Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan

Dalam perjalanannya KontraS tidak hanya menangani masalah penculikan dan penghilangan orang secara paksa tetapi juga diminta oleh masyarakat korban untuk menangani berbagai bentuk kekerasan yang terjadi baik secara vertikal di Aceh, Papua, Peristiwa Tanjung Priok dan Timor Timur maupun secara horizontal seperti di Maluku, Sambas, Sampit dan Poso. Selanjutnya, KontraS berkembang menjadi organisasi yang independen dan banyak berpartisipasi dalam membongkar praktik kekerasan dan pelanggaran hak asasi manusia sebagai akibat dari penyalahgunaan kekuasaan.