Morton was appointed as a clinical assistant and instructor at the Polyclinic Hospital of New York (where she was one of the first female faculty members), and later became a professor of gynecology.
מורטון מונתה לעוזרת קלינית ומדריכה בבית החולים לחולי נפש בניו יורק (שם היא הייתה אחת מהנשים הראשונות בסגל), לאחר מכן הפכה לפרופסור לגינקולוגיה.