As defined by the World Wildlife Fund, the San Joaquin River watershed is part of the Sacramento-San Joaquin freshwater ecoregion, which supports almost 40 species of freshwater fish.
世界自然保護基金の定義では、サンワーキン川流域はサクラメント・サンワーキン淡水生態系地域の一部であり、約40種の淡水魚を保護している。