Tikus gua flores

Analisa Musser (1981c) menunjukkan bahwa spesies tidak berhubungan dekat dengan spesies tikus-tikusan endemik Nusa Tenggara lainnya, seperti "Hooijeromys, Komodomys, Papagomys," atau "Paulamys". Ia berhipotesa bahwa "Spelaeomys" adalah bagian dari genera lampau setempat yang hidup di Papua, dan mungkin juga mencakup Australia dan Timor. Pola geraham oklusal dan konfigurasi fragment tengkoraknya (yang dipelajari oleh Musser) adalah bentuk raksasa yang menyerupai spesies-spesies "Pogonomys" dan "Chiruromys" di Papua, meskipun diperlukan data tambahan untuk menggolongkannya dalam kelompok tersebut. Alternatif hipotesanya adalah sebagai anggota dari "Pithecheir" yang tersebar di Paparan Sunda dan Sulawesi. Dua genera, yaitu "Lenothrix" (Sunda) dan "Lenomys" (Sulawesi), juga memiliki pola geraham oklusal yang menyerupai "Spelaeomys".