Elizabeth I dari Inggris

Kejadian-kejadian ini membuat Mary dikalahkan dan dipenjara di Istana Loch Leven. Bangsawan-bangsawan Skotlandia memaksanya untuk mengundurkan diri dan membiarkan putranya James (yang lahir pada Juni 1566) naik takhta. James dibawa ke Istana Stirling untuk dibesarkan sebagai seorang Protestan. Mary melarikan diri dari Loch Leven pada tahun 1568, namun ia dikalahkan lagi sehingga melarikan diri ke Inggris karena Elizabeth pernah menjanjikan dukungannya. Insting Elizabeth mengarahkannya untuk mengembalikan Mary ke takhta; namun, ia dan penasihatnya malah memilih bermain aman. Daripada berisiko mengembalikan Mary ke Skotlandia dengan tentara Inggris atau mengirimnya ke Perancis dan musuh-musuh Inggris yang beragama Katolik, mereka menahannya di Inggris dan memenjarakannya selama sembilan belas tahun berikutnya.