Konsolidasi negara bagian di Somalia (1998–2006)

Pada tahun 1984 dua organisasi Islam reaksioner, al-Jamma al-Islamiya (Asosiasi Islam) yang dipimpin oleh Sheikh Mohammed Eissa (berbasis di selatan), dan Wahdat al-Shabab al-Islam (Persatuan Pemuda Islam) yang dipimpin oleh Sheikh Ali Warsame, bertemu di Burao di Somalia utara untuk membentuk sebuah organisasi baru untuk menggulingkan rezim Siad Barre yang disebut al-Ittihad al-Islami (AIAI). Tujuan dari organisasi bersatu ini ada dua: Satu, untuk mengalahkan Siad Barre dan mendirikan sebuah negara Islam di Somalia dan dua, untuk menyatukan Somalia Raya (Djibouti, Kenya timur laut, dan wilayah Somalia di Ethiopia) ke negara bagian tersebut. Selama perang saudara, AIAI membangun kekuatan di dua wilayah, wilayah Gedo dan di barat laut, dan melakukan kebijakan ekspansi wilayah yang berani selama periode anarki, menaklukkan wilayah independen mereka sendiri di Bosaso pada tahun 1992. Namun, Ethiopia menyerbu Gedo beberapa kali dan menghancurkan AIAI, menduduki Gedo selama beberapa tahun, dan Puntland berhasil menghancurkan AIAI di bagian utara pada tahun 1992 hingga 1993.