Fabianus Tibo

Aktivis hak asasi manusia telah beberapa kali mengekspresikan keraguan bahwa Tibo, dan dua rekannya, adalah dalang dari kerusuhan tersebut. Perlakuan yang berbeda yang diterima warga Kristen dan Muslim juga dikritik di pengadilan, karena beberapa tokoh Muslim tidak ada yang dihukum atas peran mereka dalam kerusuhan dan tidak ada yang dipenjarakan selama 15 tahun. Para pemimpin agama dari pihak Kristen dan Islam, termasuk Paus Benediktus XVI dan Abdurrahman Wahid, mantan Presiden Indonesia yang juga mantan pemimpin Nahdlatul Ulama, memprotes eksekusi Tibo.