Inzaghi started his coaching career at the beginning of the 2012–13 season, signing a two-year deal as the head coach of Milan's Primavera (under-19) team.
Inzaghi filloi karrierën e tij si trajner në fillim të sezonit 2012–13, duke firmosur një kontratë dy vjeçare si trajneri i Milan Primaverës (skuadra U–19).