Black Clouds &amp; Silver Linings

Dream Theater mulai bekerja di album ini pada bulan Oktober 2008. Mike Portnoy menggambarkan "Black Clouds & Silver Linings" sebagai "sebuah album Dream Theater dengan 'A Change of Seasons', 'Octavarium', Learning to Live', 'Pull Me Under' dan 'The Glass Prison' dalam satu album." Jordan Rudess kemudian menjelaskan selama demonstrasi di NAMM Show untuk software/perangkat lunak Spectrasonics (yang ia digunakan di album ini), "Kami telah memasukkan sedikit domain Gothic di album ini." Tetapi karena ia berada di sebuah pameran dagang Industri Musik dan menjelaskan tentang bagian tertentu dari perangkat lunak pada saat itu, terjadi perdebatan apakah dia membuat pernyataan menyeluruh mengenai nada sonic atau lirik album atau hanya bunyi keyboard ketika menggunakan kata software.