While all microbial rhodopsins have significant sequence homology to one another, they have no detectable sequence homology to the G-protein-coupled receptor (GPCR) family to which animal visual rhodopsins belong.
Aínda que todas as rodopsinas microbianas teñen unha homoloxía de secuencias significativa entre elas, non hai homoloxía de secuencias detectable coa familia do receptor acoplado á proteína G (GPCR) á cal pertencen as rodopsinas animais.