Operasi Seroja

Pemerintah Australia melihat hubungan baik dan stabilitas di Indonesia (tetangga terbesar di Australia) yang menyediakan penyangga keamanan penting untuk utara Australia. Namun demikian, Australia memberikan perlindungan penting untuk pendukung kemerdekaan Timor Timur seperti José Ramos-Horta (yang bermarkas di Australia selama pengasingannya). Jatuhnya Presiden Indonesia Soeharto dan pergeseran dalam kebijakan Australia oleh Pemerintahan Howard pada tahun 1998 membantu memicu proposal untuk referendum mengenai masalah kemerdekaan Timor Timur. Pada akhir tahun 1998, pemerintah Australia menulis surat ke Indonesia tentang pengaturan sebuah perubahan kebijakan Australia, menunjukkan bahwa Timor Timur akan diberi kesempatan untuk memilih kemerdekaan dalam satu dekade. Surat itu mengacaukan Presiden Indonesia BJ Habibie, yang melihat bahwa Indonesia menyiratkan "kekuatan kolonial" dan ia memutuskan untuk mengumumkan referendum sekejap setelahnya. Sebuah referendum yang disponsori oleh PBB diselenggarakan pada tahun 1999 menunjukkan persetujuan yang luar biasa untuk sebuah kemerdekaan, tetapi diikuti oleh bentrokan dan krisis keamanan, dihasut oleh milisi anti-kemerdekaan. Australia kemudian memimpin Pasukan Internasional PBB yang didukung untuk Timor Timur untuk mengakhiri kekerasan dan ketertiban dipulihkan. Sementara intervensi itu akhirnya berhasil, hubungan Australia-Indonesia memakan waktu beberapa tahun untuk kembali pulih.