Masjid Agung Kauman Pleret

toponimis dan geologis. Penelitian selanjutnya dilakukan tahun 1980 hingga 1981. Ekskavasi dilakukan pertama kali tahun 1985 oleh Balai Arkeologi Yogyakarta. Sekitar tahun 2003, ekskavasi kembali dilakukan di Masjid Agung Kauman. Kegiatan ini dilakukan oleh Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Provinsi DIY. Data arkeologis yang diperoleh dalam ekskavasi ini diantaranya:
Pada tahun 2005 kembali dilakukan ekskavasi tahap ketiga yang membuka 42 kotak yang tujuannya melacak struktur denah masjid dan jagang masjid. Jagang masjid diperkirakan berada di sisi timur masjid. Ekskavasi tahap keempat dilakukan tahun 2007 semakin memperkuat bukti jagang masjid terletak di sebelah timur. Ekskavasi kali ini membuka 13 kotak dan melacak struktur sudut masjid sebelah tenggara.