Serangan lintas perbatasan di Sabah

Pada tahun 2000, kelompok Abu Sayyaf menculik sejumlah besar sandera. 10 daripadanya adalah para wisatawan dari Eropa dan Timur Tengah, sementara 11 adalah pekerja resort Malaysia. Semua sandera kemudian diselamatkan oleh pasukan keamanan Filipina di Jolo, Sulu. Pada tahun 2003, enam orang asing diculik oleh 10 bajak laut Moro. Pada tahun 2004, dua warga Serawak dan seorang warga Indonesia diculik oleh kelompok berbasis Abu Sayyaf. Pada tahun 2005, lima warga Filipina menculik tiga awak Indonesia dari sebuah perusahaan perdagangan berbasis Sandakan di Pulau Mataking berhampiran Semporna. Pada tahun 2010, sekumpulan kru kapal nelayan ditangkap kelompok bersenjata Filipina ketika perahu mereka tersesat ke perairan Filipina dekat Pulau Boan. Semua kru kemudian dibebaskan tanpa sebarang uang tebusan dibayarkan. Juga pada tahun yang sama, seorang manajer dan pengawasan rumput laut diculik oleh empat warga Filipina bersenjata di Pulau Sebangkat. Kedua korban dibebaskan 11 bulan kemudian. Pada tahun 2011, sepuluh warga Filipina bersenjata menculik seorang pengusaha Malaysia. Pada 11 Februari 2013, sekelompok warga Filipina berada dalam sekitar 100-200 orang, yang mana beberapa dari mereka bersenjata, tiba dengan perahu di Lahad Datu, Sabah dari pulau Simunul, Tawi-Tawi, di selatan Filipina. Mereka dikirim oleh Jamalul Kiram III, salah satu pengadu ke tahta Kesultanan Sulu. Tujuan mereka adalah untuk menegaskan klaim teritorial yang belum terselesaikan pada Sabah. Selama kebuntuan, 68 pengikutnya tewas termasuk 2 warga sipil dan 10 polisi dan tentara Malaysia. Pada November 2013, tersangka militan Abu Sayyaf menewaskan seorang warga Taiwan di Pulau Pom Pom dan membebaskan istrinya sebulan kemudian di selatan Filipina.