Pembantaian pesantren Walisongo 2000

Karena pengiriman perdagangan selama berabad-abad, populasi Muslim pribumi yang terintegrasi dengan pendatang Bugis dari Sulawesi Selatan dan sekelompok kecil pedagang Arab, yang pendahulunya memegang posisi penting di lembaga-lembaga Islam. Kabupaten ini juga mencakup desa-desa yang dibangun di bawah program transmigrasi pemerintah, yang membawa penduduk dari daerah padat penduduk, seperti pulau-pulau yang dihuni oleh mayoritas Muslim dari Jawa dan Lombok, dan minoritas kecil dari agama Hindu di pulau Bali. Warga beragama Muslim mencapai mayoritas di Kabupaten Poso pada akhir 1990-an, dan sekarang di atas 60 persen, menurut angka pemerintah saat ini.