SMP Pangudi Luhur 1 Yogyakarta

Pada masa penjajahan Jepang kekuasaan Belanda runtuh. Sekolah-sekolah misi ditutup dan gedung-gedung mengalami kerusakan. Para Bruder Belanda diinternir/ditahan di beberapa kota. Tinggal dua orang Bruder tinggal di bekas asrama MULO. "Bulan Maret 1942 segala macam sekolah Eropah dibubarkan... MULO itu hilang, karena sekolah Menengah Katolik tidak diperbolehkan. Kemudian tentara Jepang mengambil alih semua bangunan..."
Pada tahun 1945 tentara Nippon mulai lunak dalam tindakannya. Hal ini memberi peluang untuk mencari lagi MULO yang hilang. Gedung-gedung yang dahulu diambil alih Jepang dalam bulan Juli 1945 bisa didapatkan kembali, walau ruang-ruang kelas menjadi kosong. "Terlebih dahulu gedung MULO dibersihkannya enam ruang, di bawah ditentukan untuk Sekolah Rakyat sempurna, dan di ruang atas untuk Sekolah Menengah..." "Akhirnya pada akhir bulan Oktober sekolah dapat dibuka lagi. Bebrapa guru masih takut karena kampung mereka belum cukup aman..."