Kereta api Progo

Selanjutnya, KA ini diganti namanya menjadi Empu Jaya (singkatan dari "Lempuyangan-Jakarta Raya"), seiring dengan penggantian keseluruhan rangkaian kereta. Dalam pengoperasiannya, KA Empu Jaya sering mengalami kecelakaan, sehingga pada tahun 2001 diputuskan mengganti nama menjadi KA Progo pada tahun 2002.