Keberatan terhadap evolusi

Selain itu, makroevolusi yang telah terjadi dapat dilacak dari peninggalan-peninggalan sejarah. Fosil transisi dapat menghubungkan beberapa organisme dalam kelompok yang berbeda, seperti misalnya "Archaeopteryx" yang menghubungkan unggas dan dinosaurus, ataupun "Tiktaalik" yang menghubungkan ikan dengan amfibi. Para kreasionis mempertentangkan contoh-contoh seperti itu dengan berbagai cara, dari berbersikeras bahwa fosil tersebut palsu ataupun secara ekslusif termasuk pada salah satu kelompok organisme dan bukannya transisi dua kelompok organisme, sampai dengan berbersikeras bahwa diperlukan lebih banyak bukti-bukti fosil transisi yang lebih banyak lagi. Darwin sendiri menemukan kekurangan spesies transisi sebagai salah satu kelemahan terbesar teorinya: "Why is not every geological formation and every stratum full of such intermediate links? Geology assuredly does not reveal any such finely graduated organic chain, and this perhaps is the greatest objection which can be urged against my theory." Namun, jumlah fosil transisi yang berhasil ditemukan telah meningkat secara dramatis sejak saat itu, dan permasalahan pada spesies transisi secara garis besar telah diselesaikan dengan teori "kesetimbangan bersela". Teori ini memprediksikan adanya catatan fosil yang stabil dan kadang-kadang diikuti dengan spesiasi secara besar-besar.