Daftar anggota Akatsuki

Kini ia menjadi salah satu anggota Akatsuki yang berperang bersama Madara Uchiha melawan Naruto dan Killer Bee. Dia menjadi Jinchuuriki Juubi selama perang dunia shinobi keempat, namun berhasil dikeluarkan oleh Naruto dengan dibantu seluruh Aliansi Shinobi. Meskipun ia sudah menjadi penjahat, Obito sebenarnya masih memikirkan Rin dan masih ingin menjadi Hokage seperti impiannya sejak kecil, dan ia sering membayangkan dirinya menjadi Hokage meski tanpa Rin. Obito akhirnya sadar dan melawan Madara setelah mendapat "ceramah" oleh Naruto dan bayangan dirinya sendiri ketika kecil. Dia sebenarnya akan menggunakan Gedo: Rinne Tensei no Jutsu yang membangkitkan semua yang mati dalam perang, seperti Nagato, tetapi akhirnya tidak jadi karena telah dimasuki oleh Zetsu Hitam. Dia membantu Kakashi melawan Madara. Obito mengatakan ke Sakura (yang sama-sama masuk ke Dunia Kamui) bahwa ia harus menghancurkan mata Rinnegannya, namun Madara mengambil mata sharingan Kakashi dan masuk ke dunia kamui dan mengambil Rinnegan miliknya. Setelah itu Madara berubah dari Edo Tensei menjadi Jinchuuriki Juubi/Rikudo Kedua dan Obito berada di antara hidup dan mati karena tubuhnya diambil alih oleh Zetsu Hitam. Ketika Putri Kaguya Ootsutsuki bangkit, Zetsu Hitam terlepas dari tubuhnya.