Pengepungan Naxos (499 SM)

Setelah ekspedisi yang gagal ini, Aristagoras merasa bahwa dia akan dipecat dari jabatannya sebagai tiran. Akhirnya dia memilih untuk menghasut seluruh Ionia untuk memberontak terhadap Darius yang Agung. Pemberontakan menyebar ke Karia dan Siprus. Persia pun melakukan kampanye di seluruh Asia Kecil selama tiga tahun tanpa hasil yang bagus, sebelum akhirnya pasukan Persia dikumpulkan ulang dan dikirim langsung ke pusat pemberontakan di Miletos. Pada Pertempuran Lade, Persia secara telak mengalahkan armada Ionia dan secara efektif mengakhiri pemberontakan. Meskipun Asia Kecil berhasil dikuasai kembali oleh Persia, Darius bersumpah untuk menghukum Athena dan Eretria, yang telah membantu pemberontaan. Maka dari itu pada tahun 492 SM, invasi pertama Persia ke Yunani dilakukan sebagai tindak lanjut dari kegagalan serangan ke Naxos dan Pemberontakan Ionia.