In 1834, Baer moved back to St Petersburg and joined the St Petersburg Academy of Sciences, first in zoology (1834–46) and then in comparative anatomy and physiology (1846–62).
Το 1834, ο Μπάερ επέστρεψε στην Αγία Πετρούπολη, όπου έγινε μέλος της Επιστημονικής Ακαδημίας της Αγίας Πετρούπολης, πρώτα στη ζωολογία (1834-46) και έπειτα στη συγκριτική ανατομία και στη φυσιολογία (1846-62).