Konsolidasi negara bagian di Somalia (1998–2006)

Selama perang saudara, SSDF mulai mengkonsolidasikan kontrol mereka atas wilayah Mudug, Nugaal dan Bari. Saat periode anarki terjadi, daerah-daerah tersebut hancur berantakan dengan pertempuran faksi internal, dan usaha tekun oleh al-Ittihad al-Islami untuk mengambil alih wilayah tersebut dengan paksa dari markas mereka di Bosaso, yang menyebabkan perang berdarah yang sangat besar yang dimenangkan SSDF dengan pengorbanan tinggi. Akhirnya pada tahun 1998, SSDF bersama dengan Partai Persatuan Somalia dan Uni Demokratik Nasional Somalia sepakat untuk membentuk sebuah pemerintahan administrasi gabungan dan negara bagian, yaitu Puntland. Sejak saat itu, Puntland dan Somaliland kadang-kadang mengalami perselisihan mengenai wilayah Darod yaitu Sool dan Sanaag]].