Fil-Asian Airways

Pada tahun 2011, setelah melihat kebutuhan atas jasanya di pulau-pulau sekitar Cebu, Mid-Sea Express mulai mengoperasikan transportasi udara tidak terjadwal dan membeli sebuah pesawat dengan Kemampuan Lepas Landas dan Mendarat Jarak Pendek berkapasitas 8 kursi penumpang, BN-2A Islander. Penerbangan mulai dilakukan setiap hari dari Cebu ke Kota Tagbilaran, Bohol. Sebulan berikutnya, rute Cebu–Pulau Bantayan juga dibuka. Kemudian, berturut-turut diikuti oleh penerbangan-penerbangan ke Pulau Camiguin dan Siquijor menggunakan pesawat 21 tempat duduk British Aerospace Jetstream 32EP. MSE juga membuka rute penerbangan dari Cebu ke Tandag, Bislig, Guiuan, dan sebaliknya, untuk melayani wisatawan asing dan lokal, dengan fokus hanya pada rute-rute yang sebelumnya tidak dilayani dengan angkutan udara.