The dynamic programming method is guaranteed to find an optimal alignment given a particular scoring function; however, identifying a good scoring function is often an empirical rather than a theoretical matter.
Методот на динамичко програмирање загарантирано наоѓа оптимално порамнување, со дадена функција за бодување; сепак, идентификувањето на добра функција за бодување често претставува емпириска, а не теоретска проблематика.