Lokus sifat kuantitatif

Kajian penentuan QTL mulai marak sejak 1990-an. Dasar teori dan perangkat lunak analisisnya dipublikasi oleh Lander dan Botstein pada tahun 1989, meskipun dasar-dasar pemikirannya telah diletakkan sejak 1923 oleh Karl Sax serta menggunakan formula klasik dari Sewall Wright (1936). Kemajuan ini harus menunggu lama karena harus menunggu tersedianya penanda genetik yang melimpah (pada waktu itu adalah RFLP) dan adanya perangkat keras komputer yang sanggup membantu penghitungannya. Analisis QTL menjadi awal bagi semakin berperannya bioinformatika secara pesat dalam genetika molekular.