Penaklukan Surabaya oleh Mataram

Jayalengkara menjadi taklukan Sultan Agung di Surabaya, dan karena usianya yang tua, meninggal tidak lama kemudian. Putranya, Pangeran Pekik diasingkan ke tempat pertapaan di makam Sunan Ngampel-Denta, dekat Surabaya. Kemudian, Pangeran Pekik tinggal di istana Mataram, menikah dengan saudara perempuan Sultan Agung, dan, menurut sejarawan belanda H. J. de Graaf, "banyak meningkatkan kebudayaan keraton Mataram". Adipati Pajang, mantan pemimpin Mataram yang telah memberontak dan melarikan diri ke Surabaya, dieksekusi dengan ditenggelamkan.