Rinzai

Disamping Rinzai dan Sōtō, terdapat tradisi Zen ketiga di Jepang, sekte Ōbaku Zen. Yang menarik adalah Ōbaku juga merupakan warisan dari sekolah Linji China, dan secara teknis mungkin dapat dianggap bagian dari gerakan Rinzai. Adapun sekte ini dibawa ke Jepang pada abad ke 17, dan menunjukkan pengaruh yang signifikan dari sekolah Buddhis Murni (Pure Land Buddhism). Hal ini menggambarkan penyatuan kecenderungan yang berkembang pada era Buddhisme China setelah aliran awal Rinzai disampaikan di Jepang. Sedangkan Manpuku-ji, Kuil utama Ōbaku, dianggap sebagai salah satu dari 15 aliran Rinzai sebagaimana disebutkan diatas, Secara administrative, Ōbaku Zen terpisah dari 14 aliran lainnya dan terus mempertahankan identitas khususnya.