CUFOS

Semasa hidupnya juga pernah menjabat sebagai Ketua Departemen Astronomi di Universitas Northwestern, Illinois, Amerika Serikat. Selama tahun 1950-an hingga 1960-an, dia bekerja sebagai konsultan astronomi di Proyek Buku Biru ("Blue Book Project") Angkatan Udara Amerika Serikat (USAF). Pada awalnya Dr. Hynek memandang semua urusan UFO dengan skeptis, bahkan dia semula tidak percaya akan adanya UFO. Tetapi setelah menguji ratusan laporan-laporan UFO dari para saksi mata, dia menjadi yakin akan UFO dan mempelajarinya dengan sungguh-sungguh. Sejak Proyek Buku Biru resmi ditutup pada tahun 1969, dia mulai serius meneliti baik secara pribadi maupun tergabung dengan berbagai organisasi keilmuan tentang UFO. Mereka bekerja bersama untuk memecahkan teka-teki berbagai fenomena UFO.