Komando Pasukan Khusus

Kopassus juga kerap dituding oleh LSM dan media Barat (dan sebagian terbukti, dan penyelesaiannya tidak jelas sampai hari ini) melakukan serangkaian pelanggaran HAM di Aceh, Papua, Timor Timur, dan Jakarta (lihat bagian Kasus penculikan aktivis reformasi). Masalah HAM inilah yang sempat membuat pasukan khusus Australia tidak lagi berlatih dengan Kopassus selama beberapa tahun, sebelum kembali diadakan pada saat ini.