The premise of the game features Rintarō Okabe receiving a D-Mail from himself in 2025 that states that he must save the future by reclaiming an IBN 5100 from a person under of the alias "Neidhardt".
Đoạn mở đầu game kể về Okabe Rintarō nhận được D-Mail từ chính mình ở năm 2025 bảo rằng cậu phải cứu lấy tương lai bằng việc lấy lại chiếc máy IBN 5100 từ một người có bí danh "Neidhardt".