Parlemen Eropa

Pada 2004, setelah pemilahan umum transnasional terbesar dalam sejarah, walaupun Majelis Eropa memilih Presiden dari kelompok politik terbesar (EPP), Parlemen kembali memberikan tekanan pada Komisi. Selama dengar pendapat Parlemen dari Komisaris yang diusulkan, MEP meningkatkan keraguannya mengenai beberapa calon dengan komite Kebebasan Sipil menolak Rocco Buttiglione dari jabatan Komisaris Keadilan, Kebebasan, dan Keamanan atas pandangannya pada homoseksualitas. Hal ini merupakan pertama kalinya Parlemen memilih menentang Komisaris mendatang dan walaupun Barroso mendesak Buttiglione, Parlemen memaksa Buttiglione untuk dicopot. Sejumlah Komisaris lainnya juga dicopot atau mengundurkan diri sebelum Parlemen mengizinkan Komisi Barroso menjabat.
Seiring dengan perluasan prosedur legislatif biasa, mandat demokratis Parlemen telah memberinya kontrol yang lebih besar atas legislasi terhadap lembaga-lembaga lainnya. Dalam pemungutan suara pedoman Bolkestein pada tahun 2006, Parlemen memberikan suara mayoritas atas 400 amendemen yang mengubah prinsip dasar hukum. "Financial Times" mendeskripsikan hal ini dalam kutipan berikut:
Pada 2007, untuk pertama kalinya, Komisaris Keadilan, Franco Frattini, memasukkan Parlemen dalam pembicaraan mengenai Sistem Informasi Schengen kedua meskipun anggota parlemen hanya perlu berkonsultasi pada bagian-bagian dari kemasan. Setelah percobaan tersebut, Frattini menunjukkan keinginannya memasukkan Parlemen dalam semua masalah keadilan dan kriminal, secara informal mendahului kekuasaan baru yang dapat diperoleh sebagai bagian dari Perjanjian Lisboa. Antara 2007 dan 2009, kelompok kerja khusus untuk reformasi parlementer menerapkan serangkaian perubahan untuk memodernisasi lembaga seperti waktu pidato yang lebih panjang untuk pelapor, meningkatkan kerja sama komite, dan reformasi efisiensi lainnya.