Keberatan terhadap evolusi

Bukti paling langsung bahwa teori evolusi dapat difalsifikasikan berasal dari kata-kata Charles Darwin sendiri yang pada Bab ke-6 buku "On the Origin of Species..." tertulis:
If it could be demonstrated that any complex organ existed, which could not possibly have been formed by numerous, successive, slight modifications, my theory would absolutely break down.
Jika dapat ditunjukkan bahwa adanya organ kompleks, yang tidak mungkin dapat dibentuk melalui modifikasi yang berulang, suksesif, dan perlahan-lahan, teori saya akan sepenuhnya runtuh.
Sebagai respon terhadap kritik bahwa teori evolusi tidak dapat difalsifikasi, beberapa contoh cara-cara yang berpotensi memfalsifikasi evolusi telah diajukan. J.B.S. Haldane, ketika ditanyakan bukti hipotetis apa yang dapat membantah evolusi, menjawab "fosil kelinci yang berasal dari masa Prakambrium". Beberapa cara-cara lainnya untuk memfalsifikasi teori evolusi juga telah diajukan. Sebagai contoh, fakta bahwa manusia memiliki satu pasang jumlah kromosom yang lebih sedikit daripada hewan hominid lainnya, menawarkan suatu hipotesis yang dapat diuji, yang melibatkan fusi ataupun pemisahan kromosom yang berasal dari nenek moyang bersama. Hipotesis fusi ini dikonfirmasi pada tahun 2005 dengan penemuan bahwa kromosom 2 manusia adalah berhomologi dengan fusi dua kromosom yang masih tetap terpisah pada hewan primata lainnya. Selain itu, adanya keberadaan telomer dan sentromer yang tak aktif pada kromosom 2 manusia sebagai akibat terjadinya fusi juga merupakan bukti tambahan. Pernyataan bahwa adanya nenek moyang bersama juga dapat diuji dengan analisis DNA. Jika pernyataan tersebut adalah benar, DNA manusia haruslah jauh lebih mirip dengan simpanse dan hewan primata lainnya daripada dengan hewan mamalia lainnya. Jika ia tidaklah demikian, maka keberadaan nenek moyang bersama telah difalsifikasi. Analisis DNA menunjukkan bahwa manusia dan simpanse memiliki persentase kemiripan DNA yang sangat besar (antara 95% sampai dengan 99,4% bergantung pada pengukuran). Selain itu, evolusi simpanse dan manusia yang diteorikan berasal dari nenek moyang yang sama juga memprediksikan bahwa adanya nenek moyang bersama yang paling awal ("recent common ancestor"). Berbagai fosil transisi pula telah ditemukan. Sehingga, evolusi manusia telah lulus berbagai pengujian falsifikasi.