From 1939 onward, as governor of the Cracow district, Wächter organized the persecution of the Jews and ordered the establishment of the Cracow Ghetto in 1941.
1939 yılından itibaren, Krakov bölgesinin valisi olan Wächter, Yahudilere uygulanan zulümleri organize etti ve 1941'de Krakov getosunun kurulmasını emretti.