Pertempuran Marathon

Sementara itu, Kleomenes membantu membangun tirani pro-Sparta dengan menempatkan Isagoras sebagai pemimpin di Athena, bertentangan dengan Kleisthenes, pemimpin keluarga Alkmaionid yang secara teradisional cukup berpengaruh, yang menganggap bahwa mereka sebenarnya merupakan pewaris alamiah atas kekuasaan di Athena. Akan tetapi, Kleisthenes mendapati bahwa secara politik dirinya dikalahkan oleh koalisi yang dipimpin oleh Isagoras dan akhirnya memutuskan untuk mengubah aturan main dengan mengajukan permohonan kepada demos ("rakyat"), sehingga menjadikan mereka sebagai faksi baru dalam arena politik. Siasat ini berhasil, namun raja Sparta, Kleomenes I, mendatangi Athena atas permintaan Isagoras dan akibatnya Kleisthenes, keluarga Alkmaionid dan keluarga-keluarga Athena yang penting lainnya diusir dari Athena. Ketika Isagoras berupaya membentuk pemerintahan oligarki yang sempit, rakyat Athena, secara spontan dan untuk pertama kalinya, mengusir Kleomenes dan Isagoras. Setelah itu Kleisthenes memperoleh kembali kekuasaannya di Athena pada tahun 507 SM, dan dengan cepat mulai mereformasi negara dengan tujuan mengamankan posisinya. Sebenarnya hasilnya bukanlah demokrasi negara sipil yang sesugguhnya, namun usahanya memungkinkan terjadinya pekembangan pemerintahan yang berdemokrasi secara penuh, yang akan bangkit pada generasi selanjutnya seiring demos menyadari kekuatannya. Kebebasan dan pemerintahan mandiri yang baru saja diciptakan di Athena bermakna bahwa dengan demikian mereka secara khusus menentang kembalinya tirani Hippias, atau segala bentuk pendudukan oleh pihak asing, baik oleh Sparta, Persia, maupun oleh bangsa lainnya.
Kleomenes tidak senang dengan semua kejadian itu, dan akhirnya dia berarak ke Athena dengan pasukan Sparta. Usaha Kleomenes untuk memulihkan kekuasaan Isagoras di Athena berakhir dengan kegagalan. Akan tetapi rakyat Athena sudah keburu merasa takut dan memutuskan untuk mengirim utusan kepada Artaphernes di Sardis, untuk memohon bantuan dari Kekaisaran Persia. Artaphernes meminta Athena memberinya 'tanah dan air', tanda tradisional untuk ketundukan, yang disetujui oleh utusan dari Athena itu. Akan tetapi, para utusan itu dicela oleh rakyat ketika kembali ke Athena. Kleomenes lalu berusaha menghasut suatu plot untuk memulihkan Hippias sebagai penguasa Athena. Rencananya gagal dan lagi-lagi Hippias harus melarikan diri ke Sardis. Hippias lalu membujuk Persia untuk menaklukkan Athena. Athena mengirim utusan kepada Artaphernes untuk mencegahnya mengambil tindakan, namun Artaphernes hanya menyuruh orang Athena untuk menerima kembali Hippias sebagai tiran. Orang Athena menolak keras hal ini, dan dengan demikian mereka secara terbuka menyatakan perang kepada Persia. Dengan menjadi musuh Persia, Athena menjadi berada dalam posisi untuk mendukung kota-kota Ionia ketika mereka mulai melakukan pemberontakan. Selain itu, kenyataan bahwa demokrasi Ionia diilhami oleh Athena semakin mendorong Athena untuk mendukung Pemberontakan Ionia, apalagi kota-kota Ionia dipercaya bermmula sebagai koloni-koloni Athena.