With the conquest of Malacca by the Dutch in 1641, the church was reconsecrated for Dutch Reformed use as St. Paul's Church also known as the Bovernkerk or High Church.
Bersamaan dengan penaklukan Melaka oleh Belanda pada tahun 1641, gereja ini dikonsekrasi ulang untuk penggunaan Gereja Reformasi Belanda sebagai Gereja Santo Paulus juga dikenala sebagai Bovernkerk atau Gereja Tinggi.