Front Pembebasan Nasional Moro

Pada 1996, MNLF menandatangani sebuah perjanjian damai dengan pemerintah Filipina dengan kesepakatan untuk membuat Kawasan Otonomi Muslim Mindanao, sebuah kawasan yang terdiri dari dua provinsi daratan utama dan tiga provinsi pulau dimana penduduk yang didominasi Muslim menikmati pemerintahan sendiri. Nur Misuari diangkat sebagai gubernur kawasan tersebut namun masa jabatannya berakhir dalam kekerasan ketika ia memimpin pemberontakan yang gagal melawan pemerintah Filipina pada November 2001, dan melarikan diri ke Sabah sebelum dikembalikan ke Filipina oleh otoritas Malaysia.