Pengepungan Naxos (499 SM)

Setibanya di Sardis, pasukan Yunani mampu mengejutkan orang Persia, yang saat itu sedang tak waspada. Mereka berhasil merebut kota bawahnya namun kota itu kemudian terbakar habis, dan pasukan Yunani, yang kehilangan semangat, memilih untuk mundur dari kota. Mereka berjalan kembali ke Ephesos. Pasukan Persia di Asia Kecil menyusul pasukan Yunani, memergoki mereka di dekat Ephesos. Jelas bahwa pasukan Yunani, yang kelelahan dan kehilangan semangat, bukan tandingan bagi pasukan Persia, dan memang pada akhirnya pasukan Persia berhasil sepenuhnya mengalahkan pasukan Yunani melalui pertempuran di Ephesos. Tentara Ionia yang selamat dari pertempuran melarikan diri ke kota masing-masing, sedangkan pasukan Athena dan Eretria berhasil tiba di kapal-lapal mereka untuk kemudian berlayar kembali ke Yunani.
Meskipun mengalami kegagalan, pemberontakan terus menyebar. Orang Ionia mengirim pasukan ke Hellespontos dan Propontis, dan merebut Byzantion serta kota-kota lain di sekitarnya. Mereka juga membujuk Karia untuk ikut memberontak. Lebih jauh lagi, melihat pemberontakan yang semain menyebar, kerajaan Siprus juga ikut memberontak meski tanpa ajakan dari pihak luar. Selama tiga tahun berikutnya, pasukan dan armada Persia sibuk bertempur untuk menghentikan pemberontakan di Karia dan Siprus, sedangkan Ionia tampaknya mengalami masa damai yang tak tenang pada masa-masa tersebut. Pada puncak serangan balasan Persia, Aristagoras, yang merasa bahwa posisinya sudah tak dapat lagi dipertahankan, memutuskan untuk meninggalkan jabatannya sebagai pemimpin Miletos sekaligus pemimpin pemberontakan, lalu dia pun pergi dari Miletos. Herodotos, yang jelas memiliki pandangan buruk terhadap Aristagoras, berpendapat bahwa dia telah kehilangan keberaniannya dan melarikan diri. Setelah meninggalkan Ionia, Aristagoras pergi ke Thrakia dan terbunuh di sana ketika berusaha menaklukkan sebuah kota.