Multiple sequence alignments can also be used to identify functionally important sites, such as binding sites, active sites, or sites corresponding to other key functions, by locating conserved domains.
Os aliñamentos múltiples de secuencias poden tamén utilizarse para identificar sitios importantes funcionalmente, como sitios de unión de moléculas, sitios activos, ou sitios que realizan outras funcións clave, ao localizar dominios conservados.