ECLI:NL:RBDHA:2025:24760, Rechtbank Den Haag, 17-12-2025, 23/7745
Rechtbank Den Haag — Uitspraak 
Datum: 2025-12-17 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht; Omgevingsrecht

Samenvatting: Het college heeft de aangevraagde natuurvergunning voor uitbreiding van de melkrundveehouderij van eisers terecht geweigerd. Het beroep is ongegrond.

RECHTBANK DEN HAAG
    
    
      Bestuursrecht
    
    
    
      zaaknummer: SGR 23/7745 
    
    
      uitspraak van de enkelvoudige kamer van 17 december 2025 in de zaak tussen
    V.O.F. [eisers sub 1], te [vestigingsplaats],
    
      
        
          [eisers sub 2], [eisers sub 3], en [eisers sub 4], uit [woonplaats], 
      samen te noemen: eisers
      (gemachtigde: mr. L.A.J.F. Timmermans),
    
    
    
      en
    
    
    het college van gedeputeerde staten van Zuid-Holland 
    (gemachtigde: mr. T. van Ooijen).
    
    
    Samenvatting
    
    
      1. Deze uitspraak gaat over de weigering van het college om aan eisers een natuurvergunning te verlenen voor de uitbreiding van hun melkrundveehouderij aan de [adres] in [plaats]. Eisers zijn het niet eens met dat besluit. Zij voeren daartoe een aantal beroepsgronden aan. Aan de hand van deze beroepsgronden beoordeelt de rechtbank de afwijzing van de aanvraag.
    
    
    
      1.1.
      De rechtbank komt in deze uitspraak tot het oordeel dat het beroep ongegrond is. Hierna legt de rechtbank uit hoe zij tot dit oordeel komt en welke gevolgen dit oordeel heeft. 
      
    
  
  
    Achtergrond en procesverloop
    
    
      2. Bij besluit van 29 december 2016 heeft het college voor de veehouderij van eisers een natuurvergunning verleend. De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (de Afdeling) heeft deze vergunning bij uitspraak van 3 juni 2019 vernietigd, omdat de vergunning was voorbereid met verwijzing naar de passende beoordeling die ten grondslag lag aan het Programma Aanpak Stikstof 2015 – 2021 (PAS). 
    
    
    
      2.1.
      Na de uitspraak van de Afdeling hebben eisers hun aanvraag van 7 september 2016 aangevuld en hebben zij diverse malen contact gehad met het college om de ontstane situatie te bespreken. 
      
    
    
      2.2.
      Met het bestreden besluit van 3 oktober 2023 heeft het college geweigerd aan eisers een natuurvergunning te verlenen. 
      
    
    
      2.3.
      Eisers hebben beroep ingesteld tegen het bestreden besluit. 
      
    
    
      2.4.
      Het college heeft een verweerschrift ingediend. Eisers hebben hierop schriftelijk gereageerd. 
      
    
    
      2.5.
      De rechtbank heeft het beroep op 5 november 2025 op zitting behandeld. Aan de zitting is deelgenomen door eisers, bijgestaan door hun gemachtigde en door [naam 1], werkzaam bij Agrifirm NWE B.V.. Het college is vertegenwoordigd door zijn gemachtigde en door [naam 2]. 
      
    
  
  
    Beoordeling door de rechtbank
    
    
      
        Overgangsrecht
        
      
      3. Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur Omgevingswet in werking getreden. Als een aanvraag om een natuurvergunning is ingediend vóór het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet blijft op grond van artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a, van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk vóór dat tijdstip van toepassing tot het besluit op die aanvraag onherroepelijk wordt.
    
    
    
      3.1.
      De aanvraag om een natuurvergunning is ingediend op 7 september 2016. Dat betekent dat in dit geval de Wet natuurbescherming (Wnb) van toepassing blijft.
      
      
        
          Ontvankelijkheid van het beroep
        
      
      
      4. De rechtbank volgt het college niet in zijn standpunt dat het beroep niet tijdig ingediend en daarom niet-ontvankelijk is. Het bestreden besluit is met ingang van 6 oktober 2023 ter inzage gelegd, zodat 17 november 2023 de laatste dag was waarop beroep kon worden ingesteld. Uit de door eisers overgelegde informatie van PostNL blijkt dat het beroepschrift op 17 november 2023 is verzonden. Het beroepschrift is op 21 november 2021 en daarmee binnen een week na het einde van de beroepstermijn ontvangen. Gelet op artikel 6:9, tweede lid, van de Algemene wet bestuursrecht is het beroepschrift daarom tijdig ingediend en dus ontvankelijk.
      
      
        
          Inhoud van het bestreden besluit
          
        
      
      5. Het college stelt zich in het bestreden besluit op het standpunt dat de aangevraagde uitbreiding van het aantal dieren op de veehouderij, leidt tot een maximale toename van stikstofdepositie van 0,21 mol/ha/jaar op het Natura 2000-gebied [gebied] en tot een kleinere toename van stikstofdepositie op zes andere Natura 2000-gebieden. Voor elk van deze gebieden geldt dat de kritische depositiewaarde voor één of meer habitats reeds wordt overschreden, bij sommige habitats zelfs met meer dan 200%. Ook blijkt uit de gebiedsanalyses dat stikstofdepositie één van de belangrijkste knelpunten is om de instandhoudingsdoelstellingen voor deze gebieden te bereiken. Volgens het college is daarom sprake van een activiteit die mogelijk significante effecten heeft op de betrokken Natura 2000-gebieden, zodat hiervoor een natuurvergunning is vereist. Omdat bij de aanvraag geen passende beoordeling is overgelegd waaruit blijkt dat de uitbreiding van de veehouderij de natuurlijke kenmerken van de betrokken gebieden niet zal aantasten, heeft het college de natuurvergunning geweigerd. 
      
      
        
          Ingetrokken beroepsgrond
        
      
      
      6. Eisers hebben zich aanvankelijk op het standpunt gesteld dat voor de uitbreiding van hun veehouderij geen natuurvergunning is vereist. In de schriftelijke reactie op het verweerschrift hebben eisers deze beroepsgrond ingetrokken. De rechtbank zal zich hierover daarom niet uitlaten.  
      
      
        
          Resterende beroepsgronden
        
      
      
      7. Eisers achten de weigering van de natuurvergunning in strijd met de algemene 
      
        beginselen van behoorlijk bestuur. Zij betogen dat de overheid na de zogenoemde PAS-uitspraak van de Afdeling te lang heeft stilgezeten en eisers heeft achtergelaten. De schade als gevolg van deze PAS-uitspraak wordt volgens eisers ten onrechte volledig op hun veehouderij afgewenteld. Zij betogen dat het college niet bereid is om mee te denken over oplossingen en dat het college niet onderkent welke rol het heeft gespeeld in het ontstaan van de situatie waarin hun veehouderij zich nu bevindt. Er was volgens eisers geen enkele reden om nu een weigeringsbesluit te nemen: zij vinden dat zij meer tijd hadden moeten krijgen om met het college tot een oplossing te komen. Eisers wijzen erop dat zij geen financiering meer kunnen krijgen van de bank en dat de veehouderij onverkoopbaar is geworden. Zij vinden het bestreden besluit daarom in strijd met het evenredigheidsbeginsel.    
        Volgens eisers heeft de overheid onvoldoende oog voor de knellende situatie waarin hun veehouderij zich bevindt. Eisers achten – zo begrijpt de rechtbank hun betoog – de introductie van een zogenoemde rekenkundige ondergrens voor stikstofdepositie een veelbelovend instrument. Onder verwijzing naar diverse expert judgements hebben zij in dit verband bepleit dat de door het college gebruikte AERIUS-calculator niet geschikt is om stikstofdeposities van minder dan 1 mol/ha/jaar aan individuele bedrijven toe te rekenen. Volgens eisers kan een rekenkundige ondergrens echter pas worden ingevoerd nadat de overheid voldoet aan de op haar rustende verplichting om te komen tot voldoende natuurbeschermende maatregelen om inzet van dit instrument te kunnen rechtvaardigen. Dat de overheid nalaat om aan die verplichting te voldoen, is volgens eisers onbehoorlijk bestuur. 
      
      
    
    
      7.1.
      
        De rechtbank volgt eisers niet in hun betoog dat het college heeft gehandeld in strijd met de algemene beginselen van behoorlijk bestuur. Het college heeft zich terecht op het standpunt gesteld dat het na de uitspraak van de Afdeling van 3 juni 2019 gehouden was een nieuw besluit te nemen op de aanvraag van eisers om een natuurvergunning. Uit het bestreden besluit blijkt dat de aanvraag is aangevuld met nadere stukken op 17 juli 2020, 7 oktober 2020 en 4 januari 2021. Vervolgens is de behandeling van de aanvraag op verzoek van de toenmalige gemachtigde van eisers voor onbepaalde tijd opgeschort om de mogelijkheden voor intern en extern salderen nader te onderzoeken. Nadat de gemachtigde van eisers op 10 juli 2023 had laten weten dat dit onderzoek niets had opgeleverd en dat de aanvraag verder niet zou worden aangepast, heeft het college het bestreden besluit genomen. 
        Eisers hebben deze weergave van de aanloop naar het bestreden besluit niet gemotiveerd bestreden. Naar het oordeel van de rechtbank hebben eisers voldoende gelegenheid gehad om hun aanvraag aan te vullen en nader te onderbouwen. Nadat hun toenmalige gemachtigde had laten weten dat geen aanvullende stukken meer zouden worden ingediend, was het college gehouden om een besluit op de aanvraag te nemen. In wat eisers hebben aangevoerd ziet de rechtbank geen grond voor het oordeel dat het college hiermee langer had moeten wachten om met eisers tot een onderlinge oplossing voor de ontstane situatie te komen. 
      
      
    
    
      7.2.
      Bij het nemen van het bestreden besluit heeft het college terecht de op dat moment geldende wet- en regelgeving toegepast. Het college heeft voor het bepalen van de stikstofdepositie van de veehouderij gebruik gemaakt van de toen beschikbare versie van de AERIUS-calculator. Het gebruik van dit instrument was destijds dwingend voorgeschreven in artikel 2.1, eerste lid, van de Regeling Natuurbescherming. De rechtbank volgt eisers niet voor zover zij hebben betoogd dat de AERIUS-calculator niet gebruikt mocht worden omdat deze niet in staat is om stikstofdeposities van minder dan 1 mol/ha/jaar betrouwbaar toe te rekenen aan individuele bedrijven. In de rechtspraak is aanvaard dat de AERIUS-calculator is gebaseerd op de meest recente wetenschappelijke inzichten en actueel wordt gehouden door hierin nieuwe gegevens en inzichten te verwerken. Het was op dat moment het beste beschikbare rekenmodel en ook geschikt voor het maken van projectberekeningen.
      
    
    
      7.3.
      Op basis van de berekeningen die zijn uitgevoerd met de AERIUS-calculator, heeft het college zich terecht op het standpunt gesteld dat de veehouderij na uitbreiding zorgt voor stikstofdepositie op stikstofoverbelaste Natura 2000-gebieden. Dit is tussen partijen ook niet in geschil. Dat betekent dat het college zich terecht op het standpunt heeft gesteld dat voor de aangevraagde uitbreiding van de veehouderij een natuurvergunning vereist is en dat die pas kan worden verleend als uit een passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat de natuurlijke kenmerken van de betrokken natuurgebieden niet worden aangetast. Nu de effecten van de stikstofdepositie door de veehouderij van eisers in dit geval niet in een passende beoordeling zijn onderzocht, heeft het college zich terecht op het standpunt gesteld dat niet is voldaan aan artikel 2.8, derde lid, van de Wnb.  
      
      
        8. Over het beroep van eisers op het evenredigheidsbeginsel overweegt de rechtbank het volgende. Het bestreden besluit is gebaseerd op artikel 2.8, derde lid, van de Wnb. De rechtbank begrijpt het betoog van eisers zo, dat zij vinden dat het toepassen van deze bepaling in hun geval onevenredig uitpakt en daarom achterwege had moeten blijven. 
      
      
    
    
      8.1.
      De rechtbank stelt voorop dat artikel 2.8, derde lid, van de Wnb een bepaling in een wet in formele zin is. Het toetsingsverbod uit artikel 120 van de Grondwet staat eraan in de weg dat deze bepaling wordt getoetst aan het evenredigheidsbeginsel.
      
    
    
      8.2.
      Dat neemt niet weg dat de rechter in bepaalde gevallen een wetsbepaling buiten toepassing kan laten. Daartoe bestaat aanleiding als toepassing van die bepaling in verband met daarin niet verdisconteerde omstandigheden in strijd zou komen met een fundamenteel rechtsbeginsel (zoals het evenredigheidsbeginsel). Als sprake is van bijzondere omstandigheden die niet of niet ten volle zijn verdisconteerd in de afweging van de wetgever, kan aanleiding bestaan om tot een andere uitkomst te komen dan waartoe toepassing van de wettelijke bepaling leidt. Dat is het geval indien die niet verdisconteerde bijzondere omstandigheden de toepassing van de wettelijke bepaling zozeer in strijd doen zijn met algemene rechtsbeginselen of (ander) ongeschreven recht dat die toepassing achterwege moet blijven.
      
    
    
      8.3.
      Naar het oordeel van de rechtbank doen zich in het geval van eisers echter geen bijzondere omstandigheden voor die niet of niet ten volle zijn verdisconteerd in de afweging van de wetgever. Artikel 2.8, derde lid, van de Wnb is een dwingend geformuleerde bepaling, die voorschrijft dat een natuurvergunning uitsluitend wordt verleend als wordt voldaan aan de voorwaarden die in deze bepaling zijn geformuleerd. Dat houdt in dat een natuurvergunning slechts wordt verleend nadat uit een passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat de aangevraagde activiteit de natuurlijke kenmerken van de betrokken natuurgebieden niet zal aantasten. Als de passende beoordeling deze zekerheid niet biedt en geen sprake is van een situatie zoals bedoeld in artikel 2.8, vierde lid, van de Wnb, dan moet de natuurvergunning worden geweigerd. Het natuurbelang verzet zich in dat geval tegen vergunningverlening, ongeacht het belang van de aanvrager van de vergunning. Bij de totstandkoming van deze bepaling moet door de wetgever zijn onderkend dat weigering van de natuurvergunning voor de aanvrager verstrekkende (financiële) gevolgen kan hebben. Dat ook eisers deze verstrekkende gevolgen ervaren, is dus geen bijzondere omstandigheid in de hier bedoelde zin. 
      
    
    
      8.4.
      Omdat zich in dit geval geen bijzondere omstandigheden voordoen die niet of niet ten volle zijn verdisconteerd in de afweging van de wetgever, wordt niet toegekomen aan de vraag of toepassing van artikel 2.8, derde lid, van de Wnb zozeer in strijd komt met het evenredigheidsbeginsel dat die toepassing achterwege had moeten blijven. 
      
    
    
      8.5.
      
        Wat eisers voor het overige hebben aangevoerd ziet – zo begrijpt de rechtbank – met name op de nalatigheid van de rijksoverheid om met voldoende voortvarendheid te komen tot robuuste en effectieve natuurherstelmaatregelen. Eisers hebben ter zitting op invoelbare wijze toegelicht welke gevolgen dit voor hen heeft. Het is de rechtbank duidelijk dat de situatie waarin eisers zich al geruime tijd bevinden, bij hen voor veel onzekerheid en verdriet zorgt. Zij zijn de dupe geworden van de juridisch niet houdbaar gebleken PAS-regelgeving en wachten nu al jaren op nieuwe stikstofregels die perspectief of in ieder geval duidelijkheid en houvast bieden voor de toekomst. Al eerder is in de rechtspraak geconstateerd dat het sinds de PAS-uitspraak van de Afdeling aan het kabinet en de wetgever is om met goed doordachte generieke maatregelen te komen waar natuurorganisaties, bedrijven, burgers en lokale overheden mee verder kunnen in concrete gevallen. Ook de Afdeling advisering van de Raad van State heeft recentelijk nog benadrukt dat er een belangrijke opgave voor de overheid ligt om werk te maken van stevig natuurherstelbeleid en dat een robuust, geloofwaardig en effectief pakket van natuurherstelmaatregelen nodig is, gericht op het behalen van landelijke instandhoudingsdoelstellingen voor Natura 2000-gebieden en het voorkomen van verslechtering van die gebieden. De rechtbank stelt vast dat deze maatregelen ten tijde van het bestreden besluit nog niet waren getroffen. 
        Wat eisers hebben aangevoerd over de handelwijze van de rijksoverheid in het stikstofdossier, tast echter de rechtmatigheid van het bestreden besluit van het college niet aan. Ook het college heeft in het bestreden besluit tot uiting gebracht dat het beseft dat de ontstane situatie voor eisers moeilijk te verkroppen is. Daaraan heeft het college echter terecht toegevoegd dat het gehouden was om de aanvraag van eisers te beoordelen aan de hand van de op dat moment geldende wet- en regelgeving. Uit wat is overwogen onder 7.1 tot en met 8.4 volgt dat het college dit op de juiste wijze heeft gedaan, door aan te nemen dat de stikstofdepositie van de veehouderij kan zorgen voor significante negatieve effecten op de betrokken Natura 2000-gebieden en dus bij het ontbreken van een passende beoordeling niet kon worden vergund. 
      
      
      9. Uit de toelichting die eisers ter zitting hebben gegeven, begrijpt de rechtbank dat zij van plan zijn om alsnog een passende beoordeling te laten maken. Hun voornemen is om hierin (een deel van) de stikstofdepositie als gevolg van hun veehouderij in de aangevraagde situatie, weg te strepen tegen de stikstofdepositie in de referentiesituatie (intern salderen). Zij hebben de rechtbank in dit verband verzocht om – ten overvloede – een oordeel te geven over de wijze waarop het college in het bestreden besluit de referentiesituatie heeft bepaald, zodat daarmee rekening kan worden gehouden in de passende beoordeling. Met name wensen zij te vernemen of het college het vergunde veebestand terecht op grond van een verhouding van 1:0,7 heeft opgedeeld in melkkoeien ouder dan twee jaar en vrouwelijk jongvee tot twee jaar. 
      
      10. Het college heeft de referentiesituatie in het bestreden besluit ontleend aan de Hinderwetvergunning van eisers die is verleend op 1 november 1988. Volgens het college zijn met deze Hinderwetvergunning 81 stuks melkrundvee vergund. Hierbij heeft het college een splitsing aangebracht tussen melk- en kalfkoeien ouder dan twee jaar en vrouwelijk jongvee tot twee jaar in een verhouding van 1:0,7. Het college heeft daarom aangenomen dat in de referentiesituatie sprake was van een veehouderij met 48 melk- en kalfkoeien ouder dan twee jaar en 33 stuks vrouwelijk jongvee tot twee jaar. 
      
      11. Eisers betogen dat het college ten onrechte de 81 vergunde dieren heeft opgesplitst in 48 melk- en kalfkoeien ouder dan twee jaar en 33 stuks vrouwelijk jongvee tot twee jaar. Volgens eisers had het college moeten aannemen dat 81 melkkoeien van ouder dan twee jaar zijn vergund en dat daarbovenop (0,7x81 = ) 56 stuks vrouwelijk jongvee op de veehouderij aanwezig mochten zijn. 
      
    
    
      11.1.
      De rechtbank volgt eisers hierin niet. De verhouding 1:0,7 dient uitsluitend te worden gehanteerd in een situatie waarin in het verleden vergunning is verleend en een veebestand is gehouden waarbij slechts het aantal stuks melkvee of het aantal melkkoeien bekend is en geen informatie voorhanden is over het aantal stuks jongvee. Als die situatie zich voordoet, dan geldt de verhouding 1:0,7 op de wijze zoals die door het college is toegepast. Dat wil zeggen dat het totale aantal vergunde dieren dient te worden gesplitst in een deel melkkoeien en een deel vrouwelijk jongvee jonger dan twee jaar. Dit volgt uit rechtspraak van de Afdeling. Als informatie voorhanden is waaruit een andere verhouding tussen melkvee en jongvee blijkt, dan dient van die verhouding te worden uitgegaan. Dergelijke informatie heeft de rechtbank niet aangetroffen in het dossier. Mocht die informatie toch voorhanden zijn, dan ligt het op de weg van eisers om die bij het college onder de aandacht te brengen. 
      
      
    
  
  
    Conclusie en gevolgen
    
    
      12. Het voorgaande leidt tot de conclusie dat het college de aangevraagde natuurvergunning terecht heeft geweigerd. 
    
    
    
      12.1.
      Het beroep is ongegrond. Eisers krijgen daarom het griffierecht niet terug. Zij krijgen ook geen vergoeding van hun proceskosten.
      
    
  
  
    Beslissing
    
    
      De rechtbank verklaart het beroep ongegrond. 
    
    
    
    
    
    
      Deze uitspraak is gedaan door mr. A.C. de Winter, rechter, in aanwezigheid van mr. I. Geerink-van Loon, griffier.
      Uitgesproken in het openbaar op 17 december 2025.
    
    
    
    
    
    
    
    
      
        
        
        
          
            
              griffier
            
            
              rechter
            
          
        
      
    
    
    
    
      Een afschrift van deze uitspraak is verzonden aan partijen op:
    
    
    
  
  
    Informatie over hoger beroep
    Een partij die het niet eens is met deze uitspraak, kan een hogerberoepschrift sturen naar de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waarin wordt uitgelegd waarom deze partij het niet eens is met deze uitspraak. Het hogerberoepschrift moet worden ingediend binnen zes weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. Kan de indiener de behandeling van het hoger beroep niet afwachten, omdat de zaak spoed heeft, dan kan de indiener de voorzieningenrechter van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State vragen om een voorlopige voorziening (een tijdelijke maatregel) te treffen. 
  
  
     Een vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming.
  
  
     ECLI:NL:RVS:2019:2267.
  
  
     Uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1603.
  
  
     Zie bijvoorbeeld de uitspraak van de Afdeling van 16 december 2023, ECLI:NL:RVS:2023:4540.
  
  
     Zie de uitspraak van de Afdeling van 1 maart 2023, ECLI:NL:RVS:2023:772
  
  
     Zie bijvoorbeeld de uitspraak van de rechtbank Midden-Nederland van 18 december 2024, ECLI:NL:RBMNE:2024:6902.
  
  
     Zie de voorlichting naar aanleiding van het voorstel voor een rekenkundige ondergrens stikstof van 21 mei 2025 (W11.25.00063/IV), www.raadvanstate.nl. 
  
  
     Zie de uitspraak van de Afdeling van 17 mei 2017, ECLI:NL:RVS:2017:1305.
  
  
     Zie de uitspraken van de Afdeling van 14 juni 2006, ECLI:NL:RVS:2006:AX8514 en 24 juni 2015, ECLI:NL:RVS:2015:1946.