Daftar bab Naruto (Bagian II, volume 49-72)

Bagian II dimulai pada bab 245 dan ditetapkan dalam dua setengah tahun setelah akhir dari bab 238 di Bagian I. Bab 239 sampai 244 merupakan gaiden yang dikeluarkan sebelum manga "Naruto" dan detail bagian dari sejarah Kakashi Hatake. Semua bab-bab berikutnya dianggap sebagai bagian dari alur cerita Part II. "Naruto" diterbitkan dalam bab-bab individu dtersendiri dengan Shueisha di "Shōnen Jump Mingguan" dan kemudian dikumpulkan dalam format "tankōbon" dengan berbagai tambahan. Sementara seri mulai diserialkan dalam edisi 43 tahun 1999, Bagian II dimulai pada edisi 19 tahun 2005. Volume 28, volume pertama Bagian II, dirilis pada 3 Juni 2005, sementara volume 48 dirilis pada 4 November 2009.