Akhenaten

Penampilan terkahir Akhenaten dan keluarga Amarna adalah di makam Meryra II, yang bertanggalkan bulan ke-2 tahun ke-12 pemerintahannya. Pada bulan Desember 2012, diumumkan bahwa inskripsi Tahun 16 III Akhet day 15 memuat penanggalan eksplisit pemerintahan Akhenaten yang juga menyebutkan kehadiran ratu Nefertiti yang masih hidup, dan inksripsi ini ditemukan dalam tambang batu kapur di Deir el-Bersha sebelah utara Amarna. Tulisan itu menyangkut proyek pembangunan di Amarna dan memberi bukti bahwa Akhenaten dan Nefertiti masih hidup sebagai pasangan kerajaan setahun sebelum matinya Akhenaten.
Meskipun diterima bahwa Akhenaten mati pada tahun ke-17 pemerintahannya, muncul pertanyaan apakah Smenkhkare menjadi raja muda mungkin dua atau tiga tahun sebelumnya atau menjadi raja tunggal untuk beberapa waktu dan ini belum jelas. Jika Smenkhkare menggantikan Akhenaten, dan menjadi firaun tunggal, pemerintahannya tidaklah sampai setahun. Pengganti berikutnya adalah Neferneferuaten, seorang firaun perempuan yang memerintah Mesir selama 2 tahun dan 1 bulan. Ia kemudian digantikan oleh Tutankhaten (kemudian berganti nama menjadi Tutankhamun), sementara negara diatur oleh perdana menteri ("Vizier") utama yang kemudian menjadi firaun, Ay. Tutankhamun diyakini sebagai adik laki-laki Smenkhkare dan putra Akhenaten, dengan Kiya meskipun ada pakar yang menduga Tutankhamun mungkin saja putra Smenkhkare. Tes DNA pada tahun 2010 mengindikasikan bahwa Tutankhamun benar adalah putra Akhenaten. Diduga setelah matinya Akhenaten, Nefertiti memerintah dengan nama Neferneferuaten tetapi pakar-pakar lain percaya pemimpin wanita ini adalah Meritaten. Sebuah stela "Pemerintahan Bersama" ("Co-Regency Stela"), yang ditemukan dalam sebuah makam di Amarna kemungkinan menunjukkan ratu Nefertiti sebagai raja bersama, memerintah bersama Akhenaten, tetapi tidak pasti karena nama-namanya dihapus dan diukir menjadi Ankhesenpaaten dan Neferneferuaten.