Persejajaran sekuen jamak

Jika metode-metode sebelumnya menjelaskan persejajaran secara global. Ketika analisis secara global banyak ditemukan kesenjangan, dan telah dapat disubstitusi, sehingga persejajaran dari area tersebut menjadi sebuah sekuen baru yang dapat ditentukan. Area baru tanpa kesenjangan disebut blok, dan blok ini dapat dipakai dalam persejajaran sekuen.
Teknik persejajaran secara lokal dapat dilakukan dengan analisis profil, analisis blok, ekstraksi blok dari persejajaran secara global dan lokal, pencarian pola (pattern), blok yang diproduksi oleh server BLOCKS dari sekuen yang belum disejajarkan, metode emotif dari analisis motif.
Hal yang pertama kali dilakukan adalah menganalisis secara global, lalu pada bagian yang sangat mirip ("highly conserved") dari semua sekuen yang dianalisis dihapus, sehingga terbentuk sekuen yang lebih pendek. Kelemahannya adalah hanya merepresentasikan variasi dari famili sekuen. Jika beberapa sekuen memiliki elemen yang mirip maka akan menjadi bias.