Taman Nasional Karimunjawa

Permasalahan yang menonjol dalam mengelola kawasan ini adalah perlindungan ekosistem perairan laut. Hal ini disebabkan karena kawasan Karimunjawa adalah salah satu dari tiga pusat perikanan yang diandalkan di Jawa Tengah, dan fakta bahwa sebagian besar penduduknya yang berjumlah lebih dari 8.800 jiwa adalah nelayan yang menggantungkan hidupnya pada sumber daya perikanan. Oleh karena itu sumber daya perikanan menjadi andalan dalam pengembangan perekonomian di kawasan ini. Permasalahan timbul disebabkan dalam memanfaatkan sumber daya perikanan yang cenderung berlebihan ("over fishing") terutama pada jenis ikan pelagis kecil, usaha penangkapan ikan yang merusak ekosistem terumbu karang yaitu dengan penggunaan apotas atau sianida maupun jaring yang merusak terumbu karang.