การตั้งชื่อเอนไซม์

การตั้งชื่อเอนไซม์ ได้ตกลงเป็นสากลว่า ชื่อของเอนไซม์จะต้องประกอบด้วยหน้าที่ของเอนไซม์แล้วลงท้ายด้วยคำว่า -เอส (-ase) ตัวอย่างเช่น
 แอลกอฮอล์ ดีไฮโดรเจเนส (alcohol dehydrogenase)
 ดีเอ็นเอ พอลิเมอเรส (DNA polymerase)

ไคเนส (Kinase) เป็นเอนไซม์ที่ทำหน้าที่เคลื่อนย้าย ฟอสเฟตกรุป เอนไซม์ต่างกันแต่ทำหน้าที่เหมือนกันจะมีชื่อพื้นฐานที่เหมือนกัน ดังนั้นจึงนำจุดสังเกตความแตกต่างในคุณสมบัติอื่นๆ มาประกอบ เช่น การใช้ pH ที่เหมาะสมมาประกอบ ตัวอย่างคือ "อัลคาไลน์ ฟอสฟาเทส" (alkaline phosphatase) หรือตำแหน่งที่มันอยู่ เช่น เมมเบรน เอทีเพส (membrane ATPase)

ยิ่งไปกว่านั้น การย้อนกลับของปฏิกิริยาเคมี มีความหมายว่าทิศทางสรีรวิทยาของการทำงานของเอนไซม์อาจจะไม่สามารถสังเกตได้ในห้องทดลอง ทั้งนี้อาจจะเป็นเพราะว่า เอนไซมืตัวเดียวกันแต่ถูกตั้งชื่อแตกต่างกันป็นสองชื่อเช่นว่า
 ชื่อหนึ่งได้จากข้อมูลการทดลองในห้องปฏิบัติการ และอีก
 ชื่อหนึ่งได้จากข้อมูลการสังเกตพฤติกรรมในเซลล์

หน่วยงานชีวเคมีและชีวโมเลกุลนานาชาติ  ได้ช่วยกันพัฒนา การตั้งชื่อ (nomenclature) เอนไซม์ โดยใช้ หมายเลข อีซี(EC number); เอนไซม์แต่ละตัวจะถูกระบุโดยชุดของเลข 4 ตัว แล้วนำหน้าด้วย "EC" หมายเลขแรกเป็นชั้นของเอนไซม์ที่กำหนดโดยกลไกการทำงานของมัน:

<table
{|border=1 cellspacing="0" cellpadding=3 style="border:1px solid #808080; border-collapse: collapse;">
หมู่
ปฏิกิริยาที่เร่ง (Reaction catalyzed)
ตัวอย่างปฏิกิริยา (Typical reaction)
ตัวอย่างเอนไซม์  (Enzyme example(s) with trivial name)
</tr>
 EC 1 ออกซิโรดักเทส (Oxidoreductase)
เพื่อเร่ง ออกซิเดชัน/ปฏิกิริยารีดักชัน (reduction reactions); โดยการเคลื่อนย้าย H และ O อะตอม หรือ อิเล็กตรอน จากสสารหนึ่งไปยังอีกอันหนึ่ง
AH + B � A + BH (รีดิวซ์) A + O � AO (ออกซิไดซ์)
ดีไฮโดรเจเนส (Dehydrogenase), ออกซิเดส (Oxidase)
 EC 2 ทรานสเฟอเรส (Transferase)
การย้าย ฟังก์ชันนัลกรุป จากสารหนึ่งไปยังอีกอันหนึ่ง กรุปอาจเป็น เมตทิล- อะคิล- อะมิโน- หรือ ฟอสเฟตกรุป
AB + C � A + BC
ทรานสามิเนส (Transaminase), ไคเนส (kinase)
 EC 3 ไฮโดรเลส(Hydrolase)
การเกิดสองผลิตภัณฑ์จากซับสเตรต 1 ตัว โดย ไฮโดรไลสิส (hydrolysis)
AB + H2O � AOH + BH
ไลเปส (Lipase), อะไมเลส (amylase), เปปติเดส (peptidase)
 EC 4 ไลเอส(Lyase)
การเพิ่มแบบนอน-ไฮโดรไลติก หรือ การกำจัดกรุป จาก ซับสเตรต C-C, C-N, C-O or C-S บอนด์ อาจแยกออก
RCOCOOH � RCOH + CO2
 EC 5 ไอโซเมอเรส(Isomerase)
การจัดเรียงภายในโมเลกุล เช่น ไอโซเมอไรเซชัน เปลี่ยนภายในหนึ่งโมเลกุล
AB � BA
ไอโซเมอเรส (Isomerase), มูเตส (mutase)
 EC 6 ไลเกส(Ligase)
การเชื่อมต่อระหว่าง สองโมเลกุลโดยการสังเคราะห์ใหม่ C-O, C-S, C-N or C-C บอนด์ ด้วยการสะลายตัวแบบเป็นไปเองของ ATP
X + Y+ ATP � XY + ADP + Pi
ซินทีเทส (Synthetase)
</table>

ดูเพิ่ม 
 เอนไซม์
 รายชื่อเอนไซม์
 การใช้ประโยชน์จากเอนไซม์

แหล่งข้อมูลอื่น 
 complete nomenclature

เอนไซม์