Konflik Chad-Libya

Kekalahan yang diderita pada bulan Februari dan Maret mempercepat kehancuran GUNT. Pada bulan Maret, selama perundingan yang disponsori oleh Organisasi Kesatuan Afrika di Kongo, Goukouni tidak hadir dan banyak yang mencurigai Libya sebagai dalangnya. Akibatnya, wakil presiden GUNT Kamougué memutuskan untuk membelot. Tindakannya diikuti oleh Angkatan Bersenjata Pertama dan kelompok FROLINAT Originel. Pada bulan August, CDR memutuskan untuk meninggalkan koalisi dan mengambil alih kota Fada. Pada bulan Oktober, Angkatan Bersenjata Rakyat Goukouni berusaha merebut kembali Fada, tetapi garnisun Libya malah menyerang tentara Goukouni, dan pertempuran ini secara efektif mengakhiri riwayat GUNT. Pada bulan yang sama, Goukouni ditangkap oleh Libya, sementara pasukannya memberontak melawan Gaddafi, mengusir orang Libya dari Tibesti, dan pada tanggal 24 Oktober berbalik mendukung Habré.