Kebebasan beragama di Indonesia

Kasus pengrusakan tempat ibadah yang terkait dengan Perber Menag-Mendagri 2006 antara lain adalah pengrusakan sebuah rumah yang digunakan sebagai tempat ibadah Kristen Pantekosta di Ngaglik, Sleman oleh Front Jihad Islam pada tanggal 2 Juni 2014, setelah sebelumnya disegel pada tahun 2012 karena izin IMBnya ditolak oleh masyarakat pada tahu 2010. Pembakaran juga dialami Sanggar Sapta Darma di Rembang (11 November 2015) oleh sekelompok orang yang mengatasnamakan Forum Umat Islam (FUI) Desa Plawangan yang disayangkan Lembaga Studi Sosial dan Agama (eLSA) Semarang karena pembangunan sanggar aliran kepercayaan diatur dalam peraturan bersama Mendagri dan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor: 43/41 Tahun 2009 tentang Pedoman Pelayanan Kepada Penghayat Kepercayaan Terhadap Tuhan Yang Maha Esa.