Sejarah Johor

Sesudah Sultan Alauddin Syah membangun pusat pemerintahan baru pada kawasan muara Sungai Johor, perlawanan terhadap penaklukan Portugal terus berlanjut. Pada masa yang sama, dari kawasan utara Pulau Sumatera, muncul kekuatan baru di Aceh yang mulai melakukan ekspansi wilayah kekuasaan dengan menaklukan beberapa kawasan Melayu dan berusaha mengontrol jalur pelayaran di Selat Melaka. Kesultanan Aceh selain juga mencoba menyerang kedudukan Portugal di Malaka, juga menyerang kedudukan Sultan Johor. Pada tahun 1613, Sultan Iskandar Muda menaklukan Johor, Sultan Johor beserta seluruh kerabatnya ditawan dan dibawa ke Aceh.