SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta

Pada tahun 2002, SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta membuka program akselerasi atau program percepatan belajar. Total jumlah yang dibuka adalah 30 kelas. Dengan jumlah peserta didik pertingkatnya sekitar 350 orang. Kemudian pada tahun 2006 SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta kembali membuka program layanan pendidikan baru berbasis Teknologi Informasi dengan nama kelas ICT-MSN (Information Communication Technologi - Model School Network). Program layanan ini disertai dengan kerja sama negera- negara APEC. Kala itu SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta menjalin kerja sama sister school dengan Boonpo Middle School di Korea Selatan.