locatie 9] ten tijde van de intrekking van de vergunning nog kon worden hervat zonder dat daarvoor een vergunning voor de realisering van een project op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is vereist. Dit klemt te meer nu uit landbouwtellingen blijkt dat op dit bedrijf tot 2010 dieren zijn gehouden, aldus BMF.
    
        Verder herhaalt BMF haar standpunt dat niet kan worden gesaldeerd met een omgevingsvergunning beperkte milieutoets, en dat niet duidelijk is dat het intrekkingsbesluit bevoegd is genomen.
    
    11.1.    Het college stelt dat het intrekkingsbesluit een kennelijke verschrijving bevat, maar dat uit de overwegingen en de bijgevoegde diertabel duidelijk volgt welk deel van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets wordt ingetrokken voor de saldering met het bedrijf [locatie 1].
    
    11.2.    Op 2 januari 1979 is voor het bedrijf [locatie 9] een Hinderwetvergunning verleend voor het oprichten en inwerking hebben van een varkenshouderij. Op 1 november 1994 is een melding verandering inrichting ingediend. De vergunning was verleend voor het houden van 560 gespeende biggen, 5 dekberen, 144 guste/dragende zeugen en 42 kraamzeugen.
    
        Op 15 oktober 2004 is in verband met de samenvoeging tot één inrichting van de bedrijven [locatie 8] en [locatie 9] een de gehele inrichting omvattende vergunning krachtens artikel 8.4, eerste lid, van de Wet milieubeheer verleend. Deze milieuvergunning betreft een zeugen- en rundveehouderij gelegen aan de [locatie 8] en [locatie 9] te Sint-Oedenrode. De vergunning heeft betrekking op 32 melk- en kalfkoeien, 23 stuks jongvee, 804 gespeende biggen, 246 guste- en dragende zeugen, 66 kraamzeugen, 2 dekberen en 6 opfokzeugen. Deze vergunning wordt na 1 januari 2013 gelijkgesteld met een omgevingsvergunning beperkte milieutoets.
    
        Op 22 januari 2015 is de omgevingsvergunning beperkte milieutoets van 15 oktober 2004 gedeeltelijk ingetrokken in verband met de splitsing van de bedrijven [locatie 8] en [locatie 9]. De intrekking heeft betrekking op het deel van de inrichting gevestigd aan de [locatie 8]. Na het besluit van 22 januari 2015 mogen op nummer 5 geen dieren meer worden gehouden. Op nummer 7 mogen na het intrekkingsbesluit nog de volgende dieren worden gehouden: 560 gespeende biggen, 42 kraamzeugen, 147 guste en dragende zeugen en 1 dekbeer.
    
        In april 2016 is verzocht om gedeeltelijke intrekking van deze vergunning voor saldering met de locatie [locatie 1]. Het verzoek betreft 425 gespeende biggen, 34 kraamzeugen, 113 guste en dragende zeugen.
    
        Op 3 mei 2016 is de omgevingsvergunning beperkte milieutoets ingetrokken ten behoeve van de saldering met de locatie [locatie 1] te Sint-Oedenrode. Het besluit vermeldt dat besloten wordt de vergunning ‘geheel in te trekken’ en dat de intrekking betrekking heeft op 425 gespeende biggen, 34 kraamzeugen, 113 guste en dragende zeugen. Uit de overwegingen in het besluit en de bijgevoegde diertabel volgt dat na de intrekking in de inrichting nog 135 gespeende biggen, 8 kraamzeugen 34 guste en dragende zeugen en 1 dekbeer, mogen worden gehouden.
    
        Op 14 april 2016 is een overeenkomst over de overname van de ammoniakemissie gesloten.
    
    11.3.    De Afdeling volgt het college in zijn standpunt dat het intrekkingsbesluit van 3 mei 2016 een kennelijke verschrijving bevat waar het vermeldt dat de omgevingsvergunning beperkte milieutoets geheel wordt ingetrokken. Uit het besluit en de overwegingen volgt duidelijk op welk veebestand de intrekking ziet en welk veebestand na de intrekking op het adres [locatie 9] nog mag worden gehouden.
    
        Zoals volgt uit 6.3 kan de intrekking van een omgevingsvergunning beperkte milieutoets, mits voldaan wordt aan de vereisten voor externe saldering, als mitigerende maatregel worden betrokken in een passende beoordeling.
    
        Niet in geschil is dat de bedrijfsgebouwen van de varkenshouderij [locatie 9] te Sint-Oedenrode nog aanwezig waren op het moment waarop de omgevingsvergunning beperkte milieutoets werd ingetrokken. Verder heeft het college gesteld dat op dat moment de stalinrichting binnen de gebouwen nog aanwezig was. Dat uit de landbouwtellingen volgt dat vanaf 2011 ter plaatse feitelijk geen vee meer wordt gehouden is, zoals volgt uit 6.6 niet relevant. De Afdeling is gelet hierop van oordeel dat er voor het college geen aanleiding bestond nader te onderzoeken of in de bestaande stallen vee kon worden gehouden overeenkomstig de omgevingsvergunning beperkte milieutoets.
    
        De vraag of het besluit tot intrekking van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets al dan niet bevoegd in mandaat is genomen is zoals overwogen in 6.7 niet relevant in deze procedure.
    
    11.4.    BMF stelt dat bij de berekening van de te salderen emissie op de referentiedatum 10 juni 1994 ten onrechte is uitgegaan van 2661 kg/NH3/jr. De Hinderwetvergunning uit 1987 voor [locatie 8] en de Hinderwetvergunning uit 1979 voor [locatie 9] waren volgens BMF op grond van artikel 27, derde lid, van de Hinderwet gedeeltelijk van rechtswege vervallen, doordat ter plaatse minder vee werd gehouden dan was vergund. BMF leidt dit af uit landbouwtellinggegevens uit de jaren 1987-1993, die zij heeft overgelegd. Volgens BMF kan hooguit worden gesaldeerd met een emissie van 1300 tot 1400 kg.
    
    11.5.    Het college stelt dat voor de uitgangssituatie op de referentiedatum 10 juni 1994 alleen de vergunde situatie op de locatie [locatie 9] relevant is. De Hinderwetvergunning uit 1979 heeft betrekking op 196 fokzeugen (49 kraamzeugen en 147 guste en dragende zeugen), 320 gespeende biggen en 5 beren met een emissie van 1272,4 kg/NH3/jr. De intrekking van de omgevingsvergunning beperkte milieutoets, waarmee uiteindelijk gesaldeerd is, betreft een veebestand met een ammoniakemissie van 1050,1 kg/NH3/jr. De door BMF overgelegde landbouwtellinggegevens zijn volgens het college niet relevant omdat deze betrekking hebben op het adres [locatie 8].
    
    11.6.    De Afdeling stelt vast dat de op 2 januari 1979 verleende Hinderwetvergunning voor de locatie [locatie 9] te Sint-Oedenrode, de vergunde situatie betreft op de referentiedatum 10 juni 1994. Voor de vraag of deze Hinderwetvergunning gedeeltelijk is vervallen op grond van artikel 27, derde lid, van de Hinderwet, is bepalend in welke omvang de inrichting in de periode van 2 januari 1979 tot 1 maart 1993, de datum waarop artikel 27 van de Hinderwet is komen te vervallen, in werking is geweest. Op grond van dit artikellid is de bedoelde vergunning vervallen, voor zover gedurende drie achtereenvolgende jaren een veebestand is gehouden dat kleiner is dan het vergunde veebestand of een daarmee wat de ammoniakemissie betreft gelijk te stellen veebestand. Naar het oordeel van de Afdeling is het college in een geval als het onderhavige, waarbij geen tekenen aanwezig waren dat gedurende tenminste drie achtereenvolgende jaren minder dieren in de inrichting werden gehouden, bij het verlenen van de vergunning niet verplicht ambtshalve onderzoek te verrichten naar de vraag of een Hinderwetvergunning eventueel gedeeltelijk is vervallen op grond van artikel 27, derde lid, van de Hinderwet. Het ligt primair op de weg van BMF om feiten en omstandigheden aan te voeren die een begin van bewijs opleveren voor de juistheid van de stelling dat de vergunning voor de veehouderij gedeeltelijk is vervallen (vergelijk de uitspraak van de Afdeling van 20 mei 2015, ECLI:NL:RVS:2015:1587). Bij afwezigheid van dergelijke feiten of omstandigheden is het college niet gehouden te onderzoeken of de Hinderwetvergunning van rechtswege geheel of ten dele was vervallen. In dit geval is van dergelijke feiten en omstandigheden niet gebleken. De door BMF overgelegde landbouwtellinggegevens uit de jaren 1987 - 1993 hebben betrekking op de locatie [locatie 8] en zijn zoals het college terecht stelt, niet relevant voor de locatie [locatie 9].
    
        Het betoog faalt.
    
    11.7.    Uit de overgelegde landbouwtellingen die vanaf 1999 betrekking hebben op de samengevoegde adressen nr. 5 en 7 volgt dat op het bedrijf vanaf 2011 geen vee meer wordt gehouden. Hieruit kan worden afgeleid dat het bedrijf feitelijk is beëindigd voor 1 juli 2015. Het college heeft zich er dan ook van kunnen verzekeren dat uitgesloten is dat de depositie van de ingetrokken omgevingsvergunning beperkte milieutoets van het bedrijf [locatie 9] te Sint-Oedenrode, waarmee wordt gesaldeerd, ook wordt vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS.
    
        Het betoog faalt.
    
    [locatie 10] te Mariahout
    
    12.    BMF stelt dat het college onvoldoende heeft onderzocht of de melkveehouderij aan de [locatie 10] te Mariahout ten tijde van de melding op grond van het Activiteitenbesluit in verband met het houden van minder vee, nog kon worden hervat zonder dat daarvoor een vergunning voor de realisering van een project op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is vereist.
    
    12.1.    Het bedrijf [locatie 10] te Mariahout heeft op 3 oktober 2016 een melding op grond van het Activiteitenbesluit gedaan in verband met een wijziging (verkleining) van de veebezetting. Gemeld is dat de veestapel met 10 melkkoeien en 2 stuks jongvee zal afnemen. De melding wordt gedaan ten behoeve van de saldering met het bedrijf [locatie 1] te Sint-Oedenrode. De overeenkomst over de overname van de ammoniakrechten is gesloten op 26 september 2016.
    
    12.2.    Niet in geschil is dat de bedrijfsgebouwen van het bedrijf [locatie 10] te Mariahout nog aanwezig waren op het moment waarop de milieutoestemming werd ingetrokken. Verder heeft het college gesteld dat op dat moment de stalinrichting binnen de gebouwen nog aanwezig was. Gelet hierop en op de in het dossier aanwezige foto’s van de inrichting, die ten tijde van de intrekking van de milieutoestemming zijn gemaakt, bestond er voor het college geen aanleiding nader te onderzoeken of in de bestaande stallen vee kon worden gehouden overeenkomstig de ingetrokken milieutoestemming.
    
    12.3.    Het college heeft niet onderzocht of de verkleining van de veestapel met 10 melkkoeien en 2 stuks vrouwelijk jongvee op het bedrijf [locatie 10] te Mariahout feitelijk heeft plaatsgevonden voor 1 juli 2015. Het betoog van BMF dat het college zich er niet van heeft verzekerd dat uitgesloten is dat de depositie van de (wijziging) melding Activiteitenbesluit van het bedrijf [locatie 10], waarmee wordt gesaldeerd, ook kan worden vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS, slaagt.
    
    [locatie 11] te Ysselstein
    
    13.    Op 20 januari 1999 is voor het bedrijf [locatie 11] te Ysselstein een revisievergunning verleend voor het houden van 600 vleesvarkens. De inrichting valt sinds 1 januari 2013 onder het Activiteitenbesluit. Het bedrijf heeft op 25 oktober 2017 een melding op grond van het Activiteitenbesluit gedaan in verband met een wijziging (verkleining) van de veebezetting. Gemeld is dat de veestapel met 38 vleesvarkens zal afnemen. De melding wordt gedaan ten behoeve van de saldering met het bedrijf [locatie 1] te Sint Oedenrode.
    
    13.1.    Het college heeft niet onderzocht of de afname van de veebezetting met 38 vleesvarkens op het bedrijf [locatie 11] te Ysselstein feitelijk heeft plaatsgevonden voor 1 juli 2015. Het betoog van BMF dat het college zich er niet van heeft verzekerd dat uitgesloten is dat de depositie van de ingetrokken milieumilieuvergunning, waarmee wordt gesaldeerd, ook kan worden vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS, slaagt.
    
    [locatie 12] te St. Anthonis
    
    14.    BMF stelt dat bij de berekening van de te salderen emissie op de referentiedatum 10 juni 1994 en 7 december 2004 ten onrechte is uitgegaan van de milieuvergunning uit 2006, op grond waarvan volgens het college - na een eerdere gedeeltelijke intrekking in 2015 - nog 13.851 vleeskalkoenen met een totale ammoniakemissie van 9418,68 kg/NH3/jr, mochten worden gehouden. Ten tijde van de referentiedata gold, zo stelt BMF, de Hinderwetvergunning uit 1991 voor 18.000 ouderdieren van vleeskalkoenen in opfok tot 6 weken en 9000 ouderdieren van vleeskalkoenen in opfok ouder dan 6 weken en jonger dan 30 weken, met een totale emissie van 6930 kg/NH3/jr. Deze hoeveelheid, die minder is dan de emissie die gebruikt is voor de externe saldering, is volgens BMF het maximum dat kan worden ingezet voor externe saldering op de referentiedata 10 juni 1994 en 7 december 2004.
    
        Voorts wijst BMF erop dat bij de eerdere gedeeltelijke intrekking van de milieuvergunning uit 2006 al 8941 kg/NH3/jr is overgedragen ten behoeve van externe saldering aan andere agrarische bedrijven. BMF verbindt hieraan de conclusie dat inmiddels meer dan de totale voor externe saldering in aanmerking komende emissie van 6930 kg/NH3/jr, is uitgegeven. De aan [vergunninghouder] overgedragen emissie kan dan ook volgens BMF niet worden gebruikt voor externe saldering.
    
        Verder stelt BMF dat de vergunning uit 2006, waarbij het houden van kalkoenen of het stallen van caravans was vergund, op grond van artikel 8.18, eerste lid, van de Wet milieubeheer is vervallen voor zover daarbij het houden van kalkoenen is vergund, omdat de inrichting niet inwerking is gebracht en de gebouwen nu voor caravanstalling worden gebruikt.
    
        Tot slot stelt BMF dat het college onvoldoende heeft onderzocht of het houden van kalkoenen ten tijde van het sluiten van de overeenkomst over de overdracht van de emissierechten nog kon worden hervat zonder dat daarvoor een vergunning voor de realisering van een project op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is vereist. Het bedrijf is immers geheel in gebruik als caravanstalling.
    
    14.1.    Het college stelt dat de in 1991 verleende Hinderwetvergunning geen betrekking had op het houden van kalkoenen in opfok, maar op het houden van slachtkalkoenen. Het college leidt dit af uit een brief van 30 mei 1991 van de vergunninghouder, uit vergunningvoorschrift 2.1.5 van de vergunning uit 1991 en uit de beschrijving van de in 1991 vergunde situatie zoals die is opgenomen in de milieuvergunning uit 2006. De vergunde situatie op de referentiedatum had, zo stelt het college, betrekking op 18.360 kg ammoniak (27.000 slachtkalkoenen/emissiefactor 0,68). Na een eerdere gedeeltelijke intrekking van de vergunning resteert nog een vergund veebestand van 13.851 vleeskalkoenen, met een totale ammoniakemissie van 9418,7 kg, aldus het college. Dit resterende deel is ingetrokken ten behoeve van het bedrijf van [vergunninghouder].
    
        Het college stelt voorts dat de milieuvergunning uit 2006 voor zover deze betrekking heeft op het houden van vleeskalkoenen niet van rechtswege is vervallen. Op het bedrijf zijn volgens het college tot 2007 vleeskalkoenen gehouden, daarna is de bedrijfsvoering gewijzigd in een caravanstalling. Omdat de bedrijfsgebouwen ter plaatse nog aanwezig zijn en de milieuvergunning is verleend voor het houden van kalkoenen in een ‘overig huisvestingssysteem’, gaat het college ervan uit dat de stallen zonder dat daarvoor een vergunning voor de realisering van een project op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is vereist, opnieuw in gebruik kunnen worden genomen voor het houden van kalkoenen.
    
    14.2.    Op 23 april 1991 is voor het bedrijf aan de [locatie 13] te St. Anthonis (later gewijzigd in [locatie 12]) een revisievergunning verleend. Op het aanvraagformulier voor deze vergunning is vermeld dat vergunning wordt gevraagd voor kalkoenen, ‘p1 18.000; p1= tot 6 weken’ en ‘p2 9.000; p2 = 6 tot 19 weken’. Vergunningvoorschrift 2.1.5 luidt: "In de inrichting mogen ten hoogste de navolgende aantallen dieren aanwezig zijn: 27.000 slachtkalkoenen".
    
        Het college heeft een brief van 30 mei 1991 van de vergunninghouder aan het college van burgemeester en wethouders van Oploo overgelegd. In deze brief staat:
    
    "Zeer recent heeft U aan de maatschap een vergunning ingevolge de Hinderwet verleend voor het exploiteren van een kalkoenenhouderij aan de Vlagberg ong. te St. Anthonis. Volgens voorschrift 2.1.5 van de hinderwetvergunning mogen er maximaal in de inrichting worden gehouden:
    
    18.000 kalkoenen (0 - 6 weken)
    
      9.000 kalkoenen (6-19 weken)
    
    […]
    
    Geconstateerd moet worden dat op het bedrijf altijd slachtkalkoenen zijn gehouden en geen opfokdieren, hetgeen betekent dat een onderverdeling in leeftijd overbodig is.
    
    […]
    
    Gaarne zouden wij de gemaakte fout in de hinderwetvergunning herstellen, in die zin dat voorschrift 2.1.5 als volgt wordt aangepast:
    
    In de inrichting mogen ten hoogste de navolgende dieren aanwezig zijn: 27.000 slachtkalkoenen.
    
    Wij stellen voor deze aanpassing te doen met behulp van een kennisgeving ex 1a van de Hinderwet en verzoeken u daarvoor om uw medewerking".
    
        Bij besluit van 28 augustus 2006 is een nieuwe, de gehele inrichting omvattende milieuvergunning verleend. Deze nieuwe milieuvergunning is een zogenoemde "of/of"-vergunning. De vergunning is verleend voor het houden van 27.000 vleeskalkoenen in stalsysteem F 4.100, met een totale ammoniakemissie van 18.360 kg/NH3/jr of de stalling van 152 caravans. In deze milieuvergunning is beschreven dat de Hinderwetvergunning van 23 april 1991 betrekking heeft op het houden van 27.000 vleeskalkoenen in overige huisvestingssystemen.
    
        Bij besluit van 5 maart 2015 is de vergunning van 28 augustus 2006 gedeeltelijk ingetrokken ten behoeve van externe saldering met diverse agrarische bedrijven. De intrekking heeft betrekking op 13.149 vleeskalkoenen met een ammoniakemissie van 8941,3 kg/NH3/jr. Volgens dit besluit mogen op grond van de vergunning uit 2006 nog 13.851 vleeskalkoenen worden gehouden in een overig huisvestingssysteem (F 4.100).     
    
        Op 3 mei 2018 is verzocht om intrekking van de vergunning van 28 augustus 2006 zover deze ziet op het houden van 13.851 vleeskalkoenen, met een totale ammoniakemissie van 9418,7 kg/NH3/jr, ten behoeve van de verlening van de Wnb-vergunning voor de varkenshouderij van [vergunninghouder].
    
        Caravan Stalling de Staat en [vergunninghouder] hebben een overeenkomst gesloten over de overdracht van de ammoniakemissie van 9418,7 kg.
    
    14.3.    Zoals ook overwogen in 9.2 volgt uit de uitspraak van 13 november 2013, ECLI:NL:RVS:2013:1931 dat externe saldering alleen mogelijk is met ammoniakemissies die waren vergund op de referentiedatum en die ook nog aanwezig waren of konden zijn tot het moment van intrekking van de milieuvergunning of het sluiten van de overeenkomst over de overname van de vergunde ammoniakemissie ten behoeve van het saldo-ontvangende bedrijf. Indien na de referentiedatum aan de saldogever een vergunning is verleend voor een activiteit die minder ammoniakemissie tot gevolg heeft dan de op de referentiedatum voor hem geldende toestemming, dan kan uitsluitend die lagere emissie worden betrokken bij de externe saldering.
    
        In dit geval is 10 juni 1994 de relevante referentiedatum voor enkele Natura 2000-gebieden die zijn aangewezen ter uitvoering van de Vogelrichtlijn en is 7 december 2004 de relevante referentiedatum voor Natura 2000-gebieden die ter uitvoering van de Habitatrichtlijn zijn aangewezen.
    
    14.4.    Het bedrijf [locatie 12] beschikte op beide referentiedata over de revisievergunning die op 23 april 1991 is verleend. De Afdeling is van oordeel dat het college, gelet op het verzoek van 30 mei 1991 tot wijziging van voorschrift 2.1.5, het daadwerkelijk gewijzigde voorschrift in de vergunning en de beschrijving van de in 1991 vergunde rechten in de milieuvergunning uit 2006, er terecht vanuit is gegaan dat de Hinderwetvergunning betrekking heeft op 27.000 slachtkalkoenen, met een totale ammoniakemissie van 18.360 kg. Het betoog van BMF dat de vergunning uit 1991 betrekking had op kalkoenen in opfok met een lagere totale ammoniakemissie, faalt.
    
    14.5.    Het betoog van BMF dat de laagste emissie ontleend moet worden aan de milieuvergunning die op 28 augustus 2006 werd verleend voor het houden van 27.000 vleeskalkoenen of het stallen van 152 caravans, omdat deze van rechtswege zou zijn vervallen voor zover deze ziet op het houden van vleeskalkoenen, deelt de Afdeling niet. In de vergunning zijn geen beperkingen gesteld aan het mogen overschakelen van de ene naar de andere activiteit en omgekeerd, zodat uit het gegeven dat de stallen momenteel in gebruik zijn voor caravanstalling niet volgt dat de vergunning voor het houden van vleeskalkoenen van rechtswege is vervallen. Verder heeft BMF geen feiten en omstandigheden aangevoerd die een begin van bewijs opleveren voor de juistheid van haar stelling dat de vergunning voor de veehouderij op grond van artikel 8.18, eerste lid, aanhef en onder a, van de Wet milieubeheer, (gedeeltelijk) zou zijn vervallen, omdat de inrichting niet binnen drie jaar na het onherroepelijk worden van de vergunning zou zijn voltooid of in werking zou zijn gebracht. Zoals uit 14.4 volgt, en ook is beschreven in de milieuvergunning uit 2006, heeft de milieuvergunning betrekking op de voortzetting van een bestaande vleeskalkoenhouderij.
    
        Het betoog faalt.
    
    14.6.    Het in 14.5 overwogene betekent dat het bedrijf aan [locatie 12] - na de gedeeltelijke intrekking van de vergunning in 2015 - nog beschikt over een milieuvergunning voor het houden van 13.851 vleeskalkoenen, met een ammoniakemissie van 9418,7 kg/NH3/jr. Het betoog van BMF dat na de gedeeltelijke intrekking van de milieuvergunning geen emissie meer resteerde voor saldering, faalt.
    
    14.7.    Niet in geschil is dat de bedrijfsgebouwen van de voormalige kalkoenhouderij nog aanwezig zijn en - inmiddels meerdere jaren - in gebruik zijn als caravanstalling. De Afdeling is van oordeel dat voor het college in dit geval, waarin de voormalige agrarische bedrijfsbebouwing een nieuwe - niet agrarische - functie heeft gekregen, aanleiding bestond nader te onderzoeken of de kalkoenhouderij ten tijde van het sluiten van de overeenkomst over de overname van de emissierechten nog kon worden hervat overeenkomstig de milieuvergunning uit 2006, zonder dat daarvoor een vergunning voor de realisering van een project op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is vereist.
    
        Het betoog slaagt.
    
    14.8.    Niet in geschil is dat het houden van kalkoenen op het bedrijf [locatie 12] feitelijk was beëindigd op 1 juli 2015. Het college heeft zich er dan ook van kunnen verzekeren dat uitgesloten is dat de depositie van de ingetrokken milieuvergunning van het bedrijf [locatie 12], waarmee wordt gesaldeerd, ook wordt vrijgegeven als depositieruimte binnen het PAS.
    
        Het betoog faalt.
    
    Conclusie
    
    15.    In hetgeen BMF heeft aangevoerd ziet de Afdeling aanleiding voor het oordeel dat het college zich ten onrechte op basis van de salderingsberekening op het standpunt heeft gesteld dat verzekerd is dat de toename van depositie door de aangevraagde activiteit geheel teniet zal worden gedaan door de depositieafname van de saldogevende bedrijven. Het bestreden besluit is genomen in strijd met artikel 2.8, derde lid, van de Wnb, en artikel 3:2 van de Awb. Het beroep van BMF is gegrond. Het bestreden besluit dient te worden vernietigd. Het college dient met inachtneming van deze uitspraak opnieuw te beslissen op de aanvraag voor een vergunning op grond van artikel 2.7 van de Wnb.
    
    Proceskostenvergoeding
    
    16.    Het college dient op na te melden wijze tot vergoeding van de proceskosten van BMF te worden veroordeeld. De gevraagde reis- en verletkosten voor appellanten I. en W. van Wijk-van Berkel komen niet voor vergoeding in aanmerking omdat het namens hen ingediende beroep ongegrond is.
    
    Beslissing
    
    De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
    
    I.    verklaart het beroep van de Brabantse Milieufederatie en anderen tegen de besluiten van het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant van 9 december 2016, kenmerk Z/006317-37804, 2 augustus 2017, kenmerk Z/006317-62546 en 8 maart 2018, kenmerk Z/006317-85353, niet-ontvankelijk;
    
    II.    verklaart het beroep ingediend namens [zes anderen], tegen het besluit van het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant van 7 september 2018, kenmerk Z/041178-117423, ongegrond;
    
    III.    verklaart het beroep van de Brabantse Milieufederatie tegen het besluit van het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant van 7 september 2018, kenmerk Z/041178-117423, voor zover daarbij afwijzend is beslist op de aanvraag voor een vergunning op grond van artikel 16 van de Nbw 1998, ongegrond;
    
    IV.    verklaart het beroep van de Brabantse Milieufederatie tegen het besluit van het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant van 7 september 2018, kenmerk Z/041178-117423, voor zover daarbij een vergunning is verleend op grond van artikel 2.7 van de Wnb, gegrond;
    
    V.    vernietigt het besluit van het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant van 7 september 2018, kenmerk Z/041178-117423, voor zover daarbij een vergunning is verleend op grond van artikel 2.7 van de Wnb;
    
    VI.    veroordeelt het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant tot vergoeding van de bij de Brabantse Milieufederatie in verband met de behandeling van het beroep opgekomen proceskosten tot een bedrag van € 1753,50 (zegge: zeventienhonderddrieënvijftig euro en vijftig cent) geheel toe te rekenen aan door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand;
    
    VII.    gelast dat het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant aan de Brabantse Milieufederatie het door haar voor de behandeling van het beroep betaalde griffierecht ten bedrage van € 334,00 (zegge: driehonderdvierendertig euro) vergoedt.
    
    Aldus vastgesteld door mr. J.A. Hagen, voorzitter, en mr. G. van der Wiel en mr. J. Hoekstra, leden, in tegenwoordigheid van mr. J. Verbeek, griffier.
    
    w.g. Hagen    w.g. Verbeek
    voorzitter    griffier
    
    Uitgesproken in het openbaar op 19 december 2018
    
    388.