Pengadilan Pajak

Adapun dasar untuk menegaskan kedudukan Pengadilan Pajak dalam lingkup peradilan yang berada di bawah Mahkamah Agung, adalah berdasarkan Putusan Mahkamah Konstitusi atas perkara nomor 004/PUU-11/2004 dinyatakan, "pihak-pihak yang bersengketa dapat mengajukan peninjauan kembali atas putusan Pengadilan Pajak kepada Mahkamah Agung".
Dilihat dari fungsinya, Pengadilan Pajak merupakan penyelenggara kekuasaan kehakiman. Kekuasaan kehakiman merupakan ranah atau wilayah kekuasaan Yudikatif. Artinya, secara konseptual pembinaan yang ditempatkan di satu sisi di Mahkamah Agung sebagai lembaga Yudikatif dan di sisi lain pembinaan ditempatkan di Kementerian Keuangan sebagai lembaga Eksekutif tidak konsisten atau menciptakan kontradiksi. Seharusnya berdasarkan prinsip pemisahan kekuasaan terdapat pemisahan yang tegas antara lembaga yudikatif dan eksekutif, dengan kata lain untuk keseluruh pembinaan di pengadilan pajak menjadi satu atap atau dilaksanakan oleh satu institusi saja.