Keretapi Tanah Melayu

Terdapat beberapa jaringan rel kereta api yang tidak dimiliki oleh KTMB. Ini termasuk jalur kereta api milik Petronas dari Kuantan ke Kerteh yang sekarang telah dioperasikan oleh KTMB dan Kereta api Negeri Sabah yang beroperasi dari Tanjung Aru (dekat dengan Kota Kinabalu) ke Tenom di pedalaman Sabah. Kereta api Negeri Sabah dimiliki dan dioperasikan sepenuhnya oleh Jawatan Kereta Api Negeri Sabah. Keretapi Bukit Pulau Pinang di Pulau Pinang juga tidak berada di bawah naungan KTMB.