Geger Pacinan

Valckenier sudah diminta digantikan sebagai gubernur jenderal pada akhir tahun 1740, dan pada bulan Februari 1741 menerima surat yang memerintahkan dia mengangkat van Imhoff sebagai penggantinya; versi lain ialah bahwa Heeren XVII menggantikan Valckenier sebagai hukuman atas terlalu banyak gula yang diekspor daripada kopi pada tahun 1739, yang sangat merugikan VOC. Saat Valckenier menerima surat tersebut, van Imhoff sudah dalam perjalanan ke Belanda. Valckenier meninggalkan Hindia Belanda pada tanggal 6 November 1741, setelah memilih Johannes Thedens sebagai penggantinya sampai van Imhoff sudah kembali. Pada tanggal 25 Januari 1742 dia mendarat di Cape Town tetapi ditangkap dan diselidiki oleh Gubernur Hendrik Swellengrebel atas perintah Heeren XVII. Valckenier dikirim kembali ke Batavia pada bulan Agustus 1742, di mana ia dipenjarakan di Benteng Batavia, dan tiga bulan kemudian, digugat atas beberapa tuntutan, termasuk keterlibatannya dalam Geger Pacinan. Pada bulan Maret 1744, ia dinyatakan bersalah dan dituntut dengan hukuman mati dan harta bendanya disita. Pada bulan Desember 1744, kasus tersebut dibuka kembali setelah Valckenier membuat pernyataan yang panjang untuk membela dirinya. Valckenier meminta lebih banyak bukti dari Belanda, tetapi meninggal dunia dalam kurungan pada tanggal 20 Juni 1751, sebelum penyelidikan diselesaikan. Hukuman mati dibatalkan pada tahun 1755. Vermeulen berpendapat bahwa penyeledikan Valckenier tidak adil dan dipicu oleh amarah masyarakat di Belanda. Ini mungkin diakui secara resmi, sebab pada tahun 1760, putra Valckenier, Adriaan Isaäk Valckenier, mendapatkan ganti rugi sebanyak 725.000 gulden.