Elektorat Salzburg

Ferdinand merupakan pemimpin yang cakap. Ia mendirikan Fakultas Kedokteran di Universitas Salzburg. Ia juga memerintahkan perbaikan jalur pegunungan ke Bad Gastein, Sankt Johann im Pongau dan Radstadt. Namun, reformasi ekonominya memicu perlawanan dari serikat pekerja di Salzburg. Pada Oktober 1805, pasukan Perancis kembali menyerbu. Seperti pendahulunya, Ferdinand terpaksa melarikan diri ke Wina. Setelah kekalahan Austria dalam Pertempuran Austerlitz, elektorat Salzburg dibubarkan oleh Perjanjian Pressburg yang ditandatangani pada 26 Desember 1805. Bekas wilayah keuskupan agung ini dan Berchtesgaden diserahkan kepada Kekaisaran Austria, sementara wilayah Eichstätt dan Passau dianeksasi oleh Kerajaan Bayern. Sebagai kompensasi, wilayah Elektorat Würzburg diserahkan kepada Ferdinand.