Perang Saudara Somalia

Pada bulan Mei 1986, Barre mengalami luka parah dalam sebuah kecelakaan mobil di dekat Mogadishu, ketika mobil yang mengangkutnya menabrak bagian belakang sebuah bus saat hujan lebat disertai badai. Ia dirawat di sebuah rumah sakit di Arab Saudi karena cedera kepala, patah tulang rusuk dan syok selama sebulan. Letnan Jenderal Mohamed Ali Samatar, yang saat itu menjabat sebagai Wakil Presiden, kemudian menjabat sebagai kepala negara secara de facto dalam beberapa bulan ke depan. Meskipun Barre mampu memulihkan diri dan cukup untuk menampilkan dirinya sebagai satu-satunya calon presiden untuk terpilih kembali dalam jangka waktu tujuh tahun pada tanggal 23 Desember 1986, kesehatan dan usia lanjutnya yang buruk menyebabkan munculnya spekulasi tentang siapa yang akan menggantikannya untuk berkuasa. Kemungkinan calonnya termasuk menantunya, Jenderal Ahmed Suleiman Abdille, yang saat itu adalah Menteri Dalam Negeri, selain Samatar.
Dalam upaya mempertahankan kekuasaan, partai penguasa Dewan Revolusioner Tertinggi (SRC) yang dipimpin Barre menjadi semakin otoriter dan sewenang-wenang. Hal ini menyebabkan oposisi terhadap pemerintahannya tumbuh. Barre pada gilirannya mencoba untuk memadamkan kerusuhan dengan mengabaikan nasionalisme, dan lebih banyak bergantung pada orang-orang kepercayaannya, dan mengeksploitasi animisme klan yang bersejarah. Pada pertengahan tahun 1980-an, gerakan perlawanan yang didukung oleh administrasi komunis Ethiopia Derg lebih banyak bermunculan di seluruh negeri. Barre menanggapi dengan memerintahkan tindakan hukuman terhadap orang-orang yang dianggapnya secara lokal mendukung gerilyawan, terutama di wilayah utara. Pembekuan tersebut berupa pengeboman kota-kota, termasuk kota Hargeisa, yang merupakan basis kuat markas Gerakan Nasional Somalia (SNM), di antara daerah-daerah yang ditargetkan pada tahun 1988.