The profile matrix for each conserved region is arranged like a scoring matrix but its frequency counts for each amino acid or nucleotide at each position are derived from the conserved region's character distribution rather than from a more general empirical distribution.
Профилната матрица за секој сочуван регион е аранжира како матрица за бодување, но фреквенциите кои се користат за секоја аминокиселина или нуклеотид за секоја позиција се добиваат од дистрибуцијата на карактери (знаци) на сочуваниот регион, наместо од поопшта емпириска дистрибуција.