Sungai

Ancaman lain yang dapat mengganggu ekosistem perairan adalah penggunaan ekosistem perairan sebagai daerah wisata. Penetapan daerah wisata perairan dapat dikatakan sebagai eksploitasi karena apabila daerah wisata tersebut tidak dikelola dengan balk maka akan mengganggu keberadaan organisme yang ada di ekosistem tersebut. Sebagai contoh, daerah wisata pantai di Bali atau wilayah Jakarta bagian utara yang ekosistem alaminya telah terganggu oleh aktivitas manusia yang berlebihan. Kedua pantai tersebut telah tercemar oleh sampah yang dibuang pengunjung tempat wisata tersebut.