Marí Alkatiri

Pada akhir Mei Presiden Xanana Gusmao mengumumkan keadaan darurat dan mengambil alih kekuasaan sehingga menimbulkan perselisihan dengan Alkatiri. Namun Alkatiri bertekad untuk mempertahankan kedudukannya, sambil mengatakan bahwa hanya pemilihan umum sajalah — yang baru akan diadakan pada 2007 — yang dapat menyingkirkannya. Pada 21 Juni 2006 Presiden Xanana Gusmao memberikan dua pilihan kepada Alkatiri mengundurkan diri atau dipecat. Pada 26 Juni 2006, ia mengumumkan pengunduran dirinya, setelah sehari sebelumnya José Ramos Horta menyatakan mundur dari jabatannya sebagai menteri luar negeri dan menteri pertahanan dan tujuh anggota kabinet lainnya di bawah Alkatiri menyatakan siap mundur.