On 23 May 2013, amid speculation of a move to Juventus, Bonera signed a new contract with Milan until 30 June 2015.
Më 23 maj 2013, pas disa spekullimeve për një transferim të tij te rivalët e Juventusit, Bonera firmosi një kontratë të re me Milanin deri më 30 qershor 2013.