Tim nasional sepak bola Wales

Mengawali kualifikasi Piala Dunia 2006 dengan hasil yang mengecewakan, Hughes meninggalkan posisinya di tim nasional untuk mengambil alih posisi pelatih di klub Inggris, Blackburn Rovers. Pada 12 November 2004, John Toshack dpilih menjadi pelatih untuk kedua kalinya.