The Manipuri was shown to be genetically close to three other Indian pony breeds, but genetically more distant from the Marwari, the sole Indian horse breed in the study.
Ngựa Manipuri đã được chứng minh là có di truyền gần với ba giống ngựa Ấn Độ khác, nhưng về mặt di truyền xa hơn với ngựa Marwari, giống ngựa Ấn Độ duy nhất trong nghiên cứu này.