Pertapaan Bunda Pemersatu Gedono

Di kemudian hari dilakukan beberapa perubahan terhadap desain dari Romo Mangun dengan alasan "keamanan dan efisiensi". Lantai rumah-rumah para rubiah yang berupa "rumah panggung" terpaksa diturunkan agar tertutup; para rubiah yang tidur di sana selalu menderita sakit flu karena desain bangunan seperti itu ternyata tidak sesuai dengan keadaan iklim di Gedono. Perubahan yang tidak tampak dari luar yaitu penggunaan tembok untuk melapisi dinding batu dari sisi dalam, alasannya adalah angin yang kencang dan kekhawatiran para tamu akan masuknya serangga ataupun ular dari rongga dinding. Karena beberapa hal, hingga awal tahun 1990 bangunan kapel belum juga dibangun dan Romo Mangun menyatakan ketidaksanggupannya. Para rubiah merancang sendiri kapel mereka, dibantu seorang arsitek dari Eropa bernama Heinz Frick dengan gaya arsitektur Barat yang "lebih memperhatikan interior daripada eksteriornya". Mereka mengadopsi konsep Romo Mangun, namun orang yang mengerti gaya arsitektur Romo Mangun dianggap dapat mengenali perbedaan-perbedaan yang ada, kendati bangunan kapel tersebut tetap berpadu dalam keselarasan dengan bangunan lainnya. Perbedaan utama yaitu penggunaan kuda-kuda dari baja, karena penggunaan kuda-kuda kayu pada bangunan-bangunan sebelumnya mengakibatkan banyak kebocoran saat hujan. Rencana Romo Mangun untuk membuat bangunan kapel dengan atap kayu bersusun tujuh tidak mereka terapkan; para rubiah merasa bahwa mereka hidup dalam "kesederhanaan dan kekosongan", sementara rancangan seperti itu dipandang sangat mewah. Bagaimanapun Abdis Martha sangat menghargai hasil karya Romo Mangun di Pertapaan Gedono, katanya: "Dia sangat menghargai panggilan hidup kami. Juga banyak unsur yang dia buat agar suasananya semadi. Yang penting nilai, dia tahu itu. Dia mau ini sebagai tempat di mana orang bisa mendekatkan diri pada Tuhan. Karena itu penting juga keindahan alamnya." Romo Suitbertus Ari Sunardi OCSO merupakan pelaksana pembangunan kapel pada pembangunan tahap kedua ini.