Following the assassination of President João Bernardo Vieira by the army on 2 March 2009, the army stated that Pereira, as President of the National People's Assembly, would succeed Vieira as President of Guinea-Bissau on an interim basis, in accordance with the constitution.
Sau vụ ám sát Tổng thống João Bernardo Vieira bởi quân đội ngày 2 tháng 3 năm 2009, quân đội tuyên bố rằng Pereira, là Chủ tịch Hội nghị Nhân dân Quốc gia, sẽ kế nhiệm Vieira làm Tổng thống Guiné-Bissau trên cơ sở lâm thời, phù hợp với hiến pháp.