Perang Soviet–Afganistan

ISI Pakistan dan SSG menjadi lebih aktif dalam konflik melawan Uni Soviet. Setelah Ronald Reagan menjadi Presiden Amerika Serikat tahun 1981, bantuan terhadap Mujahidin melalui Jenderal Zia meningkat. Sebagai pembalasan, KHAD, di bawah pemimpin Afganistan Mohammad Najibullah, melancarkan operasi besar melawan Pakistan (menurut Mitrokhin dan sumber lainnya). Pakistan sendiri mengalami kerugian akibat masuknya senjata dan narkoba dari Afganistan. Pada tahun 1980, sebagai negara di barisan terdepan dalam perang melawan Uni Soviet, Pakistan menerima bantuan dari Amerika Serikat dan menerima jutaan pengungsi Afganistan (paling banyak orang Pashtun) yang melarikan dari dari pendudukan Soviet. Meskipun para pengungsi dapat dikendalikan di provinsi terbesar Pakistan, Balochistan (diyakini merupakan populasi pengungsi terbesar di dunia), gelombang pengungsi ke wilayah-wilayah lain di Pakistan sangat berdampak terhadap Pakistan hingga kini.