Konsolidasi negara bagian di Somalia (1998–2006)

Kejutan terhadap AIAI bersifat menghancurkan dan organisasi tersebut pada dasarnya dibubarkan ke dalam Pengadilan Islam independen kecil yang tersebar di seluruh wilayah di Somalia, tempat dimana Ethiopia dan Puntland atau pihak lain tidak memiliki pengaruh, menjadi wilayah pusat tanpa hukum. Pengadilan-pengadilan ini kembali berakar pada gerakan sosial mereka, bukannya gerakan revolusioner, dan mulai menawarkan arbitrasi hukum oleh Syariah dan layanan sosial, secara perlahan membangun kembali dukungan terhadap mereka. Selama masa ini, elemen revolusioner pengadilan dilemahkan oleh pihak-pihak yang lebih moderat yang terutama tertarik oleh aspek sosial gerakan tersebut, menyeimbangkan antara keduanya. Keadaan ini terus berlanjut selama bertahun-tahun sampai 11 pengadilan yang berbasis di Mogadishu ini bergabung untuk membentuk Uni Pengadilan Islam, dengan agenda yang jauh lebih menarik: memulihkan hukum dan ketertiban.