On July 16, 2003, while he was away in Nigeria, there was a military coup d'etat led by Fernando Pereira, but Menezes was restored to power on July 23, 2003, following an agreement.
Pada 16 Juli 2003, ketika ia sedang berkunjung ke Nigeria, terjadilah sebuah kudeta militer yang dipimpin oleh Fernando Pereira, namun Menezes dipulihkan jabatannya pada 23 Juli 2003, setelah dilakukan sejumlah perundingan.