The most authoritative opinion of the DOJ suggests that the motto refers to the Attorney General (and thus, by extension, to the Department of Justice) "who prosecutes on behalf of justice (or the Lady Justice)".
הדעה הכי מקובלת במחלקה טוענת שהמוטו מתייחס לתובע הכללי (ולפיכך, למחלקת המשפטים) "שתובע בשם הצדק (או גבירת הצדק)".