Prior to 2010, the JFL was governed by Japan Football Association (JFA); since 2010, the JFL became independent from the Japan FA with its own status and governing body, and consists mainly of amateur football clubs and company teams, though some fully professional clubs (J. League associate members) also exist.
Trước 2010, JFL được điều hành bởi Liên đoàn bóng đá Nhật Bản (JFA); từ 2010, JFL tách khỏi LDBĐ Nhật Bản và có cơ quan tổ chức riêng, bao gồm phần lớn là các câu lạc bộ nghiệp dư và đội bóng doanh nghiệp, một vài câu lạc bộ chuyên nghiệp (thành viên liên kết J. League) cũng tồn tại.