Islam dan sekularisme

Sekularisme juga biasanya diasosiasikan sebagai rezim militer, seperti yang terjadi di Turki dan Aljazair. Islamic Salvation Front (FIS) sukses memenangkan pemilu pada bulan Desember 1991 di Aljazair dan Partai Sejahtera sukses memenangkan pemilu 1995 di Turki. Kedua partai ini adala contoh partai politik Islam yang berlandaskan demokrasi. Akan tetapi, kedua partai tersebut dijatuhkan oleh kudeta militer untuk menyelamatkan paham sekularisme. Partai Sejahtera di Turki dipaksa untuk turun dari pemerintahan oleh militer Turki pada bulan Februari 1997dalam operasi yang dinamakan "kudeta post modern", FIS di Aljazair dijatuhkan oleh kudeta militer yang membawa negara tersebut kedalam perang saudara 1992. Kekuatan militer di beberapa negara dapat digunakan sebagai cara yang jauh dari konsep demokrasi untuk tujuan melindungi sekularisme.