Proteins that have a greater hydrophobic content — for instance, many membrane proteins, and those that interact with surfactants in their native environment — are intrinsically harder to treat accurately using this method, due to the greater variability in the ratio of bound SDS.
As proteínas que teñen un maior contido hidrofóbico (por exemplo, moitas proteínas de membrana, e aquelas que interaccionan con surfactantes no seu ambiente nativo) son intrinsecamente máis difíciles de tratar axeitadamente usando este método, debido á maior variabilidade na proporción de SDS unido.