Maluku

Walaupun lainnya kembali menetap di Kepulauan Banda, sisa wilayah Maluku lainnya tetap sangat sulit untuk berada di bawah kontrol asing bahkan setelah Portugis mendirikan stasiun perdagangannya di Makassar, terjadi pemberontakan penduduk lokal pada tahun 1636 dan 1646. Di bawah kontrol kompeni Maluku teradministrasi menjadi residen Belanda yaitu Ternate di Utara dan Amboyna (Ambon) di selatan.