Islam Nusantara

Muhammadiyah, salah satu organisasi Islam berpengaruh di Indonesia — walaupun tidak menentang secara langsung konsep ini, menekankan bahwa istilah Islam Nusantara harus digunakan secara berhati-hati dan proporsional, agar tidak menindas aliran Islam lain yang memiliki pemahaman berbeda tentang Islam. Jika Islam Nusantara didukung dan diangkat sebagai aliran Islam utama oleh negara, maka ditakutkan aliran Islam lain akan mengalami penindasan dan diskriminasi.