Misi Naruto

Misi pada tahap ini biasanya diberikan kepada ninja berpangkat Jōnin yang sangat berpengalaman atau ninja-ninja dalam sebuah tim berukuran sedang sampai besar. Misi-misi ini biasanya melibatkan rahasia-rahasia tingkat tinggi sebuah desa ninja dan sangat berbahaya. Contoh misi pada tahap ini adalah menjadi pengawal ke VIP atau memindahkan dokumen-dokumen rahasia. Imbalan untuk menyelesaikan misi pada tahap ini adalah melebihi 1.000.000 ryo.