Front Pembebasan Nasional Farabundo Martí

Pada 2004 dan 2005, FMLN mengalami perpecahan lainnya. Lima anggota Dewan Legislatif dari FMLN, bersama dengan sejumlah pendukung mereka, meninggalkan FMLN untuk membentuk sebuah partai politik baru, Front Demokrat Revolusioner (bahasa Spanyol: Frente Democratico Revolucionario). Beberapa dari pemimpin utama perpecahan ini adalah Ileana Rogel dan Francisco Jovel. Orang-orang yang keluar untuk membentuk FDR memilih nama ini karena masih ada hubungannya dengan gerakan revolusioner El Salvador; suatu organisasi dengan nama yang sama dibentuk di bawah pimpinan FMLN pada masa perang saudara untuk mempersatukan partai-partai dan pribadi-pribadi yang melakukan pekerjaan politik yang legal pada masa perang saudara. Berlawanan dengan perpecahan sebelumnya dari FMLN yang secara terbuka menyataka bahwa mereka secara ideologis berada di 'tengah' atau 'kiri-tengah' atau tidak lagi menyatakan dirinya 'revolusioner', orang-orang yang memisahkan diri untuk membentuk FDR mengklaim dirinya masih sebagai bagian dari warisan revolusioner dari FMLN. Dalam pemilu 2006, tak satupun kandidat FDR yang memenangi jabatan, kecuali wali kota bertahan Nejapa, Rene Canjura. Canjura adalah seorang wali kota FMLN popular dari munisipalitas Nejapa untuk tiga periode berturutan, dan karenanya di bawah statuta FMLN, tidak berhak untuk mencalonkan diri untuk periode keempat berikutnya. Karena itu ia meninggalkan FMLN dan berhasil menang pada 2006 sebagai kandidat FDR. Selain dia, tak satupun kandidat FDR yang dalam pemilu 2006.