Universitas Ibnu Khaldun

Pada tahun 1987 Yayasan Pembina Universitas Ibn Khaldun Bogor diubah menjadi Yayasan Pendidikan Islam Ibn Khaldun Bogor. Periode ini dikenal dengan lahirnya Pesantren Ulil Albaab. Pesantren Ulil Albaab ini dimaksudkan untuk lebih memantapkan gagasan Islamisasi Sains dan Kampus. Kemudian berkembang bahwa yang diterima masuk Pesantren Ulil Albaab pada dasarnya adalah Sarjana-sarjana dari semua disiplin ilmu, sehingga banyak diminati mahasiswa/Sarjana lulusan IPB bahkan ada yang dari Lampung dan Yogyakarta. Tujuannya adalah agar para sarjana yang telah lulus dari pesantren Ulil Albaab ini, apabila mereka terjun dalam masyarakat melaksanakan profesinya, ia senantiasa berpegang teguh kepada aqidah Islamiyah, berpedoman kepada syariat Islamiyah dan berakhlaqul karimah.