Masjid Syuhada Kotabaru, Yogyakarta

Setelah nama masjid disepakati, Pantia 17 kemudian membentuk susunan organisasi yang bertugas untuk mempersiapkan pembangunan masjid. Susunan organisasi itu antara lain terbagi menjadi empat, yaitu badan tertinggi, direksi, "opzichter", dan penasihat teknik. Badan tertinggi berwenang dan bertanggung jawab atas segala proses pembangunan masjid; direksi bertugas untuk melakukan kegiatan pembelian barang dan diupayakan untuk memperoleh barang dengan harga murah namun dengan kualitas baik; opzichter terdiri dari para ahli teknik yang bertugas untuk menilai pembangunan; penasihat teknik bertugas untuk memberikan saran terkait kelancaran dan hasil pekerjaan dari para ahli teknik. Para anggota panitia membentuk susunan atau struktur kepanitiaan semacam itu dimaksudkan untuk membuat proses pembangunan menjadi lebih efektif dan rapi.