Helguera was capped 47 times for Spain, the first coming on 18 November 1998 in an away friendly with Italy (2–2).
Untuk Spanyol, Helguera telah memperkuat tim nasional sebanyak 47 kali, yang pertama datang pada tanggal 18 November 1998 di sebuah laga persahabatan melawan Italia (2-2).