The referendum's origins lay with the request made by the President of Indonesia, B. J. Habibie, to the United Nations Secretary-General Kofi Annan on 27 January 1999, for the United Nations to hold a referendum, whereby the Indonesian province would be given choice of either greater autonomy within Indonesia or independence.
Asal usul referendum bersamaan dengan permintaan yang dibuat oleh Presiden Indonesia, B.J. Habibie ke Sekretaris Jenderal PBB, Kofi Annan pada 27 Januari 1999, bagi PBB untuk mengadakan referendum, di mana provinsi di Indonesia akan diberikan pilihan lebih besar otonomi dalam Indonesia atau merdeka.