For the purpose of phylogeny reconstruction (see below) the Gblocks program is widely used to remove alignment blocks suspect of low quality, according to various cutoffs on the number of gapped sequences in alignment columns.
Co propósito de facer reconstrucións filoxenéticas (ver máis abaixo) utilízase moito o programa Gblocks para eliminar bloques de aliñamentos sospeitosos de ser de baixa calidade, de acordo con varios límites no número de secuencias con ocos en columnas aliñadas.