Transmigrasi

Kerusakan lingkungan akibat proyek transmigrasi bukan disebabkan oleh kebodohan, melainkan karena kurangnya perhatian, tidak ada kelanjutan program, dan tidak adanya akuntabilitas selama transmigrasi dilaksanakan. Banyak kelemahan yang dipaparkan dalam amdal proyek seperti potensi erosi lahan, potensi turunnya kesuburan tanah, kurangnya perlindungan dari wabah penyakit, dampak negatif terhadap lingkungan liar dan suku pribumi, deforestasi, dan perlunya memperkuat kapasitas transmigran untuk mengelola sumber daya alam. Audit program kadang menunjukkan bahwa tindakan pencegahan yang diusulkan justru tidak realistis dan kurang diawasi pemerintah.
Di provinsi Papua dan Papua Barat, program transmigrasi mengakibatkan jumlah penduduk pribumi melanesia (percampuran berbagai budaya dan suku) jauh lebih sedikit ketimbang jumlah pendatang di tanahnya sendiri. Suku Papua melanesia telah menghuni pulau Nugini selama kurang lebih 50.000 tahun, kemudian bagian baratnya dianeksasi oleh Indonesia pada tahun 1969. Dalam kurun 50 tahun terakhir, jumlah orang Papua Barat sudah terlampaui oleh jumlah pendatang, kebanyakan dari pulau Jawa. Program ini dikritik sebagai upaya melenyapkan orang Papua Barat lewat pembersihan etnis secara perlahan. Terjadi konflik terbuka antara pendatang, pemerintah, dan warga pribumi akibat perbedaan budaya—terutama dalam hal administrasi dan kebudayaan seperti telanjang, makanan, dan jenis kelamin. Agama juga menjadi biang masalah karena kebanyakan penduduk Papua Barat beragama Kristen atau memegang kepercayaan tradisional, sedangkan para pendatang Indonesia kebanyakan Muslim. Indonesia menggiring anak-anak Papua Barat ke pesantren Islam untuk proses "re-edukasi". Banyak warga Papua Barat yang mengungsi ke Papua Nugini. Per Januari 2013, terdapat 8.000 pengungsi Papua Barat di negara tersebut.