After the dissolution of Yugoslavia, followed by the Bosnian War in 1992—1995, the bilateral relations hit the lowest level, since Indonesia as the world largest Muslim-populated country, condemned the crime of ethnic-cleansing based upon race and religion, against Muslim Bosniaks committed by the Serbs.
Setelah pembubaran Yugoslavia, disusul oleh Perang Bosnia pada 1992—1995, hubungan bilateral mengenai tingkat terendah, sejak Indonesia sebagai negara berpenduduk Muslim terbesar di dunia, mengecam kejahatan pembersihan etnis berdasarkan pada ras dan agama, melawan orang Bosnia Muslim yang dilakukan oleh orang Serbia.