To deal with the situation that many protein sequences have no solved structures, some function prediction servers such as RaptorX are also developed that can first predict the 3D model of a sequence and then use structure-based method to predict functions based upon the predicted 3D model.
للتعامل مع الوضع الذي لا يحتوي على العديد من متواليات البروتين لها هياكل لحلها، يتم تطوير بعض خوادم التنبؤ الوظيفية مثل RaptorX التي يمكنها أولاً التنبؤ بالنموذج ثلاثي الابعاد للتسلسل ثم استخدام اسلوب يستند إلى بنية للتنبؤ بالوظائف استناداً إلى نموذج 3D المنشأ به.