Universitas Khairun

Dampak dari ajaran Islam dan perubahan struktur di atas secara politik, berimplikasi pada pemikiran Kaicili Khairun. Pemikiran ini dijadikan sebagai dasar pembenaran dalam setiap pengambilan keputusannya ketika ia menjadi seorang sultan kelak. Dengan perubahan ini para sultan Ternate diharapkan memiliki peran ganda dalam menjalankan tugasnya. Sultan tidak hanya berusaha untuk mempertahankan eksistensi kerajaannya, tetapi ia juga harus mempunyai tanggung jawab menyebarkan ajaran Islam dan melindunginya. Artinya, tugas seorang sultan adalah melindungi Islam, dan sebaliknya sultan juga dapat melindungi kerajaannya. Karena prinsip dasar kerajaan seperti inilah, maka Kaicili Khairun ketika menjadi sultan, ia kemudian dianggap oleh Valentijn sebagai seorang yang sangat fanatik terhadap Islam, dalam arti yang negatif.