Riordan also helped create the children's book series The 39 Clues; he authored several of its books, including The Maze of Bones, which topped The New York Times Best Seller list on September 28, 2008.
Ο Ριόρνταν επίσης συνέβαλλε στη συγγραφή της παιδικής σειράς βιβλίων Τα 39 Στοιχεία: ήταν ο εμπνευστής της σειράς και επίσης έγραψε κάποια από τα βιβλία της, συμπεριλαμβάνοντας το Ο Λαβύρινθος των Σκελετών, το πρώτο βιβλίο της σειράς, το οποίο ήταν στην κορυφή της λίστας best-seller των New York Times στις 28 Σεπτεμβρίου του 2008.