When George Brown resigned from the Great Coalition in 1865 over reciprocity negotiations with the United States, Mackenzie was invited to replace him as the President of the Council.
כאשר ב-1865 פרש בראון מ"הקואליציה הגדולה" על רקע המשא ומתן על יחסים הדדיים עם ארצות הברית, הוזמן מקנזי להחליפו כנשיא המועצה.