From 2000 to 2004, Abubakar served as the deputy governor of Aceh, later becoming the acting governor from 2004 to 2005 after Governor Abdullah Puteh was convicted of corruption.
Dari tahun 2000 sampai 2004, Abubakar berjabatan sebagai Wakil Gubernur Aceh, kemudian menjadi gubernur sementara setelah Gubernur Abdullah Puteh terkena tuntutan korupsi.