Chalis was born in the village Theriso near Chania circa 1796 and was the youngest son of Dimitrios Chalis, who took care the education of his children so that Stefanos and his brothers to become major recipients of education.
Ο Χάλης γεννήθηκε στο χωριό Θέρισο των Χανίων γύρω στο 1796 και ήταν ο μικρότερος γιος του Δημητρίου Χάλη, ο οποίος μερίμνησε για τη μόρφωση των τέκνων του με αποτέλεσμα τόσο ο Στέφανος, όσο και τα αδέλφια του να γίνουν αποδέκτες σημαντικής παιδείας.