Handanović is in a long-standing relationship with Zoja Trobec, former KK Olimpija cheerleader, with whom he has a son Alen, born on 19 January 2011.
Handanovič është në një marrëdhënje të gjatë me Zoja Trobec, që ishte nxitëse e tifozëve të KK Union Olimpija, së bashku kanë një djalë që quhet Alen, i cili ka lindur më 19 janar 2011.