Yoweri Museveni

Pada April 1994, sebuah pesawat yang membawa Presiden Habyarimana dari Rwanda dan Presiden Cyprien Ntaryamira dari Burundi ditembak jatuh di atas bandara Kigali. Hal ini mendorong terjadinya genosida Rwanda yang menyebabkan sekitar 800.000 orang tewas. Front Patriotik Rwanda menyerbu ke Kigali dan mengambil alih kekuasaan dengan pertolongan tentara Uganda.
Pada April 1995, Uganda memutuskan hubungan dengan Sudan sebagai protes atas dukungan Khartoum terhadap Pasukan Perlawanan Tuhan (LRA), sebuah kelompok pemberontak yang aktif di Uganda utara. Sebaliknya, Sudan mengklaim bahwa Uganda memberikan dukungan kepada Tentara Pembebasan Rakyat Sudan. Kedua kelompok ini dicurigai beroperasi di seberang perbatasan Uganda-Sudan yang renggang. Pertikaian antara Uganda dan Sudan berasal sekurang-kurangnya pada 1988. Para pengungsi Uganda mencari perlindungan di Sudan selatan pada masa rezim Amin dan Obote II. Namun, setelah NRM berkuasa pada 1986, banyak dari para pengungsi ini bergabung dengan kelompok-kelompok pemberontak Uganda, termasuk Front Tepi Nil Barat dan belakangan LRA. Dalam waktu yang cukup panjang, pemerintahan Museveni menganggap Sudan sebagai ancaman yang paling serius terhadap keamanan Uganda.