Pondok Pesantren An-Nuqayah

Secara kepemimpinan, Annuqayah dipimpin secara kolektif. Dalam artian, Annuqayah tidak memiliki satu pengasuh yang memimpin pesantren secara keseluruhan, sebab Annuqayah terdiri dari berbagai asrama/komplek. Terdapat Dewan Pengasuh yang menaungi Pengurus Yayasan dan Pengurus Pesantren. Kebijakan dan peraturan di Pesantren Annuqayah merupakan hasil musyawarah Dewan Pengasuh dan unit-unit di bawahnya. Tetapi, masing-masing asrama/komplek juga diberi hak untuk mengatur sistem pembinaan santri dan pembelajarannya sendiri asal tidak menyimpang dengan peraturan dari pusat.