Falintil

Sepanjang tahun 1990-an pasukan pendudukan Indonesia meningkatkan tindakan mereka terhadap perlawanan dan faksi masalah antara FRETILIN dan organisasi perlawanan lainnya melanda CNRM, dengan anggota FRETILIN menandatangani dokumen terhadap kepemimpinan Santana. Sabalae, pemimpin Front Klandestin, menghilang pada bulan Juni 1995. Gusmão tetap pemimpin tertinggi CNRM dan Panglima FALINTIL meskipun dipenjara di sebuah penjara Indonesia. Pada tanggal 31 Mei 1997, gerilyawan Timor Timur menewaskan 16 polisi dan tentara 1 dalam penyergapan di dekat Abafala Village Pada tahun 1998 Santana meninggal karena kecelakaan dan komandan FALINTIL, Ruak, terpilih sebagai pemimpin "Perjuangan", sementara juga yang tersisa komandan operasional FALINTIL . Pada bulan April 1998 selama Konvensi Nasional Timor Timur Hidup di Luar Negeri, yang diadakan di Portugal, yang "Conselho Nacional da Resistência Timorense" (CNRT), Dewan Nasional Perlawanan Timor, dibentuk, menggantikan CNRM dan memperkuat usaha-usaha sebelumnya untuk menyatukan semua faksi perjuangan perlawanan terhadap Indonesia.