Molecular beacon

Total RNA yang telah diisolasi akan diamplifikasi dengan metode RT-PCR (Real Time-Polymerase Chain Reaction) menggunakan enzim reverse transcriptase, sehingga didapatkan cDNA. Primer yang digunakan adalah primer forward dan reverse untuk setiap gen yang ingin didapatkan.
Deteksi dari mRNA penanda tumor yang berbeda dapat diketahui secara bersamaan dengan pelabelan fluorophore yang berbeda jenis, pada molecular beacon survivin dilabel dengan fluorophore hijau, dan pada cyclin D1 dilabel dengan fluorophore merah. Pewarna untuk fluorophore hijau adalah FITC, sedangkan pewarna fluorophore merah adalah Texas Red. Quencher yang digunakan adalah dabcyl. Untuk kontrol digunakan molecular beacon untuk mendeteksi ekspresi gen GAPDH. Pada sel kelenjar susu yang normal, sinyal fluoresensi untuk kedua gen tersebut sangat rendah, sehingga probe untuk kedua gen ini dapat menjadi indikator dari keberadaan sel kanker payudara. Hasil dari ekspresi sinyal fluoresensi berkorelasi dengan ekspresi gen survivin dan cyclin D1.