Penghapusan sistem domain

Meskipun mantan daimyo telah menjadi pegawai pemerintah, mereka masih memiliki suatu kemerdekaan militer dan fiskal tertentu, dan mendapatkan penghormatan adat dari penduduk. Okubo Toshimichi dan para anggota oligarki Meiji baru menganggap hal ini dapat merupakan ancaman kepada otoritas pusat, terutama dengan timbulnya pemberontakan sejumlah besar mantan samurai yang terjadi di seluruh negeri. Pada bulan Agustus 1871, Okubo yang dibantu oleh Saigo Takamori, Kido Takayoshi, Iwakura Totomi, dan Yamagata Aritomo memaksakan melalui Dekret Kekaisaran untuk melakukan penataan ulang terhadap 261 bekas domain feodal yang tersisa menjadi tiga prefektur perkotaan ("fu") dan 302 prefektur ("ken"). Jumlah itu kemudian dikurangi lagi melalui konsolidasi tahun berikutnya menjadi tiga prefektur perkotaan dan 72 prefektur, dan tahun 1888 menjadi bentuknya yang sekarang yaitu tiga prefektur perkotaan dan 47 prefektur.