Kimia komputasi

Dalam beberapa kasus, perincian struktur elektronik kurang begitu penting dibandingkan perilaku ruang fase lama dari molekul. Ini adalah kasus dalam studi konformasi protein dan termodinamika pengikat protein-ligan. Perkiraan klasik ke permukaan energi potensial digunakan, karena mereka secara komputasi kurang intensif daripada perhitungan elektronik, untuk memungkinkan simulasi yang lebih lama dari dinamika molekul. Selain itu, informatika kimia menggunakan metode yang lebih empiris (dan lebih murah secara komputasi) seperti pemelajaran mesin yang berdasarkan pada sifat fisikokimia. Salah satu masalah khas dalam informatika kimia adalah untuk memprediksi afinitas pengikatan molekul obat dengan target yang diberikan.