Daftar cagar alam di Indonesia

= Jawa =
= Kepulauan Nusa Tenggara =
= Kepulauan Maluku dan Pulau Papua =
Wilayah Kepulauan Maluku terletak pada posisi 2°30′−9° LS sampai. 124°−135° BT memiliki 18 lokasi cagar alam (13 kawasan berada dalam wilayah provinsi Maluku dan 5 lokasi berada di kawasan provinsi Maluku Utara) dari 237 kawasan yang ditetapkan sebagai cagar alam di seluruh Indoneaia.