Mattis occasionally voiced his disagreement with certain Trump administration policies, opposing the proposed withdrawal from the Iran nuclear deal and budget cuts that hamper the ability to monitor the impacts of climate change.
Mattis đôi khi lên tiếng về sự bất đồng của mình với một số chính sách của chính quyền Trump, phản đối đề xuất rút khỏi Thỏa thuận hạt nhân Iran, và đã chỉ trích việc cắt giảm ngân sách cản trở khả năng giám sát tác động của biến đổi khí hậu.