Though Barry's terms of reference encompassed only No. 1 TAF, the inquiry also heard evidence of shortcomings in the Air Force's higher command that may have contributed to structural and morale problems on Morotai, particularly a bitter and long-running feud between Jones and Bostock over the division of operational and administrative control of the RAAF in the Pacific.
Walaupun acuan Barry hanya mencakup No. 1 TAF, penyelidik juga mendengar adanya bukti kecacatan pada komando tinggi Angkatan Udara yang bisa jadi berkontribusi pada masalah struktur dan semangat personel di Morotai, terutama permusuhan antara Jones dan Bostock yang sengit dan lama atas pemisahan kendali operasional dan administratif RAAF di Pasifik.