Arsitektur Fatimiyah

Masjid itu berbentuk persegi panjang yang tidak beraturan dengan empat arkade yang mengelilingi halaman. Seperti halnya masjid Ibn Tulun, lengkungannya runcing dan terletak di tiang batu bata. Masjid ini mirip dengan masjid al-Azhar yang memiliki tiga kubah di sepanjang dinding kiblat, satu di setiap sudut dan satu di atas mihrab. Juga seperti al-Azhar, aula shalat disilangkan dengan transept pada sudut kanan ke kiblat. Lorong tengah yang lebar dan tinggi yang mengarah ke ceruk doa ini mengadopsi dari desain masjid Mahdiya. Masjid al-Hakim berbeda dengan masjid al-Azhar dan Ibn Tulun yang memiliki dua menara batu di sudut-sudut fasad batu, yang Memiliki portal memproyeksikan monumental seperti Masjid Mahdiya.