Grup 3/Sandhi Yudha

Karena kemampuannya dalam operasi "clandestine" ini, maka pada masa sebelum era reformasi, satuan Sandhi Yudha ini banyak disalah-gunakan hanya untuk kepentingan kekuasaan semata, sehingga sering menimbulkan ekses negatif. Termasuk kasus kasus terbunuhnya Theys Hiyo Eluay), kasus penculikan aktivis di awal reformasi juga dilakoni oleh prajurit sandhi yudha yang tergabung dalam Tim Mawar. BIN (Badan Intelijen Negara), adalah salah satu institusi yang banyak memanfaatkan personel yang memiliki latar belakang Sandhi Yudha. Dalam operasi BIN, dalam kondisi yang sangat dibutuhkan, maka masih sering memakai personel aktif dari Grup 3/Sandhi Yudha. Tetapi ada beberapa dari mereka yang bernasib sangat ironis yaitu hilang tanpa jejak di medan tugasnya atau bahkan sengaja menghilangkan diri dan dan diisukan bergabung dengan organisasi-organisasi paramiliter di pelosok-pelosok negeri ini. Masalah kurangnya kesejahteraan menjadi alasan utama para disertir ini untuk meninggalkan tugasnya,sementara organisasi-organisasi para-militer yang bermisi separatisme maupun yang berorientasi bisnis menawarkan keuntungan dari segi ekonomi buat mereka. Mereka juga sering menjadi pelaku "black market" di medan operasi untuk membantu kelompok yang seharusnya menjadi target operasinya.