While it has the advantage that environmental concerns may be treated in situ, one major disadvantage of phytoremediation is that it requires a long-term commitment, as the process is dependent on a plant's ability to grow and thrive in an environment that is not ideal for normal plant growth.
Παρόλο που διαθέτει το πλεονέκτημα της αντιμετώπισης των περιβαλλοντικών προβλημάτων in situ απαιτεί μακροπρόθεσμη δέσμευση, καθώς εξαρτάται από την ικανότητα του φυτού να αναπτυχθεί και να ευδοκιμήσει σε ένα περιβάλλον που δεν είναι ιδανικό για τη φυσιολογική ανάπτυξη των φυτών.