Ducati Corse

Musim 2009 Casey Stoner masih bertahan bersama Ducati dan ditemani oleh Nicky Hayden, dan Marco Melandri pindah ke tim satelit Kawasaki. Stoner mengalami masalah kesehatan di pertengahan musim (diduga ia mengalami anemia dan masalah tenggorokan), dan posisinya kemudian digantikan oleh pembalap Finlandia, Mika Kallio. Stoner lantas kembali membalap di seri Portugal dan berhasil meraih gelar juara di seri Australia dan Malaysia sebelum ia memutuskan untuk kembali absen di seri terakhir 2009 di Valencia. Hayden sendiri posisi finish terbaiknya hanya P3 di seri Indianapolis.