Systematic Chaos

Dengan panjang 14:57, "The Ministry of Lost Souls" adalah lagu terpanjang kedua di album. Melalui lirik lagu, Petrucci menceritakan seseorang yang meninggal dalam proses menyelamatkan seorang wanita dari tenggelam. Namun, wanita yang diselamatkan penuh dengan "penyesalan dan kesedihan" sampai dia mampu untuk kembali bersatu dengan penyelamat nya. Judul untuk awal lagu selama rekaman yaitu, "Schindler Lisp" dan itu adalah lagu keempat yang ditulis.