Kebebasan beragama di Indonesia

Berdasarkan dokumentasi Aliansi Nasional Bhinneka Tunggal Ika (ANBTI) di Universitas Gadjah Mada (2016), Kabupaten Gunungkidul merupakan wilayah yang tingkat intoleransinya paling tinggi. Menurut Najib Azca (2014), sosiolog dan peneliti Pusat Studi Keamanan dan Perdamaian (PSKP) UGM, pada tahun 2000an banyak eksmujahid Poso dan Ambon membangun komunitas di Yogyakarta. Ia menyatakan bahwa, "Mereka dulu giat menyerang minoritas dalam Islam, seperti Syiah dan Ahmadiyah, tapi sekarang sudah menyasar nonmuslim." Pada Desember 2016, Universitas Kristen Duta Wacana (UKDW) untuk menurunkan baliho mereka yang menampilkan mahasiswi berjilbab atas desakan Forum Umat Islam (FUI). Sementara itu, Rektor Universitas Sanata Dharma menyatakan akan menolak tuntutan FUI untuk menurunkan baliho mereka yang juga menampilkan mahasiswi berjilbab, karena selain tidak ingin kewenangan universitas Katolik tersebut diatur oleh ormas tertentu, penampilan mahasiswi berjilbab merupakan bentuk penghargaan terhadap semua mahasiswa muslim yang berkuliah di kampus tersebut.