Kereta api Pakuan Ekspres

Saat ini, KRL Bogor Ekonomi, Bogor Ekonomi AC, dan Pakuan Ekspres telah dihentikan operasinya, dilebur dan digantikan oleh KRL Commuter Line sebagaimana yang disebutkan di atas, yang pelayanannya seperti KRL Bogor Ekonomi AC. Rute juga ditambah menjadi dua rute KRL Bogor, yaitu rute Bogor-Manggarai-Juanda-Jakarta Kota (Red Line) dan rute Bogor-Manggarai-Sudirman-Tanah Abang-Kampung Bandan-Pasar Senen(yang berhenti hanya yang ke arah Bogor)-Jatinegara (Yellow line).