Pemberontakan di Aceh

Faktor penyebab keagamaan lain bagi separatisme di Aceh adalah perlakuan yang didapat kelompok Muslim dan partai politik di Aceh oleh administrasi "Orde Baru" rezim Presiden Soeharto. Pertama, adanya penggabungan paksa semua partai politik yang mewakili kepentingan Islam ke dalam "Partai Persatuan Pembangunan" (PPP) pada tahun 1973. Anggota dan simpatisan partai politik Islam di Aceh mengalamiberbagai tingkat pelecehan. Walaupun Aceh mempunyai status wilayah khusus, Aceh tidak diizinkan untuk menerapkan "syariah" atau untuk mengintegrasikan sekolah-sekolah agama Islam ("madrasah") dengan sekolah-sekolah nasional untuk menjadi sistem pendidikan terpadu, kedua proposal Aceh ini diabaikan oleh pemerintah pusat.