Set over one thousand years after this, the game puts the player in control of the titular protagonist Nier, as he attempts to find a cure for an illness, known as the Black Scrawl, to which his daughter Yonah has succumbed.
Τοποθετημένο χίλια χρόνια μετά από αυτό, το παιχνίδι βάζει τον παίκτη στο ρόλο του πρωταγωνιστή Nier, καθώς προσπαθεί να βρει θεραπεία για μια ασθένεια γνωστή ως Black Scrawl, στην οποία έχει υποκύψει η κόρη του, Yonah.