Prison Break

musim ketiga bercerita tentang Michael di Sona dan Lincoln yang ada di luar, yaitu di Panama. Sona adalah penjara yang dikuasai oleh narapidana dan dijaga hanya dari luar sejak kerusuhan yang terjadi setahun sebelumnya. Lincoln segera dikontak oleh Susan alias Gretchen Morgan (agen Company yang bertanggung jawab atas kegiatan di Panama) yang menculik anaknya LJ (Marshall Allman) dan Sara Tancredi (Sarah Wayne Callies), wanita yang dicintai Michael. Gretchen mengatakan pada Lincoln bahwa Company menginginkan Scofield membebaskan James Whistler (Chris Vance) dari Sona. Episode selanjutnya mengisahkan tentang bagaimana Michael dan Whistler mencoba membuat rencana pelarian di bawah tekanan penjara yang sangat berbeda dari Fox River. sementara itu Lincoln juga berusaha membuat kesepakatan dengan Gretchen Morgan (Jodi Lyn O'Keefe). Sucre mendapatkan pekerjaan di Sona untuk membantu Michael dalam menjalankan rencana pelariannya. Ketika Lincoln berusaha membebaskan Sara dan LJ, Gretchen mengirimkan potongan kepala Sara sebagai peringatan. Di akhir musim, Michael dan Whistler berhasil keluar bersama Mahone, dan narapidana lain McGrady. Lechero tertinggal, juga T-Bag dan Bellick. Identitas Sucre terungkap oleh salah satu penjaga penjara dan ia dipenjara di Sona sesaat setelah pelarian Michael. LJ dan Sofia (yang ditangkap sebagai jaminan) ditukar untuk Whistler, dan Michael hendak membalas dendam atas kematian Sara .