Babak gugur Liga Eropa UEFA 2016–17

Setiap pasangan dalam babak gugur, kecuali untuk pertandingan final, akan memainkan dua pertandingan, dengan setiap tim akan memainkan satu pertandingan kandang. Tim yang memiliki agregat gol yang lebih baik dalam dua pertandingan tersebut akan melaju ke babak selanjutnya. Jika agregat gol sama, maka aturan gol tandang diberlakukan, dimana tim yang mencetak gol tandang lebih banyak yang menang. Jika aturan gol tandang masih memiliki nilai yang sama, maka dilanjutkan dengan perpanjangan waktu 2x15 menit. Aturan gol tandang juga berlaku pada babak perpanjangan waktu. Jika tidak ada gol yang tercipta selama perpanjangan waktu, maka dilanjutkan dengan adu penalti. Pada pertandingan final, hanya berlangsung satu pertandingan, jika skor imbang sampai waktu normal, babak perpanjangan waktu dimainkan, dilanjutkan dengan adu penalti jika skor masih imbang.