On 27 September 2006, against Bayern Munich, Zanetti played his 500th professional match for Inter and on 22 November 2006, he appeared in his 100th UEFA match, against Sporting Clube de Portugal.
Më 27 shtator 2006, kundër Bayern Munich, Zanetti luajti ndeshjen e tij të 500 zyrtare me Interin dhe më 22 nëntor 2006, ai luajti ndeshjen e tij të 100 në kompedicionet europiane kundër Sporting Clube de Portugal.