Athrun Zala

Athrun dan Kira pun bertemu lagi dan bertarung untuk membalaskan dendam Nicol Amalfi yang telah dibunuh oleh Kira. Karena merasa terancam akan serbuan dari FX-550 Skygrasper milik Tolle Koenig, Athrun pun melempar shield Aegis miliknya ke arah pesawat tempur tersebut. Kedua-duanya pun pada akhirnya mengaktifkan mode SEED mereka masing-masing, dengan Athrun yang lebih dulu mengaktifkannya. Dengan mode SEED yang aktif, mereka bertarung dengan sangat brutal. Pertarungan antara Athrun dan Kira, terlihat seri, meski hingga Aegis mengalami Phase Shift down, sebelum sempat menembakkan beam utamanya. Akhirnya, dengan Aegis yang telah mengunci Strike, Athrun mengaktifkan mode "self-destruct" Aegis untuk membunuh Kira, sementara dirinya keluar dengan menggunakan "emergency eject". Kira pun dipercaya telah terbunuh di dalam ledakan tersebut, tetapi dibawa oleh Malchio ke keluarga Clyne, dan diobati secara medis. Dalam versi anime-nya, Kira tiba-tiba saja berada di PLANT, tanpa penjelasan yang jelas bagaimana dirinya bisa sampai ke sana.