Kebebasan beragama di Indonesia

Setelah beberapa kasus kekerasan yang terjadi di Indonesia, seperti Cikeusik, Temanggung, dan Jawa Timur, Aliansi Jogja untuk Indonesia Damai (Aji Damai) mendeklarasikan ""Yogya Kota Toleran"" bersama tokoh lintas agama DIY pada tanggal 3 Maret 2011. Menurut koordinator pelaksana, Subkhi Ridho, Yogyakarta sebagai kota budaya dan kota pendidikan pantas menjadi teladan toleransi keberagamaan di Indonesia. Namun, berbagai kasus kekerasan dan intoleransi agama menyebabkan Yogyakarta dinilai sebagai Kota Intoleran, misalnya penyerangan umat Katolik di Sleman (2014 dan 2016), penutupan Lembaga Rausyan Fikr (2014) akibat MUI Yogyakarta mengeluarkan fatwa sesat atas permintaan Front Jihad Islam (FJI), pengusiran dan penganiayaan, penyerangan dan penutupan gereja yang sudah atau belum memiliki IMB, penolakan perayaan keagamaan, pembubaran diskusi, pengrusakan situs makam dan kelenteng, dan sebagainya.