Kepulauan Raja Ampat

Kekayaan keanekaragaman hayati di Raja Ampat telah membuat dirinya memiliki tingkat ancaman yang tinggi pula. Hal itu bisa dilihat dari kerusakan terumbu karang dan hutan. Kerusakan terumbu karang umumnya adalah karena aktivitas penangkapan ikan yang tidak ramah lingkungan seperti bom, sianida dan akar bore (cairan dari olahan akar sejenis pohon untuk meracun ikan).