Serangan udara di Jepang

Pemerintah Jepang juga berupaya meningkatkan pertahanan sipil negara itu dalam menanggapi Serangan Doolittle maupun ancaman serangan lebih lanjut. Dalam skala nasional pemerintah membebankan pembangunan fasilitas perelindungan serangan udara buat sipil kepada pemerintah prefektur. Namun di beberapa tempat proyek pembangunan perelindungan ini tidak terlaksana karena kekurangan beton dan baja. Pada bulan Oktober 1943 Kementerian Dalam Negeri Jepang mengarahkan rumah tangga di kota-kota besar untuk membangun tempat perlindungan mereka sendiri, meskipun tempat perlindungan ini hanya berupa parit perlindungan. Sejumlah kecil tempat perlindungan canggih dibangun untuk kantor pusat pertahanan udara dan untuk perlindungan kunci fasilitas telepon. Namun kurang dari dua persen warga sipil yang memiliki akses ke perlindungan udara yang mampu bertahan terhadap serangan bom, bahkan terowongan dan gua-gua alam juga digunakan untuk melindungi warga sipil dari serangan B-29. Menyusul pecahnya perang, Kementerian Dalam Negeri menambah jumlah petugas pemadam kebakaran dengan merekrut relawan tetap relawan yang umumnya tidak mendapatkan pelatihan dan tidak dibekali peralatan yang memadai. Warga sipil juga dilatih untuk menangani kebakaran dan didorong untuk mengutuk untuk menanggapi serangan terhadap negeri mereka dengan bom pembakar dan bom berdaya ledak tinggi.
Pada musim gugur tahun 1943 pemerintah Jepang telah mengambil langkah lebih lanjut guna mempersiapkan kota-kota besar negara itu menghadapi serangan udara. Markas besar pertahanan udara dibentuk pada bulan November, bulan berikutnya pemerintah melaksanakan program penghancuran sejumlah besar bangunan di kota-kota besar untuk dijadikan penyekat api. Ketika perang berakhir tidak kurang dari 614.000 unit rumah telah dihancurkan untuk dalam program penyekat api ini. Total kerugian Jepang di bidang perumahan rakyat akibat program penyekat api ini mencapai seperlima dari total kehancuran rumah dan gedung pemerintah akibat perang, serta mengakibatkan pengungsian bagi 3,5 juta orang. Pemerintah juga mendorong warganya yang beresiko tinggi terdiri dari orang tua, anak-anak dan perempuan di kota-kota yang diyakini akan diserang untuk pindah ke pedesaan sejak bulan Desember tahun 1943. Dalam program ini termasuk rencana mengevakuasi seluruh murid sekolah berdasarkan sekolah mereka. Pada bulan Agustus tahun 1944, 330.000 murid telah dievakuasi dalam kelompok sekolah mereka dan 459.000 lainnya telah pindah ke pedesaan bersama keluarga mereka. Tak banyak tindakan yang dapat dilakukan untuk menghentikan fasilitas industri agar tidak terlalu rentan terhadap serangan, karena fasilitas industri masih sangat diandalkan untuk memenuhi kebutuhan logistik perang maupun sipil.