Teologi Yohanes Calvin

Teologi Calvin bukan tanpa kontroversi. Pierre Caroli, seorang pendeta Protestan di Lausanne menuduh Calvin serta Viret dan Farel menganut Arianisme pada tahun 1536. Calvin membela keyakinannya tentang Trinitas dalam "Confessio de Trinitate propter calumnias P. Caroli". Pada tahun 1551 Jérôme-Hermès Bolsec, seorang dokter di Geneva, menyerang doktrin predestinasi Calvin dan menuduhnya membuat Allah sebagai penyebab dosa. Bolsec diusir dari kota itu, dan setelah kematian Calvin, ia menulis sebuah biografi yang sangat menjelek-jelekkan karakter Calvin. Pada tahun berikutnya, Joachim Westphal, seorang pendeta Gnesio-Lutheran di Hamburg, mengutuk Calvin dan Zwingli sebagai bidat karena menolak doktrin ekaristi tentang persatuan tubuh Kristus dengan unsur-unsur sakramen. Tulisan Calvin "Defensio sanae et orthodoxae doctrinae de sacramentis" (Pembelaan atas yang Doktrin yang Sadar dan Ortodoks mengenai Sakramen) adalah tanggapannya pada tahun 1555. Pada tahun 1556 Justus Velsius, seorang pembangkang Belanda, menggelar perdebatan terbuka dengan Calvin selama kunjungannya ke Frankfurt. Di situ Velsius membela kehendak bebas melawan doktrin predestinasi Calvin. Setelah hukuman matis atas Servetus, seorang rekan dekat dari Calvin, Sebastian Castellio, memisahkan diri dengan dia karena perlakuannya terhadap para bidat. Dalam tulisan Castellio "Risalah Bidah" (1554), ia menuntut agar perhatian difokuskan kepada ajaran moral Kristus dan bukan pada kesia-siaan teologi, dan ia kemudian mengembangkan teori toleransi yang didasarkan pada prinsip-prinsip alkitabiah.