Universitas Islam Indonesia

Dari tahun 1964 sampai 1970, di bawah kepemimpinan Prof. Dr. dr. M. Sardjito (seorang dokter medis terkemuka di Indonesia), UII kembali diperluas hingga memiliki 22 fakultas, lima yang berlokasi di Yogyakarta dan sisanya tersebar di provinsi lain: Jawa Tengah (Solo, Klaten, dan Purwokerto), dan Sulawesi Utara (Gorontalo). Bidang studi yang ditawarkan adalah Ekonomi, Hukum, Syari'ah, Tarbiyah, Teknik, Kedokteran, Kedokteran Hewan, dan Farmasi. Namun, ketika Peraturan Pemerintah melarang UII menyelenggarakan kegiatan pendidikan di luar Yogyakarta, maka UII harus menutup kampus-kampus cabang. Beberapa dari kampus cabang yang ditutup ini kemudian menjadi bagian dari lembaga pendidikan lokal. Contohnya adalah Fakultas Kedokteran Universitas sebelas maret, yang cikal bakalnya adalah Fakultas Kedokteran UII di Surakarta yang ditutup pada tahun 1975.