Johnston was trained as a civil engineer at the United States Military Academy at West Point, New York, graduating in the same class as Robert E. Lee.
ג'ונסטון הוכשר כמהנדס אזרחי באקדמיה הצבאית של ארצות הברית בווסט פוינט (אנ'), ניו יורק, וסיים באותו מחזור עם רוברט א' לי.