Taman Nasional Kepulauan Seribu

Keanekaragaman dan kelimpahan organisme ikan karang di perairan kawasan TNKpS pada tahun 2007 di perairan Zona Inti sebesar 29.382 individu ikan/ha, perairan Zona Pemanfaatan Wisata sebesar 49.600 individu ikan/ha, dan perairan Zona Permukiman sebesar 32.280 individu ikan/ha. Jenis ikan hias yang hidup di kawasan TNKpS antara lain kepe-kepe (famili Chaetodontide), ikan serinding (famili Apogonidae), ikan betok (famili Pomacentride) dan ikan ekor merah (famili Caesiodidae). Sedangkan jenis ikan untuk konsumsi antara lain adalah baronang (Siganus sp.), tenggiri (Scomberomorus sp.), ekor kuning (Caesio spp.), kerapu (Famili Serranidae) dan tongkol (Eutynus sp.). Moluska (binatang lunak) yang dijumpai terdiri dari Gastropoda, Pelecypoda, termasuk jenis yang dilindungi di antaranya adalah kima raksasa (Tridacna gigas) dan kima sisik (Tridacna squamosa). Ada sekitar 295 jenis Gastropoda, 97 jenis Pelecypoda, 20 jenis Bivalvia seperti kima sisik (Tridacna squamosa), kima pasir (Hippopus hippopus) dan kima raksasa (T. gigas) serta beberapa jenis Chepalopoda seperti cumi-cumi (Loligo vulgaris), sotong (Sepia sp.) dan gurita (Octopus sp.). Jenis reptil antara lain adalah penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu hijau (Chelonia mydas), ular sanca (Phyton sp.) dan biawak (Varanus sp.). Mamalia yang dijumpai adalah kucing hutan (Felis bengalis) dan lumba-lumba hidung botol (Tursiops truncatus). Echinodermata yang banyak dijumpai di antaranya adalah bintang laut, lili laut, teripang dan bulu babi yang juga merupakan indikator kerusakan terumbu karang. Crustacea yang banyak dikonsumsi antara lain kepiting, rajungan (Portumus sp.) dan udang karang (Spiny lobster). Burung-burung air juga banyak ditemukan di Kepulauan Seribu, antara lain jenis camar (Sterna sp.) dan cikalang (Fregata spp.).