In this organization a dual system operated the Lord High Admiral (from 1546) then Commissioners of the Admiralty (from 1628) exercised the function of general control (military administration) of the Navy and they were usually responsible for the conduct of any war, while the actual supply lines, support and services were managed by four principal officers, namely, the Treasurer, Comptroller, Surveyor and Clerk of the Acts, responsible individually for finance, supervision of accounts, Shipbuilding and maintenance of ships, and record of business.
Σύμφωνα με αυτή την οργάνωση το Ναυαρχείο λειτουργούσε με βάση ένα διπλό σύστημα από τον Ανώτατο Λόρδο Ναύαρχο (1546), έπειτα τους Επιτρόπους του Ναυαρχείου (από το 1628) που είχαν τον γενικό ελέγχο (στρατιωτική διοίκηση) του Ναυτικού και ήταν συνήθως υπεύθυνοι για τη πραγματοποίηση κάθε πολέμου, ενώ οι γραμμές εφοδιασμού, η υποστήριξη και οι υπηρεσίες διαχειρίζονταν από τέσσερα κύρια στελέχη, τον Ταμία, τον Λογιστή, τον Επιβλέποντα και τον Υπάλληλο των Πράξεων, που είχαν προσωπική ευθύνη για την χρηματοδότηση, την εποπτεία των λογαριασμών, τη ναυπηγική και συντήρηση των πλοίων, και την καταγραφή των επιχειρήσεων.