Pemberontakan di Aceh

Aspinall menunjukkan bahwa ketika SBY masih menjabat sebagai menteri dalam kabinet Presiden Megawati Soekarnoputri, ia mendukung "pendekatan terintegrasi" berupa penyertaan upaya militer dengan negosiasi terhadap GAM. Kalla, yang saat itu kolega SBY di kementerian, juga mendukung dimulainya kembali dialog dengan GAM pada awal 2004 (yaitu ketika darurat militer masih diberlakukan di Aceh dan operasi militer masih berlangsung). Saat itu, Kalla, melalui orang kepercayaannya, mendekati komandan GAM di lapangan sekaligus pemimpinnya di Swedia. Posisi presiden dan wakil presiden Indonesia yang lebih memilih jalur negosiasi sebagai solusi pemberontakan Aceh memberikan jalan untuk mencapai keberhasilan dialog perdamaian Helsinki.