খাইবার পাখতুনখোয়ায় বিদ্রোহ

খাইবার পাখতুনখোয়ায় বিদ্রোহ বা উত্তর-পশ্চিম পাকিস্তানের যুদ্ধ বা সন্ত্রাসের বিরুদ্ধে পাকিস্তানের যুদ্ধ হলো পাকিস্তানের খাইবার পাখতুনখোয়া প্রদেশে চলমান একটি সশস্ত্র সংঘাত। এতে পাকিস্তান, টিটিপি (তেহরিক-ই-তালেবান পাকিস্তান), জুনদাল্লাহ, লস্কর-ই-ইসলাম (এলইআই), তেহরিকে নুফফাযে শরীয়াতে মুহাম্মদী (টিএনএসএম) আল-কায়েদা এবং তার মধ্য এশীয় একাধিক মিত্র গোষ্ঠী; যেমন: ইসলামিক স্টেট খোরাসান শাখা (সাবেক মিত্র), ইসলামিক মুভমেন্ট অফ উজবেকিস্তান, তুর্কিস্তান ইসলামী দল, ককেশাস আমিরাতসহ সংগঠিত অপরাধের বিভিন্ন দল ও গোষ্ঠী জড়িত রয়েছে। যদিও পূর্বে এটি একটি যুদ্ধ ছিল; তবে ২০১৭ সাল থেকে এটি একটি নিম্ন-স্তরের বিদ্রোহে পরিণত হয়েছে।
২০০৪ সালের দিকে পাকিস্তান সেনাবাহিনী দেশটির পার্বত্য ওয়াজিরিস্তান এলাকায় (কেন্দ্র শাসিত একটি উপজাতীয় এলাকা) আল কায়েদা যোদ্ধাদের খোঁজে পরিচালিত একটি অভিযানের সময় সৃষ্ট উত্তেজনা ধীরে ধীরে সশস্ত্র প্রতিরোধে রূপ নেয়। এই যুদ্ধে পাকিস্তানের কর্মকাণ্ডকে মার্কিন সন্ত্রাসবিরোধী যুদ্ধে দেশটির অবদান হিসেবে উপস্থাপন করার চেষ্টা করা হয়েছিল। আফগানিস্তান থেকে পালিয়ে আসা আল-কায়েদার জিহাদিরা কেন্দ্র শাসিত সীমান্তবর্তী উপজাতীয় এলাকায় আশ্রয় নেয়। ৯/১১ হামলার পর পারভেজ মুশাররফের প্রশাসনের অধীনে পাকিস্তান মার্কিন নেতৃত্বাধীন কথিত সন্ত্রাস বিরোধী যুদ্ধে যোগ দেয়। তবে, ২০০১-২০০২ সালে আফগানিস্তানে মার্কিন আগ্রাসনের পর আল-কায়েদা এবং তালেবান যোদ্ধারা পাকিস্তান-আফগানিস্তান সীমান্ত অতিক্রম করে কেন্দ্র শাসিত পাকিস্তানের উপজাতীয় এলাকায় আশ্রয় নেয় এবং অঞ্চলটি পশতুনভাষী হওয়াতে আগত আফগান তালেবান ও জিহাদিদের ব্যাপক সমাদর করা হয়। এর ফলে বিদেশী জিহাদিরা ফাটা অঞ্চলের (কেন্দ্রশাসিত উপজাতীয় এলাকা) সাতটি উপজাতীয় জেলার উপর নিজেদের নিয়ন্ত্রণ প্রতিষ্ঠা করতে সক্ষম হয়। সেখানে তারা স্থানীয় বিদ্রোহী যোদ্ধাদের সাথে জোটভুক্ত হয়ে একটি পৃথক নিয়ন্ত্রণ ব্যবস্থা গড়ে তোলে। 
দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানে পাকিস্তানি সামরিক অভিযান শুরু হলে বেশ কয়েকটি ওয়াজিরি উপজাতি এটিকে নিজেদের স্বাধীনতায় হস্তক্ষেপ করার প্রচেষ্টা হিসাবে গ্রহণ করে। যদিও পাকিস্তানি বাহিনী ফাটা অঞ্চলে কথিত সন্ত্রাস-বিরোধী যুদ্ধের অংশ হিসেবে অভিযান পরিচালনা করে আল-কায়েদা দমনের প্রচেষ্টা চালায়; কিন্তু এটি সেনাবাহিনী ও উপজাতিদের মধ্যে একটি অঘোষিত যুদ্ধে পরিণত হয়। সেখান থেকেই টিটিপি বা পাকিস্তানি তালেবান সৃষ্টি হয়। ২০০৭ সালের ডিসেম্বর মাসে বায়তুল্লাহ মেহসুদ উপজাতীয় যোদ্ধাদের একত্র করে আনুষ্ঠানিকভাবে টিটিপি প্রতিষ্ঠার ঘোষণা করে। যদিও টিটিপি গঠনের ক্ষেত্রে আল-কায়েদার সরাসরি ইন্ধন ছিল বলে অভিযোগ করা হয়। তবে ধারণা করা হয় যে, টিটিপি মূলত উপজাতীয় অঞ্চলে পাকিস্তান সেনাবাহিনী কর্তৃক আল-কায়েদার বিরুদ্ধে সামরিক অভিযানের প্রতিক্রিয়ায় গঠিত হয়েছিল। 
যুদ্ধের শুরুতে পারভেজ মুশাররফ প্রশাসনের অধীনে পাকিস্তান সেনাবাহিনী আল-কায়েদা যোদ্ধাদের খুঁজে বের করার জন্য "ব্যাটল অফ ওয়ান্না" (ওয়ান্নার যুদ্ধ) অভিযান শুরু করে। তবে রিপোর্ট করা হয়েছিল যে, পাকিস্তানি নিরাপত্তা বাহিনী আফগান তালেবানদের লক্ষ্যবস্তুতে পরিণত করেনি। কারণ তালেবানরা ১১ই সেপ্টেম্বরের টুইন-টাওয়ার হামলার জন্য দায়ী ছিল না। পরবর্তীতে পাকিস্তান সেনাবাহিনী নিজেদের কাঙ্ক্ষিত ফলাফল অর্জন করতে চরমভাবে ব্যর্থ হয়। অভিযানে পাকিস্তান সেনাবাহিনীর হামলায় ব্যাপক বেসামরিক ক্ষয়ক্ষতি সাধিত হয়। এর ফলশ্রুতিতে ওয়াজিরিস্তানে সেনাবাহিনীর প্রভাব খর্ব হয় এবং স্থানীয় জনগণের কাছে ঘৃণার পাত্রে পরিণত হয়। পাকিস্তান সেনাবাহিনীর ব্যর্থতার ফলে ওয়াজিরিস্তানে একটি চুক্তি সাক্ষরিত হয়, যা পাকিস্তান সেনাবাহিনী এবং পারভেজ মুশাররফের ব্যর্থতার বহিঃপ্রকাশ বলে ধারণা করা হয়। কারণ এই চুক্তিতে ফাটা অঞ্চলকে টিটিপি বিদ্রোহী ও জিহাদিদের হাতে তুলে দেওয়া হয়। 
সংঘর্ষ চলাকালীন ২০০৭ সালের ৩ জুলাই পাকিস্তান সেনাবাহিনী বিদ্রোহীদের থেকে কথিত বিদেশী জিম্মি উদ্ধারের অজুহাতে লাল মসজিদ অবরোধ করলে এই বিদ্রোহ আরো উত্তপ্ত হয়ে ওঠে এবং সেনাবাহিনীর এই অভিযানকে "আল্লাহর ঘরের" উপর আক্রমণ হিসেবে অভিহিত করে টিটিপি পাকিস্তান সরকার ও দেশের সেনাবাহিনীকে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র ও পশ্চিমা এজেন্ট হিসেবে ঘোষণা করে দেশব্যাপী ব্যাপক আত্মঘাতী বোমা হামলা শুরু করে। পাকিস্তানি সেনাবাহিনী কর্তৃক সংঘটিত সেই হামলায় মসজিদে অবস্থানরত শিক্ষার্থী, গণমাধ্যমের সদস্য, আধাসামরিক কর্মী ও একজন ব্যবসায়ীসহ ২০ জনের বেশি লোক মারা যায় এবং আরো শতাধিক লোক আহত হয়। যদিও পরবর্তীতে প্রকাশিত হয় যে, মসজিদের ভেতরে কোনো বিদেশী অবস্থানের প্রমাণ পাওয়া যায়নি এবং অভিযানের বৈধতার জন্য সম্ভবত এই নাটক সাজানো হয়েছিল। লাল মসজিদে অভিযানের কারণে ২০০৬ সালে সংঘটিত আত্মঘাতী হামলার সংখ্যা ১০টি থেকে বেড়ে ২০০৭ সালে তা ৬১টিতে গিয়ে দাঁড়ায়। পাকিস্তান সশস্ত্র বাহিনী তখন "মেহরান নৌ স্টেশন" (পিএনএস) আক্রমণ, "কামরা বিমানঘাঁটি আক্রমণ" ও "সেনাবাহিনী সদর দপ্তর রাওয়ালপিন্ডিতে" আক্রমণের মতো বেশ কয়েকটি ভয়ানক হামলার সম্মুখীন হয়েছিল।
সামরিক অভিযানের সাহায্যে পাকিস্তান সেনাবাহিনী টিটিপিকে আফগানিস্তানে ফিরিয়ে দিতে সক্ষম হয় এবং সেখান থেকে তারা বর্তমানও পাকিস্তানে সশস্ত্র হামলা পরিচালনা করছে বলে পাকিস্তান সরকার অভিযোগ করে। ২০১৪ সালে ২০১১-২০১৩ সালের তুলনায় দেশটিতে সশস্ত্র সংঘাতে হতাহতের হার ৪০% কমেছে এবং খাইবার পাখতুনখোয়ায় হতাহাতের হার আরও অধিক হ্রাস পেয়েছে বলে বর্ণনা করা হয়। যদিও ২০১৪ সালের ডিসেম্বর মাসে প্রদেশে টিটিপির সশস্ত্র যোদ্ধারা স্কুলছাত্রীদের উপর বিশাল গণহত্যা চালায়। টিটিপি এই হামলার দায় স্বীকার করে এবং উল্লেখ করে যে, হামলায় তাদের লক্ষ্য ছিল সামরিক বাহিনীর সদস্য ও তাদের পরিবার। এরপর শত্রুতা হ্রাসের ফলে সংঘাতটি ধীরে ধীরে আক্রমণাত্মক যুদ্ধ থেকে তুলনামূলকভাবে নিম্ন-স্তরের সংঘাতে পরিণত হয়। 
২০১৬ সালে পাকিস্তান সেনাবাহিনী কর্তৃক পরিচালিত সামরিক অভিযান অপারেশন জারব-ই-আজব সফল হওয়ার পর টিটিপি পাকিস্তানের অভ্যন্তরীণ অঞ্চলের নিয়ন্ত্রণ কার্যত হারিয়ে ফেলে। যে কারণে ২০১৭ সাল নাগাদ যোদ্ধারা স্লিপার সেলের আকারে কাজ শুরু করে। নিজেদের কার্যকলাপ অব্যাহত রাখা ও বিদ্রোহ পুনরুজ্জীবিত করার লক্ষ্যে টিটিপির অন্যতম শাখা জামাত-উল-আহরার ২০১৭ সালে অপারেশন গাজী শুরু করে। টিটিপির অপারেশন গাজী প্রতিরোধ করা এবং অবশিষ্ট বিদ্রোহী যোদ্ধা, মদদদাতা, সহায়তাকারী ও তাদের স্লিপার সেল থেকে দেশকে মুক্ত করার জন্য পাকিস্তান সেনাবাহিনী কমান্ডার কামার জাভেদ বাজওয়ার নেতৃত্বে অপারেশন রাদ্দ-উল-ফাসাদ শুরু করে। মূলত ফাটায় সেনাবাহিনীর পূর্ববর্তী অভিযানের ফলে সেখান থেকে পালিয়ে এসে দেশ জুড়ে ছড়িয়ে ছিটিয়ে থাকা অবশিষ্ট বিদ্রোহীদের নির্মূল করার জন্য এই অভিযান শুরু করা হয়েছিল। পূর্ববর্তী সামরিক অভিযানের প্রচেষ্টাকে সাফল্যমণ্ডিত করার লক্ষ্যে এই অভিযান চালানো হয়েছিল বলে ধারণা করা হয়।
"রাদ্দ-উল-ফাসাদ" অভিযানের কারণে টিটিপি বিশাল ক্ষতির সম্মুখীন হয়। তারা বিভিন্ন উপদল ও গোষ্ঠীতে বিভক্ত হয়ে পড়ে, যার ফলে এর কার্যক্ষমতা দুর্বল হয়ে পড়ে। দিল্লি-ভিত্তিক সাউথ এশিয়ান টেররিজম পোর্টাল (SATP) অনুসারে, ২০০৪ সালে বিদ্রোহ শুরু হওয়ার পর থেকে ২০১৯ সাল ছিল পাকিস্তানের জন্য শান্তিপূর্ণ-পরবর্তী বছর। কারণ ২০১৯ সালে দেশটিতে আত্মঘাতী হামলার সংখ্যা ২০০৯ সালে রেকর্ড সর্বোচ্চ হামলা ৮৫টি থেকে কমে ৮টিতে দাঁড়ায়। 
জেনারেল বাজওয়ার নেতৃত্বে পাকিস্তান সেনাবাহিনী ২০১৭ সালে প্রায় ২৬০০ কিলোমিটার দীর্ঘ পাকিস্তান-আফগানিস্তান সীমান্তে বেড়া নির্মাণ শুরু করে এবং খাইবার-পাখতুনখোয়ায় বিদ্রোহীদের বিরুদ্ধে অর্জিত সাফল্যকে পুঁজি করে সেখানে প্রায় ১০০০টি সামরিক দুর্গ নির্মাণ করে। সীমান্তবর্তী এলাকায় টহল দেওয়ার জন্য সীমান্তরক্ষী বাহিনীর (ফ্রন্টিয়ার কর্পস) জন্য প্রায় ৬৭টি শাখা গঠন করা হয়। অধিকন্তু, ২০১৮ সালে ২৫তম সংশোধনীর অধীনে ফাটা অঞ্চলকে খাইবার-পাখতুনখোয়ার সাথে একীভূত করা হয়, যেন ফাটাকে পাকিস্তানের সংবিধানের আওতায় আনা যায় এবং এটিকে আরও কার্যকরভাবে পরিচালিত করা যায়। ২৫তম সংশোধনী ঔপনিবেশিক যুগে প্রণীত সীমান্তে অপরাধ নিয়ন্ত্রণের সাংবিধানিক কাঠামোকে প্রতিস্থাপন করে।
২০২১ সালের আগস্টে কাবুলের পতনের পর থেকে পাকিস্তান বিদ্রোহের এক নতুন হুমকির মুখোমুখি হয়। কারণ আফগানিস্তানে তালেবানদের বিজয়ের কারণে তাদের সমমনা টিটিপি নতুন শক্তিতে প্রবেশ করেছে। নতুন সদস্য সংগ্রহে সাড়া পাওয়া, মার্কিন তৈরি অস্ত্রের সহজলভ্যতা ও হামলার পর আফগান তালেবানদের ছত্রছায়ায় আশ্রয়ণের কারণে তেহরিক তালিবান নতুন করে পাকিস্তানকে তাদের লক্ষ্যবস্তুতে পরিণত করতে উৎসাহিত হয়েছে। এর ফলস্বরূপ, ২০২২ সালের শেষ নাগাদ পাকিস্তান ১৩টি আত্মঘাতী হামলার শিকার হয়েছে। 
২০২২ সালে আলোচনার পরে টিটিপি এবং পাকিস্তান সরকার ২০২২ সালের জুন মাসে যুদ্ধবিরতি ঘোষণা করে। তবে ২০২২ সালের নভেম্বরে, টিটিপি যুদ্ধবিরতি প্রত্যাখ্যান করে এবং পাকিস্তানের বিরুদ্ধে দেশব্যাপী সর্বাত্মক আক্রমণের ডাক দেয়। 
২০২৩ সালের ৭ এপ্রিল প্রধানমন্ত্রী শেহবাজ শরীফের নেতৃত্বে পাকিস্তানের জাতীয় নিরাপত্তা কমিটি নিজের পশ্চিমাঞ্চলের জন্যে হুমকিস্বরূপ বিদ্রোহী যোদ্ধা ও জিহাদিদের নির্মূল করার জন্য একটি নতুন সামরিক অভিযান শুরু করার সর্বসম্মত সিদ্ধান্ত নেয়। বৈঠকে পাকিস্তানের নতুন সামরিক নেতৃত্বের প্রধান নির্বাহী কর্মকর্তা আসিম মুনির এবং জয়েন্ট চিফস অব স্টাফ কমিটির চেয়ারম্যান সাহির শামশাদ মির্জাও উপস্থিত ছিলেন। এক বছরেরও অধিক সময় অতিবাহিত হওয়ার পর ২০২৪ সালের ২২ জুন পাকিস্তান সরকার আজম-ই-ইস্তেহকাম নামে একটি নতুন সামরিক অভিযানের অনুমোদন দেয়। 
আজম-এ-ইস্তেহকাম অভিযানের লক্ষ্য ছিল ব্যাপক ও সিদ্ধান্তমূলকভাবে চরমপন্থ, বিদ্রোহ ও জিহাদবাদ নির্মূল করা। এই অভিযানে কেবল সামরিক পদক্ষেপই অন্তর্ভুক্ত ছিল না; বরং জাতীয় কর্মপরিকল্পনার সাথে সঙ্গতিপূর্ণভাবে চরমপন্থা দমনের জন্য আর্থ-সামাজিক উন্নয়নও অন্তর্ভুক্ত ছিল। কারণ আর্থিক ও সামাজিক কারণেও স্থানীয়রা টিটিপিতে যোগদান করেছে বলে অভিযোগ করা হয়। 
এই যুদ্ধ দেশের জনশক্তি সম্পদকে হ্রাস করেছে এবং এর ফলাফল জাতীয় অর্থনীতিতে গভীর প্রভাব বিস্তার করেছে। কারণ পাকিস্তান তখন মার্কিন নেতৃত্বাধীন সন্ত্রাস-বিরোধী যুদ্ধে যোগ দেয়, যা দেশটির সামরিক ব্যয়কে দ্বিগুণ করে তোলে। ২০১৮ সালের হিসাব অনুযায়ী, অর্থ মন্ত্রণালয়ের (MoF) পরিসংখ্যান ও গাণিতিক তথ্য জরিপ সংগ্রহ অনুসারে, ২০০১ সাল থেকে পাকিস্তানের "ফ্রন্টলাইন স্টেট" (যুদ্ধক্ষেত্র) হিসেবে ভূমিকা রাখার কারণে অর্থনীতি প্রত্যক্ষ ও পরোক্ষভাবে ১২৬.৭৯ বিলিয়ন ডলার ক্ষতির সম্মুখীন হয়েছে। অর্থ মন্ত্রণালয় কর্তৃক জারি করা "পাকিস্তান অর্থনৈতিক জরিপ ২০১০-২০১১" অনুসারে, " ১৯৭১ সালে ভারতের সাথে সরাসরি যুদ্ধের মাধ্যমে দেশটি ভেঙে যাওয়ার পরও পাকিস্তান নিজের শিল্পে এত ভয়াবহ সামাজিক ও অর্থনৈতিক অবনতি আগে কখনও দেখেনি।" 
লেখক ও ঐতিহাসিকরা এই সংঘাত বুঝাতে বিভিন্ন নাম ব্যবহার করেন। ইংরেজিতে ব্যবহৃত উল্লেখযোগ্য নাম হলো: "Insurgency in Khyber Pakhtunkhwa", "War in North-West Pakistan", "Waziristan War," "the Pakistan's war on terror," যার বাংলা অর্থ হয়: "খাইবার পাখতুনখোয়ায় বিদ্রোহ", "দক্ষিণ-পশ্চিম পাকিস্তানে যুদ্ধ", "ওয়াজিরিস্তান যুদ্ধ," "পাকিস্তানের সন্ত্রাসবাদের বিরুদ্ধে যুদ্ধ"।
অন্যদিকে, রাষ্ট্রবিজ্ঞানী ফারুখ সেলিম এই যুদ্ধকে "চতুর্থ প্রজন্মের যুদ্ধ" বা "ফোরজি (4G) যুদ্ধ" হিসেবে অভিহিত করেছেন। 
তোরা বোরা (আক্ষরিক অর্থে "কালো গুহা" ) যুদ্ধের পর ২০০২ সালে পাকিস্তান সরকারের নির্দেশে পাকিস্তান সেনাবাহিনী উপজাতীয় এলাকায় আনুষ্ঠানিকভাবে সেনা মোতায়েনের কাজ শুরু করে। যদি পাকিস্তানের রক্ষণশীল দলগুলি; বিশেষ করে পাকিস্তান মুসলিম লীগ এই অঞ্চলে এভাবে সেনা মোতায়েনের তীব্র সমালোচনা করেছিল। ১৯৪৭ সালে পাকিস্তানের স্বাধীনতার পর প্রথমবারের মতো একাদশ কর্পস তার কমান্ডার লেফটেন্যান্ট-জেনারেল জান অর্কজাইয়ের নেতৃত্বে খাইবার জেলার তিরাহ উপত্যকায় প্রবেশ করে। পরে সেনাবাহিনী উত্তর ওয়াজিরিস্তানের শাওয়াল উপত্যকায় চলে যায় এবং সবশেষে দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানের অভ্যন্তরে প্রবেশ করে। ২০০৩ সালের "বিশেষ পরিষেবা দল" (নৌবাহিনী) এতে একটি পর্যবেক্ষণ গোয়েন্দা ঘাঁটি প্রতিষ্ঠা করে ২০০৩ সালে উপজাতীয় অঞ্চলে সেনাবাহিনীর অভিযানের পেক্ষিতে পেশোয়ারে একটি প্রভাবশালী কমিউনিস্ট দলের পক্ষ থেকে পারভেজ মোশাররফ এবং মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের ব্যাপক সমালোচনা করা হয়। 
২০০৩ সালে, উপজাতিরা সেনাবাহিনী মোতায়েনের বিষয়টি এবং অঞ্চল জুড়ে পাকিস্তান বিমান বাহিনী কর্তৃক নির্বিচারে বিমান হামলা চালানোকে নিজেদের পরাধীনতার একটি লক্ষণ হিসেবে দেখতে শুরু করলে বিদ্রোহ আরো উত্তপ্ত হতে থাকে। ২০০৩-০৪ সালে জনসাধারণের উদ্দেশ্যে দেওয়া বিভিন্ন বক্তৃতায় তৎকালীন রাষ্ট্রপতি পারভেজ মুশাররফ সর্বদা দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তান থেকে বিদেশী যোদ্ধাদের উচ্ছেদ করার আহ্বান জানাতে থাকে এবং স্থানীয় উদ্বেগ সত্ত্বেও এই অঞ্চলে সেনা মোতায়েন রাখার ন্যায্যতা প্রমাণের চেষ্টা করে। ২০০৩ সালের ডিসেম্বরে গোয়েন্দা সংস্থা দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানে রাষ্ট্রপতি পারভেজ মুশাররফের বিরুদ্ধে কমপক্ষে দুইটি হত্যা প্রচেষ্টার সন্ধান পায়। এর জবাবে সরকার এই এলাকার উপর সামরিক চাপ বহু গুণ বাড়িয়ে দিয়ে প্রতিশোধ নেওয়ার চেষ্টা করা হয়। তবে সরকারের এই লড়াইটি অত্যন্ত ব্যয়বহুল ছিল: ২০০৪ সাল জুড়ে ও ২০০৫ সালের গোড়ার দিকে–যখন সরকার সরাসরি সংঘাত এড়িয়ে আলোচনার কৌশল গ্রহণ করে–সংঘাতে ফলে সরকারি বাহিনীর ব্যাপক হতাহতের ঘটনা ঘটে। 
২০০৪ সালের ১৬ই মার্চ দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানের কুহে সাফেদে (সাদা পাহাড়ে) পাকিস্তান সেনাবাহিনী এবং আল-কায়েদার বিদেশী যোদ্ধাদের মধ্যে এক রক্তক্ষয়ী পাহাড়ি যুদ্ধ সংঘটিত হয়। পাকিস্তানি গণমাধ্যম ধারণা করেছিল যে, পাকিস্তান সেনাবাহিনী পাহাড়ি অঞ্চলে একটি ""উচ্চমূল্যের লক্ষ্যবস্তু" " ঘিরে রেখেছে এবং তা সম্ভবত আল-কায়েদার তৎকালীন দ্বিতীয়-ইন-কমান্ড আয়মান আল-জাওয়াহিরি ছিল। ২০০৪ সালের একটি সামরিক গোয়েন্দা তথ্য মতে, সেখানে অবস্থানরত সমস্ত জিহাদি ছিল চেচেন, উজবেক এবং তাজিক, যারা আফগানিস্তানের তোরা বোরা পাহাড়ি ঘাঁটি থেকে পালিয়ে অন্যত্র আশ্রয় অনুসন্ধানের চেষ্টা করছিল। এক সপ্তাহের তুমুল যুদ্ধের পর পুরো এলাকাটি দখল করা হয় এবং পাকিস্তান সেনাবাহিনী প্রায় ৪০০ আল-কায়েদা কর্মীকে গ্রেপ্তার করে। তবে অভিযানে সাফল্য সত্ত্বেও, সেনাবাহিনী আয়মান আল জাওয়াহিরিকে ধরতে ব্যর্থ হয়। আন্তঃবাহিনী জনসংযোগ পরে স্বীকার করে যে, সেখানে আয়মন জাওয়াহিরিকে নয়; বরং সোভিয়েত উজবেক জিহাদি নেতা তোহির ইউলদোশকে ঘিরে রাখা হয়েছিল। 
২০০৪ সালের মধ্যে জেনারেল মুশাররফ পাকিস্তানের অরক্ষিত সীমান্ত দিয়ে অনুপ্রবেশ রোধে অতিরিক্ত ব্যাটালিয়ন মোতায়েন করেন। সামরিক অভিযান শুরু হওয়ার আগেই সামরিক গোয়েন্দা সংস্থা, ইন্টার -সার্ভিসেস ইন্টেলিজেন্স ও সেনাবাহিনী কুহে সাফেদ রেঞ্জে বিদেশী যোদ্ধাদের ব্যবহৃত অনেক গুহা এবং সুড়ঙ্গ খুঁজে পেয়েছিল। সামরিক গোয়েন্দা তথ্য অনুসারে, সকল সুড়ঙ্গ আফগানিস্তানের দিক থেকে এসেছিল এবং ধারণা করা হয়েছিল যে, সম্ভবত তোরা বোরা অঞ্চল থেকে এসব পরিচালিত হয়েছিল। যুদ্ধের প্রাথমিক পর্যায়েই সেনাবাহিনী সকল সুড়ঙ্গপথ অবরোধ করে রাখে। সামরিক স্থগিতাদেশের প্রথম রাতে এই অবরোধ কতটা কার্যকর ছিল তা জানা না গেলেও সামরিক গোয়েন্দা তথ্য নিশ্চিত করেছে যে, অনেক উচ্চপদস্থ বিদেশী যোদ্ধা এই সুড়ঙ্গ এবং গুহা দিয়ে আফগানিস্তানে ফিরে যেতে পারে। 
২০০৪ সালের ৭ অক্টোবর পারভেজ মুশাররফ ইন্টার-সার্ভিসেস ইন্টেলিজেন্স থেকে নিজের ঘনিষ্ঠ সহযোগী জেনারেল এহসান উল হকের নিয়োগ অনুমোদন করেন। তখন তিনি সাত সহকর্মীকে বিভিন্ন পদবীতে স্থলাভিষিক্ত করেন এবং তার এই নিয়োগের ব্যাপারে সংবাদমাধ্যম তীব্র সমালোচনা করে। চেয়ারম্যান ও যুগ্ম প্রধান হওয়ার পর জেনারেল এহসান উল হক সেনাবাহিনীর মধ্য থেকে কেবল স্থলসেনা মোতায়েনের তত্ত্বাবধান করতেন। বিমান বাহিনী এবং নৌবাহিনীকে এই অঞ্চলের বাইরে রাখা হত। 
২০০৪ সালের এপ্রিল মাসে পাকিস্তান সরকার দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানের যোদ্ধাদের সাথে তিনটি শান্তি চুক্তির মধ্যে প্রথম শাকাই চুক্তিতে স্বাক্ষর করে। এই চুক্তিতে বিদ্রোহী যোদ্ধাদের পক্ষ থেকে মিলিশিয়া কমান্ডার নেক মুহাম্মদ ওয়াজির স্বাক্ষর করেছিলেন। কিন্তু ২০০৪ সালের জুনে মার্কিন হেলফায়ার ক্ষেপণাস্ত্রের আঘাতে নেক মুহাম্মদ ওয়াজির নিহত হওয়ার পর তাৎক্ষণিকভাবে চুক্তিটি বাতিল করা হয়। 
দ্বিতীয়টি ছিল সারারোঘা শান্তি চুক্তি, যা নেক মুহাম্মদ ওয়াজির উত্তরসূরি টিটিপি নেতা বাইতুল্লাহ মেহসুদের সাথে ২০০৫ সালের ফেব্রুয়ারি মাসে স্বাক্ষরিত হয়। এই চুক্তিটি দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তান অঞ্চলে আপেক্ষিক শান্তি এনেছিল। এই চুক্তিটি পরবর্তীতে ২০০৬ সালের সেপ্টেম্বরে প্রতিবেশী উত্তর ওয়াজিরিস্তানে সরকার ও জিহাদিদের মধ্যে সাক্ষরিত তৃতীয় ও চূড়ান্ত যুদ্ধবিরতি মিরানশাহ শান্তি চুক্তি পর্যন্ত কার্যকর হয়েছিল। তবে রক্তপাত কমানোর ক্ষেত্রে এই সব যুদ্ধবিরতি বা শান্তি চুক্তি উল্লেখযোগ্য প্রভাব ফেলেনি। ২০০৭ সালের আগস্টে ইসলামাবাদ কর্তৃক পরিচালিত অপারেশন সাইলেন্স শুরু হওয়ার মাধ্যমে শেষের চুক্তি দুইটি আনুষ্ঠানিকভাবে ভেঙে যায় এবং এর ফলে পাকিস্তান সশস্ত্র বাহিনীর উপর আত্মঘাতী হামলা দশগুণ বৃদ্ধি পায়। 
বিমান বাহিনী এবং নৌবাহিনীকে সংঘাত থেকে দূরে রাখার কৌশল অকার্যকর প্রমাণিত হয়। কারণ সহিংসতা সারা দেশে ছড়িয়ে পড়ে এবং ২০০৪-০৭ সালে সেনাবাহিনী জিহাদিদের থেকে প্রচণ্ড চাপের মুখে পড়ে। ২০০৭ সালে জেনারেল এহসান উল হক প্রকাশ্যে স্বীকার করেছিলেন যে নৌবাহিনী এবং বিমান বাহিনীকে সংঘাত থেকে দূরে রাখা একটি ভুল ছিল। 
ইন্টার-সার্ভিসেস ইন্টেলিজেন্সের গোপন কার্যক্রম বিভাগ (CAD) ও বিশেষ পরিষেবা দল ২০০৫ সালের ৪ মে পেশোয়ারের উত্তর-পূর্বে অবস্থিত মার্দান শহরের বাইরে প্রায় দূরে আল-কায়েদার একজন উচ্চপদস্থ সদস্য আবু ফারাজ আল লিব্বিকে গ্রেপ্তারের জন্য একটি গোপন আধাসামরিক অভিযান পরিচালনা করেছিল। অভিযানের পর সরকারি সূত্রগুলি তার গ্রেপ্তারের বিষয়টি নিশ্চিত করে এবং উল্লেখ করা হয় যে, আল-লিব্বি একজন উচ্চপদস্থ আল-কায়েদা কর্মকর্তা ছিল। তিনি ওসামা বিন লাদেন এবং আয়মান আল-জাওয়াহিরির পরে তৃতীয় সর্বোচ্চ নেতা ছিলেন বলে গুজব রয়েছে। ১১ সেপ্টেম্বরের হামলায় জড়িত থাকার অভিযোগে ২০০৩ সালের মার্চে খালিদ শেখ মুহাম্মদকে গ্রেপ্তারের পর আল-লিব্বি তার স্থলাভিষিক্ত হন। ২০০৩ সালের ডিসেম্বর মাসে রাষ্ট্রপতি পারভেজ মুশাররফের উপর দুটি হত্যা প্রচেষ্টার প্রধান পরিকল্পনাকারী এবং সহায়ক হিসেবে অভিযুক্ত করে পাকিস্তান সরকার আবু ফারাজ আল-লিব্বিকে গ্রেপ্তার ও আটক করে। 
২০০৬ সালের ১৩ জানুয়ারী মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের বিমান বাহিনী ডামাডোলা গ্রামে বিমান হামলা চালায়। বাজাউর উপজাতীয় এলাকায় এই হামলাটি ঘটে, যা আফগান সীমান্তের কাছাকাছি অবস্থিত। এই হামলায় কমপক্ষে ১৮ জনকে হত্যা করা হয়, যাদের অধিকাংশ শিশু এবং মহিলা। ধারণা করা হয় যে, আক্রমণটি পুনরায় আয়মান আল-জাওয়াহিরিকে লক্ষ্য করে করা হয়েছিল। কিন্তু পরবর্তী প্রমাণ থেকে জানা যায় যে, তিনি তখন সেখানে উপস্থিত ছিলেন না। 
২০০৬ সালের ২১ জুন উত্তর ওয়াজিরিস্তানের বান্নু অঞ্চলে তেহরিকে তালেবান পাকিস্তানপন্থী জিহাদিরা দাবি করে যে, তারা একটি বেল সামরিক হেলিকপ্টার গুলি করে ভূপাতিত করেছে, যা বিধ্বস্ত হয়েছিল বলে জানা যায়। তবে, সরকার ক্ষেপণাস্ত্র হামলার কারণে বিধ্বস্ত হওয়া বিষয়টি অস্বীকার করে বলে যে, এটি কারিগরি ত্রুটির কারণে হয়েছে। হেলিকপ্টারটি বান্নুর একটি বেস ক্যাম্প থেকে সকাল ৭টার দিকে উড্ডয়ন করে মিরামশাহের উদ্দেশ্যে রওনা হয়েছিল এবং ১৫ মিনিট পর বুধবার সকালে মোহমান্দখেল এলাকার বারান বাঁধে বিধ্বস্ত হয়। এতে চার সৈন্য নিহত হন এবং তিনজনকে উদ্ধার করা হয়। একই দিনে টিটিপি যোদ্ধারা বান্নু এবং মিরানশাহ শহরের প্রধান শহরকে সংযোগকারী একটি রাস্তায় একজন পুলিশ অফিসার এবং দুইজন কনস্টেবলকে গুলি করে হত্যা করে। 
২০০৬ সালের ২১শে জুন, আফগান তালেবান নেতা সিরাজউদ্দিন হাক্কানি একটি ফরমান জারি করেন যে, বর্তমান পাকিস্তান সেনাবাহিনীর বিরুদ্ধে লড়াই করা (আফগান) তালেবানের নীতি নয়। তবে তেহরিক-ই-তালেবান পাকিস্তান ইচ্ছাকৃতভাবেই ফরমানটি উত্তর ওয়াজিরিস্তানে প্রচার করেনি, যার ফলে সরকারের উপর চাপ তৈরি হয়েছিল। 
২০০৬ সালে, সরকার সেচের জল বন্টনের বিষয়ে কুররাম জেলায় দুটি উপজাতির মধ্যে শান্তি চুক্তির সফল বাস্তবায়ন প্রত্যক্ষ করে। তাৎক্ষণিকভাবে সরকার উত্তর ওয়াজিরিস্তানের জিহাদিদের সাথে একটি শান্তি চুক্তি স্বাক্ষরের জন্য উপজাতীয়দের সুপারিশ গ্রহণ করে। ২০০৬ সালের ৫ সেপ্টেম্বরে স্বাক্ষরিত এই চুক্তির নাম ছিল "ওয়াজিরিস্তান চুক্তি"। উত্তর ওয়াজিরিস্তানের মিরানশাহের উপজাতীয় নেতা, টিটিপি যোদ্ধা এবং পাকিস্তান সরকারের মধ্যে চুক্তিটি স্বাক্ষরিত হয়েছিল। সরকারের উদ্দেশ্য ছিল যেন এতে সকল লড়াই শেষ হয়ে যায়। চুক্তিতে নিম্নলিখিত বিষয়াবলী অন্তর্ভুক্ত ছিল:
ওয়াজিরিস্তান চুক্তি নামে পরিচিত এই চুক্তিকে কিছু রাজনৈতিক ভাষ্যকার পাকিস্তানের জন্য একটি সাফল্য হিসেবে দেখেছেন। এমনকি পাকিস্তান সেনাবাহিনীর সামরিক কমান্ডার লেফটেন্যান্ট-জেনারেল আলী জান আউরকজাইও শান্তি চুক্তিকে "উপজাতীয় ইতিহাসে অভূতপূর্ব" বলে স্বাগত জানান এবং কয়েক সপ্তাহের মধ্যে একটি জটিল সমস্যা সমাধানের জন্য আন্তঃউপজাতীয় জিরগাকে কৃতিত্ব দেন। 
তবে অন্য অনেকে চুক্তিটির সমালোচক ছিলেন; কারণ তারা মনে করতেন যে, এটি সামরিক অভিযানের পর বিচ্ছিন্ন ও বিক্ষিপ্ত জিহাদিদের পুনর্গঠনের সুযোগ করে দেবে। তবে ২০০৭ সালে চুক্তির প্রধান স্থপতি এবং চেয়ারম্যান যুগ্ম প্রধান জেনারেল এহসান উল হক প্রকাশ্যে গণমাধ্যমের কাছে স্বীকার করেছিলেন যে, "ওয়াজিরিস্তানের যুদ্ধবিরতি ভুল হয়ে গেছে" এবং সেখানে একমাত্র স্থল সেনা মোতায়েনও ভুল পদক্ষেপ ছিল। 
২০০৬ সালের ৩০ শে অক্টোবরে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র আফগানিস্তানের সীমান্তবর্তী বাজাউর অঞ্চলে একটি মাদ্রাসায় একটি মারাত্মক ক্ষেপণাস্ত্র বিমান হামলা চালায়। এই হামলায় ৮২ জন নিরীহ মাদ্রাসার ছাত্র নিহত এবং অগণিত আহত হয়েছিল। "লং ওয়ার জার্নাল" বিমান হামলার জন্য মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রকে দায়ী করে। কারণ শুধুমাত্র মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রই এই অঞ্চলে নির্ভুলভাবে রাতে বিমান হামলা চালাতে সক্ষম ছিল। 
বাজাউর এজেন্সির সাংসদ সাহেবজাদা হারুনুর রশিদ সোমবার নিজের নির্বাচনী এলাকার একটি মাদ্রাসায় নির্বিচারে বোমা হামলার প্রতিবাদে জাতীয় পরিষদ থেকে পদত্যাগ করেন। 
আক্রমণের প্রতিশোধ হিসেবে জিহাদিরা গভর্নর এবং লেফটেন্যান্ট-জেনারেল জান অর্কজাইয়ের কঠোর সুরক্ষিত নিরাপত্তা শিবিরে ধারাবাহিক আরপিজি রকেট নিক্ষেপ করে ব্যর্থ হয়। তার গাড়িবহর ২০০৬ সালের ৮ নভেম্বর অক্ষত অবস্থায় পালিয়ে যায়। একই দিনে জিহাদিরা পেশোয়ারের প্রায় ১০০ কি.মি. উত্তরে অবস্থিত দারগাইয়ের সামরিক ঘাঁটিতে একটি সফল আত্মঘাতী বোমা হামলার পরিচালনা করে। আত্মঘাতী হামলায় প্রায় ৪২ জন পাকিস্তানি সেনা নিহত এবং ২০ জন আহত হয়। সামরিক গোয়েন্দা তদন্তকারীরা পরে গণমাধ্যমে এই কথা স্বীকার করে বিবৃতি দেন যে, আত্মঘাতী বোমা হামলার সাথে বিমান হামলার সরাসরি যোগসূত্র ছিল। 
২০০৭ সালের প্রথম দিকে উত্তরাঞ্চল বিদ্রোহে উত্তপ্ত হয়ে পড়েছিল এবং বেশ কয়েকটি সেনা অভিযানে মিশ্র ফলাফল নিশ্চিত হওয়ার পর রাষ্ট্রপতি মুশাররফ বিদ্রোহীদের পক্ষ থেকে ক্রমশ তীব্র চাপের মুখে পড়ে। এই বছরের মার্চ মাসে তার সরকার বাজৌরের প্রধান বিদ্রোহী নেতা ফকির মোহাম্মদের সাথে একটি শান্তি চুক্তি স্বাক্ষর করে। বিদ্রোহী গোষ্ঠীগুলি তখন কেন্দ্র শাসিত উপজাতীয় এলাকার তিনটি জেলা দখল করে: দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তান, উত্তর ওয়াজিরিস্তান এবং বাজৌর জেলা । 
এদিকে দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানে উজবেক বিদ্রোহ ক্রমে বৃদ্ধি পাচ্ছিল। কারণ অনেক প্রাক্তন সোভিয়েত যোদ্ধা বিদ্রোহে যোগদান করে তাদের শক্তি বৃদ্ধিতে ভূমিকা রাখছিল বলে জানা যায়। অনেক সামরিক গোয়েন্দা প্রতিবেদনে এই অঞ্চলে প্রাক্তন সোভিয়েত যোদ্ধাদের গতিবিধির ইঙ্গিত পাওয়া যায়, যাদের বেশিরভাগই রুশ ফেডারেশনের অস্থিতিশীল অঞ্চল থেকে আসা উজবেক এবং চেচেন যোদ্ধা ছিলেন।
২০০৭ সালে, আল-কায়েদার একজন সক্রিয় সদস্য ও আরব যোদ্ধা সাইফুল আদিলকে হত্যা করার মাধ্যমে উজবেক যোদ্ধা ও স্থানীয় বিদ্রোহী গোষ্ঠীগুলির মধ্যে লড়াই শুরু হয়। এই অঞ্চলে তালেবানপন্থী একজন শীর্ষস্থানীয় জিহাদি কমান্ডার হিসেবে পরিচিত মোল্লা নাজির এই সংঘাতের জন্য উজবেক যোদ্ধাদের দায়ী করে তাদের উপর এর সম্পূর্ণ দোষ চাপিয়েছিলেন। অন্য একটি ভাষ্য অনুসারে, মোল্লা নাজির–যার ব্যাপারে পাকিস্তান সরকার দাবি করেছিল যে, তিনি তাদের পক্ষে এসেছেন–প্রাক্তন সোভিয়েত যোদ্ধাদের উজবেক সদস্য তোহির আব্দুল হালিল ইউলদোশ ও কামোলিতদিনিচ জালোলভকে নিরস্ত্র করার নির্দেশ দেওয়ার প যুদ্ধ শুরু হয়। তারা উভয়ই পূর্বে ওসামা বিন লাদেনের ঘনিষ্ঠ বিশ্বাসী ও সহযোগী ছিলেন। 
এর আগে আজম ওয়ারসাকে তোহির ইউলদোশের নেতৃত্বাধীন ইসলামিক মুভমেন্ট অফ উজবেকিস্তান এবং সরকারপন্থী উপজাতি নেতাদের মধ্যে সংঘর্ষ হয়েছিল। এই সংঘর্ষে যুদ্ধবিরতি ঘোষণার আগে ১৭-১৯ জন নিহত হয়েছিল। 
২০০৭ সালে পাকিস্তানি সামরিক গোয়েন্দা কর্মকর্তারা বর্ণনা করেন যে, উজবেকরা এই অঞ্চলে আধিপত্য বিস্তার করার অনেকগুলি কারণ ছিল। তাদের দেওয়া সামরিক গোয়েন্দা প্রতিবেদনে বর্ণনা দেওয়া হয়েছে যে, স্থানীয়রা উজবেক যোদ্ধাদের বিরুদ্ধে বিরোধীদের একত্রিত করতে ভয় পেয়েছিল। কারণ তাদের দীর্ঘ লড়াইয়ের ইতিহাস এবং অত্যন্ত শক্তিশালী সামরিক পটভূমির অধিকারী ভয়ঙ্কর যোদ্ধা হিসেবে সুখ্যাতি ছিল। কারণ ১৯৮০ এর দশকে আফগানিস্তানে রুশ আক্রমণের সময় এই যোদ্ধাদের মধ্যে কেউ কেউ সোভিয়েত সেনাবাহিনীর সৈনিক ও অফিসার ছিলেন এবং তাদের মধ্যে অনেকেই ১৯৯০-এর দশকে সেন্ট্রাল ইন্টেলিজেন্স এজেন্সি (সিআইএ) কর্তৃক সামরিক প্রশিক্ষণ পেয়েছিলেন। তারা গেরিলা যুদ্ধে বিশেষজ্ঞ ছিলেন। বিপরীতে স্থানীয় বিদ্রোহীরা সামরিকভাবে দুর্বল ছিল এবং যুদ্ধে তাদের তেমন অভিজ্ঞতাও ছিল না। 
আইএমইউ যোদ্ধাদের বলতে গেলে হারানোর তেমন কিছুই ছিল এবং তাদের পক্ষে অন্য কোথাও পালানো কঠিন ছিল। তারা উজবেকিস্তানে ফিরে যেতে পারেনি এবং ২০০৯ সালের পর, আফগানিস্তানে পুনরায় অনুপ্রবেশ আরও কঠিন হয়ে ওঠে। এভাবে তারা ওয়াজিরিস্তানকে তাদের আবাসস্থল করে তোলে। উপজাতি এবং তাদের মিত্র স্থানীয় বিদ্রোহীরা কর্তৃক আজম ওয়ারসাকের আইএমইউ-এর ব্যক্তিগত কারাগারে আক্রমণ এবং দখল করার খবর পাওয়া গেছে। পাকিস্তান সেনাবাহিনীর গোয়েন্দা সংস্থা জানিয়েছে যে, এই সংঘাতে তাদের হস্তক্ষেপ করার কোনো ইচ্ছা ছিল না। তবে প্রত্যক্ষদর্শীরা জানান যে, সংঘাতের সময় উপজাতিদের বিরুদ্ধে লড়াই করার জন্য স্থাপিত সরকারী কামানগুলি উজবেক যোদ্ধাদের উপর গুলি চালিয়েছিল। 
২০০৭ সালের ২৯শে মার্চ তীব্র লড়াই আবার শুরু হয়। এর ফলে উপজাতীয় যোদ্ধা এবং বিদেশী জিহাদিদের মধ্যে সাক্ষরিত এক সপ্তাহব্যাপী যুদ্ধবিরতির অবসান ঘটে। একটি প্রাথমিক প্রতিবেদন অনুসারে, উপজাতি যোদ্ধাদের একটি দল প্রাক্তন সোভিয়েত উজবেক যোদ্ধাদের পরিচালিত একটি চেকপয়েন্টে আক্রমণ করে এবং তাদের দুজনকে ধরে নিয়ে যায়। সংঘর্ষে একজন উপজাতীয় যোদ্ধা নিহত এবং তিনজন আহত হন। পরের দিন, একজন ঊর্ধ্বতন পাকিস্তানি কর্মকর্তা ঘোষণা করেন যে, গত দুই দিনে মোট ৫২ জন নিহত হয়েছেন; তাদের মধ্যে ৪৫ জন উজবেক এবং বাকিরা উপজাতি যোদ্ধা। মোল্লা নাজিরের একজন সহযোগী নিহতের সংখ্যায় ৩৫ জন উজবেক যোদ্ধা ও ১০ জন উপজাতীয় যোদ্ধা ছিল বলে জানান। তবে, এলাকার বাসিন্দারা জানিয়েছেন যে, উভয় পক্ষের মৃতের সংখ্যা বর্ণনাকৃত সংখ্যার থেকে বেশি ছিল। 
২রা এপ্রিল, যখন স্থানীয় প্রবীণদের একটি পরিষদ বিদেশী যোদ্ধাদের বিরুদ্ধে জিহাদ ঘোষণা করে এবং উপজাতিদের একটি বাহিনী গঠনের কাজ শুরু করে, তখন সংঘাত আরও তীব্র হয়। পাকিস্তানি গোয়েন্দা কর্মকর্তাদের মতে, দোজা ঘুনদাই গ্রামে তীব্র লড়াইয়ে ৬০ জনেরও বেশি লোক নিহত হয়; যার মধ্যে ৫০ জন বিদেশী, ১০ জন উপজাতীয় যোদ্ধা এবং একজন পাকিস্তানি সৈন্য ছিল। গোয়েন্দা কর্মকর্তারা আরও বলেন যে "ডজন ডজন উজবেক যোদ্ধা" উপজাতীয় বাহিনীর কাছে আত্মসমর্পণ করেছে এবং জিহাদিদের ব্যবহৃত অনেক বাঙ্কার দখল বা ধ্বংস করা হয়েছে। 
২০০৭ সালের ১২ এপ্রিল দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানের দায়িত্বে থাকা সেনা জেনারেল বলেন যে, উপজাতীয় যোদ্ধারা ওয়ানার পার্শ্ববর্তী উপত্যকা থেকে সোভিয়েত উজবেকদের তাড়িয়ে দিয়েছে এবং বিদেশী যোদ্ধাদের আফগান সীমান্তের পাহাড়ে ফিরিয়ে দেওয়া হয়েছে। চার দিন পর স্থানীয় উপজাতিরা ইসলামাবাদকে এলাকার আইন-শৃঙ্খলা নিয়ন্ত্রণ পুনরায় শুরু করার আহ্বান জানিয়েছিল। 
লাল মসজিদ অবরোধ এই সংঘাতের একটি গুরুতর লঙ্ঘন ছিল এবং এটি ২০০৭ সালের গ্রীষ্মে সংঘাত আরো তীব্রতর করে তোলে। ২০০৭ সালের ৩ জুলাই দেশে ইসলামি আইন বাস্তবায়ন করার দাবিতে লাল মসজিদে অবস্থানরত আন্দোলনকারী ইসলামাবাদে সংঘর্ষে লিপ্ত হয়। সংঘর্ষের পূর্বে মসজিদে অবস্থানরত বিদ্রোহী ছাত্ররা নিকটবর্তী শিক্ষা মন্ত্রণালয় সচিবালয়ে পাথর ছুঁড়ে আক্রমণ করে বলে অভিযোগ করা হয়। তৎকালীন ক্ষমতাসীন পাকিস্তান মুসলিম লীগ নেতা সুজাআত হোসেন এবং ইজাজ উল হকের হস্তক্ষেপ সত্ত্বেও সেনাবাহিনীর সাথে তাদের সংঘর্ষ আরও তীব্র হয়। উপস্থিত পাকিস্তান সেনাবাহিনীর সদস্যদের সহায়তায় পাকিস্তান পুলিশ তাৎক্ষণিকভাবে মসজিদ কমপ্লেক্সের চারপাশে অবরোধ স্থাপন করে, যা ১১ জুলাই পর্যন্ত স্থায়ী হয় এবং এর ফলে ১০৮ জন নিহত হয়। এই ঘটনাটিই পাকিস্তান সরকার ও টিটিপির মধ্যে বিদ্যমান সংঘাত এবং শেষ পর্যন্ত যুদ্ধবিরতি ভেঙে যাওয়ার প্রধান অনুঘটক হিসেবে কাজ করে। মসজিদ অবরোধ চলাকালীন অবরোধের প্রতিশোধ হিসেবে টিটিপি কর্তৃক ওয়াজিরিস্তানে বেশ কয়েকটি আক্রমণ চালানো হয়েছিল।
ইসলামাবাদে মসজিদ অবরোধ শুরু হওয়ার সাথে সাথে ওয়াজিরিস্তানে পাকিস্তানি সেনাদের উপর বেশ কয়েকটি হামলার খবর পাওয়া যায়। প্রথম হামলার খবর পাওয়া যায় ২০০৭ সালের ১৪ জুলাই, যে দিন একজন আত্মঘাতী বোমা হামলাকারী পাকিস্তান সেনাবাহিনীর একটি কনভয় আক্রমণ করে। হামলায় ২৫ জন সৈন্য নিহত এবং ৫৪ জন আহত হয়। দ্বিতীয় আক্রমণটি ঘটে ২০০৭ সালের ১৫ জুলাই, যখন দুই আত্মঘাতী বোমা হামলাকারী পাকিস্তান সেনাবাহিনীর আরেকটি কনভয় আক্রমণ করে ১৬ সৈন্য এবং ৫ বেসামরিক নাগরিককে হত্যা করে। হামলায় আরো ৪৭ জন আহত হয়। সেদিনই একটি পৃথক ঘটনায়, চতুর্থ একজন আত্মঘাতী বোমা হামলাকারী একটি পুলিশ সদর দপ্তরে হামলা চালায়, যাতে ২৮ জন পুলিশ কর্মকর্তা ও নিয়োগপ্রাপ্ত সদস্য নিহত এবং ৩৫ জন আহত হয়। লাল মসজিদে হামলার ফলে আফগানিস্তানের সীমান্তবর্তী ইসলামপন্থী যোদ্ধারা মুশাররফের সাথে তাদের বিতর্কিত ওয়াজিরিস্তান চুক্তি বাতিল করতে বাধ্য হয়। 
চুক্তি ভঙ্গের ফলে চাপের মুখে পারভেজ মোশাররফ ওয়াজিরিস্তানে বিশাল সৈন্যদল দিয়ে সেনাবাহিনী প্রেরণ করেন। তারা যোদ্ধাদের সাথে তীব্র সংঘর্ষে লিপ্ত হয়। সেখানে কমপক্ষে ১০০ জঙ্গি নিহত হয়, যার মধ্যে তালিকাভুক্ত আসামী ও প্রাক্তন গুয়ান্তানামো বে বন্দী আব্দুল্লাহ মেহসুদও ছিলেন বলে উল্লেখ করা হয়। যোদ্ধারা সেনাবাহিনীর কনভয়, নিরাপত্তা চেকপয়েন্টে আক্রমণ ও আত্মঘাতী বোমা হামলাকারীদের পাঠিয়ে পাল্টা আক্রমণ চালায়, যাতে কয়েক ডজন সৈন্য ও পুলিশ নিহত হয় এবং ১০০ জনেরও বেশি বেসামরিক লোক আহত হয়। ২০০৭ সালের ২৪ জুলাই থেকে ২৪ আগস্ট পর্যন্ত এক মাসের লড়াইয়ে ২৫০ জন বিদ্রোহী যোদ্ধা এবং ৬০ জন সৈন্য নিহত হয়। ২০০৭ সালের ২ সেপ্টেম্বর বাইতুল্লাহ মেহসুদের নেতৃত্বে মাত্র কয়েক ডজন যোদ্ধা ১৭টি গাড়ির একটি বিরাট সেনা কনভয়ে অতর্কিত আক্রমণ চালাতে সক্ষম হয় এবং কোন গুলি খরচ না করেই আনুমানিক ২৪৭ জন সৈন্যকে বন্দী করে, যা জাতিকে হতবাক করে দেয়। ধৃতদের মধ্যে বেশ কয়েকজন অফিসারও ছিলেন। এর ফলে মুশাররফের বিরুদ্ধে জনসাধারণের সমালোচনা তীব্র হয়ে ওঠে।
সেনাবাহিনী ওয়াজিরিস্তানে ফিরে আসার পর সরকার প্রায় সব এলাকায় সেনা মোতায়েন করে এবং চেক-পয়েন্ট স্থাপন করে। কিন্তু বিদ্রোহী যোদ্ধারা প্রচণ্ডভাবে পাল্টা আঘাত হানে। সেপ্টেম্বরের মাঝামাঝি সময়ে, টিটিপি ও তাদের মিত্র অন্যান্য বাহিনী উত্তর ও দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানের বেশ কয়েকটি পাকিস্তানি সেনা ফাঁড়িতে আক্রমণ করে। এর ফলে যুদ্ধের সবচেয়ে ভয়াবহ কিছু লড়াই সংঘটিত হয়। লাল মসজিদ অবরোধের পরপর বিদ্রোহীরা প্রথম ফাঁড়িটি আক্রমণ করে এবং সেটি দখল করে নেয়, যার ফলে ১২ জন পাকিস্তানি সৈন্য বন্দী হয়। পরের দিন (১৩ সেপ্টেম্বর ২০০৭) তারবেলা গাজীতে একজন আত্মঘাতী বোমা হামলাকারী পাকিস্তান সেনাবাহিনীর একটি ঘাঁটিতে আক্রমণ করে, যার ফলে প্রধান মেস হলটি ধ্বংস হয়ে যায় এবং পাকিস্তানের সবচেয়ে অভিজাত সেনা ইউনিট "এসএসজি" "কারার" কমান্ডো ইউনিটের ২০ জন সদস্য নিহত হয়। এরপর ধারাবাহিক আক্রমণ শুরু হয় এবং ২০০৭ সালের ২০ সেপ্টেম্বর পর্যন্ত মোট পাঁচটি পাকিস্তানি সেনাবাহিনীর সামরিক ফাঁড়ি দখল করা হয়। সেই সাথে ২৫ জনেরও বেশি সৈন্যকে বন্দী করা হয় এবং ৬৫ জনেরও বেশি সৈন্য নিহত অথবা বন্দী হয় এবং প্রায় ১০০ জন আহত হয়।
হামলার প্রায় দুই সপ্তাহ পর সেনাবাহিনী হেলিকপ্টার গানশিপ ও স্থল সেনাদের সাহায্যে অভিযান চালিয়ে প্রতিক্রিয়া জানায়। তারা মীর আলী শহরের কাছে অবস্থিত বিদ্রোহী অবস্থানগুলিতে আঘাত হানে। চার দিন ধরে তীব্র লড়াইয়ে ২৫৭ জন নিহত হয়, যার মধ্যে ১৭৫ জন বিদ্রোহী যোদ্ধা, ৪৭ জন সৈন্য এবং ৩৫ জন বেসামরিক নাগরিক ছিল।
২০০৭ সালের অক্টোবরের শেষের দিকে খাইবার পাখতুনখোয়া প্রদেশের সোয়াত জেলায় সীমান্ত পুলিশ ও উগ্র ডানপন্থী জিহাদি গোষ্ঠী তেহরিকে নুফফাযে শরীয়তে মোহাম্মদীর (টিএনএসএম) একটি বড় অংশের মধ্যে আরেকটি তীব্র লড়াই শুরু হয়, যার নেতৃত্বে ছিলেন মাওলানা ফজলুল্লাহ। তিনি পাকিস্তানে শরিয়া আইন আরোপের চেষ্টায় বিদ্রোহ শুরু করেন। প্রতিক্রিয়া হিসেবে, সেনাবাহিনী তাদের মোকাবেলা করার জন্য স্থানীয় ব্রিগেডিয়ার-জেনারেলের অধীনে একটি সামরিক ব্রিগেড মোতায়েন করে। সপ্তাহব্যাপী প্রচণ্ড লড়াইয়ের পর উভয় পক্ষেরই ব্যাপক হতাহতের ফলে যুদ্ধ থেমে যায়। এভাবে ২০০৭ সালের ৩ নভেম্বর পাহাড়ের চূড়ায় অবস্থিত একটি সামরিক অবস্থান এবং দুটি পুলিশ স্টেশন দখলের পর প্রায় ২২০ জন আধাসামরিক সৈন্য এবং পুলিশ বিদ্রোহী যোদ্ধাদের কাছে আত্মসমর্পণ করে এবং অনেকেই অস্ত্র ফেলে পালিয়ে যায়। এর ফলে সোয়াত জেলার বেশিরভাগ অংশের নিয়ন্ত্রণ টিএনএসএমের হাতে চলে যায়।
পাকিস্তানের জনবসতিপূর্ণ এলাকা হিসেবে পরিচিত সোয়াতের লড়াই জিহাদি গোষ্ঠীগুলির সরকারের প্রতি প্রথম গুরুতর বিদ্রোহীমূলক হুমকি ছিল। পরবর্তীতে টিএনএসএমের মাওলানা ফজলুল্লাহর প্রতি অনুগত আল-কায়েদার বিদেশী যোদ্ধারা ২০০৭ সালের নভেম্বরে সেখানে ইসলামী আইন প্রয়োগের চেষ্টা করে এবং স্থানীয় বাসিন্দাদের শরিয়া আইন মেনে চলার আহ্বান জানায়। ২০০৭ সালের নভেম্বরে বিদ্রোহ দমন করার জন্যে হেলিকপ্টার গানশিপের সাহায্যে আরো একটি ব্রিগেড কমব্যাট দল মোতায়েন করা হয়। ২০০৭ সালের ডিসেম্বরের শুরুতে যুদ্ধ শেষ হয়ে যায় এবং সেনাবাহিনী সোয়াত পুনরুদ্ধার করে। সামরিক স্থগিতাদেশে মাওলানা ফজলুল্লাহর প্রায় ৪০০ বিদেশী যোদ্ধা, ১৫ পাকিস্তানি সেনা এবং ২০ জন বেসামরিক নাগরিক নিহত হন। সেনাবাহিনীর বিজয় সত্ত্বেও টিএনএসএমের বিদেশী যোদ্ধারা সামনের মাসগুলিতে ধীরে ধীরে সোয়াতের অভ্যন্তরে পুনরায় প্রবেশ করে এবং ২০০৮ সাল জুড়ে চলমান যুদ্ধে দেশের নিরাপত্তা বাহিনীর সাথে লড়াই শুরু করে। তবে ২০০৯ সালের ফেব্রুয়ারি মাসের প্রথম দিকে পুরো জেলা সামরিক নিয়ন্ত্রণে চলে আসে।
২০০৭ সালের ৩ সেপ্টেম্বর দুইজন সমন্বিত আত্মঘাতী বোমা হামলাকারী পাকিস্তানি গোয়েন্দা সংস্থা ইন্টার-সার্ভিসেস ইন্টেলিজেন্সের একটি বাস এবং গোয়েন্দা অফিসারদের বহনকারী গাড়ির একটি সারি লক্ষ করে একটি আত্মঘাতী বোমা হামলা চালানো হয়। বাস হামলায় প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ের বিপুল সংখ্যক কর্মী নিহত হন এবং অন্য হামলায় একজন সেনা কর্নেল নিহত হন। মোট ৩১ জন নিহত হন, যার মধ্যে ১৯ জন সৈন্য এবং ১২ জন বেসামরিক নাগরিক ছিলেন। 
দুই মাস পর ২৪ নভেম্বর আরেকটি সামরিক গোয়েন্দা (এমআই) বাসে আবার আক্রমণ করা হয়। হামলায় বাসের প্রায় সবাই নিহত হয়েছিল। সেদিন আরেকজন বোমারু একটি সামরিক চেকপয়েন্টে বিস্ফোরণ ঘটায়। এতে ৩৫ জন নিহত হন, যাদের প্রায় সবাই সামরিক কর্মকর্তা ছিলেন। এদিকে লাল মসজিদ অবরোধের বিষয়ে গণমাধ্যমের তীব্র সমালোচনার মুখে রাষ্ট্রপতি মুশাররফ দেশের বিচার বিভাগের সাথে সংঘর্ষে জড়িয়ে পড়েন। কারণ বিচার বিভাগ লাল মসজিদের তদন্ত কমিশন গঠন; অবরোধের শিকার ব্যক্তিদের শুনানি; নিখোঁজ ব্যক্তিদের সন্ধান, বিতর্কিত জাতীয় পুনর্মিলন অধ্যাদেশ ও বেসরকারীকরণের বিরুদ্ধে রায় প্রদান এবং ২০০৬ সালে আকবর বুগতির বিচারবহির্ভূত হত্যায় সমন জারির বিষয়ে মোশাররফ এবং তার প্রধানমন্ত্রী শওকত আজিজের জারি করা নির্দেশের বিরুদ্ধে স্বতঃপ্রণোদিত পদক্ষেপ নিতে শুরু করে। আপোষে পৌঁছাতে এবং বিচার বিভাগকে দমন করতে ব্যর্থ হয়ে মোশাররফ তাৎক্ষণিকভাবে প্রধান বিচারপতি ইফতিখার চৌধুরীসহ প্রায় ৭০ জন জ্যেষ্ঠ বিচারপতিকে বরখাস্ত করার ডিক্রি অনুমোদন করেন এবং ২০০৭ সালের ৯ নভেম্বর দেশে জরুরি অবস্থা ঘোষণা করেন। এটি দেশের সর্বোচ্চ আইন, যা দেশের সংবিধান কার্যত স্থগিত করে এবং এর ফলে রাষ্ট্রপতি পারভেজ মোশাররফের বিরুদ্ধে দেশব্যাপী বিশাল বিক্ষোভ এবং ক্ষোভের সূত্রপাত ঘটে।
যদিও তার এই পদক্ষেপ এবং এর ফলে সৃষ্ট প্রতিক্রিয়া মূলত ২০০৭ সালের ৬ই অক্টোবর রাষ্ট্রপতি নির্বাচনে মোশাররফের পুনর্নির্বাচন নিয়ে সৃষ্টি হওয়া বিতর্কের সঙ্গে সম্পর্কিত ছিল। তবে সরকার দাবি করেছিল যে, এটি ( জরুরি অবস্থা) ওয়াজিরিস্তানে বিদ্রোহীদের কার্যকলাপের প্রতিক্রিয়ায় নেওয়া একটি ব্যবস্থা মাত্র। 
২০০৭ সালের ২৭ ডিসেম্বর রাওয়ালপিন্ডিতে অনুষ্ঠিত পাকিস্তান পিপলস পার্টির (PPP) একটি রাজনৈতিক সমাবেশ থেকে বেরিয়ে আসার সময় পাকিস্তানের তৎকালীন বিরোধীদলীয় নেত্রী ও প্রাক্তন প্রধানমন্ত্রী বেনজির ভুট্টোকে হত্যা করা হয়। একজন আত্মঘাতী আততায়ী হামলাকারী বিস্ফোরক প্যালেট-বোঝাই একটি জ্যাকেটের বিস্ফোরণ ঘটিয়ে তাকে হত্যা করে এবং হামলার ঠিক আগে সে ভুট্টোর দিকে গুলিও চালায় বলে জানা গেছে। এতে প্রায় ২৪ জন নিহত এবং আরও অনেকে আহত হন। 
হামলার প্রাথমিক পর্যায়ে দেশের রাষ্ট্রপতি জেনারেল পারভেজ মুশাররফ ও দেশটির সামরিক বাহিনী এর জন্য আল-কায়েদাকে দোষারোপ করে বিবৃতি দেয়। কিন্তু পরের দিনই টিটিপির আমির বাইতুল্লাহ মেহসুদ গণমাধ্যমে একটি বিবৃতি পাঠিয়ে বলেন যে, টিটিপি ও আল-কায়েদার প্রাক্তন প্রধানমন্ত্রীকে হত্যার সাথে কোনও সম্পৃক্ততা নেই এবং তারা বিশ্বাস করেন যে, বেনজিরের ওপর হামলার জন্য মুশাররফই দায়ী। হত্যাকাণ্ডের পর সারা দেশে সহিংসতা ছড়িয়ে পড়ে। জাতীয় গণমাধ্যমগুলি সারা দেশে সহিংসতার খবর সম্প্রচার করে বর্ণনা করে যে, সহিংসতার ফলে দেশে ৫৮ জন নিহত ও শতাধিক আহত হয়েছে। নিহতদের মধ্যে চারজন পুলিশ কর্মকর্তাও ছিলেন। বেশিরভাগ সহিংসতা মুশাররফ ও তার রাজনৈতিক দল পাকিস্তান মুসলিম লীগের (কা) বিরুদ্ধে পরিচালিত হয়েছিল। সহিংসতা চলাকালীন বিরোধী দলগুলি; বিশেষ করে পাকিস্তান পিপলস পার্টি মুশাররফের দল পাকিস্তান মুসলিম লীগকে ""কাতিল লীগ" " ( আক্ষরিক অর্থে খুনিদের লীগ) নামে অভিহিত করে। বেনজির ভুট্টো এর আগে স্বদেশ প্রত্যাবর্তনের সময় তার উপর করা একটি হত্যা প্রচেষ্টা থেকে বেঁচে গিয়েছিলেন, যেখানে ১৩৯ জন নিহত এবং শত শত আহত হন। 
২০০৮ সালের জানুয়ারিতে বিদেশী জিহাদি যোদ্ধারা সারারোঘা দুর্গ দখল করে এবং সম্ভবত তারা লাদাহের একটি দুর্গও দখল করেছিল। এই দুইটি দুর্গই দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানে অবস্থিত এবং পাকিস্তান সেনাবাহিনীর দখলে ছিল। ২০০৮ সালের সাধারণ নির্বাচনের পর রাষ্ট্রপতি মুশাররফের নেতৃত্বে সেনাবাহিনীর যুদ্ধ ক্ষমতা হ্রাস পায় এবং গণমাধ্যমের অনেকেই জাতীয় রাজনীতিতে সেনাবাহিনীর ভূমিকা খতিয়ে দেখার বিষয়ে আহ্বান জানান। কারণ অনেক সামরিক ও রাজনৈতিক বিশ্লেষক অভিযোগ করেন যে, পাকিস্তান সেনাবাহিনী সর্বদা জাতীয় রাজনীতিতে হস্তক্ষেপ করে থাকে এবং জাতীয় সরকার গঠনে অনৈতিক প্রভাব বিস্তার করে। 
২০০৮ সালের ২৫ ফেব্রুয়ারি রাওয়ালপিন্ডির গ্যারিসন টাউনে একটি আত্মঘাতী বোমা হামলায় একজন শীর্ষ সামরিক চিকিৎসক ও মেডিকেল বিভাগের সার্জন-জেনারেল লেফটেন্যান্ট-জেনারেল মুশতাক বেগসহ দুই সৈন্য এবং পাঁচজন বেসামরিক ব্যক্তি নিহত হন। জেনারেল পারভেজ মুশাররফের একটি ব্যক্তিগত ও গোপন নিয়োগে জেনারেল বেগ এই অঞ্চলে যুদ্ধরত সেনাবাহিনীর একজন অপারেশনাল কমান্ডার ছিলেন এবং ১৯৭১ সালের যুদ্ধের পর থেকে একমাত্র তিনিই সর্বোচ্চ পর্যায়ের সামরিক কর্মকর্তা ছিলেন, যিনি ৭১ পরবর্তী কোনো যুদ্ধ বা বিদ্রোহী হামলায় নিহত হন। 
২০০৮ সালে জেনারেল পারভেজ মোশাররফকে তার পদ থেকে জরুরি অপসারণ করা হয় এবং জেনারেল আশফাক পারভেজ কায়ানি তার স্থলাভিষিক্ত হন। তিনি তখন নতুন সেনাপ্রধান (চিফ অফ আর্মি স্টাফ) হিসেবে দায়িত্ব গ্রহণ করেন। এরপর দেশব্যাপী সফল গণআন্দোলনের ফলে মুশাররফের ক্ষমতা দুর্বল হয়ে পড়ে এবং প্রধানমন্ত্রী ইউসুফ রাজা গিলানির নেতৃত্বে একটি সম্মিলিত অভিশংসন আন্দোলন শুরু হয়। এর ফলে ২০০৮ সালে মোশাররফ রাষ্ট্রপতির পদ থেকে পদত্যাগ করতে বাধ্য হন।
মুশাররফের পর পাকিস্তান পিপলস পার্টির (পিপিপি) নেতৃত্বাধীন নতুন সমাজতান্ত্রিক সরকার বেশ কিছু গুরুত্বপূর্ণ সামরিক সিদ্ধান্ত গ্রহণ করে। প্রধানমন্ত্রী ইউসুফ রাজা গিলানি প্রতিরক্ষা বাহিনীর শীর্ষ পর্যায়ে কয়েকটি নতুন নিয়োগ প্রদান করেন। এর মধ্যে অ্যাডমিরাল নোমান বশিরকে নৌবাহিনীর প্রধান (চিফ অফ নেভাল স্টাফ) এবং এয়ার চিফ মার্শাল রাও সুলেমানকে বিমান বাহিনীর প্রধান (চিফ অফ এয়ার স্টাফ) হিসেবে নিযুক্ত করা হয়। এসব গুরুত্বপূর্ণ নিয়োগ ২০০৮ সালের শেষ দিকে সম্পন্ন হয়।
আসন্ন ও নতুনভাবে নিযুক্ত চেয়ারম্যান জয়েন্ট চিফস জেনারেল তারিক মজিদ চলমান বিদ্রোহ দমন করার জন্য আনুষ্ঠানিকভাবে একটি সুসংগঠিত পরিকল্পনা ও কৌশল উপস্থাপন করেন। তিনি এই কৌশলকে ""ত্রি-সেবা কাঠামো" (থ্রি সার্ভিসেস ফ্রেমওয়ার্ক) নামে অভিহিত করেন। এর মাধ্যমে পাকিস্তান সেনাবাহিনী, নৌবাহিনী ও বিমানবাহিনীর মধ্যে ঘনিষ্ঠ সমন্বয় সাধন তৈরি করে বিদ্রোহ দমনের কার্যক্রম পরিচালিত হবে মর্মে তিনি জানান। তিনি আরো জোর দেন যে, এই তিন বাহিনীর যৌথ কার্যক্রমকে এমনভাবে সংহত করা হবে, যেন তারা ভবিষ্যতে আসন্ন যে কোনো চ্যালেঞ্জ বা প্রতিবন্ধকতা মোকাবিলা করতে পারে। তাঁর পরিকল্পনাটি তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী ইউসুফ গিলানির সামনে উপস্থাপন করা হলে, গিলানি এটি অনুমোদন করেন। এর ফলে নতুন যুদ্ধ পরিকল্পনা নির্ধারণ করা হয় এবং উত্তর-পশ্চিমাঞ্চলে সেনাবাহিনী, নৌবাহিনী ও বিমানবাহিনীর সমন্বয়ে গঠিত যৌথ বাহিনীকে নতুন কৌশল অনুযায়ী মোতায়েন করা হয়।
এদিকে তৎকালীন সেনাপ্রধান জেনারেল আশফাক পারভেজ কায়ানি সন্ত্রাসবাদের বিরুদ্ধে তার লড়াইকে চূড়ান্ত পরিণতিতে পৌঁছে দেওয়ার অঙ্গীকার করেন। সেই প্রকল্পে তিনি বিভিন্ন অঞ্চলে ধারাবাহিকভাবে সামরিক অভিযান পরিচালনার পরিকল্পনা করেন। এই অভিযানের শুরু হয় "অপারেশন শেরদিল" দিয়ে, যা বাজৌর এজেন্সি থেকে বিদ্রোহীদের বিতাড়নের জন্য পরিচালিত হয়।
জেনারেল পারভেজ কায়ানির নেতৃত্বাধীন পাকিস্তানি সামরিক বাহিনী মোট নয়টি বড় সামরিক অভিযান পরিচালনা করে, যার মাধ্যমে উত্তর-পশ্চিম সীমান্ত প্রদেশ এবং কেন্দ্র শাসিত উপজাতীয় এলাকাগুলির (ফাটা) প্রায় ৯০% এলাকা পুনরুদ্ধার করা হয়, যা পূর্বে টিটিপি ও বিভিন্ন জিহাদি গোষ্ঠীর দখলে ছিল।
জেনারেল কায়ানির অবসরের পর জেনারেল রাহিল শরীফ ও তার পর জেনারেল কামার জাভেদ বাজওয়া ২০১৬ সালের মধ্যে উত্তর ওয়াজিরিস্তান এবং খাইবার এজেন্সির বাকি অংশও পুনরুদ্ধার করেন। এই কারণে জেনারেল আশফাক পারভেজ কায়ানির মেয়াদকাল পাকিস্তানের সন্ত্রাসবিরোধী লড়াইয়ের এক গুরুত্বপূর্ণ অধ্যায় হিসেবে বিবেচিত হয়। কারণ তার যুগেই প্রথম পাকিস্তানি সামরিক কৌশল প্রতিরক্ষামূলক (defensive) থেকে আক্রমণাত্মক (offensive) অবস্থানে পরিবর্তিত হয়। 
পাকিস্তান সশস্ত্র বাহিনীর নেতৃত্ব কর্তৃক একটি সংক্ষিপ্ত ও গুরুত্বপূর্ণ পরিবর্তনের পর জানুয়ারি মাসে ১৪তম আর্মি ডিভিশন ‘জালজালা’ (শাব্দিক অর্থ: ভূমিকম্প) নামে একটি পূর্ণাঙ্গ সামরিক অভিযান পরিচালনা করে। তার এই অভিযানের মূল লক্ষ্য ছিল বায়তুল্লাহ মেহসুদের নেতৃত্বাধীন তেহরিকে তালেবান পাকিস্তান (টিটিপি) যোদ্ধাদের ওই এলাকা থেকে নির্মূল করা। এর আগে অঞ্চলটি দীর্ঘদিন ধরে বিদ্রোহীদের জন্য একটি নিরাপদ আশ্রয়স্থল হিসেবে ব্যবহৃত হচ্ছিল। টিটিপি যোদ্ধাদের অধিকাংশই স্থানীয় হওয়ার কারণে অনেক গ্রামবাসীই তাদের আশ্রয় ও সমর্থন দিত।
সামরিক বাহিনীর অভিযানটি কৌশলগতভাবে সফল হয়। কয়েক ডজন বিদ্রোহী নিহত হয় এবং মাত্র তিন দিনের মধ্যে পাকিস্তানি সেনাবাহিনী পুরো এলাকাটির নিয়ন্ত্রণ গ্রহণ করে। পরবর্তীতে সেনাবাহিনী আরও কয়েকটি গ্রাম ও ছোট ছোট শহর দখল করে, যা মূলত বায়তুল্লাহ মেহসুদের ওপর চাপ বাড়ানোর একটি কৌশলগত পদক্ষেপ ছিল।
তবে এই সামরিক অভিযানের ফলে বিশাল সংখ্যক স্থানীয় মানুষ বাস্তুচ্যুত হয়। বিশেষ করে এমানজাই উপজাতির লোকজন সবচেয়ে বেশি ক্ষতিগ্রস্ত হয়। ১৪তম আর্মি ডিভিশনের জেনারেল অফিসার কমান্ডিং (জিওসি) মেজর-জেনারেল তারিক খানের মতে, এই অভিযানে প্রায় ২ লাখ পুরুষ, নারী ও শিশু তাদের বাড়িঘর ছেড়ে পালাতে বাধ্য হয়েছে। খাইবার পাখতুনখোয়ার সাবেক প্রধান সচিব ও উপজাতীয় বিষয়ে বিশেষজ্ঞ খালিদ আজিজ এই বাস্তুচ্যুতিকে উপজাতীয় ইতিহাসের অন্যতম বৃহৎ বাস্তুচ্যুতি বলে উল্লেখ করেন।
এর আগে ২০০৮ সালের ৭ ফেব্রুয়ারী তেহরিকে-ই- তালেবান জেনারেল মুশাররফকে যুদ্ধবিরতি ও শান্তি আলোচনার প্রস্তাব দেয়, যার ফলে সহিংসতা স্থগিত হয়। ২০০৮ সালের ২১ মে সরকার তেহরিক-ই-তালেবান পাকিস্তানের (টিটিপি) সাথে একটি শান্তি চুক্তি স্বাক্ষর করে। 
যুদ্ধ বিরতি চুক্তি সত্ত্বেও জুনের শেষের দিকে বিভিন্ন স্থানে বিক্ষিপ্তভাবে লড়াই চলতে থাকে এবং ২৪শে জুন বিদ্রোহীরা জান্ডোলা শহর দখল করার সাথে সাথে লড়াই আরও তীব্র হয়। সেই সময় টিটিপি প্রায় ২২ জন সরকারপন্থী উপজাতীয় যোদ্ধাকে ধরে নিয়ে যায় এবং গুপ্তচরবৃত্তির অভিযোগে মৃত্যুদণ্ড দেয়। ফলে ২০০৮ সালের ২৮ জুন পাকিস্তান সেনাবাহিনী খাইবারে মিলিশিয়া যোদ্ধাদের বিরুদ্ধে আরেকটি আক্রমণ শুরু করে, যার নাম ছিল "সিরাত-ই-মুস্তাকিম" (আক্ষরিক অর্থে "ন্যায়ের পথ" )। সেনাবাহিনী একটি গুরুত্বপূর্ণ শহরের নিয়ন্ত্রণ নেয় এবং একটি বিদ্রোহী গোষ্ঠীর আস্থানা ভেঙে দেয়। এই আক্রমণে সোয়াত উপত্যকায় এক জিহাদি নিহত এবং দুই সৈন্য নিহত হয়েছে বলে জানা গেছে। জুলাইয়ের প্রথম দিকে অভিযানটি বন্ধ করে দেওয়া হয়েছিল। ২০০৮ সালের ১৯ জুলাই টিটিপি ও সরকারপন্থী স্থানীয় জিহাদিদের একটি অংশের মধ্যে তীব্র সংঘর্ষ শুরু হয়। এই সংঘর্ষে সরকারপন্থী ১০-১৫ জন যোদ্ধা নিহত হয় এবং তাদের আরো ১২০ জনকে টিটিপি যোদ্ধারা বন্দী করে নিয়ে যায়। ধৃতদের মধ্যে দুজন কমান্ডারও ছিলেন, যাদের তালেবান "ইসলামী" আইনের অধীনে বিচার করেছিল এবং তারপর বিদ্রোহের অপরাধে তাদের মৃত্যুদণ্ড কার্যকর করেছিল।
২০০৮ সালের ২১শে জুলাই বেলুচিস্তান প্রদেশে সক্রিয় আরেকটি বিদ্রোহী এবং পাকিস্তান কর্তৃক মনোনীত জঙ্গি গোষ্ঠী বেলুচিস্তান মুক্তিবাহিনীর (বিএলএ) সাথে তীব্র লড়াইয়ে ৯ পাকিস্তানি সৈন্য এবং ৩২ জন জঙ্গি নিহত হয়। এতে ২ জন বেসামরিক লোকও নিহত হয়। লড়াই শেষে দুই ডজনেরও বেশি জঙ্গিকে আটক করা হয়েছিল এবং সেখানে একটি বিশাল অস্ত্রের ভাণ্ডার পাওয়া গিয়েছিল। ২০০৮ সালের ২৮ জুলাই থেকে ৪ আগস্টের মধ্যে উত্তর-পশ্চিম সোয়াত উপত্যকায় তীব্র লড়াই শুরু হয়, যার ফলে ৯৪ জন বিদ্রোহী, ২৮ জন বেসামরিক লোক এবং ২২ জন সৈন্য ও পুলিশ সদস্য নিহত। 
২০০৮ সালের ৬ আগস্ট সরকারি বাহিনী ও বিদেশী জিহাদিদের মাঝে বাজৌর জেলার লেসাম এলাকায় তীব্র স্থলযুদ্ধ শুরু হয়। লেসাম উত্তর-পশ্চিমাঞ্চলের প্রধান শহর পেশোয়ারে যাওয়ার কৌশলগতভাবে গুরুত্বপূর্ণ সড়কের উপর অবস্থিত। সেখানে শত শত বিদেশী যোদ্ধা এলাকায় ঢুকে পড়ে সশস্ত্র বাহিনীর উপর আক্রমণ শুরু করলে উভয়ের মাঝে লড়াই শুরু হয়। ২০০৮ সালের ১০ আগস্ট চার দিনের লড়াইয়ের পর সেনাবাহিনী এলাকা থেকে সরে যেতে বাধ্য হয়। এর ফলে ১০০ জন জিহাদি এবং ৯ জন সৈন্য নিহত হওয়ার বিষয়টি নিশ্চিত করা হয়েছে এবং আরও ৫৫ জন সৈন্য নিখোঁজ ছিল জানানো হয়। নিখোঁজদের মধ্যে কমপক্ষে তিন ডজন সৈন্যকে জঙ্গিরা ধরে নিয়ে গিয়েছিল। খাইবার পাখতুনখোয়া প্রদেশের বুনের এলাকার বাজৌরে যখন লড়াই চলছিল, তখন জঙ্গিরা একটি চেকপোস্টে আক্রমণ করে কমপক্ষে নয়জন পুলিশ সদস্যকে হত্যা করে। এরপর চেকপয়েন্টটি পরিত্যক্ত ঘোষণা করা হয় এবং সেনাবাহিনী বাজৌর এজেন্সির প্রধান শহর খার থেকে সেনা প্রত্যাহার করে নেয়। একটি খবরে বলা হয়েছে যে, খার শহরটি তখন উপজাতীয় বিদ্রোহী যোদ্ধারা অবরুদ্ধ করে রেখেছিল। 
২০০৮ সালের ২১ আগস্ট বাজৌরে চলমান সামরিক আক্রমণের প্রতিক্রিয়ায় দুইজন আত্মঘাতী বোমারু ওয়াহের পাকিস্তান অস্ত্রাগারের গবেষণাগারে হামলা চালায়। তখন শ্রমিকরা পালা পরিবর্তন করছিল এবং এই হামলায় কমপক্ষে ৭০ জন নিহত হন। 
বাজৌর জেলা থেকে সেনাবাহিনী প্রত্যাহারের সাথে সাথে পাকিস্তানি উপজাতীয় নেতারা ২০০৮ সালের সেপ্টেম্বরে প্রাদেশিক সরকারের সহায়তায় টিটিপির বিরুদ্ধে লড়াই করার জন্য প্রায় ৩০,০০০ উপজাতি যোদ্ধার সমন্বয়ে একটি ব্যক্তিগত মিলিশিয়া বাহিনী সংগঠিত করতে শুরু করেন। লস্কর (আক্ষরিক অর্থে "ব্রিগেড") নামে পরিচিত এই স্থানীয় বেসরকারি আধা-সামরিক কোম্পানিতে কেবল পাকিস্তানি উপজাতিরা অন্তর্ভুক্ত ছিল। শুরুতে তারা বাজৌরের স্থানীয় জঙ্গি কমান্ডারদের বাড়িঘর পুড়িয়ে দিতে শুরু করেছিল এবং তাদের বহিষ্কার না করা পর্যন্ত তাদের সাথে লড়াই করার শপথ নিয়েছিল। এই অভিযানের সময় "লস্কর" স্থানীয় বিদ্রোহী কমান্ডার নেয়ামতুল্লাহর বাড়ি পুড়িয়ে দেয়, যিনি বেশ কয়েকটি সরকারি স্কুল দখল করে সেগুলোকে মাদ্রাসায় রূপান্তরিত করেছিলেন বলে অভিযোগ করা হয়েছিল। মালিক মুনসিব খান নামে একজন উপজাতীয় প্রবীণ গণমাধ্যমে উদ্ধৃত করেন, যে বিদেশী যোদ্ধাদের এলাকা থেকে বিতাড়িত না করা পর্যন্ত উপজাতিরা তাদের সংগ্রাম চালিয়ে যাবে। তিনি আরও যোগ করেন যে, জঙ্গিদের আশ্রয় দেয় এমন কাউকে পাওয়া গেলে তাকে দশ লক্ষ টাকা জরিমানা করা হবে এবং এর সাথে তাদের বাড়িঘরও পুড়িয়ে দেওয়া হবে। উপজাতি যোদ্ধারা স্থানীয় জঙ্গি কার্যকলাপের দুটি গুরুত্বপূর্ণ কেন্দ্র পুড়িয়ে দেয় এবং প্রায় গোটা উপজাতীয় এলাকার নিয়ন্ত্রণ দখল করে।
তাদের এই কার্যকলাপের অন্যতম প্রধান প্রেরণা ছিল ফাটায় সংঘটিত অভিযান, যার ফলে প্রায় ৩০০,০০০ মানুষ বাস্তুচ্যুত হয়েছিল এবং জিহাদি ও সেনাবাহিনীর মধ্যে সংঘর্ষে ডজন ডজন নাগরিক নিহত হয়েছিল। বিদেশী যোদ্ধাদের বিরুদ্ধে অভিযান শুরু হওয়ার পর থেকে, প্রায় ১,৫০,০০০ উপজাতি মিলিশিয়াদের পক্ষে দাঁড়িয়েছিল। 
মার্কিন সামরিক প্রস্তাবে আল-কায়েদার বিরুদ্ধে যুদ্ধে পাকিস্তানের সীমান্তবর্তী অঞ্চলে উপজাতীয় নেতাদের অন্তর্ভুক্ত করার বিষয়ে তীব্র প্রচেষ্টা করার কথা বলা হয়েছিল। এই প্রস্তাবটি ইরাকে আমেরিকান বাহিনীর অনুরূপ প্রচেষ্টার আদলে তৈরি করা হয়েছিল, সেখানে এটি বিদেশী বিদ্রোহীদের বিরুদ্ধে লড়াইয়ে একটি দুর্দান্ত সাফল্য হিসাবে প্রশংসিত হয়েছিল। কিন্তু এতে একটি প্রশ্ন উত্থাপিত হয় যে, পাকিস্তানে উল্লেখযোগ্য মার্কিন সামরিক উপস্থিতি ছাড়া কি এই ধরনের কোন অংশীদারিত্ব গড়ে তোলা সম্ভব? আমেরিকান সামরিক বাহিনী যথেষ্ট সন্দেহ প্রকাশ করে যে, এতে উপজাতি নেতাদের পর্যাপ্ত সমর্থন পাওয়া যাবে কিনা। এর আগে মার্কিন সামরিক বাহিনীর মাত্র কয়েকজন উচ্চপদস্থ কর্মকর্তা উপজাতীয় এলাকাগুলিতে পাকিস্তান সশস্ত্র বাহিনীর উপদেষ্টা হিসেবে কাজ করেছেন; পরিকল্পনা পরামর্শ দিয়েছেন এবং আমেরিকান গোয়েন্দা তথ্য সংহত করতে সহায়তা করেছেন। তবে তাদের এই নতুন পদ্ধতির অধীনে সেখানে তাদের উপদেষ্টা সংখ্যা বাড়াতে হয়েছিল।
মার্কিন সরকার জানায় যে, এসব নিরাপত্তা সহায়তার পাশাপাশি ইউএসএআইডি ( USAID) উপজাতীয় এলাকার মোট সাতটি জেলার জন্য একটি সহায়তা প্যাকেজ প্রদান করেছে, যার মোট মূল্য পাঁচ বছরে ৭৫০ মিলিয়ন ডলার। এই সহায়তা শিক্ষা, স্বাস্থ্য এবং অন্যান্য খাতের উন্নয়নে ব্যয় করা হবে। এছাড়া মার্কিন সরকারি আন্তর্জাতিক মাদক ও আইন প্রয়োগ বিষয়ক ব্যুরো (BINLEA) পাকিস্তানের সীমান্তরক্ষী বাহিনীকে মাদকবিরোধী কার্যক্রমের জন্য অর্থায়নেও সহায়তা করছে। 
২০০৮ সালে আল-কায়েদা ইসলামাবাদে নিজেদের সবচেয়ে বড় সন্ত্রাসী হামলা চালায়। সেদিন ম্যারিয়ট হোটেলকে লক্ষ করে বিস্ফোরক ভর্তি একটি ট্রাক দিয়ে বোমা হামলা চালানো হয়। আক্রমণটি চলমান যুদ্ধের একটি গুরুত্বপূর্ণ মুহূর্ত ছিল। এতে ৫৪ জন নিহত এবং প্রায় ২৬৬ জন আহত হন। সাক্ষ্য অনুসারে এই হামলায় বেশ কয়েকজন মার্কিন মেরিন ও মার্কিন নৌবাহিনীর সদস্যও নিহত হয়েছিল। অনেকেই বিশ্বাস করেছিলেন যে, মার্কিনরা মূলত এই হামলার লক্ষ্যবস্তু ছিল। ২০০৮ সালের ২৩শে সেপ্টেম্বরের আক্রমণের প্রতিক্রিয়ায় পাকিস্তান বিমান বাহিনী আকাশপথে বিমান থেকে বোমা হামলা অভিযান শুরু করে। এতে চূড়ান্ত সাফল্যও পাওয়া গেছে বলে সংবাদ প্রকাশিত হয়। একটি সামরিক প্রতিবেদনে ইঙ্গিত দেওয়া হয়েছে যে, হামলায় উত্তর-পশ্চিম পাকিস্তানে প্রায় ৬০ জনের বেশি বিদ্রোহী নিহত হয়েছে। সরকারি কর্মকর্তাদের মতে, এর নিকটবর্তী বাজুর উপজাতীয় অঞ্চলে বিমান বাহিনীর হামলায় কমপক্ষে ১০ জন জিহাদি নিহত হয়েছে। বাজুর অভিযান মার্কিন কর্মকর্তাদের কাছ থেকে প্রশংসা কুড়িয়েছিল। সেনাবাহিনী জানায় যে, অভিযানে ৭০০ জনের বেশি সন্দেহভাজন জিহাদি নিহত হয়েছে। যদিও তাদের মধ্যে অনেক বেসামরিক নাগরিক ছিল বলে অভিযোগ করা হয়েছিল। 
টেলিভিশনে দেওয়া একটি জরুরি ভাষণে তৎকালীন রাষ্ট্রপতি জারদারি ও প্রধানমন্ত্রী ইউসুফ রাজা গিলানি ম্যারিয়ট হোটেলে বোমা হামলার প্রতিশোধ নেওয়ার প্রকাশ্যে প্রতিজ্ঞা করেছিলেন। ২০০৮ সালের ২৬শে সেপ্টেম্বর পাকিস্তান বিমান বাহিনী এবং সেনাবাহিনী কেন্দ্র শাসিত উপজাতীয় এলাকার বাজৌর এবং তাং খাতা অঞ্চলে "অপারেশন শেরদিল" নামে একটি বড় যৌথ আক্রমণ সফলভাবে পরিচালনা এবং সম্পন্ন করে। আফগান সীমান্তে সংঘর্ষের ঘটনায় রাষ্ট্রপতি আসিফ আলী জারদারি মার্কিন বাহিনীর ব্যাপারে তীব্র সমালোচনার একদিন পরেই এই যৌথ এক বিশাল অভিযানে ১,০০০ জনেরও বেশি জিহাদি নিহত হয়।
বর্তমানে সীমান্তরক্ষী বাহিনীর ইন্সপেক্টর জেনারেল, মেজর-জেনারেল তারিক খান সাংবাদিকদের কাছে উল্লেখ করেছেন যে, বাজৌর অভিযানের শুরুর পর থেকে শত শত বিদেশী যোদ্ধাসহ প্রায় ২,০০০ যোদ্ধা সেনাবাহিনী ও সশস্ত্র বাহিনীর সাথে লড়াই করছিল। সামগ্রিকভাবে নিহতের সংখ্যা ছিল প্রায় ১,০০০ জন; যাদের অধিকাংশই জিহাদি গোষ্ঠীগুলির সদস্য ছিল। অভিযানে ২৭ জন পাকিস্তানি সৈন্য নিহত হয়েছিল এবং আরো ১১১ জন সৈন্য গুরুতর আহত হয়েছিল। 
বাজৌরে এক মাসব্যাপী চলমান এই ব্যাপক বিমান হামলা অভিযানে নিহতদের মধ্যে মোট পাঁচজন শীর্ষ তালিকাভুক্ত আল-কায়েদা কর্মী ও মধ্য এশীয় জিহাদি কমান্ডারও ছিলেন। পাকিস্তান বিমান বাহিনীর একটি প্রতিবেদন অনুসারে, নিহত পাঁচ জিহাদি কমান্ডারের মধ্যে চারজন বিদেশী বলে মনে হয়েছিল: আবু সাঈদ আল-মাসরি নামে একজন মিশরীয়; আবু সুলেমান নামে একজন আরব; মোল্লা মনসুর নামে একজন উজবেক যোদ্ধা ও মানারাস নামে একজন আফগান কমান্ডার ছিলেন। পঞ্চমজন ছিলেন আবদুল্লাহ নামে একজন পাকিস্তানি কমান্ডার, যিনি বয়স্ক কট্টরপন্থী নেতা মৌলভী ফকির মুহাম্মদের ছেলে ছিলেন। ফকির মুহাম্মদ বাজৌরে অবস্থান করতেন এবং তিনি আল-কায়েদার দ্বিতীয় সর্বোচ্চ নেতা আয়মান জাওয়াহিরির সাথে ঘনিষ্ঠ সম্পর্ক রাখতেন। তার সূত্র ধরে আব্দুল্লাহ বিদ্রোহী গোষ্ঠী টিটিপিতে যোগদান করে। 
২২ থেকে ২৪ অক্টোবরের মধ্যে সশস্ত্র বাহিনী অশান্ত বাজৌর এবং খাইবার উপজাতীয় অঞ্চলে জঙ্গিদের বিরুদ্ধে আবারও কঠোর অভিযান চালায়। পাকিস্তান বিমান বাহিনী তাদের নির্ভুল বোমা হামলা চালানোর আগ পর্যন্ত সেনাবাহিনী এই অঞ্চলে প্রবেশ করেনি। বাজৌর এজেন্সির নওয়াগাই ও মামন্ড উপ-জেলায় বিমান বাহিনী কর্তৃক অতি-উচ্চতায় বিমান হামলা চালানো হয়েছিল। অগ্রসরমান সৈন্যরা চারমাং, চিনার ও জোরবন্দরে জিহাদিদের বেশ কয়েকটি কেন্দ্র ধ্বংস করে এবং তাদের ব্যাপক ক্ষয়ক্ষতি করতে সক্ষম হয়। এছাড়া সেনাবাহিনীর গানশিপ হেলিকপ্টার বাজৌর এজেন্সির নয়াগাই ও মামুন্ড তহসিলের চার্মিং, চিনার, কোহিয়ান্দ বাবার্হা এলাকায় ব্যাপক গোলাবর্ষণ করে জিহাদিদের বিভিন্ন ভূগর্ভস্থ আস্তানা এবং বাঙ্কার ধ্বংস করে দেয়। সশস্ত্র বাহিনী জঙ্গি সদর দপ্তর লোইসামের বিভিন্ন এলাকাও নিয়ন্ত্রণে নেয় এবং সম্পূর্ণ নিয়ন্ত্রণের জন্য অন্যান্য এলাকার দিকে অগ্রসর হয়। 
২০০৮ সালের আগস্টের শেষে মার্কিন বিমান বাহিনী কেন্দ্র শাসিত উপজাতীয় এলাকায় তাদের নির্বিচার বিমান আক্রমণ জোরদার করে। ২০০৮ সালের ৩ সেপ্টেম্বর মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের সেনাবাহিনীর কয়েকটি বিশেষ দল বিদ্রোহী অধ্যুষিত দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানের আফগান সীমান্তের কাছে একটি গ্রামে কমান্ডো আক্রমণ চালায়। ২০০৮ সালের ৮ সেপ্টেম্বর উত্তর ওয়াজিরিস্তানে চালকবিহীন ড্রোন থেকে অতিরিক্ত বিমান হামলা পরিচালনার সমাপ্তি ঘোষণা করা হয়। সেদিন মার্কিন বিমান বাহিনীর একটি ড্রোন বিমান উত্তর ওয়াজিরিস্তানে আগত জিহাদিদের অতিথিশালা লক্ষ্য করে বেশ কয়েকটি ক্ষেপণাস্ত্র নিক্ষেপ করে। এতে তাদের প্রায় ২৩ জন নিহত হয়; তবে অভিযানের লক্ষ্যবস্তু জালালউদ্দিন হাক্কানি তাদের মধ্যে ছিলেন না। পরবর্তীতে অভিযোগ করা হয় যে, এটি একটি বিবাহের অনুষ্ঠান ছিল, যেখানে অনেক বেসামরিক লোক উপস্থিত ছিলেন। 
২০০৮ সালের ২৫ সেপ্টেম্বর পাকিস্তান সেনাবাহিনী ও মার্কিন সেনাবাহিনী ডুরান্ড লাইনে তীব্র সীমান্ত যুদ্ধে জড়িয়ে পড়ে। পাকিস্তানি সেনাদের গুলিতে দুইটি মার্কিন সামরিক হেলিকপ্টার বিধ্বস্ত হওয়ার পর এই ঘটনা ঘটে। একজন মার্কিন সামরিক মুখপাত্র জোর দিয়ে বলেন যে, তারা প্রায় আফগানিস্তানের ভেতরে ছিলেন; তবুও তাদের ওপর আক্রমণ করা হয়েছিল। জাতিসংঘে ভাষণ দেওয়ার সময় রাষ্ট্রপতি আসিফ জারদারি দৃঢ়ভাবে বলেন যে, পাকিস্তান কখনো তার সার্বভৌমত্বের লঙ্ঘন সহ্য করবে না; এমনকি এটি যদি তার মিত্ররাও করে। রাষ্ট্রপতি জারদারি জাতিসংঘে আরো বলেন, যেমন আমরা পাকিস্তানের ভূখণ্ডকে সন্ত্রাসীদের আমাদের জনগণ ও প্রতিবেশীদের বিরুদ্ধে আক্রমণের জন্য ব্যবহার করতে দেব না, ঠিক তেমনি আমরা আমাদের ভূখণ্ড এবং আমাদের সার্বভৌমত্বকে আমাদের বন্ধুদের দ্বারাও লঙ্ঘিত হতে দিতে পারি না। বক্তব্যে তিনি বিশেষভাবে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র বা সীমান্ত উত্তেজনার উল্লেখ না করেই এসব বলেন। 
২০০৮ সালের ১০ অক্টোবর বাজৌরের চারমাং এলাকায় টিটিপি যোদ্ধারা পূর্বে অপহৃত চারজন সরকারপন্থী উপজাতীয় নেতার শিরশ্ছেদ করে। 
২০০৮ সালের ১১ অক্টোবর একজন আত্মঘাতী বোমা হামলাকারী উপজাতীয় প্রবীণদের নিয়ে অনুষ্ঠিত একটি বিদ্রোহ-বিরোধী সমাবেশে হামলা চালায়। সেই সমাবেশে তারা বিদ্রোহীদের বিপক্ষে একটি লস্কর (উপজাতীয় মিলিশিয়া) গঠনের সিদ্ধান্ত নিয়েছিল। হামলায় কমপক্ষে ১১০ জনের মত তালেবান-বিরোধী উপজাতি নিহত এবং আরও ১২৫ জন আহত হয়। আত্মঘাতী বোমা হামলাকারী তার গাড়িটি সমাবেশের ভেতরে নিয়ে যায় এবং নিজেকে উড়িয়ে দেয়। আদিবাসী পরিষদের উপর আক্রমণটি ওরাকজাইতে ঘটেছিল, যা সাধারণত দেশের বিশৃঙ্খল উপজাতীয় এলাকাগুলির মধ্যে অপেক্ষাকৃত একটি শান্ত অঞ্চল ছিল। 
২০০৮ সালের ১৯ অক্টোবর ২০০৮ সংবাদমাধ্যমগুলি এই মর্মে খবর প্রচার শুরু করেছিল যে, সেনাবাহিনীর একজন লেফটেনেন্টের নেতৃত্বে পাকিস্তান সেনাবাহিনী আফগানিস্তানে অবস্থানকারী ন্যাটো বাহিনীর সাথে যোগাযোগের পথ খোলা রাখার জন্য বিদ্রোহী গোষ্ঠী ও বিদেশী জিহাদিদের সাথে তীব্র যুদ্ধে লিপ্ত হয়েছে। এই অভিযানের আগে বেশ কয়েক মাস ধরে বিদেশী জিহাদিরা হয়তো আক্রমণ করার চেষ্টা করছিল অথবা সরবরাহ পথগুলি বন্ধ করে দেওয়ার চেষ্টা করছিল। সেনাবাহিনীর যুদ্ধের প্রতিবেদন থেকে জানা যায় যে, স্থানীয় তালেবান কমান্ডার মুহাম্মদ তারিক আল-ফ্রিদি পাকিস্তানের কোহাট টানেল (১.৫ কিমি/১ মাইল দীর্ঘ) সংলগ্ন এলাকায় নিজের নিয়ন্ত্রণ প্রতিষ্ঠা করেছিল। গোয়েন্দা রিপোর্ট অনুযায়ী, আল-ফ্রিদি একাধিক আত্মঘাতী হামলা ও সামরিক কনভয়ের ওপর রকেট হামলার পরিকল্পনার মূল হোতা ছিল।
তেহরিকের তালেবান পাকিস্তানের (টিটিপি) মুখপাত্র মৌলভি ওমর ঘোষণা দেন যে, পাকিস্তান সেনাবাহিনী যদি চলমান তীব্র লড়াই বন্ধ করে, তাহলে তার বিদেশী যোদ্ধারা তাদের অস্ত্র সমর্পণ করবে। সেনাবাহিনী তার প্রস্তাব প্রত্যাখ্যান করে যুদ্ধ চালিয়ে যাওয়ার সিদ্ধান্ত নেয়। এরপর টিটিপি অস্ত্র ও গোলাবারুদ বহনকারী পাঁচটি ট্রাক আটক করার পর সুড়ঙ্গ পথগুলি সুরক্ষিত ও শঙ্কামুক্ত করার জন্য সেনাবাহিনীর পরিচালনায় একটি কৌশলগত সামরিক অভিযান শুরু করা হয়। সেনাবাহিনীর সাথে তীব্র লড়াইয়ের পর তারা এক সপ্তাহ ধরে সুড়ঙ্গটি ধরে রেখেছিল। এরপর বিদ্রোহীরা টানেল থেকে বিতাড়িত হয়ে পার্শ্ববর্তী এলাকায় গিয়ে আশ্রয়গ্রহণ করে। তবে এরপরও তারিক আল-ফ্রিদির বাহিনী বারবার সেনা কনভয়ের ওপর হামলা চালায়। তখন সেনাবাহিনী একটি বড় অভিযান শুরুর ঘোষণা দেয়। কারণ ছয় সপ্তাহ আগে টানেলের কাছে অবস্থিত সেনাঘাঁটিতে একটি আত্মঘাতী বোমা হামলা হয়েছিল। এই ব্যাপক অনুসন্ধানমূলক অভিযানে তারিক আল-ফ্রিদি ও তার অনুসারী শত শত যোদ্ধা পালানোর চেষ্টা করলে প্রায় সবাই বিমান হামলায় নিহত হন। হামলার শেষ মুহূর্তে এক বিদ্রেহী আত্মঘাতী বোমাবাহী একটি পিকআক ট্রাক একটি সেনা চেকপয়েন্টে বিস্ফোরণ ঘটাতে সক্ষম। এতে পাঁচজন বেসামরিক নিহত হয় ও ৪৫ জন আহত হয়, যার মধ্যে ৩৫ জন সেনা ছিল। 
২০০৮ সালের ১১ নভেম্বর জিহাদিদের আরেকটি দল খাইবার গিরিপথে দুটি গাড়ি বহরে আক্রমণ করে এবং আফগানিস্তানের দিকে যাচ্ছিল এমন ১৩টি ট্রাক জব্দ করে। একটি বহর জাতিসংঘের বিশ্ব খাদ্য কর্মসূচির ছিল এবং তা গম বহন করছিল। দ্বিতীয়টি ন্যাটো সৈন্যদের বহর ছিল। আটককৃত ট্রাকগুলির মধ্যে একটিতে দুটি মার্কিন সামরিক হামভি ছিল, যা পরে সেনাবাহিনী কর্তৃক জব্দ করা হয়েছিল। 
২০০৮ সালের ৮ ডিসেম্বর জিহাদিরা আফগানিস্তানে মার্কিন নেতৃত্বাধীন সেনাদের জন্য নির্ধারিত প্রায় ১৬০ টিরও বেশি যানবাহন পুড়িয়ে দেয়। সেদিন রাত প্রায় আড়াইটা বাজে তারা উত্তরাঞ্চলীয় শহর পেশোয়ারের বন্দরমুখী লজিস্টিক টার্মিনালে (পিটিএল) রকেট চালিত গ্রেনেড দিয়ে হামলা করে এর গেটটি ধ্বংস করে এবং একজন প্রহরীকে গুলি করে হত্যা করে। এরপর তারা প্রায় ১০০টি গাড়িতে আগুন ধরিয়ে দেয়, যার মধ্যে ৭০টি হামভিও ছিল। পরবর্তীতে জাহাজের নথিতে দেখা গেছে যে, এসব বাহন মার্কিন নেতৃত্বাধীন জোট বাহিনী ও আফগান জাতীয় সেনাবাহিনীর কাছে পাঠানো হচ্ছিল। একই সময়ে বিদ্রোহীরা নিকটবর্তী ফয়সাল গুদামে আরও প্রায় ৬০টি গাড়ি পুড়িয়ে দেয়। এটি পেশোয়ারের রিং রোডে অবস্থিত ছিল; খাইবার গিরিপথের দিকে যাওয়ার আগে বহরগুলি সাধারণত সেখানে থামে। এ দুটি গুদাম আফগানিস্তানে মার্কিন এবং তার মিত্র ন্যাটো সেনাদের রসদ পাঠানোর জন্য গুরুত্বপূর্ণ কেন্দ্র ছিল। এরপর ২০০৯ সালের ৩ ফেব্রুয়ারি জিহাদি গোষ্ঠীটি আবার খাইবার গিরিপথে একটি সেতু উড়িয়ে দেয়, যার ফলে আফগানিস্তানে পশ্চিমা সৈন্যদের জন্য একটি প্রধান সরবরাহ লাইন সাময়িকভাবে বিচ্ছিন্ন হয়ে যায়। ন্যাটো ঘোষণা দেয় যে, তারা সাময়িকভাবে এই রুটের মাধ্যমে সরবরাহ কার্যক্রম স্থগিত করেছে। এভাবে লাগাতার হামলার ফলে পাকিস্তানের নিরাপত্তা পরিস্থিতি চরম নড়বড়ে হয়ে পড়ে এবং আফগানিস্তানে ন্যাটো বাহিনীর সরবরাহ ব্যবস্থা ব্যাহত হয়।
২০০৮–০৯ সাল থেকে জয়েন্ট চিফস অব স্টাফ কমিটির চেয়ারম্যান জেনারেল তারিক মজিদ ও তার যৌথ সদর দফতরের (জিএস) সদস্যরা তালেবান বিদ্রোহীদের বিরুদ্ধে একটি যৌথ যুদ্ধ পরিচালনার জন্য একাধিক পরিকল্পনা ও সভা করছিলেন। এই সময়ে পাকিস্তান সরকার দেশে শরিয়া আইন চালু করা এবং সাময়িকভাবে সোয়াত উপত্যকায় সামরিক অভিযান স্থগিত রাখার সিদ্ধান্ত নেয়। এটি আফগান ভূখণ্ডে থাকা মার্কিন বাহিনীর কাছে উদ্বেগজনক মনে হয়। কারণ তারা মনে করে যে, এটি মার্কিন নেতৃত্বাধীন আইসাফ (ISAF) বাহিনীর বিরুদ্ধে লড়াইরত বিদ্রোহী যোদ্ধাদের আরও শক্তিশালী করে তুলবে।
মার্কিন সরকার এ আশঙ্কাও করেছিল যে, এই সিদ্ধান্ত পাকিস্তানের রাজধানী ইসলামাবাদ থেকে মাত্র ১৩০ কিলোমিটার (৮০ মাইল) দূরে অবস্থানরত বিদ্রোহীদের জন্য একটি নিরাপদ আশ্রয়স্থল তৈরি করবে; একই সঙ্গে এটি আফগানিস্তানের উত্তর-পশ্চিম সীমান্ত ও ভারতের উত্তর-পূর্ব সীমান্তের মধ্যে একটি করিডোর তৈরিতে সাহায্য করবে।
পাকিস্তানের সরকারি কর্মকর্তারা যুক্তি দেখান যে, এই চুক্তিটিই একটি তীব্র বিদ্রোহ দমন করা এবং সোয়াত উপত্যকায় বেসামরিক জনগণের ক্ষয়ক্ষতি এড়ানোর একমাত্র উপায় ছিল। একসময় পর্যটকদের জন্য আকর্ষণীয় এই অঞ্চলটি বিদ্রোহের ফলে অস্থিতিশীল হয়ে পড়েছিল। তখন খাইবার পাখতুনখোয়া প্রদেশের মুখ্যমন্ত্রী আমির হোতি ঘোষণা করেছিলেন যে, স্থানীয় কর্তৃপক্ষ মালাকান্দ বিভাগে (যার মধ্যে সোয়াত জেলা অন্তর্ভুক্ত) জন্য ইসলামী আইন কার্যকর করবে। সরকারি কর্মকর্তারা বলেছিলেন যে, রাষ্ট্রপতি আসিফ জারদারি এই চুক্তিতে স্বাক্ষর করবেন। তবে চুক্তিটি তখনই কার্যকর হবে, যখন সেই অঞ্চলে শান্তি ফিরে আসবে। তবে তালেবানরা চুক্তির শর্ত লঙ্ঘন করলে রাষ্ট্রপতি জারদারি এটি আর অনুমোদন করেননি।
চুক্তিটি তালেবানদের ঘোষিত দশ দিনের যুদ্ধবিরতির পরে আলোচিত হয়েছিল, যা তারা শান্তি প্রক্রিয়াকে সমর্থন করার জন্য ঘোষণা করেছিল। পাকিস্তানি কর্মকর্তারা দাবি করেন যে, এই নতুন আইন ইসলাম ধর্মীয় পণ্ডিতদের বিচারক নিযুক্ত করার পরামর্শ দেয়, যাতে শরিয়া আইন অনুযায়ী বিচারকার্য পরিচালনা করা যায়। তবে এটি নারী শিক্ষা, সংগীত বা অন্যান্য কার্যকলাপ নিষিদ্ধ করার অনুমতি দেয় না, যা পূর্বে একসময় আফগান তালেবানরা নিষিদ্ধ করেছিল। 
বাজৌরে তালেবানদের পরাজয়
২০০৯ সালের ১ মার্চ পাকিস্তান সেনাবাহিনী অবশেষে বাজৌর এজেন্সিতে থাকা বিদেশি যোদ্ধাদের পরাজিত করে। আফগান সীমান্তবর্তী অঞ্চলটি কৌশলগতভাবে গুরুত্বপূর্ণ ছিল। ৪০তম সেনা ডিভিশনের কমান্ডার মেজর জেনারেল তারিক খান জানান যে, ছয় মাসের সামরিক অভিযানের পর পাকিস্তান সেনাবাহিনী এবং সীমান্তরক্ষী বাহিনী সম্মিলিতভাবে বাজৌরে অবস্থান করা অধিকাংশ বিদ্রোহীকে হত্যা করেছে। ছোট হলেও বাজৌর আফগানিস্তানে অনুপ্রবেশের প্রধান পথ ছিল। এই লড়াইয়ে পাকিস্তান সেনাবাহিনী প্রায় ১,৫০০ জন বিদ্রোহীকে হত্যা করে। তবে তারা নিজেরাও ৯৭ জন সৈন্য হারায় এবং তাদের ৪০৪ জন গুরুতর আহত হয়। 
মুনাওয়ান পুলিশ একাডেমিতে হামলা
২০০৯ সালের ৩০ মার্চ প্রতিশোধ হিসেবে বিদ্রোহীরা মুনাওয়ান শহরের পুলিশ একাডেমিতে হামলা চালায় এবং পুলিশ প্রশিক্ষণার্থীদের হত্যা এবং জিম্মি করে। পরে পাঞ্জাব পুলিশের এলিট ইউনিট আট ঘণ্টার অভিযানের মাধ্যমে একাডেমি পুনরুদ্ধার করে। এই হামলায় মোট ১৮ জন নিহত হয়, যার মধ্যে ৮ জন পুলিশ সদস্য, ৮ জন বিদ্রোহী এবং ২ জন বেসামরিক নাগরিক ছিল। হামলায় প্রায় ৯৫ জন পুলিশ আহত হয় এবং এলিট পুলিশ ৪ জন বন্দুকধারীকে আটক করতে সক্ষম হয়।
ইসলামাবাদ ও অন্যান্য স্থানে আত্মঘাতী হামলা
২০০৯ সলাের ৪ এপ্রিল, এক আত্মঘাতী হামলাকারী ইসলামাবাদে একটি সামরিক ক্যাম্পে হামলা চালিয়ে ৮ জন সৈন্যকে হত্যা করে। এর ২৪ ঘণ্টার মধ্যে আরও দুটি আত্মঘাতী বোমা হামলা হয়। এর প্রথম হামলাটি আফগানিস্তানের সীমান্তবর্তী একটি বাজারে ঘটে, যেখানে ১৭ জন নিহত হয়। দ্বিতীয় হামলাটি পাঞ্জাব প্রদেশের চকওয়াল এলাকার একটি মসজিদে হয়, যেখানে ২৬ জন বেসামরিক নাগরিক নিহত হয়।
পরের দিন তেহরিকে তালেবান পাকিস্তানের (টিটিপি) নেতা বায়তুল্লাহ মেহসুদ ঘোষণা করেন যে, পাকিস্তানি সেনারা সীমান্তবর্তী অঞ্চল থেকে সরে না গেলে এবং মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র মনুষ্যবিহীন ড্রোনের মাধ্যমে ক্ষেপণাস্ত্র হামলা বন্ধ না করলে তারা প্রতি সপ্তাহে কমপক্ষে দুটি আত্মঘাতী হামলা চালাবে।
২০০৯ সালের মার্চ মাসে অনেক পাকিস্তানি ভীত হয়ে পড়েন, যখন সংবাদ মাধ্যমগুলিতে একটি ভিডিও টেপ প্রচারিত হয়, যেখানে দেখানো হয়, শরিয়া আইন প্রয়োগকারীরা সোয়াতের মাত্র ১৭ বছর বয়সী এক কিশোরীকে পরকীয়ার অভিযোগে প্রকাশ্যে বেত্রাঘাত করছে। মেয়েটি ব্যভিচার বা যেনা করেনি। তাই তাকে শুধু বেত্রাঘাত করা হয়েছিল। তার বিরুদ্ধে অভিযোগ ছিল যে, সে তার ভাইয়ের পছন্দের কাউকে বিয়ে করার দাবি প্রত্যাখ্যান করেছিল। তাই তার নিজের ভাই তার ওপর পরকীয়ার অভিযোগ এনে বিচার দাবি করে। বেত্রাঘাতের বিরুদ্ধে প্রতিবাদ জানাতে সারা দেশে টিটিপির বিরুদ্ধে বিক্ষোভ শুরু হয়। পাকিস্তান মুসলিম লীগের রক্ষণশীল চিন্তাবিদ রাজা জাফর উল হক সংবাদ মাধ্যমে উপস্থিত হয়ে যুক্তি দিয়েছিলেন যে, শুধু বিয়ের প্রস্তাব প্রত্যাখ্যান করার জন্য বেত্রাঘাতের এই সংক্ষিপ্ত শাস্তি সম্পূর্ণরূপে "ইসলামবিরোধী" এবং "শরিয়তের" সাথে এর কোনও সম্পর্ক নেই। তিনি আরো বলেছিলেন যে, মুহাম্মদ সা. জোরপূর্বক বিবাহের প্রথা কঠোরভাবে নিষিদ্ধ করেছিলেন এবং এক্ষেত্রে মেয়েটি বিয়ের প্রস্তাব প্রত্যাখ্যান করে কোনও ভুল করেনি। ইসলামি আইনে নারীর অনুমতি ও সম্মতি ব্যতীত বিয়ে দেওয়া বৈধ নয়। 
পরবর্তীতে বিষয়টির সংবেদনশীলতা অনুধাবন করে পাকিস্তানের সুপ্রিম কোর্ট ভিডিওটির উৎপত্তি তদন্তের জন্য পাঁচ সদস্যের একটি দল নিযুক্ত করে এবং দলটি এই সিদ্ধান্তে উপনীত হয় যে, এটি একটি জাল ভিডিও ছিল, যা পাকিস্তানের গোয়েন্দা সংস্থাগুলির ব্যাপারে মানুষের মনে প্রশ্ন উদ্রেক করে। কারণ গোয়েন্দা সংস্থাদের কাছে এই ব্যাপারে যাচাইকৃত তথ্য থাকা প্রয়োজন ছিল। 
বুনেরে তালেবানের যোদ্ধারা নিজেদের অপরাধমূলক কর্মকাণ্ড অব্যাহত রেখেছে বলে অভিযোগ করা হয়। সেখানকার কিছু বাসিন্দা বলেন যে, টিটিপি যোদ্ধারা মাংসের জন্য তাদের গুরুসহ অন্যান্য গবাদি নিয়ে যায় এবং দাড়িবিহীন পুরুষদের শাস্তির আওতায় নিয়ে আসছে। স্থানীয় কিশোরদের তাদের দলে নিয়োগ করছে। টিটিপি সরকারি কর্মকর্তাদের যানবাহন নিয়ে যাওয়া শুরু করে এবং কোনো স্পষ্ট কারণ ছাড়াই কিছু স্থানীয় বেসরকারি সংস্থার অফিস ভাংচুর ও লুটপাট করে মর্মে খবর প্রকাশিত হয়। একটি ফুটবলে থাকা বোমার আঘাতে ১২ জন স্কুলছাত্র নিহত হয়। 
২০০৯ সালের ২৬শে এপ্রিল ঐক্যবদ্ধ পাকিস্তান সশস্ত্র বাহিনী কৌশলগত বিমান হামলা শুরু করে, যার কোড নাম ছিল "ব্ল্যাক থান্ডারস্টর্ম" এবং এর লক্ষ্য ছিল বুনের, লোয়ার দির, সোয়াত এবং শাংলা জেলাকে টিটিপির কাছ থেকে পুনরুদ্ধার করে সরকারে নিয়ন্ত্রণে নিয়ে আসা। সেনা, নৌ ও বিমান বাহিনীর সমন্বয়ে গঠিত এই যৌথ সামরিক অভিযানটি অত্যন্ত সুপরিকল্পিত এবং ভালভাবে প্রশিক্ষিত ছিল। শুরুতে নৌবাহিনী ও বিমান বাহিনীর যুদ্ধবিমানগুলি একযোগে আকাশ থেকে জিহাদি আস্তানাগুলি লক্ষ করে প্রচণ্ড বোমাবর্ষণ শুরু করে এবং তখন একই সময়ে স্থল সেনারা বিদ্রোহীদের ঘাঁটির দিকে অগ্রসর হতে থাকে।
নৌবাহিনী ও বিমান বাহিনীর যুদ্ধ বিমানের পাইলটরা উচ্চতায় একটানা প্রায় ২৪ ঘণ্টা বোমাবর্ষণের মিশন পরিচালনা করে, যাতে শত্রুপক্ষের বিমান-বিধ্বংসী বন্দুকের হামলা এড়ানো যায়। অভিযানের প্রথম পর্যায়ে, সেনাবাহিনী ও প্যারাট্রুপাররা এইচএএলও (High Altitude Low Opening) ও এইচএএইচও (High Altitude High Opening) কৌশল ব্যবহার করে প্যারাশুটের মাধ্যমে শত্রুর নিয়ন্ত্রিত পাহাড় ও কৌশলগতভাবে গুরুত্বপূর্ণ উচ্চভূমিগুলো দখল করে নেয়। এর ফলে তারা তালেবান-নিয়ন্ত্রিত শহরগুলির চারপাশে শক্ত অবস্থান তৈরি করতে সক্ষম হয়।
এই অভিযানের ফলে ২৮ এপ্রিলের মধ্যে লোয়ার দির জেলা এবং ২০০৯ সালের ৫ই মে মধ্যে বুনের জেলা মিলিশিয়া বাহিনী থেকে মূলত মুক্ত হয়ে যায়। একই দিনে সোয়াতের স্থলযুদ্ধ বিশেষভাবে তীব্র ছিল; কারণ টিটিপি তাদের বিদ্রোহী কৌশল ত্যাগ করে এবং স্থল বাহিনী বিদ্রোহ-বিরোধী কৌশল অর্জন করে। ২০০৯ সালের ১৪ মে সামরিক বাহিনী মিলিশিয়া-অধিষ্ঠিত রাজধানী সোয়াতের শহর মিঙ্গোরা থেকে মাত্র ছয় কিলোমিটার দক্ষিণে ছিল এবং তারা একটি রাস্তার লড়াইয়ের জন্য প্রস্তুত ছিল।
২০০৯ সালের ২৩ মে মিঙ্গোরা দখলের জন্য যুদ্ধ শুরু হয় এবং ২৭শে মে নাগাদ শহরের প্রায় ৭০% শত্রুমুক্ত করা হয়। ৩০শে মে পাকিস্তান সেনাবাহিনী টিটিপির কাছ থেকে মিঙ্গোরা শহর পুনরুদ্ধার করে এবং একে জিহাদিদের বিরুদ্ধে তাদের অভিযানের ফলে অর্জিত একটি উল্লেখযোগ্য বিজয় বলে অভিহিত করে। তবে, শহরের উপকণ্ঠে এখনও কিছু বিক্ষিপ্ত লড়াই অব্যাহত রয়েছে। 
সামরিক বাহিনীর তথ্য অনুযায়ী, অপারেশন "ব্ল্যাক থান্ডারস্টর্মের" সময় ১২৮ জন সৈন্য ও প্রায় ১,৪৭৫ জনেরও বেশি জিহাদি নিহত এবং ৩১৭ জন সৈন্য আহত হয়েছে। জিহাদিরা প্রায় ৯৫ জন সৈন্য ও পুলিশ সদস্যকে ধরে নিয়ে যায়; যাদের সকলকে পরবর্তীতে সেনাবাহিনী উদ্ধার করে। ১১৪ জন বিদেশী যোদ্ধাকে বন্দী করা হয়েছিল, যার মধ্যে কিছু স্থানীয় কমান্ডারও ছিল। নিহত জিহাদিদের মধ্যে কমপক্ষে ২৩ জন বিদেশী নাগরিক ছিলেন।
২০০৯ সালের জুনের মাঝামাঝি পর্যন্ত সোয়াত জুড়ে বিক্ষিপ্ত লড়াই অব্যাহত ছিল। ১৪ জুন অভিযান সমাপ্ত ঘোষণা করা হয় এবং সামরিক বাহিনী সে অঞ্চলটির নিয়ন্ত্রণ ফিরে পায়। তালেবান প্রতিরোধ খুবই সংক্ষিপ্ত আকারে জারি ছিল। তালেবানের কোনো কার্যকমের খবর পাওয়ার সাথে সাথে সেনাবাহিনী শক্ত অভিযান পরিচালনা শুরু করে দিত। এর ফলে সেখানে শরণার্থী সংকট দেখা দেয় এবং জাতিসংঘের হিসাব অনুযায়ী ২২ আগস্টের মধ্যে ২.৩ মিলিয়ন শশরণার্থীদের মধ্যে ১.৬ মিলিয়ন দেশে ফিরে এসেছে। 
সফল বিজয় ও সমগ্র সোয়াত উপত্যকা পুনরুদ্ধারের পর পাকিস্তানের সেনাবাহিনী ২০০৯ সালের ১৬ জুন দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানের দক্ষিণ ও পূর্ব সীমান্তে বিশাল সেনা মোতায়েনের কাজ শুরু করে। সেনাবাহিনী তখন যুদ্ধকে মেহসুদের পাহাড়ি দুর্গে নিয়ে যেতে চাইছিল এবং সোয়াত উপত্যকায় টিটিপি যোদ্ধাদের বিরুদ্ধে তাদের বর্তমান আক্রমণাত্মক অভিযান সম্প্রসারণের নির্দেশনা দিচ্ছিল। ২০০৯ সালের ১৭উ জুন খাইবার পাখতুনখোয়ার গভর্নর ওয়াইস গনি টিটিপির আমির বাইতুল্লাহ মেহসুদকে সকল মন্দের মূল হিসাবে নিন্দা করেন এবং উদ্ধৃত করেন যে, সরকার মেহসুদ এবং তার অধীনস্থ আনুমানিক ২০,০০০ লোককে নির্মূল করার উদ্দেশ্যে একটি "পূর্ণাঙ্গ" অভিযান শুরু করার জন্য সেনাবাহিনীকে আহ্বান জানিয়েছে।
মেহসুদের বিরুদ্ধে পাকিস্তান সরকারের আক্রমণ শুরু করার সিদ্ধান্ত জিহাদিদের বিরুদ্ধে পাকিস্তানের দৃঢ় সংকল্পকে আরও গভীর করার ইঙ্গিত দেয়। ২০০৪, ২০০৫ এবং ২০০৮ সালে পৃথকভাবে মোট তিন বার সেনাবাহিনী টিটিপি নেতাকে লক্ষ্যবস্তুতে পরিণত করেছিল; কিন্তু মেহসুদের সাথে শান্তি চুক্তি স্বাক্ষরের পর প্রতিবারই সে পালিয়ে যায়। সেবার সেনাবাহিনীও জনসমর্থন পেয়েছে। কারণ লাগাতার সশস্ত্র হামলার এক ঢেউ তালেবানের বিরুদ্ধে জনমনে তীব্র প্রতিক্রিয়া সৃষ্টি করেছিল। 
২০০৯ সালের ১৭ অক্টোবর সামরিক বাহিনী "রাহ-ই-নিজাত" নামে আরেকটি আক্রমণ শুরু করে। তখন স্থলপথে সেনাবাহিনী ও আকাশপথে যুদ্ধবিমানগুলি দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানে একটি বৃহৎ আকারের আক্রমণ শুরু করে, যেখানে প্রায় ২৮,০০০ সৈন্য তিন দিক থেকে দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তান জুড়ে অগ্রসর হতে থাকে। 
পাকিস্তানি বিমান বাহিনীর হামলা এবং নৌবাহিনীর গোয়েন্দা প্রতিবেদন বিশ্লেষণের পরে পাকিস্তানের সামরিক বাহিনী ২০০৯ সালের ১৭ অক্টোবর তেহরিক-ই-তালেবান পাকিস্তানের (টিটিপি) বিরুদ্ধে এক বৃহৎ সামরিক অভিযান শুরু করে। এই অভিযানে প্রথম যে শহরটি সেনাবাহিনীর নিয়ন্ত্রণে আসে, তা কোতকাই ছিল। এটি টিটিপির প্রধান নেতা হাকিমুল্লাহ মেহসুদের জন্মস্থান ছিপ এবং গোষ্ঠীটির জন্য একটি গুরুত্বপূর্ণ ঘাঁটি হিসেবে ব্যবহৃত হতো।
২০০৯ সালের ১৯শে অক্টোবর সেনাবাহিনী কোটকাই দখল করে নেয়। পরের দিনই টিটিপি এক শক্তিশালী পাল্টা আক্রমণ চালিয়ে পুনরায় শহরটির নিয়ন্ত্রণ নিয়ে নেয়। এই সংঘর্ষে মোট সাতজন পাকিস্তানি সেনা নিহত হন, যার মধ্যে একজন সেনা মেজরও ছিলেন এবং আরও সাতজন আহত হন। এরপর সেনাবাহিনী নতুন করে কোটকাই দখলের পরিকল্পনা করে এবং টানা কয়েকদিন বিমান ও স্থল হামলা চালাতে থাকে। অবশেষে, ২০০৯ সালের ২৪ অক্টোবর বিমান বাহিনী ব্যাপক বোমাবর্ষণের ফলে পাকিস্তানি বাহিনী আবার কোটকাই পুনর্দখল করতে সক্ষম হয়। 
পরের দিন ২৯শে অক্টোবর ইসলামিক মুভমেন্ট অফ উজবেকিস্তানের যোদ্ধাদের নিয়ন্ত্রণাধীন কানিগুরাম শহর ঘেরাও করা হয়। কয়েকদিন বোমাবর্ষণ ও গোলাগুলির ২ নভেম্বর কানিগুরাম দখল করা হয়। 
২০০৯ সালের ১ নভেম্বর সারারোঘা ও মাকিন শহর দুটি ঘেরাও করা হয় এবং ৩ নভেম্বর সারারোঘা দখলে নেওয়ার জন্য লড়াই শুরু হয়। সেখানে যুদ্ধ ১৭ নভেম্বর পর্যন্ত স্থায়ী হয় এবং এরপর শহরটি অবশেষে সামরিক বাহিনীর হাতে পড়ে। একই দিনে, লাদ্দা শহরটিও সেনাবাহিনীর দখলে চলে আসে এবং মাকিনের রাস্তায় লড়াই শুরু হয়। যুদ্ধে সারারোঘা ও লাদ্দাহ উভয়ই বিধ্বস্ত হয়েছিল।
২০০৯ সালের ২১ নভেম্বর পর্যন্ত আইএসপিআরের প্রতিবেদনে দেখা গেছে যে, আক্রমণে ৫৭০ জনেরও বেশি বিদেশী যোদ্ধা এবং ৭৬ জন সৈন্য নিহত হয়েছে। 
২০০৯ সালের ১২ ডিসেম্বর পাকিস্তানি সেনাবাহিনী দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানে নিজেদের বিজয়ী ঘোষণা করে। 
২০০৯ সালের আগস্টের প্রথম দিকে টিটিপি নেতা বাইতুল্লাহ মেহসুদ একটি ড্রোন হামলায় নিহত হন। পরে বন্দী প্রধান মুখপাত্র মৌলভী উমর তার নিহত হওয়ার বিষয়টি নিশ্চিত করেন। তার স্থলাভিষিক্ত হন হাকিমুল্লাহ মেহসুদ ।
বাইতুল্লাহ মেহসুদের মৃত্যুর পর টিটিপি ২০০৯ সালের অক্টোবরের গোড়ার দিকে, তালেবানরা পাকিস্তানের বিভিন্ন শহরে একের পর এক বোমা হামলা শুরু করে। হামলার লক্ষ্য ছিল, টিটিপি জিহাদিরা তাদের নেতার মৃত্যুর পরও ঐক্যবদ্ধ লড়াই করছে তা দেখানো এবং দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানে পরিকল্পিত সামরিক আক্রমণ ব্যাহত করা। তাদের হামলায় যেসব স্থানকে লক্ষ্যবস্তু করা হয়েছিল, তার মধ্যে ইসলামাবাদে জাতিসংঘের বিশ্ব খাদ্য কর্মসূচির অফিস; পেশোয়ারে একটি খাদ্য দোকান; রাওয়ালপিন্ডিতে সামরিক সদর দপ্তর; শাংলার একটি বাজার; লাহোরে গোয়েন্দা প্রতিষ্ঠান; কোহাত ও পেশোয়ারের পুলিশ স্টেশন; ইসলামাবাদে অবস্থিত আন্তর্জাতিক ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়ের ইসলামি সেন্টার এবং কামরায় এয়ার সায়েন্স ল্যাবরেটরিজ (ASL) ভবন অন্তর্ভুক্ত ছিল। নভেম্বর মাসটি পেশোয়ারের মীনা বাজারে এক গাড়ি বোমা হামলার মাধ্যমে শেষ হয়, যাতে ১১৮ জন বেসামরিক লোক নিহত হয়। এছাড়াও নভেম্বর মাসে রাওয়ালপিন্ডিতে পাকিস্তান জাতীয় ব্যাংকে আত্মঘাতী বোমা হামলা, চরসাদ্দার একটি বাজারে হামলা; পেশোয়ারে আইএসআই-এর আঞ্চলিক সদর দপ্তর ও আদালত ভবনে হামলাসহ মোট ছয়টি বোমা হামলার ঘটনা ঘটে। ২০১৩ সালে গণমাধ্যমের প্রকাশিত খবরে বলা হয়েছিল যে, ২০০৯ সালের হামলার মূল পরিকল্পনাকারী আব্দুল্লাহ উমর ২০১৩ সালের দিকে পাঞ্জাব পুলিশের সাথে সংঘর্ষের সময় নির্মমভাবে নিহত হন। নিহত হওয়ার খবরের পর গণমাধ্যম কর্তৃপক্ষ আবদুল্লাহ উমরকে আন্তর্জাতিক ইসলামি বিশ্ববিদ্যালয়ের আইনের বিভাগের ছাত্র এবং সেনাবাহিনীর একজন কর্নেলের ছেলে হিসেবে শনাক্ত করেছে। 
বাজৌরে ফ্রন্টিয়ার কর্পস কর্তৃক পরিচালিত একটি অভিযানে বিদ্রোহীদের শক্ত ঘাঁটি হিসেবে পরিচিত ডামাডোলা গ্রামটি ২০১০ সালের ৬ ফেব্রুয়ারির মধ্যে দখল করা হয় এবং এটির সম্পূর্ণ নিয়ন্ত্রণ গ্রহণ করা হয়। ২০ এপ্রিল বাজৌর জেলাকে সংঘাতমুক্ত অঞ্চল ঘোষণা করা হয়। 
২০১০ সালের ২৩ শে মার্চ পাকিস্তানের সশস্ত্র বাহিনী ওরাকজাইকে মুক্ত করার জন্য একটি আক্রমণ শুরু করে। সামরিক কর্মকর্তারা উত্তর ওয়াজিরিস্তানে ভবিষ্যতে আরো আক্রমণাত্মক অভিযানের ঘোষণাও দেন। এক সপ্তাহের যুদ্ধে পাকিস্তান সেনাবাহিনী এই অঞ্চলে প্রায় ১৫০ জন জিহাদিকে হত্যা করেছিল। আশা করা হয়েছিল যে, ২০১০ সালের জুনের মধ্যে সমস্ত উপজাতীয় এলাকা মুক্ত হয়ে যাবে 
৩ জুন পাকিস্তানি কর্তৃপক্ষ ওরাকজাই এবং কুররামে বিদ্রোহীদের বিরুদ্ধে সেনাবাহিনীর বিজয় ঘোষণা করে। 
২০১০ সালের শেষের দিকে পাকিস্তানের নৌবাহিনীর প্রধান অ্যাডমিরাল নোমান বশির জিহাদিদের উপর সেনাবাহিনী ও বিমান বাহিনীর চাপের প্রতি সমর্থন হিসেবে টিটিপির বিভিন্ন আস্তানার বিরুদ্ধে অনেক সফল ও কৌশলগত স্থল অভিযানের সাথে সমন্বয় করেন। নৌবাহিনী অনেক সফল অভিযান পরিচালনা করেছে এবং এর কর্মক্ষমতা আন্তর্জাতিকভাবে খ্যাতি অর্জন করেছে। ২০১১ সাল নাগাদ, প্রাকৃতিক দুর্যোগ ও চরমপন্থী গোষ্ঠীগুলির বিরুদ্ধে মোতায়েন বহাল থাকার কারণে পাকিস্তানের সশস্ত্র বাহিনী দুর্বল হয়ে পড়ে। বাহিনীর এক তৃতীয়াংশ সেনা যুদ্ধের জন্য মোতায়েন করা হয়; এক তৃতীয়াংশ ভারতীয় সীমান্তে অবস্থান করে এবং বাকিরা মোতায়েনের প্রস্তুতিতে নিযুক্ত থাকে। তাই সশস্ত্র বাহিনীর প্রতি সমর্থন হিসেবে পাকিস্তান নৌবাহিনী এগিয়ে আসে। ২০১১ সালের ১ মে ২০১১ অ্যাব্‌টাবাদে এক গোপন অভিযানে আল-কায়েদা প্রধান ওসামা বিন লাদেনকে তার ব্যক্তিগত বাড়ির আঙ্গিনায় মার্কিন নৌবাহিনীর সিলরা খুঁজে পায় এবং একটি সংক্ষিপ্ত বন্দুক যুদ্ধে বিন লাদেনকে হত্যা করে। এর প্রতিক্রিয়ায় টিটিপির সাথে যুক্ত সশস্ত্র গোষ্ঠীগুলি গণমাধ্যমের মাধ্যমে পাকিস্তানের সশস্ত্র বাহিনীর উপর হামলা করে ওসামার মৃত্যুর প্রতিশোধ নেওয়ার শপথ নেয়।
২১ ও ২৮ এপ্রিল জ্যেষ্ঠ আল-কায়েদা সদস্য ইলিয়াস কাশ্মীরি উত্তর ও দক্ষিণাঞ্চলে পাকিস্তান নৌবাহিনীর উপস্থিতির উপর একাধিক সমন্বিত সশস্ত্র হামলা চালায় এবং এসব হামলার মধ্যে করাচিতে পাকিস্তান নৌবাহিনীর উচ্চপদস্থ নৌ কর্মকর্তাদের উপর হামলাও অন্তর্ভুক্ত ছিল। এই হামলার পূর্বে প্রথমে নৌবাহিনীর ঘাঁটির কাছে তাদের বাসে আক্রমণ করা হয়েছিল। অবশেষে ২২ মে টিটিপি মেহরান নৌ ঘাঁটিতে আক্রমণ করে। আক্রমণের সময় তারা ১০ জন নৌ কর্মকর্তাকে হত্যা করে; ৩০ জনকে আহত করে এবং দুইটি নৌ গোয়েন্দা বিমান ধ্বংস করে। এর জবাবে নৌবাহিনীর সদস্যরা ১৯৭১ সালের অভিযানের পর তাদের বৃহত্তম আক্রমণাত্মক অভিযান শুরু করে এবং দীর্ঘ সময় গোলাগুলির পর তারা ঘাঁটিটির নিয়ন্ত্রণে নিতে এবং তা সুরক্ষিত করতে সক্ষম হয়। কৌশলগত সাফল্যের ফলে নৌবাহিনীর পাল্টা আক্রমণে এই অভিযানে জড়িত সমস্ত টিটিপি যোদ্ধা ও নেতারা নিহত হন। মেহরান অভিযানের মূল হোতা হিসেবে কাশ্মীরিকে ব্যাপকভাবে সন্দেহ করা হয়েছিল। যদিও পরবর্তীতে এই ব্যাপারে বিস্তারিত কিছুই জানানো হয়নি। ২০১১ সালের ৪ জুন দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানে একটি মার্কিন ড্রোন হামলায় ইলিয়াস কাশ্মীরি নিহত হন।
২০১২ সালে পাকিস্তানের উত্তর-পশ্চিমাঞ্চলে টিটিপি বিদ্রোহীরা পর্যায়ক্রমে একের পর এক বোমা হামলা চালায়, যার ফলে হাজার হাজার সামরিক-বেসামরিক মানুষ মারা যায়। ২০১২ সালের ২২ ডিসেম্বর টিটিপি কর্তৃক পরিচালিত একটি আত্মঘাতী বোমা হামলায় খাইবার পাখতুনখোয়ার একজন মন্ত্রী বশির আহমেদ বিলোরসহ ৮ জন নিহত হন। 
২০১৩ সালের জানুয়ারি পাকিস্তানের খাইবার জেলার তিরাহ উপত্যকায় তেহরিকে তালেবান ও এর মিত্র লস্কর-ই-ইসলাম ও আনসারুল ইসলামের ( সরকার সমর্থিত জিহাদি গোষ্ঠী) মধ্যে ব্যাপক সংঘর্ষ হয় এবং সংঘর্ষে কমপক্ষে ৮০ জন জিহাদি ও বেসামরিক লোক নিহত হয়। আনসারুল ইসলাম ও পাকিস্তান তালেবানের মধ্যে এই লড়াই মার্চ মাস পর্যন্ত অব্যাহত ছিল। এর ফলে প্রায় পুরো তিরাহ উপত্যকা লস্কর-ই-ইসলাম ও টিটিপি যোদ্ধাদের নিয়ন্ত্রণে আসে। তিন মাস ধরে চলা এই সংঘর্ষে ২৫০ জনেরও বেশি জিহাদি ও বেসামরিক নাগরিক নিহত এবং ৪০০ জন আহত হয়; সেই সাথে ব্যাপক আর্থিকও ক্ষতি সাধিত হয়। এই যুদ্ধের ফলে প্রায় ২০০,০০০ থেকে ৩০০,০০০ মানুষ বাস্তুচ্যুত হয়। ফলে পাকিস্তান সেনাবাহিনী কৌশলগতভাবে গুরুত্বপূর্ণ এই অঞ্চল থেকে বিদ্রোহী ও চরমপন্থীদের নির্মূল করতে এবং আসন্ন মে মাসের নির্বাচন উপলক্ষে দেশে শান্তি ও স্থিতিশীলতা পুনরুদ্ধারের জন্য অপারেশন রাহ-ই-শাহাদাত শুরু করতে বাধ্য হয়। 
অপারেশন রাহ-ই-শাহাদাত (উর্দু: راه شهادث; ইংরেজি: Path to Martyrdom) ছিল একটি যৌথ সামরিক অভিযানের সাংকেতিক নাম, যা ২০১৩ সালের পাঁচ এপ্রিল পাকিস্তান সেনাবাহিনী কর্তৃক শুরু হয়। এতে সেনাবাহিনীকে পাকিস্তান বিমান বাহিনী ও নৌবাহিনী বিমান সহায়তা প্রদান করেছিল। স্থানীয় শান্তি কমিটির ("আমান লস্কর" ) সাথে ঘনিষ্ঠ সমন্বয়ে সেনাবাহিনী ও বিশেষ অভিযান বাহিনী সেখানে নিযুক্ত সীমান্তরক্ষী বাহিনীর সহায়তায় খাইবার জেলার তিরাহ উপত্যকা থেকে টিটিপি ও লস্কর-ই-ইসলাম যোদ্ধাদের তাড়িয়ে দিতে সক্ষম হয়। এই অভিযানে কমপক্ষে চারজন পাকিস্তানি সৈন্য এবং ১৪ বিদ্রোহী নিহত হয়। এতে ৫ জন সৈন্যও আহত হয়; তবে উল্লেখযোগ্য বেসামরিক হতাহতের ঘটনা নথিভুক্ত করা হয়নি। একটি বড় বিমান অভিযানে পাকিস্তান বিমান বাহিনী এবং নৌবাহিনীর যুদ্ধবিমান নিষিদ্ধ গোষ্ঠী লশকর-ই- ইসলামের আস্তানাগুলিতে হামলা চালায়। সামরিক গোয়েন্দা প্রতিবেদন অনুসারে, অনেক বিদ্রোহী যোদ্ধা নিজেদের আহত সদস্যদের সাথে নিয়ে এলাকা থেকে পালিয়ে যায়। 
২০১৩ সালের ৭ এপ্রিল পাকিস্তানি সামরিক বাহিনীর কর্মকর্তারা বলেছেন যে, গত ৫ এপ্রিল থেকে চলমান তিরাহ উপত্যকায় সংঘর্ষের সময় কমপক্ষে ৩০ জন তালেবান-সংশ্লিষ্ট যোদ্ধা এবং কমান্ডোসহ ২৩ জন সৈন্য নিহত হয়েছে। বেশ কয়েকজন আমান লস্কর সদস্য নিহত ও আহত হওয়ার খবরও পাওয়া গেছে। অভিযানে বেশ কয়েকজন বিদ্রোহী এবং পাকিস্তানি সেনা আহত হয়। 
২০১৩ সালের ৮ এপ্রিল পাকিস্তানি সামরিক বাহিনীর কর্মকর্তারা অপর একটি বিবৃতি বলেন যে, ৫ এপ্রিল যখন অভিযান শুরু হয়েছিল, সেই দিন থেকে তিরাহ উপত্যকায় তালেবান-সংশ্লিষ্ট যোদ্ধাদের সাথে তীব্র লড়াইয়ে কমপক্ষে ৩০ জন পাকিস্তানি সেনা এবং ৯৭ জন বিদ্রোহী নিহত হয়েছে। 
২০১৩ সালের ৯ এপ্রিল, আন্তঃবাহিনী জনসংযোগ নিশ্চিত করে যে, কমপক্ষে ২৩ জন সৈন্য এবং ১১০ জন বিদ্রোহী খাইবার জেলার তিরাহ উপত্যকায় চার দিনের লড়াইয়ে নিহত হয়েছে। 
২০১৩ সালের ১১ এপ্রিল, তিরাহ উপত্যকার দক্ষিণ সেক্টরে লড়াইয়ের সময় কমপক্ষে ১৫ জন যোদ্ধা এবং একজন পাকিস্তানি সৈন্য নিহত হয়। সেদিন মাদাখেল ও টুট সার এলাকা বিদ্রোহীদের হাত থেকে মুক্ত করা হয়েছিল। 
২০১৩ সালের ১২ এপ্রিল, তিরাহ উপত্যকার সিপাহ এলাকায় সংঘর্ষের সময় নয়জন পাকিস্তানি সেনা এবং সাতজন বিদ্রোহী নিহত হয়। নিরাপত্তা বাহিনী সিপাহ এলাকার সান্দানা ও শেখমল খেল এলাকার নিয়ন্ত্রণ নেয়। তিনজন লস্কর-ই-ইসলাম জিহাদিকেও গ্রেপ্তার করা হয়েছে এবং তাদের আরও এক ডজন সদস্য আহত হয়েছে। একই এলাকায় বোমা বিস্ফোরণে দুইজন শান্তি কমিটির সদস্য নিহত এবং ২২ জন আহত হন। 
২০১৩ সালের ১৩ এপ্রিল, পাকিস্তান সেনাবাহিনীর আন্তঃবাহিনী জনসংযোগ বিভাগ জানায়, যে ১২ এপ্রিল তিরাহ উপত্যকায় সাত বিদ্রোহী নিহত হয়েছে। তবে সেখানে নিরাপত্তা বাহিনীর হতাহতের বিষয়টি নিশ্চিত করা হয়নি। 
২০১৩ সালের ১৬ এপ্রিল, তিরাহ উপত্যকার দারি এলাকায় বোমা বিস্ফোরণে জাখাখেল শান্তি কমিটির (তাওহিদুল-উল-ইসলাম) একজন সদস্য নিহত হন। 
২০১৩ সালের ২রা মে, তিরাহ উপত্যকায় পাকিস্তানি যুদ্ধবিমান টিটিপির আস্তানা লক্ষ্য করে বোমা হামলা চালালে চারজন তালেবান-সংশ্লিষ্ট বিদ্রোহী নিহত এবং আরও পাঁচজন আহত হয়। 
২০১৩ সালের ৫ই মে, সেনাবাহিনীর আন্তঃবাহিনী জনসংযোগ বিভাগ জানায় যে, তিরাহ উপত্যকায় তীব্র সংঘর্ষের সময় ১৬ জন বিদ্রোহী এবং দুইজন সৈন্য নিহত হয়েছে। তিনজন সৈন্য আহত হয়েছে বলে জানা গেছে। সেনাবাহিনী বিদ্রোহীদের শক্ত ঘাঁটি কিসমত সুর এবং সাংঘার দখল করার এবং এলাকা ছেড়ে পালিয়ে যাওয়া বিদ্রোহীদের কাছ থেকে বিপুল পরিমাণ অস্ত্র ও গোলাবারুদ উদ্ধার করার দাবিও করেছে। 
২০১৪–২০১৭ সালে খাইবার জেলায় পাকিস্তানের সেনাবাহিনী কর্তৃক চারটি পর্যায়ে পরিচালিত সামরিক অভিযানগুলির সাংকেতিক নাম ছিল যথাক্রমে: খাইবার–১, খাইবার–২, খাইবার–৩ ও খাইবার-৪। 
পূর্বে খাইবার এজেন্সি (ব. খাইবার জেলা ) আফগান সীমান্তের কাছে অবস্থিত পাকিস্তানের সাতটি আধা-স্বায়ত্তশাসিত উপজাতীয় জেলার মধ্যে একটি ছিল, যেখানে প্রচুর পরিমাণে বিদ্রোহী ও জিহাদি বাস করে। আল কায়েদা ও আইএসসহ অসংখ্য জিহাদি গোষ্ঠী সেখানে সক্রিয় ছিল। সেখানকার বারা সমভূমি এসব গোষ্ঠীর জন্য কৌশলগত গুরুত্ব বহন করে। কারণ তা খাইবার এজেন্সিকে পেশোয়ারের উপকণ্ঠের সাথে সংযুক্ত করে। গুরুত্বপূর্ণ এ এলাকাটি আফগানিস্তানে ন্যাটো সরবরাহ লাইনের সাথেও সংযুক্ত ছিল। এই অঞ্চলে দীর্ঘদিন ধরেই তেহরিকে তালেবান পাকিস্তান (টিটিপি), আনসারুল ইসলাম ও মঙ্গল বাগের লস্কর-ই-ইসলামসহ বিভিন্ন বিদ্রোহী ও জিহাদি সংগঠন যুদ্ধ করে আসছে।
খাইবার এজেন্সির অবশিষ্ট কিছু অংশে অপারেশন জারব-ই-আজব সম্প্রসারণের অংশ হিসেবে ২০১৪ সালে পাকিস্তান সেনাবাহিনী মূলত অপারেশন খাইবার ঘোষণা করেছিল। খাইবার-৪ আইএসআইসহ অন্যান্য জিহাদি গোষ্ঠীকে লক্ষ করে পরিচালিত হয়েছিল। 
খাইবার–১
জিহাদিদের সাথে যুদ্ধবিরতি আলোচনার প্রচেষ্টা ব্যর্থ হওয়ার মাঝে পাকিস্তান সেনাবাহিনী ঘোষণা করে যে, অশান্ত অঞ্চলে সক্রিয় জিহাদিদের জন্য আলোচনার সময় শেষ হয়ে গেছে এবং তাদের অস্ত্র জমা দেওয়া অথবা সামরিক অভিযানের মুখোমুখি হওয়া ছাড়া কোনে বিকল্প নেই। খাইবার-১ অভিযানটি ২০১৪ সালের ১৭ অক্টোবর তিরাহ ও বারা অঞ্চলে লস্কর-ই-ইসলামের বিরুদ্ধে বিমান হামলার মাধ্যমে শুরু হয়, যেখানে শেষ পর্যন্ত ২১ জন জিহাদি নিহত হয় এবং তাদের তিনটি গুরুত্বপূর্ণ ঘাঁটি ধ্বংস করা হয়। সূত্র জানায়, অভিযানের মূল লক্ষ্য ছিল বারা থেকে তিরাহ উপত্যকার সীমান্ত পর্যন্ত খাইবারকে শংকামুক্ত করা। এটি সম্পূর্ণ হলে অভিযানের দ্বিতীয় পর্যায় শুরু হবে। 
খাইবার-২
২০১৫ সালের ফেব্রুয়ারি মাসে ঘোষিত এবং ২০১৫ সালের মার্চ মাসে চালু হওয়া অপারেশন খাইবার-২ এর লক্ষ্য ছিল তেহরিক-ই-তালেবান পাকিস্তানের প্রধান কেন্দ্র তিরাহ উপত্যকাকে মুক্ত করা। তিরাহ উপত্যকা একটি গভীর উপত্যকা, যা উঁচু পাহাড়ের সমন্বয়ে গঠিত। তাই অভিযানটি শুরু করার জন্য বছরের উপযুক্ত সময় বেছে নেওয়া হয়েছিল। যদিও এতে পাকিস্তান সশস্ত্র বাহিনীর ব্যাপক হতাহতের ঘটনা ঘটে, তবে অপারেশনটি সফল হয়। অপারেশন জারব-ই-আজাবের এক বছর পূর্তি উপলক্ষে ২০১৫ সালের ১৫ জুন আনুষ্ঠানিকভাবে এই অভিযান শেষ হয়। 
খাইবার-৩
২০১৬ সালে ১৬ আগস্টে শুরু হওয়া খাইবার-৩ অভিযানের উদ্দেশ্য ছিল তিরাহ উপত্যকার ওপারে ডুরান্ড লাইনের কাছাকাছি এলাকা বিদ্রোহমুক্ত করা। অভিযানে সীমান্তে নয়টি বিদ্রোহী আস্তানা ধ্বংস করা হয়; বিপুল পরিমাণ অস্ত্র ও গোলাবারুদ আবিষ্কৃত হয়। এতে ৪০ জনেরও বেশি সন্ত্রাসী নিহত এবং ২১ জন আহত হয়। অভিযানটি জঙ্গিদের সীমান্ত অতিক্রমের উপর ব্যাপক প্রভাব ফেলে। খাইবার-৩ অভিযান শুরু হওয়ার সাথে সাথেই অভিযান খাইবার-৪ অভিযানের পরিকল্পনা করা হয়েছিল। 
খাইবার-৪
বিদ্রোহীদের বিরুদ্ধে পাকিস্তান সেনাবাহিনীর চলমান আক্রমণাত্মক অভিযান রদ্দুল ফাসাদের অংশ হিসেবে ২০১৭ সালের ১৫ জুলাই অপারেশন খাইবার-৪ ঘোষণা করা হয় ।
১৫ জুলাই শুরু হওয়া অভিযানটির প্রথম ধাপের লক্ষ্য ছিল রাজগাল উপত্যকা নিরাপদ করা। সেই লক্ষ্যে জামাত-উল-আহরারসহ অন্যান্য জিহাদি গোষ্ঠীকে লক্ষ্য করে ব্যাপক হামলা চালানো হয়। এতে প্রায় ১৩ জন জিহাদি নিহত এবং ৬ জন আহত হয়। হামলায় গুলি বিনিময়ে একজন পাকিস্তানি সৈন্যও নিহত হয়। পাকিস্তান বিমান বাহিনীর সহায়তায় সেখানে মোট ৯০ কিলোমিটার এলাকা শত্রুমুক্ত করা হয় । আন্তঃবাহিনী জনসংযোগ পরিদপ্তর ২০১৭ সালের ২১শে জুলাই অপারেশন খাইবার-৪ অভিযানকে সফল ঘোষণা করে।
২০১৭ সালের ২১ আগস্ট আন্তঃবাহিনী জনসংযোগ বা আইএসপিআরের মহাপরিচালক মেজর জেনারেল আসিফ গফুর অপারেশন খাইবার-৪ এর সফল সমাপ্তির ঘোষণা দেন। তিনি জানান যে, রাজগাল ও শাওয়াল উপত্যকায় স্থল লক্ষ্য অর্জন করা হয়েছে।  অভিযানের সময়, ৫২ জিহাদি নিহত, ৩২ জন আহত, চারজন আত্মসমর্পণ এবং একজনকে গ্রেপ্তার করা হয়। ছয় সপ্তাহব্যাপী চলমান সন্ত্রাসবিরোধী অভিযানে পাকিস্তান সেনাবাহিনীর দুইজন সৈন্যও নিহত হন। 
সংবাদ প্রতিবেদন এবং গোয়েন্দা মাধ্যমের খবরে বলা হয়েছে যে, পাকিস্তানি তালেবান (টিটিপি) এবং মধ্য এশিয়ার অন্যান্য জিহাদি গোষ্ঠী; বিশেষ করে ইসলামি মুভমেন্ট অফ উজবেকিস্তান বা আইএমইউ ২০১৩ সালের জুলাই থেকে সিরিয়ায় একটি ঘাঁটি স্থাপন করেছে। সিরিয়ার স্বৈরাচারী শাসক বাশার আল-আসাদ বিরোধী বিদ্রোহীদের সঙ্গে লড়াই করার জন্য শত শত যোদ্ধাকে তারা সেখানে পাঠিয়েছে। এটিকে আল-কায়েদার সঙ্গে স্থানীয় গোষ্ঠীগুলির সম্পর্ক দৃঢ় করার ধারাবাহিকতার অংশ হিসেবে দেখা হচ্ছে। 
রয়টার্সের একটি প্রতিবেদনে বলা হয়েছে যে, শত শত যোদ্ধা তাদের সিরীয় মুজাহিদিন বন্ধুদের সঙ্গে লড়াই করতে সিরিয়ায় গিয়েছে। বিভিন্ন গণমাধ্যম জানিয়েছে যে, টিটিপি সিরিয়ায় একটি ঘাঁটি স্থাপন করেছে এবং সেখানে জিহাদের চাহিদার মূল্যায়ন করতে গিয়েছে। গত দুই মাসে অন্তত ১২ জন তথ্যপ্রযুক্তি এবং যুদ্ধ বিশেষজ্ঞকে সিরিয়ায় পাঠানো হয়েছে, যাতে তারা মুজাহিদিনদের সহায়তা করতে পারে। তবে পাকিস্তান সরকার এই অভিযোগের বিষয়ে কোনো মন্তব্য করেনি।। 
২০১৩ সালের ১৯ ডিসেম্বরে উত্তর ওয়াজিরিস্তানের মীর আলী অঞ্চলে পাকিস্তান সেনাবাহিনী একটি বড় ধরনের আক্রমণ শুরু করে। কারণ এর আগের দিন ওই এলাকার একটি চেকপয়েন্টে আত্মঘাতী বোমা হামলা চালানো হয়েছিল। এই অভিযানে কামান এবং হেলিকপ্টার গানশিপ ব্যবহার করা হয়েছিল। ২৩শে ডিসেম্বর পর্যন্ত ৩০ জনেরও অধিক জিহাদি এবং ৭০ জন বেসামরিক নাগরিক নিহত হয়েছিল বলে উল্লেখ করা হয়। 
২০১৪ সালের মার্চে তেহরিকে তালেবান পাকিস্তানের কেন্দ্রীয় নিয়ন্ত্রণ দখলের জন্য কয়েকটি প্রতিদ্বন্দ্বী দল লড়াই শুরু করেছিল মর্মে সংবাদ প্রকাশিত হয়েছিল। ২০১৪ সালের এপ্রিল মাসের গোড়ার দিকে দক্ষিণ ওয়াজিরিস্তানের শাকতোই এলাকায় কমান্ডার খান সাঈদ সাজনা এবং প্রয়াত টিটিপি নেতা হাকিমুল্লাহ মেহসুদের অনুসারীদের মধ্যে সংঘর্ষ হয়। হাকিমুল্লাহ মেহসুদের অনুসারীরা তখন মৌলানা ফজলুল্লাহর নেতৃত্বে ছিল। পরে একই এলাকায় আবারও তাদের মাঝে সংঘর্ষ ঘটে। এর ফলে সংগঠনের নিয়ন্ত্রণ দখলের জন্য এক রক্তক্ষয়ী সংগ্রাম শুরু হয়ে যায়। ছোটখাটো বেশ কয়েকটি সংঘর্ষের পর ২০১৪ সালের ৬ মে উত্তর ওয়াজিরিস্তানের শাওয়াল এলাকায় অপর একটি বড় আক্রমণ সংঘটিত হয় এবং এতে উভয় পক্ষের ১৪ জনের মতো যোদ্ধা নিহত হয়। 
২০১৪ সালের ৮ জুন ২০১৪ ইসলামিক মুভমেন্ট অফ উজবেকিস্তান কর্তৃক জিন্নাহ বিমানবন্দরে হামলার প্রতিক্রিয়ায় পাকিস্তানি সেনাবাহিনী ২০১৪ সালের ১৫ জুন উত্তর ওয়াজিরিস্তানের বিদ্রোহী এবং জিহাদিদের বিরুদ্ধে একটি সামরিক অভিযান শুরু করে, যার মধ্যে তেহরিকে-ই- তালেবান পাকিস্তান (টিটিপি), তুর্কিস্তান ইসলামি দল (ইটিআইএম), ইসলামিক মুভমেন্ট অফ উজবেকিস্তান (আইএমইউ) এবং হাক্কানি নেটওয়ার্ক অন্তর্ভুক্ত ছিল। এ অভিযানে প্রায় ৩০,০০০ পর্যন্ত সৈন্য জড়িত ছিল এবং এটিকে একটি "ব্যাপক অভিযান" হিসেবে বর্ণনা করা হয়েছিল। এর লক্ষ্য ছিল উত্তর ওয়াজিরিস্তানে লুকিয়ে থাকা বিদেশী এবং স্থানীয় জিহাদি ও বিদ্রোহীদের নির্মূল করা।
২০১৪ সালের মধ্যে ২০১১–১৩ সালের তুলনায় সমগ্র দেশে হতাহতের হার প্রায় ৪০% কমে যায়; বিশেষ করে খাইবার পাখতুনখোয়ায় আরও বেশি হ্রাস লক্ষ্য করা গেছে। যদিও ২০১৪ সালের ডিসেম্বরে তেহরিক-ই-তালেবান যোদ্ধারা প্রদেশটির একটি স্কুলে হামলা চালায়, যেখানে পাকিস্তানি সামরিক কর্মকর্তাদের শিশু সন্তানরা লেখাপড়া করত।
আন্তঃবাহিনী জনসংযোগের (আইএসপিআর) তথ্য অনুসারে, ২০১৫ সালের ডিসেম্বর নাগাদ অভিযানের প্রথম ১৮ মাসে প্রায় ৩,৪০০ পাকিস্তানি তালেবান ও তার সহযোগী গোষ্ঠীগুলির যোদ্ধা নিহত হয়েছিল। আইএসপিআরের মহাপরিচালকের মতে, ২০১৬ সালের জুন নাগাদ মোট ৩,৫০০ জিহাদি নিহত হয়েছে, যার মধ্যে ৯০০ জন লস্কর-ই-ইসলামের সদস্যও রয়েছে। দীর্ঘ দুই বছরের অভিযানে ৪৯০ জন সৈন্যও নিহত হয়। এটি একটি গতিশীল সামরিক অভিযান হিসেবে পরিচালিত হয় এবং শাওয়াল উপত্যকাকে বিদ্রোহীদের থেকে মুক্ত করা হয়। 
২০১৬ সালের ২১ মে তালেবানের আমির আখতার মনসুর বেলুচিস্তানের আহমেদ ওয়াল শহরের কাছে মার্কিন ড্রোন হামলায় নিহত হন, যা আফগান আকাশ সীমা থেকে প্রায় দূরে অবস্থিত। 
জারব-ই-আজবের মাধ্যমে জিহাদি এবং বিদ্রোহীদের কিছু আঞ্চলিক অবস্থান থেকে সরিয়ে দেওয়া সম্ভব হয়েছিল। এর ফলে তারা গুপ্ততঘাতক (স্লিপার সেল) হিসেবে দেশের আনাচে কানাচে ছড়িয়ে ছিটিয়ে পড়ে। অভিযানে বিদ্রোহ ও সন্ত্রাসবাদ উল্লেখযোগ্যভাবে হ্রাস পেলেও সক্রিয় স্লিপার সেলগুলি পাকিস্তানের জাতীয় নিরাপত্তার জন্য হুমকি হয়ে দাঁড়ায়। টিটিপি এবং এর সহযোগী মিত্র জামাত-উল-আহরার উত্তর-পশ্চিমে পাকিস্তানে সামরিক অভিযানের জবাবে অপারেশন গাজী শুরু করে। টিটিপির অপারেশন গাজির জবাবে পাকিস্তান সেনাবাহিনী অপারেশন রাদ্দুল ফাসাদ শুরু করে।
২০১৭ সালে বিদ্রোহ ঝিমিয়ে গিয়ে যুদ্ধ থেকে সাধারণ সংঘাতে পরিণত হয়। কিন্তু সংঘাতে কারণে হতাহতের উচ্চ হার অব্যাহত থাকে। হতাহতের মধ্যে সেই বছরের ১৬ ফেব্রুয়ারিতে সংঘটিত সিন্ধুর সেহওয়ানের একটি আত্মঘাতী বোমা হামলাও অন্তর্ভুক্ত, যেখানে প্রায় ৯০ জনেরও অধিক মানুষ নিহত হয়। ২২শে ফেব্রুয়ারী, পাকিস্তান সেনাবাহিনী সন্ত্রাসবাদ নির্মূল ও অপারেশন "জারব-এ-আজাবের" সাফল্যকে সুসংহত করার লক্ষ্যে অপারেশন রাদ্দুল ফাসাদ শুরুর ঘোষণা দেয়। টিটিপির মিত্র জিহাদি গোষ্ঠী জামাত-উল-আহরারের অপারেশন গাজির প্রতিক্রিয়ায় এই অভিযান শুরু করা হয়েছিল। অপারেশন গাজির অধীনে একই মাসে পাকিস্তান জুড়ে বেশ কয়েকটি তাৎক্ষণিক উদ্ভাবিত বোমা এবং আত্মঘাতী হামলা চালানো হয়েছিল। বিভিন্ন সরকারি ও বেসামরিক লক্ষ্যবস্তুর বিরুদ্ধে এর হামলা অব্যাহত ছিল। তারই ধারাবাহিকতায় ২০১৭ সালের ২৩ জুন পারাচিনারের একটি বাজারে বোমা হামলা চালানো হয়, যাতে ৭০ জনেরও বেশি মানুষ নিহত হয় এবং ২০২২ সালের ৪ মার্চ পেশোয়ারের একটি মসজিদে আত্মঘাতী বোমা হামলা করা হয়, যা ৬০ জনেরও বেশি মানুষের প্রাণহানি ঘটায়। মসজিদে আত্মঘাতী বোমা হামলা দেশব্যাপী বিরূপ প্রতিক্রিয়া সৃষ্টি করে। যদিও এটি টিটিপির মনোভাব ও আদর্শে কোনো প্রভাব বিস্তার করতে সক্ষম হয়নি।
পূর্ববর্তী সামরিক অভিযানগুলির মতো রাদ্দুল ফাসাদ কোনো নির্দিষ্ট সংঘাতপূর্ণ অঞ্চলের জন্য নির্দিষ্ট ছিল না; বরং এতে দেশের বিভিন্ন প্রান্তে ছড়িয়ে ছিটিয়ে থাকা বিদ্রোহীদের স্লিপার সেল, তাদের মদদদাতাদের অনুসন্ধান এবং জিহাদিদের বিরুদ্ধে গোয়েন্দা-ভিত্তিক অভিযান অন্তর্ভুক্ত ছিল। ২০১৬ সালের পর পাকিস্তান সশস্ত্র বাহিনী জিহাদিদের জন্যে আঞ্চলিক সহায়তা গ্রহণের প্রায় সকল রাস্তা বন্ধ করে দেয়, যার ফলে তারা পাকিস্তানে অবাধে কার্যক্রম পরিচালনার সুযোগ থেকে বঞ্চিত হয়। এছাড়াও পাকিস্তান সেনাবাহিনীর কঠোর নজরদারি তাদের পাকিস্তানের পশ্চিমাঞ্চলীয় প্রদেশগুলির পাহাড়ি অঞ্চলে ছড়িয়ে ছিটিয়ে থাকা নিরাপদ আশ্রয় দখল করার ক্ষেত্রে প্রতিবন্ধক হয়ে দাঁড়ায়। এর ফলে বিদ্রোহীরা স্লিপার সেল (গুপ্তঘাতক) আকারে শহরাঞ্চলে কাজ করতে বাধ্য হয়। টিটিপির শীর্ষস্থানীয় সকল নেতা আফগানিস্তান পালিয়ে যায় এবং পাকিস্তানের সীমান্তবর্তী পূর্ব আফগানিস্তানে নিজেদের ঘাঁটি স্থাপন করে। তবে সেখান থেকে তারা আফগানিস্তান-পাকিস্তান সীমান্ত এলাকায় সীমান্ত আক্রমণ চালিয়ে যেতে থাকে।
রদ্দুল ফাসাদ সীমান্তবর্তী বিদ্রোহী তৎপরতা প্রতিরোধ, পাকিস্তানের শহুরে এলাকা থেকে স্লিপার সেল নির্মূল, দেশ জুড়ে পালিয়ে যাওয়া অবশিষ্ট বিদ্রোহীদের দমন এবং জাতীয় কর্মপরিকল্পনা বাস্তবায়নের অঙ্গীকার করে। এই অভিযানের মধ্যে পাঞ্জাব ও সিন্ধুতে রেঞ্জার্স এবং বেলুচিস্তান ও খাইবার-পাখতুনখোয়ায় ফ্রন্টিয়ার কর্পস কর্তৃক ব্রড স্পেকট্রাম সিকিউরিটি ( সন্ত্রাসবাদ-বিরোধী) অভিযান পরিচালনা এবং সীমান্তে অধিক কার্যকর নিরাপত্তা ব্যবস্থাপনার উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করা অন্তর্ভুক্ত ছিল। দেশব্যাপী নিরস্ত্রীকরণ ও বিস্ফোরক নিয়ন্ত্রণকেও অভিযানের অতিরিক্ত লক্ষ্য হিসেবে ধার্য করা হয়েছিল। এই অভিযানের প্রধান বৈশিষ্ট্য হিসেবে জাতীয় কর্মপরিকল্পনা অনুসরণ করা হয়েছিল। 
অপারেশন রাদ্দুল ফাসাদের ফলে পাকিস্তান তালেবান (টিটিপি) বিশাল ক্ষতির সম্মুখীন হয়। এর সদস্যরা বিভিন্ন বিক্ষিপ্ত গোষ্ঠীতে বিভক্ত হয়ে পড়ে, যার ফলে এর কার্যক্ষমতা পূর্বের তুলনায় দুর্বল হয়ে পড়ে। দিল্লি-ভিত্তিক সাউথ এশিয়ান টেররিজম পোর্টাল (SATP) অনুসারে, ২০০৪ সালে বিদ্রোহ শুরু হওয়ার পর থেকে ২০১৯ সাল ছিল পাকিস্তানের জন্য শান্তিপূর্ণ বছর। এসটিপির মতে, ২০১৯ সালে পাকিস্তানে আত্মঘাতী হামলার সংখ্যা ২০০৯ সালের রেকর্ড সর্বোচ্চ ৮৫টি থেকে কমে সর্বনিম্ন ৮টিতে দাঁড়ায়। ২০২১ সাল নাগাদ বিদ্রোহীদের বিরুদ্ধে ৩,৭৫,০০০ এরও বেশি অভিযান পরিচালিত হয়েছে, যার মধ্যে সিন্ধুতে ১,৫০,০০০ এর অধিক; পাঞ্জাবে ৩,৪০০০, বেলুচিস্তানে ৮০,০০০ এরও বেশি এবং খাইবার পাখতুনখোয়ায় ৯২,০০০ এরও অধিক অভিযান পরিচালিত হয়েছে। 
এই অভিযান পাকিস্তানের জন্য একটি কৌশলগত বিজয় ছিল। কারণ দেশটি পূর্বের অপারেশন জারব-ই-আজবের ফলে অর্জিত সাফল্য ধরে রাখতে সক্ষম হয়েছিল। এর ফলে পাকিস্তানের বিরুদ্ধে জিহাদিদের কর্যকলাপ পরিচালনা করার ক্ষমতা অধিক কমে গিয়েছিল। দেশে আত্মঘাতী এবং তাৎক্ষণিক উদ্ভাবিত বোমা হামলার ঘটনাও ব্যাপকহারে হ্রাস পেয়েছিল। তবুও জাতীয় কর্মপরিকল্পনার লক্ষ্য অর্জনে ব্যর্থতার কারণে এটিকে কৌশলগত ব্যর্থতা হিসেবে বিবেচনা করা হয়। বিশেষ করে ২০২১ সালের আগস্ট মাসের তালেবানদের আফগানিস্তান দখলের পর পাকিস্তান টেকসই শান্তি প্রতিষ্ঠা করতে ব্যর্থ হয়েছে বলে বর্ণনা করা হয়েছে। সামরিক বিশ্লেষকরা ধারণা করেন যে, আফগানিস্তানের রাজনৈতিক পরিবর্তন পাকিস্তানে বিদ্রোহের নতুন ঢেউ নিয়ে আসবে। বাস্তবেও ২০২১ সালের পর থেকে পাকিস্তানে বিদ্রোহ-সম্পর্কিত ঘটনা দৃশ্যমানভাবে বৃদ্ধি পেয়েছে। 
২০০২ থেকে ২০১৭ সাল পর্যন্ত সামরিক অভিযানে অর্জিত সাফল্য ধরে রাখার জন্য পাকিস্তানি সামরিক নেতৃত্ব ২০১৭ সালে আফগান সীমান্তে প্রায় ২,৬১১ কিলোমিটার (১,৬২২ মাইল) জুড়ে বিস্তৃত একটি বেড়া নির্মাণ শুরু করে, যাতে সীমান্তের আন্তঃসীমান্ত জঙ্গি হামলা রোধ করা যায় এবং অবৈধ অনুপ্রবেশ বন্ধ হয়। ২০২১ সালের আগস্টে দুইটি দেশের মাঝে অবস্থিত সীমান্ত বেড়ার প্রায় ৯০% নির্মাণকাজ সম্পন্ন হয়েছিল। এই সীমান্ত বেড়াটি ছিল ৪ মিটার (১৩ ফুট) উচ্চতার দুটি শৃঙ্খলযুক্ত তারের বেড়া, যা পাশাপাশি স্থাপন করা হয়েছিল। দুটি বেড়ার মাঝখানে ২ মিটার (৬.৫ ফুট) প্রশস্ত ফাঁকা স্থান রাখা হয়েছিল, যা কাঁটাতারের কুণ্ডলী দিয়ে ভরাট ছিল। 
২০২৩ সালের মে মাসে কুররাম জেলার স্থানীয় সুন্নি যোদ্ধা এবং তুরি ও বাঙ্গাশ শিয়া যোদ্ধাদের মধ্যে কুর্রাম পারাচিনার সচিবালয়ে সংঘর্ষ শুরু হয়। সংঘর্ষ তীব্র হওয়ার ফলে খাইবার-পাখতুনখোয়া সরকারের সশস্ত্র বাহিনীকে এতে হস্তক্ষেপের অনুরোধ করা হয়। অনুরোধে সাড়া দিয়ে পাকিস্তান সরকার এলাকায় শৃঙ্খলা ফিরিয়ে আনার জন্য ফ্রন্টিয়ার কর্পস সেনা মোতায়েন করে। মোতায়েনের পর ২০২৩ সালের ১৩ জুলাই এলাকার সমস্ত লড়াই শেষ হয়। আধাসামরিক বাহিনী ও বেসামরিক প্রশাসন কর্মকর্তাদের মধ্যস্থতায় জিরগা পরিচালিত একটি সফল সংলাপের মাধ্যমে কয়েকদিনের মধ্যেই এই অঞ্চলে স্বাভাবিক অবস্থা ফিরে আসে। সরকারের সহায়তায় তুরি এবং বাঙ্গাশ উপজাতির পশতুন নেতারা (সর্দার) দুটি সম্প্রদায়ের মধ্যে একটি সফল সংলাপ পরিচালনা করে, যা দুটি সম্প্রদায়ের মধ্যে সেতুবন্ধন তৈরি করে এবং গোটা অঞ্চলে শান্তি ও শৃঙ্খলা ফিরে আসে। 
অপারেশন রদ্দুল ফাসাদ সন্ত্রাসবাদ দমনে বড় সাফল্য এনেছে বলে ধারণা করা হয়। তবে এটি চরমপন্থার মধ্যে নিহিত মূল বিদ্রোহের মোকাবেলা করতে ব্যর্থ হয়েছে। "পাকিস্তানের জাতীয় কর্মপরিকল্পনা ২০১৪" উত্তর-পশ্চিম পাকিস্তানে চিরতরে বিদ্রোহ নির্মূল করার জন্য সন্ত্রাসবাদ দমনের সাথে সাথে চরমপন্থা দমনের জন্যও কঠোর পদক্ষেপ নেওয়ার জন্য জোরালোভাবে আহ্বান জানান। ২০১৯ সাল থেকে পাকিস্তানে "জাতীয় কর্মপরিকল্পনার" বাস্তবায়ন ধীরগতিতে চলেছে; বিশেষ করে অপারেশন রাদ্দুল-ফাসাদের মাধ্যমে চরমপন্থা দমনের লক্ষ্য থাকলেও এটি যথেষ্ট কার্যকর হয়নি।
২০২১ সালের আগস্ট মাসে কাবুল পতনের পর থেকে আফগানিস্তানে তালেবানদের বিজয়ের কারণে টিটিপি নতুন করে শক্তি সংগ্রহে নামে। এর ফলে পাকিস্তান উপজাতীয় বিদ্রোহের নতুন হুমকির মুখোমুখি হচ্ছে। নতুন সদস্য সংগ্রহে ব্যাপক সাড়া, মার্কিন তৈরি অস্ত্রের সহজলভ্যতা এবং আফগান তালেবানদের আশ্রয়ণের কারণে আবারও পাকিস্তানকে লক্ষ্যবস্তুতে পরিণত করার জন্য টিটিপি শক্তিশালী হয়েছে বলে ধারণা করা হচ্ছে। ২০২২ সালের নভেম্বরে নিষিদ্ধ ঘোষিত বিদ্রোহী গোষ্ঠী তেহরিকে তালিবান পাকিস্তান সরকারের সাথে যুদ্ধবিরতি বাতিল করার পর থেকেই ২০২৩ সালে পাকিস্তানে সশস্ত্র সংঘাতের ঘটনা দ্বিগুণ বৃদ্ধি পেয়েছে বলে রিপোর্ট করা হয়েছে; বিশেষ করে বেলুচিস্তান ও খাইবার পাখতুনখোয়ায়। 
২০২৩ সালের ৭ এপ্রিল প্রধানমন্ত্রী শেহবাজ শরীফের নেতৃত্বে পাকিস্তানের জাতীয় নিরাপত্তা কমিটি নিজের পশ্চিমাঞ্চলের জন্য হুমকিস্বরূপ সেখানকার সক্রিয় বিদ্রোহী ও জিহাদি গোষ্ঠীগুলিকে নির্মূল করার জন্য একটি নতুন সামরিক অভিযান শুরু করার সিদ্ধান্ত নেয়। বৈঠকে পাকিস্তানের নতুন সামরিক নেতৃত্বের প্রধান নির্বাহী কর্মকর্তা আসিম মুনির ও জয়েন্ট চিফস অব স্টাফ কমিটির চেয়ারম্যান জেনারেল সাহির শামশাদ মির্জাও উপস্থিত ছিলেন। 
এর এক বছরেরও অধিক সময় পর ২০২৪ সালের ২২ জুন পাকিস্তানের জাতীয় কর্মপরিকল্পনা সংক্রান্ত শীর্ষ কমিটি একটি নতুন অভিযান অনুমোদন করেন, যার উদ্দেশ্য ছিল জাতীয় কর্মপরিকল্পনার ধীর বাস্তবায়ন মোকাবেলা করা; বিশেষ করে গোটা পাকিস্তান জুড়ে চরমপন্থা নিরাময়ের প্রতিশ্রুতি মোকাবেলা করা। এই অভিযানের লক্ষ্য ছিল ব্যাপক ও সিদ্ধান্তমূলকভাবে চরমপন্থা ও সন্ত্রাসবাদ নির্মূল করা। এই অভিযানে কেবল সামরিক পদক্ষেপই অন্তর্ভুক্ত থাকবে না; বরং চরমপন্থা দমনের জন্য আর্থ-সামাজিক উন্নয়নও অন্তর্ভুক্ত থাকবে। 
পাকিস্তানের প্রধানমন্ত্রী শেহবাজ শরীফ ২০২৪ সালের ২৫ জুন স্পষ্ট করে বলেন যে, "এই অপারেশনটি বড় আকারের কোনো অপারেশন হবে না। শরীফ আরো বলেন যে, অপারেশন আজম-ই-ইস্তেহকামকে ভুল বোঝা হচ্ছে এবং পূর্ববর্তী বিভিন্ন সামরিক অভিযান; যেমন অপারেশন জারব-ই-আজব এবং অপারেশন রাহ-ই-নিজাতের সাথে তুলনা করা হচ্ছে। তিনি বলেন, অভিযানে জিহাদি ও বিদ্রোহীদের হত্যাও করা হয়েছে। কারণ তারা দেশের কিছু বিশেষ স্থানে "প্রবেশ-নিষিদ্ধ এলাকা" তৈরি করেছিল এবং সেখানে রাষ্ট্রীয় কর্তৃত্বকে চ্যালেঞ্জ করেছিল। তারা সেসব এলাকায় জনসংখ্যার ব্যাপক স্থানচ্যুতি ঘটায়। অতীতের সশস্ত্র অভিযানের ফলে পাকিস্তানের অভ্যন্তরে বৃহৎ পরিসরে সংগঠিত অভিযান পরিচালনাকারী সশস্ত্র সংগঠনগুলির ক্ষমতা চূড়ান্তভাবে পরাজিত হওয়ার ফলে বর্তমানে দেশে এমন কোনও নিষিদ্ধ এলাকা নেই। তাই জনসংখ্যার স্থানচ্যুতি ঘটাতে পারে এমন কোনও বৃহৎ সামরিক অভিযানের কথা এখন ভাবা হচ্ছে না। বরং উদ্দেশ্য হলো, সংশোধিত জাতীয় কর্মপরিকল্পনা বাস্তবায়নে একটি নতুন চেতনা এবং চালিকাশক্তি জাগানো, যা রাজনৈতিক অঙ্গনে জাতীয় ঐকমত্যের পর চালু করা হয়েছিল। অপারেশন আজম-ই-ইস্তেকাম হলো একটি বহুমুখী, বহু-সংস্থাধারী ও জাতীয় দৃষ্টিভঙ্গি, যার লক্ষ্য হলো দেশে টেকসই শান্তি ও স্থিতিশীলতা আনয়ন করা। 
পাকিস্তানের প্রতিরক্ষামন্ত্রী খাজা আসিফ ২০২৪ সালের ২৮ জুন বলেন যে, পাকিস্তান আফগানিস্তানের অভ্যন্তরে অবস্থানকারী আফগান ভূমিতে নিরাপদ আশ্রয়স্থল উপভোগকারী সশস্ত্র বিদ্রোহী গোষ্ঠীগুলি সীমান্ত অতিক্রম করে পাকিস্তানে হামলা চালাতে পারে। 
২০০৬ সাল থেকে ফাটা এবং খাইবার পাখতুনখোয়ার যুদ্ধবিধ্বস্ত অঞ্চলগুলির পুনর্গঠন ও পুনর্বাসনের জন্য সরকার বড় ধরনের উদ্যোগ গ্রহণ করেছে। দেশটির জাতীয় দুর্যোগ ব্যবস্থাপনা কর্তৃপক্ষের সামরিক প্রশাসক লেফটেন্যান্ট জেনারেল নাদিম আহমেদ সামরিক অভিযানের ফলে মারাত্মকভাবে ক্ষতিগ্রস্ত অঞ্চলগুলির আর্থ-সামাজিক উন্নয়নের বেশিরভাগ তত্ত্বাবধান করেন। এছাড়াও সরকার রাজনৈতিক দলগুলির আইনের অধীনে রাজনৈতিক কর্মকাণ্ডের প্রচার, পেশোয়ার-তোরখাম সড়ক নির্মাণ এবং ফাটা বিনিয়োগ ব্যাংক প্রতিষ্ঠাসহ অনেক উদ্যোগ গ্রহণ করেছে, যা অঞ্চলটিতে সমৃদ্ধি আনয়ন এবং নতুন কর্মসংস্থানের সুযোগ প্রদান করবে বলে আশা করা হচ্ছে। অভ্যন্তরীণভাবে বাস্তুচ্যুত জনগোষ্ঠীর পুনর্বাসনের জন্য প্রায় ১ বিলিয়ন ডলার ব্যয় করা হয়েছিল এবং প্রদেশের অর্থনৈতিক উন্নয়নের জন্য প্রায় ৫০০ মিলিয়ন ডলার তাৎক্ষণিকভাবে খাইবার পাখতুনখোয়া সরকারের অ্যাকাউন্টৈ স্থানান্তর করা হয়েছিল। 
২০০৬ সাল থেকে যুদ্ধবিধ্বস্ত এলাকাগুলি পুনর্গঠনের জন্য উল্লেখযোগ্য ও প্রধান আন্তর্জাতিক সংস্থা এবং জাতিসংঘের প্রচেষ্টা চলমান রয়েছে। ২০০৫ সালের প্রথম দিকে যুদ্ধবিধ্বস্ত অঞ্চলের পুনর্গঠন, অর্থনৈতিক উন্নয়ন এবং ধসে পড়া অর্থনীতির পুনরুদ্ধারের নেতৃত্ব দেওয়ার জন্যে প্রধান প্রধান সরকারি প্রতিষ্ঠানগুলি জনসাধারণের পর্যায়ে কাজ করেছিল। নীচে তাদের তালিকা দেওয়া হলো:
২০০৬–১৫ সালের কর্মসূচির অধীনে একটি নয় বছর মেয়াদী প্রকল্পে ফাটা অঞ্চলের অর্থনৈতিক পুনর্গঠনের জন্য $২.০৬ বিলিয়ন ডলারেরও বেশি ব্যয় করা হয়, যাতে মার্কিন সরকার ৫ বছরের জন্য $৭৫০ মিলিয়ন ডলার প্রদানের প্রতিশ্রুতি দিয়েছিল। ২০১০ সাল থেকে সেনাবাহিনীর ইঞ্জিনিয়ারিং ইউনিট, ফ্রন্টিয়ার ওয়ার্কস অর্গানাইজেশন (এফডব্লিউও) ও কর্পস অফ ইঞ্জিনিয়ার্স অ্যান্ড মিলিটারি ইঞ্জিনিয়ারিং সার্ভিস যুদ্ধবিধ্বস্ত এলাকা পুনর্গঠনের জন্য ফাটায় সক্রিয় রয়েছে। ৪০০ কিলোমিটারেরও বেশি রাস্তা, বাঁধ, খাল ও জলবিদ্যুৎ প্রকল্প নির্মাণসহ বিস্তৃত কার্যক্রম সম্পন্ন করার লক্ষ্যে এফডব্লিউও কর্তৃক বড় ধরনের অভিযান পরিচালিত হয়েছিল। এই বৃহৎ প্রকল্পের জন্য ইঞ্জিনিয়ারিং ইউনিটগুলি সরকার নিযুক্ত স্থানীয় উপজাতীয়দের সহায়তায় ওয়াজিরিস্তানে গোমাল জাম বাঁধের কাজ শুরু করে । ওয়াজিরিস্তানের ক্ষতিগ্রস্ত স্কুল ও কলেজ পুনর্নির্মাণের পর পাকিস্তান সেনাবাহিনী রাজনৈতিক ও শিক্ষামূলক কার্যক্রম শুরু করে এবং ২০১১ সালের আগস্ট থেকে সেনাবাহিনীর প্রতিষ্ঠানসমূহে উপজাতীয় কিশোর ও যুবক-যুবতীদের ভর্তির সুযোগ করে দেওয়া হয়। 
১৯৪৭ সালে যুক্তরাজ্য থেকে পাকিস্তানের স্বাধীনতার পর থেকে কেন্দ্র শাসিত উপজাতীয় এলাকার সাতটি জেলা সরাসরি পাকিস্তানের রাষ্ট্রপতি কর্তৃক নিযুক্ত রাজনৈতিক কর্মকর্তাদের দ্বারা শাসিত হতো। এই কর্মকর্তাদের নিজেদের অধীনস্থ উপজাতীয় জেলার ওপর প্রায় পূর্ণ ক্ষমতা ছিল। পাকিস্তানের সংবিধানের পঁচিশতম সংশোধনী দ্বারা ফাটাকে খাইবার পাখতুনখাওয়ার সাথে একীভূত করা হয়, যার ফলে ফাটার সাতটি এজেন্সি সাতটি জেলায় রূপান্তরিত হয়। এই সংশোধনী ঔপনিবেশিক যুগের "ফ্রন্টিয়ার ক্রাইমস রেগুলেশন (সীমান্ত অপরাধ নিয়ন্ত্রণ) বাতিল করে। এর পরিবর্তে "ফাটা অন্তর্বর্তী শাসন বিধিমালা, ২০১৮" কার্যকর করে, যার মাধ্যমে সাবেক ফাটার ভূখণ্ডে পাকিস্তানের সংবিধান কার্যকর হয়।
সংবিধানের ২৫তম সংশোধনী খাইবার-পাখতুনখোয়া প্রদেশে বিদ্রোহ দমনের ক্ষেত্রে একটি নিয়ামক হিসেবে কাজ করে। কারণ বিদ্রোহের দুর্গ হিসেবে কাজ করা অঞ্চলটি খাইবার-পাখতুনখোয়ার স্থানীয় প্রশাসনের অধীনে চলে আসে। প্রাদেশিক ও কেন্দ্রীয় বিভাগগুলি নিজেদের উপস্থিতি প্রতিষ্ঠা করেছে এবং পাকিস্তানের এখতিয়ারের বাইরে থাকা এই অঞ্চলগুলির উপর পাকিস্তানের নিয়ন্ত্রণ সুসংহত করতে শুরু করেছে। আইনশৃঙ্খলা রক্ষার জন্য প্রশিক্ষণের পর উপজাতীয় জেলাগুলিতে প্রায় ৩৭,৪২৮ জন পুলিশ সদস্য নিয়োগ ও মোতায়েন করা হয়েছে। এর ফলে অঞ্চলটিতে সীমিত পরিসরে হলেও শান্তি ফিরে এসেছে। যদিও বিচ্ছিন্নভাবে বিদ্রোহীরা হামলা এবং সংঘর্ষ চালিয়ে যাচ্ছে বলে রিপোর্ট করা হয়। বিশেষ করে ২০২১ সালে আফগানিস্তানে তালেবানের ক্ষমতা পুনরুদ্ধারের পর থেকে উপজাতীয় অঞ্চলের বিদ্রোহীরা পুনরায় সংগঠিত হওয়া শুরু করেছে। 
২০১১ সালের ১৯ অক্টোবর সংসদ সদস্যদের উদ্দেশ্যে এক সংক্ষিপ্ত বিবৃতিতে আন্তঃবাহিনী জনসংযোগ জানায় যে, সন্ত্রাসবিরোধী যুদ্ধে মোট প্রায় ৩,০৯৭ জন সরকারি সৈন্য ও কর্মী নিহত হয়েছেন এবং ৭২১ জন স্থায়ীভাবে অক্ষম হয়েছেন। পাকিস্তানি গোয়েন্দা সংস্থা ইন্টার-সার্ভিসেস ইন্টেলিজেন্সের বিভিন্ন স্থাপনা জঙ্গি হামলার লক্ষ্যবস্তু হওয়ার কারণে এর প্রায় ৬৩ জন কর্মী প্রাণ হারিয়েছে। উল্লিখিত সরকারি প্রতিবেদনে এটিও নিশ্চিত করা হয়েছে যে, ২০০১ সাল থেকে মোট ৪০,৩০৯ জন পাকিস্তানি সামরিক ও বেসামরিক নাগরিক উক্ত সংঘাতে প্রাণ হারিয়েছেন।
এছাড়াও তেহরিকে তালেবান পাকিস্তান ও মধ্য এশীয় বিভিন্ন জিহাদি গোষ্ঠীরও বিপুল সংখ্যক সদস্য উক্ত সংঘাতে হতাহতের শিকার হয়েছে। একটি প্রতিবেদন অনুসারে ২০১০ সালের ফেব্রুয়ারি মাস পর্যন্ত প্রায় ২০,৭৪২ জন বিদ্রোহী ও জিহাদি নিহত বা আটক হয়েছে। এর মধ্যে ২০০৭ সালের নভেম্বর পর্যন্ত ৪৮৮ জন বিদেশী যোদ্ধা নিহত; ২৪ জন গ্রেপ্তার এবং ৩২৪ জন আহত হয়েছিল। ২০০৭ এবং ২০০৮ সালে সংঘর্ষে ২২০ জন পুলিশ সদস্য নিহত হন। ২০০৩ সালে সর্বাত্মক যুদ্ধ শুরু হওয়ার আগে স্বাধীন সংবাদ সূত্রগুলি ২০০১ এবং ২০০২ সালে পাকিস্তানি বাহিনীর মৃত্যুর মাত্র চারটি ঘটনা বর্ণনা করেছিল। সেসব ঘটনায় প্রায় ২০ জন সৈন্য এবং পুলিশ নিহত হয়েছিল। 
সাউথ এশিয়ান টেররিজম পোর্টাল ওয়েবসাইটের সংকলিত তথ্য থেকে জানা যায় যে, ২০০০ সাল থেকে ২০১৯ সালের মে পর্যন্ত সমগ্র পাকিস্তানে প্রায় ৬৩,৮৭২ জন নিহত হয়েছেন, যাদের মধ্যে কমপক্ষে ৩৪,১০৬ জন বিদ্রোহী ও জিহাদি গোষ্ঠীর সদস্য, ৭,১১৮ জন নিরাপত্তা বাহিনীর সদস্য এবং ২২,৬৪৮+ বেসামরিক নাগরিক রয়েছে। 
পাকিস্তান সরকারের গবেষণা ও বিশ্লেষণ বিভাগের (Research and Analysis) কর্মকর্তা নওশাদ আলী খান ও খাইবার-পাখতুনখাওয়া পুলিশের "আত্মঘাতী ও সন্ত্রাসী হামলা ও পুলিশের কার্যক্রম" শীর্ষক একটি প্রতিবেদনে ২০০৮ সালে বিদ্রোহীদের সব কর্মকাণ্ডের বিস্তারিত তথ্য উপস্থাপন করা হয়েছে। 
প্রতিবেদন অনুযায়ী, ২০০৮ সালে বিদ্রোহী হামলার ফলে মোট ৪৮৩টি মামলা নথিভুক্ত হয়েছে, যেখানে ৫৩৩ জন নিহত এবং ১,২৯০ জন আহত হয়েছেন। এছাড়া, ২৯টি আত্মঘাতী হামলার ঘটনা রেকর্ড করা হয়েছে, যেখানে ২৪৭ জন নিহত এবং ৬৯৫ জন আহত হয়েছেন। একই সময়ের মধ্যে, খাইবার-পাখতুনখাওয়া পুলিশ সফলভাবে ৮৩টি সন্ত্রাসী হামলার প্রচেষ্টা ব্যর্থ করেছে, যা সম্ভাব্য আরও বড় ক্ষয়ক্ষতি থেকে দেশকে রক্ষা করেছে। 
মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের প্রবীণ পরিচর্যা বিষয়ক বিভাগের সমতুল্য পাকিস্তানের নিজস্ব কোনও সংস্থা নেই। এমন কোনো কেন্দ্রীয় মন্ত্রণালয়ও নেই, যা এটির প্রবীণদের বিষয়গুলি দেখাশোনা করে। পাকিস্তানের বেশিরভাগ পদাতিক বাহিনীর সদস্য সাধারণত নিম্ন আয়ের হয়ে থাকে এবং তারা দরিদ্র পরিবার থেকে আসে; মূলত দেশের গ্রামীণ এলাকা থেকে। তাদের নিয়োগের সময় থেকে শুরু করে অবসর বা মৃত্যুর আগ পর্যন্ত তারা সাধারণত অজানাই থেকে যান। পাকিস্তানে এখনো অবসরপ্রাপ্ত প্রবীণ সেনাদের জন্যে কার্যকর কোনো সমর্থন-ব্যবস্থা গড়ে ওঠেনি, যার ফলে অনেকে মনে করেন যে, তারা সেই ধরনের সমস্যার সম্মুখীন হতে যাচ্ছেন, যা ভিয়েতনাম যুদ্ধের পর সেখানকার প্রবীণ সৈনিকরা ভুগেছিলেন। মানসিক ও শারীরিক নানা সমস্যা মোকাবিলার পরও প্রবীণ সেনাদের সম্পর্কে রাজনীতিবিদরা তাদের ভাষণ বা বক্তব্যে খুব কমই আলোচনা করেন। কারণ, সাধারণ নাগরিক সমাজও তাদের পরিস্থিতি নিয়ে খুব কমই জানতে চায় বা গুরুত্ব দেয়। প্রবীণ সেনাদের কীভাবে সমাজে পুনরায় অন্তর্ভুক্ত করা যায়, সে বিষয়টি এখনো সরকার বা নীতিনির্ধারকদের আলোচনায় আসেনি। পাকিস্তানে পরিবার ব্যবস্থা শক্তিশালী হওয়ার ফলে প্রবীণদের দেখাশোনা সাধারণত অন্য সদস্যরা করেন। তবে প্রবীণদের জন্য আলাদা সুরক্ষা ব্যবস্থা প্রতিষ্ঠিত না হলে বৃহৎ আকারে এটি সমাজে বিরূপ প্রভাব ফেলতে পারে বলে অনেক বিশ্লেষক ধারণা করেন। 
বিশেষ করে রেমন্ড ডেভিসের ঘটনার পর–যে একজন ভাড়াটে নিরাপত্তা রক্ষী ছিল এবং লাহোরে জনসম্মুখে দুজন পাকিস্তানিকে গুলি করে হত্যা করেছিল–দেশে আমেরিকা-বিরোধী মনোভাব মোকাবেলা করা মার্কিন রাষ্ট্রদূত ক্যামেরন মুন্টারের পক্ষে কঠিন হয়ে পড়ে। কারণ পাকিস্তানে আমেরিকা-বিরোধী মনোভাব বিশ্বে সবচেয়ে শক্তিশালী। রাষ্ট্রপতি জর্জ ডব্লিউ বুশ কর্তৃক প্রবর্তিত মার্কিন সামরিক ড্রোন হামলা ও রাষ্ট্রপতি বারাক ওবামা নিজের সন্ত্রাস বিরোধী নীতি হিসাবে পাকিস্তানে সামরিক হস্তক্ষেপ অব্যাহত রাখার ফলে দেশটিতে আমেরিকা-বিরোধীতা বৃদ্ধি পেয়েছে। ২০১০ সালের হিসাব অনুযায়ী, প্রায় ৬০%–৮০% পাকিস্তানি ব্যক্তি মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রকে শত্রু রাষ্ট্র হিসেবে বিবেচনা করেছেন। 
আমেরিকা-বিরোধী মনোভাব মূলত পাকিস্তানে মার্কিন কেন্দ্রীয় গোয়েন্দা সংস্থা (সিআইএ)-এর কর্মকাণ্ডের বিরুদ্ধে সমালোচনামূলক প্রতিক্রিয়ার ফলে সৃষ্টি হয়েছে। বিশেষ করে রেমন্ড অ্যালেন ডেভিস কুখ্যাত ঘটনার বহিঃপ্রকাশ এবং আফগানিস্তান সীমান্ত থেকে পাকিস্তানে মার্কিন সামরিক হস্তক্ষেপ– যেমন: ২০১১ সালে পাকিস্তানে ন্যাটো হামলা–এ মনোভাব আরও তীব্র করে। এসব ঘটনা পাকিস্তানে তৎকালীন মার্কিন প্রেসিডেন্ট বারাক ওবামার প্রশাসনের সার্বজনীন বিশ্বাসযোগ্যতাকে ক্ষুণ্ণ করে। তদুপরি, একটি জরিপ অনুযায়ী পাকিস্তানের প্রতি ১০ জন নাগরিকের মধ্যে আনুমানিক ৪ জন মনে করেন যে, মার্কিন সামরিক ও অর্থনৈতিক সহায়তা তাদের দেশে নেতিবাচক প্রভাব ফেলছে, যেখানে মাত্র ১০ জনের মধ্যে ১ জন এই সহায়তাকে ইতিবাচক বলে মনে করেন। তবে, ২০১০ সালে পাকিস্তান যুক্তরাষ্ট্র থেকে ১,০০০টি লেজার-নির্দেশিত বোমা কিট এবং ১৮টি এফ-১৬ যুদ্ধবিমান ক্রয় করে, যা উভয় দেশের মধ্যে প্রতিরক্ষা সহযোগিতার একটি গুরুত্বপূর্ণ দিক তুলে ধরে। 
পাকিস্তানের শীর্ষস্থানীয় অর্থনীতিবিদ এবং আর্থিক বিশেষজ্ঞদের দ্বারা পরিচালিত গবেষণা ও অনুসন্ধান অনুসারে, এই যুদ্ধ পাকিস্তানের জাতীয় অর্থনীতিতে খুব মারাত্মকভাবে আঘাত করেছিল এবং যুদ্ধের ফলে দেশের জাতীয় অর্থনীতিতে যে সমীকরণ তৈরি হয় তা পাকিস্তানের সামরিক ও অর্থনৈতিক পরিকল্পনাকারী কর্মকর্তাদের জন্য আশ্চর্যজনক ও অপ্রত্যাশিত ছিল। পাকিস্তান সরকারের অর্থনৈতিক প্রতিষ্ঠানগুলি এই সংঘাতকে "অর্থনৈতিক সন্ত্রাসবাদ" হিসাবে উল্লেখ করেছে। পাকিস্তানি কর্মকর্তাদের মতে, ২০০১–২০০২ সালে এর প্রত্যক্ষ ও পরোক্ষ খরচ ছিল প্রায় $২.৬৭ বিলিয়ন ডলার, যা ২০০৯–১০ সালে ১৩.৬ বিলিয়ন ডলারে পৌঁছেছিল এবং ২০১০–১১ অর্থবছরে সেই খরচ বেড়ে প্রায় ১৭.৮ বিলিয়ন ডলারে পৌঁছাবে বলে ধারণা করা হয়েছিল। দেশের মোট বিনিয়োগের হার ( জিডিপি অনুপাতে) ২০০৬–০৭ সালে ২২.৫% ছিল, যা যুদ্ধের ফলে ২০১০-১১ সালে কমে ১৩.৪%-এ নেমে এসেছে। এর ফলে অর্থনীতির কর্মসংস্থান সৃষ্টির ক্ষমতা মারাত্মকভাবে ক্ষতিগ্রস্ত হয়েছে। লাহোর- ভিত্তিক ইংরেজি ভাষার শীর্ষস্থানীয় সংবাদপত্র "দ্য নেশন" মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের তীব্র সমালোচনা করে এবং কথিত সন্ত্রাসের বিরুদ্ধে যুদ্ধে দক্ষিণ এশিয়ায় মার্কিন ভূমিকাকে "অর্থনৈতিক সন্ত্রাসবাদ" বলে অভিহিত করে। 
২০১৬ সালের নভেম্বর পর্যন্ত চলামন সংঘাত এবং এর সাথে পাকিস্তানে সন্ত্রাসবাদের কারণে পাকিস্তানের ১১৮.৩ বিলিয়ন ডলার ক্ষতি হয়েছে। মার্কিন কংগ্রেস ও পাকিস্তানি গণমাধ্যমের মতে, ২০০১ থেকে ২০১০ সাল পর্যন্ত সন্ত্রাসবাদ বিরোধী অভিযানের জন্য এবং ওয়াজিরিস্তান ও ডুরান্ড লাইন বরাবর অন্যান্য উপজাতি এলাকায় নিজস্ব সামরিক অভিযানের জন্য পাকিস্তান মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের কাছ থেকে প্রায় ১৮ বিলিয়ন ডলার পেয়েছে। তৎকালীন বুশ প্রশাসন পাকিস্তানকে কথিত সন্ত্রাসের বিরুদ্ধে যুদ্ধে সম্মুখভাগের মিত্র হওয়ার জন্য অতিরিক্ত তিন বিলিয়ন ডলারের পাঁচ বছর ব্যাপী একটি সামরিক সহযোগিতা প্যাকেজও নিবেদন করে। সামরিক এবং অর্থনৈতিক সাহায্যের $৬০০ মিলিয়ন ডলারের সম্মিলিত বার্ষিক কিস্তি ২০০৫ সালে শুরু হয়েছিল। 
২০০৯ সালে তৎকালীন মার্কিন রাষ্ট্রপতি বারাক হুসেন ওবামা পাকিস্তানকে সমর্থন অব্যাহত রাখার প্রতিশ্রুতি দিয়েছিলেন এবং বলেছিলেন যে, পরবর্তী পাঁচ বছর ধরে পাকিস্তানকে প্রতি বছর ১.৫ বিলিয়ন ডলার অর্থনৈতিক সহায়তা দেওয়া হবে। তখন তালেবান ও আল-কায়েদাকে পরাজিত করার লক্ষ্যে নতুন মার্কিন কৌশল উন্মোচন করে ওবামা বলেন, আল-কায়েদার নিরাপদ আশ্রয়স্থল ধ্বংস করার জন্য পাকিস্তানকে 'আরও শক্তিশালী অংশীদার' হতে হবে। এছাড়াও প্রেসিডেন্ট ওবামা পাকিস্তান-আফগানিস্তান সীমান্তে মার্কিন নেতৃত্বাধীন সন্ত্রাসের বিরুদ্ধে যুদ্ধকে তীব্রতর করার জন্য পাকিস্তানি সামরিক বাহিনীকে অতিরিক্ত ২.৮ বিলিয়ন ডলার সহায়তা প্রদানের প্রস্তাব করার পরিকল্পনা করেছেন। সামরিক সাহায্যটি ২০০৯ সাল থেকে পরবর্তী পাঁচ বছরের জন্য বরাদ্দ প্রতি বছর ১.৫ বিলিয়ন ডলার বেসামরিক সাহায্য থেকে অতিরিক্ত হবে। 
নিজের আত্মজীবনীতে রাষ্ট্রপতি মুশাররফ লিখেছেন যে, আফগানিস্তানের সীমান্তবর্তী উপজাতীয় এলাকা থেকে আল-কায়েদা কর্মীদের গ্রেফতারের জন্য মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র তৎকালীন পাকিস্তান সরকারকে লক্ষ লক্ষ ডলার পুরস্কার হিসাবে প্রদান করেছিল। এর বিনিময়ে আটককৃত আল-কায়েদা সদস্যদের মধ্যে প্রায় ৩৫৯ জনকে বিচারের নামে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের কাছে হস্তান্তর করা হয়েছিল।