Nestorianisme

Pada akhir abad ke-6, sekolah itu mengalami krisis teologis ketika sang kepala sekolah, Henana dari Adiabene, berupaya menggantikan ajaran Theodorus dengan doktrinnya sendiri, yang mengikuti doktrin Origenes. Babai Agung (551–628), yang juga adalah Pimpinan tak-resmi dari Gereja Timur Asiria pada masa itu dan tokoh yang membangkitkan gerakan monastik Asiria, mematahkan upayanya dan dalam prosesnya menulis Kristologi normatif dari Gereja Asiria, berdasarkan doktrin Theodorus dari Mopsuestia.