Khairun Jamil dari Ternate

Tahun 1546 datang seorang misionaris terkenal, Santo Fransiskus Xaverius ke Ternate. Sultan kemudian memberi izin untuk kegiatan misionaris di Maluku dengan syarat kegiatan misionaris hanya ditujukan bagi rakyat Ternate yang masih menganut animisme, apapun tindakan untuk memengaruhi orang islam beralih agama dilarang. Namun belakangan peraturan itu dilanggar. Portugis menggunakan kegiatan misionaris sebagai tameng dalam upayanya merongrong Ternate, sejumlah kerajaan kecil yang telah dikristenkan dihasut untuk menentang Ternate, rakyat kerajaan-kerajaan kecil itu yang muslim dipaksa beralih agama. Tindak-tanduk Portugis ini menimbulkan kemarahan Sultan Khairun yang akhirnya secara terang-terangan mengumumkan perang terhadap Portugis. satu persatu kerajaan-kerajaan kecil yang memberontak ditundukan disamping itu Sultan Khairun juga mengirimkan sejumlah armada lautnya untuk membantu Demak dan Aceh menggempur Portugis di Malaka. Benteng tempat kedudukan Gubernur Portugis di Ternate dikepung, sedang kedudukan Portugis di daerah lain diserang. Sultan Khairun sengaja menahan diri untuk tidak memberangus pusat Portugis Maluku di Ternate dengan harapan mereka akan menyadari kekeliruannya dan memohon damai.