Commonly used methods of phylogenetic tree construction are mainly heuristic because the problem of selecting the optimal tree, like the problem of selecting the optimal multiple sequence alignment, is NP-hard.
Најчесто користените методи за градење на филогенетски дрва се главно хевристички, бидејќи проблемот на селектирање на оптималното дрво, како и проблемот на селектирање на оптималното порамнување на повеќе секвенци, е НП-тежок проблем.