Yoweri Museveni

Setelah Januari 1986, Museveni melanjutkan peranannya sebagai Panglima Tertinggi NRA. Pemerintahan Kenya di bawah Daniel arap Moi mula-mula curiga terhadap apa yang dituduhkan sebagai dukungan pemerintahan NRM yang baru terhadap kelompok-kelompok pembangkang Kenya. Ketegangan memuncak dalam suatu pertikaian militer tanpa kekerasan di Busia di perbatasan Kenya-Uganda pada akhir 1987. Bila saja perbatasan dengan Kenya ditutup, hal itu akan sangat merusakkan ekonomi Uganda yang tidak memiliki akses ke laut, karena jalur ke Samudra Hindia melalui pelabuhan di Mombasa tergantung pada Kenya.