Variants of both types of matrices are used to detect sequences with differing levels of divergence, thus allowing users of BLAST or FASTA to restrict searches to more closely related matches or expand to detect more divergent sequences.
Варијанти на двата типа на матрици се користат за откривање на секвенци со различни степени на дивергенција, на тој начин овозможувајќи им на корисниците на BLAST или FASTA да ги ограничат пребарувањата на само поблиску сродни секвенци, или да ги прошират за да детектираат повеќе дивергентни секвенци.