Perang Yunani-Persia

Setahun setelah penaklukan itu, Persia mendapati bahwa orang Ionia sulit diatur. Di wilayah lainnya di kekaisaran, Koresh memanfaatkan kelompok elite penduduk pribumi untuk membantunya mengatur daerah taklukan barunya, misalnya kelompok kependetaan Yudea. Kelompok seperti itu tidak ada di kota-kota Yunani pada masa itu; meski biasanya ada aristokrasi, hal ini pada akhirnya berujung pada golongan-golongan yang saling bermusuhan. Persia kemudian menempatkan seorang tiran di tiap kota di Ionia, meskipun ini menyeret mereka ke dalam konflik internal Ionia. Selain itu, tiran tertentu kemungkinan mengembangkan gagasan untuk merdeka dan harus diganti. Para tiran itu sendiri menghadapi tugas yang sulit, mereka mesti mengalihkan kebencian terburuk warganya terhadap Persia, sambil tetap mengabdi kepada Persia. Di masa lalu, kota-kota Yunani sering diperintah oleh tiran, tetapi bentuk pemerintahan semacam itu sudah berlalu. Para tiran pada masa lalu juga cenderung dan harus merupakan sosok pemimpin yang tangguh dan cakap, sementara para tiran yang ditunjuk oleh Persia adalah orang-orang yang kurang ahli memimpin. Karena didukung oleh kuatnya militer Persia, para tiran ini tidak memerlukan dukungan penduduk lokal, dan dengan demikian mereka dapat memerintah secara mutlak. Menjelang Perang Yunani-Persia, ada kemungkinan bahwa penduduk Ionia merasa tidak puas dan sudah siap untuk memberontak. Ionia, tidak seperti banyak daerah lainnya di Kekaisaran Persia, tidak memberontak pada masa perang saudara antara masa pemerintahan Koresh dan Darius I, dan maka dari itu ada kemungkinan bahwa orang Ionia sebenarnya tidak terlalu merasa tidak puas terhadap kekuasaan Persia.