Struktur sistem berkas NTFS

Setiap berkas dalam sebuah volume berbasis NTFS dapat dikenali dengan sebuah nilai berukuran 64-bit yang disebut dengan "referensi berkas" atau "file reference". Referensi berkas mengandung sebuah nomor referensi berkas ("reference file number") dan sebuah nomor urut referensi berkas ("reference sequence number"). Angka berkas berhubungan dengan posisi di mana letak record berkas tersebut di dalam MFT dikurangi 1 (atau posisi di mana record tersebut berada dikurangi satu, jika berkas tersebut memiliki lebih dari sebuah record); sedangkan nomor urut referensi berkas, yang akan berubah setiap kali MFT record digunakan, mengizinkan NTFS untuk melakukan pengecekan konsistensi sistem berkas secara internal.