SMP Ali Maksum

Kehadiran SMP Ali Maksum ini—kemudian berdiri pula SMA Ali Maksum—yang berafiliasi kepada Kementerian Pendidikan Nasional, sedikit "menyimpang" dari kebiasaan di Pondok Pesantren Krapyak, di mana nama Ali Maksum telah dikenal luas sebagai nama Madrasah Tsanawiyah Ali Maksum dan Madrasah Aliyah Ali Maksum. Kendati demikian, siswa-siswi SMP Ali Maksum diwajibkan nyatri dan tinggal di asrama layaknya siswa-siswi Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Ali Maksum.