Danau Toba

Fauna di danau ini meliputi beberapa spesies zooplankton dan hewan bentos. Karena danau ini oligotrof (tidak kaya nutrien), ikan aslinya tergolong langka. Hanya ada dua ikan endemik di danau ini, yaitu "Rasbora tobana" (bisa disebut hampir endemik karena juga ditemukan di sungai-sungai yang bermuara di danau ini) dan "Neolissochilus thienemanni", biasa disebut ikan Batak. Spesies yang disebutkan terakhir itu terancam oleh deforestasi (penyebab siltasi), polusi, perubahan ketinggian air, dan spesies ikan baru yang didatangkan ke danau ini. Spesies ikan asli lainnya adalah "Aplocheilus panchax", "Nemacheilus pfeifferae", "Homaloptera gymnogaster", "Channa gachua", "Channa striata", "Clarias batrachus", "Barbonymus gonionotus", "Barbonymus schwanenfeldii", "Danio albolineatus", "Osteochilus vittatus", "Puntius binotatus", "Rasbora jacobsoni", "Tor tambra", "Betta imbellis", "Betta taeniata", dan "Monopterus albus". Spesies ikan pendatang meliputi "Anabas testudineus", "Oreochromis mossambicus", "Oreochromis niloticus", "Ctenopharyngodon idella", "Cyprinus carpio", "Osphronemus goramy", "Trichogaster pectoralis", "Trichopodus trichopterus", "Poecilia reticulata", dan "Xiphophorus hellerii".