Hernández began his third season with United on 2 September 2012, coming on as a 72nd-minute substitute for Danny Welbeck in a 3–2 win against Southampton.
Hernández mulai musim ketiganya dengan United pada tanggal 2 September 2012, datang sebagai pengganti 72 menit untuk Danny Welbeck dalam kemenangan 3-2 melawan Southampton.