Denitrifikasi

Di sisi lain denitrifikasi merupakan proses yang merugikan. Contoh dalam lahan agrikultur yang diberikan pupuk nitrat bila tergenang oleh air, maka akan terjadi kondisi anoksigenik dan denitrifikasi dapat terjadi sehingga akan melepaskan unsur nitrogen ke udara.
Produksi gas NO dan NO oleh denitrifikasi dapat menyebabkan konsekuensi pada lingkungan. NO dapat dioksidasi menjadi NO di atmosfer. NO dapat bereaksi dengan ozon membentuk NO dan kembali ke bumi menjadi asam nitrit (HNO). Lalu denitrifikasi berhubungan dengan rusaknya ozon sehingga sinar ultraviolet dapat masuk ke bumi dan menyebabkan hujan asam, yang akan membuat tanah menjadi asam. Tanah yang asam akan mengubah struktur tanah serta komunitas mikrob.