Pertempuran Hakodate

Pasukan pemberontak yang berjumlah sekitar 3.000 prajurit diangkut dengan kapal-kapal armada Enomoto Takeaki, dan tiba di Hokkaido pada bulan Oktober 1868. Mereka mendarat di Teluk Takanoki, Hakodate pada 20 Oktober 1868. Hijikata Toshizo dan Otori Keisuke masing-masing memimpin kolone menuju Hakodate. Mereka berhasil menghancurkan pertahanan lokal oleh pasukan Domain Matsumae yang sebelumnya telah menyatakan kesetiaan terhadap pemerintah baru Meiji. Pasukan pemberontak menduduki benteng Goryokaku pada 26 Oktober yang kemudian dijadikan markas komando pasukan pemberontak.
Pihak pemberontak memberangkatkan berbagai ekspedisi untuk menguasai semenanjung selatan Hokkaido. Pada 5 November 1868, delapan ratus prajurit pimpinan Hijikata yang didukung kapal perang "Kaiten" and "Banryo" berhasil menguasai Istana Matsumae. Pada 14 November, Hijikata dan Matsudaira bertemu di kota Esashi dengan dukungan tembakan dari kapal bendera "Kaiyo Maru" dan kapal angkut "Shinsoku". Namun, "Kaiyō Maru" akhirnya karam dan hilang akibat badai besar di dekat Esashi. "Shinsoku" juga hilang ketika berusaha menolong "Kaiyō Maru". Kehilangan kedua kapal tersebut merupakan kerugian besar bagi pasukan pemberontak.