Kebun Binatang Ueno

Paviliun amfibia dan reptilia selesai dibangun pada tahun 1999. Tahun 2001 ditandai dengan kedatangan aye aye dan okapi. Penangkaran Columba janthina nitens dan tikus mondok telanjang sukses dilakukan di kebun binatang ini pada tahun 2002, diikuti kesuksesan pembiakan aye-aye dan "Chrysocyon brachyurus" (2003), serta burung jenjang leher hitam ("Grus nigricollis") pada tahun 2003. Semuanya merupakan kesuksesan penangkaran untuk yang pertama kalinya di Jepang.
Satu-satunya panda milik Kebun Binatang Ueno, Ling Ling (22 tahun 7 bulan) mati pada 30 April 2008. Ling Ling adalah panda jantan yang lahir di Kebun Binatang Beijing pada tahun 1985. Kebun Binatang Ueno menerima Ling Ling pada tahun 1992 sebagai bagian dari peringatan 20 tahun normalisasi hubungan bilateral Jepang-Republik Rakyat Tiongkok. Panda pertama dari RRT tiba pada tahun 1972, dan sejak itu pula panda merupakan maskot Kebun Binatang Ueno.