Keraton Ngayogyakarta Hadiningrat

Di depan masjid terdapat sebuah halaman yang ditanami pohon tertentu. Di sebelah utara dan selatan halaman (timur laut dan tenggara bangunan masjid raya) terdapat sebuah bangunan yang agak tinggi yang dinamakan Pagongan. Pagongan di timur laut masjid disebut dengan Pagongan Ler (Pagongan Utara) dan yang berada di tenggara disebut dengan Pagongan Kidul (Pagongan Selatan). Saat upacara Sekaten, Pagongan Ler digunakan untuk menempatkan gamelan sekati "Kangjeng Kyai (KK) Naga Wilaga" dan Pagongan Kidul untuk gamelan sekati "KK Guntur Madu". Di barat daya Pagongan Kidul terdapat pintu untuk masuk kompleks masjid raya yang digunakan dalam upacara "Jejak Boto" pada upacara Sekaten pada tahun Dal. Selain itu terdapat Pengulon, tempat tinggal resmi "Kangjeng Kyai Pengulu" di sebelah utara masjid dan pemakaman tua di sebelah barat masjid.