Referendum kemerdekaan Timor Leste 1999

Sebagai langkah tindak lanjut atas permintaan Habibie, PBB menyelenggarakan pertemuan antara pemerintah Indonesia dan pemerintah Portugis (sebagai otoritas kolonial sebelumnya atas Timor Timur). Pada tanggal 5 Mei 1999, pembicaraan ini menghasilkan “Persetujuan antara Republik Indonesia dan Republik Portugis tentang Masalah Timor Timur” yang menjabarkan rincian dari referendum yang diminta. Referendum harus diadakan untuk menentukan apakah Timor Timur akan tetap menjadi bagian dari Indonesia, sebagai Daerah Otonomi Khusus, atau terpisah dari Indonesia. Referendum itu diorganisir dan dipantau oleh UNAMET dan 450.000 orang terdaftar untuk memilih termasuk 13.000 orang di luar Timor Timur.