Pasukan Rakyat Kalimantan Utara

Pemerintah Orde Baru di bawah pimpinan Presiden Soeharto tidak berniat untuk melanjutkan konfrontasi terhadap Malaysia dan Inggris. Pada 29 Mei – 1 Juni 1966, diadakan perundingan antara Menteri Luar Negeri RI Adam Malik dan Menteri Luar Negeri Malaysia Tun Abdul Razak di Bangkok atas bantuan Menteri Luar Negeri Thailand Thanat Khoman. Puncak dari semua perundingan adalah ditandatanganinya persetujuan Indonesia dan Malaysia untuk normalisasi hubungan di Jakarta pada tanggal 11 Agustus 1966. Persetujuan itu dikenal dengan "Jakarta Accord" yang mengakui kedaulatan Malaysia. KOLAGA (Komando Mandala Siaga) mengeluarkan instruksi dengan radiogram tanggal 10 Agustus 1966 No. TSR-26/1966 kepada semua Komando Bawahan untuk menghentikan kegiatan-kegiatan operasi. Langkah selanjutnya yang diambil oleh Komando Tempur (Kopur) IV/Mandau adalah menyerukan agar PGRS/PARAKU mengadakan konsolidasi di tempat-tempat yang sudah ditentukan. Ternyata yang mengikuti seruan tersebut hanya 99 orang, sedangkan sejumlah 739 orang membangkang. AM Hendropriyono, prajurit Para Komando dengan kemampuan di bidang Sandi Yudha pada 1969-1972 di belantara Kalimantan Barat-Sarawak, mengungkapkan: