Gereja Masehi Injili Halmahera

Pada tahun 1940 diadakanlah konperensi di Kupa-Kupa, Tobelo yang sudah ada tanda-tanda bahwa Zending hendak menyerahkan usaha penginjilan untuk diteruskan pribumi karena Jepang hampir pasti menguasai Asia Tenggara –Halmahera dikuasai Jepang pada Mei 1942– dan Belanda dikuasai oleh Jerman pada 10 Mei 1940. Pada konperensi ini diputuskan mengumpulkan dana setempat guna menutupi defisit anggaran Zending yang disebabkan oleh pemutusan komunikasi dengan negeri Belanda. Hasil konperensi antara lain membentuk founds Injil dan hasil dana dipergunakan untuk membiayai kebutuhan hidup para penginjil setempat serta cita-cita pengelolahan gereja Halmahera oleh pribumi.
Kemudian Jepang mulai menghilangkan segala sesuatu yang berbau kebelandaan di Indonesia. Imbasnya banyak Zending –bahkan guru jemaat pun–yang ditawan oleh Jepang. Jemaat yang seperti inilah membuat reaksi datang dari pribumi sebagai upaya terus menghidupi gereja yang sudah berkembang di Halmahera. Beberapa pribumi menemui Mentsjibu Jepang—mirip resimen kolonial Belanda—di Ternate yang difasilitasi oleh Sultan Ternate, Iskandar Mohammed Djabir Sjah guna membicarakan kepentingan gereja Halmahera. Jepang kemudian menyuruh membentuk sebuah badan persiapan kemandirian gereja yang keanggotaannya berdasarkan persetujuan Jepang. Tak lama berdirilah Gereja Protestan Halmahera (GPH) walaupun unsurnya lebih banyak melibatkan daerah Halmahera Barat.
Sementara di Tobelo dan Galela pada Mei 1942 telah mengadakan pertemuan di Pitu guna mengantisipasi “perginya” Zending. Inti hasil pertemuan yang adalah keinginan mandiri akhirnya disampaikan oleh delegasi Tobelo-Galela ke Sultan Ternate dan Mentsjibu. Mereka meminta agar Pdt. Kriekhoff yang adalah pendeta Gereja Protestan Maluku di Ternate melayani sakramen di Halmahera khususnya Tobelo dan Galela. Permintaan ini disetujui. Sebenarnya keinginan ini sangat beralasan karena kedekatan Tobelo dan Galela kepada orang Ambon (GPM) karena banyaknya penginjil dan guru-guru jemaat yang telah-bahkan selanjutnya- adalah orang Ambon sementara di Halmahera Barat cenderung berasal dari Sulawesi Utara. Walau demikian upaya menyatukan diri dalam gereja Halmahera selalu ada kendati cara Halmahera Barat dan Tobelo-Galela—Halmahera Utara — terlihat berbeda.
Usaha kemandirian ini mengalami banyak tantangan di antara: Perang Dunia II ketika sekutu berhasil mematahkan kekuatan Jepang saat sekutu menjadikan Morotai sebagai basis kekuatan di Asia. Walau demikian runtuhnya Jepang juga menjadikan gereja di Halmahera kembali dilayani oleh para Zending. Akhirnya dengan fasilitas dan pengalaman zending diadakanlah pertemuan demi terciptanya gereja Halmahera yang mandiri dengan berdirinya Gereja Masehi Injili di Halmahera pada 6 Juni 1949.