Shinto negara

Negara menanggapinya dengan mendirikan Departemen Keilahian ("jingikan") pada 1869. Birokrasi pemerintahan tersebut mendorong pemisahan roh-roh Kami dari unsur-unsur Buddha, dan mencantumkan garis ilahi Kaisar dari Dewi Matahari, Amaterasu. Tindakan tersebut mendorong balasan terhadap apa yang telah menjadi perpaduan praktek-praktek Buddha dan Shinto di Jepang. Departemen tersebut mengalami kegagalan, dan diturunkan menjadi Kementerian. Pada 1872, kebijakan untuk kuil-kuil dan agama lain diambil alih oleh Kementerian Pendidikan. Kementerian tersebut berniat untuk menstandarisasi ritual-ritual di seluruh kuil, dan mengalami sedikit kesuksesan, namun berbanding jauh dari tujuan aslinya.