Gakuen Heaven

Berikut ini adalah tokoh yang selalu ada dalam setiap media Gakuen Heaven. Beberapa tokoh lainnya, seperti Makoto Kida dan Yoshitaka Kawamoto hanya tampil di permainan video versi PlayStation 2.Dalam permainan aslinya, pemain Keita Itō tiba-tiba menerima surat penerimaan dari Akademi Bell Liberty yang terkenal (juga dikenal sebagai BL Gakuen). Tertarik oleh gengsi akademi tersebut, dia memutuskan untuk berkuliah di sana. Namun, saat ia sedang berpindah ke akademi ini, jembatan yang menghubungkan sekolahnya yang lama dengan akademi ini, yang terletak di sebuah pulau buatan yang terpencil, tiba-tiba terangkat sehingga bus tersebut terjatuh. Untungnya, tidak ada yang terluka, namun peristiwa ini menarik perhatian presiden dari dewan siswa Niwa Tetsuya serta ketua departemen akuntansi Saiyonji Kaoru. Setelah menjelaskan secara singkat penyebab kecelakaan tersebut, mereka memandu Keita ke ruang kelasnya di mana dia bertemu dengan teman sekelasnya Endou Kazuki, yang berteman dengan baik dengan Keita dan mengajak Keita berkeliling kampus. Di halaman akademi, Keita bertemu siswa penting lainnya dalam permainan: Naruse Yukihiko, kapten unit kegiatan tenis; Shinomiya Kouji, kapten unit kegiatan panahan; Iwai Takuto, kapten unit kegiatan kesenian; Taki Shunsuke, pesepeda yang andal; Nakajima Hideaki, wakil presiden dewan siswa; Shichijou Omi, pemrogram yang andal; serta guru tampak seperti anak-anak Umino Satoshi. Tujuan dari permainan ini adalah untuk memecahkan misteri sekitar pemindahan mendadak Keita ke BL Academy.