As a result of these branching storylines, Way of the Samurai has six different endings; the particular ending obtained by the player is based on which faction, if any, Kenji has allied himself with and the actions taken during the course of the game.
Theo kết quả của từng nhánh cốt truyện, Way of the Samurai có bảy kết thúc khác nhau, đặc biệt là kết thúc do người chơi thu thập được dựa trên phe đó, nếu có, Kenji cũng có thể tự mình liên minh và hành động một mình trong suốt quá trình diễn biến của game.