Arkea

Hubungan antara tiga domain adalah sangat penting untuk memahami asal usul kehidupan. Sebagian besar jalur metabolik, yang mencakup sebagian besar gen suatu organisme, yang umum antara Archaea dan Bacteria, sementara sebagian besar gen yang terlibat dalam ekspresi genom yang umum antara Archaea dan Eukarya. Di antara prokariota, struktur sel arkea paling mirip dengan bakteri gram positif, terutama karena keduanya memiliki lipid bilayer tunggal dan biasanya mengandung sakulus tebal dari berbagai komposisi kimia. Dalam beberapa pohon filogenetik berdasarkan urutan gen/protein yang berbeda dari homolognya prokariotik, homolog arkea lebih erat terkait dengan homolog dari bakteri gram positif. Arkea dan bakteri gram positif juga berbagi indels dilestarikan dalam sejumlah protein penting, seperti Hsp70 dan glutamin sintetase I; namun, filogeni dari gen ini ditafsirkan untuk mengungkapkan transfer gen interdomain, dan mungkin tidak mencerminkan hubungan organisme.