The dominion's governorship instead went to Sir Edmund Andros, and Nicholson, now a captain, accompanied Andros as commander of a company of infantry to Boston in October 1686.
その代りに総督職はエドマンド・アンドロス卿に渡され、このとき大尉だったニコルソンは歩兵1個中隊の隊長としてアンドロスに従い、1686年10月にボストンに行った。