Universitas Khairun

Pada tahun 1991 Unkhair menambah dua Program Studi Jurusan MIPA sesuai SK Mendikbud No. 0382/0/1991 Tanggal 27 Juni 1991, dibuka Program Studi Pendidikan Biologi (jenjang S1) dan Program Studi Pendidikan Fisika (jenjang S1). Pun demikian pada tahun 1992 terjadi perubahan Program Pendidikan dari DIII ke S1 untuk Program Studi Pendidikan Matematika dan Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris sesuai SK Mendikbud Nomor 0174/0/1992 tanggal 28 Maret 1992. Pada Tahun 1992 Fakultas Ekonomi menambah satu jurusan lagi (Jurusan Manajemen Perusahaan) sesuai SK Dirjen DIKTI Nomor. 399/Dikti/Kep/1992 tanggal 19 Agustus 1992. Pada Tahun 1992 dibuka kembali Fakultas Pertanian [yang pernah ditutup] dengan Jurusan Budidaya Pertanian dan Manajemen Sumber Daya Perikanan sesuai SK Dirjen Dikti Nomor 417/Dikti /Kep/1992 tanggal 26 Agustus 1992. Dan Sesuai dengan surat keputusan Dirjen Dikti Nomor 51/Dikti/Kep/1993 tanggal 29 Janwari 1993, menetapkan kembali status terdaftar untuk Fakultas Hukum Program Studi Hukum Keperdataan dan Program Studi Hukum Kepidanaan; Fakultas Ekonomi Program Studi Ilmu Ekonomi dan Studi pembangunan; Fakultas ilmu Pendidikan Jurusan Ilmu Pendidikan Sosial Program Studi PMP-KN Jurusan Pendidikan Bahasa dan Seni Program Studi Bahasa dan Sastra Indonesia. Dengan penambahan jurusan dalam perbaikan status terdaftar dan perbaikan birokrasi, akademik, manajemen keuangan, dan penambahan jumlah mahasiswa, akhirnya pada tahun 1995-1996 Unkhair telah memiliki 60 dosen yayasan serta 25 dosen Kopertis dan 15 dosen luar biasa serta 2450 mahasiswa di seluruh fakultas. Di masa Rektor Jusuf Abdulrahman ini, perkembangan Unkhair semakin baik dengan manajemen keuangan semakin jelas karena mendapatkan bantuan (tetap dan tidak tetap), terutama dari Pemerintah Daerah Maluku Utara melalui APBD, sumber-sumber pendapatan yang dikelola Yayasan, bantuan-bantuan sah dan tidak mengikat, dan dari masyarakat (SPP mahasiswa, biaya Seleksi Masuk Perguruan Tinggi, dan penerimaan-penerimaan lainnya). Fase ini merupakan fase peningkatan pesat dari yang sebelumnya pernah vakum. Hal ini, seperti yang diungkapkan Dr. Saiful Bahri Ruray, tidak lepas dari ―tangan dingin‖ Rektor Jusuf Abdulrahman yang dengan tanggungjawab dan idealisme tinggi mempertahankan, bahkan memajukan Unkhair hingga di titik paling maju waktu masih berstatus Perguruan Tinggi Swasta (PTS).