When Treblinka (the last and most efficient Reinhard camp) was set up, Wirth took a direct role in reorganizing it when the first Commandant, Dr. Irmfried Eberl, was replaced by Franz Stangl.
Kun Treblinka, viimeinen ja tehokkain operaatio Reinhardin tuhoamisleireistä valmistui, Wirth otti tehtäväkseen sen uudelleen järjestämisen sen jälkeen kun ensimmäinen komendantti tohtori Irmfried Eberl oli korvattu Franz Stanglilla.