Shafter served as a 1st lieutenant the Union Army's 7th Michigan Volunteer Infantry Regiment at the battles of Ball's Bluff and Fair Oaks.
Shafter phục vụ với cấp bậc Trung úy bậc 1 trong Trung đoàn Bộ binh Tình nguyện Michigan số 7 thuộc Quân đội Liên bang Miền Bắc tại các trận đánh Ball's Bluff và Fair Oaks.