Kejuaraan Remaja U-16 AFF 2016

Undian yang didasari dengan aturan unggulan pada ajang sepak bola ini berpatokan pada Kejuaraan Remaja U-16 AFF 2015 (ada pada tanda kurung bulat di bawah ini). Kedua belas regu negara yang bersangkutan ini masing-masing ditempatkan dengan cara diundi berdasarkan enam macam unggulan undian: