Persejajaran sekuen jamak

Jika metode sebelumnya digunakan hanya untuk tiga sekuen atau sekuen pendek (sekitar enam hingga delapan asam amino), maka metode ini juga menggunakan pemograman dinamik, lalu secara progresif menambahkan sekuen yang tidak terlalu berhubungan. Hubungan antar sekuen dimodelkan dalam pohon filogenetika; cabang dan daunnya adalah hasil dari persejajaran sekuen. Algoritme yang biasa digunakan adalah Feng Doolittle, ditemukan oleh Da-Fei Feng dan Russel Doolittle.
Program yang menggunakan metode ini salah satunya adalah ClustalW. Clustal telah lama ada, sudah lebih dari sepuluh tahun dan Clustal membuat persejajaran global-jamak. Huruf W dari ClustalW memiliki kepanjangan yaitu "weighting" yang berarti memiliki kemampuan untuk menyediakan bobot pada sekuen dan parameter program. ClustalW akan memberikan hasil yang baik bila sekuen memiliki kemiripan lebih dari 6σ.
Tahap pengerjaan mencakup: membuat persejajaran berpasangan dari semua sekuen, menggunakan skor persejajaran untuk membuat pohon filogenetika, dan mensejajarkan progresif sekuens jamak yang mengacu pada pohon filogenetika, sehingga sekuen yang paling mirip akan disejajarkan terlebih dahulu. Dalam pembuatan pohon filogenetika, jarak genetika antar sekuen diperlukan. Jarak genetika adalah jumlah posisi yang tidak berpasangan dibagi dengan posisi yang berpasangan.
Clustal W juga memiliki pilihan untuk menambah satu atau lebih sekuen dengan bobot atau persejajaran yang sudah ada. Ketika satu pohon filogenetika telah dibuat, dengan tambahan tersebut dapat memungkinkan terjadi perubahan jamak.
Hal yang harus diperhatikan adalah sekuen pertama yang disejajarkan harus paling dekat dengan pohon sekuen, maka kejanggalan yang dihasilkan tidak akan banyak.