Negara Islam Irak dan Syam

Pada tanggal 8 April 2013, al-Baghdadi merilis pernyataan audio bahwa Front al-Nusra didirikan, didanai, dan dibantu oleh Negara Islam Irak, dan keduanya bergabung menjadi "Negara Islam Irak dan al-Syam". Al-Julani mengeluarkan pernyataan yang membantah penggabungan kedua kelompok tersebut dan mengaku bahwa tak satupun petinggi al-Nusra yang diberitahu soal penggabungan ini. Pada Juni 2013, Al Jazeera melaporkan bahwa mereka menerima surat dari pemimpin al-Qaeda Ayman al-Zawahiri yang ditujukan kepada pemimpin al-Nusra dan NII; ia menolak penggabungan tersebut dan mengutus seseorang untuk mengawasi hubungan sekaligus meredam ketegangan antara kedua kelompok tersebut. Pada bulan yang sama, al-Baghdadi merilis pesan audio yang isinya menolak keputusan al-Zawahiri dan menyatakan bahwa penggabungan akan tetap berjalan. Sementara itu, kampanye NIIS untuk membebaskan anggota-anggotanya yang dipenjara memuncak pada Juli 2013. NIIS melancarkan serangan bersamaan terhadap penjara Abu Ghraib dan Taji yang membebaskan lebih dari 500 tahanan, kebanyakan di antaranya veteran pemberontakan Irak. Bulan Oktober 2013, al-Zawahiri memerintahkan pembubaran NIIS dan mengangkat Front al-Nusra sebagai pemimpin operasi jihadis di Suriah, tetapi al-Baghdadi menolak keputusan al-Zawahiri atas dasar fikih Islam. Kelompok al-Baghdadi melanjutkan operasinya di Suriah. Pada Februari 2013, setelah delapan bulan berebut kekuasaan, al-Qaeda memutuskan hubungan dengan NIIS.