Babak kedua kualifikasi Liga Eropa UEFA 2012–13

Dalam pengundian setiap babak, klub peserta disusun berdasarkan koefisien klub UEFA tahun 2012, kemudian dibagi menjadi dua yaitu klub unggulan dan non-unggulan. Setiap klub unggulan akan bertanding melawan non-unggulan, dimana penentuan kandang-tandang dilakukan secara acak. Untuk mempersingkat waktu maka pengundian untuk babak kedua kualifikasi dilakukan sebelum hasil pertandingan babak pertama diketahui.