Bioinformatika

Beberapa metode "alignment" lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode "Needleman-Wunsch" dan "Smith-Waterman". Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignment" global di antara dua atau lebih sekuens, yaitu "alignment" atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment" lokal, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik ("dynamic programming") dan hanya efektif untuk "alignment" dua sekuens (pairwise alignment)