The story is a retelling of events from Assassin's Creed and the beginning of Assassin's Creed II, mostly from Desmond's modern perspective; for example it is revealed that Lucy helped the Templars to kidnap Desmond.
Komik ini menceritakan kembali kejadian dari Assassin's Creed dan permulaan cerita dari Assassin's Creed II, yang sebagian besar dari perspektif modern yang dijalani oleh Desmond; misalnya diungkapkan bahwa Lucy membantu para Templar untuk menculik Desmond.