IAIN Pekalongan

Sebenarnya kedudukan fakultas syari’ah di Pekalongan makin kuat dengan dikeluarkannya Keputusan Presiden No. 9 tahun 1987,”tentang IAIN”, di mana di dalamnya termasuk disebutkan Fakultas Syari’ah IAIN Walisongo yang berada di Pekalongan. Namun keadaan fakultas yang baru ini mulai mengalami guncangan dengan adanya kebijakan “relokasi ke Surakarta pada tahun 1992”. Kebijakan ini membawa pengaruh signifikan bagi perjalanan lembaga, sampai dengan berdirinya STAIN pada tahun 1997.