In 1993, Marzouki was a founding member of the National Committee for the Defense of Prisoners of Conscience, but he resigned after it was taken over by supporters of the government.
1993 m. Marzouki buvo vienas Sąžinės Kalinių Gynybos Nacionalinio Komiteto įkūrėjų, tačiau jis atsistatydino po to, kai Komitetas buvo užimtas vakstybės rėmėjų.