Perang agama Eropa

Pada bulan September tahun itu, perang kembali meletus (Perang Ketiga). Catherina dan Charles kali ini memutuskan untuk beraliansi dengan wangsa Guise. Bala tentara Huguenot dipimpin oleh Louis I de Bourbon, Pangeran Condé dibantu kekuatan tempur dari kawasan tenggara Perancis dan serombongan milisi Protestan dari Jerman—termasuk 14.000 "reiter" bayaran di bawah pimpinan Adipati Zweibrücken yang berpaham Kalvinis. Setelah Adipati Zweibrücken tewas dalam pertempuran, ia digantikan oleh Tumenggung Mansfeld dan Willem van Oranje beserta saudara-saudaranya, Lodewijk dan Hendrik, dari negeri Belanda. Sebagian besar dana perang kaum Huguenot berasal dari sumbangan Elizabeth I, Ratu Inggris. Umat Katolik dipimpin oleh Adipati d'Anjou (kelak naik takhta menjadi Raja Henri III) dibantu pasukan-pasukan dari Spanyol, negara-negara Kepausan, dan Kadipaten Agung Toscana.
Bala tentara Protestan melakukan pengepungan atas sejumlah kota di daerah Poitou dan Saintonge (guna melindungi La Rochelle), dan kemudian juga di Angoulême dan Cognac. Dalam Pertempuran Jarnac pada 16 Maret 1569, Pangeran Condé tewas, sehingga Laksamana de Coligny terpaksa mengambil alih kepemimpinan atas bala tentara Protestan. Laksamana de Coligny menarik mundur bala tentara Protestan ke kawasan barat daya kemudian bergabung dengan Gabriel de Montgommery, dan pada musim semi 1570 mereka menjarah kota Toulouse, memintas melalui kawasan selatan Perancis dan bergerak menelusuri Lembah Sungai Rhône menuju La Charité-sur-Loire. Utang kerajaan yang semakin mengkhawatirkan dan keinginan Charles IX untuk mencari solusi damai mendorong terbitnya Perjanjian Damai Saint-Germain-en-Laye pada 8 Agustus 1570, yang sekali lagi memberikan lebih banyak konsesi kepada kaum Huguenot. Pada 1572, peningkatan ketegangan antara umat Katolik Paris dan bala tentara Protestan yang datang guna menghadiri upacara pernikahan Henri de Navarre dengan saudari Raja, Marguerite de Valois, berpuncak pada peristiwa pembantaian di Hari Santo Bartolomeus. Peristiwa ini menyulut Perang Keempat pada 1572 dan Perang Kelima pada 1573-1576.