IAIN Pontianak

Lima belas tahun kemudian, melalui Keputusan Presiden No. 11 tanggal 21 Maret 1997, bertepatan dengan tanggal 12 Dzulqaidah 1417 H., Fakultas Tarbiyah IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta di pontianak, bersama-sama dengan 32 Fakultas Jauh IAIN lainnya di seluruh Indonesia, berubah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) pontianak. Dengan kata lain, STAIN Pontianak beserta STAIN-STAIN lain memperoleh kesempatan untuk mandiri, tidak lagi bergantung kepada IAIN induk.