Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta

Ketika Muallimin membuka jurusan Keagamaan dalam program pendidikan Aliyah pada tahun pendidikan 1996/1997, antara lain untuk mengimbangi program MAN PK (Pendidikan Keagamaan) yang digagas dan dicanangkan oleh Menteri Agama RI waktu itu, Prof. Drs. H. Munawir Sjadzali, M.A., maka Muallimin pun mempertegas orientasi program pendidikannya dengan memberikan peluang sebesar-besarnya kepada para siswanya untuk melanjutkan studi ke berbagai Perguruan Tinggi Agama dan Umum, baik di dalam negeri maupun di luar negeri. Program pendidikan yang dimaksud terbagi dua, yaitu pertama, Madrasah Aliyah Umum (MAU) jurusan IPA dan IPS, serta kedua, Madrasah Aliyah Keagamaan (MAK).