Polimorfisme panjang fragmen teramplifikasi

AFLP merupakan teknik yang relatif mudah dikerjakan dan, dibandingkan dengan penanda-penanda berbasis PCR lainnya, murah per satuan polimorfismenya. Penggunaannya sebagai alat pengujian DNA masih bersaing ketat dengan mikrosatelit (SSR atau STR) atau minisatelit. Penggunaan yang lebih luas ditemukan dalam kajian struktur populasi dan pemetaan genetik. Ia dapat diaplikasikan untuk melihat perbedaan dan pelacakan hingga ke tingkat galur mikroorganisme yang berada dalam satu spesies, deteksi polimorfisme DNA untuk studi evolusi genom, melihat kekerabatan antara organisme patogen dalam kajian epidemiologi, pemetaan potongan DNA hasil kloning, dan kajian sistematika molekuler.