Naruto Shippuden

Keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'Akatsuki' yaitu Pain beserta teman kecil sekaligus anggota Akatsuki, Konan. Pain yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, yang menggantikan tubuh yang dihancurkan Jiraiya sebelumnya, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan. Pain yang bertemu dengan Iruka langsung hendak membunuhnya tetapi diselamatkan oleh Kakashi. Pertarungan Pain dan Kakashi pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan Raikiri ditangkis dengan mudah oleh Pain. Tsunade memerintahkan seekor kodok yang berasal dari Myobokuzan yang ditinggalkan di Konoha, untuk memanggil Naruto kembali ke Konoha, tetapi kodok tersebut dibunuh oleh Danzo. Naruto yang sedang menjalani 'tes percobaan dengan chakra Senjutsu' untuk yang terakhir ternyata juga mendapat hambatan. Konoha semakin gawat. Konan juga mulai beraksi dengan jutsu mengubah tubuh menjadi kertas. Tsunade yang sangat khawatir dengan keadaan desa Konoha, segera memanggil Kuchiyose miliknya.
Pertarungan Kakashi melawan Pain semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh pain untuk membantu pain salah satu tubuh tersebut berubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi, tetapi karena kehebatan Kakashi
kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir, tubuh kakashi pun lemah karena melepaskan semua chakranya. akhinya datanglah dua anggota klan Akimichi salah satu yang datang adalah ayah Chouji. Kedatangan klan Akimichi, sangat membantu banyak bagi Kakashi. Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai Ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang Pain lewat dalam tanah oleh serangan Kakashi. Ternyata itu hanya sebuah trik Kakashi, untuk menyerang Pain oleh Chouji dan ayahnya. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pain yaitu Asura. Dalam Keadaan terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Dan dia diserang Pain dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. Di lain tempat, Naruto yang sedang istirahat mengkhawatirkan keadaan desanya jika diserang oleh Akatsuki. Fukasaku mencoba menghiburnya dengan memuji ninja-ninja Konoha. Setelah istirahat selesai, Fukasaku mengajak Naruto untuk latihan yang baru yaitu Fusion.
Sesaat sebelum paku tersebut mengenai Kakashi dia menggunakan Mangekyou Sharingan untuk menghilangkan paku itu dan Kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk menolong Chouji yang akan melapor pada Tsunade tentang kemampuan salah satu Pain. Disaat yang sama Danzo menunjukkan niat yang asli yaitu menjadi hokage yang baru.