Mewtwo

Dalam serial animasi, Mewtwo hanya tampil sebagai cameo dalam "opening scene" pembukaan serial "The Johto Journey" yang menampilkan lagu "Aim to be a Pokémon Master" versi kedua yang dinyanyikan oleh Whiteberry. Dalam animenya sendiri terdapat 2 episode saat Giovanni mencoba menggunkan Mewtwo yang berada dalam baju besi, dan akhirnya kabur dan menghancurkan markas Team Rocket.