Operasi Seroja

Sejalan dengan aksi militer, Indonesia juga menjalankan pemerintahan sipil. Timor Timur diberi status sama dengan provinsi lain, dengan struktur pemerintahan yang identik. Provinsi ini dibagi menjadi kabupaten, kecamatan, dan desa-desa di sepanjang struktur seperti desa di Jawa. Dengan memberikan posisi pemimpin suku adat tradisional dalam struktur baru ini, Indonesia berusaha untuk mengasimilasi Timor melalui patronase.