Kucing iriomote

Tengkorak lebih panjang dan lebih sempit dari kucing rumah. Bila dibandingkan dengan tengkorak kucing kuwuk, tengkorak kucing iriomote kira-kira ukurannya sama tetapi lebih tebal. Oleh karena itu, otak kucing iriomote lebih kecil; otak kucing kuwuk jantan beratnya 42 gram sementara otak kucing iriomote jantan sekitar 30 gram. Tulang basioksipital pada tengkorak dan kapsul auditori tidak terhubung; simfisis mandibula pendek.