Pemberontakan Trunajaya

Pasukan VOC dan Mataram bergerak ke pedalaman melawan Kediri pada September 1678. Sesuai saran raja, pasukan tersebut dipecah menjadi tiga barisan, tanpa rute langsung, dengan tujuan untuk mencakup lebih banyak lokasi dan menimbulkan rasa kagum pada orang-orang yang merasa ragu untuk berpihak. Ide raja berhasil, dan saat kampanye militer berlanjut, kelompok-kelompok lokal bergabung dengan pasukan, yang sangat menginginkan barang rampasan. Kediri direbut pada 25November oleh pasukan penyerangan yang dipimpin oleh Kapten François Tack. Pasukan yang menang tersebut melanjutkan ke Surabaya, kota terbesar di Jawa Timur, tempat Amangkurat mendirikan keratonnya. Di tempat lain, para pemberontak juga dikalahkan. Pada September 1679, gabungan pasukan VOC, Jawa, dan Bugis di bawah Sindu Reja dan Jan Albert Sloot mengalahkan Raden Kajoran dalam pertempuran di Mlambang, dekat Pajang. Kajoran menyerah namun dieksekusi atas perintah Sloot. Pada November, VOC dan pasukan Bugis bersekutu di bawah Arung Palakka menghancurkan benteng para pemberontak Makassar di Keper, Jawa Timur. Pada April 1680, setelah apa yang oleh VOC anggap sebagai pertempuran sengit dalam perang, penguasa Giri yang memberontak dikalahkan dan sebagian besar keluarganya dieksekusi. Karena VOC dan Amangkurat meraih lebih banyak kemenangan, semakin banyak orang Jawa menyatakan kesetiaan mereka kepada raja.
Setelah bentengnya jatuh di Kediri, Trunajaya berhasil melarikan diri ke pegunungan di Jawa timur. Pasukan VOC dan raja mengejar Trunajaya, yang terkucil dan kekurangan makanan, menyerah kepada VOC pada akhir 1679. Awalnya, dia diperlakukan dengan hormat sebagai tawanan komandan VOC. Namun, saat melakukan kunjungan seremonial ke kediaman bangsawan di Payak, Jawa Timur, pada 2 Januari 1680, dia ditikam oleh Amangkurat sendiri, dan orang istana raja menghabisinya. Raja membela pembunuhan seorang tahanan VOC ini dengan mengatakan bahwa Trunajaya telah mencoba membunuhnya. VOC tidak yakin dengan penjelasan ini, namun memilih untuk tidak menghukum raja. Sebuah cerita romantis mengenai kematian Trunajaya muncul dalam babad Jawa Tengah abad ke-18.