Pengepungan Naxos (499 SM)

Dalam menghadapai armada Persia, orang Ionia berniat mempertahankan Miletos di laut, meninggalkan pertahanan kota Miletos kepada orang Miletos sendiri. Armada Ionia berkumpul di pulau Lade, lepas pantai Miletos. Pasukan Persia merasa tak yakin akan memperoleh kemenangan di Lades, jadi mereka pada awalnya berusaha untuk membujuk beberapa kontingen Ionia untuk membelot. Meskipun usaha ini awalnya gagal, ketika pasukan Persia akhirnya menyerang pasukan Ionia, kontingan Samos menerima tawaran Persia. Ketika armada Persia dan Ionia semakin saling mendekati, kapal-kapal Samos berlayar menjauh dan meninggalkan medan tempur. Akibatnya barisan tempur Ionia pun menjadi berantakan. Meskipun kontingen Khios dan beberapa kapal lainnya tetap bertahan, dan bertempur mati-matian melawan Persia, namun pertempuran itu berakhir dengan kemenangan bagi Persia.
Dengan kekalahan pasukan Ionia di Lade, Pemberontakan Ionia berhasil diakhiri oleh Persia. Setahun kemudian, pasukan Persia menaklukkan benteng pertahanan pemberontak terakhir, dan memulai proses untuk menstabilkan daerah Ionia. Meskipun Asia Kecil berhasil dikuasai kembali oleh Persia, Darius bersumpah untuk menghukum Athena dan Eretria atas bantuan mereka kepada para pemberontak. Selain itu, Darius menganggap bahwa dunia Yunani yang terpecah-pecah dapat memberikan ancaman berkelanjutan bagi kestabilan kekaisarannya. Oleh karena itu dia memutuskan bahwa seluruh Yunani harus ditaklukkan. Pada tahun 492 SM, dimulailah invasi pertama Persia ke Yunani.