Operasi Seroja

Milisi Fretilin yang selamat dari serangan Indonesia dari akhir 1970-an memilih Xanana Gusmão sebagai pemimpin mereka. Ia ditangkap oleh intelijen Indonesia di dekat Dili pada tahun 1992, dan digantikan oleh Mau Honi, yang ditangkap pada tahun 1993 dan pada gilirannya digantikan oleh Nino Konis Santana. Penerus Santana, pada kematiannya dalam serangan Indonesia tahun 1998, adalah Taur Matan Ruak. Pada 1990-an, ada sekitar kurang dari 200 pejuang gerilya yang tersisa di pegunungan, dan ide separatis sebagian besar telah bergeser ke barisan klandestin di kota-kota. Gerakan bawah tanah, namun, sebagian besar lumpuh oleh penangkapan secara terus menerus dan infiltrasi oleh agen Indonesia. Prospek kemerdekaan sangat gelap sampai jatuhnya Suharto pada tahun 1998 dan keputusan mendadak Presiden Habibie untuk mengizinkan referendum di Timor Timur pada tahun 1999.