Museum Nasional Kyoto

Tiga tahun setelah museum dibuka, nama museum diganti menjadi Museum Rumah Tangga Kaisar Kyoto (Kyoto Teishitsu Hakubutsukan). Pada waktu yang bersamaan, museum di Tokyo dan Nara juga masing-masing berganti nama menjadi Museum Rumah Tangga Kaisar Tokyo dan Museum Rumah Tangga Kaisar Nara. Museum dihibahkan kepada kota Kyoto sebagai kenang-kenangan pernikahan Putra Mahkota Hirohito (nantinya Kaisar Shōwa) pada Februari 1924. Nama museum diganti menjadi Museum Hadiah Kaisar Kyoto (Onshi Kyoto Hakubutsukan). Hingga selesainya Perang Dunia II, museum berada di bawah pengelolaan kota Kyoto. Sejak April 1952, museum dikembalikan kepada pemerintah, dan nama museum diganti menjadi Museum Nasional Kyoto. Ketika dikembalikan kepada pemerintah, museum berafiliasi dengan Dewan Perlindungan Peninggalan Budaya (Bunkazai Hogo Iinkai). Pada tahun 1968, museum berafiliasi dengan Kantor Kebudayaan yang waktu itu baru dibentuk. Sesuai dengan kebijakan Reformasi Pemerintah Pusat 2001/Peraturan Umum Institusi Administrasi Independen, museum ini dijadikan sebuah institusi administrasi independen pada tahun 2001. Setelah itu, museum ini berada di bawah pengelolaan Institut Nasional Peninggalan Budaya sejak 2007 hingga sekarang.