Operasi Seroja

Pada tanggal 10 Desember invasi kedua menghasilkan penguasaan kota terbesar kedua, Baucau, dan pada Hari Natal, sekitar 10.000 hingga 15.000 tentara mendarat di Liquisa dan Maubara. Pada April 1976 Indonesia memiliki sekitar 35.000 tentara di Timor Timur, dengan 10.000 lain berdiri di Timor Barat Indonesia. Sebagian besar pasukan ini berasal dari pasukan elit di Indonesia. Pada akhir tahun, 10.000 tentara menduduki Dili dan 20.000 lainnya telah dikerahkan di seluruh Timor Leste. Kalah jumlah, pasukan FALINTIL melarikan diri ke gunung-gunung dan terus melancarkan operasi tempur gerilya.
Di kota-kota, pasukan Indonesia mulai membunuh orang Timor. Pada awal pendudukan, radio FRETILIN mengirim siaran berikut: "Pasukan Indonesia membunuh tanpa pandang bulu. Perempuan dan anak-anak ditembak di jalan-jalan. Kami semua akan dibunuh... Ini adalah permohonan bantuan internasional. Silahkan melakukan sesuatu untuk menghentikan invasi ini." Salah satu pengungsi Timor memberitahu kemudian bahwa korban dari "perkosaan [dan] pembunuhan berdarah dingin menyasar kepada perempuan dan anak-anak dan pemilik toko China". Uskup Dili pada saat itu, Martinho da Costa Lopes kemudian mengatakan:" para prajurit yang mendarat mulai membunuh semua orang yang mereka bisa temukan, ada banyak mayat di jalan-jalan - semua kita bisa melihat para tentara yang membunuh, membunuh, membunuh." Dalam satu insiden, sekelompok 50 orang, wanita, dan anak-anak - termasuk wartawan freelance Australia Roger East - berbaris di tebing luar Dili dan ditembak, tubuh mereka jatuh ke laut. Banyak pembantaian tersebut terjadi di Dili, di mana penonton diperintahkan untuk mengamati dan menghitung dengan suara keras untuk setiap orang yang pada gilirannya dieksekusi. Selain pendukung Fretilin, migran Cina juga dipilih untuk menjadi sasaran eksekusi; 500 orang tewas pada hari pertama saja.