Polimorfisme panjang fragmen teramplifikasi

AFLP memperbaiki sejumlah kelemahan RFLP, seperti proses yang memakan waktu dan banyaknya kuantitas DNA yang dibutuhkan. Dalam AFLP, berkas DNA sampel dipotong oleh sepasang enzim restriksi. Selanjutnya PCR selektif dilakukan menggunakan primer yang memiliki adapter yang bersesuaian dengan lokasi restriksi. Hasil amplifikasi ini lalu dideteksi melalui elektroforesis gel. Teknik ini menghasilkan penanda yang berperilaku dominan, seperti RAPD, namun lebih stabil seperti RFLP. Frekuensi polimorfismenya jauh lebih tinggi daripada RFLP dan pelaksanaannya juga lebih cepat.