GPIB Marga Mulya Yogyakarta

Sejak 24 Januari 1857, kebaktian-kebaktian gereja tidak lagi diselenggarakan di gedung sekolah akan tetapi diselenggarakan di Balai Karesidenan. Pada waktu itu jemaat telah memiliki Pendeta yaitu Ds. Begemen sebagai Pendeta pertama yang didatangkan ke Jogjakarta. Pada saat itu pembangunan gedung gereja telah dimulai dan ditangani serius. Gambar dan bangunan di buat oleh Ir. P.A van Holm. Berdasarkan catatan rapat Majelis Jemaat pada tanggal 24 Juli 1857 disebutkan bahwa pembangunan gedung gereja sudah berjalan dengan baik meskipun belum selesai seluruh-nya dan masih diperlukan biaya untuk penyelesaian pembangunan gedung gereja dan pengadaan peralatan atau perabot gereja. Untuk kebutuhan tersebut pendeta pendeta memutuskan mencari dana warga jemaat dan pinjaman dari Dana Diakonia. Pemerintah juga telah ikut membantu pembangunan gedung gereja. Hal ini terbukti dari adanya surat dari pihak gereja tertanggal 29 Mei 1857 yang meminta bantuan pemerintah dan berhasil. Dari Dana Diakonia mendapat pinjaman uang sejumlah f 700. Dari catatan yang ada diperoleh keterangan bahwa gedung gereja sungguh-sungguh dibangun atas biaya swadaya anggota jemaat. Hal itu terbukti dari laporan opster G.R Lavalette untuk memberikan perhitungan dan pertanggung-jawaban dari dana-dana yang telah diterima lengkap dengan daftar sumbangan yang telah dipakai habis untuk pembiayaan pembangunan gedung gereja
Akhirnya rapat Majelis Gereja tanggal 13 Oktober 1857 menyatakan bahwa pembangunan Gereja telah selesai, pemakaiannya akan dimulai dengan suatu upacara pada tanggal 15 Oktober 1857.