Following these rules, the steps for one possible alignment candidate in figure 1 are: U → CU → GCU → -GCU → T-GCU → AT-GCU → CAT-GCU → GCAT-GCU A → CA → ACA → TACA → TTACA → ATTACA → -ATTACA → G-ATTACA ↓ (branch) → TGCU → ... → TACA → ...
Следејќи ги овие правила, чекорите за еден можен кандидат за порамнување од слика 1 се: U → CU → GCU → -GCU → T-GCU → AT-GCU → CAT-GCU → GCAT-GCU A → CA → ACA → TACA → TTACA → ATTACA → -ATTACA → G-ATTACA ↓ (гранка) → TGCU → ... → TACA → ...