মুহাম্মাদ মুরসি

মুহাম্মাদ মুরসি ইসা আল-আইয়াত (, , জন্ম: ৮ আগস্ট ১৯৫১ মৃত্যু: ১৭ জুন, ২০১৯) ছিলেন একজন মিশরীয় রাজনীতিবিদ, প্রকৌশলী ও পঞ্চম রাষ্ট্রপতি।
মুরসি ২০০০ সালে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হয়েছিলেন এবং ২০০৫ সাল পর্যন্ত মিশরের সংসদে বহাল ছিলেন। এ সময়ে তিনি মুসলিম ব্রাদারহুডের একজন নেতৃস্থানীয় ব্যক্তিত্বে পরিণত হন। ২০১১ সালে মুসলিম ব্রাদারহুড ফ্রিডম অ্যান্ড জাস্টিস পার্টি (এফজেপি) নামে নতুন রাজনৈতিক দল গঠন করলে মুরসী তার চেয়ারম্যান নিযুক্ত হন। মিশরের দুই পর্বের রাষ্ট্রপতি নির্বাচন, যেটি ২০১২ সালের মে ও জুনে অনুষ্ঠিত হয়, সে নির্বাচনে মুরসী এফজেপির মনোনীত প্রার্থী ছিলেন এবং উভয় পর্বেই সংখ্যাগরিষ্ঠ ভোট পেয়ে নির্বাচিত হন।
২৪ জুন, ২০১২ তারিখে মিশরের নির্বাচন কমিশন মুহাম্মাদ মুরসিকে ক্ষমতাচ্যুত রাষ্ট্রপতি হোসনি মুবারাকের সর্বশেষ প্রধানমন্ত্রী আহমেদ শফিকের বিপরীতে দ্বিতীয় পর্বের ভোটে, যেটি প্রথম পর্বের শীর্ষ দুই প্রার্থীর মধ্যে অনুষ্ঠিত হয়েছিল, জয়ী ঘোষণা করে। কমিশন কর্তৃক প্রকাশিত ফলাফল অনুযায়ী মুরসী ৫১.৭ শতাংশ এবং আহমেদ শফিক ৪৮.৩ শতাংশ ভোট লাভ করেন।
নির্বাচন কমিশন এই ফলাফল ঘোষণা করার পর মুহুর্তেই মুসলিম ব্রাদারহুড ও এফজেপি আনুষ্ঠানিক ভাবে মুহাম্মাদ মুরসিকে তাদের সকল সাংগঠনিক পদ থেকে অব্যাহতি দেয় এবং তাকে ‘মিশরের সর্বস্তরের মানুষের রাষ্ট্রপতি’ হিসেবে স্বীকৃতি দেয়।
মুহাম্মাদ মুরসি মিশরীয় রাজতন্ত্রের শেষ বছরগুলিতে ৮ আগস্ট ১৯৫১ সালে কায়রোর উত্তরে এল আদওয়াহ গ্রামে উত্তর মিশরের শারক্বিয়া গভর্নরেটে জন্মগ্রহণ করেন। তার বাবা কৃষক এবং মা ছিলেন একজন গৃহিণী। তিনি পাঁচ ভাইয়ের মধ্যে সবচেয়ে বড় ছিলেন এবং সাংবাদিকদের বলেছিলেন যে একটি গাধার পিঠে চড়ে তাকে স্কুলে নিয়ে যাওয়ার কথা তার স্মরণে আছে। ১৯৬০ এর দশকের শেষের দিকে, কায়রো বিশ্ববিদ্যালয়ে অধ্যয়নের জন্য তিনি কায়রোতে আগমন করেন এবং ১৯৭৫ সালে উচ্চ সম্মানের সাথে ইঞ্জিনিয়ারিংয়ে বিএসসি অর্জন করেন। তিনি রাসায়নিক যুদ্ধ ইউনিটে ১৯৭৫ থেকে ১৯৭৬ সাল পর্যন্ত মিশরীয় সেনাবাহিনীতে তার সামরিক সেবা সম্পন্ন করেছিলেন। এরপর তিনি কায়রো বিশ্ববিদ্যালয়ে পুনরায় অধ্যয়ন শুরু করেন এবং ১৯৭৮ সালে ধাতব প্রকৌশল বিভাগে এমএস ডিগ্রি অর্জন করেন। স্নাতকোত্তর ডিগ্রি অর্জনের পর, মুরসি একটি সরকারি বৃত্তি লাভ করেন যা তাকে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে পড়াশোনা করার সুযোগ উন্মোচন করে দেয়। তিনি ১৯৮২ সালে ইউনিভার্সিটি অফ সাউদার্ন ক্যালিফোর্নিয়া থেকে পদার্থ বিজ্ঞানে অ্যালুমিনিয়াম অক্সাইডের উপর গবেষণা করে পিএইচডি ডিগ্রি লাভ করেন।
মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে বসবাসকালীন মুরসি ১৯৮২ থেকে ১৯৮৫ সাল পর্যন্ত ক্যালিফোর্নিয়া স্টেট ইউনিভার্সিটি, নর্থরিজে একজন সহকারী অধ্যাপক হিসেবে নিয়োজিত ছিলেন।
মুরসি ১৯৮৫ সালে সিএসইউএন-এ তার চাকরি থেকে ইস্তফা দিয়ে মিশরে ফিরে আসেন এবং জাগাজিগ বিশ্ববিদ্যালয়ে প্রকৌশল বিভাগের প্রধান অধ্যাপক হিসেবে নিযুক্ত হন। তিনি ২০১০ সাল অবধি জাগাজিগ বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রকৌশল বিভাগের প্রভাষক পদে বহাল ছিলেন। 
২০০০ সালে মুহাম্মাদ মুরসি সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন। সাংগঠনিক ভাবে তিনি মুসলিম ব্রাদারহুডের সদস্য হলেও, নির্বাচনে তাকে ব্রাদারহুডের অন্যান্য নেতাদের মত আইনত স্বতন্ত্র ভাবে লড়তে হয় কারণ হোসনি মুবারাকের শাসনামলে মুসলিম ব্রাদারহুড মিশরের প্রত্যক্ষ রাজনীতিতে নিষিদ্ধ ছিল। মুরসি ব্রাদারহুডের গুরুত্বপূর্ণ গাইড্যান্স অফিসের প্রধান হিসেবে দায়িত্বরত ছিলেন, যার পরিণতিতে ২০১১ সালে ব্রাদারহুডের প্রত্যক্ষ রাজনৈতিক দল ফ্রিডম অ্যান্ড জাস্টিস পার্টি গঠনের পর তিনিই দলটির চেয়ারম্যান পদ লাভের জন্য সবচেয়ে সম্ভাব্য ছিলেন।
মূলত দলীয় উপনেতা ও রাজনৈতিক প্রধান খাইরাত এল-শাতেরই ছিলেন মুসলিম ব্রাদারহুডের মূল রাষ্ট্রপতি পদপ্রার্থী। কিন্তু একটি আদালত প্রচারণা শুরুর আগে শাতের সহ একাধিক প্রার্থীকে নির্বাচনে অযোগ্য ঘোষণা করলে ব্রাদারহুড বা এফজেপি প্রার্থী হিসেবে মুহাম্মাদ মুরসির নাম উঠে আসে, যিনি মূলত সংগঠনটির দ্বিতীয় মনোনয়ন ছিলেন। পরে এফজেপি মুরসিকে তাদের প্রার্থী হিসেবে চূড়ান্ত করে।
ব্রাদারহুডের এক দলত্যাগী জনপ্রিয় নেতার অংশগ্রহণ সত্ত্বেও মুহাম্মাদ মুরসি ২৩ মে, ২০১২ এর নির্বাচনে ২৫.৫ শতাংশ ভোট পান, যা ছিল সর্বোচ্চ। প্রথম পর্বের পর মুহাম্মাদ মুরসি এবং আহমেদ শফিক দ্বিতীয় পর্বের চূড়ান্ত ভোটাভুটির জন্য মনোনীত হন। দ্বিতীয় পর্বের নির্বাচনের আগে মুহাম্মাদ মুরসি মিশরের সর্বস্তরের মানুষের প্রতি আহমেদ শফিকের বিরুদ্ধে অবস্থান নেওয়ার আহবান জানান। মুরসির রাজনৈতিক দল আহমেদ শফিককে, যিনি সাবেক বিমান বাহিনী প্রধান যিনি হোসনি মুবারাকের অধীনের প্রধানমন্ত্রী হিসেবে দায়িত্ম পালন করেন, ক্ষমতাচ্যুত মুবারাকের রক্ষাকর্তা হিসেবে আখ্যায়িত করে প্রচার করে, শফিক নির্বাচিত হলে মিশরের ক্ষমতাচ্যুত স্বৈরশাসন নতুন জীবন পাবে। 
৩০ মে, ২০১২ তারিখে মুহাম্মাদ মুরসি মিশরীয় টেলিভিশন উপস্থাপক তাওফিক ওকাশার বিরুদ্ধে একটি মানহানি মামলা করে বলেন, ওকাশা ইচ্ছাকৃত ভাবে ভুল তথ্য উপস্থাপন করে মুরসি ও তার রাজনৈতিক দলের সম্মানহানি করেছে। মিশরীয় গণমাধ্যমের সূত্রমতে, ওকাশা ২৭ মে তারিখে প্রায় তিন ঘণ্টা ব্যাপী একটি টেলিভিশন বক্তব্যে মিশরে ‘ইসলামপন্থীদের হাতে খ্রিষ্টানদের হত্যাকান্ডের’ প্রমাণাদি তুলে ধরে প্রশ্ন করেন, হত্যাকারীরা কীভাবে দেশ চালাবে। উল্লেখ্য, বিতর্কিত প্রমাণাদিগুলোতে ইসলামপন্থী হিসেবে মূলত মুসলিম ব্রাদারহুডকে ইঙ্গিত করা হয়েছিল।
২৪ জুন, ২০১২ তারিখে মুরসিকে দ্বিতীয় পর্বের নির্বাচনে জয়ী, অর্থাৎ রাষ্ট্রপতি হিসেবে নির্বাচিত ঘোষণা করা হয়। এর পরপরই মুরসি মুসলিম ব্রাদারহুড ও ফ্রিডম অ্যান্ড জাস্টিস পার্টি থেকে আনুষ্ঠানিক অব্যাহতি গ্রহণ করেন।
সেখানে আরও বলা হয়ে থাকে, তিনি মুসলিম ব্রাদারহুড এর মনোনীত প্রার্থী হিসেবে নির্বাচনে যোগদান করেন।
মুহাম্মদ মুরসি বলেন, "কোন অস্তিত্বশীল বস্তু সংবিধানের উপরে থাকবে না" তবে সেনাবাহিনীর অবস্থানের জন্য তার দৃষ্টিভঙ্গি বানাননি। তিনি বলেন, সেনাবাহিনীর বাজেট সংসদ কর্তৃক তত্ত্বাবধান করা উচিত তবে নির্দিষ্ট এলাকায় গোপনীয়তার প্রয়োজন হবে। তিনি মিশরের সংবিধানকে সম্মান করার প্রতিশ্রুতি দিয়েছিলেন এবং ফ্রিডম অ্যান্ড জাস্টিস পার্টি "জনগণকে বিশ্বাস করতে আমরা চাপ দিচ্ছি না"। তিনি বলেছেন মিশরীয়রা এমন সমাজে বসবাসের চেষ্টা করেছিল যার মধ্যে সকলের সমান অধিকার রয়েছে। তিনি ২০১১ সালের বিপ্লবকে মধ্য প্রাচ্যে একটি "ইসলামিক জাগরণ" হিসাবেও যুক্ত করেছিলেন।
মুরসি মিশরের প্রথম গণতান্ত্রিকভাবে নির্বাচিত রাষ্ট্রপতি হিসাবে ২০১২ সালের ৩০ জুন শপথ গ্রহণ করেন। ২০১১ সালের ১১ ফেব্রুয়ারি হোসনি মোবারক পদত্যাগ করতে বাধ্য হওয়ার পর মুরসি মিশরের রাষ্ট্রপতির পদে স্থলাভিষিক্ত হন। 
মুরসি ২০১২ সালের ১০ জুলাই সংসদ পুনর্বহাল করেন; যা তার এবং আইনসভা ভেঙে দেওয়া সামরিক কর্মকর্তাদের মধ্যে সংঘাত সৃষ্টি করবে বলে আশঙ্কা করা হয়।। 
মুরসি নাগরিক অধিকার ও ইসলামি আইন সংশ্লিষ্ট একটি নতুন সংবিধানের খসড়া প্রণয়নকে প্রভাবিত করার চেষ্টা করেন। 
২০১২ সালের ৩০ জুন কায়রোর তাহরির স্কোয়ারে সমর্থকদের উদ্দেশ্যে বক্তৃতায়, মুরসি সংক্ষিপ্তভাবে উল্লেখ করেন যে তিনি ১৯৯৩ সালে নিউইয়র্ক সিটিতে ওয়ার্ল্ড ট্রেড সেন্টারে বোমা হামলার জন্য দোষী সাব্যস্ত হওয়া"ওমর আবদেল রহমান" সহ অন্যান্য মিশরীয়দের মুক্ত করতে সর্বাত্মক প্রয়াস চালাবেন।
পরবর্তীতে ব্রাদারহুডের একজন মুখপাত্র বলেন যে উক্ত বক্তব্য মানবিক কারণে প্রত্যর্পণ করা হয় এবং আদতে মুরসি আবদেল-রহমানকে নির্দোষ সাব্যস্ত করার ইচ্ছা পোষণ করেননি। 
২০১২ সালের ১০ জুলাই, মুরসি ২০১২ সালের ১৪ জুন মিশরের সর্বোচ্চ সাংবিধানিক আদালত ভেঙে দেওয়া ইসলামপন্থী সংসদকে পুনঃপ্রতিষ্ঠা করেন। মিশরের সরকারী বার্তা সংস্থার মতে, মুরসি ২০১১ সালে নির্বাচিত বিধায়কদের অবিলম্বে ফিরে আসার নির্দেশ দেন, যাদের বেশিরভাগই মুরসির ফ্রিডম অ্যান্ড জাস্টিস পার্টি এবং অন্যান্য ইসলামপন্থী গোষ্ঠীর সদস্য। মুরসির একজন মুখপাত্র ঘোষণা করেন যে প্রেসিডেন্ট একজন খ্রিস্টান ও একজন মহিলাকে ভাইস-প্রেসিডেন্ট হিসেবে নিয়োগ করবেন। অবশেষে যদিও মাহমুদ মেক্কি নামক একজন মুসলিম পুরুষকে উক্ত পদে নিযুক্ত করেন। ২২ ডিসেম্বর ২০১২ তারিখে মেক্কি পদত্যাগ করেন। 
কামাল গঞ্জৌরির পদত্যাগের পর, মুরসি হেশাম কান্দিলকে নতুন সরকার গঠনের দায়িত্ব প্রদান করেন। ২ আগস্ট ২০১২ তারিখে কান্দিল প্রধানমন্ত্রী হিসেবে শপথ গ্রহণ করেন। মুরসি রাষ্ট্রপতির ক্ষমতা সীমিত করার সাংবিধানিক বিধানের ব্যাপারেও আপত্তি করেন। 
২০১২ সালের ১২আগস্ট, মুরসি দেশটির সশস্ত্র বাহিনীর প্রধান মুহাম্মাদ হুসেইন তানতাভি এবং সেনা প্রধান সামি হাফেজ আনানকে পদত্যাগ করতে বলেন। তিনি আরও ঘোষণা করেন যে রাষ্ট্রপতির ক্ষমতা সীমিত করে সশস্ত্র বাহিনীর সুপ্রিম কাউন্সিল (এসসিএএফ) দ্বারা পাস করা সাংবিধানিক সংশোধনী বাতিল করা হবে। মুরসির মুখপাত্র ইয়াসের আলী ঘোষণা করেন যে তানতাভি এবং আনান উভয়েই রাষ্ট্রপতির উপদেষ্টা থাকবেন। মুরসি তৎকালীন সামরিক গোয়েন্দা প্রধান আবদেল ফাত্তাহ আল-সিসিকে মিশরের নতুন প্রতিরক্ষা মন্ত্রী হিসেবে নিযুক্ত করেন। হোসনি মোবারকের পতনের পর 'এসসিএএফ' এর কর্তৃত্ব বিবেচনা করে দ্য নিউ ইয়র্ক টাইমস এই পদক্ষেপটিকে একটি "উত্থান" হিসাবে অভিহিত করে। আল জাজিরা এটিকে রাষ্ট্রপতি এবং সামরিক বাহিনীর মধ্যে "ক্ষমতার লড়াই বৃদ্ধি" হিসাবে আখ্যা দেয়। ২০১২ সালের ১৪ আগস্ট একজন মিশরীয় আইনজীবী মুহাম্মাদ সালেম, মুরসির তানতাওয়ি এবং আনানকে অপসারণের বিষয়ে একটি আইনি আপত্তি দায়ের করেন এই যুক্তিতে যে মুরসি সর্বগ্রাসী শাসন ফিরিয়ে আনার পরিকল্পনা করছেন। 
মুরসি ১৬ আগস্ট ২০১২ তারিখে আরও দুই উচ্চপদস্থ নিরাপত্তা কর্মকর্তাকে বরখাস্ত করেন। তারা হলেন রাষ্ট্রপতির প্রহরী বাহিনীর কমান্ডার এবং গোয়েন্দা অধিদপ্তরের পরিচালক মুরাদ মুওয়াফি।
২০১২ সালের ২৭ আগস্ট, মুরসি ২১ জন উপদেষ্টা এবং সহকারীর নাম ঘোষণা করেন যার মধ্যে তিনজন মহিলা, দু'জন খ্রিস্টান এবং বিপুল সংখ্যক ইসলাম অনুরক্ত ব্যক্তি অন্তর্ভুক্ত ছিল। তিনি দেশের ২৭টি অঞ্চলে নতুন গভর্নর নিয়োগ করেন। 
২০১২ সালের অক্টোবরে, মুরসি সরকার সুয়েজ খাল সংলগ্ন একটি অর্থনৈতিক ও শিল্প কেন্দ্র উন্নয়নের পরিকল্পনা উন্মোচন করে। কাতার থেকে ৮ বিলিয়ন ডলার তহবিলের প্রতিশ্রুতি স্বরুপ গৃহীত হয়। "ইউরোপিয়ান ব্যাংক ফর রিকন্সট্রাকশন অ্যান্ড ডিভলপমেন্ট" ১ বিলিয়ন ডলার প্রদানে প্রতিশ্রুতিবদ্ধ হয়। ২০১৩ সালের ১৯ মার্চ ভারত সফরকালীন, মুরসি ভারতের প্রধানমন্ত্রী মনমোহন সিংয়ের কাছে সমর্থন প্রত্যাশা করেন। প্রকল্পটি মুরসির অধীনে সম্পন্ন না হলেও, তার উত্তরসূরি আবদেল ফাত্তাহ এল-সিসি ২০১৪ সালের আগস্টে সুয়েজ খালের সম্প্রসারণের সাথে সাথে জলপথের একটি সুবিন্যস্ত সংস্করণ পুনরুজ্জীবিত করেন এবং চালু করেন। 
২০১২ সালের ১৯ অক্টোবর, মুরসি তার প্রথম সরকারী সফরে মিশরের উত্তর-পশ্চিমাঞ্চলীয় মাতরুহে এল-তেনাইম মসজিদে মিশরীয় ঐক্যের উপর বক্তৃতা দিতে গমন করেন। তার বক্তৃতার অব্যবহিত আগে তিনি সেখানে মোনাজাতে অংশগ্রহণ করে উচ্চস্বরে "আমেন" বলেন। কারণ, স্থানীয় প্রধান ধর্মগুরু ফুতুহ আবদ আল-নবী মনসুর ঘোষণা করেছিলেন, "ইহুদি এবং তাদের সমর্থকদের মোকাবিলা করুন৷ হে আল্লাহ, তাদের ছত্রভঙ্গ করুন, বিচ্ছিন্ন করুন। হে আল্লাহ, তাদের উপর তোমার শক্তি ও মহত্ত্ব প্রদর্শন করুন। আমাদেরকে আপনার সর্বশক্তিমত্তা দেখান, হে প্রভু।" প্রার্থনাগুলি মিশরের রাষ্ট্রীয় টেলিভিশনে সম্প্রচারিত হয় এবং এমইএমআরআই দ্বারা অনূদিত হয়। মূলত এমইএমআরআই সম্প্রচারটিকে "ইহুদি এবং তাদের সমর্থকদের ধ্বংস করো" শিরোনামে অনুবাদ করে। যদিও পরবর্তীতে তাদের অনুবাদ সংশোধন করা হয়। 
মুরসি ২০১২ সালের ১৮ নভেম্বর আব্বাশিয়া ক্যাথেড্রালে আয়োজিত কপ্টিক পোপ দ্বিতীয় তাওয়াড্রোসের অভিষেক অনুষ্ঠানে যোগদান করেননি, যদিও সেখানে প্রধানমন্ত্রী হেশাম কান্দিল উপস্থিত ছিলেন। 
২০১২ সালের নভেম্বরে প্রদত্ত ঘোষণা
২০১২ সালের ২২ নভেম্বর, মুরসি একটি ঘোষণা জারি করেন যা বিচারিক হস্তক্ষেপ থেকে নতুন সংবিধান প্রণয়নকারী গণপরিষদের কাজকে রক্ষা করার জন্য নির্দেশ প্রদান করে।কার্যত, এই ঘোষণাটি তার কর্মকে যেকোনো আইনি চ্যালেঞ্জ থেকে মুক্ত রাখে। ফরমানে বলা হয় যে এটি শুধু একটি নতুন সংবিধান অনুমোদন না হওয়া পর্যন্ত প্রয়োগ করা হবে। এই ঘোষণায় মুবারক-যুগে প্রতিবাদকারীদের হত্যাকাণ্ডে অভিযুক্তদের পুনর্বিচারেরও দাবি জানানো হয়। উপরন্তু, উক্ত ঘোষণাটি মুরসিকে বিপ্লব টিকিয়ে রাখার জন্য প্রয়োজনীয় যেকোনো ব্যবস্থা গ্রহণের অনুমতি দেয়। উদারপন্থী এবং ধর্মনিরপেক্ষ দলগুলি সাংবিধানিক গণপরিষদ থেকে বের হয়ে যায় কারণ তারা বিশ্বাস করেছিল যে এটি কঠোর ইসলামি অনুশীলন আরোপ করবে। অন্যদিকে মুসলিম ব্রাদারহুডের সদস্যরাও মুরসিকে সমর্থন করে। 
মোহাম্মদ এলবারাদেই এই পদক্ষেপের সমালোচনা করে বলেন যে মুরসি "সকল রাষ্ট্রীয় ক্ষমতা দখল করেছেন এবং নিজেকে মিশরের নতুন ফারাও নিযুক্ত করেছেন।" এই পদক্ষেপটি মিশর জুড়ে ব্যাপক বিক্ষোভ ও সহিংস কর্মকাণ্ডের দিকে ধাবিত করে। বিক্ষোভকারীরা হোসনি মোবারকের পদত্যাগের আগে বিক্ষোভের স্থান তাহরির স্কোয়ারে তাঁবু টানিয়ে অবস্থান নেয়। বিক্ষোভকারীরা উক্ত ঘোষণাটি প্রত্যাহার এবং গণপরিষদ ভেঙে দেওয়ার দাবি জানায়। তাহরির স্কোয়ারে জড়ো হওয়া লোকেরা ২৭ নভেম্বর একটি বিশাল প্রতিবাদের ডাক দেয়। বিক্ষোভকারী ও পুলিশের মধ্যে সংঘর্ষের খবর পাওয়া যায়। অ্যামনেস্টি ইন্টারন্যাশনাল, হিউম্যান রাইটস ওয়াচ এবং ফ্রিডম হাউসের মতো মানবাধিকার সংগঠনগুলিও এই ঘোষণাটির নিন্দা করে। মিশরীয় বিচারকদের সর্বোচ্চ সংস্থা এই রায়কে "বিচার বিভাগের স্বাধীনতা এবং এর রায়ের উপর নজিরবিহীন আক্রমণ" বলে মন্তব্য করে। হোসনি মোবারক কর্তৃক নিযুক্ত একজন প্রসিকিউটর আবদেল মেগুইদ মাহমুদ ফরমানটিকে "অকার্যকর" ঘোষণা করেন। মুরসি আরও জোর দিয়ে বলেন যে ঘোষণাটি অস্থায়ী এবং তিনি এই ব্যাপারে বিরোধীদের সাথে আলাপ করতে চান। মুরসির বিবৃতি বিচারক বা নাগরিকদের খুশি করতে ব্যর্থ হয়। তারা তার সিদ্ধান্তে অসন্তুষ্ট হয়ে তাহরির স্কোয়ারে বিক্ষোভের স্ফুলিঙ্গ প্রজ্জ্বলিত করে। 
ভাষা পরিবর্তন না করে, মুরসি চার দিনের বিক্ষোভ এবং বেশ কয়েকজন সিনিয়র উপদেষ্টার পদত্যাগের পর ঘোষণাটি সার্বভৌম বিষয়ে সীমাবদ্ধ করতে সম্মত হন। মুরসির মুখপাত্র বলেন, শীর্ষ বিচার বিভাগীয় কর্তৃপক্ষের সাথে একটি চুক্তি করা হয়েছে, যা রাষ্ট্রপতির বেশিরভাগ ক্রিয়াকলাপ আদালতের পর্যালোচনা সাপেক্ষে গৃহীত হবে। তবে গণপরিষদকে তার কাজ শেষ করার আগে আদালতের দ্বারা ভেঙে দেওয়া থেকে রক্ষা করার জন্য তার ক্ষমতা সংরক্ষণ করবে। প্রেসিডেন্ট মুরসিও সম্মত হন যে নতুন প্রমাণ উপস্থাপন করা অবধি হোসনি মোবারকের অধীনের প্রাক্তন কর্মকর্তাদের আর কোনো পুনর্বিচার করা হবে না।
২০১২ সালের ১ নভেম্বর গণপরিষদ মুরসির কাছে খসড়া সংবিধান হস্তান্তর করে, যাতে বলা হয় যে ২০১২ সালের ১৫ ডিসেম্বর একটি সাংবিধানিক গণভোট অনুষ্ঠিত হবে। 
২০১২ সালের ৪ ডিসেম্বর, কিছু বিক্ষোভকারী যখন প্রাসাদের চারপাশে পুলিশের বেষ্টনী ভেঙে দেয় এবং সাঁজোয়া বাহনে আরোহণ করে পতাকা নাড়ায় তখন মুরসি তার রাষ্ট্রপতির প্রাসাদ ত্যাগ করেন। 
একজন ইসলামপন্থী কর্মকর্তা বলেন যে ২০১২ সালের ৮ ডিসেম্বর, মুরসি তার ঘোষণাটি বাতিল করেন যা তার রাষ্ট্রপতির কর্তৃত্ব প্রসারিত করে এবং তার ফরমানগুলির বিচার বিভাগীয় পর্যালোচনা অপসারণ করে। তখনও ১৫ ডিসেম্বরে একটি সাংবিধানিক গণভোট আয়োজনের পরিকল্পনা করা হয়। কনস্টিটিউশন পার্টির জর্জ আইজ্যাক বলেন যে মুরসির ঘোষণা নতুন কিছু দেয়নি। ন্যাশনাল স্যালভেশন ফ্রন্ট এটিকে মুখ বাঁচানোর চেষ্টা হিসাবে প্রত্যাখ্যান করেছে। ৬ এপ্রিলের আন্দোলন এবং মিশরীয় সাংবাদিক সিন্ডিকেটের জামাল ফাহমি বলেন যে নতুন ঘোষণাটি সংবিধানের খসড়া তৈরির দায়িত্বপ্রাপ্ত বিধানসভার মৌলিক সমস্যা সমাধান করতে ব্যর্থ হয়েছে। 
খালেদ আল-কাজ্জাজ ২০১২ থেকে ২০১৩ সাল পর্যন্ত মুরসি সরকারের বৈদেশিক সম্পর্ক বিষয়ক সচিব ছিলেন। 
মুরসির প্রথম সরকারি বিদেশ সফর ছিল ১১ জুলাই ২০১২ সালে সৌদি আরবে। এই সফরের সময়, মুরসি বলেন যে তিনি তেল সমৃদ্ধ রাজতন্ত্রের সাথে সম্পর্ক জোরদার করতে চান, পূর্বে যা মুবারক সরকারের সাথেও ঘনিষ্ঠ সম্পর্ক বজায় রেখেছিল। 
মুসলিম ব্রাদারহুডের সাথে দীর্ঘদিন সম্পর্ক বজায় রাখতে তিনি কাতার থেকে শক্তিশালী সমর্থন পান। মুরসি তার নির্বাচনের পূর্ব পর্যন্ত ব্রাদারহুডের সদস্য ছিলেন। ২০১২ সালের ১২ আগস্ট মুরসি মন্ত্রিসভায় রদবদল ঘোষণা করার সাথে সাথে কাতার মিশরকে বিলিয়ন মার্কিন ডলার প্রদান করার ঘোষণা দেয়। ইতোমধ্যে, কাতারের বিনিয়োগকারীরা মিশরীয় অবকাঠামোতে ১০ বিলিয়ন মার্কিন ডলার বিনিয়োগ করার প্রতিশ্রুতি প্রদান করে। 
একই সময়ে, মুরসি জর্ডানের রাজা দ্বিতীয় আবদুল্লাহ সহ বেশ কয়েকজন আরব নেতার বিরুদ্ধাচারণের সম্মুখীন হন। তিনি মুরসিকে 'অদূরদর্শী', মুসলিম ব্রাদারহুডকে 'একটি মেসোনিক অর্চনা' ও 'ভেড়ার পোশাক পরিহিত নেকড়ে' বলে আখ্যায়িত করেন। মুরসির শাসনামলে, জর্ডান মিশর থেকে রাজনৈতিক ছাড় পাওয়ার প্রয়াসে শত শত মিশরীয় অভিবাসী শ্রমিককে নির্বাসন দেয়। 
সিরিয়ার গৃহযুদ্ধে বিরোধী শক্তির কট্টর সমর্থক হিসাবে, মুরসি ২০১৩ সালের ১৫ জুন একটি ইসলামপন্থী সমাবেশে যোগ দেন। যেখানে সালাফি ধর্মগুরুরা সিরিয়ায় জিহাদের ডাক দেন এবং বাশার আল-আসাদের সমর্থকদের "কাফের" বলে নিন্দা করেন। মুরসি সেই সমাবেশে ঘোষণা করেন যে তার সরকার সিরিয়ার রাষ্ট্রদূতকে বহিষ্কার করেছে এবং কায়রোতে সিরিয়ার দূতাবাস বন্ধ করেছে। 
যদিও তিনি মিশরীয়দের স্পষ্টভাবে সিরিয়ার সংঘাতে বিরোধী সশস্ত্র বাহিনীতে যোগদানের আহ্বান জানাননি, তবে ১৫ জুনের সমাবেশে মুরসির উপস্থিতি সিরিয়ায় জিহাদের জন্য ইসলামপন্থী ধর্মগুরুদের আহ্বানের জন্য একটি অন্তর্নিহিত অনুমোদন হিসাবে দেখা হয়। মিশরীয় বিশ্লেষকরা সমাবেশে যোগদান ও বক্তৃতা করার জন্য মুরসির সমালোচনা করেন যখন সশস্ত্র বাহিনীর সুপ্রিম কাউন্সিল (SCAF) সমাবেশের পরদিন একটি বিবৃতি প্রকাশ করে বলে যে এর একমাত্র ভূমিকা মিশরের সীমানা রক্ষা করা। ২০১৩ সালের জুনে মুরসি বিরোধী ব্যাপক বিক্ষোভের সময়, পরবর্তীতে উক্ত সমাবেশে মুরসির উপস্থিতি দ্বারা প্রকাশিত হয় যে ধর্মনিরপেক্ষ SCAF-এর সিদ্ধান্তের একটি প্রধান কারণ ছিল মুরসি বিরোধী বিক্ষোভকারীদের পাশে থাকা। 
মুরসির প্রেসিডেন্ট হিসেবে অভিষিক্ত হওয়ার পর ১০০,০০ সিরীয় শরণার্থী মিশরে পৌঁছে। মুরসির নেতৃত্বাধীন সরকার মিশরে বসবাসকারী সিরিয়ান শরণার্থীদেরকে বসবাসের অনুমতি, কর্মসংস্থান খোঁজার ক্ষেত্রে সহায়তা, শরণার্থী শিশুদের রাষ্ট্রীয় বিদ্যালয়ে নিবন্ধন করা এবং অন্যান্য পাবলিক পরিষেবাগুলি গ্রহণের অনুমতি দিয়ে সহায়তা করে। 
তার শাসনামলে, দীর্ঘ কয়েক বছরের সংঘাতের পর মুরসি ইরানের সাথে সম্পর্ক জোরদার করেন। যদিও তার কর্মকাণ্ডসমূহ মিশরের ভিতরে এবং বাইরে সুন্নি মুসলিম কর্তৃক সমালোচিত হয়। 
২০১২ সালের অক্টোবরে, মুরসি তৎকালীন ইসরায়েলের প্রেসিডেন্ট শিমন পেরেজকে একটি বন্ধুত্বপূর্ণ চিঠি লেখেন।চিঠিটি আদর্শ কূটনৈতিক ভাষা অনুসরণ করে লেখা হয়। মুরসি পেরেসকে "মহান ও সুহৃদ" বলে অভিহিত করেন এবং দুই দেশের মধ্যে সৌহার্দ্যপূর্ণ সম্পর্ক বজায় রাখা এবং তা শক্তিশালী করার আহ্বান জানান। মুরসি "সর্বোচ্চ সম্মান" জ্ঞাপন করে চিঠিটি সমাপ্ত করেন। জামাল মুহাম্মাদ হেশমত দৃঢ়ভাবে উক্ত চিঠিটি "বানোয়াট" বলে দাবি করে বলেন যে "অতীতে ইহুদিবাদী মিডিয়া মুরসির ভিত্তিহীন বিবৃতি ফাঁস করেছে।" তবে মুরসির মুখপাত্র ইয়াসের আলী মিশরের রাষ্ট্রীয় সংবাদপত্র "আহরামকে" বলেন যে চিঠিটি শতভাগ সঠিক। ২০১২ সালের জুলাইয়ে মুরসি একটি বানোয়াট চিঠি খণ্ডন করেন। 
মুরসি তার বিজয় ভাষণে বলেন যে তিনি মিশরের সমস্ত আন্তর্জাতিক চুক্তিকে সম্মান করবেন। যা ইসরায়েলের সাথে মিশরের চুক্তির উল্লেখ বলে মনে করা হয়। 
মুরসি সরকার অপারেশন পিলার অফ ডিফেন্সের নিন্দা করে এবং যুদ্ধবিরতির আহ্বান জানায়। ২০০৮-০৯ গাজা যুদ্ধে হোসনি মুবারকের হামাসকে শত্রু হিসাবে বিবেচনার সম্পূর্ণ বিপরীতে, গাজা এবং হামাসের সাথে সংহতি প্রকাশ করতে মুরসি প্রধানমন্ত্রী হেশাম কান্দিলকে গাজায় পাঠান। যুক্তরাষ্ট্রের পাশাপাশি মিশর হামাস ও ইসরায়েলের সঙ্গে যুদ্ধবিরতিতে মধ্যস্থতা করে। 
২০১৩ সালের জানুয়ারিতে, ২০১০ সালে মুরসির দেওয়া বিবৃতিগুলি পশ্চিমা মিডিয়াতে ব্যাপক মনোযোগ আকর্ষণ করে যখন ১১ জানুয়ারি "ফোর্বস" ম্যাগাজিনের একটি প্রতিবেদন এটি উপেক্ষা করার জন্য প্রসিদ্ধ গণমাধ্যমগুলোর সমালোচনা করে। এমইএমআরআই কর্তৃক প্রকাশিত ভিডিয়োগুলিতে, মুরসি ঘোষণা করেন "ফিলিস্তিনের জমিতে ইহুদিবাদীদের কোনো অধিকার নেই। ফিলিস্তিনের মাটিতে তাদের কোনো স্থান নেই। ১৯৪৭-৪৮ সালের আগে তারা লুণ্ঠন করে নিয়েছে এবং এখন তারা যা করছে তা সেই লুণ্ঠনেরই ধারাবাহিকতা। কোনোভাবেই আমরা তাদের সীমানার স্বীকৃতি দিতে পারি না।ফিলিস্তিনের ভূমি ফিলিস্তিনিদের, ইহুদিবাদীদের নয়।" ২০১০ সালের সেপ্টেম্বরে, ইসরায়েলিদের "রক্তচোষা", "যুদ্ধবাজ" এবং "বানর ও শূকরের বংশধর" বলে অভিহিত করে মুরসি বলেন, "এই নিরর্থক [ইসরায়েল-ফিলিস্তিনি] আলোচনা সময় এবং সুযোগের অপচয়। যেহেতু ফিলিস্তিনি, আরব এবং মুসলিমরা সময় এবং সুযোগ হারায় এবং তারা এর থেকে কিছুই পায় না সেহেতু ইহুদিবাদীরা সময় ক্রয় করে এবং আরও সুযোগ লাভ করে। আমরা দেখতে পাচ্ছি কীভাবে এই স্বপ্ন ভেস্তে গিয়েছে। এই স্বপ্ন সবসময় একটি মায়া বৈকি কিছু ছিলো না। এই [ফিলিস্তিনি] কর্তৃপক্ষ ইহুদিবাদী এবং আমেরিকান শত্রুরা ফিলিস্তিনি জনগণের ইচ্ছা এবং তার স্বার্থের বিরোধিতা করার উদ্দেশ্যে সৃষ্টি করে।" হোয়াইট হাউসের মুখপাত্র জে কার্নি মুরসির মন্তব্যকে হেয় করে বলেন যে মার্কিন নীতি কথায় নয় বরং কর্মের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে। মুরসি দাবি করেন যে তার মন্তব্য "প্রসঙ্গের বাইরে নেওয়া হয়েছে" এবং পরবর্তীতে জন ম্যাককেইনের নেতৃত্বে একটি প্রতিনিধি দলের সাথে তার কথোপকথন প্রকাশ্যে আনা হয়ঃ
২০১৩ সালের জানুয়ারিতে জার্মানি সফরের সময়, মুরসি আবারও বলেন যে তার মন্তব্যগুলি প্রেক্ষাপটের বাইরে ফিলিস্তিনিদের প্রতি ইসরায়েলের নীতির সমালোচনা হিসাবে নেওয়া হয়েছিলো। সাংবাদিকদের সম্বোধন করে মুরসি বলেন যে "[আমি] ইহুদিবাদ বা ইহুদি জনগণের বিরুদ্ধে নই। আমার মন্তব্য ছিল এমন আচরণ সম্পর্কে যা রক্তপাতের কারণ হয় এবং নিরপরাধ মানুষকে হত্যা করে আমার মন্তব্য ছিল আচার-ব্যবহার, ট্যাঙ্ক, যুদ্ধবিমান, ক্লাস্টার বোমা এবং নিরপরাধ মানুষের বিরুদ্ধে আন্তর্জাতিকভাবে নিষিদ্ধ অস্ত্র দ্বারা হত্যা এবং আগ্রাসন”। মুরসি 'কুরআন মুসলমানদেরকে "সকল ধর্মে বিশ্বাস করতে বলে' উল্লেখ করে আরও বলেন যে "[আমি] ইহুদি বিশ্বাস ও ইহুদি বা খ্রিস্টানদের বিরুদ্ধাচারণ করতে পারি না।" 
মুরসি ২০১২ সালের ১৫ থেকে ১৬ জুলাই পর্যন্ত আদ্দিস আবাবায় আফ্রিকান ইউনিয়নের শীর্ষ সম্মেলনে যোগদান করেন। ১৯৯৫ সালের জুনে হোসনি মোবারককে হত্যাচেষ্টার পর ১৭ বছরে মিশরের রাষ্ট্রপতির এটিই প্রথম ইথিওপিয়া সফর। 
পরবর্তীতে, ২০১৩ সালের জুনে, মুরসি কর্তৃক আহুত রাজনীতিবিদরা ইথিওপিয়াকে নীল নদের উপনদীতে বাঁধ নির্মাণ থেকে বিরত রাখার জন্য আক্রমণ করার পরামর্শ প্রদান করেন। 
মুরসি ২০১২ সালে আগস্টের শেষের দিকে তেহরানে জোট নিরপেক্ষ আন্দোলনের ১৬তম শীর্ষ সম্মেলনে যোগ দেন। ১৯৭৯ সালে মিশর ও ইসরায়েলের মাঝে শান্তি চুক্তি স্বাক্ষরের পর থেকে সদস্য দেশগুলির সাথে কূটনৈতিক সম্পর্ক উত্তেজনাপূর্ণ ছিল বিধায় সেই সফরে মিশর এবং জোট নিরপেক্ষ গোষ্ঠীর সদস্য দেশগুলির মধ্যে স্বাভাবিক সম্পর্ক পুনরুদ্ধার করার সমূহ সম্ভাবনা ছিল। 
মুরসি সিরিয়ার সরকারের বিরুদ্ধে বক্তৃতা করেন এবং সিরিয়ার গৃহযুদ্ধের সময় সিরিয়ান বিরোধীদের ঐক্যবদ্ধ হওয়ার আহ্বান জানান। অবশ্য সিরিয়া সম্পর্কে তার মন্তব্য ইরানি গণমাধ্যমে স্পষ্টভাবে ধারণ করা হয়নি। তিনি এই বলে বিতর্কের জন্ম দেন যে দামেস্কের "অত্যাচারী শাসনের" বিরুদ্ধে সিরিয়ার জনগণকে সমর্থন করা একটি "নৈতিক দায়িত্ব"। তার প্রত্যুত্যরে, সিরিয়ার প্রতিনিধিদল ওয়াক আউট করে যখন সিরিয়ার এফএম ওয়ালিদ মুয়াল্লেম মুরসিকে "সিরিয়ার রক্তপাতের জন্য উসকানি দেওয়ার" অভিযোগ করেন। 
মুরসি কায়রোতে মুসলিম দেশের ৫৭ নেতার উপস্থিতিতে ইসলামিক শীর্ষ সম্মেলনের আয়োজন করেন। উক্ত শীর্ষ সম্মেলনে বিধ্বংসী গৃহযুদ্ধের অবসান ঘটাতে রাজনৈতিক উত্তরণের বিষয়ে সিরিয়ার সরকার এবং বিরোধী জোটের মধ্যে একটি "গুরুতর সংলাপের" আহ্বান জানানো হয় । 
মুরসি ওআইসি'র তৎকালীন মহাসচিব একমেলেদ্দিন ইহসানোগ্লুকে 'অর্ডার অফ দ্য নীল' তথা মিশরের সর্বোচ্চ রাষ্ট্রীয় সম্মানে ভূষিত করেন। 
মুহাম্মাদ মুরসি তার বিজয় ভাষণে ঘোষণা দেন, তিনি মিশরের বর্তমান আন্তর্জাতিক চুক্তিগুলোর প্রতি শ্রদ্ধাশীল থাকবেন, প্রত্যক্ষ ভাবে ফিলিস্তিনের পক্ষে কথা বলবেন এবং ভূরাজনীতিকভাবে ইরানের সাথে সম্পর্ক উন্নয়নে মনযোগী হবেন। তিনি সিরিয়ায় বাশার আল আসাদের বিরুদ্ধে আন্দোলনকারী ও বিদ্রোহীদের সাহায্য করার জন্য বিশ্ববাসীকে আহবান করেন।
ধারণা করা হয়, মূলত ইসরায়েল বিষয়ে মিশরের বৈদেশিক নীতির কোন আমূল পরিবর্তন হবে না, ব্রাদারহুডের সাথে মিশরের সশস্ত্র বাহিনী এবং আন্তর্জাতিক সম্প্রদায়ের এমন বোঝাপড়ার ভিত্তিতেই মুরসির মাধ্যমে তাদের হাতে মিশরের রাষ্ট্রক্ষমতার হস্তান্তর সম্ভব হয়েছে।
৩০ জুন ২০১৩ তারিখে প্রেসিডেন্ট মুরসির পদত্যাগের দাবিতে মিশর জুড়ে বিক্ষোভ শুরু হয়। এই বিক্ষোভ চলাকালীন মুরসির সমর্থকরা রাবা আল-আদাবিয়া স্কোয়ারে একটি অবস্থান কর্মসূচি পালন করে। 
১ জুলাই মিশরীয় সশস্ত্র বাহিনী ৪৮ ঘণ্টার বিধিনিষেধ জারি করে যা দেশের রাজনৈতিক দলগুলিকে মিশরীয় জনগণের দাবি পূরণের জন্য ৩ জুলাই পর্যন্ত সময় বেঁধে দেয়। তন্মধ্যে বিরোধের সমাধান না হলে মিশরীয় সেনাবাহিনী হস্তক্ষেপ করার হুমকি প্রদান করে। একই দিনে চারজন মন্ত্রী পদত্যাগ করেন। যার মধ্যে রয়েছেন পর্যটন মন্ত্রী হিশাম জাজু, যোগাযোগ ও তথ্যপ্রযুক্তি মন্ত্রী আতেফ হেলমি, আইন ও সংসদ বিষয়ক প্রতিমন্ত্রী হাতেম বাগাতো এবং পরিবেশ বিষয়ক প্রতিমন্ত্রী খালেদ আবদেল আল।
২ জুলাই, মুরসি মিশরীয় সেনাবাহিনীর ৪৮ ঘণ্টার আলটিমেটাম প্রকাশ্যে প্রত্যাখ্যান করেন এবং জাতীয় পুনর্মিলন ও রাজনৈতিক সংকট সমাধানের জন্য তার নিজস্ব পরিকল্পনাগুলি বাস্তবায়ন করার প্রতিশ্রুতি প্রদান করেন।
৩ জুলাই, আবদুল ফাতাহ আল-সিসি মুরসিকে পদ থেকে অপসারণ করে ভবিষ্যতের জন্য একটি রোড ম্যাপ ঘোষণা করেন এবং সাংবিধানিক আদালতের প্রধান অ্যাডলি মনসুরকে মিশরের অন্তর্বর্তী রাষ্ট্রপতি নিযুক্ত করেন। 
৮ জুলাই, প্রধানমন্ত্রী কান্দিল প্রাথমিকভাবে একটি নতুন সরকার গঠন না হওয়া পর্যন্ত তার পদে বহাল থাকার সিদ্ধান্ত গ্রহণ করলেও পরবর্তীতে রক্তপাতের প্রতিবাদে তার পদত্যাগপত্র জমা দেন যখন ৫১ জন বিক্ষোভকারী <nowiki>রিপাবলিকান গার্ড সদর দপ্তরে</nowiki> সামরিক বাহিনীর হাতে নিহত হয়। 
নভেম্বরের মাঝামাঝি সময়ে মুরসি দাবি করেন যে ২ জুলাই তাকে অপহরণ করে রিপাবলিকান গার্ডের একটি বাড়িতে নেয়া হয়। তিনি বলেন যে ৫ জুলাই পর্যন্ত সেখানে আটকে রাখার পর জোরপূর্বক তাকে একটি নৌ ঘাঁটিতে স্থানান্তরিত করা হয়; যেখানে তিনি পরবর্তী চার মাস কাটিয়েছিলেন। পরবর্তীতে মিশরীয় সশস্ত্র বাহিনীর মুখপাত্র, কর্নেল আহমেদ আলী, মুরসির সাথে খারাপ আচরণ করা হয়েছে এমন গুজব অস্বীকার করে বলেন যে তাদের লুকানোর কিছু নেই। মিশরীয় সেনাবাহিনী পরে ক্যাথরিন অ্যাশটনকে ইউরোপীয় ইউনিয়নের পররাষ্ট্র বিষয়ক এবং নিরাপত্তা নীতির জন্য ইউনিয়নের উচ্চ প্রতিনিধি হিসেবে মুরসির সাথে দেখা করার অনুমতি প্রদান করে। পরবর্তীতে অ্যাশটন বলেন "মুরসি টেলিভিশন ও সংবাদপত্রের মাধ্যমে দেশের সর্বশেষ উন্নয়নের সাথে তাল মিলিয়ে চলেছেন। তাই আমরা সার্বিক পরিস্থিতি ও সম্মুখে এগিয়ে যাওয়ার প্রয়োজনীয়তা সম্পর্কে আলোচনা করতে সক্ষম হয়েছি। তার আশেপাশের মানুষ তার যত্ন নেয়।এছাড়াও আমি নানাবিধ সুযোগ-সুবিধা অবলোকন করেছি।" এরপরে মুরসি আফ্রিকান ইউনিয়নের একটি প্রতিনিধি দলের সঙ্গে সাক্ষাৎ করেন। 
ক্ষমতাচ্যুত হওয়ার পর, মুরসি তার বিরোধীদের হত্যার জন্য প্ররোচনা, হামাস, হিজবুল্লাহ এবং ইরানের ইসলামিক বিপ্লবী গার্ড কর্পস (IRGC) সহ বিদেশি জঙ্গি গোষ্ঠীগুলোর জন্য গুপ্তচরবৃত্তি সহ বেশ কয়েকটি অভিযোগের সম্মুখীন হন। বিচার বিভাগকে অবমাননা করা ছাড়াও রাষ্ট্রপতি নির্বাচনের পূর্বে ২০১১ সালের বিপ্লব চলাকালীন ওয়াদি এল নাট্রুন কারাগার থেকে অব্যাহতির জন্য কাতারের কাছে নথিপত্র ফাঁস করার কারণেও তিনি অভিযুক্ত হন।
১ সেপ্টেম্বর ২০১৩ তারিখে প্রসিকিউটররা মুরসিকে সহিংসতা উসকে দেওয়ার অভিযোগে বিচারের জন্য অর্পণ করেন। তার বিচারের জন্য ৪ নভেম্বর ২০১৩ তারিখ নির্ধারণ করা হয়।
সহিংসতা, বিক্ষোভকারীদের নির্যাতন ও ১০ জন প্রতিপক্ষকে হত্যা করতে তার সমর্থকদের প্ররোচিত করার জন্য মুরসিকে একটি ফৌজদারি আদালতে বিচার করা হয়। প্রসিকিউটরদের তদন্তে জানা যায় যে মুরসি রিপাবলিকান গার্ড এবং স্বরাষ্ট্রমন্ত্রীকে তার বিরোধীদের অবস্থান ভেঙে দিতে বললেও রক্তাক্ত পরিণামের ভয়ে তারা তা প্রত্যাখ্যান করেছিলো। 
১৮ ডিসেম্বর ২০১৩ তারিখে প্রসিকিউটর জেনারেল হিশাম বারাকাত "মিশরের ইতিহাসে গুপ্তচরবৃত্তির সবচেয়ে বড় মামলা" শিরোনামে একটি প্রতিবেদনে গুপ্তচরবৃত্তির অভিযোগে মুরসিকে ফৌজদারি আদালতে পাঠানোর নির্দেশ দেন। প্রসিকিউটর জেনারেলের তদন্ত অনুসারে জানা যায়, হিজবুল্লাহ এবং হামাসের সহায়তাপ্রাপ্ত মুসলিম ব্রাদারহুডের আন্তর্জাতিক সংস্থা মিশরের অভ্যন্তরীণ সহিংসতার কারণ। "ব্রাদারহুড" মিডিয়া এবং সামরিক প্রশিক্ষণ গ্রহণের জন্য গোপন সুড়ঙ্গের মাধ্যমে জিহাদিদের গাজায় পাঠিয়ে বিশৃঙ্খল অবস্থা তৈরি করতে এবং এই প্রশিক্ষণ বাস্তবায়নের জন্য তাদের সিনাইতে পাঠাতে চেয়েছিল। 
২৯ জানুয়ারী ২০১৪ তারিখে সারা মিশরে সহিংস বিশৃঙ্খলা ছড়ানোর জন্য হামাস সহ বিদেশী জঙ্গি গোষ্ঠীগুলির সাথে ষড়যন্ত্র করার পরে মুরসি ২০১১ সালের মিশরীয় বিপ্লবের সময় কারাগার থেকে বেরিয়ে আসার অভিযোগে দ্বিতীয়বার বিচারের মুখোমুখি হন। ১ ফেব্রুয়ারি ২০১৪ তারিখে বিচারটি এক মাসের জন্য স্থগিত করা হলেও মারাত্মক সহিংসতা উসকে দেওয়ার অভিযোগে পুনরায় তা শুরু করা হয়।প্রসিকিউশনের পক্ষে সাক্ষীদের শুনানির জন্য বিচারটি পরের দিন পর্যন্ত স্থগিত করা হয়, এবং তারপরে বারবার স্থগিত করা হয়। 
২০১৫ সালের এপ্রিলে, "আদালত" বিক্ষোভকারীদের গ্রেপ্তার ও নির্যাতন এবং সহিংসতার উসকানি দেওয়ার অভিযোগে প্রাক্তন এমপি মোহাম্মদ বেলটাগি সহ আরও ১২ জন আসামীসহ মুরসিকে দোষী সাব্যস্ত করে। খুনের অভিযোগ থেকে সকল আসামীকে খালাস দেওয়া হয়। বিচারক মুরসি এবং দোষী সাব্যস্ত হওয়া অন্যদের ২০ বছরের কারাদণ্ড দেন। মুরসি গুপ্তচরবৃত্তি, সন্ত্রাসবাদ এবং কারাগার থেকে পলায়নের অভিযোগে পৃথক বিচারের সম্মুখীন হন এবং অন্যান্য আসামীদের সাথে ১৬ মে মৃত্যুদণ্ডে দণ্ডিত হন। ২০১১ সালের জানুয়ারিতে মুরসি এবং অন্যান্য ১০৫ জনের মৃত্যুদণ্ড কার্যকর করা হয়। মিশরের দণ্ডবিধি অনুসারে, সাজাটি গ্র্যান্ড মুফতির কাছে উল্লেখ করা হয়, যার সম্মতি বা অসম্মতি আইনত বাধ্যতামূলক নয়। 
অ্যামনেস্টি ইন্টারন্যাশনাল আদালতের এই প্রক্রিয়াটিকে "অকার্যকর পদ্ধতির উপর প্রতিষ্ঠিত একটি হেঁয়ালিপনা" বলে নিন্দা করে। তুরস্কের প্রেসিডেন্ট রেজেপ তাইয়িপ এরদোয়ান মিশরের সমালোচনা করেন এবং পশ্চিমা দেশগুলোকে কুটিলতা করার জন্য অভিযুক্ত করে বলেন, "পশ্চিমারা মৃত্যুদণ্ড বাতিল করে মিশরে মৃত্যুদণ্ডের ধারাবাহিকতা দেখছে।" 
২০১৬ সালের জুনে, কাতারকে রাষ্ট্রীয় গোপনীয়তা ফাঁস করে দেওয়ার জন্য মুরসিকে যাবজ্জীবন কারাদণ্ড দেওয়া হয়। মুরসি আল-জাজিরার দুই সাংবাদিকের সাথে এই মামলার আসামী হিসাবে অভিযুক্ত ছিলেন যাদেরকে মৃত্যুদণ্ড দেওয়া হয়। 
২০১৬ সালের নভেম্বরে, গুপ্তচরবৃত্তির অভিযোগে অন্য পাঁচ মুসলিম ব্রাদারহুড সদস্যের সাথে মুরসির মৃত্যুদণ্ড বাতিল করে আদালত। একই আদালতে মুরসির বিরুদ্ধে আরো দু'টি অভিযোগ পর্যালোচনা করার কথা ছিল। তা হলো ২০১১ সালের জানুয়ারিতে কারাগারে তার ভূমিকা ও কাতার সরকারকে গোপন তথ্য সরবরাহ করা। 
ক্ষমতাচ্যুতির পর মুরসিকে তারা কারাগারে "স্করপিয়ন প্রিজন" নামক একটি বিশেষ শাখায় আনা হয়। 
ক্রিস্পিন ব্লান্ট, এডওয়ার্ড ফকস ও পল উইলিয়ামস সহ যুক্তরাজ্যের সংসদ সদস্য এবং সিনিয়র আইনজীবীদের সমন্বয়ে গঠিত একটি আটক পর্যালোচনা প্যানেল, মুরসির বন্দিদশা পর্যালোচনা করে। মুরসির পরিবার এবং অন্যান্যদের সাক্ষ্যের ভিত্তিতে তার অবস্থা সম্পর্কে উক্ত প্যানেল উল্লেখ করে যে তিনি ডায়াবেটিসের জন্য অপর্যাপ্ত চিকিৎসা সেবা পেয়েছেন। তারা মুরসির চিকিৎসাকে "'নিষ্ঠুর, অমানবিক এবং অবমাননাকর"' বলে অভিহিত করে বলেন যে এটি মিশরীয় এবং আন্তর্জাতিক আইন অনুযায়ী অত্যাচারের চূড়ান্ত সীমারেখা পূরণ করতে পারে।" মুরসির ছেলেদের মতে, কারাবাসের পর তার স্বাস্থ্যের ব্যাপক অবনতি হয়। 
মুরসি ২০১৯ সালের ১৭ জুন  মিসরের একটি আদালতের এজলাসে হৃদরোগে আক্রান্ত হয়ে জ্ঞান হারিয়ে ৬৭ বছর বয়সে মৃত্যুবরণ করেন 
মুরসি ১৯৭৯ সালে নাগলা আলী মাহমুদকে বিবাহ করেন। নাগলা আলী মাহমুদ বলেছিলেন যে তিনি নিজেকে "ফার্স্ট লেডি" হিসাবে নয় বরং "মিশরীয় জনসাধারণের প্রথম সেবিকা" হিসাবে উল্লেখ করতে চান। 
মুরসি পাঁচ সন্তানের জনক ছিলেন। তন্মধ্যে আহমাদ মুহাম্মাদ মুরসি; যিনি সৌদি আরবের একজন চিকিৎসক, শাইমা; যিনি জাগাজিগ বিশ্ববিদ্যালয় থেকে স্নাতক ডিগ্রি লাভ করেছেন, ওসামা; একজন আইনজীবী, ওমর; যিনি জাগাজিগ বিশ্ববিদ্যালয় থেকে বাণিজ্যে স্নাতক করেছেন, এবং আবদুল্লাহ, যিনি ৪ সেপ্টেম্বর ২০১৯ তারিখে গাড়ি চালানোর সময় হৃদরোগে আক্রান্ত হয়ে মারা গিয়েছিলেন বলে বলা হয়েছিল। কিন্তু তার আইনজীবীরা ৭ সেপ্টেম্বর ২০২০ তারিখে বলেছিলেন যে তাকে প্রাণনাশক পদার্থ দিয়ে ইনজেকশন দেওয়ার পরে হত্যা করা হয়। মুরসির পাঁচ সন্তানের মধ্যে দু'জনের জন্ম ক্যালিফোর্নিয়ায় এবং তারা জন্মসূত্রে মার্কিন নাগরিক। মুরসির তিনজন নাতি-নাতনি রয়েছে। তার তৃতীয় পুত্র ওমর স্নাতক হওয়ার ছয় মাস পর একটি রাষ্ট্রীয় মালিকানাধীন প্রতিষ্ঠান 'হোল্ডিং কোম্পানি ফর এয়ারপোর্টে' নিযুক্ত হন। তবে, মিডিয়া ও সংবাদমাধ্যমে অনেক গুজব প্রচারিত হওয়ার কারণে তিনি চাকরি থেকে ইস্তফা দেন। 
রাষ্ট্রীয় সফরে থাকাকালীন, মুরসিকে ১৮ মার্চ ২০১৩ তারিখে গোটা বিশ্বে সম্প্রীতি এবং মুসলিম দেশসমূহের মাঝে বিশেষ করে পাকিস্তানের সঙ্গে সম্পর্ক জোরদার করার কারণে শান্তি ও উন্নয়নে গুরুত্বপূর্ণ অবদানের স্বীকৃতিস্বরূপ পাকিস্তানের ইসলামাবাদে ন্যাশনাল ইউনিভার্সিটি অফ সায়েন্সেস অ্যান্ড টেকনোলজি (NUST) দ্বারা সম্মানসূচক ডক্টরেট (পিএইচডি) প্রদান করা হয়।