Kualifikasi Piala Dunia FIFA 2006 – Babak Kedua Zona Afrika

Pada babak ini, 21 tim pemenang Babak Pertama bergabung dengan 5 tim finalis Piala Dunia FIFA (yaitu: ', ', ', ', dan ') dan 4 tim berperingkat tertinggi lainnya menurut FIFA pada 25 Juni 2003, (yaitu: ', ', ', dan ), dibagi dalam 5 grup yang masing – masing terdiri atas 6 tim yang akan bermain satu sama lain kandang – tandang. Pemuncak masing – masing grup akan langsung melaju ke putaran final.