Sultan Alauddin Johan Syah

Dalam huru hara politik yang tidak menentu tersebut hadirlah tokoh Pocut Muhammad, saudara Alauddin Johan Syah. Pocut Muhammad digambarkan sebagai seorang yang keras kepala. Ia tidak terima atas berlangsungnya dualisme tahta kesultanan di ibu kota, di mana Alauddin Ahmad Syah sebagai sultan di keraton dan Jamalul Alam mengaku pula sebagai sultan tandingan yang berkedudukan di Gampong Jawa. Sultan Alauddin Johan Syah memerintahkan Pocut agar tidak menyerang keturunan Nabi, namun Pocut tetap berkeras berangkat ke Pidie dan ketika kembali ke ibu kota ia membawa pasukan yang besar guna menghadapi Jamalul Alam. Peristiwa kepahlawanan Pocut Muhammad di tuliskan dalam kisah epik Aceh yang berjudul Hikayat Pocut Muhammad.