Stasiun Bojonegoro

Sejak 1 Agustus 2016, terkait adanya perubahan koordinasi kewilayahan stasiun-stasiun KA milik PT KAI, stasiun ini bersama dengan Stasiun Kalitidu dan Stasiun Tobo yang sebelumnya termasuk dalam Daerah Operasi IV Semarang kini termasuk dalam Daerah Operasi VIII Surabaya, demi efektivitas dan memudahkan koordinasi. Selain itu, jarak Stasiun Bojonegoro lebih cenderung lebih dekat dengan pusat Daop VIII daripada Daop IV.