Benigno was born in Murcia, now part of Concepcion, Tarlac to Servillano "Mianong" Aquino, a general in the Philippine Revolution who later served as a member of the Malolos Congress, and Guadalupe Quiambao.
Benigno lahir di Murcia, sekarang bagian dari Concepcion, Tarlac dari pasangan Servillano "Mianong" Aquino, seorang jenderal dalam Revolusi Filipina yang kemudian menjabat sebagai anggota Kongres Malolos, dan Guadalupe Quiambao.