Krisis Selat Sunda

Sementara itu, Indonesia dan terutama presidennya yang lama menjabat: Soekarno, dengan keras menentang pembentukan Federasi tersebut. Soekarno menentang baik pelestarian kehadiran Inggris yang 'imperialis' di Asia Tenggara, wilayah di mana ia bercita-cita menjadi kekuatan tertinggi, maupun penggabungan koloni-koloni Borneo ke Federasi baru tersebut, karena tujuannya adalah untuk mengontrol seluruh pulau. Memang, karena kepemilikan atas wilayah Kalimantan, Indonesia sudah menguasai sebagian besar pulau besar. Untuk meningkatkan posisi Indonesia di meja perundingan sebelum Federasi tersebut diciptakan, Soekarno bertekad untuk memulai periode Konfrontasi dengan Malaysia. Awalnya terdiri atas serangan yang sering terjadi oleh 'relawan' Indonesia ke wilayah Malaysia, konflik ini tidak dianggap sebagai perang oleh kedua sisi, dan paling tidak oleh seluruh masyarakat Indonesia. Bahkan, ketika ditanya tentang apa sebenarnya Konfrontasi itu, Menteri Luar Negeri Soebandrio dari Indonesia menjawab, "Konfrontasi tidak mencakup perang, karena dapat dilakukan tanpa perang."