Although the incorporation has led to increased financial independence and autonomy, Hokkaido University is still partially controlled by the Japanese Ministry of Education.
Mặc dù sáp nhập để tăng tính độc lập và tự chủ về tài chính nhưng Đại học Hokkaido vẫn chịu sự quản lý của Bộ Giáo dục Nhật Bản.