Ishaka remained at the university until 1989, when he became scientific director, and then president in 1990, of the La Jolla Institute for Allergy and Immunology in La Jolla, California.
Ishaka vẫn ở trường đại học cho đến năm 1989, khi ông trở thành giám đốc khoa học, và sau đó là chủ tịch vào năm 1990, thuộc Viện dị ứng và miễn dịch La Jolla ở La Jolla, California.