On October 17, 2006, in a senate meeting chaired by Azyumardi Azra in the main auditorium of UIN Jakarta, Komar was elected rector of the university.
Pada 17 Oktober 2006, dalam rapat senat yang dipimpin oleh Azyumardi Azra, di Auditorium utama UIN Syarif Hidayatullah, Komar terpilih sebagai rektor universitas tersebut.