Daniel Pedrosa

Namun, di balapan berikutnya,dia mengalami kecelakaan yang membuatnya turun ke peringkat 5 di klasemen sementara MotoGP. Kecelakaan selanjutnya terjadi di Estoril. Setelah awal yang menjanjikan, Pada lap 5, ia dan Hayden terlibat dalam kecelakaan. Pedrosa membuat kesalahan sambil mencoba untuk menyalip Hayden, meluncur dan jatuh keluar dari perlombaan bersama Hayden. Kecelakaan ini membuatnya memiliki kemungkinan tipis untuk memenangkan kejuaraan dan Hayden juga menyebabkan kehilangan keunggulannya dalam klasemen kejuaraan, setelah Rossi berhasil selesai di posisi 2. Namun, dua minggu kemudian, Hayden bangkit untuk memenangkan kejuaraan sementara Pedrosa berhasil finis di posisi ke-4. Hasil ini membuatnya berada di tempat ke-5 di klasemen akhir di musim debutnya, memenangkan gelar sebagai Rookie of the Year dalam kategori MotoGP, mengalahkan rookie rekan dan saingannya di kelas 250 cc Casey Stoner. Pada tes (pasca musim 2006) tiga hari tahun 2006 di Jerez Spanyol, Pedrosa menempatkan 800 cc RC212V di bagian atas timesheets (di kualifikasi ban) selisih dengan Valentino Rossi 0,214 detik. Rossi menjadi yang tercepat untuk dua hari pertama tes. Pedrosa mencatatkan waktu 1 menit 39,910 detik di Sirkuit Jerez.Pedrosa kembali membalap untuk Honda di tshun 2007 dengan motor baru 800cc Honda RC212V. Mesin RC212V memiliki masalah, tetapi dia mampu finis di posisi 2 klasemen akhir di belakang Casey Stoner dan di depan Valentino Rossi. Pedrosa menandatangani kontrak berdurasi 2 tahun dengan Repsol Honda untuk tahun 2008 dan 2009.