Sentimen anti-Malaysia di Indonesia

Konfrontasi Indonesia-Malaysia lebih bersifat politik dan dipicu oleh prasangka dari pihak Indonesia yang menganggap Federasi Malaysia hasil bentukan Inggris sebagai sebuah negara "boneka neo-kolonial". Inggris dituduh berusaha agar kedua koloninya di Kalimantan yakni Sarawak dan Sabah tidak merdeka dengan mengabungkan pada Semenanjung Malaya dengan gagasan membentuk negara yang dinamakan Federasi Malaysia untuk mempermudah rencana kepentingan ekonomi Inggris atas wilayah tersebut dan sebagai alat memperluas pengaruh imperialisme negara-negara Barat di kawasan Asia dan memberikan celah kepada negara Inggris dan Australia untuk memengaruhi perpolitikan regional Asia terutama Asia Tenggara.
Sebenarnya Filipina dan Indonesia secara resmi menyetujui untuk menerima pembentukan Federasi Malaysia apabila mayoritas di daerah tersebut dilakukan melalui pemilihan dalam sebuah referendum pilihan rakyat yang akan diorganisasi oleh PBB sebagaimana keputusan Dewan Keamanan PBB. Akan tetapi, pada 16 September 1963, secara sepihak sebelum hasil dari pemilihan rakyat dilaporkan, pihak pendukung Federasi Malaysia yang terdiri dari kalangan elit menganggap bahwa masalah pilihan rakyat Malaya, Sarawak dan Sabah dan pilihan pembentukan federasi termasuk didalamnya Sarawak dan Sabah ini sebagai masalah dalam negeri, tanpa tempat untuk turut campur rakyat setempat atau orang luar. Pemimpin Indonesia melihat hal ini sebagai pelanggaran perjanjian internasional THE MACAPAGAL PLAN antara lain melalui perjanjian tanggal 31 Juli 1963, tanggal 3 Agustus 1963, tanggal 5 Agustus 1963 mengenai yang harus mengikut sertakan rakyat mengikut sertakan rakyat Sarawak dan Sabah secara keseluruhan dalam proses akan tetapi Inggris tetap ingin melakukan kolonialisasi terselubung terhadap wilayah Sarawak dan Sabah melalui rencana pembentukan Federasi Malaysia terbukti dengan adanya perjanjian antara Inggris dengan Federasi Malaya atau disebut pula sebagai Persekutuan Tanah Melayu dalam hal hak memakai basis militer di Sembawang,() dan kemudian ditambah lagi dengan adanya demonstrasi anti-Indonesia di Kuala Lumpur, ketika para demonstran menyerbu gedung KBRI dengan merobek-robek foto Soekarno serta membawa lambang negara Garuda Pancasila ke hadapan Tunku Abdul Rahman Perdana Menteri Malaysia saat itu dan memaksanya untuk menginjak lambang negara Garuda Pancasila melihat hal ini makin menimbulkan kemarahan Soekarno dan rakyat Indonesia terhadap pembentukan Federasi Malaysia yang dianggap sebagai tidak mewakili kepentingan rakyat setempat. berujung pada pembentukan Dwi Komando Rakyat disingkat sebagai Dwikora berisi: 1) Perhebat Pertahanan Revolusi Indonesia, dan 2) Bantu perjuangan revolusioner "rakyat-rakyat" Malaya, Singapura, Sabah, Serawak, dan Brunei memerdekakan diri dan membubarkan Negara Malaysia.