Theys Hiyo Eluay

Konon ada beberapa faksi dalam Tentara Nasional Indonesia yang kurang suka akan adanya PDP ini sebab mereka takut bahwa hal ini akan menuju lepasnya Papua dari pangkuan NKRI. Lalu di bawah pemerintahan Megawati Sukarnoputri otonomi khusus ini harus dicabut kembali dan ada tuduhan bahwa PDP dihalang-halangi oleh oknum-oknum militer.