Sejarah genetika penduduk asli Amerika

Pada awal tahun 2000, para ahli arkeogenetika terutama mendasarkan pada haplogrup DNA Y-kromosom manusia dan haplogroup DNA mitokondria. Penanda autosomal "atDNA" juga digunakan, namun berbeda dari mtDNA atau Y-DNA karena mereka tumpang tindih secara signifikan.