Pemberontakan Trunajaya

Amangkurat II mengamankan pemerintahannya dengan kekalahan para pemberontak. Karena direbut pemberontak dan kemudian penghancuran ibu kota di di Plered, dia membangun sebuah ibu kota baru, Kartasura, di distrik Pajang, dan memindahkan keratonnya ke sana. Sebuah benteng VOC dibangun di ibu kota, di samping kediaman kerajaan, untuk mempertahankannya dari invasi. Sedangkan untuk VOC, keterlibatannya memungkinkan Amangkurat II yang terpojok dan hampir kalah tetap bertahan di atas takhtanya. Hal ini menjadi awal preseden VOC yang mendukung raja-raja dan pengklaim Jawa dengan imbalan konsesi. Namun, pada 1680, kebijakan ini membutuhkan tingkat pengeluaran yang tinggi untuk mempertahankan kehadiran militer di Jawa Tengah dan Timur, dan ini menyebabkan merosotnya keuangan VOC. Pembayaran yang dijanjikan oleh Amangkurat tidak ditepati, dan pada 1682 hutang raja kepada VOC melebihi 1,5juta "real", sekitar lima kali jumlah harta kekayaan kerajaan. Penyerahan Semarang ditunda karena perselisihan, dan ketentuan lainnya dalam kontrak sebagian besar diabaikan oleh pejabat Jawa setempat. Selanjutnya, sebuah faksi anti-VOC berkembang di keraton Mataram, dan seorang anggota faksi ini, Nerangkusuma, menjadi patih (menteri utama) dari 1682 hingga 1686. Hubungan yang buruk antara Mataram dan VOC berlanjut dengan melindungi Surapati, musuh VOC, pada tahun 1684, dan kematian kapten VOC, François Tack di keraton Mataram pada 1686.