Kasus Kedung Ombo

Romo Mangun bersama Romo Sandyawan dan K.H. Hammam Ja'far, pengasuh pondok pesantren Pebelan Magelang mendampingi para warga yang masih bertahan di lokasi, dan membangun sekolah darurat untuk sekitar 3500 anak-anak, serta membangun sarana seperti rakit untuk transportasi warga yang sebagian desanya sudah menjadi danau.
Waduk ini akhirnya diresmikan oleh Presiden Soeharto, tanggal 18 Mei 1991, dan warga tetap berjuang menuntut haknya atas ganti rugi tanah yang layak.