Kebebasan beragama di Indonesia

Semenjak periode Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (2004), Setara Institute melaporkan peningkatan kekerasan terhadap agama dan mazhab minoritas, antara lain penyerangan terhadap lebih dari 430 gereja dan penyegelan puluhan masjid Ahmadiyah. Sesuai laporan ke Komnas HAM serta pemantauan berbagai lembaga seperti Wahid Institute, Setara Institute, dan Moderate Muslim Society, pelanggaran hak kebebasan beragam mengalami peningkatan selama periode tahun 2007-2012. Komnas HAM menilai Indonesia sedang menghadapi "keadaan darurat HAM" pada akhir tahun 2013. Masyarakat mulai apatis untuk melaporkan tindakan kekerasan dan intoleransi karena kasus-kasus yang ditangani tidak ada yang ditangani secara tuntas oleh lembaga-lembaga pemerintah terkait demi "kerukunan umat beragama", misalnya kasus Sampang tahun 2012. Pada tanggal 26 Desember 2012, warga Syiah di Dusun Nangkernang, Desa Karanggayam, Kecamatan Omben, Sampang mengalami penyerangan oleh 200 orang dari mazhab Sunni sehingga terjadi korban tewas 2 orang dan puluhan rumah dibakar. Pemerintah melalui Menag Suryadharma Ali menyatakan bahwa kasus Sampang merupakan murni permasalahan keluarga yang berlarut-larut.
Masalah ketimpangan hukum misalnya terjadi pada puluhan gereja yang memenuhi syarat hukum pembangunan rumah ibadah tetapi akhirnya dicabut izinnya setelah ditekan kelompok militan Islamis, sekalipun bertentangan dengan keputusan Mahkamah Agung yang memberikan izin. Tindakan intoleransi tersebut dilaporkan dan menjadi topik dalam sidang PBB di Jenewa (Mei 2012), tetapi pelaporan tersebut disayangkan oleh beberapa pihak. KH Hasyim Muzadi menyebutkan bahwa Indonesia merupakan negara muslim yang paling toleran di dunia saat ini; selain menyebutkan bahwa Swiss melarang pembangunan menara masjid, Perancis mempermasalahkan jilbab, dan negara-negara lain yang tidak menghormati agama karena melegalkan pernikahan sejenis. Suara Islam (30-5-2012) melalui artikel berjudul "LSM Liberal Jualan Isu Intoleransi ke PBB" juga menyatakan bahwa isu intoleransi di Indonesia adalah tidak benar; bahwa selain Indonesia mengakui hari raya keenam agama, juga disebutkan bahwa di wilayah umat muslim menjadi minoritas "pendirian masjid juga dipersulit". Bahkan, Harits Abu Ulya di Kantor MUI Jakarta (7 Juni 2012) menduga adanya persekongkolan antara pihak gereja dan jaringan liberal berbentuk LSM sehingga Dewan HAM PBB menuding umat Islam Indonesia intoleran. Sementara itu, Ust. Zainal Abidin Al-Floresi menggugat tudingan bahwa umat Islam di Indonesia intoleran dengan membandingkan terhadap kondisi umat muslim minoritas di negara-negara lain serta adanya stigma negatif terhadap syariat Islam serta kelompok-kelompok Islam.