semvec/pypi-packages huggingface dataset:
pyxel-app 0.1.1
Extension tool to create molds for pyxel applications with a single command

# PyxelApp

[`PyxelApp`](https://pypi.org/project/pyxel-app/)はPyxelのアプリケーションテンプレートを簡単に作成するbashコマンドを提供します。

## 目次

- [インストール](#インストール)
- [使い方](#使い方)
- [機能](#機能)
- [フィードバックと貢献](#フィードバックと貢献)
- [ライセンス](#ライセンス)

## インストール

```
pip install pyxel_app
```

## 使い方

1. コマンドラインを開きます。
2. 次のコマンドを入力します：

```
pyxel_app [プロダクト名]
```

例:

```
pyxel_app my_new_game
```

これにより、`my_new_game`という名前のpyxelアプリケーションテンプレートが現在のディレクトリに作成されます。

### ディレクトリ構造

```
my_new_game
├── entry.py
└── pkg
    ├── __init__.py
    ├── app.py
    ├── data
    │   └── img.pyxres
    └── utils.py
```

### 実行方法

テンプレートを作成した後、以下のコマンドを実行することで、Pyxelアプリケーションを起動することができます。

```
python my_new_game/entry.py
```

このコマンドにより、`entry.py`が実行され、Pyxelアプリケーションが起動します。


## 機能

- Pyxelの基本的なテンプレートをすばやく自動生成
- ユーザー指定のプロダクト名を基にしたディレクトリ構造の生成

## フィードバックと貢献

プロジェクトへのフィードバックや貢献をお待ちしております。詳細はGitHubリポジトリをご参照ください。

## ライセンス

このプロジェクトはMITライセンスの下で公開されています。詳細については、同梱の`LICENSE`ファイルを参照してください。
bluenav-ipc-thread 0.1.5
AWS wrapper around IPC
Requires Python: >=3.6

<h1>bluenav-ipc-thread</h1>
<p>A python package to be use in a GreengrassCoreV2 runtime environment</p>
<p>This package encapsulates the Greengrass IPC(v1) API in order to exchange data
between different processes or send MQTT messages to AWS IOT Core</p>
<hr/>
bookend-rna 1.2.1
End-guided transcript assembler for short and long RNA-seq reads.
Requires Python: >=3.6
Keywords: transcriptome assembler bioinformatics rna sequencing

# /| bookend |\\  
### End-guided transcriptome assembly.  
Bookend is a comprehensive framework for end-guided assembly of short-read, long-read, and end-capture RNA-seq data.
Please see the [User Guide](Bookend_User_Guide.pdf) for a full description of the subcommands and arguments.
The lastest developments can be found in the [Bookend GitHub repository](https://github.com/Gregor-Mendel-Institute/bookend).

Take a look at the [Bookend publication](https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-022-02700-3) for more details about its usage and applications.

## Installation  
Bookend can be installed through the Python Package Index (PyPI) on UNIX systems with Python 3.6+ using the command:
```
pip install bookend-rna --upgrade
```

If installing from the GitHub source code, perform the following steps:
```
git clone https://github.com/Gregor-Mendel-Institute/bookend
cd bookend
python3 setup.py install
```

Once installed, all utilities can be accessed on the command as bookend subcommands:  
  
    usage: bookend [subcommand] [options] [input file(s)]
    Subcommands (use -h/--help for more info):
    
        label    (Label 5' and 3' ends in a FASTQ file)
        elr      (Convert a BAM/SAM file to the end-labeled read format)
        assemble (Assemble transcripts from aligned end-labeled reads)
        condense (Partial assembly that leaves keeps all fragments; use for meta-assembly)
        classify (Compare an assembly to the transcripts of a reference annotation)
        merge    (Combine GTF files into a unified annotation)
        bedgraph (Write a coverage Bedgraph file of end-labeled reads)
        fasta    (Write a transcript FASTA file from an annotation and genome)
    
        --end-labeled read (ELR) operations--
        elr-sort
        elr-subset
        elr-combine
        
        --file conversion--
        gtf-to-bed
        gtf-ends
        bed-to-elr
        elr-to-bed
        sam-to-sj
        sj-to-bed
        sj-merge