Liga Nusantara 2016

Masing-masing Asosiasi Provinsi hanya diberikan satu wakil ke babak nasional. 32 tim yang akan tampil di babak final, terdiri dari 30 tim dari provinsi pemenang kompetisi dan dua tim pemenang dari play-off bawah empat tim.
Nasional putaran berlangsung di beberapa provinsi yang telah ditentukan oleh PT GTS dengan format sebagai berikut: