Phylogenetically, based on 16S rRNA, B. megaterium is strongly linked with B. flexus, the latter distinguished from B. megaterium a century ago, but only recently confirmed as a different species.
Filoxeneticamente, baseándose no ARNr de 16S, B. megaterium está moi emparentado con Bacillus flexus, e aínda que este último xa se distinguiu de B. megaterium hai un século, só recentemente se confirmou que é unha especie distinta.