Laskar Jihad

Thalib pernah bertemu dengan Osama bin Laden, namun kabarnya menolak tawaran bantuan dana karena meragukan ketaatan bin Laden. Akan tetapi, beberapa anggota milisinya menerima bantuan al-Qaeda. Saat ditanyai Jessica Stern soal dukungannya terhadap Wahhabisme di Indonesia, Thalib mengaku berusaha menjauhkan dirinya dari Wahhabisme. Ia menyatakan bahwa tulisan-tulisan Wahhabi terlalu bergantung pada hadits lemah "yang mungkin bukan firman Allah". Beberapa pengamat menulis bahwa fatwa-fatwa yang dikeluarkan mufti Salafi dari Jazirah Arab memainkan peran penting dalam pembentukan Laskar Jihad. Mereka juga berpendapat bahwa upaya Thalib menjauhkan dirinya dari al-Qaeda dan segala hal tentang al-Qaeda berkaitan dengan efek serangan 11 September ketika pemerintah Indonesia memaksa Laskar Jihad untuk tidak memanfaatkan sentimen anti-Amerika Serikat.