During Algeria's civil war of the 1990s, Hanoune was one of the few opposition voices in parliament, and, despite her party's laicist values, a strong opponent of the government's "eradication" policy toward Islamists.
במהלך מלחמת האזרחים האלג'יראית בשנות ה-1990, חאנון הייתה אחד מקולות האופוזיציה הבודדים בפרלמנט, ולמרות ערכי מפלגתה החילוניים (לאיסיטה), היא הייתה מתנגדת נחרצת למדיניות "המיגור" של ממשלתה כלפי האיסלאמיסטים.