Despite the fundamental similarities, Snake Eater introduces many new aspects of gameplay not present in previous Metal Gear games, including camouflage, a new hand-to-hand combat system called "close quarters combat" or "CQC", a stamina gauge, and an injury-and-treatment system.
Meskipun kesamaan fundamental,Snake Eater memperkenalkan banyak aspek jalur permainan baru yang tidak hadir dalam permainan Metal Gear sebelumnya, termasuk kamuflase, sistem perlawanan tangan dengan tangan yang disebut "pertempuran jarak dekat" atau "CQC" (Close-Quarter Combats), sebuah pengukur stamina, dan sebuah sistem terluka-dan-mengobati.