Geger Sepehi

Setelah perang berakhir, putera mahkota kembali diangkat sebagai Sultan Hamengkubuwana III yang secara resmi diundang untuk "kembali mendiami keraton". Pada tanggal 22 Juni 1812, Raffles mengangkat Natakusuma sebagai Paku Alam I yang menguasai wilayah Pakualaman. Pada tanggal 3 Juli 1812, Sultan HB II dan kedua puteranya, yaitu Pangeran Mangkudiningrat dan Mertasana, dipindahkan ke Semarang dan selanjutnya diasingkan ke Pulau Penang.