Gereja Katolik Roma

Keretakan kedua dalam sejarah Kekristenan terjadi saat Reformasi Protestan, yang dimulai di Jerman pada abad ke-16. Selama kurun waktu tersebut pelbagai kelompok masyarakat, seringkali dengan dukungan pemerintah lokal, menolak primasi Sri Paus, kewajiban selibat bagi para imam, serta berbagai doktrin dan praktik Katolik lainnya, sekaligus penyelewengan-penyelewengan (semisal praktik "simoni"/praktik pembelian jabatan gerejawi) yang umum terjadi pada masa itu. Para reformator dalam Gereja Katolik meluncurkan Kontra-Reformasi atau Reformasi Katolik, suatu periode klarifikasi doktrin, perbaikan imamat dan liturgi, dan re-evangelisasi yang dimulai dengan Konsili Trento.