Penaklukan Surabaya oleh Mataram

Pengepungan kelima dan terakhir berlangsung pada tahun 1625, di mana pasukan Mataram dipimpin oleh Tumenggung Mangun Oneng, dibantu oleh Tumenggung Yuda Prasena dan Tumenggung Ketawangan. Mataram membendung sungai Brantas, membatasi pasokan air ke kota, dan meracuni sisa pasokan air menggunakan bangkai binatang. Pengepungan di darat, dan penaklukan sekutu luar pulau Surabaya, menyebabkan kekurangan makanan dan perlengkapan lain di kota ini. Tercatat, hanya rute laut ke Makassar yang terbuka. Mengingat efek dari pengepungan dan kelaparan di kota, Jayalengkara, Duke of Surabaya, memanggil dewan bangsawan kota. Salah satu faksi, terutama termasuk Adipati Pajang yang diasingkan, mendorong untuk melanjutkan perlawanan, tapi bangsawan lain meyakinkan Jayalengkara untuk menyerah.