In 1940 Kosygin became a Deputy chairman of the Council of People's Commissars, and was appointed in 1943 as Chairman of the Council of People's Commissars of the Russian SFSR.
Pada tahun 1940, Kosygin menjadi Wakil Ketua Dewan Komisar Rakyat, lalu pada 1943 ditunjuk sebagai Ketua Dewan Komisar Rakyat RSFS Rusia.