HMMs can produce a single highest-scoring output but can also generate a family of possible alignments that can then be evaluated for biological significance.
GMMler yüksek skorlu bir çıktı verebilirler ama ayrıca bir olasıl hizalamalar ailesi de üretebilirler, bunlar sonradan biyolojik anlamlılıkları bakımından değerlendirilebilir.