Kabupaten Pulau Morotai

Pada pertengahan abad ke-16, pulau ini menjadi tempat misi Yesuit Portugis. Kesultanan Muslim Ternate dan Halmahera merasa tersinggung akan pelopor aktivitas penyebaran agama itu dan berusaha mencegah misi itu dari pulau ini pada 1571, sebagai akibatnya Portugis hengkang dari kawasan itu. Pada abad ke-17, Ternate menggunakan kekuasaannya atas Morotai dengan memerintahkan berulang-ulang pada penduduknya agar pindah dari pulau itu. Pada awal abad itu para penduduknya pindah ke Dodinga, sebuah kota kecil di titik strategis pesisir barat Halmahera. Lalu pada 1627 dan 1628, Sultan Hamzah dari Ternate memerintahkan pindahnya penduduk Kristen ke Malayu, Ternate, agar lebih mudah dikendalikan.