Pasukan Rakyat Kalimantan Utara

Indonesia juga mendapat dukungan dari Filipina. Presiden Filipina, Diosdado Macapagal mengklaim Sabah sebagai bagian dari wilayah negaranya atas dasar hubungan antara Filipina dan Sultan Sabah pada masa pra-kolonial. Filipina juga takut bahwa federasi baru itu akan menjadi basis bagi tekanan komunis dari populasi Cina-Malaysia dan elemen komunis Indonesia.