Although closely linked with the National Secular Society for most of its history (NSS Presidents and General Secretaries have at various times also served as Freethinker editor), The Freethinker is strictly autonomous and is not, and never has been, published by the NSS.
Vaikka lehti on ollut suurimman osan historiastaan läheisessä yhteydessä National Secular Societyyn (NSS:n puheenjohtajat ja pääsihteerit ovat usein toimineet Freethinkerin päätoimittajina), lehti on itsenäinen eikä ole koskaan ollut NSS:n julkaisema.