MAN Babakan Lebaksiu

Periode ketiga sejak tahun 1947 s.d 1982 M diteruskan oleh KH. Isa Mufti dan K. Abdul Malik sebagai upaya untuk meningkatkan kualitas pendidikan pondok pesantren maka didirikan pendidikan berbasis pengetahuan agama yaitu Madrasah Diniyah Tsanawiyah (sekarang Madrasah Tsanawiyah) yang dipimpin oleh KH. Baedowi Mufti dan Madrasah Diniyah Mualimat dipimpin oleh K. Muslih Ma’shum, BA. Kemudian didirikan dan dikembangkan pendidikan yang berbasis pengetahuan umum di antaranya Madrasah Menengah Pertama (MMP), dan Madrasah Menengah Atas (MMA) yang dipimpin oleh KH. Shofwan Mufti, BA.