আফগানিস্তানের ইতিহাস

রাষ্ট্র হিসাবে আফগানিস্তানের ইতিহাস (' ', ' ') শুরু হয় আহমদ শাহ দুররানির হাত ধরে ১৭৪৭ সালে। এর লিখিত ইতিহাস ৫০০ অব্দে হাখমানেশি সাম্রাজ্য পর্যন্ত পাওয়া যায়। প্রাগৈতিহাসিক প্রত্নতাত্ত্বিক স্থান খনন করে দেখা গেছে উত্তর আফগানিস্তানে প্রায় ৫০,০০০ বছর আগে মনুষ্য বসতি ছিল। ধারণা করা হয় আফগানিস্তানের কৃষি খামার সম্প্রদায় বিশ্বের প্রাচীনতমগুলির একটি। ২০০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দের পর মধ্য এশিয়া থেকে এই এলাকায় লোক আসতে শুরু করে। এদের অধিকাংশই ছিল আর্য, যারা ইরান ও ভারতেও বসতি স্থাপন করেছিল। তখন এই এলাকার নাম ছিল আরিয়ানা।
খ্রিস্টপূর্ব ৬ষ্ঠ শতকের মাঝামাঝি সময়ে পারস্য সাম্রাজ্য আরিয়ানা দখল করে। ৩৩০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে মহামতি আলেকজান্ডার পারস্যের সম্রাটকে পরাজিত করে আরিয়ানার পূর্ব সীমান্ত ও তারও পূর্বে চলে যেতে সক্ষম হন। ৩২৩ খ্রিস্টপূর্বাব্দে আলেকজান্ডারের মৃত্যুর পর অনেকগুলি রাজ্য তার এশীয় সাম্রাজ্যের দখল নেয়ার চেষ্টা করে। এদের মধ্যে ছিল সেলুসিদ সাম্রাজ্য, বাকত্রিয়া সাম্রাজ্য ও ভারতীয় মৌর্য সাম্রাজ্য।
একটি রাষ্ট্র হিসাবে আফগানিস্তানের ইতিহাস ১৮২৩ সালে আফগানিস্তানের আমিরাত হিসাবে শুরু হয়েছিল পূর্বসূরি আফগান দুররানি সাম্রাজ্যের পতনের পর, যা আধুনিক আফগানিস্তানের প্রতিষ্ঠাতা রাষ্ট্র হিসাবে বিবেচিত হয়। বর্তমানে আফগানিস্তান গঠিত ভূমির লিখিত নথিভুক্ত ইতিহাস প্রায় ৫০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে খুঁজে পাওয়া যেতে পারে যখন এলাকাটি আচেমেনিড সাম্রাজ্যের অধীনে ছিল, যদিও প্রমাণগুলি ইঙ্গিত দেয় যে ৩০০০ থেকে ২০০০ সাল থেকে এই ভূখণ্ডে একটি উন্নত মাত্রার নগরায়ন সংস্কৃতি বিদ্যমান ছিল। ব্যাক্টরিয়া ২৫০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে ফিরে আসে। সিন্ধু সভ্যতা উত্তরে আফগানিস্তানের বিশাল অংশ পর্যন্ত বিস্তৃত ছিল। আলেকজান্ডার দ্য গ্রেট এবং তার মেসিডোনিয়ান সেনাবাহিনী গৌগামেলার যুদ্ধের সময় আচেমেনিড সাম্রাজ্যের পতনের পর ৩৩০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে বর্তমানে আফগানিস্তানে পৌঁছেছিল। সেই থেকে, গ্রিকো-ব্যাক্ট্রিয়ান, কুশান, ইন্দো-সাসানিড, কাবুল শাহি, সাফারিডস, সামানিডস, গজনভিডস, ঘুরিদস, কার্টিডস, তিমুরিদস, হোতাকিস এবং দুররানিসহ অনেক সাম্রাজ্য আফগানিস্তানে রাজধানী স্থাপন করেছে। 
আফগানিস্তান (অর্থাৎ "আফগানদের ভূমি" বা "আফগান ভূমি") ইতিহাস জুড়ে একটি কৌশলগতভাবে গুরুত্বপূর্ণ অবস্থান। ভূমিটি "মধ্য এশিয়ার প্রাচীন সিল্ক রোডের একটি কেন্দ্র, ভারতীয় উপমহাদেশের একটি প্রবেশদ্বার, পশ্চিম এশিয়া এবং ইউরোপের সাথে চীনকে সংযুক্ত করেছে, যা ভূমধ্যসাগর থেকে চীনে বাণিজ্য বহনকারি" হিসাবে কাজ করেছিল। অনেক বাণিজ্য ও অভিবাসন রুটে বসে, আফগানিস্তানকে 'মধ্য এশিয়ার গোলচত্বর' বলা যেতে পারে যেহেতু যাত্রাপথগুলি মধ্যপ্রাচ্য থেকে, সিন্ধু উপত্যকা থেকে হিন্দুকুশের উপর দিয়ে, সুদূর প্রাচ্য থেকে তারিম অববাহিকা হয়ে, এবং সংলগ্ন ইউরেশিয়ান স্তেপ থেকে।
ইরানি ভাষাগুলি এই লোকদের একটি শাখা দ্বারা বিকশিত হয়েছিল; পশতু ভাষা আজ আফগানিস্তানে জাতিগত পশতুনদের দ্বারা কথ্য, পূর্ব ইরানি ভাষাগুলির মধ্যে একটি। এলেনা ই. কুজ'মিনা যুক্তি দেন যে আফগানিস্তানের ইরানী-ভাষী যাযাবরদের তাঁবু ব্রোঞ্জ যুগে ইউরেশীয় স্তেপ বেল্টের হালকা পৃষ্ঠের ঘর থেকে তৈরি হয়েছিল।
আফগানিস্তানের ইসলামিক বিজয় আফগানিস্তানের সংস্কৃতিকে প্রভাবিত করেছিল এবং এর প্রাক-ইসলামী যুগের জরথুষ্ট্রিয়ান, বৌদ্ধ এবং হিন্দু অতীত দীর্ঘকাল বিলুপ্ত হয়ে গেছে। তাহিরিদ, সাফারিদ, গজনভিদ, সামানিদ এবং ঘুরিদের মত মুসলিম রাজবংশগুলি আফগানিস্তান থেকে উঠে আসে এবং মধ্য এশিয়ায় বিশেষ করে গ্রেট খোরাসানে তাদের আধিপত্য প্রতিষ্ঠা করে এবং ভারতীয় উপমহাদেশের উত্তরে ইসলামিকরণের পথ প্রশস্ত করে যেটিকে এখন পাকিস্তান বলা হয়।
মিরওয়াইস হোতাক আহমদ শাহ দুররানিকে অনুসরণ করে আফগানিস্তানের উপজাতি যেমন পশতুন, তাজিক, হাজার, এবং উজবেক ও তুর্কমেনদের এক পতাকাতোলে একত্রিত করেন এবং খ্রিস্টীয় ১৮ শতকের প্রথম দিকে শেষ আফগান সাম্রাজ্য প্রতিষ্ঠা করেন।  আফগানিস্তানে অনেক এবং বৈচিত্র্যময় মানুষ বাস করে: পশতুন, তাজিক, হাজার, উজবেক, তুর্কমেন, কিজিলবাশ, আইমাক, পাশাই, বালুচ, পামিরিস, নুরিস্তানি এবং অন্যান্য।
১৯৬৬ সালে দারা-ই কুর- এ লুই ডুপ্রি এবং অন্যান্যদের দ্বারা প্রাগৈতিহাসিক স্থানগুলির খনন যেখানে নিয়ান্ডারথাল ডান টেম্পোরাল হাড়ের একটি টুকরো সহ ৮০০টি পাথরের সরঞ্জাম উদ্ধার করা হয়েছিল, এটি থেকে বোঝা যায় যে প্রাথমিক মানুষ কমপক্ষে ৫২,০০০ বছর আগে বর্তমান আফগানিস্তানে বসবাস করছিলেন। কারা কামার নামে একটি গুহায় ৩৪,০০০ বছর বয়সী আপার প্যালিওলিথিক ব্লেড কার্বন-১৪ রয়েছে। আফগানিস্তানের কৃষক সম্প্রদায়গুলি বিশ্বের প্রথম দিকের মধ্যে ছিল। নিদর্শনগুলি ইঙ্গিত দেয় যে আদিবাসীরা ছিল ছোট কৃষক এবং পশুপালক, খুব সম্ভবত উপজাতিতে বিভক্ত, ছোট স্থানীয় রাজ্যগুলি যুগে যুগে উত্থিত এবং পতনের সাথে। ৩০০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে নগরায়ন শুরু হতে পারে। এলাকায় ধর্ম হিসেবে জরথুষ্ট্রবাদের প্রাধান্য ছিল; এমনকি আধুনিক আফগান সৌর বর্ষপঞ্জি মাসগুলোর নামে জরথুষ্ট্রবাদের প্রভাব দেখায়। অন্যান্য ধর্ম যেমন বৌদ্ধধর্ম এবং হিন্দুধর্ম পরবর্তীকালে বিকাশ লাভ করে, এই অঞ্চলে একটি বড় চিহ্ন রেখে যায়। গান্ধার হল বৈদিক যুগের একটি প্রাচীন রাজ্যের নাম এবং এর রাজধানী শহর হিন্দুকুশ এবং সুলাইমান পর্বতমালার ( সলোমনের পর্বত) মধ্যে অবস্থিত, যদিও আধুনিক সময়ে কান্দাহার এবং প্রাচীন গান্ধার ভৌগলিকভাবে অভিন্ন নয়।
প্রারম্ভিক বাসিন্দারা, প্রায় ৩০০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দের কাছাকাছি সময়ে সংস্কৃতি এবং বাণিজ্যের মাধ্যমে জিরোফ্ট এবং তাপেহ সিল্ক এবং সিন্ধু সভ্যতার সাথে প্রতিবেশী সভ্যতার সাথে সংযুক্ত ছিল। নগর সভ্যতা ৩০০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দের প্রথম দিকে শুরু হতে পারে এবং সম্ভবত মুন্ডিগাক (কান্দাহারের কাছে) প্রথম শহর হেলমান্দ সংস্কৃতির একটি অংশ ছিল। প্রথম পরিচিত ব্যক্তিরা ছিলেন ইন্দো-ইরানীয়রা, তবে তাদের আগমনের তারিখ প্রায় ৩০০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দের প্রথম দিকে থেকে ১৫০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দ পর্যন্ত অনুমান করা হয়েছে। (আরো বিস্তারিত জানার জন্য ইন্দো-আর্য অভিপ্রায়ণ দেখুন।)
সিন্ধু উপত্যকা সভ্যতা ছিল একটি ব্রোঞ্জ যুগের সভ্যতা (৩৩০০-১৩০০খ্রিস্টপূর্বাব্দে; পরিপক্ক সময়কাল ২৬০০-১৯০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে) বর্তমান উত্তর-পশ্চিম পাকিস্তান থেকে বর্তমান উত্তর-পশ্চিম ভারত এবং বর্তমান উত্তর-পূর্ব আফগানিস্তান পর্যন্ত বিস্তৃত। উত্তর আফগানিস্তানের শর্টুগাইতে অক্সাস নদীর উপর একটি সিন্ধু উপত্যকা বাণিজ্য উপনিবেশ পাওয়া গেছে। শর্টুঘাই ছাড়াও, মুন্ডিগাক আরেকটি পরিচিত সাইট। আফগানিস্তানেও আরও অনেক ছোট আইভিসি সাইট পাওয়া যাবে।
ব্যাকট্রিয়া-মার্গিয়ানা প্রত্নতাত্ত্বিক কমপ্লেক্স ২২০০ এবং ১৭০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে (প্রায়) মধ্যে বিশিষ্ট হয়ে ওঠে। বলখ শহর (ব্যাকট্রা) প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল এই সময়ে (আনুমানিক ২০০০-১৫০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে)। 
গান্ধার অঞ্চল পেশোয়ার উপত্যকা এবং সোয়াত নদী উপত্যকাকে কেন্দ্র করে, যদিও "বৃহত্তর গান্ধার"-এর সাংস্কৃতিক প্রভাব সিন্ধু নদী পেরিয়ে পোতোহার মালভূমির তক্ষশিলা অঞ্চল পর্যন্ত এবং পশ্চিমে আফগানিস্তানের কাবুল এবং বামিয়ান উপত্যকা পর্যন্ত এবং উত্তর দিকে বিস্তৃত ছিল। কারাকোরাম রেঞ্জ। 
কম্বোজরা ছিল একটি ইরানি এবং সম্ভবত ভারতীয় গোষ্ঠী যারা হিন্দুকুশ অঞ্চলে বসবাস করত এবং শাসন করত।
কম্বোজের একটি রাজধানী সম্ভবত ছিল রাজাপুরা (আধুনিক রাজৌরি) যেখানে মূল কেন্দ্রস্থলের রাজধানী ছিল কাপিসি (আধুনিক কপিসা )। কম্বোজা অঞ্চল অনেক সময় ধরে টিকে ছিল এবং বিকশিত হয়েছিল। সংস্কৃত গ্রন্থের বৈদিক মহাজনপদ যুগ থেকে জরথুষ্ট্রীয় যুগ এবং পালি শাস্ত্রে বর্ণিত বৌদ্ধ যুগ। বৌদ্ধ ঐতিহ্য এই অঞ্চলকে কপিশি বলে উল্লেখ করে। কম্বোজদের সর্বশেষ উল্লেখ ১০ শতকের শেষের দিকে ছিল যখন তারা ভারত আক্রমণ করে এবং কম্বোজ-পাল রাজবংশ গঠন করে।
আলেকজান্ডার দ্য গ্রেট মধ্য এশিয়া আক্রমণ করার সাথে সাথে কম্বোজরা তার সাথে সংঘর্ষে লিপ্ত হয়। ম্যাসেডোনিয়ান বিজয়ী দারিয়ুসের ব্যবস্থার সংক্ষিপ্ত পরিবর্তন করেন এবং আচেমেনিড সাম্রাজ্যকে অতিবাহিত করার পর তিনি আজকের পূর্ব আফগানিস্তান এবং পশ্চিম পাকিস্তানে প্রবেশ করেন। সেখানে তিনি কাম্বোজা "আসপাসিওই" এবং "আসাকেনোই" উপজাতিদের প্রতিরোধের সম্মুখীন হন। হিন্দুকুশের যে অঞ্চলটি কম্বোজদের দ্বারা অধ্যুষিত ছিল তা বৈদিক মহাজনপদ, পালি কাপিশি, ইন্দো-গ্রীক, কুশান এবং গান্ধারানদের থেকে প্যারিস্তানে এবং আধুনিক দিনে পাকিস্তান ও পূর্ব আফগানিস্তানের মধ্যে বিভক্ত হওয়ার মতো অনেক নিয়মের মধ্য দিয়ে গেছে।
কম্বোজদের বংশধরদের বেশিরভাগই নতুন পরিচয়ে আত্তীকরণ করা হয়েছে, তবে, কিছু উপজাতি আজও রয়ে গেছে যারা এখনও তাদের পূর্বপুরুষদের নাম ধরে রেখেছে। ইউসুফজাই পশতুনদের কম্বোজা যুগের এসাপজাই/অশ্বক বলা হয়। নুরিস্তানের কম/কামোজ লোকেরা তাদের কম্বোজ নাম ধরে রেখেছে। নুরিস্তানের আশকুনরাও অশ্বকদের নাম ধরে রেখেছে। যশকুন শিনা দর্দস হল আরেকটি দল যারা কম্বোজ অশ্বকানদের নাম ধরে রেখেছে। পাঞ্জাবের কাম্বোজ হল আরেকটি গোষ্ঠী যারা এখনও নামটি ধরে রেখেছে তবে নতুন পরিচয়ে একত্রিত হয়েছে। কম্বোজ থেকে কম্বোডিয়া নামটি এসেছে।
মিডিয়ান রাজ্যের ব্যাপ্তি সম্পর্কে বিভিন্ন মতামত রয়েছে। উদাহরণস্বরূপ, আর্নস্ট হার্জফেল্ডের মতে, এটি একটি শক্তিশালী সাম্রাজ্য ছিল, যা কেন্দ্রীয় আনাতোলিয়া থেকে ব্যাকট্রিয়া পর্যন্ত, বর্তমান ভারতের সীমানা পর্যন্ত বিস্তৃত ছিল। অন্যদিকে, হেলেন সানসিসি-ওয়েরডেনবার্গ জোর দিয়ে বলেছেন যে মিডিয়ান সাম্রাজ্যের অস্তিত্ব সম্পর্কে কোন বাস্তব প্রমাণ নেই এবং এটি একটি অস্থিতিশীল রাষ্ট্র গঠন ছিল। তা সত্ত্বেও, বর্তমান আফগানিস্তানের অঞ্চলটি অল্প সময়ের জন্য মধ্য শাসনের অধীনে এসেছিল। 
আফগানিস্তান পারস্যের প্রথম দারিয়াস দ্বারা জয় করার পর আচেমেনিড সাম্রাজ্যের পতন ঘটে। এই অঞ্চলটি স্যাট্রাপি নামে কয়েকটি প্রদেশে বিভক্ত ছিল, যেগুলির প্রত্যেকটি গভর্নর বা সত্রপ দ্বারা শাসিত ছিল। এই প্রাচীন স্যাট্রাপিগুলির মধ্যে রয়েছে: আরিয়া : আরিয়া অঞ্চলটি পূর্বে পারোপামিসাডে, পশ্চিমে পার্থিয়া এবং উত্তরে মারজিয়ানা এবং হাইরকানিয়া থেকে পর্বতশ্রেণী দ্বারা বিচ্ছিন্ন ছিল, যেখানে একটি মরুভূমি এটিকে দক্ষিণে কারমানিয়া এবং ড্রাঙ্গিয়ানা থেকে পৃথক করেছিল। এটি টলেমি এবং স্ট্র্যাবো দ্বারা খুব বিশদভাবে বর্ণনা করেছেন এবং সেই অনুসারে প্রায় আজকের আফগানিস্তানের হেরাত প্রদেশের সাথে মিলে যায়; আরাকোসিয়া, আধুনিক কালের কান্দাহার, লস্কর গাহ এবং কোয়েটার সাথে মিলে যায়। আরাকোসিয়া পশ্চিমে দ্রাঙ্গিয়ানা, পারোপামিসাডে (অর্থাৎ গান্দাহারা ) উত্তরে এবং পূর্বে এবং দক্ষিণে গেড্রোসিয়া। আরাকোসিয়ার অধিবাসীরা ছিল ইরানি জনগণ, যাদেরকে আরাচোসিয়ান বা আরাচোটি বলা হয়। ধারণা করা হয় যে জাতিগতভাবে তাদের "পাক্তিয়ান" বলা হত, এবং এই নামটি জাতিগত "পাস্তুন" (পশতুন) উপজাতির উল্লেখ হতে পারে; ব্যাক্টরিয়ানা ছিল হিন্দুকুশের উত্তরে, পামিরের পশ্চিমে এবং তিয়ান শানের দক্ষিণে, আমু দরিয়া কেন্দ্রের মধ্য দিয়ে পশ্চিমে প্রবাহিত ছিল (বালখ); স্যাটাগিডিয়া ছিল আচেমেনিড সাম্রাজ্যের পূর্বাঞ্চলীয় অঞ্চল, হেরোডোটাসের মতে এর সপ্তম কর জেলার অংশ, গন্ডারে, ড্যাডিকে এবং অ্যাপারিটাই সহ। এটি বান্নুর চারপাশে অববাহিকায় সিন্ধু নদী পর্যন্ত সুলাইমান পর্বতমালার পূর্বে অবস্থিত বলে ধারণা করা হয়। ( গজনি ); এবং গান্ধার যা আধুনিক কাবুল, জালালাবাদ এবং পেশোয়ারের সাথে মিলে যায়।
এক বছর আগে গৌগামেলার যুদ্ধে পারস্যের তৃতীয় দারিয়াসকে পরাজিত করার পর ৩৩০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে আলেকজান্ডার দ্য গ্রেট আফগানিস্তানে আসেন। তার সেনাবাহিনী আফগান উপজাতীয় এলাকায় অত্যন্ত শক্তিশালী প্রতিরোধের সম্মুখীন হয়েছিল যেখানে তিনি মন্তব্য করেছিলেন যে আফগানিস্তানে "অভিযান করা সহজ, সেখান থেকে বের হওয়া কঠিন।" যদিও আফগানিস্তানের মধ্য দিয়ে তার অভিযান সংক্ষিপ্ত ছিল, আলেকজান্ডার একটি হেলেনিক সাংস্কৃতিক প্রভাব রেখে গেছেন যা কয়েক শতাব্দী স্থায়ী ছিল। "আলেকজান্দ্রিয়া" নামে এই অঞ্চলে বেশ কয়েকটি মহান শহর নির্মিত হয়েছিল, যার মধ্যে রয়েছে: আলেকজান্দ্রিয়া-অফ-দ্য-আরিয়ানস (আধুনিক দিনের হেরাত ); আলেকজান্দ্রিয়া-অন-দ্য- তারনাক ( কান্দাহারের কাছে); আলেকজান্দ্রিয়া-আদ-ককাসাম ( বেগ্রামের কাছে, বোর্ডজ -ই-আবদুল্লাহে); এবং পরিশেষে, উত্তরে আলেকজান্দ্রিয়া-এসচেট (কোজেন্ডের কাছে), আলেকজান্ডারের মৃত্যুর পর, তার শিথিলভাবে সংযুক্ত সাম্রাজ্য বিভক্ত হয়ে যায়। আলেকজান্ডারের অভিযানের সময় একজন ম্যাসেডোনিয়ান অফিসার সেলুকাস নিজেকে তার নিজের সেলিউসিড সাম্রাজ্যের শাসক ঘোষণা করেছিলেন, যার মধ্যে বর্তমান আফগানিস্তানও অন্তর্ভুক্ত ছিল।
এই অঞ্চলটি মৌর্য সাম্রাজ্যের অধীনে পড়ে, যার নেতৃত্বে ছিলেন চন্দ্রগুপ্ত মৌর্য। মৌর্যরা হিন্দুধর্মকে আরও প্রবেশ করান এবং এই অঞ্চলে বৌদ্ধ ধর্মের প্রবর্তন করেন এবং তারা স্থানীয় গ্রিকো-ব্যাক্ট্রিয়ান বাহিনীর মুখোমুখি না হওয়া পর্যন্ত মধ্য এশিয়ার আরও বেশি অঞ্চল দখল করার পরিকল্পনা করছিলেন। সেলুকাস আন্তঃবিবাহ এবং ৫০০টি হাতির মাধ্যমে মৌর্যদের হিন্দুকুশের দক্ষিণে অঞ্চলের নিয়ন্ত্রণ দিয়ে চন্দ্রগুপ্তের সাথে একটি শান্তি চুক্তিতে পৌঁছেছিলেন বলে জানা যায়।
উত্তর-পশ্চিমে ক্ষমতা একত্রিত করে, চন্দ্রগুপ্ত পূর্ব দিকে নন্দ সাম্রাজ্যের দিকে ঠেলে দেন। আফগানিস্তানের উল্লেখযোগ্য প্রাচীন বাস্তব এবং অস্পষ্ট বৌদ্ধ ঐতিহ্য ধর্মীয় এবং শৈল্পিক অবশিষ্টাংশ সহ বিস্তৃত প্রত্নতাত্ত্বিক সন্ধানের মাধ্যমে রেকর্ড করা হয়েছে। বৌদ্ধ মতবাদগুলি বুদ্ধের জীবনকালে (৫৬৩ খ্রিস্টপূর্বাব্দ থেকে ৪৮৩ খ্রিস্টপূর্বাব্দ) পর্যন্ত বালখ পর্যন্ত পৌঁছেছিল বলে জানা যায়, যেমনটি হুসাং সাং লিপিবদ্ধ করেছেন।
গ্রেকো-ব্যাক্ট্রিয়ান কিংডম ছিল একটি হেলেনিস্টিক রাজ্য, প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল যখন ব্যাকট্রিয়ার স্যাট্র্যাপ ডায়োডোটাস প্রথম (এবং সম্ভবত আশেপাশের প্রদেশগুলি) ২৫০ খ্রিস্টপূর্বাব্দের দিকে সেলিউসিড সাম্রাজ্য থেকে বিচ্ছিন্ন হয়েছিলেন। 
গ্রিকো-ব্যাকট্রিয়া সাম্রাজ্য অব্দ পর্যন্ত অব্যাহত ছিল। ১৩০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে, যখন ইউক্রেটাইডস প্রথম এর পুত্র, রাজা হেলিওক্লেস প্রথম, পূর্ব থেকে ইউয়েঝি উপজাতিদের দ্বারা ব্যাকট্রিয়া থেকে পরাজিত ও বিতাড়িত হন । ইউয়েঝিদের এখন ব্যাকট্রিয়ার সম্পূর্ণ দখল ছিল। এটা মনে করা হয় যে ইউক্রেটাইডস রাজবংশ ককেশাসের কাবুল এবং আলেকজান্দ্রিয়ায় ৭০ খ্রিস্টপূর্বাব্দ পর্যন্ত শাসন করতে থাকে যখন রাজা হারমাইউসও ইউয়েজির কাছে পরাজিত হন।
ডেমেট্রিয়াসের উত্তরসূরিদের মধ্যে একজন, মেনান্ডার প্রথম, ইন্দো-গ্রীক রাজ্য (এখন ব্যাকট্রিয়ার পতনের পরে বাকি হেলেনিস্টিক বিশ্ব থেকে বিচ্ছিন্ন ১৬৫ এবং ১৩০ খ্রিস্টপূর্বাব্দের মধ্যে উচ্চতায় নিয়ে আসেন, আফগানিস্তান ও পাকিস্তানে রাজ্যের বিস্তৃতি ঘটান। ডেমেট্রিয়াসের চেয়েও বড় অনুপাতে। মেনান্ডারের মৃত্যুর পর, ইন্দো-গ্রীকদের ক্রমাগত পতন ঘটে এবং শেষ ইন্দো-গ্রীক রাজারা (স্ট্রেটো II এবং স্ট্রাটো III) ১০ খ্রিস্টাব্দে পরাজিত হয়। ইন্দো-গ্রীক রাজ্যে ইন্দো-সিথিয়ানরা উত্তরাধিকারী হয়েছিল।
ইন্দো-সিথিয়ানরা সাকাদের (সিথিয়ান) বংশোদ্ভূত যারা দক্ষিণ সাইবেরিয়া থেকে পাকিস্তান এবং আরাকোসিয়া থেকে খ্রিস্টপূর্ব ২য় শতাব্দীর মাঝামাঝি থেকে খ্রিস্টপূর্ব ১ম শতাব্দী পর্যন্ত স্থানান্তরিত হয়েছিল। তারা ইন্দো-গ্রীকদের বাস্তুচ্যুত করে এবং গান্ধার থেকে মথুরা পর্যন্ত বিস্তৃত একটি রাজ্য শাসন করেছিল। সাকা শাসকদের ক্ষমতা খ্রিস্টীয় ২য় শতাব্দীতে সাতবাহন রাজবংশের দক্ষিণ ভারতীয় সম্রাট গৌতমীপুত্র সাতকর্ণির কাছে সিথিয়ানরা পরাজিত হওয়ার পর হ্রাস পেতে শুরু করে। পরবর্তীতে ৪র্থ শতাব্দীতে পূর্ব ভারত থেকে গুপ্ত সাম্রাজ্যের দ্বিতীয় চন্দ্রগুপ্তের দ্বারা সাকা রাজ্য সম্পূর্ণরূপে ধ্বংস হয়ে যায়। 
ইন্দো-পার্থিয়ান কিংডম গন্ডোফরিড রাজবংশ দ্বারা শাসিত হয়েছিল, যার নামকরণ করা হয়েছিল প্রথম শাসক গন্ডোফারেসের নামে। তারা বর্তমান আফগানিস্তান, পাকিস্তান, এবং উত্তর-পশ্চিম ভারতের অংশগুলি শাসন করেছিল, খ্রিস্টীয় ১ম শতাব্দীতে বা তার কিছুটা আগে। তাদের বেশিরভাগ ইতিহাসের জন্য, নেতৃস্থানীয় গন্ডোফরিড রাজারা তক্ষশিলাকে (বর্তমান পাকিস্তানের পাঞ্জাব প্রদেশে) তাদের বাসস্থান হিসেবে ধরে রেখেছিলেন, কিন্তু তাদের অস্তিত্বের শেষ কয়েক বছরে রাজধানী কাবুল এবং পেশোয়ারের মধ্যে স্থানান্তরিত হয়েছিল। এই রাজাদের ঐতিহ্যগতভাবে ইন্দো-পার্থিয়ান হিসাবে উল্লেখ করা হয়েছে, কারণ তাদের মুদ্রা প্রায়শই আরসাসিড রাজবংশ থেকে অনুপ্রাণিত হয়েছিল, তবে তারা সম্ভবত ইরানী উপজাতিদের একটি বিস্তৃত গোষ্ঠীর অন্তর্ভুক্ত ছিল যারা সঠিকভাবে পার্থিয়ার পূর্বে বাস করত এবং এমন কোন প্রমাণ নেই যে সমস্ত রাজারা ছিলেন। যারা "গন্ডোফারেস" উপাধি ধারণ করেছিলেন, যার অর্থ "গৌরবের ধারক", এমনকি সম্পর্কিত ছিল। খ্রিস্টান লেখাগুলি দাবি করে যে প্রেরিত সেন্ট থমাস - একজন স্থপতি এবং দক্ষ ছুতোর - রাজা গন্ডোফারেসের দরবারে দীর্ঘ অবস্থান করেছিলেন, তক্ষশীলায় রাজার জন্য একটি প্রাসাদ তৈরি করেছিলেন এবং সিন্ধু উপত্যকায় যাওয়ার আগে চার্চের জন্য নেতাদেরও নিয়োগ করেছিলেন। অবশেষে মালাবার উপকূলে পৌঁছানোর জন্য একটি রথ।
কুশান সাম্রাজ্য ব্যাক্টরিয়া (মধ্য এশিয়া) থেকে উপমহাদেশের উত্তর-পশ্চিমে তাদের প্রথম সম্রাট কুজুলা কাদফিসেসের নেতৃত্বে বিস্তৃত হয়েছিল, খ্রিস্টীয় ১ম শতাব্দীর মাঝামাঝি। তারা একটি ইন্দো-ইউরোপীয় ভাষায় কথা বলে মধ্য এশীয় উপজাতি থেকে এসেছে যাকে বলা হয় ইউয়েঝি, যার একটি শাখা কুশান নামে পরিচিত ছিল। তার নাতি, কনিষ্ক দ্য গ্রেটের সময়, সাম্রাজ্য আফগানিস্তানের বেশিরভাগ অংশকে ঘিরে ফেলে, এবং তারপরে ভারতীয় উপমহাদেশের উত্তরাংশ অন্তত বারাণসী (বেনারস) এর কাছে সাকেতা এবং সারনাথ পর্যন্ত। 
সম্রাট কনিষ্ক বৌদ্ধ ধর্মের একজন মহান পৃষ্ঠপোষক ছিলেন; যাইহোক, কুষাণরা দক্ষিণ দিকে প্রসারিত হওয়ার সাথে সাথে তাদের পরবর্তী মুদ্রার দেবতারা নতুন হিন্দু সংখ্যাগরিষ্ঠকে প্রতিফলিত করতে এসেছিল। 
তারা ভারতীয় উপমহাদেশে বৌদ্ধ ধর্মের প্রতিষ্ঠা এবং মধ্য এশিয়া ও চীনে এর বিস্তারে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করেছিল।
কনিষ্ক সম্পর্কে ঐতিহাসিক ভিনসেন্ট স্মিথ বলেছেন:
সাম্রাজ্য ভারত মহাসাগরের সামুদ্রিক বাণিজ্যকে সিন্ধু উপত্যকার মধ্য দিয়ে সিল্ক রোডের বাণিজ্যের সাথে সংযুক্ত করে, বিশেষ করে চীন ও রোমের মধ্যে দূর-দূরত্বের বাণিজ্যকে উৎসাহিত করে। কুষাণরা গান্ধার শিল্পে নতুন প্রবণতা এনেছিল, যা কুষাণ শাসনামলে শীর্ষে পৌঁছেছিল।
এইচ. জি. রোলিনসন মন্তব্য করেছেন:
তৃতীয় শতাব্দীর মধ্যে, ভারতে তাদের সাম্রাজ্য ভেঙে যাচ্ছিল এবং তাদের শেষ পরিচিত মহান সম্রাট ছিলেন প্রথম বাসুদেব।
কুশান সাম্রাজ্যের শাসন সাসানিদের দ্বারা শেষ হওয়ার পর - আনুষ্ঠানিকভাবে ইরানীদের সাম্রাজ্য নামে পরিচিত - ইসলামের উত্থানের আগে পারস্য সাম্রাজ্যের শেষ রাজ্য ছিল। হাউস অফ সাসানের নামে নামকরণ করা হয়েছে, এটি ২২৪ থেকে ৬৫১ খ্রিস্টাব্দ পর্যন্ত শাসন করেছিল। ৩২৫ সালের দিকে পূর্বে, দ্বিতীয় শাপুর কুশানো-সাসানীয় রাজ্যের বিরুদ্ধে ঊর্ধ্বগতি অর্জন করে এবং বর্তমানে আফগানিস্তান ও পাকিস্তান নামে পরিচিত এলাকাগুলির বৃহৎ অঞ্চলের নিয়ন্ত্রণ গ্রহণ করে। আধুনিক আফগানিস্তানের বেশিরভাগ অংশ সাসানিয়ান সাম্রাজ্যের অংশ হয়ে ওঠে, যেহেতু শাপুর প্রথম আফগানিস্তানে তার কর্তৃত্ব পূর্ব দিকে প্রসারিত করেছিল এবং পূর্বে স্বায়ত্তশাসিত কুশানরা তার আধিপত্য মেনে নিতে বাধ্য হয়েছিল।
আনুমানিক ৩৭০ সাল থেকে, দ্বিতীয় শাপুরের রাজত্বের শেষের দিকে, সাসানীয়রা উত্তর থেকে আক্রমণকারীদের কাছে ব্যাকট্রিয়ার নিয়ন্ত্রণ হারায়। এরা ছিল কিদারিট, হেফথালাইট, আলচন হুন এবং নেজাক : আফগানিস্তান শাসন করার জন্য চারটি হুনা উপজাতি। এই আক্রমণকারীরা প্রথমে সাসানীয় নকশার উপর ভিত্তি করে মুদ্রা জারি করেছিল। 
হুনারা ছিল মধ্য এশীয় উপজাতির একটি গোষ্ঠীর লোক। হুনা উপজাতির চারজন আফগানিস্তান জয় ও শাসন করেছিল: কিদারাইটস, হেপথালাইটস, আলচন হুন এবং নেজাকস।
কিদারাইটরা ছিল যাযাবর গোষ্ঠী, আফগানিস্তানের চারটি হুনা জাতির মধ্যে প্রথম। তারা পশ্চিম চীন থেকে উদ্ভূত এবং ৪র্থ শতাব্দীর দ্বিতীয়ার্ধের মহান অভিবাসনের সাথে ব্যাকট্রিয়ায় এসেছিলেন বলে মনে করা হয়।
আফগানিস্তানে যে চারটি হুনা জাতি শাসন করেছিল তাদের মধ্যে আলচনরা অন্যতম। মধ্য এশীয় উপজাতিদের একটি দল, হুনা বা হুনা, খাইবার গিরিপথ দিয়ে, ৫ম শতাব্দীর শেষের দিকে বা ৬ষ্ঠ শতাব্দীর প্রথম দিকে ভারতে প্রবেশ করে এবং সফলভাবে এরান এবং কৌসাম্বি পর্যন্ত এলাকা দখল করে, গুপ্ত সাম্রাজ্যকে ব্যাপকভাবে দুর্বল করে। ৬ষ্ঠ শতাব্দীর রোমান ঐতিহাসিক প্রকোপিয়াস অফ সিজারিয়ার (পুস্তক I. ch. 3), ইউরোপের হুনদের হেফথালাইট বা "হোয়াইট হুন" এর সাথে সম্পর্কিত করেছেন যারা সাসানিদের পরাধীন এবং উত্তর-পশ্চিম ভারত আক্রমণ করেছিল, এই বলে যে তারা একই স্টকের ছিল, " প্রকৃতপক্ষে সেইসাথে নামেও", যদিও তিনি হেফথালাইটদের সাথে হুনদের বৈপরীত্য করেছিলেন, যে হেফথালাইটরা ছিল আসীন, সাদা-চর্মযুক্ত এবং "কুৎসিত নয়" বৈশিষ্ট্যের অধিকারী। সং ইউন এবং হুই ঝেং, যারা হেফথালাইট যাযাবরদের প্রধানের সাথে বাদাকশানে এবং পরে গান্ধারে তার গ্রীষ্মকালীন বাসভবনে গিয়েছিলেন, তারা দেখেছেন যে তারা বৌদ্ধ আইনে বিশ্বাস করে না এবং তারা প্রচুর সংখ্যক দেবতার সেবা করেছে।" 
হেফথালাইটস (বা ইফথালাইটস), শ্বেত হুন নামেও পরিচিত এবং আফগানিস্তানের চারটি হুনা জাতির মধ্যে একটি, প্রাচীন যুগের শেষের দিকে মধ্য এশিয়ার একটি যাযাবর কনফেডারেশন ছিল। হোয়াইট হুনরা ৫ম শতাব্দীর প্রথমার্ধে আধুনিক আফগানিস্তানে নিজেদের প্রতিষ্ঠা করে। হুন সামরিক নেতা তোরামনার নেতৃত্বে, তারা পাকিস্তানের উত্তরাঞ্চল এবং উত্তর ভারতের দখল করে। তোরামনার পুত্র মিহিরাকুলা, একজন শৈব হিন্দু, পূর্বে পাটলিপুত্রের কাছে এবং মধ্য ভারতে গোয়ালিয়র পর্যন্ত চলে আসেন। হিউয়েন সিয়াং বৌদ্ধদের উপর মিহিরাকুলের নির্দয় নিপীড়ন এবং মঠ ধ্বংসের বর্ণনা দিয়েছেন, যদিও বর্ণনাটি সত্যতা সম্পর্কে বিতর্কিত। ৬ষ্ঠ শতাব্দীতে মালওয়ার ভারতীয় রাজা যশোধর্মণ এবং নরসিংহগুপ্তের কাছে হুনরা পরাজিত হয়। তাদের মধ্যে কয়েকজনকে ভারত থেকে বিতাড়িত করা হয়েছিল এবং অন্যদের ভারতীয় সমাজে আত্তীকরণ করা হয়েছিল।
নেজাকরা আফগানিস্তানে শাসনকারী চারটি হুনা সম্প্রদায়ের একজন।
মধ্যযুগ থেকে প্রায় ১৭৫০ সাল পর্যন্ত আফগানিস্তানের পূর্ব অংশ ভারতের একটি অংশ হিসাবে স্বীকৃত ছিল এবং এর পশ্চিম অংশগুলি খোরাসানের অন্তর্ভুক্ত ছিল। খোরাসানের চারটি প্রধান রাজধানীর মধ্যে দুটি (বালখ এবং হেরাত) এখন আফগানিস্তানে অবস্থিত। কান্দাহার, গজনি এবং কাবুল দেশগুলি খোরাসান এবং সিন্ধু নদীর মধ্যবর্তী সীমান্ত অঞ্চল গঠন করেছিল। আফগান উপজাতিদের (অর্থাৎ পশতুনদের পূর্বপুরুষদের) দ্বারা অধ্যুষিত এই ভূমিকে আফগানিস্তান বলা হত, যেটি মূলত সুলাইমান পর্বতমালার চারপাশে হিন্দুকুশ এবং সিন্ধু নদীর মধ্যবর্তী একটি বিস্তৃত এলাকা জুড়ে ছিল। ""আফগান"" (""আবগান"") নামের প্রথম রেকর্ডটি খ্রিস্টীয় ৩য় শতাব্দীতে সাসানিদ সাম্রাজ্যের শাপুর প্রথম দ্বারা উল্লেখ করা হয়েছে যা পরবর্তীতে ""আভাগানা"" আকারে লিপিবদ্ধ করা হয়। বৈদিক জ্যোতির্বিদ ভারাহ মিহিরা। এটি "" আফগানা "" নামে পরিচিত একজন সাধারণ কিংবদন্তি পূর্বপুরুষকে বোঝাতে ব্যবহৃত হয়েছিল , ইস্রায়েলের রাজা শৌলের নাতি। হিভেন সিয়াং, একজন চীনা তীর্থযাত্রী, ৬৩০ এবং ৬৪৪ খ্রিস্টাব্দ এর মধ্যে বেশ কয়েকবার আফগানিস্তান এলাকায় গিয়েছিলেন। আজকের তুর্কি-ভাষী আফগানদের অনেকের পূর্বপুরুষরা হিন্দু কুশ এলাকায় বসতি স্থাপন করেছিলেন এবং সেখানে ইতোমধ্যে উপস্থিত পশতুন উপজাতিদের সংস্কৃতি এবং ভাষাকে একীভূত করতে শুরু করেছিলেন। এদের মধ্যে ছিল খালাজ সম্প্রদায় যারা আজ ঘিলজাই নামে পরিচিত। 
কাবুল শাহী রাজবংশগুলি কাবুল উপত্যকা এবং গান্ধার শাসন করেছিল ৩য় শতাব্দীতে কুশান সাম্রাজ্যের পতন থেকে ৯ম শতাব্দীর প্রথম দিকে। শাহীরা সাধারণত দুটি যুগে বিভক্ত হয়: বৌদ্ধ শাহী এবং হিন্দু শাহী, যার পরিবর্তন-ওভার চিন্তা ৮৭০ সালের কাছাকাছি সময়ে ঘটেছিল। ৫৬৫ থেকে ৬৭০ সাল পর্যন্ত রাজ্যটি কাবুল শাহান বা রাতবেলশাহান নামে পরিচিত ছিল, যখন রাজধানীগুলি কাপিসা এবং কাবুলে অবস্থিত ছিল এবং পরবর্তীতে উদাভান্ডপুরা, এটির নতুন রাজধানীর জন্য হুন্ড নামেও পরিচিত ছিল। 
রাজপুত শাসক জয়পালের অধীনে হিন্দু শাহীরা, আধুনিক দিনের পূর্ব আফগানিস্তান অঞ্চলে গজনভিদের বিরুদ্ধে তার রাজ্য রক্ষায় তার সংগ্রামের জন্য পরিচিত। জয়পাল গজনভিদের একত্রীকরণে বিপদ দেখেছিলেন এবং সেবুকতিগিনের রাজত্বকালে এবং তার পুত্র মাহমুদের রাজত্বকালে তাদের রাজধানী গজনী আক্রমণ করেছিলেন, যা মুসলিম গজনভিদ ও হিন্দু শাহী সংগ্রামের সূচনা করেছিল। সেবুকটিগিন অবশ্য তাকে পরাজিত করেন এবং তাকে ক্ষতিপূরণ দিতে বাধ্য করা হয়। জয়পালা অর্থপ্রদানে খেলাপি হয়েছিলেন এবং আরও একবার যুদ্ধক্ষেত্রে নেমেছিলেন। জয়পাল অবশ্য কাবুল উপত্যকা এবং সিন্ধু নদীর মধ্যবর্তী সমগ্র অঞ্চলের নিয়ন্ত্রণ হারিয়ে ফেলেন। 
যাইহোক, সেনাবাহিনী পশ্চিমা বাহিনীর বিরুদ্ধে, বিশেষ করে গজনীর তরুণ মাহমুদের বিরুদ্ধে যুদ্ধে হতাশ ছিল। ১০০১ সালে, সুলতান মাহমুদ ক্ষমতায় আসার পর এবং হিন্দুকুশের উত্তরে কারাখানিদের দখলে আসার পর, জয়পাল আরও একবার গজনী আক্রমণ করেন এবং বর্তমান পেশোয়ারের কাছে শক্তিশালী গজনভিদ বাহিনীর কাছে আরেকটি পরাজয়ের সম্মুখীন হন। পেশোয়ারের যুদ্ধের পর, তিনি আত্মহত্যা করেছিলেন কারণ তার প্রজারা ভেবেছিল যে তিনি শাহী রাজবংশের জন্য বিপর্যয় ও অসম্মান এনেছিলেন। 
জয়পালের স্থলাভিষিক্ত হন তার পুত্র আনন্দপাল, যিনি শাহিয়া রাজবংশের পরবর্তী প্রজন্মের সাথে অগ্রসরমান গজনবীদের বিরুদ্ধে বিভিন্ন অভিযানে অংশ নেন কিন্তু ব্যর্থ হন। হিন্দু শাসকরা অবশেষে নিজেদের কাশ্মীর শিওয়ালিক পাহাড়ে নির্বাসিত করে। 
৬৪২ খ্রিস্টাব্দে, রাশিদুন আরবরা সাসানিড এবং বাইজেন্টাইনদের কাছ থেকে পশ্চিম এশিয়ার বেশিরভাগ অংশ জয় করেছিল এবং পশ্চিমের শহর হেরাত থেকে তারা নতুন শহরে প্রবেশের সাথে সাথে ইসলাম ধর্মের প্রবর্তন করেছিল। সেই সময় আফগানিস্তানে এলাকার উপর নির্ভর করে বিভিন্ন স্বাধীন শাসক ছিল। আবু হানিফার তার পিতা সহ পূর্বপুরুষরা কাবুল অঞ্চলের ছিলেন।
পর্বত উপজাতিদের আক্রমণের কারণে প্রথম দিকের আরব বাহিনী আফগানিস্তানে পুরোপুরি অন্বেষণ করতে পারেনি। কাবুল এবং গান্ধার হিন্দু শাহী রাজ্যের অংশ হিসাবে দেশের পূর্বাঞ্চলের বেশিরভাগ অংশ স্বাধীন ছিল, যেটি গজনভিদের দ্বারা অনুসরণ করা মুসলিম সাফরিদ রাজবংশের বাহিনী তাদের জয় না করা পর্যন্ত এইভাবে টিকে ছিল।
গজনভিদ রাজবংশ পূর্ব আফগানিস্তানের গজনি শহর থেকে শাসন করত। ৯৯৭ সাল থেকে ১০৩০ সালে তার মৃত্যু পর্যন্ত, গজনীর মাহমুদ প্রাক্তন প্রাদেশিক শহর গজনীকে একটি বিস্তৃত সাম্রাজ্যের ধনী রাজধানীতে পরিণত করেছিলেন যা আজকের আফগানিস্তান, পূর্ব ও মধ্য ইরান, পাকিস্তান, ভারতের কিছু অংশ, তুর্কমেনিস্তান, তাজিকিস্তান এবং উজবেকিস্তান জুড়ে ছিল। . গজনীর মাহমুদ (স্থানীয় উচ্চারণে মাহমুদ গজনভি) তার পূর্বসূরিদের বিজয়কে একীভূত করেছিল এবং গজনি শহরটি একটি মহান সাংস্কৃতিক কেন্দ্রের পাশাপাশি ভারতীয় উপমহাদেশে ঘন ঘন অভিযানের একটি ঘাঁটিতে পরিণত হয়েছিল। সোভিয়েত আগ্রাসনের আগ পর্যন্ত নাশের খানরা খরোতির রাজপুত্র হয়েছিলেন। 
গজনভিদ রাজবংশ ১১৪৮ সালে ঘোরের ঘোরীদের দ্বারা পরাজিত হয়েছিল, কিন্তু গজনভিদ সুলতানরা ২০ শতকের প্রথম দিকে ' নাশের ' হিসাবে গজনীতে বসবাস অব্যাহত রেখেছিলেন। সাম্রাজ্যটি আফগানিস্তানের ঘোর অঞ্চলের তিন ভাই কুতুব আল-দীন, সাইফ আল-দিন, বাহা আল-দিন দ্বারা প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল যে সকলেই গজনীর গজনভিদ সম্রাট বাহরাম শাহের বিরুদ্ধে যুদ্ধ করেছিল কিন্তু এই প্রক্রিয়ায় সফল হয়নি এবং নিহত হয়েছিল। প্রাথমিকভাবে বাহা আল-দিনের পুত্র আলা আল-দীন হুসেন গজানাভিদ শাসক বাহরাম শাহকে পরাজিত করেন এবং তার পিতা ও চাচার মৃত্যুর প্রতিশোধ নিতে শহরটিকে বরখাস্ত করার নির্দেশ দেন। ঘোরিদ বা ঘুরিদরা সেলজুকদের আক্রমণের কারণে ট্রান্সক্সিয়ানা এবং উত্তর গ্রেট কোরাসানের উত্তরাঞ্চলীয় অঞ্চল বিশেষ করে তাদের রাজধানী ঘোর প্রদেশ হারায় কিন্তু সুলতান আলা আল-দিনের উত্তরসূরিরা বাকি গজনভিদ শাসকদের পরাজিত করে ভারতে তাদের ক্ষমতা সুসংহত করে। তাদের সর্বাধিক পরিমাণে তারা ইরানের পূর্বে, পাকিস্তানের মতো ভারতীয় উপমহাদেশের বেশিরভাগ অংশ এবং আধুনিক ভারতের উত্তর ও মধ্য অংশ শাসন করেছিল।
মঙ্গোলরা ১২২১ খ্রিস্টাব্দে খোয়ারাজমিয়ান সেনাবাহিনীকে পরাজিত করে আফগানিস্তান আক্রমণ করে। মঙ্গোল আক্রমণের দীর্ঘমেয়াদী ফলাফল ছিল আফগানিস্তানের অনেক অংশ ধ্বংস থেকে পুনরুদ্ধার করতে পারেনি। আক্রমণ এড়াতে সক্ষম যাযাবরদের তুলনায় শহর এবং গ্রামগুলি অনেক বেশি ক্ষতিগ্রস্থ হয়েছিল। বসে থাকা লোকদের দ্বারা পরিচালিত সেচ ব্যবস্থার ধ্বংসের ফলে দেশের ওজন পাহাড়ের দিকে সরে যায়। বালখ শহরটি ধ্বংস হয়ে গিয়েছিল এবং এমনকি ১০০ বছর পরেও ইবনে বতুতা এটিকে ধ্বংসস্তূপে একটি শহর হিসাবে বর্ণনা করেছিলেন। মঙ্গোলরা যখন জালাল আদ-দিন মিংবার্নুর বাহিনীকে তাড়া করছিল তখন তারা বামিয়ান শহর অবরোধ করে। অবরোধের সময় একটি ডিফেন্ডারের তীর চেঙ্গিস খানের নাতি মুতুকানকে হত্যা করে। মঙ্গোলরা শহরটি ধ্বংস করে এবং প্রতিশোধের জন্য এর বাসিন্দাদের গণহত্যা করেছিল, এর পূর্ববর্তী স্থানটি চিৎকারের শহর হিসাবে পরিচিত ছিল। হেরাত, একটি উর্বর উপত্যকায় অবস্থিত, এটিও ধ্বংস হয়েছিল কিন্তু স্থানীয় কার্ট রাজবংশের অধীনে পুনর্নির্মিত হয়েছিল। মঙ্গোল সাম্রাজ্য ভেঙে যাওয়ার পর, হেরাত অবশেষে ইলখানাতের অংশ হয়ে ওঠে যখন বলখ এবং কাবুল থেকে গজনি হয়ে কান্দাহার পর্যন্ত ভূমির অংশ চাগাতাই খানাতে চলে যায়। হিন্দুকুশের দক্ষিণে আফগান উপজাতীয় অঞ্চলগুলি সাধারণত উত্তর ভারতের খলজি রাজবংশের সাথে মিত্র ছিল বা স্বাধীন ছিল।
তৈমুর (টামেরলেন) তার নিজের বিশাল তিমুরিদ সাম্রাজ্যের বেশিরভাগ এলাকাকে অন্তর্ভুক্ত করে। হেরাত শহর তার সাম্রাজ্যের অন্যতম রাজধানী হয়ে ওঠে এবং তার নাতি পীর মুহাম্মদ কান্দাহারের আসনটি অধিষ্ঠিত করেন। তৈমুর আফগানিস্তানের বেশিরভাগ অবকাঠামো পুনর্নির্মাণ করেছিলেন যা তার পূর্বপুরুষ দ্বারা ধ্বংস হয়ে গিয়েছিল। তার শাসনামলে এলাকার উন্নতি হয়। ১৬ শতকের গোড়ার দিকে কাবুলে একজন নতুন শাসক বাবরের উত্থানের সাথে সাথে তিমুরিদের শাসনের পতন শুরু হয়। চেঙ্গিস খানের বংশধর তৈমুর, রাশিয়া এবং পারস্য জুড়ে একটি বিশাল নতুন সাম্রাজ্য তৈরি করেছিলেন যা তিনি বর্তমান উজবেকিস্তানের সমরকন্দে তার রাজধানী থেকে শাসন করেছিলেন। তৈমুর ১৩৮১ সালে হেরাত দখল করেন এবং তার পুত্র শাহরুখ ১৪০৫ সালে তিমুরিদ সাম্রাজ্যের রাজধানী হেরাতে স্থানান্তরিত করেন। তিমুরিদ, একটি তুর্কি জনগণ, মধ্য এশিয়ার তুর্কি যাযাবর সংস্কৃতিকে পারস্য সভ্যতার কক্ষপথের মধ্যে নিয়ে আসে, হেরাতকে বিশ্বের অন্যতম সংস্কৃত এবং পরিমার্জিত শহর হিসাবে প্রতিষ্ঠিত করে। মধ্য এশীয় এবং পারস্য সংস্কৃতির এই সংমিশ্রণ ছিল ভবিষ্যতের আফগানিস্তানের জন্য একটি প্রধান উত্তরাধিকার। শাহরুখের শাসনের অধীনে শহরটি তিমুরিদ রেনেসাঁর কেন্দ্রবিন্দু হিসাবে কাজ করেছিল, যার গৌরব ইতালীয় রেনেসাঁর ফ্লোরেন্সের সাথে সাংস্কৃতিক পুনর্জন্মের কেন্দ্র হিসাবে মিলেছিল। এক শতাব্দী পরে, তৈমুরের বংশধর সম্রাট বাবর হেরাত সফর করেন এবং লিখেছিলেন, "পুরো বাসযোগ্য বিশ্বে হেরাতের মতো একটি শহর ছিল না।" পরবর্তী ৩০০ বছর ধরে পূর্ব আফগান উপজাতিরা পর্যায়ক্রমে ভারত আক্রমণ করে বিশাল ইন্দো-আফগান সাম্রাজ্য তৈরি করে। ১৫০০ খ্রিস্টাব্দে, বাবরকে ফেরঘানা উপত্যকায় তার বাড়ি থেকে বিতাড়িত করা হয়। ১৬ শতকের মধ্যে পশ্চিম আফগানিস্তান আবার সাফাভিদ রাজবংশের অধীনে পারস্য শাসনে ফিরে আসে। 
১৫০৪ সালে, তৈমুরের বংশধর বাবর বর্তমান উজবেকিস্তান থেকে আসেন এবং কাবুল শহরে চলে আসেন। কাবুল তার সামরিক সদর দপ্তর হিসেবে কাজ করার সাথে সাথে তিনি এই অঞ্চলে নতুন অঞ্চল অনুসন্ধান শুরু করেন। পারস্য পশ্চিমের দিকে শক্তিশালী সাফাভিদের দিকে তাকানোর পরিবর্তে বাবর ভারতীয় উপমহাদেশের দিকে বেশি মনোযোগী ছিলেন। ১৫২৬ সালে, তিনি তার সেনাবাহিনী নিয়ে দিল্লি সালতানাতের আসন দখল করতে চলে যান, যেটি সেই সময়ে ভারতের আফগান লোদি রাজবংশের দখলে ছিল। ইব্রাহিম লোদি এবং তার সেনাবাহিনীকে পরাজিত করার পর, বাবর (পুরাতন) দিল্লিকে তার সদ্য প্রতিষ্ঠিত মুঘল সাম্রাজ্যের রাজধানীতে পরিণত করেন।
১৬ শতক থেকে ১৭ শতক খ্রিস্টাব্দ পর্যন্ত আফগানিস্তান তিনটি প্রধান অঞ্চলে বিভক্ত ছিল। উত্তরে বুখারার খানাতে শাসিত ছিল, পশ্চিমে ছিল ইরানি শিয়া সাফাভিদের শাসনাধীন, এবং পূর্ব অংশটি ছিল উত্তর ভারতের সুন্নি মুঘলদের অধীনে, যারা আকবরের অধীনে কাবুলে প্রতিষ্ঠা করেছিলেন মূল বারোটি সুবাহের একটি (সাম্রাজ্যের শীর্ষস্থানীয়) -স্তরের প্রদেশ), লাহোর, মুলতান এবং কাশ্মীর সীমান্তবর্তী (১৫৯৬ সালে কাবুলে যোগ করা হয়, পরে বিভক্ত হয়) এবং স্বল্পস্থায়ী বলখ সুবাহ এবং বাদাখশান সুবাহ (শুধুমাত্র ১৬৪৬-১৬৪৭)। দক্ষিণের কান্দাহার অঞ্চলটি মুঘলদের (যারা শীঘ্রই একটি কান্দাহার সুবাহ ১৬৩৮-১৬৪৮ প্রতিষ্ঠা করেছিল) এবং পারস্যের সাফাভিদের মধ্যে একটি বাফার জোন হিসাবে কাজ করেছিল, যেখানে স্থানীয় আফগানরা প্রায়শই একদিক থেকে অন্য দিকে সমর্থন পরিবর্তন করত। ভারতে অভিযানের আগে বাবর এই অঞ্চলের বেশ কয়েকটি শহর ঘুরে দেখেন। কান্দাহার শহরে, চিলজিনা শিলা পর্বতে তাঁর ব্যক্তিগত এপিগ্রাফি পাওয়া যায়। ভারতীয় মুঘল সাম্রাজ্যের অংশ হিসাবে ব্যবহৃত অন্যান্য অঞ্চলগুলির মতো, আফগানিস্তানে মুঘলদের দ্বারা নির্মিত সমাধি, প্রাসাদ এবং দুর্গ রয়েছে। 
১৭০৪ সালে, সাফাভিদ শাহ হোসেন বৃহত্তর কান্দাহার অঞ্চলে তাদের পূর্বাঞ্চলীয় অঞ্চলগুলিকে শাসন করার জন্য জর্জ XI ( "Gurgīn Khan" ), একজন নির্মম জর্জিয়ান প্রজাকে নিযুক্ত করেন। গুর্গিনের অন্যতম প্রধান উদ্দেশ্য ছিল স্থানীয় আফগানদের দ্বারা শুরু হওয়া বিদ্রোহকে দমন করা। তার শাসনে বিদ্রোহ সফলভাবে দমন করা হয় এবং তিনি আপোষহীন তীব্রতার সাথে কান্দাহার শাসন করেন। তিনি স্থানীয় আফগানদের, বিশেষ করে যারা বিদ্রোহে অংশ নিয়েছিল বলে সন্দেহ করা হয়েছিল তাদের কারারুদ্ধ ও মৃত্যুদন্ড কার্যকর করা শুরু করে। গ্রেফতারকৃত এবং কারারুদ্ধদের মধ্যে একজন হলেন মিরওয়াইস হোতাক যিনি কান্দাহারের একটি প্রভাবশালী পরিবারের সদস্য ছিলেন। মিরওয়াইসকে বন্দী হিসাবে ইসফাহানের পারস্য আদালতে পাঠানো হয়েছিল, কিন্তু রাজা তার বিরুদ্ধে অভিযোগগুলি খারিজ করে দিয়েছিলেন, তাই তাকে মুক্ত মানুষ হিসাবে তার জন্মভূমিতে ফেরত পাঠানো হয়েছিল। 
১৭০৯ সালের এপ্রিলে, মিরওয়াইস তার মিলিশিয়া সহ সৈয়দাল খান নাসেরির অধীনে বিদ্রোহ করেন। বিদ্রোহ শুরু হয় যখন জর্জ একাদশ এবং তার সহকারীকে শহরের বাইরে তার বাড়িতে মিরওয়াইসের তৈরি ভোজসভার পর হত্যা করা হয়। প্রায় চার দিন পরে, গুর্গিনের মৃত্যুর খবর শুনে সুপ্রশিক্ষিত জর্জিয়ান সৈন্যদের একটি বাহিনী শহরে এসে পৌঁছায়, কিন্তু মিরওয়াইস এবং তার আফগান বাহিনী সফলভাবে সৈন্যদের বিরুদ্ধে শহর দখল করে। ১৭১০ থেকে ১৭১৩ সালের মধ্যে, আফগান বাহিনী সাফাভিদের দ্বারা ইসফাহান থেকে প্রেরিত বেশ কয়েকটি বড় পারস্য বাহিনীকে পরাজিত করেছিল, যার মধ্যে কিজিলবাশ এবং জর্জিয়ান/সার্কাসিয়ান সৈন্য ছিল। 
দক্ষিণ আফগানিস্তান একটি স্বাধীন স্থানীয় পশতুন রাজ্যে পরিণত হয়েছিল। রাজা উপাধি প্রত্যাখ্যান করে, মিরওয়াইসকে তার আফগান দেশবাসীরা "কান্দাহারের রাজপুত্র এবং জাতীয় সেনাদের জেনারেল" বলে অভিহিত করেছিলেন। তিনি ১৭১৫ সালের নভেম্বরে প্রাকৃতিক কারণে মারা যান এবং তার ভাই আব্দুল আজিজ হোতাকের স্থলাভিষিক্ত হন। কান্দাহারের সার্বভৌমত্ব পারস্যকে ফিরিয়ে দেওয়ার পরিকল্পনা করার অভিযোগে প্রায় দুই বছর পর মিরওয়াইসের ছেলে মাহমুদ হোতাকির হাতে আজিজ নিহত হন। মাহমুদ ১৭২২ সালে পারস্যে একটি আফগান সেনাবাহিনীর নেতৃত্ব দেন এবং গুলনাবাদের যুদ্ধে সাফাভিদের পরাজিত করেন। আফগানরা ইসফাহান (সাফাভিদের রাজধানী) দখল করে এবং মাহমুদ অল্প সময়ের জন্য নতুন পারস্য শাহে পরিণত হয়। এরপর তিনি শাহ মাহমুদ নামে পরিচিত হন।
মাহমুদ তার পারস্য প্রজাদের বিরুদ্ধে একটি স্বল্পস্থায়ী সন্ত্রাসের রাজত্ব শুরু করেন যারা প্রথম থেকেই তার শাসনকে অস্বীকার করেছিল এবং অবশেষে ১৭২৫ সালে তার নিজের চাচাতো ভাই শাহ আশরাফ হোতাকির দ্বারা তাকে হত্যা করা হয়েছিল। কিছু সূত্র বলছে, তিনি পাগলামি করে মারা গেছেন। মাহমুদের মৃত্যুর পরপরই আশরাফ পারস্যের নতুন আফগান শাহ হয়েছিলেন, যখন আফগানিস্তানের আদি অঞ্চলটি মাহমুদের ছোট ভাই শাহ হোসেন হোতাকি দ্বারা শাসিত হয়েছিল। আশরাফ ১৭২৭ সালে উসমানীয় সাম্রাজ্যের সাথে শান্তি স্থাপন করতে সক্ষম হন ( "হামেদানের চুক্তি" "দেখুন" ), অটোমান-হোতাকি যুদ্ধের সময় একটি উচ্চতর অটোমান সেনাবাহিনীর বিরুদ্ধে জয়লাভ করেন, কিন্তু রাশিয়ান সাম্রাজ্য অব্যাহত রাজনৈতিক অস্থিরতা এবং প্রাক্তন পারস্য দখল করার জন্য গৃহযুদ্ধের সুযোগ নিয়েছিল। নিজেদের জন্য অঞ্চল, শাহ মাহমুদের নিয়ন্ত্রণাধীন অঞ্চলের পরিমাণ সীমিত করে।
স্বল্পস্থায়ী হোতাকি রাজবংশ প্রথম থেকেই একটি অস্থির এবং সহিংস ছিল কারণ আন্তঃসংঘাত তাদের জন্য স্থায়ী নিয়ন্ত্রণ প্রতিষ্ঠা করা কঠিন করে তুলেছিল। রক্তক্ষয়ী উত্তরাধিকার বিবাদের কারণে রাজবংশটি মহান অশান্তির মধ্যে বাস করত যা তাদের ক্ষমতাকে দুর্বল করে তুলেছিল। ইসফাহানে হাজার হাজার বেসামরিক লোককে হত্যা করা হয়েছিল; তিন হাজারেরও বেশি ধর্মীয় পণ্ডিত, গণ্যমান্য ব্যক্তি এবং সাফাভিদ পরিবারের সদস্য সহ। পার্সিয়ানদের অধিকাংশই আফগান শাসনকে প্রত্যাখ্যান করেছিল যেটিকে তারা প্রথম থেকেই ক্ষমতা দখল করে আসছে বলে মনে করত। হোতাকির শাসন আফগানিস্তানে ১৭৩৮ সাল পর্যন্ত অব্যাহত ছিল যখন শাহ হোসেন পরাজিত হন এবং পারস্যের নাদের শাহ কর্তৃক নির্বাসিত হন।
খুব অল্প সময়ের রাজত্বের পর অবশেষে ১৭২৯ সালে হোতাকিদের ক্ষমতা থেকে অপসারণ করা হয়। তারা ১৭২৯ সালের অক্টোবরে দামগানের যুদ্ধে ইরানের সামরিক কমান্ডার নাদের শাহ, আফশারিদের প্রধানের কাছে পরাজিত হয়। আফগানদের বিরুদ্ধে বেশ কয়েকটি সামরিক অভিযানের পর, তিনি কার্যকরভাবে হোতাকির ক্ষমতা শুধুমাত্র দক্ষিণ আফগানিস্তানে কমিয়ে দেন। হোতাকি রাজবংশের শেষ শাসক শাহ হোসেন ১৭৩৮ সাল পর্যন্ত দক্ষিণ আফগানিস্তানে শাসন করেছিলেন যখন আফশারিদ এবং আবদালি পশতুনরা কান্দাহারের দীর্ঘ অবরোধে তাকে পরাজিত করেছিল।
নাদের শাহ এবং তার আফশারিদ সেনাবাহিনী ১৭৩৮ সালে কান্দাহার শহরে আসেন এবং হোসেন হোতাকিকে পরাজিত করে পরবর্তীকালে সমগ্র আফগানিস্তানকে তার সাম্রাজ্যে শুষে নেন এবং কান্দাহারের নাম পরিবর্তন করে নাদেরাবাদ রাখেন। এই সময়ে, একজন যুবক কিশোর আহমদ খান ভারত আক্রমণের জন্য নাদের শাহের সেনাবাহিনীতে যোগ দেন।
নাদির শাহ ১৭৪৭ সালের ১৯ জুন তার কয়েকজন পারস্য অফিসারের হাতে নিহত হন এবং আফশারিদ সাম্রাজ্য ভেঙে পড়ে। একই সময়ে ২৫ বছর বয়সী আহমদ খান আফগানিস্তানে যে তার জনগণের মধ্যে একজন নেতা নির্বাচন করার জন্য একটি লয়া জিরগা ("গ্র্যান্ড অ্যাসেম্বলি") ডাকতে ব্যস্ত ছিলেন। আফগানরা ১৭৪৭ সালের অক্টোবরে কান্দাহারের কাছে জড়ো হয়েছিল এবং প্রতিদ্বন্দ্বীদের মধ্যে থেকে আহমদ শাহকে বেছে নিয়েছিল এবং তাকে তাদের নতুন রাষ্ট্রপ্রধান বানিয়েছিল। উদ্বোধন বা রাজ্যাভিষেকের পর তিনি আহমদ শাহ দুররানি নামে পরিচিত হন। তিনি "পাদশাহ দুর-ই দাওরান" ('রাজা, "যুগের মুক্তা") উপাধি গ্রহণ করেন এবং এর পরে আবদালি উপজাতি দুররানি উপজাতি হিসাবে পরিচিত হয়। আহমদ শাহ শুধু দুররানিদের প্রতিনিধিত্ব করেননি বরং তিনি সমস্ত পশতুন উপজাতিকে একত্রিত করেছিলেন। ১৭৫১ সালের মধ্যে, আহমদ শাহ দুররানি এবং তার আফগান সেনাবাহিনী সমগ্র বর্তমান আফগানিস্তান, পাকিস্তান এবং অল্প সময়ের জন্য, ভারতের দিল্লি সহ ইরানের খোরাসান এবং কোহিস্তান প্রদেশ জয় করে। তিনি ১৭৬১ সালে পানিপথের যুদ্ধে মারাঠা সাম্রাজ্যকে পরাজিত করেন।
১৭৭২ সালের অক্টোবরে, আহমদ শাহ কান্দাহারে তার বাড়িতে অবসর গ্রহণ করেন যেখানে তিনি শান্তিপূর্ণভাবে মৃত্যুবরণ করেন এবং বর্তমানে ক্লোকের মন্দির সংলগ্ন একটি স্থানে তাকে সমাহিত করা হয়। তিনি তার পুত্র, তৈমুর শাহ দুররানীর স্থলাভিষিক্ত হন, যিনি তাদের আফগান সাম্রাজ্যের রাজধানী কান্দাহার থেকে কাবুলে স্থানান্তর করেন। ১৭৯৩ সালে তৈমুর মারা যান এবং তার পুত্র জামান শাহ দুররানি শাসনভার গ্রহণ করেন।
জামান শাহ এবং তার ভাইদের তাদের বিখ্যাত পূর্বপুরুষের রেখে যাওয়া উত্তরাধিকারের উপর দুর্বল দখল ছিল। তারা "বহিষ্কার, ব্লাইন্ডিং এবং মৃত্যুদন্ডের রাউন্ড রবিন" এর মাধ্যমে তাদের মতপার্থক্যগুলি সমাধান করেছে, যার ফলশ্রুতিতে অ্যাটক এবং কাশ্মীরের মতো দূরবর্তী অঞ্চলগুলিতে আফগান দখলের অবনতি ঘটে। দুররানির অন্য নাতি, সুজা শাহ দুররানি, তার ভাইয়ের ক্রোধ থেকে পালিয়ে যান এবং শিখদের কাছে আশ্রয় নেন। দুররানি কেবল পাঞ্জাব অঞ্চলে বহুবার আক্রমণ করেছিলেন তা নয়, শিখদের পবিত্রতম মন্দির - অমৃতসরের হরমন্দির সাহেব ধ্বংস করেছিলেন, গরুর রক্ত দিয়ে এর "সরোয়ার অপবিত্র" করেছিলেন এবং ১৭৫৭ সালে বাবা দীপ সিংকে শিরশ্ছেদ করেছিলেন। রঞ্জিত সিং -এর অধীনে শিখরা শেষ পর্যন্ত আফগানদের কাছ থেকে কাবুল রাজ্যের (বর্তমান পাকিস্তান, কিন্তু সিন্ধু সহ নয়) একটি বড় অংশ কেড়ে নেয়। ১৮৩৭ সালে, আফগান সেনারা খাইবার গিরিপথ দিয়ে জামরুদে শিখ বাহিনীর উপর নেমে এসে শিখ সেনাপতি হরি সিং নালওয়াকে হত্যা করে কিন্তু দুর্গটি দখল করতে পারেনি। 
আমির দোস্ত মোহাম্মদ খান (১৭৯৩-১৮৬৩) ১৮২৬ সালে কাবুলে নিয়ন্ত্রণ লাভ করেন এবং প্রতিষ্ঠা করেন বারাকজাই রাজবংশ। ১৯শ শতাব্দীতে " দ্য গ্রেট গেম " নামে পরিচিত ব্রিটিশ এবং রাশিয়ান সাম্রাজ্যের মধ্যে বিস্তৃত প্রতিদ্বন্দ্বিতা আফগানিস্তানকে উল্লেখযোগ্যভাবে প্রভাবিত করেছিল। মধ্য এশিয়ায় রাশিয়ার অগ্রগতি এবং পশ্চিম এশিয়ায় এবং বিশেষ করে পারস্যে রাশিয়ার ক্রমবর্ধমান প্রভাব নিয়ে ব্রিটিশ উদ্বেগ দুটি অ্যাংলো-আফগান যুদ্ধ এবং হেরাত অবরোধে (১৮৩৭-১৮৩৮) পরিণত হয়েছিল, যেখানে পারস্যরা আফগানিস্তান পুনরুদ্ধার করার চেষ্টা করেছিল এবং ব্রিটিশদের বিতাড়িত করেন, দেশে সৈন্য পাঠান এবং বেশিরভাগই হেরাত শহরের চারপাশে এবং ব্রিটিশদের সাথে যুদ্ধ করেন। প্রথম অ্যাংলো-আফগান যুদ্ধ (১৮৩৯-১৮৪২) একটি ব্রিটিশ সেনাবাহিনীকে ধ্বংস করে দেয়; সমগ্র ব্রিটিশ ভারতে ব্যাপক আতঙ্ক সৃষ্টি এবং দ্বিতীয় ব্রিটিশ আক্রমণকারী সেনা প্রেরণ করে। দ্বিতীয় অ্যাংলো-আফগান যুদ্ধ (১৮৭৮-১৮৮০) কাবুলে ব্রিটিশ কূটনৈতিক মিশন গ্রহণ করতে আমির শির আলী (রাজত্ব ১৮৬৩ থেকে ১৮৬৬ এবং ১৮৬৮ থেকে ১৮৭৯ সাল পর্যন্ত) প্রত্যাখ্যানের ফলে হয়েছিল। এই দ্বন্দ্বের পরিপ্রেক্ষিতে শির আলীর ভাগ্নে আমির আবদুর রহমান, যিনি "আয়রন আমির" নামে পরিচিত, আফগান সিংহাসনে আসেন। তার শাসনামলে (১৮৮০-১৯০১), ব্রিটিশ এবং রাশিয়ানরা আনুষ্ঠানিকভাবে আধুনিক আফগানিস্তানের সীমানা প্রতিষ্ঠা করে। ব্রিটিশরা কাবুলের বৈদেশিক বিষয়ে কার্যকর নিয়ন্ত্রণ বজায় রাখে। আবদুর রহমানের সেনাবাহিনীর সংস্কার, আইনী ব্যবস্থা এবং সরকারের কাঠামো আফগানিস্তানকে এমন একতা ও স্থিতিশীলতা এনে দেয় যা এর আগে জানা ছিল না। এটি অবশ্য শক্তিশালী কেন্দ্রীকরণ, অপরাধ ও দুর্নীতির জন্য কঠোর শাস্তি এবং একটি নির্দিষ্ট মাত্রার আন্তর্জাতিক বিচ্ছিন্নতার মূল্যে এসেছে। 
হাবিবুল্লাহ খান, আবদুর রহমানের ছেলে, ১৯০১ সালে সিংহাসনে আসেন এবং প্রথম বিশ্বযুদ্ধের সময় আফগানিস্তানকে নিরপেক্ষ রাখেন, যদিও জার্মানির ব্রিটিশ বিরোধী অনুভূতি এবং ভারতের সীমান্তে আফগান বিদ্রোহের উৎসাহ ছিল। তার নিরপেক্ষতার নীতি দেশের মধ্যে সর্বজনীনভাবে জনপ্রিয় ছিল না; যাইহোক, এবং হাবিবুল্লাহকে ১৯১৯ সালে হত্যা করা হয়েছিল, সম্ভবত ব্রিটিশ প্রভাবের বিরোধিতাকারী পরিবারের সদস্যদের দ্বারা। তার তৃতীয় পুত্র আমানুল্লাহ ( ), ভারতের উপর আক্রমণের মাধ্যমে তৃতীয় অ্যাংলো-আফগান যুদ্ধ (মে থেকে আগস্ট ১৯১৯) শুরু করার পর আফগানিস্তানের পররাষ্ট্র নীতির নিয়ন্ত্রণ পুনরুদ্ধার করে। পরবর্তী সংঘাতের সময় যুদ্ধ-ক্লান্ত ব্রিটিশরা ১৯১৯ সালের আগস্টে রাওয়ালপিন্ডি চুক্তি স্বাক্ষর করে আফগান বৈদেশিক বিষয়ে তাদের নিয়ন্ত্রণ ত্যাগ করে। এই ঘটনার স্মরণে আফগানরা ১৯ আগস্টকে তাদের স্বাধীনতা দিবস হিসেবে পালন করে।
রাজা আমানুল্লাহ খান তৃতীয় ইঙ্গ-আফগান যুদ্ধের পরের বছরগুলিতে তার দেশের ঐতিহ্যগত বিচ্ছিন্নতার অবসান ঘটাতে চলে যান। ১৯২৫ সালে খোস্ত বিদ্রোহ দমন করার পর, তিনি বেশিরভাগ প্রধান দেশের সাথে কূটনৈতিক সম্পর্ক স্থাপন করেন এবং ১৯২৭ সালের ইউরোপ এবং তুরস্ক সফরের পরে (যে সময়ে তিনি আতাতুর্ক দ্বারা আধুনিকীকরণ এবং ধর্মনিরপেক্ষকরণের কথা উল্লেখ করেছিলেন), আফগানিস্তানের আধুনিকীকরণের উদ্দেশ্যে বেশ কয়েকটি সংস্কার প্রবর্তন করেন। এই সংস্কারের পিছনে একটি মূল শক্তি ছিলেন মাহমুদ তারজি, আমানুল্লাহ খানের পররাষ্ট্রমন্ত্রী এবং শ্বশুর। — এবং নারী শিক্ষার প্রবল সমর্থক। তিনি আফগানিস্তানের প্রথম সংবিধানের ৬৮ অনুচ্ছেদের জন্য লড়াই করেছিলেন (একটি লয়া জিরগার মাধ্যমে ঘোষিত), যা প্রাথমিক শিক্ষাকে বাধ্যতামূলক করেছিল। কিছু সংস্কার যা প্রকৃতপক্ষে করা হয়েছিল, যেমন মহিলাদের জন্য ঐতিহ্যবাহী মুসলিম পর্দার বিলুপ্তি এবং বেশ কয়েকটি সহ-শিক্ষামূলক স্কুল খোলার ফলে অনেক উপজাতীয় ও ধর্মীয় নেতাদের দ্রুত বিচ্ছিন্ন করা হয়েছিল, যা শিনওয়ারিদের বিদ্রোহের দিকে পরিচালিত করেছিল। ১৯২৮ সালের নভেম্বরে, আফগান গৃহযুদ্ধের সূচনা (১৯২৮-১৯২৯) । যদিও শিনওয়ারি বিদ্রোহ দমন করা হয়েছিল, উত্তরে একটি সমকালীন সাক্কাউইস্ট বিদ্রোহ শেষ পর্যন্ত আমানুল্লাহকে ক্ষমতাচ্যুত করতে সক্ষম হয়, যার ফলে হাবিবুল্লাহ কালাকানি কাবুলের নিয়ন্ত্রণ নেয়। 
মোহাম্মদ নাদির খান হাবিবুল্লাহ কালাকানিকে পরাজিত করে আফগানিস্তানের নিয়ন্ত্রণ নেওয়ার পর ১৫ অক্টোবর ১৯২৯ সালে আফগানিস্তানের রাজা হন। এরপর একই বছরের ১ নভেম্বর তার মৃত্যুদণ্ড কার্যকর করা হয়। তিনি ক্ষমতা সুসংহত এবং দেশ পুনর্গঠন শুরু করেন। তিনি আধুনিকীকরণের দিকে ধীরে ধীরে ধাবিত হওয়ার জন্য আমানউল্লাহ খানের সংস্কার পরিত্যাগ করেছিলেন। তবে ১৯৩৩ সালে কাবুলের একজন ছাত্রের মাধ্যমে প্রতিশোধমূলক হত্যাকাণ্ডে তাকে হত্যা করা হয়েছিল।
নাদির খানের ১৯ বছর বয়সী পুত্র মোহাম্মদ জহির শাহ সিংহাসনে অধিষ্ঠিত হন এবং ১৯৩৩ থেকে ১৯৭৩ সাল পর্যন্ত রাজত্ব করেন। ১৯৪৪-১৯৪৭ সালের আফগান উপজাতীয় বিদ্রোহে জাহির শাহের শাসনামলকে মাজরাক জাদরান এবং সালেমাইয়ের নেতৃত্বে জাদরান, সাফি এবং মঙ্গল উপজাতিদের দ্বারা চ্যালেঞ্জ করা হয়েছিল। ১৯৪৬ সাল পর্যন্ত জহির শাহ তার চাচা সরদার মোহাম্মদ হাশেম খানের সহায়তায় শাসন করেছিলেন, যিনি প্রধানমন্ত্রীর পদে অধিষ্ঠিত ছিলেন এবং নাদির খানের নীতি অব্যাহত রেখেছিলেন। ১৯৪৬ সালে, জহির শাহের আরেক চাচা, সরদার শাহ মাহমুদ খান প্রধানমন্ত্রী হন এবং বৃহত্তর রাজনৈতিক স্বাধীনতার অনুমতি দেওয়ার জন্য একটি পরীক্ষা শুরু করেন, কিন্তু নীতিটি উল্টে দেন যখন এটি তার প্রত্যাশার চেয়ে বেশি হয়। ১৯৫৩ সালে, তিনি রাজার চাচাতো ভাই এবং শ্যালক মোহাম্মদ দাউদ খানের দ্বারা প্রধানমন্ত্রী হিসাবে প্রতিস্থাপিত হন। দাউদ সোভিয়েত ইউনিয়নের সাথে ঘনিষ্ঠ সম্পর্ক এবং পাকিস্তানের সাথে আরও দূরত্বের সম্পর্ক খুঁজছিলেন। যাইহোক, পাকিস্তানের সাথে বিরোধ অর্থনৈতিক সংকটের দিকে নিয়ে যায় এবং তাকে ১৯৬৩ সালে পদত্যাগ করতে বলা হয়। ১৯৬৩ থেকে ১৯৭৩ সাল পর্যন্ত, জহির শাহ আরও সক্রিয় ভূমিকা নেন।
১৯৬৪ সালে, রাজা জহির শাহ একটি দ্বিকক্ষ বিশিষ্ট আইনসভার জন্য একটি উদার সংবিধান জারি করেন যাতে রাজা এক-তৃতীয়াংশ ডেপুটি নিয়োগ করেন। জনগণ আরেক তৃতীয়াংশকে নির্বাচিত করেছিল এবং বাকিরা প্রাদেশিক পরিষদের দ্বারা পরোক্ষভাবে নির্বাচিত হয়েছিল। যদিও জহিরের "গণতন্ত্রের পরীক্ষা" কিছু স্থায়ী সংস্কার তৈরি করেছিল, তবে এটি বাম এবং ডান উভয় পক্ষের বৃদ্ধির অনুমতি দেয়। এর মধ্যে আফগানিস্তানের কমিউনিস্ট পিপলস ডেমোক্রেটিক পার্টি (পিডিপিএ) অন্তর্ভুক্ত ছিল, যার সোভিয়েত ইউনিয়নের সাথে ঘনিষ্ঠ মতাদর্শগত সম্পর্ক ছিল। ১৯৬৭ সালে, পিডিপিএ দুটি প্রধান প্রতিদ্বন্দ্বী দলে বিভক্ত হয়: খালক (জনগণ) এর নেতৃত্বে ছিলেন নুর মুহাম্মদ তারাকি এবং হাফিজুল্লাহ আমিন যারা সামরিক বাহিনী দ্বারা সমর্থিত ছিলেন এবং বাবরাক কারমালের নেতৃত্বে পারচম (ব্যানার)।
রাজপরিবারের বিরুদ্ধে দুর্নীতির অভিযোগ ও কুফল এবং ১৯৭১-১৯৭২ সালের তীব্র খরার কারণে সৃষ্ট দুর্বল অর্থনৈতিক অবস্থার মধ্যে, সাবেক প্রধানমন্ত্রী মোহাম্মদ সরদার দাউদ খান ১৭ জুলাই, ১৯৭৩ সালে একটি অহিংস অভ্যুত্থানের মাধ্যমে ক্ষমতা দখল করেন, যখন জহির শাহ চিকিৎসা নিচ্ছিলেন। চোখের সমস্যা এবং ইতালিতে লুম্বাগোর থেরাপির জন্য। দাউদ রাজতন্ত্র বিলুপ্ত করেন, ১৯৬৪ সালের সংবিধান বাতিল করেন এবং আফগানিস্তানকে তার প্রথম রাষ্ট্রপতি ও প্রধানমন্ত্রী হিসেবে নিজেকে একটি প্রজাতন্ত্র ঘোষণা করেন। খারাপভাবে প্রয়োজনীয় অর্থনৈতিক ও সামাজিক সংস্কারের জন্য তার প্রচেষ্টা সামান্য সফলতার সাথে দেখা যায় এবং ১৯৭৭ সালের ফেব্রুয়ারিতে প্রবর্তিত নতুন সংবিধান দীর্ঘস্থায়ী রাজনৈতিক অস্থিতিশীলতাকে দমন করতে ব্যর্থ হয়।
মোহভঙ্গ হিসাবে, ১৯৭৮ সালে পিপলস ডেমোক্রেটিক পার্টি অফ আফগানিস্তানের (পিডিপিএ) একজন বিশিষ্ট সদস্য, মীর আকবর খাইবার (বা "কাইবার") সরকার কর্তৃক নিহত হন। পিডিপিএর নেতারা দৃশ্যত ভয় পেয়েছিলেন যে দাউদ তাদের সবাইকে নির্মূল করার পরিকল্পনা করছেন, বিশেষ করে যেহেতু তাদের বেশিরভাগকে অল্প সময়ের মধ্যেই সরকার গ্রেপ্তার করেছিল। তা সত্ত্বেও, হাফিজুল্লাহ আমিন এবং পিডিপিএর খাল্ক গোষ্ঠীর সামরিক শাখার বেশ কয়েকজন কর্মকর্তা পালিয়ে থাকতে এবং একটি সামরিক অভ্যুত্থান সংগঠিত করতে সক্ষম হন।
২৮ এপ্রিল ১৯৭৮ সালে, নুর মোহাম্মদ তারাকি, বাবরক কারমাল এবং আমিন তাহার নেতৃত্বে পিডিপিএ মোহাম্মদ দাউদের সরকারকে উৎখাত করে, যিনি একটি রক্তক্ষয়ী সামরিক অভ্যুত্থানে তার পরিবারের সদস্যদের সাথে নিহত হন। অভ্যুত্থানটি সৌর বিপ্লব নামে পরিচিত হয়। ১ মে, তারাকি রাষ্ট্রপ্রধান, সরকার প্রধান এবং PDPA-এর সাধারণ সম্পাদক হন। এরপর দেশটির নাম পরিবর্তন করে ডেমোক্রেটিক রিপাবলিক অফ আফগানিস্তান (ডিআরএ) রাখা হয় এবং পিডিপিএ শাসন কোনো না কোনো আকারে ১৯৯২ সালের এপ্রিল পর্যন্ত স্থায়ী হয়।
১৯৭৯ সালের মার্চ মাসে, হাফিজুল্লাহ আমিন প্রধানমন্ত্রীর দায়িত্ব গ্রহণ করেন, ফিল্ড মার্শালের পদ বজায় রেখে সুপ্রিম ডিফেন্স কাউন্সিলের ভাইস-প্রেসিডেন্ট হন। তারাকি সাধারণ সম্পাদক, বিপ্লবী পরিষদের চেয়ারম্যান এবং সেনাবাহিনীর নিয়ন্ত্রণে ছিলেন। ১৪ই সেপ্টেম্বর আমিন নিহত তারাকিকে ক্ষমতাচ্যুত করেন। আমিন বলেছিলেন যে "আফগানরা কেবল অপরিশোধিত শক্তিকে স্বীকৃতি দেয়।" আফগানিস্তান বিশেষজ্ঞ আমিন সাইকাল লিখেছেন: "তার ক্ষমতা বৃদ্ধির সাথে সাথে ব্যক্তিগত একনায়কত্বের জন্য তার আকাঙ্ক্ষা স্পষ্টতই... এবং সন্ত্রাসের উপর ভিত্তি করে বিপ্লবী প্রক্রিয়ার তার দৃষ্টিভঙ্গি।"
ক্ষমতায় আসার পর পিডিপিএ মার্কসবাদী-লেনিনবাদী এজেন্ডা বাস্তবায়ন করে। এটি ধর্মনিরপেক্ষ এবং মার্কসবাদী-লেনিনবাদী আইনগুলির সাথে ধর্মীয় এবং ঐতিহ্যগত আইন প্রতিস্থাপন করতে চলে গেছে। পুরুষদের দাড়ি কাটতে বাধ্য করা হয়েছিল, মহিলারা চাদর পরতে পারে না, এবং মসজিদগুলিকে সীমাবদ্ধ করা হয়েছিল। পিডিপিএ নারীর অধিকারের ওপর অনেকগুলো সংস্কার করেছে, জোরপূর্বক বিয়ে নিষিদ্ধ করেছে এবং নারীদের ভোটের অধিকারের রাষ্ট্রীয় স্বীকৃতি দিয়েছে। একটি বিশিষ্ট উদাহরণ ছিলেন অনাহিতা রাতেবজাদ, যিনি একজন প্রধান মার্কসবাদী নেতা এবং বিপ্লবী পরিষদের সদস্য ছিলেন। রেটবজাদ "নিউ কাবুল টাইমসের" বিখ্যাত সম্পাদকীয় লিখেছিলেন (মে ২৮, ১৯৭৮) যা ঘোষণা করেছিল: "যে সুযোগ-সুবিধাগুলি নারীদের অবশ্যই থাকতে হবে, তা হল সমান শিক্ষা, চাকরির নিরাপত্তা, স্বাস্থ্য পরিষেবা এবং একটি সুস্থ প্রজন্ম গড়ে তোলার জন্য অবসর সময়। দেশটি . . . নারীদের শিক্ষিত ও আলোকিত করা এখন সরকারের নিবিড় মনোযোগের বিষয়।" পিডিপিএ সমাজতান্ত্রিক ভূমি সংস্কারও চালিয়েছিল এবং রাষ্ট্রীয় নাস্তিকতার প্রচারে অগ্রসর হয়েছিল। তারা সুদকেও নিষিদ্ধ করেছে। পিডিপি এসোভিয়েত ইউনিয়নকে তার অর্থনৈতিক অবকাঠামো আধুনিকীকরণে সহায়তা করার জন্য আমন্ত্রণ জানায় (প্রধানত এর অনুসন্ধান এবং বিরল খনিজ ও প্রাকৃতিক গ্যাসের খনন)। ইউএসএসআর রাস্তা, হাসপাতাল ও স্কুল নির্মাণ এবং পানির কূপ খননের জন্য ঠিকাদার পাঠায়; তারা আফগান সেনাবাহিনীকে প্রশিক্ষণ ও সজ্জিত করেছিল। পিডিপিএ এর ক্ষমতায় আরোহণের পরে, এবং ডিআরডি প্রতিষ্ঠার পর, সোভিয়েত ইউনিয়ন কমপক্ষে $১.২৬২ বিলিয়ন পরিমাণ আর্থিক সাহায্যের প্রতিশ্রুতি দেয়।
একই সময়ে, পিডিপিএ ঐতিহ্যবাহী অভিজাত, ধর্মীয় প্রতিষ্ঠান এবং বুদ্ধিজীবীদের হাজার হাজার সদস্যকে কারারুদ্ধ, নির্যাতন বা হত্যা করেছে। সরকার হিংসাত্মক দমন-পীড়নের অভিযান শুরু করে, প্রায় ১০,০০০ থেকে ২৭,০০০ লোককে হত্যা করে এবং ১৪,০০০ থেকে ২০,০০০ জনকে বন্দী করে, বেশিরভাগই পুল-ই-চরখি কারাগারে। ১৯৭৮ সালের ডিসেম্বরে পিডিপিএ নেতৃত্ব সোভিয়েত ইউনিয়নের সাথে একটি চুক্তি স্বাক্ষর করে যা প্রয়োজনে আফগানিস্তানে পিডিপিএর জন্য সামরিক সহায়তার অনুমতি দেবে। কাবুল সহ শহরের সংখ্যাগরিষ্ঠ মানুষ হয় এই নীতিগুলিকে স্বাগত জানিয়েছে বা দ্বিমত পোষণ করেছে। যাইহোক, সরকারের মার্কসবাদী-লেনিনবাদী এবং ধর্মনিরপেক্ষ প্রকৃতির পাশাপাশি সোভিয়েত ইউনিয়নের উপর এর প্রবল নির্ভরতা এটিকে আফগান জনসংখ্যার অধিকাংশের কাছে অজনপ্রিয় করে তুলেছে। দমন-পীড়ন দেশের বৃহৎ অংশকে, বিশেষ করে গ্রামীণ এলাকাগুলোকে নতুন মার্কসবাদী-লেনিনবাদী সরকারের বিরুদ্ধে প্রকাশ্য বিদ্রোহে নিমজ্জিত করে। ১৯৭৯ সালের বসন্তের মধ্যে প্রধান শহর এলাকা সহ ২৮টি আফগান প্রদেশের মধ্যে ২৪টি অশান্ত হয়ে উঠেছিল। আফগান সেনাবাহিনীর অর্ধেকেরও বেশি হয় পরিত্যাগ করবে বা বিদ্রোহে যোগদান করবে। সরকারের নতুন নীতির অধিকাংশই ইসলামের ঐতিহ্যগত আফগান উপলব্ধির সাথে সরাসরি সংঘর্ষে লিপ্ত হয়েছে, ধর্মকে অজনপ্রিয় নতুন সরকারের বিরুদ্ধে উপজাতীয় ও জাতিগতভাবে বিভক্ত জনসংখ্যাকে ঐক্যবদ্ধ করতে সক্ষম একমাত্র শক্তির মধ্যে একটি করে তুলেছে এবং আফগান রাজনীতিতে ইসলামপন্থীদের অংশগ্রহণের আবির্ভাব ঘটেছে।
পারচাম উপদলকে শক্তিশালী করার জন্য, সোভিয়েত ইউনিয়ন ২৭ ডিসেম্বর, ১৯৭৯-এ হস্তক্ষেপ করার সিদ্ধান্ত নেয়, যখন রেড আর্মি তার দক্ষিণ প্রতিবেশী আক্রমণ করেছিল। ১০০,০০০ এরও বেশি সোভিয়েত সৈন্য আক্রমণে অংশ নিয়েছিল, যাকে আরও ১০০,০০০ আফগান সেনা সদস্য এবং পারচাম গোষ্ঠীর সমর্থকদের দ্বারা সমর্থন করা হয়েছিল। এরই মধ্যে হাফিজুল্লাহ আমিন নিহত হন এবং তার স্থলাভিষিক্ত হন বাবরক কারমাল।
আফগানিস্তানে সোভিয়েত দখলের প্রতিক্রিয়ায়, কার্টার প্রশাসন এবং মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের রিগান প্রশাসন আফগান মুজাহিদিনদের সশস্ত্র করা শুরু করে, চার্লি উইলসন এবং সিআইএ অফিসার গাস্ট আভ্রাকটোসের প্রচেষ্টার জন্য বৃহৎ অংশে ধন্যবাদ। প্রারম্ভিক প্রতিবেদনে অনুমান করা হয়েছিল যে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র এবং সৌদি আরব $৬-২০ বিলিয়ন ব্যয় করেছে কিন্তু সাম্প্রতিক প্রতিবেদনে বলা হয়েছে যে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র এবং সৌদি আরব $৪০ বিলিয়ন পর্যন্ত নগদ প্রদান করেছে এবং সোভিয়েত ইউনিয়নের বিরুদ্ধে ইসলামিক দল গঠনের জন্য অস্ত্র, যার মধ্যে রয়েছে দুই হাজারেরও বেশি FIM-92 স্টিংগার সারফেস-টু-এয়ার মিসাইল। মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র পাকিস্তানের আইএসআই -এর মাধ্যমে তাদের বেশিরভাগ সমর্থন পরিচালনা করে।
ডব্লিউ. মাইকেল রেইসম্যান, চার্লস নর্চি এবং মোহাম্মদ কাকারের মতো পণ্ডিতরা বিশ্বাস করেন যে আফগানরা সোভিয়েত ইউনিয়ন কর্তৃক গণহত্যার শিকার হয়েছিল। সোভিয়েত বাহিনী এবং তাদের প্রক্সিরা ৫৬২,০০০ থেকে ২০ লক্ষ আফগানকে হত্যা করেছে এবং রাশিয়ান সৈন্যরাও আফগান নারীদের অপহরণ ও ধর্ষণে জড়িত ছিল। প্রায় ৬ মিলিয়ন আফগান উদ্বাস্তু হিসেবে পাকিস্তান ও ইরানে পালিয়ে যায় এবং সেখান থেকে ৩৮,০০০ এরও বেশি মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে এবং আরও অনেকে ইউরোপীয় ইউনিয়নে চলে যায়। ইরান ও পাকিস্তানের আফগান শরণার্থীরা তাদের সাথে সোভিয়েত বাহিনীর দ্বারা হত্যা, সম্মিলিত ধর্ষণ, নির্যাতন এবং বেসামরিক নাগরিকদের জনশূন্য করার সত্য ঘটনা নিয়ে এসেছে। ক্রমবর্ধমান আন্তর্জাতিক চাপ এবং উভয় পক্ষের বিপুল সংখ্যক হতাহতের সম্মুখীন হয়ে সোভিয়েতরা ১৯৮৯ সালে প্রত্যাহার করে নেয়। আফগানিস্তান থেকে তাদের প্রত্যাহারকে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে একটি আদর্শিক বিজয় হিসাবে দেখা হয়েছিল, যা তেল সমৃদ্ধ পারস্য উপসাগরের আশেপাশে সোভিয়েত প্রভাব মোকাবেলায় তিনটি মার্কিন প্রেসিডেন্ট প্রশাসনের মাধ্যমে কিছু মুজাহিদিন দলকে সমর্থন করেছিল। ইউএসএসআর ১৯৯২ সাল পর্যন্ত আফগান নেতা মোহাম্মদ নাজিবুল্লাহ (আফগান সিক্রেট সার্ভিসের প্রাক্তন প্রধান, "খাদ" ) সমর্থন অব্যাহত রাখে।
সেই সময়ে হামিদ গুলের নেতৃত্বে পাকিস্তানের গুপ্তচর সংস্থা ইন্টার-সার্ভিসেস ইন্টেলিজেন্স (আইএসআই) একটি ট্রান্স-ন্যাশনাল ইসলামিক বিপ্লবে আগ্রহী ছিল যা পাকিস্তান, আফগানিস্তান এবং মধ্য এশিয়াকে কভার করবে। এই উদ্দেশ্যে আইএসআই ১৯৮৯ সালের মার্চ মাসে জালালাবাদে হামলার পরিকল্পনা করেছিল, যাতে মুজাহিদিনরা আফগানিস্তানে তাদের নিজস্ব সরকার প্রতিষ্ঠা করে, কিন্তু এটি তিন মাসে ব্যর্থ হয়।
১৯৯২ সালের প্রথম দিকে নাজিবুল্লাহ-শাসনের পতনের সাথে, আফগানিস্তান আরও বিশৃঙ্খলা এবং গৃহযুদ্ধের মধ্যে পড়ে। মুজাহিদিন দল এবং সেনাবাহিনীকে একটি জোট সরকার গঠন করার জন্য জাতিসংঘ-সমর্থিত একটি প্রচেষ্টা ভেস্তে যায়। মুজাহিদীনরা পারস্পরিক অঙ্গীকার মেনে চলেনি এবং আহমদ শাহ মাসুদ বাহিনী কাবুলের নিকটবর্তী হওয়ার কারণে মুজাহিদিন সরকার প্রতিষ্ঠিত হওয়ার আগে রাজধানী দখল করে নেয়। তাই নির্বাচিত প্রধানমন্ত্রী ও যুদ্ধবাজ গুলবুদ্দিন হেকমতিয়ার তার প্রেসিডেন্টের বিরুদ্ধে যুদ্ধ শুরু করেন এবং মাসোদ বাহিনী কাবুলে ঢুকে পড়ে। এটি গৃহযুদ্ধ প্রজ্বলিত করেছিল, কারণ অন্যান্য মুজাহিদিন দলগুলি হেকমতিয়ারের একা শাসন বা তার সাথে প্রকৃত ক্ষমতা ভাগ করে নেওয়ার জন্য মীমাংসা করবে না। কয়েক সপ্তাহের মধ্যে, অন্যান্য মুজাহিদিন বাহিনীর এখনও দুর্বল ঐক্য বাষ্পীভূত হয়ে যায়, এবং ছয়টি মিলিশিয়া কাবুল এবং এর আশেপাশে একে অপরের সাথে যুদ্ধ করছিল।
সিবগাতাউল্লাহ মোজাদ্দেদীকে দুই মাসের জন্য আফগানিস্তানের নির্বাচিত অন্তর্বর্তী রাষ্ট্রপতি নির্বাচিত করা হয় এবং তারপরে কাবুল বিশ্ববিদ্যালয়ের একজন সুপরিচিত অধ্যাপক বুরহানউদ্দিন রব্বানী এবং দখলদারিত্বের সময় রুশদের বিরুদ্ধে লড়াই করা মুজাহিদীনের জমিয়ত-ই-ইসলামী পার্টির নেতা সকল জাহাদী নেতাদের দ্বারা নির্বাচিত হন। গুলবুদ্দিন হেকমতিয়ার ছাড়া। অধ্যাপক রব্বানি ১৯৯২ সাল থেকে ২০০১ সাল পর্যন্ত শুরাই মুজাহিদ্দিন পেশোয়ার (পেশোয়ার মুজাহিদ্দিন কাউন্সিল) দ্বারা আফগানিস্তানের সরকারি এবং নির্বাচিত রাষ্ট্রপতি হিসাবে শাসন করেছিলেন যখন তিনি আনুষ্ঠানিকভাবে মার্কিন নিযুক্ত অন্তর্বর্তীকালীন রাষ্ট্রপতি হামিদ কারজাইকে আনুষ্ঠানিকভাবে রাষ্ট্রপতির পদ হস্তান্তর করেছিলেন। রাব্বানীর রাষ্ট্রপতির সময় দেশের কিছু অংশ যেমন উত্তরের কয়েকটি প্রদেশ যেমন মাজার ই-শরিফ, জাওজান, ফারিয়াব, শুবুরগান এবং বাঘলান প্রদেশের কিছু অংশ জেনারেল আবদুল রশিদ দোস্তম শাসন করেছিলেন। তালেবানের উত্থানের আগে রব্বানীর প্রথম পাঁচ বছরের অবৈধ মেয়াদে, পূর্ব ও পশ্চিম প্রদেশ এবং উত্তরের কিছু প্রদেশ যেমন বাদাখশান, তাখার, কুন্দুজ, বাঘলান প্রদেশের প্রধান অংশ এবং কান্দাহারের কিছু অংশ এবং অন্যান্য দক্ষিণ প্রদেশ ছিল। কেন্দ্রীয় সরকারের নিয়ন্ত্রণে থাকলেও দক্ষিণ প্রদেশের অন্যান্য অংশ তার তাজিক জাতিসত্তার কারণে তাকে মানেনি। বুরহানুদ্দিন রবানীর 9 বছরের রাষ্ট্রপতির সময়, গুলবুদ্দিন হেকমতিয়ার পাকিস্তানি সেনাবাহিনী দ্বারা পরিচালিত, অর্থায়ন এবং সরবরাহ করেছিলেন। আফগানিস্তান বিশ্লেষক আমিন সাইকাল তার "মডার্ন আফগানিস্তান: এ হিস্ট্রি অফ স্ট্রাগল অ্যান্ড সারভাইভাল" বইয়ে শেষ করেছেন:
কার্যক্ষম সরকারি বিভাগ, পুলিশ ইউনিট বা ন্যায়বিচার ও জবাবদিহিতার ব্যবস্থা তৈরি করার জন্য অন্তর্বর্তী সরকারের সময় ছিল না। সৌদি আরব ও ইরান আফগান মিলিশিয়াদের সশস্ত্র ও নির্দেশনা দেয়। জর্জ ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়ের একটি প্রকাশনা বর্ণনা করে:
হিউম্যান রাইটস ওয়াচের মতে, অসংখ্য ইরানি এজেন্ট আব্দুল আলী মাজারির শিয়া হিজবি-ই ওয়াহদাত বাহিনীকে সহায়তা করছিল, কারণ ইরান ওয়াহদাতের সামরিক শক্তি এবং প্রভাব সর্বাধিক করার চেষ্টা করছিল। সৌদি আরব ওয়াহাবি আব্দুল রসুল সায়াফ এবং তার ইত্তেহাদ-ই ইসলামী দলকে শক্তিশালী করার চেষ্টা করছিল। হিউম্যান রাইটস ওয়াচ এবং আফগানিস্তান জাস্টিস প্রজেক্টের প্রতিবেদনে বর্ণিত কাবুল অনাচার ও বিশৃঙ্খলার মধ্যে নেমে আসার সময় বিভিন্ন দলের ব্যক্তিদের দ্বারা নৃশংসতা সংঘটিত হয়েছিল। আবার, হিউম্যান রাইটস ওয়াচ লিখেছেন:
কাবুল, উত্তর, মধ্য এবং পূর্ব আফগানিস্তানে সেই সময়কালে জড়িত প্রধান বাহিনী ছিল পাকিস্তান দ্বারা পরিচালিত গুলবুদ্দিন হেকমতিয়ারের হিজব-ই ইসলামী, ইরান দ্বারা পরিচালিত আবদুল আলী মাজারির হিজব-ই ওয়াহদাত, আবদুল রসুলের ইত্তেহাদ-ই ইসলামী । সৌদি আরব সমর্থিত সায়াফ, উজবেকিস্তানের সমর্থিত আবদুল রশিদ দোস্তমের জুনবিশ-ই মিলি, হুসেইন আনোয়ারির হরকাত-ই ইসলামী এবং শুরা-ই নাজার নিয়মিত ইসলামিক স্টেট বাহিনী হিসাবে কাজ করছে (পেশোয়ার চুক্তিতে সম্মত হয়েছে) আহমদ শাহ মাসুদের প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়।
ইতোমধ্যে, কান্দাহারের দক্ষিণ শহরটি জটিল পশতুন উপজাতীয় প্রতিদ্বন্দ্বিতার কারণে অনাচার, অপরাধ এবং নৃশংসতার কেন্দ্র ছিল। ১৯৯৪ সালে, তালেবান (পাকিস্তানে আফগান উদ্বাস্তুদের জন্য জামিয়াত উলেমা-ই-ইসলাম- চালিত ধর্মীয় বিদ্যালয় থেকে উদ্ভূত একটি আন্দোলন) আফগানিস্তানেও একটি রাজনৈতিক-ধর্মীয় শক্তি হিসেবে গড়ে ওঠে, স্থানীয় গভর্নরের অত্যাচারের বিরোধিতা করে। মোল্লা ওমর তার নিজ শহর কান্দাহারে ৫০ জনেরও কম সশস্ত্র মাদ্রাসা ছাত্র নিয়ে তার আন্দোলন শুরু করেন। গুলবুদ্দিন হেকমতিয়ার কাবুল জয়ে ব্যর্থ হওয়ায় পাকিস্তান তালেবানদের সমর্থন করতে শুরু করে। আমিন সাইকালের মতো অনেক বিশ্লেষক তালেবানকে পাকিস্তানের আঞ্চলিক স্বার্থের জন্য একটি প্রক্সি বাহিনী হিসেবে গড়ে উঠছে বলে বর্ণনা করেন। ১৯৯৪ সালে তালেবানরা দক্ষিণ ও মধ্য আফগানিস্তানের কয়েকটি প্রদেশে ক্ষমতা দখল করে।
১৯৯৫ সালে গুলবুদ্দিন হেকমতিয়ারের হিজবি-ই ইসলামী, ইরান-সমর্থিত হিজবি-ই ওয়াহদাত এবং রশিদ দোস্তমের জুনবিশ বাহিনী রাজধানী কাবুলে মাসুদের অধীনে অন্তর্বর্তী সরকারের বাহিনী দ্বারা সামরিকভাবে পরাজিত হয়েছিল যারা পরবর্তীকালে একটি দেশব্যাপী রাজনৈতিক প্রক্রিয়া শুরু করার চেষ্টা করেছিল। জাতীয় একত্রীকরণ এবং গণতান্ত্রিক নির্বাচনের লক্ষ্য নিয়ে, তালেবানকেও এই প্রক্রিয়ায় যোগদানের আমন্ত্রণ জানানো। তালেবান প্রত্যাখ্যান করেছে। 
তালেবানরা ১৯৯৫ সালের প্রথম দিকে কাবুলে গোলাবর্ষণ শুরু করে কিন্তু আহমদ শাহ মাসুদের অধীনে ইসলামিক স্টেট সরকারের বাহিনীর কাছে পরাজিত হয়। অ্যামনেস্টি ইন্টারন্যাশনাল, তালেবান আক্রমণের কথা উল্লেখ করে, ১৯৯৫ সালের একটি প্রতিবেদনে লিখেছিল:
২৬শে সেপ্টেম্বর, ১৯৯৬-এ, পাকিস্তানের সামরিক সহায়তায় এবং সৌদি আরবের আর্থিক সহায়তায় তালেবানরা আরেকটি বড় আক্রমণের জন্য প্রস্তুত হওয়ায়, মাসুদ কাবুল থেকে সম্পূর্ণ পশ্চাদপসরণ করার নির্দেশ দেন। তালেবানরা ২৭শে সেপ্টেম্বর, ১৯৯৬-এ কাবুল দখল করে এবং আফগানিস্তানের ইসলামিক এমিরেট প্রতিষ্ঠা করে। তারা তাদের নিয়ন্ত্রণাধীন আফগানিস্তানের কিছু অংশে ইসলামের রাজনৈতিক ও বিচারিক ব্যাখ্যা চাপিয়ে দেয়, নারীদের বাড়ির বাইরে কাজ করা, স্কুলে যাওয়া বা ঘর থেকে বের হওয়া নিষিদ্ধ করার আদেশ জারি করে, যদি না কোনো পুরুষ আত্মীয় সঙ্গী না হয়। ফিজিশিয়ান ফর হিউম্যান রাইটস (পিএইচআর) বলেছেন:
২৭শে সেপ্টেম্বর, ১৯৯৬ তারিখে তালেবানের হাতে কাবুলের পতনের পর, আহমদ শাহ মাসুদ এবং আব্দুল রশিদ দোস্তম, দুই প্রাক্তন শত্রু, তালেবানদের বিরুদ্ধে ইউনাইটেড ফ্রন্ট ( উত্তর জোট ) তৈরি করেছিলেন, যারা অধীনস্থ অবশিষ্ট অঞ্চলগুলির বিরুদ্ধে আক্রমণের প্রস্তুতি নিচ্ছিল। মাসুদ ও দোস্তমের নিয়ন্ত্রণ। ইউনাইটেড ফ্রন্টে মাসুদের প্রভাবশালী তাজিক বাহিনী এবং দোস্তমের উজবেক বাহিনী, হাজারা উপদল এবং আবদুল হক, হাজি আবদুল কাদির, ক্বারি বাবা বা কূটনীতিক আবদুল রহিম গফুরজাই -এর মতো কমান্ডারদের নেতৃত্বে পশতুন বাহিনী অন্তর্ভুক্ত ছিল। ১৯৯৬সালে তালেবান বিজয়ের পর থেকে নভেম্বর ২০০১ পর্যন্ত ইউনাইটেড ফ্রন্ট আফগানিস্তানের প্রায় ৩০% জনসংখ্যা নিয়ন্ত্রণ করেছিল বাদাখশান, কাপিসা, তাখার এবং পারওয়ানের কিছু অংশ, কুনার, নুরিস্তান, লাগমান, সামাঙ্গন, কুন্দুজ, ঘোর এবং বামিয়ান প্রদেশে।
জাতিসংঘের একটি ৫৫ পৃষ্ঠার প্রতিবেদন অনুসারে, তালেবান, উত্তর এবং পশ্চিম আফগানিস্তানের উপর নিয়ন্ত্রণ একত্রিত করার চেষ্টা করার সময়, বেসামরিক লোকদের বিরুদ্ধে নিয়মতান্ত্রিক গণহত্যা করেছে। জাতিসংঘের কর্মকর্তারা বলেছেন যে ১৯৯৬ এবং ২০০১ এর মধ্যে "১৫ গণহত্যা" হয়েছে। তারা আরও বলেছিল যে, "এগুলি অত্যন্ত নিয়মতান্ত্রিক এবং তারা সকলেই [তালেবান] প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ে বা মোল্লা ওমরের কাছে ফিরে যায়।" তালেবানরা বিশেষ করে শিয়া ধর্মীয় বা হাজারা জাতিগত পটভূমির লোকদের টার্গেট করেছে। ১৯৯৮ সালে মাজার-ই-শরীফ দখল করার পর, তালেবানদের দ্বারা প্রায় ৪,০০০ বেসামরিক লোককে মৃত্যুদণ্ড দেওয়া হয়েছিল এবং আরও অনেক নির্যাতনের কথা বলা হয়েছিল। মাজারী শরীফে নিহতদের মধ্যে বেশ কয়েকজন ইরানি কূটনীতিকও রয়েছেন। অন্যদের তালেবানরা অপহরণ করেছিল, একটি জিম্মি সঙ্কটকে স্পর্শ করে যা প্রায় একটি পূর্ণ মাত্রার যুদ্ধে পরিণত হয়েছিল, এক সময়ে আফগান সীমান্তে ১৫০,০০০ ইরানি সৈন্য জমা হয়েছিল। পরে স্বীকার করা হয় যে কূটনীতিকদের তালেবানরা হত্যা করেছে এবং তাদের মৃতদেহ ইরানে ফিরিয়ে দেওয়া হয়েছে। 
নথিগুলো এসব হত্যাকাণ্ডে আরব ও পাকিস্তানি সমর্থিত সেনাদের ভূমিকাও প্রকাশ করে। ওসামা বিন লাদেনের তথাকথিত ০৫৫ ব্রিগেড আফগান নাগরিকদের গণহত্যার জন্য দায়ী ছিল। <ref name="Ahmed Rashid/The Telegraph2"></ref> জাতিসংঘের প্রতিবেদনে অনেক গ্রামের প্রত্যক্ষদর্শীদের উদ্ধৃতি দিয়ে বর্ণনা করা হয়েছে যে আরব যোদ্ধাদের গলা কাটা ও চামড়া কাটার জন্য ব্যবহৃত লম্বা ছুরি বহন করে। 
পাকিস্তানের প্রেসিডেন্ট পারভেজ মোশাররফ - তৎকালীন সেনাপ্রধান হিসাবে - মাসুদের বাহিনীর বিরুদ্ধে তালেবান এবং বিন লাদেনের সাথে লড়াই করার জন্য হাজার হাজার পাকিস্তানি পাঠানোর জন্য দায়ী ছিলেন।   মোট ২৮,০০০ পাকিস্তানি নাগরিক আফগানিস্তানের অভ্যন্তরে যুদ্ধ করছে বলে ধারণা করা হয়েছিল। ২০,০০০ জন নিয়মিত পাকিস্তানি সৈন্য ছিল ফ্রন্টিয়ার কর্পস বা সেনাবাহিনী থেকে এবং আনুমানিক ৮,০০০ জন জঙ্গি ছিল যারা নিয়মিত তালেবান র‌্যাঙ্ক পূরণ করে মাদ্রাসায় নিয়োগ করা হয়েছিল। আনুমানিক ২৫,০০০ তালেবান নিয়মিত বাহিনী এইভাবে ৮,০০০ এরও বেশি পাকিস্তানি নাগরিকদের নিয়ে গঠিত। মার্কিন স্টেট ডিপার্টমেন্টের ১৯৯৮সালের একটি নথি নিশ্চিত করে যে "[নিয়মিত] তালেবান সৈন্যদের ২০-৪০ শতাংশ পাকিস্তানি।" নথিতে আরও বলা হয়েছে যে পাকিস্তানি নাগরিকদের বাবা-মা "তালিবানদের সাথে তাদের সন্তানের সামরিক জড়িত থাকার বিষয়ে কিছুই জানেন না যতক্ষণ না তাদের মৃতদেহ পাকিস্তানে ফিরিয়ে আনা হয়।" নিয়মিত তালেবান সেনাবাহিনীর আরও ৩,০০০ যোদ্ধা ছিল আরব এবং মধ্য এশিয়ার জঙ্গি। ১৯৯৬ থেকে ২০০১ সাল পর্যন্ত ওসামা বিন লাদেন এবং আয়মান আল-জাওয়াহিরির আল কায়েদা তালেবান রাষ্ট্রের মধ্যে একটি রাষ্ট্র হয়ে ওঠে। বিন লাদেন যুক্তফ্রন্টের বিরুদ্ধে লড়াইয়ে যোগ দিতে আরব রিক্রুটদের পাঠান। প্রায় ৪৫,০০০পাকিস্তানি, তালেবান এবং আল কায়েদা সৈন্যের মধ্যে মাসুদের বাহিনীর বিরুদ্ধে লড়াই করা মাত্র ১৪,০০০ আফগান ছিল। 
হিউম্যান রাইটস ওয়াচ অনুসারে ১৯৯৭ সালে দোস্তমের জুনবিশ বাহিনী মাজার-ই শরীফ এবং এর আশেপাশে তালেবান সৈন্যদের সংক্ষিপ্তভাবে হত্যা করেছিল। ১৯৯৮ সালে মাজার-ই-শরীফের পতনের সাথে দোস্তম তালেবানদের কাছে পরাজিত হয়। মাসুদ আফগানিস্তানে যুক্তফ্রন্টের একমাত্র নেতা ছিলেন।
আহমদ শাহ মাসুদ তার নিয়ন্ত্রণাধীন এলাকায় গণতান্ত্রিক প্রতিষ্ঠান স্থাপন করেন এবং নারী অধিকার সনদে স্বাক্ষর করেন। হিউম্যান রাইটস ওয়াচ অক্টোবর ১৯৯৬ থেকে সেপ্টেম্বর ২০০১ সালে মাসুদের হত্যার আগ মাসুদের সরাসরি নিয়ন্ত্রণে থাকা বাহিনীর জন্য কোনো মানবাধিকার অপরাধ উল্লেখ করেনি। ফলে অনেক বেসামরিক লোক আহমদ শাহ মাসুদের এলাকায় পালিয়ে যায়। ন্যাশনাল জিওগ্রাফিক তার ডকুমেন্টারি "ইনসাইড দ্য তালেবানে" শেষ করেছে:
তালেবান বারবার মাসুদকে তার প্রতিরোধ বন্ধ করার জন্য ক্ষমতার পদের প্রস্তাব দিয়েছিল। মাসুদ প্রত্যাখ্যান করেছিলেন কারণ তিনি ক্ষমতার অবস্থান পাওয়ার জন্য লড়াই করেননি। তিনি এক সাক্ষাৎকারে বলেছেন:
এবং
মাসুদ তালেবানকে একটি রাজনৈতিক প্রক্রিয়ায় যোগ দিতে রাজি করাতে চেয়েছিলেন যা একটি অদূর ভবিষ্যতে গণতান্ত্রিক নির্বাচনের দিকে নিয়ে যায়। মাসুদ বলেছেন যে:
২০০১ সালের প্রথম দিকে মাসুদ স্থানীয় সামরিক চাপ এবং বৈশ্বিক রাজনৈতিক আবেদনের একটি নতুন কৌশল প্রয়োগ করেন। পশতুন এলাকাসহ আফগান সমাজের নিচ থেকে তালেবান শাসনের বিরুদ্ধে ক্ষোভ ক্রমশ জড়ো হচ্ছিল। মাসুদ তাদের কারণ "জনপ্রিয় ঐকমত্য, সাধারণ নির্বাচন এবং গণতন্ত্র" বিশ্বব্যাপী প্রচার করেছিলেন। একই সাথে তিনি ১৯৯০ এর দশকের প্রথম দিকের ব্যর্থ কাবুল সরকারকে পুনরুজ্জীবিত না করার জন্য খুব সতর্ক ছিলেন। ইতোমধ্যে ১৯৯৯ সালে তিনি পুলিশ বাহিনীর প্রশিক্ষণ শুরু করেছিলেন যা তিনি বিশেষভাবে শৃঙ্খলা বজায় রাখতে এবং যুক্তফ্রন্ট সফল হওয়ার ক্ষেত্রে বেসামরিক জনগণকে রক্ষা করার জন্য প্রশিক্ষণ দিয়েছিলেন। 
২০০১ সালের গোড়ার দিকে মাসুদ ব্রাসেলসে ইউরোপীয় পার্লামেন্টে ভাষণ দিয়ে আফগানিস্তানের জনগণকে মানবিক সহায়তা প্রদানের জন্য আন্তর্জাতিক সম্প্রদায়কে অনুরোধ করেছিলেন। তিনি বলেছিলেন যে তালেবান এবং আল কায়েদা "ইসলাম সম্পর্কে একটি খুব ভুল ধারণা" চালু করেছে এবং পাকিস্তানের সমর্থন ছাড়া তালেবান এক বছর পর্যন্ত তাদের সামরিক অভিযান টিকিয়ে রাখতে সক্ষম হবে না। 
৯ই সেপ্টেম্বর ২০০১, আহমদ শাহ মাসুদ আফগানিস্তানের অভ্যন্তরে দুই আরব আত্মঘাতী হামলাকারীর দ্বারা নিহত হন। দুই দিন পরে প্রায় ৩,০০০ মানুষ মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে ১১ সেপ্টেম্বরের হামলার শিকার হয়, যখন আফগান-ভিত্তিক আল-কায়েদা আত্মঘাতী বোমা হামলাকারীরা বিমান ছিনতাই করে এবং উত্তর- পূর্ব মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে চারটি লক্ষ্যবস্তুতে উড়ে যায়। তৎকালীন মার্কিন প্রেসিডেন্ট জর্জ ডব্লিউ বুশ ওসামা বিন লাদেন এবং খালিদ শেখ মোহাম্মদকে হামলার পিছনে মুখ হিসেবে অভিযুক্ত করেন। তালেবান যখন বিন লাদেনকে মার্কিন কর্তৃপক্ষের কাছে হস্তান্তর করতে এবং আফগানিস্তানে আল-কায়েদার ঘাঁটি ভেঙে দিতে অস্বীকার করে, তখন অপারেশন এন্ডুরিং ফ্রিডম চালু করা হয়েছিল যেখানে আমেরিকান এবং ব্রিটিশ বিশেষ বাহিনীর দলগুলি তালেবানের বিরুদ্ধে ইউনাইটেড ফ্রন্ট (উত্তর জোট) কমান্ডারদের সাথে কাজ করেছিল। . একই সময়ে মার্কিন নেতৃত্বাধীন বাহিনী ক্রুজ মিসাইল দিয়ে আফগানিস্তানের অভ্যন্তরে সর্বত্র তালেবান এবং আল কায়েদার লক্ষ্যবস্তুতে বোমাবর্ষণ করছে। এই পদক্ষেপগুলি উত্তরে মাজার-ই-শরীফের পতনের দিকে পরিচালিত করে এবং অন্যান্য সমস্ত শহর অনুসরণ করে, কারণ তালেবান এবং আল-কায়েদা ছিদ্রযুক্ত ডুরান্ড লাইন সীমান্ত অতিক্রম করে পাকিস্তানে প্রবেশ করে। ২০০১ সালের ডিসেম্বরে, তালেবান সরকার পতনের পর এবং হামিদ কারজাইয়ের অধীনে নতুন আফগান সরকার গঠনের পর, কারজাই প্রশাসনকে সহায়তা করার জন্য এবং আফগান জনগণকে মৌলিক নিরাপত্তা প্রদানের জন্য জাতিসংঘ নিরাপত্তা পরিষদ কর্তৃক আন্তর্জাতিক নিরাপত্তা সহায়তা বাহিনী (আইএসএএফ) প্রতিষ্ঠিত হয়। আফগানদের অধিকাংশই তাদের দেশে আমেরিকান আগ্রাসনকে সমর্থন করেছিল। 
যখন তালেবানরা পাকিস্তানের অভ্যন্তরে পুনরায় সংগঠিত হতে শুরু করে, তখন ২০০২ সালে যুদ্ধ-বিধ্বস্ত আফগানিস্তানের পুনর্গঠন শুরু হয় (এছাড়াও আফগানিস্তানে যুদ্ধ দেখুন (২০০১-২০২১) )। আফগান জাতি আধুনিক আফগান সরকার প্রতিষ্ঠার জন্য একটি জরুরি লয়া জিরগা তৈরি করে বছরের পর বছর ধরে গণতান্ত্রিক কাঠামো গড়ে তুলতে সক্ষম হয়েছিল এবং শাসন, অর্থনীতি, স্বাস্থ্য, শিক্ষা, পরিবহন এবং কৃষির মতো গুরুত্বপূর্ণ ক্ষেত্রে কিছু অগ্রগতি সাধিত হয়েছিল। . ন্যাটো আফগান সশস্ত্র বাহিনীর পাশাপাশি তার জাতীয় পুলিশকে প্রশিক্ষণ দিয়ে আসছে। আইএসএএফ এবং আফগান সৈন্যরা তালেবানদের বিরুদ্ধে অনেক আক্রমণে নেতৃত্ব দিয়েছিল কিন্তু তাদের সম্পূর্ণরূপে পরাজিত করতে ব্যর্থ হয়। ২০০৯ সালের মধ্যে, একটি তালেবান-নেতৃত্বাধীন ছায়া সরকার গঠিত হতে শুরু করে দেশের অনেক অংশে তাদের মধ্যস্থতা আদালতের নিজস্ব সংস্করণে সম্পূর্ণ। মার্কিন প্রেসিডেন্ট বারাক ওবামা ২০১০ সালে দুই বছরের জন্য আরও ৩০,০০০ সৈন্য মোতায়েনের ঘোষণা করার পরে, ডের স্পিগেল নিরস্ত্র আফগান বেসামরিকদের হত্যাকারী মার্কিন সৈন্যদের ছবি প্রকাশ করেছিল। 
২০০৯ সালে, মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র আফগানিস্তান থেকে ৩২৮ শরণার্থীকে পুনর্বাসন করেছে। গত এক দশকে পাঁচ মিলিয়নেরও বেশি আফগান শরণার্থীকে প্রত্যাবাসন করা হয়েছে, যাদের মধ্যে অনেককে ন্যাটো দেশগুলি থেকে জোরপূর্বক বিতাড়িত করা হয়েছিল। আফগানদের এই বৃহৎ প্রত্যাবর্তন দেশের অর্থনীতিতে সাহায্য করতে পারে তবে কয়েক দশকের যুদ্ধ, বিদেশী বিনিয়োগের অভাব, চলমান সরকারি দুর্নীতি এবং পাকিস্তান-সমর্থিত তালেবান বিদ্রোহের কারণে দেশটি এখনও বিশ্বের অন্যতম দরিদ্র রয়ে গেছে। মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র প্রতিবেশী ইরানের বিরুদ্ধে তালেবান বিদ্রোহীদের ছোট স্তরের সমর্থন দেওয়ার অভিযোগও করে। জাতিসংঘের একটি প্রতিবেদন অনুসারে, তালেবান এবং অন্যান্য জঙ্গিরা ২০০৯ সালে ৭৬% বেসামরিক হতাহতের জন্য দায়ী ছিল, ২০১০ সালে ৭৫% এবং ২০১১ সালে ৮০% ।
অক্টোবর ২০০৮ সালে মার্কিন প্রতিরক্ষা সচিব গেটস জোর দিয়েছিলেন যে তালেবানের সাথে একটি রাজনৈতিক সমঝোতা আফগানিস্তান যুদ্ধের শেষ খেলা। "শেষ পর্যন্ত হতে হবে - এবং আমি শেষ পর্যন্ত আন্ডারস্কোর করব - এটির একটি রাজনৈতিক ফলাফলের অংশ হিসাবে পুনর্মিলন," গেটস বলেছেন। ২০১০ সাল নাগাদ শান্তি প্রচেষ্টা শুরু হয়। জানুয়ারির শুরুতে, তালেবান কমান্ডাররা শান্তির শর্তাবলী নিয়ে আলোচনার জন্য জাতিসংঘের একজন বিশেষ দূতের সাথে গোপন অনুসন্ধানমূলক আলোচনা করেন। তালেবানের নেতৃত্ব কাউন্সিলের আঞ্চলিক কমান্ডাররা, কোয়েটা শুরা, আফগানিস্তানে জাতিসংঘের বিশেষ প্রতিনিধি কাই ইদে -এর সাথে একটি বৈঠক চেয়েছিলেন এবং এটি ৮ জানুয়ারী দুবাইতে হয়েছিল। জাতিসংঘ এবং তালেবানের সিনিয়র সদস্যদের মধ্যে এটিই প্রথম এ ধরনের বৈঠক। ২৬ জানুয়ারি ২০১০-এ, লন্ডনে একটি বড় সম্মেলনে যা প্রায় ৭০টি দেশ এবং সংস্থাকে একত্রিত করেছিল, আফগান রাষ্ট্রপতি হামিদ কারজাই বলেছিলেন যে তিনি তালেবান নেতৃত্বের ( মোল্লা ওমর, সিরাজুদ্দিন হাক্কানি এবং গুলবুদ্দিন হেকমতিয়ার সহ) সাথে যোগাযোগ করতে চান। ন্যাটো দ্বারা সমর্থিত, কারজাই গ্রুপের নেতৃত্বকে শান্তি আলোচনা শুরু করার জন্য একটি লয়া জিরগা বৈঠকে অংশ নেওয়ার আহ্বান জানান। এই পদক্ষেপগুলির ফলে বোমা হামলা, গুপ্তহত্যা এবং অ্যামবুশের তীব্রতা বৃদ্ধি পেয়েছে। কিছু আফগান দল (প্রাক্তন গোয়েন্দা প্রধান আমরুল্লাহ সালেহ এবং বিরোধী নেতা ড. আবদুল্লাহ আবদুল্লাহ সহ) বিশ্বাস করে যে কারজাই গণতান্ত্রিক সংবিধান, গণতান্ত্রিক প্রক্রিয়া এবং বিশেষ করে মানবাধিকারের ক্ষেত্রে অগ্রগতির মূল্যে বিদ্রোহীদের সিনিয়র নেতৃত্বকে সন্তুষ্ট করার পরিকল্পনা করেছেন। নারী অধিকার. ডক্টর আবদুল্লাহ বলেছেন:
আফগান প্রেসিডেন্ট হামিদ কারজাই লন্ডন সম্মেলনে বিশ্ব নেতাদের বলেছিলেন যে তিনি শান্তি উদ্যোগ নিয়ে কয়েক সপ্তাহের মধ্যে তালেবানের শীর্ষ নেতাদের কাছে পৌঁছাতে চান। কারজাই তালেবান নেতাদের সাথে আলাপ-আলোচনার কাঠামো সেট করেছিলেন যখন তিনি গোষ্ঠীর নেতৃত্বকে শান্তি আলোচনা শুরু করার জন্য একটি "লয়া জিরগা " - বা বড়দের বড় সমাবেশে অংশ নেওয়ার আহ্বান জানান৷ কারজাই শান্তি, পুনর্মিলন এবং পুনর্মিলন জাতীয় কাউন্সিল নামে একটি নতুন শান্তিপ্রক্রিয়া সংস্থা গঠনের কথাও বলেছেন। বিদ্রোহীদের সাথে পুনর্মিলন প্রক্রিয়ার বিষয়ে কারজাইয়ের শীর্ষ উপদেষ্টা বলেছেন যে দেশটিকে অবশ্যই তালেবানদের ক্ষমা করতে শিখতে হবে। ২০১০ সালের মার্চ মাসে, কারজাই সরকার হেজব-ই-ইসলামীর সাথে প্রাথমিক আলোচনা করেছিল, যারা একটি পরিকল্পনা পেশ করেছিল যার মধ্যে ২০১০ সালের শেষ নাগাদ সমস্ত বিদেশী সৈন্য প্রত্যাহার অন্তর্ভুক্ত ছিল। তালেবানরা অংশগ্রহণ করতে অস্বীকার করে বলেছে, "ইসলামিক আমিরাতের একটি স্পষ্ট অবস্থান রয়েছে। এটা আমরা বহুবার বলেছি। আফগানিস্তানের মাটিতে যখন বিদেশী সৈন্যরা প্রতিদিন নিরীহ আফগানদের হত্যা করছে তখন কোনো আলোচনা হবে না।" জুন ২০১০ সালে আফগান শান্তি জিরগা 2010 অনুষ্ঠিত হয়। ২০১০ সালের সেপ্টেম্বরে জেনারেল ডেভিড পেট্রাউস আজ পর্যন্ত শান্তি আলোচনার অগ্রগতি সম্পর্কে মন্তব্য করেছিলেন, বলেছিলেন, "জ্যেষ্ঠ তালেবান নেতাদের সাথে পুনর্মিলনের সম্ভাবনা অবশ্যই সেখানে দেখা যাচ্ছে... এবং (ক) খুব সিনিয়র স্তরে এমন পন্থা রয়েছে যা কিছু প্রতিশ্রুতি রাখে। " 
মে ২০১১ সালে পাকিস্তানে ওসামা বিন লাদেনের মৃত্যুর পর, অনেক বিশিষ্ট আফগান ব্যক্তিত্বকে হত্যা করা শুরু হয়, যার মধ্যে ছিলেন মোহাম্মদ দাউদ দাউদ, আহমদ ওয়ালি কারজাই, জান মোহাম্মদ খান, গোলাম হায়দার হামিদি, বুরহানউদ্দিন রব্বানী এবং অন্যান্যরা। একই বছরে, পাকিস্তান-আফগান সীমান্ত সংঘর্ষ তীব্র হয় এবং আফগানিস্তান জুড়ে পাকিস্তান-ভিত্তিক হাক্কানি নেটওয়ার্কের দ্বারা অনেক বড় আকারের হামলা হয়। এর ফলে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র ফেডারেল শাসিত উপজাতীয় এলাকায় হাক্কানিদের বিরুদ্ধে সম্ভাব্য সামরিক পদক্ষেপের বিষয়ে পাকিস্তানকে সতর্ক করে। মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র পাকিস্তানের সরকারকে, প্রধানত পাকিস্তানি সেনাবাহিনী এবং তার আইএসআই গুপ্তচর নেটওয়ার্ককে এই সবের পিছনে মাস্টারমাইন্ড হিসাবে দায়ী করেছে। 
পাকিস্তানে নিযুক্ত মার্কিন রাষ্ট্রদূত ক্যামেরন মুন্টার রেডিও পাকিস্তানকে বলেছেন, “কয়েকদিন আগে কাবুলে যে হামলা হয়েছিল, সেটা ছিল হাক্কানি নেটওয়ার্কের কাজ। পাকিস্তান সরকারের সঙ্গে হাক্কানি নেটওয়ার্কের যোগসাজশের প্রমাণ রয়েছে। এটি এমন কিছু যা অবশ্যই থামাতে হবে।" অন্যান্য শীর্ষ মার্কিন কর্মকর্তা যেমন হিলারি ক্লিনটন এবং লিওন প্যানেটা একই ধরনের বিবৃতি দিয়েছেন। ১৬ই অক্টোবর, ২০১১-এ, ন্যাটো এবং আফগান বাহিনী দক্ষিণ-পূর্ব আফগানিস্তানে হাক্কানি নেটওয়ার্কের বিরুদ্ধে "অপারেশন নাইফ এজ" শুরু করেছিল। আফগানিস্তানের প্রতিরক্ষা মন্ত্রী, আব্দুল রহিম ওয়ারদাক, ব্যাখ্যা করেছেন যে এই অভিযান "বিদ্রোহীদের বিদ্রোহীদেরকে বিদ্রোহীদের বিপর্যস্ত সীমান্ত বরাবর এলাকায় আঘাত করার আগে নির্মূল করতে সাহায্য করবে"। নভেম্বর ২০১১ সালে, ন্যাটো বাহিনী পাকিস্তান সীমান্ত অঞ্চলে পাকিস্তানি সৈন্যদের উপর আক্রমণ করে। ২০১৪ সালে, আশরাফ ঘানি আফগানিস্তানের রাষ্ট্রপতি নির্বাচিত হন ।
২০২১ সালে, মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের বাহিনী এবং মিত্ররা আফগানিস্তান থেকে প্রত্যাহার করে নেয়, যা তালেবানকে তাদের বিদ্রোহ তীব্র করার অনুমতি দেয়। ১৫ই আগস্ট ২০২১-এ, তালেবানরা কাবুলে প্রবেশ করার সাথে সাথে, রাষ্ট্রপতি ঘানি তাজিকিস্তানে পালিয়ে যান এবং মার্কিন-সমর্থিত আফগান সরকারের পতন ঘটে। তালেবানরা কাবুল দখল করলেও, ইসলামিক রিপাবলিক অফ আফগানিস্তান এখনও একটি রমরমা রাষ্ট্র হিসেবে বিদ্যমান। তালেবান বিরোধী বাহিনী আফগানিস্তানের ন্যাশনাল রেজিস্ট্যান্স ফ্রন্ট গঠন করে এবং পাঞ্জশির উপত্যকা থেকে একটি বিদ্রোহ শুরু করে। 
২০২১ সালের ৭ই সেপ্টেম্বর তালেবান মোহাম্মদ হাসান আখুন্দের নেতৃত্বে একটি অন্তর্বর্তী সরকার ঘোষণা করে, যদিও সরকার আন্তর্জাতিকভাবে অস্বীকৃত ছিল।
২০২১ সালের আগস্টে তালেবানরা দেশটি দখল করার পরে পশ্চিমা দেশগুলি আফগানিস্তানে বেশিরভাগ মানবিক সহায়তা স্থগিত করেছে। মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র আফগান কেন্দ্রীয় ব্যাংকের প্রায় $৯ বিলিয়ন সম্পদ জব্দ করেছে, তালেবানদের মার্কিন ব্যাংক অ্যাকাউন্টে থাকা বিলিয়ন ডলার অ্যাক্সেস করতে বাধা দিয়েছে। ২০২১ সালের অক্টোবরে, আফগানিস্তানের ৩৯ মিলিয়ন মানুষের মধ্যে অর্ধেকেরও বেশি মানুষ তীব্র খাদ্য সংকটের মুখোমুখি হয়েছিল। ১১ নভেম্বর ২০২১-এ, "হিউম্যান রাইটস ওয়াচ" রিপোর্ট করেছে যে আফগানিস্তান ভেঙে পড়া অর্থনীতি এবং ভাঙা ব্যাঙ্কিং ব্যবস্থার কারণে ব্যাপক দুর্ভিক্ষের সম্মুখীন হচ্ছে। জাতিসংঘের বিশ্ব খাদ্য কর্মসূচিও খাদ্য নিরাপত্তাহীনতাকে আরও খারাপ করার একাধিক সতর্কতা জারি করেছে।