Pondok Pesantren Al-Khoirot

Sejak awal berdirinya, Pondok Pesantren Al-Khoirot memberlakukan sistem pendidikan salaf murni. Yaitu, pengajian kitab kuning klasik dengan metode sorogan, wetonan, dan bandongan. Di samping itu, sejak tahun 1970-an, PPA Malang mulai memperkenalkan sistem pendidikan murni agama dengan metode yang lebih modern yang biasa dikenal dengan madrasah diniyah atau madin. Jenjang madin pada saat awal berdirinya adalah kelas 1 sampai 6.