Jan Jindřich

Karl IV bertindak sebagai pemangku takhta untuk adiknya, Jan Jindřich yang berusia empat belas tahun dan ia segera berkonflik dengan bangsawan Tirol. Selain itu, Jan Jindřich dan istrinya yang kabarnya buruk rupanya diisukan tidak memiliki pernikahan yang bahagia. Margarete akhirnya memimpin pemberontakan melawan suaminya, ketika ia menolaknya akses ke Kastil Tirol pada tanggal 1 November 1341. Jan Jindřich melarikan diri ke Negara Patriarkal Aquileia, sementara istrinya menuntut bahwa pernikahan mereka tidak pernah terwujud. Margarete didukung oleh Kaisar Ludwig IV, yang memiliki rencana untuk menjamin warisan Tirol untuk Wangsa Wittelsbach. Ia mengutus sarjana Marsilius dari Padua dan William dari Ockham untuk mengabarkan bahwa pernikahan tersebut tidak berlaku. Pada tahun 1342, Margarete mengambil warisannya di Tirol untuk suami berikutnya, putra Kaisar dan adipati Bayern, Ludwig V.