There are two broad families of scoring matrices, each with further alterations for specific scenarios: PAM BLOSUM When aligning sequences there are often gaps (i.e. indels), sometimes large ones.
Постојат две поголеми семејства на матрици за бодување, од кои секоја претрпува дополнителни измени за прилагодување кон специфични сценарија: PAM BLOSUM При порамнувањето на секвенци, често се јавуваат празнини (т.е. индели), кои понекогаш можат да бидат доста големи.