Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta

Secara kelembagaan, kini IAIN Sunan Kalijaga telah melakukan transformasi menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional dan Menteri Agama Nomor 01/0/SKB/2004 dan Nomor ND/B.V/I/Hk.001/058/04 Tanggal 23 Januari 2004, yang diperkuat lagi dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 50 Tahun 2004 Tanggal 21 Juni 2004. Transformasi tersebut mendorong UIN Sunan Kalijaga melakukan pembenahan dan pengembangan di berbagai bidang, termasuk bidang manajemen dan akademik. Kerja sama dengan berbagai pihak baik dengan pihak di luar negeri maupun di luar negeri juga sedang dibangun.