SMA Katolik Frater Don Bosco Manado

Dibawah pimpinan Fr. Drs. J. L. Rau, CMM sebagai Kepala Sekolah, secara bertahap mulai mengatasi masa suilit menuju masa-masa tinggal landas. Jabatan Kepala Sekolah sementara digantikan oleh awam, yakni Bpk. M. F. Winokan, B.A. Namun setelah pengangkatan resmi oleh Yayasan Don Bosco Pusat di Yogyakarta, pucuk pimpinan Kepala Sekolah saat itu dipercayakan kepada Fr. Drs. Martinus Lumbanraja, CMM menggantikan Bpk. M. F. Winokan, B.A.
Oleh karena Fr. Drs. M. Lumbanraja, CMM telah diangkat menjadi salah satu Anggota Dewan Pimpinan Umum Frater-Frater CMM seluruh dunia yang berpusat di Kota Tilburg Negeri Belanda, maka tanggal 28 Juni 2002 diadakan acara serah terima Kepala Sekolah kepada Fr. Drs. Herman Mandagi, CMM, sampai bulan Juli 2009. Selanjutnya Dewan Pimpinan Pusat Yayasan Don Bosco menetapkan dan mengangkat Fr. Drs. Yoseph Bille, CMM menjadi Kepala Sekolah SMA Katolik Frater Don Bosco Manado mulai tahun ajaran 2009-2010 sampai 2012-2013.