Together with the other members of the genus Babyrousa, the North Sulawesi babirusa has usually been considered a subspecies of a widespread Babyrousa babyrussa, but recent work suggests that there may be several species, differentiable on the basis of geography, body size, amount of body hair, and the shape of the upper canine tooth of the male.
Cùng với các thành viên khác của chi Babyrousa, loài lợn huơu Bắc Sulawesi thường được xem là một phân loài của loài Babyrousa babyrussa phổ biến, nhưng những nghiên cứu gần đây cho thấy rằng có thể có một số loài khác nhau dựa trên cơ sở địa lý, kích thước cơ thể, lượng lông trên cơ thể, và hình dạng của răng nanh trên của con đực.