Only when the structures to be aligned are highly similar or even identical is it meaningful to align side-chain atom positions, in which case the RMSD reflects not only the conformation of the protein backbone but also the rotameric states of the side chains.
Só cando as estruturas que se van aliñar son moi similares, e mesmo idénticas, é significativo aliñar posicións de átomos da cadea lateral, e nese caso a RMSD reflicte non só a conformación do esqueleto da proteína, senón tamén os estados das rotacións angulares nas cadeas laterais.