Divisi Utama Liga Indonesia 2006

28 tim peserta dibagi ke dalam dua grup (Wilayah Satu dan Dua) berdasarkan letak geografis dan prestasi tim. Empat tim teratas dari setiap grup maju ke babak 8 besar yang dibagi dalam dua grup. Dua tim teratas dari babak 8 besar maju ke babak semifinal. Pemenang pertandingan semifinal saling berhadapan di pertandingan final.