Universitas Khairun

Pada tahun 1546, terkait dengan Misi Jesuit di Halmahera Utara, Alfonso de Castro (kolega Xaverius di Goa) melaporkan bahwa ketika Kapten Benteng Sao Paolo, Gonsalo Pereyra Marramaque dalam suatu kesempatan melakukan perjalanannya ke Ambon dalam rangka menertibkan kerusuhan di sana, pasukan yang dikendalikan Sultan Khairun (termasuk Bangua dan orang-orang Tobarus) memanfaatkan kesempatan itu untuk menyerang penduduk di Halmahera Utara yang mengkonversi agama mereka ke Kristen Katolik. Serbuan pasukan Sultan Khairun dengan kekuatan 30 perahu kora-kora itu juga dibantu oleh penduduk dari Bocanora, Sabubo dan penduduk Pulau Doi.Dalam serbuan itu, penduduk di Desa Pune menjadi target utama pasukan Khairun dan menewaskan penduduk setempat sekitar 300 orang yang baru saja memeluk Kristen Katolik. Terkait dengan hal ini, Pater Nicolau Nunes dalam laporannya menyebutkan bahwa selama 20 tahun (ketika ia bertugas di Ternate sebagai misionaris Jesuit), baru pertama kali ini ia menyaksikan peristiwa pembunuhan seperti itu. Menurutnya, peristiwa ini tidak hanya menimpa orang-orang dewasa saja, tetapi juga wanita dan anak-anak menjadi korban keganasan pasukan Sultan Khairun. Serangan pasukan di Halmahera Utara yang menewaskan sekitar 300 orang Kristen Katolik di Desa Pune itu, dalam pandangan Portugis dalangnya adalah Sultan Khairun sendiri. Disebutkan lebih lanjut bahwa ketika informasi mengenai peristiwa pembunuhan itu sampai di Ternate, Sultan Khairun berpura-pura ikut prihatin atas kejadian itu dan mengirimkan bantuan pasukan kora-kora ke Halmahera Utara untuk mengecek dan mencari tahu 30 perahu perusuh itu untuk ditumpasnya. Namun, dalam pencarian terhadap orang-orang yang dianggap penjahat itu tidak ditemukan, dan akhinya mereka kembali ke Ternate. Peristiwa ini tentu saja menambah kejengkelan Kapten Lopez de Masquita atas ulah Sultan Khairun. Hari-hari selanjutnya pikiran Masquita selalu dihantui dengan upaya bagaimana membunuh Sultan Khairun. Meskipun begitu, peristiwa ini tidak bisa dilihat secara tunggal semata, akan tetapi harus dilihat secara akumulatif dari bebagai persoalan. Artinya, kehadiran bangsa Portugis di Maluku Utara bersama dengan para misionarisnya telah melakukan campur-tangan dalam setiap suksesi sultan dan memaksakan kehendak mereka kepada kerajaan-kerajaan Islam di Maluku Utara agar mengikuti tata nilai (agama) dan haluan politik mereka (lihat teori 3G). Oleh karena itu, mengapa Sultan Khairun harus berjuang untuk menentang bangsa Portugis dan kemudian ia dibunuh secara keji oleh Kapten Lopes de Masquita melalui Antonio Pimental di dalam benteng Sao Paolo (benteng Gamlamo) tanggal 28 Februari 1570.