Transportasi di Kota Ambon

Pelabuhan (Dermaga) Nusantara Yos Soedarso tipe kelas 4, difungsikan sebagai Pelabuhan utama untuk kegiatan ekspor dan Impor serta penumpang, sedangkan untuk mendukung kegiatan pelayaran antar pulau tersedia Pelabuhan Gudang Arang dan Pelabuhan Slamet Riyadi yang berfungsi sebagi pelabuhan lokal yang dikelola oleh PT. PELINDO.