Busuk akar

Banyak jamur yang dapat menyebabkan busuk akar, mendeteksi jamur yang menjadi patogen dapat dilakukan dengan mengobservasi struktur dari jamur menggunakan mikroskop ataupun menumbuhkan jamur pada media buatan. Ketika parameter morfologi untuk mendeteksi penyebab penyakit tidak tersedia dapat dilakukan secara molekuler menggunakan metode PCR. Pemastian jamur dilakukan secara spesifik, data genetik dari jenis jamur diklon dan disekuensing. Informasi sekuensing ini digunakan untuk mendesain spesifik primer untuk jenis jamur tersebut. Proses metode PCR ini meliputi proses ekstrasksi DNA jamur dengan menggunakan metode Raeder dan Broda.