Daerah Operasi VI Yogyakarta

Kereta api penumpang yang terlayani Daop VI namun di bawah pengoperasian daop lain adalah:
Lebih dikenal dengan sebutan "Balai Yasa Pengok" (berdasarkan kampung tempat balai yasa itu berada), balai yasa ini menjadi balai yasa terbesar di Indonesia. Balai yasa ini khusus digunakan untuk perbaikan dan perawatan lokomotif diesel elektrik maupun hidrolik. Seluruh lokomotif KAI mengalami perawatan dan pemeliharaan akhir (PA) maupun semiperawatan akhir (SPA) di balai yasa ini. Balai Yasa Yogyakarta sudah mendapat sertifikat ISO 9001:2008 dan bakal bekerja sama dengan General Electric dalam proses perakitan dan pembuatan lokomotif diesel di Asia Tenggara.
Terletak di Jalan Suryonegaran dan berada satu kompleks dengan Stasiun Tugu. Gunanya berturut-turut untuk menyimpan dan merawat lokomotif-lokomotif besar dan rangkaian KA yang terminusnya dari Yogyakarta. Di Dipo lokomotif terdapat pemutar rel ("turntable") di belakangnya.