Markas Besar Timur Raya dan Borneo

Sebuah kantor pusat yang terpisah didirikan untuk wilayah luas ini, yang terletak di Makassar. Wilayah yurisdiksi mereka termasuk wilayah Indonesia Timur sekarang, yang terdiri dari Sulawesi, Maluku, dan Kepulauan Sunda Kecil (Bali-Lombok-Sumbawa-Flores-Timor) sebagai Komando Teritorial Nugini. Pada tanggal 15 Mei 1947, wilayah ini juga membagi Komando Pasukan Papua Nugini.