Tentara Pembebasan Nasional Zapatista

Setelah dialog berakhir, banyak tuduhan ditujukan pada angkatan bersenjata Meksiko dan kelompok-kelompok paramiliter atas serangan, penahanan dan pembunuhan terhadap Zapatista dan pendukungnya; satu insiden khusus adalah Pembantaian Acteal, di mana 45 orang yang menghadiri misa gereja dibunuh oleh orang tak dikenal. Motif dan identitas para penyerang tidak jelas, bahkan hampir sampai pada keputusan bahwa hal itu sama sekali tidak berhubungan dengan EZLN (bagaimanapun, mereka yang selamat mengaku bahwa mereka diserang oleh paramiliter).