Buddha yang tidak sempurna

Sebagai Mandala 3 dimensi, Borobudur tidak merujuk pada mandala Tibetan maupun Jepang. Kedua jenis mandala yang terakhir, menampilkan serombongan makhluk suci (Buddha, Bodhisatwa, Dharmapala), sementara Borobudur hanya menampilkan sekitar enam atau tujuh bentuk patung saja. Terdapat dua kitab yang diasosiasikan dengan stupa Borobudur, yaitu Avatamsaka sutra (terutama bab Gandavyuha) dan sebuah kitab yang tidak jelas (kemungkinan kitab-kitab Mahāvairocana, seperti Mahāvairocanasūtra, Vajraśekhara, Sarvatathāgatatattvasaṃgraha, atau Sarvadurgatipariśodhanatantra).