NAMRU-2

Pada tahun 1990 dikarenakan kekalutan politik di Filipina dan ancaman potensial terhadap personel A.S., pihak A.S. menganggap langkah bijaksana untuk memindahkan pusat komando ini karena ada keinginan untuk mengurangi keberadaan A.S. di Manila. Angkatan Laut A.S. kemudian mulai menegosiasikan kepindahan unit induk ke Jakarta, Indonesia dan diskusi dimulai antara Kementrian Luar Negeri A.S. dan Pemerintah Indonesia. Unit induk kemudian resmi pindah ke Jakarta pada tahun 1991 dan Unit di Manila ditutup pada bulan Juni 1994.