Universitas Sains dan Teknologi Jayapura

Selanjutnya empat tahun kemudian tepatnya pada tanggal 9 September 1999, di bawah kepemimpinan Bapak Drs. Jacob Pattipi sebagai ketua yayasan dan Bapak Drs. M. Ali Kastela, M.MT., sebagai rektor, berdasarkan Surat Keputusan Meteri Pendidikan dan Kebudayaan No : 152/0/0/1995, bentuk lembaga sekolah tinggi berubah menjadi Institut Sains dan Teknologi Jayapura atau ISTJ.