Universitas Islam Negeri Sunan Ampel

Akan tetapi, ketika akreditasi fakultas di lingkungan IAIN diterapkan, 5 (lima) dari 18 (delapan belas) fakultas tersebut ditutup untuk digabungkan ke fakultas lain yang terakreditasi dan berdekatan lokasi. Selanjutnya dengan adanya peraturan pemerintah nomor 33 tahun 1985, Fakultas Tarbiyah Samarinda dipisah dan diserahkan pengelolaannya ke IAIN Antasari Banjarmasin. Selain itu, fakultas Tarbiyah Bojonegoro dipindahkan ke Surabaya dan statusnya berubah menjadi fakultas Tarbiyah IAIN Surabaya. Dalam pertumbuhan selanjutnya, IAIN Sunan Ampel memiliki 12 (dua belas) fakultas yang tersebar di seluruh Jawa Timur dan 1 (satu) fakultas di Mataram, Lombok, Nusa Tenggara Barat. Kini, IAIN Sunan Ampel terkonsentrasi pada 5 (lima) fakultas induk yang berlokasi di Surabaya.