Kompleks histokompatibilitas utama

Pada manusia, gen yang mengkodekan MHC terletak pada kromosom nomor 6 dan terbagi menjadi dua kelas gen, yaitu kelas I untuk MHC I dan kelas II untuk MHC II. Kelompok gen yang termasuk kelas I terdiri dari tiga lokus mayor yang disebut B, C, dan A, serta beberapa lokus minor yang belum diketahui. Setiap lokus mayor menyandikan satu polipeptida tertentu. Pada gen pengkode rantai alfa, terdapat banyak alel atau dengan kata lain bersifat polimorfik. Rantai beta-2-mikroglobulin dikodekan oleh gen yang terletak di luar kompleks gen MHC, namun apabila terjadi kecacatan pada gen tersebut maka antigen kelas I tidak bisa dihasilkan dan dapat terjadi defisiensi sel T sitotoksik. Kompleks gen kelas II terdiri dari tiga lokus yaitu DP, DQ, dan DR yang masing-masing mengkodekan satu rantai alfa atau beta. Rantai polipetida yang dihasilkan akan saling berikatan dan membentuk antigen kelas II. Seperti halnya antigen kelas II, antigen kelas II juga bersifat polimorfik (unik) karena lokus DR dapat terdiri atas lebih dari satu macam gen penyandi rantai beta fungsional.