Cincalok

Analisis 16s dilakukan untuk mengetahui spesies bakteri yang berada pada cincalok. Dalam amplifikasi 16s digunakan primer forward pA dan primer reverse pE. Produk hasil amplifikasi dipurifikasi dengan "spin column". Amplifikasi dilakukan dengan denaturasi awal pada suhu 94 oC selama 4 menit dan dengan 29 siklus denaturasi pada suhu 94 oC selama 2 menit. Penempelan primer pada suhu 55 oC selama 1 menit, dan pemanjangan (elongasi) pada suhu 72 oC. Fragmen hasil amplifikasi dikloning dengan menggunakan "blunt end" dari produk PCR ke vektor kloning pJET1.2 dan ditransformasikan ke E. coli dengan sel kompeten. Kemudian DNA dari isolat dianalisis dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa dengan kadar 1.0 % (b/v) dalam 1x bufer TAE (Tris-Cl Asetat EDTA) pada tegangan 90 V selama 65 menit. Lalu gel divisualisasikan dengan sistem dokumentasi gel. Untuk transforman yang berhasil, plasmid hasil rekombinasi diekstraksi kembali. Kemudian plasmid yang telah diekstraksi diverifikasi lebih lanjut dengan PCR menggunakan primer vektor yang dituju. Produk PCR hasil purifikasi juga langsung disekuensing dengan primer 16s rRNA. Sekuensing gen dianalisis dengan program BLAST di bank data NCBI GeneBank.