Kereta api Jayabaya

Berikut ini jadwal KA Jayabaya per 1 April 2017 (berdasarkan Gapeka 2017).
Dalam sekali perjalanan, kereta api ini membawa dua rangkaian yang dimiliki oleh depot Jakarta Kota (JAKK) dan Malang (ML). Adapun susunan rangkaian milik kedua depot tersebut sama, yaitu sebuah lokomotif (CC206), enam gerbong ekonomi AC (K3), satu gerbong makan dan pembangkit (MP3), dan dua gerbong ekonomi difabel (K3, masing-masing digandeng mengapit gerbong makan dan pembangkit). Dalam sekali perjalanan, jarang menggunakan kereta pembangkit (P) maupun kereta makan (KM1 atau M1), kecuali jika kereta makan pembangkit nya mengalami masalah atau kerusakan. Seperti kereta api di Indonesia pada umumnya, gerbong makan biasanya ditempatkan di tengah-tengah rangkaian, sedangkan gerbong pembangkit ditempatkan di ujung rangkaian.