Universitas Khairun

Hal penting yang ditunjukkan Kaicili Khairun setelah mempelajari ajaran Islam adalah dijadikannya sebagai dasar keyakinan dan pemikiran untuk menangkal pergerakan Kristenisasi di pusat kerajaan, serta menekan politik campur-tangan para kapten Portugis dalam suksesi sultan di pusat kerajaan. Khairun terkadang bersikap toleran kepada orang-orang Portugis, namun di sisi lain juga sangat fanatik, terutama kepada bangsawan Ternate yang mengkonversi keyakinan mereka. Sebagai contoh kasus, adik tiri perempuan Kaicili Khairun yang masuk Kristen namanya kemudian diubah sesuai dengan nama baptis, yaitu Dona Catarina dan kemudian ia menikah dengan seorang pedagang Portugis. Kasus konversi tersebut tidak ditentang secara terbuka oleh Kaicili Khairun, akan tetapi dalam suatu kesempatan ketika Kaicili Khairun ikut dalam operasi gabungan yang dilaksanakan Portugis di Ternate, Jailolo dan Bacan, ia tidak saja berbalik untuk membunuh suami Dona, tetapi juga Dona sendiri dibunuh dengan pedang komandonya. Dalam literatur Eropa, masalah yang sama dijelaskan bahwa watak Kaicili Khairun tekadang menunjukkan sikap toleran kepada orang-orang Portugis, tetapi terkadang pula ia menentang konversi keyakinan oleh beberapa orang bangsawan Ternate, Jailolo dan Bacan. Mengenai hal ini, Kapten Antonio Galvao (1537-1540) berpendapat bahwa watak sesungguhnya dari Kaicili Khairun sangat sukar untuk ditebak.