ECLI:NL:RVS:2025:4231, Raad van State, 03-09-2025, 202305657/1/R2
Raad van State — Uitspraak 
Datum: 2025-09-03 00:00:00.000000
Rechtsgebied: Bestuursrecht

Samenvatting: Bij besluit van 13 oktober 2020 heeft Het college van gedeputeerde staten van Gelderland aan [appellant] een vergunning verleend op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming voor het wijzigen van een bestaande veehouderij. [appellant] exploiteert een veehouderij met kippen, varkens en koeien aan de [locatie] in Otterloo. Hij heeft in december 2016 een natuurvergunning aangevraagd voor het veranderen van de veehouderij. Deze aanvraag is op 9 juni 2020 en 9 juli 2020 aangepast. Het college heeft een natuurvergunning verleend op 13 oktober 2020, omdat de gevolgen van de wijziging niet meer of anders zijn dan de referentiesituatie. De referentiesituatie is ontleend aan het besluit van 11 oktober 2010, dat een positieve weigering was van een aanvraag voor een natuurvergunning. In het besluit van 11 oktober 2010 staat dat de aangevraagde natuurvergunning voor het veranderen van het project ten opzichte van de op 17 december 2007 verleende natuurvergunning wordt geweigerd, omdat de activiteiten niet vergunningplichtig zijn. De activiteiten zijn niet vergunningplichtig, omdat deze niet leiden tot meer of andere gevolgen dan hetgeen is vergund in 2007, zo staat in het besluit.

202305657/1/R2.
    Datum uitspraak: 3 september 2025
    AFDELING
    BESTUURSRECHTSPRAAK
    Uitspraak op het hoger beroep van:
    [appellant], gevestigd in [plaats],
    appellant,
    tegen de uitspraak van de rechtbank Gelderland van 24 juli 2023 in zaak nr. 20/6237 in het geding tussen:
    Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A en de Vereniging Leefmilieu (hierna: MOB en anderen), beide gevestigd in Nijmegen,
    en
    Het college van gedeputeerde staten van Gelderland.
    Procesverloop
    Bij besluit van 13 oktober 2020 heeft het college aan [appellant] een vergunning verleend op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming (hierna: Wnb) voor het wijzigen van een bestaande veehouderij (hierna: de natuurvergunning).
    Bij uitspraak van 24 juli 2023 heeft de rechtbank het door MOB en anderen daartegen ingestelde beroep gegrond verklaard, het besluit vernietigd en het college opgedragen om een nieuw besluit te nemen.
    Tegen deze uitspraak heeft [appellant] hoger beroep ingesteld.
    MOB en anderen hebben een schriftelijke uiteenzetting gegeven.
    MOB en anderen, het college en [appellant] hebben nadere stukken ingediend.
    De Afdeling heeft de zaak op een zitting behandeld op 2 juli 2025, waar [appellant], vertegenwoordigd door [gemachtigden], bijgestaan door drs. R.A.M. van Woerden, rechtsbijstandverlener te Zwolle, en MOB en anderen, vertegenwoordigd door ir. A.K.M. van Hoof, rechtsbijstandverlener in Gennep, zijn verschenen. Verder is op de zitting het college, vertegenwoordigd door mr. drs. T. Meijs, bijgestaan door mr. L. Verhees en mr. U. Franssen, beiden advocaat te Den Haag, als partij gehoord.
    Overwegingen
    Overgangsrecht inwerkingtreding Omgevingswet
    1.       Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur Omgevingswet in werking getreden. Als een aanvraag om een natuurvergunning is ingediend vóór het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet, dan blijft op grond van artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a, van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk vóór dat tijdstip van toepassing tot het besluit op die aanvraag onherroepelijk wordt.
    De aanvraag om een natuurvergunning is ingediend op 29 december 2016. Dat betekent dat in dit geval de Wet natuurbescherming, zoals die gold vóór 1 januari 2024, van toepassing blijft.
    Inleiding
    2.       [appellant] exploiteert een veehouderij met kippen, varkens en koeien aan de [locatie] in Otterloo. Hij heeft in december 2016 een natuurvergunning aangevraagd voor het veranderen van de veehouderij. Deze aanvraag is op 9 juni 2020 en 9 juli 2020 aangepast. Het college heeft een natuurvergunning verleend op 13 oktober 2020, omdat de gevolgen van de wijziging niet meer of anders zijn dan de referentiesituatie. De referentiesituatie is ontleend aan het besluit van 11 oktober 2010, dat een positieve weigering was van een aanvraag voor een natuurvergunning.
    2.1.    In het besluit van 11 oktober 2010 staat dat de aangevraagde natuurvergunning voor het veranderen van het project ten opzichte van de op 17 december 2007 verleende natuurvergunning wordt geweigerd, omdat de activiteiten niet vergunningplichtig zijn. De activiteiten zijn niet vergunningplichtig, omdat deze niet leiden tot meer of andere gevolgen dan hetgeen is vergund in 2007, zo staat in het besluit. Ook staat in het besluit dat wat is aangevraagd mag worden uitgevoerd.
    Aangevallen uitspraak
    3.       In overweging 7.2-7.3 van haar uitspraak heeft de rechtbank geoordeeld dat het besluit van 11 oktober 2010 evident onjuist is. Volgens de rechtbank is het besluit evident onjuist, omdat in het besluit ten onrechte er vanuit wordt gegaan dat geen sprake is van een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de natuurtoestemming van 17 december 2007. Daartoe overweegt de rechtbank dat in het besluit van 11 oktober 2010 een tabel 2 staat met de aangevraagde en huidige situatie. In de tabel staat dat in de aangevraagde situatie het stalsystem D.3.2.7.2.1 wordt gebruikt voor vleesvarkens, terwijl in de berekening van de gevolgen van de aangevraagde situatie wordt gerekend met stalsysteem D.3.2.7.1.2. Deze twee stalsystemen hebben een andere Rav-emissiefactor, waardoor volgens de rechtbank wel sprake is van een toename van stikstofdepositie. Gelet hierop had een passende beoordeling moeten worden uitgevoerd, maar dit is niet gedaan. Gelet op deze onjuistheid kan volgens de rechtbank geen referentiesituatie worden ontleend aan het besluit van 11 oktober 2010.
    Hoger beroep
    4.       [appellant] betoogt dat weliswaar sprake is van een positieve weigering, maar dat daaraan in dit geval wel een referentiesituatie kan worden ontleend. Daartoe voert [appellant] aan dat een aanvraag is gedaan voor een natuurvergunning, een beoordeling is uitgevoerd als ware een natuurvergunning verleend, aangegeven is dat de activiteit mag worden uitgevoerd en het besluit appellabel is. De positieve weigering heeft dan ook rechtsgevolg volgens [appellant]. Afsluitend betoogt [appellant] dat het besluit eruit ziet als een natuurvergunning en in het kader van de rechtszekerheid zou [appellant] daar een referentiesituatie aan mogen ontlenen.
    [appellant] betoogt ook dat het besluit van 11 oktober 2010 niet evident onjuist is. Weliswaar verschillen de dieraantallen en andere gegevens in tabel 2 in het besluit van de dieraantallen weergegeven in bijlage II bij het besluit, maar dit maakt niet dat er sprake is van een toename van gevolgen. De aantallen en gegevens in tabel 2 van het besluit zijn juist en wanneer met die getallen wordt gerekend, is er geen sprake van een toename van gevolgen ten opzichte van de natuurvergunning uit 2007. Dit heeft de rechtbank niet onderkend volgens [appellant].
    Referentiesituatie
    5.       In de uitspraak van de Afdeling van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923 (hierna: de 18 december-uitspraak) heeft zij haar rechtspraak over intern salderen gewijzigd. In die uitspraak is aangegeven dat de Afdeling in lopende procedures de hoger beroepsgronden zal behandelen in het licht van deze gewijzigde rechtspraak. Uit de 18 december-uitspraak blijkt dat de vraag wat de referentiesituatie is bij het verlenen van een natuurvergunning op twee momenten van belang is. Dat is ten eerste in de voortoets, bij de beantwoording van de vraag of de aanvraag betrekking heeft op de voortzetting van één-en-hetzelfde project waarvoor eerder toestemming is verleend of betrekking heeft op een gewijzigd of nieuw project. Dat is ten tweede bij de beantwoording van de vraag of de gevolgen van activiteiten die eerder al zijn toegestaan, als mitigerende maatregel in een passende beoordeling mogen worden betrokken. De Afdeling vat het hoger beroep van [appellant], in het licht van de 18 december-uitspraak, zo op dat hij betoogt dat het besluit van 11 oktober 2010 als een positieve weigering van een aanvraag om een natuurvergunning bij de beantwoording van zowel de eerste als de tweede vraag als referentiesituatie mag worden betrokken.
    6.       De eerste vraag is besproken in overweging 17 en 17.5 van de 18 december-uitspraak. Daarin staat dat sprake is van een gewijzigd en daarmee een nieuw project wanneer een project niet langer wordt voortgezet als één-en-hetzelfde project ten opzichte van een natuurtoestemming of een milieutoestemming van voor de referentiedatum die nadien is gecontinueerd. Aan het besluit van 11 oktober 2010 ligt een aanvraag om een natuurtoestemming ten grondslag. De vraag is in deze zaak dus of in het besluit van 11 oktober 2010 een natuurtoestemming wordt gegeven.
    6.1.    Een toestemming op grond van de Wnb leidt ertoe dat de vergunde situatie rechtmatig mag worden uitgevoerd. Een natuurtoestemming stelt bindend het bestaan van bepaalde rechten vast. Daarmee wijzigt een natuurtoestemming de rechtspositie van de vergunninghouder in die zin dat hij op grond van de Wnb rechtmatig een activiteit mag uitvoeren, waar hij dat eerst niet mocht.
    Een positieve weigering is een besluit van het college dat een bepaalde aangevraagde activiteit naar de stand van het dan geldende recht -in dit geval de Natuurbeschermingswet 1998 - op dat moment niet vergunningplichtig is. Dit besluit wijzigt de rechtspositie van de aanvrager niet. De aanvrager mocht, ook voordat de positieve weigering werd gegeven, de activiteit uitvoeren. Daarvoor was geen natuurvergunning nodig. Dit betekent dat met een positieve weigering niet een toestemming wordt verleend voor een activiteit. Bij een niet-vergunningplichtige activiteit is op grond van de Wnb of het in 2010 geldende artikel 19d van de Natuurbeschermingswet 1998, ook niet vereist dat eerst een mededeling wordt gedaan voordat de activiteit mag worden uitgevoerd. De activiteiten mogen rechtstreeks op grond van de Wnb, zonder voorafgaande toestemming, worden uitgevoerd. Het enkele feit dat een natuurvergunning is aangevraagd en de (positieve) weigering daarvan appellabel is, doet hier niet aan af. Zo’n weigering is namelijk niet appellabel omdat deze rechtsgevolgen heeft of omdat daarin toestemming wordt verleend voor de activiteiten op grond van de Wnb, maar omdat de afwijzing van een aanvraag om zo’n vergunning op grond van artikel 1:3, tweede lid, van de Algemene wet bestuursrecht als een besluit wordt gekwalificeerd dat vatbaar is voor bezwaar en beroep.
    Voor zover [appellant] betoogt dat, gelet op het feit dat de positieve weigering er volgens hem uitzag als een natuurvergunning, op grond van de rechtszekerheid er vanuit mocht gaan dat hij een referentiesituatie zou mogen ontlenen aan die positieve weigering, volgt de Afdeling dit niet. Het enkele feit dat een besluit van het college volgens [appellant] eruit zou zien als een natuurvergunning, betekent niet dat, gelet op de rechtszekerheid, [appellant] er ook vanuit kon gaan dat deze weigering gelijk te stellen is met een natuurvergunning en dat hij aan de positieve weigering een referentiesituatie mocht ontlenen ten opzichte waarvan moet worden bezien of nog sprake is van één-en-hetzelfde project.
    6.2.    Het bovenstaande betekent dat aan een positieve weigering en de onderliggende aanvraag om een natuurvergunning niet een referentiesituatie kan worden ontleend ten opzichte waarvan kan worden bezien of sprake is van voortzetting van één-en-hetzelfde project. Dit kan ook worden afgeleid uit wat is overwogen onder 24.6 van de 18 december-uitspraak. Daarin staat dat initiatiefnemers die een aanvraag om een natuurvergunning hebben gedaan voor of na 1 januari 2020 en waarop het bevoegd gezag na 1 januari 2020 maar voor 18 december 2024 heeft beslist dat geen natuurvergunning nodig is, alsnog vergunningplichtig zijn als de activiteit na 18 december 2024 nog in uitvoering is of nog wordt geëxploiteerd en significante gevolgen daarvan niet op grond van objectieve gegevens zijn uitgesloten.
    Het college zal dus moeten bezien of ten opzichte van de natuurvergunning van 17 december 2007 nog sprake is van één-en-hetzelfde project.
    7.       Wat betreft de vraag van welke eerder toegestane activiteiten de gevolgen kunnen worden ingezet als mitigerende maatregel in een passende beoordeling, overweegt de Afdeling als volgt.
    8.       Voor activiteiten waarvoor een individuele toestemming is vereist, kan de referentiesituatie worden ontleend aan de natuurvergunning voor het toegestane project op de locatie waar de beoogde activiteit is voorzien. Bij het ontbreken van een natuurvergunning, wordt de referentiesituatie ontleend aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (dat is het moment waarop artikel 6 van de Hrl van toepassing werd op het betrokken Natura 2000-gebied). Wanneer daarna een milieutoestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen voor Natura 2000-gebieden dan de op de referentiedatum toegestane activiteit, dan wordt de referentiesituatie ontleend aan die latere toestemming. Een referentiesituatie kan niet worden ontleend aan een natuurtoestemming of milieutoestemming die is vervallen of geëxpireerd (zie overweging 18.1 van 18 december-uitspraak).
    8.1.    In dit geval is een aanvraag gedaan voor activiteiten waarvoor een individuele toestemming is vereist. Dat betekent dat een referentiesituatie alleen kan worden ontleend aan een natuurvergunning of bij het ontbreken daarvan een milieutoestemming. Zoals is geoordeeld onder 6.1, is een weigering van een aanvraag voor een natuurvergunning, geen natuurtoestemming. Hieraan kan dan ook geen referentiesituatie worden ontleend. Gelet hierop kunnen de gevolgen van de in 2010 aangevraagde activiteiten niet als mitigerende maatregel worden betrokken in een passende beoordeling.
    8.2.    Het vorenstaande betekent dat aan een positieve weigering op grond van de Wnb geen referentiesituatie kan worden ontleend en de gevolgen van de aangevraagde en positief geweigerde activiteiten niet als mitigerende maatregel in een passende beoordeling kunnen worden betrokken.
    8.3.    De rechtbank heeft, zij het op andere gronden, terecht het besluit van 13 oktober 2020, waarin een referentiesituatie is ontleend aan een positieve weigering, vernietigd.
    9.       Gelet op het vorenstaande behoeft de hoger beroepsgrond over het oordeel van de rechtbank dat het besluit van 11 oktober 2010 evident onjuist is en dat er om die reden geen referentiesituatie aan ontleend kan worden, geen bespreking.
    Conclusie
    10.     Het hoger beroep is ongegrond. De Afdeling bevestigt de uitspraak van de rechtbank, met verbetering van de gronden waarop deze rust.
    11.     Dit betekent dat het college een nieuw besluit op de aanvraag zal moeten nemen. Zoals ook door het college is aangegeven in de brief van 5 juni 2025, moet het bij dat nieuwe besluit deze uitspraak en het beoordelingskader uit de uitspraak van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923, in acht nemen. Daarbij zal het college in de voortoets moeten bezien of ten opzichte van de natuurvergunning van 17 december 2007 nog sprake is van één-en-hetzelfde project. Indien sprake is van een wijziging van het project, zal het college in de voortoets moeten bezien of het gehele project na wijziging (inclusief de ongewijzigde onderdelen die worden gecontinueerd) significante gevolgen kan hebben. Indien dit niet op voorhand op basis van objectieve gegevens kan worden uitgesloten, is het project vergunningplichtig. In het kader van de op te stellen passende beoordeling kan worden bezien of de gevolgen die zijn toe te rekenen aan de natuurvergunning van 17 december 2007 als mitigerende maatregel in die passende beoordeling kunnen worden betrokken. Hierbij moet het college de voorwaarden zoals uiteengezet onder 19.2 in de 18 december-uitspraak, in acht nemen.
    Overgangsrecht AERIUS-calculator
    12.     Zoals onder 1 van deze uitspraak is weergegeven, is op het nieuw te nemen besluit het recht van toepassing zoals dat onmiddellijk vóór 1 januari 2024 gold. Dat zijn in dit geval de relevante bepalingen over de verlening van een natuurvergunning uit de Wnb, het Besluit natuurbescherming en de Regeling natuurbescherming (hierna: Rnb). Daarbij geldt dat, in afwijking van het bepaalde in artikel 2.1 van de Rnb, de versie van AERIUS-Calculator moet worden gebruikt die op grond van artikel 1.4, eerste lid, van de Omgevingsregeling in samenhang gelezen met bijlage II bij de Omgevingsregeling, geldt op het moment van het nemen van het nieuwe besluit (vergelijk de uitspraak van 4 september 2024, ECLI:NL:RVS:2024:3356).
    Judiciële lus
    13.     Met het oog op een efficiënte afdoening van het geschil ziet de Afdeling aanleiding om met toepassing van artikel 8:113, tweede lid, van de Awb te bepalen dat tegen het nieuwe besluit alleen bij haar beroep kan worden ingesteld.
    Proceskosten
    14.     Het college hoeft geen proceskosten te vergoeden.
    Beslissing
    De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
    I.        bevestigt de aangevallen uitspraak;
    II.       bepaalt dat tegen de door het college van gedeputeerde staten van Gelderland te nemen nieuwe besluit op de aanvraag van [appellant] alleen bij de Afdeling beroep kan worden ingesteld.
    Aldus vastgesteld door mr. M.M. Kaajan, voorzitter, mr. J. Gundelach en mr. J.J.W.P. van Gastel, leden, in tegenwoordigheid van mr. J.J. Pistoor, griffier.
    w.g. Kaajan
    voorzitter
    w.g. Pistoor
    griffier
    Uitgesproken in het openbaar op 3 september 2025
    932