Universitas Khairun

Sekembali Kaicili Khairun dari menuntut ilmu di Goa, ia mampu berkomunikasi dengan orang-orang Portugis menggunakan bahasa mereka. Selain itu, ia juga memiliki kemampuan untuk mengadopsi teori protektorat yang umumnya diterapkan oleh negara-negara Eropa ketika itu untuk kepentingan politik di daerah jajahannya. Substansi teori ini terletak pada perubahan kemampuan seorang calon penguasa untuk berpikir maju, khususnya bagaimana ia mengendalikan kekuasaannya bila sewaktu-waktu terjadi gejolak di wilayah ataupun di pusat kerajaan. Sebagai implementasi dari teori protektorat (ilmu ketatanegaraan) yang pernah dipelajari selama di Goa itu, Kaicili Khairun ketika menjadi sultan berhasil mengamati motif gerakan pemisahan ―Jailolo dari Ternate‖ (yang tengah dilancarkan Sultan Katarabumi dari Jailolo bersama sekutunya Spanyol dan Tidore), yang kejadian tersebut dalam pandangan Sultan Khairun dapat dianggap membahayakan Kerajaan Ternate.