Universitas Khairun

Pada tahun 1998 itu, kepemimpinan Rektor Unkhair pun berpindah dari Drs. HM. Jusuf Abdulrahman ke tangan Rektor Drs. H. Rivai Umar, M.Si. tahun 1998 adalah tahun politik yang sangat menentukan di Indonesia karena pasca jatuhnya rezim Soeharto di bulan Mei yang disusul dengan berbagai gejolak politik dan kerusuhan di daerah, membuat Indonesia menjalani masa-masa yang sulit. Dalam konteks Maluku Utara, pada tahun 1998 menggema kembali tuntunan yang sejak tahun 1950-an hadir, yaitu pemekaran Provinsi Maluku Utara. Seiring-sejalan dengan pemekaran itu, Unkhair sebagai PTS pun mau tidak mau harus berubah status menjadi PTN. Maka terjadilah perubahan dan perkembangan yang ―berjalan lambat tapi pasti‖—dalam bahasa Adnan Amal—dari yang sebelumnya di bawah yayasan menjadi di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.