Basis data kimia

Pencarian dengan mencocokkan konformasi 3D dari molekul atau dengan menentukan batasan spasial adalah fitur lain yang terutama digunakan dalam desain obat. Penelusuran semacam ini bisa sangat mahal. Banyak metode perkiraan yang telah diajukan, misalnya BCUTS, representasi fungsi khusus, momen inersia, histogram penelusuran sinar, histogram jarak jauh, bentuk multipola untuk beberapa nama.