Naruto Uzumaki

Setelah Naruto kembali dari persembunyian Orochimaru, dia menemui Kakashi di rumah sakit. Dia lalu diberi tahu bahwa dia bisa menjadi ninja yang kuat dengan metode latihan yang diberikan Kakashi. Di lain pihak, dua orang Akatsuki bernama Hidan dan Kakuzu menyerang kuil api desa Konoha dan menghabisi hampir semua pendeta di sana. Naruto yang tidak tahu-menahu hal tersebut meneruskan latihannya. Pertama-tama dia harus mengenal jenis chakra yang ia miliki, kemudian berlatih memotong daun menggunakan chakra miliknya. Setelah berhasil, dia lalu diberi ujian memotong air terjun yang dibuat oleh Yamato. Naruto lalu memasuki tahap akhir latihan, memasukkan chakra angin miliknya ke dalam Rasengan untuk menemukan jenis Rasengan yang baru. Awalnya dia kesulitan mencarinya, lalu menggunakan Kagebunshin untuk membantunya mencari Rasengan baru tersebut. Setelah berhasil, dia lalu berangkat membantu tim Kakashi, Shikamaru, Chouji dan Ino menghadapi Hidan dan Kakuzu. Pertama-tama Naruto kesulitan mengenai musuhnya dengan Rasenshuriken, jurus barunya karena putarannya yang melemah sebelum sampai ke musuh. Setelah tubuh asli Naruto ikut dalam jebakan, akhirnya dia berhasil mengenai Kakuzu dan membuatnya terkapar. Kakuzu akhirnya dihabisi oleh Kakashi. Kakashi mengatakan kalau Naruto benar-benar melampauinya dan penyebabnya ialah tekad dan keinginannya untuk menjadi lebih kuat dari Sasuke dan mengembalikannya ke Konoha. Setelah mengetahui tujuan Sasuke yang sebenarnya, Naruto bertekad untuk menemui Itachi, berharap bertemu kembali dengan Sasuke. Naruto yang menjalankan misi mencari Sasuke dan mengembalikannya lagi, tanpa disangka, salah satu klon bayangan yang dilepaskan oleh Naruto berhasil menemukannya, tetapi segera dihancurkan oleh "Chidori" Sasuke. Naruto yang akhirnya menemukan teman lamanya, bergegas menuju ke sana, tetapi dihadang oleh Tobi. Naruto segera menyerang Tobi dengan "Rasengan", tetapi serangan Naruto tidak mengenainya karena menembus tubuhnya. Setelah itu Tobi diberitahu oleh Zetsu bahwa Itachi telah mati bertarung dengan Sasuke. Setelah mengetahui di mana tempat Sasuke dan Itachi bertarung, Naruto dan kawan-kawan segera bergegas cepat ke sana. Setelah sampai, Yamato memberikan jalan dengan elemen kayu miliknya agar bisa dilewati, tetapi Sasuke dan Itachi sudah tidak ada, karena telah didahului oleh Tobi dan Zetsu.