Polimorfisme panjang fragmen teramplifikasi

Pemotongan DNA dilakukan dengan bantuan sepasang enzim restriksi yang berbeda frekuensi pemotongannya. Salah satu enzim yang dipakai adalah enzim yang diketahui memiliki titik restriksi (pemotongan) yang jarang dan enzim lainnya diketahui memiliki titik restriksi yang lebih sering dijumpai. Pasangan enzim restriksi yang umum dipakai adalah "Eco"RIII (jarang) dan "Mst"I (sering) atau "Eco"RI (jarang) dan "Mse"I (sering). Selanjutnya fragmen DNA hasil pemotongan ditempelkan (ligasi) dengan DNA adapter yang terdiri dari sekuens inti ("core sequences") dan sekuens spesifik dari enzim yang digunakan.
Amplifikasi selektif dengan PCR dilakukan dengan menggunakan primer yang terdiri dari DNA adaptor (sekuens inti dan sekuens spesifik enzim) dan tiga nukleotida. Penambahan panjang primer dengan tiga nukleotida dimaksudkan agar fragmen DNA yang teramplifikasi akan lebih spesifik karena hanya fragmen yang cocok atau berkomplemen saja yang akan ditempeli primer. Ini berarti penambahan nukleotida akan memperkecil jumlah polimorfisme (variasi) dari fragmen DNA.
Hasil amplifikasi PCR selektif akan divisualisasi dengan menggunakan teknik elektroforesis gel. Gel yang biasa digunakan untuk AFLP adalah poliakrilamida. Pola DNA pada gel akan diwarnai kemudian hasil berupa pita DNA dapat dilihat.