Fullmetal Alchemist

Dalam petualangan mereka, mereka menemukan bahwa militer bekerja sama dengan Homunculus untuk menghancurkan Amestris. Homunculus-homunculus tersebut diperintahkan secara khusus oleh orang yang disebut dengan julukan "Ayah." Ayah ini adalah Homunculus pertama yang ada di dunia. Dalam versi manga, homunculus ini pertama tertangkap dalam sebuah botol kecil. Homunculus dapat hidup karena darah Van Hohenheim diberikan sedikit kepada Homunculus. Van Hohenheim berteman akrab dengan Homunculus ini sampai suatu hari raja di Cselk Cess meminta kepada Homunculus untuk mendapatkan hidup abadi. Setelah Homunculus memberi tahu caranya, dimulailah pembuatan lingkaran transmutasi oleh raja Cselk Cess. Ternyata Homunculus menipu raja dan semua orang di Cselk Cess menjadi kurban dalam pembuatan batu filsuf (philosopher's stone). Karena dulu Van Hohenheim menolong Homunculus, maka Homunculus memberikan hidup abadi kepada Van Hohenheim sebagai imbalan dengan menggunakan setengah batu bijak. Setengahnya lagi dipakai oleh Homunculus untuk mengubah dirinya menjadi mirip seperti Van Hohenheim.
Oleh sebab itu, Ed, Al, dan teman-temannya berusaha keras untuk mencegah "Ayah" dalam menghancurkan Amestris.