In the seasons following the FA Cup triumph, the club was dogged by allegations of financial irregularities, culminating in the suspension of seventeen players in 1906, including captain Billy Meredith, who subsequently moved across town to Manchester United.
Në sezonet e tjera pas triumfit në FA Cup, klubi u ndoq nga akuzat për parregullsi financiare, duke arritur kulmin me pezullimin e shtatëmbëdhjetë lojtarëve në vitin 1906, përfshirë edhe kapitenin Billy Meredith, i cili më pas u zhvendos te rivalët e qytetit Manchester United.