Operasi Seroja

Selama bulan-bulan pertama pendudukan, militer Indonesia menghadapi perlawanan pemberontakan yang berat di pedalaman pegunungan pulau, tetapi dari tahun 1977-1978, militer memperoleh persenjataan canggih baru dari Amerika Serikat, Australia, dan negara-negara lain, untuk menghancurkan basis Fretilin. Namun, dua dekade terakhir, melihat bentrokan terus-menerus antara kelompok Indonesia dan Timor Timur atas status Timor Timur, sampai tahun 1999, Timor Timur memilih untuk merdeka lewat referendum oleh misi PBB di Timor Timur.