ECLI:NL:RVS:2018:2449, Raad van State, 18-07-2018, 201603773/1/R2
Raad van State — Uitspraak 
Datum: 2018-07-18 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Bij besluit van 24 september 2015 heeft de staatssecretaris een vergunning krachtens artikel 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: de Nbw 1998) verleend aan de minister van Defensie voor het bestaande gebruik, het uitvoeren van een herinrichting en het gebruik na de herinrichting van de gehele Vliegbasis Woensdrecht (hierna: de Nbw-vergunning). NAMIRO en andere stellen dat het gebruik van de vliegbasis Woensdrecht op basis van de Nbw-vergunning de natuurlijke kenmerken van een aantal omringende Natura 2000-gebieden zal aantasten, of in ieder geval dat het bevoegd gezag onvoldoende aandacht heeft gehad voor de negatieve gevolgen voor deze gebieden.

201603773/1/R2.
    Datum uitspraak: 18 juli 2018
    
    AFDELING
    BESTUURSRECHTSPRAAK
    
    Uitspraak in het geding tussen:
    
    Natuur- en Milieuvereniging NAMIRO Hoogerheide, gevestigd te Hoogerheide, gemeente Woensdrecht, en andere,
    appellanten,
    
    en
    
    de staatssecretaris van Economische Zaken (tegenwoordig: de minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit),
    verweerder.
    
    Procesverloop
    
    Bij besluit van 24 september 2015 heeft de staatssecretaris een vergunning krachtens artikel 19d van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: de Nbw 1998) verleend aan de minister van Defensie voor het bestaande gebruik, het uitvoeren van een herinrichting en het gebruik na de herinrichting van de gehele Vliegbasis Woensdrecht (hierna: de Nbw-vergunning).
    
    Bij besluit van 11 april 2016, kenmerk 492-14042, 14041, 14034, 14040, 14039, 14038, 14031, heeft de staatssecretaris het door NAMIRO en andere hiertegen gemaakte bezwaar gedeeltelijk gegrond verklaard, de Nbw-vergunning met een verbeterde motivering in stand gelaten, de aan de Nbw-vergunning verbonden voorschriften 2, 5, 11, 12 en 18 gewijzigd en de voorschriften 6 en 14 ingetrokken.
    
    Tegen dit besluit hebben NAMIRO en andere beroep ingesteld.
    
    Bij besluit van 24 november 2016, kenmerk DGAN-NB/16122468, heeft de staatssecretaris het aan de Nbw-vergunning verbonden voorschrift 11 gewijzigd.
    
    Bij besluit van 15 december 2016, DGAN-NB/16186902, heeft de staatssecretaris de aan de Nbw-vergunning verbonden voorschriften 6, 14, 15, 16 en 20 ingetrokken en een nieuw voorschrift 14 toegevoegd.
    
    De minister heeft een verweerschrift ingediend.
    
    De minister en NAMIRO en andere hebben nadere stukken ingediend.
    
    De minister heeft een aantal stukken over de exploitatie van de vliegbasis ingezonden. Daarbij heeft hij verzocht om beperkte kennisneming, als bedoeld in artikel 8:29 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb). De Afdeling heeft het verzoek om beperkte kennisneming toegewezen. De betrokken partijen is gevraagd om toestemming uitspraak te doen mede op grondslag van deze stukken, als bedoeld in artikel 8:29, vijfde lid, van de Awb. Deze toestemming is verkregen.
    
    De Afdeling heeft de zaak ter zitting behandeld op 20 maart 2018, waar NAMIRO en andere, vertegenwoordigd door mr. J.E. Dijk, advocaat te Haarlem, en [persoon], bijgestaan door [gemachtigde], en de minister, vertegenwoordigd door mr. H.J.M. Besselink, advocaat te Den Haag, en mr. H.D. Strookman, bijgestaan door een aantal deskundigen, zijn verschenen. Voorts zijn het Rijksvastgoedbedrijf, vertegenwoordigd door L.J. Pupping en de minister van Defensie, vertegenwoordigd door D.F.J. Stegmann, ter zitting als partij gehoord.
    
    Buiten bezwaren van partijen is ter zitting een nader stuk overgelegd. Dit stuk is de vergunning voor de uitbreiding van de testhal op de vliegbasis Woensdrecht die op 25 mei 2009 krachtens artikel 19d van de Nbw 1998 is verleend.
    
    Overwegingen
    
    Inhoudsopgave
    
    Inleiding en samenvatting (1 t/m 2)
    Procedure en toepasselijk recht (3 t/m 4)
    A. Passende beoordeling van het project als geheel (5)
    B. Inhoud onderzoeken en conclusies (6 t/m 14)
    C. Belangenafweging (artikel 19e van de Nbw 1998) (15)
    D. Voorschrift 15 van de vergunning (16)
    Slotconclusie en proceskostenveroordeling (17 t/m 20)
    
    Inleiding en samenvatting
    
    1.    NAMIRO en andere stellen dat het gebruik van de vliegbasis Woensdrecht op basis van de Nbw-vergunning de natuurlijke kenmerken van een aantal omringende Natura 2000-gebieden zal aantasten, of in ieder geval dat het bevoegd gezag onvoldoende aandacht heeft gehad voor de negatieve gevolgen voor deze gebieden. De beroepsgronden gaan over vier onderwerpen.
    
        Ten eerste (A) stellen NAMIRO en andere dat de vergunning is verleend voor één project waarvoor één passende beoordeling, zoals bedoeld in artikel 19f van de Nbw 1998, had moeten worden gemaakt, maar dat is niet gebeurd.
    
        Ten tweede (B) stellen NAMIRO en andere dat de gevolgen van een aantal deelactiviteiten van de vliegbasis onvoldoende zijn onderzocht en zijn onderschat. Zij noemen de gevolgen van het zogenoemde funnelbeheer, het luchtgebonden gebruik (het vliegen rond de vliegbasis), het gebruik van de stookinstallaties op de basis, het gebruik van het brandweeroefenterrein, het verkeer op en rond de basis en het proefdraaien van vliegtuigmotoren.
    
        Ten derde (C) stellen NAMIRO en andere dat een zorgvuldige weging van de natuurbelangen had moeten leiden tot beperktere gebruiksmogelijkheden van de vliegbasis dan voorheen.
    
        Tot slot (D) stellen NAMIRO en andere dat ten onrechte voorschrift 15 is geschrapt waarin bepalingen over de intrekking of wijziging van de Nbw-vergunning waren opgenomen.
    
    2.    Samengevat komt de Afdeling over deze onderwerpen tot de volgende oordelen.
    
        A. Namiro en andere hebben gelijk waar zij stellen dat niet een passende beoordeling is gemaakt voor het project als geheel. De Afdeling stelt echter vast dat alle gemaakte beoordelingen samen, wél alle onderdelen en gebruiksmogelijkheden van de vliegbasis dekken.
    
        B. De Afdeling concludeert vervolgens dat de beroepsgronden tegen de inhoud van de onderzoeken naar de gevolgen van de vliegbasis en de wijze waarop ter beperking van die gevolgen voorschriften zijn gesteld, op een paar punten slagen. Voor het funnelbeheer ontbreekt een voorschrift en voorschrift 11 over het brandstofgebruik door de stookinstallaties en het gebruik van het brandweeroefenterrein sluit niet aan bij de conclusies van de (deel)onderzoeken en bevat een onduidelijkheid.
    
        Ten aanzien van één beroepsgrond oordeelt de Afdeling in deze uitspraak niet. Dat is een beroepsgrond over de verkeerseffecten van de vliegbasis. De beoordeling van die effecten zijn mede gebaseerd op de uitvoering van beheermaatregelen. De Afdeling heeft in een uitspraak van 17 mei 2017, ECLI:NL:RVS:2017:1259 aan het Europese Hof van Justitie gevraagd of dit is toegestaan. Vooruitlopend op een antwoord op deze vraag kan de Afdeling in deze uitspraak hierover geen oordeel geven.
    
        C. De Afdeling oordeelt dat de afweging van natuurbelangen tegenover de belangen van het gebruik van de vliegbasis op één punt niet zorgvuldig is en aanvulling behoeft.
    
        D. De Afdeling oordeelt dat de beroepsgronden tegen het schrappen van voorschrift 15 van de Nbw-vergunning niet slagen.
    
        De eindconclusie is dat het besluit op bezwaar vanwege de geconstateerde gebreken (zie hiervoor onder B en C) moet worden vernietigd. De Afdeling geeft opdracht om een nieuwe beslissing op bezwaar te nemen. Ook treft de Afdeling een voorlopige voorziening die geldt tot het tijdstip van inwerkingtreding van het door de minister nieuw te nemen beslissing op bezwaar.
    
    Procedure en toepasselijk recht
    
    3.    De staatssecretaris heeft de Nbw-vergunning verleend voor het uitvoeren van een herinrichting van de militaire vliegbasis Woensdrecht en het gebruik van de vliegbasis na de herinrichting.
    
        Bij besluit van 24 november 2016 heeft de staatssecretaris het aan de Nbw-vergunning verbonden voorschrift 11 gewijzigd. Bij besluit van 15 december 2016 heeft de staatssecretaris de aan de Nbw-vergunning verbonden voorschriften 6, 14, 15, 16 en 20 ingetrokken en een nieuw voorschrift 14 toegevoegd.
    
        Deze besluiten zijn ingevolge artikel 6:19, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: de Awb) mede onderwerp van het geding. Het beroep van NAMIRO en andere wordt geacht mede te zijn gericht tegen deze besluiten. In deze uitspraak wordt de Nbw-vergunning zoals gewijzigd bij de besluiten van 24 november 2016 en 15 december 2016 als uitgangspunt voor de beoordeling genomen.
    
    4.    Op 1 januari 2017 is de Wet natuurbescherming (hierna: de Wnb) in werking getreden en is de Nbw 1998 ingetrokken. Omdat de bestreden besluiten zijn genomen voor 1 januari 2017, volgt uit artikel 9.10 van de Wnb dat dit geschil moet worden beoordeeld aan de hand van het voor die datum geldende recht.
    
        De relevante artikelen uit de Nbw 1998 zijn opgenomen in de bijlage die deel uitmaakt van deze uitspraak.
    
    A. Passende beoordeling van het project als geheel
    
    5.    NAMIRO en andere betogen dat de activiteiten waarvoor de Nbw-vergunning is verleend ten onrechte niet zijn beoordeeld als één project. Alle aspecten van de herinrichting en het gebruik (grondzijdig en luchtzijdig) van de vliegbasis hangen onlosmakelijk met elkaar samen en vormen daarom één project. Voor de vergunningverlening is echter uitgegaan van een aantal onderscheiden activiteiten, waarbij sommige activiteiten zijn beoordeeld als project en andere activiteiten zijn beoordeeld als andere handeling waarvoor geen passende beoordeling hoeft te worden gemaakt. Deze methode van vergunningverlening heeft volgens NAMIRO en andere tot gevolg dat ten onrechte niet alle (deel)activiteiten passend zijn beoordeeld, het project als geheel daarmee ook niet integraal is beoordeeld en dat niet van alle vergunde activiteiten de (cumulatieve) effecten met andere projecten in de omgeving zijn meegenomen.
    
    5.1.    De minister stelt dat bij het beoordelen van de vergunningplicht een onderscheid is gemaakt tussen drie soorten activiteiten. Ten eerste de onderdelen van de aanvraag die als project moeten worden beschouwd; ten tweede de activiteiten die als andere handeling moeten worden aangemerkt; ten derde de activiteiten die als bestaand gebruik zijn te kwalificeren. Deze verschillende activiteiten zijn volgens de minister conform de jurisprudentie van de Afdeling concreet omschreven en beoordeeld. Ter zitting heeft de minister toegelicht dat de verschillende beoordelingen tezamen en in samenhang bezien het totale gebruik van de vliegbasis omvatten en dat dit totale gebruik als één project hiermee passend is beoordeeld. De minister is tot de conclusie gekomen dat het vergunde gebruik van de vliegbasis niet zal leiden tot aantasting van de natuurlijke kenmerken van de Natura 2000-gebieden die binnen de invloedssfeer van de vliegbasis liggen.
    
        Voor zover ook een afweging is gemaakt op basis van artikel 19e van de Nbw 1998, is deze afweging niet in de plaats gekomen van een passende beoordeling, maar is deze afweging bedoeld om ook het gebruik waarvoor op de referentiedata reeds toestemming bestond te beoordelen en om te bezien of dit gebruik in al dan niet gewijzigde vorm kan worden voortgezet.
    
    5.2.    De Nbw-vergunning is verleend voor de herinrichting van vliegbasis Woensdrecht en het gebruik van de vliegbasis na de herinrichting.
    
        In voorschrift 5 bij de vergunning staat omschreven welke activiteit vergund is: "de vergunde activiteit betreft het grondgebonden gebruik van de vliegbasis, waaronder opleidingsactiviteiten, meteorologische ondersteuning, logistiek en onderhoud, en het luchtgebonden gebruik, op basis van de huidige vloot, gebaseerd op de vlieguren zoals weergegeven in figuur 2.1 van de "Toetsing vliegbasis Woensdrecht in het kader van de Natuurbeschermingswet 1998, Exploitatie en herinrichting Vliegbasis Woensdrecht" (hierna: de Toetsing), van Bureau Meervelt, opgesteld op 9 maart 2015, namelijk het taxiën, starten, stijgen en landen van militaire vliegtuigen. De vergunning geldt ook voor het in gebruik hebben van stookinstallaties en gebouwen, de toename aan verkeersbewegingen als gevolg van een uitbreiding van de opleidingsactiviteiten, de bouw en het gebruik van een schermenschietbaan en het aanbrengen van een extra deur in hangar 374. Tevens is het proefdraaien van luchtvaartuigmotoren en het gebruik van het brandweeroefenterrein vergund. Nadrukkelijk wordt vermeld dat de vergunning niet is verleend voor het (motorenonderhoud van) F35 Lightning II - Jachtvliegtuig."
    
        Op pagina 3 van de Toetsing is een overzicht opgenomen van de beoordeelde activiteiten. Dit betreft de activiteiten: landen, stijgen en taxiën van vliegtuigen en het in gebruik hebben van stookinstallaties, het brandweeroefenterrein, de verkeersbewegingen (op de basis) en het schieten op de schermenschietbaan. Deze activiteiten zijn beoordeeld met daarbij verschillende deelactiviteiten, die samenhangen met het luchtgebonden en grondgebonden gebruik van de vliegbasis. Hierbij is een onderscheid gemaakt tussen deelactiviteiten waarvoor een passende beoordeling dient te worden gemaakt op grond van artikel 19f van de Nbw 1998 en deelactiviteiten waarvoor dit niet is vereist, maar die worden getoetst aan de hand van de vereisten die genoemd staan in artikel 19e van de Nbw 1998. Verder is in de "Voortoets herinrichting en exploitatie vliegbasis Woensdrecht 2013" (hierna: de Voortoets) van Bureau Meervelt, opgesteld op 24 september 2013, geconcludeerd dat van een aantal deelactiviteiten, waaronder het funnelbeheer, uitgesloten is dat deze een negatief effect op Natura 2000-gebieden kunnen hebben.
    
    5.3.    Uit de jurisprudentie van de Afdeling volgt dat een aanvraag voor een Nbw-vergunning betrekking moet hebben op alle activiteiten die tezamen één project vormen (vergelijk de uitspraak van de Afdeling van 24 augustus 2011, ECLI:NL:RVS:2011:BR5684). Op die wijze is gewaarborgd dat de gevolgen van het gehele project voor het Natura 2000-gebied bij de beoordeling van een vergunning worden betrokken. Zoals is overwogen in de uitspraak van 12 december 2012, ECLI:NL:RVS:2012:BY5858 over een (eerdere) vergunning die op grond van de Nbw 1998 was verleend voor de vliegbasis Woensdrecht, zijn de aanleg en oprichting van een vliegbasis een project in de zin van artikel 19d, eerste lid, en 19f van de Nbw 1998. Voor de beoordeling van de vergunningplicht en de vraag of een passende beoordeling is vereist op grond van deze bepalingen omvat een dergelijk project mede de wijziging of uitbreiding van het project, alsmede de exploitatie van het project, ook als die exploitatie op zichzelf bezien niet als project kan worden aangemerkt.
    
        In aanmerking nemend dat uit de stukken die ten grondslag liggen aan de Nbw-vergunning kan worden afgeleid dat niet is uitgesloten dat het project significante gevolgen kan hebben voor in de omgeving liggende Natura 2000-gebieden, volgt uit artikel 19f van de Nbw 1998 dat de initiatiefnemer het gehele project passend dient te beoordelen en mag deze geen onderdelen geen activiteiten, ook niet die op zichzelf bezien niet als project kunnen worden aangemerkt, buiten beschouwing laten.
    
        Gelet hierop en op het standpunt van de minister dat alle relevante activiteiten die vallen onder de Nbw-vergunning zoals hierboven is beschreven tezamen afdoende zijn beoordeeld, ziet de Afdeling zich voor de vraag gesteld of hiermee is voldaan aan de vereisten die aan een passende beoordeling als bedoeld in artikel 19f van de Nbw 1998 dienen te worden gesteld.
    
    5.4.    Over deze vereisten heeft het Hof van Justitie in het arrest van 7 september 2004, ECLI:EU:C:2004:482 (zaak nr. C-127/02, Kokkelvisserij) overwogen dat in een passende beoordeling op basis van de beste wetenschappelijke kennis ter zake, alle aspecten van het plan of het project die op zichzelf of in combinatie met andere plannen of projecten de instandhoudingsdoelstellingen van dit gebied in gevaar kunnen brengen, moeten worden geïnventariseerd. Dit betekent dat alle mogelijke effecten van de vergunde activiteit in een passende beoordeling moeten worden bezien teneinde te kunnen beoordelen of is verzekerd dat de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000 gebied niet worden aangetast door die activiteit.
    
    5.5.    Ten aanzien van de eerste vraag of alle mogelijke effecten van de vergunde activiteit zijn bezien, overweegt de Afdeling dat in de Toetsing met alle bijbehorende bijlagen de gevolgen van alle activiteiten die samenhangen met de wijziging van de vliegbasis en de (voortgezette) exploitatie hiervan zijn beoordeeld.
    
        Weliswaar hebben NAMIRO en andere gesteld dat het funnelbeheer en het aanleggen van de vliegverlichting niet in de beoordeling zijn betrokken, maar in de Voortoets zijn de gevolgen van deze (deel)activeiten wel beoordeeld en deze toets maakt deel uit van het geheel aan documenten dat tezamen de passende beoordeling vormt.
    
        De conclusie luidt dat Namiro en andere gelijk hebben waar zij stellen dat niet een passende beoordeling is gemaakt voor het project als geheel. De Afdeling stelt echter vast dat alle gemaakte beoordelingen samen, wél alle onderdelen en gebruiksmogelijkheden van de vliegbasis dekken.
    
    B. Inhoud onderzoeken en conclusies
    
    6.    Ten aanzien van de vraag of de minister op grond van de beoordeling zich ervan heeft verzekerd dat de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zullen worden aangetast door het project, zoals artikel 19g van de Nbw 1998 vereist, overweegt de Afdeling als volgt. Uit het dossier en het verhandelde ter zitting is gebleken dat de geschilpunten over de conclusies van de beoordeling zich toespitsen op de volgende onderwerpen. Ten eerste betreft dit de gevolgen van het funnelbeheer binnen het Natura 2000-gebied Brabantse Wal. Ten tweede de gevolgen van het vliegverkeer dat aan de basis kan worden toegeschreven voor verschillende Natura 2000-gebieden rondom de vliegbasis. Ten derde betreft dit de gevolgen van het grondgebonden gebruik van de vliegbasis voor het gebied Brabantse Wal. Deze onderwerpen zal de Afdeling achtereenvolgens bespreken.
    
    6.1.    Bij deze bespreking en toetsing is het volgende kader van belang. In de beoordeling van de gevolgen van het project voor een Natura 2000-gebied mag rekening worden gehouden met bestaande toestemmingen op de relevante referentiedata. In het geval dat niet eerder een vergunning op grond van de Nbw 1998 dan wel de Natuurbeschermingswet (oud) is verleend, kunnen significante gevolgen namelijk worden uitgesloten voor zover de wijzigingen van een activiteit in een Nbw-vergunning niet leiden tot andere of grotere negatieve gevolgen voor het Natura 2000-gebied ten opzichte van de situatie waarvoor ten tijde van de relevante referentiedatum voor het betrokken Natura 2000-gebied toestemming bestond (vergelijk de uitspraak van 31 maart 2010, ECLI:NL:RVS:2010:BL9656). Onder het verlenen van toestemming als hiervoor bedoeld, kan in een geval als deze de vergunning, dan wel de melding krachtens de Wet milieubeheer of de daaraan voorafgaande Hinderwet worden verstaan.
    
        Daarnaast dient in gevallen waarin een (latere) toestemming voor de activiteit is verleend die minder gevolgen voor Natura 2000-gebieden heeft dan de op de referentiedatum toegestane activiteit de beoordeling van de vraag of de aangevraagde situatie leidt tot een toename van negatieve gevolgen voor Natura 2000-gebieden deze (latere) toestemming als uitgangspunt te worden genomen (vergelijk de uitspraak van 13 november 2013, ECLI:NL:RVS:2013:1891).
    
        Uit de stukken kan worden afgeleid dat de vergunde activiteiten gevolgen kunnen hebben voor een aantal N2000-gebieden met de volgende referentiedata. Dit zijn data waarop de Vogelrichtlijn van toepassing werd op het gebied (aangeduid met VR) en data waarop de Habitatrichtlijn van toepassing werd op het gebied (aangeduid met HR):
    
    - Brabantse Wal (VR: 24 maart 2000; HR: 7 december 2004);
    - Markiezaat (VR: 10 juni 1994);
    - Oosterschelde (VR: 10 juni 1994; HR: 7 december 2004);
    - Westerschelde en Saeftinge (VR: 18 juli 1995 (voor het gedeelte Saeftinge); 24 maart 2000 (voor het gedeelte Westerschelde); HR: 12 november 2007)
    - Zoommeer (VR: 24 maart 2000).
    
    Funnelbeheer
    
    7.    NAMIRO en andere stellen dat de minister ten onrechte heeft geconcludeerd dat het funnelbeheer - het omvormen van bos ten behoeve van een obstakelvrije zone rondom de start- en landingsbaan en het in stand houden van deze zone - geen significante gevolgen voor het Natura 2000-gebied "Brabantse Wal" kan hebben. Het bos dat moet worden omgevormd en bijgehouden ligt namelijk gedeeltelijk in dit gebied en hier kunnen zwarte spechten voorkomen en broeden.
    
    7.1.    De Brabantse Wal is onder meer aangewezen als Natura 2000-gebied voor de zwarte specht als broedvogel. De instandhoudingsdoelstelling is om de omvang en de kwaliteit van het leefgebied met een draagkracht voor een populatie van ten minste 40 paren te behouden.
    
        In de Voortoets zijn de gevolgen van het funnelbeheer voor het Natura 2000-gebied "Brabantse Wal" beoordeeld. Hierin staat de volgende conclusie: "Een negatief effect gezien in het licht van de instandhoudingsdoelstellingen wordt voor alle kwalificerende natuurwaarden uitgesloten." (p. 27). Deze conclusie is onder meer gebaseerd op de "Quick scan beschermde natuur funnelbeheer vliegbasis Woensdrecht" van 23 september 2010 en de "Oriëntatietoets NBWet omvorming zuidelijke funnel vliegbasis Woensdrecht" van 11 augustus 2011, beide opgesteld door bureau Natuurbalans - Limes Divergens B.V. in opdracht van Dienst Vastgoed Defensie.
    
        In deze rapporten is de voorgenomen ingreep beoordeeld in het licht van de instandhoudingsdoelstellingen van het Vogelrichtlijngebied "Brabantse Wal". Het onderzoek omvat de zes vogelsoorten waarvoor het gebied is aangewezen als Vogelrichtlijngebied, waaronder de zwarte specht die specifiek wordt genoemd door NAMIRO en andere. Geconcludeerd is dat de zwarte specht geen broedlocatie heeft op de locaties waar de ingrepen ten behoeve van het funnelbeheer plaatsvinden. Weliswaar kunnen zwarte spechten op de locaties waar het beheer plaatsvindt foerageren, maar vanwege de beperkte omvang van de ingrepen zal dat geen negatieve gevolgen hebben wanneer de ingrepen buiten het broedseizoen zullen plaatsvinden.
    
        NAMIRO en andere hebben niet aannemelijk gemaakt dat deze onderzoeken leemten of gebreken bevatten die tot het oordeel moeten leiden dat het bevoegd gezag zich bij de verlening van de vergunning niet mocht baseren op de conclusie dat een negatief effect voor de zwarte specht is uitgesloten, mits de ingrepen buiten het broedseizoen plaatsvinden. Het enkel stellen dat de zwarte specht is gesignaleerd in de betrokken zone of dat hier een oud nest is aangetroffen, is niet voldoende om deze onderzoeken te weerleggen.
    
        De Afdeling constateert echter dat de Nbw-vergunning geen voorschrift bevat over de periode dat het funnelbeheer mag plaatsvinden. Zonder een dergelijk voorschrift is niet verzekerd dat voldaan wordt aan hetgeen over de gevolgen van het funnelbeheer in de Voortoets is geconcludeerd, zodat de minister de vereiste zekerheid over de gevolgen van het funnelbeheer op grond van artikel 19g, eerste lid, van de Nbw 1998 niet heeft verkregen. Gelet hierop is het besluit door het ontbreken van een voorschrift over de periode waarin het funnelbeheer mag plaatsvinden in zoverre genomen in strijd met artikel 19g, eerste lid, van de Nbw 1998.
    
        Het betoog slaagt.
    
    Vliegverkeer (luchtgebonden gebruik)
    
    8.    NAMIRO en andere betogen dat geen of onvoldoende onderzoek is verricht naar de gevolgen van het vliegverkeer vanaf en naar de vliegbasis voor de omringende Natura 2000-gebieden: het zogenoemde luchtgebonden gebruik. Hierdoor ontstaat verstoring van soorten door (laag) overvliegende vliegtuigen en stikstofdepositie op beschermde habitats door de emissies van vliegtuigmotoren. Het standpunt van de minister dat het luchtgebonden gebruik van de basis niet toeneemt ten opzichte van het gebruik waarvoor op de referentiedata van de relevante Natura 2000-gebieden toestemming bestond, is volgens hen onvoldoende onderbouwd.
    
        NAMIRO en andere voeren onder andere aan dat in het besluit is uitgegaan van het feitelijke vliegverkeer sinds 2002. Zij stellen dat de vroegste relevante referentiedatum daarvóór is gelegen, namelijk op 10 juni 1994. Het is niet duidelijk of het feitelijke gebruik in 2002 overeenkomt met een bestaande toestemming op die datum. Dit gebruik kan daarom niet zonder meer als uitgangspunt dienen.
    
        Verder is in de Nbw-vergunning de begrenzing van het luchtgebonden gebruik gebaseerd op tijdseenheden voor de vluchtduur, terwijl voor het aspect ‘verstoring’ het aantal vliegbewegingen over verstoringsgevoelige gebieden relevanter is. Met de omstandigheid dat in een tijdseenheid meerdere vliegbewegingen kunnen plaatsvinden is volgens NAMIRO en andere onvoldoende rekening gehouden. Zij wijzen erop dat met name het "touch and go vliegen" meebrengt dat relatief vaak eenzelfde rondje wordt gevlogen, met extra vliegbewegingen tot gevolg.
    
    8.1.    De minister stelt zich op het standpunt dat het feitelijke luchtgebonden gebruik van de vliegbasis sinds 2002 zich bevindt binnen de grenzen van de bestaande toestemming op de relevante referentiedata. Weliswaar is geen formele toestemming gegeven voor aantallen vliegbewegingen, maar een toestemmingsregime voor aantallen vliegbewegingen heeft ook nooit bestaan. Wel kan een maximaal toegestane vliegbelasting worden afgeleid uit de geluidscontouren rond de vliegbasis (op basis van de zogenoemde Kosteneenheden (hierna: Ke). Deze contouren kunnen voor de vliegbasis Woensdrecht ontleend worden aan het Structuurschema Militaire Terreinen (hierna: het SMT); dit is een planologische kernbeslissing. Met name is het SMT-1 uit 1985 relevant. Deze is van vóór de vroegste referentiedatum uit 1994 voor de relevante Natura 2000-gebieden. De minister stelt dat de feitelijke vlieguren die de begrenzing vormen van het gebruik op grond van voorschrift 5 in de Nbw-vergunning minder uren omvat dan was toegestaan op grond van de SMT-1 en ook dan is toegestaan op grond van het latere SMT-2 uit 2005.
    
    8.2.    Voorschrift 5 bij de Nbw-vergunning, voor zover van belang voor deze beroepsgrond, luidt als volgt: "de vergunde activiteit betreft (…) het luchtgebonden gebruik, op basis van de huidige vloot, gebaseerd op de vlieguren zoals weergegeven in figuur 2.1 van de Toetsing Vliegbasis Woensdrecht, namelijk het taxiën, starten, stijgen en landen van militaire vliegtuigen. (…)."
    
        Figuur 2.1 van de Toetsing bevat een grafiek van de feitelijke vluchturen boven de Natura 2000-gebieden rondom de vliegbasis in de periode 2002-2013. Dit is weergegeven per jaar en per relevant Natura 2000-gebied. Uit de grafiek blijkt bijvoorbeeld dat in het jaar 2007, 45 uur boven het Markiezaat is gevlogen.
    
        De gegevens in de grafiek zijn onder meer gebaseerd op onderzoek naar de feitelijke activiteiten op en rond de vliegbasis Woensdrecht. Over dit onderzoek is gerapporteerd in "Bepaling van de trend in het proefdraaien en het vliegen voor de luchthaven Woensdrecht over de jaren 2007-2013" van het Nationaal lucht- en Ruimtevaartlaboratorium (hierna: het NLR) en is opgesteld in opdracht van het Ministerie van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties. Dit onderzoek is gevoegd bij de vergunningaanvraag en bevat een overzicht van de vluchturen boven de Natura 2000-gebieden rond de vliegbasis. Daarnaast is gebruik gemaakt van het rapport "Toetsing militaire vliegvelden aan Natuurbeschermingwet 1998; voortoets vergunningplicht", opgesteld door het ministerie van Defensie en van een notitie: "Geluidscontour vliegen Ke", waarin informatie staat over de contouren rond de vliegbasis in 2011.
    
        In het rapport "Vliegbasis Woensdrecht vliegtijden boven Natura 2000-gebieden" van het NLR van november 2017 zijn de gegevens uit de hiervoor genoemde rapporten samengevat en aangevuld met gegevens over de vliegtijden boven de Natura 2000-gebieden rondom de vliegbasis in de periode 2002-2016. Deze activiteiten zijn ook afgezet tegen de geluidscontouren die zijn vervat in het SMT-1 en SMT-2. Op pagina 19 en 20 van dit rapport kunnen de vlieguren boven ieder relevant Natura 2000-gebied worden afgelezen, waarbij een onderscheid is gemaakt tussen helikopters, propellervliegtuigen en jetvliegtuigen.
    
    8.3.    De Afdeling ziet in de drie door NAMIRO en andere aangevoerde argumenten hierover geen reden voor het oordeel dat de vluchturen die in de rapporten en figuur 2.1 van de Toetsing staan genoemd onjuist zijn.
    
        Ten eerste stellen NAMIRO en andere weliswaar dat bij het gebruik maken van deze rapporten geen rekening is gehouden met de omstandigheid dat op dit moment met andere toestellen wordt gevlogen dan waarmee bij de vergunningverlening rekening is gehouden, maar uit de tellingen van de luchtvaartuigen en vliegduur die zijn gebruikt voor de bovengenoemde rapporten blijkt van een zodanige wijziging niet.
    
        Ten tweede stellen NAMIRO en andere dat met het gebruiken van bovengenoemde gegevens ten onrechte geen rekening is gehouden met een wijziging in vliegtijden, onder meer doordat aan de westzijde van de basis baanverlichting is aangelegd. Zoals de minister ter zitting echter heeft toegelicht, leidt de baanverlichting er niet toe dat op andere tijden kan worden gevlogen, maar alleen dat bepaalde onderdelen van de luchtverkeersleiding kunnen worden geautomatiseerd. Ook in zoverre bestaat geen aanleiding voor het oordeel dat ten behoeve van het besluit van de verkeerde (vlucht)gegevens is uitgegaan.
    
        Ten derde is het standpunt van NAMIRO en andere dat het aantal uren vlucht niet één op één is te vertalen in aantallen vliegbewegingen weliswaar juist, maar het toegestane aantal uren vlucht begrenst wel de hoeveelheid mogelijke vliegbewegingen en daarmee de maximale gevolgen die het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis kan hebben. Omdat de minister voor het bepalen van de referentiesituatie is aangesloten bij een situatie die maximale vluchtduren betreft, geeft het onderscheid vluchturen en vliegbewegingen geen aanleiding om te oordelen dat het voorschrift uit had moeten gaan van aantallen vliegbewegingen.
    
    8.4.    Gelet op het voorgaande ziet de Afdeling zich voor de vraag gesteld of SMT-1 en SMT-2 kunnen dienen als invulling voor de beoordeling van de gevolgen van het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis zoals uiteengezet is onder 6.1. Als dit het geval is, dient te worden beoordeeld of een latere toestemming is verleend die leidt tot minder gevolgen voor de relevante Natura 2000-gebieden. Ten slotte dient te worden beoordeeld of het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis dat de Nbw-vergunning toestaat (op grond van voorschrift 5) ten hoogste het niveau heeft van de toestemming die de minste gevolgen voor de betrokken Natura 2000-gebieden heeft.
    
    8.5.    Voor de Vliegbasis Woensdrecht is in 1962 een Hinderwetvergunning verleend. In 1995 is voor de vliegbasis een milieuvergunning verleend. Deze vergunningen vormen mede toestemming als bedoeld onder 6.1 voor het luchtgebonden gebruik van deze vliegbasis, maar bieden geen inzicht in de exacte begrenzing van dit gebruik. Met de planologische kernbeslissing SMT-1 - die in 1986 als beslissingsinstrument nader is geregeld in artikel 2a van de Wet op de Ruimtelijke Ordening - is evenwel de toestemming voor het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis begrensd door middel van geluidscontouren. Deze contouren golden ten tijde van de referentiedatum op 10 juni 1994 en vormde de toegestane begrenzing voor het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis. SMT-1 kan naar het oordeel van de Afdeling dienen als uitgangspunt voor de beoordeling van de gevolgen van het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis ten tijde van de referentiesituatie voor de betrokken Natura 2000-gebieden.
    
        In het SMT-1 zijn geluidszones opgenomen die als doel hebben om de activiteiten van de vliegbasis te begrenzen met het oog op de geluidhinder van het vliegverkeer in de omgeving van de vliegbasis. De toen geldende contouren, met als buitengrens de zogenoemde 35-Ke contour zijn weergegeven op p. 23 van het rapport "Vliegbasis Woensdrecht vliegtijden boven Natura 2000-gebieden".
    
        Deze contouren creëren binnen de zogeheten controlzone (CRT) die door de luchtverkeersleiding van de vliegbasis wordt beheerst een begrenzing van het vliegverkeer doordat de geluidsproductie op steeds groter wordende afstanden van de basis steeds lager dient te zijn. Dit is relevant tot een vlieghoogte van 3000 voet, de hoogte vanaf waar het type vliegtuigen waarmee van en naar de vliegbasis Woensdrecht wordt gevlogen geen verstorende invloed meer heeft.
    
    8.6.    In 2005 is een algehele herziening van het SMT-1 vastgesteld: SMT-2. Ook hierin zijn geluidscontouren, op basis van Ke weergegeven (zie p. 24 van het rapport "Vliegbasis Woensdrecht vliegtijden boven Natura 2000-gebieden"). Deze contouren zijn beperkter dan de contouren uit het SMT-1. Dit betekent dat het toegestane gebruik van de vliegbasis in zoverre is beperkt.
    
        In samenhang met hetgeen hiervoor is overwogen onder 6.1 betekent dit dat de Ke-contouren van SMT-2 dienen als referentie voor het maximaal toegestane gebruik.
    
        Niet is gebleken dat het feitelijke gebruik, zoals weergegeven in tabel 2.1 van de Toetsing een overschrijding oplevert van de contouren in het SMT-2. Voorschrift 5 van de Nbw-vergunning begrenst het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis tot dit feitelijke gebruik.
    
        Dit betekent dat het bevoegd gezag kon concluderen dat de toestemming voor het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis door de Nbw-vergunning niet zal leiden tot een toename van gevolgen voor de betrokken Natura 2000-gebieden.
    
        Het betoog faalt.
    
    Grondgebonden gebruik
    
    9.    NAMIRO en andere stellen dat niet inzichtelijk is gemaakt hoe het grondgebonden gebruik van de vliegbasis zich verhoudt tot de toegestane situatie op de relevante referentiedata. Zij wijzen erop dat de minister weliswaar van oordeel is dat het bestaande gebruik in overeenstemming is met een Hinderwetvergunning uit 1962 en een revisievergunning uit 1995, maar deze vergunningen zijn niet ter beschikking gesteld. Dit kan dus niet worden gecontroleerd.
    
        Volgens NAMIRO en andere is van de volgende (deel)activiteiten niet duidelijk of de activiteiten die de Nbw-vergunning toestaat leiden tot een hogere stikstofdepositie op de nabijgelegen Natura 2000-gebieden: stikstofemissies als gevolg van het uitbreiden en gebruiken van de stookinstallaties van de gebouwen op de vliegbasis, het gebruik van het brandweeroefenterrein, het verkeer op en rond de vliegbasis en het proefdraaien van straalmotoren die niet in een vliegtuig zijn geïnstalleerd (‘Jet Uninstalled’). Volgens hen vindt tenminste een deel van deze activiteiten pas plaats na de relevante referentiedata. Uit de gegevens die voor de beoordeling zijn gebruikt, blijkt van een toename van emissie van stikstofverbindingen sinds 2010.
    
        Daarnaast kan niet worden uitgesloten dat op enig moment de bestaande toestemming gedeeltelijk niet langer van kracht was, zodat de referentiesituatie beperkter is dan uit oorspronkelijke toestemmingen volgt. Dat de referentiesituatie was beperkt, is volgens hen aannemelijk, omdat het feitelijk gebruik sterk is verminderd ten opzichte van het gebruik ten tijde van de referentiedatum. In dit verband wijzen zij op de verschillende verbruiksgegevens van brandstoffen. Tussen 2007 en 2013 is het verbruik afgenomen van 528.972 liter tot 43.998 liter. Maar in de vergunning wordt toch uitgegaan van een referentiegebruik van 528.972 liter. Daarnaast is het verbruik van aardgas en propaan toegenomen in deze periode.
    
    9.1.    De minister stelt dat de gevolgen van de gebruiksmogelijkheden van de vliegbasis op grond van de Nbw-vergunning blijven binnen de gebruiksmogelijkheden waarvoor op de relevante referentiedata toestemming bestond. De minister wijst op de Hinderwetvergunning die in 1962 is verleend voor het gebruik van de vliegbasis en op de revisievergunning die in 1995 is verleend. Omdat deze vergunningen geclassificeerd zijn, zijn deze aan de Afdeling overgelegd met toepassing van artikel 8:29 van de Awb (zie hierover het procesverloop). Daarnaast is ter informatie een notitie: "Redeneerlijn grondgebonden (bestaand) gebruik" van 2 maart 2018 overgelegd waarin is beschreven welke methode is gehanteerd voor het opstellen van de onderbouwing van de aanvraag van de Nbw-vergunning, grondgebonden gebruik.    
    
    9.2.    De Afdeling stelt in de eerste plaats vast dat is gebleken en niet in geschil is dat voor de beoordeling van de gevolgen van stikstofemissie door het grondgebonden gebruik van de vliegbasis de stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied "Brabantse Wal" die afkomstig is van bronnen op en rond de vliegbasis de bepalende factor is. Zoals hiervoor onder 6.1 staat, is de referentiedatum voor dit gebied 24 maart 2000.
    
        Verder is in het beroepschrift gesteld dat geluid afkomstig van de vergunde schermenschietbaan verstorend kan werken op soorten in de "Brabantse Wal". Deze baan is echter tot nu toe niet gerealiseerd. Deze schietbaan kan ook niet meer op grond van de Nbw-vergunning worden gerealiseerd, omdat in voorschrift 19 de geldigheidsduur van de vergunning is beperkt tot en met 31 december 2016 voor zover deze betrekking heeft op de herinrichting van de vliegbasis. Bij de bespreking van de beroepsgronden over de schermenschietbaan bestaat dus geen belang meer. De Afdeling zal daarom over die beroepsgronden geen oordeel geven.
    
    9.3.    De Afdeling zal hierna de beroepsgronden over de genoemde onderdelen van het grondgebonden gebruik van de vliegbasis behandelen.
    
    Stookinstallaties
    
    10.    Bij het gebruik van de stookinstallaties van de gebouwen, waaronder de bestaande en bijgebouwde leslokalen wordt huisbrandolie en aardgas gestookt. Dit veroorzaakt stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied Brabantse Wal vanwege de emissie van rookgassen.
    
        Voor de vraag of deze stikstofdeposities de natuurlijke kenmerken van het gebied aantasten, is in de eerste plaats van belang of de toegestane depositie een toename vormt van de stikstofdepositie ten opzichte van de toestemming die bestond op de relevante referentiedatum. Daarbij dient rekening te worden gehouden met een eventuele verminderde toestemming na deze referentiedatum (zie onder 6.1).
    
        Vast staat dat voor de vliegbasis in 1995 een milieuvergunning is verleend. Deze vergunning dateert van voor 24 maart 2000, zodat de toestemming op basis van deze vergunning als uitgangspunt op de referentiedatum geldt. Ten aanzien van de stookinstallaties is gebleken dat weliswaar nadien enige wijzigingsvergunningen zijn verleend op grond van artikel 8.1 van de Wet milieubeheer, die een wijziging van het gebruik van de vliegbasis toestaan, maar deze latere vergunningen beperken het gebruik van de stookinstallaties op de vliegbasis niet.    
    
    10.1.    Voorschrift 11 van de Nbw-vergunning zoals dit is gewijzigd bij het besluit van 24 november 2016 luidt: "De stikstofemissie als gevolg van het brandstofverbruik van de stookinstallaties van de gebouwen op de Vliegbasis Woensdrecht mag niet meer bedragen dan de stikstofemissie in 2007 die is berekend op basis van het totale brandstofverbruik van aardgas, huisbrandolie en propaan in 2007, op dat moment 2.016.520 m3 aardgas, 528.972 liter huisbrandolie en 365.569 liter propaan. Het niveau van de stikstofemissie dient te worden berekend door middel van eenzelfde berekening als gehanteerd in bijlage 13, grafiek 3, en waarin de brandstoffen aardgas, huisbrandolie en propaan dienen te zijn betrokken."
    
        In voorschrift 11 van de Nbw-vergunning is de hoeveelheid stikstofemissie van de stookinstallaties gemaximeerd op de emissie die berekend is op basis van het feitelijke gebruik in 2007. Als dit gebruik gelijk is of lager dan maximaal was toegestaan op grond van de milieuvergunning uit 1995, kan worden geconcludeerd dat de mogelijke stikstofdepositie door de Nbw-vergunning niet toeneemt ten opzichte van de toestemming in 1995.
    
    10.2.    De Afdeling is van oordeel dat het standpunt van de minister dat het beperken van de mogelijkheden om stookinstallaties te gebruiken tot het niveau van het feitelijke gebruik in 2007 betekent dat de Nbw-vergunning in dit opzicht geen toename van stikstofdepositie op de Brabantse Wal zou veroorzaken, juist is. Dat oordeel is gebaseerd op de volgende argumenten.
    
        In de eerste plaats is niet gebleken dat in 2007 de stookinstallaties in gebruik waren op een manier die de milieuvergunning niet toestond. De milieuvergunning uit 1995 stond het in gebruik hebben van de stookinstallaties toe, zonder een (jaarlijks) plafond hiervoor vast te leggen. Dat betekent dat de vergunning toestond om de stookinstallaties het hele jaar in gebruik te hebben, maar in de praktijk is het gebruik beperkt tot het stookseizoen. Hieruit volgt dat de stikstofemissie en bijbehorende -depositie in 2007 niet hoger en waarschijnlijk lager was dan waarvoor in 1995 toestemming bestond.
    
        In de tweede plaats is van belang dat diverse vergunningen zijn verleend om stookinstallaties om te bouwen van de stook van huisbrandolie naar aardgas. Aardgas heeft een lagere emissie van stikstofverbindingen dan huisbrandolie, zodat ook om deze reden aannemelijk is dat de emissie van stikstofverbindingen niet hoger en waarschijnlijk lager is dan voorheen was toegestaan.
    
    11.    NAMIRO en andere betogen echter verder dat uit de verbruiksgegevens volgt dat enerzijds het verbruik van huisbrandolie sterk is afgenomen na 2007, maar dat het verbruik dat de Nbw-vergunning toestaat is vastgelegd op het (hoge) verbruik van 2007, en dat anderzijds sinds 2007 het verbruik van propaan en aardgas is toegenomen. Zij verwijzen hiervoor naar de gegevens die zijn opgenomen in bijlage 13 bij het besluit: "Emissie vastgoed Vliegbasis Woensdrecht" van 3 oktober 2014.
    
        De Afdeling overweegt hierover als volgt. Zoals uit 10.2 volgt, wordt als gevolg van het toestaan van het feitelijke gebruik van de stookinstallaties in 2007 geen toename toegestaan van stikstofdepositie op de Brabantse Wal ten opzichte van de relevante referentiedatum. In zoverre bestaat geen bezwaar om het vergunde gebruik vast te leggen op het verbruik in 2007. Voor zover na 2010 het verbruik van aardgas en propaan is toegenomen, overweegt de Afdeling dat een gebruik dat toeneemt ten opzichte van het gebruik dat in voorschrift 11 staat vermeld in strijd is met hetgeen is vergund. Daartegen kan handhavend worden opgetreden. Handhaving is in deze procedure niet aan de orde.
    
    11.1.    De Afdeling stelt echter ook vast dat met voorschrift 11 de mogelijkheden om stookinstallaties te gebruiken enerzijds niet conform de bedoeling van de minister voor alle brandstoffen zijn beperkt tot het niveau van het feitelijke gebruik in 2007 en anderzijds de formulering van het voorschrift in strijd is met de rechtszekerheid. De volgende argumenten zijn hiervoor relevant.
    
    11.2.    In de eerste plaats blijkt uit de gegevens in het dossier dat het gebruik van de stookinstallaties op de basis in 2007 ongeveer 80.000 liter propaan bedroeg. Niettemin staat in voorschrift 11 een toegestane hoeveelheid van 365.569 liter propaan genoemd. Ter zitting heeft de minister verklaard dat in voorschrift 11 abusievelijk is nagelaten om naast een verwijzing naar de stookinstallaties van de gebouwen ook een verwijzing naar het (verbruik van) het brandweeroefenterrein op te nemen. Dat verklaart het verschil tussen het verbruik van 80.000 liter propaan en 365.569 liter in dit voorschrift, aldus de minister.
    
        Dit leidt tot de conclusie dat het besluit in zoverre niet is vastgesteld in overeenstemming met hetgeen is beoogd. In zoverre is voorschrift 11 in strijd met de bij het voorbereiden van een besluit te betrachten zorgvuldigheid.
    
    11.3.    In de tweede plaats is het betoog van NAMIRO en andere over de toename van het verbruik gericht op de wijze waarop voorschrift 11 de stikstofemissie als gevolg van het brandstofverbruik van de stookinstallaties maximeert. Voorschrift 11 begrenst de stikstofemissie van de drie brandstoffen aardgas, huisbrandolie en propaan gezamenlijk, waardoor de toename van verbruik van een individueel type brandstof van de drie genoemde brandstoffen op zichzelf niet maakt dat dit voorschrift wordt overtreden, mits de totale stikstofemissie uit 2007 niet wordt overschreden. In dit voorschrift staat immers "Het niveau van de stikstofemissie dient te worden berekend door middel van eenzelfde berekening als gehanteerd in bijlage 13, grafiek 3, en waarin de brandstoffen aardgas, huisbrandolie en propaan dienen te zijn betrokken."
    
        De Afdeling overweegt dat in bijlage 13 echter niet staat welke omrekenfactor voor de stikstofemissie van deze drie brandstoffen is gebruikt. Op pagina 5 van de bijlage staat weliswaar: "Voor de omrekening van brandstofgebruik naar emissie is gebruik gemaakt van de emissiefactor zoals vastgesteld door RIVM ten behoeve van de milieujaarrapportage Defensie", maar niet duidelijk is welke factor dit is. Bovendien staat in de bijlage dat de omrekenfactor kan wijzigen. Ook gelet hierop is het voorschrift 11 in strijd met de rechtszekerheid.
    
    Brandweeroefenterrein
    
    12.    Bij brandweeroefeningen wordt propaan verbrand. Dit veroorzaakt stikstofdepositie op de Brabantse Wal. Bij de verlening van de Nbw-vergunning is daarbij rekening gehouden met een jaarlijks gebruik van 285.569 liter propaan voor het brandweeroefenterrein (vergelijk ook het gestelde onder 11.2: het verschil tussen 365.569 en 80.000 = 285.569).
    
        Voor de vraag of de stikstofdepositie ten gevolge van de verbranding van propaan bij brandweeroefeningen de natuurlijke kenmerken van het gebied aantast, is in de eerste plaats van belang of de toegestane depositie een toename vormt van stikstofdepositie ten opzichte van de toestemming die bestond op de relevante referentiedatum. Daarbij dient rekening te worden gehouden met een eventuele verminderde toestemming na deze referentiedatum (zie onder 6.1).
    
    12.1.    Uit de gegevens in het dossier is af te leiden dat op 6 februari 1998 een veranderingsvergunning op grond van artikel 8.1 van de Wet milieubeheer is verleend, waarbij een brandweeroefenterrein mogelijk is gemaakt. Deze vergunning behoorde bij de stukken die aan de Afdeling zijn overgelegd met toepassing van artikel 8:29 van de Awb (zie hierover het procesverloop).
    
        Uit deze vergunning volgt dat een zekere hoeveelheid propaan mocht worden verbrand op de relevante referentiedatum van 24 maart 2000. Voor zover bij de verlening van de Nbw-vergunning is uitgegaan van een jaarlijks gebruik van maximaal 285.569 liter propaan wijst een vergelijking met de hoeveelheid die in 1998 is vergund uit dat dit geen toename van stikstofdepositie veroorzaakt ten opzichte van deze referentiedatum.
    
        In zoverre is het besluit dus niet in strijd met artikel 19g, eerste lid, van de Nbw 1998, met dien verstande dat het gebrek dat over het brandweeroefenterrein onder 11.2 staat genoemd blijft bestaan.
    
        Het betoog faalt.
    
    Verkeer
    
    13.    NAMIRO en andere stellen dat ten behoeve van het bestreden besluit de gevolgen van de toename van stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied "Brabantse Wal" als gevolg van de toename van verkeersbewegingen op en rond de basis onjuist zijn beoordeeld. In de beoordeling die aan het besluit ten grondslag is gelegd, staat dat het verkeer weliswaar een geringe toename van stikstofdepositie veroorzaakt, maar dat deze toename geen negatieve gevolgen zal hebben voor de natuurlijke kenmerken van het gebied. Deze conclusie is echter mede gebaseerd op beheermaatregelen in het gebied, terwijl deze maatregelen al nodig zijn om de bestaande overbelasting - door onder andere bronnen van stikstofdepositie elders in de omgeving - vanwege stikstofdepositie tegen te gaan.
    
    13.1.     De minister stelt zich op het standpunt dat rekening kan worden gehouden met bestaande beheermaatregelen, omdat deze behoren tot de feitelijke ontwikkelingen in het gebied. Ter ondersteuning van dit standpunt verwijst hij naar de uitspraak van 27 januari 2016, ECLI:NL:RVS:2016:170.
    
    13.2.    De Afdeling overweegt dat zij in de uitspraak van 17 mei 2017, ECLI:NL:RVS:2017:1259, onder 10.34 een vraag heeft gesteld aan het Europese Hof van Justitie (hierna: het Hof) over de rol die beheermaatregelen (als onderdeel van instandhoudingsmaatregelen en passende maatregelen voor bestaande arealen van habitattypen en leefgebieden) kunnen spelen in een passende beoordeling. Vooruitlopend op de beantwoording van deze vraag kan de Afdeling in deze uitspraak hierover geen beoordeling geven. Omdat andere gebreken in het besluit zijn geconstateerd, bestaat geen aanleiding om de zaak in verband hiermee aan te houden. De minister dient in verband met een te nemen nieuw besluit rekening te houden met de uitkomst van de genoemde procedure bij het Hof.
    
    Proefdraaien
    
    14.    NAMIRO en andere stellen dat de mogelijkheden voor het proefdraaien van vliegtuigmotoren weliswaar zijn gelimiteerd in voorschrift 13 van de Nbw-vergunning, maar dat het proefdraaien toch nadelige gevolgen kan hebben voor de Brabantse Wal. NAMIRO en andere richten zich hierbij op de mogelijkheden voor het proefdraaien van zich buiten een vliegtuig bevindende motoren op een bok, het zogeheten proefdraaien "Jet -uninstalled". Volgens de stukken die aan het besluit ten grondslag hebben gelegen, is het aantal uren gelimiteerd tot het feitelijke gebruik in de periode 2007-2013, maar dit feitelijke gebruik was lager dan de toegestane 81,5 uur die in voorschrift 13 staat genoemd.
    
    14.1.    De minister stelt dat de mogelijkheden voor proefdraaien met "Jet-uninstalled" in de Nbw-vergunning zijn ingeperkt ten opzichte van de daarvoor bestaande mogelijkheden. Op grond van een vergunning als bedoeld in artikel 19d van de Nbw 1998 die op 25 mei 2009 is verleend voor een aantal activiteiten op de vliegbasis mocht meer dan 81,5 uur per jaar worden proefgedraaid.
    
    14.2.    Voorschrift 13 van de Nbw-vergunning luidt: "Het vorige voorschrift in acht nemend mag het jaarlijkse aantal proefdraaiuren niet meer bedragen dan 45,0 uur voor Jet installed, 81,5 uur voor jet uninstalled, 147,4 uur voor propellormotoren en 210,0 uur voor helikoptermotoren."
    
    14.3.    De Afdeling is van oordeel dat de minister zich ervan heeft verzekerd dat de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zullen worden aangetast door het project, voor zover dat de mogelijkheden betreft voor het proefdraaien "Jet-uninstalled". De reden is dat de door de minister genoemde vergunning van 25 mei 2009 (kenmerk DRZZ/2009-1802) het toestaat om ongeveer 8,5 uur per dag te proefdraaien met "Jet-uninstalled". Deze vergunning, die onherroepelijk is, vormt het geldende (referentie)kader waartegen de gevolgen van de Nbw-vergunning dienen te worden beoordeeld; het kader dat is uiteengezet onder 6.1 geldt immers voor een situatie waarin (nog) niet eerder een Nbw-vergunning was verleend. Door in de Nbw-vergunning het proefdraaien met "Jet-uninstalled" te beperken tot 81,5 uur per jaar wordt minder mogelijk gemaakt dan op grond van dat referentiekader.
    
        Het betoog faalt.
    
    14.4.    Samenvattend betekent dit voor de beoordeling van onderwerp B dat de Afdeling tot de conclusie komt dat de voorschriften bij de vergunning op twee onderdelen niet aansluiten bij de conclusie in de (deel)onderzoeken en dat de voorschriften een onduidelijkheid bevatten. Het gaat hierbij over de onderdelen funnelbeheer, waarvoor een voorschrift ontbreekt en voorschrift 11 over het brandstofgebruik door de stookinstallaties op de basis en het gebruik van het brandweeroefenterrein. In deze opzichten is de vergunning niet in overeenstemming met de eisen die de wet hieraan stelt. Daarnaast merkt de Afdeling op dat de conclusie in de passende beoordeling over de verkeerseffecten mede gebaseerd is op de uitvoer van beheermaatregelen. De Afdeling heeft in een uitspraak van 17 mei 2017 aan het Hof van Justitie in Luxemburg gevraagd of dit is toegestaan. In afwachting van het antwoord hierop, kan de Afdeling hierover geen oordeel geven.
    
    C. Belangenafweging (artikel 19e van de Nbw 1998)
    
    15.    NAMIRO en andere stellen dat het gebruik van de vliegbasis moet worden beperkt, omdat ook bij het gebruiksniveau dat past binnen de referentiesituatie de negatieve gevolgen voor met name het Natura 2000-gebied Markiezaat zo groot zijn, dat de instandhoudingsdoelstellingen niet kunnen worden bereikt. De kern van het probleem is volgens hen de verstoring van broedvogels door overvliegende grote vliegtuigen, zoals stijgende en dalende Herculesvliegtuigen. Hierdoor blijft broedsucces uit en komt de instandhouding van diverse populaties in gevaar.
    
    15.1.    Zoals de Afdeling heeft overwogen in de uitspraak van 30 november 2011, ECLI:NL:RVS:2011:BU6369 dient het bevoegd gezag, los van de conclusies uit de passende beoordeling, ingevolge artikel 19e van de Nbw 1998 te beoordelen of de aangevraagde vergunning bij afweging van de betrokken belangen kan worden verleend. Daarbij dient het bevoegd gezag na te gaan of het project of de andere handeling waarvoor de vergunning is aangevraagd zodanige nadelige effecten heeft op de soorten waarvoor het gebied is aangewezen dan wel op de natuurlijke kenmerken van het gebied, dat de vergunning bij afweging van de betrokken belangen behoort te worden geweigerd.    
    
    15.2.    Zoals hiervoor onder 5.1 staat, heeft het bevoegd gezag niet alleen een beoordeling gemaakt in het kader van artikel 19g van de Nbw 1998, maar heeft het ook een afweging gemaakt op basis van artikel 19e van de Nbw 1998. Hierbij is afgewogen of het gebruik van de vliegbasis dient te worden beperkt om het bereiken van de instandhoudingsdoelstelling van deze gebieden te bevorderen. Bezien is of en in hoeverre het (bestaande) gebruik van de vliegbasis zodanige nadelige effecten heeft voor de natuurlijke kenmerken van de relevante Natura 2000-gebieden dat de Nbw-vergunning bij afweging van de betrokken belangen behoort te worden geweigerd. Het geschil is op dit punt beperkt tot de conclusies die zijn getrokken over de verstoring van (broed)vogelsoorten in het Natura 2000-gebied in het Markiezaat.
    
        De minister is tot het oordeel gekomen dat het bestaande vliegverkeer geen factor is die invloed heeft op de instandhoudingsdoelstelling van de broedvogelsoorten waarvoor het Markiezaat is aangewezen. Om die reden is na afweging van alle belangen geen aanleiding gezien om bij de verlening van de vergunning een wijziging of beperking aan te brengen op de mogelijkheden van het vliegverkeer dat verbonden is aan de vliegbasis - met name ten aanzien van het stijgen en landen van grotere vliegtuigen.
    
        NAMIRO en andere stellen daarentegen dat ook het bestaande gebruik van de basis zulke grote negatieve verstorende gevolgen heeft voor (broed)vogelsoorten in het Markiezaat dat beperkende voorschriften aan het vliegverkeer boven dit gebied hadden moeten worden gesteld. Dit standpunt hebben zij onderbouwd onder overlegging van een aantal rapporten bij het bezwaarschrift tegen het primaire besluit, waaronder het rapport van Ecologisch adviesbureau Henk Baptist van 26 mei 2013: "Mogelijk effect vliegbasis Woensdrecht op Markiezaat" en de notitie: "Commentaar Vergunning herinrichting Vliegbasis Woensdrecht", door R. Teixeira. Deze rapporten zijn aangevuld met het rapport van Ecologisch adviesbureau Henk Baptist van februari 2018: "Vliegbasis Woensdrecht, Notitie Vogels".
    
    15.3.    In de Toetsing zijn de verstorende gevolgen onderzocht van het vliegverkeer voor vogelsoorten waarvoor het "Markiezaat" als Natura 2000-gebied is aangewezen. Hierin wordt geconcludeerd dat een aantal soorten broedvogels in de periode sinds de aanwijzing van het gebied als Natura 2000-gebied niet is afgenomen in aantal (Dodaars, Lepelaar), zodat het vliegverkeer over het "Markiezaat" om die reden niet hoeft te worden beperkt. Van de soorten die in aantal zijn afgenomen sinds de aanwijzing (Bontbekplevier, Strandplevier en Kluut) stelt de minister dat de verstoring door vliegtuigen niet bepalend is voor deze afname, ofschoon deze vogelsoort wel gevoelig is voor verontrusting door vliegverkeer. De verandering van het gebied van een sterk getijdengebied met ruimte voor pioniersoorten naar een gebied met minder dynamiek en meer begroeiing is een meer bepalende factor voor het gebrek aan succes van deze soorten dan het militair vliegverkeer. Ter zitting heeft de minister in aanvulling hierop gewezen op de formulering van de instandhoudingsdoelstellingen van deze soorten in het aanwijzingsbesluit. Deze doelstellingen zijn niet gericht op het specifieke gebied "Markiezaat", maar betreft een doelstelling voor de gehele deltawateren tezamen en is als volgt geformuleerd: "Behoud omvang en kwaliteit leefgebied als bijdrage aan de draagkracht voor de populatie van het Deltagebied (…).".
    
    15.4.    De Afdeling stelt vast dat uit de Toetsing en uit de door NAMIRO en andere overgelegde rapporten blijkt dat het vliegverkeer en met name van de grotere vliegtuigen verstorende gevolgen kan hebben voor de bontbekplevier, strandplevier en kluut. Anderzijds is aannemelijk dat andere factoren, zoals veranderingen in het gebied van getijdennatuur met pioniersvegetatie naar een gebied in een volgend successiestadium met dichtere begroeiing eveneens relevant zijn voor de afname van het broedsucces van deze soorten.
    
        Uit het voorgaande volgt dat het standpunt van de minister dat aan de afweging in het bestreden besluit ten grondslag is gelegd, namelijk dat het bestaande vliegverkeer van grotere vliegtuigen geen factor is die invloed heeft op de instandhoudingsdoelstelling van de broedvogelsoorten waarvoor het Markiezaat is aangewezen, niet door de beschikbare gegevens wordt ondersteund. Dit betekent dat in het bestreden besluit de mogelijkheden om verstoring van vogels in het Markiezaat te verminderen hadden moeten worden afgewogen. Daarbij is relevant dat op de zitting is aangegeven dat het mogelijk is om in perioden van het jaar waarin de vogelsoorten bijzonder gevoelig zijn voor verstoring, daarmee rekening te houden door bijvoorbeeld de vliegbewegingen van grote vliegtuigen aan te passen.
    
        Deze afweging is echter niet gemaakt. Dit betekent dat het besluit in zoverre niet is voorbereid met de vereiste zorgvuldigheid en dient het besluit te worden vernietigd wegens strijd met artikel 3:2 van de Awb.
    
        Het betoog slaagt.
    
    D. Voorschrift 15 van de Nbw-vergunning
    
    16.    NAMIRO en andere betogen dat in het wijzigingsbesluit van 15 december 2016 ten onrechte voorschrift 15 is geschrapt, zonder dat een voorschrift van gelijke strekking in de vergunning wordt opgenomen.
    
    16.1.    Voorschrift 15 van de Nbw-vergunning waartoe op 24 september 2015 was besloten luidde: "Indien op enig moment mocht blijken dat de vergunde activiteiten zodanige schade aan de relevante beschermde waarden dreigt toe te brengen en het geven van aanwijzingen, het wijzigen of aanvullen van de voorschriften of beperkingen deze schade niet kan voorkomen, dan kan deze vergunning worden ingetrokken."
    
        In het besluit van 15 december 2016 is voorschrift 15 ingetrokken en vervangen door voorschrift 14 die naar het oordeel van verweerder beter aansluit bij de tekst van de wet in artikel 43 van de Nbw 1998: "Deze vergunning kan worden ingetrokken of gewijzigd indien:
    
    a. de houder van de vergunning handelt in strijd met de daaraan verbonden voorschriften of beperkingen;
    
    b. de gegevens op grond waarvan de vergunning is verleend zodanig onjuist of onvolledig blijken te zijn dat, waren de juiste gegevens bekend geweest, een andere beslissing zou zijn genomen;
    
    c. de vergunning in strijd met de wettelijke voorschriften is gegeven, of
    
    d. de omstandigheden sedert het tijdstip waarop de vergunning is verleend zodanig zijn gewijzigd, dat deze niet, niet zonder beperkingen of voorwaarden of slechts onder andere beperkingen of voorwaarden zou zijn verleend indien deze omstandigheden op het tijdstip waarop de vergunning is verleend zouden hebben bestaan.
    
    16.2.    Naar het oordeel van de Afdeling was verweerder niet gehouden om voorschrift 15 te handhaven in plaats van voorschrift 14. De enkele stelling dat voorschrift 15 kan dienen als nadere toelichting of invulling van de regeling tot intrekking of wijziging in artikel 43 van de Nbw 1998 (vanaf 1 januari 2017 vervat in andere bewoordingen in artikel 5.4 van de Wnb), wat hier ook van zij, maakt niet dat verweerder voorschrift 15 had moeten handhaven.
    
        Het betoog faalt.
    
    Conclusie en proceskostenveroordeling
    
    17.    Op grond van de overwegingen onder 7.1, 11.1 t/m 11.3 en 15.4 is het bestreden besluit genomen in strijd met artikel 19g van de Nbw 1998, artikel 3:2 van de Awb en de rechtszekerheid. Het beroep is gegrond. Het besluit dient hierom te worden vernietigd.
    
    18.    De minister en NAMIRO en andere hebben aangegeven in gesprek te zijn over mogelijkheden om het besluit op bevredigende wijze te repareren. Daarnaast heeft de Afdeling gewezen op de procedure bij het Hof die van belang is voor de rol die beheermaatregelen kunnen spelen in de passende beoordeling. Daarom acht de Afdeling het niet aangewezen om een bestuurlijke lus toe te passen in deze zaak, maar wel om met toepassing van artikel 8:72, vierde lid, aanhef en onder b, van de Awb een opdracht te geven een nieuw besluit te nemen, zodat dit geschil tot een einde kan komen. Hiervoor zal een ruime termijn van 39 weken worden gegeven, om tijd te bieden voor overleg tussen partijen en de uitspraak van het Hof af te kunnen wachten.
    
    19.    Omdat de vernietiging tot gevolg heeft dat de vergunning van 24 september 2015 geldt, ziet de Afdeling tevens aanleiding om met toepassing van artikel 8:72, vijfde lid, van de Awb een voorlopige voorziening te treffen totdat het nieuw te nemen besluit in werking treedt. De voorlopige voorziening luidt dat de besluiten van 11 april 2016, van 24 november 2016, en van 15 december 2016 geldig blijven, met uitzondering van voorschrift 11 bij de Nbw-vergunning zoals dat is gewijzigd door het besluit van 24 november 2016. Dit betekent dat gedurende deze termijn voorschrift 11 geldt, zoals deze is opgenomen in het besluit van 11 april 2016.
    
    20.    De minister dient ten aanzien van NAMIRO en andere op na te melden wijze tot vergoeding van de proceskosten te worden veroordeeld.
    
    Beslissing
    
    De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
    
    I.    verklaart het beroep gegrond;
    
    II.    vernietigt het besluit van de staatssecretaris van Economische Zaken van 11 april 2016, kenmerk 492-14042, 14041, 14034, 14040, 14039, 14038, 14031, zoals gewijzigd bij de besluiten van 24 november 2016, kenmerk DGAN-NB/16122468, en 15 december 2016, kenmerk DGAN-NB/16186902;
    
    III.    draagt de minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit op om binnen 39 weken met inachtneming van hetgeen in deze uitspraak is overwogen een nieuw besluit te nemen;
    
    IV.    treft de voorlopige voorziening dat de besluiten van 11 april 2016, kenmerk 492-14042, 14041, 14034, 14040, 14039, 14038, 14031, van 24 november 2016, kenmerk DGAN-NB/16122468, en van 15 december 2016, DGAN-NB/16186902 geldig blijven, met uitzondering van voorschrift 11 bij de Nbw-vergunning zoals dat is gewijzigd door het besluit van 24 november 2016;
    
    V.    bepaalt dat de onder IV opgenomen voorlopige voorziening vervalt op het tijdstip van inwerkingtreding van het door de minister te nemen besluit als bedoeld onder III;
    
    VI.    veroordeelt de minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit tot vergoeding van bij de vereniging Vereniging Namiro en andere in verband met de behandeling van het beroep opgekomen proceskosten tot een bedrag van € 7.678,04 (zegge: zevenduizend zeshonderdachtenzeventig euro en vier cent), waarvan € 1.002,00 is toe te rekenen aan door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand, met dien verstande dat bij betaling van genoemd bedrag aan één van hen het bestuursorgaan aan zijn betalingsverplichting heeft voldaan;
    
    VII.    gelast dat de minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit aan de vereniging Vereniging Namiro en andere het door hen voor de behandeling van het beroep betaalde griffierecht ten bedrage van € 334,00 (zegge: driehonderdvierendertig euro) vergoedt, met dien verstande dat bij betaling van genoemd bedrag aan één van hen het bestuursorgaan aan zijn betalingsverplichting heeft voldaan.
    
    Aldus vastgesteld door mr. R. Uylenburg, voorzitter, en mr. J.A.W. Scholten-Hinloopen en mr. J. Hoekstra, leden, in tegenwoordigheid van mr. M. Scheele, griffier.
    
    w.g. Uylenburg    w.g. Scheele
    voorzitter    griffier
    
    Uitgesproken in het openbaar op 18 juli 2018
    
    723.  BIJLAGE
    
    Artikel 19d, eerste lid, van de Nbw 1998 luidt:
    
    "Het is verboden zonder vergunning, of in strijd met aan die vergunning verbonden voorschriften of beperkingen, van gedeputeerde staten of, ten aanzien van projecten of andere handelingen als bedoeld in het vijfde lid, van Onze Minister, projecten of andere handelingen te realiseren onderscheidenlijk te verrichten die gelet op de instandhoudingsdoelstelling, met uitzondering van de doelstellingen, bedoeld in artikel 10a, derde lid, de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in een Natura 2000-gebied kunnen verslechteren of een significant verstorend effect kunnen hebben op de soorten waarvoor het gebied is aangewezen. Zodanige projecten of andere handelingen zijn in ieder geval projecten of handelingen die de natuurlijke kenmerken van het desbetreffende gebied kunnen aantasten."
    
    Artikel 19e luidt:
    
    "Gedeputeerde staten houden bij het verlenen van een vergunning als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, rekening
    
    a. met de gevolgen die een project of andere handeling, waarop de vergunningaanvraag betrekking heeft, gelet op de instandhoudingsdoelstelling, met uitzondering van de doelstellingen, bedoeld in artikel 10a, derde lid, kan hebben voor een Natura 2000-gebied;
    
    b. met een op grond van artikel 19a of artikel 19b vastgesteld beheerplan, en
    
    c. vereisten op economisch, sociaal en cultureel gebied, alsmede regionale en lokale bijzonderheden.
    
    Artikel 19f, eerste lid, luidt:
    
    "Voor projecten waarover gedeputeerde staten een besluit op een aanvraag voor een vergunning als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, nemen, en die niet direct verband houden met of nodig zijn voor het beheer van een Natura 2000-gebied maar die afzonderlijk of in combinatie met andere projecten of plannen significante gevolgen kunnen hebben voor het desbetreffende gebied, maakt de initiatiefnemer alvorens gedeputeerde staten een besluit nemen, een passende beoordeling van de gevolgen voor het gebied waarbij rekening wordt gehouden met de instandhoudingsdoelstelling, met uitzondering van de doelstellingen, bedoeld in artikel 10a, derde lid, van dat gebied."
    
    Artikel 19g, eerste lid, luidt:
    
    "Indien een passende beoordeling is voorgeschreven op grond van artikel 19f, eerste lid, kan een vergunning als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, slechts worden verleend indien gedeputeerde staten zich op grond van de passende beoordeling ervan hebben verzekerd dat de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zullen worden aangetast."