Antonius Hubertus Thijssen

Bersamaan dengan dipromulgasikannya Konstitusi Apostolik "Qoud Christus Adorandus" tentang berdirinya Hierarki Gereja Katolik di Indonesia secara mandiri oleh Paus Yohanes XXIII, ia "bertukar posisi" dengan Mgr. Gabriel Wilhelmus Manek, S.V.D., di mana ia menjadi Uskup Larantuka, sementara Mgr. Manek menjadi Uskup Agung Endeh. Pada 3 Oktober 1961, ia menjadi Uskup Penahbis Pendamping bagi Mgr. Paul Sani Kleden, S.V.D. sebagai Uskup Denpasar. Ia mengikuti Konsili Vatikan II secara utuh sebagai Bapa Konsili (1962-1965) dalam keempat sesi yang ada. Ia menjadi Uskup Penahbis Pendamping bagi Mgr. Donatus Djagom, S.V.D. sebagai Uskup Agung Endeh pada 11 Juni 1969. Ia menjabat sampai mengundurkan diri pada 23 Februari 1973. Pada saat yang bersamaan, ia diangkat menjadi Administrator Apostolik Keuskupan Denpasar dengan gelar Uskup Tituler Eguga. Selama masa tersebut, ia menghadapi berbagai tantangan dari dalam dan luar Gereja, termasuk para imam, pemerintah, dan penganut agama lain. Ia juga meningkatkan karya pendidikan, kesehatan, dan pembangunan gereja serta kapel. Ia turut mengusahakan pembangunan Gereja Katedral Denpasar. Ia menahbiskan Mgr. Darius Nggawa, S.V.D. sebagai Uskup Larantuka pada 16 Juni 1974 sebagai Penahbis Utama.