Indonesia Soccer Championship U-21 2016

Indonesia Soccer Championship A diikuti oleh 18 klub junior dari Indonesia Soccer Championship A.Kompetisi yang berformat liga ini sebelumnya dibagi dalam tiga grup berdasarkan wilayah geografis, namun sejak musim baru 2016 dibagi dalam tiga grup. Juara dan peringkat dari masing-masing grup serta dua tim peringkat ketiga terbaik akan lolos ke babak delapan besar. Selanjutnya, akan dipilih empat tim yang lolos ke semi-final hingga partai final.