His relationship with Amin turned sour during his rule, ultimately resulting in Taraki's overthrow on 14 September 1979 and subsequent murder on 8 October, upon Amin's orders.
Η σχέση του με τον Αμίν δυσχεράνθηκε κατά τη διάρκεια της διακυβέρνησής του, καταλήγοντας τελικά στην ανατροπή του Ταρακί στις 14 Σεπτεμβρίου 1979 και στη συνέχεια στη δολοφονία του στις 8 Οκτωβρίου κατόπιν εντολής του Αμίν.