Seminari Petrus Kanisius Mertoyudan

Dalam Perang Dunia II, pada 8 Maret 1942 tentara Belanda yang menduduki Indonesia menyerah kepada tentara Jepang. Gedung Seminari Mertoyudan diduduki Jepang dan digunakan untuk sekolah Pertanian Nogako. Sistem pendidikan kolonial barat dilarang oleh pemerintah pendudukan Jepang. Maka pada tanggal 5 April 1942 para seminaris terpaksa pulang ke rumah masing-masing. Meski demikian, pendidikan calon imam tetap dilangsungkan tersebar di berbagai pastoran, di antaranya di Boro, Yogyakarta, Ganjuran, Muntilan, Girisonta, Ungaran, Semarang dan Solo. Pelajaran diberikan secara sembunyi-sembunyi. Selama masa sulit ini, seminari lazim disebut Seminari "dalam diaspora". Situasi ini berlangsung hingga Republik Indonesia merdeka pada tahun 1945.