ECLI:NL:RVS:2025:5192, Raad van State, 29-10-2025, 202403486/1/R2
Raad van State — Uitspraak 
Datum: 2025-10-29 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Bij besluit van 29 september 2022 heeft het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant de aanvraag van [partij] voor een vergunning op grond van artikel 2.7 van de Wet natuurbescherming (hierna: de natuurvergunning) voor het wijzigen van een pluimveehouderij met mestverwerkingsinstallatie aan de [locatie 1] en [locatie 2] in Nistelrode, gemeente Bernheze, geweigerd. De rechtsvoorganger van BioValue B.V., [partij], heeft op 2 november 2020 een natuurvergunning aangevraagd voor de wijziging van een veehouderij met mestverwerkingsinstallatie aan de [locatie 1] en [locatie 2]. De aanvraag heeft betrekking op het beëindigen van de varkenshouderij, het houden van 103.652 legkippen, het verhogen van de capaciteit van de mestverwerking en het plaatsen van een nieuwe luchtwasser. De rechtbank heeft het beroep van BMF gegrond verklaard. De rechtbank heeft vastgesteld dat in 1999 en 2008 milieuvergunningen aan [bedrijf] zijn verleend en op 25 februari 2010 een gedeelte van de milieuvergunning uit 2008 is ingetrokken. De rechtbank heeft vastgesteld dat de referentiesituatie voor de natuurvergunning uit 2015 bestond uit de in 1999 en 2008 verleende milieuvergunningen.

202403486/1/R2.
    Datum uitspraak: 29 oktober 2025
    AFDELING
    BESTUURSRECHTSPRAAK
    Uitspraak op de hoger beroepen van:
    BioValue Nistelrode B.V. en Groengas Brabant B.V., beide gevestigd in Sint Nicolaasga, gemeente De Fryske Marren (hierna samen en in enkelvoud: BioValue B.V.),
    appellanten,
    tegen de uitspraak van de rechtbank Oost­Brabant van 23 april 2024 in zaak nrs. 22/2745 en 22/2746 in het geding tussen:
    1.       Stichting Brabantse Milieufederatie, gevestigd in Tilburg (hierna: BMF),
    2.       [wederpartij] en anderen,
    en
    het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant.
    Procesverloop
    Bij besluit van 29 september 2022 heeft het college de aanvraag van [partij] voor een vergunning op grond van artikel 2.7 van de Wet natuurbescherming (hierna: de natuurvergunning) voor het wijzigen van een pluimveehouderij met mestverwerkingsinstallatie aan de [locatie 1] en [locatie 2] in Nistelrode, gemeente Bernheze, geweigerd.
    Bij uitspraak van 23 april 2024 heeft de rechtbank het daartegen door BMF ingestelde beroep gegrond verklaard, het beroep van [wederpartij] en anderen ongegrond verklaard, het besluit van 29 september 2022 vernietigd en het college opgedragen om een nieuw besluit te nemen met inachtneming van de uitspraak.
    Tegen deze uitspraak heeft BioValue B.V. hoger beroep ingesteld.
    BMF heeft een schriftelijke uiteenzetting gegeven.
    [wederpartij] en anderen hebben voorwaardelijk incidenteel hoger beroep ingesteld.
    BioValue B.V. heeft daarop een zienswijze gegeven.
    BioValue B.V., BMF, [wederpartij] en anderen en het college hebben nadere stukken ingediend.
    De Afdeling heeft de zaak op zitting behandeld op 8 juli 2025, waar BioValue B.V., vertegenwoordigd door mr. L.A. van der Laag, advocaat in Amsterdam, [wederpartij] en anderen, van wie [wederpartij A] en [wederpartij B], vertegenwoordigd door mr. J.W.C. van Eekeren, advocaat in Eindhoven, en het college, vertegenwoordigd door mr. M. Box en J.B.H. Vos, zijn verschenen. Verder is op zitting BMF, vertegenwoordigd door mr. V.R. Wösten, mr. F.M. Dingemans en mr. M.L.A. van der Heijde, als partij gehoord.
    Overwegingen
    Overgangsrecht inwerkingtreding Omgevingswet
    1.       Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur Omgevingswet in werking getreden. Als een aanvraag om een natuurvergunning is ingediend vóór het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet, dan blijft op grond van artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a, van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk vóór dat tijdstip van toepassing tot het besluit op die aanvraag onherroepelijk wordt.
    De aanvraag om een natuurvergunning is ingediend op 2 november 2020. Dat betekent dat in dit geval de Wet natuurbescherming (hierna: Wnb), zoals die gold vóór 1 januari 2024, van toepassing blijft.
    Inleiding
    2.       BioValue B.V. exploiteert een mestverwerkingsbedrijf met een biogasinstallatie op het perceel [locatie 1] in Nistelrode. Op het naastgelegen perceel [locatie 2] bevindt zich een voormalige pluimveehouderij. Dit perceel is in eigendom van een derde.
    In het verleden was op de percelen [locatie 1] en [locatie 2] een agrarisch bedrijf van [bedrijf] aanwezig met onder meer een pluimveehouderij, een varkenshouderij en een biogasinstallatie.
    3.       De rechtsvoorganger van BioValue B.V., [partij], heeft op 2 november 2020 een natuurvergunning aangevraagd voor de wijziging van een veehouderij met mestverwerkingsinstallatie aan de [locatie 1] en [locatie 2]. De aanvraag heeft betrekking op het beëindigen van de varkenshouderij, het houden van 103.652 legkippen, het verhogen van de capaciteit van de mestverwerking en het plaatsen van een nieuwe luchtwasser.
    4.       Bij het besluit van 29 september 2022 heeft het college de gevraagde natuurvergunning geweigerd, omdat die niet nodig is. Volgens het college neemt de stikstofdepositie op nabijgelegen Natura 2000-gebieden door de aangevraagde bedrijfssituatie niet toe ten opzichte van de referentiesituatie, zodat significante gevolgen als gevolg van de aangevraagde situatie op voorhand zijn uitgesloten. Het college is voor de referentiesituatie uitgegaan van de aan [bedrijf] verleende natuurvergunning van 21 augustus 2015 (hierna: de natuurvergunning uit 2015).
    De aangevallen uitspraak
    5.       De rechtbank heeft het beroep van BMF gegrond verklaard. De rechtbank heeft vastgesteld dat in 1999 en 2008 milieuvergunningen aan [bedrijf] zijn verleend en op 25 februari 2010 een gedeelte van de milieuvergunning uit 2008 is ingetrokken. De rechtbank heeft vastgesteld dat de referentiesituatie voor de natuurvergunning uit 2015 bestond uit de in 1999 en 2008 verleende milieuvergunningen.
    De rechtbank heeft het standpunt van het college dat het besluit van 29 september 2022 ziet op de samenvoeging van twee projecten tot één project, waarbij het ene project kan worden ingezet ten behoeve van het andere project door middel van intern salderen, niet gevolgd. De rechtbank heeft daarover onder meer overwogen dat de pluimveehouderij aan de [locatie 2] en de biogasinstallatie aan de [locatie 1] twee aparte projecten zijn. Volgens de rechtbank kon daarom alleen extern worden gesaldeerd.
    De rechtbank heeft in overweging 9.7 ook nog overwogen dat de eerder vergunde warmtekrachtkoppelingen (hierna: WKK’s) op de [locatie 2] zijn betrokken in de milieuvergunningen die ten grondslag hebben gelegen aan de natuurvergunning uit 2015 en behoorden bij het project van de pluimveehouderij aan de [locatie 2]. Voor de biogasinstallatie was geen natuurvergunning verleend. De in het verleden vergunde WKK’s of de biogasinstallatie op de [locatie 2] kunnen volgens de rechtbank niet dubbel worden ingezet als referentiesituatie voor de biogasinstallatie op de [locatie 1].
    5.1.    De rechtbank heeft het beroep van [wederpartij] en anderen ongegrond verklaard. De rechtbank heeft geoordeeld dat hun beroep gelet op artikel 8:69a van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) niet kan leiden tot vernietiging van het besluit van 29 september 2022, omdat de bij dat besluit betrokken Natura 2000-gebieden geen onderdeel van hun leefomgeving zijn.
    5.2.    De rechtbank heeft geconcludeerd dat het college ten onrechte de aanvraag voor een natuurvergunning heeft geweigerd, omdat die niet nodig is. De rechtbank heeft het besluit van 29 september 2022 daarom vernietigd en het college opgedragen om een nieuw besluit op de aanvraag te nemen.
    Procesbelang hoger beroep
    6.       BioValue B.V. heeft op de zitting benadrukt dat haar hoger beroep zich alleen richt tot overweging 9.7 van de aangevallen uitspraak, voor zover de rechtbank daarin heeft overwogen dat de eerder vergunde WKK’s op de [locatie 2] zijn betrokken in de milieuvergunningen die ten grondslag hebben gelegen aan de natuurvergunning uit 2015.
    6.1.    Het college stelt zich op het standpunt dat BioValue B.V. geen procesbelang heeft. De aangevallen uitspraak heeft betrekking op het besluit op de aanvraag van 2 november 2020 voor de wijziging van de veehouderij én de mestverwerkingsinstallatie. Het college maakt uit het hoger beroepschrift van BioValue B.V. op dat zij uitsluitend nog de mestverwerkingsinstallatie voor ogen heeft en het aangevraagde project dus wil wijzigen. Het hoger beroep leent zich niet voor een beoordeling daarvan, zo brengt het college naar voren.
    6.2.    Op de zitting heeft BioValue B.V. gesteld nog een procesbelang te hebben, omdat overweging 9.7 van de aangevallen uitspraak, als zij daartegen niet opkomt, haar in een eventuele vervolgprocedure over een nieuw te nemen besluit op de aanvraag kan worden tegengeworpen. BioValue B.V. heeft op de zitting toegelicht dat zij de aanvraag van 2 november 2020 nog niet heeft ingetrokken en dat zij mogelijk een gewijzigde aanvraag bij het college zal indienen.
    6.3.    Omdat BioValue B.V. de aanvraag van 2 november 2020 nog niet heeft ingetrokken, moet het college nog steeds op deze aanvraag beslissen met inachtneming van de uitspraak van de rechtbank. In zoverre heeft BioValue B.V. nog belang bij haar hoger beroep. Dat belang kan ook bij een gewijzigde aanvraag bestaan. Als die gewijzigde aanvraag alleen maar wijzigingen van ondergeschikte aard zou bevatten, dan zou het college die in de lopende procedure over de aanvraag van 2 november 2020 kunnen betrekken. Ook dan moet het college een nieuw besluit op die gewijzigde aanvraag nemen met inachtneming van de uitspraak van de rechtbank. Het valt daarom niet uit te sluiten dat overweging 9.7 in een eventuele vervolgprocedure aan BioValue B.V. wordt tegengeworpen, als zij daartegen niet opkomt. Gelet hierop is een procesbelang aanwezig en is het hoger beroep ontvankelijk.
    Beoordeling hoger beroep
    7.       BioValue B.V. heeft hoger beroep ingesteld, omdat zij meent dat overweging 9.7 van de aangevallen uitspraak van belang is voor het vaststellen van de referentiesituatie. BioValue B.V. betoogt dat de rechtbank ten onrechte heeft vastgesteld dat de eerder vergunde WKK’s op de [locatie 2] zijn betrokken in de milieuvergunningen die ten grondslag hebben gelegen aan de natuurvergunning uit 2015. BioValue B.V. stelt dat de WKK’s juist niet zijn betrokken in die milieuvergunningen. Ter onderbouwing van dit standpunt heeft BioValue B.V. onder meer de voorschriften behorende bij de aan [bedrijf] verleende revisievergunning op grond van de Wet milieubeheer van 7 oktober 2008 en de beschikking van 25 februari 2010 tot gedeeltelijke intrekking van deze revisievergunning overgelegd.
    7.1.    De Afdeling overweegt dat BioValue B.V. niet aannemelijk heeft gemaakt dat de rechtbank ten onrechte heeft vastgesteld dat de eerder vergunde WKK’s op de [locatie 2] zijn betrokken in de milieuvergunningen die ten grondslag hebben gelegen aan de natuurvergunning uit 2015. De Afdeling kan op basis van de door BioValue B.V. overgelegde stukken en de stukken uit het dossier niet vaststellen of, zoals BioValue B.V. stelt, de bedoelde WKK’s niet zijn betrokken in die milieuvergunningen. De Afdeling wijst er in dit verband op dat zij niet beschikt over de aan [bedrijf] verleende vergunningen op grond van de Wet milieubeheer van 9 november 1999 en 7 oktober 2008. BioValue B.V. heeft in hoger beroep dus onvoldoende aanknopingspunten gegeven om te oordelen dat overweging 9.7 van de uitspraak van de rechtbank in zoverre onjuist is.
    Het betoog slaagt niet.
    Het voorwaardelijk incidenteel hoger beroep
    8.       [wederpartij] en anderen hebben incidenteel hoger beroep ingesteld onder de voorwaarde dat het hoger beroep van BioValue B.V. gegrond is. Omdat het hoger beroep van BioValue B.V., gezien het voorgaande, ongegrond zal worden verklaard, is deze voorwaarde niet vervuld en is het incidenteel hoger beroep van [wederpartij] en anderen vervallen. Aan een inhoudelijke bespreking ervan kan dan ook niet worden toegekomen.
    Conclusie
    9.       Het hoger beroep is ongegrond. Het door [wederpartij] en anderen ingestelde voorwaardelijk incidenteel hoger beroep is daarmee vervallen.
    10.     Het college moet een nieuw besluit op de aanvraag nemen. Daarbij moet het college deze uitspraak, de uitspraak van de rechtbank voor zover deze niet of tevergeefs is aangevochten, en het beoordelingskader uit de uitspraak van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923, in acht nemen. Zoals onder 1 van deze uitspraak is weergegeven, is op dat besluit het recht van toepassing zoals dat onmiddellijk vóór 1 januari 2024 gold. Dat zijn in dit geval de relevante bepalingen over de verlening van een natuurvergunning uit de Wnb, het Besluit natuurbescherming en de Regeling natuurbescherming (hierna: Rnb). Daarbij geldt dat, in afwijking van het bepaalde in artikel 2.1 van de Rnb, de versie van AERIUS-Calculator moet worden gebruikt die op grond van artikel 1.4, eerste lid, van de Omgevingsregeling in samenhang gelezen met bijlage II bij de Omgevingsregeling, geldt op het moment van het nemen van het nieuwe besluit (vergelijk de uitspraak van 4 september 2024, ECLI:NL:RVS:2024:3356).
    11.     Met het oog op een efficiënte afdoening van het geschil ziet de Afdeling aanleiding om met toepassing van artikel 8:113, tweede lid, van de Awb te bepalen dat tegen het nieuwe besluit alleen bij haar beroep kan worden ingesteld.
    12.     Het college hoeft geen proceskosten te vergoeden.
    Beslissing
    De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
    I.        verklaart het hoger beroep ongegrond;
    II.       bepaalt dat tegen het te nemen nieuwe besluit alleen bij de Afdeling beroep kan worden ingesteld.
    Aldus vastgesteld door mr. M.M. Kaajan, voorzitter, en mr. J. Gundelach en mr. J.J.W.P. van Gastel, leden, in tegenwoordigheid van mr. T.T. Schipper, griffier.
    w.g. Kaajan
    voorzitter
    w.g. Schipper
    griffier
    Uitgesproken in het openbaar op 29 oktober 2025
    880-1075