William S. Clark

Kegiatan misionaris Clark juga membuahkan hasil. Pada tahun 1882, mahasiswa Sekolah Tinggi Pertanian Saporo mendirikan Gereja Kristen Independen Sapporo yang dicatat sebagai salah satu unsur kekristenan di Jepang setelah Restorasi Meiji. Sepuluh mahasiswa penandatangan "Perjanjian Pemercaya Yesus" mengumpulkan dana untuk membangun Gereja Peringatan William S. Clark di Sapporo pada 1922. Gereja tersebut dihancurkan pada tahun 1962, namun dibangun kembali di lokasi lain. Di dalam gereja itu masih disimpan "surat perjanjian" asli yang ditandatangani murid-murid Clark serta beberapa Alkitab yang dibawa Clark ke Sapporo.
Di Amerika Serikat, warisan utama Clark adalah kerja sama yang terus berlangsung antara dua perguruan tinggi yang didirikannya, sekarang bernama Universitas Massachusetts Amherst dan Universitas Hokkaido. Pertukaran staf pengajar dan mahasiswa berlangsung secara informal selama bertahun-tahun hingga. Menurut jurnalis Daniel Fitzgibbons, keadaan itu berlangsung hingga awal tahun 1960-an, sampai "Departemen Luar Negeri Amerika Serikat mengontrak Universitas Massachusetts Amherst untuk membantu memperkuat kurikulum pertanian di Hokkaido. Melalui program tersebut, 11 staf pengajar Universitas Massachusetts Amherst pergi ke Sapporo dan 52 mahasiswa dan staf pengajar Jepang mendapat pendidikan lanjutan di Amherst." Kedua universitas juga memiliki program pertukaran yang dilakukan oleh berbagai departemen akademik.