FlyLal

Maskapai tersebut didirikan ulang dan diganti namanya menjadi Lietuvos avialinijos tanggal 20 September 1991, setelah kemerdekaan Lithuania dari USSR. Dibentuk pada basis armada Aeroflot di Vilnius. Selama periode dari tahun 1991 hingga 1993, maskapai ini membuat rute baru dari negara bekas Uni Soviet menuju Eropa Barat. Sementara itu, pesawat buatan Rusia diganti dengan pesawat Barat. Tahun 1991, Boeing 737-200 dimasukkan dalam armada Lithuanian Airlines, pertama kali sejak pendudukan USSR. Hingga 2005, 100% sahamnya dikontrol oleh pemerintah Lithuania.