ECLI:NL:RVS:2025:4555, Raad van State, 24-09-2025, 202304146/1/R2
Raad van State — Uitspraak 
Datum: 2025-09-24 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Bij besluit van 9 december 2021 heeft het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant aan [appellant A] een vergunning op grond van artikel 2.7 van de Wet natuurbescherming verleend voor de wijziging van een melkveehouderij aan de [locatie] in Alphen. [appellant A] exploiteert een melkrundveehouderij aan de [locatie] in Alphen. De veehouderij is gelegen nabij stikstofgevoelige Natura 2000-gebieden. Voor de exploitatie van het bedrijf is op 11 december 2015 een vergunning verleend met toepassing van het Programma Aanpak Stikstof 2015-2021 voor 571 melk- en kalfkoeien, 122 stuks vrouwelijk jongvee, 1 fokstier en 5 paarden. De natuurvergunning uit 2015 ziet onder andere op 200 melk- en kalfkoeien in stal 5a met emissiearm stalsysteem A1.28 en 251 melk- en kalfkoeien in stal 5b met emissiearm stalsysteem A1.13. [appellant A] heeft op 20 augustus 2019 een natuurvergunning aangevraagd voor de wijziging van de melkveehouderij. De aanvraag heeft betrekking op het houden van 547 melk- en kalfkoeien, 50 stuks vrouwelijk jongvee en 5 paarden. Ten opzichte van de natuurvergunning uit 2015 neemt het aantal melk- en kalfkoeien en jongvee af. Ook worden de stalsystemen in stallen 2 en 5a gewijzigd. Verder worden de verdeling van het veebestand over de stallen en de indeling van de stallen gewijzigd.

202304146/1/R2.
    Datum uitspraak: 24 september 2025
    AFDELING
    BESTUURSRECHTSPRAAK
    Uitspraak op de hoger beroepen van:
    1.       [appellant A], gevestigd in Alphen, gemeente Alphen-Chaam (hierna: [appellant A]),
    2.       [appellant B], gevestigd in Tilburg, en [appellant C], gevestigd in Breda (hierna samen en in enkelvoud: [appellant B en C]),
    appellanten,
    tegen de uitspraak van de rechtbank Oost­-Brabant van 12 mei 2023 in zaak nr. 22/225 in het geding tussen:
    [appellant B en C]
    en
    het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant.
    Procesverloop
    Bij besluit van 9 december 2021 heeft het college aan [appellant A] een vergunning op grond van artikel 2.7 van de Wet natuurbescherming (hierna: Wnb) verleend (hierna: de natuurvergunning) voor de wijziging van een melkveehouderij aan de [locatie] in Alphen.
    Bij uitspraak van 12 mei 2023 heeft de rechtbank het daartegen door [appellant B en C] ingestelde beroep gegrond verklaard, het besluit van 9 december 2021 vernietigd en het college opdragen om een nieuw besluit op de aanvraag te nemen.
    Tegen deze uitspraak heeft [appellant A] hoger beroep ingesteld.
    [appellant B en C] heeft een schriftelijke uiteenzetting gegeven.
    [appellant B en C] heeft incidenteel hoger beroep ingesteld.
    [appellant A] heeft een zienswijze naar voren gebracht.
    [appellant A], [appellant B en C] en het college hebben nadere stukken ingediend.
    De Afdeling heeft de zaak op zitting behandeld op 8 juli 2025, waar [appellant A], vertegenwoordigd door mr. R.A.M. Verkoijen, advocaat in Helmond, [appellant B en C], vertegenwoordigd door mr. F. Dingemans en mr. M.L.A. van der Heijde, en het college, vertegenwoordigd door mr. A. Speekenbrink, zijn verschenen.
    Overwegingen
    Overgangsrecht Inwerkingtreding Omgevingswet
    1.       Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur Omgevingswet in werking getreden. Als een aanvraag om een natuurvergunning is ingediend vóór het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet, dan blijft op grond van artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a, van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk vóór dat tijdstip van toepassing tot het besluit op die aanvraag onherroepelijk wordt.
    De aanvraag om een natuurvergunning is ingediend op 20 augustus 2019. Dat betekent dat in dit geval de Wnb, zoals die gold vóór 1 januari 2024, van toepassing blijft.
    Inleiding
    2.       [appellant A] exploiteert een melkrundveehouderij aan de [locatie] in Alphen. De veehouderij is gelegen nabij stikstofgevoelige Natura 2000-gebieden. Voor de exploitatie van het bedrijf is op 11 december 2015 een vergunning verleend met toepassing van het Programma Aanpak Stikstof 2015-2021 (hierna: natuurvergunning uit 2015) voor 571 melk- en kalfkoeien, 122 stuks vrouwelijk jongvee, 1 fokstier en 5 paarden. De natuurvergunning uit 2015 ziet onder andere op 200 melk- en kalfkoeien in stal 5a met emissiearm stalsysteem A1.28 en 251 melk- en kalfkoeien in stal 5b met emissiearm stalsysteem A1.13.
    3.       [appellant A] heeft op 20 augustus 2019 een natuurvergunning aangevraagd voor de wijziging van de melkveehouderij. De aanvraag heeft betrekking op het houden van 547 melk- en kalfkoeien, 50 stuks vrouwelijk jongvee en 5 paarden. Ten opzichte van de natuurvergunning uit 2015 neemt het aantal melk- en kalfkoeien en jongvee af. Ook worden de stalsystemen in stallen 2 en 5a gewijzigd. Verder worden de verdeling van het veebestand over de stallen en de indeling van de stallen gewijzigd.
    4.       Het college heeft de gevraagde natuurvergunning verleend. Het college heeft de omvang van de emissie berekend met behulp van de emissiefactoren, die voor de aangevraagde stalsystemen zijn opgenomen in de Regeling ammoniak en veehouderij (hierna: Rav-emissiefactor). Uit de bij de aanvraag gevoegde berekeningen met AERIUS Calculator volgt dat de wijziging ten opzichte van de referentiesituatie leidt tot een toename van 0,01 mol N/ha/jaar op het Natura 2000-gebied "Kempenland-West". Door de toepassing van extern salderen wordt deze toename geheel teniet gedaan. Volgens het college zal de aangevraagde wijziging daarom niet leiden tot een aantasting van de natuurlijke kenmerken van Natura 2000-gebieden.
    Aangevallen uitspraak
    5.       De rechtbank heeft het beroep gegrond verklaard, het besluit van 9 december 2021 vernietigd en het college opgedragen om een nieuw besluit op de aanvraag te nemen.
    De rechtbank heeft geen aanleiding gezien voor het oordeel dat het college de wijze waarop stal 5a bij de natuurvergunning uit 2015 is vergund niet in de referentiesituatie mocht betrekken. De stal is gerealiseerd, de activiteit wordt uitgevoerd en de natuurvergunning uit 2015 is onherroepelijk. Dat stal 5a anders is gerealiseerd dan in de natuurvergunning uit 2015 is voorgeschreven en de activiteit dus in afwijking van de natuurvergunning wordt uitgevoerd, betekent volgens de rechtbank niet dat van de feitelijke emissie van stal 5a moet worden uitgegaan in plaats van de in 2015 vergunde situatie.
    Verder heeft de rechtbank geoordeeld dat, in navolging van de uitspraak van de Afdeling van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2622, de emissie van stalsysteem A1.13 met behulp van de Rav-emissiefactor voor dat stalsysteem niet met de vereiste zekerheid in kaart kan worden gebracht. De rechtbank heeft [appellant A] niet gevolgd in haar stelling dat deze onzekerheid in dit geval niet afdoet aan de conclusie dat de aangevraagde wijziging geen significante gevolgen heeft, omdat in de beoogde situatie minder dieren worden gehouden in stallen met een emissiearmer stalsysteem dan in de referentiesituatie.
    Verder heeft de rechtbank in overweging 5.5 van haar uitspraak overwogen dat maatregelen kunnen worden genomen om te bereiken dat het emissiearme stalsysteem A1.13 wel doet wat de Rav belooft. Deze beschermingsmaatregelen kunnen volgens de rechtbank worden betrokken bij de passende beoordeling.
    De rechtbank is gelet op het voorgaande tot de conclusie gekomen dat de natuurvergunning in strijd met de artikelen 2.7 en 2.8 van de Wnb is verleend. De rechtbank heeft daarom geen aanleiding meer gezien om de overige beroepsgronden, zoals de beroepsgrond over de strijdigheid met artikel 2.69 van de Interim Omgevingsverordening Noord-Brabant (hierna: IOV), te bespreken.
    Beoordeling incidenteel hoger beroep [appellant B en C]
    Ingetrokken hoger beroepsgronden
    6.       Op de zitting heeft [appellant B en C] de hoger beroepsgronden dat de rechtbank niet heeft onderkend dat de referentiesituatie ten onrechte is ontleend aan de natuurvergunning uit 2015, dat de rechtbank ten onrechte haar beroepsgrond over artikel 2.69 van de IOV niet heeft besproken, en dat de rechtbank niet heeft onderkend dat het college ten onrechte niet heeft getoetst aan de voorwaarden voor extern salderen in de Beleidsregel Natuurbescherming Noord-Brabant, ingetrokken. Ook heeft [appellant B en C] op de zitting haar hoger beroepsgrond over overweging 5 van de aangevallen uitspraak ingetrokken. Dat betekent dat voor het incidenteel hoger beroep van [appellant B en C] alleen nog overblijft de beroepsgrond over de omvang van de referentiesituatie.
    Omvang van de referentiesituatie
    7.       [appellant B en C] betoogt dat de rechtbank ten onrechte heeft geoordeeld dat het college de emissies van stal 5a mocht betrekken in de referentiesituatie. [appellant B en C] voert hierover aan dat stal 5a in afwijking van de natuurvergunning uit 2015 niet met een emissiearm stalsysteem, maar met een traditioneel stalsysteem is uitgevoerd. Omdat de gevolgen van stal 5a met een traditioneel stalsysteem niet passend zijn beoordeeld, kon het college deze daarom niet betrekken in de referentiesituatie.
    7.1.    De rechtbank heeft op basis van haar uitspraak van 21 januari 2022, ECLI:NL:RBOBR:2022:192, en de rechtspraak van de Afdeling over intern salderen zoals die vóór de uitspraak van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923 (hierna: 18 december-uitspraak) gold, geoordeeld dat het college de in de natuurvergunning uit 2015 vergunde stal 5a mocht betrekken in de referentiesituatie. In de 18 december-uitspraak heeft de Afdeling haar rechtspraak over intern salderen gewijzigd. Onder 19.2 van deze uitspraak is uiteengezet op welke wijze de omvang van de referentiesituatie die ontleend wordt aan een natuurvergunning en die als mitigerende maatregel in een passende beoordeling mag worden ingezet, kan worden bepaald. Daarbij geldt niet de voorwaarde dat de vergunde activiteit feitelijk aanwezig is. Relevant is of de gevolgen die zijn toe te rekenen aan de vergunde activiteit aanwezig waren of konden zijn. Dat is het geval als het project alsnog kan worden gerealiseerd en in gebruik kan worden genomen op basis van de natuurvergunning waaraan de referentiesituatie wordt ontleend. Niet is gebleken dat daar in de voorliggende situatie niet aan is voldaan. Dit betekent dat de rechtbank ook in het licht van de 18 december-uitspraak terecht heeft geoordeeld dat het college de vergunde stal 5a mocht betrekken in de referentiesituatie.
    Het betoog slaagt niet.
    Beoordeling hoger beroep [appellant A]
    Emissie van stalsysteem A1.13
    8.       [appellant A] betoogt dat de rechtbank haar natuurvergunning ten onrechte heeft vernietigd. [appellant A] voert aan dat de rechtbank haar ten onrechte niet is gevolgd in haar stelling dat de onzekerheid over de juistheid van de Rav-emissiefactor voor stalsysteem A1.13 in dit geval niet in de weg staat aan vergunningverlening met toepassing van intern salderen. Omdat in de beoogde situatie minder melk- en kalfkoeien worden gehouden in stallen met emissiearm stalsysteem A1.13 zal de emissie in de beoogde situatie hoe dan ook lager uitvallen dan de emissie in de referentiesituatie die uitgaat van meer dieren in stallen met, naast het emissiearme stalsystemen A1.13, ook stalsysteem A1.28. De rechtbank heeft in dit verband ten onrechte van belang geacht dat stalsystemen A1.13 en A1.28 verschillende stalsystemen zijn. [appellant A] voert hierover aan dat de werking van deze stalsystemen nagenoeg hetzelfde is en dat ook de emissie van stalsysteem A1.28 niet met behulp van de Rav-emissiefactor voor dat stalsysteem met de vereiste zekerheid in kaart kan worden gebracht. [appellant A] wijst in dit verband op de uitspraak van de Afdeling van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2624, onder 5.2.
    8.1.    In de 18 december-uitspraak heeft de Afdeling uiteengezet dat intern salderen met de referentiesituatie onder voorwaarden als mitigerende maatregel in een passende beoordeling mag worden betrokken. Bij intern salderen gaat het om een vergelijking tussen de gevolgen van het toegestane project in de referentiesituatie en de gevolgen van het project na wijziging.
    8.2.    In een passende beoordeling moet de emissie uit stallen met de vereiste zekerheid in kaart worden gebracht. Dit vereiste volgt uit het voorzorgsbeginsel dat ten grondslag ligt aan artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. Als de Rav-emissiefactor die vereiste zekerheid biedt, dan kan het college bij natuurvergunningen voor het bepalen van de omvang van de emissie van emissiearme stalsystemen de emissiefactor uit de Rav toepassen (vergelijk 6-6.2 van de uitspraak van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2557).
    8.3.    Zoals de Afdeling heeft overwogen in haar uitspraak van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2557, kan de emissie van stalsysteem A1.13 met behulp van de Rav-emissiefactor voor dat stalsysteem niet met de vereiste zekerheid in kaart worden gebracht. Een berekening van de emissie met de Rav-emissiefactor voor stalsysteem A1.13 kan daarom nu niet zonder meer worden gebruikt in een passende beoordeling voor een natuurvergunning. De Afdeling kwam in haar uitspraak van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2624, tot dezelfde conclusie voor stalsysteem A1.28.
    8.4.    De rechtbank heeft [appellant A] niet gevolgd in haar stelling dat de onzekerheid over de juistheid van de Rav-emissiefactor voor stalsysteem A1.13 in dit geval niet in de weg staat aan vergunningverlening met toepassing van intern salderen, omdat in de beoogde situatie minder melk- en kalfkoeien in stallen met emissiearm stalsysteem A1.13 worden gehouden terwijl de referentiesituatie uitgaat van meer dieren in stallen met emissiearme stalsystemen A1.13 en A1.28. Dit oordeel van de rechtbank is juist. De rechtbank heeft in dit verband terecht van belang geacht dat stalsystemen A1.13 en A1.28 verschillende stalsystemen zijn. Weliswaar zijn deze stalsystemen vergelijkbaar wat betreft hun werkingsprincipe, maar dit betekent niet zonder meer dat de mate van onzekerheid over hun emissiereducerende werking en dus de omvang van hun emissiereductie gelijk te stellen is. Daardoor kan de berekende emissie en daarmee ook de depositie uit de stallen met emissiearm stalsysteem A1.13 in de beoogde situatie niet met de vereiste zekerheid worden vergeleken met de berekende emissie en depositie uit de stallen met emissiearme stalsystemen A1.13 en A1.28 in de referentiesituatie. De rechtbank heeft de natuurvergunning dan ook terecht vernietigd.
    Het betoog slaagt niet.
    Conclusie
    9.       Het hoger beroep is ongegrond. Het incidenteel hoger beroep is ongegrond. De aangevallen uitspraak moet worden bevestigd.
    9.1.    Het college moet een nieuw besluit op de aanvraag nemen. Daarbij moet het college deze uitspraak, de uitspraak van de rechtbank voor zover deze niet of tevergeefs is aangevochten, en het beoordelingskader uit de uitspraak van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923, in acht nemen. Zoals onder 1 van deze uitspraak is weergegeven, is op dat besluit het recht van toepassing zoals dat onmiddellijk vóór 1 januari 2024 gold. Dat zijn in dit geval de relevante bepalingen over de verlening van een natuurvergunning uit de Wnb, het Besluit natuurbescherming en de Regeling natuurbescherming (hierna: Rnb). Daarbij geldt dat, in afwijking van het bepaalde in artikel 2.1 van de Rnb, de versie van AERIUS-Calculator moet worden gebruikt die op grond van artikel 1.4, eerste lid, van de Omgevingsregeling in samenhang gelezen met bijlage II bij de Omgevingsregeling, geldt op het moment van het nemen van het nieuwe besluit (vergelijk de uitspraak van 4 september 2024, ECLI:NL:RVS:2024:3356).
    10.     Met het oog op een efficiënte afdoening van het geschil ziet de Afdeling ook aanleiding om met toepassing van artikel 8:113, tweede lid, van de Awb te bepalen dat tegen het nieuwe besluit alleen bij haar beroep kan worden ingesteld.
    11.     Het college hoeft geen proceskosten te vergoeden.
    Beslissing
    De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
    I.        bevestigt de aangevallen uitspraak;
    II.       bepaalt dat tegen het te nemen nieuwe besluit alleen bij de Afdeling beroep kan worden ingesteld.
    Aldus vastgesteld door mr. M.M. Kaajan, voorzitter, en mr. J. Gundelach en mr. J.J.W.P. van Gastel, leden, in tegenwoordigheid van mr. T.T. Schipper, griffier.
    w.g. Kaajan
    voorzitter
    w.g. Schipper
    griffier
    Uitgesproken in het openbaar op 24 september 2025
    880-1075