SMA Negeri 3 Jayapura

Mulai tahun 2011 SMAN 3 Jayapura juga telah membuka kelas akselerasi atau yang biasa disebut dengan kelas SCI (Siswa Cerdas Istimewa) dengan syarat IPK siswa tidak kurang dari 8,6. Kelas SCI memiliki waktu tempuh pendidikan yang lebih singkat, yaitu 4 semester atau 2 tahun pelajaran. Kelas SCI sempat diberhentikan pada tahun ajaran 2013/2014 karena pergantian kurikulum, akan tetapi pada tahun ajaran 2014/2015 kembali dibuka lagi.