When the Institute for Infectious Diseases was incorporated into Tokyo Imperial University in 1914, he resigned in protest and founded the Kitasato Institute (the forerunner of Kitasato University), which he headed for the rest of his life.
Ketika Institut untuk Penyakit Menular digabungkan ke dalam Tokyo Imperial University pada tahun 1914, ia mengundurkan diri sebagai protes dan mendirikan Kitasato Institute (cikal bakal Universitas Kitasato), yang ia kepalai hingga seumur hidupnya.