Final Fantasy IX

Zidane dkk kemudian kembali ke Alexandria, dan Garnet diberi mahkota Ratu. Setelah itu Kuja menyerang Alexandria dengan Bahamut. Kemudia Eiko dan Garnet memanggil eidolon legendaris yaitu Alexander, yang bergabung dengan kastil Alexandria. Alexander mengeluarkan sayapnya dan melindungi kastil dari serangan Mega Flare Bahamut. Karena Alexander lebih kuat dari Bahamut, Kuja berusaha untuk mengendalikan Alexander menggunakan kapal Invincible, tetapi digagalkan oleh seorang pria tua bernama Garland yang menghancurkan Alexander dan sebagian kota Alexandria. Tetapi Kuja masih menginginkan untuk menguasai eidolon yang lebih kuat untuk menghabisi Garland, dengan mengganti perhatiannnya pada Eiko. Kemudia Zidane dkk, mengetahui keberadaan Istana Padang Pasir Kuja dan pergi menyerangnya. Tetapi Kuja menahan Zidan dkk, dan kabur membawa Eiko untuk mengambil Eidolonnya. Selama proses ekstrak berlangsung, Moogle penjaga Eiko, Mog. Berubah dengan mode Trance untuk menjadi wujud aslinya yaitu eidolon Madeen, dan menggagalkan proses ekstrak tersebut. Belajar mengenai kekuatan dari Trance, Kuja membuat rencana dengan Trance untuk menghabisi Kuja. Zidane dkk, kemudia menyelamatkan Eiko dan juga menemukan Hilda istri dari Regent Cid, yang membuat Cid kembali menjadi manusia. Cid sekarang bisa mendesain kapal untuk Zidane dkk, yang tidak membutuhkan tenaga Mist untuk bergerak.
Dengan kekuatan Hilda, Zidane dkk mengejar Kuja menuju Terra dengan membuka portal. Di kota Terra, Bran Ball. Rahasia terbuka bahwa Garland adalah yang membuat penduduk Terra dan bertujuan untuk menggabunggkan Terra dengan Gaia, karena Terra adalah planet yang kering. Garland membuat Gnome — pintar, mencari tubuh — untuk tubuh penduduk Terra. Pembuat eksistensi pohon Iifa, pembuat fenomena Mist(Kabut), dan pembuat dari Kuja dan Zidane , adalah bagian dari proses tersebut. Marah dengan motif dari Garland, Zidane dkk melawan Garland. Tetapi Kuja sekarang mengumpulkan jiwa yang cukup untuk menjadi Trance Kuja. Trance Kuja menghabisi Garland, tetapi sebelumnya Garland memperingatkannya dengan batas waktu kehidupannya, dan memberitahukan bahwa Zidane untuk menggantikannya. Marah dengan kata-kata Garland, Kuja menghancurkan Terra sementara Zidane dkk, menyelamatkan Genome dan kembali ke Gaia dengan kapal Invincible.
Ketika kembali Zidane dkk menemukan bahwa Mist(kabut) telah kembali dan menyelimuti seluruh Gaia. Dengan gabungan kekuatan Burmecia, Lindblum, dan Alexandria, mereka menuju Pohon Iifa, yang kemudia mereka dipindahkan(diteleportasi) menuju lokasi misterius yang disebut Memoria. Roh dari Garland membimbing Zidane dkk, menuju Kuja. Ketika Kuja kalah, ia menggunakan kemampuan Trance untuk menghancurkan kristal, sumber kehidupan, sehingga memunculkan Necron, "Eternal Darkness"(kegelapan abadi) untuk menghancurkan kehidupan. Setelah Necron kalah, Memoria dan Pohon Iffa hancur. Ketika Grup tersebut ingin melarikan diri dari Pohon Iifa, Zidane tertinggal di Pohon Iifa karena inging menyelamatkan Kuja, dan nanti diasumsikan mati bersama dengan Kuja dalam reruntuhan.