ECLI:NL:RVS:2019:872, Raad van State, 20-03-2019, 201605016/1/R2
Raad van State — Uitspraak 
Datum: 2019-03-20 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Bij besluit van 8 juni 2016 heeft het college aan [vergunninghouder] een vergunning krachtens artikel 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: Nbw 1998) verleend voor de uitbreiding en wijziging van mestverwerking op de bedrijfslocatie aan de [locatie 1] in Bergeijk.

201605016/1/R2.
    Datum uitspraak: 20 maart 2019
    AFDELING
    BESTUURSRECHTSPRAAK
    Tussenuitspraak met toepassing van artikel 8:51d van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: de Awb) in het geding tussen:
    de Stichting Groen Kempenland, gevestigd te Netersel, gemeente Bladel, en anderen,
    appellanten,
    en
    het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant,
    verweerder.
    Procesverloop
    Bij besluit van 8 juni 2016 heeft het college aan [vergunninghouder] een vergunning krachtens artikel 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: Nbw 1998) verleend voor de uitbreiding en wijziging van mestverwerking op de bedrijfslocatie aan de [locatie 1] in Bergeijk.
    Tegen dit besluit hebben de Stichting en anderen beroep ingesteld.
    Bij besluit van 24 augustus 2017, heeft het college aan [vergunninghouder] een gewijzigde vergunning krachtens artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming (hierna: Wnb) verleend.
    Bij besluit van 8 februari 2018 heeft het college het besluit van 8 juni 2016 ingetrokken.
    Het college heeft een verweerschrift ingediend.
    De Stichting Advisering Bestuursrechtspraak voor Milieu en Ruimtelijke Ordening heeft desverzocht een deskundigenbericht uitgebracht.
    De Stichting en anderen en het college hebben hun zienswijze daarop naar voren gebracht.
    De Stichting en anderen en het college hebben nadere stukken ingediend.
    De Afdeling heeft de zaak ter zitting behandeld op 29 augustus 2018, waar de Stichting en anderen, vertegenwoordigd door ir. A.K.M. van Hoof, rechtsbijstandverlener te Wageningen, en het college, vertegenwoordigd door A. Speekenbrink en J.B.H. Vos, zijn verschenen.
    Voorts is ter zitting [vergunninghouder], vertegenwoordigd door mr. J. van Groningen, advocaat te Middelharnis, en ing. R.J.M.B. Derks, als partij gehoord.
    Ter zitting heeft [vergunninghouder] nadere stukken en foto’s overgelegd. Na de zitting is aan de Stichting en anderen de gelegenheid geboden om schriftelijk te reageren op de ter zitting overgelegde stukken. Het college en [vergunninghouder] zijn vervolgens in de gelegenheid gesteld om daarop een reactie te geven, waarvan zij ook gebruik hebben gemaakt.
    Met toestemming van partijen heeft de Afdeling afgezien van een nadere behandeling van de zaak ter zitting en het onderzoek gesloten.
    Overwegingen
    1.    Ingevolge artikel 8:51d van de Awb, voor zover hier van belang, kan de Afdeling het bestuursorgaan opdragen een gebrek in het bestreden besluit te herstellen of te laten herstellen.
    Inleiding
    2.    Het college heeft in 2016 een vergunning verleend voor de uitbreiding van de bestaande bedrijfsvoering van [vergunninghouder], bestaande uit de verwerking van mest van derden. Sinds 2010 beschikt dit bedrijf over een omgevingsvergunning voor het verwerken van 25.000 m3 mest per jaar. Hierbij vinden de volgende activiteiten plaats: op- en overslag van mest, scheiden van mest in dikke en dunne fractie, zuiveren en indampen van dunne fractie mest, drogen dikke fractie mest en het pyrolyseren - ontleden en vergassen - van dikke fractie mest. De voorliggende vergunning is verleend voor uitbreiding van deze bedrijfsactiviteiten naar het verwerken van 200.000 m3 mest van derden per jaar. De Stichting en anderen hebben beroep ingesteld tegen deze vergunning, omdat zij stellen dat niet is uitgesloten dat dit zal leiden tot een toename van de stikstofdepositie op de omliggende Natura 2000-gebieden, terwijl de kritische depositiewaarden voor de stikstofgevoelige habitattypen in deze natuurgebieden in de huidige situatie reeds worden overschreden. In het besluit uit 2017 heeft het college de verleende vergunning gewijzigd en bij besluit van 8 februari 2018 heeft het college het eerdere besluit uit 2016 ingetrokken.
    Bevoegdheid
    3.    De Stichting en anderen betogen dat uit artikel 9.10, eerste en derde lid, van de Wnb volgt dat in dit geval de rechtbank bevoegd is en niet de Afdeling. In dit verband wijzen zij erop dat op 1 januari 2017 de Nbw 1998 is ingetrokken, de Wnb in werking is getreden en daarbij beroep in eerste aanleg bij de rechtbank is geïntroduceerd voor vergunningen die op grond van de Wnb zijn verleend. De Afdeling volgt de Stichting niet in haar betoog dat in dit geval de rechtbank bevoegd is om te oordelen over het latere besluit van 24 augustus 2017, dat is genomen op grond van de Wnb.
    3.1.    Artikel 9.10, eerste lid, van de Wnb luidt: "De op het tijdstip van inwerkingtreding van deze wet aanhangige procedures tot het nemen van een besluit krachtens de Natuurbeschermingswet 1998, de Flora- en faunawet of de Boswet, zijn aanhangig in de staat waarin zij zich op dat moment bevinden en worden vanaf het tijdstip van inwerkingtreding van deze wet overeenkomstig het bepaalde bij en krachtens deze wet behandeld."
        Het derde artikellid luidt: "Beroepszaken, gericht tegen besluiten krachtens de Natuurbeschermingswet 1998, de Flora- en faunawet of de Boswet die zijn bekendgemaakt voor het tijdstip van inwerkingtreding van deze wet, worden behandeld en beslist overeenkomstig de bepalingen van die desbetreffende wetten."
    3.2.    Aangezien het besluit van 8 juni 2016 dat is genomen krachtens artikel 19d van de Nbw 1998 is ingetrokken, ligt in deze procedure uitsluitend nog het besluit van 24 augustus 2017 dat is genomen krachtens artikel 2.7 van de Wnb ter beoordeling voor aan de Afdeling. In beginsel is de rechtbank bevoegd om in eerste aanleg van besluiten op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb kennis te nemen. In dit geval is echter tijdens de procedure bij de Afdeling een dergelijk besluit genomen, waardoor artikel 6:19, eerste lid, van de Awb van toepassing is. De toepassing van dit artikel leidt ertoe dat de Afdeling bevoegd is om kennis te nemen van het beroep van rechtswege van de Stichting en anderen tegen het besluit van 24 augustus 2017. De latere intrekking van het oorspronkelijke besluit maakt dat niet anders, gelet op de formulering van artikel 6:19, eerste lid, van de Awb. Het overgangsrecht dat is opgenomen in artikel 9.10 van de Wnb staat evenmin in de weg aan de toepassing van artikel 6:19, eerste lid, van de Awb. De Afdeling ziet dan ook geen aanleiding om zich onbevoegd te verklaren om van het beroep kennis te nemen.
        Overigens hebben de Stichting en anderen ter zitting meegedeeld dat zij geen bezwaren hebben tegen het besluit van 8 februari 2018, zodat ten aanzien van dat besluit geen beroep van rechtswege als bedoeld in artikel 6:19 Awb is ontstaan. Over dat laatste besluit zal de Afdeling dan ook geen oordeel geven.
    Ingetrokken beroepsgronden
    4.    Ter zitten hebben de Stichting en anderen de betogen ingetrokken die betrekking hadden op de het uitgangspunt van 300 dagen per jaar bij de berekeningen van de emissie van ammoniak en stikstof en op de verhouding tussen NO en NO2 bij de berekeningen van de NOx-emissie.
    Relativiteit
    5.    Artikel 8:69a van Awb luidt: "De bestuursrechter vernietigt een besluit niet op de grond dat het in strijd is met een geschreven of ongeschreven rechtsregel of een algemeen rechtsbeginsel, indien deze regel of dit beginsel kennelijk niet strekt tot bescherming van de belangen van degene die zich daarop beroept."
    5.1.    De bepalingen in de Wnb over de beoordeling van projecten en andere handelingen die gevolgen kunnen hebben voor een Natura 2000-gebied, strekken ter bescherming van het behoud van de natuurwaarden in deze gebieden. Uit de uitspraak van de Afdeling van 13 juli 2011, ECLI:NL:RVS:2011:BR1412, volgt dat de individuele belangen van burgers bij het behoud van een goede kwaliteit van hun leefomgeving, waarvan een Natura 2000-gebied deel uitmaakt, zo verweven kunnen zijn met het algemene belang dat de Wnb beoogt te beschermen, dat niet kan worden geoordeeld dat de betrokken normen van de Wnb kennelijk niet strekken tot bescherming van hun belangen.
        Het beroep van de Stichting en anderen is mede ingesteld door [persoon], die aan de [locatie 2] in Bergeijk woont. De Afdeling stelt vast dat [persoon] op een afstand van ongeveer 1 kilometer van het dichtstbijzijnde Natura 2000-gebied "Leenderbos, Groote Heide & De Plateaux" woont. Gezien deze afstand bestaat geen duidelijke verwevenheid van het individuele belang van [persoon] bij het behoud van een goede kwaliteit van zijn directe leefomgeving met het algemene belang dat de Wnb beoogt te beschermen. De betrokken normen van de Wnb strekken daarom kennelijk niet tot bescherming van de belangen van [persoon]. Artikel 8:69a van de Awb staat er dan ook aan in de weg dat het bestreden besluit als gevolg van het door hem ingestelde beroep wordt vernietigd. Daarom zal in de einduitspraak het beroep van de Stichting en anderen, voor zover dat is ingesteld door [persoon], ongegrond worden verklaard.
    Nieuwe aanvraag
    6.    De Stichting en anderen voeren aan dat de aanvulling van de aanvraag van [vergunninghouder] op 9 mei 2017, geen aanvulling betreft van de eerdere gedane aanvraag op 20 november 2014, maar als een nieuwe aanvraag moet worden aangemerkt. Op de aanvraag uit 2014 heeft het college immers reeds op 8 juni 2016 een besluit genomen. Omdat sprake is van een nieuwe aanvraag, had een nieuw ontwerpbesluit ter inzage moeten worden gelegd en is op deze situatie niet het overgangsrecht van de Nbw 1998 van toepassing. Dit heeft tot gevolg dat bij de verlening van de vergunning op 24 augustus 2017 geen gebruik kon worden gemaakt van externe saldering, aldus de Stichting en anderen.
    6.1.    Niet in geschil is dat de vergunningaanvraag op 20 november 2014 en dus vóór 1 juli 2015 is ingediend. Als gevolg van de intrekking van het besluit van 8 juni 2016 is over de vergunningaanvraag uit 2014 een besluit genomen op 24 augustus 2017. Anders dan de Stichting en anderen betogen ligt aan het besluit van 24 augustus 2017 geen nieuwe aanvraag ten grondslag, maar nog steeds de aanvraag uit 2014. De wijzigingen in de aanvraag strekken niet zo ver dat daarmee een andere activiteit is aangevraagd, aangezien de gewijzigde aanvraag van 9 mei 2017 uitsluitend betrekking heeft op wijzigingen in de berekeningen van de stikstofdepositie. Op deze situatie waarin een vergunning is aangevraagd onder het regime van de Nbw 1998, maar daarover pas een besluit is genomen na de inwerkingtreding van de Wnb is artikel 9.10, eerste lid, van de Wnb van toepassing. Derhalve heeft het college in dit geval terecht een vergunning krachtens artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb verleend. Zoals de Afdeling eerder heeft overwogen in de uitspraak van 19 juli 2017, ECLI:NL:RVS:2017:1940 (onder 5.8), kan gelet op het bepaalde in artikel 5.13, eerste lid, van het Besluit natuurbescherming, gelezen in samenhang met artikel 5.5, derde lid, van de Wnb, bij een nieuw besluit over verlening van een gevraagde vergunning op grond van de Wnb, toepassing gegeven worden aan externe saldering. Derhalve slaagt dit betoog niet.
    Externe saldering
    7.    De Stichting en anderen betogen dat niet is gebleken dat van het saldogevende bedrijf - een veehouderij aan de Burgemeester Aartslaan 47 - nog in werking kon zijn overeenkomstig de voor dat bedrijf verleende milieuvergunning. De overgelegde foto’s van dat bedrijf zijn niet gedateerd of er is handmatig een datum erbij gezet en de foto’s zijn enkel genomen van de buitenkant. Hierdoor geven die foto’s geen uitsluitsel of de aanwezige stallen nog konden worden gebruikt voor het houden van vee op het moment van intrekking van de desbetreffende milieuvergunning. Ook wijzen de Stichting en anderen erop dat al jaren voordat de vergunning van dit bedrijf is ingetrokken, de bestemming van de gronden waarop dit bedrijf is gevestigd is gewijzigd in een recreatieve bestemming. Voor hervatting van de activiteiten waarvoor dit bedrijf een milieuvergunning had, zou een Nbw-vergunning nodig zijn geweest en is er geen sprake meer van de voortzetting van een project.
    7.1.    Ter zitting heeft [vergunninghouder] foto's overgelegd van de feitelijke situatie bij de veehouderij aan de Burgemeester Aartslaan 47, waaronder ook foto's van de binnenkant van de aanwezige stallen. Tevens heeft [vergunninghouder] van deze veehouderij een gecombineerde opgave uit 2014 in het kader van de Landbouwtelling en mestwetgeving overgelegd. Daaruit blijkt volgens [vergunninghouder] en het college dat ten tijde van de intrekking van de milieuvergunning - op 16 januari 2014 - van deze veehouderij de stallen nog in gebruik konden worden genomen.
    7.2.    De Afdeling overweegt dat uit de overgelegde foto's, die dateren van 7 maart 2014, blijkt dat de stallen destijds nog waren ingericht als dierenverblijf en dat de daarvoor benodigde voorzieningen nog aanwezig waren. De Afdeling volgt de Stichting en anderen daarom niet in hun betoog dat hervatting van dit bedrijf destijds niet mogelijk was zonder een vergunning op grond van artikel 19d van de Nbw 1998 (thans: artikel 2.7 van de Wnb). Voor zover de Stichting en anderen in hun nadere reactie op de overgelegde stukken erop hebben gewezen dat een voedersilo aan de noordzijde van een varkensstal niet meer aanwezig was, ziet de Afdeling op basis van de stukken geen reden om het college niet te volgen in het standpunt dat deze voedersilo weliswaar niet meer op die plek stond in 2014, maar wel - totdat die is verkocht in 2016 - aan de oostzijde van de bewuste varkensstal heeft gestaan. Die voedersilo is ook duidelijk te zien op die andere locatie op de foto van 13 maart 2014 die de Stichting en anderen bij hun nadere reactie hebben gevoegd. De Afdeling volgt de Stichting en anderen evenmin in hun stelling dat uit de overgelegde stukken zou blijken dat een deel van de zuidelijke muur van de varkensstal reeds was gesloopt in 2014 en daardoor niet meer in gebruik kon worden genomen. Uit de door het college overgelegde bouwtekening van 21 februari 2006 blijkt dat dit deel van de varkensstal werd gebruikt als overdekte uitloop voor zeugen, wat afdoende verklaart waarom het door de Stichting en anderen bedoelde deel van de varkensstal gedeeltelijk open is en daar een hek is aangebracht. Voorts hebben de Stichting en anderen gewezen op het ontbreken van de nokventilatoren in de stal. Uit het fotomateriaal kan echter worden afgeleid dat het ventilatiesysteem in 2014 nog aanwezig was in de varkensstal, aangezien op de foto's de emissiepunten op het dak van de stal duidelijk zichtbaar zijn. De veehouderij kon derhalve ten tijde van de intrekking van de milieuvergunning feitelijk nog in werking zijn. Daarmee is in zoverre voldaan aan het vereiste dat sprake moet zijn van een directe samenhang tussen de intrekking van de milieuvergunning en de verlening van de Wnb-vergunning.
    7.3.    De Stichting en anderen wijzen met juistheid erop dat aan de gronden van de veehouderij aan de Burgemeester Aartslaan 47 in het bestemmingsplan "Buitengebied Bergeijk 2011" de bestemming "Recreatie" is toegekend. Dit betekent echter niet dat deze veehouderij in 2014 niet haar bedrijfsactiviteiten had kunnen hervatten, want deze wijziging van het planologische regime in 2011 heeft niet ertoe geleid dat in 2014 de stallen van de veehouderij reeds waren gesloopt. In dit verband constateert de Afdeling dat binnen deze bestemming een nieuwe groepsaccommodatie op een perceel ten zuiden van de aanwezige, agrarische gebouwen is gerealiseerd. Bovendien is het geldende planologische regime niet doorslaggevend voor de vraag of hervatting van dit bedrijf destijds mogelijk was zonder Nbw-vergunning, aangezien een vergunning op grond van artikel 19d van de Nbw 1998 (thans: artikel 2.7 van de Wnb) niet wordt getoetst aan het geldende bestemmingsplan.
    7.4.    Het voorgaande leidt de Afdeling tot het oordeel dat het college bij de verlening van de vergunning in 2017 terecht de externe saldering van de veehouderij aan de Burgemeester Aartslaan 47 heeft betrokken. Dit betoog slaagt dan ook niet.
    Berekening stikstofdepositie
    8.    De Stichting en anderen voeren aan dat de berekende emissie van ammoniak bij de vergunningverlening ten onrechte is gebaseerd op het onderzoek van Buro Blauw, omdat daarin rekening is gehouden met een onnauwkeurigheid van 21 tot 40% bij de metingen bij een vergelijkbare mestverwerkingsinstallatie op een ander bedrijf. Volgens de Stichting en anderen wordt die onnauwkeurigheid in de metingen bij de berekeningen toegepast op een wijze die voordelig is voor de vergunninghouder, want de meetwaarde wordt verminderd met de marge in de meetonnauwkeurigheid. Gelet op het voorzorgbeginsel moet die marge in de onnauwkeurigheid van de metingen bij de meetwaarde worden opgeteld en dus in de berekeningen van de emissie worden uitgegaan van een hogere emissie, aldus de Stichting en anderen.
    8.1.    Het college stelt zich op het standpunt dat de onnauwkeurigheid in de metingen door middel van het betrouwbaarheidsinterval is verdisconteerd in de berekeningen van de ammoniakemissie. De vergunning die in 2017 is verleend is mede gebaseerd op het rapport 'ammoniakonderzoek', opgesteld door Driehuis advies B.V., van 12 november 2015. In bijlage 5 van dat rapport wordt verwezen naar bijlage 5 van een eerdere versie van dit rapport van 8 oktober 2015. In die bijlage 5 is een rapport opgenomen van Buro Blauw dat betrekking heeft op een onderzoek naar geur- en ammoniakemissie bij een bestaande mestdrooginstallatie aan de Hoebertweg 15 in America (Limburg). In dat rapport is onder andere vermeld dat volgens de Nederlandse Emissie Richtlijn (hierna: NeR) bij de toetsing van de emissie-eisen, de meetwaarden gecorrigeerd moeten worden voor de onnauwkeurigheid van de meting. Als maat voor deze onnauwkeurigheid van de meetmethode wordt het tweezijdig 95% betrouwbaarheidsinterval gebruikt. Het gemiddelde van de metingen telt als het resultaat van een afzonderlijke meting. Hierbij wordt in het rapport van Buro Blauw verwezen naar paragraaf 3.7.5 van de NeR.
    8.2.    In de NeR - die per 1 januari 2016 is opgegaan in het Activiteitenbesluit milieubeheer (Stb. 2015, 337) - was over dit punt het volgende vermeld: "Iedere meetmethode (en meetresultaat) heeft een bepaalde onzekerheid. De meetonzekerheid is opgebouwd uit onzekerheidsbronnen bij de monsterneming, monsterbehandeling en analyse. De grootte van de meetonzekerheid kan worden ontleend aan de betreffende meetnorm of kan worden geschat door de meetinstantie die de metingen uitvoert. In tabel 4 is een overzicht opgenomen van maximaal te hanteren meetonzekerheden, als percentage van de emissie-eis. Deze waarden zijn inclusief de eventuele herleidingsmetingen die worden uitgevoerd bij de concentratiebepaling. (Als maat voor de meetonzekerheid wordt in de NeR het 95% betrouwbaarheidsinterval (95% BI) gehanteerd. Dit betekent dat de kans dat de ware waarde zich binnen dit interval bevindt 95% is). (…) Voordat het bevoegd gezag de afzonderlijke meting aan de emissie-eis toetst, moet de meetonzekerheid (zie §3.7.5 Controle door meting, de teksten over meetonzekerheid bij afzonderlijke metingen) van het meetresultaat worden afgetrokken. De meetonzekerheid wordt dus uitgelegd ten gunste van het bedrijf. Als het resultaat van de meting, verminderd met de meetonzekerheid van de meetmethode, de emissie-eis niet te boven gaat, is aan de emissie-eis voldaan."
        Zoals reeds is opgemerkt is de NeR opgevolgd door het Activiteitenbesluit. De Nota van Toelichting bij het Activiteitenbesluit verwijst naar het 'Informatiedocument Industriële Emissies', dat is te raadplegen op de website van Infomil en 4 handleidingen omvat, waaronder de 'Handleiding Luchtemissies van bedrijven'. In die handleiding wordt verwezen naar de publicatie van Infomil 'L40 Handleiding Meten van luchtemissies', waarin in paragraaf 3.2.3 een vergelijkbare toelichting over het omgaan met meetonzekerheid bij berekeningen is opgenomen.
    8.3.    Uit het bovenstaande volgt dat het betrouwbaarheidsinterval van 95% zoals dat in de voormalige NeR en het Activiteitenbesluit wordt gehanteerd van belang is voor de vraag of aan de emissie-eis is voldaan, maar niet doorslaggevend is voor de vraag of in dit geval de ammoniakemissie van de mestverwerkingsinstallatie juist is berekend. De berekening van de ammoniakemissie van de vergunde activiteiten heeft het college gebaseerd op de ammoniakemissie zoals die bij een vergelijkbare, bestaande mestverwerkingsinstallatie is gemeten. Zoals ook blijkt uit tabel 4.5 in het rapport van Buro Blauw, is het uitgangspunt van de berekeningen - een gemiddelde ammoniakemissie van 121 gram per uur - gebaseerd op het gemiddelde van drie metingen. Eén van die metingen was lager dan het gemiddelde en twee metingen lagen boven het gemiddelde. Omdat de berekeningen van de ammoniakemissie van de voorliggende vergunning zijn gebaseerd op een gemiddelde waarde van een aantal metingen, ziet de Afdeling geen aanleiding om het college niet te volgen in het standpunt dat de onnauwkeurigheid die inherent is aan de metingen, daarin reeds is verdisconteerd. Gezien het voorgaande is de Afdeling daarom van oordeel dat de Stichting en anderen niet aannemelijk hebben gemaakt dat het college op een onjuiste wijze rekening heeft gehouden met de onnauwkeurigheid in de metingen bij de berekening van de emissie van de aangevraagde activiteiten en de emissie van ammoniak hierdoor is onderschat.    
        Voor zover de meetonnauwkeurigheid die is verdisconteerd in de berekening van de ammoniakemissie in werkelijkheid tot een hogere emissie zou leiden, wijst de Afdeling erop dat de maximale emissie van ammoniak in de vergunning is vastgelegd. Daarbij is ook voorgeschreven dat die emissie moet worden gemeten en dat de meetrapporten daarvan aan het college moeten worden overgelegd. In het kader van die metingen is het eerdergenoemde 95% betrouwbaarheidsinterval relevant. Als zou worden geconstateerd dat de maximale emissie wordt overschreden, kan het college hiertegen handhavend optreden wegens overtreding van de vergunningvoorschriften. Dit kan in deze procedure echter niet aan de orde worden gesteld.
    9.    De Stichting en anderen betogen dat de voorschriften van de verleende Wnb-vergunning niet kunnen worden nageleefd, omdat de daarin opgenomen emissie- en depositiegetallen zijn gebaseerd op onjuiste berekeningen. Hierdoor is de maximale emissie van stikstof van 1.317,29 kg per jaar en de maximale emissie van ammoniak van 87 kg per jaar lager dan de werkelijke uitstoot. Hierbij wijzen zij erop dat dit ook wordt bevestigd door de bevindingen in het deskundigenbericht.
    9.1.    In het deskundigenbericht is de emissie van de diverse vergunde activiteiten nagerekend. Hierbij zijn de mestscheiding, de pyrolyse-installatie, de verkeersbewegingen van en naar de inrichting en de stationaire bronnen als afzonderlijke emissiebronnen van stikstof en ammoniak beoordeeld. Als de berekeningen in het deskundigenbericht worden vergeleken met die in de vergunning uit 2017 zijn daarbij een aantal aanzienlijke verschillen in de berekende emissie van stikstof en ammoniak te zien. Zo wordt voor de pyrolyse-installatie in het deskundigenbericht een twee keer zo hoge emissie van stikstof berekend en voor de stationaire bronnen een emissie van stikstof die de helft lager is dan waar het college bij de vergunningverlening van is uitgegaan. Ook wordt in het deskundigenbericht opgemerkt dat het college bij de vergunningverlening de vervoersbewegingen buiten beschouwing heeft gelaten, die volgens de berekeningen in het deskundigenbericht voor een emissie van 139,47 kg stikstof per jaar zorgen. In het deskundigenbericht is berekend dat de vergunde activiteiten tot een emissie van ammoniak van 75,5 kg per jaar en tot een emissie van stikstof van 1.522,83 kg per jaar leiden.
         Ondanks deze verschillen in de berekende emissie van stikstof en ammoniak wordt in het deskundigenbericht de conclusie van het college onderschreven dat - met inachtneming van de externe saldering - de vergunde activiteiten niet leiden tot een toename van de stikstofdepositie op de betrokken Natura 2000-gebieden.
    9.2.    Het college heeft bij brief van 16 april 2018 gereageerd op het deskundigenbericht. Daarin is vermeld dat de inhoud daarvan wordt beaamd en dat het college verder geen opmerkingen heeft. Ter zitting is namens het college bevestigd dat de omissies in de berekeningen, zoals die blijken uit het deskundigenbericht, worden onderkend en dat op basis van deze nieuwe inzichten een hogere emissie in de vergunning zou zijn opgenomen dan thans het geval is.
        De Afdeling overweegt dat de maximale emissie van ammoniak van 87 kg per jaar die in de vergunning is opgenomen in het deskundigenbericht is berekend op 75,5 kg per jaar. Dit komt door een iets ander uitgangspunt voor die berekening. Anders dan de Stichting en anderen betogen ziet de Afdeling op basis van de beschikbare berekeningen geen reden voor de verwachting dat de werkelijke emissie van ammoniak hoger zal zijn dan de maximale emissie in de vergunning. De Afdeling volgt de Stichting en anderen dan ook niet in hun betoog dat het voorschrift over de emissie van ammoniak niet kan worden nageleefd. In zoverre slaagt het betoog niet.
        Ten aanzien van de maximale emissie van stikstof van 1.317,29 kg per jaar treft het betoog van de Stichting en anderen wel doel. Naar het oordeel van de Afdeling hebben zij - mede gezien het deskundigenbericht - aannemelijk gemaakt dat de werkelijke emissie van stikstof van de vergunde activiteiten aanzienlijk hoger zal zijn en daardoor niet aan het vergunningvoorschrift zal kunnen worden voldaan. Het bestreden besluit is in zoverre genomen in strijd met de bij het voorbereiden van een besluit te betrachten zorgvuldigheid.
    Belgische natuurgebieden
    10.    De Stichting en anderen voeren aan dat bij de verlening van de vergunning voor de effecten op de natuurgebieden over de grens ten onrechte het Vlaamse toetsingskader is gebruikt, aangezien het bedrijf in Nederland ligt. Bovendien worden ook bij de Belgische natuurgebieden de kritische depositiewaarden al ruimschoots overschreden.
    10.1.    De Stichting en anderen hebben niet weersproken dat de methode die het college heeft gebruikt in overeenstemming is met het Vlaamse systeem voor de beoordeling van de gevolgen van stikstofdepositie. Zoals de Afdeling eerder heeft overwogen in de uitspraak van 27 december 2017, ECLI:NL:RVS:2017:3578 (onder 5), kunnen gezien de verplichtingen die voortvloeien uit artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn, ook de Vlaamse bevoegde autoriteiten slechts toestemming voor een activiteit verlenen wanneer zij op basis van de beste wetenschappelijke kennis, gelet op de specifieke kenmerken van de Vlaamse Natura 2000-gebieden, de zekerheid hebben verkregen dat de activiteit geen schadelijke gevolgen heeft voor de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied. De gehanteerde methode wordt in de praktijk bij vergunningprocedures in Vlaanderen toegepast en is gangbaar in Vlaanderen. Mede gelet op artikel 4, derde lid, van het Verdrag van de Europese Unie, mocht het college er in beginsel dan ook van uitgaan dat de methode voor de beoordeling van de gevolgen van de toename van stikstofdepositie in de Vlaamse Natura 2000-gebieden in overeenstemming is met artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn.
        Hetgeen de Stichting en anderen naar voren hebben gebracht geeft geen aanleiding om hierover thans anders te oordelen. Derhalve slaagt dit betoog niet.
    Conclusie en proceskosten
    11.    De Afdeling ziet in het belang bij een spoedige beëindiging van het geschil aanleiding het college op de voet van artikel 8:51d van de Awb op te dragen het onder 9.2 geconstateerde gebrek in het bestreden besluit te herstellen. Daartoe zal de Afdeling een termijn stellen. Hierbij hoeft het college geen toepassing te geven aan afdeling 3.4 van de Awb.
        Het college dient nieuwe berekeningen te maken van de emissie van stikstof van de diverse vergunde activiteiten en naar aanleiding daarvan de maximale emissie van stikstof (NOx) die is opgenomen in artikel III van de vergunning te wijzigen, en zo nodig ook de stikstofdeposities in bijlagen 1 en 2 bij de vergunning aan te passen. Daarbij dient het college inzichtelijk te maken dat ook na wijziging van de vergunning met zekerheid kan worden uitgesloten dat de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden worden aangetast. Overigens heeft [vergunninghouder] ter zitting meegedeeld dat eventueel kan worden ingestemd met het schrappen van de vergunde, maar nooit gerealiseerde pyrolyse-installatie en kan het college bij het nemen van het nieuwe besluit derhalve in overweging nemen om voor die aangevraagde activiteit de Wnb-vergunning alsnog te weigeren.
    12.    In de einduitspraak zal worden beslist over de proceskosten en vergoeding van het betaalde griffierecht.
    Beslissing
    De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
    draagt het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant op om binnen 12 weken na de verzending van deze tussenuitspraak met inachtneming van hetgeen daarin is overwogen:
    -    het besluit van 24 augustus 2017 tot verlening van een vergunning krachtens artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb, te herstellen door nieuwe berekeningen te maken van de emissie van stikstof van de diverse vergunde activiteiten en naar aanleiding daarvan de maximale emissie van stikstof (NOx) die is opgenomen in artikel III van de vergunning te wijzigen, en zo nodig ook de stikstofdeposities in bijlagen 1 en 2 bij de vergunning aan te passen. Daarbij dient het college inzichtelijk te maken dat ook na wijziging van de vergunning met zekerheid kan worden uitgesloten dat de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden worden aangetast;
    -    de Afdeling en de andere partijen de uitkomst van de opdrachten mede te delen en het gewijzigde besluit zo spoedig mogelijk op de wettelijk voorgeschreven wijze bekend te maken en mede te delen.
    Aldus vastgesteld door mr. J.C. Kranenburg, voorzitter, en mr. J. Kramer en mr. F.D. van Heijningen, leden, in tegenwoordigheid van mr. J.V. Vreugdenhil, griffier.
    w.g. Kranenburg    w.g. Vreugdenhil
    voorzitter    griffier
    Uitgesproken in het openbaar op 20 maart 2019
    571.