Basis data kimia

Struktur kimia secara tradisional diwakili dengan menggunakan garis yang menunjukkan ikatan kimia antara atom dan digambar di atas kertas (rumus struktur 2D). Meskipun ini merupakan representasi visual ideal untuk kimiawan, metode ini tidak sesuai untuk penggunaan komputasi dan terutama untuk pencarian dan penyimpanan. Molekul kecil (juga disebut ligan dalam aplikasi perancangan obat), biasanya diwakili dengan menggunakan daftar atom dan hubungannya. Molekul besar seperti protein diwakili lebih kompak dengan menggunakan rangkaian blok pembangun asam amino.