Universitas Doshisha

Pendidikan yang diberikannya adalah pendidikan yang berlandaskan agama Kristen. Niijima adalah lulusan Seminari Teologi Andover pada tahun 1874. Ia adalah orang Jepang pertama yang ditahbiskan sebagai pendeta Protestan, sekaligus orang Jepang pertama yang mendapat gelar akademis di luar negeri (lulusan Amherst College tahun 1867). Ia meninggalkan Jepang menuju Amerika Serikat ketika Jepang sedang menjalankan politik sakoku, dan keluar negeri merupakan perbuatan yang diancam hukuman mati oleh Keshogunan Tokugawa.