พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส

พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส (, ) มีพระนามเต็มว่า ฌูเอา มารีอา ฌูเซ ฟรังซิชกู ชาวีเอร์ ดึ เปาลา ลูอิช อังตอนีอู ดูมิงกุช ราฟาเอล ดึ บรากังซา (; 13 พฤษภาคม พ.ศ. 2310 - 10 มีนาคม พ.ศ. 2369) ทรงเป็นพระมหากษัตริย์แห่งสหราชอาณาจักรโปรตุเกส บราซิล และแอลการ์ฟ ตั้งแต่ พ.ศ. 2359 ถึง พ.ศ. 2365 ทรงปกครองสหราชอาณาจักรโปรตุเกส บราซิลและแอลการ์ฟโดยพฤตินัย ในรัชสมัยของสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 แห่งโปรตุเกส พระมารดาและทรงปกครองโดยนิตินัย ตั้งแต่ พ.ศ. 2365 ถึง พ.ศ. 2368 หลังจากการประกาศอิสรภาพบราซิลภายใต้สนธิสัญญารีโอเดจาเนโร (1825) และยังทรงดำรงเป็นพระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกสและแอลการ์ฟสืบต่อจนกระทั่งเสด็จสวรรคตในปี พ.ศ. 2369 จากสนธิสัญญานี้พระองค์ทรงเป็นจักรพรรดิแห่งบราซิลเพียงในพระนาม ในขณะที่เจ้าชายเปดรู พระโอรสองค์โตของพระองค์ทรงเป็นจักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิลและทั้งสองพระองค์ทรงมีอำนาจทั้งทางพฤตินัยและนิตินัยในประเทศใหม่นี้

พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกสประสูติที่กรุงลิสบอน ในปี พ.ศ. 2310 เป็นพระราชโอรสในพระเจ้าเปดรูที่ 3 แห่งโปรตุเกสกับสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 แห่งโปรตุเกส เดิมมีพระอิสริยยศเป็นเจ้าชายแห่งโปรตุเกส (มิใช่เจ้าชายรัชทายาท) พระองค์ทรงกลายเป็นองค์รัชทายาทเมื่อเจ้าชายฌูเซแห่งบราซิล พระเชษฐา สิ้นพระชนม์ในปี พ.ศ. 2331 จากพระโรคฝีดาษขณะมีพระชนมายุ 27 พรรษา

ก่อนที่พระองค์จะเสด็จครองราชสมบัติโปรตุเกส พระองค์ทรงดำรงพระอิสริยยศดยุคแห่งบรากังซา, ดยุคแห่งเบฌา และเจ้าชายแห่งบราซิล พระองค์ทรงรับตำแหน่งเจ้าชายผู้สำเร็จราชการแห่งโปรตุเกสในปี พ.ศ. 2342 (และหลังจากนั้นทรงเป็นเจ้าชายผู้สำเร็จราชการแห่งสหราชอาณาจักรโปรตุเกส บราซิล และแอลการ์ฟในปี พ.ศ. 2358) อันเนื่องมาจากอาการประชวรทางพระสติของสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 พระราชมารดา ในที่สุดเมื่อพระมารดาเสด็จสวรรคต พระองค์จึงได้ครองราชสมบัติสืบต่อเป็นพระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งจักรวรรดิโปรตุเกสโดยไม่มีการเปลี่ยนแปลงทางอำนาจมากนัก เนื่องจากพระองค์มีพระราชอำนาจเต็มที่ตั้งแต่ทรงเป็นผู้สำเร็จราชการแล้ว

พระองค์ทรงเป็นหนึ่งในตัวอย่างของระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ พระองค์ทรงดำรงพระชนม์ชีพในยุคที่มีแต่ความวุ่นวาย ในรัชกาลของพระองค์ไม่เคยมีความสงบสุขที่ยาวนาน ตลอดช่วงที่พระองค์ทรงดำรงตำแหน่งผู้สำเร็จราชการในพระนางมาเรียและเมื่อเป็นพระมหากษัตริย์แล้ว กลุ่มมหาอำนาจเช่น สเปน ฝรั่งเศส และบริเตนใหญ่ (ต่อมาเปลี่ยนเป็นสหราชอาณาจักร) ได้เข้ามาแทรกแซงกิจการภายในของโปรตุเกสอย่างต่อเนื่อง พระองค์จำต้องลี้ภัยไปยังบราซิลเมื่อกองทัพของจักรพรรดินโปเลียนที่ 1 เข้ารุกรานโปรตุเกส ที่นั่นพระองค์ต้องทรงเผชิญหน้ากับการต่อต้านจากกลุ่มเสรีนิยมซึ่งสะท้อนให้เห็นถึงเหตุการณ์ในทำนองเดียวกันตามเมืองใหญ่ ๆ พระองค์ทรงถูกบังคับให้เสด็จกลับยุโรปท่ามกลางความขัดแย้งครั้งใหม่ การอภิเษกสมรสของพระองค์กับเจ้าหญิงการ์โลตา โคอากีนาแห่งสเปน ก็ไม่ได้สร้างความขัดแย้งไปน้อยกว่ากัน พระนางการ์โลตาทรงจุดประกายความขัดแย้งเพื่อต่อต้านพระสวามีเพื่อผลประโยชน์ของสเปน บ้านเกิดของพระนางเอง พระองค์ทรงสูญเสียบราซิลเมื่อเจ้าชายเปดรู พระโอรสได้ทรงประกาศเอกราช และพระโอรสอีกพระองค์คือ เจ้าชายมีเกลก็ทรงก่อกบฏเพื่อต่อต้านพระราชบิดา จากการศึกษาเมื่อเร็ว ๆ นี้พบว่า การสวรรคตของพระองค์เกิดจากการรับสารพิษจำพวกสารหนู

อย่างไรก็ตาม ความยากลำบากเหล่านี้ทำให้พระองค์ทรงประกอบพระราชกรณียกิจไว้โดยเฉพาะในบราซิล พระองค์ทรงก่อตั้งสถาบันและการบริการต่าง ๆ ไว้มากมายซึ่งเป็นการวางรากฐานสู่การปกครองตนเอง และทรงได้รับการพิจารณาจากนักวิจัยหลาย ๆ คนว่าทรงเป็นผู้ริเริ่มโครงการให้บราซิลเป็นรัฐที่ทันสมัย อย่างไรก็ตาม พระองค์ทรงถูกบรรยายว่าเป็นผู้เกียจคร้าน ขาดไหวพริบทางการเมือง และทรงลังเลเป็นประจำและมีพระอุปนิสัยที่แปลกพิสดารบ่อยครั้ง

เจ้าชายฌูเอาประสูติที่กรุงลิสบอน ในวันที่ 13 พฤษภาคม พ.ศ. 2310 ในรัชสมัยของพระเจ้าฌูเซที่ 1 แห่งโปรตุเกส พระอัยกา เป็นพระราชโอรสพระองค์ที่สองในเจ้าหญิงมารีอา (ว่าที่พระราชินีนาถมารีอาที่ 1 ในอนาคต) กับเจ้าชายเปดรู ผู้มีศักดิ์เป็นพระปิตุลาของพระนางเอง (ว่าที่พระเจ้าเปดรูที่ 3 ในอนาคต) ในช่วงที่เจ้าชายฌูเอาประสูตินั้น เจ้าหญิงมารีอาทรงดำรงพระอิสริยยศเป็นเจ้าหญิงแห่งบราซิล และเจ้าชายเปดรูทรงดำรงพระอิสริยยศเป็นเจ้าชายแห่งโปรตุเกส พระเจ้าฌูเซที่ 1 พระอัยกาได้เสด็จสวรรคตและพระมารดาทรงสืบราชบัลลังก์เป็นสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 แห่งโปรตุเกสขณะที่เจ้าชายมีพระชนมายุ 10 ชันษา ในวัยเยาว์ของพระองค์ ทรงดำรงพระชนม์ชีพอย่างเงียบ ๆ และพระองค์ทรงดำรงพระอิสริยยศเพียงชั้นเจ้าฟ้าชายภายใต้ร่มเงาของพระเชษฐา คือ เจ้าชายฌูเซ ซึ่งดำรงพระอิสริยยศเป็นเจ้าชายแห่งบราซิลและดยุคแห่งบรากังซาพระองค์ที่ 14 ซึ่งเป็นรัชทายาทในราชบัลลังก์ มีเสียงเล่าลือกันว่าในวัยเยาว์ พระองค์มีพระอุปนิสัยที่ค่อนข้างหยาบคาย แต่ฌอร์ฌึ ปึไดรรา อี กอชตา ยืนยันว่าพระองค์ทรงได้รับการอบรมที่เข้มงวดเช่นเดียวกับเจ้าชายฌูเซ อย่างไรก็ตาม ทูตฝรั่งเศสในขณะนั้นก็ให้นิยามพระองค์ด้วยคำที่ไม่พึงประสงค์ โดยมองว่าพระองค์มีพระอุปนิสัยโลเลและพระสติปัญญาทึบ เรื่องราวเกี่ยวกับพระชนม์ชีพในช่วงนี้ได้รับการบันทึกไว้อย่างคลุมเครือเกินกว่าที่นักประวัติศาสตร์จะสรุปตัวตนของพระองค์ไปในทางใดทางหนึ่งได้

จากข้อมูลที่ยึดถือกันมาแต่ดั้งเดิม พระอาจารย์ของพระองค์ในด้านศิลปศาสตร์และวิทยาศาสตร์ประกอบด้วยบาทหลวงมานูเอล ดู เซนากูลู, บาทหลวงอังโตนีอู ดูมิงเกช ดู ปาซู และบาทหลวงมีเกล ฟรังซีนี พระอาจารย์ด้านดนตรีของพระองค์คือฌูเอา กูร์ไดรู ดา ซิลวา นักออร์แกน และฌูเอา โซซา ดึ การ์วัลยู นักประพันธ์เพลง ส่วนพระอาจารย์ด้านการทรงม้าของพระองค์คือ หัวหน้าทหารรักษาการณ์การ์ลุช อังโตรีอู ฟึไรรา มงตึ เนื้อหาสาระที่พระองค์ทรงศึกษาในแต่ละด้านไม่เป็นที่ทราบกันมากนัก แต่แน่นอว่าพระองค์ต้องทรงได้รับการศึกษาเรื่องศาสนา กฎหมาย ภาษาฝรั่งเศส และธรรมเนียมปฏิบัติ และสันนิษฐานว่าพระองค์คงจะทรงศึกษาประวัติศาสตร์จากผลงานของดูอาร์ตึ นูนึช ดึ ลึเอา และฌูเอา ดึ บารุช

ในปี พ.ศ. 2328 เองรีกึ ดึ มึเนซิช มาร์ควิสที่ 3 แห่งโลรีซัลได้จัดพิธีอภิเษกสมรสระหว่างเจ้าชายฌูเอากับเจ้าหญิงการ์โลตา โคอากีนาแห่งสเปน พระราชธิดาในพระเจ้าการ์โลสที่ 4 แห่งสเปนกับพระราชินีมาเรีย ลุยซาแห่งปาร์มา เจ้าหญิงการ์โลตาเป็นพระราชนิกุลเยาว์วัยของราชวงศ์เช่นเดียวกับเจ้าชายฌูเอา ด้วยความกลัวว่าอาจจะเกิดสหภาพไอบีเรียขึ้นมาใหม่ บุคคลในราชสำนักโปรตุเกสบางคนจึงมองการอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงจากสเปนอย่างไม่พอใจนัก แม้ว่าเจ้าหญิงจะมีพระชนมายุเพียง 10 ชันษาในขณะนั้น แต่ก็มีพระบุคลิกที่ร่าเริงและพระกิริยาที่งดงาม เจ้าหญิงทรงต้องอดทนเป็นเวลาสี่วันจากการทดสอบของคณะทูตจากราชสำนักโปรตุเกสก่อนที่แผนการอภิเษกสมรสจะได้รับการยอมรับ ด้วยเหตุที่ว่าเจ้าชายฌูเอาและเจ้าหญิงการ์โลตาเป็นพระญาติใกล้ชิดกันและเนื่องจากเจ้าสาวยังทรงพระเยาว์ การอภิเษกสมรสครั้งนี้จึงต้องได้รับการอนุมัติเป็นกรณีพิเศษจากพระสันตะปาปาเสียก่อน หลังจากที่ได้รับการยินยอมแล้ว การอภิเษกสมรสได้มีการลงนามในท้องพระโรงของราชสำนักสเปน โดยมีพิธีอันยิ่งใหญ่และการร่วมมือจากพระราชอาณาจักรทั้งสอง ตามมาด้วยการอภิเษกสมรสโดยผ่านตัวแทน ตัวแทนของเจ้าชายฌูเอาคือพระราชบิดาของเจ้าสาวเอง ในคืนนั้นมีการจัดงานเลี้ยงฉลองรับรองผู้เข้าร่วมกว่า 2,000 คน

เจ้าหญิงทรงได้รับพระราชทานพระราชวังวีลาวีโซซาในช่วงต้นเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2328 และในวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2328 ทั้งสองพระองค์ทรงได้รับศีลสมรสในโบสถ์น้อยของพระราชวัง ในเวลาเดียวกัน เจ้าหญิงมาเรียนา วิกตอเรียแห่งโปรตุเกส พระขนิษฐาของเจ้าชายฌูเอา ก็ทรงอภิเษกสมรสกับเจ้าชายกาเบรียลแห่งสเปน ราชนิกุลในพระราชวงศ์สเปน จดหมายที่เจ้าชายฌูเอาทรงเขียนถึงเจ้าหญิงมาเรียนาในช่วงนั้นเผยให้เห็นว่าพระองค์ทรงระลึกถึงพระขนิษฐาเสมอ และทรงกล่าวเปรียบเทียบพระขนิษฐากับพระมเหสีของพระองค์ว่า "เจ้าหญิงทรงฉลาดมากและมีความยุติธรรมมาก ในขณะที่เธอไม่ใคร่มีนัก และพี่ก็ชอบหล่อนมาก แต่ไม่สามารถรักหล่อนได้อย่างเท่าเทียมกัน" ในอีกด้านหนึ่ง พระมเหสีของเจ้าชายทรงไม่ใช่คนว่านอนสอนง่ายนัก จึงต้องทรงขอให้สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาเข้ามาจัดการด้วยพระองค์เองอยู่หลายครั้ง นอกจากนี้ความแตกต่างกันระหว่างพระชนมายุ (เจ้าชายฌูเอามีพระชนมายุ 18 พรรษา) ก็ทำให้เจ้าชายทรงรู้สึกอึดอัดและวิตกกังวล เนื่องจากเจ้าหญิงการ์โลตายังทรงพระเยาว์มาก ทำให้การอภิเษกสมรสยังไม่สำเร็จบริบูรณ์ และเจ้าชายฌูเอาทรงเขียนว่า "นี่เป็นช่วงเวลาที่ข้าจะยังเล่นกับเจ้าหญิงได้ตลอด ถ้าสิ่งต่าง ๆ ยังคงดำเนินไปเช่นนี้ ข้าคิดว่าคงไม่มีอะไรเกิดขึ้นในอีก 6 ปีต่อจากนี้ ให้หล่อนเติบโตขึ้นกว่าตอนที่หล่อนมาถึงจะดีกว่า" ในความเป็นจริงนั้น ความสำเร็จบริบูรณ์ของการอภิเษกสมรสยังไม่มาถึงจนกระทั่งวันที่ 5 เมษายน พ.ศ. 2333 ในปี พ.ศ. 2336 เจ้าหญิงการ์โลตามีพระประสูติกาลบุตรพระองค์แรกในจำนวน 9 พระองค์คือ เจ้าหญิงมารีอา ตีเรซาแห่งไบรา

เมื่อถึงช่วงเวลานั้น พระชนม์ชีพของเจ้าชายที่ดำเนินมาอย่างปรกติสุขก็สิ้นสุดลงเมื่อเจ้าชายฌูเซ พระเชษฐา ได้สิ้นพระชนม์ในวันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2331 ส่งผลให้เจ้าชายฌูเอาทรงกลายเป็นรัชทายาทในราชบัลลังก์ และทรงได้รับพระอิสริยยศเจ้าชายแห่งบราซิลและดยุคแห่งบรากังซาพระองค์ที่ 15 ได้เคยมีการฝากความหวังที่ยิ่งใหญ่ไว้กับเจ้าชายฌูเซ ผู้ทรงมีความเกี่ยวข้องกับแนวคิดเรืองปัญญาที่กำลังก้าวหน้า พระองค์ทรงได้รับการวิจารณ์จากนักบวชเนื่องจากทรงมีความโน้มเอียงไปทางนโยบายต่อต้านศาสนจักรของมาร์ควิสแห่งปงบัล ในทางกลับกัน เป็นที่ทราบกันดีว่าเจ้าชายฌูเอาทรงเลื่อมใสในศาสนาและทรงนิยมระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ วิกฤตการณ์สืบราชบัลลังก์ได้รุนแรงขึ้นหลังการเสียชีวิตของอิกนาซีอู ดึ เซา ไกตานู อาร์ชบิชอปแห่งเทสซาโลนิกา ซึ่งเป็นพระผู้ฟังคำสารภาพของพระราชินีนาถและเป็นผู้มีอำนาจทางการเมืองคนหนึ่ง โดยมีอิทธิพลต่อการคัดเลือกคณะรัฐมนตรีในสมเด็จพระราชินีนาถมาเรียที่นิยมเจ้าชายฌูเอา แม้จะไม่ปราศจากการต่อต้านอย่างแข็งขันจากกลุ่มขุนนาง (fidalgo) คนสำคัญที่ต้องการก้าวขึ้นสู่ตำแหน่งดังกล่าวเช่นกัน นอกเหนือจากนั้น ในปีหลังการเสียชีวิตของบุคคลเหล่านี้ เจ้าชายฌูเอาทรงพระประชวรจนเกือบจะสิ้นพระชนม์ พระองค์ทรงหายจากพระอาการประชวรไปแล้ว แต่ในปี พ.ศ. 2334 พระองค์ทรงพระประชวรอีกครั้ง โดยมี "พระโลหิตไหลออกจากพระโอษฐ์และพระอันตะ (ลำไส้)" ตามบันทึกของอนุศาสนาจารย์ของมาร์ควิสแห่งมารีอัลวา ซึ่งยังกล่าวเพิ่มเติมด้วยว่าจิตใจของพระองค์หดหู่อยู่เสมอ เหตุการณ์นี้ได้สร้างบรรยากาศแห่งความตึงเครียดและความไม่แน่นอนต่อราชบัลลังก์ของพระองค์ในอนาคต

ในขณะเดียวกันสมเด็จพระราชินีนาถทรงปรากฏพระอาการอันเป็นสัญญาณถึงความวิปลาสเพิ่มขึ้น ในวันที่ 10 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2335 คณะแพทย์จำนวน 17 คนได้วินิจฉัยและออกประกาศลงในเอกสารของสำนักพระราชวังว่า สมเด็จพระราชินีนาถไม่ทรงสามารถประกอบราชกิจในการบริหารราชอาณาจักรได้ และไม่มีความหวังที่พระอาการประชวรของพระนางจะดีขึ้น ในตอนแรกเจ้าชายฌูเอาทรงลังเลที่จะสืบต่อพระราชอำนาจของพระมารดาโดยทรงปฏิเสธความคิดที่จะให้พระองค์เป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์อย่างเป็นทางการ นี่เป็นการเปิดทางให้สมาชิกขุนนางหลายคนจัดตั้งรัฐบาลโดยพฤตินัยผ่านทางสภา มีกระแสข่าวลือว่าเจ้าชายฌูเอามีพระอาการวิปลาสเช่นกันและอาจทรงถูกกีดกันไม่ให้ขึ้นครองราชย์ กฎหมายเกี่ยวกับการสำเร็จราชการแผ่นดินที่ใช้กันมานานระบุไว้ว่า ถ้าผู้สำเร็จราชการเสียชีวิตหรือไร้ความสามารถที่จะปกครองอาณาจักรไม่ว่าจากเหตุผลใด โดยที่บุตรยังมีอายุต่ำกว่า 14 ปี (ซึ่งสอดคล้องกับสถานการณ์ของเจ้าชายฌูเอาในขณะนั้น) รัฐบาลจะได้รับการบริหารโดยผู้ปกครองของบุตรเหล่านั้นหรือโดยภริยาของผู้สำเร็จราชการ (หากผู้ไม่มีการแต่งตั้งผู้ปกครองอย่างเป็นทางการ) ซึ่งในกรณีของเจ้าชายฌูเอาก็ได้แก่เจ้าหญิงแห่งสเปน ตอนนี้ความหวาดกลัว ความแคลงใจ และการสมรู้ร่วมคิดได้กลืนกินโครงสร้างสถาบันสูงสุดของชาติไว้หมดแล้ว

ในเวลานั้น ข่าวการปฏิวัติฝรั่งเศสได้สร้างความสับสนและความหวาดกลัวแก่บรรดาราชวงศ์ต่าง ๆ ที่กำลังมีอำนาจอยู่ในยุโรป การสั่งสำเร็จโทษพระเจ้าหลุยส์ที่ 16 แห่งฝรั่งเศสในวันที่ 21 มกราคม พ.ศ. 2336 โดยคณะปฏิวัติได้เร่งให้เกิดการตอบสนองจากนานาประเทศอย่างรวดเร็ว ในวันที่ 15 กรกฎาคม พ.ศ. 2336 ได้มีการลงนามในอนุสัญญาฉบับหนึ่งระหว่างโปรตุเกสกับสเปน และในวันที่ 26 กันยายน โปรตุเกสก็ดำเนินการเป็นพันธมิตรกับบริเตนใหญ่ ข้อตกลงทั้งสองกำหนดให้มีความช่วยเหลือซึ่งกันและกันเพื่อต่อต้านฝรั่งเศสสมัยปฏิวัติ และนำทหารโปรตุเกส 6,000 นายเข้าสู่สงครามพิเรนีส (พ.ศ. 2336-2338) ซึ่งเริ่มต้นด้วยการเข้ารุกรานดินแดนรูซียงของฝรั่งเศส และจบลงด้วยความปราชัยโดยกองทัพปฏิวัติฝรั่งเศสสามารถยึดครองภาคตะวันออกเฉียงเหนือของสเปนได้ เหตุการณ์นี้ได้สร้างปัญหาที่ละเอียดอ่อนทางการทูตเนื่องจากโปรตุเกสจะไม่สามารถทำสนธิสัญญาสันติภาพกับฝรั่งเศสได้หากไม่ยุติความเป็นพันธมิตรกับอังกฤษซึ่งมีส่วนพัวพันกับผลประโยชน์ต่าง ๆ ในดินแดนโพ้นทะเล ดังนั้นโปรตุเกสจึงต้องแสวงหาความเป็นกลางซึ่งก็เป็นไปอย่างเปราะบางและตึงเครียด

หลังจากพ่ายแพ้สงครามพิเรนีส สเปนได้ยกเลิกการเป็นพันธมิตรกับโปรตุเกสและหันไปสร้างสัมพันธไมตรีกับฝรั่งเศสภายใต้สนธิสัญญาบาเซิล ด้วยอังกฤษมีแสนยานุภาพเกินกว่าฝรั่งเศสจะโจมตีโดยตรงได้ ฝรั่งเศสจึงวางแผนที่จะจัดการโปรตุเกสซึ่งยังคงเป็นพันธมิตรกับอังกฤษแทน ในปี พ.ศ. 2342 เจ้าชายฌูเอาทรงเข้ารับหน้าที่บริหารประเทศอย่างเป็นทางการในฐานะเจ้าชายผู้สำเร็จราชการในพระนามของพระราชมารดา ในปีเดียวกันนายพลนโปเลียน โบนาปาร์ตได้ก่อรัฐประหารในฝรั่งเศสและบีบบังคับสเปนให้ยื่นคำขาดแก่โปรตุเกสให้ยกเลิกการเป็นพันธมิตรกับอังกฤษและให้ยอมอ่อนน้อมต่อผลประโยชน์ของนโปเลียน เมื่อเจ้าชายฌูเอาทรงปฏิเสธ ความเป็นกลางของประเทศจึงไม่อาจอยู่รอด กองทัพสเปนและฝรั่งเศสเข้ารุกรานโปรตุเกสในปี พ.ศ. 2344 เกิดเป็นสงครามออเรนจ์ (War of the Oranges) ความพ่ายแพ้จากสงครามทำให้โปรตุเกสยอมลงนามในสนธิสัญญาบาดาโคซ และตามมาด้วยสนธิสัญญามาดริด ซึ่งโปรตุเกสต้องยกเมืองโอลีเบนซาให้สเปน และต้องยกอำนาจเหนือดินแดนอาณานิคมบางแห่งให้ฝรั่งเศส เพราะผลประโยชน์ที่ขัดแย้งกันระหว่างประเทศต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง การเคลื่อนไหวอย่างคลุมเครือและการทำข้อตกลงลับจึงเป็นลักษณะเด่นของสงครามนี้ โปรตุเกสในฐานะผู้เล่นที่อ่อนแอที่สุดไม่สามารถหลีกเลี่ยงการต่อสู้อันต่อเนื่องนี้ได้ ในขณะเดียวกัน เจ้าชายฌูเอาต้องทรงเผชิญหน้ากับศัตรูในประเทศของพระองค์เอง เจ้าหญิงการ์โลตา โคอากีนา พระมเหสีของพระองค์ซึ่งทรงมีความจงรักภักดีต่อสเปนบ้านเกิดของพระนางมากได้ทรงริเริ่มแผนการถอดถอนพระสวามีออกจากตำแหน่งเพื่อยึดพระราชอำนาจมาไว้ในพระหัตถ์ของพระนางเอง ซึ่งก็เป็นความพยายามที่ล้มเหลวในปี พ.ศ. 2348 ทำให้สมเด็จพระราชินีนาถต้องเสด็จออกจากราชสำนักไปประทับที่พระราชวังหลวงเกลุช ส่วนเจ้าชายผู้สำเร็จราชการก็เสด็จไปประทับที่พระราชวังหลวงมาฟรา

เจ้าชายฌูเอาทรงพยายามถ่วงเวลาอย่างเต็มที่โดยทรงแสร้งจนนาทีสุดท้ายว่าโปรตุเกสจะยอมจำนนต่อฝรั่งเศสแต่โดยดี ไปจนถึงทรงแนะนำพระเจ้าจอร์จที่ 3 แห่งสหราชอาณาจักร ให้ทรงประกาศสงครามหลอก ๆ ระหว่างประเทศทั้งสอง แต่ที่จริงพระองค์กลับไม่ทรงกระทำตามแผนการระบบภาคพื้นทวีป (การสกัดกั้นอังกฤษ) ของจักรพรรดินโปเลียนแต่อย่างใด สนธิสัญญาลับฉบับใหม่ได้ถูกจัดทำขึ้นโดยอังกฤษให้การรับรองว่าจะช่วยเหลือโปรตุเกสหากราชวงศ์ของเจ้าชายฌูเอาจะต้องหลบหนีในที่สุด สัญญาฉบับนี้เป็นประโยชน์ต่อฝ่ายอังกฤษมาก เนื่องจากอังกฤษมีข้อผูกพันเพียงแค่การช่วยเหลือรัฐบาลที่ชอบด้วยกฎหมายและเป็นมิตรกับตนเองมาตลอดเท่านั้น และอังกฤษยังสามารถรักษาอิทธิพลเหนือโปรตุเกสและแสวงหาผลตอบแทนมหาศาลจากการค้ากับจักรวรรดิระหว่างทวีปอย่างโปรตุเกสได้ต่อไปอีกด้วย โปรตุเกสจำต้องเลือกว่าจะเข้าข้างฝ่ายใดระหว่างฝรั่งเศสหรืออังกฤษ และความลังเลที่จะติดสินใจให้เด็ดขาดก็ทำให้โปรตุเกสตกอยู่ในสถานะอันเสี่ยงต่อสงครามไม่เฉพาะกับมหาอำนาจชาติใดชาติหนึ่งเท่านั้น แต่กับทั้งสองชาติ ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2350 มีข่าวรายงานว่ากองทัพฝรั่งเศสได้เคลื่อนทัพเข้ามาใกล้ และในวันที่ 16 พฤศจิกายน กองเรือรบอังกฤษเข้ามาเทียบท่าที่กรุงลิสบอนด้วยกำลังทหาร 7,000 นายพร้อมคำสั่งให้พาราชวงศ์โปรตุเกสลี้ภัยไปยังบราซิล หรือถ้ารัฐบาลยอมจำนนต่อฝรั่งเศสก็ให้โจมตีและยึดเมืองหลวงให้ได้ ราชสำนักแบ่งเป็นสองฝ่ายระหว่างพวกนิยมอังกฤษกับพวกนิยมฝรั่งเศส หลังจากการพิจารณาอย่างรวดร้าวภายใต้แรงกดดันของทั้งสองฝ่าย เจ้าชายฌูเอาก็ทรงตัดสินพระทัยยอมรับการอารักขาจากอังกฤษและลี้ภัยไปยังบราซิล

กองทัพฝรั่งเศสที่นำโดยนายพลฌ็อง-อ็องด็อช ฌูว์โน ได้รุกคืบเข้ามาโดยประสบความยากลำบากอยู่บ้าง แต่ก็มาถึงประตูเมืองลิสบอนในวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2350 เมื่อถึงตอนนี้ เจ้าชายฌูเอาพร้อมด้วยพระราชวงศ์ทั้งหมด และขุนนางผู้ติดตาม เจ้าหน้าที่ของรัฐ และข้าราชบริพารกลุ่มใหญ่ พร้อมทั้งสัมภาระที่หลากหลายอันได้แก่งานศิลปะและหนังสือที่มีค่า เอกสาร และสมบัติอื่น ๆ ได้อยู่บนเรือเรียบร้อยแล้ว ทรงปล่อยให้รัฐบาลอยู่ภายใต้การสำเร็จราชการแทนพระองค์และทรงแนะกองทัพว่าอย่าปฏิบัติตนเป็นปฏิปักษ์ต่อผู้รุกราน การออกเดินทางอย่างรีบเร่งท่ามกลางพายุฝนที่โหมกระหน่ำนั้นได้ทำให้เกิดความอลหม่านในกรุงลิสบอน เนื่องจากประชาชนรู้สึกตกตะลึงอย่างมากและไม่อยากเชื่อว่าเจ้าชาย พระราชินี และพระราชวงศ์กำลังจะละทิ้งพวกเขา บันทึกเรื่องเล่าของฌูเซ อากูร์ซีอู ดัช เนวิช ได้บรรยายความรู้สึกของเจ้าชายผู้สำเร็จราชการไว้ว่า

เพื่ออธิบายพระองค์เองต่อประชาชน เจ้าชายฌูเอามีพระบัญชาให้ติดป้ายประกาศตามถนนสายต่าง ๆ โดยระบุว่าการเดินทางของพระองค์เป็นสิ่งที่หลีกเลี่ยงไม่ได้แม้ว่าได้ทรงพยายามทำทุกวิถีทางเพื่อรักษาความเป็นปึกแผ่นและความสงบสุขของราชอาณาจักรแล้วก็ตาม ข้อความในประกาศแนะนำให้ทุกคนอยู่ในความสงบและไม่ต่อต้านผู้รุกรานเพื่อจะได้ไม่มีการนองเลือดไปโดยเปล่าประโยชน์ เนื่องจากการเสด็จออกเดินทางอย่างเร่งรีบ เจ้าชายผู้สำเร็จราชการ, สมเด็จพระราชินีนาถมารีอา, เจ้าชายเปดรู เจ้าชายแห่งไบรา (ต่อมาคือ พระเจ้าเปดรูที่ 4 แห่งโปรตุเกสและจักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิล) และเจ้าชายมีเกลแห่งโปรตุเกส (ต่อมาคือ พระเจ้ามีเกลแห่งโปรตุเกส) ทั้งหมดจึงประทับอยู่ในเรือลำเดียวกัน นี่เป็นการตัดสินใจที่ประมาทถ้าพิจารณาถึงอันตรายในการเดินทางข้ามมหาสมุทรแอตแลนติกในสมัยนั้น และเป็นการเสี่ยงต่อการสืบราชสันตติวงศ์หากเรือพระที่นั่งเกิดอับปางกลางมหาสมุทร ส่วนพระนางการ์โลตา โคอากีนากับเหล่าเจ้าหญิงประทับบนเรือพระที่นั่ง 2 ลำอื่น จำนวนของผู้ตามเสด็จไปพร้อมกับเจ้าชายฌูเอายังคงเป็นที่ถกเถียง ในศตวรรษที่ 19 มีการกล่าวว่ามีผู้ตามเสด็จถึง 30,000 คน ในยุคหลังประเมินกันว่ามีผู้ตามเสด็จระหว่าง 500 ถึง 15,000 คน ข้อสรุปหลังนี้น่าจะเป็นไปได้มากที่สุดในการจุผู้คนในกองเรือรบ 15 ลำ ซึ่งรวมลูกเรือด้วย ถึงกระนั้นเรือก็ยังคงแออัดมากเกินไป ปึไดรรา อี กอชตา ได้พิจารณาข้อมูลการประเมินต่าง ๆ แล้วสรุปว่าจำนวนผู้ตามเสด็จที่เป็นไปได้มากที่สุดอยู่ระหว่าง 4,000 ถึง 7,000 คนรวมทั้งลูกเรือ

หลายครอบครัวถูกพรากจากกัน แม้กระทั่งเจ้าหน้าที่ระดับสูงหลายคนยังจับจองที่นั่งบนเรือไว้ไม่ได้และถูกทิ้งไว้เบื้องหลัง การเดินทางครั้งนี้ไม่สงบนัก เรือหลายลำอยู่ในสภาพที่ไม่ปลอดภัยและความแออัดบนเรือได้ทำให้กลุ่มขุนนางถูกบั่นทอนเกียรติลง โดยส่วนใหญ่ต้องนอนเบียดกันในที่เปิดหรือตรงดาดฟ้าท้ายเรือ สุขลักษณะก็ไม่ดี เกิดการระบาดของเหา หลายคนไม่ได้เปลี่ยนเสื้อผ้า หลายคนป่วย เสบียงอาหารก็มีน้อยทำให้ต้องแบ่งสรรปันส่วนกันไป นอกจากนี้ กองเรือดังกล่าวต้องใช้เวลาสิบวันในเขตเส้นศูนย์สูตรภายใต้ความร้อนที่แผดเผาเพราะแทบไม่มีลมช่วยพัดใบเรือ ทำให้อารมณ์ของคนเริ่มขุ่นมัวและมีเสียงบ่นพึมพำ กองเรือรบยังต้องเผชิญพายุอีกสองลูกและในที่สุดก็กระจัดกระจายกันบริเวณหมู่เกาะมาเดรา ในช่วงกลางของการเดินทาง เจ้าชายฌูเอาทรงเปลี่ยนพระทัยและตัดสินพระทัยเดินทางสู่เมืองซัลวาดอร์ในรัฐบาเยีย คงด้วยเหตุผลทางการเมือง กล่าวคือ เพื่อให้ผู้ที่อาศัยอยู่ที่นั่นรู้สึกพอใจขึ้นหลังจากที่ซัลวาดอร์ได้สูญเสียสถานะเมืองหลวงของอาณานิคมไป ในขณะที่เรือพระที่นั่งที่มีเหล่าเจ้าหญิงประทับอยู่ได้เดินทางไปตามเส้นทางเดิมสู่รีโอเดจาเนโร

ในวันที่ 22 มกราคม พ.ศ. 2351 เรือพระที่นั่งของเจ้าชายผู้สำเร็จราชการและเรืออื่น ๆ อีกสองลำได้เทียบท่าที่อ่าวแห่งนักบุญทั้งหลายในบราซิล ท้องถนนเมืองซัลวาดอร์นั้นว่างเปล่า เนื่องจากผู้ว่าราชการ เคานต์แห่งปงตึ ต้องการรับพระบัญชาจากเจ้าชายก่อนที่จะอนุญาตให้ราษฎรเข้าเฝ้า ด้วยทรงมองว่าเป็นทัศนคติที่แปลก เจ้าชายจึงทรงอนุญาตให้ราษฎรเข้าเฝ้าได้หากพวกเขามีความประสงค์ อย่างไรก็ตาม เพื่อเป็นการให้เวลาขุนนางได้จัดเตรียมตนเองหลังการเดินทางที่แสนเข็ญ การเทียบท่าได้ถูกเลื่อนไปในวันถัดมาซึ่งพวกเขาก็ได้รับการต้อนรับอย่างครื้นเครงท่ามกลางขบวนแห่ การตีระฆัง และการเฉลิมฉลองเพลง Te Deum ที่มหาวิหารซัลวาดอร์ ในวันถัดมาโปรดให้ผู้ที่มีความประสงค์สามารถเข้าเฝ้าเพื่อถวายความเคารพได้ โปรดให้มีพิธีไบฌา-เมา (การจุมพิตพระหัตถ์ขององค์กษัตริย์) และพระราชทานพระมหากรุณาธิคุณต่าง ๆ ในจำนวนนี้ พระองค์ทรงประกาศให้จัดตั้งห้องเรียนสาธารณะในวิชาเศรษฐกิจและโรงเรียนสอนการผ่าตัด แต่พระราชกรณียกิจที่สำคัญเด่นชัดที่สุดในช่วงเวลานี้คือการประกาศพระราชกฤษฎีกาการเปิดเมืองท่าแก่ชาติพันธมิตร () ที่ถือเป็นมาตรการที่มีความสำคัญยิ่งทางการเมืองและเศรษฐกิจ และเป็นมาตรการแรกจากหลาย ๆ มาตรการที่ทรงนำมาใช้เพื่อพัฒนาความเป็นอยู่ของอาณานิคม อย่างไรก็ตาม เป็นธรรมดาว่า อังกฤษ (ซึ่งเศรษฐกิจของตนขึ้นอยู่กับการค้าทางทะเล และมีฐานะเสมือนเป็นผู้อารักขากษัตริย์โปรตุเกสและบราซิลอยู่กลาย ๆ ในตอนนี้) จะเป็นผู้ได้รับประโยชน์โดยตรงมากที่สุด โดยได้รับสิทธิพิเศษมากมาย

ในซัลวาดอร์ได้มีการเฉลิมฉลองการประทับของราชสำนักอยู่หนึ่งเดือน และมีความพยายามชักจูงให้ราชสำนักให้เลือกซัลวาดอร์เป็นราชธานีแห่งใหม่ของราชอาณาจักร มีการเสนอให้สร้างพระราชวังที่หรูหราวิจิตรเพื่อเป็นที่ประทับของพระราชวงศ์ แต่เจ้าชายฌูเอาทรงปฏิเสธและทรงออกเดินทางต่อไป ด้วยได้ทรงประกาศต่อนานาชาติไว้แล้วว่าจะทรงก่อตั้งราชธานีแห่งใหม่ที่เมืองรีโอเดจาเนโร เรือพระที่นั่งของพระองค์ได้เข้าสู่อ่าวกวานาบาราในวันที่ 7 มีนาคม และทรงได้พบกับเหล่าเจ้าหญิงและสมาชิกราชวงศ์พระองค์อื่น ๆ ที่เรือพระที่นั่งของตนมาเทียบท่าที่นี้ก่อนแล้ว ในที่สุดเมื่อวันที่ 8 ราชสำนักทั้งหมดก็ได้เสด็จขึ้นฝั่ง และได้พบกับเมืองที่มีการตกแต่งอย่างวิจิตรเพื่อรับเสด็จ พร้อมด้วยการเฉลิมฉลองอย่างไม่ขาดสายเป็นเวลาเก้าวัน บาทหลวงปึรึเรกา ซึ่งเป็นนักบันทึกเหตุการณ์ที่มีชื่อเสียงและเป็นประจักษ์พยานในการเสด็จมาถึงของพระราชวงศ์ในคราวนั้น นอกจากจะคร่ำครวญกับข่าวการรุกรานโปรตุเกสภาคพื้นทวีปยุโรปแล้ว เขายังสัมผัสได้ถึงความสำคัญของการประทับบนแผ่นดินบราซิลของราชสำนักอีกด้วย ดังที่บรรยายไว้ว่า

เมื่อมีราชสำนัก กลไกที่จำเป็นของรัฐอธิปไตยจึงกลายเป็นสิ่งที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ ไม่ว่าจะเป็นเจ้าหน้าที่ในระดับสูงที่มีทั้งพลเรือน นักบวช และทหาร กลุ่มชนชั้นสูงและผู้ประกอบอาชีพอิสระ ช่างฝีมือผู้ชำนาญและข้าราชการ ในความเห็นของนักวิชาการหลายคน การย้ายราชสำนักมาที่รีโอเดจาเนโรนั้นเป็นจุดเริ่มต้นการสถาปนารัฐบราซิลสมัยใหม่ และถือเป็นก้าวแรกของบราซิลในการเดินหน้าสู่เอกราชที่แท้จริง ในขณะที่บราซิลในเวลานั้นยังคงเป็นอาณานิคมของโปรตุเกสอย่างเป็นทางการตามกฎหมาย กายู ปราดู ฌูนีโอร์ ก็ได้กล่าวไว้ว่า

แต่สิ่งแรกที่จำเป็นในการจัดหาที่พักอาศัยแก่ผู้มาเยือน เป็นปัญหาที่ยากจะแก้ไขอันนำมาซึ่งการจำกัดสัดส่วนของเมืองริโอในขณะนั้น โดยเฉพาะ มีที่พักอาศัยจำนวนน้อยที่เหมาะสมกับชนชั้นขุนนาง โดยเฉพาะอย่างยิ่งปัญหาในพระราชวงศ์เอง ซึ่งได้เข้ามาประทับในพระราชวังอุปราช ที่ซึ่งในปัจจุบันคือ ปาซูอิงเปรีอัล ("วังจักรพรรดิ") อย่างไรก็ตาม สถานที่แห่งนี้ไม่มีซึ่งความสะดวกสบายไม่เหมือนกับพระราชวังโปรตุเกส ขนาดใหญ่แต่ก็ไม่สามารถจำกัดได้อย่างเพียงพอสำหรับแต่ละคน จึงมีการเรียกคืนอาคารที่ใกล้เคียงกับพระราชวัง เช่น คาร์มิลิตท์ คอนแวนต์, ศาลาว่าการเมือง และแม้กระทั่งเรือนจำ เพื่อตอบสนองความต้องการของขุนนางต่าง ๆ และในการจัดตั้งทำเนียบของรัฐบาลใหม่ ที่อยู่อาศัยจำนวนมากมายถูกยึดคืนอย่างรีบเร่ง ผู้ครอบครองกรรมสิทธิ์ได้ขับไล่คนอย่างไม่มีเหตุผล ทำให้เกิดกระแสการต่อต้านที่รุนแรง แม้ความพยายามของอุปราชมาร์กุช ดึ นูโรนญา อี บรีตู กับฌูอากิง ฌูเซ ดึ อาซีเวดู ซึ่งเป็นผู้สำเร็จราชการก็ยังคงถูกบังคับในข้อตกลงอย่างน่าเห็นใจ พ่อค้า เอลีอัส อังโตนีอู ลอปิส ได้เสนอบ้านพักในชนบทของเขา กิงตาโบอาวิสตา ซึ่งเป็นคฤหาสน์ที่หรูหราในทำเลที่เยี่ยมยอด ที่ซึ่งในทันทีทันใดก็สร้างความพอพระทัยแก่เจ้าชาย การปฏิสังขรณ์และการขยับขยายที่ดินเป็นปาซูจีเซากริสตอเวา ("พระราชวังแห่งนักบุญคริสโตเฟอร์") ในส่วนของเจ้าหญิงการ์โลตา โคอากีนา ทรงพอพระทัยในการประทับในฟาร์มใกล้กับชายหาดบอตาโฟกู ทรงเริ่มต้นดำรงพระชนม์ชีพโดยพยายามออกห่างจากพระสวามี

เมืองที่ซึ่งมีประชากรประมาณ 70,000 คน ได้แปรสภาพเปลี่ยนไปเพียงชั่วข้ามคืน จำนวนประชากรที่เพิ่มขึ้น เต็มไปด้วยสิ่งจำเป็นสำหรับการดำรงชีพ การกำหนดการบริหารจัดการเสบียงอาหารอย่างเป็นระบบและสินค้าต่าง ๆ รวมทั้งสินค้าฟุ่มเฟือย เวลาเป็นปีในการที่ชาวโปรตุเกสเข้ามาตั้งถิ่นฐาน เป็นสาเหตุให้เกิดความยุ่งเหยิงในชีวิตประจำวันและสังคมชาวรีโอ ค่าเช่าเพิ่มขึ้นเป็นสองเท่า, ภาษีเพิ่มขึ้น และอาหารมีอยู่ในเสบียงระยะสั้น ๆ มีการเรียกร้องสิทธิจากกลุ่มขุนนางที่เข้ามา เหตุการณ์เหล่านี้ทำให้ความนิยมในการเสด็จมาถึงของเจ้าชาย ผู้สำเร็จราชการได้หมดไป ผังเมืองและรูปแบบเมืองได้เปลี่ยนไป ด้วยสิ่งก่อสร้างนับไม่ถ้วนได้แก่ ที่พักอาศัย, หมู่บ้าน และสิ่งปลูกสร้างอื่น ๆ และมีการปรับปรุงการบริการและโครงสร้างพื้นฐานอย่างมากมาย นอกจากนั้น การวางตัวของราชสำนักได้นำมาซึ่งมาตรฐานธรรมเนียมปฏิบัติแบบใหม่, เสื้อผ้าล้ำสมัยและวัฒนธรรมใหม่ได้นำมาซึ่งการแบ่งชนชั้นทางสังคมแบบใหม่

ท่ามกลางขนบธรรมเนียมประเพณี เจ้าชายฌูเอาทรงริเริ่มดำเนินประเพณีโปรตุเกสโบราณในบราซิลคือ "ไบฌา-เมา" (beija-mão) ที่ซึ่งพระองค์ทรงชื่นชอบอย่างมาก และที่ซึ่งสร้างความประทับใจในพสกนิกรบราซิลและกลายเป็นส่วนหนึ่งของตำนานพื้นบ้านของพวกเขา พระองค์เสด็จออกรับพสกนิกรเกือบทุกวัน ยกเว้นวันอาทิตย์และวันหยุดนักขัตฤกษ์ แถวของประชาชนยาวเหยียดเพื่อเข้าเฝ้าและทรงรับของกำนัลจากทั้งขุนนางและสามัญชน ตามคำกล่าวของจิตรกร อ็องรี เลแว็ก ที่ว่า "เจ้าชาย ร่วมกับรัฐมนตรี กรมวังและพระบรมวงศานุวงศ์และข้าราชบริพารทางราชการ ได้รับการถวายฎีกาทั้งหมดที่ซึ่งเสนอแก่พระองค์ ทรงฟังทุกเรื่องราวที่ไม่พอพระทัยอย่างตั้งพระทัยแน่วแน่ ทรงวิงวอนแก่ผู้ร้องทุกข์ทุกคน ทรงปลอบโยนคนหนึ่ง ทรงให้กำลังใจคนอื่น ๆ... มารยาทที่หยาบคาย วาทะที่คุ้นเคย การยืนกรานในบางสิ่ง การขยายความในอื่น ๆ ไม่มีผู้ใดเบื่อพระองค์เลย ดูเหมือนว่าพระองค์จะทรงลืมแล้วเสียว่าทรงเป็นเจ้านายพวกเขา และพวกเขาจดจำพระองค์ได้ในฐานะของพ่อ" มานูเอล จี โอลีเวย์รา ลีมา ได้เขียนเกี่ยวกับพระองค์ว่า "ไม่ทรงเคยปฏิเสธการเผชิญหน้าหรือคำร้อง และผู้ถวายฎีกาทุกคนประหลาดใจว่าทำไมพระองค์ทรงทราบอย่างดีถึงวิถีชีวิตความเป็นอยู่ของพวกเขา ครอบครัวของพวกเขา แม้เหตุการณ์เล็กน้อยที่ซึ่งได้เกิดขึ้นในอดีตและที่ซึ่งพวกเขาไม่เชื่อว่าสามารถล่วงรู้ถึงพระกรรณของพระองค์ได้อย่างไร"

ตลอดเวลาที่พระองค์ประทับในบราซิล เจ้าชายฌูเอาทรงก่อตั้งสถาบันต่าง ๆ จำนวนมากมายอย่างเป็นทางการและการบริการสาธารณะต่าง ๆ และทรงผลักดันเศรษฐกิจ, วัฒนธรรมและวิถีชีวิตประจำชาติตามพื้นที่ต่าง ๆ สิ่งต่าง ๆ เหล่านี้ได้ถูกยึดโดยส่วนใหญ่ เพราะความต้องการในสิ่งที่จำเป็นของการบริหารจัดการจักรวรรดิใหญ่ในดินแดนที่แต่ก่อนเคยขาดแคลนทรัพยากร เพราะว่าความคิดที่มีอิทธิพลได้ดำเนินต่อไปที่ซึ่งเชื่อว่าบราซิลยังคงเป็นอาณานิคม ได้ให้สิ่งที่ถูกคาดว่าราชสำนักที่นี่ควรจะกลายเป็นอดีตราชธานีเมื่อสถานการณ์ทางการเมืองในยุโรปกลับสู่ภาวะปกติ อย่างไรก็ตาม การพัฒนาในสิ่งเหล่านี้จะกลายเป็นรากฐานสำหรับเอกราชของบราซิลในอนาคต นี้ไม่ได้กล่าวถึงสิ่งอำนวยความสะดวกและความก้าวหน้าทั้งหมด ลำดับของวิกฤตทางการเมืองได้เกิดขึ้นเพียงเวลาสั้น ๆ หลังจากพระองค์เสด็จมาถึงด้วยการรุกรานกาแยน (ค.ศ. 1809) ในเฟรนช์เกียนาของฝรั่งเศสในปี พ.ศ. 2352 ในการโต้กลับสำหรับการที่ฝรั่งเศสเข้ารุกรานโปรตุเกส, ปัญหาทางเศรษฐกิจที่รุนแรง และความลำบากจากข้อตกลงทางการค้าที่กำหนดในปี พ.ศ. 2353 โดยพันธมิตรอย่างอังกฤษ ที่ซึ่งในการปฏิบัติการเอ่อล้นของตลาดเล็ก ๆภายในด้วยสิ่งเล็กน้อยที่ไร้ค่าและการส่งออกที่เป็นผลเสีย และในการก่อตั้งอุตสาหกรรมใหม่ในชาติ หนี้สินของชาติได้เพิ่มจำนวนทวีคูณถึง 20 และการคอร์รัปชั่นแพร่กระจายอยู่ทั่วไปในสถาบันใหญ่ ๆ รวมทั้งธนาคารแห่งบราซิลแห่งแรก ที่ซึ่งสิ้นสุดด้วยการล้มละลาย เช่นเดียวกับราชสำนักที่ฟุ่มเฟือยและสิ้นเปลือง, สะสมอภิสิทธิ์ต่าง ๆ และดำรงไว้ซึ่งกองทหารที่ประจบสอพลอและฉวยโอกาส กงสุลอังกฤษ เจมส์ เฮนเดอร์สัน ได้สังเกตการณ์ว่า ราชสำนักในยุโรปส่วนน้อยเท่านั้นที่จะมีขนาดใหญ่เท่ากับราชสำนักโปรตุเกส ลอเรนติโน โกเมซได้เขียนไว้ว่า เจ้าชายฌูเอาทรงพระราชทานยศอันเป็นมรดกตกทอดมากมายในช่วงแปดปีแรกในบราซิลซึ่งมากกว่าประวัติศาสตร์การพระราชทานยศก่อนหน้านี้ในรอบสามร้อยปีแห่งราชาธิปไตยโปรตุเกส ไม่ได้มีการนับการพระราชทานเครื่องยศมากกว่า 5,000 ยศและการยกย่องเกียรติยศในเครื่องราชอิสริยาภรณ์โปรตุเกส

เมื่อจักรพรรดินโปเลียนพ่ายแพ้ในปี พ.ศ. 2358 มหาอำนาจยุโรปได้พบปะกันในการประชุมใหญ่แห่งเวียนนาเพื่อจัดระบบแผนที่ทางการเมืองในภาคพื้นทวีปใหม่ โปรตุเกสได้เข้ามีส่วนร่วมในการเจรจาต่อรองแต่ต้องให้นักวางแผนการชาวบริติชหรืออังกฤษที่ขัดแย้งกันในการสนับสนุนราชวงศ์บรากังซา อัครราชทูตโปรตุเกสในคองเกรส เคานต์แห่งปัลเมลา ได้เสนอแนะให้เจ้าชายผู้สำเร็จราชการยังคงประทับอยู่ในบราซิล ดังที่คำแนะนำของบุคคลผู้ทรงอำนาจอย่างเจ้าชายตาแลร็อง เพื่อจำกัดความแข็งแกร่งระหว่างราชธานีกับอาณานิคม รวมทั้งการเสนอแนะให้ยกระดับบราซิลเป็นราชอาณาจักรรวมกับโปรตุเกส ผู้แทนจากสหราชอาณาจักรก็ยังยุติด้วยการสนับสนุนข้อเสนอนี้ ที่ซึ่งเป็นผลให้เกิดการสถาปนาสหราชอาณาจักรโปรตุเกส บราซิล และแอลการ์ฟในวันที่ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2358 เป็นสถาบันที่ได้รับการพิจารณาผ่านทางกฎหมายอย่างรวดเร็วโดยชาติต่าง ๆ

สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 แห่งโปรตุเกส พระราชมารดาของเจ้าชายฌูเอาเสด็จสวรรคตในวันที่ 20 มีนาคม พ.ศ. 2359 สิริพระชนมายุ 81 พรรษา ครองสิริราชสมบัติรวมระยะเวลา 39 ปีด้วยพระอาการสติวิปลาสเกือบตลอดรัชกาล ซึ่งทรงดำรงพระชนม์ชีพยืนยาวที่สุดในบรรดากษัตริย์โปรตุเกสนับตั้งแต่สถาปนาราชอาณาจักรโปรตุเกส การสวรรคตของพระนางเป็นการเปิดทางให้แก่ผู้สำเร็จราชการในการขึ้นครองราชสมบัติ แต่พระองค์ทรงเริ่มปกครองในฐานะกษัตริย์ตั้งแต่วันนั้น พระองค์ไม่ทรงได้อุทิศพระองค์ในฐานะกษัตริย์โดยทันทีและทรงได้รับการสรรเสริญเท่านั้นในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2361 ด้วยงานเฉลิมฉลองอย่างใหญ่โต ขณะที่พระราชกรณียกิจหลากหลายได้ประดามาล่วงหน้าก่อนแล้ว สมเด็จพระราชินีการ์โลตา โคอากีนาผู้ทะเยอทะยาน ทรงริเริ่มวางแผนการลับเพื่อต่อต้านความสนใจของประชาชนชาวโปรตุเกสในขณะที่ทรงประทับอยู่ในยุโรป และในเวลาอันสั้นหลังจากการมาถึงของพระนางในบราซิล ทรงทำการก่อตั้งและสนับสนุนกองทหารสเปนและนักชาตินิยมในดินแดนรีโอเดลาปลาตา(ปัจจุบันคือ อาร์เจนตินาและอุรุกวัย) ด้วยทรงปรารถนาในการเพิ่มพระราชอำนาจของพระนางเอง บางครั้งทรงปรารถนาเป็น ผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์แห่งสเปน บางครั้งทรงปรารถนาเป็น สมเด็จพระราชินีนาถแห่งราชาธิปไตยใหม่ที่ประดิษฐานโดยการสนับสนุนจากอาณานิคมสเปนในทวีปอเมริกาใต้ บางครั้งทรงปรารถนาที่จะถอดถอนพระสวามีออกจากราชบัลลังก์ นี่แสดงให้เห็นว่าการอภิเษกสมรสของพระเจ้าฌูเอาซึ่งมีความหมายที่เป็นไปไม่ได้ ทั้ง ๆ ที่ทรงแสดงท่าทีที่อดทนอดกลั้น และทรงพยายามบังคับให้ทั้งสองพระองค์ปรากฏพระองค์ร่วมกันในที่สาธารณะ ในขณะที่พระนางการ์โลตาทรงได้รับการสนับสนุนจากผู้เห็นใจจำนวนมาก แผนการของพระนางมักล้มเหลวอย่างไม่แตกต่าง ทั้ง ๆ ที่พระนางทรงประสบความสำเร็จในการแทรกแซงอิทธิพลของพระสวามีโดยทรงมีส่วนร่วมโดยตรงในการเมืองอาณานิคมของสเปน นำไปสู่การเข้ายึดครองเมืองมอนเตวิเดโอในปี พ.ศ. 2360 และการผนวกแคว้นคิสพลาตินาในปี พ.ศ. 2364

ในช่วงเวลาเดียวกัน ก็ได้เกิดปัญหาขึ้นคือการจัดหาพระชายาแก่องค์รัชทายาทของพระองค์ ซึ่งในอนาคตคือ จักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิล ยุโรปในขณะนั้นได้พิจารณาเกี่ยวกับบราซิลว่าเป็นดินแดนห่างไกล, ล้าหลังและไม่ปลอดภัย ดังนั้นมันไม่ง่ายเลยที่จะจัดหาคู่สมรสที่เหมาะสม หลังจากปีแห่งการเสาะหา ราชทูต เปดรู ฌูเซ โจอาคิม วิโต เดอ เมเนเซส เคาทินโฮซึ่งดำรงยศเป็นมาควิสแห่งมาเรียลวา ท้ายที่สุดได้เสนอให้ผูกสัมพันธ์กับหนึ่งในราชวงศ์ที่ทรงอำนาจที่สุดในยุโรป นั่นก็คือ ราชวงศ์ฮับส์บูร์กในจักรพรรดิแห่งออสเตรีย หลังจากได้มีการรับประกันจากราชสำนักออสเตรียด้วยสิทธิต่าง ๆ มากมาย, แสดงพิธีการที่เอิกเกริก และการแบ่งสรรปันส่วนทองคำแท่งและเครื่องเพชรจากชนชั้นสูง เจ้าชายเปดรูทรงอภิเษกสมรสกับอาร์ชดัชเชสมาเรีย ลีโอโพลดีนาแห่งออสเตรีย พระราชธิดาในจักรพรรดิฟรานซ์ที่ 1 แห่งออสเตรียกับเจ้าหญิงมาเรีย เทเรซา แห่งเนเปิลส์และซิซิลีส์ในปี พ.ศ. 2360 จักรพรรดิและรัฐมนตรีของพระองค์ คลีเมนซ์ ฟาน แมทเทอร์นิตช์ ได้พิจารณาการเจริญสัมพันธไมตรีครั้งนี้ว่า "เป็นแผนการที่เป็นประโยชน์ระหว่างยุโรปและโลกใหม่" เสริมสร้างความแข็งแกร่งยิ่งขึ้นในรัชกาลแห่งราชาธิปไตยของทั้งสองซีกโลกและได้นำออสเตรียเข้ามามีอิทธิพลในซีกโลกใหม่

ขณะที่สถานการณ์ในโปรตุเกสยังไม่มีความสงบสุข จากการว่างกษัตริย์และการถูกทำลายล้างจากสงครามคาบสมุทร และเป็นผลกระทบให้เกิดผู้คนอดอยากจำนวนมากและการอพยพย้ายถิ่นฐานออกไปจำนวนมาก จากการขับไล่การรุกรานของฝรั่งเศสครั้งสุดท้ายจากเมืองใหญ่ได้กลายการอารักขาโดยอังกฤษ ซึ่งควบคุมโดยนายพล วิลเลียม คารร์ เบเรสฟอร์ด ผู้ซึ่งปกครองด้วยกำปั้นเหล็ก ตั้งแต่พระเจ้าฌูเอาทรงสืบราชบัลลังก์ ชาวโปรตุเกสพยายามบีบบังคับให้พระองค์เสด็จกลับ เริ่มชักนำให้เกิดการจลาจลของพวกเสรีนิยม และการก่อตั้งองค์กรลับต่าง ๆ ด้วยเป้าหมายที่นำมาซึ่งการประชุมคอร์เตสโปรตุเกส (Portuguese Cortes) ซึ่งเป็นภาษาในยุคกลางหมายถึงตัวแทนของแคว้นต่าง ๆ ในโปรตุเกส ที่ซึ่งไม่ได้มีการพบปะกันอีกนับตั้งแต่พ.ศ. 2241 เหมือนกับพวกเสรีนิยมที่สร้างความวุ่นวายในบราซิล ในปี พ.ศ. 2360 เกิดกบฏเปร์นัมบูกันในเมืองเรซีฟี เป็นการเคลื่อนไหวของกลุ่มนิยมสาธารณรัฐที่ซึ่งทำการก่อตั้งรัฐบาลขึ้นเองในรัฐเปร์นัมบูกูและการกบฏก็ขยายวงกว้างไปทั่วบราซิล แต่ในที่สุดก็ถูกปราบลงอย่างราบคาบ กลับไปที่โปรตุเกส ในวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2363 ได้เกิดการปฏิวัติเสรีนิยม พ.ศ. 2363 ที่เมืองโปร์ตู และได้ทำการก่อตั้งรัฐบาลเองที่ควบคุมโดยคณะผู้ยึดอำนาจการปกครอง และได้ส่งผลกระทบในลิสบอน ที่ซึ่งมีการเข้าพบ "นายพลเพื่อจุดประสงค์พิเศษ" (General Extraordinary) และ "กลุ่มคอร์เตสรัฐธรรมนูญ" (Constituent Cortes) หรือ Cortes Gerais Extraordinárias e Constituintes ได้จัดตั้งรัฐบาล และได้มารวมกันเพื่อทำการเลือกคณะผู้แทนโดยปราศจากการขอพระราชวินิจฉัยจากพระเจ้าฌูเอา การเคลื่อนไหวครั้งนี้ได้รับการสนับสนุนจากหมู่เกาะมาเดย์รา, อะโซร์สและครอบงำไปถึงกาว-ปาราและรัฐบาเยียในบราซิล นำมาด้วยการลุกฮือของกองทัพในนครริโอเดอจาเนโร

ในวันที่ 30 มกราคม พ.ศ. 2364 กลุ่มคอร์เตสได้มาประชุมกันที่ลิสบอนและมีพระราชกฤษฎีกาให้จัดตั้งสภาผู้สำเร็จราชการแผ่นดินเพื่อใช้อำนาจในพระนามของพระเจ้าฌูเอา ได้ปล่อยตัวนักโทษทางการเมืองจำนวนมากและเรียกร้องให้พระมหากษัตริย์เสด็จกลับ ในวันที่ 20 เมษายน พระเจ้าฌูเอาทรงเรียกประชุมขุนนางที่กรุงรีโอเพื่อทำการเลือกผู้แทนพระองค์ไปยังกลุ่มคอร์เตสรัฐธรรมนูญ แต่ในวันต่อมาเกิดการประท้วงที่จตุรัสและผู้ประท้วงถูกปราบปรามอย่างรุนแรง ในบราซิลได้มีความคิดเห็นส่วนใหญ่ต้องการให้พระมหากษัตริย์เสด็จกลับโปรตุเกสซึ่งหมายความว่าจะต้องละทิ้งบราซิลความเป็นเอกราชของบราซิลและลดสถานะของบราซิลให้กลับเป็นอาณานิคมของโปรตุเกสดังเช่นกาลก่อน ภายใต้กระแสความกดดัน พระเจ้าฌูเอาทรงดำเนินทางเป็นกลางโดยทรงส่งมกุฎราชกุมารเปดรู พระโอรสไปยังลิสบอนเพื่อให้เป็นผู้พระราชทานรัฐธรรมนูญและก่อตั้งรัฐบาลใหม่ขั้นพื้นฐาน อย่างไรก็ตามองค์มกุฎราชกุมารที่ซึ่งมีพระดำริในทางเสรีนิยมได้ปฏิเสธแผนการของพระราชบิดา วิกฤตการณ์ได้ทวีความรุนแรงยิ่งขึ้นและเป็นการยากที่จะหวนกลับไปสู่ระบอบเก่า พระเจ้าฌูเอามีพระบรมราชโองการสถาปนาให้มกุฎราชกุมารเปดรูเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ที่บราซิลและพระองค์เองได้เสด็จออกจากบราซิลเพื่อไปลิสบอนในวันที่ 25 เมษายน หลังจากทรงประทับในบราซิลมาเป็นเวลา 13 ปี แผ่นดินที่ซึ่งพระองค์ทรงดำริถึงทุกเมื่อเสมอมา

เรื่อพระที่นั่งได้นำพระเจ้าฌูเอาและราชสำนักถึงท่าลิสบอนในวันที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2364 การเสด็จนิวัติของพระองค์ถูกวิจารณ์ในพฤติกรรมที่บอกเป็นนัยว่าเป็นการบีบบังคับพระองค์มากกว่า แต่ในความเป็นจริงสภาพแวดล้อมของรัฐบาลใหม่ได้มีการก่อตั้งขึ้นแล้ว มีการร่างรัฐธรรมนูญ และพระมหากษัตริย์ได้รับการปฏิญาณต่อรัฐธรรมนูญในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2365 ทรงยอมจำนนด้วยพระราชอำนาจที่หลากหลาย สมเด็จพระราชินีการ์โลตา โคอากีนาทรงปฏิเสธที่จะดำเนินการปฏิญาณตามพระราชสวามี และดังนั้นพระนางจึงถูกยึดพระราชอำนาจทางการเมืองและทรงถูกถอดถอนออกจากพระอิสริยยศ "สมเด็จพระราชินีแห่งโปรตุเกส" ขณะที่พระเจ้าฌูเอาทรงสูญเสียบราซิลไป พระโอรสของพระองค์ มกุฎราชกุมารเปดรูยังคงประทับอยู่ที่บราซิลและทรงก่อการกบฏในการประกาศอิสรภาพแห่งบราซิลในวันที่ 7 กันยายน พ.ศ. 2365 ทรงปราบดาภิเษกในพระอิสริยยศ "จักรพรรดิแห่งบราซิล" เป็นจักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิล ตามความเชื่อดั้งเดิมได้มีการกล่าวว่า ก่อนที่พระองค์จะเสด็จกลับโปรตุเกส พระเจ้าฌูเอาทรงตระหนักถึงเหตุการณ์ในอนาคตและตรัสกับพระโอรสว่า "เปดรูเอ๋ย บราซิลนั้นต่อไปจักต้องแยกออกจากโปรตุเกส ถ้าเป็นเช่นนั้น เจ้าต้องนำมงกุฎนั้นมาสวมที่หัวของเจ้าให้จงได้ก่อนที่พวกฉวยโอกาสคนหนึ่งคนใดจะได้มันไป" จากบันทึกความจำของเคานท์แห่งปาลเมลา ได้บันทึกว่า อิสรภาพแห่งบราซิลได้มาถึงโดยท่ามกลางข้อตกลงร่วมกันระหว่างพระมหากษัตริย์และองค์มกุฎราชกุมาร ในเหตุการณ์บางอย่าง หลังจากมีการติดต่อกันระหว่างทั้งสองพระองค์ได้แสดงให้เห็นว่าการกระทำของเจ้าชายรัชทายาทมิได้บั่นทอนทำลายความสัมพันธ์ของพระองค์กับพระราชบิดาเลย อย่างไรก็ตามรัฐบาลโปรตุเกสในขณะนั้นไม่รับรองเอกราชของบราซิลอย่างเป็นทางการ

รัฐธรรมนูญในทางเสรีนิยมที่ซึ่งให้พระมหากษัตริย์ทรงถวายสัตย์ปฏิญาณได้มีผลบังคับใช้เพียงไม่กี่เดือน ไม่มีประชาชนหรือผู้ใดในโปรตุเกสสนับสนุนลัทธิเสรีนิยม และมีการเคลื่อนไหวเพื่อเรียกร้องสมบูรณาญาสิทธิ์มากขึ้น ในวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2366 ที่แคว้นตรัส-โอส-มอนเตส อี อัลโต โดอูโร ฟรานซิสโก ซิลเวย์รา เคานท์แห่งอมันรันเตได้ประกาศสถาปนาสมบูรณาญาสิทธิราชย์ แต่ก็ไม่ได้ส่งผลกระทบที่เป็นรูปธรรมและกลับทำให้เกิดการปลุกปั่นครั้งใหม่ตามมา ในวันที่ 27 พฤษภาคม เจ้าชายมีเกลแห่งโปรตุเกส พระโอรสองค์หนึ่ง ทรงได้รับการสนับสนุนจากพระมารดา พระนางการ์โลตา โคอากีนา ให้ก่อการกบฏที่รู้จักในชื่อ วิลลาฟรานคาดา โดยมีความตั้งใจที่จะสถาปนาสมบูรณาญาสิทธิราชย์ พระเจ้าฌูเอาทรงเปลี่ยนพระทัยเห็นมาสนับสนุนพระโอรสเพื่อหลีกเลี่ยงการถูกปลดออกจากราชบัลลังก์ ซึ่งเป็นความปรารถนาสูงสุดในกลุ่มของพระราชินี และทรงปรากฏพระองค์เคียงข้างพระโอรสในวันเฉลิมพระชนมพรรษาของพระองค์เอง พระโอรสทรงฉลองพระองค์ของกลุ่มราชองครักษ์แห่งชาติ ซึ่งเป็นกลุ่มทหารที่เคยพยายามก่อรัฐประหารแต่ต้องถูกกำจัดโดยพวกเสรีนิยม การปรากฏของทั้งสองพระองค์ได้รับการสรรเสริญจากกองทัพ พระเจ้าฌูเอาเสด็จเป็นการส่วนพระองค์ไปยังเขตวิลลา ฟรานกา เดอ ซีราที่ซึ่งง่ายต่อการจัดการให้ประชาชนลุกฮือ ท้ายที่สุดเสด็จกลับลิสบอนด้วยความสำเร็จ สถานการณ์ทางการเมืองยังคงแปรปรวนและแม้แต่ผู้ที่ทำการปกป้องลัทธิเสรีนิยมอย่างเข้มแข็งยังเกรงกลัวที่จะตัดสินใจว่าจะอยู่ฝ่ายใด ก่อนการสลายตัว กลุ่มคอร์เตสได้ทำการประท้วงต่อต้านการเปลี่ยนแปลงรัฐธรรมนูญที่ได้รับการยอมรับแล้วก่อนหน้านี้ แต่แล้วสมัยแห่งสมบูรณาญาสิทธิ์ได้มีการฟื้นฟู พระราชอำนาจและพระอิสริยยศของสมเด็จพระราชินีได้รับการฟื้นคืนอีกครั้งและพระมหากษัตริย์ทรงได้รับการสรรเสริญเป็นครั้งที่สองในวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2366 พระเจ้าฌูเอาทรงใช้พระราชอำนาจควบคุมปราบปรามผู้ประท้วงการฟื้นฟูพระราชอำนาจครั้งนี้ ทรงเนรเทศผู้นิยมลัทธิเสรีนิยมออกจากประเทศและทำการจับกุมบุคคลอื่น ๆ มีพระราชโองการให้ฟื้นฟูคณะตุลาการและสถาบันต่าง ๆ จำนวนมากด้วยระบอบการเมืองในทิศทางใหม่และทรงจัดตั้งคณะกรรมาธิการในการร่างกฎบัตรใหม่ขึ้นพื้นฐานเพื่อแทนที่รัฐธรรมนูญ

สัมพันธภาพของพระองค์กับเจ้าชายมีเกล พระโอรสกลับไม่สามารถดำรงได้ อันเนื่องมาจากอิทธิพลของพระมารดาเข้าแทรกแซง เจ้าชายมีเกลทรงก่อการกบฏเมษายน หรือ Abrilada โดยกองทหารรักษาการณ์ในลิสบอนในวันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2367 กลุ่มกบฏได้อ้างว่าเพื่อต้องการกำจัดองค์กรฟรีเมสันและป้องกันพระมหากษัตริย์จากแผนการลอบปลงพระชนม์ของพวกฟรีเมสันที่ซึ่งทำการต่อต้านพระองค์ แต่พระเจ้าฌูเอากลับทรงถูกนำพระองค์มาเพื่อคุ้มครองในพระราชวังเบงปอชตา นักการเมืองจำนวนมากที่เป็นศัตรูกับเจ้าชายมีเกลยังคงถูกจับกุมอยู่ที่ไหนสักแห่ง พระประสงค์ของเจ้าชายทรงต้องการขู่ให้พระราชบิดาสละราชบัลลังก์ มีการตื่นตัวถึงสถานการณ์ คณะเจรจาฝ่ายทหารได้ควบคุมและเข้าไปยังพระราชวังเบงปอชตา ได้บอกให้พระมหากษัตริย์ไม่ให้ทำการต่อต้านมาก และได้ฟื้นฟูอิสรภาพของพระมหากษัตริย์ ในวันที่ 9 พฤษภาคม จากคำปรึกษาของคณะทูตที่เป็นมิตรกัน พระเจ้าฌูเอาทรงแสร้งที่จะเสด็จประพาสเมืองคาซิเอส แต่ในความเป็นจริงพระองค์เสด็จไปหลบภัยในเรือรบของอังกฤษที่ซึ่งเทียบท่ารอพระองค์อยู่ พระองค์มีพระราชวินิจฉัยจากเรือเฮสเอ็มเอส วินเซอร์ คาสเซิลทรงกล่าวประณามพระโอรส มีพระบรมราชโองการปลดพระโอรสออกจากตำแหน่งสั่งการในกองทัพ และให้พระโอรสปล่อยนักโทษทางการเมือง เจ้าชายมีเกลทรงถูกเนรเทศ ด้วยการที่กลุ่มกบฏถูกกำจัด ทั้งกลุ่มเสรีนิยมและกลุ่มสมบูรณาญาสิทธิ์ได้ออกมายังถนนเพื่อเฉลิมฉลองการดำรงอยู่ของรัฐบาลที่ถูกต้องตามกฎหมาย ในวันที่ 14 พฤษภาคม พระมหากษัตริย์เสด็จกลับพระราชวังเบงปอชตา มีพระบรมราชโองการแต่งตั้งสภารัฐมนตรีอีกครั้งหนึ่งและทรงแสดงความเมตตาต่อผู้ที่เคยร่วมก่อการกบฏ แต่ก็ยังไม่มีการเตือนพระราชินีจากการก่อการสมคบคิด ตำรวจได้ค้นพบแผนการกบฏต่อไปในวันที่ 26 ตุลาคม และเป็นหลักฐานที่พระเจ้าฌูเอามีพระบัญชาให้จับกุมพระมเหสีโดยกักบริเวณแต่ในพระตำหนักที่พระราชวังหลวงเกลุช

ในปลายรัชสมัยของพระเจ้าฌูเอามีพระบรมราชโองการเปิดเมืองท่าเสรีในลิสบอนแต่กฎหมายก็ไม่เป็นผล มีพระบรมราชโองการให้เพิ่มการไต่สวนในการสืบสวนในกรณีที่พระสหายเก่า มาควิสแห่งลูเลเสียชีวิต แต่คำพิพากษาสูงสุดไม่เคยได้รับการช่วยเหลือ ในวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2367 พระองค์ทรงพระราชทานอภัยโทษแก่ผู้ที่มีส่วนเกี่ยวพันกับการลุกฮือที่ปอร์โต ยกเว้นเจ้าหน้าที่เก้าคนได้ถูกเนรเทศ ในวันเดียวกันรัฐธรรมนูญฉบับเก่าแห่งพระราชอาณาจักรได้ถูกนำกลับมาบังคับใช้ และกลุ่มคอร์เตสได้เปิดประชุมเพื่อร่างฉบับใหม่ การเปลี่ยนรัฐธรรมนูญเป็นการเผชิญหน้ากับอุปสรรคมากมาย โดยเฉพาะอุปสรรคกับสเปนและกลุ่มผู้สนับสนุนในสมเด็จพระราชินี

อย่างไรก็ตาม ปัญหาใหญ่ของโปรตุเกสในเวลานี้เกี่ยวข้องกับเอกราชของบราซิล จนกระทั่งแหล่งทรัพย์สินที่ใหญ่ที่สุดของประเทศ การสูญเสียบราซิลได้ส่งผลเสียทางเศรษฐกิจที่รุนแรงต่อโปรตุเกส ความตื่นตัวในการพยายามเอาชนะอดีตอาณานิคมได้รับการพิจารณา แต่แนวคิดนี้ต่อมาถูกละทิ้ง ความยากลำบากในการเจรจาต่อรองและการประชุมหารือในการรับรองจากยุโรปในรีโอเดจาเนโร ด้วยความเป็นกลางและแรงกดดันจากอังกฤษ ส่งผลในการรับรองเอกราชครั้งสุดท้ายในวันที่ 29 สิงหาคม พ.ศ. 2368 ในเวลาเดียวกัน พระเจ้าฌูเอาทรงปลดปล่อยนักโทษชาวบราซิลและทรงอนุญาตให้สิทธิทางการค้าระหว่างสองชาติ ได้มีการยอมรับในเจ้าชายเปดรูปกครองในฐานะพระประมุขแห่งบราซิลด้วยพระอิสริยยศ "จักรพรรดิ" พระเจ้าฌูเอาทรงรักษาเกียรติยศของพระองค์ในฐานะจักรพรรดิแห่งบราซิลเพียงในพระนาม จากเวลานี้ พระองค์ทรงลงพระปรมาภิไธยลงในเอกสารในฐานะ "จักรพรรดิและพระเจ้าฌูเอาที่ 6" (Sua Majestade o Imperador e Rei Dom João VI) บราซิลได้รับเงินทุนบางอย่างที่ซึ่งบราซิลได้กู้ยืมมาจากโปรตุเกส ไม่มีสนธิสัญญาใดกล่าวถึงสิทธิในการสืบราชบัลลังก์ทั้งสอง แต่จักรพรรดิเปดรู ยังคงดำรงพระอิสริยยศในฐานะมกุฎราชกุมารแห่งโปรตุเกสและแอลการ์ฟ อย่างเป็นนัยว่าทรงเป็นรัชทายาทในราชบัลลังก์โปรตุเกส

ในวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ. 2369 พระเจ้าฌูเอาขณะเสด็จกลับจากพระอารามเฮียโรนิไมท์ และทรงเข้าบรรทมที่พระราชวังเบงปอชตาด้วยพระอาการน่าเป็นห่วง พระองค์ทรงเจ็บปวดทรมานหลายวันจากพระอาการต่าง ๆ รวมทั้งอาเจียนและการสั่นอย่างรุนแรง พระองค์ทรงปรากฏองค์ด้วยพระพลานามัยที่ดีขึ้นแต่ด้วยความรอบคอบ พระองค์ทรงลงพระปรมาภิไธยแต่งตั้งให้ เจ้าหญิงอิซาเบล มารีอาแห่งโปรตุเกส พระราชธิดาเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ ในกลางคืนของวันที่ 9 มีนาคม พระอาการประชวรของพระองค์กลับแย่ลงและเสด็จสวรรคตในเวลาประมาณ 5 โมงเช้าของวันที่ 10 มีนาคม สิริพระชนมายุ 58 พรรษา เจ้าหญิงผู้สำเร็จราชการทรงยอมรับในทันทีทันใดภายในรัฐบาลของโปรตุเกสและจักรพรรดิเปดรูทรงได้รับการยอมรับในฐานะองค์รัชทายาทที่ถูกต้องตามกฎหมายในฐานะ พระเจ้าเปดรูที่ 4 แห่งโปรตุเกส แพทย์หลวงประจำราชสำนักยังไม่สามารถกำหนดเหตุการสวรรคตของพระเจ้าฌูเอาได้ในท้ายที่สุด แต่มีการสงสัยกันว่าทรงถูกวางยาพิษ พระวรกายของพระองค์ถูกตบแต่งและทำพระราชพิธีฝังพระศพที่สุสานหลวงแห่งกษัตริย์โปรตุเกส วิหารหลวงแห่งพระราชวงศ์บรากังซาในพระอารามเซา วิเซนเต เดอ ฟอรา ในคริสต์ทศวรรษที่ 1990 คณะผู้ตรวจสอบได้ค้นพบและขุดหม้อเซรามิกทรงจีนขึ้นมาจากหลุมที่ซึ่งบรรจุพระอันตะ(ลำไส้)ของพระองค์ ชิ้นส่วนของพระหทัยของพระองค์ได้ถูกทำให้ชื้นและได้รับการตรวจสอบที่ซึ่งมีการพบปริมาณสารหนูปริมาณมากพอสำหรับฆ่าคนได้สองคน เป็นการยอมรับอย่างเป็นนัยว่าทรงถูกลอบปลงพระชนม์ด้วยยาพิษ

เมื่อทรงพระเยาว์ขณะทรงดำรงเป็นเจ้าชายฌูเอา พระองค์มีพระบุคลิกภาพที่แตกต่างออกไป ทรงศรัทธาในศาสนาอย่างแรงกล้า ทรงดำรงพระชนม์ชีพท่ามกลางบาทหลวงและเข้าร่วมพิธีมิสซาในโบสถ์ประจำวัน อย่างไรก็ตาม โอลิเวียรา ลิมาได้ยืนยันว่าทรงค่อนข้างแสดงพระองค์ศรัทธาในศาสนาอย่างแรงกล้า สิ่งนี้ได้สะท้อนให้เก็นถึงวัฒนธรรมโปรตุเกสในยุคสมัยนั้นเพียงเท่านั้น และพระมหากษัตริย์...

พระองค์ทรงให้คุณค่ากับบทเพลงทางศาสนาอย่างมากและทรงเป็นนักอ่านที่ยอดเยี่ยมในงานทางศิลปะแต่พระองค์ไม่โปรดกิจกรรมการออกกำลังกายอย่างมาก พระองค์ทรงทุกข์ทรมานจากภาวะซึมเศร้าอย่างรุนแรงเป็นครั้งคราว ซึ่งอาจจะทรงได้รับพันธุกรรมโรคนี้มาจากพระมารดาหรือพระอัยกา ทรงเกลียดชังในการเปลี่ยนแปลงกิจวัตรประจำวันรวมทั้งฉลองพระองค์ พระองค์ทรงฉลองพระองค์ตัวเดียวจนกระทั่งขาด ทรงบังคับให้มหาดเล็กในวังของพระองค์เย็บฉลองพระองค์ตัวนั้นในตอนที่ทรงสวมอยู่ขณะที่บรรทม พระองค์ทรงทรมานจากพระอาการตื่นตกใจอย่างรุนแรงเมื่อทรงได้ยินเสียงฟ้าร้อง โดยทรงประทับแต่ในห้องด้วยหน้าต่างที่ถูกปิดและทรงไม่ต้อนรับผู้ใด

ชีวิตการอภิเษกสมรสของพระองค์ถือเป็นคู่ที่ไม่มีความสุข ได้มีข่าวลือแพร่กระจายว่าเมื่อมีพระชนมายุ 25 พรรษา พระองค์ทรงตกหลุมรักยูจีเนีย ฌูเซ เดอ เมเนเซส หญิงชาวสเปนผู้ติดตามพระมเหสีของพระองค์ เธอได้ตั้งครรภ์และมีการสงสัยว่าพระองค์ทรงเป็นบิดาของบุตรในครรภ์ กรณีนี้ถูกทำให้เงียบและหญิงสาวถูกส่งตัวกลับสเปนที่ได้ให้กำเนิดบุตร เธอได้ให้กำเนิดบุตรสาว ซึ่งไม่มีหลักฐานปรากฏชื่อของเธอ ยูจีเนียดำรงชีวิตอย่างสงบในสำนักชีและพระองค์ให้ความช่วยเหลือทางการเงินแก่เธอเสมอมา นักประวัติศาสตร์ โทเบียส มอนเตย์โรและแพทริค วิลค์เคนได้บันทึกเป็นสัญญาณว่า พระเจ้าฌูเอามีพระบุคลิกไปในทางความสัมพันธ์แบบรักร่วมเพศได้นำมาซึ่งหายนะในชีวิตสมรสของพระองค์ ที่ซึ่งทรงประทับห่างจากพระมเหสีโดยมักทรงปรากฏพระองค์ร่วมกันในงานพระราชพิธีสำคัญ คู่รักของพระองค์ในความสัมพันธ์ครั้งนี้เป็นคนรับใช้คนโปรดของพระองค์ ฟรานซิสโก เดอ เซาซา โลบาโต ผู้ซึ่งตามบันทึกของนักประวัติศาสตร์ โดยปกติเขามักจะมีหน้าที่สำเร็จความใคร่ให้กับเจ้านาย ในขณะที่อาจจะได้รับการปองร้ายทีเดียว บาทหลวงนามว่า มีเกล ได้พบกับฉากนั้นโดยบังเอิญและเป็นผลให้บาทหลวงถูกส่งตัวไปยังแองโกลาแต่ก็ไม่ได้เขียนบันทึกคำให้การก่อนที่จะออกไป โดยไม่คำนึงถึงความเป็นจริงและความไม่ถูกต้องของการเรียกร้อง รูฟิโน เดอ เซาซาได้รับเกียรติยศมากมาย ซ้อนท่ามกลางข้อครหาในที่ปรึกษาของพระมหากษัตริย์ เขาได้เป็นเลขาธิการแห่งคาซา โด อินเฟนตาโด, เลขาธิการสำนักคุณธรรมและอำนวยการ (Mesa de Consciência e Ordens) และเป็นผู้ว่าการป้อมปราการซานตา ครูซ และได้รับพระอิศริยยศชั้น บารอนและหลังจากนั้นเป็นไวส์เคานท์แห่งวิลลา โนวา ดา ไรน์ฮา

ในสภาพแวดล้อมที่ไม่ปลอดภัยและฉุกเฉินของรีโอเดจาเนโรที่ประทับส่วนพระองค์ของพระมหากษัตริย์เป็นอย่างง่าย ๆ ในทางกลับกันกับพระญาติที่แยกตัวโดดเดี่ยวในโปรตุเกส พระองค์ทรงกลายเป็นผู้กระตือรืนร้นทางร่างกายมากขึ้นและมีความสนพระทัยในธรรมชาติ พระองค์ทรงย้ายบ่อย ๆ ระหว่างปาโค เดอ เซา กริสโตบาวและวังอุปราชในเมือง ทรงพำนักบางครั้งที่เกาะปาเควตา, เกาะโกเวอร์นาดอร์ ที่พราเอีย แกรนเดอ(ชายหาดที่นิเตรอย) และที่พระตำหนักหลวงแห่งซานตา ครูซ พระองค์เสด็จออกล่าสัตว์และบรรทมอย่างมีความสุขในเต้นหรือภายใต้ต้นไม้ พระองค์โปรดชนบททั้ง ๆ ที่มีบึงแห่งยุงชุมและแมลงอื่น ๆ และความร้อนในป่าเขตร้อนที่ไหม้เกรียมที่ซึ่งเป็นสภาพที่ชาวโปรตุเกสและชาวต่างชาติส่วนใหญ่เกลียดมาก

ในช่วงเวลาไม่กี่ปีในการประทับที่บราซิลของพระเจ้าฌูเอา พระองค์มีพระบรมราชโองการจัดตั้งกลุ่มสถาบัน โครงการ และบริการหลายอย่าง ซึ่งทำให้ประเทศมีการพัฒนาอย่างกว้างขวางทางด้านเศรษฐกิจ การบริหารราชการ กฎหมาย วิทยาศาสตร์ วัฒนธรรม ศิลปะ และสิ่งอำนวยความสะดวกต่าง ๆ ถึงแม้ว่าจะไม่ประสบความสำเร็จทั้งหมด และบางอย่างก็ไม่สมบูรณ์หรือไม่จำเป็นโดยสิ้นเชิง ตามที่อีปอลีตู ฌูเซ ดึ กอชตา ได้วิจารณ์อย่างเสียดสีไว้ ในบรรดาสิ่งเหล่านี้ พระองค์ทรงเป็นผู้ก่อตั้งอิงเปรงซาเรฌีอา (สำนักพิมพ์แห่งแรกของประเทศ), สวนพฤกษศาสตร์รีโอเดจาเนโร, คลังสรรพาวุธทหารเรือ, ฟาบรีกาจีปอลโวรา (โรงงานผลิตดินปืน), ฝ่ายดับเพลิงของเมืองรีโอเดจาเนโร, กองเรือพาณิชย์นาวีของบราซิล และโรงพยาบาลการกุศลที่รู้จักกันในนาม "กาซาดุสอิสโปสตุส" พระองค์ยังทรงก่อตั้งแผนการศึกษามากมายในรีโอ, เปร์นัมบูกู, บาเยีย และสถานที่อื่น ๆ โดยมีการเรียนการสอนในวิชาทางศาสนาและเทววิทยาศีลธรรม แคลคูลัสเชิงปริพันธ์ กลศาสตร์ อุทกพลศาสตร์ เคมี เลขคณิต เรขาคณิต ภาษาฝรั่งเศส ภาษาอังกฤษ พฤกษศาสตร์ เกษตรกรรม และอื่น ๆ พระองค์ยังทรงส่งเสริมให้มีการก่อตั้งสมาคมและสถาบันมากมายเพื่อการศึกษาวิทยาศาสตร์ วรรณคดี และศิลปะ เช่น ฌุงตาวาซีนีกา (บริหารจัดการวัคซีนไข้ทรพิษ), ราชสมาคมนักอักษรศาสตร์แห่งบาเยีย, สำนักวิทยาศาสตร์และวิจิตรศิลป์, สถาบันวิทยาศาสตร์และศิลปะแห่งรัฐรีโอเดจาเนโร, สำนักกายวิภาคศาสตร์ ศัลยศาสตร์ และแพทยศาสตร์แห่งรีโอเดจาเนโร สถาบันวิชาการปืนใหญ่ การเสริมกำลัง และการออกแบบหลวง, โรงเรียนนายเรือ, โรงเรียนเตรียมทหาร, หอสมุดแห่งชาติบราซิล, พิพิธภัณฑ์หลวง (ปัจจุบันคือพิพิธภัณฑ์สถานแห่งชาติบราซิล), โรงละครหลวงเซาฌูเอา (ปัจจุบันคือโรงละครฌูเอาไกตานู) รวมทั้งทรงเกณฑ์ผู้บรรเลงเดี่ยวที่มีชื่อเสียงระดับนานาชาติ และอุปถัมภ์นักดนตรีแห่งโบสถ์หลวงคนอื่น ซึ่งรวมทั้งบาทหลวงโฌเซ เมารีซีอู นักประพันธ์เพลงชั้นนำชาวบราซิลในรัชสมัยของพระองค์ ทรงสนับสนุนการมาของคณะมีเซาอาร์ติสชีกาฟรังเซซา เป็นผลให้เกิดการก่อตั้งสำนักวิทยาศาสตร์ ศิลปะ และงานฝีมือหลวง ซึ่งเป็นต้นกำเนิดของสำนักวิจิตรศิลป์แห่งชาติแห่งมหาวิทยาลัยสหพันธ์แห่งรีโอเดจาเนโรในปัจจุบัน ซึ่งมีความสำคัญยิ่งต่อการเริ่มต้นการศึกษาและการผลิตงานศิลปะในบราซิล

นโยบายของพระเจ้าฌูเอานำไปสู่การเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจที่ส่งผลกระทบอย่างกว้างขวาง เริ่มต้นด้วยการเปิดท่าเรือและการยกเลิกระบบการค้าผูกขาดของโปรตุเกส ทำให้สหราชอาณาจักรกลายเป็นผู้ที่ได้รับประโยชน์มหาศาล ในทางหนึ่ง ผู้ค้าซึ่งมีฐานในบราซิลต้องเผชิญหน้ากับการแข่งขันที่แข็งแกร่งจากต่างชาติ ในทางตรงกันข้าม ก็ได้ส่งเสริมการผลิตสิ่งใหม่ ๆ และกิจกรรมทางเศรษฐกิจอื่น ๆ ที่ก่อนหน้านี้เคยถูกสั่งห้าม ล้มเหลว หรือไม่เคยเกิดขึ้นในบราซิล ในเวลาเดียวกัน พระองค์ทรงก่อตั้งหน่วยงานการบริหารจัดการในระดับสูงอย่างกระทรวงการสงคราม กระทรวงการต่างประเทศ และกระทรวงสมุทรและดินแดนโพ้นทะเล; สภาแห่งชาติและการคลัง สภาทหารสูงสุด หอจดหมายเหตุทางทหาร ทบวงการยุติธรรมและทบวงมโนธรรมและระเบียบ กาซาจีซูปลีกาเซา (สภาสูง) กองกำกับการตำรวจ ธนาคารแห่งแรกของบราซิล คณะกรรมการการค้า เกษตรกรรม โรงงาน และการเดินสมุทร และไปรษณีย์กลาง รวมทั้งทรงให้ชาวบราซิลเข้ามามีอำนาจในตำแหน่งบริหารและการจัดการ ซึ่งช่วยลดความตึงเครียดระหว่างคนพื้นเมืองกับชาวโปรตุเกสลงได้ พระองค์ยังทรงสนับสนุนการผลิตทางเกษตรกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ฝ้าย ข้าว และอ้อย ทรงเปิดเส้นทางและสนับสนุนการพัฒนาเส้นทางน้ำภายในแผ่นดิน เป็นการกระตุ้นการเคลื่อนไหวของประชาชน สินค้า และผลิตภัณฑ์ระหว่างภูมิภาค

ตามรายงานของปีเดรอิราและคอสตา พระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกสจำนวนน้อยที่จะมีการนิยมจินตนาการในพระบรมสาทิสลักษณ์เทียบเท่าพระเจ้าฌูเอาที่ 6 ที่ซึ่งแต่ละพระบรมสาทิสลักษณ์ของพระองค์แตกต่างกันมาก ๆ "แต่นาน ๆ ครั้งก็เป็นผลดี...มันไม่แปลกที่ซึ่งความยากลำบากในชีวิตสมรสและพระราชวงศ์และการอ้างอิงถึงบุคลิกลักษณะของพระองค์และธรรมเนียมประจำพระองค์เอง การนำมาซึ่งภาพล้อเลียนแบบง่าย ๆ และการเคลื่อนไหวอย่างตรงไปตรงมา ถ้าไม่ใช่ประเพณีที่ตลกขบขัน" กษัตริย์ทรงได้รับความนิยมในการแสดงถึงความขี้เกียจ, ความเขลาและความซุ่มซ่าม ทำให้เชื่อฟังโดยภรรยาที่ปากร้าย การขยะแขยงคนตะกละผู้ซึ่งมักจะมีไก่อบในกระเป๋าเสื้อโค้ตของพระองค์ที่เสวยตลอดเวลาด้วยมือที่เต็มด้วยคราบน้ำมัน เรื่องที่เป็นตัวอย่างได้คือภาพยนตร์บราซิลเรื่อง "การ์โลตา โคอากีนา - เจ้าหญิงแห่งบราซิล" (Carlota Joaquina – Princesa do Brasil) (พ.ศ. 2538) การเขียนล้อเลียนที่รวมด้วยบทวิจารณ์ทางสังคมที่เฉียบคม งานเขียนนั้นได้สร้างผลกระทบสะท้อนกลับอย่างมากมาย แต่ตามรายงานคำวิจารณ์ของโรนัลโด เวนฟาส "มันเป็นเรื่องราวที่เต็มไปด้วยข้อผิดพลาดในหลายรูปแบบ, การเป็นตัวอย่างที่ผิด, ความไม่แน่ชัด, การประดิษฐ์" สำหรับนักประวัติศาสตร์ ลูอิซ คาร์ลอส วิลลัลตา "มันสร้างการโจมตีอย่างกว้าง ๆ ในความรู้ทางประวัติศาสตร์" ในทางกลับกันผู้อำนวยการคาร์ลา คามูราติบอกกล่าวอย่างเจตนา "สร้างเรื่องเล่าแบบภาพยนตร์ที่ซึ่งกำหนดประเภทของนวนิยายทางประวัติศาสตร์ด้วยหน้าที่เกี่ยวกับการสอนและในเวลาเดียวกันจะเสนอผู้ตรวจสอบความรู้ในอดีตและช่วยเหลือในฐานะประชาชน ที่นึกถึงเกี่ยวกับปัจจุบัน...มันไม่ได้เสนอความรู้ทางประวัติศาสตร์ใหม่ ๆ ของผู้ตรวจสอบ ในทางนี้ มันได้นำมาซึ่งผู้ตรวจสอบทางพฤติกรรมที่ผิดศีลธรรมทางโลกีย์มากกว่าเรื่องเล่าที่ส่งผลกระทบสะท้อนในประวัติศาสตร์บราซิล"

การมองภาพแทนอย่างหลากหลายของพระเจ้าฌูเอาในขอบเขตบุคลิกลักษณะที่ทรงมีน้ำหนักมากเกินไป, รูปร่างใหญ่กว่าปกติ, ไม่เป็นระเบียบที่ซึ่งบุคลิกมีภูมิฐานและสง่างาม สำหรับจิตรกรวาดภาพเหมือน นักวิจัย อิสเมเนีย เดอ ลิมา มาร์ตินส์ ได้เขียนไว้ว่า "ถ้าคือข้อตกลงท่ามกลางผู้เขียนทั้งหมด ผู้ซึ่งอาศัยหลักฐานของพวกเขา ผู้ซึ่งใกล้ชิดกับพระองค์สำหรับพระเมตตาและสุภาพ ทั้งหมดนี้เป็นข้อโต้เถียงอย่างรุนแรง ในขณะที่การตรัสตรงๆถึงสีหน้าของพระองค์อย่างรัฐบุรุษ บางคนพิจารณาว่าพระองค์ทรงขี้ขลาดและไม่เหมาะสำหรับการปกครอง ในเหตุการณ์อื่นๆ พระเจ้าฌูเอาที่ 6 ทรงสร้างรอยที่ลบไม่ออกในประวัติศาสตร์ลูโซ-บราซิล ข้อเท็จจริงที่ซึ่งปรากฏทั่วในปัจจุบัน ท่ามกลางบทบาททางประวัติศาสตร์ที่ซี่งยืนกรานเหนือการคาดคะเนของกษัตริย์ ทั้งๆที่การเปลี่ยนแปลงที่ซึ่งฝึกฝนประสบการณ์เหนือเหตุการณ์ในศตวรรษที่ 20"
ในทางการปกครอง พระเจ้าฌูเอาทรงได้รับแรงสนับสนุนที่แข็งแกร่งเสมอ ที่มีชื่อเสียงคือ โรดริโก เดอ เซาซา โควทินโฮ เคานท์ที่ 1 แห่งลินฮาเรซ, อันโตนิโอ เดอ อเราโจ อี อเซเวโด เคานท์ที่ 1 แห่งบาร์คาและโตมัส อันโตนิโอ เดอ วิลลา โนวา โปรตุเกส ผู้ซึ่งได้รับการพิจารณาว่าเป็นผู้ให้คำปรึกษาในพระราชกรณียกิจของพระเจ้าฌูเอาจำนวนมาก แต่ตามรายงานของจอห์น ลุคค็อก ผู้สังเกตการณ์ที่เชื่อถือได้ในยุคสมัยนั้น "เจ้าชายผู้สำเร็จราชการทรงถูกกล่าวหาว่าเป็นผู้ขาดความกระตือรือร้นหลายครั้ง สำหรับฉัน พระองค์นั้นทรงเป็นผู้มีความเฉียบแหลมอย่างมากและบุคลิกภาพที่แข็งแกร่งมากกว่าคุณลักษณะที่เห็นโดยทั่วไปจากทั้งมิตรและศัตรูของพระองค์ พระองค์ทรงอยู่ในพฤติการณ์แวดล้อมใหม่ ที่ซึ่งทรงได้รับการทดสอบ การยอมรับพวกเขาด้วยตวามอดทน ถ้าทรงถูกยั่งยุ พระองค์จะแสดงพระองค์ด้วยความกระฉับกระเฉงและฉับไว" พระองค์ทรงได้รับการสรรเสริญด้วยบุคลิกแห่งการเป็นกษัตริย์ การยืนยันใหม่ถึงพระเมตตาและความสนพระทัย งานประพันธ์คลาสสิคของโอลิเวียรา ลิมา เรื่อง "Dom João VI no Brasil"(พ.ศ. 2451) เป็นหนึ่งในบุคคลสำคัญที่มีความเชื่อถือได้สำหรับการเริ่มต้นของกระบวนการฟื้นฟูสภาพเดิมขนานใหญ่ของพระเจ้าฌูเอา เขาได้ทำการค้นคว้าเอกสารนับไม่ถ้วนในช่วงยุคสมัยนั้นโดยปราศจากการค้นหาบทบรรยายซึ่งไม่น่าพอใจเกี่ยวกับกษัตริย์โดยชาวบราซิลหรือเอกอัครราชทูตและนักการทูตต่างๆที่ได้รับการยอมรับในราชสำนัก ในทางกลับกัน เขาได้พบการบรรยายจำนวนมากที่ซึ่งแต่งแต้มด้วยสีอันเป็นที่ชื่นชอบ ดังเช่น หลักฐานจากแฮนเดอร์สัน กงสุลบริติชและซัมเทอร์ รัฐมนตรีสหรัฐอเมริกา ผู้ซึ่ง"ชื่นชอบอย่างมากที่จะกำหนดพระองค์ให้เป็นกษัตริย์โดยตรง โดยความชอบธรรมที่ถูกต้องตามกฎหมาย จากนั้นทรงพบปะกับคณะรัฐมนตรีของพระองค์...การคิดว่าพระองค์ในสถานการณ์นี้ทรงมีความก้าวหน้ามากพอกว่าข้าราชสำนักของพระองค์" เอกสารทางการทูตยังคงยืนยังถึงวิสัยทัศน์ทางการเมืองของพระองค์ที่กว้างไกล ความตั้งพระทัยที่จะให้บราซิลมีความสำคัญในทวีปอเมริกาโดยสามารถเทียบเคียงสหรัฐอเมริกา การรับเอามาของวาทกรรมที่ใกล้เคียงกับหลักการเทพลิขิตของสหรัฐอเมริกา พระองค์ทรงยืนยันในอำนาจอันชอบธรรมของพระองค์โดยปราศจากความรุนแรง มากด้วยพระอารมณ์ที่สามารถชักจูงได้และสุภาพ การจัดการทางการระหว่างประเทศของพระองค์ แม้ว่าในบางครั้งจะไม่ประสบความสำเร็จและค่อนข้างจะนำมาซึ่งความทะเยอทะยานแห่งลัทธิจักรวรรดินิยม แต่ในทางอื่นๆมากมายถือเป็นการมองการณ์ไกลและเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันได้ เป็นการแสดงด้วยท่าทางมากมายบรรยายที่ซึ่งยกระดับชีวิตความเป็นอยู่ในอาณานิคมบราซิล

ถึงอย่างไรก็ตาม นายพลแห่งกองทัพฝรั่งเศส ฌอง-อันดอเช ชูโนต์ ได้บรรยายพระองค์ในฐานะ "บุรุษผู้อ่อนแอ หวาดระแวงทุกๆคนและทุกๆสิ่ง ริษยาอำนาจสั่งการของพระองค์แต่ซึ่งไม่สามารถพอในการสร้างความเคารพ พระองค์ถูกปกครองโดยคุณพ่อ (ในที่นี้คือ บาทหลวง) และสามารถดำรงพระองค์ภายใต้การข่มขู่ให้เกรงกลัว" และนักประวัติศาสตร์ชาวบราซิลหลายๆคน เช่น แพนเดีย คาลอเกราส, โตเบียส มอนเตย์โรและลูอิส นอร์ตัน ได้บรรยายพระองค์เปรียบเหมือนสีดำมืดมิด ท่ามกลางชาวโปรตุเกส เช่น โจอาควิม เปดรู เดอ ดอลิเวียรา มาร์ตินส์และราอูล บรานเดา บรรยายว่า พระองค์ทรงถูกพรรณาร่ำไปในฐานะบุคคลที่ตลกล้อเลียนจนกระทั่งอนุรักษนิยมถูกฟื้นคืนในปี พ.ศ. 2469 เมื่อเขาเริ่มต้นที่จะหาผู้ปกป้อง เช่น ฟอร์ทูนาโด เดอ อัลเมดา, อัลเฟรโด ปิเมนตาและวาเลนทิม อเล็กซานเดร มันเป็นบางอย่างที่ซึ่งจำนวนมากถูกทำให้ไม่จงรักภักดีต่อพระองค์ ที่ซึ่งทรงขึ้นภาษีและการเป็นหนี้ที่แย่ลง,เพิ่มจำนวนตำแหน่งและสิทธิพิเศษสืบทางสายโลหิต ที่ซึ่งไม่ทรงสามารถระงับความขัดแย้งภายในที่เพิ่มขึ้นมากหรือการกำจัดการคอร์รัปชัน และที่ซึ่งเสด็จออกจากบราซิลช่วงระยะใกล้จะล้มละลายเมื่อพระองค์ทำให้ท้องพระคลังว่างเปล่าในการเสด็จกลับโปรตุเกส

อะไรก็ตามบุคลิกของพระองค์ สำคัญต่อรัชกาลของพระองค์สำหรับช่วยจดจำการโหมกำลังการผลิตในบราซิลและเป็นเอกภาพอย่างแท้จริงที่ซึ่งเป็นชาติที่มิอาจโต้แย้งได้ กิลเบอร์โต เฟรเรยืนยันว่า "พระเจ้าฌูเอาที่ 6 ทรงเป็นบุคคลหนึ่งผู้ซึ่งมีบทบาทมหาศาลในการสถาปนาชาติ...พระองค์ทรงเป็นแบบอย่างที่ดีเลิศในฐานะบุคคลกลาง...ระหว่างประเพณี ที่ซึ่งพระองค์ทำให้เป็นรูปธรรม และนวัตกรรม ที่ซึ่งพระองค์ทรงเปิดรับและยกระดับ ในระหว่างที่ซึ่งสร้างความมั่นใจแก่อนาคตของชาวบราซิล" ในความเห็นของลอเรนติโน โกเมซ "ไม่มียุคสมัยใดในประวัติศาสตร์บราซิลยืนยันแน่นอนอย่างลึกซึ้งและการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็วใน 13 ปีที่ซึ่งราชสำนักโปรตุเกสประทับอยู่ที่รีโอเดจาเนโร" นักวิชาการเช่น โอลิเวียรา ลิมา, มาเรีย โอดิลา ดา ซิลวา ดิเอส, โรเดอริค บาร์แมนและลอเรนติโน ดังที่กล่าวมาก่อนแล้ว เชื่อว่าพระเจ้าฌูเอาไม่เคยคิดเสด็จมาที่อเมริกาและก่อตั้งรัฐบาลกลางที่เข้มแข็ง บางทีคือแผ่นดินใหญ่บราซิลด้วยความแตกต่างเกี่ยวกับดินแดนที่สำคัญที่ซึ่งมีส่วนที่แตกออกมาของชาติที่แตกต่างกัน ซึ่งเกิดขึ้นกับชาติอาณานิคมเพื่อนบ้านอย่างสเปน ความคิดเห็นนี้ถูกร่วมโดยนายพลเรือบริติช ซิดนีย์ สมิธ ผู้บัญชาการกองเรือรบที่ซึ่งคุ้มกันเรือโปรตุเกสให้เดินทางไปยังบราซิล

เร็วๆนี้พระราชประวัติได้มีการแยกข้อเท็จจริงออกจากตำนานและโต้ตอบด้วยตำนานเย้ยหยันที่ซึ่งถูกสร้างขึ้นโดยบุคคลแวดล้อมพระเจ้าฌูเอาและที่ซึ่งขาดแคลนเอกสารมาสนับสนุน ลูเซีย บาสโตสได้เตือนที่ซึ่งแม้กระทั่งวันนี้พวกเราจำเป็นที่จะระมัดระวังในการวางเรื่องที่แน่นอนในบริบทของประวัติศาสตร์ ดังเช่น ข้อถกเถียงในการฉ้อราษฎร์บังหลวง ไม่มีที่ซึ่งแม้ว่าสิ้นเปลืองมหาศาลและการสบประมาท ในเวลานั้นไม่มีการชัดแจ้งในการแบ่งระหว่างการคลังสาธารณะและพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ของกษัตริย์ และในตรรกะของยุคสมัยเก่า "พระมหากษัตริย์ทรงเป็นเจ้าของประเทศ...ที่ซึ่งกระจายส่วนของแบบที่ว่า พระมหากษัตริย์ทรงเป็นผู้แจกจ่ายความยุติธรรมและการแย่งชิง" ในคำพูดของลีอันโดร โลโยลา "จากการศึกษาวิจัยใหม่ที่ปรากฏออกมา ผู้ซึ่งมีข้อจำกัดของพระองค์ แต่ผู้ซึ่งเผชิญหน้าสถานการณ์ที่เป็นอันตรายโดยสิ้นเชิงและมีชีวิตต่อไป ทั้งๆที่การปกครองประเทศขนาดเล็ก, ยากจน, ทรุดโทรม ดังเช่นโปรตุเกสในจุดเริ่มต้นคริสต์ศตวรรษที่ 19" ก่อนที่ศัตรูของพระองค์จะสวรรคตที่เซนต์เฮเลนา ศัตรูผู้ทรงอำนาจสูงสุดอย่างนโปเลียน กล่าวถึงพระองค์ว่า "เขาเป็นบุคคลเดียวที่หลอกข้าได้" มาควิสแห่งคาราเวลาสกล่าวสรรเสริญพระองค์ในวุฒิสภาบราซิลในช่วงการเสด็จสวรรคตของพระเจ้าฌูเอา ได้กล่าวว่า "เราทั้งมวล ณ ที่นี้มีเหตุผลมากมายที่จะกล่าวสรรเสริญระลึกถึงพระเจ้าฌูเอาที่ 6 พวกเราล้วนสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณ สำหรับผลประโยชน์มากมายที่ทรงมอบแก่พวกเรา พระองค์ทรงยกระดับบราซิลให้เป็นราชอาณาจักร ทรงจัดหาสิ่งที่ดีสำหรับพวกเราทั้งมวล ทรงดูแลพวกเราเสมอมาด้วยความรัก และชาวบราซิลทั้งหมดทั้งมวลมีความผูกพันกับพระองค์เสมอ"

พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกสทรงอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงการ์โลตา โคอากีนาแห่งสเปนในปี พ.ศ. 2328 มีพระโอรส-ธิดาร่วมกัน 9 พระองค์ได้แก่