Universitas Khairun

Meskipun Kaicili Khairun baru menginjak usia sekitar 15 tahun saat ia diangkat menjadi sultan, hal penting yang penjadi pertimbangan utama Kapten Altaide untuk itu adalah faktor prestasi akademiknya yang pernah diperolehnya ketika belajar di Goa. Dalam berbagai referensi tercetak dalam bentuk buku telah banyak memberikan informasi kepada kita bagaimana sesungguhnya eksistensi Kaicili Khairun dalam perjuangannya menentang dominasi politik dan ekonomi bangsa Portugis di Maluku. Pada tahun 1535, Kapten Dom Tristao de Altaide mengirimkan sekelompok pasukan pengawal Portugis untuk mengawal Kaicili Khairun ke kedaton untuk upacara pengangkatan Sultan Ternate. Ibunda Kaicili Khairun ketika itu dalam keadaan bingung menghadang mereka di depan pintu gerbang dan menuduh mereka akan menculik puteranya, yang katanya; akan dijadikan boneka Portugis dan kelak akan diracun, dirantai, diasingkan dan dihukum mati. Pasukan pengawal itu memaksa masuk melewati wanita itu dan menemukan Khairun disembunyikan di sebuah kamar di lantai dua. Sewaktu mereka meminta Khairun untuk ikut mereka, sekali lagi ibundanya menghalangi, dan dalam pertengkaran yang terjadi ia jatuh – atau didorong – dari jendela dan meninggal seketika karena luka-luka yang dialaminya. Upacara penobatan terpaksa ditunda, tetapi penguasa muda yang sangat berdukacita itu berhasil diyakinkan oleh pasukan pengawal Portugis bahwa ibundanya itu wafat karena kecelakaan semata. Sultan Khairun dengan lugunya menerima perintah dan melaksanakan semua program yang dipersiapkan Kapten Altaide sebelumnya. Setidaknya ada dua program buatan Kapten Altaide yang nantinya dijalankan oleh Sultan Khairun. Aksi militer terhadap Boheyat yang menutut agar Khairun diturunkan dari tahta kerajaan, serta kegiatan kristenisasi penduduk Muslim di Ternate oleh para pastor yang mendapat sokongan Sultan Khairun. Program ini mengundang reaksi keras dari lingkungan Kedaton Ternate dan seluruh kerajaan di Maluku. Kaicili Boheyat bersama Sultan Jailolo, Katarabumi (Catabruno), bergerilya melalui laut. Mereka menyerang orang-orang Portugis di Ternate dan menghancurkan rumah-rumah penduduk yang berdekatan dengan benteng Gamalama. Pasukan Boheyat dan pasukan Katarabumi juga menyerang orang-orang Portugis di Jailolo dan Bacan. Melalui wakil Kapten Altaide, de Pinto, orang-orang Portugis kemudian membalas serangan itu dengan menyerang pasukan Kerajaan Jailolo (Katarabumi) dan wilayah-wilayah satelit Kerajaan Ternate di utara Pulau Halmahera.