Maluku

Spanyol kemudian mengambil kontrol atas Ternate dan Tidore. Misionaris dan saah satu dari Orang Suci Katolik, Santo Fransiscus Xaverius (Saint Francis Xavier), tiba di Maluku pada tahun 1546-1547 kepada orang Ambon, Ternate, dan Morotai serta meletakkan dasar untuk misi permanen di sana. Dengan tibanya dia di sana, 10.000 orang telah dibaptis menjadi Katolik, dengan persentase terbanyak di pulau Ambon dan sekitar tahun 1590 terdapat 50.000 bahkan 60.000 orang telah dibaptis, walaupun beberapa daerah sekitarnya tetap menjadi daerah Muslim.