Shanahan served as vice president and general manager of Boeing Missile Defense Systems, starting in December 2004 overseeing the Ground-based Midcourse Defense system, Airborne Laser and Advanced Tactical Laser programs.
Shanahan giữ chức vụ Phó Chủ tịch và Tổng giám đốc Hệ thống phòng thủ tên lửa Boeing, bắt đầu vào tháng 12 năm 2004, giám sát hệ thống tên lửa đánh chặn trên mặt đất, các chương trình Airborne Laser và Advanced Tactical Laser.