In 1986–87, Villarreal were promoted to the Segunda Liga B. In 1990, they finished 18th and were relegated back to the Tercera.
Në sezonin 1986–87, Villarreal u ngjit në Segunda Liga B. Në vitin 1990, ata e përfunduan sezonin në vendin e 18 duke rënë sërisht në Tercera.