Johannes Pujasumarta

Setelah sekitar 2 bulan dirawat inap, Mgr. Pujasumarta dikabarkan meninggal dunia pada hari Selasa tanggal 10 November 2015 pukul 23.35 di RS St. Elisabeth Semarang. Pada tanggal 12 November 2015 pukul 05.30 diadakan Perayaan Ekaristi yang dihadiri ribuan umat Katolik, dan dilanjutkan ibadat pemberangkatan jenazah pada pukul 08.00. Upacara pemberangkatan jenazah Mgr. Pujasumarta dihadiri oleh Gubernur Jawa Tengah Ganjar Pranowo yang tidak hanya menganggapnya sebagai "Eyang dan Bapak", namun juga "rekan seperjuangan dalam membangun kerjasama dan saling keterbukaan menuju suatu persaudaraan sejati". Setelah ibadat—menjelang pemberangkatan jenazah Mgr. Pujasumarta ke Yogyakarta—seluruh umat yang hadir menyanyikan lagu "Ndherek Dewi Maria" dengan diiring tarian sufi oleh Kiai Budi Hardjana, pengasuh Pondok Pesantren Al Islah Meteseh di Tembalang. Pada tanggal 13 November 2015, setelah Misa Requiem, jenazah Mgr. Pujasumarta dimakamkan di pemakaman para romo dalam kompleks Seminari Tinggi Santo Paulus di Kentungan, Yogyakarta.