Abdullahi Yusuf Ahmed

Khususnya Yusuf berbeda pendapat dengan sejumlah jawara perang dan anggota pemerintahan tentang di mana pemerintahannya harus dipusatkan. Presiden dan perdana menteri menentang pemindahan ibu kota ke Mogadishu, sambil menyebutkan alasan-alasan keamanan. Pada 14 Juli 2006, pemerintah sementara yang nyaris tak berdaya menolak mengirimkan juru runding dan berbicara dengan kelompok aliansi Islam yang telah mengambil alih kontrol atas hampir seluruh wilayah selatan Somalia. Pemerintah menuduh aliansi itu melalukan pembunuhan warga sipil dalam pertempuran dan didukung pihak asing.