Final Fantasy IX

Kapanpun ketika karakter menjumpai musuh, layar dunia akan berubah menjadi "layar pertarungan". Pada layar pertaungan, musuh muncul pada sisi yang berlawanan dengan karakter; setiap pertarungan menggunakan sistem Active Time Battle yang pertama muncul di "Final Fantasy IV". Daftar perintah karakter dimunculkan dalam wujud jendela di sebelah bar ATB; terdapat perintah menggunakan item atau menyerang musuh, dan juga terdapat kemampuan unik masing-masing karakter. Sebagai contoh Zidane dapat mencuri item dari musuh, Eiko dan Garnet bisa memanggil eidolon dan Vivi bisa menggunakan sihir hitam untuk menyerang musuh.
Perintah karakter akan berubah jika pemain menjadi mode Trance, yang akan aktif untuk sementara waktu dan "bar Trance" ini akan terisi jika pemain terkena serangan mirip dengan Limit Break yang digunakan di Final Fantasy VII. Ketika bar Trance sudah penuh, kekuatan pemain akan meningkat, dan pemain bisa memilih perintah serangan spesial. "Skill" Zidane sebagai contoh akan menjadi "Dyne" yang memungkin untuk melakukan serangan yang kuat; perintah "Black Magic" Vivi akan berubah menjadi "Double Black", yang memungkinkan meluncurkan serangan sihir 2 kali berturut-turut. Melalui layar konfigurasi, pemain bisa mengubah gaya Pertarungan dari Normal menjadi Custom, yang membuat dua pemain bisa mengendalikan dua karakter selama pertarungan.