Unlike previous games in the series, Mega Man X4 allows the player to choose between the two protagonists at the beginning of the game: X, who uses traditional, long-range attacks; or Zero, who wields a short-range sword.
Không giống như các phiên bản trước của series, Mega Man X4 cho phép người chơi chọn giữa hai nhân vật chính lúc bắt đầu trò chơi: X, người sử dụng tấn công truyền thống tầm xa, hoặc Zero, người sử dụng một thanh kiếm tầm ngắn.