Sandakan

Bandar Udara Sandakan (SA) (Kode ICAO : WBKS) menyediakan penerbangan yang menghubungkan kota tersebut dengan destinasi domestik lainnya. Karena hubungan kota kembar dengan Kota Zamboanga dan jiwa ASEAN di kawasan BIMP-EAGA, terdapat sebuah rute internasional dari Sandakan menuju Bandar Udara Internasional Zamboanga. Destinasi lokal lainnya untuk bandar udara tersebut meliputi Kota Kinabalu, Kuching, Kuala Lumpur dan beberapa tempat lainnya. Bandar udara tersebut juga merupakan salah satu destinasi untuk MASWings, yang melayani penerbangan ke kota-kota kecil lainnya atau lawasan pedesaan di Malaysia Timur. Pada 2014, bandar udata tersebut dikembangkan dan diperluas untuk melayani jumlah wisatawan yang lebih banyak.
Terdapat sebuah terminal feri yang menghubungkan kota tersebut dengan beberapa bagian di Selatan Filipina seperti Kota Zamboanga, Kepulauan Sulu dan Tawi-Tawi.
Pemerintah negara bagian berusaha untuk merencanakan sebuah terminal feri baru untuk melayani jumlah wisatawan yang lebih banyak dari Filipina dan juga dari Indonesia. Namun, rencana tersbeut diurungkan karena ketegangan di selatan Filipina yang menyebar ke negara bagian tersebut dan sebuah panggilan dari Ketua Menteri Sabah dan Presiden Partai Progresif Sabah Saat Ini Yong Teck Lee untuk menunda layanan feri tersebut untuk melawan migrasi tingkat tinggi dari Filipina yang sekarang telah menjadi masalah utama bagi Sabah karena mereka terlalu lama singgah di negara bagian tersebut dan menjadi imigran ilegal.