Sistem imun

Flora komensal dalam saluran pencernaan dan saluran urogenital merupakan penghalang biologi yang bersaing dengan patogen untuk makanan dan tempat. Selain itu, flora komensal kadang mengubah kondisi lingkungan mereka seperti pH atau ketersediaan zat besi. Hal ini menyebabkan adanya hubungan simbiosis antara flora komensal dan sistem imun, hingga mengurangi jumlah patogen dan kemungkinan munculnya penyakit. Namun, karena kebanyakan antibiotik menyasar bakteri dan tidak menyerang fungi, antibiotik oral dapat menyebabkan "pertumbuhan berlebih" dari fungi dan dapat menyebabkan kondisi seperti kandiasis vagina (infeksi jamur pada vagina). Terdapat bukti kuat bahwa pemasukan kembali flora probiotik, seperti kultur murni lactobacillus (umum ditemukan pada yogurt yang belum dipasteurisasi), membantu mengembalikan keseimbangan kesehatan populasi mikrobial pada infeksi usus anak-anak, serta gastroenteritis bakterial, radang usus, infeksi saluran kemih dan infeksi setelah operasi (tetapi masih penelitian awal).