Peristiwa Tanjung Priok

KP3T terutama terdiri dari tokoh politik dari rezim sebelumnya, termasuk mantan jaksa agung Djoko Sugianto. Laporan yang dihasilkan, yang dirilis pada awal Juni 2000, menemukan bahwa tidak ada pembantaian sistematis dalam insiden tersebut. Ini tidak diterima dengan baik oleh masyarakat umum. Pada tanggal 23 Juni 2000, sekitar 300 anggota Front Pembela Islam (FPI) menyerang markas Komnas HAM saat mengenakan pakaian Islami dan syal hijau. Mereka memecahkan jendela dengan batu dan batang rotan, melebihi jumlah dan banyak pasukan keamanan. FPI marah atas laporan tersebut dan beranggapan telah terjadi praktik kolusi dengan militer, dengan alasan bahwa tindakan tersebut diabaikan oleh militer; dan bersikeras agar Komnas HAM dihapuskan. Sementara itu, Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Yusril Ihza Mahendra menulis bahwa Komnas HAM telah menerapkan standar ganda saat menyelidiki masalah tersebut; dia mengatakan bahwa mereka tampak lebih enggan untuk menyelidiki insiden Tanjung Priok dan lebih memilih menyelidiki krisis Timor Leste tahun 1999. Pemimpin Partai Bulan Bintang Ahmad Sumargono menyebut keputusan tersebut mengecewakan kaum Muslim di mana-mana.