Konsolidasi negara bagian di Somalia (1998–2006)

Usaha kedua untuk membentuk pemerintahan nasional yang lebih komprehensif dilakukan di Kenya. Kali ini para pemimpin fraksi di parlemen diizinkan untuk menetapkan persyaratan, dan Ethiopia memberikan pengaruh yang diinginkannya. Pemerintah pindah ke Jowhar dan Abdullahi Yusuf Ahmed terpilih sebagai presiden oleh Parlemen Transisi Federal (TFP), membawa Puntland ke dalam Pemerintah Transisi Federal (TFG). Karena persyaratan rekonsiliasi, para pemimpin faksi dan fraksi tetap merupakan wilayah pemerintahan yang sepenuhnya otonom, dan TFG menjadi lebih seperti versi miniatur dari Liga Rakyat Somalia, dan hampir tidak berdaya. Perselisihan masih disikapi dengan sengit, seperti perselisihan antara Mohamed Ibrahim Habsade dan rekan-rekannya sesama pemimpin RRA, Hassan Mohamed Nuur dan Adan Mohamed Nuur Madobe atas kendali Baidoa pada tahun 2005. Ketiganya adalah anggota parlemen baru, dan dua orang terakhir pemimpin bahkan merupakan menteri di pemerintahan.