Tim nasional sepak bola San Marino

Setelah pensiun dari bermain di lapangan hijau, Bonini kemudian menjadi pelatih San Marino, melanjutkan Giorgio Leoni. Dia mengisi posisi tersebut hingga 1998, ketika ia telah digantikan oleh Giampaolo Mazza. Pada tahun 2007, Mazza adalah manajer terlama dari tim nasional Eropa lainnya.