Pengepungan Naxos (499 SM)

Dengan kegagalan menaklukkan Naxos, Aristagoras mendapati dirinya berada dalam keadaan yang sulit; dia tidak dapat membayar biaya ekspedisi kepada Artaphernes. Selain itu dia semakin menjauh dari keluarga kerajaan Persia. Dia cemas dirinya akan dipecat dari jabatannya oleh Artaphernes. Dalam upaya putus asa untuk menyelamatkan dirinya sendiri, Aristagoras memilih untuk menghasut rakyatnya, yakni penduduk Miletos, untuk memberontak melawan kekuasaan Persia atas mereka. Pemberontakan itu menyebar ke seluruh Ionia, bahkan hingga ke Aiolis dan Doris. Di berbagai kota Yunani di sana, rakyat menggulingkan kekuasaan para tiran dengan menggantinya dengan pemerintahan demokrasi.