Kebebasan beragama di Indonesia

Perber Menag-Mendagri 2006 masih menuai protes karena dianggap tidak memberikan toleransi kepada umat agama yang minoritas, khususnya pasal 13 dan 14 (batasan 90 orang pengguna dan 60 orang dukungan masyarakat setempat). Di samping itu, dikeluarkannya Perber 2006 tersebut memicu peningkatan penolakan tempat-tempat ibadah minoritas hingga pemukulan dan penusukan aktivis dan pendeta Gereja Huria Kristen Batak Protestan (HKBP) di Bekasi (12 September 2010), meskipun dalam sambutannya, Menag M.M. Basyuni telah menegaskan bahwa tempat ibadah yang telah dipergunakan secara permanen atau memiliki nilai sejarah tetapi belum memiliki IMB sebelum berlakunya Perber 2006, Bupati/Wali kota wajib membantu memfasilitasi penerbitannya. Perber ini juga meningkatkan ketegangan antar kelompok-kelompok minoritas dan mayoritas, yaitu bahwa ada usaha-usaha kelompok tertentu untuk mencegah pendirian tempat ibadah melalui penolakan atas nama penduduk setempat atau usaha pencegahan kuota 60 orang pendukung tidak terpenuhi.