Pendudukan Perancis di Malta

Perancis dengan cepat membubarkan institusi Ordo Santo Yohanes di Malta, termasuk Gereja Katolik Roma, dan rakyat Malta tidak menyukai hal ini. Malta didera masalah ekonomi dan pemerintah Perancis tidak lagi memberikan gaji atau uang pensiun. Mereka malah mulai mengambil emas dan perak dari bank dan istana milik Ordo Santo Yohanes. Properti gereja dijarah dan disita untuk membiayai ekspedisi ke Mesir, sehingga menyulut kemarahan orang-orang Malta yang religius. Pada 2 September, kemarahan ini mengakibatkan meletusnya pemberontakan pada saat pelelangan properti gereja, dan dalam waktu beberapa hari ribuan pemberontak telah menyudutkan garnisun Perancis di Valletta dan wilayah pelabuhan. Valletta dikepung oleh kurang lebih 10.000 pemberontak yang dipimpin oleh Emmanuele Vitale dan Francesco Saverio Caruana, tetapi benteng Valletta tidak dapat ditembus oleh pemberontak. Malta membangun fortifikasi yang mengelilingi wilayah pelabuhan untuk membombardir pasukan Perancis. Bantuan dari Britania pada akhirnya datang, dan pada tahun 1799 Kapten Alexander Ball diangkat sebagai Komisioner Sipil Malta. Garnisun Perancis di Valletta pada akhirnya menyerah kepada Britania pada 4 September 1800, dan Malta menjadi protektorat Britania.