Pemberontakan Morotai

Pada tanggal 20 April 1945, kedelapan pilot tadi mengirimkan surat kepada Cobby dengan judul "APPLICATION FOR RESIGNATION OF COMMISSION". Surat tersebut berisi, "Dengan ini saya menyampaikan surat izin pengunduran diri dari tugas saya sebagai perwira di Angkatan Udara Kerajaan Australia secepatnya." Cobby tampak terpojok dan tidak mau menerima pengunduran diri tersebut. Ia berbicara dengan tujuh pilot secara pribadi, kecuali Caldwell karena sudah terkena tuduhan bersalah. Karena mereka menolak mencabut suratnya atau menjelaskan alasan tindakan mereka, Cobby menghubungi atasan sementaranya, Wakil Marsekal Udara Bill Bostock, kepala RAAF Command, komando operasional utama Angkatan Udara. Bostock tiba di Morotai keesokan harinya dan mewawancarai para pilot. Ia meminta mereka merobek surat tersebut, namun gagal. Metodenya kemudian ditafsirkan sebagai upaya untuk "mengalihkan situasi ini atau setidaknya menutup-nutupinya". Satu-satunya persetujuan pihak pilot dengan permohonan Bostock adalah mengganti kata "secepatnya" dengan "setelah berakhirnya operasi saat ini" dan mengirim ulang surat pengunduran diri mereka.
Setelah wawancara tersebut, Bostock memanggil Wakil Marsekal Udara Jones untuk memberitahu bahwa semangat personel No. 1 TAF berada pada "tingkat yang terlalu rendah" dan menyarankan agar Jones memecat Cobby dan menggantinya dengan Komodor Udara Frederick Scherger. Jones menganggap aksi pilot tersebut "konyol", karena seorang perwira tidak dapat mengundurkan diri secara sah pada masa perang. Jones pun berangkat ke Morotai dari markasnya di Melbourne untuk menyelidiki persoalan ini secara pribadi. Ia juga mewawancarai para pilot dan menyatakan, "Saya yakin mereka semua tulus dalam mengeluarkan pernyataan dan melakukan apa yang mereka rencanakan ... Ya, kepercayaan yang dipegang teguh tak penting betapa buruknya yang mungkin didorong oleh rasa pengabdian bangsa yang agak berlebihan."