After the collapse of President Najibullah's government and the start of a brutal civil war in the early 1990s, the museum was looted numerous times resulting in a loss of 70% of the 100,000 objects on display.
Setelah runtuhnya pemerintahan Presiden Najibullah dan selama awal perang saudara pada awal tahun 1990-an, museum dijarah beberapa kali sehingga mengakibatkan hilangnya 70% dari 100.000 objek yang sedang dipamerkan.