Pemberontakan Ionia

Tidak lama setelah itu, Histiaios dibebaskan dai tugasnya di Susa oleh Darius dan dikirim ke Ionia. Dia berhasil membujuk Darius untuk mengizinkannya pergi ke Ionia dengan cara berjanji akan membuat orang Ionia mengakhiri pemberontakan mereka. Akan tetapi Herodotos berpendapat bahwa tujuan aslinya adalah supaya dapat pergi dan kekangan di Persia. Ketika dia tiba di Sardis, Artaphernes secara langsung menuduhnya berkomplot dengan Aristagoras dalam menggerakan pemberontakan. Artaphernes berkata, "Akan aku ceritakan kepada engkau, wahai Histiaios, kebenaran dalam urusan ini, Adalah dirimu yang merancang segalanya, dan Aristagoras yang melaksanakannya." Histiaios pergi malam itu juga ke Khios dan pada akhirnya berangkat menuju Miletos. Namun, Miletos baru saja bebas dari tiran sehingga tak mau menerima Histiaios lagi sebagai penguasa. Maka dari itu Histiaios pun pergi ke Mytilene di Lesbos dan membujuk rakyat Lesbos untuk memberinya delapan trireme. Dia lalu berlayar ke Byzantion bersama semua orang yang bersedia mengikutinya. Di sana dia mendirikan kekuasaannya, mermpas semua kapal yang berusaha berlayar melalui Bosporus, kecuali jika mereka mau mengabdi kepadanya