In 1906, Samsonov became Chief of staff of the Warsaw Military District, and in 1909 was Governor-General of Russian Turkestan and commander of the Turkestan Military District.
Το 1906, ο Σαμσόνοβ ορίστηκε Αρχηγός Επιτελείου στη Στρατιωτική Περιοχή της Βαρσοβίας και το 1909 έγινε Στρατηγός-Κυβερνήτης του Ρωσικού Τουρκεστάν και Διοικητής της Στρατιωτικής Περιοχής του Τουρκεστάν.