Yoweri Museveni

Pada Oktober 2005, Kizza Besigye, penantang utama Museveni dalam pemilu 2001, kembali dari Afrika Selatan tempat ia tinggal selama ini. Besigye meninggalkan Uganda pada 2001, karena khawatir akan nyawanya. Sebagai ketua Forum untuk Perubahan Demokratis (FDC), banyak yang menduga bahwa ia akan menjadi kandidat presiden utama dari kelompok oposisi dalam pemilu yang direncanakan untuk Maret 2006. Tak lama sebelum kembalinya Dr. Besigye, Museveni menulis kepada kabinetnya, bahwa ia tidak menentang kembalinya Besigye, namun menambahkan bahwa Besigye dapat dikenai tuntutan-tuntutan kriminal. Pada 14 November, Besigye ditangkap dan dikenai tuduhan berkhianat, menutupi pengkhianatannya, dan pemerkosaan. Kasua pengkhianatan ini mencakup hubungan yang dituduhkan kepadanya dengan kelompok-kelompok pemberontak, Tentara Perlawanan Tuhan dan Tentara Penebusan Rakyat. Penangkapan Besigye membangkitkan demonstrasi dan kerusuhan di Kampala dan kota-kota lainnya. Para demonstran percaya bahwa tuduhan-tuduhan itu dirancang untuk mencegah Besigye menantang Museveni dalam pemilu 2006. Besigye mendaftarkan diri sebagai salah seorang kandidat keprisedenan tahun 2006 meskipun ia berada di penjara.