Galdan Boshugtu Khan

Imams dari Naqshbandi keturunan telah menggantikan Chagatayid Khan pada awal abad ke-17. Setelah kekalahan dari Gunung Putih Khoja (
), mereka dipindahkan atas perintah penguasa Afaq Khoja mendekati Dalai Lama ke-5 untuk bantuan militer pada tahun 1677. Dengan permintaan yang terakhir, Galdan menggulingkan Hitam Gunung Khoja (
) di Dzungar penaklukan Altishahr. Galdan menetapkan bahwa Turkestanis akan dihakimi oleh hukum mereka sendiri kecuali dalam kasus-kasus yang mempengaruhi Dzungaria Khanate. Masyarakat Dzungaria terus menjaga atas Tarim Basin sampai 1757.