Port Authority of New York and New Jersey

Meski Port Authority mengelola sebagian besar infrastruktur transportasi di wilayah ini, kebanyakan jembatan, terowongan, dan fasilitas transportasi lainnya tidak diikutsertakan. New York City Department of Transportation bertanggungjawab atas pengoperasian Staten Island Ferry dan sebagian besar jembatan di kota ini. Triborough Bridge and Tunnel Authority bertugas mengoperasikan jembatan dan terowongan di kawasan ini. New York City Transit Authority mengoperasikan bus dan kereta bawah tanah, Metro North dan Long Island Rail Road, serta bus, kereta komuter, dan kereta ringan yang dioperasikan New Jersey Transit juga terlepas dari PANYNJ.