Pasang Surut Dinasti Mataram

8. Untuk Yogyakarta meski status sebagai daerah Istimewa goal namun mengalami kegagalan dalam menerapkan sistem pemerintahan kerajaan di wilayah Yogyakarta. Semula Sultan Hamengkubuwono IX mengangkat dan menunjuk para pejabat di lingkungan kepatihan yang berasal dari para kerabat namun karena kontrol dari pusat sebagai kebijakan Presiden Soekarno yang karena alasan alasan ideologis, maksud Sultan menjadi gagal. Kegagalan ini berlanjut ketika iklim pergantian kekuasaan dan politik terjadi tahun 1965-1966.Dengan masih mempertahankan Sultan dan Sri paduka Paku Alam sebagai kepala daerah dan wakilnya, untuk jabatan yang lain seperti Wali kota dan Bupati juga posisi strategis banyak dijabat oleh kalangan militer.