It was renamed "the Imperial University (帝國大學, Teikoku daigaku)" in 1886, and then Tokyo Imperial University (東京帝國大學, Tōkyō teikoku daigaku) in 1897 when the Imperial University system was created.
Ia kemudian dinamakan ulang menjadi Universitas Kekaisaran (帝國大學 Teikoku Daigaku) pada 1886 dan kemudian "Universitas Kekaisaran Tokyo" (東京帝國大學 Tōkyō Teikoku Daigaku) pada 1887, ketika sistem universitas kekaisaran diciptakan.