Kimura returned to the Ministry of War in 1941 as Vice Minister of War, assisting War Minister Hideki Tōjō in planning strategies for campaigns in the Second Sino-Japanese War as well as the Pacific War.
Ia kembali bertugas ke Kementerian Perang pada 1941 sebagai Wakil Menteri Perang, membantu Menteri Perang Hideki Tojo dalam perencanaan strategi untuk kampanye di Perang Tiongkok-Jepang Kedua serta Perang Pasifik.