Michel Aflaq

Perpecahan dengan Nasser terjadi di antara para pemimpin asli Partai Ba'ath, yang memutuskan untuk memperluas ruang Komite Militer. Setelah mengambil kekuasaan, Komite Militer dijadikan paduan teoretikal, namun sebagai gantinya dapat membuat Aflaq dapat menyelesaikan masalah (yang terjadi sebelumnya), mereka mengkontak faksi Marxis dari partai tersebut pimpinan Hammud al-Shufi. Di Kongres Regional Ba'athis Suriah, Komite Militer "sepakat" bahwa mereka sama-sama memberontak melawan Aflaq dan kepemimpinan tradisionalnya, karena menentang kebijakan ekonomi dan sosial moderat mereka. Komite Militer memutuskan untuk melengserkan Aflaq dari posisi berkuasa dengan alasan bahwa ia telah berusia tua dan lemah.
Di Kongres Nasional Keenam yang diadakan pada Oktober 1963, Aflaq masih mempertahankan jabatannya sebagai Sekretaris Jenderal – faksi Marxis yang dipimpin oleh al-Shufi dan Ali Salih al-Sadi, yang masih-masing berada di Suriah dan Irak, menjadi kelompok mayoritas. Masalah lainnya yang dihadapi oleh Aflaq adalah beberapa koleganya tidak terpilih pada jabatan partai, selain al-Bitar tidak terpilih lagi untuk sebuah kursi di Komando Nasional. Selain kepemimpinan sipil tradisional, kepemimpinan yang baru terdiri dari para perwira militer yang bertumbuh secara bertahap; Jadid dan Amin al-Hafiz dari Suriah dan Ahmed Hassan al-Bakr dan Salih Mahdi Ammash dari Irak terpilih pada Komando Nasional. Meskipun pada kenyataannya Komite Militer memegang kekuasaan atas Partai Ba'ath dari kepemimpinan sipil, mereka bersifat sensitif terhadap kritikan, dan menyatakan, dalam sebuah pamflet ideologi, bahwa simbiosis sipil-militer adalah pengaruh besar, jika rekonstruksi sosialis dicapai. Di luar itu, Aflaq merencanakan perubahan. Dalam surat kabar Tunisia, "", ia disebut "Seorang filsuf yang membuat dua kudeta [kudeta Irak dan Suriah] dalam sebulan".