Panagoulis was put on trial by the Military Court on 3 November 1968, condemned to death with other members of National Resistance on 17 November 1968, and subsequently transported to the island of Aegina for the sentence to be carried out.
Panagoulis 3 Kasım 1968'de Askeri Mahkeme tarafından yargılandı, 17 Kasım 1968'de Ulusal Direniş'in diğer üyeleriyle birlikte cinayet sebebiyle mahkûm edildi ve sonradan idam edilmek üzere Aegina adasına sevk edildi.