Suaka Margasatwa Muara Angke

SMMA juga dihuni oleh beberapa jenis burung endemik, yang hanya ada di Pulau Jawa. Misalnya cerek Jawa ("Charadrius javanicus") dan bubut Jawa ("Centropus nigrorufus"). Bubut Jawa diketahui sebagai salah satu spesies terancam punah di dunia, dengan penyebaran terbatas di beberapa tempat saja termasuk di SMMA. Burung terancam punah lainnya yang menghuni kawasan ini ialah bangau bluwok ("Mycteria cinerea"). Di Pulau Jawa, bangau jenis ini diketahui hanya berbiak di Pulau Rambut yang terletak tidak jauh dari Muara Angke.
Di samping jenis-jenis burung, di SMMA juga masih dijumpai kelompok-kelompok liar monyet kra atau juga biasa disebut monyet ekor panjang ("Macaca fascicularis"). Mereka hidup berkelompok hingga belasan ekor yang terdiri dari beberapa jantan dan betina. Makanan utamanya ialah dedaunan muda dan buah-buahan hutan bakau seperti buah pidada ("Sonneratia caseolaris"). Monyet ekor panjang memiliki peranan yang penting di dalam Suaka Margasatwa Muara Angke, karena membantu penyebaran biji-bijian tumbuhan hutan. Biji-biji yang tak dapat dicerna itu akan dikeluarkan kembali bersama dengan fesesnya.