Kasus Mortara

Pada perang pecah melawan pasukan Austria, garisun di Bologna hengkang pada pagi 12 Juni 1859. Pada hari yang sama, bendera-bendera kepausan yang dikibarkan di lapangan-lapangan diganti dengan bendera hijau, putih dan merah Italia, legasi kardinal meninggalkan kota tersebut, dan sebuah kelompok yang menyebut dirinya sendiri sebagai pemerintahan provinsional Bologna memproklamasikan keputusannya untuk bergabung dengan Kerajaan Sardinia. Bologna dimasukkan menjadi bagian dari provinsi Romagna. Uskup Agung Michele Viale-Prelà berupaya agar masyarakat tidak bersepakat dengan otoritas sipil yang baru, namun hanya meraih sedikit kesuksesan. Salah satu aturan resmi pertama dari pemerintahan baru adalah memperkenalkan kebebasan beragama dan membuat semua warga negara setara di hadapan hukum. Pada November 1859, gubernur Luigi Carlo Farini mengeluarkan sebuah proklamasi yang meniadakan inkuisisi.