Possessing strong scientific tastes, Wilkins was a founding member of the Royal Society and was soon elected fellow and one of the Society's two secretaries: he shared the work with Henry Oldenburg, whom he had met in Oxford in 1656.
Έχοντας αποκτήσει ισχυρές επιστημονικές γνώσεις, ο Ουίλκινς ήταν ιδρυτικό μέλος της Βασιλικής Εταιρείας και σε σύντομο διάστημα εξελέγη μέλος και ένας εκ των δύο Γραμματέων της Εταιρείας: μοιράστηκε τη θέση του με τον Χένρι Όλντενμπουργκ, τον οποίο είχε γνωρίσει στην Οξφόρδη το 1656.