Hussain Syah dari Johor

Abdul Rahman dilantik menjadi Sultan Johor dengan dukungan dari kubu Bugis yang dipimpin oleh Yang Dipertuan Muda Raja Jafar sebelum Husain sempat kembali dari Pahang. Sebagai balas budi terhadap dukungan tersebut, Raja Jafar dilantik sebagai raja muda dan yang memegang kewenangan administratif Kesultanan. Husain Syah yang sedang berada di Pahang menunggu angin monsoon tiba, dan tidak menyadari pengangkatan saudaranya sebagai Sultan. Raja Jafar telah menulis surat kepada Husain Shah mengabarkan tentang kematian Sultan Mahmud, tetapi surat tersebut merahasiakan kenaikan saudaranya sebagai Sultan. Bendahara Tun Ali membawa surat kepada Lingga, melaporkan penobatan Abdul Rahman selama Husain Syah tinggal di Pahang. Ketika angin muson timur tiba Hussein Shah berlayar dari Pahang ke Lingga, dan disana beliau diterima oleh Sultan Abdul Rahman, yang menawarkan diri hendak mengembalikan tahta berpihak kepada saudaranya. Tetapi akhirnya Abdul Rahman membatalkan niatnya setelah Raja Jafar membuat ancaman terhadap Sultan Abdul Rahman. Karenanya Husain Syah memilih tetap berada di pengasingan di Kepulauan Riau.