Penanda genetik

Meskipun cukup diskriminatif dan tidak mudah terpengaruh lingkungan, penanda ini seringkali diekspresikan pada waktu dan organ tertentu saja. Jumlahnya tidak banyak dan analisisnya memakan waktu dan biaya. Semenjak ditemukannya enzim endonuklease restriksi, penanda biokimia mulai ditinggalkan penggunanya. Penanda biokimia hingga sekarang masih digunakan oleh industri benih gandum untuk menyeleksi galur-galur berdasarkan kandungan glutennya.