Missions are divided into main story missions, themselves divided into memory sequences reflecting points in Ezio's life, and side missions which can be accomplished at any time; this approach to mission structure remains consistent in the other games in the series.
Misi dibagi ke dalam misi cerita utama, yang terbagi ke dalam urutan memori yang menggambarkan peristiwa-peristiwa penting di dalam kehidupan Ezio, dan misi sampingan yang dapat diselesaikan setiap saat; pendekatan pada struktur misi dipertahankan dalam permainan lain dari seri ini.