Pairwise alignments can only be used between two sequences at a time, but they are efficient to calculate and are often used for methods that do not require extreme precision (such as searching a database for sequences with high similarity to a query).
Порамнувањето во парови може да се користи само помеѓу две секвенци во исто време, но тие се ефикасни за пресметување и често се користат за методи кои не бараат голема прецизност (како што е пребарување на база на податоци за секвенци со висока сличност со испитуваната секвенца).