Systematic Chaos

Setelah merekam konser ulang tahun kedua puluh mereka, "Score", pada tanggal 1 April 2006, Dream Theater beristirahat untuk musim panas pertama mereka dalam sepuluh tahun. Band berkumpul kembali di Avatar Studios, New York City, pada bulan September 2006. Mike Portnoy menyatakan bahwa hubungan antara anggota band adalah "yang terbaik yang pernah ada".
Band mempekerjakan Paul Northfield, yang sebelumnya bekerja dengan band-band yang menginspirasi Dream Theater, termasuk Rush dan Queensryche, sebagai engineer album. Seperti album-album sebelumnya, Dream Theater secara bersamaan menulis dan merekam "Systematic Chaos". Mike Portnoy dan John Petrucci sebagai produser album; Portnoy mengatakan bahwa band ini mempekerjakan seorang engineer dan mixer untuk bertindak sebagai "pendengar obyektif", tetapi para anggota pada akhirnya "mengerjakan rekaman mereka sendiri". Sebelumnya, album Dream Theater menampilkan tema secara menyeluruh, seperti "" (1999) sebagai album konsep atau "Train of Thought" (2003) sebagai album dengan suara yang berat, seperti "bola membentur dinding". Meskipun Portnoy memiliki beberapa ide yang terbentuk sebelumnya untuk "Systematic Chaos", dia memutuskan untuk tidak memberitahu anggota band yang lain; membiarkan mereka untuk memulai dengan "ide yang benar-benar terbuka". Namun, Portnoy memang ingin mempertahankan suasana "cutting, agresif, modern" di seluruh lagu, "Ini harus keren," tambahnya.
Album ini berjudul "Systematic Chaos" setelah Portnoy dan Petrucci memilih frase dari lirik lagu yang mereka rasa akan menjadi judul yang pas, cara yang sama dengan album-album sebelumnya seperti "Images and Words" (1992) atau "Awake" (1994). Pasangan ini memilih kata "chaos", yang muncul dalam "The Dark Eternal Night". Petrucci dan Portnoy juga tertarik dengan kalimat "Random thoughts of neat disorder" yang muncul dalam "Constant Motion". Terinspirasi oleh "dualitas" kalimat, lawan dari kata "chaos" yang dibahas, menghasilkan kata "systematic". Portnoy mengatakan bahwa disamping judul album, "Systematic Chaos" juga merupakan "uraian yang sesuai dari band pada umumnya".