Daerah istimewa

Walaupun reformasi mulai berjalan namun kedudukan daerah istimewa semakin miris. Penyelenggaraan pemerintahan di semua daerah diberlakukan sama, tidak terkecuali Aceh dan Yogyakarta. Jaminan keistimewaan hanya diletakkan pada penjelasan sehingga kedudukannya tidak sekuat jaminan di dalam pasal-pasal. Hanya DKI Jakarta yang diberi kekhususan sebagai Ibukota Negara. Selain itu Provinsi Timor Timur juga akan diberi otonomi khusus sebagai opsi untuk mencegah separatisme di daerah bekas koloni Portugis itu. Di sisi lain muncul konsep baru bahwa yang dimaksud daerah istimewa adalah desa, bukan "zelfbestuur".