After the NRA captured power in 1986, Mukwaya was appointed director of women's affairs in the Ministry of Gender, Labor and Social Affairs, where she served until 1990.
Sau khi NRA nắm quyền vào năm 1986, Mukwaya được bổ nhiệm làm giám đốc phụ trách phụ nữ trong Bộ Giới tính, Lao động và Xã hội, nơi bà phục vụ cho đến năm 1990.