Elektroforesis dua dimensi

Untuk melihat hasil pemisahan protein menggunakan elektroforesis 2-D, dapat dilakukan pewarnaan gel dengan coomasie atau pewarnaan perak. Teknik visualisasi lain yang dapat digunakan adalah fluorografi dan autoradiografi (penggunaan radioaktif). Di dalam satu gel, bisa terdapat ribuan titik protein yang dapat dianalisis atau diambil (dipisahkan) menggunakan perangkat lunak tertentu. Setelah dilakukan pemilihan dan pemisahan protein (berupa titik pada gel), analisis lebih lanjut biasanya dilakukan dengan melakukan digesti protein dan kemudian melalui tahap analisis menggunakan spektofotometer massa (MALDI-TOF).