Taiwan di bawah pemerintahan Dinasti Qing

Kaisar Kangxi menganeksasi Taiwan karena ia ingin menghapus pasukan perlawanan yang tersisa untuk melawan Dinasti Qing. Namun, Dinasti Qing tidak ingin mengembangkan Taiwan lebih kuat karena hal ini dapat mendorong setiap potensi kekuatan perlawanan untuk membangun sebuah pangkalan (negara) di Taiwan. Dengan demikian, awal Dinasti Qing memerintah Taiwan secara pasif. Taiwan diperintah sebagai bagian dari provinsi Fujian pada awalnya. Taiwan menjadi provinsi tersendiri nanti. Pada 1721, seorang Hakka - Fujian ,Zhu Yigui melakukan pemberontakan yang dipimpin oleh dirinya dan akhirnya ditangkap Tainan dan sebentar membentuk mengingatkan bekas pemerintah Ming .
Segera setelah Zhu Yigui melakukan pemberontakan, keinginan untuk membuka lahan baru untuk budidaya tealh membuat pemerintah mendorong perluasan migrasi Han ke area lain dari pulau. Misalnya, penduduk di daerah Danshui telah tumbuh ke titik di mana pemerintah membutuhkan sebuah pusat administrasi di sana, di samping pos militer. Pemerintah mencoba untuk membangun pusat dengan tenaga kerja rodi Aborigin lokal, tetapi memperlakukan mereka lebih seperti budak dan akhirnya memicu pemberontakan. Kelompok Aborigin split-sebagian bergabung untuk melakukan pemberontakan, namun ada beberapa orang tetap setia pada Dinasti Qing, mungkin karena mereka memiliki permusuhan yang sudah ada dengan kelompok lain. Pemberontakan Aborigin ditumpas dalam beberapa bulan dengan kedatangan pasukan tambahan.
Lin Shuangwen memimpin pemberontakan yang terjadi selama 1786 dan 1788. Lin, yang adalah seorang imigran dari Zhangzhou, datang ke Taiwan dengan ayahnya pada 1770-an. Ia terlibat dalam sebuah masyarakat rahasia yang disebut Surga dan Bumi Masyarakat (天地 会) yang asal-usulnya tidak jelas. Ayah Lin ditahan oleh otoritas lokal, mungkin dalam dugaan kegiatan dengan masyarakat, Lin Shuangwen kemudian diselenggarakan sisa anggota masyarakat dalam pemberontakan dalam upaya untuk membebaskan ayahnya. Ada keberhasilan awal dalam mendorong pasukan pemerintah dari home base Lin di Zhanghua, sekutunya melakukan hal yang sama di Danshui. Pada titik ini, pertempuran itu menarik orang-orang Zhangzhou sekadar anggota masyarakat, dan mengaktifkan permusuhan lama, ini dibawa keluar jaringan Quanzhou (serta Hakka) atas nama pemerintah. Akhirnya, pemerintah mengirim kekuatan yang cukup untuk memulihkan ketertiban, Lin Shuangwen dieksekusi dan Surga dan Masyarakat Bumi tersebar ke daratan atau dikirim bersembunyi, tapi tidak ada cara untuk menghilangkan sakit-akan antara Zhangzhou, Quanzhou, dan jaringan Hakka. Meskipun mereka tidak pernah lagi serius untuk mendorong pemerintah atau mencakup seluruh pulau, permusuhan berlangsung secara sporadis untuk sebagian besar abad ke-19, hanya mulai datang ke sebuah akhir pada 1860-an.
Ada lebih dari seratus pemberontakan selama awal pemerintahan Dinasti Qing. Frekuensi pemberontakan, kerusuhan, dan pertikaian sipil di Dinasti Qing Taiwan ditimbulkan oleh umum mengatakan ""setiap tiga tahun pemberontakan, setiap lima tahun pemberontakan"" (三年一反,五年一乱).