In 1906, Samsonov became Chief of staff of the Warsaw Military District, and in 1909 was Governor-General of Russian Turkestan and commander of the Turkestan Military District.
V roku 1906 sa Samsonov stal náčelníkom štábu Varšavského vojenského okruhu a v roku 1909 bol vymenovaný za generálneho guvernéra ruského Turkistanu a veliteľa Turkestanského vojenského okruhu.