Falintil

Antara 23 dan tanggal 28 Mei 1990, CNRM mengadakan pertemuan luar biasa untuk tujuan restrukturisasi gerakan perlawanan seluruh. Itu selama konferensi ini yang Gusmão resmi mengundurkan diri dari partai FRETILIN, sementara Komandan-in-Chief dari FALINTIL dan presiden CNRM tersisa. Pertemuan ini juga melihat pembentukan Front Klandestin, yang muncul dari pengakuan bahwa FALINTIL, perlawanan bersenjata, telah secara signifikan dilemahkan oleh bertahun-tahun gerilya aktivitas melawan militer Indonesia. Pembentukan Front Klandestin adalah strategi untuk mengatur populasi melawan pasukan pendudukan Indonesia. Peristiwa ini melihat meningkatnya aktivitas melawan gerakan perlawanan terpadu oleh menempati pasukan, yang melihat banyak pemimpin perlawanan melarikan diri ke pegunungan atau di luar negeri, dan menyebabkan penangkapan Gusmão pada tanggal 20 November 1992. Ma ' Huno, anggota dari komite pengarah FRETILIN, menjadi pemimpin perlawanan hanya untuk ditangkap dirinya pada 5 April 1993. Nino Konis Santana menggantikan ditangkap Ma'Huno sebagai pemimpin pada 25 April 1993 dan pada bulan September semua faksi perlawanan diterima Santana sebagai pemimpin gerakan keseluruhan. Taur Matan Ruak diangkat menjadi komandan FALINTIL. Di bawah kepemimpinan Santana restrukturisasi dimulai oleh Gusmão lebih diperkuat di bawah payung CNRM dengan Santana sebagai pemimpin Dewan Eksekutif "Perjuangan", Ruak bertanggung jawab atas FALINTIL, dan seorang pria bernama Sabalae mengambil alih Front Klandestin.