PSIS Semarang Musim 2006

Format Divisi Utama Liga Indonesia 2006, terdiri dari 28 tim peserta dibagi ke dalam dua grup (Wilayah Satu dan Dua) berdasarkan letak geografis dan prestasi tim. Empat tim teratas dari setiap grup maju ke babak 8 besar yang dibagi dalam dua grup. Dua tim teratas dari babak 8 besar maju ke babak semifinal. Pemenang pertandingan semifinal saling berhadapan di pertandingan final.
Di Babak penyisihan grup, PSIS tergabung dalam wilayah barat (Wilayah satu). PSIS berhasil menduduki peringkat 3, di bawah Arema Malang dan Persija Jakarta dengan 13 kali kemenangan, 5 kali seri, dan 8 kali kalah. Di Babak 8 Besar PSIS tergabung di Grup A bersama Persik Kediri, Arema Malang, dan Persiba Balikpapan dan PSIS berhasil menduduki posisi Runner up untuk melanjutkan kiprah ke pertandingan semi final.
Di babak Semifinal Laskar Mahesa Jenar bertemu dengan Persekabpas Pasuruan pada tanggal 27 Juli 2006
. Di Pertandingan yang dilangsungkan di Stadion Manahan, Surakarta, PSIS unggul tipis 1-0 atas Persekabpas Pasuruan melalui gol Imral Usman di menit ke 10.
Sayang di partai Final, PSIS secara dramatis harus mengakui keunggulan Persik Kediri melalui gol tunggal Cristian Gonzáles di akhir babak pertambahan waktu (ekstra time) di menit 107.