Polimorfisme panjang fragmen teramplifikasi

Teknik AFLP memiliki beberapa kelebihan, yaitu tidak memerlukan pengetahuan atau data tentang sekuens DNA genom yang akan dianalisa, hanya memerlukan sampel DNA dalam jumlah yang sedikit, teknik ini dapat digunakan untuk berbagai jenis sampel DNA, penanda yang dihasilkan lebih dapat dipercaya dan hasil pengulangan lebih baik jika dibandingkan dengan RAPD. Kekurangan dari AFLP adalah penanda DNA yang dihasilkan hanya bersifat dominan.