Transmigrasi

Program ini mengakibatkan perseteruan antara suku yang mengenal satu sama lain lewat transmigrasi. Misalnya, pada tahun 1999, suku Dayak dan Melayu berseteru dengan transmigran Madura dalam kerusuhan Sambas. Pada tahun 2001, suku Dayak dan Madura terlibat konflik Sampit yang menewaskan ribuan orang dan memaksa ribuan orang Madura mengungsi. Transmigrasi juga sangat kontroversial di provinsi Papua dan Papua Barat yang kebanyakan penduduknya beragama Kristen. Sejumlah warga Papua menuduh pemerintah Indonesia melakukan Islamisasi melalui transmigrasi.