semvec/pypi-packages huggingface dataset:
girafr 1.1.0
A package to detect mutations and CRISPR-Cas9 editing effects in single cell CRISPR screens
Requires Python: >=3.7, <4
Keywords: gRNA,mutation,single cell CRISPR screen

# GiRAFR (Guide RNA Anomalies and Functionality Revealed)

GiRAFR is a python package developed to perform quality control of single cell CRISPR screens, and to assign gRNAs to cells in a sensitive, mutation-aware manner. 

# Introduction/Abstract

Novel single cell RNA-seq analysis combined with CRISPR screens enables the high- throughput characterization of transcriptional changes caused by genetic perturbations. Dedicated software to annotate CRISPR guide RNA (gRNA) libraries and associate them with single cell transcriptomes are however lacking. Here, we generated a CRISPR droplet sequencing dataset. We demonstrate that the current default tool fails to detect mutant gRNAs. We therefore developed GiRAFR, a pysam-based software tool to characterize intact and mutant gRNAs. We show that mutant gRNAs are dysfunctional, and failure to detect and annotate them leads to an inflated estimate of the number of untransformed cells as well as an underestimated multiplet frequency. These findings are mirrored in publicly available datasets, where we find that up to 34 % of cells are transduced with a mutant gRNA. Applying GiRAFR hence stands to improve the annotation and quality of single cell CRISPR screens.

# Installation

``pip install girafr``

# Documentation
* [Single cell CRISPR screen gRNA library mutation profiling](https://girafr.readthedocs.io/en/latest/gRNA_mutation.html)
* [Detect CRISPR-Cas9 editing effects in Single cell RNA-seq](https://girafr.readthedocs.io/en/latest/editing_effect.html)
* [Output files format](https://girafr.readthedocs.io/en/latest/output.html)

# Citation

GiRAFR improves gRNA detection and annotation in single cell CRISPR screens  
Qian Yu, Paulien Van Minsel, Eva Galle, Bernard Thienpont  
bioRxiv 2022.10.24.513352; doi: https://doi.org/10.1101/2022.10.24.513352



# License and copyright
pypiexperiment 0.0.1
This package is full of important physical utilities written by me.
Requires Python: >=3.7

# Example Package

This is a simple example package. You can use
[Github-flavored Markdown](https://guides.github.com/features/mastering-markdown/)
to write your content.


Prima dell'esecuzione degli scripts assicurarsi che siano tutti nella stessa cartella.
Inoltre assicurarsi che:
    1. Python3 o versioni successive sia installato sul PC
    2. Siano stati eseguiti da riga di comando i seguenti comandi: pip3 install subprocess, pip3 install importlib
    3. Non si modifichi in modo sostanziale il contenuto dei file
    4. La libreria rosignoli_lib sia correttamente posizionata nella cartella
    5. Prima di eseguire qualsiasi script sia stato eseguito EXECUTE_ME.py
Con tutti questi accorgimenti tutti gli script dovrebbero essere funzionanti.


rosignoli_lib  <- libreria da me scritta con tutte le funzioni utilizzate - ok
README         <- Le istruzioni per l'utilizzo del pacchetto. - ok
lista_programmi<- Il file aperto - ok
EXECUTE_ME     <- installa le librerie necessarie per l'esecuzione degli script - ok

# Integrazione con algoritmi del trapezoide/Sympson e PV
trapzd         <- svolge ogni iterazione del metodo del trapezio - ok
qtrap          <- integra con il metodo del trapezio - ok
INT_SYMP       <- integra con Sympson - ok
INT_SYMP_PV    <- integra con Sympson e valuta il PV di funzioni razionali - ok

# Ricerca degli zeri
zeros          <- individua zeri e mostra i vari rate di convergenza - ok
nr             <- metodo di Newton - Raphson / radice cubica - ok
third          <- implementa la soluzione della cubica - ok

# Bacino di convergenza di funzioni complesse
fractal_zoom   <- disegna il bacino di convergenza di funzioni complesse con diversi metodi di ricerca degli zeri - ok

# Integrazione esatta con la quadratura di Gauss
ROOTFINDER     <- script che individua un certo numero di zeri in un intervallo specificato - ok
SELETTORE_FUNC <- seleziona funzioni - ok
METAFUNC       <- modifica la lista di funzioni disponibili - ok
SELETTORE_POLY <- seleziona la classe di polinomi - ok
METAPOLY       <- aggiorna la lista delle classi di polinomi - ok
GENERA_POLY    <- Genera il polinomio ortogonale della classe specificata - ok
GAUSS_INT      <- Integra esattamente con il metodo della quadratura di Gauss - ok

# Implementazione del metodo Monte Carlo
mc_integral_1_dim <- integra le funzioni 1-dimensionali di segno misto con il metodo MC - ok
MC_analisi     <- analizza i dati scritti su file durante HoM - ok