Ma'had Al-Zaytun

Mantan Kepala Badan Intelijen Negara Hendropriyono membantah jika Ponpes Al-Zaytun disebut sebagai sarang kelompok NII. Ia mengaku sering berkunjung ke pondok pesantren tersebut. Hendopriyono dalam buku Al-Zaytun Sumber Inspirasi Bermasyarakat, Berbangsa dan Bernegara yang ditulis Drs. Ch. Robin Simanullang, menegaskan: ""Al-Zaytun ini mengajarkan toleransi dan perdamaian, mengajarkan Pancasila dan mendidik santrinya supaya menjadi warga negara Republik Indonesia yang baik, sesuai kurikulum Kementerian Pendidikan Nasional dan Kementerian Agama Republik Indonesia. Itu kebenarannya. Tapi oleh orang-orang lain masih dituding NII (Negara Islam Indonesia). Bagaimana mungkin NII mengajarkan Pancasila? Bukankah NII menentang dan mengkafirkan Pancasila dan NKRI?" Pembuktian bahwa Ponpes tersebut bukan sarang NII dapat dilihat dari beberapa hal. Salah satunya adalah hasil dari penelitian tim Kementerian Agama, yang menyatakan bahwa ajaran dalam Ponpes tersebut tidak ada yang menyalahi ajaran Islam.