Daftar ekoregion di Indonesia

Berikut ini adalah daftar ekoregion di Indonesia. WWF mendefinisikan ekoregion sebagai "wilayah daratan atau air besar yang mengandung perpaduan alamiah yang khas di daerah tersebut". Ada ekoregion darat, air tawar, dan laut. Ekoregion diklasifikasikan menjadi bioma atau jenis habitat utama.