Mahmoed Joenoes

Pada 1 Juni 1957, Departemen Agama mendirikan Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) di Jakarta. Yunus diangkat sebagai rektor pertama ADIA dan sebagai wakil rektor ditunjuk Bustami Abdul Gani. Pada waktu Yunus menjabat sebagai Kepala Lembaga Pendidikan Agama pada Jawatan Pendidikan Agama, ia mengusulkan kepada Menteri Agama agar ADIA di Jakarta terintegrasi dengan PTAIN di Yogyakarta. Setelah mendapatkan persetujuan Mentri Agama Wahib Wahab, presiden mengeluarkan Peraturan Presiden Nomor Tahun 1960 tentang pendirian Institut Agama Islam Negeri (IAIN), yang mengintegrasikan ADIA dan PTAIN menjadi satu perguruan tinggi agama di bawah Departemen Agama. IAIN secara ilmiah memberikan pendidikan serta pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat di bidang ilmu pengetahuan Islam.