DALI's actual alignment process requires a similarity search after the two proteins' distance matrices are built; this is normally conducted via a series of overlapping submatrices of size 6x6.
O proceso de aliñamento real de DALI require unha busca de similitude despois de que se construíran as matrices de distancia das dúas proteínas; isto diríxese normalmente por medio dunha serie de submatrices superpostas de tamaño 6x6.