Jemaah Islamiyah

Selepas dari penjara, Bashir melarikan diri ke Malaysia pada tahun 1982. Dia menjadi guru mengaji di Malaysia dan mempunyai banyak pengikut di negeri itu. Saat inilah dia dianggap mendirikan Jemaah Islamiyah dan pengikutnya tersebar juga hingga ke Singapura dan Filipina.