Penyakit Crohn

Mikrobiota usus pada penderita mengalami perubahan komposisi mikrobiom dapat menyebabkan respon imun terlalu aktif yang merugikan penghalang mukosa, sehingga aktivitas inflamasi meningkat. Perubahan meliputi terjadinya penurunan keragaman yang menyebabkan pengurangan kemampuan adaptif ketika menghadapi perubahan lingkungan. Spesies yang ditemukan menurun termasuk Firmicutes protektif (yaitu kelompok "Clostridium IXa dan IV, Bifidobacterium, Lactobacillus, dan Faecalibacterium prausnitzii"), sedangkan Proteobacteria dan Actinobacteria meningkat.