Pulau Yonaguni

Hingga awal abad ke-20, Yonaguni merupakan bagian dari Desa Yaeyama yang mencakup Kepulauan Yaeyama. Pada tahun 1948, Desa Yonaguni menjadi desa mandiri. Dari tahun 1945 hingga 1972, pulau ini diduduki oleh Amerika Serikat, dan dikembalikan ke Jepang sebagai bagian dari Prefektur Okinawa.