Arkea

Faktor yang memperrumit termasuk klaim bahwa hubungan antara eukariota dan filum arkea Crenarchaeota lebih dekat daripada hubungan antara Euryarchaeota dan filum Crenarchaeota dan adanya gen seperti-arkea pada bakteri tertentu, seperti "Thermotoga maritima", dari transfer gen horizontal. Hipotesis standar menyatakan bahwa nenek moyang eukariota menyimpang awal dari Archaea, dan bahwa eukariota muncul melalui fusi dari archaea dan eubacterium, yang menjadi inti dan sitoplasma; ini menjelaskan berbagai kesamaan genetik tetapi berjalan ke dalam kesulitan menjelaskan struktur sel. Sebuah hipotesis alternatif, hipotesis eosit, berpendapat bahwa Eukaryota muncul relatif terlambat dari Archaea.