In September 2006, after his move to Bayern Munich, he was added to Van Basten's squad to face Bulgaria; however, Van Bommel stated (alongside Ruud van Nistelrooy) he would not play for Oranje as long as Van Basten was in charge.
Në shtator të vitit 2006, pas kalimit të tij tek Bayerni, ai u përfshij në skuadrën e Van Bastenit për ndeshjen kundrejt Bullgarisë; megjithatë, van Bommel deklaroi (së bashku me Ruud van Nistelrooy) se ai nuk do të lujë kurrë për Oranje përderisa van Basten është në krye.