IAIN Ambon

Dalam perkembangan selanjutnya, pada tahun 1997 berubah status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Ambon, dan pada tahun 2006 beralih status menjadi IAIN Ambon sesuai Peraturan Presiden Nomor 111 Tahun 2006 tanggal 29 Desember 2006, dengan 3 (tiga) fakultas sebagai bagian dari pengembangan IAIN Ambon dalam menyikapi perubahan dan kebutuhan stakeholders akan variasi ilmu-ilmu keislaman saat ini.