Universitas Khairun

Kemampuan diplomasi Kaicili Khairun mulai tampak saat ia bertemu Raja Muda Portugis, Lopo Soares, di Goa dalam bulan Februari 1546. Saat itu, ia bersama Lopo Soares membahas masalah status akta hibah atas Ambon, Buru, dan Seram yang pernah disepakati oleh Sultan Tabariji dan Kapten Jordao de Freitas di Malaka. Dalam perundingan itu, Kaicili Khairun menjelaskan kepada Lopo Soares bahwa hibah wilayah Kerajaan Ternate kepada Kapten Freitas itu dilakukan secara sepihak oleh Sultan Tabariji tanpa persetujuan dari para Bobato Dunia Kerajaan Ternate. Sebaliknya, apa yang dilakukan oleh Jordao de Freitas ini tanpa persetujuan dari Lopo Soares di Goa. Atas kelihaian Kaicili Khairun ketika berdiplomasi dalam perundingan itu, Lopo Soares kemudian menyetujui gugatan Kaicili Khairun dengan menarik Jordao de Freitas sebagai kapten Benteng Gamlamo di Ternate kemudian digantikan dengan Bernaldin de Sousa sebagai kapten benteng yang baru. Demikian halnya dengan Sultan Tabariji, ia diturunkan dari tahta Kerajaan Ternate dan digantikan dengan Kaicil Khairun menjadi Sultan Ternate dalam masa jabatan yang kedua sejak tahun 1546 sampai dengan tahun 1570. Meskipun secara formal dalam perundingan itu telah diputuskan Sultan Tabariji akan diturunkan dari tahta Kerajaan Ternate, tetapi faktanya Sultan Tabariji sudah setahun lebih dahulu wafat di Malaka sebelum pertemuan itu dilaksanakan.