Pemberontakan Heiji

Pada bulan berikutnya, Kaisar Nijō segera menikahi janda permaisuri Kaisar Konoe, Fujiwara no Masaruko sebagai permaisuri. Pernikahan ini dilakukan Kaisar Nijō untuk menunjukkan dirinya sebagai pewaris tahta Kaisar Konoe. Di lain pihak, Go-Shirakawa merasa tidak senang dengan pernikahan Kaisar Nijō. Pertentangan antara Kaisar Nijō dan Go-Shirakawa belum juga selesai dan menjadi semakin memanas. Sementara itu, Kiyomori menjatuhkan hukuman pengasingan bagi Fujiwara no Tsunemune dan Fujiwara no Korekata. Keduanya adalah pengikut Kaisar Nijō yang diputuskan bersalah menghina mantan kaisar. Setelah dihapuskannya pemerintahan dari balik biara yang dipimpin Go-Shirakawa, Kiyomori menempatkan dirinya di tengah-tengah perselisihan antara Kaisar Nijō dan Go-Shirakawa. Berkat jasanya memadamkan pemberontakan, Kiyomori diangkat sebagai "San-gi", dan menjadi samurai pertama yang diangkat sebagai pejabat tinggi istana. Dengan jabatan yang diperolehnya, karier Kiyomori melaju dengan pesat dan mendirikan Pemerintahan klan Kiyomori.