Penentuan Pendapat Rakyat

Setelah Kejatuhan Soeharto tahun 1998, Uskup Agung Desmond Tutu aktivis Hak Asasi Manusia dan beberapa anggota parlemen Amerika dan Eropa meminta Sekretaris PBB Kofi Annan untuk meninjau peran PBB dalam pemungutan suara Ada ura-ura yang telah memanggil PBB untuk melakukan referendum sendiri, dengan semua suara pemilih dan kritik mengatakan Perjanjian New York adalah sah biarpun tidak dilibatkan masyarakat asli Papua tetapi Penentuan Pendapat Rakyat tidak memenuhi Kriteria atau tidak sesuai dengan praktik Hukum Internasional, Hak Asasi Manusia, dan Demokrasi yaitu dengan cara "One Man One Vote" satu orang satu suara, tetapi dilakukan menurut kebiasaan Indonesia dengan "Musyawarah" banyak orang satu suara. Para peserta Penentuan Pendapat Rakyat dipilih dan memilih oleh Indonesia sendiri, malah para peserta diteror dan diintimidasi dalam pelaksanaan Penentuan Pendapat Rakyat 1969.
Mereka menyerukan suara juga menunjuk pada lisensi tahun 30 dimana Indonesia dijual kepada perusahaan Freeport-McMoRan untuk hak penambangan Papua pada tahun 1967, dan untuk respon militer Indonesia terhadap referendum Timor Timur sebagai pendukung untuk mendiskreditkan 1969 Tindakan Pemilihan Bebas. Posisi Pemerintah Indonesia bahwa PBB mencatat hasil memvalidasi pelaksanaan dan hasilnya.
Tuntutan tersebut itu karena Penentuan Pendapat Rakyat Referendum tidak diadakan sesuai dengan praktik Hukum Internasional, HAM dan Demokrasi yaitu dengan cara "One Man One Vote" satu orang satu suara, tetapi Penentuan Pendapat Rakyat malah dilakukan menurut kebiasaan Indonesia yaitu Musyawarah "satu suara banyak orang". dan para peserta PEPERA itu dipilih oleh pemerintah Indonesia Sendiri, dan para peserta itu diintimidasi dan teror oleh Militan dan Militer TRIKORA Indonesia yang dikomandoankan oleh Soeharto 1963 setelah setahun mendeklarasikan kemerdekaan negara West Papua pada tanggal 1 Desember 1962. Trikora yang dikomandoankan untuk membubarkan negara baru West Papua yang terbentuk itu dan mensukseskan penentuan Pendapat Rakyat (PEPERA) 1969 dengan pengkondisian yaitu menghabiskan Organisasi Papua Merdeka yang mendirikan negara West Papua yang lengkap dengan atribut negara.