Elektroforesis dua dimensi

Pada dimensi pertama, protein yang akan dianalisis dilarutkan dalam urea untuk memutuskan ikatan hidrogen pada protein (agen pendenaturasi). Urea umum digunakan karena senyawa ini tidak mengubah dalam muatan protein sehingga pemisahan protein dapat dilakukan berdasarkan muatannya. Dengan menggunakan medan listrik, protein dipisahkan melalui gel yang memiliki gradien pH. Protein akan bergerak hingga berhenti pada titik (pH) dimana muatan protein tersebut netral (titik isoelektriknya).