Universitas Khairun

Hingga akhir tahun 2001—seiring dengan kemajuan pembangunan di Maluku Utara sebagai dampak pemekaran Provinsi Maluku Utara—maka kemampuan masyarakat lokal secara finansial untuk menjangkau pendidikan tinggi cenderung meningkat. Pilihan masyarakat pun pada akhirnya merujuk kepada Unkhair yang semakin berkembang. Setidaknya, dalam periode 1998-2003, perkembangan akademik, mahasiswa, dan manajemen keuangan semakin membaik. Adapun sarana perkuliahan yang digunakan masa itu masih sama dengan periode sebelumnya, yaitu di Kampus Akehuda, Kampus Jati (yang menggunakan gedung milik Yayasan Pendidikan Khairun), dan kampus yang berlokasi di Kompleks Pohon Pala milik Pemda Halmahera Barat. Pada tahun 2004 Unkhair telah memiliki tujuh Fakultas dan 25 Program Studi Strata Satu (S1) dan satu Program Pendidikan Guru Sekolah Dasar (PGSD). Dengan perkembangan ini membuat Unkhair semakin maju dan bermutu. Pada tahun 2004 jumlah dosen Unkhair telah mencapai 237 dengan kualifikasi S1 sebanyak 187, S2 sebanyak 47 dan S3 sebanyak 3 orang sementara jumlah mahasiswa pada tahun 2004 sebanyak 7.188.