In September 2006, the FSB was shaken by a major reshuffle, which, combined with some earlier reassignments (most remarkably, those of FSB Deputy Directors Yury Zaostrovtsev and Vladimir Anisimov in 2004 and 2005, respectively), were widely believed to be linked to the Three Whales Corruption Scandal that had slowly unfolded since 2000.
Τον Σεπτέμβριο του 2006, η FSB αναταράχτηκε από μια μεγάλη ανακατάταξη, η οποία, σε συνδυασμό με ορισμένες παλαιότερες των αναδιοργανώσεις (πιο εντυπωσιακές, αυτές των Αναπληρωτών Διευθυντών Γιούρι Ζαοστρόφτσεφ και Βλαντιμίρ Ανίσιμοφ το 2004 και το 2005, αντίστοιχα), πιστεύονταν ευρέως ότι συνδέονται με το σκάνδαλο διαφθοράς των Τριών Φαλαινών που αργά ξετυλίγονταν από το 2000.