Perancangan cerdas

Di luar permasalahan apakah perancangan cerdas ini ilmiah, sejumlah kritikus berargumen bahwa bukti-bukti yang ada membuat hipotesis perancangan tidak memungkinkan. Sebagai contoh, Jerry Coyne bertanya mengapa seorang perancang akan "memberikan kita suatu lintasan metabolisme untuk menghasilkan vitamin C, tetapi kemudian merusaknya dengan menghilangkan salah satu enzim lintasan tersebut". Ia juga bertanya mengapa perancang tersebut tidak "memenuhi pulau-pulau samudera yang terpencil dengan reptil, mamalia, amfibi, dan ikan air tawar walaupun pulau terpencil tersebut dapat mendukung spesies-spesies tersebut. Sebelumnya, dalam karyanya "Darwin's Black Box", Behe telah berargumen bahwa kita tidaklah dapat memahami motif sang perancang tersebut, sehingga pertanyaan-pertanyaan seperti itu tidak dapat dijawab secara pasti. Perancangan yang aneh, sebagai contohnya, "telah dirancang oleh sang perancang ... untuk alasan artistik, untuk memamerkan perancangan, untuk tujuan-tujuan yang belum diketahui, ataupun untuk alasan-alasan lain yang tidak terduga".