Perang Tiga Puluh Tahun

Rudolf II (memerintah 1557-1612), raja Bohemia dan kaisar Romawi Suci (yang menggantikan ayahnya Maximilian II), ingin meluncurkan sebuah perang agama melawan Protestan. Dia menutup gereja-gereja Lutheran pada tahun 1578, mengingkari janji sebelumnya kepada bangsawan Bohemia bahwa dia akan menoleransi agama, yang dianut sebagian besar penduduk yang telah berpindah agama. Selain itu, sepupu Rudolf II; Adipati Agung Ferdinand II (memerintah 1578-1637) menarik toleransi agama yang diberikan Maximilian II di Austria Hilir. Pasukan kekaisaran Rudolf II, yang telah memerangi orang-orang Turki sejak tahun 1593, telah menganeksasi Transilvania. Kaisar bergerak melawan Protestan di sana dan di Hongaria. Namun pada tahun 1605, ketika tentara Rudolf II melakukan kampanye melawan orang-orang Turki di Balkan, orang-orang Protestan memberontak di kedua tempat tersebut. Sebuah tentara Protestan menginvasi Moravia, yang terletak di sebelah timur Bohemia dan utara Austria, dekat dengan ibukota Habsburg di Wina. Sementara itu, Kaisar Rudolf II, mengalami depresi dan kemudian merasa tidak waras, dan hidup sebagai pertapa di kastilnya di Praha. Keluarganya meyakinkan saudaranya Matthias (memerintah 1557-1619) untuk bertindak atas nama Rudolf II dengan berdamai dengan penduduk Protestan Hongaria dan Transilvania, serta orang-orang Turki. Traktat Wina (1606) menjamin kebebasan beragama di Hongaria. Matthias kemudian dikenal sebagai kepala ahli waris atau penerus Dinasti Habsburg dan Rudolf II.