Multiple sequence alignments are computationally difficult to produce and most formulations of the problem lead to NP-complete combinatorial optimization problems.
Порамнувањата на повеќе секвенци компутационо тешко се добиваат, а повеќето формулации на проблемот доведуваат до НП-комплетни проблеми на комбинаториска оптимизација.