Structural alignment can be complicated by the existence of multiple protein domains within one or more of the input structures, because changes in relative orientation of the domains between two structures to be aligned can artificially inflate the RMSD.
O aliñamento estrutural pode complicarse pola existencia de múltiples dominios proteicos no interior dunha ou máis das estruturas de entrada (input), xa que cambios na orientación relativa dos dominios entre dúas estruturas a aliñar poden esaxerar a RMSD artificialmente.