Pemberontakan Trunajaya

Selain pasukan Trunajaya, Amangkurat II terus menghadapi tentangan dari saudaranya Pangeran Puger, yang telah merebut ibu kota lama di Plered dan telah merebut takhta untuk dirinya sendiri pada tahun 1677. Sebelum kekalahan Trunajaya, pasukan Amangkurat tidak mengambil tindakan terhadapnya. Setelah Trunajaya dikalahkan, Amangkurat masih belum bisa meyakinkan saudaranya untuk menyerah. Pada September 1680, Amangkurat membangun ibu kota baru di Kartasura. Pada November, pasukan Amangkurat dan VOC mengusir Puger dari Plered. Namun, Puger dengan cepat membangun kembali pasukannya, merebut Plered lagi pada Agustus 1681, dan hampir merebut Kartasura. Pada November 1681, pasukan VOC dan Mataram kembali mengalahkan Puger, dan kali ini dia menyerah dan diampuni oleh abangnya.