IAIN Pekalongan

Selanjutnya sejak akhir tahun 1994 dan awal tahun 1995 dengan diangkatnya pimpinan Fakultas Syariah di Surakarta maka di Pekalongan tidak lagi diangkat pimpinan fakultas. Dengan demikian di Pekalongan terdapat kevakuman pimpinan. Mulai saat itu segala urusan administrasi akademik harus Dekan fakultas di Surakarta dan untuk melaksanakan tugas dan tanggung jawab sehari-hari pelaksanaan kegiatan di Pekalongan di angkat oleh rektor IAIN Walisongo pelaksana harian Dekan.