Hidden Markov models are probabilistic models that can assign likelihoods to all possible combinations of gaps, matches, and mismatches to determine the most likely MSA or set of possible MSAs.
مدل‌های مارکوف پنهان (HMM) مدل‌های احتمالی ای هستند که می‌توانند برای تمام حالات ممکن از ترکیب پرش‌ها، تطابق‌ها و عدم تطابق‌ها احتمالاتی (likelihood) را نسبت دهند تا محتمل‌ترین MSA یا مجموعه‌ای از MSA‌ها را تعیین کنند.