Kasus Mortara

Tidak jelas apakah Paus Pius IX telah secara pribadi terlibat dalam keputusan untuk mengambil Mortara dari orang tuanya—apakah ia telah atau tidak berdebat secara ekstensif dalam pers—apakah ia sangat terkejut dengan sorotan internasional yang meletup atas peristiwa tersebut, dan memegang posisi untuk memulangkan anak yang dibaptiskan tersebut kepada orang tua non-Kristennya yang akan sangat bertentangan dengan doktrin Gereja. Karena pemerintah-pemerintah luar negeri dan berbagai cabang dari keluarga Rothschild satu per satu mengecam tindakannya, Pius IX menyatakan bahwa ia berpendirian pada apa yang ia pandang sebagai materi prinsip. Salah satu tokoh yang mengecam meliputi Kaisar Napoleon III dari Perancis, yang mengetahui bahwa peristiwa tersebut mengancam keberadaan garisun Perancis-nya di Roma. Napoleon III telah mendukung pemerintahan temporal Sri Paus karena mendapatkan banyak dukungan dari umat Katolik Perancis; skandal atas Mortara menyadarkannya, dan menurut sejarawan Roger Aubert, membuat keputusan akhir untuk mengubah kebijakan Perancis. Pada Februari 1859, Napoleon III mengadakan pakta rahasia dengan Kerajaan Sardinia yang menyediakan dukungan militer Perancis untuk sebuah kampanye untuk mendompleng Austria dan menyatukan Italia—kebanyakan domain kepausan direbut bersama dengan Dua Sisilia dan negara-negara kecil lainnya.