Pemberontakan Ionia

Dengan demikian, invasi pertama Persia ke Yunani secara efektif dimulai setahun kemudian, 492 SM, ketika Mardonios dikerahkan (melalui Ionia) untuk menguasai daerah-daerah yang berdekatan dengan Yunani, dan mendesak Athena dan Eretria jika memungkinkan. Dalam prosesnya, Thrakia diduduki kembali setelah sebelumnya sempat melepaskan diri dari kekuasaan Persia selama pemberontakan, sedangkan Makedonia dipaksa menjadi negara bawahan Persia. Meskipun memperoleh kesuksesan awal, ekspedisi itu terhenti akibat kapal-kapal Persia dihantam badai. Ekspedisi kedua dilancarkan pada tahun 490 SM dengan komandan Datis dan Artaphernes, putra satrap Artaphernes. Ekspedisi amfibi ini berlayar melintasi Laut Aigea, menduduki pulau-pulau di Kyklades, sebelum kemudian tiba di Euboia. Eretria lalu dikepung, ditaklukkan, dan dihancurkan oleh pasukan Persia, yang kemudian bergerak menuju Attika. Berlabuh di pantai Marathon, pasukan Persia dihadang oleh pasukan Athena, dan dikalahkan dalam Pertempuran Marathon yang terkenal. Ini sekaligus mengakhiri upaya pertama Persia untuk menguasai Yunani.
Pemberontakan Ionia menjadi penting terutama sebagai peristiwa pembuka, dan kejadian penyebab Perang Yunani-Persia, yang meliputi dua invasi ke Yunani serta pertempuran Marathon, Thermopylae, dan Salamis yang terkenal. Bagi kota-kota Ionia sendiri, pemberontakan ini berakhir dengan kegagalan serta kerugian yang besar baik dalam hal ekonomi maupun materi. Akan tetapi, selain kehancuran yang dialami Miletos, kota-kota Ionia pulih relatif cepat dan menjadi makmur di bawah kekuasaan Persia selama empat puluh tahun selanjutnya. Bagi Persia, pemberontakan itu penting karena menarik mereka ke dalam konflik yang meluas dengan negara-negara Yunani yang akan berlangsung selama lima puluh tahun, yang dalam masa tersebut mereka mengalami kerugian yang besar.