Yoweri Museveni

Meskipun kini Museveni memimpin pemerintahan yang baru di Kampala, NRM tidak dapat memproyeksikan pengaruhnya sepenuhnya di seluruh wilayah Uganda, karena ia ternyata harus memerangi sejumlah pemberontakan. Sejak permulaan kepresidenan Museveni, ia mendapatkan dukungan kuat dari wilayah selatan yang berbahasa Bantu dan barat daya, basis Museveni. Ia behasil mendapatkan dukungan masyarakat Karamojong, sebuah kelompok setengah nomaden di daerah timur laut yang jarang penduduknya yang tidak pernah mempunyai suara politik yang berarti, untuk bersekutu dengannya dengan menawarkan peranan kepada mereka di dalam pemerintahan yang baru. Namun, wilayah utara di sepanjang perbatasan Sudan terbukti lebih bermasalah. Di sub wilayah Nil Barat yang dihuni oleh suku Kakwa dan Lugbara (yang sebelumnya mendukung Amin), kelompok-kelompok pemberontak UNRF dan FUNA berjuang selama bertahun-tahun hingga gabungan serangan militer dan diplomasi menenangkan wilayah itu; pemimpin UNRF, Moses Ali, menghentikan perjuangannya dan menjadi Wakil Perdana Menteri II. Rakyat dari wilayah utara negara itu memandang bangkitnya suatu pemerintahan yang dipimpin oleh seseorang dari selatan dengan rasa takut yang mendalam. Kelompok-kelompok pemberontak bermunculan di antara suku Lango, Acholi dan Teso, meskipun mereka kalah jauh dibandingkan dengan kekuatan NRA kecuali di ujung utara dimana perbatasan Sudan memberikan tempat perlindungan yang aman. Pemberontak Acholi Tentara Demokratik Rakyat Uganda (UPDA) gagal menggulingkan pendudukan NRA terhadap wilayah Acholiland, sehingga menyebabkan munculnya chiliasme dari Gerakan Roh Kudus (HSM) yang putus asa. Kekalahan UPDA dan HSM meninggalkan pemberontakan itu pada kelompok yang kelak dikenal sebagai Tentara Perlawanan Tuhan, yang berbalik melawan suku Acholi sendiri.