Whilst Shinra continues the pursuit of Hollander, it emerges that Genesis is still alive and still producing clones, some of which have appeared in Midgar, forcing Zack to return so as to protect Aerith.
Παρά το ότι η Shinra συνεχίζει το κυνήγι του Hollander, φαίνεται πως ο Genesis είναι ακόμη ζωντανός και συνεχίζει να παράγει κλώνους, μερικοί από τυος οποίους εμφανίστηκαν στη Midgar, έτσι ο Zack αναγκάζεται να επιστρέψει για να προστατεύσει την Aerith.