Perang Tiga Puluh Tahun

Kebanyakan orang sepakat dengan perdamaian yang diakui pada Traktat Wina (1606), kecuali Rudolf II. Dia mengklaim wabah yang menyebar di Bohemia adalah bukti bahwa Tuhan tidak senang dengan konsesi yang diberikannya kepada penganut Protestan. Dia juga mencela Matthias dan Ferdinand II atas akomodasi mereka dengan orang-orang Protestan dan dengan orang-orang Turki. Matthias bersekutu dengan tanah milik Hongaria yang Protestan dan bergerak melawan Rudolf II. Kemudian Rudolf II menyerah, dan memberikan Hongaria, Austria, dan Moravia kepada Matthias pada tahun 1608, dan Bohemia pada tahun 1611. Rudolf II dipaksa menandatangani "Letter of Majesty" pada tahun 1609, dan memberikan hak kepada penduduk Bohemia untuk memilih agama Katolik, Lutheranisme, atau satu dari dua kelompok ajaran Husite. Gereja-gereja Protestan, sekolah, dan juga kuburan ditoleransi. Penurunan efektif atas otoritas Kekaisaran Romawi Suci berkontribusi pada akhir periode perdamaian di negara-negara Jerman. Dalam dasawarsa terakhir di abad ke-16, negara-negara ini saling bermusuhan dan dimiliterisasi. Untuk beberapa saat, Reformasi Katolik diuntungkan dari perdebatan sengit, atau bahkan perang kecil antara pemeluk Lutheran dan Kalvinis. Namun semakin banyak pemeluk Protestan mengesampingkan perbedaan keduanya, betapapun besarnya, dalam menghadapi desakan penguasa Katolik yang ingin memenangkan kembali wilayah-wilayah yang hilang akibat Protestanisme.