Misi Naruto

Misi pada tahap ini biasanya diberikan kepada ninja berpangkat Jōnin. Misi-misi pada tahap ini biasanya terkait dengan keamanan dan kepentingan sebuah desa ninja dan biasanya sangat bahaya dan sulit dilaksanakan. Contoh misi pada tahap ini adalah menjadi pengawal ke VIP atau mencegah angkatan ninja lain. Imbalan untuk menyelesaikan misi pada tahap ini adalah dalam jarak 150.000 hingga 1.000.000 ryo. Dalam Bagian I, Naruto, Sakura, dan Shikamaru telah diberikan tugas Kelas A untuk mencegah Sasuke dari mengejar Gaara ketika terjadi serangan oleh Otogakure dan Sunagakure ke Konohagakure.