Daftar perguruan tinggi negeri di Kalimantan Timur

Berikut adalah daftar perguruan tinggi negeri di Kalimantan Timur, di bawah pengelolaan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia. Daftar ini tidak mencakup perguruan tinggi keagamaan di bawah pengelolaan Kementerian Agama (antara lain: sejumlah Universitas Islam Negeri atau UIN) dan perguruan tinggi kedinasan yang dikelola oleh Departemen/Kementerian atau Lembaga Pemerintah Non Departemen lainnya (misalnya: perguruan tinggi swasta maupun perguruan tinggi Islam swasta), yang masing-masing mempunyai daftar tersendiri.