Pemindahan ibukota Republik Indonesia

Istana Kepresidenan yang berlokasi di Gedung Agung yang ditinggalkan Jepang tidak memiliki perabotan dan peralatan rumah tangga yang memadai, maka Kraton Yogyakarta dan Puro Pakualaman menyediakan berbagai perabotan dan peralatan secara lengkap, agar kegiatan pemerintahan bisa berjalan semestinya. Selain itu, pihak Kraton Yogyakarta dan Pura Pakualaman juga memberikan tempat penginapan kepada segenap jajaran pejabat tinggi dari Jakarta yang ikut hijrah ke Yogyakarta. Mereka ada yang tinggal di lingkungan Kraton Yogyakarta dan Puro Pakualaman, selain di rumah-rumah penduduk. Hal ini juga diikuti rakyat Yogyakarta dengan menyumbangkan tenaga, makanan dan harta benda.
Dan selanjutnya roda pemerintahan RI pun kembali normal hingga datangnya serbuan pasukan Belanda pada Agresi Militer II 19 Desember 1948, dimana seluruh pemimpin Republik ditangkap Belanda dan diasingkan ke berbagai tempat. Sehingga pemerintah Republik terpaksa membentuk Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI) dipimpin Mr. Sjafroedin Prawiranegara di Sumatera Barat. Ibukota RI baru kembali ke Yogyakarta pada 6 Juli 1949 dan kemudian ke Jakarta pada 17 Agustus 1950 setelah Republik Indonesia Serikat (RIS) membubarkan diri dan kembali ke bentuk Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI).