รัฐบาลญี่ปุ่น

รัฐบาลญี่ปุ่น ประกอบด้วยฝ่ายนิติบัญญัติ ฝ่ายบริหาร และฝ่ายตุลาการ ภายใต้แนวคิดอธิปไตยของปวงชน รัฐบาลดำเนินการภายใต้โครงสร้างตามรัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่นที่นำมาใช้ใน ค.ศ. 1947 ประเทศญี่ปุ่นเป็นรัฐเดี่ยวที่ประกอบด้วยเขตการปกครอง 47 แห่ง โดยมีจักรพรรดิเป็นประมุขแห่งรัฐ พระองค์ทรงดำรงตำแหน่งในเชิงพิธีและไม่มีอำนาจต่อรัฐบาล แต่อำนาจนั้นตกเป็นของคณะรัฐมนตรีอันประกอบด้วยรัฐมนตรีและนายกรัฐมนตรีซึ่งมีหน้าที่ควบคุมและกำกับกิจการของรัฐบาลและข้าราชการพลเรือน คณะรัฐมนตรีมีอำนาจบริหารและแต่งตั้งโดยนายกรัฐมนตรีผู้เป็นหัวหน้ารัฐบาล นายกรัฐมนตรีได้รับการเสนอชื่อโดยสภานิติบัญญัติแห่งชาติและได้รับการแต่งตั้งอย่างเป็นทางการโดยจักรพรรดิให้ดำรงตำแหน่งนี้

สภานิติบัญญัติแห่งชาติเป็นสภานิติบัญญัติ ซึ่งเป็นองค์กรของฝ่ายนิติบัญญัติ รัฐสภานี้ใช้ระบบสองสภา ประกอบด้วยราชมนตรีสภาที่ทำหน้าที่เป็นสภาสูง และสภาผู้แทนราษฎรที่ทำหน้าที่เป็นสภาล่าง สมาชิกในสภาเหล่านี้ได้รับเลือกโดยตรงจากประชาชน ซึ่งเป็นแหล่งที่มาของอำนาจอธิปไตย โดยถือเป็นองค์กรสูงสุดตามรัฐธรรมนูญ ส่วนศาลสูงสุดและศาลภายในอื่น ๆ อยู่ในฝ่ายตุลาการ และถืออำนาจตุลาการเบ็ดเสร็จ โดยมีเจ้าพนักงานที่ได้รับมอบหมายหน้าที่โดยองค์กรตุลาการต่าง ๆ ในการตีความรัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่น และถืออำนาจในการพิจารณาทบทวน ฝ่ายตุลาการเป็นอิสระจากฝ่ายนิติบัญญัติและฝ่ายบริหาร คณะรัฐมนตรีเสนอชื่อหรือแต่งตั้งผู้พิพากษาและฝ่ายนิติบัญญัติหรือบริหารไม่สามารถถอดถอนผู้ดำรงตำแหน่งนี้ได้ เว้นแต่จะอยู่ในช่วงการฟ้องให้ขับออกจากตำแหน่ง

ประวัติ 
ก่อนหน้าการฟื้นฟูพระราชอำนาจสมัยเมจิ ประเทศญี่ปุ่นปกครองโดยรัฐบาลทหารโชกุนที่สืบทอดตามสายโลหิต ระหว่างยุคนี้ ประสิทธาภิบาลในกิจการของรัฐตกเป็นของโชกุน ผู้ซึ่งปกครองประเทศในพระปรมาภิไธยของจักรพรรดิ โชกุนเป็นผู้ว่าการฝ่ายทหารที่สืบทอดกันมา โดยเทียบเท่ากับชั้นยศสมัยใหม่ เจเนราลิสซีโม แม้ว่าจักรพรรดิผู้มีอำนาจสูงสุดจะทรงแต่งตั้งโชกุนก็ตาม แต่บทบาทของจักรพรรดินั้นมีไว้เพียงเป็นพิธีและทรงไม่เข้ามาเกี่ยวข้องในกิจการบริหารประเทศ ซึ่งมักนำมาเปรียบเทียบได้กับบทบาทปัจจุบันของจักรพรรดิที่ทรงแต่งตั้งนายกรัฐมนตรี

การฟื้นฟูพระราชอำนาจสมัยเมจิใน ค.ศ. 1872 นำไปสู่การลาออกของโชกุน โทกูงาวะ โยชิโนบุ ที่ยินยอม "เป็นเครื่องมือในการสนองพระบรมราชโองการ" ของจักรพรรดิ จากเหตุการณ์ดังกล่าวทำให้ประเทศญี่ปุ่นปกครองโดยจักรพรรดิ และการประกาศสถาปนาจักรวรรดิญี่ปุ่น ใน ค.ศ. 1889 มีการนำรัฐธรรมนูญเมจิมาใช้เพื่อสร้างความแข็งแกร่งให้กับประเทศญี่ปุ่นให้อยู่ในระดับเดียวกันกับชาติตะวันตก และทำให้เป็นชาติแรกในเอเชียที่นำระบบรัฐสภามาใช้ ซึ่งเป็นการผสมผสานระหว่างราชาธิปไตยภายใต้รัฐธรรมนูญ–สมบูรณาญาสิทธิราชย์ ที่ได้รับต้นแบบจากแบบจำลองของชาวปรัสเซียในขณะนั้น โดยมีฝ่ายนิติบัญญัติเป็นอิสระ

กลุ่มชนชั้นสูงใหม่ที่เรียก คาโซกุ ก่อตั้งขึ้นเพื่อรวบรวมขุนนางโบราณในยุคเฮอัง, คูเงะ และไดเมียว ขุนนางมูลนายต่อโชกุน นอกจากนี้ยังมีการสถาปนาสภานิติบัญญัติแห่งสมเด็จพระจักรพรรดิ ประกอบด้วยสภาผู้แทนราษฎรญี่ปุ่นและสภาขุนนางญี่ปุ่นที่มีสมาชิกเป็นราชวงศ์, คาโซกุ และผู้ที่ได้รับการเสนอนามโดยจักรพรรดิ ขณะที่สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรได้รับการเลือกโดยบุรุษที่มีสิทธิออกเสียงเลือกตั้ง แม้ว่าจะมีการแบ่งแยกอำนาจของฝ่ายบริหารและจักรพรรดิในยุครัฐธรรมนูญเมจิออกจากกันอย่างเห็นได้ชัด ความคลุมเครือและข้อพิพาทในรัฐธรรมนูญฯ​ นำไปสู่วิกฤตการณ์การเมืองในที่สุด นอกจากนี้ยังทำให้สูญเสียความเชื่อต่อแนวคิดการควบคุมทหารโดยพลเรือน ซึ่งหมายถึงทหารนั้นสามารถพัฒนากองทัพของตนเพื่อให้มีอิทธิพลในการเมืองได้

หลังจากการสิ้นสุดของสงครามโลกครั้งที่สอง รัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่นฉบับปัจจุบันถือกำเนิดขึ้น ซึ่งเป็นการแทนที่กลไกการปกครองโดยจักรพรรดิให้เป็นประชาธิปไตยเสรีนิยมแบบตะวันตก

จวบจนถึง ค.ศ. 2020 สถาบันวิจัยญี่ปุ่น (Japan Research Institute) พบว่ารัฐบาลแห่งชาติส่วนใหญ่ดำเนินกิจการด้วยระบบแอนะล็อก เนื่องจากมีเพียงแค่ 7.5% (4,000 จาก 55,000) ของขั้นตอนทางราชการของรัฐบาลสามารถทำได้ผ่านระบบออนไลน์แบบเบ็ดเสร็จได้ โดยกระทรวงเศรษฐกิจ การค้า และอุตสาหกรรมอยู่ที่ 7.8%, กระทรวงกิจการภายในประเทศและการสื่อสารอยู่ที่ 8% และเพียงแค่ 1.3% ที่กระทรวงเกษตร ป่าไม้ และประมง

ในวันที่ 12 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2021 เท็ตสึชิ ซากาโมโตะ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นรัฐมนตรีเพื่อความเหงา มีหน้าที่ช่วยลดความโดดเดี่ยวทางสังคมและความเหงาในกลุ่มอายุและเพศต่าง ๆ

จักรพรรดิ 

จักรพรรดิญี่ปุ่น () เป็นผู้นำพระบรมวงศานุวงศ์และเป็นประมุขแห่งรัฐเชิงพิธี พระจักรพรรดิได้รับการจำกัดความในรัฐธรรมนูญว่า "เป็นสัญลักษณ์แห่งรัฐและความเป็นหนึ่งเดียวของประชาชน" อย่างไรก็ตาม จักรพรรดิทรงไม่ได้เป็นผู้ถืออำนาจสูงสุดตามตำแหน่งของพระองค์ และยังทรงมีพระราชอำนาจที่จำกัดไว้เพียงการปฏิบัติพระราชกรณียกิจในพิธีสำคัญต่าง ๆ เท่านั้น พระจักรพรรดิไม่ได้มีพระราชอำนาจที่แท้จริงต่อรัฐบาลตามที่ได้บัญญัติไว้อย่างชัดเจนใน มาตรา 4 แห่งรัฐธรรมนูญ

มาตรา 6 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น กำหนดให้จักรพรรดิทรงมีบทบาทเชิงพิธีดังต่อไปนี้:
 การแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีตามที่ได้เสนอชื่อโดยสภานิติบัญญัติแห่งชาติ
 การแต่งตั้งผู้พิพากษาสูงสุดตามที่ได้เสนอชื่อโดยคณะรัฐมนตรี

ขณะที่คณะรัฐมนตรี ซึ่งเป็นแหล่งที่มาของอำนาจบริหารและอำนาจส่วนใหญ่นั้นได้รับการนำมาใช้โดยตรงผ่านนายกรัฐมนตรี ขณะที่อำนาจส่วนหนึ่งนำมาใช้โดยจักรพรรดิตามที่บัญญัติไว้ในมาตรา 7 แห่งรัฐธรรมนูญ ได้แก่:
 การประกาศใช้ร่างแก้ไขรัฐธรรมนูญ กฎหมาย ข้อบังคับคณะรัฐมนตรี และสนธิสัญญา
 การเรียกประชุมร่วมกันของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ
 การยุบสภาผู้แทนราษฎร
 การประกาศการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปของสมาชิกสภานิติบัญญัติแห่งชาติ
 การรับรองการแต่งตั้ง และการถอดถอนรัฐมนตรี รวมทั้งข้าราชการอื่นตามที่บัญญัติไว้โดยกฎหมาย ตลอดจนอักษรสาสน์ตราตั้ง และหนังสือมอบอำนาจของเอกอัครราชทูต และอัครราชทูต
 การรับรองการนิรโทษกรรมเป็นการทั่วไป และการนิรโทษกรรมเฉพาะบุคคล การลดหย่อนโทษ การอภัยโทษ และการคืนสู่สิทธิโดยชอบธรรม
 การสถาปนาเกียรติยศและพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์
 การรับรองหนังสือสัตยาบัน และเอกสารทางการทูตอื่น ๆ ตามที่บัญญัติไว้โดยกฎหมาย
 การต้อนรับเอกอัครราชทูตต่างชาติ และอัครราชทูต
 การปฏิบัติพระราชกรณียกิจในพระราชพิธีต่าง ๆ

จักรพรรดิเป็นที่รู้จักกันในฐานะผู้ถืออำนาจเชิงพิธี เช่น จักรพรรดิทรงเป็นผู้เดียวที่มีอำนาจแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีแม้สภานิติบัญญัติแห่งชาติจะมีอำนาจในการเสนอชื่อบุคคลที่เหมาะสมกับตำแหน่งก็ตาม หรือการยุบสภาผู้แทนราษฎรโดยคำแนะนำของนายกรัฐมนตรีใน ค.ศ. 2009 นั้นเลื่อนออกไปสำหรับการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปครั้งถัดไปเนื่องจากทั้งจักรพรรดิและจักรพรรดินีทรงเสด็จพระราชดำเนินเยือนประเทศแคนาดา

ด้วยเหตุนี้ บทบาทสมัยใหม่ของจักรพรรดิจึงมักได้รับการนำไปเปรียบเทียบกับผู้ปกครองสูงสุดในยุครัฐบาลโชกุน และประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นส่วนใหญ่จะพบจักรพรรดิที่ถืออำนาจหน้าที่เชิงสัญลักษณ์ที่ยิ่งใหญ่แต่มีอำนาจทางการเมืองที่น้อย ซึ่งผู้ถืออำนาจดังกล่าวมักเป็นบุคคลผู้ที่จักรพรรดิทรงแต่งตั้งเอง จนถึงทุกวันนี้ มรดกบางส่วนยังสืบทอดต่อมายังอดีตนายกรัฐมนตรีที่แม้จะไม่ดำรงตำแหน่งดังกล่าวแล้วแต่ยังคงไว้ซึ่งอำนาจส่วนหนึ่งนั้นเรียกว่าโชกุนเงา (闇将軍, Yami Shōgun)

ซึ่งแตกต่างจากกษัตริย์ในยุโรป จักรพรรดิญี่ปุ่นทรงไม่ได้เป็นแหล่งที่มาของอำนาจอธิปไตยและรัฐบาลไม่ได้บริหารราชการแผ่นดินในพระปรมาภิไธยของพระองค์ แต่จักรพรรดิทรงเป็นตัวแทนของรัฐและทรงแต่งตั้งข้าราชการชั้นผู้ใหญ่อื่น ๆ ในนามแห่งรัฐ โดยมีชาวญี่ปุ่นเป็นผู้ครองอำนาจอธิปไตยดังกล่าว มาตรา 5 แห่งรัฐธรรมนูญ และกฎราชวงศ์ได้บัญญัติให้มีผู้สำเร็จราชการแผ่นดินภายใต้พระปรมาภิไธยหากจักรพรรดิทรงไม่สามารถปฏิบัติพระราชกรณียกิจได้

ในวันที่ 20 พฤศจิกายน ค.ศ. 1989 ศาลสูงสุด ได้ตัดสินว่าศาลฯ ไม่มีอำนาจตุลาการเหนือจักรพรรดิ

ราชวงศ์ญี่ปุ่นได้รับการขนานนามว่าเป็นหนึ่งในราชวงศ์ที่มีการสืบทอดสันตติวงศ์มาอย่างยาวนานที่สุดในโลก อ้างอิงจากพงศาวดารโคจิกิและนิฮงโชกิ ญี่ปุ่นนั้นก่อตั้งโดยราชวงศ์ญี่ปุ่นเมื่อ 660 ปีก่อนคริสต์ศักราชโดยจักรพรรดิจิมมุ จักรพรรดิจิมมุทรงเป็นจักรพรรดิพระองค์แรกของญี่ปุ่น และเป็นบรรพบุรุษของจักรพรรดิพระองค์ต่อ ๆ มา ตามเทวตำนานของญี่ปุ่น รัชทายาทโดยตรงของพระเจ้าแห่งพระอาทิตย์ในศาสนาชินโตพื้นเมือง อามาเตราซุ (天照大御神, Amaterasu) ผ่านนินิงิ พระอัยกาทวดของจักรพรรดิจิมมุ

จักรพรรดิองค์ปัจจุบันของญี่ปุ่น () คือสมเด็จพระจักรพรรดินารูฮิโตะ พระองค์ทรงขึ้นครองราชย์ เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ. 2019 หลังการสละราชสมบัติของพระบิดา พระจักรพรรดินารูฮิโตะทรงมีพระบรมราชอิสริยยศว่า สมเด็จพระจักรพรรดิ (天皇陛下, Tennō Heika; His Imperial Majesty) และทรงมีชื่อรัชสมัยของพระองค์ว่า เรวะ (令和, Reiwa) เจ้าชายฟูมิฮิโตะ อากิชิโนะโนะมิยะ ทรงเป็นทายาทโดยสันนิษฐานต่อราชบัลลังก์ดอกเบญจมาศ

ฝ่ายบริหาร 
ฝ่ายบริหารของประเทศญี่ปุ่น นำโดยนายกรัฐมนตรีผู้เป็นหัวหน้าคณะรัฐมนตรี และได้รับการเสนอชื่อโดยฝ่ายนิติบัญญัติ กล่าวคือสภานิติบัญญัติแห่งชาติ คณะรัฐมนตรีมีรัฐมนตรีซึ่งจะได้รับการแต่งตั้งหรือสั่งให้พ้นจากตำแหน่งโดยนายกรัฐมนตรีเมื่อใดก็ได้ ฝ่ายบริหารเป็นแหล่งที่มาของอำนาจบริหารอย่างเห็นได้ชัด อย่างไรก็ตามในทางปฏิบัติ นายกรัฐมนตรีเป็นผู้ใช้อำนาจบริหารโดยมีสภานิติบัญญัติแห่งชาติเป็นผู้รับผิดชอบการใช้อำนาจนั้น หากคณะรัฐมนตรีสูญเสียความไว้วางใจและการให้ความสนับสนุนในการดำรงตำแหน่งต่อไปโดยสภานิติบัญญัติแห่งชาติ สภาฯ ก็สามารถถอดถอนคณะรัฐมนตรีทั้งคณะได้ผ่านการอภิปรายไม่ไว้วางใจ

นายกรัฐมนตรี 

นายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น () ได้รับการเสนอชื่อโดยสภานิติบัญญัติแห่งชาติ และดำรงตำแหน่งในวาระ 4 ปี หรือน้อยกว่า โดยไม่มีการกำหนดว่านายกรัฐมนตรีสามารถดำรงตำแหน่งได้กี่วาระ นายกรัฐมนตรีเป็นหัวหน้าคณะรัฐมนตรีและ "ควบคุมดูแล" ฝ่ายบริหาร อีกทั้งยังเป็นหัวหน้ารัฐบาลและผู้บัญชาการทหารของกองกำลังป้องกันตนเองญี่ปุ่น นายกรัฐมนตรีได้รับอำนาจในการเสนอร่างพระราชบัญญัติต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติ, ลงนามกฎหมาย, ประกาศสถานการณ์ฉุกเฉิน และยังสามารถยุบสภาผู้แทนราษฎรได้ตามอัธยาศัย นายกรัฐมนตรีเป็นหัวหน้าคณะรัฐมนตรี และแต่งตั้งหรือถอดถอนรัฐมนตรีออกจากตำแหน่งได้

ทั้งสองสภาในสภานิติบัญญัติแห่งชาติเสนอชื่อนายกรัฐมนตรีโดยการลงบัตรเลือกตั้งภายใต้ระบบสองรอบ หากทั้งสองสภาไม่สามารถตกลงในผู้สมัครเข้าชิงตำแหน่งได้ ให้มีคณะกรรมาธิการร่วมตามที่ได้บัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญเพื่อหารือในประเด็นดังกล่าวภายในระยะเวลา 10 วัน โดยไม่นับช่วงเวลาที่รัฐสภาปิดสมัยประชุม อย่างไรก็ตาม หากทั้งสองสภายังคงไม่สามารถหาข้อสรุปได้ ให้ถือว่าการตัดสินใจโดยสภาผู้แทนราษฎรเป็นมติของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ในกรณีที่ได้รับการเสนอชื่อ นายกรัฐมนตรีพร้อมด้วยคณะกรรมาธิการร่วมจะได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งโดยจักรพรรดิ

เมื่อผู้สมัครเข้าชิงตำแหน่งได้รับการเสนอชื่อโดยสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ผู้สมัครจะต้องรายงานตนต่อสภานิติบัญญัติฯ หากได้รับการร้องขอ นายกรัฐมนตรียังต้องเป็นทั้งพลเรือนและสมาชิกของสภาใดสภาหนึ่งของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ

※ จวบจนถึง 17 ตุลาคม 2021

คณะรัฐมนตรี 

คณะรัฐมนตรีญี่ปุ่น () ประกอบด้วยรัฐมนตรีและนายกรัฐมนตรี สมาชิกของคณะรัฐมนตรีได้รับการแต่งตั้งโดยนายกรัฐมนตรีและตามกฎหมายคณะรัฐมนตรี จำนวนของสมาชิกคณะรัฐมนตรีแต่งตั้งไม่รวมนายกรัฐมนตรีจะต้องไม่เกิน 14 คน แต่อาจเพิ่มจนถึง 19 ได้หากมีความต้องการพิเศษ มาตรา 68 ของรัฐธรรมนูญบัญญัติไว้ว่าสมาชิกคณะรัฐมนตรีทั้งหมดจะต้องเป็นพลเรือน และจำนวนสมาชิกส่วนใหญ่จะต้องได้รับการรับเลือกจากสมาชิกของสภาใดสภาหนึ่งในสภานิติบัญญัติแห่งชาติ การบัญญัติที่ชัดเจนสร้างโอกาสให้นายกรัฐมนตรีในการแต่งตั้งข้าราชการสภานิติบัญญัติแห่งชาติที่ไม่ได้มาจากการเลือกตั้ง คณะรัฐมนตรีจำเป็นที่จะต้องลาออกทั้งคณะในขณะยังคงปฏิบัติหน้าที่จนกว่าการแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีคนใหม่หากเกิดสถานการณ์ดังต่อไปนี้ขึ้น:
 สภาผู้แทนราษฎรในสภานิติบัญญัติแห่งชาติผ่านมติอภิปรายไม่ไว้วางใจ หรือปัดตกมติอธิปรายไว้วางใจ เว้นแต่มีการยุบสภาผู้แทนราษฎรภายในระยะเวลา 10 วัน
 หากตำแหน่งนายกรัฐมนตรีว่างลง หรือเมื่อมีการเรียกประชุมสามัญครั้งแรกของสภานิติบัญญัติแห่งชาติหลังจากการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรเป็นการทั่วไป

โดยปรับใช้หลักความชอบธรรมจากสภานิติบัญญัติแห่งชาติผู้ซึ่งต้องรับผิดชอบหลักการดังกล่าว คณะรัฐมนตรีจะใช้อำนาจทั้งทางปฏิบัติ กล่าวคือใช้อำนาจผ่านนายกรัฐมนตรี อีกทางหนึ่งคือใช้อำนาจผ่านพระปรมาภิไธยของจักรพรรดิ

มาตรา 73 ของรัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่น บัญญัติให้คณะรัฐมนตรีปฏิบัติหน้าที่ต่อไปนี้นอกเหนือจากการบริหารราชการแผ่นดินดังนี้:
 บังคับใช้กฎหมายอย่างเที่ยงตรงและดำเนินการบริหารราชการแผ่นดิน
 กำกับดูแลกิจการการต่างประเทศ
 ลงมติในสนธิสัญญา อย่างไรก็ตามควรได้รับคำยินยอมก่อนหรือภายหลังจากสภานิติบัญญัติแห่งชาติแล้วแต่กรณี
 บริหารระบบข้าราชการพลเรือนให้สอดคล้องกับมาตรฐานตามที่บัญญัติไว้โดยกฎหมาย
 จัดเตรียมรายงานงบประมาณและนำเสนอต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติ
 ประกาศคำสั่งคณะรัฐมนตรีในการดำเนินกิจการที่บัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญและกฎหมาย แต่ไม่รวมถึงการกำหนดบทลงโทษทางอาญาเว้นแต่กฎหมายจำเพาะกำหนดไว้เป็นอย่างอื่น
 การพิจารณาการนิรโทษกรรมเป็นการทั่วไป และการนิรโทษกรรมเฉพาะบุคคล การลดหย่อนโทษ การอภัยโทษ และการคืนสู่สิทธิโดยชอบธรรม

ภายใต้บทบัญญัติของรัฐธรรมนูญ กฎหมายและคำสั่งคณะรัฐมนตรีทั้งสิ้นล้วนจะต้องลงนามโดยรัฐมนตรีที่ไม่ขาดคุณสมบัติความเป็นรัฐมนตรีและลงนามกำกับโดยนายกรัฐมนตรี ก่อนที่จะได้รับการประกาศอย่างเป็นทางการโดยจักรพรรดิ อีกทั้งยังไม่สามารถฟ้องร้องดำเนินคดีสมาชิกคณะรัฐมนตรีทุกคนได้ยกเว้นแต่ได้รับอนุญาตจากนายกรัฐมนตรีโดยไม่ลดทอนสิทธิของผู้ฟ้องร้องดำเนินคดี

กระทรวง 

กระทรวงในประเทศญี่ปุ่น () ประกอบด้วย 11 กระทรวงและสำนักคณะรัฐมนตรี แต่ละกระทรวงมีรัฐมนตรีซึ่งส่วนใหญ่เป็นสมาชิกอาวุโสของสภานิติบัญญัติและได้รับการแต่งตั้งจากสมาชิกของคณะรัฐมนตรีให้เป็นผู้นำกระทรวง สำนักคณะรัฐมนตรีนำโดยนายกรัฐมนตรีซึ่งเป็นหน่วยงานที่ดูแลกิจการภายในคณะรัฐมนตรีวันต่อวัน กระทรวงเป็นส่วนราชการที่มีอิทธิพลต่อการใช้อำนาจบริหารมากที่สุดอย่างเป็นประจำทุกวัน ขณะที่รัฐมนตรีบางคนอาจดำรงตำแหน่งมากกว่า 1 ปี เพื่อปฏิบัติราชการในกระทรวงหรือทบวงนั้นหากมีความจำเป็น ดังนั้นอำนาจส่วนใหญ่ตกเป็นของข้าราชการชั้นผู้ใหญ่
 สำนักคณะรัฐมนตรี
 คณะกรรมการความปลอดภัยสาธารณะแห่งชาติ
 สำนักงานตำรวจแห่งชาติ
 สำนักงานคุ้มครองผู้บริโภค
 สำนักงานบริการการเงิน
 คณะกรรมาธิการการค้าโดยชอบธรรม
 คณะกรรมาธิการความปลอดภัยทางอาหาร
 คณะกรรมาธิการคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคล
 สำนักพระราชวังหลวง
※ รับผิดชอบราชการในกิจการฝ่ายราชวงศ์
 สำนักงานการบูรณะ
 กระทรวงกิจการภายในประเทศและการสื่อสาร
 คณะกรรมาธิการประสานงานข้อพิพาทด้านสิ่งแวดล้อม
 หน่วยดับเพลิงและการจัดการภัยพิบัติ
 กระทรวงยุติธรรม
 คณะกรรมาธิการตรวจสอบความปลอดภัยสาธารณะ
 หน่วยข่าวกรองความปลอดภัยสาธารณะ
 สำนักงานอัยการแผ่นดิน
 กระทรวงการต่างประเทศ
 กระทรวงการคลัง
 หน่วยงานจัดเก็บภาษีแห่งชาติ
 กระทรวงป้องกันประเทศ
 หน่วยงานสรรพาวุธเพื่อการป้องกัน
 กองกำลังป้องกันตนเอง (ภาคพื้นดิน / ทางทะเล / ทางอากาศ)
 กระทรวงศึกษาธิการ วัฒนธรรม กีฬา วิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยี (MEXT)
 สำนักงานกิจการวัฒนธรรม
※ ส่งเสริมศิลปะและวัฒนธรรม จัดการดูแลลิขสิทธิ์ รวมถึงมอบเงินทุนสนับสนุนสำหรับกิจกรรมทางวัฒนธรรมด้านดนตรี การละคร การเต้นรำ งานแสดงศิลปะ และการผลิตภาพยนตร์ และการพัฒนาภาษาประจำชาติ
 สำนักงานการกีฬา
 กระทรวงสาธารณสุข แรงงาน และสวัสดิการ
 หน่วยงานบริการเงินบำนาญ
 คณะกรรมาธิการความสัมพันธ์แรงงานกลาง
 กระทรวงเกษตร ป่าไม้ และประมง
 สำนักงานการประมง
 สำนักงานป่าไม้
 กระทรวงเศรษฐกิจ การค้า และอุตสาหกรรม (METI)
 สำนักงานเพื่อทรัพยากรธรรมชาติและพลังงาน
 สำนักงานวิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อม
 สำนักงานสิทธิบัตร
※ จัดการดูแลกฎหมายที่เกี่ยวข้องกับสิทธิบัตร, ผลิตภัณฑ์อรรถประโยชน์, การออกแบบ และเครื่องหมายการค้า
 กระทรวงที่ดิน โครงสร้างพื้นฐาน การขนส่ง และการท่องเที่ยว (MLIT)
 คณะกรรมการความปลอดภัยด้านการขนส่ง
 สำนักงานการท่องเที่ยวญี่ปุ่น
 กรมอุตุนิยมวิทยาญี่ปุ่น
 หน่วยยามฝั่งญี่ปุ่น
 กระทรวงสิ่งแวดล้อม
 หน่วยงานข้อบังคับนิวเคลียร์
※ จวบจนถึง 14 ตุลาคม ค.ศ. 2018

คณะกรรมการตรวจสอบบัญชีแผ่นดิน () เป็นองค์กรเดียวของรัฐบาลที่คณะกรรมการนั้นแยกออกเป็นอิสระโดยสิ้นเชิงจากสภานิติบัญญัติแห่งชาติและคณะรัฐมนตรี คณะกรรมการตรวจสอบบัญชีแผ่นดินมีหน้าที่ตรวจสอบการใช้จ่ายของรัฐบาลและรายงานต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ตามมาตรา 90 ของรัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่น และพระราชบัญญัติคณะกรรมการตรวจสอบแผ่นดิน ค.ศ. 1947 นั้นมอบความเป็นอิสระอย่างยิ่งยวดจากทั้งสภานิติบัญญัติแห่งชาติและคณะรัฐมนตรี

ฝ่ายนิติบัญญัติ 

องค์กรฝ่ายนิติบัญญัติในประเทศญี่ปุ่นคือ สภานิติบัญญัติแห่งชาติ () ที่ใช้ระบบสองสภาโดยประกอบด้วยสภาผู้แทนราษฎรเป็นสภาล่าง และราชมนตรีสภาเป็นสภาสูง ฝ่ายนิติบัญญัติได้รับอำนาจจากรัฐธรรมนูญญี่ปุ่นให้เป็น "องค์กรสูงสุดแห่งอำนาจรัฐ" และเป็น "องค์กรเพื่อการออกกฎหมายเพียงองค์กรเดียวของรัฐ" ทั้งสองสภาได้รับเลือกโดยตรงภายใต้ระบบการลงคะแนนระบบคู่ขนาน อีกทั้งยังได้รับการประกันไม่ให้มีการเลือกปฏิบัติในคุณสมบัติของสมาชิกสภา ไม่ว่าจะเป็น "เชื้อชาติ, ความเชื่อ, เพศ, สถานะทางสังคม, ต้นกำเนิดของครอบครัว, การศึกษา, ทรัพย์สิน หรือรายได้" โดยรัฐธรรมนูญ ด้วยเหตุนี้สภานิติบัญญัติแห่งชาติจึงสะท้อนอำนาจอธิปไตยซึ่งเป็นของประชาชน (หลักอธิปไตยของปวงชน) ที่ว่าในกรณีนี้ อำนาจสูงสุดตกเป็นของชาวญี่ปุ่น

หน้าที่ของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ได้แก่ การออกกฎหมาย, การพิจารณาอนุมัติงบประมาณแผ่นดินประจำปี, การอนุมัติข้อตกลงของสนธิสัญญา และการคัดเลือกนายกรัฐมนตรี นอกจากนี้ สภานิติบัญญัติแห่งชาติยังมีอำนาจในการริเริ่มร่างพระราชบัญญัติแก้ไขรัฐธรรมนูญ ซึ่งถ้าหากได้รับความเห็นชอบก็จะได้รับการนำเสนอต่อประชาชนในการให้สัตยาบันผ่านการออกเสียงประชามติ ก่อนที่จะได้รับการประกาศโดยจักรพรรดิภายใต้นามของชาวญี่ปุ่น รัฐธรรมนูญยังอนุญาตให้ทั้งสองสภาดำเนินการสืบสวนในกิจการของรัฐบาล, การเรียกเพื่อให้แสดงตน, เบิกพยานบุคคล และพยานหลักฐาน รวมถึงยังอนุญาตให้ทั้งสองสภาเรียกนายกรัฐมนตรีหรือรัฐมนตรีคนอื่น ๆ เพื่อตอบกระทู้ถามหรือให้คำอธิบายเพิ่มเติมเมื่อต้องการ สภานิติบัญญัติแห่งชาติยังสามารถฟ้องร้องผู้พิพากษาศาลที่ได้รับการตัดสินว่ากระทำความผิดทางอาญาหรือประพฤติตนไม่ถูกต้อง อย่างไรก็ตาม รัฐธรรมนูญไม่ได้กำหนดวิธีการลงคะแนน จำนวนสมาชิกของแต่ละสภา และอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการรับเลือกของสมาชิกผู้มีสิทธิพิจารณาการฟ้องร้องแต่ละคนอย่างชัดเจน ดังนั้นจึงให้เป็นไปตามที่กฎหมายบัญญัติ

ภายใต้บทบัญญัติของรัฐธรรมนูญและกฎหมาย ผู้ใหญ่ทุกคนที่มีอายุ 18 ปีขึ้นไปมีสิทธิออกเสียงเลือกตั้งได้ผ่านการลงคะแนนเลือกตั้งลับ และผู้ที่ได้รับการเลือกจะได้รับความคุ้มครองบางประการจากการจับกุมตัวขณะกำลังมีการประชุมสภา สุนทรพจน์, การอภิปราย และการลงมติในสภายังได้รับความคุ้มครองจากเอกสิทธิ์ของสมาชิกรัฐสภา แต่ละสภามีหน้าที่ในการควบคุมให้สมาชิกของตนอยู่ในวินัย และการพิจารณาไตร่ตรองทั้งสิ้นล้วนเป็นสาธารณะ เว้นแต่สองในสามหรือมากกว่าของสมาชิกแต่ละสภายื่นญัตติเป็นอย่างอื่น อีกทั้งสภานิติบัญญัติแห่งชาติจำเป็นที่จะต้องมีอย่างน้อยหนึ่งในสามของสมาชิกแต่ละสภาเพื่อให้ครบองค์ประชุม ข้อสรุปทุกข้อล้วนตัดสินใจมาจากสมาชิกส่วนใหญ่ที่ปรากฏตัวอยู่ในสภา เว้นแต่จะบัญญัติไว้เป็นอย่างอื่นโดยรัฐธรรมนูญ และในกรณีที่คะแนนเสียงเท่ากัน ประธานมีสิทธิตัดสินข้อพิพาทดังกล่าว การถอดถอนสมาชิกสภาจะไม่สามารถกระทำได้ เว้นแต่เสียงส่วนใหญ่สองในสามหรือมากกว่าของสมาชิกที่ปรากฏอยู่ในสภาผ่านญัตติให้ถอดถอน

ภายใต้รัฐธรรมนูญ ต้องมีการเรียกประชุมสภาอย่างน้อย 1 ครั้งต่อปี คณะรัฐมนตรียังสามารถเรียกประชุมสภาวาระพิเศษเมื่อใดก็ได้ แต่จำเป็นที่จะต้องได้รับความเห็นชอบของสมาชิกทั้งหมดหนึ่งในสี่หรือมากกว่า ในระหว่างการเลือกตั้ง มีการยุบลงของสภาผู้แทนราษฎรแต่เพียงสภาเดียวเท่านั้น อย่างไรก็ตาม ราชมนตรีสภาจะไม่ยุบแต่จะปิดลงและสามารถเรียกประชุมวาระฉุกเฉินได้ในกรณีเกิดภาวะเร่งด่วนระดับชาติ จักรพรรดิสามารถเรียกประชุมสภาและยุบสภาผู้แทนราษฎรได้โดยคำแนะนำของคณะรัฐมนตรี

ในการที่ร่างกฎหมายจะประกาศให้เป็นกฎหมาย จะต้องได้รับการอนุมัติจากทั้งสองสภาของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ, ลงนามโดยรัฐมนตรี และลงนามกำกับโดยนายกรัฐมนตรี จากนั้นจึงประกาศอย่างเป็นทางการโดยจักรพรรดิ อย่างไรก็ตามไม่มีข้อกฎหมายกำหนดอำนาจของจักรพรรดิในการคัดค้านร่างกฎหมาย

สภาผู้แทนราษฎร 

สภาผู้แทนราษฎรญี่ปุ่น () เป็นสภาล่างที่มีสมาชิกสภาได้รับเลือกทุก 4 ปี หรือเมื่อมีการยุบสภาจะดำรงตำแหน่งวาระ 4 ปี จวบจนถึงวันที่ 18 พฤศจิกายน ค.ศ. 2017 สภาผู้แทนราษฎรมีสมาชิก 465 คน ในบรรดาเหล่านั้น สมาชิก 176 คนได้รับเลือกจาก 11 ผู้ที่มีสิทธิเลือกตั้งในเขตเลือกตั้งหลายคนโดยระบบสัดส่วนแบบบัญชีรายชื่อ และสมาชิกอีก 289 คนได้รับเลือกจากผู้ที่มีสิทธิเลือกตั้งหนึ่งเขตเลือกตั้งหนึ่งคน ต้องการ 233 ที่นั่งเพื่อเป็นเสียงข้างมาก สภาผู้แทนราษฎรเป็นสภาที่มีอำนาจมากที่สุดจากทั้งสอง สภาผู้แทนราษฎรสามารถใช้อำนาจยับยั้งต่อร่างพระราชบัญญัติต่าง ๆ ที่เสนอโดยราชมนตรีสภาได้เมื่อสภาได้รับเสียงข้างมากสองในสาม อย่างไรก็ตาม นายกรัฐมนตรีสามารถสั่งให้ยุบสภาผู้แทนราษฎรได้ทุกเมื่อตามอัธยาศัย สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรต้องเป็นชาวญี่ปุ่น บุคคลผู้ซึ่งอายุมากกว่า 18 ปีมีสิทธิที่จะลงคะแนนเสียงได้ ขณะที่ผู้ที่มีอายุมากกว่า 25 ปีสามารถลงรับสมัครเลือกตั้งสภาล่างนี้ได้

อำนาจนิติบัญญัติของสภาผู้แทนราษฎรนั้นถือได้ว่ามีอำนาจเหนือกว่าราชมนตรีสภา เพราะแม้ว่าราชมนตรีสภาสามารถใช้อำนาจยับยั้งมติที่ได้รับการตัดสินใจส่วนใหญ่ของสภาผู้แทนราษฎรได้ก็ตาม แต่อย่างไรก็ตามเป็นเพียงมาตรการชั่วคราวในการชะลอข้อตัดสินใจต่าง ๆ ได้แก่ การตราสนธิสัญญา การจัดสรรงบประมาณ และการคัดเลือกนายกรัฐมนตรี เป็นต้น ในทางกลับกัน นายกรัฐมนตรีและคณะรัฐมนตรีสามารถยุบสภาผู้แทนราษฎรเมื่อใดก็ได้หากต้องการ

การพิจารณาว่าการยุบสภาผู้แทนราษฎรนั้นเป็นทางการแล้วได้ต่อเมื่อมีการเตรียมสารตราประกาศการยุบสภา และสภาจะยุบลงตามธรรมเนียมปฏิบัติโดยพระราชพิธียุบสภา ที่มีลำดับพิธีการดังนี้:
 สารตราประทับตรายางโดยจักรพรรดิ และห้อหุ่มด้วยผ้าไหมสีม่วงอันเป็นสัญลักษณ์ว่าสารตรานั้นกระทำในนามของประชาชน
 นำสารตราส่งไปยังเลขาธิการคณะรัฐมนตรีที่ห้องรับรองประธานสภาผู้แทนราษฎร
 นำสารตราไปยังโถงที่ประชุมสภาสำหรับการเตรียมการโดยเลขาธิการฯ
 เลขาธิการฯ เตรียมสารตราเพื่อให้ประธานสภาฯ อ่าน
 ประธานสภาผู้แทนราษฎร ประกาศการยุบสภาอย่างทันท่วงที
 สภาผู้แทนราษฎรยุบลงอย่างเป็นทางการ

นอกจากนี้ยังมีขนบธรรมเนียมที่หลังการยุบสภาผู้แทนราษฎรนั้นสำเร็จแล้ว สมาชิกสภาจะเปล่งเสียงบันไซสามครั้ง (萬歲)

ราชมนตรีสภา 

ราชมนตรีสภา () เป็นสภาสูงที่มีกึ่งหนึ่งของสมาชิกสภาได้รับการเลือกทุก 3 ปี เพื่อดำรงตำแหน่งวาระ 6 ปี จวนจนถึงวันที่ 18 พฤศจิกายน ค.ศ. 2017 ราชมนตรีสภามีสมาชิก 242 คน โดยสมาชิก 73 คนของสมาชิกสภาทั้งหมดได้รับเลือกจาก 47 เขตจังหวัดผ่านระบบการลงคะแนนแบบเสียงเดียวโอนไม่ได้ และสมาชิกอีก 48 คนได้รับเลือกผ่านการเลือกตั้งระบบสัดส่วนแบบบัญชีรายชื่อเปิด นายกรัฐมนตรีไม่สามารถสั่งให้ยุบราชมนตรีสภาได้ สมาชิกสภาราชมนตรีสภาต้องเป็นชาวญี่ปุ่น บุคคลผู้ซึ่งอายุมากกว่า 18 ปีมีสิทธิที่จะลงคะแนนเสียงได้ ขณะที่ผู้ที่มีอายุมากกว่า 30 ปีสามารถลงรับสมัครเลือกตั้งสภาสูงนี้ได้

ราชมนตรีสภาสามารถใช้อำนาจในการยับยั้งข้อตัดสินใจของสภาผู้แทนราษฎร อีกทั้งยังร้องขอให้สภาผู้แทนราษฎรทบทวนข้อตัดสินใจดังกล่าวได้ อย่างไรก็ตามสภาผู้แทนราษฎรสามารถยืนกรานตามข้อตัดสินใจเดิมโดยใช้อำนาจยับยั้งซ้อนทับอีกครั้งหากสมาชิกที่แสดงตนในสภาสองในสามเห็นด้วย ในแต่ละปีและเมื่อมีความจำเป็น ราชมนตรีสภาเรียกประชุมสภานิติบัญญัติแห่งชาติภายใต้คำแนะนำของคณะรัฐมนตรีเพื่อให้จัดการประชุมวาระสามัญหรือวิสามัญโดยจักรพรรดิได้ อย่างไรก็ตามก่อนที่จักรพรรดิจะเรียกประชุมสภาพร้อมพระราชทานพระราชดำรัสต่อสภา ประธานสภาผู้แทนราษฎรจะเป็นผู้กล่าวสุนทรพจน์อย่างสั้นคนแรกก่อน

ฝ่ายตุลาการ 

ฝ่ายตุลาการของประเทศญี่ปุ่น แบ่งออกเป็น 4 ลำดับขั้น ประกอบด้วยศาลสูงสุด และศาลล่างอื่น ๆ อีก 4 ศาล ได้แก่ ศาลสูง ศาลจังหวัด ศาลครอบครัว และศาลแขวง ความเป็นอิสระของศาลจากอำนาจบริหารและนิติบัญญัติได้รับการประกันโดยรัฐธรรมนูญซึ่งบัญญัติไว้ว่า: "มิควรมีการสถาปนาศาลชำนัญพิเศษ (extraordinary tribunal) และมิควรให้องค์กรหรือหน่วยงานอื่นของอำนาจบริหารได้รับอำนาจทางตุลาการโดยสัมบูรณ์" อันเป็นส่วนหนึ่งของหลักที่รู้จักกันว่าการแยกใช้อำนาจ มาตรา 76 แห่งรัฐธรรมนูญบัญญัติไว้ว่าผู้พิพากษาศาลนั้นเป็นอิสระทางการใช้อำนาจด้วยสติสัมปชัญญะของผู้พิพากษาศาลและภายใต้ขอบเขตแห่งรัฐธรรมนูญและกฎหมาย โดยสามารถถอดถอนผู้พิพากษาศาลได้ผ่านการฟ้องให้ขับออกจากตำแหน่งสาธารณะ หรือหากไม่มีการฟ้องร้องดังกล่าว สามารถถอดถอนผู้พิพากษาศาลได้ต่อเมื่อศาลสั่งให้ผู้พิพากษาศาลเป็นบุคคลไร้ความสามารถทั้งด้านจิตใจและร่างกายในการปฏิบัติหน้าที่ของตน รัฐธรรมนูญยังอีกทั้งปฏิเสธอำนาจสำหรับองค์กรบริหารหรือหน่วยงานใด ๆ ในการพิจารณาโทษทางวินัยต่อผู้พิพากษา อย่างไรก็ตามอาจถอดถอนผู้พิพากษาศาลสูงสุดได้หากเสียงส่วนมากในการลงประชามติเห็นชอบภายใต้กรณีที่การลงประชามติจะต้องเกิดขึ้นระหว่างการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปครั้งแรกของสภาผู้แทนราษฎรในสภานิติบัญญัติแห่งชาติหลังจากการแต่งตั้งผู้พิพากษาศาล และหลังจากการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปครั้งแรกในระยะเวลา 10 ปี การพิจารณาคดีจะต้องกระทำและประกาศคำตัดสินอย่างเป็นสาธารณะ เว้นแต่ศาล "เห็นควรอย่างเป็นเอกฉันท์ว่าความเป็นสาธารณะนั้นอาจสร้างความอันตรายต่อความสงบเรียบร้อยหรือศีลธรรมอันดีของประชาชน" แต่การพิจารณาคดีความผิดเกี่ยวกับการเมือง ความผิดเกี่ยวกับสื่อมวลชน และคดีที่สิทธิของบุคคลได้รับการประกันโดยรัฐธรรมนูญซึ่งไม่สามารถถือว่าจะพิจารณาคดีได้อย่างลับ ผู้พิพากษาศาลได้รับการแต่งตั้งโดยคณะรัฐธรรมนูญผ่านการรับรองโดยจักรพรรดิ ขณะที่ประธานศาลสูงสุดได้รับการแต่งตั้งโดยจักรพรรดิด้วยพระองค์เองภายใต้คำแนะนำและการเสนอชื่อของคณะรัฐมนตรี ซึ่งในทางปฏิบัติมักจะได้รับคำแนะนำจากอดีตประธานศาลสูงสุด

ระบบกฎหมายในประเทศญี่ปุ่นได้รับอิทธิพลทางประวัติศาสตร์จากกฎหมายจีนที่พัฒนาอย่างเป็นอิสระในยุคเอโดะผ่านบทบัญญัติต่าง ๆ อย่างประชุมราชนีติ (公事方御定書, Kujikata Osadamegaki) แต่อย่างไรก็ตาม หลังการฟื้นฟูพระราชอำนาจสมัยเมจิระบบกฎหมายได้รับการเปลี่ยนแปลง และส่วนใหญ่ได้รับต้นแบบจากระบบกฎหมายซีวิลลอว์ของยุโรปในตอนนี้ นอกจากนี้การบังคับใช้จนถึงปัจจุบันของประมวลกฎหมายแพ่งได้รับการอิงจากต้นแบบของเยอรมัน การนำระบบลูกขุนผสมมาใช้พึ่งเริ่มต้นขึ้นได้ไม่นาน และอีกทั้งระบบกฎหมายยังยอมรับบัญญัติสิทธิมาตั้งแต่วันที่ 3 มีนาคม ค.ศ. 1947 นอกจากนี้หกประมวลยังเป็นองค์ประกอบหลักของกฎหมายซีวิลลอว์ญี่ปุ่น

กฎหมายลายลักษณ์อักษรทั้งสิ้นในประเทศญี่ปุ่นจะต้องได้รับการประทับตรายางโดยจักรพรรดิด้วยพระราชลัญจกรแห่งจักรพรรดิ (天皇御璽, Tennō Gyoji) และไม่มีกฎหมายใดจะนำไปบังคับใช้โดยปราศจากการลงนามโดยคณะรัฐมนตรี การลงนามกำกับโดยนายกรัฐมนตรี และการประกาศใช้เป็นกฎหมายโดยจักรพรรดิ

ศาลสูงสุด 

ศาลสูงสุด หรือ ศาลฎีกา () เป็นศาลลำดับขั้นสุดท้ายและมีอำนาจพิจารณาทบทวนโดยศาลตามที่บัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญว่า "ศาลลำดับขั้นสุดท้ายมีอำนาจในการกำหนดความเป็นรัฐธรรมนูญของกฎหมาย คำสั่ง ข้อบังคับ หรือพระราชบัญญัติใด ๆ" ศาลสูงสุดยังอีกทีมีหน้าที่ในการเสนอชื่อผู้พิพากษาศาลล่างและกำหนดกระบวนการทางตุลาการ ควบคุมดูแลระบบตุลาการ การปฏิบัติหน้าที่ของพนักงานอัยการ และรักษาไว้ซึ่งระเบียบวินัยของผู้พิพากษาศาลและบุคคลากรทางตุลาการอื่น ๆ

ศาลสูง 
ศาลสูง () มีอำนาจในการรับฟังคำอุทธรณ์ต่อคำชี้ขาดของศาลจังหวัดและศาลครอบครัว ยกเว้นคดีที่อยู่ภายใต้เขตอำนาจของศาลสูงสุด การอุทธรณ์คดีอาญานั้นจะอยู่ภายใต้การดูแลของศาลสูงโดยตรง แต่คดีแพ่งจะมีศาลจังหวัดเป็นศาลแรกที่รับดูแลคดีก่อน ในประเทศญี่ปุ่นมีศาลสูงอยู่ 8 ศาล: ศาลสูงโตเกียว, โอซากะ, นาโงยะ, ฮิโรชิมะ, ฟูกูโอกะ, เซ็นได, ซัปโปโร และทากามัตสึ

ระบบราชทัณฑ์ 
ระบบราชทัณฑ์ () อยู่ภายใต้การควบคุมของกระทรวงยุติธรรม เป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการยุติธรรม มีจุดประสงค์เพื่อขัดเกลาทางสังคม, เปลี่ยนแปลง และฟื้นฟูผู้กระทำความผิด กรมราชทัณฑ์ของกระทรวงฯ ดำเนินงานที่เกี่ยวข้องกับระบบเรือนจำผู้ใหญ่, ระบบราชทัณฑ์เยาวชน และสถานพัฒนาสตรี 3 แหล่ง ขณะที่กรมฟื้นฟูผู้ต้องขังดำเนินงานเกี่ยวกับระบบการคุมประพฤติและระบบการปล่อยตัวชั่วคราว

การปกครองส่วนท้องถิ่น 

ตามความในมาตรา 92 แห่งรัฐธรรมนูญ การปกครองส่วนท้องถิ่น () มีองค์กรบริหารส่วนท้องถิ่นซึ่งมีกฎหมายกำหนดโครงสร้างและหน้าที่ให้สอดคล้องกับหลักแห่งการปกครองตนเองส่วนท้องถิ่น กฎหมายแม่ที่บัญญัตินั้นคือกฎหมายปกครองตนเองท้องถิ่น องค์กรบริหารส่วนท้องถิ่นได้รับอำนาจบริหารและอำนาจนิติบัญญัติที่จำกัดโดยรัฐธรรมนูญ ผู้ว่าราชการจังหวัด นายกเทศมนตรี และสมาชิกของสภาต่าง ๆ ต้องได้รับการเลือกโดยประชาชนอย่างเป็นประชาธิปไตย

กระทรวงกิจการภายในประเทศและการสื่อสารแทรกแซงองค์กรบริหารส่วนท้องถิ่นอย่างเห็นได้ชัด เช่นเดียวกันกระทรวงอื่น ๆ การแทรกแซงส่วนใหญ่มักจะเป็นเรื่องทางการเงิน เนื่องจากภาระหน้าที่ขององค์กรบริหารส่วนท้องถิ่นส่วนมากต้องการเงินทุนโดยกระทรวงของรัฐบาลกลาง ความสัมพันธ์เช่นนี้ได้รับการเรียกว่า "การปกครองตนเองแบบ 30%"

ผลที่ได้จากอำนาจนี้คือการวางมาตรฐานนโยบายและโครงสร้างในระดับสูงของเขตปกครองตนเองท้องถิ่นที่แตกต่างกันซึ่งสามารถคงไว้ซึ่งความเป็นเอกลักษณ์ของแต่ละจังหวัด, นคร หรือเมืองได้ นอกจากนี้เขตการปกครองแบบชุมชนนิยม (collectivist jurisdiction) อย่างโตเกียวและเกียวโตได้ทดลองบังคับใช้นโยบายในด้านสวัสดิการสังคมซึ่งต่อมาได้รับการยินยอมโดยรัฐบาลแห่งชาติ

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 
ประเทศญี่ปุ่นแบ่งเขตการปกครองออกเป็น 47 จังหวัด ได้แก่ 1 มหานคร (โตเกียว), 2 จังหวัดนคร (จังหวัดเกียวโต และจังหวัดโอซากะ), 43 จังหวัด และ 1 มลฑล (ฮกไกโด) แต่ละจังหวัดจะแบ่งออกเป็นอำเภอ บางจังหวัดอาจแบ่งออกเป็นกิ่งจังหวัดก่อนแล้วจึงแบ่งย่อยเป็นอำเภอ

เขตการปกครองส่วนท้องถิ่นระดับล่างของประเทศญี่ปุ่นเรียกว่า เทศบาล มี 3 ประเภท ได้แก่ นคร เมือง และหมู่บ้าน นครเป็นหน่วยการปกครองตนเองที่เป็นอิสระจากอำเภอ เพื่อที่จะได้สถานะนครมาครอง เขตการปกครองนั้นจะต้องมีผู้พำนักอาศัยอย่างน้อย 50,000 คน โดยร้อยละ 60 จากทั้งหมดจะต้องมีอาชีพแบบชาวเมือง (urban occupation) มีการแบ่งนครขนาดใหญ่ออกเป็นเขต และแบ่งย่อยต่อไปเป็นย่าน หรือบางครั้งเรียกว่าเมือง หรือชุมชน นอกจากนี้ยังมีเมืองที่ปกครองตนเองที่ไม่ได้ขึ้นอยู่กับนคร ซึ่งแตกต่างจากเมืองหรือย่านที่อยู่ภายใต้เขตของนครขนาดใหญ่ การบริหารของเมืองจะมีลักษณะเช่นเดียวกับนคร คือจะมีนายกเทศมนตรีเมืองและสภาเมืองที่ได้รับการเลือกผ่านการเลือกตั้ง ส่วนหมู่บ้านเป็นองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่เล็กที่สุดในเขตชนบท ซึ่งมักจะประกอบด้วยหมู่บ้านขนาดเล็กหลาย ๆ แห่งที่มีประชากรรวมราวพันคน โดยหมู่บ้านขนาดเล็กเหล่านี้จะเชื่อมโยงซึ่งกันและกันผ่านขอบค่ายการบริหารงานหมู่บ้านที่ได้มีการกำหนดไว้อย่างเป็นทางการ หมู่บ้านจะมีนายกเทศมนตรีหมู่บ้านและสภาหมู่บ้านที่ได้รับเลือกโดยประชาชนเพื่อดำรงตำแหน่งวาระ 4 ปี

โครงสร้าง 
ในแต่ละเขตการปกครองจะมีผู้บริหารสูงสุดที่เรียกว่าผู้ว่าราชการจังหวัด (知事, Chiji) ในระดับจังหวัด และนายกเทศมนตรี (市町村長, Shichōsonchō) ในระดับเทศบาล เขตการปกครองส่วนใหญ่จะมีสภาท้องถิ่น (議会, Gikai) แบบระบบสภาเดี่ยว อย่างไรก็ตามเมืองและหมู่บ้านสามารถเลือกให้มีการปกครองตนเองโดยตรงจากประชาชนเพื่อจัดตั้งสมัชชาสามัญ (総会, Sōkai) ได้ ทั้งฝ่ายบริหารและสภาต่าง ๆ ได้รับเลือกโดย	คะแนนเสียงของผู้มีสิทธิเลือกตั้งทุก ๆ 4 ปี

การปกครองท้องถิ่นนั้นเป็นไปตามแบบจำลองดัดแปลงของการแยกใช้อำนาจที่ใช้ในรัฐบาลแห่งชาติ สมัชชาสามารถมีมติเห็นชอบการอภิปรายไม่ไว้วางใจต่อฝ่ายบริหารได้ ในกรณีนั้น ฝ่ายบริหารจะต้องยุบสภาท้องถิ่นภายใน 10 วัน หากไม่ทำเช่นนั้นจะไม่สูญเสียตำแหน่งของตนไปโดยอัตโนมัติ อย่างไรก็ตามหลังจากการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปครั้งถัดไป ฝ่ายบริหารจะยังคงอยู่ในตำแหน่งเว้นแต่สภาองค์ใหม่จะมีมติเห็นชอบญัตติไม่ไว้วางใจอีกครั้ง

ขั้นตอนในชั้นปฐมภูมิของการตรากฎหมายนั้นคือข้อบัญญัติท้องถิ่น (条例, Jōrei) และ ข้อบังคับท้องถิ่น (規則, Kisoku) ข้อบัญญัติที่มีความคล้ายคลึงกับพระราชบัญญัติในระบบแห่งชาตินั้นจะผ่านโดยสมัชชาสามัญและอาจกำหนดโทษทางอาญาแบบจำกัดสำหรับบุคคลที่ละเมิดข้อบัญญัติดังกล่าว (จำคุกสูงสุด 2 ปี หรือปรับ 1 ล้านเยน หรือทั้งจำและปรับ) ขณะที่ข้อบังคับซึ่งคล้ายคลึงกับคำสั่งคณะรัฐมนตรีในระบบแห่งชาตินั้นจะผ่านโดยฝ่ายบริหารเพียงฝ่ายเดียวเท่านั้นและจะแทรกแทนข้อบัญญัติใด ๆ ที่ขัดแย้งกับข้อบังคับดังกล่าว ทั้งนี้ฝ่ายบริหารสามารถกำหนดโทษได้เพียงโทษปรับสูงสุด 50,000 เยน

การปกครองท้องถิ่นยังอีกทั้งมีคณะกรรมการที่หลากหลาย เช่น คณะกรรมการบริหารโรงเรียน, คณะกรรมการความปลอดภัยสาธารณะ (มีหน้าที่ในการกำกับดูแลตำรวจ) คณะกรรมการบริหารงานบุคคล, คณะกรรมการการเลือกตั้ง และคณะกรรมการตรวจสอบบัญชี คณะกรรมการเหล่านี้อาจได้รับการเลือกผ่านการเลือกตั้งหรือเลือกโดยสภาหรือฝ่ายบริหารหรือทั้งสอง

จังหวัดทุกจังหวัดจำเป็นที่จะต้องมีส่วนราชการฝ่ายทั่วไป, ฝ่ายการเงิน, ฝ่ายสวัสดิการ, ฝ่ายสาธารณสุข และฝ่ายแรงงาน ขณะที่ฝ่ายเกษตรกรรม, ฝ่ายการประมง, ฝ่ายป่าไม้, ฝ่ายการค้า และฝ่ายอุตสาหกรรมเป็นทางเลือกโดยขึ้นอยู่กับความต้องการในพื้นที่นั้น ๆ ผู้ว่าราชการจังหวัดมีหน้าที่กำกับดูแลในทุกกิจกรรมซึ่งได้รับการสนับสนุนจากภาษีบำรุงท้องที่หรือรัฐบาลแห่งชาติ

อ้างอิง

แหล่งข้อมูลอื่น 
 ภูมิหลังของรัฐบาลญี่ปุ่นโดยกระทรวงการต่างประเทศสหรัฐ​
 ค้นหาเอกสารราชการและบันทึกของรัฐบาลญี่ปุ่น
 ข้อเท็จจริงเกี่ยวกับประเทศญี่ปุ่นโดยเดอะเวิลด์แฟกต์บุ๊กของสำนักข่าวกรองกลางสหรัฐ
 วิดีโอพระราชพิธีขึ้นครองราชย์ของจักรพรรดิญี่ปุ่น
 วิดีโอของรัฐพิธีการเรียกประชุมวาระสามัญของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ
 วิดีโอของพิธียุบสภาผู้แทนราษฎร
 

 
หน่วยการบริหารของประเทศญี่ปุ่น