Baggio scored 5 goals and provided 10 assists in 23 appearances during the 1998–99 season, as Inter finished in eighth place, missing out on a European spot.
Baggio shënoi 5 gola dhe dhuroi 10 asiste në 23 paraqitje gjatë sezonit 1998–99, me Interin që e mbylli në vendin e tetë, duke humbur një vend për në kompeticionet evropiane.