Tempat suci dalam Sunni

Saat kemenangan umat Kristen pada Perang Salib Pertama pada tahun 1099, pengelolaan Masjidil Aqsha lepas dari tangan umat Islam. Jami' Al Aqsha diubah menjadi istana dan dinamakan "Templum Solomonis" atau Kuil Sulaiman (Salomo), sedangkan Kubah Shakhrah diubah menjadi gereja dan dinamakan "Templum Domini" atau Kuil Tuhan. Masjidil Aqsha menjadi salah satu lambang penting di Yerusalem dan gambar Kubah Batu tercetak dalam koin yang dikeluarkan oleh Kerajaan Kristen Yerusalem. Masjidil Aqsha dikembalikan fungsinya seperti semula setelah umat Islam berhasil mengambil alih kepemimpinan kompleks ini pada masa Shalahuddin Al Ayyubi. Setelah itu, umat Islam mengelola Masjidil Aqsha sebagai wakaf tanpa gangguan hingga pendudukan Israel atas Yerusalem pada 1967.