Kota Kinabalu

Kota Kinabalu memiliki dua pelabuhan yaitu: Pelabuhan Kota Kinabalu dan Pelabuhan Kontainer Teluk Sepanggar (SBCP). Pelabuhan Kota Kinabalu berfungsi sebagai pelabuhan kargo, sementara SBCP beroperasi sebagai basis Angkatan Laut untuk Angkatan Laut Malaysia, depot minyak dan juga semua kargo kontainer. Pada tahun 2004, Pelabuhan Kota Kinabalu mengelola sekitar 3,6 juta ton kargo, ketiga tertinggi di negeri ini setelah Pelabuhan Sandakan dan Pelabuhan Tawau. Ia bagaimanapun mengendalikan jumlah yang paling utama sebagai pelabuhan kontainer di negeri ini, dengan 153,793 kontainer dioperasikan pada tahun 2006. Semua pelabuhan di Sabah dikelola dan dioperasikan oleh Sabah Ports Sdn Bhd.