Ali Alwi

Pada tahun 1994, Habib Ali menikah dengan Laila Nurlaila Bajri yang merupakan teman dari adik perempuannya. Dari pernikahannya dengan Laila, ia dikaruniai 3 orang anak, Muhammad Husein bin Ali bin Thohir (l. 1995), Ali Zainal Abidin bin Ali bin Thohir (l. 1999), dan Muhammad Al-Baqir bin Ali bin Thohir.