Shaji is married to Anasuya Warrier on 1 January 1975, daughter of P. K. R. Warrier, who was his neighbour in Trivandrum for quite some time.
Shaji menikah dengan Anasuya Warrier pada 1 Januari 1975, putri dari P. K. R. Warrier, yang merupakan tetangganya di Trivandrum selama beberapa waktu.