Root was concerned about the Army's role in governing the new territories acquired in 1898 and worked out the procedures for turning Cuba over to the Cubans, and wrote the charter of government for the Philippines.
רוט היה מודאג מתפקידו של הצבא בשליטה על הטריטוריות החדשות שנכבשו ב-1898, שקד על תהליך מסירת קובה לקובנים וכתב את אמנת הממשלה עבור הפיליפינים.