Unicron

Tanpa disadari, kekuatan radiasi dari Alpha-Q dan Megatron ternyata malah menguntungkan Unicron yang bangkit kembali. Dan Unicron kemudian mencoba untuk menguasai tubuh Megatron. Sekali lagi dengan dibantu kekuatan Optimus Supreme dan para Autobots, Unicron kembali bisa ditumpas dan dihancurkan, namun kekuatannya yang tersisa dimanfaatkan kembali oleh Megatron untuk menguatkan dirinya menjadi Galvatron. Galvatron kemudian mencoba untuk menghancurkan sisa-sisa suku cadang Unicron, namun ia salah perhitungan karena semakin banyak Galvatron mengeluarkan energi, Unicron malah kembali bangkit. Dan membuat pertarungan ulang antara Optimus Supreme dan Unicron. Sekali lagi, Galvatron kemudian memutuskan untuk mengorbankan dirinya dengan menempelkan tubuhnya ke tubuh Unicron dan selanjutnya mendorongnya ke matahari.
Dengan hancurnya Unicron dalam Energon, ternyata malah menciptakan masalah baru, yaitu Black Hole. Primus kemudian menyuruh semua Autobots untuk mencari Omega Lock dan empat Cyber Planet Keys untuk menyelamatkan alam semesta ini. Dengan dibantu semua anggota Decepticons, kecuali Megatron yang memilih untuk memanfaatkan kekuatan Black Hole, Autobots berhasil menemukan benda-benda tersebut, dan mereka kemudian berhasil menghalau Megatron yang kemudian masuk ke dalam Black Hole, sekaligus pula menutup Black Hole tersebut untuk selama-lamanya.