Sejarah Gereja Katolik di Indonesia

Para penguasa VOC beragama Protestan, maka mereka mengusir imam-imam Katolik yang berkebangsaan Portugis dan menggantikan mereka dengan pendeta-pendeta Protestan dari Belanda. Banyak umat Katolik yang kemudian menjadi orang protestan saat itu, seperti yang terjadi dengan komunitas-komunitas Katolik di Amboina.