Basilika Santo Petrus Lama

Namun bangunan ini mulai runtuh pada abad ke-15, dan pembicaraan mengenai pemugarannya dimulai sejak kembalinya Sri Paus dari Avignon. Dua orang yang terlibat dalam pemugaran tersebut adalah Leone Battista Alberti dan Bernardo Rossellino, yang memperbaiki apsis dan menambahkan loggia pemberkatan pada bagian depan atrium yang tersendat-sendat pengerjaannya sampai dimulainya pembangunan basilika yang baru. Awalnya Paus Julius II sangat berniat mempertahankan bangunan lama, tapi kemudian memutuskan untuk merubuhkan seluruhnya dan membangun yang baru. Banyak orang pada masa itu yang terguncang oleh keputusannya, karena bangunan tersebut mewakili kesinambungan kepausan mulai dari St. Petrus sendiri. Altar aslinya sendiri tetap dipertahankan dalam bangunan baru.