Towards the end of the 13th century Gao became part of the Mali Empire, but in first half of the 15th century the town regained its independence and with the conquests of Sunni Ali (ruled 1464–1492) it became the capital of the Songhai Empire.
Koncom 13. storočia sa Gao stalo súčasťou Malijskej ríše, no v prvej polovici 15. storočia mesto znovu nadobudlo nezávislosť a s výbojmi Sonni Aliho (vládol v rokoch 1464 – 1492) sa stalo hlavným mestom Songhajskej ríše.