It was thought that the sharks form a polyphyletic group: some sharks are more closely related to rays than they are to some other sharks, but current molecular studies support monophyly of both groups of sharks and batoids.
Mendohet se peshkaqenët formojnë një grup polofiletik: disa peshkaqenë janë më të lidhur ngushtë me batoidët se sa disa peshkaqenë të tjerë, por studimet aktuale molekulare mbështesin monofilume të të dy grupeve të peshkaqenë dhe batoidëve.