Twelve-step Suite

"The Glass Prison" berisi tiga bagian seri ("Reflection", "Restoration" dan "Revelation"). Ini adalah lagu pertama pada album "Six Degrees of Inner Turbulence" dan merupakan lagu terpanjang dari "Twelve-step Suite". Akhir pekan sebelum masuk studio untuk mulai mengerjakan "Six Degrees of Inner Turbulence", John Petrucci dan Portnoy menonton konser Pantera di "Hammerstein Ballroom", New York City. Hal ini memberikan pengaruh yang besar pada band ketika mereka mulai menulis. Portnoy menjelaskan lagu ini sebagai musik "perpaduan antara Pantera dan Megadeth, energi yang mengalir tanpa henti".