The game follows shortly after the events of Mega Man X5 in which planet Earth was devastated by an attack by the "Maverick" leader Sigma and the protagonist Zero sacrificed his own life to save it.
Trò chơi tiếp nối ngay sau những sự kiện của Mega Man X5 trong đó trái đất bị tàn phá bởi cuộc tấn công của nhà lãnh đạo "Maverick" Sigma và nhân vật chính Zero đã hy sinh mạng sống của chính mình để cứu lấy nó.