Universitas Islam Negeri

Pada abad ke-21, sejumlah IAIN berubah nama menjadi universitas Islam negeri (UIN), karena memiliki fakultas dan jurusan di luar studi keislaman. IAIN Syarif Hidayatullah di Jakarta adalah IAIN yang pertama kali berubah nama menjadi UIN. Jika pada tahun 2000 tercatat masih terdapat 14 IAIN di Indonesia, saat ini 11 di antaranya telah berubah menjadi UIN.