Sekolah Tinggi Ilmu Keislaman Annuqayah

tanggal 20 Maret 1986 dengan surat nomor : 79/K/F/I/P/1986, setelah dilakukan supervisi oleh Kopertais Wilayah IV Surabaya, dan pada bulan berikutnya mahasiswa STISA memperoleh Nomor Induk Kopertais (NIMKO).
Memperhatikan minat alumni Madrasah Aliyah Annuqayah yang beragam, dengan satu jurusan saja belum cukup menampung minat yang beragam tersebut, maka melalui SK Ketua Umum Yayasan Annuqayah Nomor : 6/B/KPTS/YAN/1986, didirikanlah Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Annuqayah (STITA) Jurusan Pendidikan Agama Islam, yang dibuka secara resmi pada tanggal 5 September 1986 sekaligus pelaksanaan kuliah perdana, dengan jumlah mahasiswa angkatan pertama 51 orang.
Sekalipun Annuqayah memiliki dua perguruan tinggi pada tahun 1986, tetapi baru pada tahun akademik 1991/1992 santri putri turut serta mengikuti program studi di Perguruan Tinggi Annuqayah dengan mahasiswa angkatan pertama 23 orang yang diterima di STITA. Keterlambatan ini hanya semata-mata karena permasalahan teknis saja.
Setelah dilakukan supervisi pada tanggal 9 Agustus 1987, maka sejak tanggal 27 Februari 1989 STISA secara resmi memperoleh status Terdaftar dengan SK. Menteri Agama RI. Nomor 46 Tahun 1989, dan pada bulan Juli 1989 untuk pertama kalinya STISA mengikut sertakan mahasiswa dalam Ujian Negara Cicilan (UNC), sedangkan STITA yang memperoleh Izin Operasional pada tanggal 1 Juli 1987, dan status Terdaftar diperoleh pada tanggal 9 Agustus 1990 dengan SK Menteri Agama RI. No. 160 tahun 1990, dan baru pada bulan Desember 1990 mahasiswa STITA dapat mengikuti Ujian Negara Cicilan (UNC).
Hingga saat ini, dengan menyesuaikan diri pada tuntutan perkembangan dan kebutuhan pengguna lulusan, maka dengan mengacu pada petunjuk dari Kopertais Wilayah IV Surabaya, STISA telah mengalami beberapa perubahan jurusan, dari semula jurusan Tafsir Hadits (TH), menjadi Mu’amalat Jinayat (MJ), dan kini menjadi jurusan Mu’amalat. Sedangkan STITA sejak semula berdiri hingga saat ini tetap dengan jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI).
Memperhatikan surat dari Kopertais Wilayah IV Surabaya, nomor : 1249/PP.03.2/KOP-IV/96, tentang perubahan PTAIS, pada tanggal 24 Agustus 1996, Yayasan Annuqayah mengadakan rapat gabungan : Pimpinan Yayasan Annuqayah, Pimpinan STISA dan STITA. Dari rapat tersebut lahir Surat Keputusan Ketua Umum
Yayasan Annuqayah Nomor : 59/ST.01/C/IX/1996, tentang penyatuan STISA dan STITA menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Keislaman Annuqayah (STIKA), serta penentuan jurusannya yakni Jurusan Mu’amalat dan Jurusan Pendidikan Agama Islam.