Militer Australia dalam konfrontasi Indonesia–Malaysia

Pesawat AU Australia juga membantu operasi darat selama Konfrontasi. Yang dilakukan oleh Skuadron No. 5 antara tahun 1964 dan 1966, termasuk mengangkut pasukan Australia, Malaysia dan Singapura selama operasi melawan Indonesia di Semenanjung Malaysia. Pesawat mereka juga secara rutin mengangkut pasukan dan perlengkapan antara semenanjung Malaysia dan Kalimantan. Pesawat Hercules C-130 Australia melakukan antaran reguler antara Darwin dan Butterworth, meskipun Indonesia mencabut izin bagi pesawat untuk terbang melalui wilayah udaranya pada Juli 1964. Detasemen Saber Sayap Nomor 78 mulai beroperasi di pulau Labuan di Kalimantan pada September 1965 untuk meningkatkan pertahanan udara RAF di wilayah itu. Status waspada untuk pesawat di Butterworth berkurang pada akhir Konfrontasi dan Indonesia kembali mengizinkan pesawat Australia untuk melewati wilayah udaranya. Antara tahun 1969 dan 1972 Australia menyumbangkan pesawat Sabre, serta dukungan teknis dan pelatihan, kepada angkatan udara Indonesia dan Malaysia.