Jules Brunet

Lalu pada tahun 1868, Keshogunan Tokugawa ditumbangkan oleh pendukung kekaisaran dalam Perang Boshin. Setelah kendali pemerintahan dikembalikan ke tangan Kaisar Meiji dalam peristiwa yang disebut Restorasi Meiji, misi militer Perancis diperintahkan untuk meninggalkan Jepang melalui sebuah dekret kaisar.
Walaupun sudah diperintahkan untuk pulang ke Perancis, Brunet memilih untuk tetap tinggal di Jepang. Ia mengundurkan diri dari ketentaraan Perancis, dan ikut bersama sisa-sisa tentara keshogunan yang mundur ke utara Jepang sambil berharap dapat melakukan serangan balasan di kemudian hari. Dalam sebuah surat yang dikirimkannya ke Napoleon III, Brunet menjelaskan rencana Aliansi Utara bersama peran dirinya di dalamnya:
Brunet berperan sangat aktif dalam Perang Boshin. Ia dan Kapten André Cazeneuve terlibat dalam Pertempuran Toba-Fushimi (27–31 Januari 1868), dekat Osaka. Setelah dikalahkan tentara kekaisaran, Brunet dan Cazeneuve mengikuti tentara keshogunan yang dipimpin Laksamana Enomoto Takeaki melarikan diri ke Edo (sekarang Tokyo) dengan kapal perang "Fujisan".