In the beginning of the Continuation War, on 10 November 1941, Magnusson was promoted to colonel, and at the same time he was barred from flying combat missions.
Jatkosodan alkupuolella, 10. marraskuuta 1941, Magnusson ylennettiin everstiluutnantiksi, ja samalla häneltä kiellettiin myös sotalentojen lentäminen.