Pertempuran Laut Karang

Pada 10 Mei, Operasi "RY" dinyatakan berakhir. Setelah kapal penyebar ranjau "Okinoshima" yang dijadikan kapal komando ditenggelamkan oleh kapal selam Amerika Serikat "S-42" pada 12 Mei (), pendaratan pasukan ditunda hingga 17 Mei. Sementara itu, armada TF16 di bawah pimpinan Halsey mencapai Pasifik Selatan dekat Efate, dan pada 13 Mei berlayar ke utara untuk mencegat kapal-kapal Jepang yang mendekati Nauru dan Kepulauan Ocean. Setelah mendapat laporan intelijen tentang operasi berikutnya Armada Gabungan Jepang ke Midway, Nimitz pada 14 Mei memerintahkan Halsey untuk memastikan pesawat pengintai Jepang dapat melihat kapal-kapal Halsey pada hari berikutnya. Nimitz setelah itu segera kembali ke Pearl Harbor. Pada 10.15 tanggal 15 Mei, pesawat pengintai Kawanishi dari Tulagi melihat TF16 di timur Kepulauan Solomon. Gerak tipu kapal-kapal Halsey berhasil. Setelah mencemaskan serangan udara kapal induk Amerika Serikat terhadap pasukan invasi Jepang, Inoue segera membatalkan Operasi "RY". Kapal-kapal diperintahkannya untuk kembali ke Rabaul dan Truk. Pada 19 Mei, TF16 yang kembali ke kawasan Efate untuk mengisi bahan bakar, dan berbelok menuju Pearl Harbor. TF16 tiba di Pearl Harbor pada 26 Mei, sementara "Yorktown" tiba pada hari berikutnya.
"Shōkaku" tiba di Kure, Jepang, pada 17 Mei. Dalam perjalanan, kapal induk ini hampir terbalik akibat kerusakan yang diderita selama pertempuran. "Zuikaku" tiba di Kure pada 21 Mei, setelah berhenti sebentar di Truk pada 15 Mei. Berbekal sinyal intelijen, Amerika Serikat mengerahkan delapan kapal selam di sepanjang rute yang diperkirakan akan dilewati kapal-kapal induk Jepang sewaktu kembali ke Jepang. Namun, kapal-kapal selam tersebut tidak berhasil melakukan serangan. Staf Umum Angkatan Laut Kekaisaran Jepang memperkirakan perlu waktu dua hingga tiga bulan untuk memperbaiki "Shōkaku" dan melengkapi kembali skuadron udaranya. Oleh karena itu, "Shōkaku" dan "Zuikaku" keduanya tidak dapat ikut serta dalam operasi Yamamoto yang berikutnya di Midway. "Shōkaku" dan "Zuikaku" bergabung kembali dengan Armada Gabungan pada 14 Juli dan berperan utama dalam pertempuran antarkapal induk yang berikutnya melawan Amerika Serikat. Lima kapal selam kelas "I" yang mendukung Operasi "MO" dialihkan untuk mendukung penyerangan ke Pelabuhan Sydney tiga minggu kemudian sebagai bagian dari usaha mengganggu jalur logistik Sekutu. Dalam perjalanan ke Truk, "I-28" terkena tembakan torpedo dari kapal selam Amerika Serikat "Tautog" dan tenggelam berikut semua awaknya.