Badak jawa

Badak jawa dan badak india adalah satu-satunya anggota genus "Rhinoceros" yang pertama kali muncul pada rekaman fosil di Asia sekitar 1,6 juta-3,3 juta tahun yang lalu. Perkiraan molekul memberikan kesan bahwa spesies telah terbentuk lebih awal, sekitar 11,7 juta tahun yang lalu. Walaupun masuk ke dalam tipe genus, badak Jawa dan India dipercaya tidak berhubungan dekat dengan spesies badak lainnya. Penelitian berbeda telah mengeluarkan hipotesis bahwa mereka mungkin berhubungan dekat dengan "Gaindetherium" atau "Punjabitherium" yang telah punah. Analisis klad Rhinocerotidae meletakkan "Rhinoceros" dan "Punjabitherium" yang telah punah pada klad dengan "Dicerorhinus", badak Sumatra. Penelitian lain mengusulkan bahwa badak Sumatra lebih berhubungan dekat dengan dua spesies badak di Afrika. Badak Sumatra mungkin terpisah dari badak Asia lainnya 15 juta tahun yang lalu.