Georg Eberhard Rumpf

Namun, bencana datang lagi. Gempa dahsyat melanda Ambon pada tanggal 17 Februari 1674. Gempa ini menewaskan orang-orang yang paling dicintainya : isterinya dan anaknya - dua orang yang setara dengan dia sendiri, penunjuk jalan yang setia akan keajaiban Ambon. Gempa ini juga menewaskan sebanyak 2.322 penduduk Ambon. Meskipun demikian, dalam tahun itu juga, Rumphius berhasil menerbitkan buku pertama tentang sejarah alam Ambon, berjudul "Sejarah dan Geografi Pulau Ambon". Sayang, buku ini tetap terkunci rapat di kantor VOC di Ambon sebab VOC takut bila buku ini tersebar akan menguntungkan pesaing-pesaing VOC. Di kemudian hari, setelah Rumphius tiada, buku ini ditemukan seorang pendeta bernama François Valentijn dan menerbitkannya atas namanya sendiri.
Pada tanggal 11 Januari 1687 bencana ketiga menimpa Rumphius dan kota Ambon. Kota Ambon
dilanda kebakaran. Api menghanguskan gambar-gambar untuk bukunya tentang tumbuhan, menghanguskan konsep naskah tentang kerang, dan juga menghanguskan koleksi tumbuhan dan kerang yang lebih dari 15 tahun dikumpulkan Rumphius. Untunglah naskah tentang tumbuhan Ambon bisa diselamatkan. Dan untunglah VOC tetap mendukung Rumphius dengan membantunya menugaskan juru tulis dan juru gambar untuk menulis dan menggambar ulang semua dokumen yang telah hangus terbakar.