Badak jawa

Leluhur badak pertama kali terpisah dari "Perissodactyl" lainnya pada masa Eosen awal. Perbandingan DNA mitokondria memberikan kesan bahwa leluhur badak modern terpisah dari leluhur "Equidae" sekitar 50 juta tahun yang lalu. Famili yang masih ada, Rhinocerotidae, pertama kali muncul pada Eosen akhir di Eurasia, dan leluhur spesies badak modern muncul dari Asia pada awal Miosen.