Universitas Khairun

Sultan Khairun berpendapat bahwa dengan mengikuti kemauan kapten Portugis, ia dapat mencapai apa yang ia inginkan dengan cara yang lebih licik pula. Ketika ia diikutsertakan dalam ekspedisi-ekspedisi Portugis yang bertujuan untuk menenteramkan dan menaklukkan suatu wilayah, ia harus memancing dengan mengganggu orang-orang yang baru saja masuk Kristen, seperti di Jailolo dan Bacan yang menurut janji orang Portugis akan mereka lindungi. Dengan cara ini Sultan Khairun akan berhubungan secara langsung dengan kepala-kepala suku di Halmahera (Tobarus) yang notabene adalah orang-orang yang sudah sejak lama berhubungan erat dengan pusat Kerajaan Ternate. Berbagai macam tipu-daya dan persekongkolan antara Sultan Khairun dengan kepala suku-kepala suku (Tobarus) di Halmahera akan menghambat operasi-operasi militer Portugis di wilayah itu. Setiap terjadi suksesi di Kedaton Ternate akan selalu ada campur tangan Portugis. Untuk mengacaukan campur tangan Potugis, maka Sultan Khairun melalui para kepala suku, mereka membuat huru-hara di Jailolo dan di utara Halmahera dengan membunuh dan melukai para pastor dan pedagang Portugis. Cara ini dianggap paling efektif untuk menghambat dan mengacaukan seluruh kebijakan para kapten Portugis mengenai suksesi sultan di Kerajaan Ternate dan monopoli rempah-rempah di kawasan Maluku (utara).