Following his stint with Zwolle, Stam took a three-year contract with Ajax as an assistant coach, and as defensive trainer starting in the 2013–14 Eredivisie season.
Setelah menjalankan tugasnya dengan Zwolle, Stam mengambil kontrak tiga tahun dengan Ajax sebagai asisten pelatih, sebagai pelatih bagian pertahanan pada musim Eredivisie 2013-14.