In the first few matches, Müller was a regular substitute, and on 12 September 2009, he was brought on against Borussia Dortmund and scored two goals in a 5–1 victory.
Në ndeshjet e para të sezonit, Müller ishte një zëvëndësues i rregullt, dhe më 12 shtator 2009, ai hyri në ndeshjen kundër Borussia Dortmund dhe shënoi dy gola në fitoren 5–1.