The genus is polyphyletic, with the genus Pediococcus dividing the L. casei group, and the species L. acidophilus, L. salivarius, and L. reuteri being representatives of three distinct subclades.
Genus ini polifiletik dengan genus Pediococcus membagi kelompok L. casei, dan spesies L. acidophilus, L. salivarius, dan L. reuteri menjadi perwakilan dari tiga subclade yang berbeda.