One of the book's central concepts is that as the human brain has grown, it has built upon earlier, more primitive brain structures, and that this is the "ghost in the machine" of the title.
Kirjan keskeisiä ajatuksia on, että ihmisaivot ovat kasvaneet, että ne ovat rakentuneet aiemmille, primitiivisimmille aivorakenteille ja että nuo rakenteet ovat otsikon "aaveita koneessa".