Kebebasan beragama di Indonesia

Penerapan UU PPA ini menyebabkan terjadinya diskriminasi terhadap penganut agama asli Nusantara yang tidak termasuk ke dalam enam agama resmi. Penganut agama asli kerap memperoleh perlakuan diskriminatif secara sosial dan hukum, dan sulit dalam mengurus akta seperti KTP dan akta pernikahan. Siti Musdah Mulia dalam Lokakarya Nasional Komnas HAM (2008) menegaskan bahwa UU ini jelas menguntungkan mazhab mayoritas dalam agama-agama resmi untuk mengontrol munculnya mazhab-mazhab lain dalam agama mereka. Aliran mayoritas dilegalkan dalam organisasi-organisasi seperti MUI, Walubi, PGI, KWI, dan PHDI serta diberi wewenang dalam kegiatan dan tafsir keagamaan dalam masyarakat, apakah "menyimpang" atau tidak. Beberapa aliran yang dianggap menyimpang dan dikenai UU ini adalah Lia Eden dengan kelompoknya yang disebut Salamullah (selanjutnya menjadi Kaum Eden) dan aliran Ahmadiyah yang ditetapkan sebagai aliran sesat oleh fatwa MUI. Contoh kasus lain adalah pemuka agama Syiah bernama Tajul Muluk yang dituduh melakukan penistaan agama pada tahun 2012 dan mengalami penganiayaan serta penahanan, dan kasus penodaan agama yang dilakukan oleh Alexander Aan pada tahun 2012 melalui Facebook. Meskipun tindakannya cukup jelas menodai agama Islam, beberapa organisasi dalam dan luar negeri menilai tuntutan hukum terhadap Alexander Aan terlalu berlebihan dan memasung kebebasan berekspresi individu. Di lain pihak, Forum Umat Islam menyatakan bahwa Alexander seharusnya dihukum mati. Mazhab-mazhab yang dianggap menyimpang atau sesat dalam agama lain misalnya adalah aliran Maitreya dalam agama Buddha dan Saksi-Saksi Yehuwa dalam agama Kristen.