Universitas Indonesia

Berangsur-angsur fakultas-fakultas yang berada di daerah memisahkan diri membentuk lembaga pendidikan yang berdiri sendiri. Pada tanggal 2 Maret 1959 Fakultas Teknik dan Fakultas Ilmu Pengetahuan Alam di Bandung memisahkan diri menjadi Institut Teknologi Bandung. Selanjutnya pada 1 September 1963 Fakultas Pertanian dan Fakultas Kedokteran Hewan UI memisahkan diri pula menjadi Institut Pertanian Bogor (IPB), fakultas di Surabaya menjadi Universitas Airlangga, dan di Makassar menjadi Universitas Hasanuddin. Pada 1964 Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan menjadi "Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan" (IKIP) Jakarta dan kini berubah kembali menjadi Universitas Negeri Jakarta.