Polimorfisme Panjang Berkas Restriksi

RFLP bersifat kodominan, cukup berlimpah, serta frekuensi polimorfismenya tinggi. Penanda ini mudah dipetakan dalam peta genetik dan bersifat stabil (tidak mudah berubah hasilnya bila diulang). Penanda ini juga tidak spesifik spesies, karena bukan berbasis PCR, sehingga hasilnya bisa digunakan untuk perbandingan peta genetik spesies-spesies yang berbeda-beda. Kelemahannya, penanda ini memerlukan DNA dalam jumlah besar, memakan waktu lama (memerlukan waktu tiga hari), serta melibatkan penggunaan pelabelan isotop radioaktif pada teknik yang pertama kali digunakan. Kelemahan yang terakhir ini dapat diatasi setelah ditemukan teknik tanpa radioaktif.