Commonly used methods of phylogenetic tree construction are mainly heuristic because the problem of selecting the optimal tree, like the problem of selecting the optimal multiple sequence alignment, is NP-hard.
Os métodos comúns de construción de árbores filoxenéticas son principalmente heurísticos porque o problema de seleccionar a árbore óptima, igual que o problema de seleccionar o aliñamento de secuencias múltiple óptimo, é NP-complexo.