Pusat Penelitian Arkeologi Nasional

Krisis moneter yang berkepanjangan yang mengakibatkan pergolakan politik, terjadi perubahan kekuasaan dan perubahan dalam organisasi pemerintahan. Pada tahun 2000 Puslit Arkenas yang semula berada di bawah Departemen Pendidikan Nasional, kemudian berada dalam struktur di bawah Direktorat Jenderal Sejarah dan Purbakala, Departemen Kebudayaan dan Pariwisata. Namanya berubah menjadi Pusat Arkeologi. Sementara itu, Ditlinbinjarah yang juga berada di bawah Direktorat Jenderal Sejarah dan Purbakala, dan namanya berubah menjadi Direktorat Purbakala.