Philipp Franz von Siebold

Pada 10 Juli 1845, Siebold menikah dengan wanita bangsawan Jerman, Helene von Gagerne, dan dikaruniai 3 orang putra dan 2 orang putri. Sejumlah negara kemudian mengangkat Siebold sebagai penasihat masalah kebudayaan dan sosial Jepang. Sementara itu, Jepang sudah meninggalkan politik isolasi (1854), dan menandatangani perjanjian dagang dengan Belanda (1858). Setelah pelarangan atas dirinya masuk ke Jepang dibatalkan, Siebold tiba kembali di Jepang sebagai "diplomat" pada 4 Agustus 1859 bersama putra sulungnya, Alexander yang berusia 12 tahun. Periode kedua Siebold di Jepang diwarnai situasi politik dalam negeri Jepang yang bergolak, dan gerakan anti orang asing. Pemerintah Belanda menolak "pendekatan budaya dan sains" yang diusulkan Siebold. Bulan April 1862, Siebold diperintahkan pulang ke Batavia, dan tiba kembali di Bonn, Jerman pada 10 Januari 1863.