Pertempuran Lade

Dengan kekalahan armada Ionia, pemberontakan secara efektif berhasil diakhiri. Miletos dengan segera didatangi dan dikepung dari darat dan laut. Pasukan Persia menyerang tembok pertahanan Miletos dan berusaha meruntuhkannya dengan menggunakan berbagai macam alat serta dengan menggalinya. Pada akhirnya pasukan Persia berhasil menghancurkan tembok itu dan menaklukkan Miletos. Menurut Herodotos, sebagian besar pria dibunuh, sedangkan wanita dan anak-anak dijadikan budak. Temuan arkeologis cukup mendukung hal ini, menunjukkan tanda-tanda penghancuran yang luas, dan pengabaian sebagian besar kota sebagai akibat atas Pertempuran Lade. Akan tetapi, beberapa orang Miletos tetap bertahan di (atau dengan cepat kembali ke) Miletos, meskipun kota itu tak pernah kembali berkembang seperti sebelumnya. Miletos dengan demikian bisa dibilang "ditinggalkan hingga kosong oleh penduduknya." Persia lalu mengambil kota dan daerah pesisirnya, sedangkan sisa wilayah Miletos diberikan oleh Persia kepada orang Karia dari Pedasos. Para tawanan Miletos dibawa ke hadapan Darius di Susa, yang kemudian mengirim mereka untuk bermukim di kota Ampe di dekat lautan yang disebut Laut Erythra (keumngkinan di pesisir Teluk Persia). Kota ini disebutkan dilalui oleh sungai Tigris.
Penghancuran Miletos oleh Persia membuat rakyat Athena amat berduka, karena Miletos pernah menjadi anak kota Athena. Herodotos menyebutkan bahwa suatu ketika di Athea dipentaskan sebuah drama berjudul "Penaklukan Miletos" gubahan Phrynikhos, dan para penontonnya menangis menyaksikan sandiwara tersebut. Phrynikhos lalu didenda ribuan drakhma akibat mengingatkan rakyat Athena atas tragedi itu. Drama itu juga tidak diperbolehkan untuk dipentaskan lagi.