Mujahidin KOMPAK

Meski jumlahnya lebih kecil dan dengan pengaruh politik yang kurang daripada JI, kesediaan anggota KOMPAK yang melakukan kekerasan langsung telah menjadikan mereka ancaman bagi stabilitas wilayah tersebut. Pada bulan November 2001, dua anggota KOMPAK menggunakan sebuah bom paku dalam serangan di Gereja Petra di Jakarta Utara saat ibadah pelayanan malam hari yang dihadiri lebih dari 400 jamaah. Meskipun jendela gereja hancur, tidak ada korban yang dilaporkan. Dua tahun kemudian pada bulan Agustus 2003, seorang anggota KOMPAK setempat meninggal di rumah ayahnya saat sedang meracik bom. Pada bulan Oktober pada tahun yang sama, serangkaian serangan dilakukan di kecamatan di Poso dan Morowali dan menyebabkan tiga belas orang meninggal, kebanyakan penduduk desa Kristen. Serangan ini merupakan pelanggaran serius pertama terhadap kesepakatan damai yang ada dan memberi isyarat kemungkinan kembalinya kekerasan sektarian untuk wilayah tersebut.