Michel Aflaq

Pelengseran Aflaq menyebabkan perpecahan dalam Partai Ba'ath; partai tersebut menjadi bubar secara "de facto" dan dua Partai Ba'ath berdiri, yang satu Partai Ba'ath pimpinan Irak dan yang satu Partai Ba'ath pimpinan Suriah. Partai pimpinan Suriah dipimpin oleh Jadid dan para pendukungnya dan menyanjung Zaki al-Arsuzi, pendiri Ba'ath Arab pada 1940, sebagai bapak pemikiran Ba'athis, sementara partai pimpinan Irak dipimpin oleh Ahmed Hassan al-Bakr dan Saddam Hussein, yang masih menganggap Aflaq merupakan pendiri pemikiran Ba'athis. Pada Februari 1966 di Kongres Nasional Kesembilan, yang diadakan setelah kudeta yang melengserkan faksi pro-Aflaq, delegasi Irak terpecah dengan Ba'athis Suriah. Pihak Irak mengadakan Kongres Nasional Kesembilan "yang sebenarnya" pada Februari 1968 di Beirut, dan memilih Aflaq menjadi Sekretaris Jenderal Komando Nasional. Terpilihnya Aflaq menjadi Sekretaris Jenderal juga menandakan perpecahan akhirnya dengan al-Bitar; sebelum kongres tersebut mempersilahkan al-Bitar meninggalkan Partai Ba'ath dan berpegang pada gerakan Ba'athis secara keseluruhan.