Gen reporter

Biasanya akan dibentuk 2 tipe konstruksi gen, yaitu fusi gen dan fusi protein. Fusi gen adalah penyisipan gen reporter ke sekuens umum yang mengatur ekspresi gen reporter tersebut. Fusi protein berarti penyisipan gen penyandi pada suatu sekuens sehingga dapat dihasilkan protein "chimeric" yang berperan sebagai reporter. Kedua tipe konstruksi ini tetap berbasis penyandian gen reporter. Yang membedakan keduanya adalah tipe ekspresi gen yang diukur.
Contoh gen reporter adalah "gfp", "lac"Z, dan "cat". Mekanisme kerja dari gen lacZ adalah menghasilkan enzim β-galaktosidase, yang akan memecah laktosa dan X-gal. Koloni yang memecah X-gal akan berwarna biru, sehingga gen ini dapat digunakan untuk seleksi biru putih. Gen cat mengkodekan enzim Chloramphenicol Acetyl Transferase (CAT). Deteksi dapat dilakukan dengan memberikan substrat berupa chloramphenicol yang terikat fluorophore. Bila koloni tersebut dapat memecah substrat, akan timbul pendaran dari fluorophore yang terlepas.