ইন্টারপ্রো

ইন্টারপ্রো (InterPro) হল প্রোটিন পরিবার, প্রোটিন ডোমেইন এবং ক্রিয়াকলাপগত সাইটগুলির একটি ডাটাবেজ যেখানে পরিচিত প্রোটিনে পাওয়া সনাক্তযোগ্য বৈশিষ্ট্যগুলি নতুন প্রোটিন সিকোয়েন্সে প্রয়োগ করা যেতে পারে যাতে সেগুলিকে ক্রিয়াকলাপগতভাবে চিহ্নিত করা যায়।
ইন্টারপ্রোর বিষয়বস্তুতে রয়েছে ডায়াগনস্টিক সিগনেচার এবং সেগুলির সাথে উল্লেখযোগ্যভাবে মিলে যাওয়া প্রোটিনগুলি। সিগনেচারগুলিতে রয়েছে মডেল (সরল প্রকার, যেমন নিয়মিত অভিব্যক্তি বা আরও জটিল, যেমন লুকানো মার্কভ মডেল) যা প্রোটিন পরিবার, ডোমেইন বা সাইট বর্ণনা করে। সমরূপতা মডেল তৈরি করতে অজানা সিকোয়েন্স অনুসন্ধান করা হয়। ইন্টারপ্রোর সদস্য ডাটাবেজগুলির প্রত্যেকটি ভিন্ন ভূমিকা পালন করে, যেমন অত্যন্ত উচ্চ-স্তরের, কাঠামোগত শ্রেণীবিভাগ (সুপারফ্যামিলি এবং ক্যাথ-জিন৩ডি) থেকে শুরু করে নির্দিষ্ট উপ-পরিবার শ্রেণীবিভাগ (প্রিন্টস এবং প্যান্থার) পর্যন্ত।
ইন্টারপ্রোর উদ্দেশ্য হল প্রোটিন শ্রেণীবিভাগের জন্য একটি ওয়ান-স্টপ-শপ প্রদান করা, যেখানে বিভিন্ন সদস্য ডাটাবেজ দ্বারা উৎপাদিত সমস্ত সিগনেচার ইন্টারপ্রো ডাটাবেজের এন্ট্রিগুলিতে স্থাপন করা হয়। সমতুল্য ডোমেইন, সাইট বা পরিবার উপস্থাপনকারী সিগনেচারগুলিকে একই এন্ট্রিতে রাখা হয় এবং এন্ট্রিগুলি একে অপরের সাথেও সম্পর্কিত হতে পারে। সম্ভব হলে বর্ণনা, সামঞ্জস্যপূর্ণ নাম এবং জিন অন্টোলজি (জিও) শর্তাবলীর মতো অতিরিক্ত তথ্য প্রতিটি এন্ট্রির সাথে যুক্ত করা হয়।
ইন্টারপ্রোতে তিনটি প্রধান সত্তা রয়েছে: প্রোটিন, সিগনেচার (যাকে "পদ্ধতি" বা "মডেল"ও বলা হয়) এবং এন্ট্রি। ইউনিপ্রোটকেবিতে প্রোটিনগুলি ইন্টারপ্রোর কেন্দ্রীয় প্রোটিন সত্তাও। এই সিগনেচারগুলি এই প্রোটিনগুলির সাথে উল্লেখযোগ্যভাবে মিলে যাওয়ার তথ্য ইউনিপ্রোটকেবি দ্বারা প্রকাশিত হওয়ার সাথে সাথে গণনা করা হয় এবং এই ফলাফলগুলি জনসাধারণের জন্য উপলব্ধ করা হয় (নীচে দেখুন)। সিগনেচারগুলির প্রোটিনের সাথে মিল ইন্টারপ্রো এন্ট্রিতে একত্রিত করার পদ্ধতি নির্ধারণ করে: মিলিত প্রোটিন সেটগুলির তুলনামূলক ওভারল্যাপ এবং সিকোয়েন্সে সিগনেচারের মিলের অবস্থান সম্পর্কিততার নির্দেশক হিসাবে ব্যবহৃত হয়। শুধুমাত্র পর্যাপ্ত মানের সিগনেচার ইন্টারপ্রোতে সংহত করা হয়। সংস্করণ ৮১.০ অনুসারে (২১ আগস্ট ২০২০ প্রকাশিত) ইন্টারপ্রো এন্ট্রিগুলি ইউনিপ্রোটকেবিতে পাওয়া রেসিডিউগুলির ৭৩.৯% টীকাযুক্ত করেছে, আরও ৯.২% সিগনেচার দ্বারা টীকাযুক্ত হয়েছে যা সংহতকরণের অপেক্ষায় রয়েছে।
ইন্টারপ্রোতে স্প্লাইস ভেরিয়েন্ট এবং ইউনিপার্ক ও ইউনিমইএস ডাটাবেজে থাকা প্রোটিনের জন্যও উপাত্ত রয়েছে।
ইন্টারপ্রোর সিগনেচারগুলি ১৩টি "সদস্য ডাটাবেজ" থেকে আসে, যেগুলি নীচে তালিকাভুক্ত করা হল।
ইন্টারপ্রোতে সাত ধরনের উপাত্ত রয়েছে যা কনসোর্টিয়ামের বিভিন্ন সদস্য দ্বারা সরবরাহ করা হয়:
ইন্টারপ্রো এন্ট্রিকে আরও পাঁচ প্রকারে ভাগ করা যেতে পারে:
ডাটাবেজটি একটি ওয়েবসার্ভারের মাধ্যমে টেক্সট- এবং ক্রম-ভিত্তিক অনুসন্ধানের জন্য এবং বেনামী এফটিপির মাধ্যমে ডাউনলোডের জন্য উপলব্ধ। অন্যান্য ইবিআই ডাটাবেজের মতো, এটি পাবলিক ডোমেইনে রয়েছে, যেহেতু এর বিষয়বস্তু "যে কোনও ব্যক্তি এবং যে কোনও উদ্দেশ্যে" ব্যবহার করা যেতে পারে। ইন্টারপ্রো প্রতি ৮ সপ্তাহে জনসাধারণের কাছে ডেটা প্রকাশ করার লক্ষ্য রাখে, সাধারণত একই প্রোটিনের ইউনিপ্রোটকেবি মুক্তির একদিনের মধ্যে।
ইন্টারপ্রো সমস্ত ইন্টারপ্রো এন্ট্রি এবং জেসনে বিন্যাসে তাদের সম্পর্কিত এন্ট্রিগুলিতে প্রোগ্রাম্যাটিক অ্যাক্সেসের জন্য একটি এপিআই প্রদান করে। এপিআই-এর জন্য ছয়টি প্রধান এন্ডপয়েন্ট রয়েছে যা বিভিন্ন ইন্টারপ্রো উপাত্তের প্রকারের সাথে মিলে যায়: এন্ট্রি, প্রোটিন, কাঠামো, ট্যাক্সোনমি, প্রোটিওম এবং সেট।
ইন্টারপ্রোস্ক্যান (InterProScan) হল একটি সফটওয়্যার প্যাকেজ যা ব্যবহারকারীদের সদস্য ডাটাবেজ সিগনেচারের বিরুদ্ধে সিকোয়েন্স স্ক্যান করতে দেয়। ব্যবহারকারীরা এই সিগনেচার স্ক্যানিং সফটওয়্যারটি ব্যবহার করে নতুন নিউক্লিওটাইড বা প্রোটিন সিকোয়েন্সগুলিকে ক্রিয়াকলাপগতভাবে চিহ্নিত করতে পারেন। ইন্টারপ্রোস্ক্যান প্রায়শই জিনোম প্রকল্পে ব্যবহৃত হয় যাতে আগ্রহের জিনোমের একটি "প্রথম-পাস" বৈশিষ্ট্য পাওয়া যায়। , ইন্টারপ্রোস্ক্যানের সর্বজনীন সংস্করণ (v5.x) একটি জাভা-ভিত্তিক আর্কিটেকচার ব্যবহার করে। সফটওয়্যার প্যাকেজটি বর্তমানে শুধুমাত্র ৬৪-বিট লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেমে সমর্থিত।
ইন্টারপ্রোস্ক্যান, ইএমবিএল-ইবিআইর অন্যান্য অনেক বায়োইনফরম্যাটিক্স সরঞ্জামের সাথে, রেস্টফুল এবং সোপ ওয়েব সার্ভিস এপিআই ব্যবহার করেও প্রোগ্রাম্যাটিকভাবে অ্যাক্সেস করা যেতে পারে।