IAIN Ambon

Pendirian tersebut didasari atas Peraturan Pemerintah Nomor 33 Tahun 1985 dan Keputusan Presiden Nomor 9 tahun 1987. Dan ditindaklanjuti Keputusan Menteri Agama Nomor 18 tahun 1988, maka pada tanggal 29 Agustus 1988 IAIN Ambon yang pada waktu itu bernama IAIN Alauddin di Ambon secara resmi sebagai Perguruan Tinggi Negeri (PTN) di bawah Departemen Agama yang ada di Ambon.