Stasiun Waru

Stasiun ini memiliki empat jalur kereta api dengan jalur 1 sebagai sepur lurus, jalur 2 dan 3 untuk persilangan atau persusulan antarkereta api, serta jalur 4 yang sudah jarang digunakan. Dulu di jalur 3 dan 4 terdapat fasilitas peti kemas. Kereta angkutan peti kemas ini memiliki relasi Tanjung Priok–Kalimas–Waru pp., dan hanya beroperasi dua hari sekali. Namun, karena dibangunnya "frontage road" Waru–Buduran di sebelah timur stasiun ini untuk memecah kepadatan arus lalu lintas di jalan raya utama Surabaya–Sidoarjo, maka sejak awal tahun 2015 fasilitas tersebut dipindahkan sepenuhnya ke Stasiun Kalimas, Surabaya.