Reformasi Protestan di Swiss

Kendati demikian, banyak masalah Gereja juga terjadi di Konfederasi Swiss. Terdapat banyak klerus, sebagaimana Gereja pada umumnya, secara keseluruhan menikmati gaya hidup mewah yang sangat kontras dengan kondisi sebagian besar penduduk yang tinggal; di mana kemewahan ini dibiayai oleh pajak-pajak gereja yang tinggi dan penjualan indulgensi yang berlimpah.Banyak pendeta berpendidikan buruk, dan doktrin-doktrin spiritual Gereja sering diabaikan. Terdapat banyak imam yang tidak hidup dalam selibat, serta melakukan konkubinat. Gagadan-gagasan reformasi baru, telah jatuh di tanah yang subur.
Pendukung utama Reformasi di Swiss adalah Ulrich Zwingli, yang tindakannya selama peristiwa Affair of the Sausages, dianggap sebagai awal Reformasi di Swiss. Studinya sendiri, dalam tradisi renaisans humanis, membuatnya berkhotbah melawan ketidakadilan dan hierarki Gereja yang telah ada pada tahun 1516; saat dia masih menjadi imam di Einsiedeln. Ketika dipanggil ke Zürich, dia memperluas kritiknya pada topik-topik politik, yang khususnya mengecam bisnis tentara bayaran. Gagasannya diterima dengan baik, terutama oleh pengusaha, pebisnis, dan para "guild". Perselisihan pertama di Zürich yang terjadi pada tahun 1523 merupakan terobosannya, di mana dewan kota memutuskan melaksanakan rencana reformasinya dan beralih pada Protestantisme.
Dalam dua tahun berikutnya, perubahan besar terjadi di Zürich. Gereja benar-benar tersekulerisasikan. Para imam melakukan selibat, dekorasi mewah di gereja-gereja dibuang. Negara menganggap properti administrasi Gereja, membiayai karya sosial (yang hingga saat itu dikelola sepenuhnya oleh Gereja), yang juga dibayar oleh para imam. Katharina von Zimmern, yaitu kepala asrama biarawati terakhir dari Fraumünster menyerahkan biara tersebut; termasuk semua hak biaranya, serta kepemilikannya kepada pemerintah kota pada tanggal 30 November 1524. Dia bahkan menikah pada tahun selanjutnya.
Selama beberapa tahun berikutnya, kota-kota seperti St. Gallen, Schaffhausen, Basel, Bienne, Mulhouse, dan Bern (di tahun 1528) mengikuti semua contoh yang diberikan oleh Zürich. Wilayah subjek mereka diubah menjadi berkeyakinan Protestanisme berdasarkan keputusan. Di Basel, seorang pembaharu Johannes Oecolampadius telah aktif, di St. Gallen, di mana Reformasi tersebut diadopsi oleh walikota Joachim Vadian. Di tiga daerah dengan struktur republikan yang lebih banyak seperti Glarus, Appenzell, dan Grisons, masing-masing komune memutuskan menentang Reformasi. Di wilayah dengan bahasa Perancis, tokoh Reformasi seperti William Farel telah mengkhotbahkan iman baru di bawah perlindungan Bernese sejak tahun 1520-an, tetapi baru pada tahun 1536, tepat sebelum John Calvin tiba di sana, kota Jenewa berubah menjadi pemeluk Protestan. Pada tahun yang sama, Bern menaklukkan Savoyard Vaud dan juga melembagakan Protestantisme di sana.