Alignments are often assumed to reflect a degree of evolutionary change between sequences descended from a common ancestor; however, it is formally possible that convergent evolution can occur to produce apparent similarity between proteins that are evolutionarily unrelated but perform similar functions and have similar structures.
Често се претпоставува дека порамнувањата одразуваат одреден степен на еволутивна промена помеѓу секвенците кои потекнуваат од заеднички предок, но формално е можно да конвергентна еволуција создаде сличност меѓу протеини кои инаку се еволутивно несродни, а вршат слични функции и имаат слични структури.