Ketuanan Melayu

Warga Sabah dan Sarawak tidak melihat keuntungan apapun dari penggabungan ini. Banyak yang menganggap Malaya hanyalah untuk orang Melayu, manakala mereka tidak menganggap diri mereka sebagai Melayu. Istilah "Malaysia" dengan frasa "Malay" (Melayu) juga dianggap menakutkan. Adanya agama resmi Islam dan bahasa nasional Melayu juga meperparah ketakutan akan "dominasi Melayu". Agar penggabungan dapat terjadi, Sabah dan Sarawak menuntut bahwa penduduk asli Sabah dan Sarawak juga diberikan hak khusus yang sama dengan kaum Melayu. Dua puluh butir perjanjian antara pemerintah Malaya dengan Sabah dan 18 butir perjanjian antara pemerintah Malaya dengan Sarawak kemudian ditandatangani. Setelah negosiasi yang berlarut-larut dan dukungan dari Britania, berbagai masalah akhirnya berhasil diselesaikan. Penggabungan ini secara efektif berlaku tanggal 16 September 1963.