Undang-undang Sistem Pendidikan Nasional Nomor 20 tahun 2003

Salah satu hal yang menjadi kontroversi dari undang-undang ini adalah beberapa pasal yang menurut beberapa pihak menyinggung masalah Agama dan pendidikan terutama di sekolah-sekolah berbasis agama. RUU Sisdiknas menjadi perdebatan karena ada beberapa pasal dinilai oleh kelompok agama tertentu tak sejalan dengan kondisi bangsa yang plural. Negara juga dianggap mencampuri otonomi pendidikan. Pasal-pasal yang dianggap bermasalah yakni pasal 3,4, dan 13. Pasal 3, "Pendidikan nasional berfungsi mencerdaskan kehidupan bangsa"... Sedangkan Pasal 4, "Pendidikan nasional bertujuan mengembangkan potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertakwa"... Pasal 13 ayat I (a), "mengatur hak peserta didik untuk mendapatkan pendidikan agama di sekolah sesuai agama yang dianutnya dan diajarkan oleh pendidik yang seagama". Sebaliknya bagi kelompok agama lain, substansi RUU dianggap tak ada masalah. Bagi mereka, pendidikan tak sekadar menciptakan manusia yang cerdas, tapi juga beriman dan bertakwa. Kelompok ini juga menganggap wajar jika pelajaran agama diajarkan oleh guru yang seagama dengan murid.